lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 6666666666666666666666666 333333 4444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 333333333333 222222 4444444444444444 111 444444444444 22 1111111111111111111111111111111111111111111 1
lowQualScore : 6 3333333333333333333333333 777777 9 0 9 11 1 0000 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 555555555555 99 0 66 2 999999 66 2222222222222222 5 0 999 333333333333 3 0 3 22 3 7777777777777777777777777777777777777777777 5
lowQualScore : . ......................... ...... . . . .. . .... . .................................................................................................. .. ............ .. . .. . ...... .. ................ . . ... ............ . . . .. . ........................................... .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000 777777 7 7 0 33 0 3333 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 111111111111 99 9 11 4 888888 11 3333333333333333 0 1 777 555555555555 0 8 2 55 0 0000000000000000000000000000000000000000000 0
consensus : AGATTTG-TG-TTTT-TG-TT---ACC---G-TCAAA--ATCCAATATGGCTACTGTTATTAAGTAT---AGACTTAAAA--A------AAAANAT-------GAA-------C-TA---CCC-C-A-T-AGATGCTGCACCANTAA--T--TCATTGTGCGT-ATG----ATCTCTAGGTCAACCTTTCTCA--AATTTTTGTTTTTT-NTCTTCGTA--AAAT-----TATTCAAGATGGCTG--CCA---CA-G-GNC-GC-GAA-GTTTGCA-TTGAGTT--AT-TAT----AGGGAAATGCATAAANTANGACAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
Reference ( gi|1 ) : AGGTTTG-TGAGTTTGTG-TT---GCC---AATCAAA--ATTCAATATGACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTAAAATTAT-----AAAATAT-------GAAATATTTGTGTGTTTTTC-TTATTCAGATATTCCACCATTAA--T--TCATTGTGCAT-ATA----GTCTCAAAGTCGGCCTTTCTCA--ACTTTTTGTATTTT-GTCTTCATA--AAGT-----TATTCAAGATGGCTG--CCA---CA-G-GTC-AC-AAA-GTTTGTC-TTGAGTT--AT-TA-----AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTTCTGATTTGTGTTT
gi|5 : AGATTTG-TGTTTTTGTGACT---GCC-----TCAAA---TCTAATATGGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTGAAAATATTTAAAAAAACATCCCAAACGAAATA---ACGTATT-----------AAATATTG----ATAAA--A--TCGATGAGCAT-G------ATCCCTAGGTCAACCTTTCTAA--ACTTTGTGTTTTTC-CTCTTCGTA--AAAT-----AATTCAATATGGTCT--CCA---CA-G-GCCTGCGAAA-ATTTACA-TTTAGGT--AT-
gi|3 : aAGATTTGATG-GTTT-TG-TC---ACC---G--CAAATAATCCAAGATGGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGAAAA----------AAAGAT-------AAA--------------TTC-CAAATGAGAT--TGCACCAATAA--TGGTGAGAGTTCAT-ATACATTACCTTTGAGTCAGACAATCTCAGGAATGTTT---TTTT-G-CACCTTA--AAAT------ATTTAAAACGGCTAAATCA---GG-G-AT--GT-AAA-GTTTGCA-TTGAGTT---C-TAT----AGAGAAATGCAacattgaaatacga
gi|7 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcGATTTG-T-ATTTTTTG-TTTCTACCCAAAATCAAA--AT---ATATTTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTAAAATGAG-----AAAAT---------------TTTCTCTAAACCCCATTATTCA-ATGCTG-ATCA--AG--T--TC--TATACGC-ATG----ATC----AGTCAACTTTTTTCA--GATTGT-GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA----TATTCAAGATGG
gi|2 : gcttactttTCCACTGGTGA--T---CATTCTTCAT-GTT----GTTT---GGTCAACTTTTCTCT--GTTTTTT-T-TTTC-ATCTTCATA--AAATATATGTATTCAAGATGGCTA--ATAAAGCA-G-----AC-AAA-GGTTGCA-GTGGGTT--AT-AA-----AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTTtcac
gi|10 : tcgttactgaaagtgaatgagtttgaatacacatctcctctgaaacttttaATTAAATT--TCATT-TGCATGATA-----TTT--AAGTCAAACTTTCTCA--AACTGTGCTGTTTC-ATCTTTGCC--AAAA-----TATTCAAAATGGTTA--CCA---tccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|13 : ttagtgctgTAA--T--TC--TGTATGC-ATG----ATCCTAAGGTCAACTTTTCTTA--CATTTATGATTTTT-CTTTTCAAA--AAAT-----AAT-CAAGATGGatagaaaaaaggct
gi|9 : atgttgatcATTGTGCAT-TT------TTTCTGGATCTCCCTCTCTCA--AGTTTTGAT-TTTT-TTTTTCATA--AAGT------ATTCAAGATGGCTG--CAAT--TT-G-GAT-GC-GAA-GTTTGCA-TTGATTT--A
gi|17 : atttagatacaaagtttgcatcaagttaatttgtgtattttggcaccacctttgtgtaacaTTT-GTCTTTATC--AAAT------ATTCAAGATGGCTG--CCA---CATG-GTT-AC--GA-GTTT
gi|12 : TTT-ACCTT-ATG--AAAT------ATTCAAGATGGCTG--CCA---CA-G-ACCTAT-GAT-G-TTGCCATTGAGTTTAGT-TATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACA
gi|14 : -----TACTGAAGATGGCCA--CTT---CT-GAGAC-GA-GAA-TTTTGTA-TTGAGTT--ATATGT----AGAGAAATGCATAAA
gi|16 : aaaaATTTAAAATGGCTG--ACA---AA-G-AGA-AG-AAAAGTTTGCT-TTGAGTT--ACATA-----AAGAAA-TGCATAAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): CACACTCTTGAATTGTGTATGTCTTTGAGGCAGACCCGAATCTAACATAACATGTCTGCCGTTACTAAATATAGACTAAATTTCAGAAATGTTAAACCGACATTTCATCTGAAACCTCTTATTTAATGCTGATCAATTTCCATGTGCATGATCATTTTGGTAAACATTATCAAATGTAAACTTTTTTTCATCTCCGTAAAATATGCAAAATAGCCATTAAAGGGCTGCGAAGTTTGCTTTGATTGTATATGAAAATG
Unaligned ( gi|6 ): TTAAATCCAATATGGTCTCTGTTACTAAAAATAGTCTGAAATACAGAAAATTACAAATAACATTTTCTCTGAAACCCCTTCTTTAATAGAAATCAAATTTTATGTGTATGACCCTTGAGTAGACTGATCATCTTGAAGTTTTTTGGGTTTTTTTAAATATTCAAGATGAGGTCATAGGTTGATGACTTCAAGGTTGCTCTGAACCTTTTTTATA
Unaligned ( gi|8 ): CTTTCAGATTTATGTTTCTTGTGGCCACCGCAAATCCAGAATGGCTACCATTGTTAAACATAGACCAAAATTGTGGAAATTTAAAATAGATTTTTTTTCTTTGAAACCTTTTATTCAATGCTGTCAAAATGTTATGCACATGATCCATTAGGTCACCTTTATACAGCTGTT
Unaligned ( gi|11 ): TCATACAACCCCAATATGGCTGCAGTTACTAAAATAGAATAAAATAAAGAAAATTTTAAACAGCATCTTCTCTGAAACACCTTATTCAATGATGTTCAAATTTCAAGT
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11 1111 2222222 1111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1111111111 222222 11111 11111 22 22 222222222 2222 22
lowQualScore : 8 11 8 8 7777 9999999 99 0000 1 22 000 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 77 7777 555555 0 7777 5555 8888888888 77 22 888888 2 44 8888 33333 4 11111 11 7 0 44 1 0 2 4 555555555 4444 77 3 66 3
lowQualScore : . .. . . .... ....... .. .... . .. ... . .............................................................................................................................. .. .. .... ...... . .... .... .......... .. .. ...... . .. .... ..... . ..... .. . . .. . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 0 00 0 0 6666 5555555 22 3333 1 00 000 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 22 7777 666666 5 7777 6666 6666666666 66 44 777777 9 66 3333 33333 0 11111 22 0 8 77 0 7 5 0 000000000 0000 55 0 55 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTC---GCCG-CC-A-AA--ATCCAA---TATGGCCGCCGTTGCTAAATAT---AGACTNAA------A------A--AT-TT----A-----AA---ANA-------------T-------GAA-T----AC------------CNC-------A-T--ATT-GATGCTG-ACCAATAA--T--TCATTG-TGCGCATG----ATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT----TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCA-CA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTT---ACCG-TC-A-AA--ATCCAA---TATGGCTACTGTTATTAAGTAT---AGACTTAA------A------A--A--------A-----AA---ANA-------------T-------GAACT----AC------------CCC-------A-T--A---GATGCTGCACCANTAA--T--TCATTG-TGCGTATG----ATC-T-CTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT----TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCA-CA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAANTANGACAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTT---GCCAATC-A-AA--ATTCAA---TATGACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTAA------A------ATTAT-------A-----AA---ATA-------------T-------GAAAT----ATTTGTGTGTTTTTCTT-------A-TTCA---GATATTCCACCATTAA--T--TCATTG-TGCATATA----GTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT----TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCA-CA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : -T--A---G-TGCTG----ATTAAATT--TCATT--TGC--ATG----ATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG----TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTTA--CCA-ctgatttgtgttt
gi|12 : tTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCA-CA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAatagaaaaaaggct
gi|13 : TAA--T--TC--TG-TATGCATG----ATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT----AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : atgttgatcAAAAT------ACTGAAGATG-GCCA--CTT-CT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCTG--ACA-AA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCA-CATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CCACTGG--TGATCATTC-TTCATGTT----GTT-T----GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT----TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCTA--ATA-AA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tcgttactgaaagtgaatgagtttgaatacacatctcctctgaaacttttatAGATTTGATG--GTT-TT-GTC---ACCG--C-A-AATAATCCAA---GATGGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACT--G------A------A--A--------A-----AA---AGA-------------T-------AAATT-----C------------CAA-------A-TG-A---GAT--TGCACCAATAA--TGGTGAGAG-TTCATATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT-----------GTTTTTT-TGCACCTTAAAAT------ATTTAAAACG-GCTAAATCA--G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcAA---CATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAAATTTCAGA------A--ATGTT----A-----AACCGACA-------------TTTCATCTGAA------AC------------CTC-------T-T--ATTTAATGCTG-ATCAAT----T--TCCATG-TGC--ATG----ATCAT-TTTGGTAAAC----ATT-ATCA--AATGTAAACTT----TTTTTC-ATCTCCGTAAAAT------ATGCAAAATA-GCCA--TTA-AA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgtatgtctttgaggcagacccgaatctaacatAGATTTG-TG--TTT-TT-GTG---ACTG-CCTC-AA--ATCTAA---TATGGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTGA------A------A--ATATTTAAAA-----AA---ACA-------------TCCCAAACGAAAT----AA------------CGT-------A-TT-A---AATATTG-----ATAA------AATCGATGAGCATG----ATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT----GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTCT--CCA-CA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-AA--ATCCAA---TATGGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAA------ATACAG-A--A--------AATTACAA---ATAACATTTTCTC---T-------GAA------AC------------CCCTTCTTTAA-T--A---GA-----AATCA--AA--T--T--TTA-TGTGTATG----ACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT----TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG--G--TCA-TA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTACC---C-A-AA--ATCAAAATATATTTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTAA------A------AT-G--------A-----GA---AAA-------------T-------TTTCTCTAAAC------------CCC-------ATT--ATTCAATGCTG-ATCA--AG--T--TC--TA-TACGCATG----ATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT----GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-Gatgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTG---GCCA-CC-GCAA--ATCCAG---AATGGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAAA------ATTGTGGA--AATTT----A-----AA---ATAGATTTTTTTTCTTT-------GAA------AC------------CTT-------T-T--ATTCAATGCTG--TCAA-AA--T----GTTA-TGCACATG----ATC-CATTAGGTC-AC----CTTTtcac
gi|9 : ctttcATTG-TGCATTT------TT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT----TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCTG--CAATTT-G-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TCATACAACCCCAATATGGCTGCAGTTACTAAAATAGAATAAAATAAAGAAAATTTTAAACAGCATCTTCTCTGAAACACCTTATTCAATGATGTTCAAATTTCAAGT
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 7 000000 5 888 22222 1 2 5 888 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 888 4 0 7777 5555 1111111111 77 22 888888 2 5555 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ............................................................................................................................................ . ... . . .... .... .......... .. .. ...... . .... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 8 777777 7 888 55555 1 2 5 888 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 222 1 5 7777 6666 1111111111 66 44 777777 9 3333 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A------A-------AAT--TTA-AA---ANA-------------T-------G------AA--ACCC----------CN------------T-A-TTC-AA-TGCTG-ATCAAT--AAT--TCA----TCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT----TT---GTTTTTTN-TCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTCGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTGCTAAATAT---AGACTNA-------A------A-------AAT--TTA-AA---ANA-------------T-------G------AA-TACCN----------CA------------T-A-TT--GA-TGCTG-ACCAAT--AAT--TCA----TTG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT----TT---GTTTTTTN-TCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A------A-------ATT--ATA-AA---ATA-------------T-------G------AAATATTTGTGTGTTTTTCT------------T-A-TTCAGA-TATTCCACCATT--AAT--TCA----TTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT----TT---GTATTTTG-TCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : -TT--AG-TGCTG-ATTAA---ATT--TCA----TT----TGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG----TG---CTGTTTCA-TCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTTA--CCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAAAATAAAGA------A-------AAT--TTT-AA---ACA-------------atagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTTA-CCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAgcatcttctctgaaacaccttattcaatgatgttcaaatttcaagt
gi|13 : A-TGTTG-ATC--T--AAT--TC------TG-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT----AT---GATTTTTC-TTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCCA--CTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCTG--ACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTTG-TCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CATGTTG-T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT----TT----TTTTTCA-TCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCTA--ATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tcgttactgaaagtgaatgagtttgaatacacatctcctctgaaacttttatccactggtgatcattcttAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A------A-------AA--------A---AGA-------------T-------A------AA-TTCCA----------AA------------T-------GA-GATTGCACCAAT--AATGGTGAGAGTTCA-TATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT-----------GTTTTTTT-GCACCTTAAAAT------ATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAGA-------AATG-TTA-AACCGACA-------------TTTCATCTG------AA--ACCT----------CT------------T-A-TTT-AA-TGCTG-ATCAAT----T--TC------CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----ATT-ATCA--AATGTAAACTT----TTTTTCA-TCTCCGTAAAAT------ATGCAAAATA-GCCA--TTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A------A-------AATATTTA-AA---AAA-----------------------------A-CATCC----------CAAACGAAATAACGT-A-TT--AAATATTG-ATAAA----------A----TCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT----GT---GTTTTTCC-TCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTCT--CCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGA-------AATACAGA-------AAA--TTACAA---ATAACATTTTCTC---T-------G------AA--ACCC----------CT------------T-CTTT--AA-TA--G-A--AATCAAAT--T------TTA-TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT----TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG--G--TCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A------A-------A----TGA-GA---AAA-------------T-------TTTCTCTAA--ACCC----------CA------------TTA-TTC-AA-TGCTG-ATCAA----GT--TC------TA-TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GATTG----T----GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTCA--Catgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------A------ATTGTGGAAAT--TTA-AA---ATAGATTTTTTTTCTTT-------G------AA--ACCT----------TT------------T-A-TTC-AA-TGCTG--TCAA---AAT----G----TTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttcA----TTG-TGC--ATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT----TG---ATTTTTTT-T-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCTG--CAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222 555555555555555555 111111111 2222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 2 5 888 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333 1 4 3 3 1 3 000000000000000000 2 888 4 0 7777 0 77777 333333333 77 22 5555555 2 666 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ................................................................... ............. . . . . . . .................. . ... . . .... . ..... ......... .. .. ....... . ... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 2 5 888 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777777777777 0 4 6 6 2 6 555555555555555555 5 222 1 5 7777 2 99999 777777777 66 44 5555555 9 000 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A------AAT--TTA-AA---ANA---T---------T-------G------AAAC------------CCCTT-ATTCA-A-TGCTG-ATCAA-AAT--TCA----TCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCC--GCCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A------AAT--TTA-AA---ANA-------------T-------G------AAAC------------CCCNT-ATTCA-A-TGCTG-ATCAATAAT--TCA----TCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCC--GCCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A-------A------ATT--ATA-AA---ATA-------------T-------G------AAATATTTGTGTGTTTTTCTT-ATTCAGA-TATTCCACCATTAAT--TCA----TTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCT--GCCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : TTA-G-TGCTG-ATTAA--AT--T------TCA-TTTGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTT--ACCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAAAATAAAGA-------A------AAT--TTT-AA---ACAGCATCTTCTC---T-------G------AAAC------------ACCTT-ATTCA-A-TGATG-TTCAA-ATT--TCA----atagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCT--GCCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAagt
gi|13 : -A-TGTTG-ATC--TAAT--TC------TG-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCC--ACTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCT--GACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCT--GCCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : -------------T-------G------AAAC------------TT-TT-ATCCA-C-TGGTG-ATCA----T--TCT----TCA-TGT---TG----T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCT--AATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tcgttactgaaagtgaatgagtttgaatacacatctcctcAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A-------A-------------A-AA---AGA-------------T--------------AAAT------------TCCAA-ATGAG-ATTGC---ACCAATAATGGTGAGAGTTCA-TATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAA-------T---GTTTTTT-TGCACCTTAAAA------TATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAG-A------AATG-TTA-AACCGACA-------------TTTCATCTG------AAAC------------CTCTT-ATTTA-A-TGCTG-ATCAAT--T--TC------CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCGTAAAA------TATGCAAAATA-GCC--ATTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A-------A------AATATTTA-AA---AAAACATCCCAAA---C-------G------AAAT------------AACGT-ATTAA-A-TATTG-ATAAA--------A----TCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTC--TCCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGA-------A-------ATACAGAAAA--TTACAA---ATAACATTTTCTC---T-------G------AAAC------------CCCTT-CTTTA-A-TAGAA-ATCAA--AT--T------TTA-TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG----GTCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A-------A------A----TGA-GA---AAA-------------T-------TTTCTCTAAAC------------CCCATTATTCA-A-TGCTG-ATCA--AGT--TC------TA-TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTC--ACatgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------AATTGTGGA------AAT--TTA-AA---ATAGATTTTTTTTCTTT-------G------AAAC------------CTTTT-ATTCA-A-TGCTG--TCAA-AAT----G----TTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttc-TGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCT--GCAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 22222 111111111 2222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 0 9 777 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 8888 3 3 3 00000 66666 2 888 4 0 7777 0 5555 666666666 77 22 5555555 2 5555 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ..................................................................................... .. .... . . . ..... ..... . ... . . .... . .... ......... .. .. ....... . .... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 9 3 888 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 5555 6 5 6 33333 77777 5 222 1 5 7777 2 6666 111111111 66 44 5555555 9 3333 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNAA------A-------AAT--T-TAAA---ACA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG-ATCAA-ANTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNAA------A-------AAT--T-TAAA---ANA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGCTG-ATCAA-AATTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTAA------A-------ATT--A-TAAA---ATA------------T-------------G-----AAATATTTGTGTGTTTTTC---TTA--TT----CAGATATTCCACCATTAATTCATTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : T----TA-GTGCTG-ATTAA-ATTTCATT----TGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTTA--CCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAAA------ATAAAGAAAAT--T-TTAA---ACAGCATCTTCT---C------T------G-----AAAC------------ACC---TTA--TT----CA-ATGATG-TTCAA-ATTTCAatagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAagt
gi|13 : -ATGTTG-ATCTA-A-TTC--TG-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCCA--CTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCTG--ACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CGTTACTGAA------AG--TGAAT-----G-------AGT--T-TGAATACACA------------TCTCCTCT------G-----AAAC------------TT----TTA--TC----CA-CTGGTG-ATCA----TTCTTCA-TGT---TG----T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCTA--ATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGAA------A-------AA--------A---AGA------------T-------------------AAAT------------TCCAAATGAGATTGCACCA-ATAATG-GTGAG-AGTTCAT----ATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT----------GTTTTTT-TGCACCTTAAAAT------ATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAAATTTCAGA-------AATG-T-TAAACCGACA------------T------TTCATCTG-----AAAC------------CTC---TTA--TT----TA-ATGCTG-ATC-A-ATTTC--CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCGTAAAA------TATGCAAAATA-GCCA--TTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTGA------A-------AATATT-TAAA---AAAACA---------T------CCCAAACG-----AAAT------------AAC---GTA--TT----AA-ATATTG-AT--A-AA---ATCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTCT--CCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAA------ATACAGAAAAT--TACAAATA-ACA------------T------TTTCTCTG-----AAAC------------CCC---TTC--TT----TA-ATAGAA-ATCAA-ATTTTA----TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG--G--TCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTAA------A-------A----T-GAGA---AAA------------T------T------TTCTCTAAAC------------CCCA--TTA--TT----CA-ATGCTG-ATC-A-AGTTC--TA-TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTCA--Catgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAAA------ATTGTGGAAAT--T-TAAA---ATAGATTTTTTTTCTT------T------G-----AAAC------------CTT---TTA--TT----CA-ATGCTG--TCAA-AAT--GTTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttc-TGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCTG--CAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111111 2222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 0 9 777 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 8888 3 1 3 3 9 99999 2 888 4 0 7777 0 77777 333333333 77 22 5555555 2 666 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ................................................................................................... .. .... . . . . . ..... . ... . . .... . ..... ......... .. .. ....... . ... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 9 3 888 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555 6 0 6 6 4 00000 5 222 1 5 7777 2 99999 777777777 66 44 5555555 9 000 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---T--TATT----CA-ATGNTG-ATCAA-ATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCC--GCCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---T--TATT----CA-ATGNTG-ATCAA-ANTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCC--GCCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A-------A-------ATT--A-TAA--A---A---TA------------T-------------G-----AAATATTTGTGTGTTTTTC---T--TATT----CAGATATTCCACCATTAATTCATTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCT--GCCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : T----TA-GTGCTG-ATTAA-ATTTCATT----TGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTT--ACCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAA-------A-------ATAAAGAAAAT--T-TTA--A---A---CAGCATCTTCT---C------T------G-----AAAC------------ACC---T--TATT----CA-ATGATG-TTCAA-ATTTCAatagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCT--GCCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAagt
gi|13 : -ATGTTG-ATCTA-A-TTC--TG-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCC--ACTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCT--GACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCT--GCCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CGTTACTGAA------AG--TGA-------AT------G-------AGT--T-TGA--ATACA---CA------------TCTCCTCT------G-----AAAC------------TT----T--TATC----CA-CTGGTG-ATCA----TTCTTCA-TGT---TG----T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCT--AATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A-------A---------------AA--A---A---GA------------T-------------------AAAT------------TCCAAATGAGATTGCACCA-ATAATG-GTGAG-AGTTCA----TATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAA-------T---GTTTTTT-TGCACCTTAAAA------TATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAG-A-------AATG-T-TAA--ACCGA---CA------------TTTCATCT------G-----AAAC------------CTC---T--TATT----TA-ATGCTG-ATC-A-ATTTC--CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCGTAAAA------TATGCAAAATA-GCC--ATTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A-------A-------AATATT-TAA--A---AAAACA------------T------CCCAAACG-----AAAT------------AAC---G--TATT----AA-ATATTG-AT-AA-A----ATCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTC--TCCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAAATACAGA-------A-------AAT--TACAAATA---A---CA------------TTTTCTCT------G-----AAAC------------CCC---T--TCTT----TA-ATAGAA-ATCAA-ATTTTA----TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG----GTCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A-------A-------A----T-GAG--A---A---AA------------T------T------TTCTCTAAAC------------CCCA--T--TATT----CA-ATGCTG-ATCAA-GTTCTA----TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTC--ACatgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------AATTGTGGA-------AAT--T-TAA--A---A---TAGATTTTTTTTCTT------T------G-----AAAC------------CTT---T--TATT----CA-ATGCTG--TCAA-AAT--GTTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttc-TGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCT--GCAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111111 2222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 0 9 777 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 8888 3 1 7777 4 0 77777 2 888 4 0 7777 0 5555 666666666 77 22 5555555 2 5555 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ................................................................................................... .. .... . . .... . . ..... . ... . . .... . .... ......... .. .. ....... . .... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 9 3 888 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555 6 0 7777 4 4 55555 5 222 1 5 7777 2 6666 111111111 66 44 5555555 9 3333 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A-------A-------ATT--A-TAA--A---A---TA------------T-------------G-----AAATATTTGTGTGTTTTTC---TTA--TT----CAGATATTCCACCATTAA--TTCATTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : T----TA-GTGCTG----ATTAAATTTCATT----TGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTTA--CCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAA-------A-------ATAAAGAAAAT--T-TTA--A---A---CAGCATCTTCT---C------T------G-----AAAC------------ACC---TTA--TT----CA-ATGATG----TTCAAATTTCAatagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAagt
gi|13 : -ATGTTG----ATCTAATTCT---G-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCCA--CTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCTG--ACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CGTTACTGAA------AG--TGA-------AT------G-------AGT--T-TGA--ATACA---CA------------TCTCCTCT------G-----AAAC------------TT----TTA--TC----CA-CTGGTG----ATCA---TTCTTCA-TGT---TG----T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCTA--ATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A-------A-------AA----------A---A---GA------------T-------------------AAAT------------TCCAAATGAGATTGCACCA-ATAATG----GTGAGAGTTCAT----ATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT----------GTTTTTT-TGCACCTTAAAAT------ATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAG-A-------AATG-T-TAA--ACCGA---CA------------TTTCATCT------G-----AAAC------------CTC---TTA--TT----TA-ATGCTG----ATC-AATTTC--CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCGTAAAA------TATGCAAAATA-GCCA--TTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A-------A-------AATATT-TAA--A---AAAACA------------T------CCCAAACG-----AAAT------------AAC---GTA--TT----AA-ATATTG----AT-AAA----ATCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTCT--CCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAAATACAGA-------A-------AAT--TACAAATA---A---CA------------TTTTCTCT------G-----AAAC------------CCC---TTC--TT----TA-ATAGAA----ATCAAATTTTA----TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG--G--TCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A-------A-------A----T-GAG--A---A---AA------------T------T------TTCTCTAAAC------------CCCA--TTA--TT----CA-ATGCTG----ATCAAGTTCTA----TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTCA--Catgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------AATTGTGGA-------AAT--T-TAA--A---A---TAGATTTTTTTTCTT------T------G-----AAAC------------CTT---TTA--TT----CA-ATGCTG-----TCAAAAT--GTTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttc-TGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCTG--CAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222 111111111 2222222 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 0 9 777 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 8888 3 1 7777 4 0 77777 2 888 4 0 7777 0 5555 666666666 77 22 5555555 2 5555 888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ................................................................................................... .. .... . . .... . . ..... . ... . . .... . .... ......... .. .. ....... . .... ... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 9 3 888 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555 6 0 7777 4 4 55555 5 222 1 5 7777 2 6666 111111111 66 44 5555555 9 3333 666 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A-------A-------ATT--A-TAA--A---A---TA------------T-------------G-----AAATATTTGTGTGTTTTTC---TTA--TT----CAGATATTCCACCATTAA--TTCATTG-TGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCATAAAGT-----TATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : T----TA-GTGCTG----ATTAAATTTCATT----TGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAAAA-----TATTCAAAATG-GTTA--CCActgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAA-------A-------ATAAAGAAAAT--T-TTA--A---A---CAGCATCTTCT---C------T------G-----AAAC------------ACC---TTA--TT----CA-ATGATG----TTCAAATTTCAatagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-ATGAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAagt
gi|13 : -ATGTTG----ATCTAATTCT---G-TATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAAAA-----TAATCAAGATG-G
gi|14 : AAAAT------ACTGAAGATG-GCCA--CTTCT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : ATTTAAAATG-GCTG--ACAAA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTATCAAAT------ATTCAAGATG-GCTG--CCACATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CGTTACTGAA------AG--TGA-------AT------G-------AGT--T-TGA--ATACA---CA------------TCTCCTCT------G-----AAAC------------TT----TTA--TC----CA-CTGGTG----ATCA---TTCTTCA-TGT---TG----T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCATAAAATATATGTATTCAAGATG-GCTA--ATAAA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A-------A-------AA----------A---A---GA------------T-------------------AAAT------------TCCAAATGAGATTGCACCA-ATAATG----GTGAGAGTTCAT----ATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT----------GTTTTTT-TGCACCTTAAAAT------ATTTAAAACG-GCTAAATCA-G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAG-A-------AATG-T-TAA--ACCGA---CA------------TTTCATCT------G-----AAAC------------CTC---TTA--TT----TA-ATGCTG----ATC-AATTTC--CA-TGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCGTAAAA------TATGCAAAATA-GCCA--TTAAA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A-------A-------AATATT-TAA--A---AAAACA------------T------CCCAAACG-----AAAT------------AAC---GTA--TT----AA-ATATTG----AT-AAA----ATCGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCGTAAAAT-----AATTCAATATG-GTCT--CCACA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAAATACAGA-------A-------AAT--TACAAATA---A---CA------------TTTTCTCT------G-----AAAC------------CCC---TTC--TT----TA-ATAGAA----ATCAAATTTTA----TGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT--------TAAA-------TATTCAAGATGAG--G--TCATA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A-------A-------A----T-GAG--A---A---AA------------T------T------TTCTCTAAAC------------CCCA--TTA--TT----CA-ATGCTG----ATCAAGTTCTA----TACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTGTAGTATGTA--TATTCAAGATG-GTCA--Catgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------AATTGTGGA-------AAT--T-TAA--A---A---TAGATTTTTTTTCTT------T------G-----AAAC------------CTT---TTA--TT----CA-ATGCTG-----TCAAAAT--GTTA-TGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttc-TGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCATAAAGT------ATTCAAGATG-GCTG--CAATTTG-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
blockSeqs : A . C T C ACCC T ATA AACAT G A TCT A AATTGTGGAAATTTAAAATAGATTTTTTTTCTTTGAAACCTT GA GCAC . C . T ATCGA T AT A TGAT GGAA AAACTT CA TG TATATGT A TAAA CAT ACCT A AGTTT TA C T C A ACTTCCAGT GTTA . A GT A
blockSeqs : . . . . G CCTC . . . A T . G AATAAAGAAAATTTTAAACAGCATCTTCTCTGAAACACC . . . A . T TTCA T CA A . AA TTTGGG A CA TGTAT . TA TTT AGAC . . TA T .
blockSeqs : . . . . G CCCA . . . G T . G ATTTCAGAAATGTTAAACCGACATTTCATCTGAAACCTC . . . T . T GTTA T T G . CA TGC A TA AT . TG CA AGAA . . T T
blockSeqs : . . . . T CCGC . . . A A . A AATACAGAAAATTACAAATAACATTTTCTCTGAAACCCC . . . G . G ATT T C T . AA ATG C CA AT . CA CT GGCT . . C T
blockSeqs : . . . . G CAA . . . T T . T AAAATATTTAAAAAAACATCCCAAACGAAATAAC . . . A . T AT T T A . AC GTG G CT TA . TG AA GCCT . . . T
blockSeqs : . . . G C . G ATGAGTTTGAATACACATCTCCTCTGAAACTT . . . C . T CA A T G . AG GTG A CG T . TG AA GTT . . . C
blockSeqs : . . A . . T AAATGAGAAAATTTTCTCTAAACCCCA . . . T . T G T C A . GA TGA T CG T . TA AA CAG . . . .
blockSeqs : . . A AAAAAAGATAAATTCCAAA . . . G . A A C C G . AG TT A TG T . CA CA GAT . .
blockSeqs : . . C . . A C T . . G G C CA T . CT TA GTT .
blockSeqs : . C . . T . . . T A T . CA G GAT
blockSeqs : . . T . TG
blockSeqs : T . G
blockSeqs : .
blockSeqCons : ** **** TA*** T****** T*
originalCons : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCATCG-TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT-----TATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
finalCons : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG----ATCAAATTTCTA---TGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCGTAAAAT------ATTCAAGATG-GCCG--CCACA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111 11111 11111 22 1 222222222 2222 11
lowQualScore : 6 99 6 6 1 000000 5 888 22222 1 0 9 777 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 8888 3 1 3 55 2 7777 44 888 4 0 7777 0 5555 666666666 44 555 3 555 5 888888 2 666 8888 33333 4 11111 11 7 0 3 2 1 555555555 4444 88 1 22 1
lowQualScore : . .. . . . ...... . ... ..... . . . ... . ................................................................................................... .. .... . . . .. . .... .. ... . . .... . .... ......... .. ... . ... . ...... . ... .... ..... . ..... .. . . . . . ......... .... .. . .. .
lowQualScore : 7 22 7 7 0 777777 7 888 55555 1 9 3 888 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555 6 0 6 00 2 0000 55 222 1 5 7777 2 6666 111111111 33 888 1 444 7 222222 9 000 3333 33333 0 11111 22 0 8 3 5 0 000000000 0000 55 0 00 0
consensus : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG-ATCA--AATTT-CTATGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCG-TAA-A---AT-AT------TCAAGATG-GCC--GCCA-CA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
Reference ( family-2407 ) : AGATTTG-TG--TTT-TT-GTNGCCG-CC-A-A-AATCCAA---TAT-----GGCCGCCGTTACTAAATAT---AGACTNA-------A-------A-------AAT--T-TAA--A---A---CA------------T------T------G-----AAAC------------CCC---TTA--TT----CA-ATGNTG-ATCA--AATTT-CTATGCGCATGATC-T-TTAGGTCAAC----CTTTCTCA--AATTT---TT---GTTTTTT-NTCTTCG-TAA-A---AT-AT------TCAAGATG-GCC--GCCA-CA-G-GNC-GCG-AAGTTTGCATTG-----AGTTAT-TATAGGGAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTNAAACTTCCAGTACTGTTAGAACCGATTTCAACANANNTTTTGTCACANTTT
gi|1 : AGGTTTG-TGAGTTT-GT-GTTGCCAATC-A-A-AATTCAA---TAT-----GACCACCGTTGCTAAATAA---AAACTTA-------A-------A-------ATT--A-TAA--A---A---TA------------T-------------G-----AAATATTTGTGTGTTTTTC---TTA--TT----CAGATATTCCACCATTAATTCATTGTGCATATAGTC-T-CAAAGTCGGC----CTTTCTCA--ACTTT---TT---GTATTTT-GTCTTCA-TAA-A---GTTAT------TCAAGATG-GCT--GCCA-CA-G-GTC-ACA-AAGTTTGTCTTG-----AGTTAT-TA-AGGAAAATGCATAAAC-ATGATAATTACGCGTTAA----CC---ACT----GAACCGATTTCAACACATATTTTGTCACACTTT
gi|10 : T----TA-GTGCTG-ATTA--AATTT-C-ATTTGCATGATA-T-TTAAGTCAAA----CTTTCTCA--AACTG---TG---CTGTTTC-ATCTTTGCCAA-A---AT-AT------TCAAAATG-GTT--ACCA-ctgatttgtgttt
gi|11 : CCAA---TAT-----GGCTGCAGTTACTAAA-AT---AGAATAA-------A-------ATAAAGAAAAT--T-TTA--A---A---CAGCATCTTCT---C------T------G-----AAAC------------ACC---TTA--TT----CA-ATGATG-TTCA--AATTT-Catagaaaaaaggct
gi|12 : tcatacaaccTTT-ACCTT-A-TGA-A---AT-AT------TCAAGATG-GCT--GCCA-CA-G-ACCTATG-ATGTTGCCATTGAGTTTAGTTATATACAGGGAAATACATCAAA-ATGACAaagt
gi|13 : -ATGTTG-ATCT--AATT--CTGTATGCATGATC-C-TAAGGTCAAC----TTTTCTTA--CATTT---AT---GATTTTT-CTTTTCA-AAA-A---AT-AA------TCAAGATG-G
gi|14 : AA-A---AT-AC------TGAAGATG-GCC--ACTT-CT-GAGAC-GAG-AATTTTGTATTG-----AGTTATATGTAGAGAAATGCATAAA
gi|16 : -AT------TTAAAATG-GCT--GACA-AA-GAGAA-GAA-AAGTTTGCTTTG-----AGTTA--CATAAAGAAATGCATAAA
gi|17 : TTT-GTCTTTA-TCA-A---AT-AT------TCAAGATG-GCT--GCCA-CATG-GTT-ACG--AGTTT
gi|2 : CGTTACTGAA------AG--TGA-------AT------G-------AGT--T-TGA--ATACA---CA------------TCTCCTCT------G-----AAAC------------TT----TTA--TC----CA-CTGGTG-ATCA-----TT-CT-T---CATGTTG-T-TT-GGTCAAC----TTTTCTCT--G-TTT---TT----TTTTTC-ATCTTCA-TAA-A---AT-ATATGTATTCAAGATG-GCT--AATA-AA-G-CAG-ACA-AAGGTTGCAGTG-----GGTTAT-AA-AGGGAAATCTA-AAACTAGGATAATTATCTGTAAAACTTCCAGTACTGTTAGAATCAATTTT--CAAAGTTTTTGTCACAATTT
gi|3 : tAGATTTGATG--GTT-TT-GTCACCG-CA-A-ATAATCCAA---GAT-----GGCCATTGTTACTAAGAAT---AGACTGA-------A-------A-------AA----------A---A---GA------------T-------------------AAAT------------TCCAAATGAGATTGCACCA-ATAATG-GTGA--GAGTT-C-ATATACATTACC-T-TTGAGTCAGA----CAATCTCAGGAAT----------GTTTTTT-TGCACCT-TAA-A---AT-AT------TTAAAACG-GCTAAATCA--G-G-GAT-GTA-AAGTTTGCATTG-----AGTT-C-TATAGAGAAATGCAtccttcggtgatgccctattagatttgtgttttttgtgact
gi|4 : aactatttgacagatttttttgaaactttacaaagacttttgttggtggtaccttctcTA-TG--TCT-TT-GAGGCAGACC-C-G-AATCTAA---CATAACATGTCTGCCGTTACTAAATAT---AGACTAA-------ATTTCAG-A-------AATG-T-TAA--ACCGA---CA------------TTTCATCT------G-----AAAC------------CTC---TTA--TT----TA-ATGCTG-ATC---AATTT-CCATGTGCATGATCAT-TTTGGTAAAC----A-TTATCA--AATGTAAACT---TTTTTTC-ATCTCCG-TAA-A---AT-AT------GCAAAATA-GCC--ATTA-AA-G-GGCTGCG-AAGTTTGCTTTG-----A-TTG--TATATGAAAATG
gi|5 : cacactcttgaattgtgAGATTTG-TG--TTT-TT-GTGACTG-CCTC-A-AATCTAA---TAT-----GGCTACAGTTATAAAATATTCTAAATTTG-------A-------A-------AATATT-TAA--A---AAAACA------------T------CCCAAACG-----AAAT------------AAC---GTA--TT----AA-ATATTG-ATAA--AAT---CGATGAGCATGATC-C-CTAGGTCAAC----CTTTCTAA--ACTTT---GT---GTTTTTC-CTCTTCG-TAA-A---ATAAT------TCAATATG-GTC--TCCA-CA-G-GCCTGCGAAAATTTACATTT-----AGGTA--TACATTGAAATAC
gi|6 : a-A-AATCCAA---TAT-----GGTCTCTGTTACTAAAAAT---AGTCTGAAATACAGA-------A-------AAT--TACAAATA---A---CA------------TTTTCTCT------G-----AAAC------------CCC---TTC--TT----TA-ATAGAA-ATCA--AATTT--TATGTGTATGACC-C-TTGAGTAGACTGATCATCTTGA--AGTTT---TTTGGGTTTTTT-T---------A-A---AT-AT------TCAAGATGAG----GTCA-TA-G-GTT-Gga
gi|7 : ttGATTTG-TA--TTT-TTTGTTTCTA-CCCA-A-AATCAAAATATAT-----TTCTGCTGTTGTTAGGTAT---AGACTTA-------A-------A-------A----T-GAG--A---A---AA------------T------T------TTCTCTAAAC------------CCCA--TTA--TT----CA-ATGCTG-ATCA--AG-TT-CTATACGCATGATC------AGTCAAC----TTTTTTCA--GA-TT---GT---GTTTTTTCATCTTTG-TAGTATGTAT-AT------TCAAGATG-GTC--ACatgacttcaaggttgctctgaaccttttttata
gi|8 : gcttactttAGATTTA-TG--TTTCTT-GTGGCCA-CC-GCA-AATCCAG---AAT-----GGCTACCATTGTTAAACAT---AGACCAA-------AATTGTGGA-------AAT--T-TAA--A---A---TAGATTTTTTTTCTT------T------G-----AAAC------------CTT---TTA--TT----CA-ATGCTG--TCA--AAATG-TTATGCACATGATC-CATTAGGTC-AC----CTTT
gi|9 : ctttcTGTGCATTTTT-T-CTGGATCTCC----CTCTCTCA--AGTTT---TG---ATTTTTT-TT-TTCA-TAA-A---GT-AT------TCAAGATG-GCT--GCAATTT-G-GAT-GCG-AAGTTTGCATTG-----ATTTAatacagctgtt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGACCGGTACTTTAAACAGCTTAACTCGTGCTAATATATTTTTATCGTCTGTCTGTTTGAGTTT