lowQualScore : 33333333333333333333 444444444 111111111111 2222222222222222 111111111 4444444444444 1 1111 333333
lowQualScore : 3 0 5 33333333333333333333 66 66 5 777777777 5 444444444444 5555555555555555 66 77 333333333 7777 3 8888888 5555555555555 666 88888 555555 3 777777777 1 8888888 4 0000 8 4 222222
lowQualScore : . . . .................... .. .. . ......... . ............ ................ .. .. ......... .... . ....... ............. ... ..... ...... . ......... . ....... . .... . . ......
lowQualScore : 0 4 0 77777777777777777777 11 66 0 555555555 0 666666666666 7777777777777777 99 00 888888888 7777 1 7777777 8888888888888 222 55555 222222 5 333333333 7 4444444 0 8888 1 7 333333
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTTT-CAAATACTAGTATGTAA--GG-AGT-CTGCTTGAAAGTTAGGGG-CAAGGGTCCATTGGAGTCCAGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGCTAT---GA-GAAAAC--A--TAATTCTC-ATTTTT--CT-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACAAG---NT--C---ATAG---TGA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACT----T-AGGCC-C-ATATTGGG-CCTCTTG-TTTAAATTATT
Reference ( gi|1 ) : TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCTTGATACTGCTGTATGAG-T------TT-TATT-CAACTGCTAGTATGTAA--GA-AGT-CT--TCAAGAGTTAGGGG-CAAGGGTCCATTGTAGCCCACTAGAGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGCTTT---GA-AATAAC--A--TAATTCTT-ATTTTT--CT-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACAAG---AT--C---ATAG---TGA-----CATG------TTAAA---------C-CAGATGAGCGACT----T-GGGCC-C-ATATTTGG-CCTCTTG-CTCAGATTATTTGACATTCTGCTTATCGTAGTTTTAAATTTAAAGTCAATCA
gi|3 : GTTTTGATTCTACTGTATGAG-TGTGTGTTT-TTTT-CATATACTATTATGTAA--GG-AGT-CTGCTTGAAA-TTAGGGG-CAAGGGTCCATTGGTGTCCAGTTGGGTAACTTTCACTTAACATGGAAATGCTAT---GA-GTAAAC--A--GAATTCTTAATTTTT--CT-----CC----TCTAC-AA-------CTATAACAAGTTCTT--C---AAAG---TGA-----CATG------TGGAA---------C-CAGACGAGCGACT----A-AGGCC-A-ATATTGGG-TATCTTG-GTTTAATTA
gi|4 : GCCTTGATACTGCTGTATA------------------------CTAGTATGTAAAGNN-NNN-NN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NN-NNNNNN--N--NNNNNNNN-NNNNNN--NN-----NN----NNNNC-AA-------CTATAACAAG---TT--CTTCATAA---TTA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACT----T-AGGCC-C-CTAATGGG-CCTCTTG-TT---GTTATTgattttagatcaaaacgtttttaaatcattcaat
gi|12 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacttTGATACTACTGTCTGAG-T------TTGTTTT-CAGATACTGGTTTGTAA--GA-AAT-CT--
gi|11 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgTGATACTGCTGTCTGAGAT------TT-TTTT-CAAATGCTAGTAgct
gi|7 : tagtattcaccttagccggcttgccaaaataagtaccggtagttcaaagcattagagtaaaacgtgttcatataGATACTGCCGTCTGTT-T------TT-TTTT-CAAATACTAGTATGTAA--GG-AGT-CTGATTGAAA-TTAGGGG-CAAGAGTCCATTGGTTCCCAGTTGGGTGAC---CACTTAACATGGAAGTGCTAC---GA-GGAAACGGA--TAATTCT-----------------CA----TCTGGGAA-------CTATAATAAG---TT--C---
gi|6 : GATACTGATGTCTGAA-T----------ATG-TA----CTGGTACATAA--GAGACTGCT--TGAAA--TTAGGAC-TAAGGGACCATTGGAGTACAGTAAGTTGACTTTCACTGTACAAGGAAAAACTAT---GAGAAAAACCGA--TAATTCTC-ATCTATAACTATAGTCAGTTTTTTAT-AGGCTTAGTCCATA-CAAA---AT--TT--AAAG---GGAAGTTGCATA------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACT----T-GGGCC-ttcatatgcatagtccatacaaaatttggatggaagtgtgaaaccagatgaac
gi|8 : TATTGCTGTATGAG-T------TT-TTTTTCAATTACTAGTATATAA--GG-AAT-CTGCTTGA-AGTTAGCGG-CAAAGGTCCATTGGAGt
gi|2 : TGTTATATGAG-T------TT-TATT-GAAATACTATTATGTAA--GG-Aatgctatgagaaaacataattctcatttttctcatctataactataatgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|5 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaaTACTAGTATGCAA--AG-AGT-CT--GCTTGAAATAAGGGTCAAGGGACCATTGGAGTCCAGTAGGGTGACTTTCACTTTACGTGGAAATGCTAT---GA-GA-AA---A--TAATTCTT-ATTTTT--CA-----CA----TCTAC-AA-------CAATTACAAGTTCGT--C---ATAG---AGA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAACGACG----T-AGGCC-C-ATATTAGA-CATCTTG-TTTAActtgatataaataagagaccagcagtggcccaaaagtaaggagtctacttgaaaggagggggcaagggtccattgaaggtgtctcactttacatagaaacgctataaggaaacagatatttcttatttttctcatctacaactataacaagttattcatagcgacatgtgaaaccagatgagcgacttgggcctcaggttagtttgttgtcagat
gi|2 : aGTAA--GG-AGT-CTACTTGAAAGGAGGGGG-CAAGGGTCCATTGAAG---------GTG--TCTCACTTTACATAGAAACGCTATAAGGA-AACAG---A--TATTTCTT-ATTTTT--CT-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACAAGTT-ATT-C---ATAG---CGA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACT----T-GGGCCTC-A-GGTTAG-TTTGTTG--TCAGATatcaaatcggtatgtaaaaacgt
gi|35 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaatgttatatgagttttattgaaatactattatgtaaggacttgatataaataagagaccagcagtggcccaaaa-CAAGGGTCCATTCGAGCCCACTAGGGTGATTTTAACTTTACATGGTAATGC
gi|8 : TGGAGATGCTAT---GA-GAAAAC--A--TAATTCTC-ATTTTT--CT-----CA----TCTAT-AA-------CTATAA
gi|34 : tattgctgtatgagttttttttcaattactagtatataaggaatctgcttgaagttagcggcaaaggtccatT---GA-GAAAAC--AGATAATTCTC-ATTGTT--CT-----CA----TCTAT-AA-------CTATAATAtgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|28 : ttaTTCTT-ATGTTTAGTC-----CA----TT--C-AA-------ATTTAAAAAT---A---------AG---TGA-----CAAG------TGAAA---------T-GAGATGAGTGATT----T-Gtaagtttt
gi|13 : atgagttcTT--CT-----CA----TCTTT-AA-------CTATAATAAG---TT--CTTCATAGGC-TTAGTC--CATACAAAATTTGAAAGGAAGTGAC-AAGATGAGCGACT----G-AGGCC-C-A-ACATGGTCCTCTTG-
gi|33 : g-----CA----TACAC-AA-------TT-TGAAAGG---A---------AG---TGG-----CATG------TGAAA---------C-TAGATGAGCatt
gi|22 : agttctgcataggcttagtcC-AA-------CTTCAATAAG---TT--C---A--G---TGA-----CGTG--------AAA---------C-CAGACAAGCGACT----T-AGGCC-C-ATATTGGG-CCTC
gi|9 : C-AA-------TTAAAAAAAA---AT---------G---CGA-----CAGG------TGAAA---------T-AAGGGGAGCGACT----C-AGGCC-C-AT-TTGGG-TCTCTTG-aatatgggcctcttgttcttaacaat
gi|29 : taaatgatataatatgggaaagaaagttttcatttgtctcaattattaaataagttcttcatagactttatA-------CTATTACAAG---TT--CTTCACAG---TGA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACTAATAT-GGGCCTC-TTATTgtt
gi|32 : -------CTA-AACAAGTT-CT--C---A-AG---TTA-----CCTA------TGAAA---------T-CAGGTGAGCGAC------------------TCTGG-CTTCTTGTCT---ATTATTgtga
gi|24 : AATAAA---AA--C---ATTT---TGC-----CTTG------TCAAA---------T-CAAGTGAGCGAAT----T-AGACC-C--TTTTGGG-TCTCTT
gi|18 : taggcttttcagaggctttcgccACAAA---ATTTC---ACAGATATGA-----CATA------TGAAA---------C-CAGATTAGTGACT----T-GGGTC-T-Aattt
gi|23 : atttttcagaggcttagtccatAG---TGG-----CATG------TGAAA---------C-TAGACGGGCGACT----A-AAGCC-C-ATATTGGG-CCTCTTG-acaagggcatcttactta
gi|21 : tcttcaaatgcctagtccatacaaaatttgaaaggaAG---TGA-----CATT------TGAAA---------C-AAGATGAGCGACA----T-AGGCA-C-ATCTAGGT-CCTCTTG-TTt
gi|20 : ttttcataggcctagttcatacaaattttgaaaggaAG---TGA-----CATG------TGAAA---------CACGTATGAGCAACT----A-AGGCC-CAATCTTTGA-CCTC
gi|30 : ttttgtaggctgagtccatacaaaatgtgaaaggaAG---TGA-----CATG------T-GAA---------C-CAGATGAGCAACgtat
gi|31 : tcttcatacataggctttgtccatacaaaattagaacggaAG---AGA-----CATG------TGAAA---------C-CAGATGAGTGA
gi|25 : ttttacatatgcttagtccatacaaaatttaaaaggaG---TGA-----CAGA------TTAAA---------T-TATGTGAGCGACT----T-AAGTT-C-AT-TTGGG-CCTTTTG-TTa
gi|38 : taaggcttagtccattcaagatttgaaacaatTG------TGAAA---------T-AAGGTGAGCGACG----A-AAGTC-C-AT-TTGGG-CCTCTTG-g
gi|37 : G------TGAAA---------C-CAGATGAGCGACT----A-CCGCC-C-ATCTTGGG-CCTATT
gi|10 : -CAGATGCACGACT----T-ATGCT-C-AT-TTGGG-CCTCTTG-TTat
gi|14 : taaatgatgcatatagaaaaacaggtatgctcatatttctcatatgtaagtttttcatgagcctagtccatttaaaacttgaagagaagtga-CAGGTGAACGACT----TGGGGCC-C---ATTTGGACCTC
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATTATTTCATGTATTCCGTAAGCTTATTACATTCAAAATTTGAAAGGAAGTGAAACCCGATTCAGCGACTTAGGTCCAGGTCTAATTTAAGCTCTTG
Unaligned ( gi|16 ): ATAATTCTCATTTTTTATTATCTACAAGTTTTCATTCGCTTAGTTCATCTAAAATATGCAAAAGGAATGGCAGATGAAACCAGGTGAGTGATTTAG
Unaligned ( gi|17 ): CTTAAATACTAGTATGTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAGTTCTTCATAGGCTTAATTCATCCAAAAACTCGAAAGAAGCAACAAGTGAAATAAGGCGAGTGAATTGTAGTTGCTCTTGCTTCTA
Unaligned ( gi|26 ): CTTCATAGTCCATTCAAAATGTGAAAATAAGTGACATGATATCACGTGAGTTGCTTATAAGTTCATCTGGGCCTCTTGTG
Unaligned ( gi|27 ): CTTTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTAAACCTAAAGTCCAAT
Unaligned ( gi|36 ): CAAAATTTGAAAAGAAGTGACAGTGAGAGACTTAGACCCATTTAG
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAAGTGACAAGTGAAATAAGCTAAGTGCGGACGTCTTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111
lowQualScore : 5 4 222222 66666 0 0 6 4 0 1 3 55 00000 3 3 0 44 3 88888 7777 2 8888888 2 7777777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444 55555555 99999999999999 1 1 22 1 222 33 66
lowQualScore : . . ...... ..... . . . . . . . .. ..... . . . .. . ..... .... . ....... . ....... ...................................................................... ..... ........ .............. . . .. . ... .. ..
lowQualScore : 3 4 888888 44444 9 2 4 0 8 8 6 55 55555 6 6 1 66 3 33333 1111 9 1111111 6 6666666 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 22222222 88888888888888 4 1 33 9 999 22 66
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCCAGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACA-------AG---TT---------C---AT-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
Reference ( family-307 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGTCCAGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACA-------AG---NT---------C---AT-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
gi|1 : GTCTTGATACTGCTGTATGAG-T------TT-TAT-TCAACTGCTAGTATGTAAGAAGTCT--TCAAGAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGTAGCCCACTAGAGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TTTGAAATAA--C--A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACA-------AG---AT---------C---AT-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTTAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTG--GGCCC-ATAT-TTGGCCTCTTGC--TCAGATTATT
gi|10 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATATAGAAAAA--C--A--GGTATGCTC-ATATTT--C-T-----CA----TATGT-AA-------GTTTTTCA-------TG---AG---------C---CT-----------------AG------------T------------------C------CATTTAAAA--------CTTGAAGAGAAGTGACAGATG-CACGACTTA--TGCTC-AT-T-TGGGCCTCTTGT--Ttgacattctgcttatcgtagttttaaatttaaagtcaatca
gi|11 : taaatgTGATACTGCTGTCTGAGAT------TT-TTT-TCAAATGCTAGTA
gi|12 : tagtattcaccttagccggcttgccaaaataagtaccggtagttcaaagcattagagtaaaacgtgttcatataTGATACTACTGTCTGAG-T------TTGTTT-TCAGATACTGGTTTGTAAGAAATCTGCT
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgTT--C-T-----CA----TCTTT-AA-------CTATAATA-------AG---TT---------CTTCAT-----------------AGGCTTAGTCCATAC------------------AA-----AATTTGAAAGGAAGTGAC--------------AAGATG-AGCGACTGA--GGCCC-A-ACATGGTCCTCTTGA--TT
gi|15 : gGTGAAA--------C--------------CCGATTCAGCGACTTA--GGTCC-A
gi|16 : attatttcatgtattccgtaagcttattacattcaaaatttgaaaggaa--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--TAT-----TA----TCTAC-AA-------GT-TTTCATTCGCTTAG---TT---------C---ATCTAAAATATGCAAAAGGAA------------T------------------GG-----CAGATGAAA--------C--------------CAGGTG-AGTGATTTA--Gggtctaatttaagctcttg
gi|18 : TACAA-A-------AT---TT---------C---AC-----------------AGATA---------T------------------GA-----CATATGAAA--------C--------------CAGATT-AGTGACTTG--GGTCT-A-ACAAGGGCATCTTAC--TTA
gi|2 : atttttcagaggcttagtccaTGTTATATGAG-T------TT-TAT-TGAAATACTATTATGTAAGGA-----CTTGA
gi|2 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaaGTAAGGAGTCTACTTGAAAGGAGGGGGCAAGGGTCCATTGAAG---------GTG--TCTCACTTTACATAGAAACGC-TATAAGGAAA--C--AGATA-TTTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CTATAACA-------AG---TTATT------C---AT-----------------AG------------C------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTG--GGCCtataaataagagaccagcagtggcccaaaagtaaggagtctacttgaaaggagggggcaagggtccattgaaggtgtctcactttacatagaaacgctataaggaaacagatatttcttatttttctcatctacaactataacaagttattcatagcgacatgtgaaaccagatgagcgacttgggcctcaggttagtttgttgtcagat
gi|20 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaatgttatatgagttttattgaaatactattatgtaaggacttgatataaataagagaccagcagtggcccaaaa-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------CA-------------CGTATG-AGCAACTAA--GGCCCAATCT-TTGACCTCtcaggttagtttgttgtcagat
gi|21 : ttttgtaggctgagtccatacaaaatgtgaaagga-----------------AG------------T------------------GA-----CATTTGAAA--------C--------------AAGATG-AGCGACATA--GGCAC-ATCT-AGGTCCTCTTGT--Tgtat
gi|22 : ttttcataggcctagttcatacaaattttgaaaggaC-AA-------CTTCAATA-------AG---TT---------C---A-------------------G------------T------------------GA-----C--GTGAAA--------C--------------CAGACA-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTC
gi|23 : -----------------AG------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C--------------TAGACG-GGCGACTAA--AGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--aatatgggcctcttgttcttaacaat
gi|24 : tcttcaaatgcctagtccatacaaaatttgaaaggaTGTCAAA--------T--------------CAAGTG-AGCGAATTA--GACCC--TTT-TGGGTCTCTTAT--TT
gi|25 : taggcttttcagaggctttcgccaataaaaacattttgcctG------------T------------------GA-----CAGATTAAA--------T--------------TATGTG-AGCGACTTA--AGTTC-AT-T-TGGGCCTTTTGT--T
gi|26 : taaggcttagtccattcaagatttgaaacaat-----------------AG------------T------------------GA-----CATG--ATA--------T--------------CACGTG-AGTTGCTTATAAGTTC-AT-C-TGGGCCTCTTGT--g
gi|29 : cttcatagtccattcaaaatgtgaaaataA-------CTATTACA-------AG---TT---------CTTCAC-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGAC-TA--------ATA--TGGGCCTCTTAT--Tg
gi|3 : TTGATTCTACTGTATGAG-TGTGTGTTT-TTT-TCATATACTATTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAA-TTAGGGGCAAGGGTCCATTGGTGTCCAGTTGGGTAACTTTCACTTAACATGGAAATGC-TATGAGTAAA--C--A--GA-ATTCTTAATTTTT--C-T-----CC----TCTAC-AA-------CTATAACA-------AGTTCTT---------C---AA-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGGAA--------C--------------CAGACG-AGCGACTAA--GGCCA-ATAT-TGGGTATCTTGG--TTTAATTAgtga
gi|30 : gtt-----------------AG------------T------------------GA-----CATGTGAA---------C--------------CAGATG-AGCAACgattttagatcaaaacgtttttaaatcattcaat
gi|31 : tcttcatacataggctttgtccatacaaaattagaacgga-----------------AG------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGTGA
gi|32 : ttttacatatgcttagtccatacaaaatttaaaagga-------CTA-AACA-------AG---TT---------CTC-A------------------AG------------T------------------TA-----CCTATGAAA--------T--------------CAGGTG-AGCGACT------CT---------GGCTTCTTGT--CT--ATTATTa
gi|33 : -----------------AG------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C--------------TAGATG-AGC
gi|34 : agttctgcataggcttagtccatacacaatttgaaagga-TATGAGAAAA--C--AGATA-ATTCTC-ATTGTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CTATAATA-------
gi|35 : tCAAGGGTCCATTCGAGCCCACTAGGGTGATTTTAACTTTACATGGTAATGC-taagtttt
gi|37 : GTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTAC--CGCCC-ATCT-TGGGCCTATTAT--
gi|38 : TGTGAAA--------T--------------AAGGTG-AGCGACGAA--AGTCC-AT-T-TGGGCCTCTTG
gi|4 : GCCTTGATACTGCTGT------------------------ATACTAGTATGTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--N--N--NN-NNNNNN-NNNNNN--N-N-----NN----NNNNC-AA-------CTATAACA-------AG---TT---------CTTCAT-----------------AA------------T------------------TA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-CTAA-TGGGCCTCTTGT--T---GTTATT
gi|5 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacttATACTAGTATGCAAAGAGTCTGCTTGAAA-TAAGGGTCAAGGGACCATTGGAGTCCAGTAGGGTGACTTTCACTTTACGTGGAAATGC-TATGAGAAA------A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-A-----CA----TCTAC-AA-------CAATTACA-------AGTTCGT---------C---AT-----------------AG------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C--------------CAGATG-AACGACGTA--GGCCC-ATAT-TAGACATCTTGT--TTAA
gi|6 : GATACTGATGTCTGAA-T------AT---------GTACTGGTACATAAG-AGACTGCTTGAAA-TTAGGACTAAGGGACCATTGGAGTACAGTAAGTTGACTTTCACTGTACAAGGAAAAAC-TATGAGAAAAACCG-A--TA-ATTCTC-ATCTATAAC-TATAGTCAGTTTTTTAT-AGGCTTAGTCCATACAA-------AA---TT---------T---AA-----------------AG------------G------------------GAAGTTGCATATGAAA--------C--------------CAGATG-AGCGACTTG--GGCCatcaaatcggtatgtaaaaacgt
gi|7 : GATACTGCCGTCTGTT-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGATTGAAA-TTAGGGGCAAGAGTCCATTGGTTCCCAGTTGGGTGAC---CACTTAACATGGAAGTGC-TACGAGGAAA--CGGA--TA-ATTCTC-AT---------------------CTGGGAA-------CTATAATA-------AG---TTCTTCATATGC---AT-----------------AG------------TCCATACAAAATTTGGATGGA-----AGTGTGAAA--------C--------------CAGATG-AACt
gi|8 : TATTGCTGTATGAG-T------TT-TTTTTCAATTACTAGTATATAAGGAATCTGCTTG-AAGTTAGCGGCAAAGGTCCATTGGAG
gi|8 : TGGAGATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CTATAA--------------------------------------------------------------T------------------GA-----C---TAAGG--------C--------------C-CAT-------------GGCCC-ATTT-TGGGCTTCTTGTCGTTAAatgctatgagaaaacataattctcatttttctcatctataactataatgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|9 : tattgctgtatgagttttttttcaattactagtatataaggaatctgcttgaagttagcggcaaaggtccatC-AA-------TTAAAAAA-------AA---AT---------------------------------G------------C------------------GA-----CAGGTGAAA--------T--------------AAGGGG-AGCGACTCA--GGCCC-AT-T-TGGGTCTCTTGG--TTgtcatctgacttcagc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAAACAGATTGTTCTCAATTGTTTGTTCTTCATAGGCCTAGCACATTCAAAATTTGAAAAGAAATGACAGGTGAACGACTTGGGGCCCATTTGGACCTCAG
Unaligned ( gi|17 ): CTTAAATACTAGTATGTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAGTTCTTCATAGGCTTAATTCATCCAAAAACTCGAAAGAAGCAACAAGTGAAATAAGGCGAGTGAATTGTAGTTGCTCTTGCTTCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTAAACCTAAAGTCCAAT
Unaligned ( gi|28 ): ATGAGTTCTTCTTATGTTTAGTCCATTCAAATTTAAAAATAAGTGACAAGTGAAATGAGATGAGTGATTTG
Unaligned ( gi|36 ): CAAAATTTGAAAAGAAGTGACAGTGAGAGACTTAGACCCATTTAG
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAAGTGACAAGTGAAATAAGCTAAGTGCGGACGTCTTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 4 222222 66666 0 0 777 5 0 0 2 777 0 3 99999999 3 3 44 3 77777 6666 2 8888888 55555 33 33 555 7777777 444 444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 55555555 1 1 1 22 1 222 33 66
lowQualScore : . . ...... ..... . . ... . . . . ... . . ........ . . .. . ..... .... . ....... ..... .. .. ... ....... ... ... ............................................................................ ..... ........ . . . .. . ... .. ..
lowQualScore : 3 4 888888 44444 9 2 888 2 8 2 1 888 6 3 55555555 3 3 22 1 77777 5555 9 1111111 99999 22 22 333 6666666 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 22222222 4 4 1 33 9 999 22 66
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
Reference ( family-307 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
gi|1 : GTCTTGATACTGCTGTATGAG-T------TT-TAT-TCAACTGCTAGTATGTAAGAAGTCT--TCAA---GAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGTAGCCC---ACTAGAGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TTTGAAATAA--C--A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---A---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTTAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCC-ATAT-TTGGCCTCTTGC--TCAGATTATT
gi|10 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATATAGAAAAA--C--A--GGTATGCTC-ATATTT--C-T-----CA----TATGT-AA-------GTTTTTCAT--G--AGCCT-------AG---T---C---------C---ATTTAAA------------AC-----------------------TTGAA--------------GA-----GAAGTGA------------CAGATG-CACGACTTA--TGCTC-AT-T-TGGGCCTCTTGT--Ttgacattctgcttatcgtagttttaaatttaaagtcaatca
gi|11 : taaatgTGATACTGCTGTCTGAGAT------TT-TTT-TCAAATGCTAGTA
gi|12 : tagtattcaccttagccggcttgccaaaataagtaccggtagttcaaagcattagagtaaaacgtgttcatataTGATACTACTGTCTGAG-T------TTGTTT-TCAGATACTGGTTTGTAAGAAATCTGCT
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgTT--C-T-----CA----TCTTT-AA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGGCTTAGTCCATA-----------C------------------AA-----AATTTGAAAGGAAGTGAC-AAGATG-AGCGACTGA--GGCCC-A-ACATGGTCCTCTTGA--TT
gi|15 : gGTGAAA--------C-CCGATTCAGCGACTTA--GGTCC-A
gi|16 : attatttcatgtattccgtaagcttattacattcaaaatttgaaaggaa--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--TAT-----TA----TCTAC-AA-------GT-----TT--T-----CATTCGCTTAG---T---T---------C---ATCTAAAATATGCAAAAGGAA-----------------------T------------------GG-----CAGATGAAA--------C-CAGGTG-AGTGATTTA--Gggtctaatttaagctcttg
gi|18 : T-----AC--A--A---A-------AT---T---T---------C---AC-----------------AGATA--------------------T------------------GA-----CATATGAAA--------C-CAGATT-AGTGACTTG--GGTCT-A-ACAAGGGCATCTTAC--TTA
gi|2 : atttttcagaggcttagtccaTGTTATATGAG-T------TT-TAT-TGAAATACTATTATGTAAGGA-----CTTGATATAAATAAGAGACCAG----CAGTG--GCCCAAAAGTAAGG
gi|2 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaaGTAAGGAGTCTACTTGA---AAGGAGGGGGCAAGGGTCCATTGAAG------------GTG--TCTCACTTTACATAGAAACGC-TATAAGGAAA--C--AGATA-TTTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---TATT------C---AT-----------------AG-----------------------C------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCagtctacttgaaaggagggggcaagggtccattgaaggtgtctcactttacatagaaacgctataaggaaacagatatttcttatttttctcatctacaactataacaagttattcatagcgacatgtgaaaccagatgagcgacttgggcctcaggttagtttgttgtcagat
gi|20 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaatgttatatgagttttattgaaatactattatgtaaggacttgatataaataagagaccagcagtggcccaaaa-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------CACGTATG-AGCAACTAA--GGCCCAATCT-TTGACCTCtcaggttagtttgttgtcagat
gi|21 : ttttgtaggctgagtccatacaaaatgtgaaagga-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATTTGAAA--------C-AAGATG-AGCGACATA--GGCAC-ATCT-AGGTCCTCTTGT--Tgtat
gi|22 : ttttcataggcctagttcatacaaattttgaaaggaC-AA-------CT-----TC--A--A--TA-------AG---T---T---------C---A-------------------G-----------------------T------------------GA-----C--GTGAAA--------C-CAGACA-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTC
gi|23 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGACG-GGCGACTAA--AGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--aatatgggcctcttgttcttaacaat
gi|24 : tcttcaaatgcctagtccatacaaaatttgaaaggaTGTCAAA--------T-CAAGTG-AGCGAATTA--GACCC--TTT-TGGGTCTCTTAT--TT
gi|25 : taggcttttcagaggctttcgccaataaaaacattttgcctG-----------------------T------------------GA-----CAGATTAAA--------T-TATGTG-AGCGACTTA--AGTTC-AT-T-TGGGCCTTTTGT--T
gi|26 : taaggcttagtccattcaagatttgaaacaat-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATG--ATA--------T-CACGTG-AGTTGCTTATAAGTTC-AT-C-TGGGCCTCTTGT--g
gi|29 : cttcatagtccattcaaaatgtgaaaataA-------CT-----AT--T--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAC-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGAC-TA--------ATA--TGGGCCTCTTAT--Tg
gi|3 : TTGATTCTACTGTATGAG-TGTGTGTTT-TTT-TCATATACTATTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AA-TTAGGGGCAAGGGTCCATTGGTGTCC---AGTTGGGTAACTTTCACTTAACATGGAAATGC-TATGAGTAAA--C--A--GA-ATTCTTAATTTTT--C-T-----CC----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AGTTCT---T---------C---AA-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGGAA--------C-CAGACG-AGCGACTAA--GGCCA-ATAT-TGGGTATCTTGG--TTTAATTAgtga
gi|30 : gtt-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAA---------C-CAGATG-AGCAACgattttagatcaaaacgtttttaaatcattcaat
gi|31 : tcttcatacataggctttgtccatacaaaattagaacgga-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGTGA
gi|32 : ttttacatatgcttagtccatacaaaatttaaaagga-------CT-----A---A--A--CA-------AG---T---T---------CTC-A------------------AG-----------------------T------------------TA-----CCTATGAAA--------T-CAGGTG-AGCGACT------CT---------GGCTTCTTGT--CT--ATTATTa
gi|33 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGATG-AGC
gi|34 : agttctgcataggcttagtccatacacaatttgaaagga-TATGAGAAAA--C--AGATA-ATTCTC-ATTGTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--AATA--TA-------AG---T---T---------
gi|35 : tCAAGGGTCCATTCGAGCCC---ACTAGGGTGATTTTAACTTTACATGGTAATGC-tt
gi|37 : GTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTAC--CGCCC-ATCT-TGGGCCTATTAT--
gi|38 : TGTGAAA--------T-AAGGTG-AGCGACGAA--AGTCC-AT-T-TGGGCCTCTTG
gi|4 : GCCTTGATACTGCTGT------------------------ATACTAGTATGTAAAGNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--N--N--NN-NNNNNN-NNNNNN--N-N-----NN----NNNNC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AA-----------------------T------------------TA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-CTAA-TGGGCCTCTTGT--T---GTTATT
gi|5 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacttATACTAGTATGCAAAGAGTCTGCTTGA---AA-TAAGGGTCAAGGGACCATTGGAGTCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACGTGGAAATGC-TATGAGAAA------A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-A-----CA----TCTAC-AA-------CA-----AT--T--A--CA-------AG---TTCGT---------C---AT-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AACGACGTA--GGCCC-ATAT-TAGACATCTTGT--TTAA
gi|6 : GATACTGATGTCTGAA-T------AT---------GTACTGGTACATAAG-AGACTGCTTGA---AA-TTAGGACTAAGGGACCATTGGAGTAC---AGTAAGTTGACTTTCACTGTACAAGGAAAAAC-TATGAGAAAAACCG-A--TA-ATTCTC-ATCTATAAC-TATAGTCAGTTTTTTAT-AGGCTTAGTCC-----AT--A--C--AA-------AA---T---T---------T---AA-----------------AG-----------------------G------------------GAAGTTGCATATGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCatcaaatcggtatgtaaaaacgt
gi|7 : GATACTGCCGTCTGTT-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGATTGA---AA-TTAGGGGCAAGAGTCCATTGGTTCCC---AGTTGGGTGAC---CACTTAACATGGAAGTGC-TACGAGGAAA--CGGA--TA-ATTCTC-AT---------------------CTGGGAA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---TCTTCATATGC---AT-----------------AG-----------------------TCCATACAAAATTTGGATGGA-----AGTGTGAAA--------C-CAGATG-AACt
gi|8 : TATTGCTGTATGAG-T------TT-TTTTTCAATTACTAGTATATAAGGAATCTGCTTG----AAGTTAGCGGCAAAGGTCCATTGGAG
gi|8 : TGGAGATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--A--A------------------------------------------------------------------------------T------------------GA-----C---TAAGG--------C-C-CAT-------------GGCCC-ATTT-TGGGCTTCTTGTCGTTAAatgctatgagaaaacataattctcatttttctcatctataactataatgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|9 : tattgctgtatgagttttttttcaattactagtatataaggaatctgcttgaagttagcggcaaaggtccat-TATGGGAAAG--A--A---A-GTTTTC-ATTTGT--C-T-----CA-----------A-------TT-----ATTAA--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGACTTTATCAATTAAAAAAAAATGC------------------GA-----CAGGTGAAA--------T-AAGGGG-AGCGACTCA--GGCCC-AT-T-TGGGTCTCTTGG--TTgtcatctgacttcagc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAAACAGATTGTTCTCAATTGTTTGTTCTTCATAGGCCTAGCACATTCAAAATTTGAAAAGAAATGACAGGTGAACGACTTGGGGCCCATTTGGACCTCAG
Unaligned ( gi|17 ): CTTAAATACTAGTATGTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAGTTCTTCATAGGCTTAATTCATCCAAAAACTCGAAAGAAGCAACAAGTGAAATAAGGCGAGTGAATTGTAGTTGCTCTTGCTTCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTAAACCTAAAGTCCAAT
Unaligned ( gi|28 ): ATGAGTTCTTCTTATGTTTAGTCCATTCAAATTTAAAAATAAGTGACAAGTGAAATGAGATGAGTGATTTG
Unaligned ( gi|36 ): CAAAATTTGAAAAGAAGTGACAGTGAGAGACTTAGACCCATTTAG
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAAGTGACAAGTGAAATAAGCTAAGTGCGGACGTCTTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 4 222222 66666 0 0 777 5 0 0 2 777 0 3 99999999 3 3 44 3 77777 6666 2 8888888 55555 33 33 555 7777777 444 444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 55555555 1 1 1 22 1 222 33 66
lowQualScore : . . ...... ..... . . ... . . . . ... . . ........ . . .. . ..... .... . ....... ..... .. .. ... ....... ... ... ............................................................................ ..... ........ . . . .. . ... .. ..
lowQualScore : 3 4 888888 44444 9 2 888 2 8 2 1 888 6 3 55555555 3 3 22 1 77777 5555 9 1111111 99999 22 22 333 6666666 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 22222222 4 4 1 33 9 999 22 66
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
Reference ( family-307 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
gi|1 : GTCTTGATACTGCTGTATGAG-T------TT-TAT-TCAACTGCTAGTATGTAAGAAGTCT--TCAA---GAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGTAGCCC---ACTAGAGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TTTGAAATAA--C--A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---A---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTTAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCC-ATAT-TTGGCCTCTTGC--TCAGATTATT
gi|10 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATATAGAAAAA--C--A--GGTATGCTC-ATATTT--C-T-----CA----TATGT-AA-------GTTTTTCAT--G--AGCCT-------AG---T---C---------C---ATTTAAA------------AC-----------------------TTGAA--------------GA-----GAAGTGA------------CAGATG-CACGACTTA--TGCTC-AT-T-TGGGCCTCTTGT--Ttgacattctgcttatcgtagttttaaatttaaagtcaatca
gi|11 : taaatgTGATACTGCTGTCTGAGAT------TT-TTT-TCAAATGCTAGTA
gi|12 : tagtattcaccttagccggcttgccaaaataagtaccggtagttcaaagcattagagtaaaacgtgttcatataTGATACTACTGTCTGAG-T------TTGTTT-TCAGATACTGGTTTGTAAGAAATCTGCT
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgTT--C-T-----CA----TCTTT-AA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGGCTTAGTCCATA-----------C------------------AA-----AATTTGAAAGGAAGTGAC-AAGATG-AGCGACTGA--GGCCC-A-ACATGGTCCTCTTGA--TT
gi|15 : gGTGAAA--------C-CCGATTCAGCGACTTA--GGTCC-A
gi|16 : attatttcatgtattccgtaagcttattacattcaaaatttgaaaggaa--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--TAT-----TA----TCTAC-AA-------GT-----TT--T-----CATTCGCTTAG---T---T---------C---ATCTAAAATATGCAAAAGGAA-----------------------T------------------GG-----CAGATGAAA--------C-CAGGTG-AGTGATTTA--Gggtctaatttaagctcttg
gi|18 : T-----AC--A--A---A-------AT---T---T---------C---AC-----------------AGATA--------------------T------------------GA-----CATATGAAA--------C-CAGATT-AGTGACTTG--GGTCT-A-ACAAGGGCATCTTAC--TTA
gi|2 : atttttcagaggcttagtccaTGTTATATGAG-T------TT-TAT-TGAAATACTATTATGTAAGGA-----CTTGATATAAATAAGAGACCAG----CAGTG--GCCCAAAAGTAAGG
gi|2 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaaGTAAGGAGTCTACTTGA---AAGGAGGGGGCAAGGGTCCATTGAAG------------GTG--TCTCACTTTACATAGAAACGC-TATAAGGAAA--C--AGATA-TTTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---TATT------C---AT-----------------AG-----------------------C------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCagtctacttgaaaggagggggcaagggtccattgaaggtgtctcactttacatagaaacgctataaggaaacagatatttcttatttttctcatctacaactataacaagttattcatagcgacatgtgaaaccagatgagcgacttgggcctcaggttagtttgttgtcagat
gi|20 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaatgttatatgagttttattgaaatactattatgtaaggacttgatataaataagagaccagcagtggcccaaaa-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------CACGTATG-AGCAACTAA--GGCCCAATCT-TTGACCTCtcaggttagtttgttgtcagat
gi|21 : ttttgtaggctgagtccatacaaaatgtgaaagga-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATTTGAAA--------C-AAGATG-AGCGACATA--GGCAC-ATCT-AGGTCCTCTTGT--Tgtat
gi|22 : ttttcataggcctagttcatacaaattttgaaaggaC-AA-------CT-----TC--A--A--TA-------AG---T---T---------C---A-------------------G-----------------------T------------------GA-----C--GTGAAA--------C-CAGACA-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTC
gi|23 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGACG-GGCGACTAA--AGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--aatatgggcctcttgttcttaacaat
gi|24 : tcttcaaatgcctagtccatacaaaatttgaaaggaTGTCAAA--------T-CAAGTG-AGCGAATTA--GACCC--TTT-TGGGTCTCTTAT--TT
gi|25 : taggcttttcagaggctttcgccaataaaaacattttgcctG-----------------------T------------------GA-----CAGATTAAA--------T-TATGTG-AGCGACTTA--AGTTC-AT-T-TGGGCCTTTTGT--T
gi|26 : taaggcttagtccattcaagatttgaaacaat-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATG--ATA--------T-CACGTG-AGTTGCTTATAAGTTC-AT-C-TGGGCCTCTTGT--g
gi|29 : cttcatagtccattcaaaatgtgaaaataA-------CT-----AT--T--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAC-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGAC-TA--------ATA--TGGGCCTCTTAT--Tg
gi|3 : TTGATTCTACTGTATGAG-TGTGTGTTT-TTT-TCATATACTATTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AA-TTAGGGGCAAGGGTCCATTGGTGTCC---AGTTGGGTAACTTTCACTTAACATGGAAATGC-TATGAGTAAA--C--A--GA-ATTCTTAATTTTT--C-T-----CC----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AGTTCT---T---------C---AA-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGGAA--------C-CAGACG-AGCGACTAA--GGCCA-ATAT-TGGGTATCTTGG--TTTAATTAgtga
gi|30 : gtt-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAA---------C-CAGATG-AGCAACgattttagatcaaaacgtttttaaatcattcaat
gi|31 : tcttcatacataggctttgtccatacaaaattagaacgga-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGTGA
gi|32 : ttttacatatgcttagtccatacaaaatttaaaagga-------CT-----A---A--A--CA-------AG---T---T---------CTC-A------------------AG-----------------------T------------------TA-----CCTATGAAA--------T-CAGGTG-AGCGACT------CT---------GGCTTCTTGT--CT--ATTATTa
gi|33 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGATG-AGC
gi|34 : agttctgcataggcttagtccatacacaatttgaaagga-TATGAGAAAA--C--AGATA-ATTCTC-ATTGTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--AATA--TA-------AG---T---T---------
gi|35 : tCAAGGGTCCATTCGAGCCC---ACTAGGGTGATTTTAACTTTACATGGTAATGC-tt
gi|37 : GTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTAC--CGCCC-ATCT-TGGGCCTATTAT--
gi|38 : TGTGAAA--------T-AAGGTG-AGCGACGAA--AGTCC-AT-T-TGGGCCTCTTG
gi|4 : GCCTTGATACTGCTGT------------------------ATACTAGTATGTAAAGNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--N--N--NN-NNNNNN-NNNNNN--N-N-----NN----NNNNC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AA-----------------------T------------------TA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-CTAA-TGGGCCTCTTGT--T---GTTATT
gi|5 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacttATACTAGTATGCAAAGAGTCTGCTTGA---AA-TAAGGGTCAAGGGACCATTGGAGTCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACGTGGAAATGC-TATGAGAAA------A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-A-----CA----TCTAC-AA-------CA-----AT--T--A--CA-------AG---TTCGT---------C---AT-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AACGACGTA--GGCCC-ATAT-TAGACATCTTGT--TTAA
gi|6 : GATACTGATGTCTGAA-T------AT---------GTACTGGTACATAAG-AGACTGCTTGA---AA-TTAGGACTAAGGGACCATTGGAGTAC---AGTAAGTTGACTTTCACTGTACAAGGAAAAAC-TATGAGAAAAACCG-A--TA-ATTCTC-ATCTATAAC-TATAGTCAGTTTTTTAT-AGGCTTAGTCC-----AT--A--C--AA-------AA---T---T---------T---AA-----------------AG-----------------------G------------------GAAGTTGCATATGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCatcaaatcggtatgtaaaaacgt
gi|7 : GATACTGCCGTCTGTT-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGATTGA---AA-TTAGGGGCAAGAGTCCATTGGTTCCC---AGTTGGGTGAC---CACTTAACATGGAAGTGC-TACGAGGAAA--CGGA--TA-ATTCTC-AT---------------------CTGGGAA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---TCTTCATATGC---AT-----------------AG-----------------------TCCATACAAAATTTGGATGGA-----AGTGTGAAA--------C-CAGATG-AACt
gi|8 : TATTGCTGTATGAG-T------TT-TTTTTCAATTACTAGTATATAAGGAATCTGCTTG----AAGTTAGCGGCAAAGGTCCATTGGAG
gi|8 : TGGAGATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--A--A------------------------------------------------------------------------------T------------------GA-----C---TAAGG--------C-C-CAT-------------GGCCC-ATTT-TGGGCTTCTTGTCGTTAAatgctatgagaaaacataattctcatttttctcatctataactataatgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|9 : tattgctgtatgagttttttttcaattactagtatataaggaatctgcttgaagttagcggcaaaggtccat-TATGGGAAAG--A--A---A-GTTTTC-ATTTGT--C-T-----CA-----------A-------TT-----ATTAA--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGACTTTATCAATTAAAAAAAAATGC------------------GA-----CAGGTGAAA--------T-AAGGGG-AGCGACTCA--GGCCC-AT-T-TGGGTCTCTTGG--TTgtcatctgacttcagc
blockSeqs : C A GTGTGT GTTT TAT A C AAA A ACCGA T A AA A ATAGT GTTT G GCTTAGT TTTTC TA AT GCC TTCGCTT TTC TCG CTTCATATGCATAGTCCATACAAAATTTGGATG AGTTG GGAAGTGA A C T TA A ACA CG TA
blockSeqs : C . . TTTT . G T . . CAGA . . . . . . . . . . . T . . . CTTCATAGACTTTATCAATTAAAAAAAAATGC . . . . G . . ACA . AA
blockSeqs : A . . TTT . N C . . CAGA . . . . . . . . . . . C . . . CATCTAAAATATGCAAAAGGAAT . . . . T . . CT . AA
blockSeqs : A . . TAT . G N . . CGGA . . . . . . . . . . . C . . . CTTCATAGGCTTAGTCCATAC . . . . T . . CT . .
blockSeqs : C . . TTT . . T . . CA . . . . . . . . . . . T . . . CATTTAAAACTTGAA . . . . T . . AT . .
blockSeqs : C . . TTT . . T . . CA . . . . . . . . . . . C . . . CACAGATAT . . . . T . . AT .
blockSeqs : A . . . . . C . . NN . . . . . . . . . . . C . . . ATTCATAGC . . . . A . . TT .
blockSeqs : . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . C . . . CTTCACAGT . . . . T . . AT .
blockSeqs : . AA . . . . . . . . . . . T . . . CTTCATAAT . . . . T . . CT .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . C . . . CTCAAGT . . . . A . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . . . CAAAGT . . . . T . . AT .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . CATAGA . . . . T . . TT .
blockSeqs : . . . . . T . . . TAAAGG . . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . T . . . CAGT . . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . A . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . A .
blockSeqs : . . . . A . . T
blockSeqs : . . . . T . . T
blockSeqs : . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . T . .
blockSeqs : . . . . C .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAAACAGATTGTTCTCAATTGTTTGTTCTTCATAGGCCTAGCACATTCAAAATTTGAAAAGAAATGACAGGTGAACGACTTGGGGCCCATTTGGACCTCAG
Unaligned ( gi|17 ): CTTAAATACTAGTATGTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAGTTCTTCATAGGCTTAATTCATCCAAAAACTCGAAAGAAGCAACAAGTGAAATAAGGCGAGTGAATTGTAGTTGCTCTTGCTTCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTAAACCTAAAGTCCAAT
Unaligned ( gi|28 ): ATGAGTTCTTCTTATGTTTAGTCCATTCAAATTTAAAAATAAGTGACAAGTGAAATGAGATGAGTGATTTG
Unaligned ( gi|36 ): CAAAATTTGAAAAGAAGTGACAGTGAGAGACTTAGACCCATTTAG
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAAGTGACAAGTGAAATAAGCTAAGTGCGGACGTCTTG
Alignments
lowQualScore : 111111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 5 4 222222 66666 0 0 777 5 0 0 2 777 0 3 99999999 3 3 44 3 77777 6666 2 8888888 55555 33 33 555 7777777 444 444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44444 55555555 1 1 1 22 1 222 33 66
lowQualScore : . . ...... ..... . . ... . . . . ... . . ........ . . .. . ..... .... . ....... ..... .. .. ... ....... ... ... ............................................................................ ..... ........ . . . .. . ... .. ..
lowQualScore : 3 4 888888 44444 9 2 888 2 8 2 1 888 6 3 55555555 3 3 22 1 77777 5555 9 1111111 99999 22 22 333 6666666 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 22222222 4 4 1 33 9 999 22 66
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
Reference ( family-307 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCCTTGATACTGCTGTNTGAG-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGCCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--TTAAATTATT
gi|1 : GTCTTGATACTGCTGTATGAG-T------TT-TAT-TCAACTGCTAGTATGTAAGAAGTCT--TCAA---GAGTTAGGGGCAAGGGTCCATTGTAGCCC---ACTAGAGTGACTTTCACTTTACATGGAAATGC-TTTGAAATAA--C--A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---A---T---------C---AT-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTTAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCC-ATAT-TTGGCCTCTTGC--TCAGATTATT
gi|10 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGCATATAGAAAAA--C--A--GGTATGCTC-ATATTT--C-T-----CA----TATGT-AA-------GTTTTTCAT--G--AGCCT-------AG---T---C---------C---ATTTAAA------------AC-----------------------TTGAA--------------GA-----GAAGTGA------------CAGATG-CACGACTTA--TGCTC-AT-T-TGGGCCTCTTGT--Ttgacattctgcttatcgtagttttaaatttaaagtcaatca
gi|11 : taaatgTGATACTGCTGTCTGAGAT------TT-TTT-TCAAATGCTAGTA
gi|12 : tagtattcaccttagccggcttgccaaaataagtaccggtagttcaaagcattagagtaaaacgtgttcatataTGATACTACTGTCTGAG-T------TTGTTT-TCAGATACTGGTTTGTAAGAAATCTGCT
gi|13 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgTT--C-T-----CA----TCTTT-AA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGGCTTAGTCCATA-----------C------------------AA-----AATTTGAAAGGAAGTGAC-AAGATG-AGCGACTGA--GGCCC-A-ACATGGTCCTCTTGA--TT
gi|15 : gGTGAAA--------C-CCGATTCAGCGACTTA--GGTCC-A
gi|16 : attatttcatgtattccgtaagcttattacattcaaaatttgaaaggaa--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--TAT-----TA----TCTAC-AA-------GT-----TT--T-----CATTCGCTTAG---T---T---------C---ATCTAAAATATGCAAAAGGAA-----------------------T------------------GG-----CAGATGAAA--------C-CAGGTG-AGTGATTTA--Gggtctaatttaagctcttg
gi|18 : T-----AC--A--A---A-------AT---T---T---------C---AC-----------------AGATA--------------------T------------------GA-----CATATGAAA--------C-CAGATT-AGTGACTTG--GGTCT-A-ACAAGGGCATCTTAC--TTA
gi|2 : atttttcagaggcttagtccaTGTTATATGAG-T------TT-TAT-TGAAATACTATTATGTAAGGA-----CTTGATATAAATAAGAGACCAG----CAGTG--GCCCAAAAGTAAGG
gi|2 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaaGTAAGGAGTCTACTTGA---AAGGAGGGGGCAAGGGTCCATTGAAG------------GTG--TCTCACTTTACATAGAAACGC-TATAAGGAAA--C--AGATA-TTTCTT-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---TATT------C---AT-----------------AG-----------------------C------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCagtctacttgaaaggagggggcaagggtccattgaaggtgtctcactttacatagaaacgctataaggaaacagatatttcttatttttctcatctacaactataacaagttattcatagcgacatgtgaaaccagatgagcgacttgggcctcaggttagtttgttgtcagat
gi|20 : ctatatttctcacctaaatgaccaattcaaagtttgctggtaaataaaaactgtcaaatgttatatgagttttattgaaatactattatgtaaggacttgatataaataagagaccagcagtggcccaaaa-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------CACGTATG-AGCAACTAA--GGCCCAATCT-TTGACCTCtcaggttagtttgttgtcagat
gi|21 : ttttgtaggctgagtccatacaaaatgtgaaagga-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATTTGAAA--------C-AAGATG-AGCGACATA--GGCAC-ATCT-AGGTCCTCTTGT--Tgtat
gi|22 : ttttcataggcctagttcatacaaattttgaaaggaC-AA-------CT-----TC--A--A--TA-------AG---T---T---------C---A-------------------G-----------------------T------------------GA-----C--GTGAAA--------C-CAGACA-AGCGACTTA--GGCCC-ATAT-TGGGCCTC
gi|23 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGACG-GGCGACTAA--AGCCC-ATAT-TGGGCCTCTTGT--aatatgggcctcttgttcttaacaat
gi|24 : tcttcaaatgcctagtccatacaaaatttgaaaggaTGTCAAA--------T-CAAGTG-AGCGAATTA--GACCC--TTT-TGGGTCTCTTAT--TT
gi|25 : taggcttttcagaggctttcgccaataaaaacattttgcctG-----------------------T------------------GA-----CAGATTAAA--------T-TATGTG-AGCGACTTA--AGTTC-AT-T-TGGGCCTTTTGT--T
gi|26 : taaggcttagtccattcaagatttgaaacaat-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATG--ATA--------T-CACGTG-AGTTGCTTATAAGTTC-AT-C-TGGGCCTCTTGT--g
gi|29 : cttcatagtccattcaaaatgtgaaaataA-------CT-----AT--T--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAC-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGAC-TA--------ATA--TGGGCCTCTTAT--Tg
gi|3 : TTGATTCTACTGTATGAG-TGTGTGTTT-TTT-TCATATACTATTATGTAAGGAGTCTGCTTGA---AA-TTAGGGGCAAGGGTCCATTGGTGTCC---AGTTGGGTAACTTTCACTTAACATGGAAATGC-TATGAGTAAA--C--A--GA-ATTCTTAATTTTT--C-T-----CC----TCTAC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AGTTCT---T---------C---AA-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGGAA--------C-CAGACG-AGCGACTAA--GGCCA-ATAT-TGGGTATCTTGG--TTTAATTAgtga
gi|30 : gtt-----------------AG-----------------------T------------------GA-----CATGTGAA---------C-CAGATG-AGCAACgattttagatcaaaacgtttttaaatcattcaat
gi|31 : tcttcatacataggctttgtccatacaaaattagaacgga-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGTGA
gi|32 : ttttacatatgcttagtccatacaaaatttaaaagga-------CT-----A---A--A--CA-------AG---T---T---------CTC-A------------------AG-----------------------T------------------TA-----CCTATGAAA--------T-CAGGTG-AGCGACT------CT---------GGCTTCTTGT--CT--ATTATTa
gi|33 : -----------------AG-----------------------T------------------GG-----CATGTGAAA--------C-TAGATG-AGC
gi|34 : agttctgcataggcttagtccatacacaatttgaaagga-TATGAGAAAA--C--AGATA-ATTCTC-ATTGTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--AATA--TA-------AG---T---T---------
gi|35 : tCAAGGGTCCATTCGAGCCC---ACTAGGGTGATTTTAACTTTACATGGTAATGC-tt
gi|37 : GTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTAC--CGCCC-ATCT-TGGGCCTATTAT--
gi|38 : TGTGAAA--------T-AAGGTG-AGCGACGAA--AGTCC-AT-T-TGGGCCTCTTG
gi|4 : GCCTTGATACTGCTGT------------------------ATACTAGTATGTAAAGNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN--N--N--NN-NNNNNN-NNNNNN--N-N-----NN----NNNNC-AA-------CT-----AT--A--A--CA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AA-----------------------T------------------TA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTA--GGCCC-CTAA-TGGGCCTCTTGT--T---GTTATT
gi|5 : tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaacttATACTAGTATGCAAAGAGTCTGCTTGA---AA-TAAGGGTCAAGGGACCATTGGAGTCC---AGTAGGGTGACTTTCACTTTACGTGGAAATGC-TATGAGAAA------A--TA-ATTCTT-ATTTTT--C-A-----CA----TCTAC-AA-------CA-----AT--T--A--CA-------AG---TTCGT---------C---AT-----------------AG-----------------------A------------------GA-----CATGTGAAA--------C-CAGATG-AACGACGTA--GGCCC-ATAT-TAGACATCTTGT--TTAA
gi|6 : GATACTGATGTCTGAA-T------AT---------GTACTGGTACATAAG-AGACTGCTTGA---AA-TTAGGACTAAGGGACCATTGGAGTAC---AGTAAGTTGACTTTCACTGTACAAGGAAAAAC-TATGAGAAAAACCG-A--TA-ATTCTC-ATCTATAAC-TATAGTCAGTTTTTTAT-AGGCTTAGTCC-----AT--A--C--AA-------AA---T---T---------T---AA-----------------AG-----------------------G------------------GAAGTTGCATATGAAA--------C-CAGATG-AGCGACTTG--GGCCatcaaatcggtatgtaaaaacgt
gi|7 : GATACTGCCGTCTGTT-T------TT-TTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGATTGA---AA-TTAGGGGCAAGAGTCCATTGGTTCCC---AGTTGGGTGAC---CACTTAACATGGAAGTGC-TACGAGGAAA--CGGA--TA-ATTCTC-AT---------------------CTGGGAA-------CT-----AT--A--A--TA-------AG---T---TCTTCATATGC---AT-----------------AG-----------------------TCCATACAAAATTTGGATGGA-----AGTGTGAAA--------C-CAGATG-AACt
gi|8 : TATTGCTGTATGAG-T------TT-TTTTTCAATTACTAGTATATAAGGAATCTGCTTG----AAGTTAGCGGCAAAGGTCCATTGGAG
gi|8 : TGGAGATGC-TATGAGAAAA--C--A--TA-ATTCTC-ATTTTT--C-T-----CA----TCTAT-AA-------CT-----AT--A--A------------------------------------------------------------------------------T------------------GA-----C---TAAGG--------C-C-CAT-------------GGCCC-ATTT-TGGGCTTCTTGTCGTTAAatgctatgagaaaacataattctcatttttctcatctataactataatgactaaggcccatggcccattttgggcttcttgtcgttaaagtcatctgacttcagc
gi|9 : tattgctgtatgagttttttttcaattactagtatataaggaatctgcttgaagttagcggcaaaggtccat-TATGGGAAAG--A--A---A-GTTTTC-ATTTGT--C-T-----CA-----------A-------TT-----ATTAA--A--TA-------AG---T---T---------CTTCAT-----------------AGACTTTATCAATTAAAAAAAAATGC------------------GA-----CAGGTGAAA--------T-AAGGGG-AGCGACTCA--GGCCC-AT-T-TGGGTCTCTTGG--TTgtcatctgacttcagc
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAAACAGATTGTTCTCAATTGTTTGTTCTTCATAGGCCTAGCACATTCAAAATTTGAAAAGAAATGACAGGTGAACGACTTGGGGCCCATTTGGACCTCAG
Unaligned ( gi|17 ): CTTAAATACTAGTATGTAAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGA
Unaligned ( gi|19 ): CAAGTTCTTCATAGGCTTAATTCATCCAAAAACTCGAAAGAAGCAACAAGTGAAATAAGGCGAGTGAATTGTAGTTGCTCTTGCTTCTA
Unaligned ( gi|27 ): CTTTGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGTAAACCTAAAGTCCAAT
Unaligned ( gi|28 ): ATGAGTTCTTCTTATGTTTAGTCCATTCAAATTTAAAAATAAGTGACAAGTGAAATGAGATGAGTGATTTG
Unaligned ( gi|36 ): CAAAATTTGAAAAGAAGTGACAGTGAGAGACTTAGACCCATTTAG
Unaligned ( gi|39 ): AAAGAAGTGACAAGTGAAATAAGCTAAGTGCGGACGTCTTG