lowQualScore                  :           3     1                55555   33      1       
lowQualScore                  :           .     .                .....   ..      .       
lowQualScore                  :           3     4                99999   22      3       
consensus                     :      CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( gi|8 )            :      CATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|4                          :      CATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAAT
gi|10                         :      CATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATGtag
gi|11                         :       ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|18                         :       ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAA
gi|9                          :       ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|3                          :      tATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|13                         :     atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|14                         :       ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|7                          :       ATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGAa
gi|12                         :      tATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|16                         :     atATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|1                          :       ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|15                         : gaaagtatTCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|6                          :         TCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAg
gi|17                         :      atagCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|5                          :            TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAg
gi|2                          :         tgaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TAATCATGGCCGGTAAATATGAGTGTAATTAATGAGAA
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :              1                      55555   22              
lowQualScore                  :              .                      .....   ..              
lowQualScore                  :              0                      33333   99              
consensus                     :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 )      :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1                          :          ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10                         : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12                         :          ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13                         :        atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14                         :          ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15                         :            TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16                         :          ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17                         :             CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19                         :            TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2                          :            taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3                          :         aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4                          :       atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5                          :               TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6                          :         tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7                          :      atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8                          :        tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9                          :          ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :              1                      55555   22              
lowQualScore                  :              .                      .....   ..              
lowQualScore                  :              0                      33333   99              
consensus                     :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 )      :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1                          :          ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10                         : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12                         :          ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13                         :        atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14                         :          ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15                         :            TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16                         :          ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17                         :             CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19                         :            TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2                          :            taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3                          :         aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4                          :       atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5                          :               TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6                          :         tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7                          :      atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8                          :        tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9                          :          ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA


blockSeqs                     :              C                      TCGTG   AG
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :              C                      .       . 
blockSeqs                     :              A                      .       . 
blockSeqs                     :                                     .       . 
blockSeqs                     :                                     .       . 


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
finalCons                     :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA






Alignments
lowQualScore                  :              1                      55555   22              
lowQualScore                  :              .                      .....   ..              
lowQualScore                  :              0                      33333   99              
consensus                     :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
Reference ( family-248 )      :         CATTCNTGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
gi|1                          :          ATTTATGGCAGGTAAATATTAGTAGCA-----TTA--AGTGTAATTAACGA
gi|10                         : gaaagtatCATTCCTGGCAAATAAATATGAATGTCA-----TAA--AGTGTAGTTAATG
gi|11                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|12                         :          ATTCATAACAGGTAAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAA-TAAT
gi|13                         :        atATTCATGACAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATAAATGt
gi|14                         :          ATTCCTGGCAGGTAAATATGAATAAC-------AA--AGTGTAATGAATGA
gi|15                         :            TCCCGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGAa
gi|16                         :          ATTCAGGGCATGTAAATATGAATGAAT-----TAA--AGTGTAATAAATGg
gi|17                         :             CCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTGATGA
gi|18                         :          ATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAATg
gi|19                         :            TCATGGCCGGTAAATATG-----------------AGTGTAATTAATGA
gi|2                          :            taaTGGCAGTTAAATATGAATGACATCGTGTAA--TGTGTAATTAATGgaa
gi|3                          :         aATTCATGGCAGATGAATATGAATAACA-----TAA--AGTGTAATTAATGAggaa
gi|4                          :       atCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TCA--AGTGTAGTTAATg
gi|5                          :               TGACAGGTAAATATGAATGACA-----CAAAGAGTGTAATTAATGAtag
gi|6                          :         tgaTCATGGCAGGTAAATATGGGTAACA-----TAA--AGTGCAATTAAGGAga
gi|7                          :      atagATTCATGGCAGGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTATAATAAAAGA
gi|8                          :        tCATTCCTGGCAAGTAAATATGAATGACA-----TAA--AGTGTAGTTAATGA
gi|9                          :          ATTCATGGCAGGAAAATATGAATGATA-----TAA--AGTGTAATTAATGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GTTAATATGAGCAACAAAAAATGTAATTAATGAAA