lowQualScore : 2
lowQualScore : .
lowQualScore : 6
consensus : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
Reference ( gi|26 ) : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|11 : TCTCAGACTAAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|16 : cagatTCTCAGACTCAAATTATTGATAGATTTAGGTCC
gi|23 : gatTCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTCAGGCag
gi|19 : cagTCTCAGACTTAA-TTATTGATGAATTTAGGCCCTGa
gi|14 : atTCACAGACTCAAATTATTGATGAGTTTAGG-CCTGa
gi|10 : ccgatTCTCAGATTCGAATTATTGATGAATGTCGGTCCTG
gi|13 : gatTCTCAGACTCATATTGTTGATGTATTTAGGTCCatt
gi|15 : TCTCAGACTCAAATTATAGATGGATTTGGGTaggctg
gi|20 : ccgatTCTCAGACTCAAATTGTTTATGAATTTAGGag
gi|29 : cgatTCTCAGACTCAAATTGTTAATGAATTTAAGCctc
gi|21 : ggtTCTCAGACTTTAATTATTGATAAAATTAGGTCC
gi|22 : cgatTCTCAGACTCAAATTATGTATGAATATAGGT
gi|25 : ccaatTCTCA--CTCAAATTATTGAAGAATTTAGGCCC
gi|8 : ctgatTCTCAGACTTAAATGGTTGATGACTTTAGGCCC
gi|17 : tccgatTCTCAGAGTCGAATTATTGATGAATGTAGGag
gi|32 : gtccgatTCTCAGACTCAAATTGTTTATTAATTTAGGc
gi|31 : TCTCTGACTTAAATTACTGATGAATTTAGc
gi|1 : tgatTCTCAGACTCAAATTGTTGACGAATT
gi|12 : aagtctaatTCTCAGAC--AAATTATTGATGAATTGAGGatggcccaggattgcaaataagac
gi|6 : nnnnnnnnnntTCTCAGACTCAAATGTTTGATAGATTTAAGCCCc
gi|18 : tcaatTCTCAGACTAAAAGTACTAATGCATTTAGGCCCaggt
gi|30 : ccggtCTCGGACTCAAATTGTTGATGAATTTAGGCCCTG
gi|28 : CTCAGAATCAAATTATTGATGAATTTTGGCCCTG
gi|7 : CTGAGATTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCg
gi|4 : tctcCTCAGACTCAAATTGTTAATGAA-TTAGGCCCTGaggct
gi|9 : TCAGACTCAAATTATTGATGAATATAGGCCCTGgtccgatactac
gi|3 : TCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCCattctgta
gi|2 : aatccgattgTCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCCctgcaaatagac
gi|24 : aatccgattgTCAGACTTAAATTGTTGATGAATTTATGCCCctgcaaatagac
gi|5 : gattaTCAAACTCAAACTATTGATTAATTTAGGCCC
gi|27 : gtccgattaAGGCTCACATCATTGATGAATTTAGGTCCTGaga
Alignments
lowQualScore :
lowQualScore :
lowQualScore :
consensus : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
Reference ( family-1897 ) : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
gi|1 : TCTCAGACTCAAATTGTTGACGAATTATGGCCC
gi|10 : aagtctaatTCTCAGATTCGAATTATTGATGAATGTCGGTCCTGaggattgcaaataagac
gi|11 : gatTCTCAGACTAAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTGatt
gi|12 : cagatTCTCAGAC--AAATTATTGATGAATTGAGGC
gi|13 : nnnnnnnnnntTCTCAGACTCATATTGTTGATGTATTTAGGTCC
gi|14 : TCACAGACTCAAATTATTGATGAGTTTAGGCCaggctg
gi|15 : ccgatTCTCAGACTCAAATTATAGATGGATTTGGGTCtg
gi|16 : ccgatTCTCAGACTCAAATTATTGATAGATTTAGGTCCag
gi|17 : gatTCTCAGAGTCGAATTATTGATGAATGTAGGCag
gi|18 : gtccgatTCTCAGACTAAAAGTACTAATGCATTTAGGCCC
gi|19 : ccggtTCTCAGACTTAA-TTATTGATGAATTTAGGCCCTG
gi|2 : atTCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCCa
gi|20 : aatccgattgTCTCAGACTCAAATTGTTTATGAATTTAGGCTCctgcaaatagac
gi|21 : cgatTCTCAGACTTTAATTATTGATAAAATTAGGTCC
gi|22 : cgatTCTCAGACTCAAATTATGTATGAATATAGGTC
gi|23 : ccaatTCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTCAGGCC
gi|24 : cagTCAGACTTAAATTGTTGATGAATTTATGCCCa
gi|25 : gattaTCTCA--CTCAAATTATTGAAGAATTTAGGCCC
gi|26 : ctgatTCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|27 : AGGCTCACATCATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|28 : ctCTCAGAATCAAATTATTGATGAATTTTGGCCCTGgc
gi|29 : TCTCAGACTCAAATTGTTAATGAATTTAAGCCg
gi|3 : ggtTCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCC
gi|30 : aatccgattgCTCGGACTCAAATTGTTGATGAATTTAGGCCCTGctgcaaatagac
gi|31 : TCTCTGACTTAAATTACTGATGAATTTAG
gi|32 : tgatTCTCAGACTCAAATTGTTTATTAATTTAGGC
gi|4 : CTCAGACTCAAATTGTTAATGAA-TTAGGCCCTG
gi|5 : TCAAACTCAAACTATTGATTAATTTAGGCCCgtccgatactac
gi|6 : gtccgattaTCTCAGACTCAAATGTTTGATAGATTTAAGCCCaga
gi|7 : tcaatCTGAGATTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCaggt
gi|8 : tctcTCTCAGACTTAAATGGTTGATGACTTTAGGCCCaggct
gi|9 : tccgatTCAGACTCAAATTATTGATGAATATAGGCCCTGag
blockSeqCons :
originalCons : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
finalCons : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
Alignments
lowQualScore :
lowQualScore :
lowQualScore :
consensus : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
Reference ( family-1897 ) : TCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCTG
gi|1 : TCTCAGACTCAAATTGTTGACGAATTATGGCCC
gi|10 : aagtctaatTCTCAGATTCGAATTATTGATGAATGTCGGTCCTGaggattgcaaataagac
gi|11 : gatTCTCAGACTAAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTGatt
gi|12 : cagatTCTCAGAC--AAATTATTGATGAATTGAGGC
gi|13 : nnnnnnnnnntTCTCAGACTCATATTGTTGATGTATTTAGGTCC
gi|14 : TCACAGACTCAAATTATTGATGAGTTTAGGCCaggctg
gi|15 : ccgatTCTCAGACTCAAATTATAGATGGATTTGGGTCtg
gi|16 : ccgatTCTCAGACTCAAATTATTGATAGATTTAGGTCCag
gi|17 : gatTCTCAGAGTCGAATTATTGATGAATGTAGGCag
gi|18 : gtccgatTCTCAGACTAAAAGTACTAATGCATTTAGGCCC
gi|19 : ccggtTCTCAGACTTAA-TTATTGATGAATTTAGGCCCTG
gi|2 : atTCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCCa
gi|20 : aatccgattgTCTCAGACTCAAATTGTTTATGAATTTAGGCTCctgcaaatagac
gi|21 : cgatTCTCAGACTTTAATTATTGATAAAATTAGGTCC
gi|22 : cgatTCTCAGACTCAAATTATGTATGAATATAGGTC
gi|23 : ccaatTCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTCAGGCC
gi|24 : cagTCAGACTTAAATTGTTGATGAATTTATGCCCa
gi|25 : gattaTCTCA--CTCAAATTATTGAAGAATTTAGGCCC
gi|26 : ctgatTCTCAGACTCAAATTATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|27 : AGGCTCACATCATTGATGAATTTAGGTCCTG
gi|28 : ctCTCAGAATCAAATTATTGATGAATTTTGGCCCTGgc
gi|29 : TCTCAGACTCAAATTGTTAATGAATTTAAGCCg
gi|3 : ggtTCAAACTCAAATTATTGATGAA-TTAGGCCC
gi|30 : aatccgattgCTCGGACTCAAATTGTTGATGAATTTAGGCCCTGctgcaaatagac
gi|31 : TCTCTGACTTAAATTACTGATGAATTTAG
gi|32 : tgatTCTCAGACTCAAATTGTTTATTAATTTAGGC
gi|4 : CTCAGACTCAAATTGTTAATGAA-TTAGGCCCTG
gi|5 : TCAAACTCAAACTATTGATTAATTTAGGCCCgtccgatactac
gi|6 : gtccgattaTCTCAGACTCAAATGTTTGATAGATTTAAGCCCaga
gi|7 : tcaatCTGAGATTCAAATTATTGATGAATTTAGGCCCaggt
gi|8 : tctcTCTCAGACTTAAATGGTTGATGACTTTAGGCCCaggct
gi|9 : tccgatTCAGACTCAAATTATTGATGAATATAGGCCCTGag