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Reference ( gi|1 ) : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTTGA-TTACCCCCTTT-ACC-GA--T-----AAA--------G-A-----------------AA-A-AAAT--GA----CC------CC------GT----T-----TTAAAAAACTTGAA--TGCC-----AAAAAGCAAAAAAAAAGGGGGGGGGG--AA-AGG---GTT--A---TTGG-TTTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTTCACACTGGGCCATGGTTACACAAACTGCATT-CAATCAACTATTTCACCGATCAGATTTAGA-GATTTATCTACGAACCA--GGG-CTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAA-ACA-AAAACCAATTCCCTTT---GG----CCGTTTTTCCA-TGACAAGTCGAAATGCATGA-----A--AAAAT----ACAATATTTAT---CGGAGG-TCCG--AAAAGATG-----TGGAACACAG--------AAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAGAGTGCCGGTAT-CCACACGTTGCAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACT------TATTTAACA-TGT-------TTACCTGTCTCAAATCGCTGTATACGAAGAACTAT----GTTCGATTTTCACGTTTTTA---AAGCTA-ATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCAGTGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGATTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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consensus : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAA-AT---AA--T-G-CCAAAAAGCAAAAAAAAAGGGTAGGGGNTATAG-G---GTT--AT-GGATTTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAA-----ANNTNTGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
Reference ( family-243 ) : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAA-AT---AA--T-G-CCAAAAAGCAAAAAAAAAGGGTAGGGGNNATAG-G---GTT--ATNGGATTTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGACCACGGTCATACCAACT-CATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAA-----ANNTNTGGA----A----CACANAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANNTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAATGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GTATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTA---AAAATACATGAAGTTNT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGCCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
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gi|12 : tatatatatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaggcggcagtatcggtgtttgaattaccccctttaccgataaagaaaaaaatcacacccctttacaaaaaatgcccccccccccccccccaaatcttaacccccgcaccaatatattttttgtatagctcttaccctaacccataaagcaaaaataaaaataaaaaaaaatatagggggcgggttgggttattttttttaaaaaaTTAATGGACAAGAGTAAAGTGAATTCCGTTTTTGTATTTTGAATAttgtggttgaggactgtgatttctgcaatgtatataaattacacggaatg
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gi|14 : caggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttactgataaagaaccacccctcccccactttaaaaaaaaaattgccaaaaagcaaaaaaaaaattgCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------AACCCCATTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAATA--AA-AT--CA------CCCC-C----TTT-AAAAA-AT-------T-G-CCttagggtaagggcaaaaaaaatatagggggtggggagaggggcaattttttaaagggggtgattttatttctttatcggtaaatggggttatccaaacaccgatactgccgcctgtgaacgtaatttagactttaga
gi|15 : caggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttactgataaagaaccacccctcccccactttaaaaaaaaaattgccaaaaagcaaaaaaaaaattggtctatatatctaattccataaccctataaccccaaccctttttttcagctttatgggttacggttagggggttagggtaagggcaaaaaaaatatagggggtggggagaggATCCACGATC-CCGGGCTGGTTAGCACTACAAATGGTTGTT-GTTTCCATA---ACGATCCCGGGCTGGTTC----AGAAAC-AAAAATCAATTCCCTTCA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAATAT----CT---AACATTTATAGCAGGTTGG----AAAACATTAATTCTGGA----A----CACTCAAAATGCC-AAAATAACCGCGATTCATCAATAATTCTCCCAATTTGCTAGTAT-GTACGAGTTGAAAATAAAAATTAAATGT--AAATGGAAGTTCATTAACA------GCATTACCCGATACAAATCtgaacgtaatttagactttaga
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gi|9 : atgaagttccactgaccaatcagattgctgctttcataattcattcggcgccaggttgatgaagagaaaagtgagttccgtTT--ATAG--TTTAGATAGATTTAT--AGATAAGGTTACCAATTTGAAACTGGGTCACAATTATACCACCT-CATT-AAATCAAATATTTCACGGATCAAATTTAAA-GATTTATCCTCGAAC-CTGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-AGTTGCGAA---AC---------------C----GAAAACAAAAAATAAATTCCATTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTTAAAATACATGAAAAACAAAAACAACAAC---AACATTTA---CAGGTTGG----AAA-----ACCTAAAGA----A----CACACAAA
gi|9 : CAAGCGACAGTATCTGTGCTCGGAC---------AACCCAATTTAACTGACCT------AAAATATATATA----AAA-A--AA-AT---A----C-CCCaattaacttatgttcataagtattcatataattttttttaaatgagacaaaaatgagtggtgtggtgttggggtattttttttatatatattttaggtcagttaaattgggttgtccgagcacagatactgtcgcttgtt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|5 ): AACCATTCTTATCATACAATTATAAACTCTTTTTATCATTAATTGAGATAAATCATAACATGCCTGTAATATCCACTTTAAGCTGTTTAGTTGAATAAACATGTGTTACATGTCCGTTTATCTCAAGTCTGGGGACATCTAATAATTTACTTTCAAATTACATACTGAGTTCCACCTGCAACCTTTAATCTTTCCTCTCTATGTGTAACTTATTACGTGTTTACAATTGACGTAAATTTGGAATGGTGTATTATTAAGATTAAATATCGTCAATCCATTGTATAGACGTAGTTAAGGCAATATAACCAGGACAGGAGTATATAGCATGCGTAACAATAGGACTGATATTTGATTTCTTCGATATATTTGTTATAATCTAATCATGTTCATATTTCAAGTACATATTATGTCGGTTTATCTACTATCGATACCTCCTGACAGATCCTAATGAATGAACACATCATTGTTTTAACACTTTTTTTTTATAACAATGATTATACGTATAATGTAGAATCATTATTCA
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consensus : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAA-AT---AA--T-G-CCAAAAAG--CAAAAAA-AAAGGGT-GGGGTTATAGGGTT--ATGGAT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAAACATT-----TGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
Reference ( family-243 ) : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAA-AT---AA--T-G-CCAAAAAG--CAAAAAA-AAAGGGTAGGGGNTATAGGGTT--ATGGAT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAAANNTN-----TGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
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gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatggatgtaacccaagattgaatacgaggatacaccagtgttccctctgaggtcgtagtttaaccacaggcggcacaatcggtgtttggattaccgcctttaccgataaagaaaaaaattagccccctttaaaaacattgctaaaaataaaaaataacattttttcccaggagtggttccctgcatgcatatttatatagaacgaaattccagtcaccagtccactgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaaactaggacacctttcctaattatttcttgaaacagtacgttattcagtactacgttgttttacgaagtttctagtatatatcaatatgagtgttgttacatggtatgcatatgttctatcttgattcattttctagcaatttaatcaCAGGCGGCACTATCGGTCTTTGGAT---------TACCGCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----T-CCCC-C----TTT-AAAAA-A----AA--T-G-CCAAAAA
gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatagatgcaagccaagattgaatacgaagatacaccagtcttccctctgaggtcgtagtttaaccaCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--tatttttttttttcgggagtggttccctgcgtgcatatttatatagaacgaaatgcaagtcaccagtcctctgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaagctaaaacaaatttcctaattatttgttgaaacactacattcttctgtactacgttgttttacgaagtttctagtatttatcaatatgggttatgttacatggtatacatattttctatcttgattcattttctagcaatttaatcacaggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttaccga
gi|8 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatagatgcaagccaagattgaatacgaagatacaccagtcttccctctgaggtcgtagtttaaccacaggcggcactatcggtctttggattaccgcctttaccgataaagaaaaaaatcatccccctttaaaaaaaatgccaaaaatatttttttttttcgggagtggttccctgcgtgcatatttatatagaacgaaatgcaagtcaccagtcctctgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaagctaaaacaaatttcctaattatttgttgaaacactacattcttctgtactacgttgttttacgaagtttctagtatttatcaatatgggttatgttacatggtatacatattttctatcttgattcattttctagcaatttaatcaATGAAGTTCC---ACTGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGCCAGGTTGATGAA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTATATTTTGAATA
gi|8 : AT--ATACAAGGTTACAAACTTCACACTGGGCCACGGTTACACCAACTGCATT-CAATCAACTATTTCACCGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CAGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGAA-GTTTCAGAAACCAC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAATAT----AC---AATAATTATCGCAGATCGGAA--AAAAGATG-----TGGA----A----CACAGAAAATGCC-AACATAACCGCGATTAATCAATAATTATCCAGA-GTGCCGGTAT-CCACACGTTGCAAACAAAACTTAAGTGC--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GT-TTACCTGTCTCAAATTATT--GTATCCAAAGAACTATGTTTGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATATA-GAAaaaacgtgaaaaacaaacatagttctttggatacaataatttgagacaggtaaacatgttaaataagttccatttgcacttaagttttgtttgcaacgtgtggataccggcactctggataattattgattaatcgcggttatgttggcattttctgtgttccacatcttttttccgatctgcgataattattgtatattttcatgcatttcgacttgtcacggaaaaacggttaaagggaattgatttttgttttcggtggtttctgaaacttcaaccatttatagtgttaaccagccctggttcgtggataaatctctaaatttgatcggtgaaatagttgattgaatgcagttggtgtaaccgtggcccagtgtgaagtttgtaaccttgtatat
gi|9 : atgaagttccactgaccaatcagattgctgctttcataattcattcggcgccaggttgatgaagagaaaagtgagttccgtTT--ATAG-T-TTAGATAGATTTAT--AGATAAGGTTACCAATTTGAAACTGGGTCACAATTATACCACCT-CATT-AAATCAAATATTTCACGGATCAAATTTAAA-GATTTATCCTCGAAC-CTGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-AGTTGCGAA---AC---------------C----GAAAACAAAAAATAAATTCCATTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTTAAAATACATGAAAAACAAAAACAACAAC---AACATTTA---CAGGTTGG----AAAACCTA-----AAGA----A----CACACAAA
gi|9 : CAAGCGACAGTATCTGTGCTCGGAC---------AACCCAATTTAACTGACCT------AAAATATATATA----AAA-A--AA-AT---A----C-CCCaattaacttatgttcataagtattcatataattttttttaaatgagacaaaaatgagtggtgtggtgttggggtattttttttatatatattttaggtcagttaaattgggttgtccgagcacagatactgtcgcttgtt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore : ......... . .. ...... ............. . .. . .......... . .... . .......... . . .. . ..... . .... .. . ... . . . .... .. . . . . . . . . . ... ..................... . . ....... ..... ......... .. . . .... . ...... .... .... .. . . .. . . . .. . . . .. . ......... . .. . .. .. . . . . . .... . . ... .
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Reference ( family-243 ) : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAA-AT---AA--T-G-CCAAAAAG--CAAAAAA-AA-----AGGGT-GGGGTTATAGGGTT--ATGGAT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAAACATT-----TGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
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gi|12 : ACACTATAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------TTTCGGAAAAC-AAAAATCAATTTCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AATATTTATCGCAGGTCGG----AAAAAATG-----TGAA----A----CACAGAAAATGCC-AATATAACCACAATTTATCAATAATTCTCCAAGAGTGCCGGTAT-CCATACGTTGTAAACAAAACTTACGCGT--AAATGGCACTTATTCAACAT-----GT-TTACCTGTCTCAAATTACT--GTATTTGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACAaaaacgtgaaaaacgaacatagttcttcaaatacagtaatttgagacaggtaaacatgttgaataagtgccatttacgcgtaagttttgtttacaacgtatggataccggcactcttggagaattattgataaattgtggttatattggcattttctgtgtttcacattttttccgacctgcgataaatattgtattttttcatgcatttcgacttgtcacggaaaaacggtcaaaggaaattgatttttgttttccgaaagtttcggaaactacaaccatttatagtgt
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gi|14 : agtgttaaccagctctggttcgtggataaatctttatatttgatcagtgaaatagttgaatgaatgcagttagtgtaaccatggtcaagtgtggtgttggttaccttgtttatatatctaaatccaaaaacaaacattttgtttgttattcttttttttttttttttgggggggggttaattttttttaaCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACTGA--T------AAA--------G----AAC-C--AC-CC--CT----C-CCCCAC----TTT-AAAAA-AA---AAATT-G-CCAAAAAG--CAAAAAA-AA-----Atgcataaaacggcacttaaatttaaaccaaactgttttaga
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gi|14 : caggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttactgataaagaaccacccctcccccactttaaaaaaaaaattgccaaaaagcaaaaaaaaaattgCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------AACCCCATTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAATA--AA-AT--CA------CCCC-C----TTT-AAAAA-AT-------T-G-CCttagggtaagggcaaaaaaaatatagggggtggggagaggggcaattttttaaagggggtgattttatttctttatcggtaaatggggttatccaaacaccgatactgccgcctgtgaacgtaatttagactttaga
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gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatggatgtaacccaagattgaatacgaggatacaccagtgttccctctgaggtcgtagtttaaccacaggcggcacaatcggtgtttggattaccgcctttaccgataaagaaaaaaattagccccctttaaaaacattgctaaaaataaaaaataacattttttcccaggagtggttccctgcatgcatatttatatagaacgaaattccagtcaccagtccactgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaaactaggacacctttcctaattatttcttgaaacagtacgttattcagtactacgttgttttacgaagtttctagtatatatcaatatgagtgttgttacatggtatgcatatgttctatcttgattcattttctagcaatttaatcaCAGGCGGCACTATCGGTCTTTGGAT---------TACCGCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----T-CCCC-C----TTT-AAAAA-A----AA--T-G-CCAAAAA
gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatagatgcaagccaagattgaatacgaagatacaccagtcttccctctgaggtcgtagtttaaccaCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--tatttttttttttcgggagtggttccctgcgtgcatatttatatagaacgaaatgcaagtcaccagtcctctgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaagctaaaacaaatttcctaattatttgttgaaacactacattcttctgtactacgttgttttacgaagtttctagtatttatcaatatgggttatgttacatggtatacatattttctatcttgattcattttctagcaatttaatcacaggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttaccga
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gi|9 : atgaagttccactgaccaatcagattgctgctttcataattcattcggcgccaggttgatgaagagaaaagtgagttccgtTT--ATAG-T-TTAGATAGATTTAT--AGATAAGGTTACCAATTTGAAACTGGGTCACAATTATACCACCT-CATT-AAATCAAATATTTCACGGATCAAATTTAAA-GATTTATCCTCGAAC-CTGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-AGTTGCGAA---AC---------------C----GAAAACAAAAAATAAATTCCATTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTTAAAATACATGAAAAACAAAAACAACAAC---AACATTTA---CAGGTTGG----AAAACCTA-----AAGA----A----CACACAAA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|36 : tcaatactttggttaaactgaCAGGCGGCAGTATCTGTGTTTTGAT---------TACCCTCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-AG-AA-AT--C
gi|37 : aaaGCGACAGTGTCGGTGTATAGAC---------CATCCAATTT-ACt
gi|38 : ttttcttgcttttggaggtcatTGAGGATTT----CCGACCAGTCAGATTGCTGCTTTCATAATTCA
gi|39 : GGCGACAGTATCGGTG-TTAGAT---------TACCTCATTT-AC
gi|4 : catgAACTAGACATTGG-CCACTGTCATATCAACT-CATTTCAATCAACTATTTCACT------ATTAAGA-AATTTGTCAACAAAC-TTGGGCTGGTTACCACTACAAATGGTTGAA-GTTTCCGGA---AC---------------T----GAAAAC-AAAAGAC-ATTCCCTTTA------ACAGTTTTTCCGTGACAAGTCG-AATGCATGAAC---AAAAAT----AT---AACATTTATCGTAGGTCAG----AAAGCCTT-----TGGA----A----CATTCAAAATGCCAAAAATAACCACGATTTATCAATAATTATCCAAAGTTACCAGTGTACTACGAGTTGAAAACAAAACATAGATAT--AAATGGAACTTATTTAACAT------CATTATTCACTTCAAATCGCT--GTATTTG-----CTATCGTCGTTTGTTTCAT-TTTTTATTCAAAACATA
gi|40 : CAGGTGACAATATCGGTGTTTGGAT---------Tatatataaatattcatatatgatactataaaaataatatttttaatttaaaaaaaaaaattgtgggaaaggggatgttgaaatgggtttgttcgggtgggggtaaggtaagctttttttttatttcttttggaagtcaggtgaatatggtggtcttaacaccgatactgtcgg
gi|6 : tttaacaCAGGCGGCACAATCGGTGTTTGGAT---------TACCGCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--TA----G-CCCC-C----TTT-AAAAACAT-------T-G-CTAAAAA---TAAAAAA-TA-----A
gi|6 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatggatgtaacccaagattgaatacgaggatacaccagtgttccctctgaggtcgtagtttaaccaCAGGCGGCAATATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------cattttttcccaggagtggttccctgcatgcatatttatatagaacgaaattccagtcaccagtccactgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaaactaggacacctttcctaattatttcttgaaacagtacgttattcagtactacgttgttttacgaagtttctagtatatatcaatatgagtgttgttacatggtatgcatatgttctatcttgattcattttctagcaatttaatcacaggcggcaatatcggtgtttggattaccccctttaccgat
gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatggatgtaacccaagattgaatacgaggatacaccagtgttccctctgaggtcgtagtttaaccacaggcggcacaatcggtgtttggattaccgcctttaccgataaagaaaaaaattagccccctttaaaaacattgctaaaaataaaaaataacattttttcccaggagtggttccctgcatgcatatttatatagaacgaaattccagtcaccagtccactgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaaactaggacacctttcctaattatttcttgaaacagtacgttattcagtactacgttgttttacgaagtttctagtatatatcaatatgagtgttgttacatggtatgcatatgttctatcttgattcattttctagcaatttaatcaCAGGCGGCACTATCGGTCTTTGGAT---------TACCGCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----T-CCCC-C----TTT-AAAAA-A----AA--T-G-CCAAAAA
gi|7 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatagatgcaagccaagattgaatacgaagatacaccagtcttccctctgaggtcgtagtttaaccaCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--tatttttttttttcgggagtggttccctgcgtgcatatttatatagaacgaaatgcaagtcaccagtcctctgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaagctaaaacaaatttcctaattatttgttgaaacactacattcttctgtactacgttgttttacgaagtttctagtatttatcaatatgggttatgttacatggtatacatattttctatcttgattcattttctagcaatttaatcacaggcggcagtatcggtgtttggattaccccctttaccga
gi|8 : ttttttataacaatgattatacgtataatgtagaatcattattcaatatataaccacactttgtcagagcaataagatagatgcaagccaagattgaatacgaagatacaccagtcttccctctgaggtcgtagtttaaccacaggcggcactatcggtctttggattaccgcctttaccgataaagaaaaaaatcatccccctttaaaaaaaatgccaaaaatatttttttttttcgggagtggttccctgcgtgcatatttatatagaacgaaatgcaagtcaccagtcctctgttgttattattggcgcttaattcaaaacaaaagctaaaacaaatttcctaattatttgttgaaacactacattcttctgtactacgttgttttacgaagtttctagtatttatcaatatgggttatgttacatggtatacatattttctatcttgattcattttctagcaatttaatcaATGAAGTTCC---ACTGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGCCAGGTTGATGAA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTATATTTTGAATA
gi|8 : AT--ATACAAGGTTACAAACTTCACACTGGGCCACGGTTACACCAACTGCATT-CAATCAACTATTTCACCGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CAGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGAA-GTTTCAGAAACCAC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAATAT----AC---AATAATTATCGCAGATCGGAA--AAAAGATG-----TGGA----A----CACAGAAAATGCC-AACATAACCGCGATTAATCAATAATTATCCAGA-GTGCCGGTAT-CCACACGTTGCAAACAAAACTTAAGTGC--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GT-TTACCTGTCTCAAATTATT--GTATCCAAAGAACTATGTTTGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATATA-GAAaaaacgtgaaaaacaaacatagttctttggatacaataatttgagacaggtaaacatgttaaataagttccatttgcacttaagttttgtttgcaacgtgtggataccggcactctggataattattgattaatcgcggttatgttggcattttctgtgttccacatcttttttccgatctgcgataattattgtatattttcatgcatttcgacttgtcacggaaaaacggttaaagggaattgatttttgttttcggtggtttctgaaacttcaaccatttatagtgttaaccagccctggttcgtggataaatctctaaatttgatcggtgaaatagttgattgaatgcagttggtgtaaccgtggcccagtgtgaagtttgtaaccttgtatat
gi|9 : atgaagttccactgaccaatcagattgctgctttcataattcattcggcgccaggttgatgaagagaaaagtgagttccgtTT--ATAG-T-TTAGATAGATTTAT--AGATAAGGTTACCAATTTGAAACTGGGTCACAATTATACCACCT-CATT-AAATCAAATATTTCACGGATCAAATTTAAA-GATTTATCCTCGAAC-CTGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-AGTTGCGAA---AC---------------C----GAAAACAAAAAATAAATTCCATTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTTAAAATACATGAAAAACAAAAACAACAAC---AACATTTA---CAGGTTGG----AAAACCTA-----AAGA----A----CACACAAA
gi|9 : CAAGCGACAGTATCTGTGCTCGGAC---------AACCCAATTTAACTGACCT------AAAATATATATA----AAA-A--AA-AT---A----C-CCCaattaacttatgttcataagtattcatataattttttttaaatgagacaaaaatgagtggtgtggtgttggggtattttttttatatatattttaggtcagttaaattgggttgtccgagcacagatactgtcgcttgtt
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finalCons : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT-AAAAAAAA-------T-G-CCAAAAAG--CAAAAAA-AA-----AGGGTGG--GTTATAGGGTT--ATGGAT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAA---AC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAAACATT-----TGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AACTGTTCTTATCATACAATTATAAACTCTTTTTATCATTAATTGAGATAAATCATAACATTCTGTACCTGTAATATCCTCTTTAAGCTGTTTAGTTTAATAAACATGTGTTACATTTCCGTTTATCCCAAGTCTGGGGACATCTAATATTTTACTCCCAAATATGTCACAGCAATTGACATTTCAAATTACATACTGAGTTCCACCTGTAACCTTTAATCTTTCCTCTCTATGTGTAACGCATTATGTGTTTACAATTGACGTAAATCTTTATTTGTTAATTTGGAATGGTGTATTATTAAGATTAAATATCGTCAATCCATTGTATATACGTAGTTAAGGCAATATAACCAGGACAGGAGTATACAGCATGCGTAACAATAGGACTGATATTTGATTTCTTCGATATATTTGTTATAATCTAATCATGTTCATATTTCAAGTACATATTTTGTCGGTTTACCTACTATCGATACCTCCTGACAGATCCTAATGTATGAACGCATCATTGTTTTAACATGGTTTTTTATAACAATGATTATACGTATAATGTAGAATCATTATTCA
Unaligned ( gi|5 ): AACCATTCTTATCATACAATTATAAACTCTTTTTATCATTAATTGAGATAAATCATAACATGCCTGTAATATCCACTTTAAGCTGTTTAGTTGAATAAACATGTGTTACATGTCCGTTTATCTCAAGTCTGGGGACATCTAATAATTTACTTTCAAATTACATACTGAGTTCCACCTGCAACCTTTAATCTTTCCTCTCTATGTGTAACTTATTACGTGTTTACAATTGACGTAAATTTGGAATGGTGTATTATTAAGATTAAATATCGTCAATCCATTGTATAGACGTAGTTAAGGCAATATAACCAGGACAGGAGTATATAGCATGCGTAACAATAGGACTGATATTTGATTTCTTCGATATATTTGTTATAATCTAATCATGTTCATATTTCAAGTACATATTATGTCGGTTTATCTACTATCGATACCTCCTGACAGATCCTAATGAATGAACACATCATTGTTTTAACACTTTTTTTTTATAACAATGATTATACGTATAATGTAGAATCATTATTCA
Unaligned ( gi|28 ): TTGTTAGTTGGGTAGGTAAGATTTTCTTTTGTTTTGTTTTTGCTCTTGGAGGTCAGGTAAATTGAGTGGTCTAAACACATATGCTGTCG
Unaligned ( gi|32 ): CATATGTTACATGTCCGTTTATACCAAGCCTGTGAACATCGGCATTATAATAATGTCACATACAAACT
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Reference ( family-243 ) : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--CA----C-CCCC-C----TTT--AAAAAA----AA---T-G-CCAAAAAG--C-AAAAA---A-AA-----AGGGT--GGG-TT-ATAGGGTT--ATGGAT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTCGACACTGGGCCACGGTCATACCAACTGCATTTCAATCAACTATTTCACTGATCAAATTTAGA-GATTTATCCACGAAC-CNGGGCTGGTTAACACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAAAC---------------C----GAAAAC-AAAAATCAATTCCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AACATTTATCGCAGGTCGG----AAAACATT-----TGGA----A----CACACAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAANGTGCCGGTAT-CCACGAGTTGNAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GCATTACCCGTTTCAAATCGCT--GTATTCGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCGGCGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGAGTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
gi|1 : CAGGCGGCAGTATCGGTGTTTTGAT---------TACCCCCTTT-ACCGA--T------AAA--------G----AAA-A--AA-AT--GA----C-CCCG-T----TTT--AAAAAACTTGAA---T-G-CCAAAAAG--C-AAAAA---A-AA-----AGGGG--GGG-GGGAAAGGGTT--ATTGGT-TTAGATA----TAT--AGACAAGGTTACCAACTTCACACTGGGCCATGGTTACACAAACTGCATT-CAATCAACTATTTCACCGATCAGATTTAGA-GATTTATCTACGAAC-CAGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-GTTTCCGAAAC---------------C----GAAAAC-AAAAACCAATTCCCTTTG------GCCGTTTTTCCATGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AATATTTATCGGAGGTCCG----AAAAGATG-----TGGA----A----CACAGAAAATGCC-AATATAACCGCGATTTATCAATAATTCTCCAAGAGTGCCGGTAT-CCACACGTTGCAAACAAAACTTAAGTGT--AAATGGAACTTATTTAACAT-----GT-TTACCTGTCTCAAATCGCT--GTATACGAAGAACTATGTTCGAT--TTTCACGTTTTTA---AAGCTA-ATGAAGTTCT---ACCGACCAATCAGATTGCTGCTTTCATAATTCATTCAGTGTCAGGTTGATGGA---GAGAAAAGTGATTTCCGTTTCTGTATTTTGAATA
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gi|12 : ACACTATAAATGGTTGTA-GTTTCCGAAAC---------------TTTCGGAAAAC-AAAAATCAATTTCCTTTG------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTCGAAATGCATGA-----AAAAAT----AC---AATATTTATCGCAGGTCGG----AAAAAATG-----TGAA----A----CACAGAAAATGCC-AATATAACCACAATTTATCAATAATTCTCCAAGAGTGCCGGTAT-CCATACGTTGTAAACAAAACTTACGCGT--AAATGGCACTTATTCAACAT-----GT-TTACCTGTCTCAAATTACT--GTATTTGAAGAACTATGTTCGTT--TTTCACGTTTTTATTCAAAATACAaaaacgtgaaaaacgaacatagttcttcaaatacagtaatttgagacaggtaaacatgttgaataagtgccatttacgcgtaagttttgtttacaacgtatggataccggcactcttggagaattattgataaattgtggttatattggcattttctgtgtttcacattttttccgacctgcgataaatattgtattttttcatgcatttcgacttgtcacggaaaaacggtcaaaggaaattgatttttgttttccgaaagtttcggaaactacaaccatttatagtgt
gi|13 : ttaatggacaagagtaaagtgaattccgtttt----AAA-A--AA-AT--TAA---C-CCCC-C----CCC--AAAAAA----AA-----A-AAAAAAAGAAT-AACAA---ACAA-----AATGT------TT-GT----TT--TTGGAT-TTAGATA----TAT--AAACAAGGTAACCAACACCACACTTGACCATGGTTACACTAACTGCATT-CATTCAACTATTTCACTGATCAAATATAAA-GATTTATCCACGAAC-CAGAGCTGGTTAACACT
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gi|14 : agtgttaaccagctctggttcgtggataaatctttatatttgatcagtgaaatagttgaatgaatgcagttagtgtaaccatggtcaagtgtggtgttggttaccttgtttatatatctaaatccaaaaacaaacattttgtttgttattcttttttttttttttttgggggggggttaattttttttaaCAGGCGGCAGTATCGGTGTTTGGAT---------TACCCCCTTT-ACTGA--T------AAA--------G----AAC-C--AC-CC--CT----C-CCCCAC----TTT--AAAAAA----AAAATT-G-CCAAAAAG--C-AAAAA---A-AA-----Atgcataaaacggcacttaaatttaaaccaaactgttttaga
gi|14 : -CCATAAAG--C-TGAAA---A-AA-----AGGGTTGGGG-TT-ATAGGGTT--ATGGAA-TTAGATA----TAT--AGACattggtctatatatctaattccataaccctataaccccaaccctttttttcagctttatgggttacggttagggggttagggtaagggcaaaaaaaatatagggggtggggagaggggcaattttttaaagggggtgattttatttctttatcggtaaatggggttatccaaacaccgatactgccgcctgtgaacgtaatttagactttaga
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gi|16 : caaaactaatccgaA---A-TA-----AGGGTAGGGG-TT-ATAGGATTTTATAGAT-TTATATA----TAT--AGACATGGTTATTATCTCGACACTGGACCTCGTTCATACCAACT-CATTTCAATTAATTTTTTCACTGATCAAATTTCGA-GATTTATTCACGAAT-CAGGGCTGGTTAGCACTACAAATGGTTGTA-GTTTCCGAAAA---------------C-----AAAAT-AA
gi|17 : ATTTCACTGATAAAA---AAACGATT-ATCTATGAGCATTGTGATGATCAACGCTACAAATAGGTGTATGTTTACAAGAC---------------C------------AAAATACATTCCCTTCA------GACGTTTT-CTAAGAAAATTCAAAATGC-TGG-----AA---T----ATGTGAACGCTCAGAGCAGGTAGG----AAAACA-------------------------AAAA-GCT-AATACAATCGTTGTTTGTCAGTAATTGTCTAAATTTGCCCATAT-CTACCAGTTGGCAAGAAAACGTAAAT-C--AAA---AA---ATCTAATA------GTATTACTTATTTCAAATCGAT--GTgtaaacaaaaacaacacatattcttatataagcacatacaacataacatttttgtcaaaaagacgagatttaccgtacggatatccagtgtca
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gi|9 : atgaagttccactgaccaatcagattgctgctttcataattcattcggcgccaggttgatgaagagaaaagtgagttccgtTT--ATAG-T-TTAGATAGATTTAT--AGATAAGGTTACCAATTTGAAACTGGGTCACAATTATACCACCT-CATT-AAATCAAATATTTCACGGATCAAATTTAAA-GATTTATCCTCGAAC-CTGGGCTGGTTAACACTATAAATGGTTGTA-AGTTGCGAAAC---------------C----GAAAACAAAAAATAAATTCCATTTA------ACCGTTTTTCCGTGACAAGTTAAAATACATGAAAAACAAAAACAACAAC---AACATTTA---CAGGTTGG----AAAACCTA-----AAGA----A----CACACAAA
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