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Reference ( gi|4 ) : CCTATCGTGATGGCAAGGGCTGAAATATAATGAAGATGTATTTAACTAATGGTAAATTGACACAAATCTAGATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAAATCTACATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAACTCTAGATATATGTTCAACCCTAAAATAAACAGCTGGTTATCTAAACCCATTGCATAGTTCAAAAAGACGAATTTAAATGTTTGTTACGAGTTTTTTCTTGGCCGTGGTCAAAGACGATCTTTAAAAACGCACCGCTGTTGCAATAAACAAAGCCAAGCTGGAAAATCAAAACTTGAGCCGGGTTACGCTCACTTGTCTTTTATTTCCACGTTAAGCATACATAAAAGATAAATGCAACTTTATAG--GT----GAAAAGTTCGGACATTAATATA-----------GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAGCT--TTT-CACCAT-AAATAACAT-AT----ATA----AATACAT-AATCAAATACATA--------AGGCACATGC-A-A-AA-TGCATATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTAGTAATAAT-AATA-ATTATGG-TGGTAATAGTAATTAT-AGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTAACATATGACTT
gi|5 : CTATCGTGATGGCAAGGGCTGAAATATAATGAAGATGTATTTAACTAATGGTAAATTGACACAAATCTAGATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAAATCTACATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAACTCTAGATATATGTTCAACCCTAAAATAAACAGCTGGTTATCTAAACCCATTGCATAGTTCAAAAAGACGAATTTAAATGTTTGTTACGAGTTTTTTCTTGGCCGTGGTCAAAGACGATCTTTAAAAACGCACCGCTGTTGCAATAAACAAAGCCAAGCTGGAAAATCAAAACTTGAGCCGGGTTACGCTCACTTGTCTTTTATTTCCACGTTAAGCATACATAAAAGATAAATGCAACTTTATAG--GT----GAAAAGTTCGGACATTAATATA-----------GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAGCT--TTT-CACCAT-AAATAACAT-AT----ATA----AATACAT-AATCAAATACATA--------AGGCACATGC-A-A-AA-TGCATATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTAGTAATAAT-AATA-ATTATGG-TGGTAATAGTAATTAT-AGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTAACATATGACTT
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gi|23 : TTCGAA-ATTA-TACA-----------GAACA--GA---ACAT--TTTTTT---ATTTTGGCTTAAA-CATTACAAAAGCT--TTT-CACCAT-AAATAACAT-TT----TCA----AATAAAT-AATCAAATACATACTGTCTAGAAGTATATAT---A-TA-TATATATCAATGTaagatataattgaaaagttatatttatcactaaatttatgtatatacaatttcattgttgttggatgaatatttagatttggacaatcaaaggtttgttaaaacgttactaatacactaacatttattatataatcaaaacgtactctatttttaa
gi|28 : tttcatgaataacctatacttcttgtATAAACAT------------GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAAC
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gi|29 : aaaatgttgggacgaatacacagaACA-----------GAACA--GACAAACATAATGTTTA---GTTTTGGCTTAAG-CATTACAAAA-CT--TAT--ACCGT-AAACAAacttatagaagaaaaagaatattttattgatttaaactatacatagtttctcatcaaattacaatgttgtaataacatgtaaataattaaacacataaacacataacaagttgagtaaat
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gi|13 : ACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATT---G---AGG-CATTACAAAAGCC--TTT-CACCAT-AAATAACAT-AT---------------------TCAAATACATA--------AAGTGAATGC-A-A-AAGTACATATTAACATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATAT---------------------------GGTAGTATTTACTATTAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTCACATTTGATTtcaatt
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gi|9 : -CATTATAATA-CT--TTT-CGCTAT-AAATAACAT-AT---------------------TCAAATACATT--------AGGCACATTC-A-A-AAGTACATATCAATATTAACT---AAATATT-TTT--ATAAAAATATGGTTGT-ATAA-------------G-TGATAATA--AA------------------AAAATGGCTGATTGACTTGTTATTCACATATGATTaaatgtctaattgaaaagtgttttgtgtttgtttctaataatagttatgcacctataaatgtgttgttgctactttttaattaatgttatcatgactgcttgataaaaggtcaatcaaagtttgataacggtattaatttcgttgttgttactatttcattaatgccagcattaatgtttggaaaaggacacagtttgataatgatattattaatataatacagaaacgtcgataataacttaacgtacggaacatatggataatatt
gi|10 : AAGCA--TTT-CAACAT-AAATAACAT-AT----GCA----AATACAT-AATCAAATACCCG--------AGGCAGATGC-A-ATAG-TACATATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAACTATTGTAGTGAGAGTGAATA-A-CATGGCTGGTaaatgtctaattgaaaagtgttttgtgtttgtttttaataatagttatgcacctataaatgtgttgtttgctactttttaattaatgttatcatggctgcttgacaaaaggtcaatcaaagtttgataacggtattaatttcgttgttgttactatttcattaatgccagcattaatgtttggaaaaggacacagtttgataatgatattattaatataatacagaaacgtcgataataacttaacgtacggaacatatggataatatta
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gi|6 : atacatcatgttgaacaag-AGTAAGATTGAATAGCATGGCTAGTTGATAAATCATTCACATATTATTTaagatcaaattgaacagttatattgatctttagatt
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|11 : aagcatttcaacataaataacatatgcaaatacataatcaaatacccgaggcagatgcaatagtacatatcaatattaaatacaaacattttagaaactattgTTTATTC--AT----GAATATTTCG----TTGATA-----------TT-GAACATAGA---AT-T--TCTTTTTCAAGTTTGGCTAAAG-CATTACAA--GT--ATTT-TACAAT-CAATAACA----TATT--AGTAT-T-AATAAAAAAAACATA--------A-AC-CATAC-A-----ACAG-TTTA--TATCAATAATGACT-ACAAGCA-T-TTT---------TCT--------------------T-ACAT--TA---TGG-TAGTA---------GTAGTGAGAGGGAATACCATGGCTTTCTGACTAAACATTCGCATATATCTTatatatgattattactattattgtcacaaatcttatctaactagcattttgcattaaacattattctgttctcacattttaaatgctttgatactatacgatgcaaatttgtttaagactgactttttgtttgactgcaaaatataaatgaatttgaacatactgggtttattgatctaagattttggaatatattgcttacacagatcaatataataaggacagattaaaacaaa
gi|12 : A-----------CA-GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTCCAAAAGC--TTTT-TACCAT-AAA----------A---AAATAAAT---T--CAAATACTTT--------ATGCACATGC-A-----A-AAATGCA--TTTCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTAG---TAAT---AGTAAT-A-AT--TA---TGG-TGGTAATAGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGACTGGTTGACTTGTTATTTACATATGACTaagatataattgaaaagttatatttatcactaaatttatgtatatacaatttcattgttgttggatgaatatttagatttggacaatcaaaggtttgttaaaacgttactaatacactaacatttattatataatcaaaacgtactctatttttaa
gi|13 : aaaatgttgggacgaatacacagaACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATT---G---AGG-CATTACAAAAGC--CTTT-CACCAT-AAATAACA----TAT-------------T--CAAATACATA--------AAGTGAATGC-A-----A-AAGTACA--TATTAACATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTAG---TATT--------T-A--C--TA---T------------------TAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTCACATTTGATTacttatagaagaaaaagaatattttattgatttaaactatacatagtttctcatcaaattacaatgttgtaataacatgtaaataattaaacacataaacacataacaagttgagtaaat
gi|14 : --TCTTTT---ATTTTGG-TTAAG-CATTTCAAAAGC--TTTT-CACCAT-AGATAACA----TATTCAAATACAT-AAT--CAAATACAAA--------AGGCACATGC-A-----A-AAATGAA--TATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAATTATGATAG---TAAT---A---GT-A-AT--TATTATGG-TGGTAATCGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTTACATATGACTataactaatataatcacaaatcttatctaattagctgtttgcattaagcatctgttctcacattttaaatactttgatacaatatgatgcaggtttgtt
gi|17 : AACA----TATATAAATACAT-AAT--CAAATACATA--------AGGCACATGC-A-----A-AAATGCA--TATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTA--A-GAAAATATGGTAG---TAATAATA---AT-A-AT--TA---TGG-TGGTAATAGTAAATATAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTaattataatataatcgcaaatcttatctaattagctgtttgcattaagcatctgttctcgcatt
gi|18 : --TTTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAA-GC--TTTT-CACCAT-AAATAGCA----TATG---------------CAAATACATA--------AGGCACATGC-AT----A-AG-TATA--TATCAATATTAACT-ACAAACA-T-TTT--A-AAACATATG-----------------------AT--T----------GTAGAAGT---------GACAGCGAATAACATGGCTGGTTGACTTGCTATTCACATATGATTactttataatgtaatcaaaaatattagcttattaggtgtttgcattaagcacctgttctcgcatt
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gi|20 : --TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAGC--TTTT-CATCAT-GAATAACA----TATTCAAATACAT-AAT--CAAATACA-------------CACATGCAA-----A-AA-TGCA--TATCAATATTAAAT-ACTAATA-T-ATT--A-AAAAA-------------------------------TA---TGA-TGGTAACAGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGTCTGGTTGTCTTGTTATTTACATATAACTattactaatataatcacaaatcttatctaattagttgtttgcattaagtatctgctcttgcattttaaatgaatatatagtgtttatttaatgttttataatcctttgcgcgagatttaatattcttagtctgaacaggtcaaatatgtttacattttattaattgacatattaatatttatgatgattgtgctgtcagaataagaaaattgaatcaattcgaactaaatataatataatatacatataattgtgaatttttaatatgtttatgtattgttcatttgacttgaacttgtccatttgtttcattgtattatttataggctctcctgaaaactggaggaaataaaattatcgatcaattagttgttggcattaagcatctgttcttgcattttaaattaacttgagcatactggtttattgatataatattttggaatatattgcttacccagatcattataacaaattaatcaagatattgaattgaaataaaaatataatcagttattaattgttcacaaaaaataaatgcccgcaggtcggtattttatatgtcatattggctattt
gi|23 : TTCGAA-ATTA-TA-----------CA-GAACA--GA---ACAT--TTTTTT---ATTTTGGCTTAAA-CATTACAAAAGC--TTTT-CACCAT-AAATAACA----TTTTCAAATAAAT-AAT--CAAATACATACTGTCTAGAAGTATATAT-------A-TA-TATA--TATCAATGTaattat
gi|24 : tttcatgaataacctatacttcttgtACAT-AAT--CAAATACATA--------AGGCACATGCTA-----A-AG-TA-A--TATCAATATCAAAA-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTA-----------------------------------GTAATAGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGGCTAGTTGACTTATTATTCACATATGACT
gi|25 : ataTAAGACATTACATA--C--TTTTTCACCAT-AAATAACACACGTGTGCTAGTATA-------CAAATACACA--------AGGCACATGC-A-----A-AA--GTA-----CAA-GTTAAATCAGAAGC------T--A-GA----ATG--AA---TAAC---A---AT-A-aatta
gi|26 : ATTGTAGTAATAGTGAGAGTGGACAACATGGCGGGTTGACTAGCTATTCACATATTACTTcagtctaatggca
gi|28 : atacatcatgttgaacaagTAA-A-----------CATGAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAAC--aagatcaaattgaacagttatattgatctttagatt
gi|29 : caactggaatggcaaaaatgaA-----------CA-GAACA--GACAAACATAATGTTTA---GTTTTGGCTTAAG-CATTACAAAA-C--TTAT--ACCGT-AAACAAatgtattacttcaatac
gi|3 : TAA-A-----------CA-GAACA--GA---ACAT--TATTCT---ATTTTGGCTTAAG-TATTAC-AAAGC--TATT-CACCAT------GCA----T-------TACAT-ATT--CAAATACATA--------AGACACATGC-A-----A-AAGTACA--TATCAATATTAACT-TCAAACC-TGTTT--A-G-AAATATGGTAG--------------------------------------TAGTAGTCAGAATG------AACAACATGGCTGGTTGATTTGTTATTCACATGTGATTaaccta
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gi|31 : AT--TCTGTT---ATTTTTGCTTAAG-CATAAC-AAAGC--CTTT-CACCATAAAAAAACA----TATTCAAATACAT-tt
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gi|5 : cCTATCGTGATGGCAAGGGCTGAAATATAATGAAGATGTATTTAACTAATGGTAAATTGACACAAATCTAGATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAAATCTACATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAACTCTAGATATATGTTCAACCCTAAAATAAACAGCTGGTTATCTAAACCCATTGCATAGTTCAAAAAGACGAATTTAAATGTTTGTTACGAGTTTTTTCTTGGCCGTGGTCAAAGACGATCTTTAAAAACGCACCGCTGTTGCAATAAACAAAGCCAAGCTGGAAAATCAAAACTTGAGCCGGGTTACGCTCACTTGTCTTTTATTTCCACGTTAAGCATACATAAAAGATAAATGCAACTTTATAG--GT----GAAAAGTTCGGACATTAATA-----------TA-GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAGC--TTTT-CACCAT-AAATAACA----TATATAAATACAT-AAT--CAAATACATA--------AGGCACATGC-A-----A-AA-TGCA--TATCAATATTAAAT-ACAAACA-T-TTT--A-GAAAATATGGTAGTAATAAT---A---AT-A-AT--TA---TGG-TGGTAATAGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTTGACTTGTTATTAACATATGACTT
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gi|9 : -CATTATAATA-C--TTTT-CGCTAT-AAATAACA----TAT-------------T--CAAATACATT--------AGGCACATTC-A-----A-AAGTACA--TATCAATATTAACT---AAATATT-TTT--ATAAAAATATGGTTG---T-AT---A---A---------------G-TGATAATA--AA-----------------AAAATGGCTGATTGACTTGTTATTCACATATGATTaaatgtctaattgaaaagtgttttgtgtttgtttctaataatagttatgcacctataaatgtgttgttgctactttttaattaatgttatcatgactgcttgataaaaggtcaatcaaagtttgataacggtattaatttcgttgttgttactatttcattaatgccagcattaatgtttggaaaaggacacagtttgataatgatattattaatataatacagaaacgtcgataataacttaacgtacggaacatatggataatatt
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Reference ( family-2120 ) : NCTATCGTGATGGCAAGGGCTGAAATATAATGAAGATGTATTTAACTAATGGTAAATTGACACAAATCTAGATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAAATCTACATATAATGAAGATGTATTTAATGCCAAATTGACACAACTCTAGATATATGTTCAACCCTAAAATAAACAGCTGGTTATCTAAACCCATTGCATAGTTCAAAAAGACGAATTTAAATGTTTGTTACGAGTTTTTTCTTGGCCGTGGTCAAAGACGATCTTTAAAAACGCACCGCTGTTGCAATAAACAAAGCCAAGCTGGAAAATCAAAACTTGAGCCGGGTTACGCTCACTTGTCTTTTATTTCCACGTTAAGCATACATAAAAGATAAATGCAACTTTATAG--GT----GAAAAGTTCGGACATTAATA-----------CA-GAACA--GA---ACAT--TCTTTT---ATTTTGGCTTAAG-CATTACAAAAGC--TTTT-CACCAT-AAATAACA----TATNCAAATACAT-AAT--CAAATACATA--------AGGCACATGC-A-----A-AA-TGCA--TATCA-ATATTAAAT-ACAAACA-T-T--TT--A-GAA--AATATGGTAGT-A----T-----TA------ATTATGGTGGTAATAGTAATTATAGTGAGAGTGAATAACATGGCTGGTT-GACTTGTTATTCACATATGACTT
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gi|11 : TTTATTC--AT----GAATATTTCG----TTGATA-----------TT-GAACATAGA---AT-T--TCTTTTTCAAGTTTGGCTAAAG-CATTACAA--GT--ATTT-TACAAT-CAATAACA----TATT--AGTAT-T-AATAAAAAAAACATA--------A-AC-CATAC-A-----ACAG-TTTA--TATCA-ATAATGACT-ACAAGCA-T-T--TT-------------------T-C----T-----TAC-----ATTATGGTAGTA---------GTAGTGAGAGGGAATACCATGGCTTTCT-GACTAAACATTCGCATATATCTTatatatgattattactattattgtcacaaatcttatctaactagcattttgcattaaacattattctgttctcacattttaaatgctttgatactatacgatgcaaatttgtttaagactgactttttgtttgactgcaaaatataaatgaatttgaacatactgggtttattgatctaagattttggaatatattgcttacacagatcaatataataaggacagattaaaacaaa
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gi|30 : A-AAACA--TA---GCAT--CCTTTT---ATTTTGGCTTTAG-CATTAC-AAAGC--CTTT-CACCAT-GAAGAACA----TATTCAAaaatatataagtgaaatgtgttttgtttttgtttttgataatatttatgcacctatattttcgttgttgtcactttttcgttaatgcttacatgtatatttggaaagggacaatcaaaattttatagattaaaacggttgttaacaattagataacagttttctttctgatggttaatgtttattcatgttgaaattagatatattaaatgaaatttaggtaaattagaggataattagataaaagtgacagaggaaatagttaacaatgccgttcggttatttgtgtgtgaattgcacttttaaatgcaaaacataatgaaatattggagaatgcttaccaacaacattcagaacagaacttttaaatcagaaagctaaatttgctggctgaaaaacatgatatgtactgaaagtttctattattctttattcaaaacgacactatgtatacaacgtaca
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gi|9 : -CATTATAATA-C--TTTT-CGCTAT-AAATAACA----TAT-------------T--CAAATACATT--------AGGCACATTC-A-----A-AAGTACA--TATCA-ATATTAACT-A--AATA-T-T--TTT-ATAAA--AATATGGTTGT-A----T------A------A-----GTGATAATA------------------AA-AAAATGGCTGATT-GACTTGTTATTCACATATGATTaaatgtctaattgaaaagtgttttgtgtttgtttctaataatagttatgcacctataaatgtgttgttgctactttttaattaatgttatcatgactgcttgataaaaggtcaatcaaagtttgataacggtattaatttcgttgttgttactatttcattaatgccagcattaatgtttggaaaaggacacagtttgataatgatattattaatataatacagaaacgtcgataataacttaacgtacggaacatatggataatatt
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