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lowQualScore : ... .. . . .... .. ....... ... .... .. ...... .... ... .... . .... .. ... ... . ..... .... .. ........... ........ .. . ...... ......... .. . . .. . .... . .
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Reference ( gi|18 ) : AATTCT---CCA--A-TCGGCCT----AT--A-------A---A----GTT-T------C----AT--TA----T-A-C--G--G--AGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCC------A---------A--T-T-C--A-AA--G-T-GTGA-GGGAA
gi|26 : AATTCT---CCA--A-TCTGGCT----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----C-A-T--G--G--AGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CTCC------A---------A--T-T-TG-A-AA--G-T-GCAA-GGG
gi|19 : aAATTCT---CAA--A-TCTGCCT----AT--A-------A---A----ATC-T------C----AT--CA----C-A-T--G--G---GG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCTG------A---------A--T-TTC--A-AA--G-T-GTGA-GAGAA
gi|16 : AATTAT---CCA--A-TCTGCCC----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--TA----T-A-C--AGTG--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCA------A---------T--T-T-C--A-AA--T-T-GTGA-CGGA
gi|13 : AATTAT---CCA--A-ACTGCCT----CT--A-------A---A----GTT-C------C----AT--TT----A-A-T--G--A--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--A-T-GTGA-AAGAA
gi|21 : cAATTGT---CCA--A-TCTGCCT----AT--A-------A---A----ATT-T------C----AT--AA----TAA-T--G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--T-GTTC------A---------A--TAT-C--A-AA--A-T-GTGA-GAG
gi|22 : AATTAT---CAA--A-TCTACCT----AT--A-------A---A----ATC-T------T----AT--CA----T-A-T--G--G--AAT---AC-A-----A----A--T-----------G--------T--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--G-T-GTAA-GGAA
gi|31 : AATTAT---CAA--A-TCTACCT----AT--A-------A---A----ATC-T------T----AT--CA----T-A-T--G--G--AAT---AC-A-----A----A--T-----------G--------T--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--G-T-GTAA-GG
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gi|45 : aAAGTCT---CCA--A-TCTGCCT----GT--A-------A---A----ATC-T------C----AT--CA----T-A-T--G--G--GGA---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--A-CACT------A---------AT-T-T-C--A-AA--G-T-G
gi|3 : AATTCT---CCATTA-TCTGCCT----AT--ATAATATTA---A----GTC-T------C----AT--CT----T-G-T--A--G--AGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--A-ACCA------A---------AT-T-T-T--A-AA--G-T-GTGA-GGGAA
gi|2 : AATTCT---TCA--A-TCTGCCT----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AA--AA----T-A-T--G--G--GGG---AC-A-----A----A--TGGGGGATAAAGG--------A--C-CATC------A---------A--T-T-T--GCAA--G-T-GAGA-GGGAAa
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gi|9 : aAATTTT---CCA--A-CCTGCTT----AT--T-------A---A----GTC-TGACACTC----AT--CA----T-A-T--A--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------G--C-CCCA------A---------T--T-T-C--A-CA--G-T-GTGA-GG
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gi|23 : AATTCT---CCA--A-TCTACCT----AC-------------------GTC-T------C----AC--CA----T-A-T--T--G--CGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--TATCGC------A---------AT-T-T-T--A-AA--A-T-GTGA-GGAAA
gi|25 : aAATTCT---GAA--A-TATGCCT----A---A-------A---A----TTC-T------C----AT--AA----T-A-T--A--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------G--C-CTCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--T-T-GTGA-
gi|50 : taAATTCT---CCA--A-TCTACCA----AT--A-------A---A----GTC-T------C--------------T--------------G---AC-A-------------TC----------GT-------A--C-CCCC------A---------A--T-TTC--A-AA--G-T-GTGA-GGGAAtag
gi|49 : AATTCC---CGA--A-TCTGTCT----GT--A------------------------------------CG----T-A----G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-TCCC------A---------A--T-T-T--A-AA--ATT-GTGA-GGGAa
gi|60 : aaAGTTCT---CCA--A-TCTGCCT----AT--A------------------C-T------C----AT--CA----T-A-T--G--G--AGG---AC-A-----A----A--T-----------
gi|38 : aaAATTCT---CTG--A-TCTGTAT----GT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----T-A-T-----G--AGT---AC-A-----A----A--T-----------C--------A--C-TCAA------A---------AT-T-T-C--A-AA--A-T-Gtttccgccacttt
gi|69 : AATTCT---CCA--T-TCTGTCT----TT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----C-A-T--G--G--GGG---AT-A-----A----A--attgg
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gi|72 : aAATTCT---CCA--A-TCTGCCA----AT--------------A----GTC-T------C----GT--CA----T-G-T--G--G--TGG---AC-A-----A----A--
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gi|70 : taaAATTCT---CCA--A-TCTGCCT----TT--A-------A---A----GTC-A------C----AT--CA----T-A-
gi|15 : ttaaAATTTT---GTA--A-TCTGTCT----AT--T-------T---T----GTC-T------T----AT--GA----T-C-T--G--G--GAG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A-------C------A---------G--T-T-T--C-AC--G-T-GTAA-GGGAAataaagga
gi|67 : atAATTCT---CCA--A-TCTGTCT----AT--------------A----GTC-T------C----AT--Taac
gi|46 : aaaAATTCT---CCA--A-TTTACCT----GT--T-------T---A----TTC-T------C----AT--CATCCGT-A-T--G--G--GGT---AC-A-----A----A--T------------------------------------------------T-T-C--A-TG--G-C-GTGA-GGGtcaaagtgtaaggaaaaa
gi|6 : ATTCT---CCA--A-TCAGCCTACAGAC--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----T-A-C--G--G---GG---AC-AATTTTA----A--T-----------G--------A--C-CCCC------A---------AT-T-T-T--A-AT--G-T-GTGA-GGG
gi|30 : ATTCC---CCA--A-TCTGCCT----AT--A-------G---A----TTC-T------CTGACAT--TA----T-A-T--G--G--GGGG--AC-A-----T----A--T-----------G--------A--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-At
gi|52 : ATTCT---CCA--A-TCTGCCA----AT--A-------A---T----GTC-T------C----AT--CA----T-A-T--T--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------A--------A--C-CCTT------G---------A--T-T-tatgc
gi|5 : ATTCT---GCA--A-TCTGGCT----AC--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----T-A-T--G--G--GGGG--AC-A-----A----A--T-----------G--------AGGC-CCCCTCTCCAA---------A--T-T-TCAA-AA--G-T-CGGG-GGGAtcagtttg
gi|42 : ATTCC---CCA--A-TCTGCCT----AT--A-------G---A----TTC-T------CTGATAT--TA----T-A-T--G--T--GGG---AC-A-----T----A--T-----------A--------A--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-A
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gi|7 : ATTCTGAATCA--A-TCTTCAT----ATGTA-------A---A----GTT-T------C----AC--TA----T-A-T--A--T--AGG---AT-A-----A----A--T-----------A--------A--C-GCCC------A---------AT-T-T-T--A-AA---------A-GGGAAaa
gi|29 : TTGT---TCA--A-TCTGTCT----AT--A-------A---A----ATC-T------C----AT--TA----T-A-T--G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------A--------A--C-CCCC------G---------AT-T-T-C--A-AA--T-T-ATGC-GGaacatt
gi|8 : acTTCC---CAA--A-TCTGCCT----AT--A-------A---A----GTT-T------C----AT--CA----C-A-T--G--G--CTG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCGT------A---------AATT-T-C--A-TAGTG-T-GTGA-TGGAA
gi|35 : cTTCT---CCA--A-TTTGCAT----AT--A-------A---G----GTC-T------C----AT--CA----T-A-T--G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCa
gi|51 : TTCT---CCA--G-TCTACCT----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--TA----A-A-T--T--A--AGG---A------------------------------------------CTCC------A---------AT-T-T-C-----A--G-T-TTGA-GGGGAttgtgtgtttgtagtgagca
gi|56 : atTTCT---CCC--A-TCTTTCT----AT--A-------A---A--------------------AT--CA----T-A-T--T--A--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--T-CCCC------A---------AT-T-T-T--A-AA--T-T-GTa
gi|20 : tgTCT---CCA--A-TCTGTGT----AT--A-------A---A----ATC-T------C----AT--CA----T-A-C--G--G--GAG---AC-A-----A----T--T-----------G--------A--C-CCCCA-----A---------A--C-T-C--A-AA--G-T-GTGA-TGGAA
gi|10 : agCT---CCA--A-TCTGCCT----AT--A-------A---A----GTC-T------G----AT--TA----T-A-T--G--GGCAGATGTAC-A-----G----A--T-----------GT-------C--C-CCCC------A---------A--T-T-TA-A-AA--G-T-GTGA-ATGAA
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gi|28 : aaaataT---CCA--C-TCTGCCT----AT--A-------A---A----GTC-T------C----ATCATA----T-A-T--G--G--GGG---A--A-----A----A--T-----------G--------T--T-CTAC------A---------AT-T-T-C--A-TA--G-T-GTGA-G
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gi|47 : atga---CCA--A-TTTGCCT----AT--A-------A---A----GTC-T------T----AT--CA----T-A-C--G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCA------A---------A--T-T-C--A-AA--G-T-GTGA-G
gi|41 : ---CCA--A-TCTACTT----GT--A-------A---A----GTC-C------C----AT----------A-C--G--G--GGG---AC-G-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCA------A---------G--T-T-T--A-AA--A-C-GTGA-GGGAAtg
gi|32 : ttttg---CCA--A-TCTATCT----TT--A-------A---A----TTA-T------C----AT--CA----T-A-T--G--G--GGT---TT-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CACT------A---------AT-T-T-C--A-AA--G-T-GTGA-GGTAA
gi|48 : tacCA--A-CTTGCCC----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--TA----T-A-T--G--G--AGG---AC-A-----A----A--G-----------G--------A--C-CCCC------A---------GT-T-T-C--A-AA--G-T-GTTA-GGG
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gi|39 : tgataaCTT----AT--A-------ATTTA----GTC-T------C----AT--TA----T-A-T--G--G--TGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CTCT------A---------AT-T-T-C--A-AA--T-T-G
gi|53 : attaaatgtccCT----AT--A-------A---ATTTAGTC-T------C----AT--CA----T-A-A--G--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------A--------A--T-CCTC------A---------AT-T-T-C--A-AA--G-T-GTGA-GGAActaa
gi|73 : tCT----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--TA----T-A-T--G--A--GGG---A
gi|61 : acgtccctcaaattct----AT--A-------A---A----GTC-T------C----AT--AT----T-A-T--T--G--GGG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CC
gi|59 : gctcctatctgactataaactg--A-------A---A----GTC-T------C----AT--CA----G-A-TTTG--G--A-----AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CTCC------A---------AG-T-T-C--A-AA--A-T-GAGA-AGGA
gi|68 : ---A----ATC-T------C----AT--CA----T-G-T--G--G--GGA---AT-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCA------A---------AT-T-T-C--A-AA--C-T-GAGA-gaac
gi|62 : t----GTC-T------C----AT--CT----T-AGC--G--G---GG---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CTCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--A-T-GAAA-GGGAAa
gi|66 : tctt----GTC-T------C----CT--CA----T-ATC--G--C--AGA---A--A-----A----G--T-----------G--------A--A-CCCC------A---------A--T-T-TG-A-AA--G-T-GTGA-GAGGA
gi|1 : -T------C----AT--TA----T-G-T--A--G--GGG---AC-A-----G----C--T-----------GTCCCCCCCC--C-CCCC------A---------AT-T-T-C--A-AA--C-T-GTGA-AGGAA
gi|64 : tcaattttaacccactttttaatcaaatgtccc----AT--CA----T-A-T--A--G--GGG---AC-A-----ATGAAA--T-----------G--------A--C-CGTC------A---------A--T-TCC--A-AA--C-T-GCGACAGGAAa
gi|58 : t--AGA---AC-A-----A----A--T-----------G--------A--C-CCCC------A---------A--T-TTC--A-AA--G-T-GTGA-GGGAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|34 ): AAAATTTTTCATTAAAGTATTTTCATTTGTGGGACACATAACGTCCAGTTTCAAAATGTGAGAAATAAC
Unaligned ( gi|36 ): ACCTTAAAAGTCTCTTATCTGCCTATGGAGTCTTATTATAAAGGTCAAATATAACCCTTAACTTCAAAG
Unaligned ( gi|65 ): AATTCACCAATCTGCATATAAGTCTCATAATTCAAAGTATGAGCGAAAACA
Unaligned ( gi|71 ): CAGTCCCTAGTCTGCCCCCTTAAAGTCTTACTATATGAGGGACA
Alignments
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gi|10 : tcaattttaacccactttttaatcaaatgtccCT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------G----A---TT--A----T-AT-G--GGCAGATGT-ACAG-----A-T-----------GT-------C--C-CC----------CC------AATTTA-AAA--GT-GTGA-ATGAAa
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gi|13 : AATTAT---CCA--A-A-CTGCCTC--T--A-------A--------A----GTTC------C----A---TT--T----A-AT-G--AG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CC------AATTTC-AAA--AT-GTGA-AAGAA
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gi|15 : AATTTT---GTA--A-T-CTGTCTA--T--T-------T--------T----GTCT------T----A---TG--A----T-CT-G--GG-----AG-ACAA-----A-T-----------G--------A-----------------C------AGTTTC--AC--GT-GTAA-GGGAAaa
gi|16 : atAATTAT---CCA--A-T-CTGCCCA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----T-AC-AGTGG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A----CC----------CC------AATTTC-AAA--TT-GTGA-CGGAaac
gi|17 : AGTTCT---CCA--A-T-CTGCATA--C--A-------A--------A----TTTC------C----AACATC--A----T-AT-T--GC-----AA-ACAA-----A-T-----------TTT------A--C-CC----------C-------AATTTC-AAA--AT-GTGA-
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gi|21 : agAATTGT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----ATTT------C----A---TA--A----TAAT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--T-GT----------TC------AATATC-AAA--AT-GTGA-GAG
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gi|24 : aAATTCT---TCG--A-T-CTGCCTA--T--A-------A-------------TTCT------C----A---TT--A----T-AT-A--AG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------G--C-CA----------CA------AATTTC-AAA--TT-GTGA-TGGA
gi|25 : aAATTCT---GAA--A-T-ATGCCTA-----A-------A--------A----TTCT------C----A---TA--A----T-AT-A--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------G--C-CT----------CC------AATTTC-AAA--TT-GTGA-
gi|26 : taAATTCT---CCA--A-T-CTGGCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----C-AT-G--GA-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CT----------CC------AATTTG-AAA--GT-GCAA-GGGtag
gi|27 : aAATTCT---GCA--A-T-CTACCTA--T--G-------T--------A----GTCT------G----A---TG--A----T-AT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--A-GC----------CC------AATTTC-AAA--TT-GCGA-GAG
gi|28 : T---CCA--C-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TCATA----T-AT-G--GG-----GG-A-AA-----A-T-----------G--------T--T-CT----------AC------AATTTC-ATA--GT-GTGA-G
gi|29 : tTTGT---TCA--A-T-CTGTCTA--T--A-------A--------A----ATCT------C----A---TT--A----T-AT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------A--------A--C-CC----------CC------GATTTC-AAA--TT-ATGC-GGacgga
gi|3 : acAATTCT---CCATTA-T-CTGCCTA--T--ATAATATTA--------A----GTCT------C----A---TC--T----T-GT-A--GA-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--A-AC----------CA------AATTTT-AAA--GT-GTGA-GGGAA
gi|30 : ATTCC---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------G--------A----TTCT------CTGACA---TT--A----T-AT-G--GG-----GGGACAT-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CC------AATTTC-AAa
gi|31 : AATTAT---CAA--A-T-CTACCTA--T--A-------A--------A----ATCT------T----A---TC--A----T-AT-G--GA-----AT-ACAA-----A-T-----------G--------T--C-CC----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTAA-GGtatgc
gi|32 : ---CCA--A-T-CTATCTT--T--A-------A--------A----TTAT------C----A---TC--A----T-AT-G--GG-----GT-TTAA-----A-T-----------G--------A--C-CA----------CT------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGTAA
gi|33 : tacT---CCA--A-T-CTGCCTT--T--G-------A--------A----GTCT------C----A---TT--G----T-GT-T--GG-----GG-ATAA-----A-C-----------A--------A--T-CC----------CT------TATTTC-ACA--AT-TTGA-TGG
gi|34 : atga--T--A-------A--------A----GTAT------T----T---TC--A----T-TT-G--TG-----GG-ACAC-----A-T-----------A--------A--C-GT----------CC------AGTTTC-AAA--AT-GTGA-G
gi|35 : aaaatttttcatTTCT---CCA--A-T-TTGCATA--T--A-------A--------G----GTCT------C----A---TC--A----T-AT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------Caaataac
gi|36 : AAGTCT---CTT--A-T-CTGCCTA--T--G-------G--------A----GTCT------T----A---T--------T-AT-A--AA-----GG-TCAAAT---A-T-----------A--------A--C-CC----------TT------AACTTC-AAA--Gttgtgtgtttgtagtgagca
gi|37 : accttaaT---CCA--G-T-CTACCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---T--------T-AT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-TG----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GG
gi|38 : aaaataAATTCT---CTG--A-T-CTGTATG--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----T-AT----GA-----GT-ACAA-----A-T-----------C--------A--C-TC----------AA------AATTTC-AAA--AT-G
gi|39 : CTTA--T--A-------ATTT-----A----GTCT------C----A---TT--A----T-AT-G--GT-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CT----------CT------AATTTC-AAA--TT-Gattgg
gi|4 : attaaatgtccATTTT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------A----A---TC--A----T-AT-G--GG-----TA-AAAA-----A-T-----------GTC------A--C-CCCCACCCCCCGCC------AATTTC-AAA--GT-GTTA-Gctaa
gi|40 : CA--A-T-CTGCCTG--T--A-------A--------A----GTCC------C----A---T----------AT-G--GG-----GG-ATGA-----A-T-----------G--------A--C-CT----------CC------AGTTTA-AAA--CT-GAGA-GGGAaa
gi|41 : ttttgt---CCA--A-T-CTACTTG--T--A-------A--------A----GTCC------C----A---T----------AC-G--GG-----GG-ACGA-----A-T-----------G--------A--C--C----------CC------AAGTTT-AAA--AC-GTGA-GGGAA
gi|42 : ttttgATTCC---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------G--------A----TTCT------CTGATA---TT--A----T-AT-G--TG-----GG-ACAT-----A-T-----------A--------A--C-CC----------CC------AATTTC-AA
gi|43 : GCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----C---TC--A----T-AT-T--GA-----AG-ACAA-----A-T-----------GTC------A--T-CC----------CC------TATTTC-AAA--GA-GTGA-GGGGAtatg
gi|44 : tgataaA--A-T-CTGCTTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----TTAT-G--GG-----GG-ACAA-----AAT-----------G--------A--C-CC----------AC------AATTTC-AAA--TT-GTGA-AGGA
gi|45 : AAGTCT---CCA--A-T-CTGCCTG--T--A-------A--------A----ATCT------C----A---TC--A----T-AT-G--GG-----GA-ACAA-----A-T-----------G--------A--A-CA----------CT------AATTTC-AAA--GT-G
gi|46 : AATTCT---CCA--A-T-TTACCTG--T--T-------T--------A----TTCT------C----A---TC--ATCCGT-AT-G--GG-----GT-ACA------------------------------------------------------AATTTC-ATG--GC-GTGA-GGG
gi|47 : ---CCA--A-T-TTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------T----A---TC--A----T-AC-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CA------AA-TTC-AAA--GT-GTGA-G
gi|48 : CA--A-C-TTGCCCA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----T-AT-G--GA-----GG-ACAA-----A-G-----------G--------A--C-CC----------CC------AGTTTC-AAA--GT-GTTA-GGGtg
gi|49 : AATTCC---CGA--A-T-CTGTCTG--T--A-----------------------------------------C--G----T-A--G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-TC----------CC------AATTTA-AAA--TT-GTGA-GGGA
gi|5 : aaATTCT---GCA--A-T-CTGGCTA--C--A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----T-ATGG--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------AGGC-CC----------CCTCTCCAAATTTCAAAA--GT-CGGG-GGGA
gi|50 : AATTCT---CCA--A-T-CTACCAA--T--A-------A--------A----GTCT------C--------TG--A----C-AT-C--G--------------------T--------------------A--C-CC----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGGAA
gi|51 : TTCT---CCA--G-T-CTACCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----A-AT-T--AA-----GG-A------------------------------------CT----------CC------AATTTC---A--GT-TTGA-GGGGAa
gi|52 : atATTCT---CCA--A-T-CTGCCAA--T--A-------A--------T----GTCT------C----A---TC--A----T-AT-T--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------A--------A--C-CC----------TT------GATTTC-Aa
gi|53 : CTA--T--A-------A--------ATTTAGTCT------C----A---TC--A----T-AA-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------A--------A--T-CC----------TC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGAAgtttg
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gi|57 : tgAATTCT---CAA--A-T-ATATCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----T-AT-G--GG-----GG-AGAA-----A-T-----------G--------A--C-CA----------CC------AAT
gi|58 : aAATTCT---C-A--G-T-CTGCTTA--A--A-------A--------A----G-------------------------------------------A-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGGAAg
gi|59 : --A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----G-AT-T--TG-----GA-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CT----------CC------AAGTTC-AAA--AT-GAGA-AGGAa
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gi|60 : AGTTCT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-----------------------CT------C----A---TC--A----T-AT-G--GA-----GG-ACAA-----A-T-----------t
gi|61 : aaCT---CCT--A-T-CTGACTA--T--A-------AACTGATAAA----GTCT------C----A---TA--T----T-AT-T--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------tttccgccacttt
gi|62 : g----GTCT------C----A---TC--T----T-AG-C--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CT----------CC------AATTTC-AAA--AT-GAAA-GGGAA
gi|63 : tcttAATTCT---CCA--A-T-CTACCAA--T--A-------A--------A----GTCT--------------------------------------------------------------------------------C----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGTAA
gi|64 : taa----A---TC--A----T-AT-A--GG-----GG-ACAATGAA-A-T-----------G--------A--C-CG----------TC------AATTCC-AAA--CT-GCGACAGGAA
gi|65 : tAATTCA---CCA--A-T-CTGCATA--T----------A--------A----GTCT------C----A---TA--A----T-
gi|66 : ----GTCT------C----C---TC--A----T-AT-C--GC-----AG-AAAA-----G-T-----------G--------A--A-CC----------CC------AATTTG-AAA--GT-GTGA-GAGGAtcaaagtatgagcgaaaaca
gi|67 : AATTCT---CCA--A-T-CTGTCTA--T-------------------A----GTCT------C----A---T
gi|68 : aaa--------A----ATCT------C----A---TC--A----T-GT-G--GG-----GA-ATAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CA------AATTTC-AAA--CT-GAGA-ttcaaagtgtaaggaaaaa
gi|69 : tAATTCT---CCA--T-T-CTGTCTT--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----C-AT-G--GG-----GG-ATAA-----A-a
gi|7 : ATTCTGAATCA--A-T-CTTCATA--TGTA-------A--------A----GTTT------C----A---CT--A----T-AT-A--TA-----GG-ATAA-----A-T-----------A--------A--C-GC----------CC------AATTTT-AAA--------A-GGGAAac
gi|70 : AATTCT---CCA--A-T-CTGCCTT--T--A-------A--------A----GTCA------C----A---TC--A----T-Aaacatt
gi|71 : ttaaTCC---CTA--G-T-CTGCCCCCTT--A-------A--------A----GTCT------T----A---CT--A----T-AT-G--AG-----GG-ACAataaagga
gi|72 : cagAATTCT---CCA--A-T-CTGCCAA--T--A---------------------GTCT------C----G---TC--A----T-GT-G--GT-----GG-ACAA-----A-
gi|73 : aCT---CAA--A-TTCT--CTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----T-AT-G--AG-----GG-Aa
gi|8 : acgtccTTCC---CAA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTTT------C----A---TC--A----C-AT-G--GC-----TG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CCG---------TA------AATTTC-ATAGTGT-GTGA-TGGAA
gi|9 : cAATTTT---CCA--A-C-CTGCTTA--T--T-------A--------A----GTCTGACACTC----A---TC--A----T-AT-A--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------G----CC----------CC------AATTTC-ACA--GT-GTGA-GGa
Alignments
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lowQualScore : ... .. . . .. .. ....... ........ .... ...... .... ... ... .... . . .. ..... . ..... . ........... ........ .. . .......... ...... . .. . .
lowQualScore : 222 99 6 6 88 88 2222222 11111111 2222 666666 3333 000 222 2222 2 1 88 44444 6 55555 6 99999999999 44444444 88 6 3333333333 888888 6 00 7 8
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Reference ( family-2737 ) : AATTCT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TC--A----T-AT-G--GG-----GG-ACAA-----A-T-----------G--------A--C-CC----------CC------AATTTC-AAA--GT-GTGA-GGGAA
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gi|10 : tcaattttaacccactttttaatcaaatgtccCT---CCA--A-T-CTGCCTA--T--A-------A--------A----GTCT------G----A---TT--A----T-AT-G--GGCAGATGT-ACAG-----A-T-----------GT-------C--C-CC----------CC------AATTTA-AAA--GT-GTGA-ATGAAa
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gi|44 : tgataaA--A-T-CTGCTTA--T--A-------A--------A----GTCT------C----A---TT--A----TTAT-G--GG-----GG-ACAA-----AAT-----------G--------A--C-CC----------AC------AATTTC-AAA--TT-GTGA-AGGA
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gi|6 : ATTCT---CCA--A-T-CAGCCTA--C--AGACA---A--------A----GTCT------C----A---TC--A----T-AC-G--GG-----G--ACAATTTTAA-T-----------G--------A--C-CC----------CC------AATTTT-AAT--GT-GTGA-GGGgaac
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