lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 11111 3333333333333333333333333 111111111 111 1 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222 1 11111 111111 2222 1
lowQualScore : 2 3 33 3 88 22222 8888888888888888888888888 2 222222222 888 3 3 0 77 2 555 1 1 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 66 999999999 1 11111 88 1 7 666666 4 77 777 0 3 4444 2
lowQualScore : . . .. . .. ..... ......................... . ......... ... . . . .. . ... . . ...... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ......... . ..... .. . . ...... . .. ... . . .... .
lowQualScore : 4 7 22 8 88 55555 9999999999999999999999999 7 444444444 777 3 3 2 99 9 000 7 2 444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 444444444 0 00000 44 4 4 000000 4 00 888 7 9 8888 8
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-----TTATT-GATCAATGAAATGCTGNAAC-GAATTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TA-T---GGCCCTTGATTGA----TTGAAAAAT----GC---TGAT--T----TTTGC-C--TCGTA-A---------AC-T-TG-----G--TC-AG-----AA-------T--------GT-TA--------T-----T-GA------T--CG-----TAA--A---AGCTCGG-AC-GAGTTC-TTCAATT-GAC--CA-T-A-ATCGGA-CCA----GA-A-------T----G-------G----A-GT-A------TAT-GGCCC-TTGA-TTGA----TTGAA-AAA---AG-TTAAAGNTTGGCTTGCAT-TC--A---A-ACTTCGTCA-T-NTAAT-ATTA-TGCTT---TGTTAGCAC----C-TTTGTN--TC---CA----AACG--TAACCAAACTT-GTCA-ATGGC-G-TTTATGACC---AT-NAAATNTCANACNATTTCTTGAA-CCGGCCA---AATTGAACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( gi|4 ) : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATG-----TTAGT-GATCAATGAAACACTCTAAT-GAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TA-T---GACCCTTGATTGA----CTGAAAAAT----AC---AGGT--T----TTTGC-C--TCGTA-A---------AC-T-TG-----G--TC-AG-----GA-------T--------GT-TA--------T-----T-GA------T--TG-----TAA--A---AGCTTGA-AC-GAGTTC-TTTAACT-GAC--CA-TTA-ATTGGA-CCA----GA-A-------T----G-------G----A-GTAA------TAT-GGCCC-TTGA-TTGA----CTGAA-AAA---AG-TTAAAGATTGGCTTGTAT-TCTTA---A-ACTTTGTTA-T-TTAAT-ATTA-TGCCT---TGTTAGCAC----CGTTTGTT--TC---CA----AATG--TAACCAAACTT-GTCA-ACGAC-A-TTAATGATC---AT-AAAATTTCACACTATTTCTTGAA-CTGATCA---AATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGGCAAACAATACAGGC
gi|6 : TTCATCAGATTGTGACCAAATTT---------G-----TTATT-GA-CAGTGAAG-GCCGGGAC-AAATTCTTGAATTGACTATATTGAA-GCAGAATGGGCACAGT--TG-T---TGCC----ATTGG----TTGAAAAAT----GC---
gi|2 : ttgaatcttaattgaatatggtaaaaaagttgttgcttatggaagattttgcagcagccatatcagaccaaaatggacaggcttacggtctttgacagatagaataatgcagatgtttgctttgtaaatacaatacacctgttTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-----TTATT-GATT--TTAAATG-TGTAGC-TAAGTTT-------GT-AT----GA-C---AATTGGCAGCGT--TA-T---GACCCTTGATCGA----TCG-CAAAT----AT---AACTAAT----TTT--------GTA-A---------AC-A-CG-----GTATC-AGTCTA-AA-------T--------ATCTAATCAGATCT-----T-GACCGAACT--TGGACAATGG--A---AACTTGA-AA-ATGTTC-CTCAACC-GTC--CA-T---ATCGTA-CTA----TA-A-------T----G--------------CT--------TAT-GGCCT-TCGA-TTGA----TTGAA-At
gi|13 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATC-----TTATT-GAAC-ATGAAAcatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|1 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttTCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTA-----TTATT-GA-CAATGTA-CGCTCGAAC-TACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CA-T---GGTCATTGATTGA----TTTGAAAATGAAGGC---AGGG--T----TTTGT-C--TTGTG-A---------GC-gcttggtcgagtttttattcggcaata
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATG-----T-GGT-ACT--ATGAA-TGCTCAAAT-AGGTTCATGAACCGATTATATC-GA-CCCAAA-------------A-T---GACCCATTACCTA----TTGAGAAAT----AT-----GT--TGTATTTTGC-C--TTGTT-A---------AC-T-T-------------G-----AA-------T--------GTCCA--------T-----TGGG------T--TA-----TAACCA---AACTTGG-TCAGA---C-TGTGATTGGAC--CAGCTATATTTGA-CTA----GA-A-------TATACA-------G----A-GTA--------AC-GACCC-TTAG-ATGA----TTG---AGA---AG-T----GCTGGGGTTGCAT-TTGTA---A-Aactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|7 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCATCCAGTCCTGACCAAACTT-GTC--AATGGTGTTTTA-T-GACC-ATGGAATATTGT-AC-GAATTCCTGGATTGACCAAATGTAA-CC-GAATGG-TAGAGCAATACT---GACCCTtaattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|3 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGG-----CTATTTGATTA-TGAAAGCCTGAAAGAGAATT--TGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TA-C---GGCCCTTGATTGA----TGGAAAAAT----GC---TGAT--T----TTAGTAT--TCAT---------------T-TG-----A--CC-AA-----GA-------TTTAACTTTGT-CA--------TATTTAT-AA------T--CA-----TAA--A---AACT-------GAGTTTATGCAA----AC--CA-TTC-A---GA-CCATTCAGACA-------T----G-------A----A-ACAACAGAGTTAT-TGCCC-TTGAATT-------TGAA-AAA---A----AAATATCTGC------------------CTCTGTTAATGTTAAT-TTTA-T---------TTAA-----------------TC---C-----------TAACCAAATAT-GTTT-AGGGT-T-TTTATGACC---AT-GAAATATCAGACAATTTATTTAA-CCTGTCA---AATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : TCATGACCAAACTTGGTGAGAATG-----TTGCT-CATCA-TAGAA-ACTCAGAC-GAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TG-T---GGCCCTTGATTG-----TTTACAAAT----GC---TTAT--T----TCTGT-G--TCCTT-A---------AC-TATA-----G--ACTAT-----GG-------T--------GT-TA----------------GA------C--TG-----Tctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|10 : a-GAGTTTTTAAATCGGCTGTATTTGA-GAGGAATGGACAGAGT--TA-T---GGCCCTTGCTTGA----TTG-AAAAT----GC---TGAT--T----TTTGC-tcgcatatcttattccccacaatgagttctttgtgagaagtattgatt
gi|6 : tagatttgacagagttatggcccttgattgatcatttgaaaaatgtttgaattttgtcttgcaaacacagtgacaaATTTTGCAG-CAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TA-C---GGTCTTTGACAGA----TAGAATAAT----GC---AGAT--G----TTTGC-T--TTGTA-AATACAATACAC-C-TGTTTTCA--TC-AGATTGTGACCAAATTT--------GT-TA--------T-----T-GA------C--AG-----TGA--A---GGCCGGG-AC-AAATTC-TTGAATT-GAC--TA-T---ATTGAA-GCA----GA-A-------T----G-------GGCACA-GT--------TGT-TGCC-----A-TTGG----TTGAA-AAA---
gi|16 : ttgaatcttaattgaatatggtaaaaaagttgttgcttatggaagATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TA-T---GGCCTTTGATTGA----CTAAAAATT----GTTGAAAGT--TA---TTTGC-CAATGGTA-A------------T-TA-----G--Ttgct
gi|8 : gtGA-CCAGAATGGA----GT--TA-T---GGTCCTTGATTAG----TAGAAAAAT----GC---TGAT--G----TTTGC-C--TAGTATATAC------AT-G-TG-----T--TT-AC-----AC-------T--------G--TA--------T-----T-GA------T--TG----------------------AC-AATTTT-TTTAATT-GGC--TA---A-ATCGGA-CAA----GA-ATAAACAGT----A-------G----A-GCGA------TAT-GGTTT-TTGA-TCAG----TTG-------------TAGAGATTG------ATCTCTTA---ACAATT------T-TTGAT-A--ACTGCTT---TGTT
gi|17 : gaatggagttatggtccttgGA-CATGAATGGACAGAGTATTA-CAAAGATTCTTGATTGG----TTGAAAACT----GC---TGAT--T----GTCGC-C--TTATA-A---------ACAT-TG-----
gi|5 : aatgATGGACAGAGT--TG-T---GGTC-TTGATCGC----TTGATAAAT----AC---TGAT--T----TTTGC-C--TTGTA-A---------AC-taa
gi|10 : GACAGAGT--TA-T---GGCCCTTGATTGATCATTTGAAAAAT-----------GT--T----------------TG-A---------AT-T-TT-----G--TC-------------------------------------------------------T--TG-----CAA--ACACAG--TGACAA-GAGTTT-TTAAATC-GGC--TG-T---ATTTGA-GAG----GA-A-------T----GGACA---G----A-GT--------TAT-GGCCC-TTGC-TTGA----TTGAA-AAaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccaatcagactagataccagtttatgccctagaatgattgaaaaggctaattaaaagtttctatcaggtaacgccatagaatgattcaaccttcactttttgtcaatgcctaaccaaacttttcatatgtgtatgatctttaaatctcatgcttttttgtgaatctgtcaaattgaaccagaatggataattgcgtaatacaggcc
gi|9 : tagatttA-A---------AC-T-TG-----G--TG-AG-----AA-------T--------GT-TG--------C-----T-CA------T--CA-----TAG--A---AACTCAG-AC-GAGTTT-TTCAATT-TGC--CA---G-ATCGGATCCT----GA-A-------T----GGTTA---G----A-GT--------TGT-GGCCC-TTGA-TTGtgctgatttttgc
gi|1 : atcatgaccA-A---------AC-T-TG-----T--TC-AG-----AC-------T--------AT-TA--------T-----T-GA------CAATG-----TAC-------GCTCGA-AC-TACTTC-TTGAACA-AAC--CA-T---ATAGGA-CCA----AC-A-------T----A-------G----ACATAAA-----CAT-GGTCA-TTGA-TTGAT---TTGAA-AA--------TGAAGGCAGG---GT---------------TTTGTCT-T-GTGA--------GCAC---TG-TAGCAC----C-TTTGCA--TCGATTA----CATGC-TGATAAGACTTCATTA-A--ACTG-TTATTGACA---ATAAAAACTTCATG--AGTTCATGAA-TCAATCA---CATTGAATCTGAAT-TGAtttacaaatgcttatttctgtgtccttaactatagactatggtgttagactgttcgcatatcttattccccacaatgagttctttgtgagaagtattgatt
gi|13 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaac-T-TA-----G--TC--G-----AA-------T--------CT-TA--------T-----T-GA------A--CA-----TGA--A---AGCTTGG-TC-GAGTTT-TTttgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|12 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttttcgtcggattgtgaccaataA------T--TG----------A---AGCT--A-AC-AAGTTC-TTCAATT-GACAAGA-TTA-A--AAA-C-------A-A-------C----A-------C----A-GT--------TAT-TTCCCTTTGA--TGA----TTAAATAAA---AG-CTAAattcggcaata
gi|2 : tgtgtatgtA--A---TGCTCAA-AC-GAGGTC-TTCAAAT-GAC--CA---G-ATTAGA-TCA----GA-AAACA---C----A-------G----A-GT--------TAT-TTCCC-TTGG-CTTA----TTAAA-A---------TAAAAACTA-TTTG-----CT-------GCCTCG--A-T---AGC-ACCA-TGCTTGAACGTT--CA------GTTTGTG--CC---CA----AACA--TAACAAAACT----CT-ATAAT-A-TTTATGAGC---AT-TGAATGTCAGACTGTTTCTTGAG-CCGGTAA---AATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGtttctgtccctttaacacaat
gi|18 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcTTC-TTGAACT--AC--CAGCTA-AATGGA-CCA----CA-A-------T----GAGAAGTAG----A-GCAA------TACAGGTCC-tacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|16 : -ATCAGA-CCA----AA-A-------T----T-------G----A-CTGAGT----TAT-GGCCT-TTGA-TTGA----CTAAA-AAT---TG-TTGAAAGTTaat
gi|10 : gtat-------G----A-GT--------TAT-GGCCC-TTGA-TTGATCATTTGAA-AAA---TGTTTGAATTTTGTCTTGCAatttgccaatggtaattagt
gi|5 : tagatttgaca------TAT-G-CCC-TAGA-ATGA----TTGAA-AAGGCTAA-TTAAAA----GTTTCTAT-C---AGGTA-AC---GCCA-T-AGAATGATTC-AACCT---T-----CAC----TTTTTGTC-------------AATGCCTAACCAAACTT-TTCATATG-----TGTATGATC---TT-TAAATCTCATGCTTTTTTGTGAATCTG-TCA---AATTGAACCAGAATGaacacagtgacaagagtttttaaatcggctgtatttgagaggaatggacagagttatggcccttgcttgattgaaaatgctgatttttgc
gi|6 : atggacagagttgtggtcttgatcgcttgataaatactgatttttgccttgtaaacaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccaatcagactagataccagttAT-GTT--TGCTT---TGTAAATACAATACACCTGTT--TT---CATCAGATTG--TGACCAAATTT-GTTA-TTGAC-A-GTGAAGGCCGGGAC-AAA------------TTCTTGAA-TTGACTA---TATTGAAGCAGAATGgataattgcgtaatacaggcc
gi|11 : ttgaatcttaattgaatatggtaaaaaagttgttgcttatggaagattttgcagcagccatatcagaccaaaatggacaggcttacggtctttgacagatagaataatgcagTAGGAC----CCTTTACTA-TC---TA----AACC--TAACACATCTT-CCCA-GGGAT-G-TTTATGACT---AT-AAACTTTAAAACTGTTTCTTGAA-CTTCTCA---GATTTGACTAGAATggcacagttgttgccattggttgaaaaatgct
gi|19 : tgacttgttaacacaaTGTTCATC---CA----ATCG--TAACCAAACTT-GTCA-ATGGT-G-TTGACGA
gi|7 : accttcag--TGACCAAACTT-GTCA-ATGGT-GTTTTATGACC---AT-GGAATATTGTACGAATTCCTGGA-TTGACCA---AATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACT
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcatccagtccACAATTTTTTTAA-TTGGCTA---AATCGGACAAGAATAAACAGTAGAGCGATAaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|18 : gaatggagttatggtccttggaccagaatggagttatggtccttgattagtagaaaaatgctgatgtttgcctagtatatacatgtgtttacactgtattgattgTTCTTGAA-CT-ACCAGCTAAATGGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGtggtttttgatcagttgtagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACAGAGTTGGGGCCATTGATCATTTTGAAATATTTTCACTTTCAGCCTATAAACACTATGGCACCATCAGTTTTGTTTGATTCTGATGAAACTTGGTGAG
Unaligned ( gi|15 ): CTATAATACTACAGTTTTCATCCAATCTTTACCAAACTTCTCAAGAATTTATGGCCATGGAATCTCATATACAGGCCCTATATTGA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 66666666666666666666666666 111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 1111111
lowQualScore : 5 55 55 00000000000000000000000000 5 1 0 2 2 11 33 444 5555 2 7777 2 888888888888888888 4444 2 2 888 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 11111111 777 3333333 33 3 1 1 1 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . .. .. .......................... . . . . . .. .. ... .... . .... . .................. .... . . ... . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ........ ... ....... .. . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 00 00 88888888888888888888888888 8 8 2 6 9 11 44 444 3333 5 8888 5 444444444444444444 7777 5 5 333 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 11111111 888 7777777 77 6 0 0 0 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA--TT-GATCAATGAAA-GCT-CGAAC-GAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCCTTGATTGA----TTGAAAA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTGC-C---TTGT---A---------A---------AC------T------CG-----G--TCAG----A-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-CGTAA--AAGCTCGGA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTNA-------AT-T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAAA---AGTTAAA-GNTTG-CTTGCATTC--AAGCTTCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCTT---TGTT-A-CAC---------C-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCGTTT-A-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA--TT-GATCAATGAAATGCT-GNAAC-GAATTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCCTTGATTGA----TTGAAAA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTGC-C---TCGT---A---------A---------AC------T------TG-----G--TCAG----A-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-CGTAA--AAGCTCGGA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTCA-------AT-T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAAA---AGTTAAA-GNTTGGCTTGCATTC--AAACTTCGTC-ATNT-AAT-ATTATGCTT---TGTT-AGCAC---------C-TT---TG-TN--TCCA----AACGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCGTTT-A-TGACCATNAAATNTCANACNATTTCTTGAAC---CGGCCAAATTGAACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-T--GG---------AAGCTCAAA-------------------------C-TA---------------G--A--------TC-TTGA-------AT-T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----TGT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT--GAAAT---ACTTAAA-TCCAGCCTTGTAATC--A--CT--GT---TTT-AAT-----TGTTT---TA---ATCA------------------------TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACTATT-ATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA--TT-GA-CAATGTA-CGCT-CGAAC-TACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCATTGATTGA----TTTGAAA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTTGT-C---TTGT---G---------AGC-------AC------T-------------G--T-AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-C--GAT---TAC--ATGCT--GA-------------------------T-AA---------------GACT--------TC-ATTAAACTGTTAT-T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----ATC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAAA---AGTCGCT-GTTTGCCTTGTA--C--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTC-A---------------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGGT-------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAtaaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA--CT------ATGAA-TGCT-CAAAT-AGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CCT--ATTGA------GAAAT-AT----G-TTG------------------T---AT-TTTGC-C---TTGT---T---------A---------AC------T------T------------G----A-----A-------TG-TCC---AT-TG-GGT-TATAACCAAACTTGGT-------------------------CAGA----------------------------C-TGTG-------AT-TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----AGT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTG--AGA---AGT-----GCTGGGGTTGCATTcccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGA--------------------------CT-GTGA--------TTGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCCTTAGATGA----TTGAGAA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTCAC-CGGATTGTGACA---------A---------AC------C------CAT----G--TCAG----G-----A-------TGTT-T---AT-----ATACATAC--AAGCTCAAA-------------------------T-AA---------------G--T--------TT-TTCA-------TT-C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----GGT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAAG---Atgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCCTTGATTGATCATTTGAAAA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTTGT-C---TTGC---A---------A---------AC-----------------------ACAG------------------------------T--GAC--------AAG----------------------------------A---------------G--T--------TT-TTAA-------AT-C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----AGT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAAaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : t-GAGTTTTTAAATCGGCTGTATTTGA-GAGGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCCTTGCTTGA----TTG-AAA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTGC-tgctgatttttgc
gi|11 : tagatttgacagagttatggcccttgattgatcatttgaaaaatgtttgaattttgtcttgcaaacacagtgacaaT---TGTT-AACACAATAGGACCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATGTTT-A-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAAT
gi|13 : tgacTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA--TT-GAAC-ATGAAA-GCT-TGGTC-GAGTTTTT-ATTCGGCAATA
gi|15 : gcctcgtaaatacaatgacaactttattt-TT---TT-CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAATTT-A-TGGCCATGGAATCTCATA
gi|16 : ctataatactacagATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCTTTGATTGA----CTAAAAA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTTGC-CAA-TGGT---A---------A-----------------T------TA-----G--Ttacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTCTTGATTGG----TTGAAAA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTCGC-C---TTAT---A---------A---------ACA-----T------TG-----
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGtaa
gi|19 : AC---------C-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTG-A-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA--TT-GA-CTATAAAA-ACTCGGAA--GGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTCTTGCCCGA----TTGAAAA-GT----T-CTG------------------A----G-TGTGC-C---TT-T---A---------AAT-------AC------TATAACACG-----T--TCAG------------------TG-T-TC--ATCT--GAT-TGTGACCAAACTTGGT-------------------------CAGA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA-------ATGT-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---AGC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA--TT-GATT--TTAAATG-T-GTAGC-TAAGT-TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCCTTGATCGA----TCGCAAATATA---A-CTA------------------A---TT-TT----------GT---A---------A---------AC------A------CG-----GTATCAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-TCAGAT-CTTGACCGAACTTGGA-------------------------C-AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA-------AC-C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T-------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAACA-------------------TGCAT-----AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTA--T---CG------AC---------C-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TGTTA-A-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG--ACAATGG--AAACTT-GA------AAATG------------TTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCTTCGATTGA----TTGAAAC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTCAC-C---TTTT---G---------G---------ACACTGTAT------CG-----A--CCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-TG-GAC-CGTAATCAAACTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC-GA---------------G--G--------TC-TTCA-------AA-T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----AGT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATTAAAA--------TAAA-AACT-ATTTGC-T------GCCTCG-----AT-AGC-ACCATGCTTGAACGTTCAG--------------TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATATTT-A-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TA--TTTGATTA-TGAAAGCCT-GAAAGAGAATT--TGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCCTTGATTGA----TGGAAAA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTAGTAT---TCATTTGACCAAGATTTA---------AC------T------TT-----G--TCAT----------A-------T--T-T---A--T--AAT-CATAA--AAACT-------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA-------A------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----AGT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAAA---A---AAA-TAT----CTGC---------CTCTGT-----T-AAT-GTTA--ATT-----TT-A---------------TT---TA--A--TCC---------TAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTTTTT-A-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA--GT-GATCAATGAAACACT-CTAAT-GAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCCTTGATTGA----CTGAAAA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTTGC-C---TCGT---A---------A---------AC------T------TG-----G--TCAG----G-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-TGTAA--AAGCTTGAA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTTA-------AC-T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAAA---AGTTAAA-GATTGGCTTGTATTCTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTT-AGCAC---------CGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACATTA-A-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC-TTGATCGC----TTGATAA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTTGC-C---TTGT---A---------A---------AC------gcaaacaatacaggc
gi|5 : A-A-----TCA-GA--C----T----A-GAT---A-------C----C-------------AGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAATTAAAAGTTT--CTATCAGGT--AA----CGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T------CAC---------T-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATATG---TGT-A-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccaatcagactagataccagtttatgccctagaatgattgaaaaggctaattaaaagtttctatcaggtaacgccatagaatgattcaaccttcactttttgtcaatgcctaaccaaacttttcatatgtgtatgatctttaaatctcatgcttttttgtgaatctgtcaaattgaaccagaatggataattgcgtaatacaggcc
gi|6 : atggacagagttgtggtcttgatcgcttgataaatactgatttttgccttgtaaacaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccTTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG--TT-GCTTA---------T-GGAA--GA--TTTTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCTTTGACAGA----TAGAATA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTTGC-T---TTGT---A---------AATACAATACAC------C------TGTTTTCA--TCAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-T--GAC-AGTGA--AGGCCGGGA-------------------------C-AA---------------A--T--------TC-TTGA-------AT-T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACAGT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAAA---cc
gi|7 : --TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtgct
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCCTTGATTAG----TAGAAAA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTTGC-C---TAGT---AT--------ATAC------AT------G------TG-----T--TTAC----A-----C-------TG---T---AT-T--GAT-T-------------GA-------------------------C-AA---------------T--T--------TT-TTTA-------AT-T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----AGCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG--CT-CATCATAGAAA--CT-CAGAC-GAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCCTTGATTG-----TTTACAA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCTGT-G---TCCT---T---------A---------AC------T------tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGTGTATGTATTGAAGCTAACAAGTTCTTCAATTGACAAGATTAAAAACAACACAGTTATTTCCCTTTGATGATTAAATAAAAGCTAATTTCTGTCCCTTTAACACAAT
Unaligned ( gi|14 ): ACAGAGTTGGGGCCATTGATCATTTTGAAATATTTTCACTTTCAGCCTATAAACACTATGGCACCATCAGTTTTGTTTGATTCTGATGAAACTTGGTGAG
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 111111 111111111111111111 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111
lowQualScore : 5 555 33 1 777777 3 3 555555 33 2 1 3 2 0 0 33 333 2 2 4444 2 2 6666 2 666666666666666666 4444 2 7777777777777 5555 88888888 444 222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 7777 1 1 777 77777777 0 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... .. . ...... . . ...... .. . . . . . . .. ... . . .... . . .... . .................. .... . ............. .... ........ ... ......... ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .... . . ... ........ . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 444 99 4 555555 6 3 444444 11 8 4 5 7 9 7 11 999 2 2 7777 2 2 9999 2 444444444444444444 5555 2 4444444444444 0000 55555555 111 666666666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 7777 0 0 888 44444444 1 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-AAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTG---C-----C---T----TG--------T---AA---------AC------N------C----G-----G--TCAG----------AAT--G-T-T---AT-T--GAT-CGTAA--AAGCTCGGA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT-T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAAA---AGTTAAAG-TT-G-C-TTGCATT--C--AAGCTTCGCC-ATTT-AAT-ATTA-TGCTT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-AAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTG---C-----C---T----TG--------T---AA---------AC------T------C----G-----G--TCAG----------AAT--G-T-T---AT-T--GAT-CGTAA--AAGCTCGGA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT-T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAAA---AGTTAAAGNTT-G-C-TTGCATT--C--AAGCTTCGCC-ATTT-AAT-ATTA-TGCTT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : AT--G-T-T---AA-T--GG---------AAGCTCAAA-------------------------C-TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT-T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----TGT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT--GAAAT---ACTTAAATCCA-G-CCTTGTAAT--C--A--CT--GT---TTT-AAT------TGTTT---TA-----ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA-TTGA-C---AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTTG---T-----C---T----TG--------T---GA---------GC------A------C----T-----G--T-AG----------CAC--C-T-TTGCAT-C--GAT---TAC--ATGCT--GA-------------------------T-AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT-T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----ATC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAAA---AGTCGCTGTTT-GCC-TTGTA----C--GGACTGTACCTATTT-AAT-G------------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGG-T------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAtaaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA-CT--------ATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-TTG------------------T---AT-TTTG---C-----C---T----TG--------T---TA---------AC------T------T----------------G----------AAT--G-TCC---AT-TG-GGT-TATAACCAAACTTGGT-------------------------CAGA----------------------------C-TGTG------AT-TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----AGT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTGAGAAG---TGCTGGGG--------TTGCATT--cccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG-----------------TG-A-----------------TTGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTCA---C-----CGGAT----TG--------TGACAA---------AC------C------C----AT----G--TCAG----------GAT--GTT-T---AT-----ATACATAC--AAGCTCAAA-------------------------T-AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT-C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----GGT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAAG---Atgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTTG---T-----C---T----TG--------C---AA---------AC------A------C----A-----G--TGAC----------AA----------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT-C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----AGT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAAaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : tGAGTTTTTAAATCGGCTGTATTTGA-GAGGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GCTTGA----TTG-A-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTTG---C-----tgctgatttttgc
gi|11 : tagatttgacagagttatggcccttgattgatcatttgaaaaatgtttgaattttgtcttgcaaacacagtgacaaCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAAT
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-CTA------------------A---TT-TCTGT--C-----C---C----TT--------T---AA---------
gi|13 : tgtgtatgtattgTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA-TTGAAC----ATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAcacaat
gi|15 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttTA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAA-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATA
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTTG---C-----CAA-T----GG--------T---AA---------tacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTCG---C-----C---T----TA--------T---AA---------AC------ttagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGattgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA-TTGA-C---TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-CTG------------------A----G-TGTG---C-----C---T----T---------T---AAAT-------AC------TATAACAC----G-----T--TCAG------------T--G-T-TC--ATCT--GAT-TGTGACCAAACTTGGT-------------------------CAGA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATGT-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---AGC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-CTA------------------A---TT------------------T----TG--------T---AA---------AC------A------C----G-----GTATCAGTCTA------AAT--A-TCT---AA-TCAGAT-CTTGACCGAACTTGGA-------------------------C-AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC-C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T-------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAACA--------------------TGCAT-------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTG-TA--T---CG-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG-----------------A-C---AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTCA---C-----C---T----TT--------T---GG---------ACACTGTAT------C----G-----A--CCTT----------AGT--T-T-TG--AT-TG-GAC-CGTAATCAAACTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC-GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA-T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----AGT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATTAAAA--------TAAAAACT-A-T-TTGC-T--------GCCTCG---A--T-AGC-ACCA-TGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TATTTGATT----ATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTAG---TATTCAT---T----TGACCAAGATT---TA---------AC------T------T----T-----G--TCAT-----------AT----T-T---A--T--AAT-CATAA--AAACT-------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----AGT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAAA---A---AAA---T-A-T-CTGC-----------CTCTG-----TT-AAT-GTTA-------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA-GTGATC---AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTTG---C-----C---T----CG--------T---AA---------AC------T------T----G-----G--TCAG----------GAT--G-T-T---AT-T--GAT-TGTAA--AAGCTTGAA-------------------------C-GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC-T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----AGTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAAA---AGTTAAAGATTGG-C-TTGTATT--CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTA-TGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTTG---C-----C---T----TG--------T---AA---------AC------gcaaacaatacaggc
gi|5 : A-A-----TCA-GA--C----T----A-GAT---A-------C----C-------------AGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAATTAAAAGTT-T-C-T---AT---C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTC-AACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATATG----TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccaatcagactagataccagtttatgccctagaatgattgaaaaggctaattaaaagtttctatcaggtaacgccatagaatgattcaaccttcactttttgtcaatgcctaaccaaacttttcatatgtgtatgatctttaaatctcatgcttttttgtgaatctgtcaaattgaaccagaatggataattgcgtaatacaggcc
gi|6 : atggacagagttgtggtcttgatcgcttgataaatactgatttttgccttgtaaacaccaatacctctaggtttcattagatcacaagtaaggcaaagattttcaggccttgacactcagatgcttatcataagatccTTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG-TTGCTT---A-TG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTTG---C-----T---T----TG--------T---AAATACAATACAC------C------T----GTTTTCA--TCAGATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-T--GAC-AGTGA--AGGCCGGGA-------------------------C-AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT-T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACAGT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAAA---cc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-CCG------------------G---GA-TTAG---C-----T---A----TG--------C---AA---------AC------tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACactatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTTG---C-----C---T----AG--------T---AT---------AT------A------CATGTG-----T--TTAC----------ACT--G---T---AT-T--GAT-T-------------GA-------------------------C-AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT-T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----AGCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTG-----------TAGAGATT-G-A-TCTC-TTAAC--AA--TT------TTT-GAT-A--ACTGCTT---TGTTtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG-CTCATC----ATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCTGTGTC-----C---TTAACTA--------T---AG---------AC------TA-----T----GGT---G--TTAG----------ACT--G-T-T---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ACAGAGTTGGGGCCATTGATCATTTTGAAATATTTTCACTTTCAGCCTATAAACACTATGGCACCATCAGTTTTGTTTGATTCTGATGAAACTTGGTGAG
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 111111 11111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 5 555 33 1 444444 3 3 333333 11 1 1 2 2 0 22 4444 2 2 7777 2 2 6666 2 2 66666666666666666666666 2 6666666666666 333 88888888 333 4444 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 7777 1 1 777 77777777 0 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... .. . ...... . . ...... .. . . . . . .. .... . . .... . . .... . . ....................... . ............. ... ........ ... .... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . . ... ........ . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 444 99 4 222222 3 1 777777 88 5 4 4 7 7 99 2222 1 1 4444 1 1 6666 1 1 22222222222222222222222 1 6666666666666 777 11111111 999 7777 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7777 0 0 888 44444444 1 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-C-TG------------------A---TT-TTCG---C-----C---TT---G--------T---A----AACAC----G--------------G-----T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-C----GTA----A--AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA--A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G-----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAGTNAAAG-CT-G--C--TTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-AAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-C-TG------------------A---TT-TTTG---C-----C---TT---G--------T---A----AACNC----G--------------G-----T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-C----GTA----A--AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA--A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G-----AGT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAGTTAAAG-TT-G--C--TTGCATT---C--AAGCTTCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCTT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-T--GG-----------------AAG---CTCAAA-------------------------C---TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT--T-G-G-CTA--TA--------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G-----TGT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT--GAAA----TACTTAAAT-CC-AGCC--TTGTAAT---C--A--CT--GT---TTT-AAT-----TGTTT---TA-----ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TT---AATG-GAA-GCTCAAACTAGATCTTGAATTGGCTATATCGGA-TCAG-GTGTACAAA--------------C-TG-AATTGG----T---G-AA-AT----A-CTTA------------------A---AT-CCAG---C-----C---TT---G--------T---A----ATCAC----T--------------G-----T------TTT----A-----AT------TG-T-T----T-T--AAT-C----ATC----A--GAT---CTTAAA-------------------------C---AA---------------AC-T--------TG-TTCA------------G-A-CTA--TT--A-----TTG-taaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgTCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA-TTGA-C---AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-C-AG------------------G---GT-TTTG---T-----C---TT---G--------T---G----AGCAC----T--------------G-----T-------AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-C--GAT-------TA----C--ATG---CT--GA-------------------------T---AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT--T-G-A-CAA--TA--AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A-----ATC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAA----AAGTC---G-CT-G--T--TTGCCTTGTAC--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGG-T------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA-CT--------ATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-T-TG------------------T---AT-TTTG---C-----C---TT---G--------T---T----AACTT----------------------------------G----A-----A-------TG-TCC---AT-TG-GGT-T----ATA----ACCAAA---CTTGGT-------------------------CA--GA----------------------------C-TGTG------AT--TGG-A-CCAGCTAT-A-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G-----AGT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTGAGAA----GTGCTGGGG-TT-G--CATTTGTAcccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG-----------------TG-A-----------------TTGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-C-TGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTCA---C-----CGGATT---G--------TGACA----AACCC----AT-------------G-----T------CAG----G-----A-------TGTT-T---AT-----ATAC----ATA----C--AAG---CTCAAA-------------------------T---AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT--C-G-ACCCA--T---------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A-----GGT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAA----GAaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTT-TG------------------A---AT-TTTG---T-----C---TT---G--------C---A----AACAC----A--------------G-----T------GAC----A-----A----------------------------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT--C-G-G-CTG--TA--T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G-----AGT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAA----aaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|11 : tCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAATtgctgatttttgc
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-C-TA------------------A---TT-TCTGT--C-----C---CT---T--------T---A----A
gi|13 : tgtgtatgtattgTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA-TTGAAC----ATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAcacaat
gi|14 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttACAGAGT--TGG---GGCCA-TT-GATC-ATT--TTGAA-AT-AT----T-T-TC------------------A---CT-TTCA---G-----C---CT---A--------T---A----AACAC----
gi|15 : TA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAA-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATAtatggcaccatcagttttgtttgattctgatgaaacttggtgag
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-T-TG------------------AAAGTTATTTG---C-----CAA-TG---G--------T---A----Atacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-C-TG------------------A---TT-GTCG---C-----C---TT---A--------T---A----AACttagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGattgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA-TTGA-C---TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-C-TG------------------A----G-TGTG---C-----C---TTTAAA--------T---ACTATAACAC----G--------------T-----T------CAG------------------TG-T-TC--ATCT--GAT-T----GTG----ACCAAA---CTTGGT-------------------------CA--GA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATG-T-GTA-GC---TA--AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC----AGC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA----
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-C-TA------------------A---TT------------------TT---G--------T---A----AACAC----G--------------GTA---T------CAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-TCAGAT-C----TTG----ACCGAA---CTTGGA-------------------------C---AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC--C-G-T-CCA--T---A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T--------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAAC----A-------------------TGCAT--------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTA--T---CG-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG-----------------A-C---AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-C-AT------------------A---GT-TTCA---C-----C---TT---T--------T---G----GACAC----T--------------G-----TATCGACCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-TG-GAC-C----GTA----ATCAAA---CTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC---GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA--T-G-A-CCA---G--A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G-----AGT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATT----A----AAATAAAAA-CT-A--T--TTGC-T---------GCCTCG---A--T-AGC-ACCATGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TATTTGATT----ATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-C-TG------------------A---TT-TTAG---TATTCAT---TT---GACCAAGATT---T----AACTT----T--------------G-----T------CAT----------A-------T--T-T---A--T--AAT-C----ATA----A--AAA---CT---------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A-------A-CCA--T---------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG-----AGT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAA----AA---AAA---T-A--T--CTGC------------CTCTG-----TT-AAT-GTTA------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA-GTGATC---AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-C-AG------------------G---TT-TTTG---C-----C---TC---G--------T---A----AACTT----G--------------G-----T------CAG----G-----A-------TG-T-T---AT-T--GAT-T----GTA----A--AAG---CTTGAA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC--T-G-A-CCAT-TA--A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G-----AGTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAA----AAGTTAAAGATTGG--C--TTGTATT---CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-C-TG------------------A---TT-TTTG---C-----C---TT---G--------T---A----AACAC----C--------------AATACCT------CTA----G-----G-------TT-T-C---AT-TA-GAT-CACAAGTAAGGCA--AAGATTTTCAGG-------------------------CCTTGA------------------C--------AC-TCAG------ATGCT-T-A-TCA--TAAGA-----TCC-AA--T----C----A-GA----C-------T----A--------GATACCAGT-T-TA-T-GCCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAATTAAAAG-TT-T--C--T---A-T---C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATAT---G-TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGgcaaacaatacaggc
gi|6 : TTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG-TTGCTT---A-TG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-C-AG------------------A---TG-TTTG---C-----T---TT---G--------T---A----AATAC----AATACACCTGTTTTCA-----T------CAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-T--GAC-A----GTG----A--AGG---CCGGGA-------------------------C---AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT--T-G-A-CTA--T---A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCAC-AGT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAA----Acc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-C-CG------------------G---GA-TTAG---C-----T---AT---G--------C---A----AACAC----tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-C-TG------------------A---TG-TTTG---C-----C---TA---G--------T---A----TATACATGTG--------------T-----T------TAC----A-----C-------TG---T---AT-T--GAT-T------------------------GA-------------------------C---AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT--T-G-G-CTA---A--A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G-----AGCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG-CTCATC----ATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-C-TT------------------A---TT-TCTGTGTC-----C---TT---tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 111111 111111111111111111 1111111 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 5 555 33 444444 3 3 333333 11 1 1 2 2 0 22 4444 2 2 7777 2 2 6666 2 777777777777777777 333 2 0000000 666 4444 333 333 000000 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 7777 1 1 777 77777777 0 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... .. ...... . . ...... .. . . . . . .. .... . . .... . . .... . .................. ... . ....... ... .... ... ... ...... . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .... . . ... ........ . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 444 99 222222 1 1 777777 88 5 4 4 7 7 99 2222 1 1 4444 1 1 6666 1 666666666666666666 777 1 9999999 666 5555 777 777 555555 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7777 0 0 888 44444444 1 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAGT-AA---AGCT--GCTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAGTNAA---AGCT--GCTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-----T--GG---------------AAG---CTCAAA-------------------------C---TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT--T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----T-----GT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT-GAAAT----ACTTAAATCCAGC----CTTGTAAT---C--A--CTGT-----TTT-AAT-----TG--T---T-TTA--ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TT---AATG-GAA-GCTCAAACTAGATCTTGAATTGGCTATATCGGA-TCAG-GTGTACAAA--------------C-TG-AATTGG----T---G-AA-AT----A-CTT------------------A---AA-TCCAG----CC---T----T---GT---A------ATC-AC----T--------------G--T------TTT----A-----AT------TG-T-T----T-----T--AAT-C----ATCA----GAT---CTTAAA-------------------------C---AA---------------AC-T--------TG-TTCA------------G-A-CTA--TT-A-----TTG-taaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgTCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA-TTGA-C---AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTT-G----TC---T----T---GT---G------AGC-AC----T--------------G--T-------AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-----C--GAT-------TAC----ATG---CT--GA-------------------------T---AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT--T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----A-----TC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAA----AAGTC------GCT--GTTTGCCTTGTAC--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGG-T------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA-CT--------ATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-TTGT-----------------A---TT-TT--G----CC---T----T---GT---T------AAC-------------------------T------T-G----A-----A-------TG-TCC---AT-----TG-GGT-T----ATAACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA----------------------------C-TGTG------AT--TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----A-----GT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTG--AG----AAGT-------GCTGGGGTTGCATT---cccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG-------TGAT----------------------------TGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTC-A----CCGGAT----T---GTGACA------AAC-CC----AT-------------G--T------CAG----G-----A-------TGTT-T---AT---------ATAC----ATAC----AAG---CTCAAA-------------------------T---AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT--C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----G-----GT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAA----GAtgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTT-G----TC---T----T---GC---A------AAC-AC----A--------------G--T------GAC----A-----A------------------------------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT--C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----A-----GT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAA----aaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|11 : tCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAATtgctgatttttgc
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacATT-GAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-CTA------------------A---TT-TCT-G----TC---C----C---TT---T------AAC-AC----
gi|13 : tgtgtatgtTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA-TTGAAC----ATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAaat
gi|14 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttACAGAGT--TGG---GGCCA-TT-GATC-ATT--TTGAA-AT-AT----T-TTC------------------A---CT-TTC-A----GC---C----T---AT---A------AAC-AC----
gi|15 : TA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAA-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATAtatggcaccatcagttttgtttgattctgatgaaacttggtgag
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTT-G----CCAA-T----G---GT---A------Atacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTC-G----CC---T----T---AT---A------AAC-Attagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGttgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA-TTGA-C---TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-CTG------------------A---GT-GT--G----CC---T----TTAAAT---ACTAT--AAC-AC----G--------------T--T------CAG------------------TG-T-TC--ATC----T--GAT-T----GTGACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATG-T-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---A-----GC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA----
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-CTA------------------A---TT---------------T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------GTAT------CAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-----TCAGAT-C----TTGACC--GAA---CTTGGA-------------------------C---AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC--C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T------------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAAC----A------------------TGCAT--------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTATC-----G-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG-----------------A-C---AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTC-A----CC---T----T---TT---G------GAC-AC----T--------------G--TATCGACCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-----TG-GAC-C----GTAATC--AAA---CTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC---GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA--T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----A-----GT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATT----A----AAATAAA---AACT--ATTTGC-T---------GCCTCG---A--T-AGC-ACCATGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TATTTGATT----ATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTA-GTATTCA---T----T----T---G------ACC-AA----G--------------A--T------T-T----A-----ACTT----TG-T-C---ATATTTAT--AAT-C----ATAA----AAA---CT---------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A-------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----A-----GT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAA----AA---AA---A--T--ATCTGC------------CTCTG-----TT-AAT-GTTA------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA-GTGATC---AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTT-G----CC---T----C---GT---A------AAC-TT----G--------------G--T------CAG----G-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-T----GTAA----AAG---CTTGAA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC--T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAA----AAGTTAA---AGATTGGCTTGTATT---CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTT-G----CC---T----T---GT---AAACACCAAT-AC----C--------------T--C------TAG----G-------------TT-T-C---AT-----TA-GAT-CACAAGTAAGGCAAAGATTTTCAGG-------------------------CCTTGA------------------C--------AC-TCAG------ATGCT-T-A-TCA--TA-AGA---TCC-AA--T----C----A-GA----C-------T----A--------G----ATACCAGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAATTAAA---AGTT--TCT---AT----C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATATG----TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGgcaaacaatacaggc
gi|6 : TTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG-TTGCTT---A-TG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTT-G----CT---T----T---GT---A------AAT-AC----AATACACCTGTTTTCA--T------CAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-----T--GAC-A----GTGA----AGG---CCGGGA-------------------------C---AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT--T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACA-----GT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAA----Acc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-CCG------------------G---GA-TTA-G----CT---A----T---GC---A------AAC-AC----tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTT-G----CC---T----A---GT---A------TAT-ACATGTG--------------T--T------TAC----A-----C-------TG---T---AT-----T--GAT-T----------------------GA-------------------------C---AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT--T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----A-----GCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG-CTCATC----ATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCT-GTGT-CC---TTAACT---AT---A------GACTAT----GGT------------G--T------TAG----A-----C-------TG-T-T---tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 111111 111111111111111111 1111111 111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 5 555 33 444444 3 3 333333 11 1 1 2 2 0 22 4444 2 2 7777 2 2 6666 2 777777777777777777 333 2 0000000 666 4444 333 333 000000 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 7777 1 1 777 77777777 0 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... .. ...... . . ...... .. . . . . . .. .... . . .... . . .... . .................. ... . ....... ... .... ... ... ...... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . . ... ........ . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 444 99 222222 1 1 777777 88 5 4 4 7 7 99 2222 1 1 4444 1 1 6666 1 666666666666666666 777 1 9999999 666 5555 777 777 555555 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7777 0 0 888 44444444 1 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--CTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-----T--GG---------------AAG---CTCAAA-------------------------C---TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT--T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----T-----GT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT-GAAAT----ACT-TAAATCC--AGCCTTGTAAT---C--A--CTGT-----TTT-AAT-----TG--T---T-TTA--ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TT---AATG-GAA-GCTCAAACTAGATCTTGAATTGGCTATATCGGA-TCAG-GTGTACAAA--------------C-TG-AATTGG----T---G-AA-AT----A-CTT------------------A---AA-TCCAG----CC---T----T---GT---A------ATC-AC----T--------------G--T------TTT----A-----AT------TG-T-T----T-----T--AAT-C----ATCA----GAT---CTTAAA-------------------------C---AA---------------AC-T--------TG-TTCA------------G-A-CTA--TT-A-----TTG-taaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgTCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA-TTGA-C---AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTT-G----TC---T----T---GT---G------AGC-AC----T--------------G--T-------AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-----C--GAT-------TAC----ATG---CT--GA-------------------------T---AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT--T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----A-----TC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAA----AAG-T--CGCT--G--TTTGCCTTGTAC--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGG-T------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA-CT--------ATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-TTGT-----------------A---TT-TT--G----CC---T----T---GT---T------AAC-------------------------T------T-G----A-----A-------TG-TCC---AT-----TG-GGT-T----ATAACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA----------------------------C-TGTG------AT--TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----A-----GT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTG--AG----AAG-T---GCTGGG--GTTGCATT---cccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG-------TGAT----------------------------TGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTC-A----CCGGAT----T---GTGACA------AAC-CC----AT-------------G--T------CAG----G-----A-------TGTT-T---AT---------ATAC----ATAC----AAG---CTCAAA-------------------------T---AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT--C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----G-----GT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAA----GAtgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTT-G----TC---T----T---GC---A------AAC-AC----A--------------G--T------GAC----A-----A------------------------------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT--C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----A-----GT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAA----aaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|11 : tCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAATtgctgatttttgc
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacATT-GAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-CTA------------------A---TT-TCT-G----TC---C----C---TT---T------AAC-AC----
gi|13 : tgtgtatgtTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA-TTGAAC----ATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAaat
gi|14 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttACAGAGT--TGG---GGCCA-TT-GATC-ATT--TTGAA-AT-AT----T-TTC------------------A---CT-TTC-A----GC---C----T---AT---A------AAC-AC----
gi|15 : TA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAA-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATAtatggcaccatcagttttgtttgattctgatgaaacttggtgag
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTT-G----CCAA-T----G---GT---A------Atacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTC-G----CC---T----T---AT---A------AAC-Attagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGttgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA-TTGA-C---TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-CTG------------------A---GT-GT--G----CC---T----TTAAAT---ACTAT--AAC-AC----G--------------T--T------CAG------------------TG-T-TC--ATC----T--GAT-T----GTGACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATG-T-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---A-----GC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA----
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-CTA------------------A---TT---------------T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------GTAT------CAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-----TCAGAT-C----TTGACC--GAA---CTTGGA-------------------------C---AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC--C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T------------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAAC----A-----------------TGCAT--------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTATC-----G-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG-----------------A-C---AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTC-A----CC---T----T---TT---G------GAC-AC----T--------------G--TATCGACCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-----TG-GAC-C----GTAATC--AAA---CTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC---GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA--T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----A-----GT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATTAAAAT----A----AAAACT--A--TTTGC-T---------GCCTCG---A--T-AGC-ACCATGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TATTTGATT----ATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTA-GTATTCA---T----T----T---G------ACC-AA----G--------------A--T------T-T----A-----ACTT----TG-T-C---ATATTTAT--AAT-C----ATAA----AAA---CT---------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A-------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----A-----GT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAA----AA---AAA--T--A--TCTGC------------CTCTG-----TT-AAT-GTTA------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA-GTGATC---AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTT-G----CC---T----C---GT---A------AAC-TT----G--------------G--T------CAG----G-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-T----GTAA----AAG---CTTGAA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC--T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAA----AAGTTAAAGATTGG--CTTGTATT---CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTT-G----CC---T----T---GT---AAACACCAAT-AC----C--------------T--C------TAG----G-------------TT-T-C---AT-----TA-GAT-CACAAGTAAGGCAAAGATTTTCAGG-------------------------CCTTGA------------------C--------AC-TCAG------ATGCT-T-A-TCA--TA-AGA---TCC-AA--T----C----A-GA----C-------T----A--------G----ATACCAGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAAT-TAAAA----G--TTTCTAT----C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATATG----TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGgcaaacaatacaggc
gi|6 : TTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG-TTGCTT---A-TG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTT-G----CT---T----T---GT---A------AAT-AC----AATACACCTGTTTTCA--T------CAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-----T--GAC-A----GTGA----AGG---CCGGGA-------------------------C---AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT--T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACA-----GT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAA----Acc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-CCG------------------G---GA-TTA-G----CT---A----T---GC---A------AAC-AC----tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTT-G----CC---T----A---GT---A------TAT-ACATGTG--------------T--T------TAC----A-----C-------TG---T---AT-----T--GAT-T----------------------GA-------------------------C---AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT--T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----A-----GCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG-CTCATC----ATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCT-GTGT-CC---TTAACT---AT---A------GACTAT----GGT------------G--T------TAG----A-----C-------TG-T-T---tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 222222 111111 111111111111111111 1111111 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111
lowQualScore : 5 555 33 444444 3 3 333333 11 1 1 2 2 0 22 4444 2 2 7777 2 2 6666 2 777777777777777777 333 2 0000000 666 4444 333 333 000000 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 7777 1 1 777 77777777 0 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... .. ...... . . ...... .. . . . . . .. .... . . .... . . .... . .................. ... . ....... ... .... ... ... ...... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . . ... ........ . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 444 99 222222 1 1 777777 88 5 4 4 7 7 99 2222 1 1 4444 1 1 6666 1 666666666666666666 777 1 9999999 666 5555 777 777 555555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 7777 0 0 888 44444444 1 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-----T--GG---------------AAG---CTCAAA-------------------------C---TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT--T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----T-----GT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT-GAAAT----ACT-TAAATCC--AGCCTTGTAAT---C--A--CTGT-----TTT-AAT-----TG--T---T-TTA--ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA---GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGAC
gi|1 : TT---AATG-GAA-GCTCAAACTAGATCTTGAATTGGCTATATCGGA-TCAG-GTGTACAAA--------------C-TG-AATTGG----T---G-AA-AT----A-CTT------------------A---AA-TCCAG----CC---T----T---GT---A------ATC-AC----T--------------G--T------TTT----A-----AT------TG-T-T----T-----T--AAT-C----ATCA----GAT---CTTAAA-------------------------C---AA---------------AC-T--------TG-TTCA------------G-A-CTA--TT-A-----TTG-taaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgTCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTAT--TA-TTGA-C---AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTT-G----TC---T----T---GT---G------AGC-AC----T--------------G--T-------AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-----C--GAT-------TAC----ATG---CT--GA-------------------------T---AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT--T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----A-----TC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAA----AAG-T--CGCT--G--TTTGCCTTGTAC--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCA-ATGTGG-T------ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGTA-CT--------ATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-TTGT-----------------A---TT-TT--G----CC---T----T---GT---T------AAC-------------------------T------T-G----A-----A-------TG-TCC---AT-----TG-GGT-T----ATAACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA----------------------------C-TGTG------AT--TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----A-----GT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTG--AG----AAG-T---GCTGGG--GTTGCATT---cccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG-------TGAT----------------------------TGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTC-A----CCGGAT----T---GTGACA------AAC-CC----AT-------------G--T------CAG----G-----A-------TGTT-T---AT---------ATAC----ATAC----AAG---CTCAAA-------------------------T---AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT--C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----G-----GT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAA----GAtgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTT-G----TC---T----T---GC---A------AAC-AC----A--------------G--T------GAC----A-----A------------------------------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT--C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----A-----GT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAA----aaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|11 : tCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCA-GGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAATtgctgatttttgc
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacATT-GAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-CTA------------------A---TT-TCT-G----TC---C----C---TT---T------AAC-AC----
gi|13 : tgtgtatgtTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCT--TA-TTGAAC----ATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAaat
gi|14 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttACAGAGT--TGG---GGCCA-TT-GATC-ATT--TTGAA-AT-AT----T-TTC------------------A---CT-TTC-A----GC---C----T---AT---A------AAC-AC----
gi|15 : TA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCA-A--GAA-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATAtatggcaccatcagttttgtttgattctgatgaaacttggtgag
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTT-G----CCAA-T----G---GT---A------Atacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTC-G----CC---T----T---AT---A------AAC-Attagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGttgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGC--TA-TTGA-C---TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-CTG------------------A---GT-GT--G----CC---T----TTAAAT---ACTAT--AAC-AC----G--------------T--T------CAG------------------TG-T-TC--ATC----T--GAT-T----GTGACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATG-T-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---A-----GC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA----
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-CTA------------------A---TT---------------T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------GTAT------CAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-----TCAGAT-C----TTGACC--GAA---CTTGGA-------------------------C---AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC--C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T------------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAAC----A-----------------TGCAT--------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTATC-----G-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---G-AT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG-----------------A-C---AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTC-A----CC---T----T---TT---G------GAC-AC----T--------------G--TATCGACCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-----TG-GAC-C----GTAATC--AAA---CTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC---GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA--T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----A-----GT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATTAAAAT----A----AAAACT--A--TTTGC-T---------GCCTCG---A--T-AGC-ACCATGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCT-ATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGC--TATTTGATT----ATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTA-GTATTCA---T----T----T---G------ACC-AA----G--------------A--T------T-T----A-----ACTT----TG-T-C---ATATTTAT--AAT-C----ATAA----AAA---CT---------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A-------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----A-----GT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAA----AA---AAA--T--A--TCTGC------------CTCTG-----TT-AAT-GTTA------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTT-AGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGT--TA-GTGATC---AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTT-G----CC---T----C---GT---A------AAC-TT----G--------------G--T------CAG----G-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-T----GTAA----AAG---CTTGAA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC--T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAA----AAGTTAAAGATTGG--CTTGTATT---CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCA-ACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTT-G----CC---T----T---GT---AAACACCAAT-AC----C--------------T--C------TAG----G-------------TT-T-C---AT-----TA-GAT-CACAAGTAAGGCAAAGATTTTCAGG-------------------------CCTTGA------------------C--------AC-TCAG------ATGCT-T-A-TCA--TA-AGA---TCC-AA--T----C----A-GA----C-------T----A--------G----ATACCAGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAAT-TAAAA----G--TTTCTAT----C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCATATG----TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGgcaaacaatacaggc
gi|6 : TTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGT--TG-TTGCTT---A-TG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTT-G----CT---T----T---GT---A------AAT-AC----AATACACCTGTTTTCA--T------CAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-----T--GAC-A----GTGA----AGG---CCGGGA-------------------------C---AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT--T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACA-----GT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAA----Acc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-CCG------------------G---GA-TTA-G----CT---A----T---GC---A------AAC-AC----tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCA-ATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTT-G----CC---T----A---GT---A------TAT-ACATGTG--------------T--T------TAC----A-----C-------TG---T---AT-----T--GAT-T----------------------GA-------------------------C---AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT--T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----A-----GCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGT--TG-CTCATC----ATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCT-GTGT-CC---TTAACT---AT---A------GACTAT----GGT------------G--T------TAG----A-----C-------TG-T-T---tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt
blockSeqs : A TGG TT TTTTAA T C CGAACT TC G C A T AT CAAA T G TCAT T T GAAG T GGGTTGCATTTGTAAATA AAG A AGTATT GGA TAAC TAA GAC AACACC T TGTATCGACCTTAGTTTTGATTGGACCGTAATCAAACTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAATGACCAGATTAGATCAGAAAACACAGAGTTATTTCCCTTGGCTTATTAAAATAAAAACTATTTGCTGCCTCGATAGCACCATGCTTGAACGTTCAGTTTGTG G TTGG A A CA ATGGTGT . T A A TACCAG C A A
blockSeqs : A T C TCA . . CAAATA TC G T C . . T . . TT . . A . T . . TGTGT AA . . . CTAT . CTCTAGGTTTCATTAGATCACAAGTAAGGCAAAGATTTTCAGGCCTTGACACTCAGATGCTTATCATAAGATCCAATCAGACTAGATACCAGTTTATGCCCTAGAATGATTGAAAAGGCTAATTAAAAGTTTCTATCAGGTAACGCCATAGAATGATTCAACCTTCACTTTTTG T . A C C ATGTGG . C A T CGA T A C
blockSeqs : G C T TTA . . TGGTCG TC G T T . . C . . . . . . . . . . TG . . . . . . GGTCAGGATGTTATTGATTGTAAAAGCTTGAACGAGTTCTTTAACTGACCATTAATTGGACCAGAATGGAGTAATATGGCCCTTGATTGACTGAAAAAAGTTAAAGATTGGCTTGTATTCTTAAACTTTGTTATTTAATATTATGCCTTGTTAGCACCGTTTGTT C . T T C GGGATG . A T G TTC T A C
blockSeqs : G T T CA . . CGGAAG TT C A C . . T . . . . . . . . . . CA . . . . . . GGTATCAGTCTAAATATCTAATCAGATCTTGACCGAACTTGGACAATGGAAACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTACTATAATGCTTATGGCCTTCGATTGATTGAAACATGCATAGTTTCACCTTTTGGACACTGTATCGACCTTAGTT C . T G G ATGGTG . T A T TGA T C C
blockSeqs : T C T AC . . TGAAAA GC G A G . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . . GATTTAACTTTGTCATATTTATAATCATAAAAACTGAGTTTATGCAAACCATTCAGACCATTCAGACATGAAACAACAGAGTTATTGCCCTTGAATTTGAAAAAAAAATATCTGCCTCTGTTAATGTTAATTTTA G . C G G ATAATA . A G A CGG T A A
blockSeqs : A T G CT . . TGAAAG TC G A C . . G . . . . . . . . . . TG . . . . . . C . A A G AGGGTT . A G T CTG T T T
blockSeqs : A T T CA . . CTAATG AT C C T . . T . . . . . . . . . . CA . . . . . . T . T C G ACGACA . A C T TGA T G .
blockSeqs : T T C TT . . CAGACG TC G C C . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . . C . A G T AGAA . A T G CTG G .
blockSeqs : A . . TC . . AACA TT C C C . . T . . . . . . . . . . CG . . . . . . A . G C G ATTG . A T TGA .
blockSeqs : . . T . . A T G C T . . T . . . . . . . . . . CA . . . . . . C . T C . TATG .
blockSeqs : . . . . . C C C . . C . . . . . . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . AG . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CN**** T*** CG***** G** ATGATG**
originalCons : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGATC---AATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCA-ATGGCG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
finalCons : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGT--TA-TTGACN----ATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTCG-----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTTG--TCAATGATG--TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1111111 111111 111111111111111111 1111111 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 5 444 7777777 3 3 333333 11 1 1 2 2 0 22 4444 2 2 7777 2 2 6666 2 777777777777777777 333 2 0000000 666 4444 333 333 000000 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 7777 1 1 777 7777777 2 3 0 1 0 1 1 0 777777 2 5 1 0
lowQualScore : . ... ....... . . ...... .. . . . . . .. .... . . .... . . .... . .................. ... . ....... ... .... ... ... ...... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . . ... ....... . . . . . . . . ...... . . . .
lowQualScore : 5 888 4444444 1 1 777777 88 5 4 4 7 7 99 2222 1 1 4444 1 1 6666 1 666666666666666666 777 1 9999999 666 5555 777 777 555555 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 7777 0 0 888 6666666 4 6 7 0 7 0 0 9 111111 4 3 4 7
consensus : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGTTATT-GA-C----NATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCAATGATG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
Reference ( family-1407 ) : TTCATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATGTTATT-GA-C----NATG-GAA-GCTCGAACGAGTTCTTGAACCGGCCATATCGGA-CCAGAATGGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGA----TTGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTC-G----CC---T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------G--T------CAG----A-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-C----GTAA----AAG---CTCGGA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTNA------AT--T-G-A-CCA--TA-A-----TCG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GT-A-TA-TGGCCC----TT-GATTGATTGAAAA----AAG-TAAAGCT--G--TTTGCATT---C--AGGCTNCGCC-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTA-CACC-TT---TG-TN--TCCA----ANCNTAACCAAACTT-G-TCAATGATG-TTTA-TGACCATGAAATCTCANACNATTTCTTGAAC---CGGTCAAATTGGACCAGAATGAACAGTAGAGCGATACAGG
gi|1 : ATGTTA------------ATG-GAA-GCTCAAACTAGATCTTGAATTGGCTATATCGGA-TCAG-GTGTACAAA--------------C-TG-AATTGG----T---G-AA-AT----A-CTT------------------A---AA-TCCAG----CC---T----T---GT---A------ATC-AC----T--------------G--T------TTT----A-----AT------TG-T-T----T-----T--AAT-C----ATCA----GAT---CTTAAA-------------------------C---AA---------------AC-T--------TG-TTCA------------G-A-CTA--TT-A-----TTG-
gi|1 : -----A-------TG-T-T---AA-----T--GG---------------AAG---CTCAAA-------------------------C---TA---------------G--A--------TC-TTGA------AT--T-G-G-CTA--TA-------TCG-GA--T----C----A-G---------------------------G----T-----GT-A-CA-AA---C----TG-AATTGGT-GAAAT----ACT-TAAATCC--AGCCTTGTAAT---C--A--CTGT-----TTT-AAT-----TG--T---T-TTA--ATC----------A--TCAG----ATCTTAAACAAACTT-GTTCA--GACT-ATTATTGACAATGTACGCTCGAACTACTTCTTGAAC---AAACCATATAGGACCAACATAGACacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : TCATCAGATCTTAAACAAACTTGTTCAGACTATTATT-GA-C----AATG-TAC-GCTCGAACTACTTCTTGAACAAACCATATAGGA-CCAACATAGACATAAA--CAT---GGTCA-TT-GATTGA----TTTGA-AA-ATGAAGG-CAG------------------G---GT-TTT-G----TC---T----T---GT---G------AGC-AC----T--------------G--T-------AG----C-----A-------CC-T-TTGCAT-----C--GAT-------TAC----ATG---CT--GA-------------------------T---AA---------------GACT--------TCATTAAACTGTTAT--T-G-A-CAA--TA-AAAACTTCATGAGTT----C----ATGA----A-------T----C--------A----A-----TC-A-CATTGAATCTGAATT-GATTGATTTAAAA----AAG-T--CGCT--G--TTTGCCTTGTAC--GGACTGTACCTATTT-AAT-G-----------TGTCA------------------TCGG----AACATGATCAAACTTCA-TCAATG-TG-GT-----ACTATGAATGCTCAAATAGGTTCATGAAC---CGATTATATCGACCCAAAATGAtaaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaaTCATCGGAACATGATCAAACTTCATCA--ATGTGGT---A-C----TATG-AAT-GCTCAAATAGGTTCATGAACCGATTATATCGAC-CCAAAAT-GACCCA-T--TA-------CC-T---ATTGA------GAA-AT-AT----G-TTGT-----------------A---TT-TT--G----CC---T----T---GT---T------AAC-------------------------T------T-G----A-----A-------TG-TCC---AT-----TG-GGT-T----ATAACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA----------------------------C-TGTG------AT--TGG-A-CCAGCTATA-----TTT-GA--C----T----A-GA----A-------TATACA--------G----A-----GT-A--A-CGACCC----TT-AGATGATTG--AG----AAG-T---GCTGGG--GTTGCATT---cccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgtccattgggttataaccaaacttggtcagactgtgattggaccagctatatttgactagaatatacagagtaacgacccttagatgattgagaagtgctggggttgcatttgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|1 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgTCCATTGGGTTATAACCAAACTTGGTCAGACTG----T-GA-----------------------------TTGGACCAGCTATATTTGA-CTAGAATATACAGAGT--AAC---GACCC-TT-AGATGA----TTGAG-AA-GT----G-CTGGGGTTGCATTTGTAAATAA---TT-TTC-A----CCGGAT----T---GTGACA------AAC-CC----AT-------------G--T------CAG----G-----A-------TGTT-T---AT---------ATAC----ATAC----AAG---CTCAAA-------------------------T---AA---------------G--T--------TT-TTCA------TT--C-G-ACCCA--T--------TCA-GT--T----CTGAAA-GA----A-------C----G--------A----G-----GT-A--A-TTTCCC----TTAGATT-CTTGAAAA----GAtgtaaataattttcaccggattgtgacaaacccatgtcaggatgtttatatacatacaagctcaaataagtttttcattcgacccattcagttctgaaagaacgaggtaatttcccttagattcttgaaaagaaaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|10 : atgttaatggaagctcaaactagatcttgaattggctatatcggatcaggtgtacaaactgaattggtgaaatacttaaatccagccttgtaatcactgttttaattgttttaatcatcagatcttaaacaaacttgttcagactattattgacaatgtacgctcgaactacttcttgaacaaaccatataggaccaacatagacataaacatggtcattgattgatttgaaaatgaaggcagggttttgtcttgtgagcactgtagcacctttgcatcgattacatgctgataagacttcattaaactgttattgacaataaaaacttcatgagttcatgaatcaatcacattgaatctgaattgattgatttaaaaaagtcgctgtttgccttgtacggactgtacctatttaatgtgtcatcggaacatgatcaaacttcatcaatgtggtactatgaatgctcaaataggttcatgaaccgattatatcgacccaaaatgacccattacctattgagaaatatgttgtattttgccttgttaacttgaatgAGATTTGACAGAGT--TAT---GGCCC-TT-GATTGATCATTTGAA-AA-AT----GTTTG------------------A---AT-TTT-G----TC---T----T---GC---A------AAC-AC----A--------------G--T------GAC----A-----A------------------------------------------------------------------------------------GA---------------G--T--------TT-TTAA------AT--C-G-G-CTG--TA-T-----TTGAGA------------G-GA----A-------T----GGACA----G----A-----GT---TA-TGGCCC----TT-GCTTGATTGAAAA----aaacaggaaaatggttgcctcataataacataa
gi|11 : tCC-TT---TACTA--TCTA----AACCTAACACATCTT-C-CCAGGGATG-TTTA-TGACTATAAACTTTAAAACTGTTTCTTGAAC---TTCTCAGATTTGACTAGAATtgctgatttttgc
gi|12 : tgacttgttaacacaataggacATT-GAA-GCT--AACAAGTTCTTCAATTGACAA-----GA-TTAAAAACAACACAGT--TAT---TTCCCTTT-GA-TGA----TTAAATAA-AA----G-CTA------------------A---TT-TCT-G----TC---C----C---TT---T------AAC-AC----
gi|13 : tgtgtatgtTTCGTCGGATTGTGACCAATATTAGTC-GAATCTTATT-GA-A----CATG-AAA-GCTTGGTCGAGTTTTT-ATTCGGCAATAaat
gi|14 : gcctcgtaaatacaatgacaactttatttACAGAGT--TGG---GGCCA-TT-GATC-ATT--TTGAA-AT-AT----T-TTC------------------A---CT-TTC-A----GC---C----T---AT---A------AAC-AC----
gi|15 : TA-CAGT-TT---T--CA--TCCA----ATCTTTACCAAACTT-C-TCAA-GA-A-TTTA-TGGCCATGGAATCTCATAtatggcaccatcagttttgtttgattctgatgaaacttggtgag
gi|16 : ctataatacATATCAGA-CCAAAATTGACTGAGT--TAT---GGCCT-TT-GATTGA----CTAAA-AA-TT----G-TTG------------------AAAGTTATTT-G----CCAA-T----G---GT---A------Atacaggccctatattga
gi|17 : gtGGA-CATGAATGGACAGAGTATTACAAAGATTC-TT-GATTGG----TTGAA-AA-CT----G-CTG------------------A---TT-GTC-G----CC---T----T---AT---A------AAC-Attagt
gi|18 : aatTTCTTGAACTACCAGCTAAAT-GGACCACAATGAGAAGTAGAGCAATACAGGttgtaa
gi|19 : ACC-TTCAGTG-TTCATCCA----ATCGTAACCAAACTT-G-TCAATGGTG-TTGA-CGAtccaat
gi|2 : TAACCAAACTTGGTGAAAATGCTATT-GA-C----TATA-AAA-ACTCGGAAGGGCGCTTGAACTGGCAAGATGGTA-TTTAAATGGACAAAGT--TAT---GGGTC-TT-GCCCGA----TTGAA-AA-GT----T-CTG------------------A---GT-GT--G----CC---T----TTAAAT---ACTAT--AAC-AC----G--------------T--T------CAG------------------TG-T-TC--ATC----T--GAT-T----GTGACC--AAA---CTTGGT-------------------------CA--GA---------------A--TGTTATTGATT-TTAA------ATG-T-GTA-GC---TA-AGT---TTG-TA--T----G----A-CA----AT------T----G--------GC---A-----GC-GTTA-TGACCC----TT-GATCGATCGCAAA----
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagacTTCATCTGATTGTGACCAAACTTGGTCAGAATGTTATT-GA-TTTTAAATGTGTA-GCT-----AAGT--TTG---------TAT--GA-C---AATTGGCAGCGT--TAT---GACCC-TT-GATCGA----TCGCA-AATATA---A-CTA------------------A---TT---------------T----T---GT---A------AAC-AC----G--------------GTAT------CAGTCTAA-----A-------TA-TCT---AA-----TCAGAT-C----TTGACC--GAA---CTTGGA-------------------------C---AATGGAAACTTGAAAATG--T--------TC-CTCA------AC--C-G-T-CCA--T--A-----TCG-TA--C----T----A-TA----A-------T------------------------GC-T-TA-TGGCCT----TC-GATTGATTGAAAC----A-----------------TGCAT--------AGTTTCACC-TTTTGGAC-ACTGTATC-----G-----ACC-TT---AG-TT--TTGATTGGACCGTAATCAAACTC-G---GAT--TG-TTAA-TAGGCATCAATGCTCAAACGAGGTCTTCAAA---TGACCAGATTAGATCAGAA--AACA-CAGAGtataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaatcagatcttgaccgaacttggacaatggaaacttgaaaatgttcctcaaccgtccatatcgtactataatgcttatggccttcgattgattgaaacatgcatagtttcaccttttggacactgtatcgaccttagttttgattggaccgtaatcaaactcggattgttaataggcatcaatgctcaaacgaggtcttcaaatgaccagattagatcagaaaacacagagttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|2 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgATCAGATCTTGACCGAACTTGG---------------A-C----AATG-GAA-ACTTGAAAATGTTCCTCAACCGTCCATATCGTA-CTATAATG--C----T--TAT---GGCCT-TC-GATTGA----TTGAA-AC-AT----G-CAT------------------A---GT-TTC-A----CC---T----T---TT---G------GAC-AC----T--------------G--TATCGACCTT----A-----G-------TT-T-TG--AT-----TG-GAC-C----GTAATC--AAA---CTCGGATTGTTAATAGGCATCAATGCTCAAAC---GA---------------G--G--------TC-TTCA------AA--T-G-A-CCA---G-A-----TTA-GA--T----C----A-GAAAACA-------C----A--------G----A-----GT---TA-TTTCCC----TT-GGCTTATTAAAAT----A----AAAACT--A--TTTGC-T---------GCCTCG---A--T-AGC-ACCATGCTTGAACGTT--CA-G-TT---TG-TG--CCCA----AACATAACAAAAC-----TCTATAATA-TTTA-TGAGCATTGAATGTCAGACTGTTTCTTGAGC---CGGTAAAATTGAATTAGAATGCACTGTGAAGCGATACAGGttatttcccttggcttattaaaataaaaactatttgctgcctcgatagcaccatgcttgaacgttcagtttgtgcccaaacataacaaaactctataatatttatgagcattgaatgtcagactgtttcttgagccggtaaaattgaattagaatgcactgtgaagcgatacaggtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|3 : cacgattcgttttcattcaagactaaccaaacttggtgaaaatgctattgactataaaaactcggaagggcgcttgaactggcaagatggtatttaaatggacaaagttatgggtcttgcccgattgaaaagttctgagtgtgcctttaaatactataacacgttcagtgttcatctgattgtgaccaaacttggtcagaatgttattgattttaaatgtgtagctaagtttgtatgacaattggcagcgttatgacccttgatcgatcgcaaatataactaattttgtaaacacggtatcagtctaaatatctaCAGATCATGATTAATCTTGGTCAGAAGGCTATTTGA-T----TATG-AAA-GCCTGAAAGAGAATTTGAACTGGCCAGATTGGA-TCAGGATGAACAGAGT--TAC---GGCCC-TT-GATTGA----TGGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TT-TTA-GTATTCA---T----T----T---G------ACC-AA----G--------------A--T------T-T----A-----ACTT----TG-T-C---ATATTTAT--AAT-C----ATAA----AAA---CT---------------------------------GA---------------G--T--------TTATGCA------A-------A-CCA--T--------TCA-GA--CCATTC----A-GAC---A-------T----GAAACAACAG----A-----GT---TA-TTGCCC----TT-GAAT--TTGAAAA----AA---AAA--T--A--TCTGC------------CTCTG-----TT-AAT-GTTA------------A------TT---T--TA--TTTA----ATCCTAACCAAATAT-G-TTTAGGGTT-TTTA-TGACCATGAAATATCAGACAATTTATTTAAC---CTGTCAAATTGATCCACATTGAACAGTATAGCAATGCAGGtacttgtagtcctcttgttacacgctgatggacaat
gi|4 : TTCATCAGGTTATGACCAAACTTAGTCAGAATGTTAGT-GATC----AATG-AAACACTCTAATGAATTCTTCAATCAGTCATACCAGA-CCTGAATGGACAGAGT--TAT---GACCC-TT-GATTGA----CTGAA-AA-AT----A-CAG------------------G---TT-TTT-G----CC---T----C---GT---A------AAC-TT----G--------------G--T------CAG----G-----A-------TG-T-T---AT-----T--GAT-T----GTAA----AAG---CTTGAA-------------------------C---GA---------------G--T--------TC-TTTA------AC--T-G-A-CCAT-TA-A-----TTG-GA--C----C----A-GA----A-------T----G--------G----A-----GTAA-TA-TGGCCC----TT-GATTGACTGAAAA----AAGTTAAAGATTGG--CTTGTATT---CTTAAACTTTGTT-ATTT-AAT-ATTATGCCT---TGTTAGCACCGTT---TG-TT--TCCA----AATGTAACCAAACTT-G-TCAACGACA-TTAA-TGATCATAAAATTTCACACTATTTCTTGAAC---TGATCAAATTGGACTAGAATGTGAAGTAGAGCGATACCGGctctcactacccctttgttttacttaaattctgaagttaagatttggttctttgaacatttgacaa
gi|5 : ATGGACAGAGT--TGT---GGTC--TT-GATCGC----TTGAT-AA-AT----A-CTG------------------A---TT-TTT-G----CC---T----T---GT---AAACACCAAT-AC----C--------------T--C------TAG----G-------------TT-T-C---AT-----TA-GAT-CACAAGTAAGGCAAAGATTTTCAGG-------------------------CCTTGA------------------C--------AC-TCAG------ATGCT-T-A-TCA--TA-AGA---TCC-AA--T----C----A-GA----C-------T----A--------G----ATACCAGT-T-TA-TG-CCC----TA-GAATGATTGAAAAGGCTAAT-TAAAA----G--TTTCTAT----C--AGGTAACGCC-ATAG-AATGATTCAACCT---T-----CACT-TT---T--TG--TCAA----TGCCTAACCAAACTT-T-TCA-T-ATG-TGTA-TGATCTTTAAATCTCATGCTTTTTTGTGAAT---CTGTCAAATTGAACCAGAATGGATAATTGCGTAATACAGGgcaaacaatacaggc
gi|6 : TTGAATCTTAATTGAATATGGTAAAAAAGTTGTT-GC-T----TATG-GAA-G---------ATT-TTGCAGCAGCCATATCAGA-CCAAAATGGACAGGCT--TAC---GGTCT-TT-GACAGA----TAGAA-TA-AT----G-CAG------------------A---TG-TTT-G----CT---T----T---GT---A------AAT-AC----AATACACCTGTTTTCA--T------CAG----ATTGTGACCAAATTTG-T-T---AT-----T--GAC-A----GTGA----AGG---CCGGGA-------------------------C---AA---------------A--T--------TC-TTGA------AT--T-G-A-CTA--T--A-----TTG-AA--G----C----A-GA----A-------T----G--------GGCACA-----GT---TG-TTGCC---------ATTGGTTGAAAA----Acc
gi|7 : CAGAGT--TAG---TGCTC-TTGGATT-A----TTGAA-AA-CT----A-CCG------------------G---GA-TTA-G----CT---A----T---GC---A------AAC-AC----tgct
gi|7 : ag--TCCA----GTCCTGACCAAACTT-G-TCAATGGTGTTTTA-TGACCATGGAATATTGTACGAATTCCTGGAT---TGACCAAATGTAACC-GAATG----GTAGAGCAATACtatagtgaattcagttatcatccagtcctgaccaaacttgtcaatggtgttttatgaccatggaatattgtacgaattcctggattgaccaaatgtaaccgaatggtagagcaatactgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|8 : agcagagttagtgctcttggattattgaaaactaccgggattagctatgcaaacactatagtgaattcagttatcaTTGGA-CCAGAATGGA----GT--TAT---GGTCC-TT-GATTAG----TAGAA-AA-AT----G-CTG------------------A---TG-TTT-G----CC---T----A---GT---A------TAT-ACATGTG--------------T--T------TAC----A-----C-------TG---T---AT-----T--GAT-T----------------------GA-------------------------C---AA---------------T--T--------TT-TTTA------AT--T-G-G-CTA---A-A-----TCG-GA--C----A----A-GA----ATAAACAGT----A--------G----A-----GCGA-TA-TGGTTT----TT-GATCAGTTGtgaccctggtagggactattctatcatgtgtcgtttagacatttttttatattgaagtttgttactttacgtatgaca
gi|9 : gaatggagttatggtccATCATGACCAAACTTGGTGAGAATGTTGCT-CA-T----CATA-GAA-ACTCAGACGAGTTTTTCAATTTGCCAGATCGGATCCTGAATGGTTAGAGT--TGT---GGCCC-TT-GATTG-----TTTAC-AA-AT----G-CTT------------------A---TT-TCT-GTGT-CC---TTAACT---AT---A------GACTAT----GGT------------G--T------TAG----A-----C-------TG-T-T---tagagattgatctcttaacaatttttgataactgctttgtt