lowQualScore : 1 3 111111111111 22222222222 11111111 1 1111111111111111 1111111111111 333 1111 3333333
lowQualScore : 4 3 0 6 8 444444444444 33 6666 2 11111111111 66 11111111 99999999 4 3 4444444444444444 5 3 999999 2 44 44 3 3 555 44 8888888888888 44 77 0 33 888888 000 7777 55 88888 3333333 9
lowQualScore : . . . . . ............ .. .... . ........... .. ........ ........ . . ................ . . ...... . .. .. . . ... .. ............. .. .. . .. ...... ... .... .. ..... ....... .
lowQualScore : 2 3 4 0 0 333333333333 77 1111 9 88888888888 00 44444444 44444444 8 6 8888888888888888 0 3 666666 5 66 66 3 3 888 66 3333333333333 66 99 6 99 888888 555 5555 55 11111 7777777 0
consensus : TATTCTAAAAA-TAAACT-GGTACGTCACCTAAATATA---TA------ACA--CTT----C-A-----------TTACGCCC------CAACTGTGTAA-----TAAAAA-A---T--C--TTC----AGNGAGTAAAGTTGTCTTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GTTA--TGATGA-------------TCATAAA--GTGATG--TCT--CTC------TGTT-TTTCTATATCTTCTT--TGCCG---AATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
Reference ( gi|3 ) : TATTTTAAACA-TAAACTAGGTACGTCATCTAAATATA---TA------GCA--CTT----C-A-----------TTACACTC------CAACTGTGCAA-----TAATAA-A---T--C--TGC----AGTGAGTAAAGTTGTCTTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GTTA--TGATGA-------------TCATAAA--GTGATG--TCT--CTC------TGTTATTTCTATATCCTTTT--TGCTG---AATCTGAGAAAATGCA-TAATGTGCGCGTCAAAATA
gi|19 : TATTTTAAAAA-TAAAGT-GGTACGTCACCTAAATAGA---TT------ACA--CTT----C-A-----------T---GCCC------CAAC
gi|20 : ctTATCTAAAATAATAAACT-GGTACGTCACTT-----TA---TA------ACA--CTT------A-----------TTATGCCT------CAAC-GTG
gi|16 : TATTCTAAAAA-TAAGCT-GGTACGTTACCTGA--ATA---TG------GCA--C
gi|1 : tttgactATTCTAAAAA-TAAACT-GCTGCTTCACCTAAATATA---GC------ACA--CTG----C-AGAATTGAATGATTTCACCT------CAACCGTGTAA-----TAAAAA-AGTGT--C--AGC----AATGAATAAAATTGTCTTATTTT-CTAAGAAAAGAATT--GATCA-ATT---GTAA--TTATGT-------------CCAAAAT--GTAATGTATAT--CTC------TGTTTTCTTTCTATTC--TT--GGCCG---ACTGTGAGAAactgcagacatataaaatcacaaattgtgttt
gi|4 : ttggaagatgaaagttttaattcataaatattttttggaatcaatatcaatgtgcacttattcctcattcatcaaaattttcacttcttgttaatggaccccagatttaatggtctctagctgcctatatctaccaggtttaactaataTTCTAAAAA-TAAACT-GATATGTCACCTAAATATA---TACATGTAGCA--CTT----C-A-----------TTATGCCT------CAACTGTGTAA-----TAAAAATA---T--C--TAC----AGTGAGTAAAGTTGTCTTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GCAG--TTATGC-------------TCATAAA--G---TC--TCC--CTC------TGT--TTTCTATAT--TTTCAGTGCCT---AATCTGAGAATCTGGA-TAATGTTCACTTCtc
gi|10 : ttTTTTAAA-A-TAAACT-GGTATGTCA----------------------CA--CTT----C-A-----------CTATGCCC------CAACTTTGTAA-----TGCAAA-C---T--C--TTT----AGAGAATAAAGTTGTCTTATTTTTCT------GCCATT--A--TT-A-T---GTTA--TGATGA-------------TCATAAA--TTGATG----T--CTC------TGT--TTTTTATA
gi|12 : atTAAAAA-TAAACT-GGCACGTCACTTAAATATA---TA------ACA--CTT----A-A-----------TTATGCCC------CAACTGTGTAA-----TAAAAA-A---T--T--TTC----AGAGAGTAAAG--------------T------AACAGT--G--TA-A-T---GTTT--TAATGA-------------TC---AA--GTGATG--TAT--CT
gi|15 : TAAAAA-TAA-CTTGGTACGTCACTTAAATATA---TA------ACA--C--------G-----------TTATGCCC------CAACTGTGTAA-----TAAAAA-A---T--C--TTC----AGGAAGTAAAGTTATTT
gi|7 : AAAAA-TAAACT-GGTATGTC--CAAAATATA---TA------ACA--CTT----C-A-----------TTATGCCC------CAACTGTGTAA-----TAAAAA-A---T--C--TTC----AGAGAGTAAAGTTGTCTTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GTTA--CGATGG-------------TCATAAA--GTGATG--CCT--CTC------TGT-------------TCTT--TGCTG---AATTTGAGAATCTGGA-TAATGTACACTTCAAAATA
gi|6 : AAAGA-TAA-CT-GCTGCATCACCTGGATATA-----------ACA--CTG----C-AGACGTA-----TCACAATTTTGCATCAACCGTGTT------TAAAAA-A------C--TGCCAGCAGTGAATAATATTGTCTCATTTT-CT------A-TGTTAAG--TAGA-TTAAGTTAATTGATAAATTTTATTGATTCTCAAAAA--TTGATGCATCT--CTC------TTTTCTTTC
gi|5 : tttcacttatactaAAAA-TAAACC-GGTAGGTCATTTAAATATA---TA------GCA--CT-----C-A-----------TTATGCCC------TAACTGTGTAA-----CAAAAA-A---T--C--TTC----AGAGAGTAAAGTTGTCTTATTTT-AT------ACCATT--C--TA-A-T---GTTA--CAGTGA-------------TCATAAA--GTGATG--TCT--CTC------TGT--CTTCTATATCTTCTT--TGCCA---AATTTGCAAATCTGGATTCATGTGTGCATCAAAATA
gi|2 : AACA-TCAAC--GGAACGTCACCTGCATATAGCATACT----GCAGACTTATAACGA-----------TTTCACCA------CAACTATA---------AACAA-A---TGAC--AGT----AGTAAATGAAAGTGTTGTAATTT-CT------A---TG--G--AA-A-C---AATA--TGATAA-------------AAATGAAATGTGATG--TTT--CTCTTTGGTTGTTTTTTCTG-ATTTTCTC--TGCCG---ACTGTGAGAA
gi|11 : atttgaaaatcaaaattgtaatcattatcatttttcgaaatcaatactacgtagatcaaaagctcctttggcccactttataagccttgtaaatagacaacgatccaactgcctaaatatatttcatattacttACGTCACCTGAATATA---TA------ACA--CTT----C-A-----------TTGTGCCT------CAACTGTGTAA-----TA--AA-A---T--CTTTTT----AGAGTGTAAA---GTCTTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-C-T---ATTA--TGATGA-------------TCATAAA--GTGATG--TTC--CAC------TACTATTGCAATAtc
gi|21 : CATCACTTAAATACA---TA------ACA--CTT----C-A-----------ATATGCTA------CAACTGTGTAA-----TA
gi|9 : gTAAATATA---TA------ACG--CTT----C-G-----------TTATGCCC------CAACTGTGTAACAAAGTAACAA-AAATT--C--TTC----AGTGGGTAAAGTTGTCTTGTTTA-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GTTA--TGATAT-------------CCATAAA--GTGGTG--TCTCCCTC------TG-TA-TTCTGTATTTGCTT--TGCCG---AATCAGAGAATATG
gi|14 : TTATTTT-CT------ACCATT--G--TA-A-T---GTTA--TGATGA-------------TAATAAA--GTGATG--TCT--CTT------TGT--TTTCTATTTCTTCTT--CGCCG---AATCTGAGAA
gi|13 : -CT------ACCATT--G--TG-A-T---GTAA--TGATGA-------------TCATAAA--GTGATG--TAT--CTC------TG-----TCTACAT-CTTTT--TGCCGGATAATCTG-------GC--TAACACACGCATCAACATtcttgata
gi|18 : attgacGATG--TTT--CTC------TGTT--TTCTATATCGTCTT--GTCCG---AATCTGAGCATCTGAA-TAATGTGCGCATCgcatg
gi|17 : ATG--TCT--CTC------TGTT--TTCTATATATTCTT--TGTCC---AATCTTAGAATCTGGT-TAATATGTGCATCAAA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AACTGTCGCGTCTCCGGAATATGGCATACTGTTGGCTTGCAACAATTTCGTCCCAAACATGCAATCAAAAATGTCAGCATTCAGTAATATTTTCTTATTTTATAGGCCTGGGGAAGAGTTTATAAATGTAGAACAAATCAGTGATGTCTCTCTCTGTTTTCTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 1111111 111111111111111 111111111
lowQualScore : 4 77 3 77777777 1 8888888888888888888888888888888888888 3333333 3 77 2 6666 6666 555 3 888888 444 33 33 2 2 555 555 33 2 666666666666666 555 33 66 888888888 2 2 2 1 2 5 0
lowQualScore : . .. . ........ . ..................................... ....... . .. . .... .... ... . ...... ... .. .. . . ... ... .. . ............... ... .. .. ......... . . . . . . .
lowQualScore : 4 33 1 44444444 6 8888888888888888888888888888888888888 1111111 1 33 3 5555 4444 444 1 222222 666 99 99 9 9 000 000 99 9 111111111111111 000 99 99 444444444 9 9 9 2 0 0 6
consensus : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------C------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
Reference ( family-2511 ) : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------C------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
gi|1 : ATT-CTAAAA--ATAAACT-GCTGCTTCACCTAAATATAGC------ACACTGCAGAATTGAATGA------TTT---------C------ACCTCAACCGTGTAATAAA-------AA-AG--TGTC----AGCAATG---AATAAAATTGTCTTA-TTTTCTAAGAAAA--GAATT--GATCA-ATT---G---TAA--T-TATG-T-------------CCAAAA---T--GTAATGTATATCTCT------G--T-T-TT-CTTTCTATTCTTGGCCGACTGTGAGAATC
gi|10 : ttggaagatgaaagttttaattcataaatattttttggaatcaatatcaatgtgcacttattcctcattcatcaaaattttcacttcttgttaatggaccccagatttaatggtctctagctgcctatatctaccaggtttaactaataATT-TTTAAA--ATAAACT-GGTATGTCAC-------------------ACTTC-----------A------CTA---------T------GCCCCAACTTTGTAATGCA-------AA-CT--CTTT----AG---AG---AATAAAGTTGTCTTATTTTTCT------G--CCATT--A--TT-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--TTGATG----TCTCT------GT-T-T-TT--TATA
gi|11 : ACGTCACCTGAATATATA------ACACTTC-----------A------TTG---------T------GCCTCAACTGTGTAATAAA-------AT-CT--TTTT----AG---AG---TGTAAA---GTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-C-T---A---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--T
gi|12 : TAAAA--ATAAACT-GGCACGTCACTTAAATATATA------ACACTTA-----------A------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--TTTC----AG---AG---AGTAAAG--------------T------A--ACAGT--G--TA-A-T---G---TTT--T-AATG-A-------------TC---A---A--GTGATG--TATCTtccactactattgcaata
gi|13 : CT------A--CCATT--G--TG-A-T---G---TAA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TATCTCT------G-------T-CTACATCTT-TTTGCCGGAT-----AATCTGGC-TAACACACGCATCAACAT
gi|14 : attgacTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TAATAA---A--GTGATG--TCTCTTT------G--T-T-TT-CTATTTCTTCTTCGCCGAATCTGAGAATCTTGA-TAgcatg
gi|15 : TAAAA--ATAACTT-GGTACGTCACTTAAATATATA------ACAC--------------G------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---GA---AGTAAAGTTATTT
gi|16 : TATT-CTAAAA--ATAAGCT-GGTACGTTACCTGAATATGGC------ACACTGC-----------A------
gi|17 : tttgactATG--TCTCTCT------GT-T-T-T--CTATATATTCTTTGTCCAATCTTAGAATCTGGT-TAATATGTGCATCAAAgacatataaaatcacaaattgtgttt
gi|18 : aaGATG--TTTCTCT------GT-T-T-T--CTATATCGTCTTGTCCGAATCTGAGCATCTGAA-TAATGTGCGCATC
gi|19 : TATT-TTAAAA--ATAAAGT-GGTACGTCACCTAAATAGATT------ACACTTC-----------A------T------------------GCCCCAAC
gi|2 : ctTATTACTTAAC--ATCAAC--GGAACGTCACCTGCATATAGC------ATACTGC-----------AGAC---TTATAACGATTTC------ACCACAACT-----ATAAAC------AA-ATGACAGT----AG---TA---AATGAAAGTGTTGTA-ATTTCT------A-----TG--G--AA-A-C---A---ATA--T-GATA-A-------------AAATGA---AATGTGATG--TTTCTCTTTGGTTGT-T-T-TTTCTG-ATTTTCTCTGCCGACTGTGAGAATC
gi|20 : atttgaaaatcaaaattgtaatcattatcatttttcgaaatcaatactacgtagatcaaaagctcctttggcccactttataagccttgtaaatagacaacgatccaactgcctaaatatatttcaT-CTAAAATAATAAACT-GGTACGTCACTT-----TATA------ACACTT------------A------TTA---------T------GCCTCAAC-GTG
gi|21 : taCATCACTTAAATACATA------ACACTTC-----------A------ATA---------T------GCTACAACTGTGTAATA
gi|3 : gTATT-TTAAAC--ATAAACTAGGTACGTCATCTAAATATATA------GCACTTC-----------A------TTA---------C------ACTCCAACTGTGCAATAAT-------AA-AT--CTGC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-TAT-TT-CTATATCCTTTTTGCTGAATCTGAGAAAATGCA-TAATGTGCGCGTCAAAATA
gi|4 : TT-CTAAAA--ATAAACT-GATATGTCACCTAAATATATACATGTAGCACTTC-----------A------TTA---------T------GCCTCAACTGTGTAATAAA-------AATAT--CTAC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---CAG--T-TATG-C-------------TCATAA---A--G---TC--TCCCTCT------G--T-T-TT-CTATATTTTCAGTGCCTAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTTCACTTC
gi|5 : ttAAA--ATAAACC-GGTAGGTCATTTAAATATATA------GCACT-C-----------A------TTA---------T------GCCCTAACTGTGTAACAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTAT------A--CCATT--C--TA-A-T---G---TTA--C-AGTG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------G--T-C-TT-CTATATCTTCTTTGCCAAATTTGCAAATCTGGATTCATGTGTGCATCAAAATA
gi|6 : TATA-CTAAAAG-ATAA-CT-GCTGCATCACCTGGATATA--------ACACTGC-----------AGACGTATCA---------CAATTTTGCATCAACCGTGTT-TAAA-------AA-A---CTGCCAGCAG---TG---AATAATATTGTCTCA-TTTTCT------A---TGTTAAG--TAGA-TTAAG---TTAATT-GATA-AATTTTATTGATTCTCAAAA---A--TTGATGCATCTCTCT------TT-T-C-TT-
gi|7 : tttcactAAAA--ATAAACT-GGTATGTC--CAAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--C-GATG-G-------------TCATAA---A--GTGATG--CCTCTCT------G----------------TTCTTTGCTGAATTTGAGAATCTGGA-TAATGTACACTTCAAAATAtc
gi|8 : -----------A------TTT---------C------GTCCCAAACATGCAATCAA-------AA-AT--GT-C----AG---CATTCAGTAATATTTTCTTA-TTTTAT------AGGCC-TG--G--GG-A-A---GAGTTTA--TAAATGTA-------------GAACAAATCA--GTGATG--TCTCTCT------CTGT-T-TT-CTGT
gi|9 : aactgtcgcgtctccggaatatggcatactgttggcttgcaacaTAAATATATA------ACGCTTC-----------G------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAACAAAGTAACAAAA-ATT-CTTC----AG---TG---GGTAAAGTTGTCTTG-TTTACT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATA-T-------------CCATAA---A--GTGGTG--TCTCCCT------CT-G-TATT-CTGTATTTGCTTTGCCGAATCAGAGAATATG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 1111111 111111111111111 111111111
lowQualScore : 4 77 3 77777777 1 8888888888888888888888888888888888888 3333333 3 77 2 6666 6666 555 3 888888 444 33 33 2 2 555 555 33 2 666666666666666 555 33 66 888888888 2 2 2 1 2 5 0
lowQualScore : . .. . ........ . ..................................... ....... . .. . .... .... ... . ...... ... .. .. . . ... ... .. . ............... ... .. .. ......... . . . . . . .
lowQualScore : 4 33 1 44444444 6 8888888888888888888888888888888888888 1111111 1 33 3 5555 4444 444 1 222222 666 99 99 9 9 000 000 99 9 111111111111111 000 99 99 444444444 9 9 9 2 0 0 6
consensus : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------C------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
Reference ( family-2511 ) : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------C------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
gi|1 : ATT-CTAAAA--ATAAACT-GCTGCTTCACCTAAATATAGC------ACACTGCAGAATTGAATGA------TTT---------C------ACCTCAACCGTGTAATAAA-------AA-AG--TGTC----AGCAATG---AATAAAATTGTCTTA-TTTTCTAAGAAAA--GAATT--GATCA-ATT---G---TAA--T-TATG-T-------------CCAAAA---T--GTAATGTATATCTCT------G--T-T-TT-CTTTCTATTCTTGGCCGACTGTGAGAATC
gi|10 : ttggaagatgaaagttttaattcataaatattttttggaatcaatatcaatgtgcacttattcctcattcatcaaaattttcacttcttgttaatggaccccagatttaatggtctctagctgcctatatctaccaggtttaactaataATT-TTTAAA--ATAAACT-GGTATGTCAC-------------------ACTTC-----------A------CTA---------T------GCCCCAACTTTGTAATGCA-------AA-CT--CTTT----AG---AG---AATAAAGTTGTCTTATTTTTCT------G--CCATT--A--TT-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--TTGATG----TCTCT------GT-T-T-TT--TATA
gi|11 : ACGTCACCTGAATATATA------ACACTTC-----------A------TTG---------T------GCCTCAACTGTGTAATAAA-------AT-CT--TTTT----AG---AG---TGTAAA---GTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-C-T---A---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--T
gi|12 : TAAAA--ATAAACT-GGCACGTCACTTAAATATATA------ACACTTA-----------A------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--TTTC----AG---AG---AGTAAAG--------------T------A--ACAGT--G--TA-A-T---G---TTT--T-AATG-A-------------TC---A---A--GTGATG--TATCTtccactactattgcaata
gi|13 : CT------A--CCATT--G--TG-A-T---G---TAA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TATCTCT------G-------T-CTACATCTT-TTTGCCGGAT-----AATCTGGC-TAACACACGCATCAACAT
gi|14 : attgacTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TAATAA---A--GTGATG--TCTCTTT------G--T-T-TT-CTATTTCTTCTTCGCCGAATCTGAGAATCTTGA-TAgcatg
gi|15 : TAAAA--ATAACTT-GGTACGTCACTTAAATATATA------ACAC--------------G------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---GA---AGTAAAGTTATTT
gi|16 : TATT-CTAAAA--ATAAGCT-GGTACGTTACCTGAATATGGC------ACACTGC-----------A------
gi|17 : tttgactATG--TCTCTCT------GT-T-T-T--CTATATATTCTTTGTCCAATCTTAGAATCTGGT-TAATATGTGCATCAAAgacatataaaatcacaaattgtgttt
gi|18 : aaGATG--TTTCTCT------GT-T-T-T--CTATATCGTCTTGTCCGAATCTGAGCATCTGAA-TAATGTGCGCATC
gi|19 : TATT-TTAAAA--ATAAAGT-GGTACGTCACCTAAATAGATT------ACACTTC-----------A------T------------------GCCCCAAC
gi|2 : ctTATTACTTAAC--ATCAAC--GGAACGTCACCTGCATATAGC------ATACTGC-----------AGAC---TTATAACGATTTC------ACCACAACT-----ATAAAC------AA-ATGACAGT----AG---TA---AATGAAAGTGTTGTA-ATTTCT------A-----TG--G--AA-A-C---A---ATA--T-GATA-A-------------AAATGA---AATGTGATG--TTTCTCTTTGGTTGT-T-T-TTTCTG-ATTTTCTCTGCCGACTGTGAGAATC
gi|20 : atttgaaaatcaaaattgtaatcattatcatttttcgaaatcaatactacgtagatcaaaagctcctttggcccactttataagccttgtaaatagacaacgatccaactgcctaaatatatttcaT-CTAAAATAATAAACT-GGTACGTCACTT-----TATA------ACACTT------------A------TTA---------T------GCCTCAAC-GTG
gi|21 : taCATCACTTAAATACATA------ACACTTC-----------A------ATA---------T------GCTACAACTGTGTAATA
gi|3 : gTATT-TTAAAC--ATAAACTAGGTACGTCATCTAAATATATA------GCACTTC-----------A------TTA---------C------ACTCCAACTGTGCAATAAT-------AA-AT--CTGC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-TAT-TT-CTATATCCTTTTTGCTGAATCTGAGAAAATGCA-TAATGTGCGCGTCAAAATA
gi|4 : TT-CTAAAA--ATAAACT-GATATGTCACCTAAATATATACATGTAGCACTTC-----------A------TTA---------T------GCCTCAACTGTGTAATAAA-------AATAT--CTAC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---CAG--T-TATG-C-------------TCATAA---A--G---TC--TCCCTCT------G--T-T-TT-CTATATTTTCAGTGCCTAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTTCACTTC
gi|5 : ttAAA--ATAAACC-GGTAGGTCATTTAAATATATA------GCACT-C-----------A------TTA---------T------GCCCTAACTGTGTAACAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTAT------A--CCATT--C--TA-A-T---G---TTA--C-AGTG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------G--T-C-TT-CTATATCTTCTTTGCCAAATTTGCAAATCTGGATTCATGTGTGCATCAAAATA
gi|6 : TATA-CTAAAAG-ATAA-CT-GCTGCATCACCTGGATATA--------ACACTGC-----------AGACGTATCA---------CAATTTTGCATCAACCGTGTT-TAAA-------AA-A---CTGCCAGCAG---TG---AATAATATTGTCTCA-TTTTCT------A---TGTTAAG--TAGA-TTAAG---TTAATT-GATA-AATTTTATTGATTCTCAAAA---A--TTGATGCATCTCTCT------TT-T-C-TT-
gi|7 : tttcactAAAA--ATAAACT-GGTATGTC--CAAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--C-GATG-G-------------TCATAA---A--GTGATG--CCTCTCT------G----------------TTCTTTGCTGAATTTGAGAATCTGGA-TAATGTACACTTCAAAATAtc
gi|8 : -----------A------TTT---------C------GTCCCAAACATGCAATCAA-------AA-AT--GT-C----AG---CATTCAGTAATATTTTCTTA-TTTTAT------AGGCC-TG--G--GG-A-A---GAGTTTA--TAAATGTA-------------GAACAAATCA--GTGATG--TCTCTCT------CTGT-T-TT-CTGT
gi|9 : aactgtcgcgtctccggaatatggcatactgttggcttgcaacaTAAATATATA------ACGCTTC-----------G------TTA---------T------GCCCCAACTGTGTAACAAAGTAACAAAA-ATT-CTTC----AG---TG---GGTAAAGTTGTCTTG-TTTACT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATA-T-------------CCATAA---A--GTGGTG--TCTCCCT------CT-G-TATT-CTGTATTTGCTTTGCCGAATCAGAGAATATG
blockSeqs : A TA A TACATGTA T AGACTTATAACGATTTC GTAACAA T GA T CAGC A TTC T . GGC AA . G . TAA AGT AT A AATTTTATTGATTC ATC AT CA TTGGTTGT A A T C C T
blockSeqs : . G . TA T AGACGTATCACAATTTT C . T T . A . . . C . . . . . . . . TA . . . CTG . . . C C .
blockSeqs : . . . TA T ACTAT . . . T . A . . . C . . . . . . . . A . . . GT . . . A C .
blockSeqs : . . . TA G ATTGT . . . T . G . . . A . . . . . . . . A . . . GT . . . C G .
blockSeqs : . . . GC T ATTAT . . . G . T . . . C . . . . . . . . A . . . GT . . . T C .
blockSeqs : . . . TT G GTTAT . . . G . T . . . C . . . . . . . . A . . . GT . . . C C .
blockSeqs : . . . GC T ATTAT . . . A . T . . . C . . . . . . . . A . . . TT . . . T T .
blockSeqs : . . . TA T AATAT . . . T . A . . . C . . . . . . . . A . . . CT . . . C T
blockSeqs : . . TA T ATTAC . . . G . T . . . C . . . . . . . . A . . . G . . . T C
blockSeqs : . . TA T ATTAT . . . T . A . . . C . . . . . . . . C . . . G . . . . .
blockSeqs : . . TA G ATTAT . . . T . C . . . C . . . . . . . . A . . . G . . .
blockSeqs : . . TA T ATTAT . . . . . T . . . . . . . . . . . . G . . . G . . .
blockSeqs : TA T ATTTC . . . . . . . . . . T . . . G . . .
blockSeqs : . . GTTAT .
blockSeqs : . . AT .
blockSeqCons : ATTAT******************************** N*** ****** ** ** GT*******
originalCons : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTC-----------A------TTA---------C------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCT------GT-T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
finalCons : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACTTCATTAT--------------------------------GCCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AGN---G---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCTGT-------T-T-TT-CTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111 111111111 1111111 111111111111111 11 2222222
lowQualScore : 4 77 3 77777777 444444444444444444 33 000000000 777777 3333333 3 77 2 6666 6666 555 3 888888 33 33 33 2 2 555 555 33 2 666666666666666 555 33 00 2222222 2 2 1 2 5 0
lowQualScore : . .. . ........ .................. .. ......... ...... ....... . .. . .... .... ... . ...... .. .. .. . . ... ... .. . ............... ... .. .. ....... . . . . . .
lowQualScore : 4 33 1 44444444 333333333333333333 44 000000000 222222 1111111 1 33 3 5555 4444 444 1 222222 99 99 99 9 9 000 000 99 9 111111111111111 000 99 33 0000000 9 9 2 0 0 6
consensus : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACT---------TC---A---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCTG-----T-T-T-TTCTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
Reference ( family-2511 ) : TATT-CTAAAA--ATAAACT-GGTACGTCACCTAAATATATA------ACACT---------TC---A---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---NG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCTG-----T-T-T-TTCTATATCTTCTTTGCCGAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTGCGCATCAAAATA
gi|1 : ATT-CTAAAA--ATAAACT-GCTGCTTCACCTAAATATAGC------ACACT---------GCAGAA---TTGAAT---------GATTTCACCTCAACCGTGTAATAAA-------AA-AG--TGTC----AGCAATG---AATAAAATTGTCTTA-TTTTCTAAGAAAA--GAATT--GATCA-ATT---G---TAA--T-TATG-T-------------CCAAAA---T--GTAATGTATATCTCTG-------T-T-TTCTTTCTATTCTTGGCCGACTGTGAGAATC
gi|10 : ttggaagatgaaagttttaattcataaatattttttggaatcaatatcaatgtgcacttattcctcattcatcaaaattttcacttcttgttaatggaccccagatttaatggtctctagctgcctatatctaccaggtttaactaataATT-TTTAAA--ATAAACT-GGTATGTCAC-------------------ACT---------TC---A---CT--AT---------G------CCCCAACTTTGTAATGCA-------AA-CT--CTTT----AG---AG---AATAAAGTTGTCTTATTTTTCT------G--CCATT--A--TT-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--TTGATG----TCTCTG-----T-T-T-TT-TATA
gi|11 : ACGTCACCTGAATATATA------ACACT---------TC---A---TT--GT---------G------CCTCAACTGTGTAATAAA-------AT-CT--TTTT----AG---AG---TGTAAA---GTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-C-T---A---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--T
gi|12 : TAAAA--ATAAACT-GGCACGTCACTTAAATATATA------ACACT---------TA---A---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--TTTC----AG---AG---AGTAAAG--------------T------A--ACAGT--G--TA-A-T---G---TTT--T-AATG-A-------------TC---A---A--GTGATG--TATCTtccactactattgcaata
gi|13 : CT------A--CCATT--G--TG-A-T---G---TAA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TATCTCTG------------TCTACATCTT-TTTGCCGGAT-----AATCTGGC-TAACACACGCATCAACAT
gi|14 : attgacTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TAATAA---A--GTGATG--TCTCTTTG-------T-T-TTCTATTTCTTCTTCGCCGAATCTGAGAATCTTGA-TAgcatg
gi|15 : TAAAA--ATAACTT-GGTACGTCACTTAAATATATA------ACAC---------------G---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---GA---AGTAAAGTTATTT
gi|16 : TATT-CTAAAA--ATAAGCT-GGTACGTTACCTGAATATGGC------ACACT---------GC---A---
gi|17 : tttgactATG--TCTCTCTG-----T-T-T-T-CTATATATTCTTTGTCCAATCTTAGAATCTGGT-TAATATGTGCATCAAAgacatataaaatcacaaattgtgttt
gi|18 : aaGATG--TTTCTCTG-----T-T-T-T-CTATATCGTCTTGTCCGAATCTGAGCATCTGAA-TAATGTGCGCATC
gi|19 : TATT-TTAAAA--ATAAAGT-GGTACGTCACCTAAATAGATT------ACACT---------TC-----------AT---------G------CCCCAAC
gi|2 : ctTATTACTTAAC--ATCAAC--GGAACGTCACCTGCATATAGC------ATACT---------GC---AGACTT--ATAACGATTTCA------CCACAACT-----ATAAAC------AA-ATGACAGT----AG---TA---AATGAAAGTGTTGTA-ATTTCT-----------ATG--G--AA-A-C---A---ATA--T-GATA-A-------------AAATGA---AATGTGATGTTTCTCTTTGGTTGTT-T-T-TTCTG-ATTTTCTCTGCCGACTGTGAGAATC
gi|20 : atttgaaaatcaaaattgtaatcattatcatttttcgaaatcaatactacgtagatcaaaagctcctttggcccactttataagccttgtaaatagacaacgatccaactgcctaaatatatttcaT-CTAAAATAATAAACT-GGTACGTCACTT-----TATA------ACACT---------T----A---TT--AT---------G------CCTCAAC-GTG
gi|21 : taCATCACTTAAATACATA------ACACT---------TC---A---AT--AT---------G------CTACAACTGTGTAATA
gi|3 : gTATT-TTAAAC--ATAAACTAGGTACGTCATCTAAATATATA------GCACT---------TC---A---TT--AC---------A------CTCCAACTGTGCAATAAT-------AA-AT--CTGC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCTG-----T-TAT-TTCTATATCCTTTTTGCTGAATCTGAGAAAATGCA-TAATGTGCGCGTCAAAATA
gi|4 : TT-CTAAAA--ATAAACT-GATATGTCACCTAAATATATACATGTAGCACT---------TC---A---TT--AT---------G------CCTCAACTGTGTAATAAA-------AATAT--CTAC----AG---TG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---CAG--T-TATG-C-------------TCATAA---A--G---TC--TCCCTCTG-------T-T-TTCTATATTTTCAGTGCCTAATCTGAGAATCTGGA-TAATGTTCACTTC
gi|5 : ttAAA--ATAAACC-GGTAGGTCATTTAAATATATA------GCACT----------C---A---TT--AT---------G------CCCTAACTGTGTAACAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTAT------A--CCATT--C--TA-A-T---G---TTA--C-AGTG-A-------------TCATAA---A--GTGATG--TCTCTCTG-------T-C-TTCTATATCTTCTTTGCCAAATTTGCAAATCTGGATTCATGTGTGCATCAAAATA
gi|6 : TATA-CTAAAAG-ATAA-CT-GCTGCATCACCTGGATATA--------ACACTGCAGACGTATC---ACAATT--TT---------G------CATCAACCGTGTT-TAAA-------AA-A---CTGCCAGCAG---TG---AATAATATTGTCTCA-TTTTCT------A---TGTTAAG--TAGA-TTAAG---TTAATT-GATA-AATTTTATTGATTCTCAAAA---A--TTGATGCATCTCTCTT-----T-T-C-TT
gi|7 : tttcactAAAA--ATAAACT-GGTATGTC--CAAAATATATA------ACACT---------TC---A---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAATAAA-------AA-AT--CTTC----AG---AG---AGTAAAGTTGTCTTA-TTTTCT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--C-GATG-G-------------TCATAA---A--GTGATG--CCTCTCTG--------------------TTCTTTGCTGAATTTGAGAATCTGGA-TAATGTACACTTCAAAATAtc
gi|8 : ---A---TT--TC---------G------TCCCAAACATGCAATCAA-------AA-AT--GT-C----AG---CATTCAGTAATATTTTCTTA-TTTTAT------AGGCC-TG--G--GG-A-A---GAGTTTA--TAAATGTA-------------GAACAAATCA--GTGATG--TCTCTCTC-----TGT-T-TTCTGT
gi|9 : aactgtcgcgtctccggaatatggcatactgttggcttgcaacaTAAATATATA------ACGCT---------TC---G---TT--AT---------G------CCCCAACTGTGTAACAAAGTAACAAAA-ATT-CTTC----AG---TG---GGTAAAGTTGTCTTG-TTTACT------A--CCATT--G--TA-A-T---G---TTA--T-GATA-T-------------CCATAA---A--GTGGTG--TCTCCCTC-----T-G-TATTCTGTATTTGCTTTGCCGAATCAGAGAATATG