lowQualScore : 3 1 55555 33 1
lowQualScore : . . ..... .. .
lowQualScore : 3 4 99999 22 3
consensus : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( gi|8 ) : CATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|4 : CATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAAT
gi|10 : CATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATGtag
gi|11 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|18 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAA
gi|9 : ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|3 : tATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|13 : atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|14 : ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|7 : ATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGAa
gi|12 : tATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|16 : atATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|1 : ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|15 : gaaagtatTCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|6 : TCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAg
gi|17 : atagCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|5 : TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAg
gi|2 : tgaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAATCATGGCCGGTAAATATGAGTGTAATTAATGAGAA
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 55555 22
lowQualScore : . ..... ..
lowQualScore : 0 33333 99
consensus : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 ) : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1 : ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10 : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12 : ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13 : atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14 : ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15 : TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16 : ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17 : CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19 : TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2 : taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3 : aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4 : atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5 : TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6 : tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7 : atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8 : tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9 : ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 55555 22
lowQualScore : . ..... ..
lowQualScore : 0 33333 99
consensus : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 ) : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1 : ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10 : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12 : ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13 : atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14 : ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15 : TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16 : ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17 : CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19 : TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2 : taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3 : aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4 : atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5 : TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6 : tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7 : atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8 : tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9 : ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
blockSeqs : C TCGTG AG
blockSeqs : C . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : C . .
blockSeqs : A . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
finalCons : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA
Alignments
lowQualScore : 1 55555 22
lowQualScore : . ..... ..
lowQualScore : 0 33333 99
consensus : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 ) : CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1 : ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10 : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12 : ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13 : atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14 : ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15 : TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16 : ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17 : CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18 : ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19 : TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2 : taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3 : aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4 : atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5 : TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6 : tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7 : atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8 : tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9 : ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA