lowQualScore : 111111111111111 11111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 1 9999999 1111 1 1111 4444444444 11 000000000000000 2222 111 333333333 22 1111 1 11 1 2 11 2 22222222222222222222222222222 11 1 111111 1 1 111 1111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 5555555555555555555555555555555 555555555555555555555555555555555555555555 33333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 4444444444444444444444444444444 66666 11111 11111 1 1 222222222 1 1 1 888888888888888888888 111 111 1 1 22222222222222222222222 111111111111111111 55555555555555555 22222 222222 99999999999999999999999999999999999 22 2
lowQualScore : 5 1 3 000 5 5 4 5 6666666 0 2222 7 6 1 4444 6666666666 1 2 77 3 666666666666666 6 3 0 77 2222 111 333333333 22 3 5 1 2222 0 8 99 5 2 9 0 1 5 3 11 5 5 0 7 9 33333333333333333333333333333 4 4 0 55 4 4 222222 1 4 7 5 1 888 8888888 5 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 3 0 3333 2 0000000000000000000000000000000 3 333333333333333333333333333333333333333333 5 2 4 3 55555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 88 1 0 3333333333333333333333333333333 3 33333 00000 2 1 7 55 00000 777 2 5 33 99 3 4 555555555 0 55 2 7 88888 2 111111111111111111111 000 777 1 44 22 55 6666 5 222 3 4 1 77777777777777777777777 22 444444 22 222222222222222222 333 77 55555555555555555 5 22 44444 333333 3 1 1 33333333333333333333333333333333333 22 333 77 2 7 6
lowQualScore : . . . ... . . . . ....... . .... . . . .... .......... . . .. . ............... . . . .. .... ... ......... .. . . . .... . . .. . . . . . . . .. . . . . . ............................. . . . .. . . ...... . . . . . ... ....... . . ..................................................................................................................................................................................................... . . . .... . ............................... . .......................................... . . . . ..... .............................................................................. .. .. . . ............................... . ..... ..... . . . .. ..... ... . . .. .. . . ......... . .. . . ..... . ..................... ... ... . .. .. .. .... . ... . . . ....................... .. ...... .. .................. ... .. ................. . .. ..... ...... . . . ................................... .. ... .. . . .
lowQualScore : 0 4 0 000 3 7 4 7 7777777 7 1111 0 0 0 2222 8888888888 0 5 77 5 555555555555555 0 8 8 88 7777 777 333333333 77 5 7 3 9999 2 1 11 0 2 2 4 4 7 7 11 7 7 3 3 3 55555555555555555555555555555 4 4 9 00 2 3 888888 1 1 1 9 4 999 6666666 0 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 9 9 2222 2 6666666666666666666666666666666 0 444444444444444444444444444444444444444444 4 4 1 6 55555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 9 3 4444444444444444444444444444444 6 33333 00000 2 2 8 55 00000 000 3 4 77 66 0 0 333333333 3 55 0 3 11111 2 222222222222222222222 555 999 7 88 33 66 5555 5 555 3 6 7 99999999999999999999999 33 888888 44 888888888888888888 222 55 44444444444444444 9 88 77777 222222 5 9 9 22222222222222222222222222222222222 99 777 99 8 5 0
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAG-TCCCAA-AA--A----GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTCTCCGGATTA-TCTA-----GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCTG-TGT-TGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCNCGTTTTCT---CCCTAATTCCC----C-N--TTTA-GTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGT-ATTTTTCATATC-GAGGT-GTTGTTCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAAT-------GTTGATAGGC---A----TA--T-T-CAAGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATTTGNTATAACATTGAT-------CTCAGAGGTTTTTATTC----------A---------GT---------ATTT-------TT--T--TTTAA----TT--TG------A---A-GT---TTTC----CAT------G------------T-CCAATA--------GTT----AT----TTTAATAAT--------NTACCGAT-AGCTT-TN-------------TA-----TGC-ATGAATTGGC---AGCATAT----------AAT------------------CTAGCACTCACTGTGATAAA--GA-TTTT-TG-GT-TTTT--T--TAT-----------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA-T----TTGTTTAAAT----TATA-----T-A-T----A-C------------TAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TACGAAATAT-GAAATAATAATGAA-GTTGTCTGTGATATTTAATAGTAC----ATGTAT---A--CTCAAA--GACAATTAACT-AATCAA-----TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAAC-AATTACATGAC-------TTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATG----GAAATAA---GA-A---A-AAGCC-C-TTTT-CCCT--TTT-T--TGTG--TT--ATCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCA-TGG------------NC-T--A----T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--T---A-T----GA-----TTTCTA--TATC--ATTGTTGTTA---TATCGT-TC-ATGC----ATCATGTTG----TTGCCATGC-----TTTGT--ATGTA---CATTTA-ATTACCAAATATAA
Reference ( gi|2 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAG-TCTCAA-AACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTCTCCAGATTA-GCAA-----GGTGACCATTTTGAGCCATTTA--TCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCT---CCCTAATTCCC----C-A--TTTC-GTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGT-ATTTTGCATACC-AAGGT-GTTGTTCT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAAT-------GGCCATAGGC---A----TA--T-T-CAAGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATTCAATATAACATTGAT-------CTCGGAGGTTTTTAATC----------A---------GT---------ATTT-------TT--T--TTTAA----TT--TG------A---G-GT---TTTC----CAT------G------------T-CCAATA--------GTT----AT----TTTAATAA---------ATACCGAT-ACCTT-TT-------------TA-----TGC-ATGAATTGGT---AATATAT----------CAT------------------CTAGTACTCACTGTGATAAA--GA-TTTTGTGTGTGTTTT--T--TAT-----------GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATA-T-A--TTGTTTAAAC----TATA-----T-A-T----A-T------------CAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAA-ATGGTCCGTGATATTTAATATTAC----CTGTAT---C--CTGAAA--GAAAATTAACT-AATCAAAAT--TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAAC-AATTACATGGT-------TTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTG----AAAATAA---GGCATTTATAAGCC-C-ATTT-CCCT--CTT-T--TGTG--TT--ATCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCA-TGG------------AC-C--A----T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--T---G-T----AACTT--TTTTTA--TATA--AGTGTTGCTT---TATTGT-TC-ATGCATA-ATCACGTTGAGCATTGCCATGC--ATATTT-T--ATGTA---CATTTAAACTACCACATACAAT
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAG-TCTCAA-AA----AA--AGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTCTCCAGATTA-TCTA-----GGTGAACATTTTGTGCTACTTA--ACTCTG
gi|11 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAG-TCTCAATAA-------GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTCTCCAAATTA-TTTA-----GGTGGCCATTTTGTGCCACTCA--ACTCTG-----TGCATGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCT---ACAT-ATTCCC----C-T--TTTA-G-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAATtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaatgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|5 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAA-AA-------GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGCTTCGGATTA-TC---------T--CGATTTTGTGCGGCGTA--ACTCTG-TGT----ATGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACTT--TTTTT---CCTTAA-CCCC----C-A--TTTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAAT-AGTTTTCATATC-GAGGTGGCTG--CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACATGAGATATC------GG---TATGCCAAA----TAATT-T-CAAAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCtt
gi|9 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAG-TCCCAA-AATGAA------TTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGCTCCGGATTATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTAACTCAGTG-------CATGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCC---CCCTAGTAACCAGTTT-AGTTTTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAAT-ATTTTTCAAATCGAAAGT-ATgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|10 : gTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAG-TCCCAA-AA--A----GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTTTTACGATTA-TCTT-----GGTGAACACTTTATGCCATGTA--aagagatgttggtcggcaaaataatttcaagaatgtcgccaagaatcccatgttagccatctaactatgcatttgttataacattgatctcaatgatttttattcacttaaccaggtattttttaatttggactttttcatgtttaagttcaataatttattgataaaccagtaagcattgtatgcatgaataggcagcatataatcaattactcactgtgataaattcttt
gi|15 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAG-TTCCAA-AA--A----GAGTTGA----TCac
gi|42 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgTTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|3 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgATCAG-TC------ACAAAAA-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTCGCCAAATAA-TCTA-----GGTGACCATTTTGTGCCACTTA--AC-----TATGTGCATGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTT---TTTCTTTCCTCTAATTCCC----CTC--TTTA-GATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGT-AATTATAATATC-GAGGT-GTTGTTCT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATT----GA--ATTGAC---AAGATTA--TGT-CAAGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATTTGGTATAATATTGATTATAATACT--GA-----TTATTC----------A---------GCTTCCC----ATGTA------TT--T--TTTAA----TTA-CA------A---C-GT---TTAC----AA-------G------------T-CAAATA--------TTT----GT----TTT--TAA---------TTTCTG-T-AATTTATTAATATAAGTATAGTA-----CGC-ACGTATTGGC---AGCATGC----------AAT------------------CTAGCTCTTACTGTAATAA---TA-TTTTTTGT---TTTA--T--TAT-----------GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAACATA-T-----TGTATAAAT----AAAG-----T-A-TTAAAA-C------------TAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT-----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTAC----GTGTAT---A--CTCAAA--GGCAATGAACT-ACTCAA-----TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATTAA-----TGATTACTAAT-ACTTACATGAC-------TTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATG----GAAATAAAAGAGCAGTTAT---------TT---------------------TT--ATTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCA-TGG------------AC-T--A----T--A------TATGGTTG-------------------ATCA---C--T---A-T----AATAA--TTTTTA--TATC--ATTGTTGTTA---TATTGT-CC-ATGCA
gi|6 : CATGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCT---CCCTAATTCCT----T-T--TTTA-GTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGT-CTTTT-TATATC-GAGGT-GTTTTTCTAATGGA---------------ATATTACAAAT-------ATTGATAGGC----------------CA--GATAATTTCAAGA---ATACG------TTGTCTATTTAACTATCCATTTGGTATAACATTGAT-------CTCGGAGGTTTTTATTC----------ACTTTCCC--GTG--------ATTT-------TT--T--TTT-A----TT--TG------A---ACGT---TTT-----CAT------G------------G-CCAATAT-------ATT----GT----TTTATTAA---------GAATCG-T-TTCTT-TT-------------TAGTTTCTGTAATTTATTAATATAAACATATG---------CATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGATAAA--GT-TTTTGTGGGCTTTTTTAT--TAT-----------GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAACATA---G--TGGTTTTAG-----TACG-----TAA-T----A-C------------TAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAA-GTTGTCTGTAATATTTAATAGTAT----ATGTATACAC--C---AA--GTTAATTAACT-AATTAG-----TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAAC-AATCACGTGAC-------TTTCTGTGGCA--TGCCATCAATATcctgtct
gi|1 : atgTGCGTGATTTCT---CTCTAATTTCC----C-T--TCTA-GTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGC-CTTTTTCTTATC-GAGAT-GTTGTTCT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGT--------------------------A--T-T-CGAGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACT----ATT-AAT-T----TTGAT-------CTCATATGTTTTTTATTCAGTTTCCAAA---------GT---------ATTT-------TTAAT--TTGAATGTTTTCATGTCCAATA---G-AT---TTTTAT--CAA------G------------TATCGATACTTTTTTAGTTT---ATGTAATTTAATATT--------ATAAGCAT-AGC-------------------A-----TGC-ATGAATTAAC---AGCATAT----------AAT------------------CTAGCACTCATTGTGATAAAAAGA-ATT---GTGTGATTT--T--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAACATA-T-A----GTTTAAA-------TA-----T-A-G----T-T------------C---------------------G---T-AA--TACT---TAT-GAGATAACAATGAG-ATAGTT--TAA-----AATATTA----------------------------AAT-AA-T-AATAAAAATGTCTGTGATAT-----TTA-----AC----------AAT--A-----TA---TGT-TTACAAA-AAGATTATTAACTAGTT-CATTGTGATATAATGTTTA----A--TGCCATCAATATT-AATGAACCTGATG----AAAACAA---GGGA-----AAATC-C-CTTT-TATT---TT-T--TATG--TT--ATCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCA-TAG------------CC-T--A----T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--T---A-T----GACAA--ATTGTA--TATT--ATTGTTG-TT---TATCTT-TC-ATGC----ATCATGTTG----TTGCCATTC-----TTTGT--ATATA---CATATA
gi|16 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTT-CATATC-TAGAT-CTTGTTCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAAT-------GTTGAAAGAA---A----GAT-T-T-CAAGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATGTGTTATAACAttatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|4 : ttcctccctaACGATTTTTT-TACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTT-CAAACA-GAGGT-TTTGTTCT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGACAGGCCA--GAT---C----TT--T-T-CAAGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATTTGATATAACATTGAT-------CTCAGAGGTTTTTA-TT----------A----------------------TT-------TC--T--TTTAG----TT--TG------AACTG-GTACTTTTT----TAT------T------------T-TC--TG----------T----AT----TTTATTAAT--------ATA------AGCCT-AG-------------TA-----TGC-ATGAATTGGT---AATATAT----------AAT------------------CTGGCACTCAATGTGATAA---TA-TTTTGGAGGTATTTTA-T--TAT-----------AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAACTTA-T----TTTTTTAAATACAGTACG-----T-AAT----A-C------------TAATAT-GA---TAACAA---TG----------ACA----AT-GAAATATTAAGGAA-GTTTTCTGTACTTTTTAATAGTAC----ATGTAT---A--ATCAAA--GACAATTAACT-AATCAA-----TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTGAT--A-----CA---TAT--TAAAAA-CTGATTACTAAC-AACAACATGAC-------TTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACG----AAAATAA---GACA---AAAAGCT-A-TTTT-CCCT--TTC-C--TGTG--TT--ATCCTT----G--------TGA--AT-TCAATGG------------CC-T--A----T--A------TGTG--TG------------------TACCGTCAT--T---A-T----AA-----TTTCTA--TATC--ATTGTTGTTA---TATCGC-TC-ATGTATC-ATC----------TTTCCATAC-----TTTGT--ATGTA---CATTT--ATTACCAAATAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|31 : aaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAAT-------ATTGATAGGCCAGA----TAA-T-TGCAAGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTTTGATATAACATTGAT-------CTCAGAGGTTTTTATTC----------A---------GT----------TTCCCGAGCATT--T--TTTAA----TT--TG------A---A-CT---TGTC----CAT------G------------T-CCA------------TT----AC----TTTaagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|9 : GTATAAGAGAT-------GTTGGTCGGC---AAAA-TAATT-T-CAAGAATGTCGCCAAGAATCCCATG------TTAGCCATCTAACTATGCATTTGTTATAACATTGAT-------CTCAATGATTTTTATTC----------ACTTAACCAGGT---------A----------TT--T--TTTAA----TT--TG------G---A-CT---TTTT----CATGTTTAAG------------T-TCAATA--------ATT-----T----ATTGATAA-----------ACCAGTAAGCAT-TG-------------TA-----TGC-ATGAATAGGC---AGCATAT----------AAT------------------CAATTACTCACTGTGATAAA--tt
gi|7 : gttttgttctaaatttgtaaaacatgtctcatataggacaggaacattttaagtttataaactggttatcagtcccaaaatgaatttatcagactactctttatcatgttcaaaaaattaagttgggtactgctccggattatccaaggcttggtaaatattttcgccacttaactcagtgcatgatcgctgtaccggagctggcatgaccgtctgttttccccctagtaaccagtttagttttcagttttaccttcatcgataatagacgatttgctttatccaaagtaggcagtttcggaaagaaatatttttcaaatcgaaa-T-CAAGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGAT-------CTCATAGATCTTTATTC----------A---------GTTTCCTTGGTATTT-------TT--TTATTTGA----TC--T--------------T---TTTCATGTCAT------AGTATATATTCTAT-CAAATACGGAAC--GTTTTGAAT----TTCTATAATTTATTTATATACCCAT-AG-------------------TA-----TGC-AAGAAATGGC---AGTATGT----------TAT------------------CTAGCACTCACTGTGAGAAA------TTT-----TATTTT-------------------GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAACATA-T-----CGTTTAA-T----TATA-----T-A-T----G-TAGTAAGACATACTAATGA-AAAAGTAATAA---TA---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAA-GTT-TCTATGATATCTAGTAGTAC----ATGTAT---A--CTTAAA--GTCAATTAACT-AATCCG-----TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAAC-AATTACATGAC-------TATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATG----GAAATttcttt
gi|21 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatc----AT----TTTAATAA---------TT----------TC-TT-------------TAAAT--TGA-AT-AATATGC---ATTATAT----------AAT------------------GTATTACTCACTTTGATAA------TTTTTT-----TTTA--T--TAT-----------CATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGCATA-T-----TGTTTAAATATAGTATG-----T-AAT----A-C------------TGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAA-GTTGTCTATGATA-TTAA----------CT-TAT---CAACTGAGATTTAAATTTAACT-TATTAtaaagattaaagtgtaatccttg
gi|5 : gA---------GTACCGAT-ACTTT-TA-------------TAATT--TCT-AT-AATTAATT--AATATACGCTTAGTATGCATAAAT--------------CTACCACTCACTGTGATAAA--AA-TT---------TTTA--T--TAT-----------AATAAAAGTAAActgtgtca
gi|8 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtgg-------------TA-----CAC-ATGAATTTAC---AGTATAT----------GAT------------------CTACCACTCAATGTGATAAA--GC-TTTTTT-TGGGCTTC--T--TATCAT--------GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAACATA-T-----TGTTTAA-T----TATAGTACGT-AAT----A-C------------TAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAA-GTTGTCTGTGATATTTAATAGTGC----ATGCAT---A--CTCAAA--GACAATTAACT-AATCAA-----CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATTAAAAA--TGATTACTAAC-AGTCATATGAC-------TTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATG----GA-----------------AAGTC-C-TTTT-CTCT--TTT-T--TATG--TT--ATCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCA-TGGC-----------ATAT--A----T--A------TATG--TA------------------TATCG---T--TTTGA-T----AAGTT--CT--------GA--ATTGTTG--T---TGTTACATC-ATGCATGCATCTTGCTG----TCGCCATGC-----TTTGT--ATGTA---TAT
gi|32 : taccggtagtttttaaatttctgtaatttattgatataagcatagAT----------AAT------------------CTAGCAGTCACTGTAATCAA--GAGTTTTGTTCGCTTTTT--TATTAT-----------AATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--A-T-A--TTATTTAAAA----AAAA-----A-A-G----ACT------------CAATACTAA---TAATAA---TGACAT-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGattttatcaaaataaatatatctttc
gi|13 : TTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAACATA-T-----TGTTTGAA-----TATAGTACGT-AAC----A-C------------TAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAA-GTTGTCAATGATATTTAATAGTAC----ATTTAC---A--CTCAAA--GACAATAACCT-AACC-------------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAAC-AATTGCAc
gi|29 : aAATTAGATCTTGTCATATAACATA-TTA--TTGT-------------A-------A-T----A-C------------TAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAA-GTTGTCTGTGATATTTAATAATAC----ATGTAT---A--CTCAAA--GACAATTAATT-TATCAA-----CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|26 : tgttgttaagagccaccatTGCTATATAAAATAAT-GATTTGTTTGAA----------------A-T----A-A------------CAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT-----TTGTCTGTGATATTTAA--------------GT---C-------------AGTTAACT-GATCAG-----TTGTGATATAATG------------------TGTGAT--A-----TA---TAT-T--AAAA-ATAATTA
gi|12 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaTTAATAGTACATGACTGTAT---A--CTGACA--GACAATTAACTGAAACAA-----TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAAC-AATTACATGAC-------TTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATG----GAA--------------ATAAGTC-C-TTTT-CTCT--TTT-T--TGTG--TTGAATCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTA-T-G------------ACAT--A----T--A------TGTG--TGGATTATGATAAGGTGTGATATCG---T--T---A-T----GATAA--TTTCTA--TATC--AGTGTTGTGG---TATCAT-TC-ATGC----ATCATGCTG----TTGCCATGC-----TTTGT--ATGAA---CATTTAcatgccttcaatatcaaggacc
gi|39 : aAACA-ATAACTTATAAT-AA---CATGA-----------CTGTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAGAGAA---AAAA---ATAA-----------------CTT-T--TTCG--TC--ATCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCA-T-G------------AC-C-------T--A------Tttacaaaaataaatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|24 : TTACTAAC-GAGTACACGAC-------TTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATG----AAAATTA---G--AGTCA-AAG------------CT--TGT-T--TGTG--TT--ATCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCA-TGA------------CC-T--A----T--A------CGTG--CG------------------TATCG---T--T---A-T----A--TTAGTTTCTG--TATT--ATTGTTGTTA---TATCGT-TC-ATGC----ATCATGTT---TGTTGCCATGC------TT-TGAATGTA---CATTTAActa
gi|30 : TTACACGAC-------TTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAtatataaatgaatatatcaatta
gi|23 : atGACCACA-TG----GAAATAA---GA----TAAAAACC-CTATTC-TATT--TTT-T--TGTGTGTT--ATCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCA-TGG-------------C-C-------T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--TTAGA-T----AA-----TTTCTA--TAT-----TATTGTTTTGATATCGT-TC-ATGC----ATCATGTTG----TTGCCTTGC-----TTTGT--ATGTA---CATTT--ATTACCAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|18 : GACCACAATG----GAAAT-----GACAGAAATAAAC----AGTT-CCCT--TTT-T--TGTG--TT--ATCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCA-AAGCAGCAAAAAATTAA-T--A----T--A------T-TT--TT------------------TATCA---T--T---A-T----CA-----TTTTTG--TATA--ATTTTTA------TATCGT-TC-ATG---G-ATCATATTG----TCGCCATGCTTGTATAT-T--ATATC---CATTaaataaatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|40 : aACAATG----GAAATAA---GAGA---A-AAACC-C--TTT-TTTTAGTTT-T--TGTG--TT--ATACTT----GGTAT-TTGTATGCATaccgaaataaatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|14 : ataatgaagatgccatcaggaaTG----GAAATAA---GA----TAAAAGCCAC-TTTT-CTTT--GTT-T--TGTT--TT--GTCCGT----AGTAT-TGGTGCGTAT-----TGG------------AC-C-------T--A------TGTC--TG------------------T--CG---TAAT---GGT----GA-----TTTTTA--TATT--ATTGTTGTTA---TATATT-TC-ATGC----ATCATATTG----TCAACATGC-----TTTGT--ATGTA---CATTT--ACTATCA-ATATAAcggtacgataattcctatattattgtt
gi|25 : gttgttgattctacgtttctAAGCC-C-TTTT-TTCT--TTTGC--TGTG--CT--ATCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCA-TGG------------AC-T--A----T--A------TGTG--TA------------------TATCG---T--T---A-T----GATAA--TTTCTA--CACC--ATTGTTA------TATTGC-AT-ATGCATA-AT---GTTG----TTGCCATG----TTTTG-T--ATATA---CCCTTAatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|17 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactagtaagtgaaAAGCT-C--TTT-TCAT--TTT-T--TGTG--TT--ATCCTT----GGTAT----TGGGttacaaaaatagatatacgtttacatatattgctaataata
gi|13 : ttcaatggacataacagaaGCT-C-TTTTACTCT--TTT-T--TGTG--TT--ATCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCA-TGG------------CC-T--A----T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--T---A-T----GA--T--AATATA--TATA-----------T---TATTGT-TCAATGC----ATCATGTTG----CTGCCATGC-----TTTGT--ATGTA---CATTTAagagacgtgtaattaagtcactggtattggtgtgcattccatggcccagtaacatgagtgttaagttatgaaaaattctatatcattgttgttatattgaccatgcatcatgttgttaccgtgctttgtatgtgcaattattaccaaaataaatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|34 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcaaaaaaatC-C-ATTT----T--TGT-T--TGTG--TT--ACCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCA-TGG-------------C-C-------T--A------TGTG--TG------------------TATTG---T--T---A-T----GATAA--TTTCTA--TATC--ATTGTTGTTG---TATCTT-CC-ATGC----ATCATGTTG----TTGCCATGC-----TTTGT--ATGTG---CATTTAttaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|20 : tTTT-TTCT--TTT-C--TTTG--TT--ATCCTT----GGTAT-TAGTGTGCATTTCA-TGG---------------C--A----------------------------------------TATCA---T--T---G-T------------------------------TGTTC---TATCGT-TC-ATGCATT-AT---GTTG----CTGCCATGC----CTTA-T--ATGTG---CATTT--ATTACCAttattaaaataaatctat
gi|30 : TT-CATT--TTA-T--TGTG--TT--ATCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATA-TAG------------CC-CATA----T--A------TGTG--TG------------------TTTCA---T--TATGG-T----AA-TT--TCTATAATTATT--ATTGTTGTTG---TATCAT-TC-ATGC----ATCATGTTG----CTGCCATGC----ATTG-T--ATGTA---CAATTTTATTACCAaaatagtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|36 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaCCT--TTT-T--TATT--TTT-ATTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCA-TGG------------TC-T--A----T--A------TGAG--TG------------------TATCA---TAAC---GAT----AA-----TGTCTA--TGTT--ATAGTTGTTA---TATCGT-TC-ACGC----ATCATGTTG----TTGCCATGC-----TTTGT--ATGTA---CATTT--ATTACCAaaata
gi|35 : CCT--TTT-T--TATT--TTT-ATTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCA-TGG------------TC-T--A----T--A------TGAG--TG------------------TATCA---TAAC---GAT----AA-----TGTCTA--TGTT--ATAGTTGTTA---TATCGT-TC-ACGC----ATCATGTTG----TTGCCATGC-----TTTGT--ATGTA---CATTT--ATTACCAaaattaatc
gi|45 : CT--TTT-T--TATG--TT--ATATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCA-CGG------------CC-T--T----T--A------TGTG--TG------------------TAaaattaatc
gi|46 : CT--CTT-T--TGTG--TT--ATCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCA--AA------------AC-C-------C--A------TATG--TG------------------TAGCG---T--T---G-T----CATGC--TTTGCA--TATcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|37 : tT--CTT-TGTTGTG--TT--ATCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCA-TGG------------CT-T--A----T--A------TGTG--TG------------------T-TCG---T--T---A-T----GATAA--TTTCTA--TATT--ATTGCTGTTA---TATCAT-TC-ATAC----ATCATGTTG----TTGCCATGC--
gi|28 : tgttT--CTT-TCCTGTG--TT--TTCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCA-TTG------------CC-T--A----T--ACATGTATGTG--TG------------------TATCG---T--T---A-T----GA--T--AATTTA--TATAACATTGTTGCTA---TACAGA-AC-ATGC----ATCGTGTTG----TTGCAAGGC-----TTCAT--ATGTAATCTATCTAAACTtttgtattacc
gi|48 : gtttTG--TT--ATCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCA-TGG------------TC-C--A----TTAA------CATG--TA------------------TGTCG---T--T---T-T----AAtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|19 : TT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCA-TGG-------------C-C-------T--A------TGTG--TG------------------TATCG---T--T---tgac
gi|17 : T----GGTAT-TGGTGTGCATTCCA-TGG------------CC-C--AGTAAC--A------TGAG--TG------------------TTAAG---T--T---A-TGAAAAA------TTCTA--TATC--ATTGTTGTTA---TATTGA-CC-ATGC----ATCATGTTG----TTACCGTGC-----TTTGT--ATGTG---CAATT--ATTACCAaagataataccaagttgtttccatgctttatatgtacatttattaccgcaaaaaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|41 : ttcaatggacataacagaaaagctcttttcattttttgtgttatccttggtattgggagagacgtgtaattaagtcacTGTTGTTA---TATCGT-TC-ATGC----ATCATGTTG----TTGCCATG----TTTTG-T--ATGTA---CATTTaaataaatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|27 : TGTTATTA---TATCAT-TC-ATGC----ATCACGTTG-TCA-TGCTTTGC--ATA----C--ATGTA---CGGTT--ATTACCtattaatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|33 ): TGTTATCCTTTACTTCATGACCTATTGACATATGTGTTATAATTTCTATATTATTACTGTTTTATCGGTCATGTTGTTGCGTTGCTTTGTATGTGCATTGATTTTATTACAGAAATAAATATTTATAATTCTATCCATTATATAAAATGTATCGAA
Unaligned ( gi|38 ): TTACATGTGTGTATCGGTATACTTCCTATATCATTGGTGCTATACGGCTCATGCATCAACTTCTTGCAATGTTTAGTATGTACATTTATGTCCGAAGTAAATCGATCTATCATTCTGTACGTTAT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|49 ): ATGTATCATGTTGTTGCCATGCACTGTATGTATAAATCTA
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 444444 111111 111 1111111 2222222222 555555555555555555555555 111111 999999999999999999999999999999999999 22222222 1 222222222222 1111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222 2222222222222 333333333333333333333333333 111 11111111 222222 777777777777777777777777777777777777777 333333333333333 111111111111 1111 1111111 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 22222222222 333333 2
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 777777 0 1 222222 5 0 111 8888888 1 5 66 4 66 1111111111 5 4 0 5 0 0 1 222222222222222222222222 4 33 111111 2 0 5 0 222222222222222222222222222222222222 0 44444444 1 777 000000000000 3 55 4444444 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 3333333333 4 8 0000000000000 3 888888888888888888888888888 333 55 44444444 777 1 2 111111 7 0 666666666666666666666666666666666666666 6666 3 555 333333333333333 3 3 555 6666 0 9999 11 3 0 555 77777 55 000000000000 666 0000 8 55 3 0000000 3 0 44 4 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 9999999999999999 3333 33 444444 1 000000000000000000 222 222 555 222 22222222222 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 222 1 1 333333 22 1 2
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . ...... . . ...... . . ... ....... . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... . . . . .................................... . ........ . ... ............ . .. ....... ..................................................................................... .. .......... . . ............. . ........................... ... .. ........ ... . . ...... . . ....................................... .... . ... ............... . . ... .... . .... .. . . ... ..... .. ............ ... .... . .. . ....... . . .. . .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . ................ .... .. ...... . .................. ... ... ... ... ........... . .... . . .... ... . .... ... .... . ... . . ...... .. . .
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 888888 1 4 999999 0 3 777 6666666 7 0 99 4 88 9999999999 0 4 1 0 8 1 7 444444444444444444444444 0 77 555555 6 2 0 2 444444444444444444444444444444444444 4 00000000 6 111 999999999999 6 00 4444444 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 0000000000 0 0 0000000000000 6 777777777777777777777777777 333 55 55555555 000 0 8 333333 3 9 999999999999999999999999999999999999999 5555 1 444 888888888888888 7 1 444 5555 2 6666 88 1 3 444 77777 00 555555555555 444 2222 1 77 3 0000000 3 5 22 8 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5555555555555555 0000 99 333333 5 999999999999999999 444 777 444 777 55555555555 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 777 5 7 111111 44 8 8
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCTG-TG--TGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCCCT-TTT-------AGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATTTGNTATAACATTGATCTCAGA-GGTTTTTATTCA---------G-----T-AT--T------T-------TTTTTTAATTTGAA---NT---TTTTCATGTCCAATA-GT---T-----A-T--TTTAN------TAA------------TNTA----C----CG------------AT---A---GCT--T------TG-TA------T-------------GCA--TGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------ATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A---GATT-TT-T---G---G-----T-TTTN--T--TA--------T---GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-TTGTTTAAA----------T----TACG-----T------------A-T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAAT---AATGAAGTTGTCTGTGATATTTA----ATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTT-----TAACTTATTACTGTGA--TA-----T------A---TATA---TTAAAAA-ATGATTACTAAC-AATT-------ACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG--C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AA-ATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCTG-TGT-TGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCNCGTTTTCTCCCTAATTCCCCN-TTT-------AGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTATTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATTTGNTATAACATTGATCTCAGA-GGTTTTTATTCA---------G-----T-AT--T------T-------TTTTTTAATTTGAA---GT---TTTCCATGTCCAATA-GT---T-----A-T--TTTAA------TAA------------TNTA----C----CG------------AT---A---GCT--T------TN-TA------T-------------GCA--TGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------ATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A---GATT-TT-T---G---G-----T-TTTT--T--TA--------T---GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-TTGTTTAAA----------T----TATA-----T------------A-T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TACGAAATAT-GAAATAAT---AATGAAGTTGTCTGTGATATTTA----ATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTT-----TAACTTATTACTGTGA--TA-----T------A---TATA---TTAAAAA-ATGATTACTAAC-AATT-------ACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG--N--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT-A----A--TTACCA-AATATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTAACTCTG-----TGCGTGATTTCT---C----TCTAA---------------TTTCCCT----------TCT-------AGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAA----------------G----TA--T-T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TT-GTCATCTAACTATTAATT----------TTGATCTCATATGTTTTTTATTCA---------G-----T--T--TCCAAAGT-------ATTTTTAATTTGAAT--GT---TTT-CATGTCCAATA-G----------A-T--TTTTA------TCA------------AGTA----T----CG------------AT---A----CT--TTTTTAGTT-TA------T-------------GTAATTTAATATTATAAGCATA-GCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGATAA-AAAGAATTGTG-T---G---A-----T-TTTTA-T--TATAATTATTT---GATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAACATA------TAGTTTAAA---------------TATAG----TTCGTA-------A-T----ACTTATGA-GA---TAACAA---TGAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAAT---AATAAAAATGTCTGTGATATTTA----ACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTT-----TAA
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgTATAAT-TA----T-TTGATTAAA----------G----TAAA------------------G-T----GACAATAA-AG---TAAG------G---T-CG--TACCATATAA-CATATAGTTTAAATATAGTT---CGTAATACTTATGAGATAACA-ATGA---GATAGTTTAAAATA-TTAAAT-AAT-AA---T----AAA-AATGT----------------CTGTGA--TA-----TTTAACAA---TATATGTTTACAAA-AAGATTATTAACTAGTTCATTGTGATATAA-TGTTTA----A--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG--C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TA---C-AT-AT------A--TTATCA-AA-ATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttatTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTAACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCAACTCTG-----TGCATGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCCCT-TTT-------AG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTA----ATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATT-----CAACTTCTTACTGCGA--TA-----T------AATTTATA---TTAAAAA--TAATAACTAAC-AATT-------ACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--------------------AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA--C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AA---C-AT-TT------A--TTACAA-AA-ATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAACATA----T-T-GTTTGAA----------TATAGTACG-----T------------AAC----ACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGAT---AATGAAGTTGTCAATGATATTTA----ATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTT-----TAACCTATAACTCTGA--TA-----T------G---T------TT-AAAA-ATGAGTACTAAC-AATT-------GCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG--C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTAACA-AA-ATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GG--A--C----------C-----T--A------TGTCT-G------------------T----CG---TA---A---TGGTGA---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--CTATC--AATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATGTGTTATAACAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG--C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TG---C-AA-TT------A--TTACCA-AA-ATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG--CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTA---T-AT-CC------A--TTACCG-AA-ATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG--C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCCCA-TTT-------CGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATTCAATATAACATTGATCTCGGA-GGTTTTTAATCA---------G-----T-AT--T------T-------TTTTTTAATTTGAG---GT---TTTCCATGTCCAATA-GT---T-----A-T--TTTAA------TAA-------------ATA----C----CG------------AT---A---CCT--T------TT-TA------T-------------GCA--TGAAT----------TG-GTA-ATAT-------------ATCATCTAGTACTCACTGTGATAA-A---GATT-TTGT---GT--G-----TGTTTT--T--TA--------T---GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----TATTGTTTAAA----------C----TATA-----T------------A-T----ATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAAT---AATGAAATGGTCCGTGATATTTA----ATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTT-----TAACTTATTACTATGA--TA-----T------A---TATA---TTAAAAA-ATAATTAATAAC-AATT-------ACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG--A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TA---C-AT-TTAA----A--CTACCA-CATACAAgcaaaaaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T-----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TG---C-AT-TT------A--TTACCA-AA-ATAt
gi|21 : -----A-T--TTTAA------TAA------------TTT----------------------------------CT--T------TA-AA------T------------------TGAATAA--------TATGCA-TTAT-------------ATAATGTATTACTCACTTTGATA-------ATT-TT-T-------------T-TTTA--T--TA--------T---CATTAAAGTAAATTGACTTTCAA----------GTCATATTGCATA------TTGTTTAAA----------TATAGTATG-----TA-----------A-T----ACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAAT---AATGAAGTTGTCTATGATA-TTA---------------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATT-----TAACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG--C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AA-ATAAtca
gi|24 : TTACTAAC-GAGT-------ACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA--C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TA---C-AT-TT-A----A--T-------ATATAAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG--A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TA---C-CC-TT------A--TTACAA-AA-ATAatgaatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAAATAATGAT-TTGTTTGAA-------------------------------------A-T----AACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAAT---GAT----TTGTCTGTGATATTTA----A--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGA--TA-----T------A---TAT-----TAAAAA------------T-AATT-------ACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TA---C-GG-TT------A--TTACCGTAAT
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG--C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TAATCT-AT-CT-A----AACTTA--A-AATATgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAACATA----T-T-------A----------T----TGTA------------------A-T----ACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAAT---AATGAAGTTGTCTGTGATATTTA----ATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTT-----TAACTTATTACTGTGA--TA-----T------A---TAtcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTAACTATG-TG----CATGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCCCTCTTT-------AGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATTTGGTATAATATTGATTATAAT-ACTGATTATTCA---------GCTTCCC-AT--G------TA------TTTTTTAATTACAA---CG---TTTACAAGTCAAATA-TT---T-----GTT--TTTAATTTCTGTAA------------TTTA----T----TA------------ATATAA---GTA--T------AG-TA------C-------------GCA--CGTAT----------TG-GCA-GCAT-------------GCAATCTAGCTCTTACTGTAAT-A-A---TATT-TT-T---T---G-----T-TTTA--T--TA--------T---GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAACATA------TTGTATAAA----------T----AAAG-----T------------A-TTAAAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT-------------TTGTTTGTGATATTTG----ATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTT-----TAACTTATTACTGTCA--TA-----T------A---T-CA---TT----A-ATGATTACTAAT-ACTT-------ACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG--A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TT-------ACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG--C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TA---CAAT-TT-T----A--TTACCA-AA-ATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTTTGATATAACATTGATCTCAGA-GGTTTTTATTCA---------G-----T--T--T------CCCGAGCATTTTTTAATTTGAA---CT---TGTCCATGTCCA-----T---T-----A-C--TTT
gi|32 : -------------ATAATCTAGCAGTCACTGTAATCA-A---GAGT-TT-T---GTTCG-----C-TTTT--T--TA--------TTATAATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAACATA------TTATTTAAAAAAAAAAGACT----CA--------------------A-T----ACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAAT---AATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA--C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TG---C-AT-TG-ATTTTA--TTACAG-AA-ATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG--C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TG---C-AT-TT------A--TTATTA-AA-ATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG--T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AAatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG--T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AAattaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG--C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TA---C-attaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TA---C-AT-TT-A----c
gi|39 : tA-ACAATAACTTAT-AATA-------ACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA--C--C----------TA----T--tgtccgaagtaaatcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATTTGATATAACATTGATCTCAGA-GGTTTTTATT-------------------AT--T------T-------CTTTT-AGTTTGAACTGGTACTTTTTTATTTTC--TG------T-----A-T--TTTAT------TAA------------TATA----------------------------A---GCC--T------AG-TA------T-------------GCA--TGAAT----------TG-GTA-ATAT-------------ATAATCTGGCACTCAATGTGATAATA------T-TT-T---G---GAGGTAT-TTTA--T--TA--------T---AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAACTTA----T-TTTTTTAAA----------TACAGTACG-----T------------AAT----ACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATT---AAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTA----ATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTT-----TAAATTGTTACTGTG----A-----T------A---CATA---TTAAAAA-CTGATTACTAAC-AACA-------ACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG--C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AATcta
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG----------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTaagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TA---C-AT-TT-T----A--TTAATG-AATCTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGtctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG--C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TA---C-AT-TT------A--TTACCA-AA-ATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA--C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG--T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TA---T-Agac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTAACTCTG-TGT----ATGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCCAT-TTT-------AGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc---T-----A-C--TTTTA------TAA------------TTT----------CT------------AT---A---ATTAAT------TAATA------T-------------ACG--C---T----------TA-GTATGCAT-------------A-AATCTACCACTCACTGTGATAA-A---AATT-TT-T---A-----------------T--TA--------T---AATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccga-TGCATGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCTTT-TTT-------AGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATTTGGTATAACATTGATCTCGGA-GGTTTTTATTCACTTTCCC--G-----TGAT--T------T-------TTTTTT-ATTTGAAC--GT---TTT-CATGGCCAATATAT---T-----G-T--TTTAT------TAAGAATCGTTTCTTTTTAGTTTC----TG-------------T---A---ATT--TATTAA-TA-TAAACATAT-------------GCA--TGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------TTAATCTAGCACTCACCGTGATAA-A---GTTT-TTGT---G---GGC---T-TTTTTAT--TA--------T---GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----G-TGGTTTTAG---------------TACG-----TA-----------A-T----ACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAAT---AATGAAGTTGTCTGTAATATTTA----ATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTT-----TAACGTGTTATTGTGA--TA-----T------A---TAT----T--AATA-ATGATTACGAAC-AATC-------ACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATAT
gi|7 : a-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATA-GATCTTTATTCA---------G-----T-TTCCT------TGGTA---TTTTTTTATTTGAT---CT---TTTTCATGTC--ATA-GTATAT-----A-T--TCTAT------CAA-------------ATA----CGGAACGTTTTGAATTTCTAT---A---ATT--TA-----TT-TA------TATACCCATAGTATGCA--AGAAA----------TG-GCA-GTAT-------------GTTATCTAGCACTCACTGTGAGAA-A-------------------------T-TTTA--T--TT--------T---GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAACATA------TCGTTT-AA----------T----TATA-----TATGTAGTAAGACA-T----ACTAATGA-AAAAGTAATAA---TA---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAA---AATGAAGTT-TCTATGATATCTA----GTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----T------A---TATA---TTAAAACTATAATTATTAAC-AATT-------ACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatcCCGGTA-GT---TTTTAAA-T--TTCTG------TAA------------TTTA----T----TG------------AT---ATAAGCA--T------AG-TA------C-------------ACA--TGAAT----------TT-ACA-GTAT-------------ATGATCTACCACTCAATGTGATAA-A---GCTT-TT-TTTGG---G-----C-TTCT--TATCA--------T---GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAACATA----T-T-GTTTAA-----------T----TATAGTACGT------------AAT----ACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAAT---AATGAAGTTGTCTGTGATATTTA----ATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTT-----TAACTTATTACTGTGA--TACAATGT------A---TATA---TT-AAAA-ATGATTACTAAC-AGTC-------ATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGGCAT--A----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TA---T-ATATT---------TTATCA-AA-ATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTAACTCAG-----TGCATGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAG-TTTAGTTTTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATTTGTTATAACATTGATCTCAAT-GATTTTTATTCACTTAACCAGG-----T-A------------------TTTTTTAATTTGGA---CT---TTTTCATGTTTA--A-GT---TCA---A-TAATTTAT------TGA------------TAAA----C----CA------------GTA--A---GCA--T------TG-TA------T-------------GCA--TGAAT----------AG-GCA-GCAT-------------ATAATCAATTACTCACTGTGATAA-A---atatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 333333 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111111 2222222222222 2222222222222 555555555555555555555 11111111 22222222 666666666666666666666666666666666666 33333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 888888 3 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 2 0 5 444444 66666666666666666666666666666666666666666666666666 0 4 1 222222 777 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 3333333333333 4 0 0000000000000 55 3 777777777777777777777 4 55 1 44444444 1 2 33333333 999999999999999999999999999999999999 7777 3 555 44444444444444 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . ...... . . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... . . . ...... .................................................. . . . ...... ... . .......................................................................................... ......... ............. . . ............. .. . ..................... . .. . ........ . . ........ .................................... .... . ... .............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 888888 0 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 6 2 0 444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1 4 0 888888 888 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 7777777777777 0 5 0000000000000 00 6 333333333333333333333 0 55 0 55555555 0 8 55555555 666666666666666666666666666666666666 1111 3 888 99999999999999 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTC-G---TGTGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATTTGNTATAACATTGATCTCAGAGGTTTTT-A------TTC---A---------G-----T-ATT------T-------T-----------TTTTTAATTTGA-ACT------TT---T-TCATGTCCAATA------GTT----------A-T--TTTA------TTAA------------TNTA----CCGAT---A---GCTT-----N----G--TATGCA--T------GAAT----------TG-GCA-GCAT-------------ATAATCTAGCACTCACTGTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----T-TT--TATTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-TTGTTTAA--A----------TA---TA---CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCTG---TGTGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATTTGNTATAACATTGATCTCAGAGGTTTTT-A------TTC---A---------G-----T-ATT------T-------T-----------TTTTTAATTTGA-ANT------TT---T-TCATGTCCAATA------GTT----------A-T--TTTA------NTAA------------TNTA----CCGAT---A---GCTT-----T----G--TATGCA--T------GAAT----------TG-GCA-GCAT-------------ATAATCTAGCACTCACTGTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----T-TT--TNTTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-TTGTTTAA--A----------T----TA---CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTAACT------------------CTGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATTT----------TGATCTCATATGTTTTTTA------TTC---A---------G-----T--TTCCAAAGT-------A-----------TTTTTAATTTGA-ATG------TT---T-TCATGTCCAATA------GAT------------T--TTTA------TCAA-------------GTA----TCGAT---A----CTT-----TTTTAGTTTATGTAATT------TAATATTATAAGCATA-GCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGATAAAA-AGAATTG-T---GT--GAT---T-TT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAACATA------TAGTTTAA--A----------TA---TAGTTCGTAA--------T----ACTTATGA-GA---TAACAA---TGAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTAACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCAACTC-----TGTGCATGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAACATA----T-T-GTTTGA--A----------TATAGTA---CGT-AA-------C----ACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATGTGTTATAACAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATTCAATATAACATTGATCTCGGAGGTTTTT-A------ATC---A---------G-----T-ATT------T-------T-----------TTTTTAATTTGA-GGT------TT---T-CCATGTCCAATA------GTT----------A-T--TTTA------ATAA-------------ATA----CCGAT---A---CCTT-----T----T--TATGCA--T------GAAT----------TG-GTA-ATAT-------------ATCATCTAGTACTCACTGTGAT--AA-AGATTTTGT---GT--G-----TGTT--TTTTA--------TGGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----TATTGTTTAA--A----------C----TA---TAT-A--------T----ATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : ----------A-T--TTTA------ATAA------------TTT------------------CTT-----T----A--AAT-----T------GAATAA--------TATGCA-TTAT-------------ATAATGTATTACTCACTTTGAT--A----ATTTT-T-------------T-TT--TATTA--------TCATTAAAGTAAATTGACTTTCAA----------GTCATATTGCATA------TTGTTTAA--A----------TATAGTA---TGTAA--------T----ACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAAATAATGAT-TTGTTTGA--A------------------------A--------T----AACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAACATA----T-T---------A----------T----T-----GT-AA-------T----ACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTAACT--A---TGTGCATGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATTTGGTATAATATTGATTATAATACTGATT-A------TTC---A---------GCTTCCC-ATG------TA------T-----------TTTTTAATTACA-ACG------TT---T-ACAAGTCAAATA------TTT----------GTT--TTTAATTTCTGTAA------------TTTA----TTAATATAA---GTAT-----A----G--TACGCA--C------GTAT----------TG-GCA-GCAT-------------GCAATCTAGCTCTTACTGTAAT---A-ATATTTT-T---T---G-----T-TT--TATTA--------TGATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAACATA------TTGTATAA--A----------T----AA---AGT-A--------TTAAAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTTTGATATAACATTGATCTCAGAGGTTTTT-A------TTC---A---------G-----T--TT------CCCGAGCAT-----------TTTTTAATTTGA-ACT------TG---T-CCATGTCCA----------TT----------A-C--TTT
gi|32 : -------------ATAATCTAGCAGTCACTGTAAT--CA-AGAGTTT-T---GTTCGCTT--T-TT--TATTA--------TAATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAACATA------TTATTTAA--AAAAAAAAGACT----CA-------A--------T----ACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATTTGATATAACATTGATCTCAGAGGTTTTT-A------TT----------------------ATT------T-------C-----------TTTT-AGTTTGA-ACTGGTACTTT---T-TTATTTTC--TG--------T----------A-T--TTTA------TTAA------------TATA------------A---GCCT-----A----G--TATGCA--T------GAAT----------TG-GTA-ATAT-------------ATAATCTGGCACTCAATGTGAT--AATA---TTT-T---G---GAGGTAT-TT--TATTA--------TAATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAACTTA----T-TTTTTTAA--A----------TACAGTA---CGT-AA-------T----ACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTAACTCTG---TGT--ATGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc-ACT------TT---TATAATTTCTA-TA------ATT----------A-------A------TTAA------------TATA----C-----------GCTT-----A----G--TATGCA--T------AAAT---------------------------------------CTACCACTCACTGTGAT--AA-AAAT------------------T-TT--TATTA--------TAATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCATGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATTTGGTATAACATTGATCTCGGAGGTTTTT-A------TTC---ACTTTCCC--G-----TGATT------T-------T-----------TTTTT-ATTTGA-ACG------TT---T-TCATGGCCAATAT-----ATT----------G-T--TTTA------TTAAGAATCGTTTCTTTTTAGTTTCTG-T---A---ATTTATTAAT----A--TAAACA--TATGCATGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------TTAATCTAGCACTCACCGTGAT--AA-AGTTTTTGT---G---GGCTT-T-TT--TATTA--------TGGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----G-TGGTTTTA--G---------------TA---CGTAA--------T----ACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATAT
gi|7 : a-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTT-ATTCAGTTTCCTTG---------G-----T-ATT------T-------TTTTATTTGATCTTTTTCATGTCATAGT------ATATAT-TC-TATCAAATACGGAACGTTTTGAATTTCTA-TAATTTA------TTTA------------TATA----CCCAT---A---G----------------TATGCA--A------GAAA----------TG-GCA-GTAT-------------GTTATCTAGCACTCACTGTGAG--AA-A---------------------T-TT--TATTT--------TGAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAACATA----T-C-GTTTAATTA----------TA---TA---TGT-AGTAAGACAT----ACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatcCCGGTA------GTTTTTAA-----A-T--TTCT------GTAA------------TTTA----TTGAT---ATAAGCAT-----A----G--TACACA--T------GAAT----------TT-ACA-GTAT-------------ATGATCTACCACTCAATGTGAT--AA-AGCTTTT-TTTGG---G-----C-TTCTTATCA--------TGGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAACATA----T-T-GTTTAATTA----------TAG--TA---CGT-AA-------T----ACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTAACTC-----AGTGCATGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATTTGTTATAACATTGATCTCAATGATTTTT-A------TTC---ACTTAACCAGG-----T-A----------------T-----------TTTTTAATTTGG-ACT------TT---T-TCATGTTTA--A------GTTCA--------A-TAATTTA------TTGA------------TAAA----CCAGTA--A---GCAT-----T----G--TATGCA--T------GAAT----------AG-GCA-GCAT-------------ATAATCAATTACTCACTGTGAT--AA-Aatatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 44444444 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 11111 1111111 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111111 2222222222222222 11111 44444444444444444444444444444444 3333333333333333333333333333333333 11111111 666666666666666666666 11111111 22222222 5555555555555555555555555 33333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 22222222 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 9999 0 4 2 4 777 22222 5555555 0000 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 5 4444444 4 4 5555555555555555 55 00000 44 88888888888888888888888888888888 4 55 1111111111111111111111111111111111 99999 55 33333333 7777 55 3 222222222222222222222 55 44444444 1 2 33333333 99 3 8888888888888888888888888 7777 3 555 44444444444444 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . ........ . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... .... . . . . ... ..... ....... .... . .................................................... .... . ....... . . ................ .. ..... .. ................................ . .. .................................. ..... .. ........ .... .. . ..................... .. ........ . . ........ .. . ......................... .... . ... .............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 77777777 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 4444 9 4 6 4 888 55555 1111111 6666 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 0 4444444 4 4 6666666666666666 00 00000 22 99999999999999999999999999999999 0 55 1111111111111111111111111111111111 11111 00 22222222 7777 00 6 777777777777777777777 55 55555555 0 8 55555555 22 3 0000000000000000000000000 1111 3 888 99999999999999 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCA------TGTGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCAT----CTAACTATCCATT-TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TTT-TCA-TGTCCAATA-GTT-----AT--TTT--AT-----TAATATACCG-------AT---A---GC----TT-NG--T-ATGCA--TGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------AT-----AATC--TAGCACT--------CACT----GTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----TTT--TATTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-T-GTTTAA--A-TA---TA-------CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCG------TGTGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCAT----CTAACTATCCATT-TGNTA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TTT-TCA-TGTCCAATA-GTT-----AT--TTT--AT-----TAATNTACCG-------AT---A---GC----TT-NG--T-ATGCA--TGAAT----------TG-GCA-GCAT-------------AT-----AATC--TAGCACT--------CACT----GTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----TTT--TATTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAACATA----T-TTGTTTAA--A-TA---TA-------CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTAACTC--------------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCAT----CTAACTATTAATT-T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTATTCA---------G-----T--TTCCAAAGT-------AT----------------TTTTA----AT-TTGAATG------TTT-TCA-TGTCCAATA-GAT------T--TTT--AT-----CAA-GTATCG-------AT---A----CTTTTTT-AGTTT-ATGTAATTTAATATTATAAGCATA-GCATGCATGAATTAACAGCATAT-----AATC--TAGCACT--------CATT----GTGATAAAA-AGAATTG-T---GT--GAT---TTT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAACATA------TAGTTTAA--A-TA---TAGTT----CGTAA--------T----ACTTATGA-GA---TAACAA---TGAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTAACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCAACTC-------TGTGCATGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAACATA----T-T-GTTTGA--A-TA---TAGTA----CGT-AA-------C----ACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCAT----CTAAC-ATCCATG-TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTA--TCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCAT----ATGACTCTCCATT-CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AATCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAGGT------TTT-CCA-TGTCCAATA-GTT-----AT--TTT--AA-----TAA-ATACCG-------AT---A---CC----TT-TT--T-ATGCA--TGAAT----------TG-GTA-ATAT-------------AT-----CATC--TAGTACT--------CACT----GTGAT--AA-AGATTTTGT---GTGTG-----TTT--T-TTA--------TGGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----TATTGTTTAA--ACTA---TA---------T-A--------T----ATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : -----AT--TTT--AA-----TAATTT---------------------C----TT-TA--A-AT-----TGAATAA--------TATGCA-TTAT-------------AT-----AATG--TATTACT--------CACT----TTGAT--AA----TTTT-T-------------TTT--TATTA--------TCATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGCATA----T-T-GTTTAA--A-TA---TAGTA----TGT-AA-------T----ACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAAATAATGAT-TTGTTTGA--A-------------------A--------T----AACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAACATA----T-T------A--T-TG---TA-----------A--------T----ACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTAACT-A------TGTGCATGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCAT----CTATCTTTTCATT-TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-ATTCA---------GCTTCCC-ATG------TA------TT----------------TTTTA----AT-TACAACG------TTT-ACA-AGTCAAATA-TTT-----GT--TTTTAATTTCTGTAATTTATTA-------ATATAA---GT----AT-AG--T-ACGCA--CGTAT----------TG-GCA-GCAT-------------GC-----AATC--TAGCTCT--------TACT----GTAAT---A-ATATTTT-T---T---G-----TTT--TATTA--------TGATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAACATA------TTGTATAA--A-TA----A-------AGT-A--------TTAAAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAAT----CTAATTATACGTT-TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T--TT------CCCGAGCATT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TGT-CCA-TGTCCA-----TT-----AC--TTT--
gi|32 : -------------AT-----AATC--TAGCAGT--------CACT----GTAAT--CA-AGAGTTT-T---GTTCGCTT--TTT--TATTA--------TAATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAACATA----T-T-ATTTAA--A-AA---AAAAAGACTCA--A--------T----ACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCAT----CTAACTTTCCATT-TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATT-------------------ATT------T-------CT----------------TTT-A----GT-TTGAACTGGTACTTTT-TTA-TTTTC--TG---T-----AT--TTT--AT-----TAATATA---------------A---GC----CT-AG--T-ATGCA--TGAAT----------TG-GTA-ATAT-------------AT-----AATC--TGGCACT--------CAAT----GTGAT--AATA---TTT-T---G---GAGGTATTT--TATTA--------TAATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAACTTA----T-TTTTTTAA--A-TACAGTA-------CGT-AA-------T----ACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTAACTC-------TGTGTATGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccACT------TTTATAA-TTTCTA-TA-ATT-----A--------AT-----TAATATAC------------------GC----TT-AG--T-ATGCA--TAAAT--------------------------------------------C--TACCACT--------CACT----GTGAT--AA-AAAT------------------TTT--TATTA--------TAATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCATGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTAT----TTAACTATCCATT-TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-ATTCACTTTCCC--G-----TGATT------T-------TT----------------TTTT-----AT-TTGAACG------TTT-TCA-TGGCCAATATATT-----GT--TTT--AT-----TAAGA-ATCGTTTCTTTTT---A---GT----TTCTG--TAATTTA--TTAATA---------TA---A-ACAT-------------ATGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGAT--AA-AGTTTTTGT---G---GGCTT-TTT--TATTA--------TGGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAACATA----G-TGGTTT------TAG--TA-------CGTAA--------T----ACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATAT
gi|7 : a-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-ATTTG---------A-----T-CTT------T-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATACGGAACG------TTT-TGAATTTCTA------T-----AA--TTT--AT-----TTATATACCC-------AT---A---G------------T-ATGCA--AGAAA----------TG-GCA-GTAT-------------GT-----TATC--TAGCACT--------CACT----GTGAG--AA-A---------------------TTT--TATTT--------TGAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAACATA----T-C-GTTTAATTA-TA---TA-------TGT-AGTAAGACAT----ACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatcCCGGTA-GTTTTTAAAT--TTC--TG-----TAATTTATTG-------AT---ATAAGC----AT-AG--T-ACACA--TGAAT----------TT-ACA-GTAT-------------AT-----GATC--TACCACT--------CAAT----GTGAT--AA-AGCTTTT-TTTGG---G-----CTTCTTATCA--------TGGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAACATA----T-T-GTTTAATTA-TAG--TA-------CGT-AA-------T----ACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTAACTCA-------GTGCATGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCAT----CTAACTATGCATT-TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-ATTCACTTAACCAGG-----T-A----------------TT----------------TTTTA----AT-TTGGACT------TTT-TCA-TGTTTA--A-GTTCA---ATAATTT--AT-----TGATAAACCA-------GTA--A---GC----AT-TG--T-ATGCA--TGAAT----------AG-GCA-GCAT-------------AT-----AATC--AATTACT--------CACT----GTGAT--AA-Aatatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 222 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 11111 11111 1111111 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111111 2222222222222 11111 55555555555555555555555555555 222222222222222222222222222222222 111111111111 666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555 33333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 77 111 77 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 11111 2 4 777 22222 5555555 0000 5 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 0000 5 4444444 4 4 7777777777777 55 11111 4 00000000000000000000000000000 4 66 444444444444444444444444444444444 99999 55 888888888888 55 3 222222222222222222222 55 44444444 1 2 44 88888 44 3 8888888888888888888888888888888 7777 3 555 44444444444444 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . .. ... .. . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... ..... . . ... ..... ....... .... . .................................................... .... . ....... . . ............. .. ..... . ............................. . .. ................................. ..... .. ............ .. . ..................... .. ........ . . .. ..... .. . ............................... .... . ... .............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 99 222 99 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 11111 8 4 888 55555 1111111 6666 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 0 4444444 4 4 1111111111111 55 11111 6 11111111111111111111111111111 4 11 111111111111111111111111111111111 11111 00 666666666666 00 6 777777777777777777777 55 55555555 0 8 66 33333 66 3 9999999999999999999999999999999 1111 3 888 99999999999999 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TTT-TCA-TGTCCAATA-GTT--AT--TTT--AT-----TAATATACCG-------AT---AGC----NT-AG--T-ATGCA--TGAAT----------TGGCA-GCAT-------------AT-----AATC--TAGCA------------CTCACTGTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----TTT--TATTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TA-------CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TTT-TCA-TGTCCAATA-GTT--AT--TTT--AT-----TAATATACCG-------AT---AGC----TT-NG--T-ATGCA--TGAAT----------TGGCA-GCAT-------------AT-----AATC--TAGCA------------CTCACTGTGAT--AA-AGATTTT-T---G---G-----TTT--TATTA--------TGATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TA-------CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTA--ACTC----------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATT-----T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTATTCA---------G-----T--TTCCAAAGT-------AT----------------TTTTA----AT-TTGAATG------TTT-TCA-TGTCCAATA-GAT---T--TTT--AT-----CAA-GTATCG-------AT---A-CTTTTTT-AGTTT-ATGTAATTTAATATTATAAGCATAGCATGCATGAATTAACAGCATAT-----AATC--TAGCA------------CTCATTGTGATAAAA-AGAATTG-T---GT--GAT---TTT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAAC--ATA-----TAG--TTT-AA--A-TA---TAGTT----CGTAA--------T----ACTTATGA-GA---TAACAA---TGAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTA--ACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCA--ACTC-TGTGCA--TGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAAC--ATA-----TTG--TTT-GA--A-TA---TAGTA----CGT-AA-------C----ACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATG-----TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATT-----CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AATCA---------G-----T-ATT------T-------TT----------------TTTTA----AT-TTGAGGT------TTT-CCA-TGTCCAATA-GTT--AT--TTT--AA-----TAA-ATACCG-------AT---ACC----TT-TT--T-ATGCA--TGAAT----------TGGTA-ATAT-------------AT-----CATC--TAGTA------------CTCACTGTGAT--AA-AGATTTTGT---GTGTG-----TTT--T-TTA--------TGGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATATA-----TTG--TTT-AA--ACTA---TA---------T-A--------T----ATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : GCA-TTAT-------------AT-----AATG--TATTA------------CTCACTTTGAT--AA----TTTT-T-------------TTT--TATTA--------TCATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TAGTA----TGT-AA-------T----ACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gattttaataatttctttaaattgaataatatGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAA--ATAATGATTTG--TTT-GA--A-------------------A--------T----AACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAAC--ATA-----TTA--TT---------G---TA-----------A--------T----ACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTA--ACT-ATGTGCA--TGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATT-----TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-ATTCA---------GCTTCCC-ATG------TA------TT----------------TTTTA----AT-TACAACG------TTT-ACA-AGTCAAATA-TTT--GT--TTTTAATTTCTGTAATTTATTA-------ATATAAGT----AT-AG--T-ACGCA--CGTAT----------TGGCA-GCAT-------------GC-----AATC--TAGCT------------CTTACTGTAAT---A-ATATTTT-T---T---G-----TTT--TATTA--------TGATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAAC--ATA-----TTG--TAT-AA--A-TA----A-------AGT-A--------TTAAAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATTCA---------G-----T--TT------CCCGAGCATT----------------TTTTA----AT-TTGAACT------TGT-CCA-TGTCCA-----TT--AC--TTT--
gi|32 : -------------AT-----AATC--TAGCA------------GTCACTGTAAT--CA-AGAGTTT-T---GTTCGCTT--TTT--TATTA--------TAATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--ATA-----TTA--TTT-AA--A-AA---AAAAAGACTCA--A--------T----ACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-ATT-------------------ATT------T-------CT----------------TTT-A----GT-TTGAACTGGTACTTTT-TTA-TTTTC--TG---T--AT--TTT--AT-----TAATATA---------------AGC----CT-AG--T-ATGCA--TGAAT----------TGGTA-ATAT-------------AT-----AATC--TGGCA------------CTCAATGTGAT--AATA---TTT-T---G---GAGGTATTT--TATTA--------TAATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAAC--TTA-----TTT--TTTTAA--A-TACAGTA-------CGT-AA-------T----ACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTA--ACTC-TGTGTA--TGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccACT------TTTATAA-TTTCTA-TA-ATT--A--------AT-----TAATATAC---------------GC----TT-AG--T-ATGCA--TAAAT-------------------------------------------C--TACCA------------CTCACTGTGAT--AA-AAAT------------------TTT--TATTA--------TAATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATT-----TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-ATTCACTTTCCC--G-----TGATT------T-------TT----------------TTTT-----AT-TTGAACG------TTT-TCA-TGGCCAATATATT--GT--TTT--AT-----TAAGA-ATCGTTTCTTTTT---AGT----TTCTG--TAATTTA--TTAATA---------TA--A-ACAT-------------ATGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGAT--AA-AGTTTTTGT---G---GGCTT-TTT--TATTA--------TGGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAAC--ATA-----GTGGTTTT-A------G---TA-------CGTAA--------T----ACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATAT
gi|7 : a-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-ATTTG---------A-----T-CTT------T-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATACGGAACG------TTT-TGAATTTCTA------T--AA--TTT--AT-----TTATATACCC-------AT---AG------------T-ATGCA--AGAAA----------TGGCA-GTAT-------------GT-----TATC--TAGCA------------CTCACTGTGAG--AA-A---------------------TTT--TATTT--------TGAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAAC--ATA-----TCG--TTT-AATTA-TA---TA-------TGT-AGTAAGACAT----ACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatcT--AA--TTT--AT-----TGATATA---------------AGC----AT-AG--T-ACACA--TGAAT----------TTACA-GTAT-------------AT-----GATC--TACCA------------CTCAATGTGAT--AA-AGCTTTT-TTTGG---G-----CTTCTTATCA--------TGGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AATTA-TAG--TA-------CGT-AA-------T----ACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taccggtagtttttaaatttctgTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTA--ACTCA-GTGCA--TGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATT-----TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-ATTCACTTAACCAGG-----T-A----------------TT----------------TTTTA----AT-TTGGACT------TTT-TCA-TGTTTA--A-GTTCAATAATTT--AT-----TGATAAACCA-------GTA--AGC----AT-TG--T-ATGCA--TGAAT----------AGGCA-GCAT-------------AT-----AATC--AATTA------------CTCACTGTGAT--AA-Aatatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 222 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 11111 11111 1111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1111111111 111111 33333333333333333333 11111 5555555555 66666666666666666666666 11111111 5555555555555555555555555555555 3333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 77 111 77 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 11111 2 4 777 22222 5555555 9999 4 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 9999 222 7777777777 111111 8 4 99999999999999999999 55 44444 777 6666666666 1 0 3 77777777777777777777777 55 44444444 1 2 44 88888 44 3 8888888888888888888888888888888 7777 3 555 6666666666666 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . .. ... .. . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... ..... . . ... ..... ....... .... . .. ...................................................... .... ... .......... ...... . . .................... .. ..... ... .......... . . . ....................... .. ........ . . .. ..... .. . ............................... .... . ... ............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 99 222 99 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 11111 8 4 888 55555 1111111 4444 4 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444 222 5555555555 555555 0 0 99999999999999999999 00 00000 888 8888888888 0 5 6 77777777777777777777777 55 55555555 0 8 66 33333 66 3 9999999999999999999999999999999 1111 3 888 7777777777777 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G-----T---------ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA-GTT-----AN--TTT--AT-----TAAT---ATACC--T---A-GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TA-------CGT-AA-------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G-----T---------ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA-GTT-----AT--TTT--AT-----TAAT---ATACCGAT---A-GCNTAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TA-------CGT-A--------T----ACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTA--ACTC----------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATT-----T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTAT--TCA---------G-----TTTCCAAAGTATTT-------TTAA--------------TTTGA----ATGTTTTCATGTCCAATAGATT------TTTATCA-AGTATCGATA-CTTTTTT-AG--TTT--ATG----TAATTTAATATT-AT---AAGCATAGCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGATAA-AAAGAATTG-T---GT--GAT---TTT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAAC--ATA-----TAG--TTT-AA--A-TA---TAGTT----CGT-AA-------T----ACTTATGA-GA---TAACAAT---GAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTA--ACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCA--ACTC-TGTGCA--TGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAAC--ATA-----TTG--TTT-GA--A-TA---TAGTA----CGT-AA-------C----ACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATG-----TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATT-----CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AA--TCA---------G-----T---------ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------GGT------TTT-CCA-TGT-CCAATA-GTT-----AT--TTT--AA-----TAA----ATACCGAT---A-CCTTTTTATGCATGAATTGGTAATATATCATCTAGTACTCACTGTGATAA-A--GATTTTGT---GTGTG-----TTT--T-TTAT--------GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATATA-----TTG--TTT-AA--ACTA---TA---------T-A--------T----ATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : GCATTATATAATGTATTACTCACTTTGATAA------TTTT-T-------------TTT--TATTAT--------CATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGC--ATA-----TTG--TTT-AA--A-TA---TAGTA----TGT-AA-------T----ACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gattttaataatttctttaaattgaataatatGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAA--ATAATGATTTG--TTT-GA--A-------------------A--------T----AACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAAC--ATA-----TTA--TT---------G---TA-----------A--------T----ACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTA--ACT-ATGTGCA--TGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATT-----TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-AT--TCA---------GCTTCCC---------ATGTA------TT----------------TTTTA----AT---TACA----------ACG------TTT-ACA-AGT-CAAATA-TTT-----GT--TTTTAATTTCTGTAAT---TTATTAATATAA-GTATAGTACGCACGTATTGGCAGCATGCAATCTAGCTCTTACTGTAAT-A-A--TATTTT-T---T---G-----TTT--TATTAT--------GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAAC--ATA-----TTG--TAT-AA--A-TA----A-------AGT-A--------TTAAAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G-----T----------TTCCCGAGCATT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TGT-CCA-TGT-CCA-----TT-----AC--TTT--
gi|32 : ATAATCTAGCAGTCACTGTAATCA-A--GAGTTT-T---GTTCGCTT--TTT--TATTAT--------AATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--ATA-----TTA--TTT-AA--A-AA---AAAAAGACTCA--A--------T----ACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--T---------------------------ATTT-------CT----------------TTT-A----GT---TTGA----------ACTGGTACTTTT-TTA-TTT-TC--TG---T-----AT--TTT--AT-----TAAT---ATA--------A-GCCTAGTATGCATGAATTGGTAATATATAATCTGGCACTCAATGTGATAATA-----TTT-T---G---GAGGTATTT--TATTAT--------AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAAC--TTA-----TTT--TTTTAA--A-TACAGTA-------CGT-AA-------T----ACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTA--ACTC-TGTGTA--TGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc----------ACT------TTTATAA-TTT-CTA-TA-ATT-----A--------AT-----TAAT---ATAC---------GCTTAGTATGCATAAAT--------------CTACCACTCACTGTGATAA-A--AAT------------------TTT--TATTAT--------AATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATT-----TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AT--TCACTTTCCC--G-----TG--------ATTT-------TT----------------TTTT-----AT---TTGA----------ACG------TTT-TCA-TGG-CCAATATATT-----GT--TTT--AT-----TAA
gi|6 : aGT----TTTC-ATGGCCA---------A-----T---------ATAT-------TG----------------TTTTA----TT---AAGA----------ATC------GTT-TCT-TTT-----TA-GTTTCTGTAA--TTT--AT-----TAAT---ATA--------A-ACATA---TGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGATAA-A--GTTTTTGT---G---GGCTT-TTT--TATTAT--------GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAAC--ATA-----GTGGTTTT-A------G---TA-------CGTAA--------T----ACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATATgaatcgtttctttttagtttctgtaatttattaatataaacatatgcatgaattggcagcatttaatctagcactcaccgtgataaagtttttgtgggcttttttattatggttaatgtaaagtgactttaaggttaagtcgtgtcatataacatagtggttttagtacgtaatactaatgagataagaatatgaaataataatgaagttgtctgtaatatttaatagtatatgtatacaccaagttaattaactaattagttgtggtataatgtttaacgtgttattgtgatatatattaataatgattacgaacaatcacgtgactttctgtggcatgccatcaatat
gi|7 : atgcatgatcgctgtacccgatccagcatgactgctcgttttctccctaattccttttttagttttaccctttatagataatggaaggtttgctttaccaaaagtaggctgtttcgaaaagaagtctttttatatcgaggtgtttttctaatggaatattacaaatattgataggccagataatttcaagaatacgttgtctatttaactatccatttggtataacattgatctcggaggtttttattcactttcccgtgatttttttttatttgaac-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-AT--TTG---------A-----T---------CTTT-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATA--CGGA----------ACG------TTT-TGAATTT-CTA------T-----AA--TTT--AT-----TTAT---ATACC---------CATAGTATGCAAGAAATGGCAGTATGTTATCTAGCACTCACTGTGAGAA-A-----------------------TTT--TATTTT--------GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAAC--ATA-----TCG--TTT-AATTA-TA---TA-------TGT-AGTAAGACAT----ACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatcT-----AA--TTT--AT-----TGAT---ATA--------A-GCATAGTACACATGAATTTACAGTATATGATCTACCACTCAATGTGATAA-A--GCTTTT-TTTGG---G-----CTTCTTATCAT--------GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-AATTA-TAG--TA-------CGT-AA-------T----ACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taccggtagtttttaaatttctgTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTA--ACTCA-GTGCA--TGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATT-----TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-AT--TCACTTAACCAGG-----T---------A----------TT----------------TTTTA----AT---TTGG----------ACT------TTT-TCA-TGT-TTA--A-GTTCA---ATAATTT--AT-----TGAT---AAACCAGTA--A-GCATTGTATGCATGAATAGGCAGCATATAATCAATTACTCACTGTGATAA-A--atatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 222 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 11111 11111 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 66666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333 3333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 77 111 77 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 11111 2 4 777 22222 5555555 9999 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 777 66666666666 0 0 3 77777777777777777777777 55 44444444 1 2 44 88888 44 77777777777777777777777777777777 3 555 6666666666666 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . .. ... .. . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... ..... . . ... ..... ....... .... . .. ................................................................................................................................ . . ... ........... . . . ....................... .. ........ . . .. ..... .. ................................ . ... ............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 99 222 99 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 11111 8 4 888 55555 1111111 4444 4 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 6 000 66666666666 9 5 6 77777777777777777777777 55 55555555 0 8 66 33333 66 88888888888888888888888888888888 3 888 7777777777777 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATACC--T-A----GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATACC--T-A----GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTA--ACTC----------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATT-----T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTAT--TCA---------GTTTCCAAAGT-ATTT-------TTAA--------------TTTGA----ATGTTTTCATGTCCAATAGATT------TTTATCA-AGTATCGATA---CT------------TTTTT-AGTTTATGTAATTTAATATTA-T-AA---GCATAGCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGATAA-AAAGAATTG-T---GT--GAT---TTT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAAC--ATA-----TAG--TTT-----AA--A-TA---TAGTTCGTA-------ATACTTATGA-GA---TAACAAT---GAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTA--ACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCA--ACTC-TGTGCA--TGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAAC--ATA-----TTG--TTT-----GA--A-TA---TAGTACGTA-------ACACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATG-----TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATT-----CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AA--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------GGT------TTT-CCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ATTTTAA-TAA----ATACCGAT-A----CCTTTTTATGCATGAATTGGTAATATATCATCTAGTACTCACTGTGATAA-A--GATTTTGT---GTGTG-----TTT--T-TTAT--------GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATATA-----TTG--TTT-----AA--ACTA---TA---T----------ATATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : -----ATTTTAA-TAAT---TTCTT--T-AAATTGAATAATATGCAT----------TATATAATGTATTACTCACTTTGATAA------TTTT-T-------------TTT--TATTAT--------CATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TAGTATGTA-------ATACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAA--ATAATGATTTG--TTT-----GA--A----------------------ATAACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAAC--ATA-----TTA--TT-----------------------GTA-------ATACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTA--ACT-ATGTGCA--TGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATT-----TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-AT--TCA---------GCTTCCCATGT-ATTT--------------------------TTTA----AT---TACA----------ACG------TTT-ACA-AGT-CAAATATTTGTTTTTAATTTCTGT-----AATTTAT-TAAT---ATA------A----GTATAGTACGCACGTATTGGCAGCATGCAATCTAGCTCTTACTGTAAT-A-A--TATTTT-T---T---G-----TTT--TATTAT--------GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAAC--ATA-----TTG--TAT-----AA--A-TAAAGTA---T-TA-------AAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T--TTCCCGAGCATT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TGT-CCA-TGT-CCA-------T------------T-----ACTTT
gi|32 : ATAATCTAGCAGTCACTGTAATCA-A--GAGTTT-T---GTTCGCTT--TTT--TATTAT--------AATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--ATA-----TTA--TTTAAAAAAA--A-AA---GA---CTCA-------ATACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--T-----------------------ATTT-------CT----------------TTT-A----GT---TTGA----------ACTGGTACTTTT-TTA-TTT-TC--TG-----------------T-----ATTTTAT-TAAT---ATA------A----GCCTAGTATGCATGAATTGGTAATATATAATCTGGCACTCAATGTGATAATA-----TTT-T---G---GAGGTATTT--TATTAT--------AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAAC--TTA-----TTT--TTTT----AA--A-TACAGTA---CGTA-------ATACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTA--ACTC-TGTGTA--TGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc----------ACT------TTTATAA-TTT-CTA-TA---AT------------T-----A----AT-TAAT---ATAC----------GCTTAGTATGCATAAAT--------------CTACCACTCACTGTGATAA-A--AAT------------------TTT--TATTAT--------AATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATT-----TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AT--TCACTTTCCC--G---------TGATTT-------TT----------------TTTT-----AT---TTGA----------ACG------TTT-TCA-TGG-CCAATAT--AT------------T-----GTTTTAT-TAA
gi|6 : aGT----TTTC-ATGGCCA---------A---------T-ATAT-------TG----------------TTTTA----TT---AAGA----------ATC------GTT-TCT-TTT-----TA---GT------------TTCTGTAATTTAT-TAAT---ATA------A----ACATA---TGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGATAA-A--GTTTTTGT---G---GGCTT-TTT--TATTAT--------GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAAC--ATA-----GTGGTTTT-----A------G---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATATgaatcgtttctttttagtttctgtaatttattaatataaacatatgcatgaattggcagcatttaatctagcactcaccgtgataaagtttttgtgggcttttttattatggttaatgtaaagtgactttaaggttaagtcgtgtcatataacatagtggttttagtacgtaatactaatgagataagaatatgaaataataatgaagttgtctgtaatatttaatagtatatgtatacaccaagttaattaactaattagttgtggtataatgtttaacgtgttattgtgatatatattaataatgattacgaacaatcacgtgactttctgtggcatgccatcaatat
gi|7 : atgcatgatcgctgtacccgatccagcatgactgctcgttttctccctaattccttttttagttttaccctttatagataatggaaggtttgctttaccaaaagtaggctgtttcgaaaagaagtctttttatatcgaggtgtttttctaatggaatattacaaatattgataggccagataatttcaagaatacgttgtctatttaactatccatttggtataacattgatctcggaggtttttattcactttcccgtgatttttttttatttgaac-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-AT--TTG---------A---------T-CTTT-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATA--CGGA----------ACG------TTT-TGAATTT-CTA--------------------T-----AATTTAT-TTAT---ATACC----------CATAGTATGCAAGAAATGGCAGTATGTTATCTAGCACTCACTGTGAGAA-A-----------------------TTT--TATTTT--------GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAAC--ATA-----TCG--TTT-----AATTA-TA---TA---TGTAGTAAGACATACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatc------------T-----AATTTAT-TGAT---ATA------A----GCATAGTACACATGAATTTACAGTATATGATCTACCACTCAATGTGATAA-A--GCTTTT-TTTGG---G-----CTTCTTATCAT--------GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AATTA-TAG--TA---CGTA-------ATACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taccggtagtttttaaatttctgTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTA--ACTCA-GTGCA--TGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATT-----TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-AT--TCACTTAACCAGG---------T-A----------TT----------------TTTTA----AT---TTGG----------ACT------TTT-TCA-TGT-TTA--A---GTTCAA--------T-----AATTTAT-TGAT---AAACCAGTAA----GCATTGTATGCATGAATAGGCAGCATATAATCAATTACTCACTGTGATAA-A--atatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 222 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666 111111 11111 11111 1111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555555 66666666666666666666666 11111111 33333333333333333333333333333333 3333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111 111111111111111111 222
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 77 111 77 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 111111111111111111111111 4 33 111111 11111 2 4 777 22222 5555555 9999 4 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 3 777 66666666666 0 0 3 77777777777777777777777 55 44444444 1 2 44 88888 44 77777777777777777777777777777777 3 555 6666666666666 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 9999999999999999 44 66666666666666666 1 22 1 222 222 666666666 222 55 22 6666 1 3 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 888 222 111 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . .. ... .. . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . ........................ . .. ...... ..... . . ... ..... ....... .... . .. ................................................................................................................................ . . ... ........... . . . ....................... .. ........ . . .. ..... .. ................................ . ... ............. . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ................. . .. . ... ... ......... ... .. .. .... . . . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ... ... ... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 99 222 99 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 444444444444444444444444 0 77 555555 11111 8 4 888 55555 1111111 4444 4 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 6 000 66666666666 9 5 6 77777777777777777777777 55 55555555 0 8 66 33333 66 88888888888888888888888888888888 3 888 7777777777777 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 3333333333333333 22 11111111111111111 7 33 7 999 999 222222222 777 22 11 3333 5 7 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 111 777 999 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATACC--T-A----GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATACC--T-A----GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTA--ACTC----------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACAT--AATGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT-----------------------T--CG-AGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATT-----T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTAT--TCA---------GTTTCCAAAGT-ATTT-------TTAA--------------TTTGA----ATGTTTTCATGTCCAATAGATT------TTTATCA-AGTATCGATA---CT------------TTTTT-AGTTTATGTAATTTAATATTA-T-AA---GCATAGCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGATAA-AAAGAATTG-T---GT--GAT---TTT--TATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAAC--ATA-----TAG--TTT-----AA--A-TA---TAGTTCGTA-------ATACTTATGA-GA---TAACAAT---GAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AAG-G--G-A--A-----AATCC-CTTTT-----------------A-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCTTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATAG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTA--ACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCA--ACTC-TGTGCA--TGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGAT--AATCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---TGAA--TCCTT----GGTAT-TTGTATGCATTTTATGA-C--A----------TA----T--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAAC--ATA-----TTG--TTT-----GA--A-TA---TAGTACGTA-------ACACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTAC--------------TC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----AGTAT-TTATGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-C--------------TT-TG--TT-T---T---G---------TTT---T--G--TCCGT----AGTAT-TGGTGCGTATT----GGAC--C----------TA----T--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGAC--AATGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAGAA---A----GAT-T-T--CA-AGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATG-----TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-CATTTTTTGTGTTATCC-TTGGTA-T---T---GGGAGAGACGTGTAATT--AAGTCACT----GGTAT-TGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TG---A---AAAAT-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-TCATATGCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAATA----T--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aTT----GGTAA-CTGTGTGCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGT--AATGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATT-----CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AA--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------GGT------TTT-CCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ATTTTAA-TAA----ATACCGAT-A----CCTTTTTATGCATGAATTGGTAATATATCATCTAGTACTCACTGTGATAA-A--GATTTTGT---GTGTG-----TTT--T-TTAT--------GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATATA-----TTG--TTT-----AA--ACTA---TA---T----------ATATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-C--------------CC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTGT-CCGTGGGCATGTCATGG-A--C----------CA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-T--------------TC-TT--TT-C---T---T---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-T----------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : -----ATTTTAA-TAAT---TTCTT--T-AAATTGAATAATATGCAT----------TATATAATGTATTACTCACTTTGATAA------TTTT-T-------------TTT--TATTAT--------CATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TAGTATGTA-------ATACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-C--------------TA-TT--TT-T---TTGTG---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TTGTGTGCAATTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC--------------------------TT--GT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTC----GGTAT-GTGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-T--------------TC-TT--TTGC---T---G---------TGC---T--A--TCCTT----AGTGTATCATGTGCATTTCATGG-A--C----------TA----T--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAA--ATAATGATTTG--TTT-----GA--A----------------------ATAACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-T--------------TC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--T--TCCAT----GAAAT-TCGTGTGCAAGCCATTG-C--C----------TA----T--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAAC--ATA-----TTA--TT-----------------------GTA-------ATACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTA--ACT-ATGTGCA--TGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAA--AATGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGAC---AAGATTA--TGT--CA-AGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATT-----TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-AT--TCA---------GCTTCCCATGT-ATTT--------------------------TTTA----AT---TACA----------ACG------TTT-ACA-AGT-CAAATATTTGTTTTTAATTTCTGT-----AATTTAT-TAAT---ATA------A----GTATAGTACGCACGTATTGGCAGCATGCAATCTAGCTCTTACTGTAAT-A-A--TATTTT-T---T---G-----TTT--TATTAT--------GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAAC--ATA-----TTG--TAT-----AA--A-TAAAGTA---T-TA-------AAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTT-------------------A-TT--T----------------------T---T--A--TTCTT----GGTAC-TCGTGTGCATCTCATGG-A--C----------TA----T--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-C--------------AT-TT--TA-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCATGTGTATTATATAG-C--CCA--------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGA----TAA-T-TG-CA-AGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T--TTCCCGAGCATT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TGT-CCA-TGT-CCA-------T------------T-----ACTTT
gi|32 : ATAATCTAGCAGTCACTGTAATCA-A--GAGTTT-T---GTTCGCTT--TTT--TATTAT--------AATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--ATA-----TTA--TTTAAAAAAA--A-AA---GA---CTCA-------ATACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : ---------TGT---T--A--TCCTT-----------------TACTTCATGA-C--C----------TA----TTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : T-C--------------CA-TT--TT-TGTTT---G---------TGT---T--A--CCCTT----GGTAT-TTGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : --------------CC-TT--TT-T---T---A---------TTT---TT-A--TTTTTTTGTGGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-T--C----------TA----T--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : C-TT--TG-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTA----AGTAT-ATATGTGCATTTCATGG-C--T----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tgttt----------TA----C--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-A--------------AC-TT--TT-T-----------------CGT---C--A--TCCTT----GGTTT-TGGTGTGCATTTCATGA-C--C----------TA----T--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGA----TC--T-TTTCA-AGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--T-----------------------ATTT-------CT----------------TTT-A----GT---TTGA----------ACTGGTACTTTT-TTA-TTT-TC--TG-----------------T-----ATTTTAT-TAAT---ATA------A----GCCTAGTATGCATGAATTGGTAATATATAATCTGGCACTCAATGTGATAATA-----TTT-T---G---GAGGTATTT--TATTAT--------AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAAC--TTA-----TTT--TTTT----AA--A-TACAGTA---CGTA-------ATACTAATAT-GA---TAACAAT----------------GACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-C--------------CC-TT--TC-C---T---G---------TGT---T--A--TCCT--------------TGTGAATTCAATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-T--------------TTAGT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TACTT----GGTAT-TTGTATGCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TATTT----GGTAT-TCATGCGCATATCACGG-C--C----------TT----T--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaC-TC--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCATT----GGTAT-TGGTGAGGATTTCAAAA-C--C----------CA----T--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : t---------TGT---T--A--TCTTT----GATAT-TGGTGTACATTTCATGG-T--C----------CA----TTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTA--ACTC-TGTGTA--TGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAA----TAATT-T--CA-AAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc----------ACT------TTTATAA-TTT-CTA-TA---AT------------T-----A----AT-TAAT---ATAC----------GCTTAGTATGCATAAAT--------------CTACCACTCACTGTGATAA-A--AAT------------------TTT--TATTAT--------AATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgatTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGAT--AATGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGC-----------------CAGATAAT---TTCAAGAAT---ACG------TTGTCTATTTAACTATCCATT-----TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AT--TCACTTTCCC--G---------TGATTT-------TT----------------TTTT-----AT---TTGA----------ACG------TTT-TCA-TGG-CCAATAT--AT------------T-----GTTTTAT-TAA
gi|6 : aGT----TTTC-ATGGCCA---------A---------T-ATAT-------TG----------------TTTTA----TT---AAGA----------ATC------GTT-TCT-TTT-----TA---GT------------TTCTGTAATTTAT-TAAT---ATA------A----ACATA---TGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGATAA-A--GTTTTTGT---G---GGCTT-TTT--TATTAT--------GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAAC--ATA-----GTGGTTTT-----A------G---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATATgaatcgtttctttttagtttctgtaatttattaatataaacatatgcatgaattggcagcatttaatctagcactcaccgtgataaagtttttgtgggcttttttattatggttaatgtaaagtgactttaaggttaagtcgtgtcatataacatagtggttttagtacgtaatactaatgagataagaatatgaaataataatgaagttgtctgtaatatttaatagtatatgtatacaccaagttaattaactaattagttgtggtataatgtttaacgtgttattgtgatatatattaataatgattacgaacaatcacgtgactttctgtggcatgccatcaatat
gi|7 : atgcatgatcgctgtacccgatccagcatgactgctcgttttctccctaattccttttttagttttaccctttatagataatggaaggtttgctttaccaaaagtaggctgtttcgaaaagaagtctttttatatcgaggtgtttttctaatggaatattacaaatattgataggccagataatttcaagaatacgttgtctatttaactatccatttggtataacattgatctcggaggtttttattcactttcccgtgatttttttttatttgaac-T--CA-AGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-AT--TTG---------A---------T-CTTT-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATA--CGGA----------ACG------TTT-TGAATTT-CTA--------------------T-----AATTTAT-TTAT---ATACC----------CATAGTATGCAAGAAATGGCAGTATGTTATCTAGCACTCACTGTGAGAA-A-----------------------TTT--TATTTT--------GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAAC--ATA-----TCG--TTT-----AATTA-TA---TA---TGTAGTAAGACATACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggcttggccaaataatc------------T-----AATTTAT-TGAT---ATA------A----GCATAGTACACATGAATTTACAGTATATGATCTACCACTCAATGTGATAA-A--GCTTTT-TTTGG---G-----CTTCTTATCAT--------GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AATTA-TAG--TA---CGTA-------ATACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-C--------------TC-TT--TT-T---T---A---------TGT---T--A--TCCAT----TGTAT-TCGGGTGCATTTCATGG-CATA----------TA----T--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taccggtagtttttaaatttctgTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTA--ACTCA-GTGCA--TGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGAT--AATAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG---------------------C--CA-AGAAT-CC-----------CATG------TTAGCCATCTAACTATGCATT-----TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-AT--TCACTTAACCAGG---------T-A----------TT----------------TTTTA----AT---TTGG----------ACT------TTT-TCA-TGT-TTA--A---GTTCAA--------T-----AATTTAT-TGAT---AAACCAGTAA----GCATTGTATGCATGAATAGGCAGCATATAATCAATTACTCACTGTGATAA-A--atatatctttc
blockSeqs : C CAT CGAAA C . GACC AGT AAAAAG G AGGCTT A TC GAT CA A AACACG AGTTTAG C T C AA T CA GAAAGTATAA G A A T AATTGACAAGATTATGT G TG ATTTTA TGTTA T T TCT TTTAT TTTCCTT ATTT . GG GCTTCCCATGTATTTTTTAATTACAACGTTTACAAGTCAAATATTTGTTTTTAATTTCTGT T . . TTTAAATT T GAGTTTTGTTCGCTT CT . A C AT ATGAT GT AATTATATATGTAGTAAGAC T AAG GATGTAT T ACTG G G A AAT TTATA TC CAATG . A A TA T AT TT TA GGCATTTAT CA CATTTTTTGTGTTATC A GG G GTT TGT GGAGAGACG AAT GA AG TTGT A T A AG AAAAAATTAA GTAA TG CATGTA C GATTATGATAAGGTGTGA TG TCA TAG TAT ATA CTT AAA G ATTA C TGGT ATA T AGCA ATA CATA T TTGAT AA CG
blockSeqs : A . . . . . . C . . C . CT . A TGCTCG . . A . . . AT . . . T C ATAGGCCAGATAATTG . TT . . A . . . A . . . ATCTTTTTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAATACGGAACGTTTTGAATTTCTAT T . . CCAGTAA . GTTTTTGTGGGCTT . . T C . . . AAAAAAAAAAGACTCA . . AATGTTT . . C . A . . . . . A A A T . . . CAGAAAT C ACT . . . . . . . T . TTGT . T . AT CA . TA . A . . . ATA . ATA . AAT G . T . . . . . . . AT . .
blockSeqs : A . . . . . . A . . T . AT . A TGTTTT . . T . . . AA . . . A T ACAGGCCAGATCTTTT . TG . . G . . . T . . . CTTTCCCGTGATTTTTTTTTATTTGAACGTTTTCATGGCCAATATATT A . . CCGATA . GATTTTGTGTGTG . . T C . . . TAAATACAGTACGTA . . GGCAGAA . . G . A . . . . . A A A T . . . GAGTCA T CT . . . . . . . T . . . G . . . . . . . . . . . . GTA . AAT . . C . . . . . . . T . .
blockSeqs : C . . . . . . A . . C . CT . A TGCTCG . . T . . . CA . . . A T GTATGCCAAATAATTT . TG . . A . . . A . . . CTTAACCAGGTATTTTTTAATTTGGACTTTTTCATGTTTAAGTTCAAT C . . CC . GCTTTTTTTGGG . . T T . . . GAATATAGTACGTA . . GATATAG . . T . A . . . . . A A A T . . . GACAAA T CT . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . AAT . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . A . . C . CA . G CGTCTG . . T . . . AG . . . T T AAAGAAAGATTT . TG . . A . . . A . . . GTTTCCCGAGCATTTTTTAATTTGAACTTGTCCATGTCCATT T . . A . TTTTGGAGGTA . . A C . . . AAATATAGTATGTA . . GATATAG . . C . A . . . . . A . A T . . . GATAA A CC . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AAG . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . G . . A . . . GACT . . . . . . CT . . . T C ATAGGCATATT . CG . . G . . . A . . . ATATATTGTTTTATTAAGAATCGTTTCTTTTTAGTTTCTGT T . . A . TATTTTTTG . . A C . . . AATTATAGTACGTA . . TGTAG . . C . A . . . . . . . C T . . . CAGAA C CC . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . G . . . . . . AT . . . . T ATAGGC . CA . . A . . . T . . . GTATTTTTTTTTAATTTGAGGTTTTCCATGTCCAATAGTT A . . C . TTTTT . . T G . . . AAATAAAGTATTA . . GTCAG . . C . A . . . . . . . A A . . . GATAA C TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . AA . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C C . T . . T . . . . . ATTTCTTTTAGTTTGAACTGGTACTTTTTTATTTTCTGT A . . A . AAT . . T A . . . AAACTATAT . . ATAG . . C . C . . . . . . . A T . . . GTGAA C CT . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . A . . A . . . . A . . . . AGTACGTA . . TAA . . T . A . . . . . . . . . . GAGAA A TT . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . GAA . . . . . C . . . . . . . . AAAA T TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . GTA . . . . . . . . . . . . . AAAA C CA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AAA C CC . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . AA . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . CC . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : CT . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : **** CT* CGCTCG ATAGGCCAGATNATTT******** *** A********** GTTTTGTGT************** ******** *** A* CT*************** ***
originalCons : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCATGTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGC---A----TA--T-T--CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATACC--T-A----GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-A--GATTTT-T---G---G-----TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-C--------------CC-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
finalCons : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTA--ACTCT-GTGCA--TGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGAT--AATGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGATAGGCCAGATNATTT--------CA-AGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-ATTT-------TT----------------TTTTA----AT---TTGA----------ACT------TTT-TCA-TGT-CCAATA---GT------------T-----ANTTTAT-TAAT---ATAA----------GCATAGTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGATAA-AGTTTTGTGT--------------TTT--TATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAAA-TGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTTCT---------------C-TT--TT-T---T---G---------TGT---T--A--TCCTT----GGTAT-TCGTGTGCATTTCATGG-C--C----------TA----T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 1111 111111 111111 11111 111111 1111111 2222222222 11111111111111 111111 11111 11111 1111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 2222222222 55555555555555555555555555555 111111 111111 11111 5555555555555555555555555 11111111 11111 33333333333333333333333333333333 333333333333333 11111 1 1111111111111111 11111111111111111111111 111111111111111111 11111111111
lowQualScore : 0 1 888 22222 5 0000 0000 888 333333 5 444444 2 3 44444 3 000000 8888888 5 1 5 66 4 22 1111111111 5 4 0 4 0 0 4 11111111111111 4 1 111111 11111 2 4 777 22222 5555555 9999 4 66 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 4 9999999999 8 4 11111111111111111111111111111 4 000000 111111 777 1 00000 0 0 55 2222222222222222222222222 4 44444444 1 2 44 11111 44 44444444444444444444444444444444 3 555 888888888888888 3 7777 1 0 3 1 555 88888 55 00000 777 0 4 0 77 2 44 33 33 7777777777777777 22 33333 1 222 22 3 1 888888888 33333333333333333333333 1 44 8888888888 3333 33 444444 3 000000000000000000 22 222 555 222 99999999999 3 3333 1 0 3333 222 1 3333 222 3333 1 77777 22 22
lowQualScore : . . ... ..... . .... .... ... ...... . ...... . . ..... . ...... ....... . . . .. . .. .......... . . . . . . . .............. . . ...... ..... . . ... ..... ....... .... . .. ...................................................... ........ . .......... . . ............................. . ...... ...... ... . ..... . . .. ......................... . ........ . . .. ..... .. ................................ . ... ............... . .... . . . . ... ..... .. ..... ... . . . .. . .. .. .. ................ .. ..... . ... .. . . ......... ....................... . .. .......... .... .. ...... . .................. .. ... ... ... ........... . .... . . .... ... . .... ... .... . ..... .. ..
lowQualScore : 1 4 888 55555 0 6666 6666 888 666666 0 444444 8 5 33333 6 111111 6666666 7 7 0 99 4 00 9999999999 0 4 1 1 8 1 4 00000000000000 6 6 555555 11111 8 4 888 55555 1111111 4444 4 11 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88888888 4 0000000000 0 0 77777777777777777777777777777 2 555555 555555 000 6 00000 9 5 00 1111111111111111111111111 0 55555555 0 8 66 77777 66 55555555555555555555555555555555 3 888 000000000000000 3 1111 0 6 3 1 888 33333 55 00000 000 8 6 0 22 3 22 77 44 8888888888888888 55 88888 7 999 11 0 5 111111111 77777777777777777777777 5 11 2222222222 0000 99 333333 0 999999999999999999 00 777 444 777 88888888888 2 4444 5 3 3333 666 5 3333 777 3333 5 88888 33 44
consensus : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCTG-----TGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGATAA--TGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGCCAGATAATTTCAAGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-----ATTT-------TT----------------TTTTA----A---T-TTGA----------ACTTTT-TCA-TGT-CCAATA---GT----T------------ANTTTAT------TAATA------T---AAGCATA-----GTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGAT--AAAG----TTTTG--T--G----T---TT-TTATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-CTC-TTTT-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTAT-T--------CGTGT-----------------------GCATTTCATGG-C--C----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
Reference ( family-3005 ) : TTTTGTTCTCAACTTGGATAACATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAAGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----GGATT-ATCTA------GGTGANCATTTTGTGCCACTTAACTCTG-----TGCATGATCGCTGTACCCGATCTAGCATGACCGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCC-------CT-TTTAGTTTTA-CCTTTATAGATAA--TGGACGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAGAAGTNNTTTTCATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGNGTATTAGAAATATCGA-TAGGCCAGATNATTTCAAGAATGCCGTCAAGAATCACATG------TTGGCCATCTAACTATCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T-----ATTT-------TT----------------TTTTA----A---T-TTGA----------ACTTTT-TCA-TGT-CCAATA---GT----T------------ANTTTAT------TAATA------T---AAGCATA-----GTATGCATGAATTGGCAGCATATAATCTAGCACTCACTGTGAT--AAAG----TTTTG--T--G----T---TT-TTATTAT--------GATTAAAGTAAAGTGACNTTAAAGTTAGGTCGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAACAAT--TG---T-AG--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTACATG----TATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATGATTACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G--A-A--A-----AAGCC-CTTTT-CTC-TTTT-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTAT-T--------CGTGT-----------------------GCATTTCATGG-C--C----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAA
gi|1 : TTTTACTCTCAACTTGAATATCATGTCCC-TATTGGACTG---GAACATTTTAGGCTTTTAAATTG--TATAAGTCTCAAAA-----A-AAGTTTACTCTTCAGATTACTCTTGGTCATGCTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AGATT-ATCTA------GGTGAACATTTTGTGCTACTTAACTC------------------TGT----------GCGTGA--------TTTCTCTCTAATTTCC-------CT-TCTAGTTTTA-CCATTATACATAA--TGGACGGTCTGTTTTACCAAAACTAGGCAGTTTCG-GGAATGAGCCTTTTTCTTATC----------GAGATGTTGTT-CT-GTGGAACAATCTTCCTCAGAGTATCAGAAGTAT------------------TCGAGAATGGTGTCAAGAATCCCATG------TTG-TCATCTAACTATTAATT-----T--------------TGATC-----TCATA------TGT----TTTTTAT--TCA---------GTTTCCAAAGT-----ATTT-------TTAA--------------TTTGA----ATGTT-TTCATGTCCAATAGATTTTTATCA-AGTATCGATA---CT----TTTTT--------AGTTTATGTAATTTAATA------TTATAAGCATA-----GCATGCATGAATTAACAGCATATAATCTAGCACTCATTGTGAT--AAAAAGAATTGTG--T--GA---T---TT-TTATTATAATTATTTGATTAAAGTAAAGTGACAATAAAGTAAGGTCGTACCATATAAC--ATA-----TAG--TTT-----AA--A-TA---TAGTTCGTA-------ATACTTATGA-GA---TAACAAT---GAGAT-AG--TTTAAAATAT-TAAATAATAATAAAAATGTCTGTGATATTTAACAATATATG----TTTACAAAAAGATTATTAACT-AGTTCA---TTGTGATATAATGTTTA-----A
gi|1 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgA--TGCCATCAATATTAATGAACC-TGATGAA--AAC--AA--G--G-G--A-----AAATC-CCTTT--TA-TTTT-TT---ATGTT--ATCTT-TGGTAT-T--------TGTGT-----------------------GCATTTCATAG-C--C----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---CAAAT-TGTATA----TTATTGTTGTT-TATC----TTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATTC---TTTG----TATA-TACA-----TAT--ATTAT--CAAAATAAtgccatcaatattaatgaacctgatgaaaacaagggaaaatcccttttattttttatgttatctttggtatttgtgtgcatttcatagcctatatgtgtgtatcgttatgacaaattgtatattattgttgtttatctttcatgcatcatgttgttgccattctttgtatatacatatattatcaaaataaacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|10 : atccattatgtggtgacattgacatgcatcattttaaattgatattttcaagtgtaaacatcgtacagtgtcaccggcaaaataaactgatacgttttactctcaacttgaatatcatgtccctattggactggaacattttaggcttttaaattgtataagtctcaaaaaaagtttactcttcagattactcttggtcatgctcaaaacattaagttgggtacttctccagattatctaggtgaacattttgtgctacttaactctgtgcgtgatttctctctaatttcccttctagttttaccattatacataatggacggtctgttttaccaaaactaggcagtttcgggaatgagcctttttcttatcgagatgttgttctgtggaacaatcttcctcagagtatcagaagtattcgagaatggtgtcaagaatcccatgttgtcatctaactattaattttgatctcatatgttttttattcagtttccaaagtatttttaatttgaatgttttcatgtccaatagatttttatcaagtatcgatacttttttagtttatgtaatttaatattataagcatagcatgcatgaattaacagcatataatctagcactcattgtgataaaaagaattgtgtgatttttattataattatttgattaaagtaaagtgacaataaagtaaggtcgtaccatataacatatagtttaaatatagttcgtaatacttatgagataacaatgagatagtttaaaatattaaataataataaaaatgtctgtgatatttaacaatatatgtttacaaaaagattattaactagttcattgtgatataatgtttaTTTTGTTCTCAACTTGGATAACGTGTCTCACATTGGACCG---GAACAGTTTCTGTTTTTAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATAACTATTTGTCATGTTTAAAACATTACGTTGAGT----ACTTT---TTA-----CGATT-ATCTT------GGTGAACACTTTATGCCATGTAACacataactatctttctaaagtgcatcttataagatttt
gi|11 : gtacttgggaagacagaatcaattattttcggaattaaacccaggttatgatctcagtccaatttgagtattacatgtaatgggacttttattcagactgccaaatcagttaaatatcttggtgtcacactggaccagcatctatcttgtgacgaaatagctaggacagttataaaaaaggcaaatgctacgttaaaatgttccataccgaaaaatccagtaattgactaagcatacaaggaaactatttgccaggtaccatctcttattcagtgtcactttgattatacatattctttcaaaatctgaagtttagacttcaaactacgcaaaattaactcatacgTTTTGTTTTCGACTTGGGAAACATGTCTCCTGTTGGACAA---AAACATTTTAAATTTTTAAACTGGTCATCAGTCTCAATA-----A-GAGTAGA----TTAGATTACACTATGTCATGTTCAAAACATTAAGTTGGGT----ACTTC---TCC-----AAATT-ATTTA------GGTGGCCATTTTGTGCCACTCAACTCTG-----TGCATGATCACTGTACCCACTCTAGCATGACAACACGTTTTCTACAT-ATTCCC-------CT-TTTAG-TTTA-CCTTTATAGATAA--TCGACTGTCTGTTTTACCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAA
gi|12 : tattttgtgaagtacggttatcatgaagacaattctttataaaagttttataccgaaaaagccagcacttgactaagcataccaagaaactattggtaacgtctcttatttagtgtcacttcgattcatctttctggtattccagtttgactcaaaacctggggattagtcttcaattcaaactacacacaataagctcgcacgTTAATAGTACATGACTGTATACTGACAGACAATTAACTGAAACAA---TTGTGATATAATATTCA-----ACTTCTTACTGCGAT--A-----TAATTTATATTAAAAA--TAATAACTAACAATTACATGACTTTCTATGGCAATTTCTATCAATATTCAAGGACCACAATGGA--AAT--AA--G----------------TC-CTTTT-CTC-TTTT-TT---GTGTTGAATCCT-TGGTAT-T--------TGTAT-----------------------GCATTTTATGA-C--A----------T----AT--A------TGTGT-GGATTATGATAAGGTGTGAT--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTATA----TCAGTGTTGTGGTATC----ATTCATGC---ATCATG-CTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-AACA-----TTT--ATTAC--AAAAATAAttt
gi|13 : aATTAAAGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGTCGTGTAATTTAAC--ATA-----TTG--TTT-----GA--A-TA---TAGTACGTA-------ACACTAATGC-AA---TAACAATGATG---T-AT--TACGAAACAT-GAAATGATAATGAAGTTGTCAATGATATTTAATAGTACATT----TACACTCAAAGACAATAACCT-AACC-----------TATAATGTTTA-----ACCTATAACTCTGAT--A-----TG---T---TT-AAAA-ATGAGTACTAACAATTGCAatcatctatctatataaaaatattataaatttccagatataatactcggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatacttggtgataaatattttgatctaaatatgaatttccagatataatactcggtgataaata
gi|13 : --AA--A--A-A--A-----ATGCT-CTTTTACTC-TTTT-TT---GTGTT--ATCAT-TAGTAT-T--------TATGT-----------------------GCATTTCATGG-C--C----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TA--A-TATATA----T-ATTATTGT----TC----A---ATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAA--CAAAATAAaaaaaatgctcttttactcttttttgtgttatcattagtatttatgtgcatttcatggcctatatgtgtgtatcgttatgataatatatatattattgttcaatgcatcatgttgctgccatgctttgtatgtacatttattaacaaaataaatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|14 : attaaagtaaagtgacattaaagttaggtcgtgtaatttaacatattgtttgaatatagtacgtaacactaatgcaataacaatgatgtattacgaaacatgaaatgataatgaagttgtcaatgatatttaatagtacatttacactcaaagacaataacctaacctataatgtttaacctataactctgatatgtttaaaaatgagtactaacaattgcTGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAGCCACTTTT-CTT-TGTT-TT---GTTTT--GTCCG-TAGTAT-T--------GGTGC-----------------------GTATT----GGAC--C----------T----AT--G------TCTGTCG------------------T--A--A---TG---G---TG---A---T---T-TTTATA----TTATTGTTGTTATATA----TTTCATGC---ATCATA-TTG----TCAACATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ACTAT--CAATATAAatatatctataaatcaatctatatctaccatcattatacagtacattagatatagccttatacc
gi|15 : gttgttgattctacgtttctTTTTGTTCTCAATTTGGATGGCATGTCTGATATTGAATAA---GAACAGTTCAAGTTTTTAAATTGGTTATCAGTTCCAAAA-----A-GAGTTGA----TCatatatgtatgtgtttagatattgcaagtttggatacgtgcatgatagaaaacatattgttttatataataactaaaatattggtaagaaatctctactttgattttggtcattttctatacactttatataaatat
gi|15 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgGTTCAAGTTTTTAAATTGGTT----A--TCAGTTCCAAAAAGAGTTGATCTA------GGTGATGATTTTGTGCCACTTtaggtgatgattttgtgccacttgtatggaac
gi|16 : tgatgctatactggatcagcatttatcttgtgaccaaatagctaggatagttgataaggtctcttattcactgtcacttcgattgttcatgttccttccggtatccaagtttgactcaaaatctgaatattggacttcgaactacgaaaaataaactcatgcgttttgttctcaatttggatggcatgtctgatattgaataagaacaTTTA-CCTTCATCGACAA--TGGACGGCTTGCTTAACCCTAAGAAGGCAGTTTCG-GGAAGAAATCATTTTCATATC----------TAGATCTTGTT-CT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATGTTGA-AAG---AAA-GATTTCAAGAATGCTGTCAAAAATCACATG------TTGGTCATCTAAC-ATCCATG-----TGTTA-TAA---CAgtatggaac
gi|17 : ttcctccctaCAATGGA--CAT--AA--C--AGA--A-----AAGCT-CTTTT-C-A-TTTT-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTAT-TGGGAGAGACGTGTAATTAAGTCACTGGTATTGGTGTGCATTCCATGG-C--C----------CAGTAAC--A------TGAGT-G------------------T--TAAG---TT---A---TGAAAA---A---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATT----GACCATGC---ATCATG-TTG----TTACCGTGC---TTTG----TATG-TGCA-----ATT--ATTAC--CAAAATAAaggaattataaagagacaattccttggttataacattgtttcacaagtattttttttcaattattcagtattttttaat
gi|18 : ttGACCACAATGGA--AAT--GACAG--A-A--AT----AAACA-GTT---CCC-TTTT-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTGT-T--------CATAT-----------------------GCATTTCAAAG-CAGCAAAAAATTAAT----AT--A------TTTTT--------------------T--ATCA---TT---A---TC---A---T---T-TTTGTA----TAATT--T-TTATATC----GTTCATGG---ATCATA-TTG----TCGCCATGC----TTG----TATATTATA-----TCC--ATTAC--CGAAATAAatctatccaaaataaatctatccatctataatgttcggtgccaaccatctttaata
gi|19 : aT-TGGTAA-C--------TGTGT-----------------------GCATGTCATGG-C--C----------------T--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---AG---A---T-------AATA----CCA-AGTTGTT---TC---------------------------------CATGC---TTTA----TATG-TACA-----TTT--ATTACCGCAAAAatcgatataattttatctatatgtattcagtgaattatagagttaatttacattttataactttgggtaat
gi|2 : TTTTGTTCTCAACTTGGATAAAATGTCTCATATTGGACCG---GAACATTTTAATTTTTTAAACTGGTTATCAGTCTCAAAACGAAAACGAGTTGA----TCAGATTTCTCTTTGCCATGTTCAAAACATTAAGTTGAGT----ACTTC---TCC-----AGATT-AGCAA------GGTGACCATTTTGAGCCATTTATCGCTGATATACACATGGTCGCTGTACCCGATCTAGCATGATTGCTCGATTTCTCCCTAATTCCC-------CA-TTTCGTTTTA-CCTTTATAGGTAA--TGGACGGTTTGCTGTACCAAAAGTACACAGTTTCG-GAAATAAGTATTTTGCATACC----------AAGGTGTTGTT-CT-ATGGATCAACCTTCCTCAGTGTATTAGAAATGGCCA-TAGGC---ATA--TTCAAGAATGCTTCCAATAATCATATG------TTGGCCATATGACTCTCCATT-----CAATA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AA--TCA---------G---------T-----ATTT-------TT----------------TTTTA----A---T-TTGA----------GGTTTT-CCA-TGT-CCAATA---GT----T------------ATTTTAA------TAA-A------T---ACCGATACCTTTTTATGCATGAATTGGTAATATATCATCTAGTACTCACTGTGAT--AAAGA---TTTTG--T--G----TGTGTT-TT-TTAT--------GGTTAAAGTAAAGTGACTTTAAAGTTAAGTCGTGTCATATAACATATA-----TTG--TTT-----AA--ACTA---TA---T----------ATATCAATGC-GA---TAACAAC--TG---T-AG--TACGGAGTAT-AAAATAATAATGAAATGGTCCGTGATATTTAATATTACCTG----TATCCTGAAAGAAAATTAACT-AATCAAAATTTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTATGAT--A-----TA---TATATTAAAAA-ATAATTAATAACAATTACATGGTTTTCTACGGCA--TGCCATCAATATTCAATGACCACACTGAA--AAT--AA--G--G-C--ATTTATAAGCC-CATTT-CCC-TCTT-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTGT-C--------CGTGG-----------------------GCATGTCATGG-A--C----------C----AT--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---TT---G---TA---ACTTT---T-TTTATA----TAAGTGTTGCTTTATT----GTTCATGCATAATCACG-TTGAGCATTGCCATGCATATTT-----TATG-TACA-----TTTAAACTAC--CAaatctttccatttaccgaagtttgattgaagtttgctatgaaaccacttctggaaccaggtttttcaatctgttacgtcttttgaaatcattttaacatgcatgtaaccatatgagctctctttgcttgtgccttttgcattctccatt
gi|20 : TTT-TTC-TTTT-CT---TTGTT--ATCCT-TGGTAT-T-----------------------------------------------------------------------A-------GTGT-G------------------C--ATT----TC---A---TG---G---C--------ATA----TCATTGTTGTTCTATC----GTTCATGC---ATTATG-TTG----CTGCCATGC---CTTA----TATG-TGCA-----TTT--ATTAC--CAAAATAcatacaat
gi|21 : AATA---AT----T------------TCTTTA--------AAT-------T---GA--ATA-----ATATGCAT----------TATATAATGTATTACTCACTTTGAT--AA------TTTT-----------T---TT-TTATTAT--------CATTAAAGTAAATTGACTTTCAAGT----------CATATTGC--ATA-----TTG--TTT-----AA--A-TA---TAGTATGTA-------ATACTGATGA-GA---TAGCAATAATG---T-TT--TATGAAATAC-GAAATAATAATGAAGTTGTCTATGATA-TTA-----------------ACTT-------ATCAACT-GA-----------GATTTAA-ATTTA-----ACTTATTACTGTGgtatctaactgttgagaatgcaagtcttgtaaccataatttgaacgcttgtcttgttattaacaaatatcagaatgtatgtgattagttttgtaattaatctatattgtaaaaaagcacacga
gi|23 : gattttGACCACA-TGGA--AAT--AA--G--ATA--A-----AAACC-CTATT-CTA-TTTT-TTTGTGTGTT--ATCCT-TGGTAT-T--------TGTGT-----------------------GCAATTCATGG-C--C----------T----AT----------GTGT-G------------------T--ATCG---TTTAGA---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTGTTTTGATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCTTGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAtca
gi|24 : TTACTAACGAGTACACGACTTTCTATAGCA--TATCCTTCATATTCAAGGACCACAATGAA--AAT--TA--G--A-GTCA-----AAGC------------TTGT-TT---GTGTT--ATCCT-CGGTAT-G--------TGTGT-----------------------GCATTTCATGA-C--C----------T----AT--A------CGTGC-G------------------T--ATCG---TT---ATATTA---G---T---T-TCTGTA----TTATTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATGTTTG----TTGCCATGC---TTTG----AATG-TACA-----TTT--AATAT--ATAAATGAatgtattcaaaatctatctatgcaatgataaatctttcttggcaacagatatataat
gi|25 : --AGT--AA--GT-G-A--A-----AAGCC-CTTTT-TTC-TTTTGCT---GTGCT--ATCCT-TAGTGTAT--------CATGT-----------------------GCATTTCATGG-A--C----------T----AT--A------TGTGT-A------------------T--ATCG---TT---A---TGATAA---T---T-TCTACA----CCA---TTGTTATATT----GCATATGC---ATAATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATA-TACC-----CTT--ATTAC--AAAAATAatatatcaatta
gi|26 : aacctggtccatgtctgattaagggaatactTGCTATATAAA--ATAATGATTTG--TTT-----GA--A----------------------ATAACAATGA-TA---TA--------G---TCAG--TATGCATTAT-AAAATAATGAT----TTGTCTGTGATATTTAA--------G----T-----------CAGTTAACT-GATCAG---TTGTGATATAATGT------------------GTGAT--A-----TA---TAT--TAAAAA------------TAATTACATGCCT-----------------TCAATA-TCAAGGACCgatatacgtttacatatattgctaataata
gi|27 : aatatgtgacattgtactactgaaataacaacaatacagtaATTGTTATTATATC----ATTCATGC---ATCACG-TTG----T---CATGC---TTTGCATACATG-TACG-----GTT--ATTAC--CGTAATA
gi|28 : tttggcataaatcactgaacgTT-TTC-TTTC-CT---GTGTT--TTCCA-TGAAAT-T--------CGTGT-----------------------GCAAGCCATTG-C--C----------T----AT--ACATGTATGTGT-G------------------T--ATCG---TT---A---TG---A---TAATT-TATATA----ACATTGTTGCTATACA----GAACATGC---ATCGTG-TTG----TTGCAAGGC---TTCA----TATG-TA-A-----TCT--AT--C--TAAAgatatatctatctatctgccgtgtgtttgaatgaaatttggtttatagaaatatttagaaaatgtgttagttgtatgtacatgtagatagacgatggttctacacggaatcg
gi|29 : gAATTAGATCTTGTCATATAAC--ATA-----TTA--TT-----------------------GTA-------ATACTAATGA-AA---TAACAAT--GG---C-AGAATATGAAAAAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAATACATG----TATACTCAAAGACAATTAATT-TATCAA---CTGTGATATAATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--A-----TA---TActtaaaatattcttgtttacttaagataacttaaaaatctttttt
gi|3 : tgttgttaagagccaccatATCAGTCACAAAA-----A-GAGTTTA----TCAGATTACGCTGTGTCATGTTCAGGACATTAACTTGGAT----ACTTC---GCC-----AAATA-ATCTA------GGTGACCATTTTGTGCCACTTAACTATG-----TGCATGATCACTGTACCCGATCT--CA--ACTGTTTTTCTTTCCTCTAATTCCC-------CTCTTTAGATTTA-CCTTTATATAAAA--TGGACA-TTCGCTTTACCAAAAGTAGATAGTTATGTGGAAGACGTAATTATAATATC----------GAGGTGTTGTT-CT-ATGGAACACTCTTCCTCGGAGTATTATAAATATTGAATTGACAAGATTATGTCAAGAATGTTGTCTACAATCACATG------TTGTTCATCTATCTTTTCATT-----TGGTA-TAA---TATTGATT-----ATAAT------ACT----GATT-AT--TCA---------G---------CTTCCCATGTA------TT----------------TTTTA----A---T-TACA----------ACGTTT-ACA-AGT-CAAATATTTGT----TTTTAATTTCTGTAATTTAT------TAATA------T---AAGTATA-----GTACGCACGTATTGGCAGCATGCAATCTAGCTCTTACTGTAAT--AATA----TTTTT--T--G----T---TT-T-ATTAT--------GATTTAAATGAAGTGATTTTAAAGTTAAGTTGTGTCATACAAC--ATA-----TTG--TAT-----AA--A-TAAAGTA---T-TA-------AAACTAATGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATAT-AAAAT----------TTGTTTGTGATATTTGATAGTACGTG----TATACTCAAAGGCAATGAACT-ACTCAA---TTGTGATATATCGTTTA-----ACTTATTACTGTCAT--A-----TA---T-CATT----A-ATGATTACTAATACTTACATGACTTTCTATGGCA--TGCCATAAATACTCGAGGACTGCAATGGA--AAT--A------A-A--A-----GAGCA-GTTAT-TT---------------TT--ATTCT-TGGTAC-T--------CGTGT-----------------------GCATCTCATGG-A--C----------T----AT--A------TATG--G------------------TTGATCA---CTATAA---TA---A---T---T-TTTATA----TCATTGTTGTTATATT----GTCCATGC---ACC-TG-T
gi|30 : TTACACGACTTTCTATGTCA--TGCCATCGGTATTCAct
gi|30 : atTT-CAT-TTTA-TT---GTGTT--ATCCT-TGGTAT-T--------CATGT-----------------------GTATTATATAG-C--CCA--------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--TTCA---TT---A---TGGTAA---T---T-TCTATAATTATTATTGTTGTTGTATC----ATTCATGC---ATCATG-TTG----CTGCCATGC---ATTG----TATG-TACAAT---TTT--ATTAC--CAAAATAttttattgtgttatccttggtattcatgtgtattatatagcccatatatgtgtgtttcattatggtaatttctataattattattgttgttgtatcattcatgcatcatgttgctgccatgcattgtatgtacaattttattaccaaaata
gi|31 : atttacacgactttctatgtcatgccatcggtaT-ATGGAACAATCTTCCTCAGAGTATTAGAAATATTGA-TAGGCCAGATAATTGCAAGAACGCTGCCAAGAAACACATG------TTGGCAATCTAATTATACGTT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--TCA---------G---------T------TTCCCGAGCATT----------------TTTTA----A---T-TTGA----------ACTTGT-CCA-TGT-CCA-------T----T------------ACTTT
gi|32 : ATAATCTAGCAGTCACTGTAATCAAGAG----TTTTG--TTCGCT--T---TT-TTATTAT--------AATTATTATAAAGTGACAATAA-GTTAGGTCGTGTGATATAAC--ATA-----TTA--TTTAAAAAAA--A-AA---GA---CTCA-------ATACTAATAATAA---TGACA---------T-AA--TATGAAATAT-GAAATAATAATGAAGATGtt
gi|33 : TGTT--ATCCT-T--------------------------------------------TACTTCATGA-C--C----------T----ATTGA------CATAT-G------------------T-----G---TT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TTATTACTGTTTTATC----G----------GTCATG-TTG----TTGCGTTGC---TTTG----TATG-TGCATTGATTTT--ATTAC--AGAAATAAc
gi|34 : TT-TTGT-TT---GTGTT--ACCCT-TGGTAT-T--------TGTGT-----------------------GCATTTCATGG-C--C----------T----AT----------GTGT-G------------------T--ATTG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TCATTGTTGTTGTATC----TTCCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TGCA-----TTT--ATTAT--TAAAATAAatatttataattctatccattatataaaatgtatcgaa
gi|35 : tccatC-CTTTT-TTA-TTTT-T------ATT--TTTTTGTGGTAT-T--------CGTGT-----------------------GCATTTCATGG-T--C----------T----AT--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATatctat
gi|36 : C-CTTTT-TTA-TTTT-T------ATT--TTTTTGTGGTAT-T--------CGTGT-----------------------GCATTTCATGG-T--C----------T----AT--A------TGAGT-G------------------T--ATCA---TA---A---CG---A---TAA-TGTCTATG----TTATAGTTGTTATATC----GTTCACGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATtaatc
gi|37 : T-TTC-TTTG-TT---GTGTT--ATCCT-AAGTAT-A--------TATGT-----------------------GCATTTCATGG-C--T----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T---TCG---TT---A---TG---A---TAATT-TCTATA----TTATTGCTGTTATATC----ATTCATAC---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---TTTG----TAT--TACtaatc
gi|38 : tg----------T----AC--A------TGTGT-G------------------T--ATCG---GT---A---TA---C---T---T-CCTATA----TCATTGGTGCTATACG----GCTCATGC---ATCAAC-TTC----TTGCAATGT---TTAG----TATG-TACA-----TTT--ATGTC--CGAAGTAAc
gi|39 : tA-ACAATAACTTATAATAACATGACT----GTGGCA--TGTCATTAATAT-CAAGGACCACAATGGATTAAG--AG--A--A-A--A-----AAA-------T-AAC-TTTT-T-----CGTC--ATCCT-TGGTTT-T--------GGTGT-----------------------GCATTTCATGA-C--C----------T----AT--atcgatctatcattctgtacgttat
gi|4 : ACGATTT-TTTTACCAAAAGTAGGCAGTTTCG-GGAAAAACTCATTTTCAAACA----------GAGGTTTTGTT-CT-ATGGAAAAGTCTTACTCACTATATTACAAATATTGA-CAGGCCAGATCTTTTCAAGAATGCTGTCAAGAATCACATG------ATCGCCATCTAACTTTCCATT-----TGATA-TAA---CATTGATC-----TCAGA------GGT----TTTT-AT--T-A---------------------------TT-------TC----------------TTTTA----G---T-TTGAACTGGT----ACTTTT-TTA-TTT-TC--TG---------T------------ATTTTAT------TAATA------T---AAGCCTA-----GTATGCATGAATTGGTAATATATAATCTGGCACTCAATGTGAT--AATA----TTTTGGAG--G----TA--TT-TTATTAT--------AATTATTGTAAAGTGACATTAAAGTTAGGT------ATATAAC--TTAT----TTT--TTT-----AA--A-TACAGTA---CGTA-------ATACTAATAT-GA---TAACA----------------ATGACA-AT-GAAATATTAAGGAAGTTTTCTGTACTTTTTAATAGTACATG----TATAATCAAAGACAATTAACT-AATCAA---TTGTGATATACTGTTTA-----AATTGTTACTGTG----A-----TA---CATATTAAAAA-CTGATTACTAACAACAACATGACTTTCTAAAGCA--TGTCACCAATTTTCAAGGACCGCAACGAA--AAT--AA--GACA-A--A-----AAGCT-ATTTT-CCC-TTTC-CT---GTGTT--ATCCT-------------------TGT-----------------------GAATTCAATGG-C--C----------T----AT--A------TGTGT-G------------------T--ACCGTCATT---A---TA---A---T---T-TCTATA----TCATTGTTGTTATATC----GCTCATGT---ATCATC-TT-----T--CCATAC---TTTG----TATG-TACA-----TTT--ATTAC--C-AAATAActa
gi|40 : aaA--TGCCATCA--------GGAA-ACAATGGA--AAT--AA--G--AGA--A-----AAACC-CTTTT-TTTAGTTT-TT---GTGTT--ATACT-TGGTAT-T--------TGTAT-----------------------GCAT----CGG---------------------T--A------CG--------------------------------------A---TA---A---T---T-CCTATA----TTATTGTTagtgtttatgttgcaaaggtaaagaaagatttcatgtccatctatttacgtacggtg
gi|41 : ataatgaagTGTTGTTATATC----GTTCATGC---ATCATG-TTG----TTGCCATGT---TTTG----TATG-TACAT----TTT--ATTA
gi|42 : TTTTATTCTCAACTTGAATAACATGTCTAACATTGGACCG---AAACATTTTAAGTTTTTAAATTGatgaatctatctgtccattgtacttacctataacaagagatacagca
gi|45 : ctggagattagacttcaaattacgaaaaataaactcatacgC-TTTT-TT---ATGTT--ATATT-TGGTAT-T--------CATGC-----------------------GCATATCACGG-C--C----------T----TT--A------TGTGT-G------------------T--A
gi|45 : TGTTATATTTGGTATTCATGC---G-CATA-TCA----CGGCCTT-----TATG----TGTG-TACA-----TTT--ATTAC--CAAAATAAcatttattaccaaaataaatctatctatc
gi|46 : cttttttaTC-TCTT-TT---GTGTT--ATCAT-TGGTAT-T--------GGTGA-----------------------GGATTTCAAAA-C--C----------C----AT--A------TGTGTAG------------------C--GTTG---TC---A---TG---C---T---T-TGCATA----Tatctatctatc
gi|48 : TGTT--ATCTT-TGATAT-T--------GGTGT-----------------------ACATTTCATGG-T--C----------C----ATTAA------CATGT-A------------------T--GTCG---TT---T---TA---A---T---
gi|49 : ATGT---ATCATG-TTG----TTGCCATGC---ACTG----TATG-TATA-----gac
gi|5 : TTTTGTTCTAACCTTGGATGACATGTCTCATATTGGACCACATGAACATTATAAGCTTTTAAACCTGTTATTAGGTCTTAAA-----A-GAGTTGA----TCAGATTACTCTTTGTCATATTCACACCATTAAGTTGATTGACCACTGC---TTC-----GGATT-ATCTC------G------ATTTTGTGCGGCGTAACTCTG-----TGTATGATCGTTGTAACCGATTCAGCATAACGACT--TTTTTTCCTTAACCCCC-------AT-TTTAGTTTAA-CATTTATCGACAAAATGGACGGCTTGTCTTATCAAAAGTAGGCACTTTTG-GGAAGAAATAGTTTTCATATC----------GAGGTG--GCTGCT-ATGGAACAATCTTCCTCAGTACAT--GAGATATCGG-TATGCCAAATAATTTCAAAAATGCCGTCAAGAATCACATG------TAGGCaatcta
gi|5 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcatacc----------ACTTTTATAA-TTT-CTA-TA---AT----T------------A----AT------TAATA------T---ACGCTTA-----GTATGCATAAAT--------------CTACCACTCACTGTGAT--AAAA--------------A----T---TT-TTATTAT--------AATAAAAGTAAAgttcgtggagtaccgatacttttataatttctataattaattaatatacgcttagtatgcataaatctaccactcactgtgataaaaatttttattataataaaagtaaa
gi|6 : taaagtttctataccaaaaaagccagtacttgactaagcataccagaaaacatttggtaatgtctcttattcagtgtcacttattcatgttctttctggtatcccagtttgctcaaaccaagaagattagacgtcaaactacagaaagtaaactcataccttttgttctaaccttggatgacatgtctcatattggaccacatgaacattataagcttttaaacctgttattaggtcttaaaagagttgatcagattactctttgtcatattcacaccattaagttgattgaccactgcttcggattatctcgattttgtgcggcgtaactctgtgtatgatcgttgtaaccgattcagcataacgactttttttccttaacccccattttagtttaacatttatcgacaaaatggacggcttgtcttatcaaaagtaggcacttttgggaagaaatagttttcatatcgaggtggctgctatggaacaatcttcctcagtacatgagatatcggtatgccaaataatttcaaaaatgccgtcaagaatcacatgtaggcgttcgtggagtaccgat-----TGCATGATCGCTGTACCCGATCCAGCATGACTGCTCGTTTTCTCCCTAATTCCT-------TT-TTTAGTTTTACCCTTTATAGATAA--TGGAAGGTTTGCTTTACCAAAAGTAGGCTGTTTCG-AAAAGAAGTCTTTTT-ATATC----------GAGGTGTTTTT-CTAATGGAA---------------TATTACAAATATTGA-TAGGCCAGATAATTTCAAGAATAC---------------G------TTGTCTATTTAACTATCCATT-----TGGTA-TAA---CATTGATC-----TCGGA------GGT----TTTT-AT--TCACTTTCCC--G---------TG----ATTT-------TT----------------TTTT-----A---T-TTGA----------ACGTTT-TCA-TGG-CCAATAT--AT----T------------GTTTTAT------TAA
gi|6 : aGT----TTTC-ATGGCCA---------A---------T-----ATAT-------TG----------------TTTTA----T---T-AAGA----------ATCGTT-TCT-TTT-----TA---GT----TTCTGT-------AATTTAT------TAATA------T---AAACATA--------TGCATGAATTGGCAGCATTTAATCTAGCACTCACCGTGAT--AAAGT---TTTTG--T--GGGCTT---TT-TTATTAT--------GGTTAATGTAAAGTGACTTTAAGGTTAAGTCGTGTCATATAAC--ATA-----GTGGTTTT-----A------G---TA---CGTA-------ATACTAATGA-GA---TAA---------------------GAATAT-GAAATAATAATGAAGTTGTCTGTAATATTTAATAGTATATG----TATACACCAAGTTAATTAACT-AATTAG---TTGTGGTATAATGTTTA-----ACGTGTTATTGTGAT--A-----TA---TAT-T--AATA-ATGATTACGAACAATCACGTGACTTTCTGTGGCA--TGCCATCAATATgaatcgtttctttttagtttctgtaatttattaatataaacatatgcatgaattggcagcatttaatctagcactcaccgtgataaagtttttgtgggcttttttattatggttaatgtaaagtgactttaaggttaagtcgtgtcatataacatagtggttttagtacgtaatactaatgagataagaatatgaaataataatgaagttgtctgtaatatttaatagtatatgtatacaccaagttaattaactaattagttgtggtataatgtttaacgtgttattgtgatatatattaataatgattacgaacaatcacgtgactttctgtggcatgccatcaatat
gi|7 : atgcatgatcgctgtacccgatccagcatgactgctcgttttctccctaattccttttttagttttaccctttatagataatggaaggtttgctttaccaaaagtaggctgtttcgaaaagaagtctttttatatcgaggtgtttttctaatggaatattacaaatattgataggccagataatttcaagaatacgttgtctatttaactatccatttggtataacattgatctcggaggtttttattcactttcccgtgatttttttttatttgaacGGCCAAATAATCTCAAGAATGTCATCAGGAATCACATAATTTTATTGGTCATGTCACTATCCATTTGTTATGATATTGATCTCATAGATCTTTATTCAGTTTCCTTGGTATTTTTTT-AT--TTG---------A---------T-----CTTT-------TTCATGTCATAGTATATATTCTATCAAA---TACGGA----------ACGTTT-TGAATTT-CTA------------T------------AATTTAT------TTATA------T---ACCCATA-----GTATGCAAGAAATGGCAGTATGTTATCTAGCACTCACTGTGAG--AAA------------------------TT-TTATTTT--------GAATAAATTTAAATGTCTTTAAAAATAATTGATATCATAAAAC--ATA-----TCG--TTT-----AATTA-TA---TA---TGTAGTAAGACATACTAATGA-AAAAGTAATAAT---A---T-AG--TATGAAATAT-GAACTGAAAATGAAGTT-TCTATGATATCTAGTAGTACATG----TATACTTAAAGTCAATTAACT-AATCCG---TTGTGATATAATGTTTATTATAACTTATTTATGTGACTCG-----TA---TATATTAAAACTATAATTATTAACAATTACATGACTATCTATAGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCAGAATGGA--AATTAAA--G--A-
gi|8 : aaagttttttttcaagcttgaaatgtctcgtccacattgaggataggctt----T------------AATTTAT------TGATA------T---AAGCATA-----GTACACATGAATTTACAGTATATGATCTACCACTCAATGTGAT--AAAGCTTTTTTTG--G--G----C---TTCTTATCAT--------GGCTTAAATAAAGTGATATTAAAGTTAGATAGTGTCATATAAC--ATA-----TTG--TTT-----AATTA-TAG--TA---CGTA-------ATACTAACGA-GA---TAACAATGATA---T-AG--TATGAAATATTAAAATAATAATGAAGTTGTCTGTGATATTTAATAGTGCATG----CATACTCAAAGACAATTAACT-AATCAA---CTGTGATATTATGTTTA-----ACTTATTACTGTGAT--ACAATGTA---TATATT-AAAA-ATGATTACTAACAGTCATATGACTTTCTATGGCA--TGCCATCAATATTCAAGGACCGCAATGG--------------------A-----AAGTC-CTTTT-CTC-TTTT-TT---ATGTT--ATCCA-TTGTAT-T--------CGGGT-----------------------GCATTTCATGG-CATA----------T----AT--A------TATGT-A------------------T--ATCG---TT---T---TG---A---TAAGT-TCTGAA----TTGTTGTTGTTACATC----ATGCATGC---ATCTTG-CTG----TCGCCATGC---TTTG----TATG-TATA-----TAT--TTTAT--CAAAATAAttaaagtgtaatccttg
gi|9 : taccggtagtttttaaatttctgTTTTGTTCTAAATTTGTAAAACATGTCTCATATAGGACAG---GAACATTTTAAGTTTATAAACTGGTTATCAGTCCCAAAA-----T-GAATTTA----TCAGACTACTCTTTATCATGTTCAAAAAATTAAGTTGGGT----ACTGC---TCC-----GGATT-ATCCAAGGCTTGGTAAATATTTT-CGCCACTTAACTCAG-----TGCATGATCGCTGTACCGGAGCTGGCATGACCGTCTGTTTTCCCCCTAGTAACCAGTTTAGTT-TTCAGTTTTA-CCTTCATCGATAA--TAGACGATTTGCTTTATCCAAAGTAGGCAGTTTCG-GAAAGAAATATTTTTCAAATCGAAAGTATAAGAGATGTTGGT-CG-GCAAAATAAT-TTC-----------AAGAATGTCG----------------CCAAGAATCCCAT------------G------TTAGCCATCTAACTATGCATT-----TGTTA-TAA---CATTGATC-----TCAAT------GAT----TTTT-AT--TCACTTAACCAGG---------T-----A----------TT----------------TTTTA----A---T-TTGG----------ACTTTT-TCA-TGT-TTA--A---GTTCAAT------------AATTTAT------TGATAAACCAGT---AAGCATT-----GTATGCATGAATAGGCAGCATATAATCAATTACTCACTGTGAT--AAAT----TCTTatatatctttc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GAAGACAGAATCGATTCTTTTGTGGATCTAAGCCTAGGCCAGTCAGAATTTTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGAATATTACATGCATTGTGATTATTATTTTTCTTGATTACGACTGTTATTCAGGAAGCCAAATCAGTTATTTGATACTACACTGGTCCAGCACCTATCATGTGACGTAATAATTAGGACAGTGATTAAGAAGGTAAATGCTAGGTTAAACTATT
Unaligned ( gi|43 ): CGTGTGTTTGAATGAAATTTGGTTGATAGAAATATTTAGAAAATGTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGATGGTTCTACACGGAATCG
Unaligned ( gi|44 ): ATGTGTTTGAATGAAATTTGGTTTATAGAAATATTTAAAAAAATTGTTAGTTGTATGTACATGTAGATAGACGGTGGTTCTACACGGAATC
Unaligned ( gi|47 ): GGTAACGGCTCTTAGTCTTTGTCACTTCGACTATTCATGTTCTTTCAGGTATCCAAGTTTTACGCAAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CTGTCAATCGGTTGGTCTCACGAAAGATTTTTTTTTTT