lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111
lowQualScore : 1 22 1 1 111 22222222222 111 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0000000000 3333 999999999
lowQualScore : 1 5 99 5 1 555 88888888888 4 4 222 888 333 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 8 6 2222222222 6 6 6 5555 6 6 444444444 6 6
lowQualScore : . . .. . . ... ........... . . ... ... ... .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . .......... . . . .... . . ......... . .
lowQualScore : 2 0 55 2 6 555 44444444444 0 7 777 555 444 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 0 0000000000 0 0 0 0000 0 0 000000000 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGAGAAGTGCTGACAA-G-ATTT-------A-CC-ATTAAAAATA---ATN--AAAGGGC-CATAACTCCACC----AAAAG-NCGATG-G-CCGGAACG--CAAC--AACA-A-N---------ATG--C----T----CA-----ACN--A-------GAC-T-TCAT------ACT-----C-TA----TAAC-A-------AGT---TTGGCCAAAATCGG---TTNAGAAGT---T-----AGGAGTAGAG-CTGACAAGAAAGTGT----T--ATG--TACATAG--ATTT-ACCATTAAAAATAA---TT-A-TTAA-AA-----GG-CCATAA--CTN-C-A--C--G--AAAAGCCGATGAACCGG-ACAA---G-A-CGAC--GAT-----NATGNACAACTGGACTTCATAA---CTGANACTCCCT-A---GCAA--GTTTG-GT--CCAAAATCGGTTGAN-AA-G-TTTAGGAG--ANG-TAGGGCT---GAC---AA---A---G----TGT-----G--A-A-GATTTA---A-C-ATTAAAAAT-A---A-T-GA-C-GGT-CAA-AA--T---TAACT------G-ACGAAAGANCAN-----CGAA-C-ATAN--ATG--TA--TGC-----GCAACTGGACTTCA-TATGAAT---ACTCCCTA-GCAAGCTTG---GT--AAAT--GTTNAAAAGTTTAGGAGGA-G-AAG--TT--G--A-GAA--AGTGCTGACA-GATTTAACCATTAAAA--ATAATGTAAAGAGCCATAACTCCG-----CANGTC-CAAT-GA----ATGCGCAA-CTA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAAGTT-----------T---AGGAGAAGTGCTGACAAAAAA-GT---GTGCCATATGGANNNNNNNNNNNNNNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGAAACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
Reference ( gi|1 ) : TAAAAGTTTAGCAGGTGAAGTGATGAGAA-G-ATTT-------A-TC-ATTAAAAACA---ATG--AAAGGGT-TATAACTCCACC----AAAAG-ACAATG-G-CCGGAATG--CAAC--AACA-A-A---------ATG--C----T----CA-----ACA--A-------AAC-T-TCAT------ACT-----TGTA----TAAG-A-------AGT---TTGGTTAAAATCAG---TTCAGAAAT---TA-AC-AGGAGTAAAG-GTGACAAGAAAATGTCACAT--ATG--TACATAA--ATTT-ATCATTAAAAATAA---TT-A-TTAA-AA-----GG-CCATAA--CTA-A-AAGT--G--AAAAGTCAATGAGCTGGTATAA---G-A-TGAC--CAT-----TATACACAATTAGACTTCACAA---CTGGTACTCTCT-A---GCAA--ATTTG-GCAGCCAAAATCAGTTGAC-AA-G-TATAGGAG--ATG-TAGGACT---AAC---AA---A---A----TGT-----G--ATA-GATTTA---A-C-ATTAAAAAT-A---A-T-GA-T-GGT-CAA-AG--T---TGATT------G-GCAAAAGAGCAT-----TGAA-C-ATAA--AT---TA--TGC-----GCAACTGGATTTTA-TATGCAT---ACTTCTTT-TCAAATTTG---GCGGAAATATGTTAAAAAGTTTAGGAAGA-G-AAGATTTCAGACAAGAA--AATG-TAACA-GATTT-ACCATTAAAA--ATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTG--AATCAGATCGCAAT-GAGAACATGCACAA-ATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT-----------T---AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTCAACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|2 : AAAGATTTGGAAGA-GAAGTGCCGACAA-G-ATT--------A-CCTATTGAAAATA---ACG--AAATGAC-CATATTTATACCTTT-GATA----AATG-GACCGAAA----CATG--AAGATA-A---------ATG--CGATAT----TAT----ACATTA-------CAC-TGTCA--------CT-----CCTA----CCAA-A---------T---TCGGCCAAA-TCGG---TTCATAAGT---------AGCAGTAGAA-TTGACAAGAAAGTTTTAAGT--ACG--TGCGAAG--ATTC-ACCAT--AAGATAA----T-A---AA-AA-----GG-TCACAA--CTT-A-A--C--A--AAAAGCCAATCCACCGTTA----------------CAT-----AATATGCAA-CAGTCTGCAT-A---CTGATATTTCCT-A---ACAC--GTT-------CTGAAATCGATTGA--AC-G-T-T-------ATC-TAGAGCT---GAC---AA---GTACG----TGT-----G--ATACAATTT
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAATGTTTAGGAGGAGCAGTGCTGAAAA-CTATTT-------A-CC-ATTAAATACA---ATA--ACAGGGC-AATAACTACACA----AAAAG-TCAATG-GACCAGAAAA--CAAC--AGCA-A-C---------AGG------------CA-----CCT--A-------GAC-T-TCAT------A----------A----TAAA-ACTCCCTTAGTAAATTGGCAAAATTTGG---TTGAAAGAT---TA-GG-AGAAGCAGAG-CTGAGAAGAAAGTG---------TG-------AG--ATTT-ACTATTAAAAATAA------A--TAA-AG-----GG-CAATAA--CT
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaataaataattaacaatccataactccaccaaaaactgatagaccgggatacatcaacaatattttcaactggactatatgattgtatgtttggccaaaacctgttgcAAAGTTTAGGAG---AAGTGCTGACAA---ATTT-------AACC-ATTAAAAATA---ATG--TAAGAGC-CATAACTGCAGA----AAAAG-CTGAT-------GAATGTACAAG--AGCA---------------G--C----T----CA-----ATA--ctgccaacacatgtctatggacaatatgtgcaactggactttataatact
gi|5 : gcagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaagaagcactgacaagatttacaaaagatctataaaaagatctataaaaagatctataactttacaaaaattcaatagatgaaaagcaccaacaatacttgtatgtacagctggacttcattctgaaactccttaacatgcttggttacAAAGTTTAGGAG---AAGTGCTGACAA---ATTT-------AACC-ATTAAAAATA---ATG--TAAGAGC-CATAACTGCAGA----AAAAG-CTGAT-------GAATGTACAAG--AGCA---------------G--C----T----CA-----A
gi|10 : cagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaagaagcactgacaagatttacaaaagatctataaaaagatctataaaaagatctataactttacaaaaattcaatagatgaaaagcaccaacaatacttgtatgtacagctggacttcattctgaaactccttaacatgcttggttacAGGAGTAGTGCTGACAGTG-ATT--------A-CT-ATAAGAAATA---ATC--AAAG------------TACC----AAAGGCAGATTG-A-CCGAAACG--CTACCAAACT-A-T---------ACGT-C----T----TA--------------------C-T-T-AT------ACT-----CGT-----CGAC-A-------AAT---TTGGGCAAACTCGG---T----AAGG---TA-AGGAGGAATAA-G-GTGACAAGAAAATGTGACAC--ACC--TATATAA--GTTA-ATCATCAAAAG-------T-A-TTTA-AT-----GG-TCATGA--TTACATAAGTACG--AAAt
gi|6 : AGGAGTAATGCTGACAA-G-GTGT-------A-AA-ATTAG---CA---TTGTCAAAGGGC-CATAACTCCGCCACTGAAAAG-GCACTGAG-CCGAAATG--CAAC--GTCA-A-ACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACA--ATACTAACAAC-C-CCAT------ACCGTCAGTCTC----TAGT-A-------GGT---TTGGCTGGAATCGG---TTCAGAA----------------TAAAGAGTG---------TGTC---T---TGCCTGCATGG--AGTT-ATCAT--AAAATAA---T
gi|8 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattggGAAGTGTTCATAA---ATTT-------A-TC-ATTAAAAATA---ATC--AAAGGGC-TATAAATCTGCC--------G-ACA--G-A-CTGGAACA--AAAC--AATG-A-C---------ATG--T----T----TA-----ACT--A-------GAC-T----T------ACC-------CA----TAGC-A-------ATG---TTAGCCAAAAACAG---TTGAAAAGT---TA----AGGAGTAGAG-------AGA----GTT-------TG---ACATAG--ATTT-AGAATAAAAAATAAAATTC-T-TTGA-AATGGTGGG-GCATAA--ATA-T-AAGT--
gi|4 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaaGAAGCACTGACAA-G-ATTTACAAAAGA-TC-TATAAAAAGATCTATA--AAAAGATCTATAACTTTACA----AAAAT-TCAATA-G-ATGAAAAG--CACC--AACA-ATACTTGT----ATG--T----A----CA-----GCT--G-------GAC-T-TCATTCTGAAACT-----CCT-----TAAC-A-------TGC---TTGGTTACAA--AG---TTTAGG------------AGAAGT---G-CTGACAA-----------------------------ATTTAACCATTAAAAATAA---T----GTAA-GA------G-CCATAA--CTG-C-AG----A--AAAAGCTGATGAAT--GTACAA---G-A-
gi|5 : gcagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaaGAAGCACTGACAA-G-ATTTACAAAAGA-TC-TATAAAAAGATCTATA--AAAAGATCTATAACTTTACA----AAAAT-TCAATA-G-ATGAAAAG--CACC--AACA-ATACTTGT----ATG--T----A----CA-----GCT--G-------GAC-T-TCATTCTGAAACT-----CCT-----TAAC-A-------TGC---TTGGTTACAA--AG---TTTAGG------------AGAAGT---G-CTGACAA-----------------------------ATTTAACCATTAAAAATAA---T----GTAA-GA------G-CCATAA--CTG-C-AG----A--AAAAGCTGATGAAT--GTACAA---G-A-gcagctcaata
gi|11 : cagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaaAGTA-G-ATTT-------A-CC-ACTAAATATA---ATT--GATGGTT-TAT--CTC------------G-A--ATG-A-TCAGAAC-----AT--GAGG-A-T---------TTG--C----G----CA-----ACA--A-------GACAC-TGAC------ACT------GCC----TACC-A-------AGT---TCGGTCCAAATCAG---TTGAGAAGT---TATGG-AGGAGTAAGG-CTACCAAGGGAGTG---------TG--T---CAA--ATTT-AATATTAAAAAgcagctcaat
gi|9 : gacaagtaagtgggacatacatAAAATTA---ATT--AAAGGGA-CACAACTCTGCC----ACAAG-TCAATG-A-C-----------AC--AACT-A-C---------AT--------T----TA-----G-------------AC-T-TCAT------ACT-----TATACTCCCGAGCA-------AGT---TTGGTCAAAAC------TTTGGG------------AGGAGTAGAG-CTGACAAGAAAGTGTGCCAT--ATG--GACAatgat
gi|3 : ATAACTCCACC----AAAAA-CTGATA-GACCGGGATA--CATC--AACA-A-T---------ATT--T----T----CA-----ACT--G-------GAC-T-ATAT------GAT-----TGTA----T-------------GT---TTGGCCAAAACCTG---TT--GCAATGTTTA-GG-AGGAGCAGTG-CTGA----AAACT-----------------------ATTT-ACCATTAAATACAA---T------AACAG-----GG-CAATAA--CTA-C-A--C--A--AAAAGTCAATGGACCAG---AA---A-A-CAACAGCA-------ACAGGCACCTAGACTTCATAA----TAAAACTCCCTTA---GTAA--ATT-G-GCA---AAATTTGGTTGA--AA-G-ATTAGGAG--AAG-CAGAGCTGAGAAG---AA---A---G----TGT-----G--A---GATTTA---C-T-ATTAAAAATAA---A-T-AA-A-GGG-CAATAA--C---T--CT------G-CCAACA---CATGTCTATGGA-C-A-A--------TA--TGT-----GCAACTGGACTTTA-TA---AT---ACTagggcaattctttatgcattatacacataatggaccaacaactgtgtatacaaatccaaatctaatgtacacgcataatcttcaataaatatg
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaataaataattaacaatccAC-T-TCAT------ACT-----T-T-----TAAT-A-------AGT---TTGGTCAAAAGCAG---TTGAGA------------AGAAGCA----CTGACAAG--------------ATT--TACAAAAG-ATCT-A----TAAAAAGAT---CT-A-TAAA-AA-----GATCTATAA--CTT-T-A--C--A--AAAATTCAAT-AGATG--AAAA---GCACCAAC--AATACTTGTATGTACAGCTGGACTTCAT-T---CTGAAACTCCTT-A---ACAT--GCTTG--------------GTT-ACAAA-G-TTTAGGAG--A----AGTGCT---GAC---AA----------------------------ATTTA---ACC-ATTAAAAAT-A---A-T-G
gi|5 : gcagaatgagatgatgataagagaaactggAC-T-TCAT------ACT-----T-T-----TAAT-A-------AGT---TTGGTCAAAAGCAG---TTGAGA------------AGAAGCA----CTGACAAG--------------ATT--TACAAAAG-ATCT-A----TAAAAAGAT---CT-A-TAAA-AA-----GATCTATAA--CTT-T-A--C--A--AAAATTCAAT-AGATG--AAAA---GCACCAAC--AATACTTGTATGTACAGCTGGACTTCAT-T---CTGAAACTCCTT-A---ACAT--GCTTG--------------GTT-ACAAA-G-TTTAGGAG--A----AGTGCT---GAC---AA----------------------------ATTTA---ACC-ATTAAAAAT-A---A-T-Gtaagagccataactgcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaata
gi|13 : cagaatgagatgatgataagagaaactgg-------AGT---TTGGCTAAAATCAGAAATTCAGAA------------GAAGTGAAG-CTCACAAGAAAGTGTGACAT--ATA--TGTTTAAAGATTT-GCCATTGAtaagagccataactgcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaat
gi|12 : tGT---ATAGCCAAAATGAG---TTAAGAAGT---TTTGG-AGGAATATAG-GTGACATAAAAGTGTGACATACATG--TATATAC--AT
gi|11 : caattgaactcggcaaaaactggaactccatagcaagtatctGACAAGTAAGTGGGACAT--ACA--TA-GTAG--ATTT-ACCACTAAATATAA---TTGA-T-----------GG-TT-TAT--CTC-G-AA-T--G--A----TCA--GAAC-------------A-TGAG--GAT-----T-TGCGCAACAAGAC------A---CTGACACTGCCT-A---CCAA--GTTCG-GT--CCAAA-TCAGTTGAG-AA-GTTAT-GGAG--GAG-TAAGGCT---ACC---AAGGGA---G----TGT-----G--TCA-AATTTA---A-T-ATTAAAA---A---A-T-GA-T-agataagtgatg
gi|8 : TG--TTCATAA--ATTT-ATCATTAAAAATA-------A-TCAA-AG-----GG-CTATAAATCT-----------------GCCGACAGACTGGAACAAAACA-A-TGAC-----------ATGTTTAACTAGACTT-AC-------------CCAT-A---GCAA-----TG-TTAGCCAAAAACAGTTGAA-AA-G-TTAAGGA-----G-TAG--------AG---AG---A---G----TTT-----GACATA-GATTTA---G-A-ATAAAAAAT-A---A-
gi|3 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaagaagAAAAATAA---AT-AATTAA-CA-----AT-CCATAA--CTC-C-A--C--C--AAAAACTGATAGACCGGGATA--------------CAT-----CA---ACAAT---ATTTT-CAA---CTGG-ACTATAT-GATTGTAT--GTTTG-GC---CAAAACCTGTTG-C-AATG-TTTAGGAG--GAG-CAGTGCT---GA----AA---A---C----T---------------ATTTA---C-C-ATTAAATAC-A---A-T-AA-CAGGG-CAA---------TAACT------ACACAAAAAGTCAA-----TGGACC-AGAA--AA---CAACAGCAACAGGCACCTAGACTTCA-TA---ATAAAACTCCCTTAGTAAA-TTG---GC-AAAATTTGGTTGAAAGATTAGGAGAA-G-CAGAGCT--GAGAAGAA--AGTG-TG--A-GATTT-ACTATTAAAA--ATAA-ATAAAGGGCAATAACTCTGCCAA-CACATGTCTATGGACAATATGTGCAA-CT------GGACTTTATaattctttgaaatggtggggcataaatataagt
gi|9 : tgaaaagtttaggAA---TT-AATTAA-AG-----GG-ACACAA--CTC------T--GCCACAAGTCAATGA-C-----------------AC--AAC-----TA----CATTTAGACTTCAT-A---CTTATACTCCCG-A---GCAA--GTTTG----GTCAAAACT--TTG------------GGAG--GAG-TAGAGCT---GACAAGAA---A---G----TGT-----G--aatact
gi|14 : aa--AGAAGTTAATAGACCGGAACAA-------TGAC-----------ATGCACATCTGGGCTTCACA----CAGATACTCCCT-A---GCAA--GTTTG-ccatatggacaagggcaattctttatgcattatacacataatggaccaacaactgtgtatacaaatccaaatctaatgtacacgcataatcttcaataaatatg
gi|4 : tctgccATGA---G-A-TGAT--GAT-----AAGAGA-AACTGGACTTCA----------TACTTT-T-A---ATAA--GTTTG-GT---CAAAAGCAGTTGAG-AA-G----AAGCA--CTGACAAGATT---TAC---AA---A---AGATCTATA----A--AAA-GATCTA---------TAAAAAG-ATCTA-T-AA-C-TTTACAA-AAATT---CAATA------G-ATGAAA-AGCAC-----C-AA-CAATAC--TTG--TA--TGT-----ACAGCTGGACTTCATTCTGAA----ACTCCTTA-ACATGCTTG-------------GTTACAAAGTTTAG---GA-G-AAG------------------TGCTGACA-AATTTAACCATTAAAA--ATAATGTA-AGAGCCATAACT
gi|5 : gcagaATGA---G-A-TGAT--GAT-----AAGAGA-AACTGGACTTCA----------TACTTT-T-A---ATAA--GTTTG-GT---CAAAAGCAGTTGAG-AA-G----AAGCA--CTGACAAGATT---TAC---AA---A---AGATCTATA----A--AAA-GATCTA---------TAAAAAG-ATCTA-T-AA-C-TTTACAA-AAATT---CAATA------G-ATGAAA-AGCAC-----C-AA-CAATAC--TTG--TA--TGT-----ACAGCTGGACTTCATTCTGAA----ACTCCTTA-ACATGCTTG-------------GTTACAAAGTTTAG---GA-G-AAG------------------TGCTGACA-AATTTAACCATTAAAA--ATAATGTA-AGAGCCATAACTgcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaata
gi|12 : cagaCAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCAT-A---GCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAGTTAAG-AA-G-TTTTGGAGGAATA-TAGG--T---GACATAAA---A---G----TGT-----GACATA-CATGTATATA-C-AT---AGAT-A---AGT-GA-T-Ggcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaat
gi|7 : AATTTGACTTCATA----CTGATACTCCGT-A---ACAA--ATGTG-GC---CAAATTCAATTAA--AA-A-TTTAGTTA--AT--TAG-------------AA---G---G----TGTCCTGCG--A-A-TATTAA---A-CCAT--AATAT-A---A-T-GACT-GGT-AGA-GG--GCCATAACTTCTCTAG-GCCACAGCACAA-----TGAC-A-ATTT--ATGCATA--TGC-----GCAACTAGATTTTA-TATGGAT---ACTTGGTA-GCAAGTTTGTGTGTG---ATAGGTTTATAAGTTAAAGAGGA-A-TAGTCTT--GATATGAA--AGTG-TTGCA-GGT
gi|11 : tGAC-AA-G-TA--------A-G-TGGGACA---TAC---A---------------T-----A--GTA-GATTTA---C-C-ACTAAATAT-A---A-TTGA-T-GGT---------T---TATCT---------CGAATGATCA-------GAA-C-ATGAGGAT---T---TGC-----GCAACAAGAC---A-C-TG-AC---ACTGCCTA-CCAAGTTCG---GTCCAAATCAGTTGAGAAGTTATGGAGGA-GTAAGGCTAC---CAAGGG--AGTG-TGTCA-AATTT-AATATTAAAA--A
gi|2 : AATAAGTTTAGAAGTTTAGGAGGATG------TTTAGT--GGAAGCAATGCTTACACGATTT-ACAATTAAACTTATAA-A---AGAACCATAACTCCG----CCAG-TCATAAT-------ATACCCAACATA-----A--CTTCATGCT-----------GTAAatgat
gi|9 : AAAA--TTAA-TTAAAGGGACACAACTCTG--CCACAAGTC--AAT-GA-------CACAA-CTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGActcccaagcaagttttgccaatgttgcaaagatttggaagagaagtgccgacaagattacctattgaaaataacgaaatgaccatatttatacctttgataaatggaccgaaacatgaagataaatgcgatattatacattacactgtcactcctaccaaattcggccaaatcggttcataagtagcagtagaattgacaagaaagttttaagtacgtgcgaagattcaccataagataataaaaaggtcacaacttaacaaaaagccaatccaccgttacataatatgcaacagtctgcatactgatatttcctaacacgttctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|4 : GTT-----------ACAAAGTT-----------T---AGGAGAAGTGCTGACAAAcaagggcaattctttatgcattatacacataatggaccaacaactgtgtatacaaatccaaatctaatgtacacgcataatcttcaataaatatg
gi|5 : gcagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaagaagcactgacaagatttacaaaagatctataaaaagatctataaaaagatctataactttacaaaaattcaatagatgaaaagcaccaacaatacttgtatgtacagctggacttcattctgaaactccttaacatgcttgGTT-----------ACAAAGTT-----------T---AGGAGAAGTGCTGACAAAtttaaccattaaaaataatgtaagagccataactgcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaata
gi|15 : cagaatgagatgatgataagagaaactggacttcatacttttaataagtttggtcaaaagcagttgagaagaagcactgacaagatttacaaaagatctataaaaagatctataaaaagatctataactttacaaaaattcaatagatgaaaagcaccaacaatacttgtatgtacagctggacttcattctgaaactccttaacatgcttgACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGAAACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGtttaaccattaaaaataatgtaagagccataactgcagaaaaagctgatgaatgtacaagagcagctcaat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGAGCTGACAAAAAAGTGTGAGATTTCCCACTGAAAATAAATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111 1111111111111111111 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44444444444444444444 6666666666666666666666666666666 222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222222222 22222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 777777777777777 33333333333333333333333 1111 0000000000000000000 22222 55555 5555555555555555555555555555 1 3333 333333 1 111111111111111 33333 333
lowQualScore : 666666666 111 6 7 77 0 0 1 00 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11111111111111111111 1 7 0 1 5555555555555555555555555555555 3 5 333333333 666 33333333333333333333333333333333333333333333333333 33 66666666666 6666 777777777777777777777777777 1 3 3 0 3 1 44444444 4 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 00 7 4 4 4 999999999999999 44 00000000000000000000000 6 3 7 6666 1 2222222222222222222 44444 6 2 00000 8888888888888888888888888888 1 9999 666666 5 555555555555555 7 6 33333 4 555 2 4
lowQualScore : ......... ... . . .. . . . .. ............................................................................................................................. . .................... . . . . ............................... . . ......... ... .................................................. .. ........... .... ........................... . . . . . . ........ . . ................................................................................................................................................................ . .. . . . . ............... .. ....................... . . . .... . ................... ..... . . ..... ............................ . .... ...... . ............... . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 3 77 1 5 0 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 77777777777777777777 2 4 4 2 8888888888888888888888888888888 6 8 555555555 333 66666666666666666666666666666666666666666666666666 88 66666666666 5555 000000000000000000000000000 2 6 6 4 6 7 77777777 0 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 55 3 6 6 0 555555555555555 00 55555555555555555555555 5 2 3 2222 2 5555555555555555555 55555 0 5 00000 0000000000000000000000000000 5 0000 000000 0 000000000000000 3 7 33333 0 000 5 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGAT-G-G-C-CGGAACGCGA---C--AA---CAATATG-C----TCA---ACTAG---------------------ACT-TCAT-AC------TC-TA--T----A-------GCAAGTTTGGCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGTGT------TACG--TAC----AT----AG---ATTTACC-ATTAAAAATA--ATT-AT-AA-ANGGCCATAACTA---CA--C----GAAA--------AGTCAA--TG-GACCGG-ACGAGATGACGAT-NATGCGC---AACT---GGAC------------TT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAGTTT-GGAG--ANGTAGGGCTGAC---AA---G--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-A-AA--TTAACT-GGCGAAAGAG--C--ANCGAACA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCAT-ATGAATACTTCTTAACANGCTTG---GT--GA--A-GTTANAAAGTTTAGGAGGAG-AG--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGNAGNAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCACC----AAAAGNCGAT-G-G-C-CGGAACGCAA---C--AA---CAANATG-C----TCA---ACNAG---------------------ACT-TCAT-AC------TC-TA--T----A-------ACAAGTTTGGCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGTGT------TATG--TAC----AT----AG---ATTTACC-ATTAAAAATA--ATT-ATTAA-AAGGCCATAACTN---CA--C----GAAA--------AGCCGA--TG-AACCGG-ACAAGACGACGAT-NATGNAC---AACT---GGAC------------TT--CATAA-CTGANACTCCCT-AGCAAGT-TTGGT----CCAAAATC-GGTTGANAAGTTTAGGAG--ANGTAGGGCTGAC---AA---A--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-A-AA--TTAACT-GACGAAAGAN--C--ANCGAACA-TANATG--TATGCGCAACTGGACTTCAT-ATGAATACTCCCTAGCAAGCTTG---GT--AA--ATGTTNAAAAGTTTAGGAGGAGAAG--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCCG---C-----ANGTC-CAATGA----ATGCGCAACTA-----AGACTTCATGCT-----------GCAA-----------AGTTTAGGAGAAGT---GCTGACAAAAAA-GT---GTGCCATATGGANNNNNNNNNNNNNNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAAT-G-G-C-CGGAATGCAA---C--AA---CAAAATG-C----TCA---ACAAA---------------------ACT-TCAT-AC------TTGTA--T----A-------AGAAGTTTGGTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAATGTCACA--TATG--TAC----AT----AA---ATTTATC-ATTAAAAATA--ATT-ATTAA-AAGGCCATAACTA---AAAGT----GAAA--------AGTCAA--TG-AGCTGGTATAAGATGACCAT-TATACAC---AATT---AGAC------------TT--CACAA-CTGGTACTCTCT-AGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAATC-AGTTGACAAGTATAGGAG--ATGTAGGACTAAC---AA---A--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAT--------GGT-CA-A-AG--TTGATT-GGCAAAAGAG--C--ATTGAACA-TAAAT---TATGCGCAACTGGATTTTAT-ATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGGAAATATGTTAAAAAGTTTAGGAAGAGAAGA-TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATC-----AGATCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAA-----------ATTTTAGGAGTAGA---GCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGATT-ACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----------TACC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTA---CCAAA---CTATACGTC----TTA------------------------------CT-T-AT-AC------TC-GT--C----G-------ACAAATTTGGGCAAACTCGG---T-AAGGTAAG-G-----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAATGT------GACA--CACCTATAT----AA---GTTAATC-ATCAAAAG------T-ATTTA-ATGGTCATGATTA---CA--
gi|11 : GACAAGTAAGTGG------GACA--TAC----AT----AGTAGATTTACC-ACTAAATATA--ATTGAT------GGTT-TATCT--------C----GAA-----------------TG-ATCAGA-ACA---TGAGGAT-T-TGCGC---AACA---AGAC--------------------A-CTGACACTGCCT-ACCAAGT-TCGGT----CC-AAATC-AGTTGAGAAGTTATGGAG--GAGTAAGGCTACC---AAGGGA--------------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA--A---A-T--GAtaagtacgaaa
gi|12 : C---AATT---GAAC------------TCGGCAAAAACTGGAACTCCAT-AGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATG-AGTTAAGAAGTTTTGGAGGAATATAGG--TGACATAAA---A--------------GTGT-----G---A-t
gi|13 : AGTTTGGCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGTGTGACATATATG--TTT----AA----AG---ATTTGCC-ATTGAcatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|14 : tAGA--------AGTTAA--TA-GACCGG-A----ACAATGA--CATGCAC---ATCT---GGGC------------TT--CACA--CAGATACTCCCT-AGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGTG---------TG---------------AG---ATTTCCC-ACTGAAAATA--AAT-Aagat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATT-AAACTTATAAAAGAACCATAACTCCGCC-------AGTC---------------------------A---TAATATA-C----CCA---ACATA---------------------ACT-TCAT-GC------TG-TAACTCCCAA-------GCAAGTTTTGCC--AAT--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGTGC------CG-----AC----A-----AG---A-TTACCTATTGAAAATA------ACGAA-ATGACCATATTTA---TA--CCTTTGATA--------A----A--TG-GACCGA---AACATGAAGATAAATGCGA---TATT---ATAC------------AT--TAC-A-CTGTCACT-CCT-ACCAAAT-TCGGC----C--AAATC-GGTTCATAAGT-----AG--CAGTAGAATTGAC---AA---GAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGATA---A-TAAAAA--------GGT-CACA-AC--TTAAC------AAAAAG--CCAATCCACCGTTACATA---ATATGCAAC-AGTCTGCAT-ACTGATATTTCCTAACAa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----AT-G-GAC-CGAAACATGA---A--GA---TAA-ATG-CGATATTATACATTAC---------------------ACTGTCA---C------TC-C---T----A-------CCAAATTCGGCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTT------TAAG--TAC----GTGCGAAG---ATTCACC-AT--AAGATA--A-T-A--AA-AAGGTCACAACTT---AA--C----AAAA--------AGCCAA--TC-CACCG--------TTAC-AT-AATATGC---AAC----AGTC------------TG--CAT-A-CTGATATTTCCT-AACACGT-----T----CTGAAATC-GATTGA-ACGTT--------ATCTAGAGCTGAC---AA---GTAC-----------GTGT-----G---A-cgttctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGAT-A-GAC-CGGGATACAT---C--AA---CAATATT-T----TCA---ACTGG---------------------ACT-ATATGAT------TG-TA--T----------------GTTTGGCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT--------------------------------ATTTACC-ATTAAATACA--AT-----AACAGGGCAATAACTA---CA--C----AAAA--------AGTCAA--TG-GACCAG-A--AAACAACAGC-AACAGGC---ACCT---AGAC------------TT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGA-AAGATTAGGAG--AAGCAGAGCTGAG---AAGAAA--------------GTGT-----G---A--GATTTA-----CT-AT---TAAAAATA---AAT--AAA--------GGG-CA-ATAA--CT--CT-GCCAACACATGTC--TATGGACA------A--TATGTGCAACTGGACTTTAT----AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatGA-ATGAGATGATGAT-AA-GAGA---AACT---GGAC------------TT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG----------AAGCA---CTGAC---AA---G--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-A-AAATTCAATA-GATGAAA-AG--C--ACC-AACAATACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG---GT----------TACAAAGTTTAGGAG-----------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAACT--G---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcaGA-ATGAGATGATGAT-AA-GAGA---AACT---GGAC------------TT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG----------AAGCA---CTGAC---AA---G--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-A-AAATTCAATA-GATGAAA-AG--C--ACC-AACAATACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG---GT----------TACAAAGTTTAGGAG-----------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAACT--G---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : caTAACTCCACT----ATTAGTCGAT-G-G-AGCAGATCGTGT---T--AA---TACTATG------------AGCAG---------------------ATT-G----AC------TT-TA--T----A--------CATGTACGTC--AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GTGT-----------------------------------------AAAATTAGCATT-GTCAA-AGGGCCATAACTCCGCCA--CT---GAAAAGGCACTGAGCCGAAATGCAAC--G-TCAAACTCAGGAT-TATGAACTAGAACACGAGGACAATACTAACAACCC--CATA--CCGTCAGTCTCT-AGTAGGT-TTGG-----CTGGAATC-GGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCACT-GAG-C-CGAAATGCAACGTC--AAACTCAGGATT-A----TGA---ACTAGAACACGAGGACAATACTAACAACC-CCAT-ACCGTCAGTC-TC--T----A-------GTAGGTTTGGCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GTGT------CTTGCCTGC----AT----GG---AGTTATC-AT--AAAATA--ATtaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagatt---AATT---TGAC------------TT--CATA--CTGATACTCCGT-AACAAAT-GTGG-----CCAAATTC-AATTAAAAA-TTTAGTTA--AT-TAG----------AA---G--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATATA---A-T--GACTGGTAGAGGGC-CATA-AC--TTCTCTAGGCCACAGCA--C--AATGACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTAT-ATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGT--GAT-AGGTTTATAAGTTAAAGAGGAATAGTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAA---C--AA---TGACATG-T----TTA---ACTAG---------------------ACT----T-AC-------C-CA--T----A-------GCAATGTTAGCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAGAG------AGA----GT------T-TG---AC----AT----AG---ATTTAGA-ATAAAAAATA--A
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAATTAAAGGGACACAACTCTGCC----ACAAGTCAAT-G-A-C----------A---C--AA---CTACAT--------------TTAG---------------------ACT-TCAT-AC------T--TA--T----ACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACT-----TTGGG--A----------GGAGTAGAGCTGACAAGAAAGTGTGCCA--TATG--GAC----Aaattctttgaaatggtggggcataaatataagt
gi|9 : AAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CCAC--AAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagggcaattctttatgcattatacacataatggaccaacaactgtgtatacaaatccaaatctaatgtacacgcataatcttcaataaatatg
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 555555555555555555555555555 11111 555555555555 2222222222 3333333333333333333333333 2222222 11 33333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 66666666666666666 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 8888 0 1 7777 55555 0000000 9999 0 1 555555555555555555555555555 555 3 9999 00000 222222222222 5 1 1 77 0000000000 0 8888888888888888888888888 77 2 88 0 44 55 3333333 11 0 3 3 33333333 4 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 7 7 1 99999999999999999 44 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 1 1 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . .................................................................................................................. .. .... . . .... ..... ....... .... . . ........................... ... . .... ..... ............ . . . .. .......... . ......................... .. . .. . .. .. ....... .. . . . ........ . . ................................................................................................................................................................. . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . . . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 5555 7 4 8888 99999 9999999 2222 4 2 888888888888888888888888888 888 6 5555 00000 000000000000 0 0 4 99 1111111111 1 9999999999999999999999999 66 6 00 1 11 00 3333333 88 4 6 3 99999999 0 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 2 3 0 00000000000000000 22 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 0 0 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT-AC------TC-CA--T----AGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGTG--T-AC----GTAC----AT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAATT-----A----AA-ANGGCCATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG-A--AGATGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG-T-T--GGAG--AAGTAGGGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT-GGCGAAAGAGC--ANC-AACA-TA--CATG-----TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGA-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT-AC------TC-TA--T----AGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGTG--TTAC----GTAC----AT------AG---ATTTACC-ATTA--AAA-----ATAATT-----A-T--AA-ANGGCCATAA--CTACA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG-ACGAGATGACGATNA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG-T-T-TGGAG--ANGTAGGGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAA--TTAACT-GGCGAAAGAGC--ANCGAACA-TA--CATG-----TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGCTTG---GTGA-A-----G--TTANAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGNAGNAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT-AC------TTGTA--T----AAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAATG--TCACATATGTAC----AT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAATT-----ATT--AA-AAGGCCATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGATGACCATTA-TACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTC-TAGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAA-TCAGTTGACAAG-TAT-AGGAG--ATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGATT-GGCAAAAGAGC--ATTGAACA-TA--AAT------TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT-AC------TC-GT--C----GACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG----TAAGGTAAG--G----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAATG--TGAC----ACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTATTT-----------A-ATGGTCATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGTG--GGAC----ATAC----AT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAATT-----G-------ATGGTT-TAT--CT-----C----GAATGATCA------------------GA-AC---ATGAGGATT--TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCC-TACCAAGT-TCGGT----CC-AAA-TCAGTTGAGAAG-T-TATGGAG--GAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA---A---AT--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCA-TAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAA-TGAGTTAAGAAGTT-T-TGGAGGAATATAGG--TGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : -AC------TC-CA--T----AGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGTG--TGAC----ATAC----AT------GT---ATATACcatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGTG--TGAC----ATAT----ATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Aatagataagtgatg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG-AACA-ATGAC----A-TGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCC-TAGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGTG--T-------G---------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA-------A-T--AA-agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCAT-GC------TG-TAACTCCCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGTG--C--C----G-AC----A-------AG---ATT-ACCTATTG--AAA-----ATAACG-----A-----A-ATGACCATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA-A--ACATGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TACA--CTGTCACTCC--TACCAAAT-TCGGC----C--AAA-TCGGTTCATAAG-T------AG--CAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGAT-A---ATAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAAC------AAAAAGCCAATCCACCGTTA--CATA------ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTC-----TGA-A-----A--T
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA---C------TC-C---T----ACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTT--TTAA----GTAC----GTGCGA--AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-T-----A----AA-AAGGTCACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG--------TTAC-ATAA-TATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCC-TAACACGT-TCTG--------AAA-TCGATTGA-ACG-T-T--------ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-cgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATATGAT------TG-TA--T---------GT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT--------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAAT-----------AACAGGGCAATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG-A--AAACAACAGCAA-CAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA-T-T-AGGAG--AAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G-----AGATTTA-----CT-AT---TAAAAATAA---AT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCTGC-------C--AAC--ACA-TGTCTATGGACAATATGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatGA-ATGAGATGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG------------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA-GATGAAA-AGC--ACC-AACAATA--CTTG-----TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcaGA-ATGAGATGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG------------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA-GATGAAA-AGC--ACC-AACAATA--CTTG-----TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : caTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT-AC----------A--T-----GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GTG--T-----------------------AA---AATTAGC-ATTGTCAAAGGGCCATAACTCCGCCA-CTGAA-AAGGCACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG-A--ACACGAGGACAA-TAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTC-TAGTAGGT-TTGG-----CTGGAA-TCGGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT-ACCGTCAGTC-TC--T----AGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GTGTCTTGC----CTGC----AT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAATtaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCG-TAACAAAT-GTGG-----CCAAAT-TCAATTAAAAA--T-T-TAGTT--AATTAG----------AAG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATAT-A---AT--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCTCTAGGCCACAGCAC--AATGACAA-TT--TATGCA---TATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T-AC-------C-CA--T----AGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT---TTG-------AC----AT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAA
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATaattctttgaaatggtggggcataaatataagt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5555555555555555555555555555555 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 2222222 11 33333333 33333333333 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 99999999999999999 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 7 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 0 1 7777777777 0000000 9999 0 1 9999999999999999999999999999999 555 2 2 3 0000 3 99999 8888888888888888888 0 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 99 77 88 0 44 55 3333333 11 0 3 3 33333333 4 3 99999999999 555 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 7 1 00000000000000000 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... . . .......... ....... .... . . ............................... ... . . . .... . ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... .. .. .. . .. .. ....... .. . . . ........ . . ........... ... ... ..................................................................................................................................... . .. . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 3 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 7 4 1111111111 9999999 2222 4 2 2222222222222222222222222222222 888 6 3 3 2222 3 11111 2222222222222222222 1 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 11 66 00 1 11 00 3333333 88 4 6 3 99999999 0 2 00000000000 888 888 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 55 3 0 00000000000000000 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGAT-G-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--A-AA-----ATAA------TT--------G--AAANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AA-NATGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT-GGCGAAAGAGCANC-AA--CAA---TA--CGTG-----TATGCGCAACTGGACTTCAT-ATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGAT-G-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--A-AA-----ATAA------TT--------A--AAANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AA-GATGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGGGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT-GGCGAAAGAGCANC-AA--CA----TA--CATG-----TATGCGCAACTGGACTTCAT-ATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGA-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAAT-G-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--A-AA-----ATAA------TT--------ATTAAAAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAA-GATGACCATTA-TACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTC-TAGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAA-TCAGTTGACAAG--TA-TAGGAGATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGATT-GGCAAAAGAGCATTGAA--CA----TA--AAT------TATGCGCAACTGGATTTTAT-ATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGATT-ACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----TA-------------------CT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG---T-AAGGTAAG-G-----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--A-AA-----GTAT------TT------------AATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--A-AT-----ATAA------TT--------G--A--TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AA-CATGAGGATT--TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCC-TACCAAGT-TCGGT----CC-AAA-TCAGTTGAGAAG--TTAT-GGAGGAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA---A---AT--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCA-TAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAA-TGAGTTAAGAAGTTT--T-GGAGGAATATAGGTGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-ATAG--ATAA-----GTGA------Tcatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--A-g
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC----A-TGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCC-TAGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--A-AA-----ATAA------AT--------A--Aagat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGT-----G-----C------CG-ACA-------AG---ATT-ACCTATTG--A-AA-----ATAA------C---------G--AAATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AA-CATGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TACA--CTGTCACTCC--TACCAAAT-TCGGC----C--AAA-TCGGTTCATAAG--T------AGCAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGAT-A---ATAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAAC------AAAAAGC--C-AATCCACCGTTA--CATA------ATATGCAAC-AGTCTGCAT-ACTGATATTTCCTAACACGTT
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----AT-G-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----A-AG-----ATAA-------T--------A--AAAAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-ATAA-TATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCC-TAACACGT-TCTG--------AAA-TCGATTGA-ACG--T--T-----ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGAT-A-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--A-AT-----ACAA------T---------A--ACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AA-AACAACAGCAA-CAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA--T--TAGGAGAAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G-----AGATTTA-----CT-AT---TAAAAATAA---AT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCTGC-------CAAC--A--CA----TGTCTATGGACAATATGTGCAACTGGACTTTAT----AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatA-GATGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA-GATGAAA-AGCACC-AA--CAA---TA--CTTG-----TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG---G-------------TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgA-GATGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA-GATGAAA-AGCACC-AA--CAA---TA--CTTG-----TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG---G-------------TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGAT-G-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCA-AAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AAAAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AA-CACGAGGACAA-TAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTC-TAGTAGGT-TTGG-----CTGGAA-TCGGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCACT-GAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----A-AA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCG-TAACAAAT-GTGG-----CCAAAT-TCAATTAAAAAT--T--T-AGTTAATTAG----------AAG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATAT-A---AT--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCTCTAGGCCACAGCACAAT-GA--CAATT-TA--TGCA-----TATGCGCAACTAGATTTTAT-ATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--A-AA-----ATAAAATTCTTT--------G--AAATGGTGGGGCATAA--ATATA--
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5555555555555555555555555555555 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 2222222 11 33333333 33333333333 111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111 222222222 1 88888888888888888 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 0 1 7777 55555 0000000 9999 0 1 9999999999999999999999999999999 555 2 2 3 4444 99999 7777777777777777777 5 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 2 4 77 88 0 44 55 3333333 11 0 3 3 33333333 4 3 99999999999 000 777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888888888 777 3 444444444 0 3 7 7 1 99999999999999999 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... . . .... ..... ....... .... . . ............................... ... . . . .... ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... . . .. .. . .. .. ....... .. . . . ........ . . ........... ... ... ..................................................................................................... ......... ... . ......... . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 7 4 8888 99999 9999999 2222 4 2 2222222222222222222222222222222 888 6 3 3 2222 11111 8888888888888888888 0 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 6 4 66 00 1 11 00 3333333 88 4 6 3 99999999 0 2 00000000000 000 888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888888888 222 2 222222222 7 3 2 3 0 88888888888888888 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAA--CT-GGCGAAAGA-G--C--ATC-GACAA-T--ACNTGTATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCC-TAGCAAGT-TCGGT----CCAAAA-TCGGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAA--CT-GGCGAAAGA-G--C--ANC-AACAA-T--ACGTGTATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAA------TT--------ATTAA-AAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGA-TGACCATTA-TACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTC-TAGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAA-TCAGTTGACAAG--TA-TAGGAGATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAAT-A---AT--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGA--TT-GGCAAAAGA-G--C--ATTGAAC-A-T--AAAT-TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG----TAAGGTAAG--G----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTAT------TT------------A-ATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAA------TT--------G--A---TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AACA-TGAGGATT--TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCC-TACCAAGT-TCGGT----CC-AAA-TCAGTTGAGAAG--TTAT-GGAGGAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA---A---AT--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCA-TAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAA-TGAGTTAAGAAGTTT--T-GGAGGAATATAGGTGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-AT-----AG-----ATAA------GT--------G--Acatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Atg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC----A-TGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCC-TAGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA------agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGT-----G-----C------CG-ACA-------AG---ATT-ACCTATTG--AAA-----ATAA------C---------G--AA-ATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AACA-TGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TACA--CTGTCACTCC--TACCAAAT-TCGGC----C--AAA-TCGGTTCATAAG--T------AGCAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGAT-A---ATAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAA--C------AAAAA-G--CCAATC-CACCGTT--ACATA-ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTataa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-------T--------A--AA-AAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-ATAA-TATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCC-TAACACGT-TCTG--------AAA-TCGATTGA-ACG--T--T-----ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAA------T------------AACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AAAA-CAACAGCAA-CAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA--T--TAGGAGAAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G-----AGATTTA-----CT-AT---TAAAAATAA---AT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCT-GCCAACACATGTCT--ATG-GACAA---------TATGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAA--TA-GATGAAA-A-G--C--ACC-AACAA-T--ACTTGTATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT--TAATAAGT-TTGGT----C-AAAA-GCAGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACA-AAAATTCAA--TA-GATGAAA-A-G--C--ACC-AACAA-T--ACTTGTATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCAAAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AA-AAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AACA-CGAGGACAA-TAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTC-TAGTAGGT-TTGG-----CTGGAA-TCGGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCG-TAACAAAT-GTGG-----CCAAAT-TCAATTAAAAAT--T--T-AGTTAATTAGA----------AG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATAT-A---AT--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCT--CTAGGCCACAGC-A--C--AAT-GACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAAAATTCTTT--------G--AA-ATGGTGGGGCATAA--ATATA--
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5555555555555555555555555555555 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 22222222 33333333 33333333333 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2222222 1 88888888888888888 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 0 1 7777 55555 0000000 9999 0 1 9999999999999999999999999999999 555 2 2 3 4444 99999 7777777777777777777 5 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 2 4 77 4 3 0 44 55 00000000 1 3 3 0 3 3 33333333 4 3 99999999999 000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 0 6 1111111 0 3 7 7 1 99999999999999999 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... . . .... ..... ....... .... . . ............................... ... . . . .... ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... . . .. . . . .. .. ........ . . . . . . ........ . . ........... ... ... .................................................................................................... ....... . . ....... . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 7 4 8888 99999 9999999 2222 4 2 2222222222222222222222222222222 888 6 3 3 2222 11111 8888888888888888888 0 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 6 4 66 4 6 1 11 00 99999999 2 6 6 4 6 3 99999999 0 2 00000000000 000 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888 3 7 0000000 7 3 2 3 0 88888888888888888 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGAT-AATGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGAT-AATGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACNTG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAA------TT--------ATTAA-AAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGA-TGACCAT-TATACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTCT-AGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAATC-AGTTGACAAG--TA-TAGGAGATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGATT--GGCAAAAGA-GC--ATTGAACA-TAAAT---TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG----TAAGGTAAG--G----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTAT------TT------------A-ATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAA------TT--------G--A---TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AACA-TGAGGAT-T-TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCCT-ACCAAGT-TCGGT----CC-AAATC-AGTTGAGAAG--TTAT-GGAGGAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA--A---A-T--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCAT-AGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATG-AGTTAAGAAGTTT--T-GGAGGAATATAGGTGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-AT-----AG-----ATAA------GT--------G--Acatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Atg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC-----ATGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCCT-AGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA------agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGT-----G-----C------CG-ACA-------AG---ATT-ACCTATTG--AAA-----ATAA------C---------G--AA-ATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AACA-TGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TAC-A-CTGTCACT-CCT-ACCAAAT-TCGGC----C--AAATC-GGTTCATAAG--T------AGCAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGATA---A-TAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAAC-------AAAAA-GCCAATCCACCGTTACATA---ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTataa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-------T--------A--AA-AAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-AT-AATATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCCT-AACACGT-TCTG--------AAATC-GATTGA-ACG--T--T-----ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAA------T------------AACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AAAA-CAACAGC-AACAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA--T--TAGGAGAAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G---A--GATTTA-----CT-AT---TAAAAATA---AAT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCTGCCAACACATGTCTATGGACAA-TA--------TGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatAGA-TGATGAT-AA-GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgAGA-TGATGAT-AA-GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCAAAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AA-AAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AACA-CGAGGAC-AATAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTCT-AGTAGGT-TTGG-----CTGGAATC-GGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCGT-AACAAAT-GTGG-----CCAAATTC-AATTAAAAAT--T--T-AGTTAATTAGA----------AG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATATA---A-T--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCTCTA-GGCCACAGC-AC--AATGACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAAAATTCTTT--------G--AA-ATGGTGGGGCATAA--ATATA--
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5555555555555555555555555555555 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 2222222 33333333 33333333333 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2222222 1 88888888888888888 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 0 1 7777 55555 0000000 9999 0 1 9999999999999999999999999999999 555 2 2 3 4444 99999 7777777777777777777 5 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 2 4 77 88 0 44 55 3333333 8 3 0 3 3 33333333 4 3 99999999999 000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 0 6 1111111 0 3 7 7 1 99999999999999999 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... . . .... ..... ....... .... . . ............................... ... . . . .... ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... . . .. .. . .. .. ....... . . . . . ........ . . ........... ... ... .................................................................................................... ....... . . ....... . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 7 4 8888 99999 9999999 2222 4 2 2222222222222222222222222222222 888 6 3 3 2222 11111 8888888888888888888 0 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 6 4 66 00 1 11 00 3333333 2 6 4 6 3 99999999 0 2 00000000000 000 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888 3 7 3333333 7 3 2 3 0 88888888888888888 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAA------TT--------ATTAA-AAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGA-TGACCATTA-TACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTCT-AGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAATC-AGTTGACAAG--TA-TAGGAGATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGATT--GGCAAAAGA-GC--ATTGAACA-TAAAT---TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG----TAAGGTAAG--G----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTAT------TT------------A-ATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAA------TT--------G--A---TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AACA-TGAGGATT--TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCCT-ACCAAGT-TCGGT----CC-AAATC-AGTTGAGAAG--TTAT-GGAGGAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA--A---A-T--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCAT-AGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATG-AGTTAAGAAGTTT--T-GGAGGAATATAGGTGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-AT-----AG-----ATAA------GT--------G--Acatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Atg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC----A-TGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCCT-AGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA------agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGT-----G-----C------CG-ACA-------AG---ATT-ACCTATTG--AAA-----ATAA------C---------G--AA-ATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AACA-TGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TACA--CTGTCACTCC-T-ACCAAAT-TCGGC----C--AAATC-GGTTCATAAG--T------AGCAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGATA---A-TAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAAC-------AAAAA-GCCAATCCACCGTTACATA---ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTataa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-------T--------A--AA-AAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-ATAA-TATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCCT-AACACGT-TCTG--------AAATC-GATTGA-ACG--T--T-----ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAA------T------------AACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AAAA-CAACAGCAA-CAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA--T--TAGGAGAAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G---A--GATTTA-----CT-AT---TAAAAATA---AAT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCTGCCAACACATGTCTATGGACAA-TA--------TGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCAAAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AA-AAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AACA-CGAGGACAA-TAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTCT-AGTAGGT-TTGG-----CTGGAATC-GGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCGT-AACAAAT-GTGG-----CCAAATTC-AATTAAAAAT--T--T-AGTTAATTAGA----------AG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATATA---A-T--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCTCTA-GGCCACAGC-AC--AATGACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAAAATTCTTT--------G--AA-ATGGTGGGGCATAA--ATATA--
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444 5555555555555555555555555555555 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 2222222 33333333 33333333333 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2222222 1 88888888888888888 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 0 1 7777 55555 0000000 9999 0 1 9999999999999999999999999999999 555 2 2 3 4444 99999 7777777777777777777 5 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 2 4 77 88 0 44 55 3333333 8 3 0 3 3 33333333 4 3 99999999999 000 777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 0 6 1111111 0 3 7 7 1 99999999999999999 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... . . .... ..... ....... .... . . ............................... ... . . . .... ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... . . .. .. . .. .. ....... . . . . . ........ . . ........... ... ... .................................................................................................... ....... . . ....... . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 7 4 8888 99999 9999999 2222 4 2 2222222222222222222222222222222 888 6 3 3 2222 11111 8888888888888888888 0 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 6 4 66 00 1 11 00 3333333 2 6 4 6 3 99999999 0 2 00000000000 000 888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888 3 7 3333333 7 3 2 3 0 88888888888888888 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCAG---TTCAG--AAA-TTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAA------TT--------ATTAA-AAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGA-TGACCATTA-TACACAATTAGACTT--CACAA-CTGGTACTCTCT-AGCAAAT-TTGGCAG--CCAAAATC-AGTTGACAAG--TA-TAGGAGATGTAGGACTAAC---AAA--------------ATGT-----G---ATAGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAT--------GGT-CA-AAG--TTGATT--GGCAAAAGA-GC--ATTGAACA-TAAAT---TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCGG----TAAGGTAAG--G----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTAT------TT------------A-ATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAA------TT--------G--A---TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AACA-TGAGGATT--TGCGCAACAAGAC--------A-CTGACACTGCCT-ACCAAGT-TCGGT----CC-AAATC-AGTTGAGAAG--TTAT-GGAGGAGTAAGGCTACC---AAGGGA-----------GTGT-----GT--C-AAATTTA-----AT-AT---TAAAA--A---A-T--GAtaagtacgaaa
gi|12 : CAATTGAACTCGGCAAAAACTGGAACTCCAT-AGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATG-AGTTAAGAAGTTT--T-GGAGGAATATAGGTGACATAAAA--------------GTGT-----G---A-t
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGAG---TTAAG--AAG-TTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-AT-----AG-----ATAA------GT--------G--Acatacatgtatatacatagataagtgatg
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCAGAAATTCAG--AAG---------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Atg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC----A-TGCACATCTGGGCTT--CACA--CAGATACTCCCT-AGCAAGT-TTG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA------agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAA--T--G---TTGCA--AAGATT----TGGA--AGAG---------AAGT-----G-----C------CG-ACA-------AG---ATT-ACCTATTG--AAA-----ATAA------C---------G--AA-ATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AACA-TGAAGATAAATGCGATATTATACAT--TACA--CTGTCACTCC-T-ACCAAAT-TCGGC----C--AAATC-GGTTCATAAG--T------AGCAGTAGAATTGAC---AAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G---A-AGATTCA-----CC-AT-----AAGATA---A-TAAAAA--------GGT-CACAAC--TTAAC-------AAAAA-GCCAATCCACCGTTACATA---ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTataa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCGG---TTCAT--AAG-T-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-------T--------A--AA-AAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-ATAA-TATGCAAC-AGTCTG--CAT-A-CTGATATTTCCT-AACACGT-TCTG--------AAATC-GATTGA-ACG--T--T-----ATCTAGAGCTGAC---AAGTAC-----------GTGT-----G---A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCTG---TTGCA--ATG-TTTAGGAGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAA------T------------AACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AAAA-CAACAGCAA-CAGGCACCTAGACTT--CATAA--TAAAACTCCCTTAGTAAAT-T-GG------CAAAATTTGGTTGAAAGA--T--TAGGAGAAGCAGAGCTGAG---AAGAAA-----------GTGT-----G---A--GATTTA-----CT-AT---TAAAAATA---AAT--AAA--------GGG-CA-A-----TAACTCTGCCAACACATGTCTATGGACAA-TA--------TGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgAGA-TGATGATAA--GAGAAACTGGACTT--CATA--------CTTT-T-AATAAGT-TTGGT----C-AAAAGC-AGTTGAGAAG-----------AAGCA---CTGAC---AAG--------------ATTT-----ACAAA-AGATCTATAAAAAG-ATCTATAAAAAGATCTA-T--AAC--------TTTACA-AAAATTCAATA--GATGAAA-A-GC--ACCAACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTGG--------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCAAAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AA-AAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AACA-CGAGGACAA-TAC-TAAC--AACCC--CATA--CCGTCAGTCTCT-AGTAGGT-TTGG-----CTGGAATC-GGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCGG---TTCAG--AA--TA----AAGAGT---------------GT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTT--CATA--CTGATACTCCGT-AACAAAT-GTGG-----CCAAATTC-AATTAAAAAT--T--T-AGTTAATTAGA----------AG--------------GTGTCCTGCG---A-ATATTAA-----ACCAT-----AATATA---A-T--GACTGGTAGAGGGC-CATAAC--TTCTCTA-GGCCACAGC-AC--AATGACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tA---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACAG---TTGAA--AAG-TTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAAAATTCTTT--------G--AA-ATGGTGGGGCATAA--ATATA--
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt
blockSeqs : TGTTTAGTG CAA T CT A C AA G ACTGAAAAGGCACTGAGCCGAAATGCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAGAACACGAGGACAATACTAACAACCCCATACCGTCAGTCTC G AT TATA G AAAT AAGGT TTTTGG TAGG A GTGACATATATGTTTAA TAG A T T TGTC GGGCC CTCCGCCACTG C T GGGG GC AC CCTTT GAA ACTCAGGATTA G . C A GG AT AA GG AACTGGA C T A C TATAGCCA T G TTATGGAG AGG ATA ATTTACAAAAGATCTATAAAAAGATCTATAAAAAGATCTATAACTTTACAAAAATTCAATAGATG CATGTCT T TATGCAT T A T C TGTGTGATAGGT CA GAATAGTCTTGATATGA C A A TGT A CT CAGAAAAAGCT A C CATTT TATACTCCCGA GGTCAAAACTTTGGG . . C A G C ATTC TT A G CCAAC T . C T
blockSeqs : . . . T A A GA A TTTGATAAATGGACCGAAACATGAAGATAAATGCGATATTATACATTACACTGTCACTCC A . . A T AAG TTTAGG AAGC T GTGACACACCTATAT . T C . CA . AATTCTTTG . T . . AT C AAA . G . C . AG T TG . ACTGAC A . . C TCC . G TTTTGGAG TAG . ATTTACAAAAGATCTATAAAAAGATCTATAAAAAGATCTATAACTTTACAAAAATTCAATAGATG AAGCCA . CTTGT T C T T G CA . C A A TGT A . CAGAAAAAGCT A . . . G
blockSeqs : . . . A A G AT A ATTAGTCGATGGAGCAGATCGTGTTAATACTATGAGCAGATTGACTTTATACA A . . A T CAG ATT GAGC A TTTAAGTACGTGCGA . T C . TA . TTG . T . . TA C AAA . C . C . CA T TG . ACTGAT C . . T TCA . T TTAGGAG GAA . GTGTCCTGCGAATATTAAACCATAATATAATGACTGGTAGAGGGCCATAACTTCTCTAGGCC GCAC . CTTGT . C T T G T . T . TTA G . CCACAAGTC .
blockSeqs : . . . A A T GG A AAAGGCAGATTGACCGAAACGCTACCAAACTATACGTCTTACTTATACTCGT A . . G T GCA TTA GAAT A GTCTTGCCTGCAT . T C . TG . GTG . A . . AC C AAC . G . A . TG T TA . CAGAT C . . C TCA . A TTAGTT GAG . AAAGTTTTAAGTACGTGCGAAGATTCACCATAAGATAATAAAAAGGTCACAACTTAAC AGC . CATA . A . A
blockSeqs : . . . C . C GG G AAAAACTGATAGACCGGGATACATCAACAATATTTTCAACTGGACTATATGA T . . T T CAT TA GTGC A GGGACATACAT . T C . TG . TT . G . . AA T A . A . G . TG C TA . CTGTC C . . C CTG . G TAG GAG . AAAGTGTGAGATTTACTATTAAAAATAAATAAAGGGCAATAACTCTGCCA AGC . . . . .
blockSeqs : . C . G GACAGACTGGAACAAAACAATGACATGTTTAACTAGACTTACCCA A . . G T GCA G ATGC A GTGACATACAT . C C . TG . CG . A . . AT . . . . G . GG T TG . ATAAA C . . T CCA . G TT GA .
blockSeqs : . AGTCATAATATACCCAACATAACTTCATGCTGTAACTCCC A . . G T CAG T AGG A GCCGACA . T C . TA . TA . T . . . C . C . TG . CCGTC G . . T CC . G . . .
blockSeqs : . . . A . GAA . GAG A TTGACAT . T G . AA . T . . C . TT . CTGAT . . . T CA . A . . .
blockSeqs : . . . . . . G . GTG . T T . . . A . . . . . T . . .
blockSeqs : . . GTA . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : T****** TTG**************** C****** *** CTGAC** TCG***** ACGC*** CATGT**
originalCons : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAG-TT----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATAA-CTGACACTCCCT-AGCAAGT-TCGGT----CCAAAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAGA-GC--ATCGACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
finalCons : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCGG---TTNAG--AAGT------AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAATTG----------------AA-ANGGC----CATAA--CTANAC------GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGATAA-TGCGCAACTGGACTT--CATACTGAC--ACTCCCT-AGCAAGT-TCGGTCG-----AAATC-GGTTGAGAAG--T--T-GGAGAAGTAGAGCTGAC---AAG--------------GTGT-----G---A-AGATTTA-----AC-AT---TAAAAATA---A-T--GAC--------GGT-CA-AAN--TTAACT--GGCGAAAACGC---ATCGACAA-TACATGT--ATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 3333333333333 11 666666666666666666666666666666666666 1111 3333333333333333333 1111 1111111 22222222222 111 1111 333333333 111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 111111111111 111111111 1 88888888888888888 3333333333333333333333333 1111 11 2222222222222222 22222 22222 44444444444 555555555555555 1 222 1 33333 222
lowQualScore : 666666666 111 6 77 5 1 33 0 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 55 8888 00000 7777 2 55 4444444444444 00 2 999999999999999999999999999999999999 2 3 4444 99999 7777777777777777777 5 1 0000 0 66 33 6666666 222 77777777777 5 000 2 4 77 4 3 0 0 55 3 666 2 3 1 0000 5 7 4 4 999999999 444 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 333333 555555555555 999999999 0 3 7 7 1 99999999999999999 33 8888888888888888888888888 6 3 7 6666 1 88 6666666666666666 44444 1 77777 33333333333 444444444444444 5 000 5 2 2 1 4444 22 7 6 33333 1 111 1 1
lowQualScore : ......... ... . .. . . .. . . ............................................................................................................... . .. .... ..... .... . .. ............. .. . .................................... . . .... ..... ................... . . .... . .. .. ....... ... ........... . ... . . .. . . . . .. . ... . . . .... . . . . ......... ... ................................................................................... . ...... ............ ......... . . . . . ................. .. ......................... . . . .... . .. ................ ..... . ..... ........... ............... . ... . . . . .... .. . . ..... . ... . .
lowQualScore : 777777777 777 7 77 0 0 44 4 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 5555 00000 8888 4 55 5555555555555 33 8 666666666666666666666666666666666666 3 3 2222 11111 8888888888888888888 0 0 6666 1 99 11 4444444 999 11111111111 3 000 6 4 66 4 6 1 1 55 6 111 8 6 4 0000 8 2 4 7 777777777 888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 777777 555555555555 222222222 7 3 2 3 0 88888888888888888 55 8888888888888888888888888 5 2 3 2222 2 00 5555555555555555 55555 0 00000 00000000000 555555555555555 5 555 0 5 5 0 0000 00 3 7 33333 0 555 0 0
consensus : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCG-----G---TTNAG--A-----AGT-----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----AC-TACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGAT-AATGCGCAACTAGACTTCAT-ACTGATACTCCC-TAGCAAGTT---CGGCCGAAA-TCGGTTGAGAAGT--T-GGAGAAGTAGAGCTGACAAG-AA-----------GTGT-C---G-A-AGATTT-----AA-CAT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-C--A-AACTTAACT-GGCGAAAA-GC--ATC----GACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
Reference ( family-2517 ) : NAAAAGTTTAGGAGGA---------GAAG---TGCTGACAA-GATTTACC-ATTAAAAATAATNAAAGGGCCATAACTCCGCC----AAAAGNCGA-TG-G-C-CGGAACGCGAC--AACAA---------TATG--C----T----CA----------AC-TA--GACT-TCAT------AC------TC-CATAGCAAGT--TTG----GCCAAAATCG-----G---TTNAG--A-----AGT-----AGGAGTAGAGCTGACAAGAAAGT-----G-----T-----ACGTACAT------AG---ATTTACC-ATTG--AAA-----ATAA------TT--------G--AA-ANGGC----CATAA--CTANA--C----GAAAAGTCAA-----------TGGACCGG---AANA-TGACGAT-AATGCGCAACTGGACTTCAT-ACTGACACTCCC-TAGCAAGTT---CGGTCGAAA-TCGGTTGAGAAGT--T-GGAGAAGTAGAGCTGACAAG--------------GTGT-----G-A-AGATTT-----AA-CAT---TAAAAAT-A---AT--GAC--------GGT-C--A-AANTTAACT-GGCGAAAACGC--ATC----GACAA-TACATG--TATGCGCAACTGGACTTCA-TATGAATACTTCTTAACANGTTTG---GCGG-A-----G--TTACAAAGTTTAGGAGGAG-A--G--TT------GA---GAAAGTGCTGACAGATTTAACCATTAAAAATAATGTAAAGAGCCATAACTCTG---CAGAAAAAGTC-CGATGA----ATGCACAANTACATTTAGACTTCATGCTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCCGACAAGAAATGTGAGGTGCCATACGGACCGGCGNANNNNCNNACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTNTATATCCCCCTAACCNCNTAAATGATGAGC
gi|1 : AAAAGTTTAGCAGGT---------GAAG---TGATGAGAA-GATTTATC-ATTAAAAACAATGAAAGGGTTATAACTCCACC----AAAAGACAA-TG-G-C-CGGAATGCAAC--AACAA---------AATG--C----T----CA----------AC-AA--AACT-TCAT------AC------TTGTATAAGAAGT--TTG----GTTAAAATCA-----G---TTCAG--A-----AATTAAC-AGGAGTAAAGGTGACAAGAAAAT-----GTCACAT-----ATGTACAT------AA---ATTTATC-ATTA--AAA-----ATAA------TT--------ATTAA-AAGGC----CATAA--CTAAAAGT----GAAAAGTCAA-----------TGAGCTGGTATAAGA-TGACCAT-TATACACAATTAGACTTCACAACTGGTACTCTC-TAGCAAATTTGGCAGCCAAAA-TCAGTTGACAAGTA-TAGGAGATGTAGGACTAACAAA--------------ATGT-----G-ATAGATTT-----AA-CAT---TAAAAAT-A---AT--GAT--------GGT-C--A-AAGTTGATT-GGCAAAAGAGC--ATT----GAACA-TAAAT---TATGCGCAACTGGATTTTA-TATGCATACTTCTTTTCAAATTTG---GCGG-AAATATG--TTAAAAAGTTTAGGAAGAG-AAGA--TTTCAGACAA---GAAAATG-TAACAGATTT-ACCATTAAAAATAA-ATACAGTGCCATAGCTCTGAATCAGA-----TCGCAATGAGAACATGCACAAATA-----AGACTTCATGCT-----------GCAAATTT--T------------AGGAGTAGAGCCGACAAAAAATGTGAGGTG-CATACGGATCGACAGACAGACAGACAGATAGTTGTACGGGCAGACAAGGTC-----AACTCTATATCCCCCTAACCACATAAATGATAAAC
gi|10 : tAGGA---------GTAG---TGCTGACAGTGA-TTACT-ATAAGAAATAATCAAAG-----TA------CC----AAAGGCAGATTG-A-C-CGAAACGCTACCAAACTA---------TACGT-C----T----T-------------------ACT-T-AT------AC------TC-GTCGACAAAT--TTG----GGCAAACTCG-----G----TAAGGTA-----AGG-----AGGAATA-AGGTGACAAGAAAAT-----G-----TGACACACCTATAT------AA---GTTAATC-ATCA--AAA-----GTAT------TT------------A-ATGGT----CATGA--TTACA--
gi|11 : GACAAGTAAGT-----G-----GG----ACATACAT------AGTAGATTTACC-ACTA--AAT-----ATAA------TT--------G--A---TGGT----T-TAT--CT-----C----GAA------------------TG-ATCAG---AACA-TGAGGAT-T-TGCGCAACAAGAC------ACTGACACTGCC-TACCAAGTT---CGGTCCAAA-TCAGTTGAGAAGTTAT-GGAGGAGTAAGGCTACCAAGGGA-----------GTGT-----GTC-AAATTT-----AA-TAT---TAAAA---A---AT--GAtaagtacgaaa
gi|12 : ------AC------TC-CATAGCAAGTATCTGTATAGCCAAAATGA-----G---TTAAG--A-----AGTTTTGGAGGAATATAGGTGACATAAAAGT-----G-----TG----ACATACAT------GT---ATATA-C-AT-----AG-----ATAA------GT--------G--At
gi|13 : caattgaactcggcaaaaactggaAGT--TTG----GCTAAAATCA-----GAAATTCAG--A-----AG--------AAGTGAAGCTCACAAGAAAGT-----G-----TG----ACATATATGTTTAAAG---ATTTGCC-ATTG--Atg
gi|14 : tAGAAGTTAA-----------TAGACCGG---AACAATGAC-----ATGCACATCTGGGCTTCAC-ACAGATACTCCC-TAGCAAGTT---TG
gi|15 : tctgccACGGATAGTTGTATGGGCAGACAATGGA-----AACTTTATATTCCCT---CTCCTTAAATGATGAGC
gi|16 : GAGCTGACAAAAAAGT-----G-----T-----G-------------AG---ATTTCCC-ACTG--AAA-----ATAA------agat
gi|2 : gAGAAGTTTAGGAGGATGTTTAGTGGAAGCAATGCTTACAC-GATTTACA-ATTAAACTTA-TAAAAGAACCATAACTCCGCC----A---GTC------------------------ATAA---------TATA--C----C----CA----------ACATA---ACT-TCATGCTGTAAC------TC-CCAAGCAAGT--TTT----GCCAATGTTGCAAAGA---TTTGG--A-----AG------AGAAGT---GCCGACAAGA------------------------------------------TTACCTATTG--AAA-----ATAA------C---------G--AA-ATGAC----CATAT--TTATA--CCTTTGA----TAAA-----------TGGACCGA---AACA-TGAAGATAAATGCGATATTATACATTAC-ACTGTCACT-CC-TACCAAATT---CGGCC-AAA-TCGGTTCATAAGT------AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAGTACGTGC-----G-A-AGATTC-----AC-CAT-----AAGAT-A---ATAAAAA--------GGT-C--ACAACTTAAC------AAAAAGCCAATC----CACCGTTACATA---ATATGCAAC-AGTCTGCA-TACTGATATTTCCTAACACGTTataa
gi|2 : aataagtttAAAGATTTGGAAGA---------GAAG---TGCCGACAA-GATT-ACCTATTGAAAATAACGAAATGACCATATTTATACCTTTGATAA----A-TG-GAC-CGAAACATGAA--GATAA----------ATG--CGATAT----TATAC-------AT-TA--CACTGTCA--------C------TC-C-TACCAAAT--TCG----GCCAAA-TCG-----G---TTCAT--A-----AGT-----AGCAGTAGAATTGACAAGAAAGTTTTAAG-----T-----ACGTGCGA------AG---ATTCACC-AT----AAG-----ATAA-------T--------A--AA-AAGGT----CACAA--CTTAA--C----AAAAAGCCAA-----------TCCACCG---------TTAC-AT-AATATGCAAC-AGTCTGCAT-ACTGATATTTCC-TAACACGTT---C---TGAAA-TCGATTGA-ACGT--T-----ATCTAGAGCTGACAAGTAC-----------GTGT-----G-A-ctgaaatcgattgaacgttatctagagctgacaagtacgtgtgatacaattt
gi|3 : aataagtttagaagtttaggaggatgtttagtggaagcaatgcttacacgatttacaattaaacttataaaagaaccataactccgccagtcataatatacccaacataacttcatgctgtaactcccaagcaagttttgccaatgttgcAAATAATTAACAATCCATAACTCCACC----AAAAACTGA-TA-GAC-CGGGATACATC--AACAA---------TATT--T----T----CA----------AC-TG--GACT-ATAT------G-----------ATTGTATGT--TTG----GCCAAAACCT-----G---TTGCA--ATGTTTAGG-----AGGAGCAGTGCTGA----AAACT------------------------------------ATTTACC-ATTA--AAT-----ACAA------T------------AACAGGGC----AATAA--CTACA--C----AAAAAGTCAA-----------TGGACCAG---AAAA-CAACAGC-AACAGGCACCTAGACTTCAT-AATAAAACTCCCTTAGTAAATT----GG-CAAAATTTGGTTGAAAGAT--TAGGAGAAGCAGAGCTGAGAAGAAA-----------GTGT-----G---AGATTT-----AC-TAT---TAAAAATAA---AT--AAA--------GGG-C--A-A---TAACTCTGCCAACACAT--GTCTATGGACAA---------TATGTGCAACTGGACTTTA-T---AATACTtacaattt
gi|4 : tgaaaagtttaggaaaaatAGA-TGATGAT-AA-GAGAAACTGGACTTCAT-ACT-------TT-TAATAAGTT---TGGTCAAAA-GCAGTTGAGA---------AGAAGCA---CTGACAAG--------------ATTTACA--A-A-AGATCTATAAAAA-GATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACAAA-AATTCAATA-GATGAAAA-GC--ACC----AACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAA
gi|5 : gcagaatgAGA-TGATGAT-AA-GAGAAACTGGACTTCAT-ACT-------TT-TAATAAGTT---TGGTCAAAA-GCAGTTGAGA---------AGAAGCA---CTGACAAG--------------ATTTACA--A-A-AGATCTATAAAAA-GATCTATAAAAAG-ATCTAT--AAC--------TTTACAAA-AATTCAATA-GATGAAAA-GC--ACC----AACAA-TACTTG--TATGTACAGCTGGACTTCATTCTGAA-ACTCCTTAACATGCTTG--------------G--TTACAAAGTTTAGGAG-------------------------AAGTGCTGACAAATTTAACCATTAAAAATAATGT-AAGAGCCATAA--CTG---CAGAAAAAG-C-TGATGA----ATGTACAAgagcagctcaata
gi|6 : cagaatgTAACTCCACT----ATTAGTCGA-TG-G-AGCAGATCGTGTT--AATAC---------TATG--A----G----CA----------GA-TT--GACT-TTAT------AC----------AT-GTACGT--C----------AGATTG-----G------------------------AGGAGTAATGCTGACAAG---GT-----G-----T-----A-------------AA---ATT-AGC-ATTGTCAAAGGGCCATAA------CTCCGCCACTG--AA-AAGGC----ACTGAGCCGAAA--T----GCAACGTCAAACTCAGGATTATGAACTAG---AACA-CGAGGAC-AATAC-TAAC--AACCCCAT-ACCGTCAGTCTC-TAGTAGGTT---TGGCTGGAA-TCGGTTCAGAAgagcagctcaat
gi|6 : GGAGGA---------GTAA---TGCTGACAA-GGTGTAAA-ATTAGCATTG-TCAAAGGGCCATAACTCCGCCACTGAAAAGGCAC-TGAG-C-CGAAATGCAAC--GTCAAACTCAGGATTATGAAC----TAGAACACGAGGACAATAC-TAACAACC-CCAT------ACCGTCAGTC-TCTAGTAGGT--TTG----GCTGGAATCG-----G---TTCAG--A-----A-T-----A--------------AAGAGTGT-----GTCT--T-----GCCTGCAT------GG---AGTTATC-AT----AAA-----ATAA------Ttaaagagtgtgtcttgcctgcatggagttatcataaaataat
gi|7 : taactccactattagtcgatggagcagatcgtgttaatactatgagcagattgactttatacatgtacgtcagattAATTTGACTTCAT-ACTGATACTCCG-TAACAAATG---TGGCCAAAT-TCAATTAAAAATT--T-AGTTAATTAG-------AAG--------------GTGTCCTGCG-A-ATATTA-----AACCAT-----AATAT-A---AT--GACTGGTAGAGGGC-C--ATAACTTCTCTAGGCCACAGCAC--AAT----GACAA-TTTATGCATATGCGCAACTAGATTTTA-TATGGATACTTGGTAGCAAGTTTGTGTGTGATA-----GGTTTAT-AAGTTAAAGAGGAATA--GTCTT------GATATGAAAGTGTTG-CAGGT
gi|8 : tAACTAGTCTTTAT-ACTGATACTCCC-T
gi|8 : A---------GAAG---TGTTCATAA--ATTTATC-ATTAAAAATAATCAAAGGGCTATAAATCTGCC----GACAGA---------C-TGGAACAAAAC--AATGA---------CATG--T----T----TA----------AC-TA--GACT----T------AC-------C-CATAGCAATG--TTA----GCCAAAAACA-----G---TTGAA--A-----AGTTA---AGGAGTAG--------AGAGAGT-----T-----T-----G---ACAT------AG---ATTTAGA-ATAA--AAA-----ATAAAATTCTTT--------G--AA-ATGGTGGGGCATAA--ATATA--tataaactaagaagtgttcataaatttatcattaaaaataatcaaagggctataaatctgccgacagactggaacaaaacaatgacatgtttaactagacttacccatagcaatgttagccaaaaacagttgaaaagttaaggagtagagagagtttgacatagatttagaataaaaaataaaattctttgaaatggtggggcataaatataagt
gi|9 : aactagtctttatactgatactcccttataaactaAAAATTAAT-TAAAGGGACACAACTCTG---CC--ACAAGTC--AATGA-------CACAACTACATTTAGACTTCATACTTATACTCCCGAGCAAGTTTGGTCAAAACTTTGGGAGGAGTAGAGCTGACAAGAAA-GT---GTGCCATATGGACAAGGGCAATTCTTTATGCAT-----TAT--ACACATAATGGACCAACAACTGTGTATagt