lowQualScore : 11 1 1 1 22 11 888888 0 11 3333333 0 11 222 99999 5 1 1
lowQualScore : .. . . . .. .. ...... . .. ....... . .. ... ..... . . .
lowQualScore : 55 0 0 0 66 33 555555 9 22 9999999 9 22 222 88888 7 1 2
consensus : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--AG----GT-G--TC-------T-A--AGCACACAG--ATCAAT----CGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
Reference ( gi|5 ) : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--AG----AT-G--TC-------T-A--AGCACACAG--ATCAAC----CGAAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|15 : CGCCATAA--TAACTA-A-CCGA-AATTGGTTA--GTG--GG----GT-A--TC-------T-A--AGCACACAG--ATCAAT----CGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TG
gi|12 : CGCTATAA--TAAGTG-A-CCAA-AATTAGTT-----G--AG----GT-G--TC-------C-A--AGTACACAG--ATCAAT----CAGAGCTAGTGACGTCA-CC-TGGGGGA
gi|17 : CGCTATGA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GCG--AG----GT-G--CA-------C-A--AGAACACAG--ATCAAT----CAGCGCTAATGACGTCA-TC-
gi|24 : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATTAGTTT--GTG--AG----GT-G--TT-------T-A--AGCGCACA-----C----------AGCTAGTGACGTCA-TC-TGGG
gi|9 : gCGCTAAAA--TAACTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--ATG--AC----GT-G--TC-------T-A--AGCACACAA--ATCAAG----CAAAGCGAGCGACTTAA-TC-TAGGGA
gi|8 : CGCTATAA--TAACTA-A-TCAA-AATCTGTTT--GTG--AT----GT-A--TT-------T-A--AGCACGAAG--ATAAAT----CAGAGCTAATGACGTCA-GC-TGGGG
gi|30 : gCGCTATGA--TAATTA-A-CCAA-AATAGTTTA--GTG--GG----GT-G--TC-------T-A--AG-------------------CGAAGTTAGTGACGTCA-TC-TGGGGA
gi|18 : gCGCTAAAA--TAACCA-A-CAAA-ATTCGTCTT--GTG--AG----AT-G--TC-------A-A--AGCACACGT--ATCAAT----CGGAGATAGTGACGTCA-T
gi|29 : gCGTTATAA--TAACTT-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--AG----GT-----------------------------ATCAGT----CGGAGATAGTGACGTCA-TC-TGCGGAAAt
gi|31 : CGCTGTTA--TAACTA-A-CCAA-AAGCGGCTA--AT--------------------------------ACACAT--ATCAAT----CGGAGCTAATGGCGTCA-TC-TGTGGA
gi|11 : CGCTATAA--TAACTA-A-CTAATAACTAACTA-------AA----AT----TG-------G-A--AACACACAG--ATCAGT----TGTGGCTAGTTATGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|16 : CGCTATAT--TAACTT-A-ACAA-AATCGGTTA--G-----A----AT-G--TT-------TCA--AAC-CACTATTATCAAA----CAGAGCTAGTGACGTTA-TC-TG
gi|4 : gCGCCATAA--TATCTA-A-CCCA-AATCG-TTA--GTG--AT----CT-G--TT-------T-C--AGCAAGCAG--ACCACT----AGGAGTTGGTTACGTAA-TA-CGGGGAA
gi|40 : ccgCGCTGTAA--TAACTA-A-CCAA-AATCG--------------------G--TC-------T-G--AGCGCAGAT--ATCAAT----CGGAGCTGGc
gi|1 : gCGTTATAA--TTACTA-A-TTGA-AATCTGTTA--GTGGTAGTGCTA--G--TT-------T-G--AGAACAAAT--AAAAACAAAGCGCAGCTAGTGATGTCA-TC-TGgaaac
gi|14 : gCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AAGCTGAAA--GAA--AG----GT-A--AA-------T-A--AGCACG-------CAAT----CGGGGCTGGTAACGTTT-TC-AGAGG
gi|2 : CGCTATAAAATAACTATA-AAAA-AATCTGTAA--GTA--AT----GC-G--TG-------A-A--AGCACACAG--GTCAAA----CGGAGCgca
gi|46 : ccccgCGGTATAA--AATCTA-A-CCAA-AA---ATCA--GTG--AT----GT-G--TC-------T-A--AGCATACAacaacaacataacgtca
gi|3 : gGCAATAA--TATCTA-A-CCAA-AATCGGTTACGGTG--AT----GC-G--TC-------C-A--AGCACACAG--ATCAAA----TGGAACTAGTGACATCA-TC-
gi|37 : GCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATCA--GTG--AT----GT-G--TC-------T-A--AGCATCCAG--ATCAAT----CACAGCTgatctggata
gi|34 : GCTATAA--TAACTA-A-CC-A-AATCGGTAA--GT----A----AT-G--T--------------GC----------CAAA----CGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGga
gi|21 : ggCTATTT--TAACTA-A-CAAA-TATCGGTTA--GTG--AG----GT-G--CC-------T-G--AGTACACAT--GCCAAT----CGGAACTAGTGACGCCA-TC-cg
gi|33 : TATAA--TAACTC-A-CCAA-ACTCGGTAA--GTG--AG----GT-G--TC-------T-A--ATTACACAG--ATCAAT----CGGAGCTGGTGATGt
gi|7 : TATAT--TATTTA-G-CCAA-AATCGGCTAAAGTG--AG----GT-G--TC-------T-T--AGCACACAG--ATCAGT----CGGAGCCGGTGATGTCATTC-TTGGGAA
gi|19 : TATGG--TAACTA-A-CCAA-AACCGGCTA--GTG--GT----GT-A--TC-------T-A--AGTACACTG--ACCAAT----CGGGTCTATTGACGTCA-TC-AGGGc
gi|10 : TAAAA--TAACTA-AACCAA-AATTTGTTA--GTA--AT----AC-G--TG-------A-A--AACACACAT--GCCAAA----CGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGCGG
gi|13 : taTACAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGCTA----A--AG----AT-GTTTC-------T-A--AGCAAAAAG--AT-AAT----CGGAGGTAGTGATGCCA-TT-TAGGG
gi|26 : tTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATAAGTTG--GTG--AT----GT-G--TC-------C-A--AGta
gi|32 : cgcgtaATAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGTTA--GTG--AG----GT-A--GC-------C-A--AGCAGACAC--ATCAAT----CAGAGCGAGTGATGCCaaaatattctgggtcaatgacgtc
gi|36 : ATAT--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTCA--GTG--GG----TT-G--TTTAAGCAGT-A--AGCACACAG--ATCAAC----CGGAG
gi|6 : ATAA--TATCTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--TTG--AT----GT-G--TC-------T-G--AGCACACGG--AACAAT----TGGAGTAAGTGACAATA-AC-TGGGGGAAt
gi|39 : tgcACAA--TAAC-------AA-AATCAGCAA--ATG--AG----GT-G--TT-------C-A--AGTATACAG--ATTTAT----CGGAGCTAGTGAt
gi|22 : tgTAA--TAACTA-G-TAAA-AACCGGCTA--GTG--TA----AT-G--TCA------T-A--AA-ATACCG--ATCAAC----CGGAGCTAGTTATGTCA-TC-
gi|20 : tccgTAA--TAAGTA-G-CCAA-AATTGGATA--TTG--GT----AT-G--TC-------T-T--ATCAC-------TCAAG----TGGAGCAAGTGGCGTCA-AT-TGGGGGA
gi|43 : AA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATTA--GCG--AG----GT-G--TC-------C-A--AGCACGCAG--ATTAAT----CGGAGcac
gi|27 : A--TAATTA-A-TCAA-AATCAGTTA--GTG--AG----GT-G--TC-------T-A--AGTACACAT--ATCAAA----CGGAGCTAGTGACGTCA-TC-
gi|23 : g--TAACTA-T-CTAA-AATCGGTTA--ATG--AT----GT-G--TC-------T-A--GGCACACAG--GTCAAT----CGAAGATATTGGCGTAA-TC-TGAAGGA
gi|28 : AACTT-A-CAAA-AATGGGCTG--GTG--AT----GT-G--TT-------T-A--AGTACACGG--ATCAAA----CGGAGCTAGTGACGTTA-TC-TGG
gi|25 : A-A-CCAA-AATCGGTTT--GTG--AT----GT-G--TC-------T-A--AGAACACAT--ATCCAA----CGCAGACAGTGA
gi|38 : A-AATTAGTTG--ATG--TC----ATTG--TG-------T-ATTAGCACACAG--ATCAAA----CAGAGCTAGTGATGTCA-TC-TGttggatccaggggtg
gi|35 : -AATTGGTTA--GTG--AT----GT-G--TT-------T-A--AGCACAAAG--ATCAAT----CGGAGCTAGTGACATAA-TC-TTGGGa
gi|42 : tatTCGGTTA--GTT--AG----TT-G--TC-------T-A--AGAACACAT--ATCAAT----CGAAGCTAGTGCCGTCA-TC-g
gi|44 : T-G--TT-------T-A--AGCCAACAG--ATCAAA----CGGAGCTGGTGACGTCA-TC-TGGGGAAtg
gi|41 : aatatg-G--TG-------T-A--A--ACCCAG--ATCAAT----CGGATCTGGTGACGTCA-TA-TTGGAAAA
gi|48 : tgtgtgtggAAT----TGGAGCTAGTGATGTCA-TCTTGGGGAAcgca
gi|47 : tGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAAc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCGCTATTTCAATTAACTAAAATTGGCTAGTGATGTGTCTGAGCACAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 22 44 1111 3333333 0 2222 0 0 1 1
lowQualScore : .. . . . .. .. .... ....... . .... . . . .
lowQualScore : 44 0 0 0 66 33 9999 8888888 3 8888 8 4 1 1
consensus : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTGA-NGT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
Reference ( family-2654 ) : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTGA-GGT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|1 : CGTTATAA--TTACTA-A-TTGA-AATCTGTTA--GTGGTAGTGCTAGTT-------TGAGAACAAATAAAAACAAAGCGCAGCTAGTGATGTCA-TC-TG
gi|10 : gTAAAA--TAACTA-AACCAA-AATTTGTTA--GTAA-TAC----GTG-------AAAACAC----ACATGCCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGCGG
gi|11 : taCGCTATAA--TAACTA-A-CTAATAACTAACTA--A--A-ATT----GG---------AAACAC----ACAGATCAGTTGTGGCTAGTTATGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|12 : CGCTATAA--TAAGTG-A-CCAA-AATTAGTT-----GA-GGT----GTC-------CAAGTAC----ACAGATCAATCAGAGCTAGTGACGTCA-CC-TGGGGGA
gi|13 : TACAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGCTA--AAGA-TGT----TTC-------TAAGCAA----AAAGAT-AATCGGAGGTAGTGATGCCA-TT-TAGGG
gi|14 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AAGCTGAAA--GAAA-GGT----AAA-------TAAGCAC----G-----CAATCGGGGCTGGTAACGTTT-TC-AGAGGta
gi|15 : CGCCATAA--TAACTA-A-CCGA-AATTGGTTA--GTGG-GGT----ATC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGgca
gi|16 : CGCTATAT--TAACTT-A-ACAA-AATCGGTTA--G-AA-TGT----TTC-------AAACCACT---AT-TATCAAACAGAGCTAGTGACGTTA-TC-TG
gi|17 : gCGCTATGA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GCGA-GGT----GCA-------CAAGAAC----ACAGATCAATCAGCGCTAATGACGTCA-TC-
gi|18 : CGCTAAAA--TAACCA-A-CAAA-ATTCGTCTT--GTGA-GAT----GTC-------AAAGCAC----ACGTATCAATCGGAGATAGTGACGTCA-T
gi|19 : gTATGG--TAACTA-A-CCAA-AACCGGCTA--GTGG-TGT----ATC-------TAAGTAC----ACTGACCAATCGGGTCTATTGACGTCA-TC-AGGGt
gi|2 : CGCTATAAAATAACTATA-AAAA-AATCTGTAA--GTAA-TGC----GTG-------AAAGCAC----ACAGGTCAAACGGAGC
gi|20 : ccccgTAA--TAAGTA-G-CCAA-AATTGGATA--TTGG-TAT----GTC-------TTATCAC---------TCAAGTGGAGCAAGTGGCGTCA-AT-TGGGGGAacaacaacataacgtca
gi|21 : CTATTT--TAACTA-A-CAAA-TATCGGTTA--GTGA-GGT----GCC-------TGAGTAC----ACATGCCAATCGGAACTAGTGACGCCA-TC-cac
gi|22 : TAA--TAACTA-G-TAAA-AACCGGCTA--GTGT-AAT----GTCA------TAAA-AT----ACCGATCAACCGGAGCTAGTTATGTCA-TC-t
gi|23 : tccg--TAACTA-T-CTAA-AATCGGTTA--ATGA-TGT----GTC-------TAGGCAC----ACAGGTCAATCGAAGATATTGGCGTAA-TC-TGAAGGA
gi|24 : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATTAGTTT--GTGA-GGT----GTT-------TAAGCGC----ACA---C------AGCTAGTGACGTCA-TC-TGGG
gi|25 : gA-A-CCAA-AATCGGTTT--GTGA-TGT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCCAACGCAGACAGTGA
gi|26 : TATAA--TAACTA-A-CCAA-AATAAGTTG--GTGA-TGT----GTC-------CAAG-A-------AAAT-ATTCTGGGTCAATGACGTCttggatccaggggtg
gi|27 : cgcgtaA--TAATTA-A-TCAA-AATCAGTTA--GTGA-GGT----GTC-------TAAGTAC----ACATATCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-
gi|28 : gAACTT-A-CAAA-AATGGGCTG--GTGA-TGT----GTT-------TAAGTAC----ACGGATCAAACGGAGCTAGTGACGTTA-TC-TGG
gi|29 : CGTTATAA--TAACTT-A-CCAA-AATCGGTTA--GTGA-GGT-----------------------------ATCAGTCGGAGATAGTGACGTCA-TC-TGCGGAAA
gi|3 : GCAATAA--TATCTA-A-CCAA-AATCGGTTACGGTGA-TGC----GTC-------CAAGCAC----ACAGATCAAATGGAACTAGTGACATCA-TC-
gi|30 : CGCTATGA--TAATTA-A-CCAA-AATAGTTTA--GTGG-GGT----GTC-------TAAG-----------------CGAAGTTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAgatctggata
gi|31 : gCGCTGTTA--TAACTA-A-CCAA-AAGCGGCTA--AT-------------------------AC----ACATATCAATCGGAGCTAATGGCGTCA-TC-TGTGGA
gi|32 : ATAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGTTA--GTGA-GGT----AGC-------CAAGCAG----ACACATCAATCAGAGCGAGTGATGCC
gi|33 : TATAA--TAACTC-A-CCAA-ACTCGGTAA--GTGA-GGT----GTC-------TAATTAC----ACAGATCAATCGGAGCTGGTGATG
gi|34 : GCTATAA--TAACTA-A-CC-A-AATCGGTAA--GTAA-TGT----G-------------------------CCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGG
gi|35 : gg-AATTGGTTA--GTGA-TGT----GTT-------TAAGCAC----AAAGATCAATCGGAGCTAGTGACATAA-TC-TTGGGcg
gi|36 : tatATAT--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTCA--GTGG-GTT----GTTTAAGCAGTAAGCAC----ACAGATCAACCGGAGg
gi|37 : GCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATCA--GTGA-TGT----GTC-------TAAGCAT----CCAGATCAATCACAGCTt
gi|38 : GT----GTA-------TTAGCAC----ACAGATCAAACAGAGCTAGTGATGTCA-TC-TGga
gi|39 : aaattagttgatgtcattACAA--TAAC-------AA-AATCAGCAA--ATGA-GGT----GTT-------CAAGTAT----ACAGATTTATCGGAGCTAGTGAa
gi|4 : tgCGCCATAA--TATCTA-A-CCCA-AATCG-TTA--GTGA-TCT----GTT-------TCAGCAA----GCAGACCACTAGGAGTTGGTTACGTAA-TA-CGGGGAA
gi|40 : ccgCGCTGTAA--TAACTA-A-CCAA-AATCG------------------GTC-------TGAGCGC----AGATATCAATCGGAGCTGGc
gi|41 : g--GTG--GGT----GT---------AA--AC----CCAGATCAATCGGATCTGGTGACGTCA-TA-TTGGAAAAgaaac
gi|42 : tgtgtTCGGTTA--GTTA-GTT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCAATCGAAGCTAGTGCCGTCA-TC-cgca
gi|43 : AA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATTA--GCGA-GGT----GTC-------CAAGCAC----GCAGATTAATCGGAGtg
gi|44 : GT----GTT-------TAAGCCA----ACAGATCAAACGGAGCTGGTGACGTCA-TC-TGGGGAA
gi|46 : aatatCGGTATAA--AATCTA-A-CCAA-AA---ATCA--GTGA-TGT----GTC-------TAAGCAT----ACA
gi|47 : gGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|48 : agtAATTGGAGCTAGTGATGTCA-TCTTGGGGAAcacatt
gi|5 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTGA-GAT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAACCGAAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAAc
gi|6 : ATAA--TATCTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--TTGA-TGT----GTC-------TGAGCAC----ACGGAACAATTGGAGTAAGTGACAATA-AC-TGGGGGAA
gi|7 : tgcTATAT--TATTTA-G-CCAA-AATCGGCTAAAGTGA-GGT----GTC-------TTAGCAC----ACAGATCAGTCGGAGCCGGTGATGTCATTC-TTGGGAAt
gi|8 : CGCTATAA--TAACTA-A-TCAA-AATCTGTTT--GTGA-TGT----ATT-------TAAGCAC----GAAGATAAATCAGAGCTAATGACGTCA-GC-TGGGGc
gi|9 : gCGCTAAAA--TAACTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--ATGA-CGT----GTC-------TAAGCAC----ACAAATCAAGCAAAGCGAGCGACTTAA-TC-TAGGGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCGCTATTTCAATTAACTAAAATTGGCTAGTGATGTGTCTGAGCACAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 22 11 333 1111 3333333 0 2222 0 0 1 1
lowQualScore : .. . . . .. .. ... .... ....... . .... . . . .
lowQualScore : 44 0 0 0 66 22 555 9999 8888888 3 8888 8 4 1 1
consensus : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
Reference ( family-2654 ) : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|1 : CGTTATAA--TTACTA-A-TTGA-AATCTGTTA--GTG--GTA-GTGCTAGTT-------TGAGAACAAATAAAAACAAAGCGCAGCTAGTGATGTCA-TC-TG
gi|10 : gTAAAA--TAACTA-AACCAA-AATTTGTTA--GTA--A-T-AC----GTG-------AAAACAC----ACATGCCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGCGG
gi|11 : taCGCTATAA--TAACTA-A-CTAATAACTAACTA--A----A-A-TT----GG---------AAACAC----ACAGATCAGTTGTGGCTAGTTATGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|12 : CGCTATAA--TAAGTG-A-CCAA-AATTAGTT-----G--A-G-GT----GTC-------CAAGTAC----ACAGATCAATCAGAGCTAGTGACGTCA-CC-TGGGGGA
gi|13 : TACAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGCTA--AAG--A-T-GT----TTC-------TAAGCAA----AAAGAT-AATCGGAGGTAGTGATGCCA-TT-TAGGG
gi|14 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AAGCTGAAA--GAA--A-G-GT----AAA-------TAAGCAC----G-----CAATCGGGGCTGGTAACGTTT-TC-AGAGGta
gi|15 : CGCCATAA--TAACTA-A-CCGA-AATTGGTTA--GTG--G-G-GT----ATC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGgca
gi|16 : CGCTATAT--TAACTT-A-ACAA-AATCGGTTA--G-A--A-T-GT----TTC-------AAACCACT---AT-TATCAAACAGAGCTAGTGACGTTA-TC-TG
gi|17 : gCGCTATGA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GCG--A-G-GT----GCA-------CAAGAAC----ACAGATCAATCAGCGCTAATGACGTCA-TC-
gi|18 : CGCTAAAA--TAACCA-A-CAAA-ATTCGTCTT--GTG--A-G-AT----GTC-------AAAGCAC----ACGTATCAATCGGAGATAGTGACGTCA-T
gi|19 : gTATGG--TAACTA-A-CCAA-AACCGGCTA--GTG--G-T-GT----ATC-------TAAGTAC----ACTGACCAATCGGGTCTATTGACGTCA-TC-AGGGt
gi|2 : CGCTATAAAATAACTATA-AAAA-AATCTGTAA--GTA--A-T-GC----GTG-------AAAGCAC----ACAGGTCAAACGGAGC
gi|20 : ccccgTAA--TAAGTA-G-CCAA-AATTGGATA--TTG--G-T-AT----GTC-------TTATCAC---------TCAAGTGGAGCAAGTGGCGTCA-AT-TGGGGGAacaacaacataacgtca
gi|21 : CTATTT--TAACTA-A-CAAA-TATCGGTTA--GTG--A-G-GT----GCC-------TGAGTAC----ACATGCCAATCGGAACTAGTGACGCCA-TC-cac
gi|22 : TAA--TAACTA-G-TAAA-AACCGGCTA--GTG--T-A-AT----GTCA------TAAA-AT----ACCGATCAACCGGAGCTAGTTATGTCA-TC-t
gi|23 : tccg--TAACTA-T-CTAA-AATCGGTTA--ATG--A-T-GT----GTC-------TAGGCAC----ACAGGTCAATCGAAGATATTGGCGTAA-TC-TGAAGGA
gi|24 : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATTAGTTT--GTG--A-G-GT----GTT-------TAAGCGC----ACA---C------AGCTAGTGACGTCA-TC-TGGG
gi|25 : gA-A-CCAA-AATCGGTTT--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCCAACGCAGACAGTGA
gi|26 : TATAA--TAACTA-A-CCAA-AATAAGTTG--GTG--A-T-GT----GTC-------CAAG-A-------AAAT-ATTCTGGGTCAATGACGTCttggatccaggggtg
gi|27 : cgcgtaA--TAATTA-A-TCAA-AATCAGTTA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAAGTAC----ACATATCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-
gi|28 : gAACTT-A-CAAA-AATGGGCTG--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGTAC----ACGGATCAAACGGAGCTAGTGACGTTA-TC-TGG
gi|29 : CGTTATAA--TAACTT-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-GT-----------------------------ATCAGTCGGAGATAGTGACGTCA-TC-TGCGGAAA
gi|3 : GCAATAA--TATCTA-A-CCAA-AATCGGTTACGGTG--A-T-GC----GTC-------CAAGCAC----ACAGATCAAATGGAACTAGTGACATCA-TC-
gi|30 : CGCTATGA--TAATTA-A-CCAA-AATAGTTTA--GTG--G-G-GT----GTC-------TAAG-----------------CGAAGTTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAgatctggata
gi|31 : gCGCTGTTA--TAACTA-A-CCAA-AAGCGGCTA--AT----------------------------AC----ACATATCAATCGGAGCTAATGGCGTCA-TC-TGTGGA
gi|32 : ATAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGTTA--GTG--A-G-GT----AGC-------CAAGCAG----ACACATCAATCAGAGCGAGTGATGCC
gi|33 : TATAA--TAACTC-A-CCAA-ACTCGGTAA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAATTAC----ACAGATCAATCGGAGCTGGTGATG
gi|34 : GCTATAA--TAACTA-A-CC-A-AATCGGTAA--GTA--A-T-GT----G-------------------------CCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGG
gi|35 : gg-AATTGGTTA--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGCAC----AAAGATCAATCGGAGCTAGTGACATAA-TC-TTGGGcg
gi|36 : tatATAT--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTCA--GTG--G-G-TT----GTTTAAGCAGTAAGCAC----ACAGATCAACCGGAGg
gi|37 : GCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----CCAGATCAATCACAGCTt
gi|38 : A-AATTAGTTG--ATGTCA-TTGT----GTA-------TTAGCAC----ACAGATCAAACAGAGCTAGTGATGTCA-TC-TGga
gi|39 : ACAA--TAAC-------AA-AATCAGCAA--ATG--A-G-GT----GTT-------CAAGTAT----ACAGATTTATCGGAGCTAGTGAa
gi|4 : tgCGCCATAA--TATCTA-A-CCCA-AATCG-TTA--GTG--A-T-CT----GTT-------TCAGCAA----GCAGACCACTAGGAGTTGGTTACGTAA-TA-CGGGGAA
gi|40 : ccgCGCTGTAA--TAACTA-A-CCAA-AATCG---------------------GTC-------TGAGCGC----AGATATCAATCGGAGCTGGc
gi|41 : g----GTG-------TAA--AC----CCAGATCAATCGGATCTGGTGACGTCA-TA-TTGGAAAAgaaac
gi|42 : tgtgtgtggTCGGTTA--GTT--A-G-TT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCAATCGAAGCTAGTGCCGTCA-TC-cgca
gi|43 : AA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATTA--GCG--A-G-GT----GTC-------CAAGCAC----GCAGATTAATCGGAGtg
gi|44 : --A-T-GT----GTT-------TAAGCCA----ACAGATCAAACGGAGCTGGTGACGTCA-TC-TGGGGAA
gi|46 : aatCGGTATAA--AATCTA-A-CCAA-AA---ATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----ACA
gi|47 : gGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|48 : agtAATTGGAGCTAGTGATGTCA-TCTTGGGGAAcacatt
gi|5 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-AT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAACCGAAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAAc
gi|6 : ATAA--TATCTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--TTG--A-T-GT----GTC-------TGAGCAC----ACGGAACAATTGGAGTAAGTGACAATA-AC-TGGGGGAA
gi|7 : tgcTATAT--TATTTA-G-CCAA-AATCGGCTAAAGTG--A-G-GT----GTC-------TTAGCAC----ACAGATCAGTCGGAGCCGGTGATGTCATTC-TTGGGAAt
gi|8 : CGCTATAA--TAACTA-A-TCAA-AATCTGTTT--GTG--A-T-GT----ATT-------TAAGCAC----GAAGATAAATCAGAGCTAATGACGTCA-GC-TGGGGc
gi|9 : gCGCTAAAA--TAACTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--ATG--A-C-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAAATCAAGCAAAGCGAGCGACTTAA-TC-TAGGGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCGCTATTTCAATTAACTAAAATTGGCTAGTGATGTGTCTGAGCACAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 22 11 333 1111 3333333 0 2222 0 0 1 1
lowQualScore : .. . . . .. .. ... .... ....... . .... . . . .
lowQualScore : 44 0 0 0 66 22 555 9999 8888888 3 8888 8 4 1 1
consensus : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
Reference ( family-2654 ) : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|1 : CGTTATAA--TTACTA-A-TTGA-AATCTGTTA--GTG--GTA-GTGCTAGTT-------TGAGAACAAATAAAAACAAAGCGCAGCTAGTGATGTCA-TC-TG
gi|10 : gTAAAA--TAACTA-AACCAA-AATTTGTTA--GTA--A-T-AC----GTG-------AAAACAC----ACATGCCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGCGG
gi|11 : taCGCTATAA--TAACTA-A-CTAATAACTAACTA--A----A-A-TT----GG---------AAACAC----ACAGATCAGTTGTGGCTAGTTATGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|12 : CGCTATAA--TAAGTG-A-CCAA-AATTAGTT-----G--A-G-GT----GTC-------CAAGTAC----ACAGATCAATCAGAGCTAGTGACGTCA-CC-TGGGGGA
gi|13 : TACAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGCTA--AAG--A-T-GT----TTC-------TAAGCAA----AAAGAT-AATCGGAGGTAGTGATGCCA-TT-TAGGG
gi|14 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AAGCTGAAA--GAA--A-G-GT----AAA-------TAAGCAC----G-----CAATCGGGGCTGGTAACGTTT-TC-AGAGGta
gi|15 : CGCCATAA--TAACTA-A-CCGA-AATTGGTTA--GTG--G-G-GT----ATC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGgca
gi|16 : CGCTATAT--TAACTT-A-ACAA-AATCGGTTA--G-A--A-T-GT----TTC-------AAACCACT---AT-TATCAAACAGAGCTAGTGACGTTA-TC-TG
gi|17 : gCGCTATGA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GCG--A-G-GT----GCA-------CAAGAAC----ACAGATCAATCAGCGCTAATGACGTCA-TC-
gi|18 : CGCTAAAA--TAACCA-A-CAAA-ATTCGTCTT--GTG--A-G-AT----GTC-------AAAGCAC----ACGTATCAATCGGAGATAGTGACGTCA-T
gi|19 : gTATGG--TAACTA-A-CCAA-AACCGGCTA--GTG--G-T-GT----ATC-------TAAGTAC----ACTGACCAATCGGGTCTATTGACGTCA-TC-AGGGt
gi|2 : CGCTATAAAATAACTATA-AAAA-AATCTGTAA--GTA--A-T-GC----GTG-------AAAGCAC----ACAGGTCAAACGGAGC
gi|20 : ccccgTAA--TAAGTA-G-CCAA-AATTGGATA--TTG--G-T-AT----GTC-------TTATCAC---------TCAAGTGGAGCAAGTGGCGTCA-AT-TGGGGGAacaacaacataacgtca
gi|21 : CTATTT--TAACTA-A-CAAA-TATCGGTTA--GTG--A-G-GT----GCC-------TGAGTAC----ACATGCCAATCGGAACTAGTGACGCCA-TC-cac
gi|22 : TAA--TAACTA-G-TAAA-AACCGGCTA--GTG--T-A-AT----GTCA------TAAA-AT----ACCGATCAACCGGAGCTAGTTATGTCA-TC-t
gi|23 : tccg--TAACTA-T-CTAA-AATCGGTTA--ATG--A-T-GT----GTC-------TAGGCAC----ACAGGTCAATCGAAGATATTGGCGTAA-TC-TGAAGGA
gi|24 : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATTAGTTT--GTG--A-G-GT----GTT-------TAAGCGC----ACA---C------AGCTAGTGACGTCA-TC-TGGG
gi|25 : gA-A-CCAA-AATCGGTTT--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCCAACGCAGACAGTGA
gi|26 : TATAA--TAACTA-A-CCAA-AATAAGTTG--GTG--A-T-GT----GTC-------CAAG-A-------AAAT-ATTCTGGGTCAATGACGTCttggatccaggggtg
gi|27 : cgcgtaA--TAATTA-A-TCAA-AATCAGTTA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAAGTAC----ACATATCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-
gi|28 : gAACTT-A-CAAA-AATGGGCTG--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGTAC----ACGGATCAAACGGAGCTAGTGACGTTA-TC-TGG
gi|29 : CGTTATAA--TAACTT-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-GT-----------------------------ATCAGTCGGAGATAGTGACGTCA-TC-TGCGGAAA
gi|3 : GCAATAA--TATCTA-A-CCAA-AATCGGTTACGGTG--A-T-GC----GTC-------CAAGCAC----ACAGATCAAATGGAACTAGTGACATCA-TC-
gi|30 : CGCTATGA--TAATTA-A-CCAA-AATAGTTTA--GTG--G-G-GT----GTC-------TAAG-----------------CGAAGTTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAgatctggata
gi|31 : gCGCTGTTA--TAACTA-A-CCAA-AAGCGGCTA--AT----------------------------AC----ACATATCAATCGGAGCTAATGGCGTCA-TC-TGTGGA
gi|32 : ATAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGTTA--GTG--A-G-GT----AGC-------CAAGCAG----ACACATCAATCAGAGCGAGTGATGCC
gi|33 : TATAA--TAACTC-A-CCAA-ACTCGGTAA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAATTAC----ACAGATCAATCGGAGCTGGTGATG
gi|34 : GCTATAA--TAACTA-A-CC-A-AATCGGTAA--GTA--A-T-GT----G-------------------------CCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGG
gi|35 : gg-AATTGGTTA--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGCAC----AAAGATCAATCGGAGCTAGTGACATAA-TC-TTGGGcg
gi|36 : tatATAT--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTCA--GTG--G-G-TT----GTTTAAGCAGTAAGCAC----ACAGATCAACCGGAGg
gi|37 : GCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----CCAGATCAATCACAGCTt
gi|38 : A-AATTAGTTG--ATGTCA-TTGT----GTA-------TTAGCAC----ACAGATCAAACAGAGCTAGTGATGTCA-TC-TGga
gi|39 : ACAA--TAAC-------AA-AATCAGCAA--ATG--A-G-GT----GTT-------CAAGTAT----ACAGATTTATCGGAGCTAGTGAa
gi|4 : tgCGCCATAA--TATCTA-A-CCCA-AATCG-TTA--GTG--A-T-CT----GTT-------TCAGCAA----GCAGACCACTAGGAGTTGGTTACGTAA-TA-CGGGGAA
gi|40 : ccgCGCTGTAA--TAACTA-A-CCAA-AATCG---------------------GTC-------TGAGCGC----AGATATCAATCGGAGCTGGc
gi|41 : g----GTG-------TAA--AC----CCAGATCAATCGGATCTGGTGACGTCA-TA-TTGGAAAAgaaac
gi|42 : tgtgtgtggTCGGTTA--GTT--A-G-TT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCAATCGAAGCTAGTGCCGTCA-TC-cgca
gi|43 : AA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATTA--GCG--A-G-GT----GTC-------CAAGCAC----GCAGATTAATCGGAGtg
gi|44 : --A-T-GT----GTT-------TAAGCCA----ACAGATCAAACGGAGCTGGTGACGTCA-TC-TGGGGAA
gi|46 : aatCGGTATAA--AATCTA-A-CCAA-AA---ATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----ACA
gi|47 : gGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|48 : agtAATTGGAGCTAGTGATGTCA-TCTTGGGGAAcacatt
gi|5 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-AT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAACCGAAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAAc
gi|6 : ATAA--TATCTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--TTG--A-T-GT----GTC-------TGAGCAC----ACGGAACAATTGGAGTAAGTGACAATA-AC-TGGGGGAA
gi|7 : tgcTATAT--TATTTA-G-CCAA-AATCGGCTAAAGTG--A-G-GT----GTC-------TTAGCAC----ACAGATCAGTCGGAGCCGGTGATGTCATTC-TTGGGAAt
gi|8 : CGCTATAA--TAACTA-A-TCAA-AATCTGTTT--GTG--A-T-GT----ATT-------TAAGCAC----GAAGATAAATCAGAGCTAATGACGTCA-GC-TGGGGc
gi|9 : gCGCTAAAA--TAACTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--ATG--A-C-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAAATCAAGCAAAGCGAGCGACTTAA-TC-TAGGGA
blockSeqs : AA T A CG TC TT . TAAGCAG T T T
blockSeqs : . . . AA . T . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . G . . .
blockSeqs : . . T . . .
blockSeqs : . . C . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : N** **** ****
originalCons : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
finalCons : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--AN--GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCGCTATTTCAATTAACTAAAATTGGCTAGTGATGTGTCTGAGCACAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1 22 11 333 1111 3333333 0 2222 0 0 1 1
lowQualScore : .. . . . .. .. ... .... ....... . .... . . . .
lowQualScore : 44 0 0 0 66 22 555 9999 8888888 3 8888 8 4 1 1
consensus : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
Reference ( family-2654 ) : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-N-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|1 : CGTTATAA--TTACTA-A-TTGA-AATCTGTTA--GTG--GTA-GTGCTAGTT-------TGAGAACAAATAAAAACAAAGCGCAGCTAGTGATGTCA-TC-TG
gi|10 : gTAAAA--TAACTA-AACCAA-AATTTGTTA--GTA--A-T-AC----GTG-------AAAACAC----ACATGCCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGCGG
gi|11 : taCGCTATAA--TAACTA-A-CTAATAACTAACTA--A----A-A-TT----GG---------AAACAC----ACAGATCAGTTGTGGCTAGTTATGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|12 : CGCTATAA--TAAGTG-A-CCAA-AATTAGTT-----G--A-G-GT----GTC-------CAAGTAC----ACAGATCAATCAGAGCTAGTGACGTCA-CC-TGGGGGA
gi|13 : TACAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGCTA--AAG--A-T-GT----TTC-------TAAGCAA----AAAGAT-AATCGGAGGTAGTGATGCCA-TT-TAGGG
gi|14 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AAGCTGAAA--GAA--A-G-GT----AAA-------TAAGCAC----G-----CAATCGGGGCTGGTAACGTTT-TC-AGAGGta
gi|15 : CGCCATAA--TAACTA-A-CCGA-AATTGGTTA--GTG--G-G-GT----ATC-------TAAGCAC----ACAGATCAATCGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGgca
gi|16 : CGCTATAT--TAACTT-A-ACAA-AATCGGTTA--G-A--A-T-GT----TTC-------AAACCACT---AT-TATCAAACAGAGCTAGTGACGTTA-TC-TG
gi|17 : gCGCTATGA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GCG--A-G-GT----GCA-------CAAGAAC----ACAGATCAATCAGCGCTAATGACGTCA-TC-
gi|18 : CGCTAAAA--TAACCA-A-CAAA-ATTCGTCTT--GTG--A-G-AT----GTC-------AAAGCAC----ACGTATCAATCGGAGATAGTGACGTCA-T
gi|19 : gTATGG--TAACTA-A-CCAA-AACCGGCTA--GTG--G-T-GT----ATC-------TAAGTAC----ACTGACCAATCGGGTCTATTGACGTCA-TC-AGGGt
gi|2 : CGCTATAAAATAACTATA-AAAA-AATCTGTAA--GTA--A-T-GC----GTG-------AAAGCAC----ACAGGTCAAACGGAGC
gi|20 : ccccgTAA--TAAGTA-G-CCAA-AATTGGATA--TTG--G-T-AT----GTC-------TTATCAC---------TCAAGTGGAGCAAGTGGCGTCA-AT-TGGGGGAacaacaacataacgtca
gi|21 : CTATTT--TAACTA-A-CAAA-TATCGGTTA--GTG--A-G-GT----GCC-------TGAGTAC----ACATGCCAATCGGAACTAGTGACGCCA-TC-cac
gi|22 : TAA--TAACTA-G-TAAA-AACCGGCTA--GTG--T-A-AT----GTCA------TAAA-AT----ACCGATCAACCGGAGCTAGTTATGTCA-TC-t
gi|23 : tccg--TAACTA-T-CTAA-AATCGGTTA--ATG--A-T-GT----GTC-------TAGGCAC----ACAGGTCAATCGAAGATATTGGCGTAA-TC-TGAAGGA
gi|24 : CGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATTAGTTT--GTG--A-G-GT----GTT-------TAAGCGC----ACA---C------AGCTAGTGACGTCA-TC-TGGG
gi|25 : gA-A-CCAA-AATCGGTTT--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCCAACGCAGACAGTGA
gi|26 : TATAA--TAACTA-A-CCAA-AATAAGTTG--GTG--A-T-GT----GTC-------CAAG-A-------AAAT-ATTCTGGGTCAATGACGTCttggatccaggggtg
gi|27 : cgcgtaA--TAATTA-A-TCAA-AATCAGTTA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAAGTAC----ACATATCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-
gi|28 : gAACTT-A-CAAA-AATGGGCTG--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGTAC----ACGGATCAAACGGAGCTAGTGACGTTA-TC-TGG
gi|29 : CGTTATAA--TAACTT-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-GT-----------------------------ATCAGTCGGAGATAGTGACGTCA-TC-TGCGGAAA
gi|3 : GCAATAA--TATCTA-A-CCAA-AATCGGTTACGGTG--A-T-GC----GTC-------CAAGCAC----ACAGATCAAATGGAACTAGTGACATCA-TC-
gi|30 : CGCTATGA--TAATTA-A-CCAA-AATAGTTTA--GTG--G-G-GT----GTC-------TAAG-----------------CGAAGTTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAgatctggata
gi|31 : gCGCTGTTA--TAACTA-A-CCAA-AAGCGGCTA--AT----------------------------AC----ACATATCAATCGGAGCTAATGGCGTCA-TC-TGTGGA
gi|32 : ATAA--TAACTA-A-CCAA-AATGGGTTA--GTG--A-G-GT----AGC-------CAAGCAG----ACACATCAATCAGAGCGAGTGATGCC
gi|33 : TATAA--TAACTC-A-CCAA-ACTCGGTAA--GTG--A-G-GT----GTC-------TAATTAC----ACAGATCAATCGGAGCTGGTGATG
gi|34 : GCTATAA--TAACTA-A-CC-A-AATCGGTAA--GTA--A-T-GT----G-------------------------CCAAACGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGG
gi|35 : gg-AATTGGTTA--GTG--A-T-GT----GTT-------TAAGCAC----AAAGATCAATCGGAGCTAGTGACATAA-TC-TTGGGcg
gi|36 : tatATAT--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTCA--GTG--G-G-TT----GTTTAAGCAGTAAGCAC----ACAGATCAACCGGAGg
gi|37 : GCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----CCAGATCAATCACAGCTt
gi|38 : A-AATTAGTTG--ATGTCA-TTGT----GTA-------TTAGCAC----ACAGATCAAACAGAGCTAGTGATGTCA-TC-TGga
gi|39 : ACAA--TAAC-------AA-AATCAGCAA--ATG--A-G-GT----GTT-------CAAGTAT----ACAGATTTATCGGAGCTAGTGAa
gi|4 : tgCGCCATAA--TATCTA-A-CCCA-AATCG-TTA--GTG--A-T-CT----GTT-------TCAGCAA----GCAGACCACTAGGAGTTGGTTACGTAA-TA-CGGGGAA
gi|40 : ccgCGCTGTAA--TAACTA-A-CCAA-AATCG---------------------GTC-------TGAGCGC----AGATATCAATCGGAGCTGGc
gi|41 : g----GTG-------TAA--AC----CCAGATCAATCGGATCTGGTGACGTCA-TA-TTGGAAAAgaaac
gi|42 : tgtgtgtggTCGGTTA--GTT--A-G-TT----GTC-------TAAGAAC----ACATATCAATCGAAGCTAGTGCCGTCA-TC-cgca
gi|43 : AA--TAACTA-A-CCAA-AATCGATTA--GCG--A-G-GT----GTC-------CAAGCAC----GCAGATTAATCGGAGtg
gi|44 : --A-T-GT----GTT-------TAAGCCA----ACAGATCAAACGGAGCTGGTGACGTCA-TC-TGGGGAA
gi|46 : aatCGGTATAA--AATCTA-A-CCAA-AA---ATCA--GTG--A-T-GT----GTC-------TAAGCAT----ACA
gi|47 : gGGAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAA
gi|48 : agtAATTGGAGCTAGTGATGTCA-TCTTGGGGAAcacatt
gi|5 : tCGCTATAA--TAACTA-A-CCAA-AATCGGTTA--GTG--A-G-AT----GTC-------TAAGCAC----ACAGATCAACCGAAGCTAGTGACGTCA-TC-TGGGGAAAc
gi|6 : ATAA--TATCTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--TTG--A-T-GT----GTC-------TGAGCAC----ACGGAACAATTGGAGTAAGTGACAATA-AC-TGGGGGAA
gi|7 : tgcTATAT--TATTTA-G-CCAA-AATCGGCTAAAGTG--A-G-GT----GTC-------TTAGCAC----ACAGATCAGTCGGAGCCGGTGATGTCATTC-TTGGGAAt
gi|8 : CGCTATAA--TAACTA-A-TCAA-AATCTGTTT--GTG--A-T-GT----ATT-------TAAGCAC----GAAGATAAATCAGAGCTAATGACGTCA-GC-TGGGGc
gi|9 : gCGCTAAAA--TAACTA-A-CCCA-ATTCGGTTA--ATG--A-C-GT----GTC-------TAAGCAC----ACAAATCAAGCAAAGCGAGCGACTTAA-TC-TAGGGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|45 ): GCGCTATTTCAATTAACTAAAATTGGCTAGTGATGTGTCTGAGCACAA