lowQualScore : 11111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 3333333333333 2 11111 333 1 2222222 333 111 333333333333 1 1 11 555 555555555 111111 1 55555555555 33 111 3333 555 111 3333333333333 11 22222 66666666666666666666666666 111 3333 11 00000000 11 1 1111 111 111 444444444444444 111 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111 222222222 11111 1111 111111 2222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1 444444444444444 1111 555
lowQualScore : 0 444444444 8888888888888 2 3 99 99 5 0 3 66666 8 0 333 3 6 8 4 0 1111111 33 3 3 6 111 666 9 444444444444 0 3 0 22 0 222 3 888888888 3 8 0 888888 0 6 5 2 1 4 0 0 55555555555 22 888 6 1 6 1111 8 666 444 9 6666666666666 6 6 11 00000 11111111111111111111111111 0 3 6 6 444 9 0 4444 11 5 3 22 1 0 0 0 3 0 77777777 4 6 7777 0 22 2 0 3 22 2 555 2 3 5 33 5555 3 4 4 111 111 000000000000000 111 111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666 6 000000000 66 22222 7777 000000 5555 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 1 2222 2 4 1 6 5 555555555555555 0 6 77 7 1 6 11 2222 444
lowQualScore : . ......... ............. . . .. .. . . . ..... . . ... . . . . . ....... .. . . . ... ... . ............ . . . .. . ... . ......... . . . ...... . . . . . . . . ........... .. ... . . . .... . ... ... . ............. . . .. ..... .......................... . . . . ... . . .... .. . . .. . . . . . . ........ . . .... . .. . . . .. . ... . . . .. .... . . . ... ... ............... ... ... ................................................................. ....... . ......... .. ..... .... ...... .... ...................................................................... . . .... . . . . . ............... . . .. . . . .. .... ...
lowQualScore : 8 888888888 0000000000000 5 7 22 22 3 8 5 77777 0 8 000 2 0 0 6 8 2222222 22 5 2 5 000 555 0 555555555555 0 2 0 22 8 555 0 000000000 0 0 8 222222 6 0 0 8 0 6 8 8 66666666666 00 000 0 4 0 0000 0 000 000 8 3333333333333 0 7 00 00000 88888888888888888888888888 6 0 0 0 000 8 8 6666 00 4 2 44 0 8 8 8 8 8 22222222 0 0 2222 8 88 5 2 5 88 5 888 5 2 4 88 8888 8 4 8 777 777 000000000000000 777 777 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 0 000000000 99 33333 9999 111111 6666 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 3333 5 0 4 5 0 444444444444444 4 0 99 6 9 0 77 1111 777
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGGATCTGCCTGCTTACTAATGCCAACAGGACAGTAAGAGTAGAGGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCA--CAC--GCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCA-TATTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATNCAAATTATATCTT-GGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATGAATNTAACATACTGTAAGG-ATGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGTA-A-AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAAT---GTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TATGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTG-GGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCNATTTTACAATTTAAAGCACAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANATAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCAT---TATCAA---AAGC--------T-N----AACT---TCTTTATA---AAC--G-GCTCTA--------T----G-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G--GTAA----AGCT---TGTGTCAC--C---ATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AG---CCT--------CACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAG-TGA--C---TCC------GACGCAGAATC--TGATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGGGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( gi|1 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTGATCTGCCTGCTTACTAATGCCAACAGGACAGTAAGAGTAGAGGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCA--CAC--GCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCA-GTTTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATC-T-GGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGGATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---AT---GTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TATATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCAT-GGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATATAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCAT---TATCAA---AAGC--------T-T----AACT---TCTTTATA---AA------------------------G-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G--GTAA----AGCT---GGTGTCAC--C---ATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AG---TCT--------CACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAA-TGA--C---T--------GACATAGGATC--TAATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAAT---CTGTTGGATATGCCTGCTTACTAATGCCAACAGGACAGTAAGAGTAGAGAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCA--CAT--GCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTA-TATTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATT-------------------CACTGAAAATCCAAATTATATCTT-GGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-AT---------------CATGAATGTAACATAC---A------GTAAATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAATTATTTA---------TAT------AATA---------------ATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGTATA-AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAAT---GTCAGTTTGAAAATAGTT------TATAAT-TATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCAC-ACTAAGGCCTATGGTCTCTG-GGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTAT------TATATAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCAT---TATCAA---AAGC--------T-T----AACT---TCTTTATA---AACTAGAGCTCTAATATTTCGT----G-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G--GTAA----AGCT---TGTGTCAC--C---ATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AG---CCT--------CACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGGAA--GTT-------------------GCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCA-TGA--C---TCC------GACATAGAATC--TGATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATA
gi|2 : taaTAAAATCACAACTTACCTTATTAA------------ATCTGCCTGCTTACTAATGCCAACAGGACAGg
gi|8 : tacTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGGATCTGCCTGCTTACTAATGCCAACAGGACAGTAAGAGTAGAGGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCA--CAC--GCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCA-TATTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATC-TCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCAGGTATGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAAT---GTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TATGTCCTATT-ATATTTCccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|11 : aTAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGGATCTGCCTGCTTACCAAAGCCAACAGGACAGTAACAGTTGAGGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCA--CAT--GCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----
gi|5 : tgaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGGATATGCCTGCTTACTAATGCAAACAGGACAGAAAGAGTAGAGGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCA--CAC--GCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCA-CATTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTT-GGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC---------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAAAAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAAT---GTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TATGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTG-GGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTA-TA-----ATATAGAATCT---------------------TTTA--TCA---ATTTAA---ACCAACTC------ATTCA----ACCTACTGCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCAT---TATCAA---AAGC--------T-A----AACT---TCTTTATA---AACTAGAGCTCTATCTAGTATTTCTTG-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G--GTAA----AGCT---TGTGTCAC--C---ACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT------------------G----------------C------------------AG---CCT--------CACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCC
gi|14 : ataAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATA----CTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|2 : aaaaaaaactaaatttacctgatatactctcctgacggttccaatctgcggccataccggactggacagaaacattttggacactgcaaACAGGACAGCCACACCCA--GAT--GCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCA-TATTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATC-TAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGTTTAA--GATGT--TTT-ATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAAGAAATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTAATATA---AA-AATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT----TAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAAT---GTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TATGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTG-GGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAATAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCAT---GATCAA---AAAC--------T-A----AACT---TGTTTATAAACAA------------------------G-AGCTCTAACTTGTATTTCTTGTTT---------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G--GTAA----AGT------TGTCAC--C---AGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTTATAAGACATTTAG----------------C------------------AG---CCT--------CACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAG-TGA--CTCTT--------GACGTAGAATC--TGATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|9 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGAATATA----ATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT----AAGAA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTATGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACT-ATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT
gi|6 : AATAGTT------AA-----TGTGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCG-GGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT------TATAAATAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCTGC---TTCATTCTCTTTAGTTTAT---TATTAA---AAGCTAAACTTCT-TGATAAACTAGATCTTTAAC---TA------------------------GTA---------------------TTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGATGTAA----AGCT---TGTATCAA--C---ATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGT------------------GACTATAACACATCTGGC------------------AG---CCG--------CGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAG-TGATTC---T--------GACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATAtataaactagagc
gi|3 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccatttggAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCATCTTTATAAACTAGAGC--------TCT----AACT---AGT--ACA---AATGTATTTCTT--------------G-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G--CTAGCTTCAGAT---GGTAACGC--TTGTGTACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTTATAAGTTATTCAG----------------C------------------AG---CCC--------CACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTA-CCCATC-AAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTAT-TGACCC---T--------GATGCAGAA
gi|12 : TATTCATTTTTGTTCAT---TATTAA---AAGC--------T-A----ATCT---TCTTTATA---AACGAGAGCTCTAGCTAAAAATTCTTG-A---------------------TT---------------CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G--CTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|10 : ------------------------G-A---------------------TT---------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G--GTAA----AGCT---TGTGTCAC--C---ACACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------G----------------CCTTTATAAGACATTTAGCAG---CCT--------CACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAA-TGA--C---TCCGACTCCGACGTAGAATC--TGATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATATAgcttcagatgtttaagtttgtgctgccatatatacttactttgaattttctccattcaaggacacaagtgacagtgttgctctttaaattaatagcgactctgtcgcagaatctgagttttctagattttagcctatttcagaggggaaaata
gi|13 : tttataaactagagctctaactagtatttctt------------------------G-A---------------------TT---------------CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G--CTA------GCTCCAGGTGCTAAAGC---TTACACAATAACATTGAAAATCTATGT------------------G----------------CCTTCATA-----------AGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTT-AAAATAGTGACTG-------T--------GACACAGAATC--TGATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|12 : tttgtttATACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAG-CGA--C---TCT------GTCGCAGAATC--TGAGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATA
gi|15 : tattcatttttgttcattattaaaagctaatcttctttataaacgagagctctagctaaaaattcttgattcacaaatgatattggtatgctagcttcagatgtttaagtttgtgctgccatatGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAA-CGA--C---TCT------GACATAGAATC--TGCTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 2222222222 11111 11111 1 333333 2222 222222 111111 11111 1111 11111 4444444444444444444444444 111 333333333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 33333333333333333333333 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111 1111 111
lowQualScore : 4 0 44444 0 5 99 999999 9999999999 6 0 1 44444 6 6 6 0 66666 1 1 0 3 0 1 0 8 6 0 8 3 66 1 6 0 222222 3 6 7777 3 7 0000 7 888888 6 1 666666 44444 2222 5 99 66666 7777777777777777777777777 111 3 99 3 1 2 1 444444444 1 6 1 3 0 1 3 1 1 1 888 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 4444444 88888888888888888888888 1 777 0 777 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 0 1 2 22 0 0 222222 77 66 0 0000 444
lowQualScore : . . ..... . . .. ...... .......... . . . ..... . . . . ..... . . . . . . . . . . . . .. . . . ...... . . .... . . .... . ...... . . ...... ..... .... . .. ..... ......................... ... . .. . . . . ......... . . . . . . . . . . ... .. ..................................................... ....... ....................... . ... . ... . ...................................................... . . . . .. . . ...... .. .. . .... ...
lowQualScore : 3 3 33333 7 7 22 222222 2222222222 7 7 7 33333 7 7 7 3 77777 8 0 8 8 8 4 8 0 0 8 0 8 22 0 0 6 888888 8 7 2222 5 0 3333 3 222222 7 7 444444 33333 1111 7 22 77777 8888888888888888888888888 777 7 22 3 0 2 7 555555555 0 7 0 2 8 0 2 7 0 0 888 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 33333333333333333333333 9 888 1 222 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7 1 8 6 99 1 9 888888 99 99 5 6666 333
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCT---T--TATAAACTAGA---G--CTCTA-CT-GTA-TTCTTGATT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( family-1440 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATNCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATGAATNTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCNATTTTACAATTTAAAGCACAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTNAACTTCT---T--TATAAAC---G---G--CTCTA------------TGATT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-CGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGGGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|1 : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCAGT-TTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATC-TGGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGG-A-TGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCATGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATA-TAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTTAACTTCT---T--TATAAA-----------------------------GATT---------------------CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G-------------GTAAAGCTG---GTGTCAC--CATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AGTCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAAT------GACT---GACATAGGATCTA--ATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|10 : T---T--TATAAACTAGA---G--CTCTAACTAGTATTTCTTGATT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------G----------------CCTTTATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAATGACTCCGACTC-CGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATA-
gi|11 : TAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACCAAAGCCA-ACAGGACAGTAACAGT--TGA------GGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCACATGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----ta
gi|12 : tgaTATTCATTTTTGTTCATTATTAAAAGCTAATCTTCT---T--TATAAAC---GAGAG--CTCTAGCTAAAAATTCTTGATT---------------------CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G-------------CTA--GCTT------------CAGATGT-TTAA-GTT---------TGT------------------G----------------C------------------TGCC-------ATATA--------TACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAGC------GACTC-TGTCGCAGAATCTG--AGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATA
gi|13 : ------------TGATT---------------------CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G-------------CTA--GCTCCAGGTGCTAAAGCTTACACAATAACATTGAAAATCTATGT------------------G----------------CCTTCATAAGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTTAAAA----TAGT------GACTG-TGACACAGAATCTG--ATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|14 : tttgttAAAACTA-AATTTACCTGATATACTCTCCTGACGGTTCCAATCTGCG-GCC-----ATACCGGACTGGACAGAAACATTTTGGACACTGCAAAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATACTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|15 : aaaaTGGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAAC------GACTC-TGACATAGAATCTG--CTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
gi|2 : TAAAATCACAACTTACCTTATTAAATCT-----------------GCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAG
gi|2 : tacACAGGACAGCCACACCCAGATGCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCATA-TTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATCTAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGT----TTAAGATG-TTTTATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GA-AATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTAATATA---AA-AATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--T-A--GCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAA-TAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCATGATCAAAAACTAAACTTGT---T--TATAAACAAGA---G--CTCTAACTTGTATTTCTTGTTT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGT------TGTCAC--CAGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTTATAAGACATTTAG----------------C------------------AGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAGT------GACTCTTGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTGccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|3 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCATCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTACAAAT---G---TATTTCT-------------TGATT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------GCTAGCTTCAGATGGTAACGCTT---GTGT--------ACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTTATAAGTTATTCAG----------------C------------------AGCCCCACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTAC-CCAT-CAAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTATT------GACCC-TGATGCAGAA
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAATCT---GTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCACATGCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTATA-TTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATTC-------------------ACTGAAAATCCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-ATCAT---------------GAATGTAACATACAGTAA-----------ATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAA----TTATTT--------------------------ATATAATAATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGT--ATAAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TAATTATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACA-CTAAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT------ATA-TAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCATTATCAAAAGCTTAACTTCT---T--TATAAACTAGA---G--CTCTAATATTTCG----TGATT---------------------CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT------------------G----------------C------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGG---------------------AAGTTGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCAT------GACTC-CGACATAGAATCTG--ATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|5 : taaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCAA-ACAGGACAGAAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCACACGCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCACA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTTGGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC-----------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAA-AAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTA-T-----AATA-TAGAATCTTTTA-----------------------TCA---ATTTAA---ACCAACTC----------ATTCAACCTACTGCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCT---T--TATAAACTAGA---G--CTCTATCTAGTATTTCTTGATT---------------------CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT------------------G----------------C------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCg
gi|6 : ataTTTGGAA-TAGTT------AA-----TG----TGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCGGGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT-TA-----TAAA-TAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCTGC---TTCATTCTCTTTAGTTTATTATTAAAAGCTAAACTTCT---T--GATAAACT--A---G--ATCTT------------TAACTAGTATTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGAT-----------GTAAAGCTT---GTATCAA--CATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGT------------------GACTATAACACATCTGGC------------------AGCCGCGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GATTC-TGACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATA
gi|8 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccaTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCACACGCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATCTCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCA-GGTA-TGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTC
gi|9 : aATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGAATATA----ATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT--A-AGA--A-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTA----TGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACTATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT-TA-----TAAACTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 2222222222 11111 11111 1 1 333333 2222 222222 111111 11111 1111 11111 4444444444444444444444444 111 333333333 7777777777777777777777777 1111111 33333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 111111 1111 111
lowQualScore : 4 0 44444 0 5 99 999999 9999999999 6 0 1 44444 6 6 6 0 66666 1 1 0 3 1 1 0 8 6 0 8 0 5 0 6 0 222222 3 6 7777 3 2 0000 7 888888 6 1 666666 44444 2222 5 99 66666 7777777777777777777777777 111 3 99 3 1 1 444444444 1 6 1 3 0 1 44 2 1 1 1 0 5 6666666666666666666666666 66 4 4444444 88888888888888888888888 1 777 0 777 2 00000000000000000000000000000000000000 3 0 1 2 22 0 0 222222 4 66 0 0000 444
lowQualScore : . . ..... . . .. ...... .......... . . . ..... . . . . ..... . . . . . . . . . . . . . . . . ...... . . .... . . .... . ...... . . ...... ..... .... . .. ..... ......................... ... . .. . . . ......... . . . . . . .. . . . . . . ......................... .. . ....... ....................... . ... . ... . ...................................... . . . . .. . . ...... . .. . .... ...
lowQualScore : 3 3 33333 7 7 22 222222 2222222222 7 7 7 33333 7 7 7 3 77777 4 0 8 2 4 4 8 0 0 8 0 8 0 6 0 6 888888 8 7 2222 5 5 3333 3 222222 7 7 444444 33333 1111 7 22 77777 8888888888888888888888888 777 7 22 0 0 7 555555555 0 7 0 2 8 7 77 5 0 4 9 2 0 0000000000000000000000000 11 4 4444444 33333333333333333333333 9 888 1 222 3 66666666666666666666666666666666666666 7 1 8 6 99 1 9 888888 4 99 5 6666 333
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCT-AA------C---TAGTA--TTT----CTTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( family-1440 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCT-A-------C---T-GTA--TT-----CTTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|1 : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCAGT-TTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCT-GGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGG-A-TGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCATGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATA-TAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAA----------------------------------------GA--TT-CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G-------------GTAAAGCTG---GTGTCAC--CATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGTCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAAT------GA--C-TGACATAGGATCTA--ATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|10 : TTTATAAACTAGAGCTCT-AA------C---TAGTA--TTT----CTTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GCCTTTATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAATGACTCCGACTC-CGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATA-
gi|11 : TAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACCAAAGCCA-ACAGGACAGTAACAGT--TGA------GGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCACATGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----ta
gi|12 : tgaTATTCATTTTTGTTCATTATTAAAAGCTAATCTTCTTTATAAACGAGAGCTCT-AG------C---T-AAAAATT-----CTTGA--TT-CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G-------------CTA--GCTT------------CAGATGT-TTAA-GTT---------TGT------------------GC------------------TGCC-------ATATA--------TACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAGC------GACTC-TGTCGCAGAATCTG--AGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATA
gi|13 : TTGA--TT-CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G-------------CTA--GCTCCAGGTGCTAAAGCTTACACAATAACATTGAAAATCTATGT------------------GCCTTCATAAGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTTAAAA----TAGT------GACTG-TGACACAGAATCTG--ATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|14 : tttgtAAAACTA-AATTTACCTGATATACTCTCCTGACGGTTCCAATCTGCG-GCC-----ATACCGGACTGGACAGAAACATTTTGGACACTGCAAAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATACTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|15 : aaaaTGGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAAC------GACTC-TGACATAGAATCTG--CTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
gi|2 : TAAAATCACAACTTACCTTATTAAATCT-----------------GCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAG
gi|2 : tacACAGGACAGCCACACCCAGATGCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCATA-TTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATCTAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGT----TTAAGATG-TTTTATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GA-AATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTAATATA---AA-AATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--T-A--GCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAA-TAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCATGATCAAAAACTAAACTTGTTTATAAACAAGAGCTCT-AAC-----T---T-GTAT-TT-----CTTGT--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGT------TGTCAC--CAGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTTATAAGACATTTAGC------------------AGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAGT------GACTCTTGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTGccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|3 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCAT-----------------CTTTATAAACTAGAGCTCT-AACTAGTACAAAT-GTA--TTT----CTTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------GCTAGCTTCAGATGGTAACGCTT---GTGT--------ACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTTATAAGTTATTCAGC------------------AGCCCCACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTAC-CCAT-CAAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTATT------GACCC-TGATGCAGAA
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAATCT---GTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCACATGCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTATA-TTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATTC-------------------ACTGAAAATCCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-ATCATGAATGTA---------------ACATACAGTAA-----------ATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAA----TTATTT--------------------------ATATAATAATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGT--ATAAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TAATTATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACA-CTAAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT------ATA-TAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCT-A-------A---T-AT---TT-----CGTGA--TT-CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGG---------------------AAGTTGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCAT------GACTC-CGACATAGAATCTG--ATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|5 : taaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCAA-ACAGGACAGAAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCACACGCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCACA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTTGGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC-----------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAA-AAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTA-T-----AATA-TAGAATCTTTTA-----------------------TCA---ATTTAA---ACCAACTC-ATTCAACCTACT---------GCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCT-AT------C---TAGTAT-TT-----CTTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCg
gi|6 : ataTTTGGAA-TAGTT------AA-----TG----TGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCGGGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT-TA-----TAAA-TAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCT---GCTTCATTCTCTTTAGTTTATTATTAAAAGCTAAACTTCTTGATAAACTAGATCTTTAA-------C---TAGTA--TTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGAT-----------GTAAAGCTT---GTATCAA--CATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGTGACTATAACACATCTG--GC------------------AGCCGCGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GATTC-TGACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATA
gi|8 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccaTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCACACGCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATCTCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCA-GGTA-TGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTC
gi|9 : aATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGAATATA----ATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT--A-AGA--A-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTA----TGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACTATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT-TA-----TAAACTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 2222222222 11111 11111 1 1 333333 2222 222222 111111 11111 1111 11111 4444444444444444444444444 111 333333333 11111111 1111111 33333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 111111 1111 111
lowQualScore : 4 0 44444 0 5 99 999999 9999999999 6 0 1 44444 6 6 6 0 66666 1 1 0 3 1 1 0 8 6 0 8 0 5 0 6 0 222222 3 6 7777 3 2 0000 7 888888 6 1 666666 44444 2222 5 99 66666 7777777777777777777777777 111 3 99 3 1 1 444444444 1 6 1 3 0 1 44 2 1 1 1 1 0 0 88888888 9999 66 4 4444444 88888888888888888888888 1 777 0 777 2 00000000000000000000000000000000000000 3 0 1 2 22 0 0 222222 4 66 0 0000 444
lowQualScore : . . ..... . . .. ...... .......... . . . ..... . . . . ..... . . . . . . . . . . . . . . . . ...... . . .... . . .... . ...... . . ...... ..... .... . .. ..... ......................... ... . .. . . . ......... . . . . . . .. . . . . . . . ........ .... .. . ....... ....................... . ... . ... . ...................................... . . . . .. . . ...... . .. . .... ...
lowQualScore : 3 3 33333 7 7 22 222222 2222222222 7 7 7 33333 7 7 7 3 77777 4 0 8 2 4 4 8 0 0 8 0 8 0 6 0 6 888888 8 7 2222 5 5 3333 3 222222 7 7 444444 33333 1111 7 22 77777 8888888888888888888888888 777 7 22 0 0 7 555555555 0 7 0 2 8 7 77 5 7 0 4 9 2 2 11111111 4444 11 4 4444444 33333333333333333333333 9 888 1 222 3 66666666666666666666666666666666666666 7 1 8 6 99 1 9 888888 4 99 5 6666 333
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( family-1440 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|1 : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCAGT-TTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCT-GGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGG-A-TGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCATGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATA-TAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAA------------------------------------GA--TT-CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G-------------GTAAAGCTG---GTGTCAC--CATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGTCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAAT------GA--C-TGACATAGGATCTA--ATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|10 : TTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GCCTTTATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAATGACTCCGACTC-CGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATA-
gi|11 : TAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACCAAAGCCA-ACAGGACAGTAACAGT--TGA------GGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCACATGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----ta
gi|12 : tgaTATTCATTTTTGTTCATTATTAAAAGCTAATCTTCTTTATAAACGAGAGCTCTAGCTAAAA--------ATTC----TTGA--TT-CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G-------------CTA--GCTT------------CAGATGT-TTAA-GTT---------TGT------------------GC------------------TGCC-------ATATA--------TACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAGC------GACTC-TGTCGCAGAATCTG--AGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATA
gi|13 : ----TTGA--TT-CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G-------------CTA--GCTCCAGGTGCTAAAGCTTACACAATAACATTGAAAATCTATGT------------------GCCTTCATAAGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTTAAAA----TAGT------GACTG-TGACACAGAATCTG--ATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|14 : tttgtAAAACTA-AATTTACCTGATATACTCTCCTGACGGTTCCAATCTGCG-GCC-----ATACCGGACTGGACAGAAACATTTTGGACACTGCAAAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATACTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|15 : aaaaTGGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAAC------GACTC-TGACATAGAATCTG--CTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
gi|2 : TAAAATCACAACTTACCTTATTAAATCT-----------------GCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAG
gi|2 : tacACAGGACAGCCACACCCAGATGCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCATA-TTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATCTAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGT----TTAAGATG-TTTTATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GA-AATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTAATATA---AA-AATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--T-A--GCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAA-TAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCATGATCAAAAACTAAACTTGTTTATAAACAAGAGCTCTAACTTGTA--------TTTC----TTGT--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGT------TGTCAC--CAGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTTATAAGACATTTAGC------------------AGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAGT------GACTCTTGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTGccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|3 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCAT-----------------CTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTACAAATGTATTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------GCTAGCTTCAGATGGTAACGCTT---GTGT--------ACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTTATAAGTTATTCAGC------------------AGCCCCACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTAC-CCAT-CAAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTATT------GACCC-TGATGCAGAA
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAATCT---GTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCACATGCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTATA-TTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATTC-------------------ACTGAAAATCCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-ATCATGAATGTA---------------ACATACAGTAA-----------ATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAA----TTATTT--------------------------ATATAATAATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGT--ATAAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TAATTATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACA-CTAAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT------ATA-TAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAA----TA--------TTTC----GTGA--TT-CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGG---------------------AAGTTGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCAT------GACTC-CGACATAGAATCTG--ATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|5 : taaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCAA-ACAGGACAGAAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCACACGCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCACA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTTGGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC-----------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAA-AAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTA-T-----AATA-TAGAATCTTTTA-----------------------TCA---ATTTAA---ACCAACTC-ATTCAACCTACT---------GCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTATCTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCg
gi|6 : ataTTTGGAA-TAGTT------AA-----TG----TGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCGGGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT-TA-----TAAA-TAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCTGC---TTCATTCTCTTTAGTTTATTATTAAAAGCTAAACTTCTTGATAAACTAGATCTTTAACTAGTA--------TTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGAT-----------GTAAAGCTT---GTATCAA--CATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGTGACTATAACACATCTG--GC------------------AGCCGCGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GATTC-TGACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATA
gi|8 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccaTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCACACGCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATCTCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCA-GGTA-TGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTC
gi|9 : aATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGAATATA----ATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT--A-AGA--A-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTA----TGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACTATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT-TA-----TAAACTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111111 2222222222 11111 11111 1 1 333333 2222 222222 111111 11111 1111 11111 4444444444444444444444444 111 333333333 11111111 1111111 33333333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444 111111 1111 111
lowQualScore : 4 0 44444 0 5 99 999999 9999999999 6 0 1 44444 6 6 6 0 66666 1 1 0 3 1 1 0 8 6 0 8 0 5 0 6 0 222222 3 6 7777 3 2 0000 7 888888 6 1 666666 44444 2222 5 99 66666 7777777777777777777777777 111 3 99 3 1 1 444444444 1 6 1 3 0 1 44 2 1 1 1 1 0 0 88888888 9999 66 4 4444444 88888888888888888888888 1 777 0 777 2 00000000000000000000000000000000000000 3 0 1 2 22 0 0 222222 4 66 0 0000 444
lowQualScore : . . ..... . . .. ...... .......... . . . ..... . . . . ..... . . . . . . . . . . . . . . . . ...... . . .... . . .... . ...... . . ...... ..... .... . .. ..... ......................... ... . .. . . . ......... . . . . . . .. . . . . . . . ........ .... .. . ....... ....................... . ... . ... . ...................................... . . . . .. . . ...... . .. . .... ...
lowQualScore : 3 3 33333 7 7 22 222222 2222222222 7 7 7 33333 7 7 7 3 77777 4 0 8 2 4 4 8 0 0 8 0 8 0 6 0 6 888888 8 7 2222 5 5 3333 3 222222 7 7 444444 33333 1111 7 22 77777 8888888888888888888888888 777 7 22 0 0 7 555555555 0 7 0 2 8 7 77 5 7 0 4 9 2 2 11111111 4444 11 4 4444444 33333333333333333333333 9 888 1 222 3 66666666666666666666666666666666666666 7 1 8 6 99 1 9 888888 4 99 5 6666 333
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( family-1440 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|1 : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCAGT-TTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCT-GGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGG-A-TGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCATGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATA-TAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAA------------------------------------GA--TT-CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G-------------GTAAAGCTG---GTGTCAC--CATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGTCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAAT------GA--C-TGACATAGGATCTA--ATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|10 : TTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GCCTTTATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAATGACTCCGACTC-CGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATA-
gi|11 : TAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACCAAAGCCA-ACAGGACAGTAACAGT--TGA------GGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCACATGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----ta
gi|12 : tgaTATTCATTTTTGTTCATTATTAAAAGCTAATCTTCTTTATAAACGAGAGCTCTAGCTAAAA--------ATTC----TTGA--TT-CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G-------------CTA--GCTT------------CAGATGT-TTAA-GTT---------TGT------------------GC------------------TGCC-------ATATA--------TACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAGC------GACTC-TGTCGCAGAATCTG--AGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATA
gi|13 : ----TTGA--TT-CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G-------------CTA--GCTCCAGGTGCTAAAGCTTACACAATAACATTGAAAATCTATGT------------------GCCTTCATAAGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTTAAAA----TAGT------GACTG-TGACACAGAATCTG--ATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|14 : tttgtAAAACTA-AATTTACCTGATATACTCTCCTGACGGTTCCAATCTGCG-GCC-----ATACCGGACTGGACAGAAACATTTTGGACACTGCAAAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATACTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|15 : aaaaTGGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAAC------GACTC-TGACATAGAATCTG--CTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
gi|2 : TAAAATCACAACTTACCTTATTAAATCT-----------------GCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAG
gi|2 : tacACAGGACAGCCACACCCAGATGCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCATA-TTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATCTAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGT----TTAAGATG-TTTTATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GA-AATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTAATATA---AA-AATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--T-A--GCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAA-TAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCATGATCAAAAACTAAACTTGTTTATAAACAAGAGCTCTAACTTGTA--------TTTC----TTGT--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGT------TGTCAC--CAGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTTATAAGACATTTAGC------------------AGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAGT------GACTCTTGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTGccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|3 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCAT-----------------CTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTACAAATGTATTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------GCTAGCTTCAGATGGTAACGCTT---GTGT--------ACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTTATAAGTTATTCAGC------------------AGCCCCACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTAC-CCAT-CAAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTATT------GACCC-TGATGCAGAA
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAATCT---GTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCACATGCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTATA-TTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATTC-------------------ACTGAAAATCCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-ATCATGAATGTA---------------ACATACAGTAA-----------ATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAA----TTATTT--------------------------ATATAATAATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGT--ATAAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TAATTATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACA-CTAAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT------ATA-TAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAA----TA--------TTTC----GTGA--TT-CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGG---------------------AAGTTGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCAT------GACTC-CGACATAGAATCTG--ATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|5 : taaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCAA-ACAGGACAGAAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCACACGCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCACA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTTGGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC-----------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAA-AAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTA-T-----AATA-TAGAATCTTTTA-----------------------TCA---ATTTAA---ACCAACTC-ATTCAACCTACT---------GCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTATCTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCg
gi|6 : ataTTTGGAA-TAGTT------AA-----TG----TGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCGGGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT-TA-----TAAA-TAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCTGC---TTCATTCTCTTTAGTTTATTATTAAAAGCTAAACTTCTTGATAAACTAGATCTTTAACTAGTA--------TTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGAT-----------GTAAAGCTT---GTATCAA--CATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGTGACTATAACACATCTG--GC------------------AGCCGCGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GATTC-TGACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATA
gi|8 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccaTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCACACGCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATCTCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCA-GGTA-TGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTC
gi|9 : aATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGAATATA----ATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT--A-AGA--A-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTA----TGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACTATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT-TA-----TAAACTAGA
blockSeqs : C TTCCA G TT CACTGC AGAGAAACTG C T AAATT A T C TCTCA C T A A A T T T C T GAAA A T CATG T G ATAT T AAAAA T G AAAAAA AAAAT ATTA T TT TGTGA TTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGT TGT C TG C C A TTT A C T C T TA C A G T A CAAATGTA GTCT CC A CATAGCC GCTAGCTTCAGATG A CAG AAG C GCCTTTATAAGACATTTAGC T C A TG GACTCC T TT GAAT A
blockSeqs : C . . . . . . G . . . . . T A C T A . G . C A GGTA C . CATG T T ATAT T ATAA . G . . . . . . AA . C . A C G ATT T . A T T TA C A A G A . . . . . TCAACTCCAGAT A . C G GCCTTCATAAGACATTTAGC A A T TC . . . . A
blockSeqs : C . . . . . . T . . . . . T A T T A . . . C T . C . CAT T T . T AAG . G . . . . . . AA . T . A C A ATA T . A C T TA C A A T T . . . . . G A . C T GCCTTTATAAGACATTTAGC T C G TC . . . .
blockSeqs : C . . . . . . C . . . . . . . . C T . . . . . . . . . A G . . TA . A . . . . . . AA . C . C T A TAT A . . . C . . G T T A . . . . . G A . C G ACTGTTATAAGTTATTCAGC C A G TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . A . G . . . . . . AA . . . . . . TAT A . . . . . T T A . . . . . G A . C T GACTATAACACATCTGGC T A A TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . G A . A C GC T A T GA . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . T GC G A T C . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . GC . . . . . .
blockSeqCons : GGA*** CAT* **** AAA*** TTT****** GCCTTATAAGACATTTAGC*******************
originalCons : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGT------------------GC------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
finalCons : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGA---TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCAT-ACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGTAAA---AGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTTTT------ANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTAAAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGTGCCTTATAAGACATTTAGC-------------------AGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111 2222222222 11111 11111 1 1 333333 22222 1111 222222 111111 11111 1111 11111 4444444444444444444444444 111 22222222 11111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555555 111111 1111 111
lowQualScore : 4 0 44444 0 5 99 999999 9999999999 6 0 1 44444 6 6 6 0 66666 1 1 0 3 1 1 0 8 6 0 8 0 5 0 6 0 222222 3 6 33333 3 6 4444 888888 6 1 666666 44444 2222 5 99 66666 7777777777777777777777777 111 3 99 3 1 1 22222222 1 6 1 3 0 1 44 2 1 1 1 1 0 0 88888888 9999 66 4 4444444 000000000000000000000000000000000000000 777 66 3333333333333333333 2 3 1 0 0 222222 4 66 0 0000 444
lowQualScore : . . ..... . . .. ...... .......... . . . ..... . . . . ..... . . . . . . . . . . . . . . . . ...... . . ..... . . .... ...... . . ...... ..... .... . .. ..... ......................... ... . .. . . . ........ . . . . . . .. . . . . . . . ........ .... .. . ....... ....................................... ... .. ................... . . . . . ...... . .. . .... ...
lowQualScore : 3 3 33333 7 7 22 222222 2222222222 7 7 7 33333 7 7 7 3 77777 4 0 8 2 4 4 8 0 0 8 0 8 0 6 0 6 888888 8 7 77777 5 7 2222 222222 7 7 444444 33333 1111 7 22 77777 8888888888888888888888888 777 7 22 0 0 7 77777777 0 7 0 2 8 7 77 5 7 0 4 9 2 2 11111111 4444 11 4 4444444 333333333333333333333333333333333333333 888 11 5555555555555555555 6 7 1 1 9 888888 4 99 5 6666 333
consensus : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTT-TT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGTGCC-TT-ATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
Reference ( family-1440 ) : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCTCGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GG-A-TGTNAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCAT-ACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--A-AAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTT-TT-----TANA-TAGAATCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTCTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTNTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTT---GTGTCAC--CATACACATTAACGTTGAGAATCTATGTGCC-TT-ATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATNGCTCCATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GACTC-TGACGCAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTG
gi|1 : TAAAATCACAACATACCTGATTAAATTTCCTGCTTG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACGACAGCCACAACCACACGCCCATAATCACTGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTCAGT-TTAGGTGAAAAAGTGTAATA-AACTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ACCACTTCACACTGAAAATCCAAATTATATCT-GGTGCATACTAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTATAATAAATCTG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTATTTTTTCTTCA-ATCATAAATT---AACCCATAAATTTAACATACTGTAAGGG-A-TGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAACCATGACATCATAACATTAAATTTATGAATGATTTACTTTCACCTTATACTACCAATATGAATATATATAATAATGAATTATAACAAGTAACAATTTGAACACTTTTGCTAGTGAAATGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTAACTTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCT---ATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TATCCTATT-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCACTAAGCGTAATAAATATTA---GATTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCATGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTTATTACATGTATA-TAGAACCTTATAGATGGTACAATGCAAAATTTATCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACAAATTCACTTGACCTACTGCAGCTATATTCCTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAA------------------------------------GA--TT-CA-------GAAATGACATTAGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTG---GTGTCAC--CATACACATTATTGGTGAGAATCTATGT-------------------GCAGTCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGAAATTGTTCCATTAAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTAAT------GA--C-TGACATAGGATCTA--ATATTTCTGAATTTGATCCTATTTCA----GATGAGAAATATATATATACAGTAGTG
gi|10 : TTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGAGAATCTATGTGCCTTT-ATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATAGTTCCATTGGAGGATACAAGTGGCAATGTTACTCTTAAAAACAGTAATGACTCCGACTC-CGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATTCTATTTCA----GATGAGAAATACATA-
gi|11 : TAACATCACAACATACCTGATAAAATCACCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACCAAAGCCA-ACAGGACAGTAACAGT--TGA------GGAATTGT----------TG-GAAGAATGAACTACATGACAGCCACAACCACATGCCCGCATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGTTCGTCAAACACCTGTAAAATTAATATGATGATGGCTGACTCAGGTAAAGTATTTATATTTTGGTAAAAAAGTGCAGTA-AATTCATAC----AGTATTCTCAG-----ta
gi|12 : tgaTATTCATTTTTGTTCATTATTAAAAGCTAATCTTCTTTATAAACGAGAGCTCTAGCTAAAA--------ATTC----TTGA--TT-CA-------CAAATGATATTGGTAT---------G-------------CTAGCTTCAGATGTTTAAGTTT---GTGCTGC--CATATATACTTACTTTGA
gi|12 : ATACTTACTTTGAATTTTCTCCATTCAAGGACACAAGTGACAGTGTTGCTCTTTAAATTAATAGC------GACTC-TGTCGCAGAATCTG--AGTTTTCTAGATTTTAGCCTATTTCA----GAGGGGAAA-ATAattttctccattcaaggacacaagtgacagtgttgctctttaaattaatagcgactctgtcgcagaatctgagttttctagattttagcctatttcagaggggaaaata
gi|13 : tattcatttttgttcattattaaaagctaatcttctttataaacgagagctctagctaaaaattcttgattcacaaatgatattggtatgctagcttcagatgtttaagtttgtgctgccatat----TTGA--TT-CACATAGCCGAAATGATGTTGGTAT---------G-------------CTA---------------GCTCCAGGTGCTAAAGCTTACACAATAACATTGAAAATCTATGTGCC-TTCATAAGACATTTAGCAGCAACACTTAATTTGAAAGGCAAT-TTTCTTTTGAAATGGCTGCACTCACCGATACAAATGGCAGT-----TTTTAAAA----TAGT------GACTG-TGACACAGAATCTG--ATTTTTCAGGATTTGAGCCTATATCA----GATGGGGAATATA
gi|14 : tttgtAAAACTA-AATTTACCTGATATACTCTCCTGACGGTTCCAATCTGCG-GCC-----ATACCGGACTGGACAGAAACATTTTGGACACTGCAAAACTGT----------CTCGAAGGCAGAGCTG---GACATCCACATCCAGTTACCGGCACATACTGACCAATCGGCATCCAGCAGGTACTTGTCAAACACCTACA-----A
gi|15 : aaaaTGGCTCTATTCAAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTCAACATATTAAC------GACTC-TGACATAGAATCTG--CTATTTCTGGATTTTATTCTATTTCA----GATGAGAAATATATA-A-ACAATAGTG
gi|2 : TAAAATCACAACTTACCTTATTAAATCT-----------------GCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAG
gi|2 : tacACAGGACAGCCACACCCAGATGCCCGAATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGAATAAGGCGG-CTCAGAGAAAGTACTCATA-TTAGGTTAAAAC-TGCAATA-AAATCATACTTTGTGTATTCTCAATCTCAACCAGTTCTCACTGAAAATACAAATTATATCTAGGTGCAAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCTAAATCCTTTAAATGT----TTAAGATG-TTTTATATGTATGTTACAACCTAAATTTTCTATTTTTTCTTTTTACCATAAATTTACAACCCATAAATTTAACATACTGTAA-GA-AATGTAAATCAGATTGTCTTA-GCTTAAAC----ATATCATAACATTAAATTGATGAATGATTTATTATCACCTTATACTACCAATATTA----ATATAAAAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTGCTGGTGAAATGGGTAGGGTAAAATAAATGACAGAAAACAGATTGACTTTTATGGT--T-A--GCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTT---AATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTCATT--CAA-----AACATG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAATGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAAGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTACAATTTAAAGCATAATATAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAAAAGTTTTTATCTTAGGGTCTT-TT-----TAAA-TAGAATCTTATAGATGGTAAAATGCATAATTTCTCT--GTCATTTAACTTATCAATTCAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTGTTTTCTTTTTTGTTCATGATCAAAAACTAAACTTGTTTATAAACAAGAGCTCTAACTTGTA--------TTTC----TTGT--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGT------TGTCAC--CAGACACATTAACATTGAGAATGTATGTGCCTTT-ATAAGACATTTAGCAGCCTCACTTAATGTACAAGGCAATGTTTCCTTTGTAAAAGCTCCATTCGAGGATACAAGTGGCAGTGTTACTCTTAAAAATAGTAGT------GACTCTTGACGTAGAATCTG--ATATTTCTGGATTTGATACTATTTCAGAATGATGAGAAATATATA-A-ACAGTAGTGccacacccagatgcccgaatttaccgaccaatcagcatccaacaacagcttgtcaaacacctgtaaatatgaataaggcggctcagagaaagtactcatattaggttaaaactgcaataaaatcatactttgtgtattctcaatctcaaccagttctcactgaaaatacaaattatatctaggtgcaaaatagttgcatttgaagatttatatctaaatcctttaaatgtttaagatgttttatatgtatgttacaacctaaattttctattttttctttttaccataaatttacaacccataaatttaacatactgtaagaaatgtaaatcagattgtcttagcttaaacatatcataacattaaattgatgaatgatttattatcaccttatactaccaatattaatataaaaatgaattataacaagtaaatatttgaacaatattgctggtgaaatgggtagggtaaaataaatgacagaaaacagattgacttttatggttagcattttttactgaaaataaatctataatgtcagtttaatagtttatatgtcctattatatttcattcaaaacatgaaagaaccagcactaaatgtaatgaatattagacttggccacaactcaggcctatggtctctgggaagcaaggcaaaactgtatccattttacaatttaaagcataatataatttaataaagaagaaattgaatgagataaaagaaaagtttttatcttagggtctttttaaatagaatcttatagatggtaaaatgcataatttctctgtcatttaacttatcaattcaaaccaactcacttaacctactgcagctgttttcttttttgttcatgatcaaaaactaaacttgtttataaacaagagctctaacttgtatttcttgtttcagaaatgacattggtatggtaaagttgtcaccagacacattaacattgagaatgtatgtgcctttataagacatttagcagcctcacttaatgtacaaggcaatgtttcctttgtaaaagctccattcgaggatacaagtggcagtgttactcttaaaaatagtagtgactcttgacgtagaatctgatatttctggatttgatactatttcagaatgatgagaaatatataaacagtagtg
gi|3 : tactaaaatcacaacttaccttattaaatctgcctgcttactaatgccaAACTAACTCACTTAAC-TACTGCAGCTATTTTCTTTGTTGTTCAT-----------------CTTTATAAACTAGAGCTCTAACTAGTACAAATGTATTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------GCTAGCTTCAGATGGTA-------------ACGCTT---GTGT--------ACATATTAACGTTGAGAATCTATGTACTGTT-ATAAGTTATTCAGCAGCCCCACTCAATTTAAAAGGCAATGTTTCCTTTGAAATTAC-CCA-TCAAGGTTACAAGTGGCAGTATTACACTTGAAAATGGTATT------GACCC-TGATGCAGAA
gi|4 : TAAAATCACAACAAACCTGATTAAATCT---GTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GAAATTGTAGAGAAACTGTT-GAAGAATGAACTACATGACAGCAACAACCACATGCTCACATTCACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAAAGTATTTATA-TTAGGTTAGAAAGTGCAATA-AACTCATACTTTGTGTATTC-------------------ACTGAAAATCCAAATTATATCTTGGTGCGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTGTATCCAAATACTCAAAATGTAGAGTGAAGATG-TTTGATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCAATTTTTTCTTCA-ATCATGAATGTA---------------ACATACAGTAA-----------ATCAGATTGT-TTATGCT----------CATCATAACATTAAATTTATGAAT----TATTT--------------------------ATATAATAATGAATTATAATAAGTAAATATTTGAACAATAATACTGGTGAAACGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTTTTATGGT--ATAAAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TAATTATGTCCTATC-ATATTTCATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAATCAGCATTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACA-CTAAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGACAAAACTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCCCAACTTAATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATGAAAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTT-AT-----TATA-TAGAATCTTAAAGATGGTACAATGCAAAATTTTTCTCAGTCATTTAACTTATCAATTTAAACCAACTCACTTAACCTACTGCAGCTATATTCCCTTTTATTCATTATCAAAAGCTTAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTAA----TA--------TTTC----GTGA--TT-CA-------GAAATGATATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTT---GTGTCAC--CATACACATCAATGGTGAGAATCTATGT-------------------GCAGCCTCACTTAATGTAAAAAGCAATGTTTCCTTTGG---------------------AAGTTGCAGTGTTACTCTTGAAAATAGTCAT------GACTC-CGACATAGAATCTG--ATATTTCTGGATGCGATTCTATTTCA----GATGAGAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctatagttgcaaacttttttatcagaagaggctatcaagcatgctgaaacatttagtggtgtttcagaagtgtaaaaattaaactttatatctgattacccaattatgaacactcaagaacaagttgacatttaaattcatgaatgcattaatgatttaaatgacagtgttacatttttatagcaatgatagaaatgtgtttgatgcaacttttgactgttggtcttagtgtttgtagatatatataccaattgtgaaagcaaaagttttcacttgaagcattttaatctgctacagtcagtctttttatacatccattttaatctatcgttccaccgacccaagaaagatcaaggtggtctatgaaatgcatttgaaaatgtctcagcaggacaaaaaggttggggccagatataaccatttatgaagtgggttccattgctggtcaatagcaattaaaacagcatgtggaattgccttgtgtctcttttatttttatcaaaacaataatcagaagaagacaagacaatttatatttaaagtaccaccaaaaacaataataggttttacaatgtaatgttgtggttttgcctgcagaggttcaatcttctttctatcactcatagatattaagagaatgcacagaacgagggagactctatccatgcttctacagagtgtgccagtaaaaatagttgtgcataattatacaacctcacagtgggc
gi|5 : taaAAAATTATGACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATATGCCTGCTTACTAATGCAA-ACAGGACAGAAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TT-GAAGAATGAACTACACCACAGCCACAACCACACGCCCACATTCGCCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAATACCTGTA-----AATATGATTAAGACAG-CTCAGGG-AAGTATTCACA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATA-AGTTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACTTCACACTGAAAATTCAAATTAGATCTTGGTGGGAAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATGTAGAGTGAAGATGTTTT-ATATGTATGTTACAAGTTAAAATTTATATTTTTTCTTCA-ATCTTGAATTTACAACCCATAAATTTAACATAC-----------TGTCAATCAGATTGTCTTA-GGTTAAATCATGACATCATAACATTAAA-TTATGAATTATTTATTTTTACCTTATACTATCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACACTATTGCTGGTGAAGTGGGTAGAGAAGAATAAAAGACAGATAACAGATTGACTCTTATGGTAAA-AAAGCATTTTTTTACTGAAAATAAATATATAATGTCAGTTTGAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTAATT--CAG-----AATGTG--------AA---------------AGAACCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GA-----CCATAACTCAGGCCTATGGTCTCTGGGAGGCAAGGTAAAATTGT--ATCAATTTTACAATTTAAAGCATAATTTAATTTAATAAAAAAGAAATTGAATGACAT--AAGAGAAGTTTTTATTTTAGGGACTT-AT-----AATA-TAGAATCTTTTA-----------------------TCA---ATTTAA---ACCAACTC-ATTCAACCTACT---------GCGGCTTTATTCTTTTTTGTTCATTATCAAAAGCTAAACTTCTTTATAAACTAGAGCTCTATCTAGTA--------TTTC----TTGA--TT-CA-------GAAATGACATTGGTAT---------G-------------GTA-------------AAGCTT---GTGTCAC--CACACACATTAACGTTGCGAATCTTTGT-------------------GCAGCCTCACTTAATGTAAAAGGCAATGTTTCCg
gi|6 : ataTTTGGAA-TAGTT------AA-----TG----TGTCCTATTTGTTTTTCATTTTCAGTGTGAAATATGTTCTCAGAAATATTTTTTCCCGGGTAGCACCAGCACTAAGTATTATGAATAGTATGTGCTTTGGTCACAACTCAGGTCTATGACCTGCGGGAGGCAAGCCGCACCTGTTGAT--ATTTTA-----------------TAATTTAA------AGAA-----------TAAAAT----GTTTTTATTTCAGGTATTT-TA-----TAAA-TAAAATCTTATTGGTTATACAATACAAAATTTCTCTCAGCGATTTTACTTATCAATGTAAACCAAC-------ATCTTCTGC---TTCATTCTCTTTAGTTTATTATTAAAAGCTAAACTTCTTGATAAACTAGATCTTTAACTAGTA--------TTTCGTCTTTCACCTTACA-------AAAATGACATTGATGTTCAACTCCAGAT-----------GTA-------------AAGCTT---GTATCAA--CATACAATTTAACGAAGAGAACCTGTGTGAC-T--ATAACACATCTGGCAGCCGCGCTTAATTTAAAAAGCAATGGTTCCTTTGAAAATGCTGCAAGAAAGGATCAAAGTGGTAGATTTACTCTTGAAAATAGTAGT------GATTC-TGACGCAGAACCCGTTTTCTTTCTGGATTTGAGCCTATTTCA----AATGGGAAATA
gi|8 : ataatttttcacttctatacattcgatatgatcatacattttatataaatgtatatgaagttaacaccaaaccgttcaggtgaaatgatataaatatatttcgtagttgacactaaacaattcaggtgatatgaccatcagttgtaatgttacaaaaatccaTAAAATCTCAACATACCTGATTAAATCTCCTGTTGG-----ATCTGCCTGCTTACTAATGCCA-ACAGGACAGTAAGAGT--AGA------GGAATTGT----------TA-GAAGAATGAACTAAACGACAGCCGCAACCACACGCCCGCATTTACCGACCAATCAGCATCCAACAACAGCTTGTCAAACACCTGTA-----AATATGATTAAGGCAG-CTCAGGGAATGGATTCATA-TTAGGTTAAAAAGTGCAATACAATTCATACTTTGTGTATTCTCAG-----ATCACCTCACACTGA------AAATTATATCTCAGTGCATAATAGTTGCATTTGAAGATTTATATCCAAATCCTTAAAATTTAGGGTGAGGATG-TTT-ATATGTATGTTACAAGCTAAAATTTCTA-ATTTTCTTCA-ATGATAAATTTACAACCCATGAATGTAACATACTGTCA-GGTA-TGTCAATAAGATTGTCTTA-GTTTAAACCATGACAGCATAACATTAAATTTATGAATTATTCATTTTTACCTTATACTACCAATATGA----ATATAATAATGAGTTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATCGGTTGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGACGTTTATGGT-----AAGCA-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTAAAAATAGTT------TA-----TA----TGTCCTATT-ATATTTC
gi|9 : aATCAGATTTTCTTA-GCTTAAATCAT-----CATAACATTAAAATTACAAATGATTTATTTTTACCTTATATTACCAATATGA----ATATAATAATGAATTATAACAAGTAAATATTTGAACAATATTACTGGTGAAATGAGTAGAGAAGAATAAAAGACAGAAAACAGATTGATTTTGATGGT--A-AGA--A-TTTTTTACTGAAAATAAATCTATAATGTCAGTTTGAAAAAAGTTAAAAAATAAAAATTA----TGTCCCATT-ATCTTTCATT--CAG-----ATTGCG--------AA-------------------CCAGCACTAAGTGTAATGAATATTA---GACTTGGCCACAACTCAGGCCTATGGACTATGGGAGGCAAGGCAAAACTGT--ATCCATTTTATAATTTAAAGCACAATTT-ATTTAATAAAGAAGAAATTGAATGAGATAAAAGAGAAGTTTTTATTCTAGGGACTT-TA-----TAAACTAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACTTTTTTATCGGAAGATGCTGTTACATTTAGTGGTGTTTAAGACCTGTATATATTAAGCTTTGTATCTGATTATCTAGTATGAACATTCAAGAACAAGTTGACATTTAAATTCATGAATGCATTGATGATTTAAATAATAGTGTAACATTTTTATAGCAATGAAAGAAATGTGTTTGATGCAATTTTTGACTGTTGGTCTTAGTGTTTCTAGATATATACCAATTGTGAAAGCAAAAATTTTTAATTTGAAGCATTTTAATCTACTACAGTCTTTTTATACATCAATTTTAATCTATCGTTCCACCGACCAAAGAAAGATCAAGGTGGTCTATGAAATGCATTTGAAAATGTCTCAGCAGGACAAATAGATTGGGACCAGTTTTAACCATTTTTGAAGTGGGCTCAATTGCTAGTCAATAAGCAATTAAAACAGCATGTTGAAATGCCTTGTGTCTCTTTCATTTTTGTCAGATAATCAGAAGAAGACAAGAAAAATTATATTTACAGTACCACCGAAAACAATAATAGGTTTCACATTGTCATGTTGTGATTTAGCCTGCAGAGGTTCAATCTTCTTTCTATCACTCATAAATATTAAGAGAATGTACAGAATGAGGGAGACTCAATCCATGCTTCTACAGAGTGTGCCAGTAAAAATAGTTGTGCATAATTATACAACCTTACAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACTATTCATGCTACTACAGAGTATGTCAATAAATAAAGTTCAGTAAACGCAATCTCACAGTGGAC