lowQualScore : 1111 111111 2222222 2222 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111111 1111111 1 1 1 1
lowQualScore : 0 7777 0 99 999999 6 1111111 77777 5555 4 44 3 3 4 3 3 6 4 0 1 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 33 555555555555 555 6 6666 33 2 5 555 3 44 0 6666 3 3 0000000 6 888 555 6 444 6 2 7 444 5 0 4 5 6666 7 6
lowQualScore : . .... . .. ...... . ....... ..... .... . .. . . . . . . . . . . ...................................................................................... .. ............ ... . .... .. . . ... . .. . .... . . ....... . ... ... . ... . . . ... . . . . .... . .
lowQualScore : 6 0000 8 22 222222 7 7777777 11111 4444 8 22 1 1 5 6 3 8 6 4 3 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 99 888888888888 444 0 1111 99 9 0 000 1 22 7 5555 1 1 0000000 2 555 000 0 777 0 7 0 777 0 7 8 0 5555 0 8
consensus : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCGCGTTA-----TATCACAATATGGCATATCGTG-TATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAGATCCTNCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAACA-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
Reference ( gi|1 ) : TGGGGGTGGTGGGA----TAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCGCATTA-----TATCACAATATGGCATATCGTG-TATAACATGCTTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGCTT-AACATACAATCAGTGTTGAAAAGGAGCTAGTTAAGTATTTTCTGGAAATCCTCCATCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAGAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AGTCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAGTAGAGGTGATCA---CTTCATGTGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CTTGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGCTGCCGCGGTATTTTCATACAGAT----ATAAACGAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|9 : GGGGATGGGGGTA----CAAAAAAGGTATCCAACCAGCAGGAT----------CAACTGGAAATGTGGGACTTTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCGCATTA-----TATCAAAATATGGTACATCGT-----AACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGC--GTAACCAACTAAAAT-CATTTCCAAACACAGAAGTACGCATGTTCAGTACTGTTCTTGCTTT-AACATACAATCAGTGTTGAAGAAAAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAAATCCTACATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTTCAAGTAATACAC--AGCG------------C---TACAAAATATTTTAATTAAACCTAAACAGCCAAAAATATC-AATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAGTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-C--GCATTTTAAAGAAATTATAGAACCATAGGAA----T
gi|14 : ggGGGGGTGGGGTGG----TTAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGGTTGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCGCGTTA-----TATCACAATACGGCATATCATA-TATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTGTTGAAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAACA-TTTCTTAAACAATACAC--
gi|13 : GGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCACGTTA-----TATCACAATATGGCATATCGT---ATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTTACCAGCTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-ATCATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGATAAGTATTTACTGGAGATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|19 : GTGGTGGGAAAATCAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAA--GCAATACATGTTTA-TTGA-------AATTCCGTTA-----TATCACAATACAGCATATCGT-----AACGTGCCTTAATCAACTGTATTTATCAACTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAA
gi|20 : tgtGTGGGG----TAAAAAAAGTTTCCAACTAGTAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTA--GCAATA------TA-TTGA-------AATCGTGTTA-----TATCACAATATGGCATATCG-----TAACAAGCCTTAATCAACTATATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAC-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTa
gi|20 : ttCTGTATTGCAATA------CACTTGATAAATATAGTTG-ATTAAGGCTTGTTACGATATGCCATATTGTGATATAACACGATT---TCAA-TATATT
gi|8 : ttgtggggtaaaaaaagtttccaactagtaggattgttgtggatcaactggaaatgtaggactgtagcATCGCGTTA-----TATCACAATATGGCATATCGT-----AACATGCCTTAATCAACTGTAT-------------------------CAAGTAGCCGACTAAAAT-CATTATCAAACACAGTAGTATGCATGTTCAGGACTGTGCTTGCTTT-AACATATAATTAGTGCTTAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTAAACTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTAATACAGCTGTTT----TAA-TGTTGCTTTTCAAATATTTAAACAG----T--TCTTACC-AATCTTTT---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAA---------CATAGGAG----TGTATGTAT-AT-A-------AAA-AAA----GTAAGGAAATG----GTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGGGAAGTAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATGCAATGATTGTTGAAAAAAGATCACcaagtaaccaactaaaaccattttcaaacacagaagtatgcatgttcagt
gi|2 : TCGCATTA-----TATCACAATATGGCATATCGTG-TATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTTTGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTA-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACGG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAAT--AGTAAGGGAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-AATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCATTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|4 : TCGCGTTA-----TATCACAATATGGCATATTGTG-TATAACATGCCTTAATCAACTGTTTTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-AACATACAATCAGTGTTAAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAACTATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAATTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AGTCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAAAAAA---AGTAAGGAAATATGTAGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---GTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTTGGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGATATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|3 : TCGCATTA-----T--CACAATATGGCATATCGTG-TATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTATGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AATCCGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAAAAAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAAAACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGATGATATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|6 : TCGTGTTA-----TATCAAAATATGGCATATCGTG-CATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTCAATTAAACCTAATCGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAAACTGTTAACTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATAA-------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTAGTTGC---TAGATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGT--------TGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTCGGTATTATCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGTTATGTTTTCCCTGTCGT
gi|5 : TCGCAATA-----TATCACAATATGGCATATCGT-----AACAAGCCTTAATCAACTGTATTGATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCGAGTTACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGTTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TTCAAAATATTTTAATTGAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGTATGGTATTAAAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AACCTGTC---TACTC-G--GCATTTTAAACAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTACCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCCAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTTAAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----TAAAACAAACATTTCTATAGAGGTATGTTTTCCCTATCAT
gi|4 : TTA-----TA-CACAATATGCCATATTGTGATATAACc
gi|26 : tcgcA-----TATCACAATATGGCATATCGT-----AACATGCCTTAATCAACTGCATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CTGT--GTTACCAACTAAAAT-CATTTT----CACATAAGTATGCAGGTTCAcatgccttaatcaactgtttttatcaagtgtattgcaatacagcaagtaaccaactaaaatcagtttcaaacacagaagtatgcatgttcagtactgtgcttggtttaacatacaatcagtgttaaagaggagctagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttctcaagcaatacacagccctacaaactattttaattaagcctaaacggccaaaattatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccagtctgtctactctgcattttaaagaaattatagtaacataggagtatatgtatataaaaaaaaagtaaggaaatatgtagttgctaaatagaggtgatcagttcatatgttctactgttgtagctatgagaaataacatgctgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaaaagatcactgtaaaatgtactttggaagcaagatgctattagttgcctcgatattttcatacagataaaaacaaacatttctatagagatatgttttccctgtcgt
gi|24 : TGTATTGCAATATACAGCAATTTAGCAACTAAAGTGCATTTTCCAACACCGAAGCACGCCTGTCTAGTAGTGCGCT-GGCTTTAACGTACAATCAGTGCTGTACTGGAGCTAGTGAA
gi|7 : cAAACACAGAAGTATGCACATTCAGTACTGTACTTGCTTT-AACATACAATCAGTGCTGAAGAGAAGCTtggtaatattagc
gi|12 : -TTTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TATAAAATACTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGTCATAGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TTCAACC-AATCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTTT-GCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTACAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTGGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTATTCCCTGTTGTgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcaccatttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcccaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagaaacataggagtgtctatatatatatatatatatatataaagtaaggaaatgtgtggttgcttaatagaggtgatcacttcgtatgttctactgttgtagctatgagaaaaaacatgttgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgccttggtattttcatacagataaaaactaacatttctatagagatatgttttccctgtcgg
gi|10 : a-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGTCTAAATGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAGAGTTGTTCAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCTAACC-ATTCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT---------AAA-AAA---AGTAAGGAAATGTGTTGTTGCTATTAAATAGAGGTGATCACGTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCTTGTCGT
gi|7 : a-TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCCAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-G--GCATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTCTATATATAT-AT-ATATATATATA-TAA---AGTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TTAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAA-CATGTTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAA----ATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACTAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGc
gi|15 : aaacacagaagtatgcacattcagtactgtacttgctttaacatacaatcagtgctgaagagaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcacca-TTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTAAACAAACAAT--TCCAACC-AATCTGTC---TTCTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAG----TGTATGTAT-AT-A-------AAA--AA---AGTAAAGAAATGTGTTGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGGTCACTTTCCTTTCGAATACATTGA---TTG-AAAAATATCACTGTAAAATGTTCTAAAGAAGCAAGATGCTATg
gi|30 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|16 : CCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTAGACAG----T--TCCAACC-AATCTGTC---TACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT-A-------AAA-AAA---AGTAGGGAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAAGTGATCT---CTCCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAGTGA---ATGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----
gi|11 : TAAACAGACAAAAGTATCAAATGAATAGCACGATGTTAGAACTTATTAACCTCAATGCCATTTTT---GTTTCTAGTTAG----TAATTGTACC-AGTC-ATCAGTTAATCATAAACATTTTAAAGAAA-------AA------AA----TGTATG-------A-------AAA-AAA---AACAA-AAAACGTG
gi|22 : tgtaaaacaatgCCAAAAGTATCAAATGAATGGTATGATGCTAGAACTAATTAACTCAACTGTTATTCATCACGTTCTT--ACAT----T--TACTACCTATTCAGAC---TACTgcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttttatatcattaaaaaatgtaataaagacagttagttgctaaacatagatgactatttacatgatctgccgctttagctctaagaagtaatattctgacttgtatttcaatacattacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|11 : tgtgatacaattacatTATATCAT-T-------AAA-AAATGTAATAAAGACA-GT-TAGTTGC---TAAACATAGATGACTA----TTTACATGATCTGCCGCTTTAGCTCTAAGAAGTAA-TATTCTG---ACTTGTATTTC-AATACAtatggagatgttaatcaaaaaaatgtatgaagaacaatacatatactcaatgtgcccctaacgtggcatatgtttaaaaatatgtt
gi|18 : tgtaaaacaatgtaaacagacaaaagtatcaaatgaatagcacgatgttagaacttattaacctcaatgccatttttgtttctagttagtaattgtaccagtcatcagttaatcataaacattttaaagaaaaaaatgtatgaaaaaaaaacaaaaaacgtggcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacactttTAAGAAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAAACATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAAATGATATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCttacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|21 : GTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CATCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|23 : TGATCA---CTTCATATGTTCTACTGCTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCAAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTA
gi|25 : CAGCGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGAAGCTATTAGC---CTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATACAGATATGTTTTCCCTGTCATttaatttaaataaactagttaattttggacaagggtatggtgaatatattataaatacagtatcaaacaaattctggaaagatgtct
gi|28 : AAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTTGTTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGGGATATGTTTTCCCTGTCc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNCTGAATATGTGATAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): AGACAATTGAATTCATTTGAATAAATTGATAGAGTTTGGGCAAAGGTATTGTGGACCAAATATACATACATTATTAAACACATTCTGGAAATATATC
Unaligned ( gi|29 ): TGTATTAATTTAAATAAACTAGTTAATTTTAGACAAGGGTATGGTGAATCATATTTAATGAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111
lowQualScore : 4444 999999 3333 33 2 0 0 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 444444444444 555 444 5555 444 2 2 33 6666 2 9999999 5 777 2 444 444 2 444 6666
lowQualScore : .... ...... .... .. . . . . ..................................................................................... .. ............ ... ... .... ... . . .. .... . ....... . ... . ... ... . ... ....
lowQualScore : 2222 222222 6666 99 9 6 9 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77 666666666666 000 777 7777 777 7 9 99 1111 9 3333333 7 999 9 777 444 5 444 1111
consensus : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCANC-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
Reference ( family-2765 ) : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAGATCCTNCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAC-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|1 : GGGGGTGGTGGGA----TAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCTTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGCTTAACATACAATCAGTGTTGAAAAGGAGCTAGTTAAGTATTTTCTGGAAATCCTCCATCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAGAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAGTAGAGGTGATCA---CTTCATGTGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CTTGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGCTGCCGCGGTATTTTCATACAGAT----ATAAACGAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|10 : t-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGTCTAAATGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAGAGTTGTTCAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CTAACC-ATTCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT--------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTTGTTGCTATTAAATAGAGGTGATCACGTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCTTGTCGT
gi|11 : TAAACAGACAAAAGTATCAAATGAATAGCACGATGTTAGAACTTATTAACCTCAATGCCATTTTT---GTTTCTAGTTAGTAA----TTGTACCAGTC-A-TCAGT-TAATCATAAACATTTTAAAGAAA-------AA------AA----TGTATG------A-------AAA-AAA---A-ACAA-AAAACGTGc
gi|11 : tgtaaaacaatgTATATCATT-------AAA-AAATGTA-ATAAAGACA-GT-TAGTTGC---TAAACATAGATGACTA----TTTACATGATCTGCCGCTTTAGCTCTAAGAAGTAA-TATTCTG---ACTTGTATTTC-AATACAgcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttttatatcattaaaaaatgtaataaagacagttagttgctaaacatagatgactatttacatgatctgccgctttagctctaagaagtaatattctgacttgtatttcaatacattacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|12 : tgtaaaacaatgtaaacagacaaaagtatcaaatgaatagcacgatgttagaacttattaacctcaatgccatttttgtttctagttagtaattgtaccagtcatcagttaatcataaacattttaaagaaaaaaatgtatgaaaaaaaaacaaaaaacgtggcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttt-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TATAAAATACTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGTCATAGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---TCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTTT-GCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTACAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTGGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTATTCCCTGTTGTttacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|13 : GGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCACGTTATATCACAATATGGCATATCGT--ATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTTACCAGCTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTATCATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGATAAGTATTTACTGGAGATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|14 : GGGGGTGGGGTGG----TTAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGGTTGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATCATATATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTGTTGAAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAC-ATTTCTTAAACAATACAC--
gi|15 : TTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAAACAATT---CCAACC-AATCTGTCTTCTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA--AA---A-GTAAAGAAATGTGTTGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGGTCACTTTCCTTTCGAATACATTGA---TTG-AAAAATATCACTGTAAAATGTTCTAAAGAAGCAAGATGCTAT
gi|16 : CCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---GACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAGGGAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAAGTGATCT---CTCCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAGTGA---ATGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----
gi|18 : TAAGAAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAAACATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAAATGATATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTC
gi|19 : GTGGTGGGAAAATCAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAATACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCGT----AACGTGCCTTAATCAACTGTATTTATCAACTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAA
gi|2 : tgtTCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACT-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACGG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAAT--A-GTAAGGGAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-AATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCATTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGTa
gi|20 : GTGGGG----TAAAAAAAGTTTCCAACTAGTAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACAAGCCTTAATCAACTATATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAC-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGT
gi|21 : ttGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CATCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|22 : CCAAAAGTATCAAATGAATGGTATGATGCTAGAACTAATTAACTCAACTGTTATTCATCACGTTCTT-----ACAT----TT---ACTACCTATTCAGACTACT
gi|23 : tgtgatacaattacatTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGCTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCAAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAtatggagatgttaatcaaaaaaatgtatgaagaacaatacatatactcaatgtgcccctaacgtggcatatgtttaaaaatatgtt
gi|24 : TGTATTGCAATATACAGCAATTTAGCAACTAAAGTGCATTTTCCAACACCGAAGCACGCCTGTCTAGTAGTGCGCTGGCTTTAACGTACAATCAGTGCTGTACTGGAGCTAGTGAAttaatttaaataaactagttaattttggacaagggtatggtgaatatattataaatacagtatcaaacaaattctggaaagatgtct
gi|25 : cCAGCGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGAAGCTATTAG---CCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATACAGATATGTTTTCCCTGTCATtggtaatattagc
gi|26 : ATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGCATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CTGT--GTTACCAACTAAAAT-CATTTT----CACATAAGTATGCAGGTTCAc
gi|28 : AAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTTGTTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGGGATATGTTTTCCCTGTC
gi|3 : TCGCATTAT--CACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTATGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCCGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAAAACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGATGATATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|30 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|4 : TCGCGTTATATCACAATATGGCATATTGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTTTTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGTTAAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAACTATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAATTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATATGTAGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---GTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTTGGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGATATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|5 : TCGCAATATATCACAATATGGCATATCGT----AACAAGCCTTAATCAACTGTATTGATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCGAGTTACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGTTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TTCAAAATATTTTAATTGAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGTATGGTATTAAAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AACCTGTCTACTC-GG--CATTTTAAACAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTACCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCCAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTTAAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----TAAAACAAACATTTCTATAGAGGTATGTTTTCCCTATCAT
gi|6 : TCGTGTTATATCAAAATATGGCATATCGTGCATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTCAATTAAACCTAATCGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAAACTGTTAACTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-TG--CATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---AAGTAAGGAAATGTGTAGTTGC---TAGATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTG--------AGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTCGGTATTATCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGTTATGTTTTCCCTGTCGTc
gi|7 : AAACACAGAAGTATGCACATTCAGTACTGTACTTGCTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGAAGCT
gi|7 : CACC-ATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCCAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-GG--CATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTCTATATATAT-ATATATATATATA-TAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TTAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAA-CATGTTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAA----ATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACTAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcaccatttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcccaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagaaacataggagtgtctatatatatatatatatatatataaagtaaggaaatgtgtggttgcttaatagaggtgatcacttcgtatgttctactgttgtagctatgagaaaaaacatgttgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgccttggtattttcatacagataaaaactaacatttctatagagatatgttttccctgtcgg
gi|8 : aaacacagaagtatgcacattcagtactgtacttgctttaacatacaatcagtgctgaagagaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTAT-------------------------CAAGTAGCCGACTAAAAT-CATTATCAAACACAGTAGTATGCATGTTCAGGACTGTGCTTGCTTTAACATATAATTAGTGCTTAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTAAACTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTAATACAGCTGTTT----TAA-TGTTGCTTTTCAAATATTTA---AACAG----TT---CTTACC-AATCTTTTTACTC-TG--CATTTTAAAGAAA---------CATAGGAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA-AAA-----GTAAGGAAATG----GTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGGGAAGTAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATGCAATGATTGTTGAAAAAAGATCACg
gi|9 : GGGGATGGGGGTA----CAAAAAAGGTATCCAACCAGCAGGAT----------CAACTGGAAATGTGGGACTTTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCAAAATATGGTACATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGC--GTAACCAACTAAAAT-CATTTCCAAACACAGAAGTACGCATGTTCAGTACTGTTCTTGCTTTAACATACAATCAGTGTTGAAGAAAAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAAATCCTACATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NTTTTTCAAGTAATACAC--AGCG------------C---TACAAAATATTTTAATTAAACCTAAACAGCCAAAAATATC-AATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAGTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-CG--CATTTTAAAGAAATTATAGAACCATAGGAA----T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNCTGAATATGTGATAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): AGACAATTGAATTCATTTGAATAAATTGATAGAGTTTGGGCAAAGGTATTGTGGACCAAATATACATACATTATTAAACACATTCTGGAAATATATC
Unaligned ( gi|29 ): TGTATTAATTTAAATAAACTAGTTAATTTTAGACAAGGGTATGGTGAATCATATTTAATGAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111
lowQualScore : 4444 999999 3333 33 2 1 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 444444444444 555 444 5555 444 2 2 33 6666 2 9999999 5 777 2 444 444 2 444 6666
lowQualScore : .... ...... .... .. . . . ..................................................................................... .. ............ ... ... .... ... . . .. .... . ....... . ... . ... ... . ... ....
lowQualScore : 2222 222222 6666 99 9 0 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 77 666666666666 000 777 7777 777 7 9 99 1111 9 3333333 7 999 9 777 444 5 444 1111
consensus : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
Reference ( family-2765 ) : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CANCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|1 : GGGGGTGGTGGGA----TAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCTTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGCTTAACATACAATCAGTGTTGAAAAGGAGCTAGTTAAGTATTTTCTGGAAATCCTCCATCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAGAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAGTAGAGGTGATCA---CTTCATGTGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CTTGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGCTGCCGCGGTATTTTCATACAGAT----ATAAACGAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|10 : tATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGTCTAAATGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAGAGTTGTTCAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CTAACC-ATTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT--------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTTGTTGCTATTAAATAGAGGTGATCACGTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCTTGTCGT
gi|11 : TAAACAGACAAAAGTATCAAATGAATAGCACGATGTTAGAACTTATTAACCTCAATGCCATTTTT---GTTTCTAGTTAGTAA----TTGTACCAGTC--ATCAGT-TAATCATAAACATTTTAAAGAAA-------AA------AA----TGTATG------A-------AAA-AAA---A-ACAA-AAAACGTGc
gi|11 : tgtaaaacaatgTATATCATT-------AAA-AAATGTA-ATAAAGACA-GT-TAGTTGC---TAAACATAGATGACTA----TTTACATGATCTGCCGCTTTAGCTCTAAGAAGTAA-TATTCTG---ACTTGTATTTC-AATACAgcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttttatatcattaaaaaatgtaataaagacagttagttgctaaacatagatgactatttacatgatctgccgctttagctctaagaagtaatattctgacttgtatttcaatacattacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|12 : tgtaaaacaatgtaaacagacaaaagtatcaaatgaatagcacgatgttagaacttattaacctcaatgccatttttgtttctagttagtaattgtaccagtcatcagttaatcataaacattttaaagaaaaaaatgtatgaaaaaaaaacaaaaaacgtggcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacactttATTTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TATAAAATACTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGTCATAGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---TCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTTT-GCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTACAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTGGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTATTCCCTGTTGTttacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|13 : GGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCACGTTATATCACAATATGGCATATCGT--ATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTTACCAGCTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTATCATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGATAAGTATTTACTGGAGATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|14 : GGGGGTGGGGTGG----TTAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGGTTGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATCATATATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTGTTGAAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CAACATTTCTTAAACAATACAC--
gi|15 : TTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAAACAATT---CCAACC-AATCTGTCTTCTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA--AA---A-GTAAAGAAATGTGTTGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGGTCACTTTCCTTTCGAATACATTGA---TTG-AAAAATATCACTGTAAAATGTTCTAAAGAAGCAAGATGCTAT
gi|16 : CCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---GACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAGGGAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAAGTGATCT---CTCCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAGTGA---ATGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----
gi|18 : TAAGAAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAAACATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAAATGATATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTC
gi|19 : GTGGTGGGAAAATCAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAATACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCGT----AACGTGCCTTAATCAACTGTATTTATCAACTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAA
gi|2 : tgtTCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACGG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAAT--A-GTAAGGGAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-AATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCATTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGTa
gi|20 : GTGGGG----TAAAAAAAGTTTCCAACTAGTAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACAAGCCTTAATCAACTATATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAC-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGT
gi|21 : ttGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CATCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|22 : CCAAAAGTATCAAATGAATGGTATGATGCTAGAACTAATTAACTCAACTGTTATTCATCACGTTCTT-----ACAT----TT---ACTACCTATTCAGACTACT
gi|23 : tgtgatacaattacatTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGCTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCAAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAtatggagatgttaatcaaaaaaatgtatgaagaacaatacatatactcaatgtgcccctaacgtggcatatgtttaaaaatatgtt
gi|24 : TGTATTGCAATATACAGCAATTTAGCAACTAAAGTGCATTTTCCAACACCGAAGCACGCCTGTCTAGTAGTGCGCTGGCTTTAACGTACAATCAGTGCTGTACTGGAGCTAGTGAAttaatttaaataaactagttaattttggacaagggtatggtgaatatattataaatacagtatcaaacaaattctggaaagatgtct
gi|25 : cCAGCGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGAAGCTATTAG---CCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATACAGATATGTTTTCCCTGTCATtggtaatattagc
gi|26 : ATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGCATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CTGT--GTTACCAACTAAAAT-CATTTT----CACATAAGTATGCAGGTTCAc
gi|28 : AAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTTGTTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGGGATATGTTTTCCCTGTC
gi|3 : TCGCATTAT--CACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTATGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCCGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAAAACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGATGATATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|30 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|4 : TCGCGTTATATCACAATATGGCATATTGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTTTTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGTTAAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAACTATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAATTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATATGTAGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---GTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTTGGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGATATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|5 : TCGCAATATATCACAATATGGCATATCGT----AACAAGCCTTAATCAACTGTATTGATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCGAGTTACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGTTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TTCAAAATATTTTAATTGAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGTATGGTATTAAAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AACCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAACAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTACCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCCAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTTAAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----TAAAACAAACATTTCTATAGAGGTATGTTTTCCCTATCAT
gi|6 : TCGTGTTATATCAAAATATGGCATATCGTGCATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTCAATTAAACCTAATCGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAAACTGTTAACTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---AAGTAAGGAAATGTGTAGTTGC---TAGATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTG--------AGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTCGGTATTATCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGTTATGTTTTCCCTGTCGTc
gi|7 : AAACACAGAAGTATGCACATTCAGTACTGTACTTGCTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGAAGCT
gi|7 : -CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCCAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTCTATATATAT-ATATATATATATA-TAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TTAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAA-CATGTTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAA----ATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACTAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcaccatttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcccaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagaaacataggagtgtctatatatatatatatatatatataaagtaaggaaatgtgtggttgcttaatagaggtgatcacttcgtatgttctactgttgtagctatgagaaaaaacatgttgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgccttggtattttcatacagataaaaactaacatttctatagagatatgttttccctgtcgg
gi|8 : aaacacagaagtatgcacattcagtactgtacttgctttaacatacaatcagtgctgaagagaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTAT-------------------------CAAGTAGCCGACTAAAAT-CATTATCAAACACAGTAGTATGCATGTTCAGGACTGTGCTTGCTTTAACATATAATTAGTGCTTAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTAAACTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTAATACAGCTGTTT----TAA-TGTTGCTTTTCAAATATTTA---AACAG----TT---CTTACC-AATCTTTTTACTC-T--GCATTTTAAAGAAA---------CATAGGAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA-AAA-----GTAAGGAAATG----GTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGGGAAGTAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATGCAATGATTGTTGAAAAAAGATCACg
gi|9 : GGGGATGGGGGTA----CAAAAAAGGTATCCAACCAGCAGGAT----------CAACTGGAAATGTGGGACTTTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCAAAATATGGTACATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGC--GTAACCAACTAAAAT-CATTTCCAAACACAGAAGTACGCATGTTCAGTACTGTTCTTGCTTTAACATACAATCAGTGTTGAAGAAAAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAAATCCTACATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTTTCAAGTAATACAC--AGCG------------C---TACAAAATATTTTAATTAAACCTAAACAGCCAAAAATATC-AATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAGTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-C--GCATTTTAAAGAAATTATAGAACCATAGGAA----T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNCTGAATATGTGATAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): AGACAATTGAATTCATTTGAATAAATTGATAGAGTTTGGGCAAAGGTATTGTGGACCAAATATACATACATTATTAAACACATTCTGGAAATATATC
Unaligned ( gi|29 ): TGTATTAATTTAAATAAACTAGTTAATTTTAGACAAGGGTATGGTGAATCATATTTAATGAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111
lowQualScore : 4444 999999 3333 33 2 1 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 444444444444 555 444 5555 444 2 2 33 6666 2 9999999 5 777 2 444 444 2 444 6666
lowQualScore : .... ...... .... .. . . . ..................................................................................... .. ............ ... ... .... ... . . .. .... . ....... . ... . ... ... . ... ....
lowQualScore : 2222 222222 6666 99 9 0 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 666666666666 000 777 7777 777 7 9 99 1111 9 3333333 7 999 9 777 444 5 444 1111
consensus : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
Reference ( family-2765 ) : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|1 : GGGGGTGGTGGGA----TAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCTTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGCTTAACATACAATCAGTGTTGAAAAGGAGCTAGTTAAGTATTTTCTGGAAATCCTCCATCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAGAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAGTAGAGGTGATCA---CTTCATGTGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CTTGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGCTGCCGCGGTATTTTCATACAGAT----ATAAACGAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|10 : tATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGTCTAAATGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAGAGTTGTTCAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CTAACC-ATTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT--------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTTGTTGCTATTAAATAGAGGTGATCACGTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCTTGTCGT
gi|11 : TAAACAGACAAAAGTATCAAATGAATAGCACGATGTTAGAACTTATTAACCTCAATGCCATTTTT---GTTTCTAGTTAGTAA----TTGTACCAGTC--ATCAGT-TAATCATAAACATTTTAAAGAAA-------AA------AA----TGTATG------A-------AAA-AAA---A-ACAA-AAAACGTGc
gi|11 : tgtaaaacaatgTATATCATT-------AAA-AAATGTA-ATAAAGACA-GT-TAGTTGC---TAAACATAGATGACTA----TTTACATGATCTGCCGCTTTAGCTCTAAGAAGTAA-TATTCTG---ACTTGTATTTC-AATACAgcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttttatatcattaaaaaatgtaataaagacagttagttgctaaacatagatgactatttacatgatctgccgctttagctctaagaagtaatattctgacttgtatttcaatacattacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|12 : tgtaaaacaatgtaaacagacaaaagtatcaaatgaatagcacgatgttagaacttattaacctcaatgccatttttgtttctagttagtaattgtaccagtcatcagttaatcataaacattttaaagaaaaaaatgtatgaaaaaaaaacaaaaaacgtggcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacactttATTTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TATAAAATACTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGTCATAGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---TCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTTT-GCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTACAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTGGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTATTCCCTGTTGTttacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|13 : GGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCACGTTATATCACAATATGGCATATCGT--ATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTTACCAGCTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTATCATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGATAAGTATTTACTGGAGATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|14 : GGGGGTGGGGTGG----TTAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGGTTGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATCATATATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTGTTGAAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CAACATTTCTTAAACAATACAC--
gi|15 : TTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAAACAATT---CCAACC-AATCTGTCTTCTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA--AA---A-GTAAAGAAATGTGTTGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGGTCACTTTCCTTTCGAATACATTGA---TTG-AAAAATATCACTGTAAAATGTTCTAAAGAAGCAAGATGCTAT
gi|16 : CCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---GACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAGGGAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAAGTGATCT---CTCCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAGTGA---ATGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----
gi|18 : TAAGAAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAAACATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAAATGATATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTC
gi|19 : GTGGTGGGAAAATCAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAATACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCGT----AACGTGCCTTAATCAACTGTATTTATCAACTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAA
gi|2 : tgtTCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACGG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAAT--A-GTAAGGGAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-AATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCATTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGTa
gi|20 : GTGGGG----TAAAAAAAGTTTCCAACTAGTAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACAAGCCTTAATCAACTATATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAC-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGT
gi|21 : ttGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CATCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|22 : CCAAAAGTATCAAATGAATGGTATGATGCTAGAACTAATTAACTCAACTGTTATTCATCACGTTCTT-----ACAT----TT---ACTACCTATTCAGACTACT
gi|23 : tgtgatacaattacatTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGCTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCAAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAtatggagatgttaatcaaaaaaatgtatgaagaacaatacatatactcaatgtgcccctaacgtggcatatgtttaaaaatatgtt
gi|24 : TGTATTGCAATATACAGCAATTTAGCAACTAAAGTGCATTTTCCAACACCGAAGCACGCCTGTCTAGTAGTGCGCTGGCTTTAACGTACAATCAGTGCTGTACTGGAGCTAGTGAAttaatttaaataaactagttaattttggacaagggtatggtgaatatattataaatacagtatcaaacaaattctggaaagatgtct
gi|25 : cCAGCGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGAAGCTATTAG---CCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATACAGATATGTTTTCCCTGTCATtggtaatattagc
gi|26 : ATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGCATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CTGT--GTTACCAACTAAAAT-CATTTT----CACATAAGTATGCAGGTTCAc
gi|28 : AAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTTGTTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGGGATATGTTTTCCCTGTC
gi|3 : TCGCATTAT--CACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTATGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCCGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAAAACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGATGATATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|30 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|4 : TCGCGTTATATCACAATATGGCATATTGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTTTTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGTTAAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAACTATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAATTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATATGTAGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---GTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTTGGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGATATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|5 : TCGCAATATATCACAATATGGCATATCGT----AACAAGCCTTAATCAACTGTATTGATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCGAGTTACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGTTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TTCAAAATATTTTAATTGAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGTATGGTATTAAAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AACCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAACAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTACCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCCAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTTAAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----TAAAACAAACATTTCTATAGAGGTATGTTTTCCCTATCAT
gi|6 : TCGTGTTATATCAAAATATGGCATATCGTGCATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTCAATTAAACCTAATCGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAAACTGTTAACTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---AAGTAAGGAAATGTGTAGTTGC---TAGATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTG--------AGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTCGGTATTATCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGTTATGTTTTCCCTGTCGTc
gi|7 : AAACACAGAAGTATGCACATTCAGTACTGTACTTGCTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGAAGCT
gi|7 : -CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCCAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTCTATATATAT-ATATATATATATA-TAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TTAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAA-CATGTTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAA----ATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACTAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcaccatttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcccaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagaaacataggagtgtctatatatatatatatatatatataaagtaaggaaatgtgtggttgcttaatagaggtgatcacttcgtatgttctactgttgtagctatgagaaaaaacatgttgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgccttggtattttcatacagataaaaactaacatttctatagagatatgttttccctgtcgg
gi|8 : aaacacagaagtatgcacattcagtactgtacttgctttaacatacaatcagtgctgaagagaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTAT-------------------------CAAGTAGCCGACTAAAAT-CATTATCAAACACAGTAGTATGCATGTTCAGGACTGTGCTTGCTTTAACATATAATTAGTGCTTAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTAAACTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTAATACAGCTGTTT----TAA-TGTTGCTTTTCAAATATTTA---AACAG----TT---CTTACC-AATCTTTTTACTC-T--GCATTTTAAAGAAA---------CATAGGAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA-AAA-----GTAAGGAAATG----GTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGGGAAGTAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATGCAATGATTGTTGAAAAAAGATCACg
gi|9 : GGGGATGGGGGTA----CAAAAAAGGTATCCAACCAGCAGGAT----------CAACTGGAAATGTGGGACTTTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCAAAATATGGTACATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGC--GTAACCAACTAAAAT-CATTTCCAAACACAGAAGTACGCATGTTCAGTACTGTTCTTGCTTTAACATACAATCAGTGTTGAAGAAAAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAAATCCTACATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTTTCAAGTAATACAC--AGCG------------C---TACAAAATATTTTAATTAAACCTAAACAGCCAAAAATATC-AATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAGTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-C--GCATTTTAAAGAAATTATAGAACCATAGGAA----T
blockSeqs : AAAT CATGTT ATAT TA G A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACT GT ATAAAAAAGCAA AAA GTT ACAA GTA T A AA TGTC C TATATAT A TGT A TAT CGT A TTG AAAA
blockSeqs : . . GTAT . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . A T . . . . . .
blockSeqs : . . GTAT . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GTAT . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . GCAT . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AT . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
finalCons : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNCTGAATATGTGATAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): AGACAATTGAATTCATTTGAATAAATTGATAGAGTTTGGGCAAAGGTATTGTGGACCAAATATACATACATTATTAAACACATTCTGGAAATATATC
Unaligned ( gi|29 ): TGTATTAATTTAAATAAACTAGTTAATTTTAGACAAGGGTATGGTGAATCATATTTAATGAGACA
Alignments
lowQualScore : 1111 111111 2222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111111111
lowQualScore : 4444 999999 3333 33 2 1 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 444444444444 555 444 5555 444 2 2 33 6666 2 9999999 5 777 2 444 444 2 444 6666
lowQualScore : .... ...... .... .. . . . ..................................................................................... .. ............ ... ... .... ... . . .. .... . ....... . ... . ... ... . ... ....
lowQualScore : 2222 222222 6666 99 9 0 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 77 666666666666 000 777 7777 777 7 9 99 1111 9 3333333 7 999 9 777 444 5 444 1111
consensus : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
Reference ( family-2765 ) : NGGGGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTAAGTATTTNCTGGAAATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|1 : GGGGGTGGTGGGA----TAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCTTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGCTTAACATACAATCAGTGTTGAAAAGGAGCTAGTTAAGTATTTTCTGGAAATCCTCCATCTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAGAATATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAGTAGAGGTGATCA---CTTCATGTGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CTTGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTAAAGAAGCAAGATGCTATTAGCTGCCGCGGTATTTTCATACAGAT----ATAAACGAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|10 : tATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGTCTAAATGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAGAGTTGTTCAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CTAACC-ATTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-AT--------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTTGTTGCTATTAAATAGAGGTGATCACGTCTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCTTGTCGT
gi|11 : TAAACAGACAAAAGTATCAAATGAATAGCACGATGTTAGAACTTATTAACCTCAATGCCATTTTT---GTTTCTAGTTAGTAA----TTGTACCAGTC--ATCAGT-TAATCATAAACATTTTAAAGAAA-------AA------AA----TGTATG------A-------AAA-AAA---A-ACAA-AAAACGTGc
gi|11 : tgtaaaacaatgTATATCATT-------AAA-AAATGTA-ATAAAGACA-GT-TAGTTGC---TAAACATAGATGACTA----TTTACATGATCTGCCGCTTTAGCTCTAAGAAGTAA-TATTCTG---ACTTGTATTTC-AATACAgcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacacttttatatcattaaaaaatgtaataaagacagttagttgctaaacatagatgactatttacatgatctgccgctttagctctaagaagtaatattctgacttgtatttcaatacattacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|12 : tgtaaaacaatgtaaacagacaaaagtatcaaatgaatagcacgatgttagaacttattaacctcaatgccatttttgtttctagttagtaattgtaccagtcatcagttaatcataaacattttaaagaaaaaaatgtatgaaaaaaaaacaaaaaacgtggcatctgtttaaaatatatgctaccaattctgaaacaaacactttATTTCTCAAGCAATACAC--AGCT------------C---TATAAAATACTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGTCATAGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---TCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTTT-GCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTACAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTGGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTATTCCCTGTTGTttacacttaacttggttttaagaactaacatgtggtcgtcagaggttttcatacaatattgatgattttaaacgataatttcattaatgtcaaatatgtt
gi|13 : GGGTGGTGGGA----CAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCACGTTATATCACAATATGGCATATCGT--ATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTTACCAGCTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTATCATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGATAAGTATTTACTGGAGATCCTCCATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|14 : GGGGGTGGGGTGG----TTAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGGTTGTTGCGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGCGTTATATCACAATACGGCATATCATATATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTGTTGAAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CAACATTTCTTAAACAATACAC--
gi|15 : TTTCTCAAGCAATACATGTAGCCATAAAAAAGCAACAAATACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTGCAACTGTTTTATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAAACAATT---CCAACC-AATCTGTCTTCTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATCGAAACATAGAAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA--AA---A-GTAAAGAAATGTGTTGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTTTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGGTCACTTTCCTTTCGAATACATTGA---TTG-AAAAATATCACTGTAAAATGTTCTAAAGAAGCAAGATGCTAT
gi|16 : CCTAAACGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---GACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAGGGAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAAGTGATCT---CTCCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAGTGA---ATGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----
gi|18 : TAAGAAATTGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAAACATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAAATGATATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGATAAAAAAAAAAAAAAAATTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTC
gi|19 : GTGGTGGGAAAATCAAAAAAAGTTTCCAACCAGCAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGAAGCAATACATGTTTATTGAAATTCCGTTATATCACAATACAGCATATCGT----AACGTGCCTTAATCAACTGTATTTATCAACTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAA
gi|2 : tgtTCGCATTATATCACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTAAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACGG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAAT--A-GTAAGGGAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-AATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCATTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGTa
gi|20 : GTGGGG----TAAAAAAAGTTTCCAACTAGTAGGATTGTTGTGGATCAACTGGAAATGTAGGACTGTAGCAATA------TATTGAAATCGTGTTATATCACAATATGGCATATCG----TAACAAGCCTTAATCAACTATATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAC-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGT
gi|21 : ttGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CATCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGGAAACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCAGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|22 : CCAAAAGTATCAAATGAATGGTATGATGCTAGAACTAATTAACTCAACTGTTATTCATCACGTTCTT-----ACAT----TT---ACTACCTATTCAGACTACT
gi|23 : tgtgatacaattacatTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGCTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCAAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAtatggagatgttaatcaaaaaaatgtatgaagaacaatacatatactcaatgtgcccctaacgtggcatatgtttaaaaatatgtt
gi|24 : TGTATTGCAATATACAGCAATTTAGCAACTAAAGTGCATTTTCCAACACCGAAGCACGCCTGTCTAGTAGTGCGCTGGCTTTAACGTACAATCAGTGCTGTACTGGAGCTAGTGAAttaatttaaataaactagttaattttggacaagggtatggtgaatatattataaatacagtatcaaacaaattctggaaagatgtct
gi|25 : cCAGCGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGAAGCTATTAG---CCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATACAGATATGTTTTCCCTGTCATtggtaatattagc
gi|26 : ATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGCATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CTGT--GTTACCAACTAAAAT-CATTTT----CACATAAGTATGCAGGTTCAc
gi|28 : AAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTTGTTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGGGATATGTTTTCCCTGTC
gi|3 : TCGCATTAT--CACAATATGGCATATCGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGTATGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACTATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCTTAGCGGCCAAAAGTATCAAATAAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGCTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCCGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAAAACAATGA---CTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCATGATGATATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|30 : TTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAA
gi|4 : TCGCGTTATATCACAATATGGCATATTGTGTATAACATGCCTTAATCAACTGTTTTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CAGTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGTTAAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAACTATTTTAATTAAGCCTAAACGGCCAAAATTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AGTCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAAAAAA---A-GTAAGGAAATATGTAGTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---GTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTTGGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTCGATATTTTCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGT
gi|5 : TCGCAATATATCACAATATGGCATATCGT----AACAAGCCTTAATCAACTGTATTGATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCGAGTTACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGTTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TTCAAAATATTTTAATTGAGCCTAATCGGCAAAAAGTATCAAATGAATGGTATGGTATTAAAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AACCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAACAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TAAACAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTACCTATGAGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCCAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTTAAATGTACTTAAGAAGCAAGACGCTATTAGTTGCCTCGGTATTTTCATACAGAT----TAAAACAAACATTTCTATAGAGGTATGTTTTCCCTATCAT
gi|6 : TCGTGTTATATCAAAATATGGCATATCGTGCATAACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGCAAGTAACCAACTAAAAT-CATTTTCAAACACAGAAGTATGCATGTTCAGTACTGTGCTTGGTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTCTCAATCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTCAATTAAACCTAATCGGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTAAAACTGTTAACTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-T--GCATTTTAAAGAAATTATAGTAACATAGGAG----TATATGTAT-ATA-------AAA-AAA---AAGTAAGGAAATGTGTAGTTGC---TAGATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTG--------AGAAATAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAAAAAGATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATG-TATTAGTTGCCTCGGTATTATCATACAGAT----AAAAACAAACATTTCTATAGAGTTATGTTTTCCCTGTCGTc
gi|7 : AAACACAGAAGTATGCACATTCAGTACTGTACTTGCTTTAACATACAATCAGTGCTGAAGAGAAGCT
gi|7 : -CACCATTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTTAATTAAGCCCAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAATCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-G--GCATTTTAAAGAAATTATAGAAACATAGGAGTGTCTATATATAT-ATATATATATATA-TAA---A-GTAAGGAAATGTGTGGTTGC---TTAATAGAGGTGATCA---CTTCGTATGTTCTACTGTTGTAGCTATGAGAAAAAA-CATGTTGTTCACTTTCATTTCGAATACAATGA---TTGAAA----ATCACTGTAAAATGTACTTAAGAAGCAAGATGCTATTAGTTGCCTTGGTATTTTCATACAGAT----AAAAACTAACATTTCTATAGAGATATGTTTTCCCTGTCGgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatcaccatttctcaagcaatacacagccctacaaaatattttaattaagcccaaacagccaaaagtatcaaatgaatggcatggtattacaactgtttaatctaaatgttgcttttcaagtatttaaacagttccaaccaatctgtctactcggcattttaaagaaattatagaaacataggagtgtctatatatatatatatatatatataaagtaaggaaatgtgtggttgcttaatagaggtgatcacttcgtatgttctactgttgtagctatgagaaaaaacatgttgttcactttcatttcgaatacaatgattgaaaatcactgtaaaatgtacttaagaagcaagatgctattagttgccttggtattttcatacagataaaaactaacatttctatagagatatgttttccctgtcgg
gi|8 : aaacacagaagtatgcacattcagtactgtacttgctttaacatacaatcagtgctgaagagaagctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgttaatATCGCGTTATATCACAATATGGCATATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTAT-------------------------CAAGTAGCCGACTAAAAT-CATTATCAAACACAGTAGTATGCATGTTCAGGACTGTGCTTGCTTTAACATATAATTAGTGCTTAAGAGGAGCTAGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--TTTCTCAAGCAATACAC--AGCC------------C---TACAAAATATTTAAACTAAGCCTAAACAGCCAAAAGTATCAAATGAATGGCATGGTAATACAGCTGTTT----TAA-TGTTGCTTTTCAAATATTTA---AACAG----TT---CTTACC-AATCTTTTTACTC-T--GCATTTTAAAGAAA---------CATAGGAG----TGTATGTAT-ATA-------AAA-AAA-----GTAAGGAAATG----GTTGC---TAAATAGAGGTGATCA---CTTCATATGTTCTACTGTTGTAGCTATGGGAAGTAA-CATGCTGTTCACTTTCATTTCGAATGCAATGATTGTTGAAAAAAGATCACg
gi|9 : GGGGATGGGGGTA----CAAAAAAGGTATCCAACCAGCAGGAT----------CAACTGGAAATGTGGGACTTTAGCAATA------TATTGAAATCGCATTATATCAAAATATGGTACATCGT----AACATGCCTTAATCAACTGTATTTATCAAGTGTATTGCAATA--CAGC--GTAACCAACTAAAAT-CATTTCCAAACACAGAAGTACGCATGTTCAGTACTGTTCTTGCTTTAACATACAATCAGTGTTGAAGAAAAGCTAGTTAAGTATTTACTGGAAATCCTACATCCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNTTTTTCAAGTAATACAC--AGCG------------C---TACAAAATATTTTAATTAAACCTAAACAGCCAAAAATATC-AATGAATGGCATGGTATTACAACTGTTTAGTCTAAATGTTGCTTTTCAAGTATTTA---AACAG----TT---CCAACC-AATCTGTCTACTC-C--GCATTTTAAAGAAATTATAGAACCATAGGAA----T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): NNNNNNNNNNNNNNNCTGAATATGTGATAACTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|27 ): AGACAATTGAATTCATTTGAATAAATTGATAGAGTTTGGGCAAAGGTATTGTGGACCAAATATACATACATTATTAAACACATTCTGGAAATATATC
Unaligned ( gi|29 ): TGTATTAATTTAAATAAACTAGTTAATTTTAGACAAGGGTATGGTGAATCATATTTAATGAGACA