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gi|32 : ttTG-CAGTGTAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAA
gi|33 : TT-TAGAGAATGTAAACTTA-TTAACACATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTATAAC
gi|34 : TAATGC--GT-CAT--------ATA--------C--------GCAGACACGCATCTTATCTGGGGCTCT
gi|4 : TATTTACGCAGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTT-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATATAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAACTCATTGCTTATGTGTAATTGATATGCACGTAAAACAAA-TCTGGTGCGTATTCACCAAATTTTAATGC--GT-CAT--------AAA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGAGCTCT
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gi|6 : TATTTACGCAGACAAGTCA--ATAAA---T---TA-GTG-CAATAAAGATCGATTTT-CAGAGGATATAAACTTA-TTTACGCATATTAAAATTGTTTT--AA--GCATAAAACTAGCTGTTTATGCGTAATTGATACGCACGTTAAGCAAA-TCTGATAAGTATCTACCAATTTTTAAGGC--GT-CAT--------ATA--------C--------AG--------ATCTTATCTTGGG
gi|7 : TATTTATGCGGATAAGTCA--AGAAA---C---TA-GT------GAAGATTAATTTT-CAGAGAATTTAAACTTA-TTTACATATATAAAAATTTATTT--TA--GCATAAAACTCGTTGCTTATGCATAATTGATACACACGTAAAATAA---CTTATGCATATCCACCAATTTTTAATGT--GT-CGTTGACGTAGATA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGGt
gi|8 : TATTTATGC---TAAGTTA--A--AAAAAT---TA-GTG-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GTGTAAAACTTGTTGCTTATGTGTAATTGATATGCACGTAAAACAAA-TTTGGTGCATA-----------TTAATGT--GT-CATATACGCAGATA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGAGCTCTa
gi|9 : ATTTACCTGGATAAGTTA--A--AAAA-T---AA-GTC-CAATGAAGATCGATTTT-TAGAGAATGTGAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GTGTAAAACTCGTTACTTATGCGTAATTAATACGCACGTAAAACAAA-TCTGGTGTGTATAGACAAA-TTTTAATTT--GT-CAT--------ATA--------C--------GC--------ATCATATCTGGAG
blockSeqs : . GC AAA AAA T TGC C G A . . T T AG A ATAAACAG CGCAGATAA AAATACAA
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blockSeqs : . GA AA . . GA C . . . . . T . . . C .
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blockSeqs : . . . . . GC C . . . .
blockSeqs : . . . . . CC C . . . .
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blockSeqs : . . . . . A C . . . .
blockSeqs : . C . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ** ** ** C****************
originalCons : TATTTACGCGGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTN-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAACTCGTTGCTTATGCGTAATTGATACGCACGTAAAACAAA-TCTGATGCGTATCCACCAATTTTTAATGC--GT-CAT--------ATA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGGGCTCT
finalCons : TATTTACGCGGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTN-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAACTCGTTGCTTATGCGTAATTGATACGCACGTAAAACAAA-TCTGATGCGTATCCACCAATTTTTAATGC--GT-CAT--------ATAC----------------GC--------ATCTTATCTGGGGCTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): AANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAA
Alignments
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lowQualScore : .. .. ... ... . ... . . . .. .. . . . .. . ........ ................. ........
lowQualScore : 22 66 000 888 6 777 9 4 4 99 99 4 9 8 22 4 11111111 11111111111111111 11111111
consensus : TATTTACGCGGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTN-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAACTCGTTGCTTATGCGTAATTGATACGCACGTAAAACAAA-TCTGATGCGTATCCACCAATTTTTAATGC--GT-CAT--------ATA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGGGCTCT
Reference ( family-1374 ) : TATTTACGCGGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTN-CAATGAAGATCGATTTT-CAGAGAATGTAAACTTA-TTTACGCATATAGAAATTGATTT--TA--GCGTAAAACTCGTTGCTTATGCGTAATTGATACGCACGTAAAACAAA-TCTGATGCGTATCCACCAATTTTTAATGC--GT-CAT--------ATA--------C--------GC--------ATCTTATCTGGGGCTCT
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gi|11 : ta-CAGAGAATTTAAACTAA-TTTACTCATATAAAAATTGATTT--TA--GCATAAAACTCATTGCTTAAGCGTAATTGATGCGTAGATAAAACAA---CTTAAGTGTATCCACCAATTTTTAATGC--AT-CAT--------ATA--------C--------CCAAATACAAATCTTATTTG
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gi|21 : tTATTTACGCGGATAAGTTA--A--AA---T---TA-GTG-GAATGAAGATCAATTTT-CAGAGAATGTAAACTTT-TTTACACATATAGAAATTGATTT--TA--GCGT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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