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Reference ( gi|2 ) : TTGTTGGGCGCCGACATGAGGCGG---G-CCC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTT-A-GCATGGGGTAGCGTAACCGTATTGGGGTGGCATTTATACGAATTCTTTAA--CTTGGATATATAAAATGTAGTATTATAAACTTGGTGGAAA-ATTCCCAAGTACCTTAACAGTATAA------TTTGTA-TTTTCAGTTTTATGAAGGAAATC-TTG-A---TTTTTT--AAT-TGTTTATTTTGAAAGTAGAA---TAC---TT-TT-TTGTAATGACTAGTCACTTAGACAAATCAAAGGATCGAAACTTGAATAATCAAGATATATGTATTTAA-AATTTAA-ATTGGGGCTTGAAAAACTTATTTATTCGCCATTATTACA-GGTAAGAACATAATAAGTTAATTCTTACTAC-----ATATTGTAGTTGTATTT-AAAACAAAAAGAACAACACATTTA-TTTTATATTTGTTCTCAAAATATCTGAAA--AG-TCATTATACTAG-CTAGTCCCA-----------------------ACAAATTTTGCACGAAATTTCAATAAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTATATCTTATGCCT----T-TGGAATT-CACAACAC--------A------T----------AT------TTCAATCAGCCAATCAAAGGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACGTTATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAATACACGCTAGTAGAAAGA---CCCGTG-GAAAAGGAAGCAAAGAT-TGTTATAGGTAATTTCCACCAAGGATGTGAAATATTTGCACCTTTTAATAGTTTGCAATGTACAGCTATGTCGTTTATTGCGTTGTTTG-C--C---TTT-TT-CAGCTCGGTAATGTCGA--TAAAGCAGACTCGCCATTCAATGTAAGCAAAT-----TTAGACGTAA-TTTTGCGGTAATGA--ATAAAGTTAGTGGCCAAGGTCACAGAAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACAGAAAAAAAG-TGAAAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGTAGAGCAACTGATCGAGATGAAAT-TGCACTTTCAAATCATACTTTCTTTGGTTAAATTAAAAAAACACAAAAA-TGTGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTG
gi|4 : TTATTGGGCGTCGCCATGAGGCGG---GGTTC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTTTA-GCATGGGGTTGCGTTACCGTATTGGAGAAGTAATTGTACGAATTATCTAA--CTAGGATATACAAAATGTAGTATTATAAATTAGGTGGAAA-ATGTCCAAGTACATTAACTGTATAT------TTTTTA-TTTTCAGTTGTATGTAGGAAACC-TTA-A---TTATTT--AAAATGTTT-TTTTTAAGGTAGAA---TCC---TTCTT-TTGTAATGACTTATC-CTTAGACAAATCAAGGAATCAAAAATTTAATAATCAAGAGATA-------AACAATCAAA-ATTAGGGCTTCAAAAACTTATTTATTCGCAATTATTACA-GGTTAGAACATAATTCGTTAGTTCTTACTAC-----ATATTGCTGATGTATTTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTA-TTTTATATTTGTTCGCCAAAAATCTAAAATAAG-TCATTATACTAA-CTAATCCCT-----------------------ACAAATCTTGCACGGAATTTCAAGGGACCAATCAGTGGAGCTGACCTCGTCACGTATTGTTTATAT-TCATGCAT----A-CGGGTTT-CACAACAC--------A-------------------------------CAGCCAATCAGATGTGCTAATCTTATCACGTGATGTTTATATTATTTGCATACG-GG----TTCTTCAATACTCTCTAGCAGGAAGA---CGCGTG-GAAAAGAAAGCAAAGAT-GGTTTAAGGCAATTTCCACCAAGGGTGTGATATATTTGCGCCTTTTAATTGTTTGCAATGTACACTTATGTCGTAAATTGCGTTG
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gi|6 : TTATTTGGCGCCGCCATGAGGCAG---G-GCC-AGTAAGAATGCTTCTAGAATTT-GCGCATGGGGTTGCGTAATCGTTTTGGGGAGGCATTTGTACGAATGA---AA--CTAGGATAAACAAAATGTAGTGTTGTAAATATGGTGGAAA-ATTTCCAAGTACCTTTATTGTATAT------TCTGTA-TTTTCAGTCGTATGTAGGAAACC-TT--A---TTTTTTTAAAT-TGTTTATTTTGAAGGTAAAT---TACATTTC-TT-TTGTAATGACTAGTCTCTTGTACAA-----------------------ATCAAGGAAT-------TAA-AATTGAACACTGGGGGTTGAAA------TTTAAGCGCCAATATTATA-GGTTAGAACACAATACGTTAATTCTTACAAC-----ATATTGTAGTTTTATTT-AAAATAAA--GAAAAACTCAAGTG-TTTTTTAATTGTTCTCCAAATATCTGAAA--AG-TCATTATACAAG-CTAGTCCAA-----------------------ACAACATTTGCACGAAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTAAAT-TGATGCAT----A-CAGGTTC-CACAAttatattatgaatacacatagtctggtaccttgcccaacttcattcagtaacggaatgaagttgggcagggtaccaggctacacaacacacagcgatatttcaataagccagtcaaatgcactaaccttgtcaagtgatgtttacgttatttgcatacggatttttcaatacacgctagcaggaagacgcgtgaaaaagatagcaaagatgtttttttggcaatttctaccaagggtgtgaaatatctgctccctttaatggtttgcaatgtacaactatgtcgttaattgcgttgctagccgtttttcagctcggtaatgtcgatatagcagattcgccatttaatgtagacaaatttagacgtaattttgtggtaatgaatgaagttagtggttaaagttacaggaatgtgattttacagggaaatgtgactgaaataggtgatagacatgttttacctgaaaatgttgctagaagaacaactagtcgagataaagttgcacattcaacccatacttactttggacaaactaaaaaacacaaaaaggttcacatagaagttaatttcttgcattgacatgtgaaat
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gi|23 : attccctaatggagaataacggaatgaagttgggcagggtgccagattacacaatacacaaccatATTTAAGTCAGCCAATCAAATGTGCTGATCTTGTCACCTGATGTTTACATgctagcaggatgacatgtggaaaagaaagcaaagatggttttaggcaatttccaccaagggtgtgaaatatttgcacattttaatggtttgcaatgtacaactatgtcgttaattgcgttgcttgccttttttcagctcggtaatgtagatatagcagattcgccattcaatgtaggcagatttagcagtaatgaatgaagttagtggcaaagatcacaggaatgtgatattacccgaaaatgggactgaaataagtgatagacatattttacctgtaaatgttgctggtagagaaactggtcaagataaagtttcacattcaaagcatacttactttggacaaattaaaaaatgcaaaaagatgcacgtagaagtaaatttcctgcattgacatatgaaa
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gi|11 : attccctaatggagaataacggaatgaagttgggcagggtgccagattacacATTACACAACAC--------ACAACGAT----------AT------TTCAATCAGCCAGTCAAA--TG-------TGTCATGTGATGTTTACATCATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAAAACACGCTAGCAGGATGA---CGTGTG-GAAAAGAAAATAAAGAT-GGTTTTAGGCAATTTCCACCAAGAATGTGAAAAATTTGCACCTTTCAATGGTTTGCAAacatatgaaa
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gi|1 : t-CACAACAC--------ACAGCGAT----------AT------TTCAATAAGCCAGTCAAATGCACTAACCTTGTCAAGTGATGTTTACGTTATTTGCATACG-GA----TTTTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTG-AAAAAGATAGCAAAGATGTTTTTTTGGCAATTTCTACCAAGGGTGTGAAATATCTGCTCCCTTTAATGGTTTGCAATGTACAACTATGTCGTTAATTGCGTTGCTAG-C--CG--TTT-TT-CAGCTCGGTAATGTCGA--TATAGCAGATTCGCCATTTAATGTAGACAAAT-----TTAGACGTAA-TTTTGTGGTAATGA--ATGAAGTTAGTGGTTAAAGTTACAGGAATGTGATTTTACAGGGAAATGTGACTG-AAATAGG-TGATAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGAAGAACAACTAGTCGAGATAAAGT-TGCACATTCAACCCATACTTACTTTGGACAAACT-AAAAAACACAAAAA-GGTTCACATAGA-AGTTAATTTCTTGCATTG
gi|6 : ttattggtcgccgtcatgagatggggcccagtaggatttgagcatggggtttcataatcgtattggggaagatctataagaattctttaactaggatatacaaaatttagtattataaatatggtggaaaatttctaagtaccttaactgtatattttgtattttcagttgtatgtaggaaaccttaatttttttaattgtttattttgaaggtagaatgcttcttttgtgatgtctagtcccttagacaaatcaagggatcgaaaattgaataatcaagaaatcaaaaattaaaattagggcttgcaaaacttatttatttgccagtattacaggttagaacataatacgttaattcttactacatattgtagttgcatttaaaaaaagaaaccaggcaagtatttgtatttgttctacaaatatctgaaaagtcattacactagatagtcctaacaaattttgcacgaaatttcaaataaccattcaaaggtttatattatgaatacacatagtctggtaccttgcccaacttcattcagtaacggaatgaagttgggcagggtaccaggcta-CACAACAC--------ACAGCGAT----------AT------TTCAATCAGTCAGTCAAATGTGCTAATCTTGTC-CGTGATGTTTACATTGTTTGCATGCG-GG----GT-TTCAATACACGCTTGCAGGAAGA---C--GTATAAAAAGAAAGCAAATGT-GGTTTAAGGCAATTTCCACCAAAGGTGTGAAATATTTGCGCCTTTTAATGGTGTGCAATGTGCAACTATGTCGTTAATTACGTTGCTAG-C--C---TTT-TTCCAGCTCGGTAATGTCGA--TTTAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGTTCTCCGTTCGATA-AA-TATTTCTGT----A--ATAAAGTTAacatgtgaaat
gi|19 : ttatttggcgccgccatgaggcagggccagtaagaatgcttctagaatttgcgcatggggttgcgtaatcgttttggggaggcatttgtacgaatgaaactaggataaacaaaatgtagtgttgtaaatatggtggaaaatttccaagtacctttattgtatattctgtattttcagtcgtatgtaggaaaccttatttttttaaattgtttattttgaaggtaaattacatttcttttgtaatgactagtctcttgtacaaatcaaggaattaaaattgaacactgggggttgaaatttaagcgccaatattataggttagaacacaatacgttaattcttacaacatattgtagttttatttaaaataaagaaaaactcaagtgttttttaattgttctccaaatatctgaaaagtcattatacaagctagtccaaacaacatttgcacgaaatttcaagcaaccaatcaaaggtgctgacctcgtcacgtgatgtttaaattgatgcatacaggttccacaaattcaagaatgtaatgagtagaacggaacggaatgaagttgggcagggtaccagacaaACAACAC--------A------TTTTGCACGAAAT------TTCAGGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTTGTCACGTGATATTTATATTA--TGCATACA-GG----TTC--CACTACACAC
gi|13 : aactaaaatcagcgcttgatagtaccagactAACAC--------AGTGA--T----------AT------TTCAATCAGCCAATCAAATGTGCTAATCTT-TCACGTGATATTTACATGATTTGCATGCG-AG----TTTTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTG-GAAAAGAAAGCAAAGAT-GGGTTTAGGCAATTTCCACCAA----------TATTTGCGCCTTTTAATGG-------------G-TATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--CC--TTT-TT-CAGCTCGGTAATA-CGA--TATAGTAGATTCGCCATTCAATGTATGCAAAT--------------A-CTTTGCGGTAATGA--ATGAGGTAAGTGGTCAAGCTCACAGGAATGTGATTTTACCAGGAAATGGGACTGAAACA--GCTGATAAACATGATTTACCTGATAATGTTGCTAATAAAGCAACTGGTCGAGATAAAGT-TGCACATTCAAATCATACTTACTTTGGACAAACT-ATCAAATGCAAAAA-GGTGCACagcgatattttaatcagtcaatcaaatgt
gi|9 : CAACCAATCAAAGGTGCTTACCTCGTCACGT--TGTTTA
gi|14 : attgggcaccgccatgagatggagtccagtaggaatgcttctagaactgcgaaactgtattggggaggcatttacatgaattctttaaggcttggatatacaaaatgtaatattataagtttggtggaaagtttcctaatacattaactgtatattttgtattttcagtcgtatgtaggaaaccttatttttttttaattgttttttgaaggttgaatacttttattgtaatgactagtcctttagacaaatcaagggatcgaaaattgaataatcaagagatcaccaattaaaattagggcttgaaaaacttatatttcaccaatataacaggttagaacataatacgttagttcttactacatagtgtagttgtatttaaaacaaaaagaacaacgcaaatattttatatttgttctccaaatatctaataagtcattatacaagatagtcccaacaattttagtctgtaccagactacaagttttgcacgaaattgcatgCAGTCAAGTGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACATTATTTCCATTCGTGG----TT-------GCATG--------AAGA---CGCGTG-GAAAAGAAAGCAAAGAT--GCTTT---TAATTTA-ACCAAGGGTGTGAAATATCTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAACTCTGTTGTTAATTGCGTTGCTTG-C--CCT-TTT-TT-CAGCTCGATAATGTCGA--TATAGCAAATTCGCCATTCAATGTAGGCAGAT-----T--------------GCGGTAATGA--ATGCAGTTAGTGGTAAAGGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTGAAATA-----GAAAGACATGTTTTTTCTGAAAATGCTGCTAGTAGAG------------ATAAAGT-TGCACTTTCAAATCGTACTTACTTTGGACAAACT-AAAACACGCAAAAA-GGTGtacttat
gi|12 : TTATTTGCATGCG-GA----TTCTTTAGTACACACTAGCAGGAAGA---CACGTG-GGAAAAAAAGCAAAGAT-GGTTTTAGGCAACTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCACCCGTTAATGGTTTGCATTGTACAACTATATTGTTAATTACGTTGCTTG-C--T---TTT-TT-CAGCTCGGAAAT-TCGA--TATAGCAGATTCGTCATTCAATATGGGCAGAT-----ATAGACGTAATTTTTGCGGTAATGA--ATGAAGTTTGAGGTCAATGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGACAATTGGACTG-AAATAGG-TGATAGATATGTTTTACCTG-CAATGTTACTAGTAGAGCAACTGGTCAAGATAAAGT-TGCACAATCATATCATACTTACTTGGGATAAACT-AAAAAACACAAAAA-GATGCACGTAGA-AGTAAATTTTCTGCATCG
gi|15 : TAGCAGGAAGA---CGCGCG-GAAAAGAAAACAAAGAC-GGTTTTAGGTAATTTCCGTCATGGATGTGATATATTTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCCATGTCGTTAACTACGTTGCTTG-C--CATTTTT-TT-CAGCTCGGTAATATTGA--TATAGCAGATTCGCAAATCAATGTAGGTAGAT-----TGTGACGTAA-TTTTACGGTAACGA--ATGAAGTTAGTGGTCAAGGCCACATGAATGTGATTTTACCGGCAAATGG---------------GAAAGGCATGTTTT-TCTTAAAATGTTGCT-GT-----------TCGAGATAAAGT-TGCACATTCAAATCATACTTACTTTTGACATACT-AAAAAACGCAAAAA-GGTGCACGTATATAGTGGATTTCCAGCACTGacatgtggaatcgagtaatcaagtgcaagt
gi|4 : atAT-----TGAGACGTAA-TTTTGTGGTAATGA--A----GGTAGTTGTCAAGGTCACAGGAGTGTGATTTTACCGGAAAATAGGACTGAAATAG-G-TGATAGATATGTTTTACCTGAAAATG---CAAGTAGAGCAACTGGTCGAGATAAAGC-TACACATTCAATTCATTCTTACTTTGGACAAACT-ACAAAACGCAAAAAGGGTGCATGTAGA-AGTAAATTGCCTGCATTGaca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): CAAATCTGTTTTATTATTACCAGCTAGTTGTCTGGTACCCTAACCAACTTAACCAAGTGTTGGTAAATGAAGTTGGCCACGATACCAGGC
Unaligned ( gi|22 ): TTTTACAATTACATGACGACAAAGCCCGGTATATGTTATATGCTGATAACAAATAAAAATTGTTTAAACCAA
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Alignments
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lowQualScore : ..... . . .. . ...... . . .. . . ... ... . . ... ... . ..... . .. . . ....................... . ..... . ............... ...... . .... . ... . . .. ... . . . .. .. . .. . . . . . . .
lowQualScore : 22222 6 1 55 0 555555 0 0 99 6 6 000 444 3 3 000 000 6 11111 4 55 0 6 66666666666666666666666 0 00000 9 222222222222222 888888 1 5555 4 000 9 3 66 444 3 3 3 66 22 3 66 3 3 2 6 6 4 0
consensus : TTATTGGGCGCCGCCATGAGGCGG---G-CCC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTTGAGCATGGGGTTGCGTAACCGTATTGGGGAGGCATTTGTACGAATTCTTTAA--CTAGGATATACAAAATGTAGTATTATAAATTTGGTGGAAAATTTCCAAGTACCTTAACTGTA------TATTTTGTA-TTTTCAGTTGTATGTAGGAAACC-TTG-ATT-TT-TT---AATTGTTTATTTTGAAGGTAGAATAC---TT-TT-TTGTAATGACTAGTCCCTTAGACAAATCAAGGGATCGAAAATTGAATAATCAAGAGAT---CA---AAAATTAAAATTAGGGCTTGAAAAACTTATTTATTCGCCATTATTACAGGTTAGAACATAATACGTTAGTTCTTACTAC-----ATATTGTAGTTGTA-TTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTATTTTATATTTGTTCTCCAAATATCTGAA--AAG-TCATTATACTAG-CTAGTCCCAACAAATTT-----------------------TGCACGAAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTATAT-TTATG-----CATACGGGTTCCACAACAC--------A------TAT------TTCAATCAGCCAATCAAATGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--C---TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTCGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATTGAGACGTAA-TTTTGCGGTAATGAATG--AAGTTAGTGGTCAAGGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTG-AAATAGGTGATAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGTAGAGCAACTGGTCGAGATAAAGTTGCACATTCAAATCATACTTACTTTGGACAAACT-AAAAAACGCAAAAA-GGTGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTG
Reference ( family-2795 ) : TTATTGGGCGCCGCCATGAGGCGG---G-CCC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTTGAGCATGGGGTTGCGTAACCGTATTGGGGAGGCATTTGTACGAATTCTTTAA--CTAGGATATACAAAATGTAGTATTATAAATTTGGTGGAAAATTTCCAAGTACCTTAACTGTA------TATTTTGTA-TTTTCAGTTGTATGTAGGAAACC-TTG-ATT-TT-TT---AATTGTTTATTTTGAAGGTAGAATAC---TT-TT-TTGTAATGACTAGTCCCTTAGACAAATCAAGGGATCGAAAATTGAATAATCAAGAGAT---CA---AAAATTAAAATTAGGGCTTGAAAAACTTATTTATTCGCCATTATTACAGGTTAGAACATAATACGTTAGTTCTTACTAC-----ATATTGTAGTTGTA-TTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTATTTTATATTTGTTCTCCAAATATCTGAA--AAG-TCATTATACTAG-CTAGTCCCAACAAATTT-----------------------TGCACGAAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTATAT-TTATG-----CATACGGGTTCCACAACAC--------A------TAT------TTCAATCAGCCAATCAAATGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--C---TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTCGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATTGAGACGTAA-TTTTGCGGTAATGAATG--AAGTTAGTGGTCAAGGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTG-AAATAGGTGATAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGTAGAGCAACTGGTCGAGATAAAGTTGCACATTCAAATCATACTTACTTTGGACAAACT-AAAAAACGCAAAAA-GGTGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTG
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gi|10 : ttattggtcgccgtcatgagatggggcccagtaggatttgagcatggggtttcataatcgtattggggaagatctataagaattctttaactaggatatacaaaatttagtattataaatatggtggaaaatttctaagtaccttaactgtatattttgtattttcagttgtatgtaggaaaccttaatttttttaattgtttattttgaaggtagaatgcttcttttgtgatgtctagtcccttagacaaatcaagggatcgaaaattgaataatcaagaaatcaaaaattaaaattagggcttgcaaaacttatttatttgccagtattacaggttagaacataatacgttaattcttactacatattgtagttgcatttaaaaaaagaaaccaggcaagtatttgtatttgttctacaaatatctgaaaagtcattacactagatagtcctaacaaattttgcacgaaatttcaaataaccattcaaaggtttatattatgaatacacatagtctggtaccttgcccaacttcattcagtaacggaatgaagttgggcagggtacCACAAC-C--------A------TAT------TTCAATCATCCAGTTAAATGTGTTAATCTTGTCATGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTTTGCAATACATGCTAGCAGGATGA---CATGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCACATTTTAATGGTTTGCAATGTACAACTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--CT--TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTAGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATT------TA------GCAGTAATGAATG--AAGTTAGTGGCAAAGATCACAGGAATGTGATATTACCCGAAAATGGGACTG-AAATAAGTGATAGACATATTTTACCTGTAAATGTTGCTGGTAGAGAAACTGGTCAAGATAAAGTTTCACATTCAAAGCATACTTACTTTGGACAAATT-AAAAAATGCAAAAA-GATGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTGacatgtgaaat
gi|11 : attccctaatggagaataacggaatgaagttgggcagggtgccagattacacaataAAGTATTTTATATTTGTTCTCCAAATATCTGAA--AAG-TCTTTATACTAG-CTAGTCCAAACACATTT-----------------------TGCATGGAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTTACGTGATGTTTATGT-CTATG-----CATAAGGGTTCCACAACAC--------A------TAacatatgaaa
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gi|12 : catttaactaccatcactaaaaaccatgtatatgttatattctgataacaaataaatattgttttaactaagtattttatatttgttctccaaatatctgaaaagtctttatactagctagtccaaacacattttgcatggaatttcaagcaaccaatcaaaggtgctgacctcgttacgtgatgtttatgtctatgcataagggttccacaacacatagtctggtacccagcccaactttattctgtaaaagagagtaatagaataacgttgggcaggTTATTTGCATGCG-GA----TTCTTTAGTACACACTAGCAGGAAGA---CACGTGGGAAAAAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAACTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCACCCGTTAATGGTTTGCATTGTACAACTATATTGTTAATTACGTTGCTTG-C--T---TTT-T-T-CAGCTCGGAAAT-TCGA--TATAGCAGATTCGTCATTCAATATGGGCAGATATAGACGTAATTTTTGCGGTAATGAATG--AAGTTTGAGGTCAATGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGACAATTGGACTG-AAATAGGTGATAGATATGTTTTACCTG-CAATGTTACTAGTAGAGCAACTGGTCAAGATAAAGTTGCACAATCATATCATACTTACTTGGGATAAACT-AAAAAACACAAAAA-GATGCACGTAGA-AGTAAATTTTCTGCATCG
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gi|5 : ttattgggcgtcgccatgaggcggggttcagtaggaatgcttctagaattttagcatggggttgcgttaccgtattggagaagtaattgtacgaattatctaactaggatatacaaaatgtagtattataaattaggtggaaaatgtccaagtacattaactgtatattttttattttcagttgtatgtaggaaaccttaattatttaaaatgttttttttaaggtagaatccttcttttgtaatgacttatccttagacaaatcaaggaatcaaaaatttaataatcaagagataaacaatcaaaattagggcttcaaaaacttatttattcgcaattattacaggttagaacataattcgttagttcttactacatattgctgatgtattttaaaacaaaaagaacaacgcaagtattttatatttgttcgccaaaaatctaaaataagtcattatactaactaatccctacaaatcttgcacggaatttcaagggaccaatcagtggagctgacctcgtcacgtattgtttatattcatgcatacgggtttcacaacacacagccaatcagatgtgctaatcttatcacgtgatgtttatattatttgcatacgggttcttcaatactctctagcaggaagacgcgtggaaaagaaagcaaagatggtttaaggcaatttccaccaagggtgtgatatatttgcgccttttaattgtttgcaatgtacacttatgtcgtaaattgcgttgcagacgtttGG---G-CCC-AGTTAGAATGCTTCTAGAATTTGAGCATGGGGTTGCGTAACAGTATTGGGGAGGCATTTGTACGAATTCTTTAA--CTAAGATATACAAAATGTAGCATATTAAATTTAGTGGAAATATTCAAAGTACCTTAACTGTA------TATTATGTA-TTTTCAGTTGTATATAGGAAACCATTG-ATT-TT-TT---G-TTGTTTATTTTGAATATAGAATAC---AT-TGATTGTAATGACTAGTCTCT-AAACAA-TCAAGGGATCTAAA-TTGAATAATCAAGAGAT---CA---ACAATTAAAATTAGGGCTTAAAAAACGTTTTTATTCGCCATGATTACAGGTTAGAACATAATATGTTAATTCGCACTAC-----ATTTAGTAGTCGTA-TTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTATTTTATAT-------------ATCTGAA--AAG-TCATTATACTAG-CTAGTCTCAACAAATTT-----------------------TGCA--------------ACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTAATGTTTATAT-ATATG-----CTTACGGGTTCCACAACAC--------A------TATCGATATTTCAATCAGTGAATCAAATGTGATAATCTTGTCACGTGATGCTTACATTTTATTCATGCG-GGATGCTTCTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGTGTGGAAAAGAAAGTAAATATTGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGTGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCCATGTCGTTGATTGTGTTGCTTGTC--T---TTT-T-T-CTGCTTGGTAATGTCAATGTATAGCAAATTCGCCATTCAATGTGGGCAGACTGAGACGTTA-TTTTGCAATAATAATTGTTAAGTTAGT------GGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTG-AAATAGGTGATAGACATGTTTGACCTGAAAATGTTGTTAGTTGAGCAAGTGGTTGATAAAAATGTGCACATTCAAATCATGCTTACTTacatgtgaaatcgagt
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-2795 ) : TTATTGGGCGCCGCCATGAGGCGG---G-CCC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTTGAGCATGGGGTTGCGTAACCGTATTGGGGAGGCATTTGTACGAATTCTTTAA--CTAGGATATACAAAATGTAGTATTATAAATTTGGTGGAAAATTTCCAAGTACCTTAACTGTA------TATTTTGTA-TTTTCAGTTGTATGTAGGAAACC-TTG-ATT-TT-TT---AATTGTTTATTTTGAAGGTAGAATAC---TT-TT-TTGTAATGACTAGTCCCTTAGACAAATCAAGGGATCGAAAATTGAATAATCAAGAGAT---CA---AAAATTAAAATTAGGGCTTGAAAAACTTATTTATTCGCCATTATTACAGGTTAGAACATAATACGTTAGTTCTTACTAC-----ATATTGTAGTTGTA-TTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTATTTTATATTTGTTCTCCAAATATCTGAA--AAG-TCATTATACTAG-CTAGTCCCAACAAATTT-----------------------TGCACGAAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTATAT-TTATG-----CATACGGGTTCCACAACAC--------A------TAT------TTCAATCAGCCAATCAAATGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--C---TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTCGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATTGAGACGTAA-TTTTGCGGTAATGAATG--AAGTTAGTGGTCAAGGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTG-AAATAGGTGATAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGTAGAGCAACTGGTCGAGATAAAGTTGCACATTCAAATCATACTTACTTTGGACAAACT-AAAAAACGCAAAAA-GGTGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTG
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Reference ( family-2795 ) : TTATTGGGCGCCGCCATGAGGCGG---G-CCC-AGTAGGAATGCTTCTAGAATTTGAGCATGGGGTTGCGTAACCGTATTGGGGAGGCATTTGTACGAATTCTTTAA--CTAGGATATACAAAATGTAGTATTATAAATTTGGTGGAAAATTTCCAAGTACCTTAACTGTA------TATTTTGTA-TTTTCAGTTGTATGTAGGAAACC-TTG-ATT-TT-TT---AATTGTTTATTTTGAAGGTAGAATAC---TT-TT-TTGTAATGACTAGTCCCTTAGACAAATCAAGGGATCGAAAATTGAATAATCAAGAGAT---CA---AAAATTAAAATTAGGGCTTGAAAAACTTATTTATTCGCCATTATTACAGGTTAGAACATAATACGTTAGTTCTTACTAC-----ATATTGTAGTTGTA-TTTAAAACAAAAAGAACAACGCAAGTATTTTATATTTGTTCTCCAAATATCTGAA--AAG-TCATTATACTAG-CTAGTCCCAACAAATTT-----------------------TGCACGAAATTTCAAGCAACCAATCAAAGGTGCTGACCTCGTCACGTGATGTTTATAT-TTATG-----CATACGGGTTCCAC-A-A--CAC----A--G--CGATATTTCAATCAGCCAATCAAATGTGCTAATCTTGTCACGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTCTTCAATACACGCTAGCAGGAAGA---CGCGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCGCCTTTTAATGGTTTGCAATGTACAGCTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--C---TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTCGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATTGAGACGTAA-TTTTGCGGTAATGAATG--AAGTTAGTGGTCAAGGTCACAGGAATGTGATTTTACCGGAAAATGGGACTG-AAATAGGTGATAGACATGTTTTACCTGAAAATGTTGCTAGTAGAGCAACTGGTCGAGATAAAGTTGCACATTCAAATCATACTTACTTTGGACAAACT-AAAAAACGCAAAAA-GGTGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTG
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gi|10 : ttattggtcgccgtcatgagatggggcccagtaggatttgagcatggggtttcataatcgtattggggaagatctataagaattctttaactaggatatacaaaatttagtattataaatatggtggaaaatttctaagtaccttaactgtatattttgtattttcagttgtatgtaggaaaccttaatttttttaattgtttattttgaaggtagaatgcttcttttgtgatgtctagtcccttagacaaatcaagggatcgaaaattgaataatcaagaaatcaaaaattaaaattagggcttgcaaaacttatttatttgccagtattacaggttagaacataatacgttaattcttactacatattgtagttgcatttaaaaaaagaaaccaggcaagtatttgtatttgttctacaaatatctgaaaagtcattacactagatagtcctaacaaattttgcacgaaatttcaaataaccattcaaaggtttatattatgaatacacatagtctggtaccttgcccaacttcattcagtaacggaatgaagttgggcagggtacCAGATTACAC-A-ATACAC----A--A--CCATATTTCAATCATCCAGTTAAATGTGTTAATCTTGTCATGTGATGTTTACATTATTTGCATGCG-GG----TTTTGCAATACATGCTAGCAGGATGA---CATGTGGAAAAGAAAGCAAAGATGGTTTTA-GGCAATTTCCACCAAGGGTGTGAAATATTTGCACATTTTAATGGTTTGCAATGTACAACTATGTCGTTAATTGCGTTGCTTG-C--CT--TTT-T-T-CAGCTCGGTAATGTAGA--TATAGCAGATTCGCCATTCAATGTAGGCAGATT------TA------GCAGTAATGAATG--AAGTTAGTGGCAAAGATCACAGGAATGTGATATTACCCGAAAATGGGACTG-AAATAAGTGATAGACATATTTTACCTGTAAATGTTGCTGGTAGAGAAACTGGTCAAGATAAAGTTTCACATTCAAAGCATACTTACTTTGGACAAATT-AAAAAATGCAAAAA-GATGCACGTAGA-AGTAAATTTCCTGCATTGacatgtgaaat
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