lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 4444444 11 11 111 1111111 1 111111 22 222 5555555555555555555555555555555555555 1 11 1 33333333333333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 22 11 1
lowQualScore : 5 6 3333333 88 11 222 1 5 9999999 1 5 2 888 5 2 111111 2 22 11 88 777 3 3 3333333333333333333333333333333333333 3 3 4 11 0 4 9 3 3 99999999999999999999999999999999 777 999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 5 11 22 5
lowQualScore : . . ....... .. .. ... . . ....... . . . ... . . ...... . .. .. .. ... . . ..................................... . . . .. . . . . . ................................ ... ... .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. .. .
lowQualScore : 0 0 3333333 33 00 666 0 7 3333333 2 0 2 888 0 7 888888 1 33 22 11 666 9 7 0000000000000000000000000000000000000 7 8 0 33 8 4 1 3 3 11111111111111111111111111111111 000 999 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 00 00 0
consensus : ATGATTTTATC-------TGTC--TTGATCAA--GTTT-GATAACCAGCCCAATAG-CCCCAG-TAACTNCGG-AGTT---AT-GGCCC-TT-G-ANTTTTTT-AAA-ATTN-GCAAAATTGGTA-ATGTCCCCTNTC-ATCTC-------GA--TT----AATTTT-AATCCAAT-CTTCACCAAACTTG-GTCACAA-TG-----AT-A-TTGG----CANAAN-ATCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCGG-TC--TA-------AT--------TG----AC-----C--A--T----T------TA----TG--G--CCC-T-T--GG---A-----NT--GT---TCGAAA-T-T--TGCAGAAAT--AT---TCA-TG----TCC--T--C------T---CTNAAACT--NNAG--TAATTTT----AATCCAATCTTTACCAAACTTGG--T--CAANA-TG--TTTATT-GGC-AGA-AT--GTCNAGGCC-GA---G-TT-T-ATAACC-GGCCAGAT-GCNCC---AG-CCAGTANA--TCTGG-AGTT---ATGGCCCTTNG--ATTG-TTNAAA---ATT--------TGCAA-AATTA------TA-ATG--T------CCTC--TNTCT--A--ACTCGAG-TN-ATTTTAATCCAATCNTT-ACCAAACT-------GGTNA-AA-TA--TATATTGGCAA-AATGTCT-----CGACCA------------AGTT-----------CAATNGNCCCAGTAACTC-TGA--TATNNATACTCTTGTATTGTTACGAATGTACGACANTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTT
Reference ( gi|1 ) : ATGCTTTCATC-------TGTC--TTGATCAA--GTTT-GTTAACCAGCCCAATAG-CTTCAG-AAACTATGG-AATT---AT-GACCC-TT-G-ATTTTTTTTAAA-GTTG-GCAAAATTGGTA-ATGTTCCCTATCGATCTC-------AA--TT----AATTAT-AATCCAAT-GTTCACTAAACATG-GTCACAA-TG-----AT-A-TTTG----CATAAA-GTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAG-TC--TA-------AT--------TG----AC-----C--A--T----T------TG----TG--G--CTC-T-T--GA---A-----AT--GT---TTGAAA-T-T--TGCAGAAAT--AT---TCA-TG----TTC--C--C------T---TTGAAACT--GCAG--TAATTAA----AATCCAATCTTTACCAAACTTGG--T--CAGTA-TG--TTTATT-AGC-AGA-AT--GCCAAGGTC-GA---G-TT-T-ATAACT-GTCCAGATTGCACC---AGACAAGTATA--TCTGA-AGTT---ATGGCTCTTTG--ATTA-TTAAAC---ATT--------TGCAA-AGTCACAAAGGCA-ATA--T------CCTC--TGTCT--A--ATTCAAG-TT-ATTTAAATCCACTTGTT-ACCAAACTACATGTAGGTGAGCA-TG--TATATTGGCAACAAT-TCT-----AGGTCA------------AGTT-----------CAGTTGCCCCAGTAACTC-TGA-TTATTCA-AC------ATT-TTGCCAATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTTAA
gi|12 : ATGATTTTATCAACAGAATGTC--TGGGTCAA---TTT-AATAACCAGCTTTACAA-CTTCAG-TAACTCTGGCAGTA---AT-GGTCC-TTAG-AATGTTC--AAA-ATTT-GCAAAATTGG
gi|10 : attcaatttggttaaa-------TGTC--TTGACCAA--GTTT-GATAAACAACCCA
gi|6 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagcatttatataatccaatcttcaccagacttggttgcaatatatattggcaaaa-------TGTCAATTGATAGAATGTCTAGGTAATCA----AAAAG-CCCCAA-TAACTCTGC-AGTT---ATAGGCTC-AT-G-GGTTGTTCAAAATGTT---CAAAATTGGTG-ATG---CCTAT---TCTT-------AG--AT----A--TATGAATTCATT-ATTCACTAAAT-TGAGTCACAA-TGTCGTTAT-A-TTGG----CAttttaaaa
gi|8 : tactattaaaattggtcacaaCAA--GTTT-GTAAACCAGCGTAATAA-CCCCGG-TAACAGCAG-AGGT-------ACTCATT-G-ATTTTTGTTa
gi|2 : accataattttaatccaaactttacaaaagttggtctcaatatattggcgaatatcgcggc--GTTT-GATAACCAGTCCAATAG-TCCTAC-TAACTTAGG-AGAT---AT-GGTTC-TT-GGATTGCTCAAAAA-GTTG--CAAGATTTATC-ATGT--CCTATT--TTTC-------AAGCTT----ATTT-T-AATCTGGT-CTCTGCCAAACTTG-ATCACAA-TT-----AT-A-TTGG----C-TAGATATCTCAACCCA---GTTCT-ATAACTGG-GCAATA-------GC--------T------C-----C--A---------------A----TA--A--CTC---A--GA---A-----AC--TTCA-CTGAAA-TAA--TGAAGCGCT--AT---TC--TG----TAA--T--CAAGTAAT---TT-AATCT--TTAA--TAATT-A----ATTTCAATCTTTATAAAACTTGG--T--CAGAA-TG--TTTATT-GAA-AAA-AT--GTCTTGGTC-AA---G-TT-TGGCAACT-AGCCAT-TTG--------GTCCAGTAAC--TCTGA-ATTT---AT-ACTCTTGT--ATTG-TTAAAA---ATG--------TACGA-gtaatatctatcattgcaccctctaaaactcgagtaattttattc
gi|9 : ttcaatctttaccaaccttagtcagaatgttaattggcagaatggttgggccaaattACTAGTCCGATAGACATC-G-TAAGTATGA-AGTT---AT-GGCCC-TTTG-ATTGTTT---GA-ATTATGTAGAA---ATATCTCTTCTGTCTCCAACTC-------GA--AT----ACTTTT-AATCAAAT-CTTTACCAAACTTG-GTCACAA-tattgtacccgctctaacttgaggaattttaat
gi|4 : tcaagggtgataatccgCCAATAG-CC-CAGCAAACC-CGG-AATTGCAAT-AGCCC-TT---AGGTTGTTCAAA-ATAT-GCAAAATTAGT------CCCCTCTCTAACTT-------GG--TT----AATGTT-AATCCAAT-GTTCACTAAACTTG-GTTAAAA-TAC----AT-A-TTGA----CAAAAT-ATCTCAACGAA---------ATAATGA--TC------------T--------TG----AC-----C--AAGT----C------TGAATATGAAA--CTT-TAC--GAACCA-----AT--GTTTATTGGAA-T-T--T----AAAT--GT---CCA-TG----Tcattgctatattg
gi|11 : attttctctaagttaagtaacgtcgattcaaattttaccaatcaaaattttatttaaaaaattgtcaaggtcgatttggatcagacaagaaG-CCCCAG-TAGCTCTGG-AGTT---AA-AGCCC-TT-G-GATTGTTTAAAA-ATTG--CAGAAATATTG-ATGACCTCTTTC--TTTA-------AC--TTGTGTAATTTT-AATTCAATCGTT-ATCAAACTTG-GTCACAA-TAT----AC-A-TTGG----C--AAA-ACCTCAACCAA---GTT
gi|14 : ACTACGG-AATT---AT-GGGTC-------TTTGTTTTAAA-CTT--GCAGAAATATTA-ATGCCTTCTGTAAATCTT-------G----T----AGTTTT-AATTC-AT-TTTTACCAAA
gi|5 : agttACTC-TG-G-ATTGTTC--AAA-ATTT-TCAAAATTTGTA--TGTCC------GATTTCTAAAACGAA--TC----CATT-T-AATCAAGT-CTTCACCAAACTTT-GTCACAA-T------AT-A-ATT------ATA------TTGGCCAA---GTT---AT--C----TC--TG-------CT--------TA----GC-----T--C--TGGAGT------TA----TG--G--CCC-T-T--GG---A-----TT--GT---TTAAAA-A-T--TGCAGAAAC--AT---TGA-TAGCCTCTC--T--C------T---TT--AACT--
gi|3 : aagttAAACTGGCA-ATGTCTGCTATCTAGCTC-------GA--CA----AATTAC-A------T-G--CATCAAACTTA-GTGACAAAGG-----AC-A-ATGG----CA--AA-AT--------A---GTTTT-A-AACGGT-TC--TA-----------------TG----GC-----A--A--TCC--T------TG----TA--A---TC-T-TAGGA---A-----CT--AT------ACA-G-T--TACGGTGATTAAC---T---TG----TT------------------TGAAATTT-ACAGAGTAGTTTT----AATCCAATCCTTACCAAACTTGG--T--CAGAA-TC--CCTATTGACC-AGG--T--GTCTATGTTTGA---G-AC-G-ATAATC-AGCCAGATGATTTC---AG-TAACT-----TC-GG-AGTT---ACGGACCTTTG--ATGG-CTAAAC---ATTAAAATTTTTGCAA-A---ACAA-GGCACGCA--T------CCT----GTCT--A--ATACAAG-TT-TTTTAAATCCAAGTATC-ACTAA--------------------G--TTTATTGGCAAACGC-TTT-----AGGTCACATTTTATAATCAGTT-----------TAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT
gi|8 : T----AATTTT-AATCCAAA-CTTTACAAAAGTTG-GTCTCAA-T------AT-A-TTGG----CG-AAT-ATCGCGGCCAA---GTTTG-TAAACCAG-CG--TA-------ATAACCCCGGTA----ACAG---C--A---------------G----AG--GTACTCAT-T--G----------AT--TT---TTG------T--TGT---AAT--ATCTATCATTG----CAC--C--C------T---CTAAAACT--CGAG--TAATTgaca
gi|10 : accaTAT-AATCCAAT-CTTCACCAGACTTG-GTTGCAA-TAT----AT-A-TTGG----CAAAAT-GTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAttattc
gi|7 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagcatttaATCCAGT-TTTCACCAAACTTG-TTCATAG-TG-----TTTG-TTGG----C-CAAA-TACCGAAGCCA---GTTTATATAACCAG-TT--TG-------GA--------TG-----C-----CTTA--T----TGTTAC-TA----TG--G--ACC-TGT--GG---A-----TT--GT---TCTAAA-C-T--TGCA-------AT---TTC-TT----TTC--C--C------C---T----ACT--------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGG--TCACAGTA-TG--TTTacaacccattttaaaa
gi|2 : gTTCAAT-CTTTACCAACCTTA-GTCAGAA-TG-----TT-AATTGG----CAGAAT-GGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAG-TC--CA-------AT--------AGTCCTAC-----T--AACT----TAGGAGATA----TG--G--TTC-T-T--GG---A-----TT--GC---TCAAAAAG-T--TGCA-AGAT--TTA--TCA-TG----TCC--TATT------T---TTCAAGCT--------TATTTTA----A-TCTGGTCTCTGCCAAACTTGA--T--CACAA-T---TATATT-GGCTAGATAT--CTCAA--CC-CA---G-TTCT-ATAACT-GGGCA-ATAGCTCC---A-------ATAACTCAGA-AACT--------TCACTGAAATAA-TGAAGCGCTATTC-------TGTAA---TC----AAGTA-ATT--T------AATC----TTT--A--AT--AAT-TA-ATTTCAATCT-----TT-ATAAAACT---T---GGTCAGAA-TG--TTTATTGA-AAAAATGTCT-----TGGTCA------------AGTTTGGCAACTAGCCATTTGGTCCAGTAACTC-TGA---ATTTATACTCTTGTATTGTTAAAAATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTT
gi|12 : TG-GTTAAAA-TG-----AT---TTTATCAACAGAAT-GTCTGGGTCAA----TTTA-ATAACCAGCTT--TACAACTTCAG--------TA----ACTCTGGC--A--G----T------AA----TG--G--TCC-T-T--AG---A-----AT--GT---TCAAAA-T-T--TGCAAAAtaat
gi|10 : attcaatt----T------TA----TG--G--CTC-T-T--GG---ATCAGTATAAGT---TTGAAA-T-TATTGCGG----------------G----TTT--T---------T---TTGGTGTTTAGCAT--TTAT-AT----AATCCAATCTTCACCAGACTTGG--TTGCAATA-TA----TATT-GGC-AAA-AT--GTCTTGACC-AA---G-TT-TGATAAttgg
gi|9 : ----T------TA----TG--G--CCC-T-T--TG---A-----TT--GT---TTGAAT-T-A--TGTAGAAAT--ATC--TC--------TTC--T--G------T---CTCCAACT--CGAA--TACTTTT----AATCAAATCTTTACCAAACTTGG--T--CAacaacccattttaaaa
gi|14 : tcaagggtgataatccgactagtccgatagacatcgtaagtatgaag----T------TA----TG--G--GTC-T-T--------------T--GT---TTTAAA-C-T--TGCAGAAAT--AT---TAA-TG------C--C--T------T---CTGTAAAT--CTTG--TAGTTTT----AATTC-ATTTTTACCAAAcaacattgctatattg
gi|4 : agttactacggaa----TA--G--CCC-T-T--AG---G-----TT--GT---TCAAAA-T-A--TGCAAAATT--A---------G----TCC--C--C------T---CTCTAACT--------TGGTTAATGTTAATCCAATGTTCACTAAACTTGG--T--TAAAA-TA--CATATT-GAC-AAA-AT--
gi|11 : attttctctaagttaagtaacgtcgattcaaattttaccaatcaaaattttatttaaaaaattgtcaaggtcgatttggatcagacaagaaccaatagcccagcaaacccggaattgcaa--G--CCC-T-T--GG---A-----TT--GT---TTAAAA-A-T--TGCAGAAAT--AT---TGA-TG----ACC--T--C------TTTCTTTAACTT--GT-G--TAATTTT----AATTCAATCGTTATCAAACTTGG--T--CACAA-TA--TACATT-GGC-AAA-AC--CTCAA--CC-AA---G-TT-atctcaacgaaataatgatcttgaccaagtctgaatatgaaactttacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|5 : gccccagtagctctggagttaaa--CTC-T----GG---A-----TT--GT---TCAAAA-T-T--TTCA-AAAT--TT---GTA-TG----TCCGAT--T------T---CTAAAAC---GAAT--CCATTTA----A-TCAAGTCTTCACCAAACTTTG--TCACAATA-TA--ATTAT----------ATTGGCCAAG------------T-T-ATCTCT-GCTTA----GC-------------------TCTGG-AGTT---ATGGCCCTTGG--ATTG-TTTAAA---AAT--------TGCAG-AAACAT-----TG-ATA--G------CCTC--TCTCT--
gi|8 : aagtta--TAATTTT----AATCCAAACTTTACAAAAGTTGGTCT--CAATA-------TATT-GGC--GA-AT--ATCGCGGCC-AA---G-TT-T-GTAAttaact
gi|4 : accaATTCAAATTTTACCAA--------T--CAAAA-T---TTTATT-TAA-AAA-ATT-GTCAAGGTC-GA-----TT-T-GGATCA-GACAAGA----ACCAATAGCCCAGCAAA--CCCGG-AATTGCAATAGCCCTTAG--GTTG-TTCAAA---ATA--------TGCAA-AATTA-----------G--T------CCCC--TCTCT--A--ACTT-GG-TTAATGTTAATCCAA-TGTTCACTAAACT---T---GGTTAAAA-TA--CATATTGACAA-AATATCTCAACGAAATAA------------TGAT-----------C--TTGACCAAG----TC-TGA-ATATGAA-AC--------T-TTACGAA----C--CAATGTaccagcgtaataaccccggtaacagcagaggtactcattgatttttgttgtaatatctatcattgcaccctctaaaactcgagtaattttattc
gi|7 : attttctctaagttaagtaacgtcgATCCAGTTTTCACCAAACTTGT--T--CA-TAGTG--TTTGTT-GGC-CAA-AT--ACCGAAGCC--A---G-TT-T-ATA--T-AACCAGTTTGttattggaatttaaatgtccatgt
gi|15 : gATTCAATCTTTTATGAACTTAG--A--C-----TG--CTTATT-GAC-AAA-AT--ATCGATGCC-GA---G-TT-TGGTAACgatgccttattgttactatggacctgtggattgttctaaacttgcaatttcttttcccctactatccaatctttaccaaacttggtcacagtatgttt
gi|2 : taatgatgtcTTCAATCTTTACCAACCTTAG--T--CAGAA-TG--TTAATT-GGC-AGA-AT--GGTTGGGCC-AAATTG-TT-TGATAACCAGTCCA-ATAGTCCT-----ACTAACTTA-----GG-AGAT---ATGGTTCTTGG--ATTGCTCAAAA---AGT--------TGCAAGATTTAT-----C--ATG--T------CCTA--TTT--------TTCAAGCTT-ATTTTAATCTGGTCTCT-GCCAAACT---------TGATCA-CAATTATATTGGCTA-GATATCT-----CAACCC------------AGTTCTATAACTGGGCAATAGCTCCAATAACTC-AGA-cagc
gi|12 : AATTTGG--T--TAAAA-TGATTTTATC-AAC-AGA-AT--GTCTGGGTC-AA---T-TT-A-ATAAC-----CAGCTT-TACA---ACTTCAGTAAC--TCTGGCAGTA---ATGGTCCTTAG--AATG-TTCAAA---ATT--------TGCAA-AATaacttcactgaaataatgaagcgctattctgtaatcaagtaatttaatctttaataattaatttcaatctttataaaacttggtcagaatgtttattgaaaaaatgtcttggtcaagtttggcaactagccatttggtccagtaactctgaatttatactcttgtattgttaaaaatgtacgatattgtacccgctctaacttgaggaattttaat
gi|13 : attcTGG--T-----TA-TG--TTTACT-GGC-AGA-AT--GCCTAGCTC-GA---GTTT-T-GTAACC-AGCAAGGT--CACC------C-AGTG-A--CTTAA-AATT---ACTGATTTTCA--GTTT-TTCATC---ATT--------TGCGA-Atgg
gi|9 : AAGTAT------GA-AGTT---ATGGCCCTTTG--ATTG-TTTGA----ATTA-------TGTAG-A-----------A-ATATCT------CTTC--TGTCTCCA--ACTCGAA-TA-CTTTTAATCAAATCTTT-ACCAAACT
gi|11 : tcaagggtgataatccgactagtccgatagacatcgtAGTAGC--TCTGG-AGTT---AAAGCCCTTGG--ATTG-TTTAAA---AAT--------TGCAG-A-----------A-ATA--TTGATGACCTC--TTTCTTTA--ACTTGTG-TA-ATTTTAATTCAATCGTT-ATCAAACT-----T-GGTCACAA-TA--TACATTGGCAA-AA--CCT-----CAACCA------------AGTT-----------tggtcacaacattgctatattg
gi|14 : gccccGG-AATT---ATGGGTCTTTG---TT--TTAAAC-----T--------TGCAG-A-----AATATTA-ATG--C------CTTC--TGT----A--AATCTTG-TA-GTTTTAATTCATTT-TT-ACCAAA
gi|10 : agttactacTT---ATGGCTCTTGG--ATCA-GTATAA---GTT--------TG--A-AATTATTGCGG---GTT--T------TTTTGGTGTTT--AGCATTTA----T-AT---AATCCAATCTTC-ACCAGACT-----TGGTTG--CAATA--TATATTGGCAA-AATGTCT-----TGACCA------------AGTT-----------
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATAGTGTAATCCAATCTAAATCAGACTTTGTTGGTCATAATATATAATGGCAAAATGT
Unaligned ( gi|17 ): CCAACATGAGACTTTGTGACAATGTATATTTGACAAAATGTCTCGACCCAGTCCGATAA
Unaligned ( gi|18 ): AGATCTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCCATGTCTCGGTAACTTTGGAGTTATACTTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11 11 444444444 1 22222222 222222 111 111 8888888888888888888888888888888 1111 11111 11 222222222 333333 111111 111 444444444444444444 111111 555555555555555555 11111 5555555555555555 111111 1111111 1111 22222222 1 2222 2 111111 1 11 11
lowQualScore : 5 6 33 11 8 1 3 8 3 2 77 9999 4 22 7 44 77 3 6666 1 666666666 0 22222222 1 5 777777 5 66 1 9999 1 000 000 9 6666666666666666666666666666666 0000 5 1 3 22222 00 5 444 000000000 0 5 2 66 5 8 222222 0 0 333333 222 5 5 5 1 4 1 5 66 888 5 1 888888888888888888 5 66 999999 5 777 66 2 66 2 222222 2 66 66 2 777777777777777777 1 00000 66666 1 9999 5 1 2222222222222222 4 9999 4 5 444444 11 8888888 1 0000 44444444 111 0 0 5555 22 3 888888 5 33 2 88 1 3 2 2
lowQualScore : . . .. .. . . . . . . .. .... . .. . .. .. . .... . ......... . ........ . . ...... . .. . .... . ... ... . ............................... .... . . . ..... .. . ... ......... . . . .. . . ...... . . ...... ... . . . . . . . .. ... . . .................. . .. ...... . ... .. . .. . ...... . .. .. . .................. . ..... ..... . .... . . ................ . .... . . ...... .. ....... . .... ........ ... . . .... .. . ...... . .. . .. . . . .
lowQualScore : 0 0 88 00 0 4 2 2 2 0 00 3333 7 00 0 33 77 2 2222 0 000000000 8 22222222 4 0 000000 0 11 0 6666 4 000 333 0 0000000000000000000000000000000 4444 7 7 0 11111 33 7 333 666666666 7 7 1 99 4 6 000000 3 1 666666 555 7 7 7 0 3 4 7 44 999 0 7 000000000000000000 0 99 444444 0 888 11 6 11 6 888888 2 11 11 2 777777777777777777 0 11111 44444 0 2222 0 0 1111111111111111 4 4444 4 0 444444 55 6666666 4 1111 22222222 666 0 2 0000 00 7 555555 0 00 5 00 0 0 5 5
consensus : ATGCTTTCATCTGTC--TTGATCAA--GTTT-GATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCT-ATCTC-GACGAAT---TT---TAATCCAATCTTCACCAAACTTGGTCACAA-TGT----ATA-TTGGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCTAATTG----A--CC----A--TT------TATGGC---CCT-TGGANTGTTC---GAAA-CT-TGCAGAAAT----AT---TCA-TGTCCT--CTCTGAAACTT----AGTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAGNATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCCAGA-T-GCNNCAG-C----C-A--GTAANT---CTGG-AGTT---ATG--GCCCTTNGATT--GTTNAA------AATTT--GCAA--AATTA------TA-ATGTCC---TCTNTC--T--AAC-TCGAGTAATTT---TAATC-CAATCTTCACCAAACTT-------GG-TCACA-ATA----TATATT-GGCAA-A------ATGTCTC-------GACCAAGTT---CGA--------TNANCCC-AGTAACTCTG-A-TATTNA-ACTCTTGTATTGTTGNNAATNTGCGACANTGTNCCCGCTCTAGCTTGAGNAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGATTTTATCTGTC--TTGATCAA--GTTT-GATAACCAGCCCAATAGCCCCAGTAACTNCGGAGTTAT-GGCCCTTGANTTTTTT-AAAATTNGCAAAATTGGTAATGTCCCCTNTC--ATCTC-GATTAAT---TT---TAATCCAATCTTCACCAAACTTGGTCACAA-TG-----ATA-TTGGCANAANATCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCGGTCTAATTG----A--CC----A--TT------TATGGC---CCT-TGGANTGTTC---GAAA-TT-TGCAGAAAT----AT---TCA-TGTCCT--CTCTNAAACTNN---AGTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAANATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNAGGCC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCCAGA-T-GCNCCAG-C----C-A--GTANAT---CTGG-AGTT---ATG--GCCCTTNGATT--GTTNAA------AATTT--GCAA--AATTA------TA-ATGTCC---TCTNTC--T--AAC-TCGAGTNATTT---TAATC-CAATCNTTACCAAAC-T-------GG-TNA-A-ATA----TATATT-GGCAA-A------ATGTCTC-------GACCAAGTT---CAA--------TNGNCCC-AGTAACTCTG-A-TATNNATACTCTTGTATTGTTACGAATGTACGACANTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTC--TTGATCAA--GTTT-GTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCG-ATCTC-AATTAAT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAA-TG-----ATA-TTTGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTG----A--CC----A--TT------TGTGGC---TCT-TGAAATGTTT---GAAA-TT-TGCAGAAAT----AT---TCA-TGTTCC--CTTTGAAACTGC---AGTAATTAAAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAGTATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATT-GCACCAGAC----A-A--GTATAT---CTGA-AGTT---ATG--GCTCTTTGATT--ATTAAA------CATTT--GCAA--AGTCACAAAGGCA-ATATCC---TCTGTC--T--AAT-TCAAGTTATTT---AAATC-CACTTGTTACCAAAC-TACATGTAGG-TGA-GCATG----TATATT-GGCAACA------AT-TCTA-------GGTCAAGTT---CAG--------TTGCCCC-AGTAACTCTG-ATTATTCA-AC------ATT-TTGCCAATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : TT---ATG--GCTCTTGGATC--AGTATA------AGTTT--G--A--AATTA------T---TG--CGGGTTTTTT--T--GGTGTTTAG-CATTTATATAATC-CAATCTTCACCAGAC-TT------GG-TTGCA-ATA----TATATT-GGCAA-A------ATGTCTT-------GACCAAGTT---TGA--------TAAACaa
gi|10 : AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAA-TAT----ATA-TTGGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAaacccattttaaaa
gi|10 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagcTGTC--TTGACCAA--GTTT-GATAAACAACCCAacaacccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagcatttatataatccaatcttcaccagacttggttgcaatatatattggcaaaa-C----C-A--GTAGCT---CTGG-AGTT---AAA--GCCCTTGGATT--GTTTAA------AAATT--GCAG--AAATAT-----TG-ATGACC---TCTTTCTTT--AAC-TTGTGTAATTT---TAATT-CAATCGTTATCAAACTT-------GG-TCACA-ATA----TACATT-GGCAA-A------A--CCTC-------AACCAAGTT---ttttaaaa
gi|12 : gccAATTTGGT--TAAAATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTGGGTC-AAT-TT-A-ATAA-CCAGCT-------TTACAA-CTT--C-A--GTAACT---CTGGCAGTA---ATG--GTCCTTAGAAT--GTTCAA------AATTT--GCAA--AATT
gi|13 : attcTGGT-----TATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTAGCTC-GAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T-----CAC-C----C-A--GT-GAC---TTAA-AATT---ACT--GATTTTCAGTT--TTTCAT------CATTT--GCGA--Agg
gi|14 : T------TATGGG---TCT-T----TGTTT---TAAA-CT-TGCAGAAAT----AT---TAA-TGCCTT--CTGTAAATCTT-----GTAGTTTTAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTTAGA--C----TG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGATGCC-GAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtc---TAATC-CAATCTAAATCAGAC-TTTGTT--GG-TCATA-ATA----TATAAT-GGCAA-A------ATGT
gi|17 : tatagtgG-TGACA-ATG----TATATTTGACAA-A------ATGTCTC-------GACCCAGTC---CGA--------T
gi|18 : ccaacatgagactttTC--TTGGCCAA--GTTG-GATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-aa
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAA-TG-----TTAATTGGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTCCTA--CT----AACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTC---AAAAAGT-TGCA-AGAT----TTA--TCA-TGTCCTATTTTTCAAGCTT--------ATTTTAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGAT--CACAAT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA--CC-CAG-TTCT-ATAA-CTGGGCA-A-TAGCTCCAA-TAACTC-A--GAAACTTCACTGA-AATA---ATGAAGCGCT---ATTCTGT----------AAT-----CAAGTAATT-------TA-AT--------CTTT-------------AATAATT-----AATTTCAATCTTTATAAAAC-TT------GG-TCAGA-ATG----TTTATT-GAAAA-A------ATGTCTT-------GGTCAAGTTTGGCAACTAGCCATTTGGTCC-AGTAACTCTG-A--ATTTATACTCTTGTATTGTTAAAAATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCT-AGCTC-GACAAAT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAGG-----ACA-ATGGCAAAATA-------------GTTT---TAAACGGT-----------------------TC------TATGGCAATCCT-TGTAATCTTA---GGAA-CTATACAGTTACGGTGAT---TAA----CTT--GTTTGAAATTTACAGAGTAGTTTTAATCCAATCCTTACCAAACTTGGT--CAGAATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-T-GATTT--------C-A--GTAACT---TCGG-AGTT---ACG--GACCTTTGATG--GCTAAACATTAAAATTTTTGCAA--AACAA------GGCACGCAT---CCTGTC--T--AAT-ACAAGTTTTTT---AAATC-CAAGTATCACTAA------------G-TT-------------TATT-GGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATC-AGTT---TAA--------TAACCTC-AGTCATTCTtaat
gi|3 : GGTCAC--ATTT-TATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaT--CTCT--AAGTTA---AGTAACGTCGATTCAAATTTTACCAA------T--CAAAAT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAAGGTC-GA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-A-CCAATAG-C----CCA--GCAAAC---CCGG-AATTGCAATA--GCCCTTAGGTT--GTTCAA------AATAT--GCAA--AATTA-----------GTCC---CCTCTC--T--AAC-TTGGTTAATGT---TAATC-CAATGTTCACTAAACTT-------GGTTAA-A-ATA----CATATT-GACAA-A------ATATCTC-------AACGAAAT-----AA--------TGATCTTGACCAAGTCTGAA-TATGAA-ACTTTa
gi|5 : atttAGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTAA-----AACGAATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAA-T------ATA-AT-------TATATTGGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTA----G--CTCTGGA--GT------TATGGC---CCT-TGGATTGTTT---AAAA-AT-TGCAGAAAC----AT---TGA-TAGCCT--CTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTGTCAATTGATAGAATGTCTAGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATG---CCTAT----TCTTAGAT--AT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAA-TGTCGTTATA-TTGGCActttaact
gi|7 : tactattaaaattggtcacaaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAG-TGT----TTG-TTGGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATG-------CCTT--A--TTGTTAC-TATGGA---CCTGTGGATTGTTC---TAAA-CT-TGC---AAT-----T---TCT-TTTCCC--CT-----ACT---------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTTa
gi|8 : gTAAT---TT---TAATCCAAACTTTACAAAAGTTGGTCTCAA-T------ATA-TTGGC-GAATATCGCGGCCAA---GTTTG-TAAACCAGCGTAA-TA----ACCCC----G--GT------AACAGC---A----GAGGTACTCATTGATT-TT-TGTTGTAAT----ATCTATCATTGCACC--CTCTAAAACTCG---AGTAATTTTATTC
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--T-CCGATAG-A----C-ATCGTAAGT---ATGA-AGTT---ATG--GCCCTTTGATT--GTTTGA------ATTAT--GTAG--AA--A------TA--TCTCT---TCTGTC--TCCAAC-TCGAATACTTT---TAATC-AAATCTTTACCAAACTT-------GG-TCACA-ACATTGCTATATT-G
Alignments
lowQualScore : 11 11 1 1111 1 1111 333333333 1111111 22222 111 11 88888888888888888888888888888 111 111 11111 111 333333333333333333 111 111 4444444444444444444 1111 111111 55555555555555555 11 1111 44444444444444444444444444444444 33333333333333333333 1 33
lowQualScore : 88 33 0 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 7 999 1111 66666 8 000000000 3 0 5555555 0 0 11111 3 111 11 1 1 00000000000000000000000000000 000 5 3 555 1 5 55 99999 5 66 1 66 222 1 333333333333333333 888 22 111 5 5 5 1 2 5 5 111 4 0 4444444444444444444 5 66 1 0000 5 888 66 2 66 2 444444 3 66 66 33333333333333333 1 88 5 0 3 0 777 7777 0 0 9999 8 5 6 1 66666666666666666666666666666666 8 8 33333333333333333333 6 22 3 1 0 00 1 1 6 0 1
lowQualScore : .. .. . . .... . . .. . . . . . ... .... ..... . ......... . . ....... . . ..... . ... .. . . ............................. ... . . ... . . .. ..... . .. . .. ... . .................. ... .. ... . . . . . . . ... . . ................... . .. . .... . ... .. . .. . ...... . .. .. ................. . .. . . . . ... .... . . .... . . . . ................................ . . .................... . .. . . . .. . . . . .
lowQualScore : 33 88 0 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 0 222 8888 00000 0 888888888 0 4 9999999 7 3 22222 2 777 88 0 7 22222222222222222222222222222 000 7 0 000 7 7 77 66666 7 44 4 99 222 1 777777777777777777 000 99 888 0 0 0 0 5 0 0 111 4 2 5555555555555555555 0 99 0 1111 0 888 99 8 99 8 444444 6 99 99 11111111111111111 0 33 0 2 1 2 888 2222 1 1 4444 9 0 5 4 00000000000000000000000000000000 0 0 99999999999999999999 7 00 3 0 7 33 0 0 7 7 0
consensus : ATGCTTTCATCTGTC--TTGGTCAA--GTTT-GATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATTGGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTG----ACC-T--A--TT------TATGGC---CCT-TGGATTGTTN-NAAACT-TGCAGAAAT----AT-T-CATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAGAATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCCAGA-T-GCNNCAG----C--C-A--GTAACT---CTGG-AGTT---ACG--GCCCTTNGAT--TGTTCAA------AATTT--GCAA--AATTA------T-A-ATGTCCTCTNTCT--AACTCGAGTAATTTTAA-TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATT-GGCAA-AATGTCTCGGCCAAGTT---CG------------ATNACC--------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTC--TTGATCAA--GTTT-GATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCGACGA-AT---TT---TAATCCAATCTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATTGGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCTAATTG----ACC----A--TT------TATGGC---CCT-TGGANTGTTC-GAAACT-TGCAGAAAT----AT-T-CATGTCC--TCTCTGAAACT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAGNATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCCAGA-T-GCNNCAG----C--C-A--GTAANT---CTGG-AGTT---ATG--GCCCTTNGAT--TGTTNAA------AATTT--GCAA--AATTA------T-A-ATGTCCTCTNTCT--AACTCGAGTAATTTTAA-TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATT-GGCAA-AATGTCTCGACCAAGTT---CG------------ATNANC--------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNNA-ATNTGCGACANTGTNCCCGCTCTAGCTTGAGNAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTC--TTGATCAA--GTTT-GTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATTTGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTG----ACC----A--TT------TGTGGC---TCT-TGAAATGTTT-GAAATT-TGCAGAAAT----AT-T-CATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTA---AAATCCAATCTTTACCAAACTTGGT--CAGTATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATT-GCACCAGA---C--A-A--GTATAT---CTGA-AGTT---ATG--GCTCTTTGAT--TATTAAA------CATTT--GCAA--AGTCACAAAGGC-A-ATATCCTCTGTCT--AATTCAAGTTATTTAAA-TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATT-GGCAACAAT-TCTAGGTCAAGTT---CA------------GTTGCC--------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : T------TATGGC---TCT-TGGATCAGTA-TAAGTT-TG---AAATT---AT-TGCGGGTTT--TTT-TGGTGTT-TA----GCA-TTTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGT--TGCAATA--TATATTGGC-AAA-AT-GTCTTGACC-AAG-TT-TGATAA-ACAACCaa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATATTGGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAACAACCCATTTcattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc----C--C-A--GTAGCT---CTGG-AGTT---AAA--GCCCTTGGAT--TGTTTAA------AAATT--GCAG--AAATA------TTG-ATGACCTCTTTCTTTAACTTGTGTAATTTTAA-TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATT-GGCAA-AA--CCTCAACCAAGTT---taaaa
gi|12 : gccAATTTGGT--TAAAATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTGGGTC-AAT-TT-A-ATAA-CCAGCT-------TTACAA----CTTC-A--GTAACT---CTGGCAGTA---ATG--GTCCTTAGAA--TGTTCAA------AATTT--GCAA--AATT
gi|13 : attcTGGT-----TATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTAGCTC-GAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T-----CAC----C--C-A--GTGACT----TAA-AATT---ACT--GATTTTCAGT--TTTTCAT------CATTT--GCGA--Agg
gi|14 : T------TATGGG---TCT-T----TGTTT-TAAACT-TGCAGAAAT----AT-T-AATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTT---TAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT------AGACTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGATGCC-GAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtcTAA-TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAAT-GGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACT---T----TGTGACAATG----TATATTTGACAA-AATGTCTCGACCCAGTC---CG------------ATAA
gi|18 : ccaacatgTC--TTGGCCAA--GTTG-GATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATTGGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTCCTACT----AACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTAT-CATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTT---TAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGAT--CACAAT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA--CC-CAG-TTCT-ATAA-CTGGGCA-A-TAGCTCCAATAACT--C-A--GAAACTTCACTGA-AATA---ATGAAGCGCT---ATTCTGT----------AAT-----CAAGTAATT-------T-A-A-----TCTTT----------AATAA--TTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATT-GAAAA-AATGTCTTGGTCAAGTTTGGCA------------ACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAATGGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGT---------------------TC------TATGGCAATCCT-TGTAATCTTA-GGAACTATACAGTTACGGTGAT-T-AA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTT---TAATCCAATCCTTACCAAACTTGGT--CAGAATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-T-GATTT---------C-A--GTAACT---TCGG-AGTT---ACG--GACCTTTGAT--GGCTAAACATTAAAATTTTTGCAA--AACAA------G-GCACGCATCCTGTCT--AATACAAGTTTTTTAAA-TCCAAGTATCACTAAGTT---T----ATTGGCAA-A----CGCTTTAGGTCA-CATTTTATAATC-AGTT---TA------------ATAACC--------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCAC--ATTT-TATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgcttta--TCTCT-AAGTT-AA----GTAACGT---CGATTCAAATTTTACCAA------T--CAAAAT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAAGGTC-GA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-A-CCAATAG----C--CCA--GCAAAC---CCGG-AATTGCAATA--GCCCTTAGGT--TGTTCAA------AATAT--GCAA--AATTA------------GTCCCCTCTCT--AACTTGGTTAATGTTAA-TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATT-GACAA-AATATCTCAACGAAAT-----A------------ATGATC--------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : atttAGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGT-ATGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT------ATA--TTGGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTA----GCTCTGGA--GT------TATGGC---CCT-TGGATTGTTT-AAAAAT-TGCAGAAAC----AT-T-GATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTGTCAATTGATAGAATGTCTAGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATTGGCAActttaact
gi|7 : tactattaaaattggtcacaaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTTGGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATG-----CCTT--A--TTGTTAC-TATGGA---CCTGTGGATTGTTC-TAAACT-TGC---AAT-----T-T-CTTTTCC--CCT-----ACT-------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAATTTTAA-TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCAATA----TAT--T-GGCGA-A-TATCGCGGCCAAGTT---TGTAAACCAGCGTAATAACC--------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--T-CCGATAG----A--C-ATCGTAAGT---ATGA-AGTT---ATG--GCCCTTTGAT--TGTTTGA------ATTAT--GTAG--AA--A------T-A--TCTCTTCTGTCTCCAACTCGAATACTTTTAA-TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATT-Gtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 333333333 11111 11111 111 77777777777777777777777777 1111 11111 111 3333333 111 1111111 44444444444444444444 111111 111111 44444444444444444 11 111111 111111 11111111 22222222 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 7 999 1111 0 333 8 000000000 1 2 00000 2 5 11111 0 4 000 888 1 1 55555555555555555555555555 2222 6 1 3 6 22 1 6 2 77777 6 2 3 77 333 2 8888888 1 0 3 66 000 5 5 5 1 2 5 0000000 4 77777777777777777777 4 66 0 4 222222 2 111111 0 55 1 666 33333333333333333 9999 1 33 222222 2 222222 777 44444444 00000000 1 7777 4 666 1 3333333333333333333333333333333333333333333333 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ......... . . ..... . . ..... . . ... ... . . .......................... .... . . . . .. . . . ..... . . . .. ... . ....... . . . .. ... . . . . . . ....... . .................... . .. . . ...... . ...... . .. . ... ................. .... . .. ...... . ...... ... ........ ........ . .... . ... . .............................................. . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 0 222 8888 2 888 0 888888888 0 2 88888 2 0 33333 4 9 000 999 0 7 99999999999999999999999999 7777 7 0 7 7 00 0 7 5 77777 7 5 0 99 666 2 2222222 8 1 4 11 000 0 0 0 0 5 0 3333333 4 77777777777777777777 4 11 1 4 222222 4 555555 1 55 6 666 99999999999999999 0000 0 88 999999 1 888888 000 55555555 88888888 6 0000 4 888 7 8888888888888888888888888888888888888888888888 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGTT------CAAAATTT--GCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG------------ATAAC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGAC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CCGGCCAGA-TGCNNCAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGTT------CAAAATTT--GCAAAATT-A------T----A-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTCG------------ATNAC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATT-TGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTAAAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAAGGTC-GAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTATT------AAACATTT--GCAAAGTC-ACAAAGGC----A-ATATCCT-C--TGTCT--AATTCAAGTTAT------TT---AAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTCA------------GTTGC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : TTAT-G---GCTCTTGGATCAGT------ATAAGTTT--G--AAATT-A------TTGCGG-GTTTTTT-TGGTGTTT--AGC-------AT------TTATATAA--------TCCAATCTTCACCAGACT---T----GGTTGCAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTTGACCA------------AGTTTG------------ATAAaa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATATT-GGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAACAACCCATTTacaacccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc--C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGTT------TAAAAATT--GCAGAAAT-A------TT---G-ATGACCT-C--TTTCTTTAACTTGTGTAAT------TT---TAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTtaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTGGGTC-AAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGTT------CAAAATTT--GCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTAGCTC-GAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTTT------CATCATTT--GCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTTTAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGATGCC-GAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtc---TAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAATGTCTCGACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATT-GGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTTTAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA--CC-CAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------TT------CA----CT--G--AAATA-A------T----G-AAGCGCTAT--TCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTT---TAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTG------------GCAACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAAT-GGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTTTAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGATTT-------C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G----GCACGCATC-C--TGTCT--AATACAAGTTTT------TT---AAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTTA------------ATAAC-----------CTC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGTCGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAAGGTC-GA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGTT------CAAAATAT--GCAAAATT-A---------------GTCCC-C--TCTCT--AACTTGGTTAAT------GT---TAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--A------------ATGAT-----------CTTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGT-ATGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT-------ATA--TTGGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTAGGT-------------AA-TCA---AAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGTT------CAAAATGT--TCAAAATTGG------T----G-ATG-CCT-A--TTCTT--AGAT------AT------AT---GAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATT-GGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTT-GGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT----------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TT---TAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCAATA----TAT--TGGCGA-A-TATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAATAAC-----------CCC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGTT------TGAATTAT--GTAGAA---A------T----A--TCTCTT-C--TGTCTCCAACTCGAATACT------TT---TAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 333333333 11111 11 111 66666666666666666666666666 111 11111 333333333333333333 111 444444444444444444444 11111 111111 33333333333333 11 111111 11111111 22222222 1111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 8 000000000 1 2 00000 2 5 1 11 0 4 000 888 1 1 33333333333333333333333333 000 5 1 5 22 1 5 55 99999 5 1 333 66 8 3 1 333333333333333333 1 55 999 4 4 4 1 4 0 55 111 4 222222222222222222222 4 66 0 4 44444 0 2 222222 66 1 77777777777777 0 6 5 1 55 5 222 0 444444 66666666 1 0 44444444 2 8888 5 111 1 2222222222222222222222222222222222222222222222 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ......... . . ..... . . . .. . . ... ... . . .......................... ... . . . .. . . .. ..... . . ... .. . . . .................. . .. ... . . . . . . .. ... . ..................... . .. . . ..... . . ...... .. . .............. . . . . .. . ... . ...... ........ . . ........ . .... . ... . .............................................. . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888888 0 2 88888 2 0 7 44 4 9 000 999 0 7 44444444444444444444444444 000 7 9 7 00 7 7 77 66666 7 0 444 99 1 0 1 777777777777777777 0 55 666 4 4 4 0 4 1 66 777 0 555555555555555555555 4 11 1 4 11111 1 6 888888 11 1 22222222222222 3 0 7 0 77 3 444 5 444444 11111111 7 9 11111111 9 9999 0 777 0 0000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTA------------ATAAC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG------------ATAAC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATT-TGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTA---AAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC-A-ATATCCT-CTGTCT--AATTCAAGTTAT------TTAAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTCA------------GTTGC-----------CCC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : T-----------TATGGC---TCT-TGGATCA-GTATAAGTT-TG---AAATT---AT-TGCGGGTT--TTTTTGGTGTT-TA----GCA-TTTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCA--ATA--TATATTGGC-AAA-AT-GTCTT-GACCAAG-TT-TGATAA-aa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATATT-GGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAACAACCCATTTacaacccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc--C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TTG-ATGACCT-CTTTCTTTAACTTGTGTAAT------TTTAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTtaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTT---TAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtcTAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAATGTCTCGACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATT-GGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTT---TAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T-G-AAGCGCTATTCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTTTAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTG------------GCAACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAAT-GGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTT---TAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G-GCACGCATC-CTGTCT--AATACAAGTTTT------TTAAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTTA------------ATAAC-----------CTC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGT---CGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A------------GTCCC-CTCTCT--AACTTGGTTAAT------GTTAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AA--TA------------ATGAT-----------CTTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT-------ATATT--GGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T-G-ATG-CCT-ATTCTT--AGAT------AT------ATGAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATT-GGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTT-GGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT-------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TTTAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCAATA----TAT--TGGCGA-A-TATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAATAAC-----------CCC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T---ATCTCTT-CTGTCTCCAACTCGAATACT------TTTAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 333333333 11111 11 111 66666666666666666666666666 111 11111 333333333333333333 111 444444444444444444444 11111 111111 33333333333333 11 111111 11111111 22222222 1111 111 66666666666666666666666666666 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 8 000000000 1 2 00000 2 5 1 11 0 4 000 888 1 1 33333333333333333333333333 000 5 1 5 22 1 5 55 99999 5 1 333 66 8 3 0 333333333333333333 1 55 999 4 4 4 1 4 0 55 111 4 222222222222222222222 4 66 0 4 44444 0 2 222222 66 1 77777777777777 0 6 5 1 55 5 222 0 444444 66666666 0 44444444 2 8888 5 111 1 11111111111111111111111111111 8 6666666 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ......... . . ..... . . . .. . . ... ... . . .......................... ... . . . .. . . .. ..... . . ... .. . . . .................. . .. ... . . . . . . .. ... . ..................... . .. . . ..... . . ...... .. . .............. . . . . .. . ... . ...... ........ . ........ . .... . ... . ............................. . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888888 0 2 88888 2 0 7 44 4 9 000 999 0 7 44444444444444444444444444 000 7 9 7 00 7 7 77 66666 7 0 444 99 1 0 4 777777777777777777 0 55 666 4 4 4 0 4 1 66 777 0 555555555555555555555 4 11 1 4 11111 1 6 888888 11 1 22222222222222 3 0 7 0 77 3 444 5 444444 11111111 9 11111111 9 9999 0 777 0 00000000000000000000000000000 0 0000000 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTT------------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATT-TGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTA---AAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC-A-ATATCCT-CTGTCT--AATTCAAGTTAT------TTAAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : T-----------TATGGC---TCT-TGGATCA-GTATAAGTT-TG---AAATT---AT-TGCGGGTT--TTTTTGGTGTT-TA----GCA-TTTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCA--ATA--TATATTGGC-AAA-AT-GTCTT-GACCAAG-TT-TGATAA-aa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATATT-GGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAACAACCCATTTacaacccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc--C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TTG-ATGACCT-CTTTCTTTAACTTGTGTAAT------TTTAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTtaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTT---TAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtcTAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAATGTCTCGACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATT-GGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTT---TAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T-G-AAGCGCTATTCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTTTAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAAT-GGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTT---TAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G-GCACGCATC-CTGTCT--AATACAAGTTTT------TTAAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGT---CGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A------------GTCCC-CTCTCT--AACTTGGTTAAT------GTTAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AA--T------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT-------ATATT--GGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T-G-ATG-CCT-ATTCTT--AGAT------AT------ATGAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATT-GGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTT-GGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT-------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TTTAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCAATA----TAT--TGGCGA-A-TATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T---ATCTCTT-CTGTCTCCAACTCGAATACT------TTTAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 333333333 11111 11 111 77777777777777777777777777 1111 11111 111 3333333 111 1111111 444444444444444444444 111111 111111 3333333333333 11 111111 111111 11111111 22222222 1111 222222222222 666666666666 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 8 000000000 1 2 00000 2 5 1 11 0 4 000 888 1 1 00000000000000000000000000 2222 6 1 3 6 22 1 6 2 77777 6 1 3 77 333 2 8888888 1 0 1 66 000 5 5 5 1 5 0000000 4 222222222222222222222 4 66 0 4 222222 2 111111 55 0 1 666 8888888888888 4 9999 1 33 222222 2 222222 777 44444444 00000000 1 7777 4 66 1 999999999999 333333333333 6 1111111 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ......... . . ..... . . . .. . . ... ... . . .......................... .... . . . . .. . . . ..... . . . .. ... . ....... . . . .. ... . . . . . ....... . ..................... . .. . . ...... . ...... .. . . ... ............. . .... . .. ...... . ...... ... ........ ........ . .... . .. . ............ ............ . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888888 0 2 88888 2 0 7 44 4 9 000 999 0 7 99999999999999999999999999 7777 7 0 7 7 00 0 7 5 77777 7 0 0 99 666 2 2222222 8 1 0 11 000 0 0 0 0 0 3333333 4 555555555555555555555 4 11 1 4 222222 4 555555 55 1 6 666 4444444444444 1 0000 0 88 999999 1 888888 000 55555555 88888888 6 0000 4 66 7 333333333333 333333333333 7 7777777 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATT-TGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTAAAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC----A-ATATCCT-C--TGTCT--AATTCAAGTTAT------TT---AAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : TTAT-G---GCTCTTGGATCAG------TATAAG--TTTG--AAATT-A------TTGCGG-GTTTTTT-TGGTGTTT--AGC-------AT------TTATATAA--------TCCAATCTTCACCAGACT---T----GGTTGCAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTTGACCA------------AGTTTGATA--------AA-CAACC-------Caa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATATT-GGCAAAATGTCTTGACCAA---GTTTG-ATAAACAACCCATTTattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc--C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TT---G-ATGACCT-C--TTTCTTTAACTTGTGTAAT------TT---TAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTtaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTTTAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtc---TAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAATGTCTCGACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATT-GGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTTTAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T----G-AAGCGCTAT--TCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTT---TAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAAT-GGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTTTAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G----GCACGCATC-C--TGTCT--AATACAAGTTTT------TT---AAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGTCGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A---------------GTCCC-C--TCTCT--AACTTGGTTAAT------GT---TAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT-------ATATT--GGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T----G-ATG-CCT-A--TTCTT--AGAT------AT------AT---GAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATT-GGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTT-GGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT----------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TT---TAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCA--A----TATATTGGC-G-AATATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T------ATCTCTT-C--TGTCTCCAACTCGAATACT------TT---TAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 1 222222 1111111 11111 111 111 77777777777777777777777777 1111 11111 111 3333333 111 1111111 444444444444444444444 111111 111111 3333333333333 11 111111 111111 11111111 22222222 1111 222222222222 666666666666 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 0 777777 0 1 4 5555555 66 0 88888 7 111 333 3 44444444444444444444444444 2222 6 1 3 6 22 1 6 2 77777 6 1 3 77 333 0 8888888 1 0 1 66 000 5 5 5 1 5 0000000 4 222222222222222222222 4 66 0 4 222222 2 111111 55 0 1 666 8888888888888 4 9999 1 33 222222 2 222222 777 44444444 0 00000000 1 7777 4 66 1 999999999999 333333333333 6 1111111 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ...... . . . ....... .. . ..... . ... ... . .......................... .... . . . . .. . . . ..... . . . .. ... . ....... . . . .. ... . . . . . ....... . ..................... . .. . . ...... . ...... .. . . ... ............. . .... . .. ...... . ...... ... ........ . ........ . .... . .. . ............ ............ . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888 3 0 0 9999999 44 3 55555 2 777 555 8 77777777777777777777777777 7777 7 0 7 7 00 0 7 5 77777 7 0 0 99 666 3 2222222 8 1 0 11 000 0 0 0 0 0 3333333 4 555555555555555555555 4 11 1 4 222222 4 555555 55 1 6 666 4444444444444 1 0000 0 88 999999 1 888888 000 55555555 5 88888888 6 0000 4 66 7 333333333333 333333333333 7 7777777 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCT-GGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATATT-GGCAAAATGTCTCGGCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGNTTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TATAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATATT-TGCATAAAGTCTCAACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTAAAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC----A-ATATCCT-C--TGTCT--AATTCAAGTTAT------TT---AAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : TTAT-G---GCTCTTGGATCAG------TATAAG--TTTG--AAATT-A------TTGCGG-GTTTTTT-TGGTGTTT--AGC-------AT------TTATATAA--------TCCAATCTTCACCAGACT---T----GGTTGCAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTTGACCA------------AGTTTGATA--------AA-CAACC-------Caa
gi|11 : --C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TT---G-ATGACCT-C--TTTCTTTAACTTGTGTAAT------TT---TAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTattttaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTTTAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtc---TAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAATGTCTCGACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAATT-GGCAGAATGGTTGGGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTTTAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T----G-AAGCGCTAT--TCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTT---TAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T--------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACAAT-GGCAAAAT----------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTTTAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G----GCACGCATC-C--TGTCT--AATACAAGTTTT------TT---AAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGTCGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A---------------GTCCC-C--TCTCT--AACTTGGTTAAT------GT---TAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATTTAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-ATT-------ATATT--GGCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T----G-ATG-CCT-A--TTCTT--AGAT------AT------AT---GAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---ATGAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATATT-GGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTGTT-GGCCAAATACCGAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT----------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TT---TAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCA--A----TATATTGGC-G-AATATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T------ATCTCTT-C--TGTCTCCAACTCGAATACT------TT---TAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 333333333 11111 33333333333 111 66666666666666666666666666 111 11111 333333333333333333 111 444444444444444444444 11111 111111 33333333333333 11 111111 11111111 22222222 1111 11 77777777777777777777777777777 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 8 000000000 1 1 00000 2 5 33333333333 4 000 888 1 1 77777777777777777777777777 000 5 1 5 22 1 5 55 99999 5 1 333 66 8 3 1 333333333333333333 1 55 999 4 4 4 1 4 0 55 111 4 222222222222222222222 4 66 0 4 44444 0 2 222222 66 1 77777777777777 0 6 5 1 55 5 222 0 444444 66666666 1 0 44444444 2 8888 5 00 1 00000000000000000000000000000 8 6666666 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ......... . . ..... . . ........... . ... ... . . .......................... ... . . . .. . . .. ..... . . ... .. . . . .................. . .. ... . . . . . . .. ... . ..................... . .. . . ..... . . ...... .. . .............. . . . . .. . ... . ...... ........ . . ........ . .... . .. . ............................. . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888888 0 0 88888 2 0 11111111111 9 000 999 0 7 22222222222222222222222222 000 7 9 7 00 7 7 77 66666 7 0 444 99 1 0 1 777777777777777777 0 55 666 4 4 4 0 4 1 66 777 0 555555555555555555555 4 11 1 4 11111 1 6 888888 11 1 22222222222222 3 0 7 0 77 3 444 5 444444 11111111 7 9 11111111 9 9999 0 33 0 88888888888888888888888888888 0 0000000 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATA-TTGGCAAAAT-GTC-T-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-T----AGTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAATG----TATA-TTGGCAAAAT-GTC-T-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-T----AGTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAAT------TTTAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATA-TTTGCATAAA-GTC-TCA--ACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGC----AGTAATTA---AAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC-A-ATATCCT-CTGTCT--AATTCAAGTTAT------TTAAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : T-----------TATGGC---TCT-TGGATCA-GTATAAGTT-TG---AAATT---AT-TGCGGGTT--TTTTTGGTGTT-T----AGCA-TTTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCA--ATA--TATATTGGC-AAA-AT-GTCTT-GACCAAG-TT-TGATAA-aa
gi|10 : -AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAATA----TATA-TTGGCAAAAT-GTCTT-G--ACCAA---GTTTG-ATAAACAACCC-ATTacaacccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagc--C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TTG-ATGACCT-CTTTCTTTAACTTGTGTAAT------TTTAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTttaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTT---TAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtcTAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAAT-GTC-TCG--ACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAA-TTGGCAGAATGGTT-G-G--GCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTT---TAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T-G-AAGCGCTATTCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTTTAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACA-ATGGCAAAAT--------------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTT---TAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G-GCACGCATC-CTGTCT--AATACAAGTTTT------TTAAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-A----AGTAACGT---CGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A------------GTCCC-CTCTCT--AACTTGGTTAAT------GTTAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-A-TT------AT-AT--T-G--GCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T-G-ATG-CCT-ATTCTT--AGAT------AT------ATGAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATA-TTGGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTG-TTGGCCAAAT-A-C-C-GAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT-------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TTTAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCA--A----TATATTGGC-G-AATATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T---ATCTCTT-CTGTCTCCAACTCGAATACT------TTTAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
Alignments
lowQualScore : 1111 1 1111 1 222222 1111111 333333333 111 111 77777777777777777777777777 1111 11111 111 3333333 111 1111111 444444444444444444444 111111 111111 3333333333333 11 111111 111111 11111111 22222222 1111 222222222222 666666666666 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 1 5555 3 0 88 0 1 1 3 3 999 1111 0 333 0 777777 0 1 4 5555555 5 0 0 999999999 7 111 333 3 44444444444444444444444444 2222 6 1 3 6 22 1 6 2 77777 6 1 3 77 333 2 8888888 1 0 1 66 000 5 5 5 1 5 0000000 4 222222222222222222222 4 66 0 4 222222 2 111111 55 0 1 666 8888888888888 4 9999 1 33 222222 2 222222 777 44444444 00000000 1 7777 4 66 1 999999999999 333333333333 6 1111111 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : . .... . . .. . . . . . ... .... . ... . ...... . . . ....... . . . ......... . ... ... . .......................... .... . . . . .. . . . ..... . . . .. ... . ....... . . . .. ... . . . . . ....... . ..................... . .. . . ...... . ...... .. . . ... ............. . .... . .. ...... . ...... ... ........ ........ . .... . .. . ............ ............ . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 2 8888 2 2 88 8 0 0 3 2 222 8888 2 888 0 888888 3 0 0 9999999 7 7 3 555555555 2 777 555 8 55555555555555555555555555 7777 7 0 7 7 00 0 7 5 77777 7 0 0 99 666 2 2222222 8 1 0 11 000 0 0 0 0 0 3333333 4 555555555555555555555 4 11 1 4 222222 4 555555 55 1 6 666 4444444444444 1 0000 0 88 999999 1 888888 000 55555555 88888888 6 0000 4 66 7 333333333333 333333333333 7 7777777 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAATG----TATA-TTGGCAAAAT-GTCT-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTGGTCACAATG----TATA-TTGGCAAAAT-GTCT-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAGCT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACCAGCCCAATAGCTTCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAATTGGTAATGTTCCCTATCGATCTCAATTA-AT---TATAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAATG-----ATA-TTTGCATAAA-GTCTCA--ACCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTGAC-C---ATT-----------TGTGGC---TCT-TGAAATG-TTTGAAATT-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTC--CCTTTGAAACTGCA----GTAATTAAAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CTGTCCAGATTGCACCAGA-C--A-A--GTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC----A-ATATCCT-C--TGTCT--AATTCAAGTTAT------TT---AAA--------TCCACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : TTAT-G---GCTCTTGGATCAG------TATAAG--TTTG--AAATT-A------TTGCGG-GTTTTTT-TGGTGTTT--AGC-------AT------TTATATAA--------TCCAATCTTCACCAGACT---T----GGTTGCAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTTGACCA------------AGTTTGATA--------AA-CAACC-------Caa
gi|11 : --C--C-A--GTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TT---G-ATGACCT-C--TTTCTTTAACTTGTGTAAT------TT---TAA--------TTCAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTattttaaaa
gi|12 : gccAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAAT-TT-A-ATAA-CCAGCT------TTACAA--CTTC-A--GTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTT-T-GTAA-CCAGCAAGG-T----CAC--C--C-A--GTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggttT-----------TATGGG---TCT-T----TG-TTTTAAACT-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCT--TCTGTAAATCT-T-----GTAGTTTTAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaaATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAG-TT-TGGTAA-CCAGC
gi|16 : taatgatgtc---TAA--------TCCAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAATG----TATATTTGACAAAAT-GTCTCG--ACCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACTTGCC--AT-GTCTCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAATG----TTAA-TTGGCAGAATGGTTG-G--GCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCAATAGTC-CT--ACTAACTTAGGAGATATGGT---TCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCT-T--------ATTTTAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAG-TTCT-ATAA-CTGG-------GCAATAGCTC--C-A--ATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T----G-AAGCGCTAT--TCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTT---TAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAACTGGCAATGTCTGCTATCTAGCTCGACAA-AT---T--------ACATGCATCAAACTTAGTGACAAAG----GACA-ATGGCAAAAT-------------A---GTTT---TAAACGGTTC--------------------------TATGGCAATCCT-TGTAATC-TTAGGAACTATACAGTTACGGTGAT-TAA---CT--TGTTTGAAATT-TACAGAGTAGTTTTAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-AC-G-ATAA-TCAGCCAGA-TGAT---T--T--C-A--GTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G----GCACGCATC-C--TGTCT--AATACAAGTTTT------TT---AAA--------TCCAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATCAGTTTAATAACCTCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgctttaATTTTC--TCT---AAGTT-AA----GTAACGTCGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGA--TT-T-GGAT-CAGACAAGA-ACCAATAG--C--CCA--GCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A---------------GTCCC-C--TCTCT--AACTTGGTTAAT------GT---TAA--------TCCAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : AGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAATTTGTA-TGTCCGATTTCTA---AAACGA-ATCCATTTAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAATA----TA-A-TT------AT-AT-T-G--GCCAA---GTT------ATC--TCTGCTTAGCTCTGGAGT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTTAAAAAT-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCC--TCTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT------------AA-TC---AAAA-AGCC------C--C-A--ATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T----G-ATG-CCT-A--TTCTT--AGAT------AT------AT---GAA--------TTCATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATCA----AAAAGCCCCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAATTGGTGATGC---CTAT---TCTTA--GATAT---ATGAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAATGTCGTTATA-TTGGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAGTG----TTTG-TTGGCCAAAT-A-CC-GAAGCC-A---GTTTATATAACCAGTTTGGATGCC-TT--ATTGTTAC------TATGGA---CCTGTGGATTG-TTCTAAACT-TGC---AAT-----T-TCTTTTCC--CCT-----ACT----------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAAT------TT---TAA--------TCCAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCA--A----TATATTGGC-G-AATATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : acca-ATAATCCGACTAG--TCCGATAG--A--C-ATCGTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T------ATCTCTT-C--TGTCTCCAACTCGAATACT------TT---TAA--------TCAAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTGtattc
blockSeqs : A GTTT A TA C A . A CTG CTAG ACA T CCATTT C T TCGTTAT T GTCTCG C ATT TAT A AATAGTCCTACTAACTTAGGAGA CAAT G G T C TT C A G GGTGA A A G TA GTA T TACAGA T A GT GAT T T T T T GTTTT T GACAAGAACCAATAGC C TC C CAATA G TAAACA TT C TTG TTGCGG T TGG G TT CTTGTG A TTAATC ATA TAATTAAT TTGTT C TCGT . TG T CATTTTATAATC GTAAACCAGCGT C ATTTGGT G A AATTTATACTCTTG G A T G GA
blockSeqs : A GCC A T A G . A CCG CTA ACG . ATG A A TAT . GGTTGG A . CG G GGATGCCTTATTGTTAC G . T A . AA G . G A . C G . TTC G AA T G . G . . . T . GTTTG . GACTAGTCCGATAGA . . . TAG G . . C TT TTG A AT T CC TACAAG A . . . T C TTGC . TG C . GATA . . . . AGGTACTCATTGAT G T . C .
blockSeqs : G . . T . . T G . T C A TTA . ACCGAA A . TG A GCTTAGCTCTGGAGT T . G T . AG C . G T . A T . TTG A T T C . G . . . G . GTTCT . AGCTTTACAACTT . . . TG A . . C AT GGC C C C . CTTGGT T . . . T T . . TG T . GGC . . . .
blockSeqs : . A T GAC . ATTG . . T . . C . G T . TA A . . A . G A . . G T C G . C . . . A . TTTA . AGCCAGATGATTT . . . AA C . . C TT TG C C G . CTCGAA A . . . T G . . GC A . . . . . .
blockSeqs : T A TTT . . . . . A . . . . CT C . . . . C T . . A . . A . G . . . T . GACG . AGCAAGGTCACC . . . TG T . . C TA TG T C C . TCAAG A . . . T A . . TA C . . . .
blockSeqs : G TA . . . C . G . . . A . TTT . GGGCAATAGCTC . . . CT A . . C CA T T A T . AT A . . . G C . . TA C .
blockSeqs : C . . . . . T . . . AAAAAGCCC . . . CG G . . T TT . . C G . C . . . . T C . . .
blockSeqs : . . . . . . TG T . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : C . . . . . . . . .
blockSeqCons : TNT**** GGGCCTTATGG*************** T****** GTTTN** AGCNAGACGACTC******** TG*********** T******* TG
originalCons : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAATG----TATA-TTGGCAAAAT-GTCT-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGATTGNC-CT--ATT-----------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACT-TA----GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAG-TT-T-ATAA-CCGGCNAGA-TGCNACAG--C--C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T----G-ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
finalCons : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACCAGCCCAATAGCCTCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAATTGGTAATGTCCGCTATCTATCTCAACGA-AT---TTTAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAATGTNT----A-TTGGCAAAAT-GTCT-G--GCCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCGGGCCTTATGG---------------TATGGC---CCT-TGGATTG-TTNNAAACT-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCC--TCTTTGAAACTT------GTAATTTTAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAGTTTN--ATAA-CCAGCNAGACGACTC--------C-A--GTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-ATG-----------ATGTCCT-C--TNTCT--AACTCGAGTAAT------TT---TAA--------TCCAATCTTCACCAAACTT-------GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 1 111 111111 33333333 1111111 33333333333 111 0000000000000000000000000000000000 11111 33333333333333333 22222222222 11111 11111 111111 33333333333333 11 2222222222222 22222222 1111 11 77777777777777777777777777777 2222222 33333333333333333333 1 11
lowQualScore : 4444444444 0 8 3 3 6 1 1 1 0 7 3 2 8 0 444 6 0 5 222222 6 33333333 1 1 777 5555555 4 33333333333 4 000 888 1 1 9999999999999999999999999999999999 1 5 1 22 77 5 55 99999 5 1 444 77 3 1 0 22222222222222222 1 55 999 4 4 4 1 4 0 1 6 4 1 44444444444 22222 0 4 44444 0 2 222222 66 1 77777777777777 0 6 5 1 55 5 222 0 4444444444444 4 1 0 44444444 2 8888 5 00 1 00000000000000000000000000000 8 6666666 8 8 33333333333333333333 6 1 3 1 88 0
lowQualScore : .......... . . . . . . . . . . . . . . ... . . . ...... . ........ . . ... ....... . ........... . ... ... . . .................................. . . . .. .. . .. ..... . . ... .. . . . ................. . .. ... . . . . . . . . . . ........... ..... . . ..... . . ...... .. . .............. . . . . .. . ... . ............. . . . ........ . .... . .. . ............................. . ....... . . .................... . . . . .. .
lowQualScore : 0000000000 8 0 8 2 7 8 0 0 0 0 0 5 0 8 666 0 6 6 000000 7 88888888 0 0 888 0000000 4 11111111111 9 000 999 0 7 5555555555555555555555555555555555 7 7 9 00 44 7 77 66666 7 0 333 99 6 0 3 55555555555555555 0 55 666 4 4 4 0 4 1 1 9 4 0 66666666666 55555 1 4 11111 1 6 888888 11 1 22222222222222 3 0 7 0 77 3 444 5 4444444444444 4 7 9 11111111 9 9999 0 33 0 88888888888888888888888888888 0 0000000 0 0 99999999999999999999 7 0 3 0 33 7
consensus : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAATC-----AGCCCAATAGCC-TCAGTAACTNTGGAGTTAT-GGCCCTTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAAT-TGGTAATGTCCGCTATCTATCTC-AAC--GA-AT---TT---TAATCCAATCTTCACCAAACTTGGTCACAA---TG----TATA-TTGGCAAAATGTC-T-G--G-CCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCG---G--GCCTTA----T----------GG----TATGGCCCT-TGGATTGTTNNAAAC-T-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCCT--CTTTGAAACTT-----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGGC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAGTTTGATAACCAG-CNAGA--TNAC--CCC-----AGTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAATTT-------------TAATC-CAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
Reference ( family-3211 ) : ATGCTTTCATCTGTCTTGGTCAAGTTTGATAACC-----AGCCCAATAGCC-TCAGTAACTCTGGAGTTAT-GACCCNTGGNTTGTTC-AAAATTTTCAAAAT-TGGTAATGTCCGCTATCTATCTC-AAC--GA-AT---TT---TAATCCAATNTTCACCAAACTTNGTCACAA---TG----TNTA-TTGGCAAAATGTC-T-G--G-CCAA---GTTTG-ATAACCAGTCCG---G--GCCTTA----T----------GG----TATGGCCCT-TGGATTGTTNNAAAC-T-TGCAGAAAT----AT-TNATGTCCT--CTTTGAAACTT-----GTAATTT---TAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCANA--ATG--TTTATTGAC-AGA-AT-GTCNA-GGTCGAGTTTNATAACCAG-CNAGA--CGAC--TCC-----AGTAACTCTGG-AGTTAC-G---GCCCTTNGATTGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-A------T-G-ATGTCCT-CTNTCT--AACTCGAGTAATTT-------------TAATC-CAATCTTCACCAAACT---T----GGTCACAATA----TATATTGGCAA-AATGTCTCGGCCA------------AGTTTG-----------AA-TAACC-------CC-AGTAAC-TCTG-A-TATTNA-ACTC-TTG--TATTGTTGNAA-ATNTAC--CATTGTACCCTCTCTAACTCGAGTAATTT
gi|1 : ATGCTTTCATCTGTCTTGATCAAGTTTGTTAACC-----AGCCCAATAGCT-TCAGAAACTATGGAATTAT-GACCCTTGATTTTTTTTAAAGTTGGCAAAAT-TGGTAATGTTCCCTATCGATCTC-AAT--TA-AT---TA---TAATCCAATGTTCACTAAACATGGTCACAA---TG-----ATA-TTTGCATAAAGTC-TCA--A-CCAA---GTTTG-ATAACGAGTCTAATTG--ACCATT----T----------G-------TGGCTCT-TGAAATGTTTGAAAT-T-TGCAGAAAT----AT-TCATGTTCC--CTTTGAAACTGCA---GTAATTA---AAATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCAGT--ATG--TTTATTAGC-AGA-AT-GCCAA-GGTCGAGTTT-ATAACTGT-CCAGA--TTGC--ACCAGACAAGTATATCTGA-AGTTAT-G---GCTCTTTGATTAT------TAAACA--TTTGCAAAGTC-ACAAAGGC-A-ATATCCT-CTGTCT--AATTCAAGTTATTT-------------AAATC-CACTTGTTACCAAACTACATGTA-GGTGAGCATG----TATATTGGCAACAAT-TCTAGGTCA------------AGTTC------------AG-TTGCC-------CC-AGTAAC-TCTG-ATTATTCA-AC---------ATT-TTGCCA-ATTTGC--CAATGTCCCTTCTCTAGTTTGAGTAATTT
gi|10 : ----TATGGCTCT-TGGATCAGTATAAGT-T-TG---AAATT---AT-TGCGGGTTT--TTTTGGTGTTT-----AGCATTTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCA--ATA--TATATTGGC-AAA-AT-GTCTT-GACCAAGTTTGATAAACAA-Caa
gi|10 : t-AT---TTATATAATCCAATCTTCACCAGACTTGGTTGCAA---TA----TATA-TTGGCAAAATGTCTT-G--A-CCAA---GTTTG-ATAAACAACCCccattttaaaa
gi|11 : ttatggctcttggatcagtataagtttgaaattattgcgggtttttttggtgtttagcC--CCC-----AGTAGCTCTGG-AGTTAA-A---GCCCTTGGATTGT------TTAAAA--ATTGCAGAAAT-A------TTG-ATGACCT-CTTTCTTTAACTTGTGTAATTT-------------TAATT-CAATCGTTATCAAACT---T----GGTCACAATA----TACATTGGCAA-AA--CCTCAACCA------------AGTTattttaaaa
gi|12 : gAATTTGGTTAAA--ATGATTTTATCAAC-AGA-AT-GTCTG-GGTCAA-TTTAATAACCAG-CTTTA--CAAC--TTC-----AGTAACTCTGGCAGTAAT-G---GTCCTTAGAATGT------TCAAAA--TTTGCAAAATT-
gi|13 : attc--ATG--TTTACTGGC-AGA-AT-GCCTA-GCTCGAGTTTTGTAACCAG-CAAGG--TCAC---CC-----AGTGACT-TAA-AATTAC-T---GATTTTCAGTTTT------TCATCA--TTTGCGAAgg
gi|14 : tggtt----TATGGGTCT-T----TGTTTTAAAC-T-TGCAGAAAT----AT-TAATGCCTT--CTGTAAATCTT-----GTAGTTT---TAATTC-ATTTTTACCAAA
gi|15 : agttactacggaatATTCAATCTTTTATGAACTT----AGA--CTG--CTTATTGAC-AAA-AT-ATCGA-TGCCGAGTTTGGTAACCAG-C
gi|16 : taatgatgtc-------------TAATC-CAATCTAAATCAGACT---TTGTTGGTCATAATA----TATAATGGCAA-AATGT
gi|17 : tatagtgAGACTTTGTGACAA---TG----TATATTTGACAAAATGTC-TCG--A-CCCA---GTCCG-ATAA
gi|18 : ccaacatgTCTTGGCCAAGTTGGATAACT-----TGCC--AT-GTC-TCGGTAACTTTGGAGTTAT-
gi|2 : agatcTTCAATCTTTACCAACCTTAGTCAGAA---TG----TTAA-TTGGCAGAATGGT-T-G--GGCCAAATTGTTTG-ATAACCAGTCCA---ATAGTCCTA----CTAACTTAGGAGA----TATGGTTCT-TGGATTGCTCAAAAAGT-TGCA-AGAT----TTATCATGTCCTATTTTTCAAGCTT--------ATTT---TAATCTGGTCTCTGCCAAACTTGATCACA--AT---TATATTGGCTAGATAT-CTCAA---CCCAGTTCTATAACTGG-GCA-A--TAGC--TCC-----AATAACTCAGA-A---AC-----------------T------TCA------CTG--AAATA-A------T-G-AAGCGCTATTCTGT--AA-TCAAGTAATTTAATCTTTAATAATTAATTTCAATCTTTATAAAACT---T----GGTCAGAATG----TTTATTGAAAA-AATGTCTTGGTCA------------AGTTTGGC---------AACTAGCCATTTGGTCC-AGTAAC-TCTG-A--ATTTATACTC-TTG--TATTGTTAAAA-ATGTACGATATTGTACCCGCTCTAACTTGAGGAATTTacttt
gi|3 : AAAC-TGGCAATGTCTGCTATCTAGCTC-GAC--AA-AT---T-----------ACATGCATCAAACTTAGTGACAA---AG----GACA-ATGGCAAAAT--------------A---GTTT---TAAACGGTTC-----------TA----T----------GG----CA--ATCCT-TGTAATCTTAGGAAC-TATACAGTTACGGTGAT-TAA---CTT--GTTTGAAATTTACAGAGTAGTTT---TAATCCAATCCTTACCAAACTTGGTCAGA--ATC--CCTATTGAC-CAG-GT-GTCTATGTTTGAG-ACGATAATCAG-CCAGA--TGAT--TTC-----AGTAACTTCGG-AGTTAC-G---GACCTTTGATGGCTAAACATTAAAATTTTTGCAAAACA-A------G-GCACGCATC-CTGTCT--AATACAAGTTTTTT-------------AAATC-CAAGTATCACTAAGTT------------------------TATTGGCAA-ACGCTTTAGGTCACATTTTATAATCAGTTT------------AA-TAACC-------TC-AGTCAT-TCTtaat
gi|3 : GGTCACATTTTATAATC-----AGTTTAATAACC-TCAGTCATTCTTGAGTTAT-GACtgagttatgaca
gi|4 : aaactggcaatgtctgctatctagctcgacaaattacatgcatcaaacttagtgacaaaggacaatggcaaaatagttttaaacggttctatggcaatccttgtaatcttaggaactatacagttacggtgattaacttgtttgaaatttacagagtagttttaatccaatccttaccaaacttggtcagaatccctattgaccaggtgtctatgtttgagacgataatcagccagatgatttcagtaacttcggagttacggacctttgatggctaaacattaaaatttttgcaaaacaaggcacgcatcctgtctaatacaagttttttaaatccaagtatcactaagtttattggcaaacgcttta-----GTAACGT---CGATTCAAATTTTACCAA------TCAAA--AT---TTTATTTAA-AAA-ATTGTCAA-GGTCGATTTGGAT---CAGACAAGAACCAATAGCCC-----AGCAAACCCGG-AATTGC-AATAGCCCTTAGGTTGT------TCAAAA--TATGCAAAATT-A------------GTCCC-CTCTCT--AACTTGGTTAATGT-------------TAATC-CAATGTTCACTAAACT---T----GGTTAAAATA----CATATTGACAA-AATATCTCAACGA------------AAT--------------AA-TGATC-------TTGACCAAG-TCTGAA-TATGAA-ACTT-Ta
gi|5 : attttctctaagttaaAGTTA-----CTCTGGATTGTTC-AAAATTTTCAAAAT-TTGTA-TGTCCGATTTCTA---A-AAC--GA-ATCCATT---TAATCAAGTCTTCACCAAACTTTGTCACAA---TA----TA-A-TT------ATAT--T-G--G-CCAA---GTT------ATC--TCTG--------CTTAGCTCT----------GGAGT-TATGGCCCT-TGGATTGTTTAAAAA-T-TGCAGAAAC----AT-TGATAGCCT--CTCTacgaaccaatgtttattggaatttaaatgtccatgt
gi|6 : aTATTAAAATTGGTCACA--ATG--TCAATTGAT-AGA-AT-GTCTA-GGT----------AATCAA-AAAG------C--CCC-----AATAACTCTGC-AGTTATAG---GCTCATGGGTTGT------TCAAAA--TGTTCAAAATTGG------T-G-ATG-CCT-ATTCTT--AGAT------ATAT-------------GAATT-CATTATTCACTAAATT---G----AGTCACAATGTCGTTATATTGGCAA-ctttaact
gi|6 : tacGGTAATC-----A----AAAAGCC-CCAATAACTCTGCAGTTATAGGCTCATGGGTTGTTC-AAAATGTTCAAAAT-TGGTGATGC---CTAT---TCTT-A----GATAT---AT---GAATTCATTATTCACTAAATTGAGTCACAA---TGTCGTTATA-TTGGCAA
gi|7 : tactattaaaattggtcacaatgtcaattgatagaatgtctaATCCAGTTTTCACCAAACTTGTTCATAG---TG----TTTG-TTGGCCAAATA-C-C-GAAG-CC-A---GTTTATATAACCAGTTTG---GATGCCTTA----T----------TGTTACTATGGACCTGTGGATTGTTCTAAAC-T-TGC---AAT-----T-TCTTTTCCC--CT-----ACT------------------ATCCAATCTTTACCAAACTTGGTCACAGTATG--TTT
gi|8 : gTAATTT-------------TAATC-CAAACTTTACAAAAGT---T----GGTCTCA--A----TATATTGGC-G-AATATCGCGGCCA------------AGTTTGTAAACCAGCGTAA-TAACC-------CC-GGTAACAGCAG-A-GGT----ACTCATTGATTTTTGTTGTAATATCTAT--CATTGCACCCTCTAAAACTCGAGTAATTT
gi|9 : accaTCAAGGGTGATAATCCGACTAGTCCGATAGACATC-GTAAGTATGAAGTTAT-GGCCCTTTGATTGTTT-GAA---TT----ATGTAGAAATATCT-CT-TCTGTCTCCAACTCGA-ATACTTT---TAATCAAATCTTTACCAAACTTGGTCACAACATTGC---TATA-TTGtattc
gi|9 : GTAAGTATGA-AGTTAT-G---GCCCTTTGATTGT------TTGAAT--TATGTAGAA---A------T---ATCTCTT-CTGTCTCCAACTCGAATACTTT-------------TAATC-AAATCTTTACCAAACT---T----GGTCACAACATTGCTATATTG