lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 11 11111111 111 11 666666666666666666666666666 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 5 0 6 7 55 3 99 7777 1 22 66666666 777 44 3 111111111111111111111111111 8 6 3 44 5555 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 777 2 0 7 1 3 6 3 2 2 2 33 2 2 77 77777 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 5 2 6
lowQualScore : . . . . .. . .. .... . .. ........ ... .. . ........................... . . . .. .... . ........................................................................................................................ .. ... . . . . . . . . . . .. . . .. ..... ....................................................................................................................... . . . .
lowQualScore : 4 2 3 2 33 3 22 1111 5 88 11111111 666 00 1 222222222222222222222222222 5 8 9 22 5555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 000 1 1 1 0 3 2 1 5 4 9 99 9 7 44 00000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 3 2 3
consensus : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAAAN-AA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTT--TTAAT-CAAATTTGGCA-ACA-ATAAAC---AT--ACAT-A-ATTA-TANGCCNAACAAANTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGT--GTTG---AGAAATGTTGTTCCACTCCTGACCCAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCT-CGGT--GGTG-GCCGA-CGAGC----GTTA------NT-------------------G-C--------------------A----------------C--------------------------A------A--T------T------GGAG-TTTTGCG-TTTTTAAAGTCTCTCAGTGT
Reference ( gi|5 ) : ACACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAAC-AA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTT--TTAAA-CAAAATAGGCA-CCA-ATAAAC---AT--ATATTACATTA-TATGCCACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGT--GTTG---AGAAATGTTGTTCCACTGCTGAACCAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCT-CGGT--GGTG-GCCGA-TGAGC----ATTA------TT-------------------G-C--------------------A----------------C--------------------------A------A--T------T------AGAG-TTTTGCG-TTTTTAAAGTTTCTCATTGT
gi|14 : ACAATGAGGGACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGATTTCATAAAAAT-AAACAA--GT----TTTGTATTTAT-CAATT--CTAAT-CAAATTTGGCA-ATA-ATAAGC---AT--ACAT-A-ATTA-TAAGCCTAAAAAATTGTGTGAATTATGTTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGA
gi|10 : ACACTGAGAGACTTT-AAAAACGCAA
gi|7 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAAa
gi|12 : tgagggactttaaaaagacaatagtcggactttgtaaaataaacaagtgtcttttgcctatcaatttcattgaaatttaccaacaataaacatcaacacaagattaacactttttgagttttactggtaaaaattgacaattcccagagagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgttgggaaatgttcctctcctgaacaaaggcttcggaaagctcccggtggtggcggacgagcgatagtgcgtcttagacattttcaaaaagagttACACTGAGAGACTTTAAAAAATGCAAAACTCCAATT
gi|6 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcACACTAAGGGACTTTAA-AAATGCAACGGTCGGACTTTATAAAATA-AA-TAAGTGT----CTTGCA--TATCAATTT--T--AA-TAAATTTGACA-TCA-ATAAAC---AT--------CAACA-TAAGTCTAACACTTTGTTTGAGTTTTATTGGAAAATAT--TGA---CAACTTCCTGAGA-A
gi|17 : ACACTGAGGGAGTTT-AAAAACGCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccttgttcctctcctggaccaagacttgggaaagctcagtaacgtttctcggtggtggctgacgagcgatagtgcgtctttccaaccgttttcaataagagttttacgtaaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|4 : ctcatacacttaaccacgtggtggctgacgagcgataatgggtctttccaactcatgtcttacattcttagttagagttagCACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAAC-AA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTT--TTAAA-CAAAATAGGCA-CCA-ATAAAC---AT--ATATTACATTA-TATGCCACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGT--GTTG---AGAAATGTTGTTCCACTGCTGAACCAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCT-CGGT--GGTG-GCCGA-TGAGC----ATTA------TT-------------------G-C--------------------A----------------C--------------------------A------A--T------T------AGAG-TTTTGCG-TTTTTAAAGTTTCTCATTGT
gi|2 : CACTGAGTGAATTTAAAAA-CGGAAAAGTCAGATTTCGTAAAAAT-AAACAG--GT----TTTGTATTTATCAATTT--GT-AT-CAAATTTGGCA-ACA-ATAAAC---AT--ACATC-------TAAACCTTATAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAATAAT--GAT---CAATTCGCCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGA--GTTG---AGAAA---TGTTCCGCTTCTGACCCAAGGAGTGG-AAAACCTCAATACAGTTTCT-CGGT--GGTG-GCTGA-CGATC----GTTA------AT-------------------T-C--------------------A----------------CTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCA------G--T------T------GAAG-TGTTGCG-TTTCTAAAGCCTCTCAGTGTa
gi|10 : CGCTGGGGGACTTAAATATACGCAACAGTCAGATTTCACAAAAAA-AAACAA--GT----TTTGTATTTATCAATTT----AAATCAAATTTTGAA-ACA-ATAAAT---AT--GCAT-AAATTA-TAAGCCTAACAAAGTGTGTGAATTTTATTAGAAAATAG--TGT---TAATTCCCTGAG
gi|16 : CACTGAGAGACTTT-AAAAACGCAACACTCCAATTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattttgcgtttttaaagtctctcagtgta
gi|9 : atattgagacatgttatttcactcctgacccaagccgtgtgaaagctcagtaacgtttctcttggtaactgacgagcgttaatgcgccttctctactcatcccagacatgctcACTGAGGGATTTTAAAA-ACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAAG-AA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-CATTT--TTAAA-CAAAATTGGCA-ACA-ATAAAC---AT--ATATTACATTA-TATGCAACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGGAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGT--G-----------------TCCACTGCTCACTCAAGGCGTGG-GGAGGGTCATTAACGTTTCT-CGGA--GGTG-GACGA-TGAGC----ATTA------TT-------------------G-C--------------------A----------------C--------------------------A------A--T------T------AGAG-TTTTGCG-TTTTTAAAGTTTCTCATTGT
gi|3 : ACTGAGTGACTTTAAAAA-CACAAAAGTCAGATTTCGTTATAAT-AAACAG--GT----TTTGTATTCAT-TAATT--TTAAT-CAAATTTGGCA-ACA-ATAAAC---AT--ACAT------A-TAAGCCTAAGGAACTGTTTGAATTTTATTGGAAAATAT--GAT---CAATTTCCTAAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGT--GTTG---AAAAATGTTATTCCACTTCTGACCCGAGGCTTGG-GACAGCTCACT----TTTTTACAAT---ATG-TCAGACTCAGC----ATCA------TT-------------------ACC--------------------A----------------T--------------------------AT-----A--T------C------AGA--TTCAGCC-TTTATA
gi|11 : tACTGAAGGACTTTAAAAA-CGCAAAAGTCAGATTTCGTAAAAATAAA-CAA--GT----TTTGTATTAAT-CAATT--TTAAT-AAAAACCGGC--CTA-ACAA-----AT--GTGTGA-ATTT-TAT------------------------TTG-AAAATAT--TAT---CAATTCCCTGTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGT--TATG---AGAAATAGTGTTCTACTCCTGACTAAAGGCATGG-CAAAG--------CGT------GGA--AATGCGCCTACCCAAC-----TCA------TT-------------------C-C--------------------AGACATGC---------C--------------------------A------AA-T------T------GGAG-TTTTGCG-TTTTTAAAGTCTATCAGTGTccatataatcatcagactaagcatt
gi|15 : tACTGAGGGACTT-AAAAAACGCAATGGTCGGACTTTGTGAAATA-AA-CAA--GTGCTCTTCCTA-TCAA-AGTTA--TTA----AGATTTGACA-ATA-ATAAAC---------ACCACATAAGTCTG----ACAGTCTGTGTGAGTTTTGTTGGAAAATAT--CAA---CAATTCCCTGAGa
gi|1 : CTGAGGAACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGACTTCGTAAAATA-AA-CAA--GT----TTCTTGTTTAT-TAATT--TTAAT-TAAAA----CATCCATGTAAGTCTAAC--ATATTG-AGTA--A----AAAAAAAATG---GAA----AATGGAAAATACAGTATAAACAATTCCCTGAGA-
gi|7 : TGAGGGACTTTAAAAAG-ACAATAGTCGGACTTTGTAAAATA-AA-CAAGTGT----CTTTTGCCTATCAATTTCATTG----AAATTTACCA-ACA-ATAAAC---ATCAACACAAGATTA-------ACAC----TTTTTGAGTTTTACTGGTAAAAAT--TGA---CAATTCCCAGAGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATT--GTTG---GGAAA---TGTTCCTCTCCTGAACAAAGGCTTCG-GAAAG-----------CTCC-CGGT--GGTG-GCGGA-CGAGC----GATA------GT-------------------G-CGTCTTAG-------------A----------------C--------------------------A------T--T------TTCAAAAAGAG-TTTTGCGTTTTTTAAAGTCCCTCAGTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|8 : AAAACGCAAAAGTTGGACCT--TAAAAA---A-CAA--TT----GTTGC---CA--AATTT--T--AT-TAAAATTGATAATCA-AGAAAC----------TTA----A-TGTA----ACGAACTGCGTGAATTTTATTGGAAAATAT--TAA---TAATTCACTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTTGCTGGGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGG-G-------ATAAA-----CT-CGGT--GGTG-ACTGG-CGAGC----ATTAAGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGTG-C--------------------A----------------A--------------------------A------A--T------G------AAAG-GTTTGCG-TTTTTAAAGTCTCTCATTGT
gi|12 : cttcTTT-T-AATTT--T-AAT-CAAATTTGGCA-GAA-ATAAAC---AC--A--------TA-TAAGCTA-ACAAACTGTGTGAATTGTATTGG
gi|13 : GTGTTAATTTCATTGTAAAATAT--AAC---TAATTCTCTAATA-Atnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcaattggagttttgcattttttaaagtctctcagtgt
gi|12 : taagcctaacacatgTACAGT--GTTG---AGAAATGTT--TTCAATACTGACCTAAGGTGCGG-GACAACTCATTAATGTTTCT-CGGT--GGCG-GCTGA-CGAGC----GTTA------AT-------------------G-CGTCTCCTCTTCTCATCCACGA----------------C--------------------------ATGCTCAA--T------T------GGAG-TTTTGCATTTTTTAAAGTCTCTCAGTGTttaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtattaacgttgctcggttaggggttgatgaggattaatgcgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|1 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACATT--GCAG---GGGTATGTTGTTCCACTTCTGAACCAAGACATGACGAAAGCTCAGTACTGTTTCC-CAAT--GGTG-CTTGA-CGAAC----A
gi|16 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT--ATTG---AGACATGTTATTTCACTCCTGACCCAAGCCGTGT-GAAAGCTCAGTAACGTTTCT-C-TT--GGTA-ACTGA-CGAGC----GTTA------AT-------------------G-C--------------------G----------------CCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCA------A--T------T------GGAG-TGTTGCG-TTTTTAAAGTCTCTCAGTGcgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|10 : aAAATGTTGTTCCACTCCTGA-CCA---------GAAAGCTCATTAACGTTACT-CAGT--TGCG-GCCGA-CGAGC----GTTA------AT-------------------G-CGTCTACCCAACTCGTACCAGA----------------C--------------------------A------A--GCCGAAAT------GGAGATTTTGCG-TTTTTAAAGTCTCTCAGTGT
gi|6 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactTTGTTCCTCTCCTGGACCAAGACTTGG-GAAAGCTCAGTAACGTTTCT-CGGT--GGTG-GCTGA-CGAGC----GATA------GT-------------------G-C--------------------GTCTTTCCAACCGTTTTC--------------------------A------A--T------A------AGAG-TTTTACG-Ta
gi|13 : acactaagggactttaaaaatgcaacggtcggactttataaaataaataagtgtcttgcatatcaattttaataaatttgacatcaataaacatcaacataagtctaacactttgtttgagttttattggaaaatattgacaacttcctgagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccGGT-ATTAACGTTGCT-CGGTTAGG-G-GTTGA-TGAGG----ATTA------AT-------------------G-C--------------------aaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|18 : taagcctaacacatggtgttaatttcattgtaaaatataactaattctctaataattaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtTCATTAATGTTTCT-CAGC--GATA-GCTGA-CGAGCGATAATTAATC---TT-------------------T-C--------------------AGTCCCATCTCAGT---C--------------------------A------A--TC-----T------CGA---TTGGAG-TTTTAAAAGTATCTCAGTGTgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|1 : aaacTTA------TT-------------------T-T--------------------A----------------C--------------------------G------AAGT------C------TGAC-TTTTGCA-TTTTTAAAGTTCCTCAa
gi|1 : c----------------C--------------------------A------A--T------T------GGAG-TTTAGCG-TTTTTAA---TTCTCacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|14 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatact--------------------------A------A--T------C------TGAC-TTTTGCA-TTTTTAAAGTCCCTCATTGTtcagt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATGTATGACTCAGCCTTGATACCATTTATCAGACTCAGCCTTAATACCATACATCAGTTTCGTCCTAAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): ATATGTCAGACTCAGCATTAATATAGTTTGTCAGATTCTGCCTATATTTCATAATTATGTCAGATGCAGCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 1111 333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 4 1 1 00 9 44 0000 0 77 3 0 1 33 33 2 777777777777777777 2 1 3 33 555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999 1 1 1 0 3 0 3 33 2 1 2 5555 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 5 888888
lowQualScore : . . . .. . .. .... . .. . . . .. .. . .................. . . . .. ... . ................................................................................................................ ..... . . . . . . . .. . . . .... ................................................................................................................................... . . ......
lowQualScore : 8 0 1 22 2 22 8888 8 99 9 9 9 88 99 9 222222222222222222 1 0 6 99 000 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 2 4 5 2 1 7 3 77 7 3 7 7777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 9 7 222222
consensus : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAAA-AAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-NANTTTTAATCAAATTTGGCAA-CAA--TAAACA-T--ACA-T-A-ATTA-TAAGCCTAACAAANTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACCCAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTG-GCCGA-CGAGCG----TTA-------------------------AT------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------A-T------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
Reference ( family-1617 ) : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAAA-NAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTTTTAATCAAATTTGGCAA-CAA--TAAACA-T--ACA-T-A-ATTA-TANGCCNAACAAANTGTGTGAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACCCAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTG-GCCGA-CGAGCG----TTA-------------------------NT------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------A-T------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
gi|1 : CTGAGGAACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGACTTCGTAAAAT-AAA-CAA--GT----TTCTTGTTTAT-TAATTTTAATTAAA----ACAT-CCATGTAAGTC-TA-ACA-T-A-TTGAGTAA---AAAAAAAATG---GAA----AATGGAAAATACAGTATAAACAATTCCCTGAGA-
gi|1 : TACATTGC-----AGGGGTATGTTGTTCCACTTCTGAACCAAGACATGACGAAAGCTCAGTACTGTTTCCCAAT--GGTG-CTTGA-CGAACA----CGA-------------------------AT------GTGTCTTCCCC--------------------A----------------CTCGTCCCAGACATACTC---------A------A-T------T------GGAG-TTTAGCG-T------TTTT-AATTCTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|10 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTGGGGGACTTAAATATACGCAACAGTCAGATTTCACAAAAA-AAAACAA--GT----TTTGTATTTAT-CAATTTAAATCAAATTTTGAAA-CAA--TAAATA-T--GCA-TAA-ATTA-TAAGCCTAACAAAGTGTGTGAATTTTATTAGAAAATAG--TGT---TAATTCCCTGAG
gi|10 : AAATGTTGTTCCACTCCTGACC---------A-GAAAGCTCATTAACGTTACTCAGT--TGCG-GCCGA-CGAGCG----TTA-------------------------AT------G---------CGTCTACCCAACTCGTACCAGA----------------C--------------------------A------A-GCCGAAAT------GGAGATTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattttgcgtttttaaagtctctcagtgta
gi|11 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactACTGAAGGACTTTAAAAA-CGCAAAAGTCAGATTTCGTAAAAATAAA-CAA--GT----TTTGTA-----------TTAATCAATTTT-------AA--TAAA------------A-ACC----GGCCTAACAAA-TGTGTGAATTTTATTTGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTA-----TGAGAAATAGTGTTCTACTCCTGACTAAAGGCATGG-CAAAG--------CGT-----GGA--AATGCGCCTACCCAAC-----TCA-------------------------TT------C---------C--------------------AGACATGC---------C--------------------------A------AAT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTATCAGTGTa
gi|12 : tTTT-T-AATTTT-AATCAAATTTGGCAG-AAA--TAAACA-C--A---------TA-TAAG-CTAACAAACTGTGTGAATTGTATTGGa
gi|12 : TACAGTGT-----TGAGAAATGTT--TTCAATACTGACCTAAGGTGCGG-GACAACTCATTAATGTTTCTCGGT--GGCG-GCTGA-CGAGCG----TTA-------------------------AT------G---------CGTCTCCTCTTCTCATCCACGA----------------C--------------------------ATGCTCAA-T------T------GGAG-TTTTGCATT------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcaattggagttttgcattttttaaagtctctcagtgt
gi|13 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TAAGCCTAACACATGGTGTTAATTTCATTGTAAAATAT--AAC---TAATTCTCTAATA-ATTAA
gi|13 : ATTAACGTTGCTCGGTTAGG-G-GTTGA-TGAGGA----TTA-------------------------AT------G---------C--------------------cgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtattaacgttgctcggttaggggttgatgaggattaatgcgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|14 : taagcctaacacatggtgttaatttcattgtaaaatataactaattctctaataattaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtACAATGAGGGACTTT-AAAAATGCAAAAGTCAGATTTCATAAAAATAAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-CAATTCTAATCAAATTTGGCAA-TAA--TAAGCA-T--ACA-T-A-ATTA-TAAGCCTAAAAAATTGTGTGAATTATGTTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|15 : ACTGAGGGACTT-AAAAAACGCAATGGTCGGACTTTGTGAAAT-AAA-CAA--GTGCTCTTCCTA-TCAA-AGTTATTA---AGATTTGACAA-TAA--TAAACACC--ACA-T-A-A-------GTCTGACAGTCTGTGTGAGTTTTGTTGGAAAATAT--CAA---CAATTCCCTGAG
gi|16 : TAT-----TGAGACATGTTATTTCACTCCTGACCCAAGCCGTGT-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTC-TT--GGTA-ACTGA-CGAGCG----TTA-------------------------AT------G---------C--------------------G----------------CCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCA------A-T------T------GGAG-TGTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTG
gi|17 : aGT--GGTG-GCTGA-CGAGCG----ATA-------------------------AT------G---------
gi|17 : ctcatacacttaaccac--------------------------A------G-T------T------AGAG-TTAGGCG-T------TTTTAAACTCCCTCAGTGTggtctttccaactcatgtcttacattcttagttagagttaggcgtttttaaactccctcagtgt
gi|18 : ctcatacacttaaccacgtggtggctgacgagcgataatgggtctttccaactcatgtcttacattcttAAACTCATTAATGTTTCTCAGC--GATA-GCTGA-CGAGCGATAATTA-------------------------ATCTTTCAGTCC------C--------------------ATCTCAGT---------C--------------------------A------A-TC-----T------CGA---TTGGAG-T------TTTAAAAGTATCTCAGTGT
gi|2 : CACTGAGTGAATTTAAAAA-CGGAAAAGTCAGATTTCGTAAAAA-TAAACAG--GT----TTTGTATTTATCAATTTGTA-TCAAATTTGGCAA-CAA--TAAACA-T--ACA-------TC-TAAACCTTATAAATTGTGTGAATTTTATTGGAAATAAT--GAT---CAATTCGCCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGAGT-----TGAGAAA---TGTTCCGCTTCTGACCCAAGGAGTGG-AAAACCTCAATACAGTTTCTCGGT--GGTG-GCTGA-CGATCG----TTA-------------------------AT------T---------C--------------------A----------------CTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCA------G-T------T------GAAG-TGTTGCG-T------TTCTAAAGCCTCTCAGTGTa
gi|3 : ACTGAGTGACTTTAAAAA-CACAAAAGTCAGATTTCGTTATAA-TAAACAG--GT----TTTGTATTCAT-TAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAA--TAAACA-T--ACA-T-A------TAAGCCTAAGGAACTGTTTGAATTTTATTGGAAAATAT--GAT---CAATTTCCTAAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAAAAATGTTATTCCACTTCTGACCCGAGGCTTGG-GACAGCTCACT
gi|4 : tCACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAA-CAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAA--TAAACA-T--ATA-TTACATTA-TATGCCACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAACCAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTG-GCCGA-TGAGCA----TTA-------------------------TT------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------A-T------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTtttttacaatatgtcagactcagcatcattaccatatatcagattcagcctttataccatataatcatcagactaagcatt
gi|5 : ACACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAA-CAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-AATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAA--TAAACA-T--ATA-TTACATTA-TATGCCACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAACCAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTG-GCCGA-TGAGCA----TTA-------------------------TT------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------A-T------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTa
gi|6 : ACACTAAGGGACTTTAAAAA-TGCAACGGTCGGACTTTATAAAAT-AAA-TAA--GTGT--CTTGCAT--AT-CAATTTTAAT-AAATTTGACAT-CAA--TAAACA-TCAACA-T-A-A-------GTCTAACACTTTGTTTGAGTTTTATTGGAAAATAT--TGA---CAACTTCCTGAGA-A
gi|6 : TTGTTCCTCTCCTGGACCAAGACTTGG-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTCGGT--GGTG-GCTGA-CGAGCG----ATA-------------------------GT------G---------C--------------------GTCTTTCCAACCGTTTTC--------------------------A------A-T------A------AGAG-TTTTACG-TAAAAAAAATTAAAGTCTCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccttgttcctctcctggaccaagacttgggaaagctcagtaacgtttctcggtggtggctgacgagcgatagtgcgtctttccaaccgttttcaataagagttttacgtaaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|7 : acactaagggactttaaaaatgcaacggtcggactttataaaataaataagtgtcttgcatatcaattttaataaatttgacatcaataaacatcaacataagtctaacactttgtttgagttttattggaaaatattgacaacttcctgagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccTGAGGGACTTTAAAAAG-ACAATAGTCGGACTTTGTAAAAT-AAA-CAAGTGT----CTTTTGCCTAT-CAATTTCATTGAAATTTACCAA-CAA--TAAACA-TCAACA-C-A-A-------GATTAAC--ACTTTTTGAGTTTTACTGGTAAAAAT--TGA---CAATTCCCAGAGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTGT-----TGGGAAA---TGTTCCTCTCCTGAACAAAGGCTTCG-GAAAGC-----------TCCCGGT--GGTG-GCGGA-CGAGCG----ATA-------------------------GT------G---------CGTCTTAG-------------A----------------C--------------------------A------T-T------TTCAAAAAGAG-TTTTGCGTT------TTTTAAAGTCCCTCAGTGTgcgtt
gi|8 : AAAACGCAAAAGTTGGACCT--TAAAAA---A-CAA--TT----GTTGC---CA--AATTTT--ATTAAAATTGATAATCAA--GAAAC--------------TTA--ATG--TAACGAACTGCGTGAATTTTATTGGAAAATAT--TAA---TAATTCACTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTTGCTGGGAAATGTTGTTCCACTCCTGAACCAAGGCGTGG-GA--------TAAA----CTCGGT--GGTG-ACTGG-CGAGCA----TTAAGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGT------G---------C--------------------A----------------A--------------------------A------A-T------G------AAAG-GTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCATTGT
gi|9 : cttcACTGAGGGATTTTAAAAA-CGCAATAGTCAGATTTCGTAAAAA-GAA-CAA--GT----TTTGTATTTAT-CATTTTTAAACAAAATTGGCAA-CAA--TAAACA-T--ATATT-ACATTA-TATGCAACACAAAGTGTGTGAACTTCATTGGGAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTG-------------------TCCACTGCTCACTCAAGGCGTGG-GGAGGGTCATTAACGTTTCTCGGA--GGTG-GACGA-TGAGCA----TTA-------------------------TT------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------A-T------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATGTATGACTCAGCCTTGATACCATTTATCAGACTCAGCCTTAATACCATACATCAGTTTCGTCCTAAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): ATATGTCAGACTCAGCATTAATATAGTTTGTCAGATTCTGCCTATATTTCATAATTATGTCAGATGCAGCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 44444444444 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 4 1 1 444 44 44 2 2 0 33 77777777777 1 3 333333333333 33 555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999 1 1 1 3333333333 3 1 33 33 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 5 888888
lowQualScore : . . . ... .. .. . . . .. ........... . . ............ .. ... . ................................................................................................................ ..... . . . .......... . . .. .. .... ................................................................................................................................................... . . ......
lowQualScore : 8 0 1 444 22 22 0 0 1 66 66666666666 5 6 777777777777 99 000 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 2 4 5 5555555555 1 7 77 99 7777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 7 222222
consensus : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
Reference ( family-1617 ) : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATNANTTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAANTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
gi|1 : CTGAGGAACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGACTTCGTAAAA-T-AAACAA--GT--TTCTTGTTTATTAATTTTAATTA---------------AAACATCCA-------TGTAAGTCTAACATATTGAGTAAAAAAAAAATGGAA----AATGGAAAATACAGTATAAACAATTCCCTGAGA-
gi|1 : TACATTGC-----AGGGGTATGTTGTTCCACTTCTGAAC----------CAAGACATGACGAAAGCTCAGTACTGTTTCCCAAT--GGTGCTT-GACGAACA----CGA-----------------A-------------------------T------GTGTCTTCCCC--------------------A----------------CTCGTCCCAGACATACTC---------A------AT------T------GGAG-TTTAGCG-T------TTTT-AATTCTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|10 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTGGGGGACTTAAATATACGCAACAGTCAGATTTCACAAAAAA-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTAAATCAAATTTTGAAA-CAATAAATATGCA-TAA-ATTATAAGCCTAACAAAGTGTGT------------GAATTTTATTAGAAAATAG--TGT---TAATTCCCTGAG
gi|10 : AAATGTTGTTCCACTCCTGACC-------------------A-GAAAGCTCATTAACGTTACTCAGT--TGCGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTACCCAACTCGTACCAGA----------------C--------------------------A------AGCCGAAAT------GGAGATTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattttgcgtttttaaagtctctcagtgta
gi|11 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactACTGAAGGACTTTAAAAA-CGCAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATT----------AATCAATTTT-------AATAAA---------A-ACCG---GCCTAACAAA-TGTGT------------GAATTTTATTTGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTA-----TGAGAAATAGTGTTCTACTCCTGACTAAAGGCATGGCAAAGCGTGG-AAATGCGCCT--ACCCAACTCATT-------CCAGAC-----------------------------A-------------------------T------G---------C--------------------C----------------A--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTATCAGTGTa
gi|12 : tTTAATTTTAATCAAATTTGGCAG-AAATAAACACA---------TATAAG-CTAACAAACTGTGT------------GAATTGTATTGGa
gi|12 : ttTACAGTGT-----TGAGAAATGTT--TTCAATACTGACC----------TAAGGTGCGG-GACAACTCATTAATGTTTCTCGGT--GGCGGCT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTCCTCTTCTCATCCACGA----------------C--------------------------ATGCTCAAT------T------GGAG-TTTTGCATT------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcaattggagttttgcattttttaaagtctctcagtgt
gi|13 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAGCCTAACACATGGTGT------------TAATTTCATTGTAAAATAT--AAC---TAATTCTCTAATA-ATTAA
gi|13 : ATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTT-GATGAGGA----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------cgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtattaacgttgctcggttaggggttgatgaggattaatgcgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|14 : taagcctaacacatggtgttaatttcattgtaaaatataactaattctctaataattaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtACAATGAGGGACTTT-AAAAATGCAAAAGTCAGATTTCATAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTCTAATCAAATTTGGCAA-TAATAAGCATACA-T-A-ATTATAAGCCTAAAAAATTGTGT------------GAATTATGTTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|15 : ACTGAGGGACTT-AAAAAACGCAATGGTCGGACTTTGTGAAA-T-AAACAA--GT--GCTCTTCCTATCAAAGTTATTAAGATTTGACAA-TAATAAACAC-CA-------CATAAGTCTGACAGTCTGTGT------------GAGTTTTGTTGGAAAATAT--CAA---CAATTCCCTGAG
gi|16 : TAT-----TGAGACATGTTATTTCACTCCTGACC----------CAAGCCGTGT-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTC-TT--GGTAACT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------G----------------CCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCA------AT------T------GGAG-TGTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTG
gi|17 : aGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATAATGGGTCTTTCCAACTCA-------------------------T------G---------TCTT-----------------A----------------C--------------------------ATTCTTAGT------T------AGAG-TTAGGCG-T------TTTTAAACTCCCTCAGTGT
gi|18 : ctcatacacttaaccacAAACTCATTAATGTTTCTCAGC--GATAGCT-GACGAGCGATAATTA-----------------A-------------------------TCTTTCAGTCC------C--------------------ATCTCAGT---------C--------------------------A------ATC-----T------CGA---TTGGAG-T------TTTAAAAGTATCTCAGTGT
gi|2 : CACTGAGTGAATTTAAAAA-CGGAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTTATCAATTTGTATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-------TCTAAACCTTATAAATTGTGT------------GAATTTTATTGGAAATAAT--GAT---CAATTCGCCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGAGT-----TGAGAAA---TGTTCCGCTTCTGACC----------CAAGGAGTGG-AAAACCTCAATACAGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGATCG----TTA-----------------A-------------------------T------T---------C--------------------A----------------CTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCA------GT------T------GAAG-TGTTGCG-T------TTCTAAAGCCTCTCAGTGTa
gi|3 : ACTGAGTGACTTTAAAAA-CACAAAAGTCAGATTTCGTTATA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTCATTAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-----TAAGCCTAAGGAACTGTTT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--GAT---CAATTTCCTAAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAAAAATGTTATTCCACTTCTGACC----------CGAGGCTTGG-GACAGCTCACT
gi|4 : tCACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTtttttacaatatgtcagactcagcatcattaccatatatcagattcagcctttataccatataatcatcagactaagcatt
gi|5 : ACACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTa
gi|6 : ACACTAAGGGACTTTAAAAA-TGCAACGGTCGGACTTTATAAAA-T-AAATAA--GTGTCTTGCAT--ATCAATTTTAAT-AAATTTGACAT-CAATAAACAT----C-A-AC-ATAAGTCTAACACTTTGTTT------------GAGTTTTATTGGAAAATAT--TGA---CAACTTCCTGAGA-A
gi|6 : TTGTTCCTCTCCTGGAC----------CAAGACTTGG-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------C--------------------GTCTTTCCAACCGTTTTC--------------------------A------AT------A------AGAG-TTTTACG-TAAAAAAAATTAAAGTCTCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccttgttcctctcctggaccaagacttgggaaagctcagtaacgtttctcggtggtggctgacgagcgatagtgcgtctttccaaccgttttcaataagagttttacgtaaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|7 : acactaagggactttaaaaatgcaacggtcggactttataaaataaataagtgtcttgcatatcaattttaataaatttgacatcaataaacatcaacataagtctaacactttgtttgagttttattggaaaatattgacaacttcctgagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccTGAGGGACTTTAAAAAG-ACAATAGTCGGACTTTGTAAAA-T-AAACAAGTGT--CTTTTGCCTATCAATTTCATTGAAATTTACCAA-CAATAAACAT----C-A-A-CACAAGATTAAC--ACTTTTT------------GAGTTTTACTGGTAAAAAT--TGA---CAATTCCCAGAGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTGT-----TGGGAAA---TGTTCCTCTCCTGAAC----------AAAGGCTTCG-GAAAGC-----------TCCCGGT--GGTGGCG-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------CGTCTTAG-------------A----------------C--------------------------A------TT------TTCAAAAAGAG-TTTTGCGTT------TTTTAAAGTCCCTCAGTGTgcgtt
gi|8 : AAAACGCAAAAGTTGGACCTT----AA-A-AAACAA--TT--GTTGC-----CAAATTTT-ATTAAAATTGATAATCAAGAAAC-T----T-A-AT-----G--TAACGAACTGCGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAA---TAATTCACTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTTGCTGGGAAATGTTGTTCCACTCCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GA--------TAAA----CTCGGT--GGTGACT-GGCGAGCA----TTA-----------------AGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGT------G---------C--------------------A----------------A--------------------------A------AT------G------AAAG-GTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCATTGT
gi|9 : cttcACTGAGGGATTTTAAAAA-CGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-GAACAA--GT--TTTGTATTTATCATTTTTAAACAAAATTGGCAA-CAATAAACATATATT-ACATTATATGCAACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGGAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTG-------------------TCCACTGCTCACT----------CAAGGCGTGG-GGAGGGTCATTAACGTTTCTCGGA--GGTGGAC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATGTATGACTCAGCCTTGATACCATTTATCAGACTCAGCCTTAATACCATACATCAGTTTCGTCCTAAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): ATATGTCAGACTCAGCATTAATATAGTTTGTCAGATTCTGCCTATATTTCATAATTATGTCAGATGCAGCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 44444444444 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 4 1 1 444 44 44 1 1 33 77777777777 1 5 333333333333 33 555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999 1 1 1 3333333333 3 1 33 33 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 5 888888
lowQualScore : . . . ... .. .. . . .. ........... . . ............ .. ... . ................................................................................................................ ..... . . . .......... . . .. .. .... ................................................................................................................................................... . . ......
lowQualScore : 8 0 1 444 22 22 2 9 66 66666666666 5 3 777777777777 99 000 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 2 4 5 5555555555 1 7 77 99 7777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 7 222222
consensus : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
Reference ( family-1617 ) : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
gi|1 : CTGAGGAACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGACTTCGTAAAA-T-AAACAA--GT--TTCTTGTTTATTAATTTTAATTA---------------AAACATCCA-------TGTAAGTCTAACATATTGAGTAAAAAAAAAATGGAA----AATGGAAAATACAGTATAAACAATTCCCTGAGA-
gi|1 : TACATTGC-----AGGGGTATGTTGTTCCACTTCTGAAC----------CAAGACATGACGAAAGCTCAGTACTGTTTCCCAAT--GGTGCTT-GACGAACA----CGA-----------------A-------------------------T------GTGTCTTCCCC--------------------A----------------CTCGTCCCAGACATACTC---------A------AT------T------GGAG-TTTAGCG-T------TTTT-AATTCTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|10 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTGGGGGACTTAAATATACGCAACAGTCAGATTTCACAAAAAA-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTAAATCAAATTTTGAAA-CAATAAATATGCA-TAA-ATTATAAGCCTAACAAAGTGTGT------------GAATTTTATTAGAAAATAG--TGT---TAATTCCCTGAG
gi|10 : AAATGTTGTTCCACTCCTGACC-------------------A-GAAAGCTCATTAACGTTACTCAGT--TGCGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTACCCAACTCGTACCAGA----------------C--------------------------A------AGCCGAAAT------GGAGATTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattttgcgtttttaaagtctctcagtgta
gi|11 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactACTGAAGGACTTTAAAAA-CGCAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATTAATCAATTTTA-----------------ATAAA---------A-ACCG---GCCTAACAAA-TGTGT------------GAATTTTATTTGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTA-----TGAGAAATAGTGTTCTACTCCTGACTAAAGGCATGGCAAAGCGTGG-AAATGCGCCT--ACCCAACTCATT-------CCAGAC-----------------------------A-------------------------T------G---------C--------------------C----------------A--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTATCAGTGTa
gi|12 : tTTAATTTTAATCAAATTTGGCAG-AAATAAACACA---------TATAAG-CTAACAAACTGTGT------------GAATTGTATTGGa
gi|12 : ttTACAGTGT-----TGAGAAATGTT--TTCAATACTGACC----------TAAGGTGCGG-GACAACTCATTAATGTTTCTCGGT--GGCGGCT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTCCTCTTCTCATCCACGA----------------C--------------------------ATGCTCAAT------T------GGAG-TTTTGCATT------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcaattggagttttgcattttttaaagtctctcagtgt
gi|13 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAGCCTAACACATGGTGT------------TAATTTCATTGTAAAATAT--AAC---TAATTCTCTAATA-ATTAA
gi|13 : ATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTT-GATGAGGA----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------cgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtattaacgttgctcggttaggggttgatgaggattaatgcgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|14 : taagcctaacacatggtgttaatttcattgtaaaatataactaattctctaataattaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtACAATGAGGGACTTT-AAAAATGCAAAAGTCAGATTTCATAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTCTAATCAAATTTGGCAA-TAATAAGCATACA-T-A-ATTATAAGCCTAAAAAATTGTGT------------GAATTATGTTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|15 : ACTGAGGGACTT-AAAAAACGCAATGGTCGGACTTTGTGAAA-T-AAACAA--GT--GCTCTTCCTATCAAAGTTATTAAGATTTGACAA-TAATAAACAC-CA-------CATAAGTCTGACAGTCTGTGT------------GAGTTTTGTTGGAAAATAT--CAA---CAATTCCCTGAG
gi|16 : TAT-----TGAGACATGTTATTTCACTCCTGACC----------CAAGCCGTGT-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTC-TT--GGTAACT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------G----------------CCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCA------AT------T------GGAG-TGTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTG
gi|17 : aGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATAATGGGTCTTTCCAACTCA-------------------------T------G---------TCTT-----------------A----------------C--------------------------ATTCTTAGT------T------AGAG-TTAGGCG-T------TTTTAAACTCCCTCAGTGT
gi|18 : ctcatacacttaaccacAAACTCATTAATGTTTCTCAGC--GATAGCT-GACGAGCGATAATTA-----------------A-------------------------TCTTTCAGTCC------C--------------------ATCTCAGT---------C--------------------------A------ATC-----T------CGA---TTGGAG-T------TTTAAAAGTATCTCAGTGT
gi|2 : CACTGAGTGAATTTAAAAA-CGGAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTTATCAATTTGTATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-------TCTAAACCTTATAAATTGTGT------------GAATTTTATTGGAAATAAT--GAT---CAATTCGCCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGAGT-----TGAGAAA---TGTTCCGCTTCTGACC----------CAAGGAGTGG-AAAACCTCAATACAGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGATCG----TTA-----------------A-------------------------T------T---------C--------------------A----------------CTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCA------GT------T------GAAG-TGTTGCG-T------TTCTAAAGCCTCTCAGTGTa
gi|3 : ACTGAGTGACTTTAAAAA-CACAAAAGTCAGATTTCGTTATA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTCATTAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-----TAAGCCTAAGGAACTGTTT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--GAT---CAATTTCCTAAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAAAAATGTTATTCCACTTCTGACC----------CGAGGCTTGG-GACAGCTCACT
gi|4 : tCACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTtttttacaatatgtcagactcagcatcattaccatatatcagattcagcctttataccatataatcatcagactaagcatt
gi|5 : ACACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTa
gi|6 : ACACTAAGGGACTTTAAAAA-TGCAACGGTCGGACTTTATAAAA-T-AAATAA--GTGTCTTGCAT--ATCAATTTTAAT-AAATTTGACAT-CAATAAACAT----C-A-AC-ATAAGTCTAACACTTTGTTT------------GAGTTTTATTGGAAAATAT--TGA---CAACTTCCTGAGA-A
gi|6 : TTGTTCCTCTCCTGGAC----------CAAGACTTGG-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------C--------------------GTCTTTCCAACCGTTTTC--------------------------A------AT------A------AGAG-TTTTACG-TAAAAAAAATTAAAGTCTCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccttgttcctctcctggaccaagacttgggaaagctcagtaacgtttctcggtggtggctgacgagcgatagtgcgtctttccaaccgttttcaataagagttttacgtaaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|7 : acactaagggactttaaaaatgcaacggtcggactttataaaataaataagtgtcttgcatatcaattttaataaatttgacatcaataaacatcaacataagtctaacactttgtttgagttttattggaaaatattgacaacttcctgagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccTGAGGGACTTTAAAAAG-ACAATAGTCGGACTTTGTAAAA-T-AAACAAGTGT--CTTTTGCCTATCAATTTCATTGAAATTTACCAA-CAATAAACAT----C-A-A-CACAAGATTAAC--ACTTTTT------------GAGTTTTACTGGTAAAAAT--TGA---CAATTCCCAGAGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTGT-----TGGGAAA---TGTTCCTCTCCTGAAC----------AAAGGCTTCG-GAAAGC-----------TCCCGGT--GGTGGCG-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------CGTCTTAG-------------A----------------C--------------------------A------TT------TTCAAAAAGAG-TTTTGCGTT------TTTTAAAGTCCCTCAGTGTgcgtt
gi|8 : AAAACGCAAAAGTTGGACCTT----AA-A-AAACAA-------TTG---TTGCCAAATTTTATTAAAATTGATAATCAAGAAAC-T----T-A-AT-----G--TAACGAACTGCGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAA---TAATTCACTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTTGCTGGGAAATGTTGTTCCACTCCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GA--------TAAA----CTCGGT--GGTGACT-GGCGAGCA----TTA-----------------AGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGT------G---------C--------------------A----------------A--------------------------A------AT------G------AAAG-GTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCATTGT
gi|9 : cttcACTGAGGGATTTTAAAAA-CGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-GAACAA--GT--TTTGTATTTATCATTTTTAAACAAAATTGGCAA-CAATAAACATATATT-ACATTATATGCAACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGGAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTG-------------------TCCACTGCTCACT----------CAAGGCGTGG-GGAGGGTCATTAACGTTTCTCGGA--GGTGGAC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGT
blockSeqs : A C A AA GT GT C T AT ATATTACATT C G . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN GTTGC T C C AAAGGCATGG . T TA CA ATAA ATGCGTCTACCCAACTCGTACCAGACAAGCCGAAAT A T AAAAAA
blockSeqs : A A A AT . . C T A ATATTACATT C C . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T C C . . T . C . ATGCGTCTCCTCTTCTCATCCACGACATGCTCAATT . T .
blockSeqs : A A A AT . . C T G ATATTACATT C T . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T A C . . T . T . ATGCGCCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCAATT . . .
blockSeqs : A T G AT . . A T A GCATAAATT C T . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T C C . . T . T . ATGGGTCTTTCCAACTCATGTCTTACATTCTTAGTT . . .
blockSeqs : A A A AT . . C T A ACATAATT T C . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T T C . . G . T . ATTCACTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCAGTT . . .
blockSeqs : G A A T . . C T A ACATA C T . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T T C . . T . T . AGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGTGCAAAATG . . .
blockSeqs : A T A A . . C A A AACC C C . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T G A . . A . T . ATCTTTCAGTCCCATCTCAGTCAATCT . . .
blockSeqs : . T A A . . C A C ACAT C G . . . . . T G A . . C . T . GTGCGTCTTTCCAACCGTTTTCAATA . . .
blockSeqs : . C G T . . G T C CAAC C G . . . . . . C A . . T . C . GTGCGTCTTAGACATTTTCAAAA . . .
blockSeqs : . T G T . . T T T CAAC T T . . . . . . C A . . T . C . ATGCCAAATT . . .
blockSeqs : . A G A . . C A A TAAT A C . . . . C A . . G . T . TTGCACAATT . . .
blockSeqs : . T A A . . . A A CAC C C . . . G C . . T . G . TTGCACAATT . . .
blockSeqs : . . . AT . G . . . . . T . TTGCACAATT . . .
blockSeqs : . . . . . C .
blockSeqCons : A* ************ ** ***
originalCons : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
finalCons : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATGTATGACTCAGCCTTGATACCATTTATCAGACTCAGCCTTAATACCATACATCAGTTTCGTCCTAAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): ATATGTCAGACTCAGCATTAATATAGTTTGTCAGATTCTGCCTATATTTCATAATTATGTCAGATGCAGCAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 111 44444444444 111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 4 1 1 444 44 44 1 1 33 77777777777 1 5 333333333333 33 555 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999 1 1 1 3333333333 3 1 33 33 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 5 888888
lowQualScore : . . . ... .. .. . . .. ........... . . ............ .. ... . ................................................................................................................ ..... . . . .......... . . .. .. .... ................................................................................................................................................... . . ......
lowQualScore : 8 0 1 444 22 22 2 9 66 66666666666 5 3 777777777777 99 000 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 2 4 5 5555555555 1 7 77 99 7777 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 7 222222
consensus : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
Reference ( family-1617 ) : ACACTGAGGGACTTTAAAAAACGCAANAGTCGGATTTCGTAAAA-A-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-ATTATAAGCCTAACAAACTGTGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTCCTGACC----------CAAGGCGTGG-GAAAGCTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGT
gi|1 : CTGAGGAACTTTAAAAA-TGCAAAAGTCAGACTTCGTAAAA-T-AAACAA--GT--TTCTTGTTTATTAATTTTAATTA---------------AAACATCCA-------TGTAAGTCTAACATATTGAGTAAAAAAAAAATGGAA----AATGGAAAATACAGTATAAACAATTCCCTGAGA-
gi|1 : TACATTGC-----AGGGGTATGTTGTTCCACTTCTGAAC----------CAAGACATGACGAAAGCTCAGTACTGTTTCCCAAT--GGTGCTT-GACGAACA----CGA-----------------A-------------------------T------GTGTCTTCCCC--------------------A----------------CTCGTCCCAGACATACTC---------A------AT------T------GGAG-TTTAGCG-T------TTTT-AATTCTCTCAGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacattgcaggggtatgttgttccacttctgaaccaagacatgacgaaagctcagtactgtttcccaatggtgcttgacgaacacgaatgtgtcttccccactcgtcccagacatactcaattggagtttagcgtttttaattctctcagt
gi|10 : ctgaggaactttaaaaatgcaaaagtcagacttcgtaaaataaacaagtttcttgtttattaattttaattaaaacatccatgtaagtctaacatattgagtaaaaaaaaaatggaaaatggaaaatacagtataaacaattccctgagannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGCTGGGGGACTTAAATATACGCAACAGTCAGATTTCACAAAAAA-AAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTTAAATCAAATTTTGAAA-CAATAAATATGCA-TAA-ATTATAAGCCTAACAAAGTGTGT------------GAATTTTATTAGAAAATAG--TGT---TAATTCCCTGAG
gi|10 : AAATGTTGTTCCACTCCTGACC-------------------A-GAAAGCTCATTAACGTTACTCAGT--TGCGGCC-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTACCCAACTCGTACCAGA----------------C--------------------------A------AGCCGAAAT------GGAGATTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactaaatgttgttccactcctgaccagaaagctcattaacgttactcagttgcggccgacgagcgttaatgcgtctacccaactcgtaccagacaagccgaaatggagattttgcgtttttaaagtctctcagtgta
gi|11 : cgctgggggacttaaatatacgcaacagtcagatttcacaaaaaaaaacaagttttgtatttatcaatttaaatcaaattttgaaacaataaatatgcataaattataagcctaacaaagtgtgtgaattttattagaaaatagtgttaattccctgagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactatttactACTGAAGGACTTTAAAAA-CGCAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATTAATCAATTTTA-----------------ATAAA---------A-ACCG---GCCTAACAAA-TGTGT------------GAATTTTATTTGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGTGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTGTTA-----TGAGAAATAGTGTTCTACTCCTGACTAAAGGCATGGCAAAGCGTGG-AAATGCGCCT--ACCCAACTCATT-------CCAGAC-----------------------------A-------------------------T------G---------C--------------------C----------------A--------------------------A------AT------T------GGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTATCAGTGTa
gi|12 : tTTAATTTTAATCAAATTTGGCAG-AAATAAACACA---------TATAAG-CTAACAAACTGTGT------------GAATTGTATTGGa
gi|12 : ttTACAGTGT-----TGAGAAATGTT--TTCAATACTGACC----------TAAGGTGCGG-GACAACTCATTAATGTTTCTCGGT--GGCGGCT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------CGTCTCCTCTTCTCATCCACGA----------------C--------------------------ATGCTCAAT------T------GGAG-TTTTGCATT------TTTTAAAGTCTCTCAGTGTtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacagtgttgagaaatgttttcaatactgacctaaggtgcgggacaactcattaatgtttctcggtggcggctgacgagcgttaatgcgtctcctcttctcatccacgacatgctcaattggagttttgcattttttaaagtctctcagtgt
gi|13 : ttttaattttaatcaaatttggcagaaataaacacatataagctaacaaactgtgtgaattgtattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAGCCTAACACATGGTGT------------TAATTTCATTGTAAAATAT--AAC---TAATTCTCTAATA-ATTAA
gi|13 : ATTAACGTTGCTCGGTTAGG-GGTT-GATGAGGA----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------cgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtattaacgttgctcggttaggggttgatgaggattaatgcgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|14 : taagcctaacacatggtgttaatttcattgtaaaatataactaattctctaataattaacgattcaaacaacaacaccctgaaaataaaacttttcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagtaaaacgtggtACAATGAGGGACTTT-AAAAATGCAAAAGTCAGATTTCATAAAA-ATAAACAA--GT--TTTGTATTTATCAATTCTAATCAAATTTGGCAA-TAATAAGCATACA-T-A-ATTATAAGCCTAAAAAATTGTGT------------GAATTATGTTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAgtattcgcaactcatttcaggcatg
gi|15 : ACTGAGGGACTT-AAAAAACGCAATGGTCGGACTTTGTGAAA-T-AAACAA--GT--GCTCTTCCTATCAAAGTTATTAAGATTTGACAA-TAATAAACAC-CA-------CATAAGTCTGACAGTCTGTGT------------GAGTTTTGTTGGAAAATAT--CAA---CAATTCCCTGAG
gi|16 : TAT-----TGAGACATGTTATTTCACTCCTGACC----------CAAGCCGTGT-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTC-TT--GGTAACT-GACGAGCG----TTA-----------------A-------------------------T------G---------C--------------------G----------------CCTTCTCTACTCATCCCAGACATGCTCA------AT------T------GGAG-TGTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCAGTG
gi|17 : aGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATAATGGGTCTTTCCAACTCA-------------------------T------G---------TCTT-----------------A----------------C--------------------------ATTCTTAGT------T------AGAG-TTAGGCG-T------TTTTAAACTCCCTCAGTGT
gi|18 : ctcatacacttaaccacAAACTCATTAATGTTTCTCAGC--GATAGCT-GACGAGCGATAATTA-----------------A-------------------------TCTTTCAGTCC------C--------------------ATCTCAGT---------C--------------------------A------ATC-----T------CGA---TTGGAG-T------TTTAAAAGTATCTCAGTGT
gi|2 : CACTGAGTGAATTTAAAAA-CGGAAAAGTCAGATTTCGTAAAA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTTATCAATTTGTATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-------TCTAAACCTTATAAATTGTGT------------GAATTTTATTGGAAATAAT--GAT---CAATTCGCCAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGAGT-----TGAGAAA---TGTTCCGCTTCTGACC----------CAAGGAGTGG-AAAACCTCAATACAGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGATCG----TTA-----------------A-------------------------T------T---------C--------------------A----------------CTTTCTCGCCCCATCCAATACATGCTCA------GT------T------GAAG-TGTTGCG-T------TTCTAAAGCCTCTCAGTGTa
gi|3 : ACTGAGTGACTTTAAAAA-CACAAAAGTCAGATTTCGTTATA-ATAAACAG--GT--TTTGTATTCATTAATTTTAATCAAATTTGGCAA-CAATAAACATACA-T-A-----TAAGCCTAAGGAACTGTTT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--GAT---CAATTTCCTAAGA-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAAAAATGTTATTCCACTTCTGACC----------CGAGGCTTGG-GACAGCTCACT
gi|4 : tCACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTtttttacaatatgtcagactcagcatcattaccatatatcagattcagcctttataccatataatcatcagactaagcatt
gi|5 : ACACTGAGGGATTTTAAAAAACGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-CAACAA--GT--TTTGTATTTATAATTTTTAAACAAAATAGGCAC-CAATAAACATATA-TTACATTATATGCCACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGAAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTGT-----TGAGAAATGTTGTTCCACTGCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GGAAGGTCATTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGTa
gi|6 : ACACTAAGGGACTTTAAAAA-TGCAACGGTCGGACTTTATAAAA-T-AAATAA--GTGTCTTGCAT--ATCAATTTTAAT-AAATTTGACAT-CAATAAACAT----C-A-AC-ATAAGTCTAACACTTTGTTT------------GAGTTTTATTGGAAAATAT--TGA---CAACTTCCTGAGA-A
gi|6 : TTGTTCCTCTCCTGGAC----------CAAGACTTGG-GAAAGCTCAGTAACGTTTCTCGGT--GGTGGCT-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------C--------------------GTCTTTCCAACCGTTTTC--------------------------A------AT------A------AGAG-TTTTACG-TAAAAAAAATTAAAGTCTCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccttgttcctctcctggaccaagacttgggaaagctcagtaacgtttctcggtggtggctgacgagcgatagtgcgtctttccaaccgttttcaataagagttttacgtaaaaaaaattaaagtctcgcgtt
gi|7 : acactaagggactttaaaaatgcaacggtcggactttataaaataaataagtgtcttgcatatcaattttaataaatttgacatcaataaacatcaacataagtctaacactttgtttgagttttattggaaaatattgacaacttcctgagaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccTGAGGGACTTTAAAAAG-ACAATAGTCGGACTTTGTAAAA-T-AAACAAGTGT--CTTTTGCCTATCAATTTCATTGAAATTTACCAA-CAATAAACAT----C-A-A-CACAAGATTAAC--ACTTTTT------------GAGTTTTACTGGTAAAAAT--TGA---CAATTCCCAGAGA-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACATTGT-----TGGGAAA---TGTTCCTCTCCTGAAC----------AAAGGCTTCG-GAAAGC-----------TCCCGGT--GGTGGCG-GACGAGCG----ATA-----------------G-------------------------T------G---------CGTCTTAG-------------A----------------C--------------------------A------TT------TTCAAAAAGAG-TTTTGCGTT------TTTTAAAGTCCCTCAGTGTgcgtt
gi|8 : AAAACGCAAAAGTTGGACCTT----AA-A-AAACAA-------TTG---TTGCCAAATTTTATTAAAATTGATAATCAAGAAAC-T----T-A-AT-----G--TAACGAACTGCGT------------GAATTTTATTGGAAAATAT--TAA---TAATTCACTGAGA-ATTAAAAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGTTGCTGGGAAATGTTGTTCCACTCCTGAAC----------CAAGGCGTGG-GA--------TAAA----CTCGGT--GGTGACT-GGCGAGCA----TTA-----------------AGCGTCTTTCCAACTCATCCCAGACGT------G---------C--------------------A----------------A--------------------------A------AT------G------AAAG-GTTTGCG-T------TTTTAAAGTCTCTCATTGT
gi|9 : cttcACTGAGGGATTTTAAAAA-CGCAATAGTCAGATTTCGTAAAA-A-GAACAA--GT--TTTGTATTTATCATTTTTAAACAAAATTGGCAA-CAATAAACATATATT-ACATTATATGCAACACAAAGTGTGT------------GAACTTCATTGGGAAATAT--TAT---CAATTCCCTGAGA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACAGTG-------------------TCCACTGCTCACT----------CAAGGCGTGG-GGAGGGTCATTAACGTTTCTCGGA--GGTGGAC-GATGAGCA----TTA-----------------T-------------------------T------G---------C--------------------A----------------C--------------------------A------AT------T------AGAG-TTTTGCG-T------TTTTAAAGTTTCTCATTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TATGTATGACTCAGCCTTGATACCATTTATCAGACTCAGCCTTAATACCATACATCAGTTTCGTCCTAAAATTT
Unaligned ( gi|20 ): ATATGTCAGACTCAGCATTAATATAGTTTGTCAGATTCTGCCTATATTTCATAATTATGTCAGATGCAGCAT