lowQualScore : 1111 22222 111111111111 111111 666666666666666666666666666666 11111111111 111111111111111111111111111111 11111111 111111 11111111111111111 11 111111111 111111
lowQualScore : 777 1111 3 5555 2 33 00000 2 1 2 2 777777777777 777 555555 44 111111111111111111111111111111 999 666666 2 11111111111 777777777777777777777777777777 1 77777777 22 3 00000000 1 44 555555 333 22222222222222222 1 33 2 33 888888888 222222 33 44 8 4
lowQualScore : ... .... . .... . .. ..... . . . . ............ ... ...... .. .............................. ... ...... . ........... .............................. . ........ .. . ........ . .. ...... ... ................. . .. . .. ......... ...... .. .. . .
lowQualScore : 888 4444 1 3333 5 44 66666 5 7 5 5 777777777777 888 444444 22 555555555555555555555555555555 888 888888 4 22222222222 333333333333333333333333333333 7 66666666 00 0 22222222 6 66 444444 000 22222222222222222 7 11 2 11 999999999 333333 99 22 2 0
consensus : ATAA---AAT----A-AAAAAAA----A-GTTGGAG--GGNG--AG-GGTG-TCTTGGGG-TT-----------GGTAACAAA---GTTG------AAA--AG-------GG-------------AC---TT-AA--NACAGAA------C-A-----------AA--NT----T----T-------T--A-----A-GAAAA----C---A--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--GGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATAGTATTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-NAAA---TTNA--AAA--AAAAAAANAATNGAAA
Reference ( gi|7 ) : ATAA---AAT----A-AAAAAAA----A-GTTGGAG--GGAG--AG-GGTG-TCTTGGGG-TT-----------AGTAACAAA---GTTG------AAA--AG-------GG-------------AC---TT-AA--TACAGAA------C-A-----------AA--TT----T----T-------T--A-----A-GAAAA----C---A--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--GAT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCT-GAATAGTATTAAATTT-AAAAC--AAAA------T-TAAA---TTGA--AAA--AAAAAAAGAATTGAAA
gi|4 : ATAC---AAT----A-AAAAAAA----A-ATTAGAG--GGAG--AG-TGTG-TCTTAGGG-TT-----------GGTAATAAA---GTTG------AAA--AG-------GAACAGTGTATCT--AC---TTAAA--TACAGAA------C-A-----------CA--AT----T----T-------T--A-----A-AAAAA----C---A--A-TTGGAAG--------T-AGT--GGG-G--G-T---CTTTGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGG--TAGAATAGTATTTAATTT-GAAAT--AAAA------CATACA---TTAA--AAG--AAAAAA
gi|8 : aATAC---AAT----A-AAAAAA-------GTTTGAG--GG-------GATG-TCTTCAGG-TC-----------TGTAATAAA---GTTGCAGTTTAAA--AC-------GGCA-----------GT---TT-AA--AACAGAA------C-A-----------AA--TT----A----A----------A-----A-AAAAA----C---ACTA-TCGGATGAC------G-GGTTTGGA-T--GGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACA-GAGTAGTAGTAAATCA-AAAAC--AAAA------C-AAAA---Ttatttaa
gi|5 : ttaATAATTTAAC----A-AAAAAAC----A-ATTGGAG--GGTA--TG-GGTGGTCTTGGGG-TT-----------GGTAACAAAGG-GTCA------GAACTAT-------TG-------------AA---TTAAA--AACAAAA------T-T-----------AA--TT----T----A-------A--A-----A-GAAAA--------A--A-T
gi|3 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATGA---AAT----ATAAAAAAA----A-AATGGAG--AGAN--NN-NNNN-NNNNNNNN-NN-----------NNNNNNNNN---NNNN------NNN--NN-------NN-------------NN---NN-NN--NNNNNNN------N-NNNNNNNNNNNCAA--GT----T----T-------T--A-----A-GAAAA----C---A--A-TTGGAGGCATTGGAGG-GGT--TGGCG--GGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATAGTATTAAAATT-AAAAC--AAAA--------CAAA---TTaataaaaa
gi|18 : taATAC---AAT----G-AAAA--A----A-GTTGGAG--GGGG--AG-TGTG-TTTTGGGG-TT-----------GGTAACAAA---GTTG------AAA--AG-------AG-------------Acataattctataattaa
gi|14 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaatATAA---AAT----A-AAAAAAA----AAGTTGGAG--AAAA--AG-TGTG-CCTTTGGG-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNN--NN-------NN-------------NN---NN-NN--NNNNNNN------N-N-----------NN--NN----N----N-------N--N-----N-NNNNN----C---A--A-TTGGAAG--------G-GGT--GGG-G--G-T---CTTTGGGTTGGTAAAA-----------------AA-Gaaatgt
gi|16 : AA---AAG----A-AAAAAAA----A-GTTGGAG--GGAG--AG-GGTG-TCTTGGGG-TT-----------AGTTACAGA---GTTG------AAA--AG-------GATCC----------AC---TTGAA--TACATAA------C-A-----------AA---A----T----T-------C--A-----A-GAAAA----C---A--G-TTGGAGG--------G-GGGAAGGG-G--G
gi|13 : aaaAA---AATT---A-AAAAAAACAACA-ATTGGAC--GGGT--GG-GGTG-TCTTGGGG-TT-----------GGTAACAAAGGGGCAG------AAT--AGTATT---AA-------------AT---TC-AA--AACAAAA------C-A-----------AAACTTAAAAT----T-------TAAA-----A-GAAAA----A---A--A-ATGGGG----------------AGG-A--GATGTCCTTGGGGTCAGTAACA-----------------AA-G
gi|2 : AA---AATTTTAA-GAAAAAA----A-ATTGGAG--GATGT-GG-GGTG-AATTGGGG-TT-----------GGTAACAAA-----TGGGAC--AGA--AT-------GGTGTTAA-------AT---TT-AA--AACAAAA------C-A-----------AA--AT----T----TAAAAGAAT--AAAG--A-AAAAA----C---A--AGTGGGAGG--------G-GAT--Gttgaaaa
gi|11 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncAC----A-ATAAAAA----A-GTTTGAG--GG-------GATG-TCTTGAAG-TC-----------TGTAACAAA---GTTG------AAT--AG-------GG-------------GCAGTTT-AA--TACAGAA------C-A-----------AA--AT----C----T-------A--A-----A-AAAAAACA-C---A--A-TTGGCTGTT------G-GGT--TAG-AATGGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACC-GAGTAGTATTAAATTT-AAAAC--AAAA------
gi|12 : atT----A-AGAAAAC----A-ATTATAG--GGGG--TGTGGGG-TCTTGGGG-TT-----------GGTAACAAA---Gcaaa
gi|17 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncacaattt-AAGAAAC----A-ATTGAAG--GGGGTGAG-GG-A-TCTTGCGG-TT-----------GGTAACAAA---ATGG------CAA--AATACGATTAA-------------AT---TT-AA--AACAAAA------CAA-----------AA--TT----TAAAAT-------T--A-----A-AGAAA----CAAAA--A-TGGGAGG--------G-Ggggcagaata
gi|19 : -AAAAAAA----A-GTTGGAA--GG-----T-GGTG-TCTTGGGG-TT-----------GGTAACAAA---GTTG------AAA--AG-------GA-------------AA---CA-AAGGGGCAGAATAGTAGT-A-----------AA--TT----T----A-------A--A-----A-CAAAA----C---A--A-Tt
gi|20 : tAAAAAA----A-GTTGGAG--GG-G--TG-GGGG-TCTTGGGG-TT-----------GTTAACAAA---Gatttaaac
gi|21 : acaatAAAA----T-GCAGGAT--GGAA--AG-GGCC-ACTTGGGGGTT-----------GGTAACAAA---GTTG------AAA--AG-------GGGGACAGTGAATCTAC---TTCAA--TACAGAA------C-A-----------AA--gggcagaatagtattaaatttaaatttaaaacaaaacaaaaa
gi|10 : ----A-ATTGGAGCGGGTG--AG-GG-G-TCTTGGGG-TT-----------GGCAACAAA---G
gi|15 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc-------------AT---TT-AA--CACAAGA------C-A-----------AA--CT----T----T-------A--A-----AAGAAAA----C---A--A-ATGGGCG--------A-GGT--GGG------T---CTTTGTGGTGGgggcataatagtatcaaataaaaaaaaa
gi|6 : caaaggggcagaatactattaaatAGAA------C-A-----------AA--AT----T----T-------T--ATAA--A-AAAAA----C---A--A-TTGGAGT--------G-GGT--GG------------------TCGATAATA-----------------AA-GGGGTA-GAATACTATTAAATTT-AAAAC--AAGA------C-AAAA---TTTA--AAG--AAAAAggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|9 : aataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaattttaaaAA------C-A-----------AA--AT----A----T-------T--ATAAAAA-AAAAA----C---A--A-TTGGAGA--------G-GGT--GGC-G--GAT---CTTAAGGTCGATAACA-----------------AA-CGGACA-GAATACTATTAAA
gi|12 : ataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaatttttaaaatA------C-A-----------A----T----T----T-------T--A-----A-GAAAA----C---A--A-TTATAGG--------G-GGT--GTG-G--GGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATA
gi|2 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc------C-A-----------AA--AT----T----T-------T--A-----A-GAAAA----A---A--AATTGGAGG--------A-TGT--GGG-GT-GA----ATTGGGGTTGGTAACA-----------------AATGGGACA-GAATGGTGTTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-AAAA---TTTA--AAA--GAATAAAGAA
gi|22 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT----T----T-------T--A-----A-GAAAA----C---A--A-CTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--G-------TG---------------------------------------GAAT-GTTTTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-AAAA---TTTA--AAA--GAAAAAaaaacaagtgggaggggatg
gi|13 : aa----T-------T--A-----A-AAAAAACAAC---A--A-TTGGACG--------G-G-T--GGG-G--TGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATAGTATTAAATTC-AAAAC--AAAACAAAACT-TAAAAT-TTAA--AAG--AAAAAAA
gi|19 : aaaa-------T--A-----A-AAAAA--------A--G-TTGGAAG--------GTGGT--G--------T---CTTGGGGTTGGTAACAAAGTTGAAAAGGAAACAAA-GGGGCA-GAATAGTAGTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-AATA---TTTA--AAatggggaggagatgtccttggggtcagtaacaaagttgaaaa
gi|11 : --A-----A-TAAAA----A---A--G-TTTGAGG--------G-GAT--G--------T---CTTGAAGTCTGTAACA-----------------AA-G---TT-GAATAGGGGCAG-TTT-AATAC--AGAA------C-AAAA---TCTA--AAA--AAAAACACAATTc
gi|16 : atac--A-----A-AAAAA----A---A--G-TTGGAGG--------G-AGA--GGG-T--G-T---CTTGGGGTTAGTTACA---------------------GAGTT-GAAAAGGATCCACTTG-AATAC--ATAA------C-AAAA---TTCA--AGA--AAAgctgttgggttagaatggtcttggggttggtaacaaagggaccgagtagtattaaatttaaaacaaaacaaa
gi|5 : aaaaaaag--A-----A-AAAAA----C---A--A-TTGGAGG--------G-TAT--GGG-T--GGT---CTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGTCA-GAAC--TATTGAATTA-AAAAC--AAAA------T-T-AA---TTTA--AAA--GAAAAAATAATAAAAAcagttggaggggggaaggggg
gi|17 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataatttaac--A-----A-GAAA-----C---A--A-TTGAAGG--------G-GGT--GAG-G--GAT---CTTGCGGTTGGTAACA-----------------AA-ATGGCA-AAATACGATTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-AAAA---TTTA--AAATTAAAGAAACAA
gi|18 : -GAAAA----A---A--G-TTGGAGG--------G-GGA--GTG-T--G-T---TTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-Gaaatgggaggggt
gi|20 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaatatacaatAAAA----A---A--G-TTGGAGG--------G-G-T--GGG-G--G-T---CTTGGGGTTGTTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATAGTATTAAATTT--------AAAT------T-TAAA---ACAA--AAC--AAAAAttgaaaagagaaaatgt
gi|1 : acaata----C---A--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGA-G--GGT---CTTGGGTTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCA-GAATAGTTTTAAATTT-AAAAC--AAAA------C-AAAA-----GA--AAA--AAGAAAAAAA
gi|10 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----C---A--A-TTGGAGC--------G-GGT--GAG-G--GGT---CTTGGGGTTGGCAACA-----------------AA-GGGGCA-TAATAGTATCAAA--T-AAAAA--AAAA------aatgggcgaggggtgtaaggggggtgggggtggggtagtcattggtgtcagt
gi|24 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-G--GGT---CTTTGAGTTGGTAACA-----------------AA-GAGGCA-AAGTATTAATAAATTTAAAAAC--AAAA------T-TAAA------A--AAA--A
gi|23 : GGTTGTTAGCA-----------------AA-GGGGCT-GAGTTGTATTAAATTT-AAAACTTGAAA------T-TGGACTTTTGATTAAA--AAt
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111111 4444444444444444444 1 11111111111 111111111111111 11111111 11111111111111111
lowQualScore : 4 4 8888 4 4 999 4 99999999999 777 111111 9999999999999999999 555 0 1 0 11111111111 3 333333333333333 2 22 333 22 1 22222222 1 22 0 1 22 22222222222222222 1 666666 22 55 1 888888 44 6 1
lowQualScore : . . .... . . ... . ........... ... ...... ................... ... . . . ........... . ............... . .. ... .. . ........ . .. . . .. ................. . ...... .. .. . ...... .. . .
lowQualScore : 4 4 5555 0 0 888 0 00000000000 000 555555 5555555555555555555 888 0 0 8 99999999999 4 444444444444444 2 99 333 66 9 11111111 9 66 2 8 55 77777777777777777 8 111111 99 99 0 888888 66 6 0
consensus : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGA-GGGAGAGGGTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAATTTA------AAA--GAAAAAANAATGGAAA
Reference ( family-1365 ) : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGA-GGGNGAGGGTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AANTTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-NAAATTNA------AAA--AAAAAAANAATNGAAA
gi|1 : ---CA--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGA-G--GGTCTTGGGTTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTT------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAAGAAA------AAA--GAAAAAAAAATG
gi|10 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---CA--A-TTGGAGC--------G-GGT--GAG-G--GGTCTTGGGGTTGGCAACA-----------------AA-GGGGCATAATAGTA------TCAA--A--TAAAAAAAAAgcgaggggtgtaaggggggtgggggtggggtagtcattggtgtcagt
gi|11 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-A-ATAAAAA----A-GTTTGA-GGG----GATGTCTTGAAG-TCT-----------GTAACAAA---GTTG------AATAG----GG-------------GCAGTTT-AATACAGAACA-----------AAATCT----A----A-----A-AAAA--AACACA--A-TTGGCTGTT------G-GGT--TAG-AATGGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACCGAGTAGTA------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAA
gi|12 : atCA-----------CAATTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-TTATAGG--------G-GGT--GTG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATA
gi|13 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----------AAATTA----A----A-----A-AAAACAA---CA--A-TTGGACG--------G-G-T--GGG-G--TGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAA--ATTCAAAACAAAAC-AAAACTTAAAATTTAAA--AGAAAAAAAATG
gi|13 : AAAATTA-AAAAAAACAACA-ATTGGACGGGTG-GGGTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTATTAA-------------AT---TC-AAAACAAAACA-----------AAACTTAAAATTTAAA-----A-GAAA--A---AA--A-ATGGGGA--------G-G----AGA-T--GTCCTTGGGGTCAGTAACA-----------------AA-Gggaggagatgtccttggggtcagtaacaaagttgaaaa
gi|14 : ATAAAAT-A-AAAAAAA----AAGTTGGA-GAAAAAGTGTGCCTTTGGG-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNN-----------NNNNNN----N----N-----N-NNNN--N---CA--A-TTGGAAG--------G-GGT--G-G-G--GGTCTTTGGGTTGGTAAAA-----------------AA-Gttgaaaa
gi|15 : CA-----------------AA-GGGGCAGAATACTA------TTAAATATTTAACACAAGAC-AAACTTTA------AAA--GAAAACA-AATG
gi|15 : -------------AT---TT-AACACAAGACA-----------AACTTT----A----A-----AAGAAA--A---CA--A-ATGGGCG--------A-GGT------G--GGTCTTTGTGGTGGgcgaggtgggtctttgtggtggggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|16 : caaaggggcagaatactattaaatAAAAG-A-AAAAAAA----A-GTTGGA-GGGAGAGGGTGTCTTGGGG-TTA-----------GTTACAGA---GTTG------AAAAG----GATCC----------AC---TTGAATACATAACA-----------AAA-TT----C----A-----A-GAAA--A---CA--G-TTGGAGG--------G-GGG--AAG-G--GGggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|17 : aaa----A-----A-GAAA------CA--A-TTGAAGG--------G-GGT--GAG-G--GATCTTGCGGTTGGTAACA-----------------AA-ATGGCAAAATACGA------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAATTTA------AAATTAAAGAAACAAg
gi|18 : ATACAAT-G-AAAA--A----A-GTTGGA-GGGGGAGTGTGTTTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----AG-------------Aaaatgggaggggt
gi|19 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaat----T----A-----A-AAAA--A----A--G-TTGGAAG--------GTGGT--G--------TCTTGGGGTTGGTAACAAAGTTGAAAAGGAAACAAA-GGGGCAGAATAGTA------GTAA--ATTTAAAACAAAAC-AATATTTA------AAaaatgt
gi|2 : CA-----------AAATTT----T----A-----A-GAAA--A---AA--AATTGGAGG--------A-TGT--GGG-G--TGAATTGGGGTTGGTAACA-----------------AATGGGACAGAATGGTG------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAATTTA------AAA--GAATAAAGAAc
gi|20 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAA--A---AA--G-TTGGAGG--------G-G-T--GGG-G---GTCTTGGGGTTGTTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTATTAAATTTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAAaaaacaagtgggaggggatg
gi|21 : acaataAAAA----T-GCAGGA-TGGAAAGGGCCACTTGGGGGTTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GGGGACAGTGAATCTAC---TTCAATACAGAACA-----------AAa
gi|22 : AATTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-CTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--G----------TGG--------------------------------AAT-GTT------TTAA--ATTTAAAACAAAAC-AAAATTTA------AAA--GAAAAA
gi|23 : GGTTGTTAGCA-----------------AA-GGGGCTGAGTTGTA------TTAA--ATTTAAAAC
gi|24 : a-G--GGTCTTTGAGTTGGTAACA-----------------AA-GAGGCAAAGTATTA------ATAA--ATTTA----AAAAC-AAAATTAA------AAA--AAAttgaaattggacttttgattaaaaa
gi|3 : ATGAAAT-ATAAAAAAA----A-AATGGA-GAGANNNNNNNNNNNNNNN-NNN-----------NNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-TTGGAGGCATTGGAGG-GGT--TGGCG--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAA--AATTAAAACAAAAC--AAATTCA------TAA--t
gi|4 : taATACAAT-A-AAAAAAA----A-ATTAGA-GGGAGAGTGTGTCTTAGGG-TTG-----------GTAATAAA---GTTG------AAAAG----GAACAGTGTATCT--AC---TTAAATACAGAACA-----------CAATTT----T----A-----A-AAAA--A---CA--A-TTGGAAG--------T-AGT---GG-G--GGTCTTTGGGTTGGTAACA-----------------AA--GGGTAGAATAGTA------TTTA--ATTTGAAATAAAACATACATTAA------AAG--AAAAAAttctataattaa
gi|5 : aCA-----------TAATTTAA--C----A-----A-AAAA--A---CA--A-TTGGAGG--------G-TAT--GGG-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGTCAGAAC--TA------TTGA--ATTAAAAACAAAAT-T-AATTTA------AAA--GAAAAAATAATAAAAAtatttaa
gi|6 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TT-AAAA--GAACA-----------AAATTT----T----ATAA--A-AAAA--A---CA--A-TTGGAGT--------G-GGT--GG---------------TCGATAATA-----------------AA-GGGGTAGAATACTA------TTAA--ATTTAAAACAAGAC-AAAATTTA------AAG--AAAAA
gi|7 : aataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaattATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGA-GGGAGAGGGTGTCTTGGGG-TTA-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AATACAGAACA-----------AATTTT----T----A-----A-GAAA--A---CA--A-TTGGAGG--------G-GGT--GGG-G--GATCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCTGAATAGTA------TTAA--ATTTAAAACAAAAT-TAAATTGA------AAA--AAAAAAAGAATTGAAA
gi|8 : ATACAAT-A-AAAAAA-------GTTTGA-GGG----GATGTCTTCAGG-TCT-----------GTAATAAA---GTTGCAGTTTAAAAC----GGCA-----------GT---TT-AAAACAGAACA-----------AA-TTA----A----A-----A-AAAA--A---CACTA-TCGGATGAC------G-GGTTTGGA-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACAGAGTAGTA------GTAA--ATCAAAAACAAAAC-AAAAT
gi|9 : tta---TT-AAAATA--ACA-----------AAATAT----T----ATAAAAA-AAAA--A---CA--A-TTGGAGA--------G-GGT--GGC-G--GATCTTAAGGTCGATAACA-----------------AA-CGGACAGAATACTA------TTAA--A
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 111111 5555555555555555555 11111111111 1111111111111111 11111111 11111111111111111 1
lowQualScore : 4 4 7777 3 44 3 3 77777777777 222 000000 4444444444444444444 555 9 1 1 11111111111 7777777777777777 2 22 22 333 22 1 22 11111111 1 1 55 1 22 22222222222222222 1 666666 33 8888888 88888 0
lowQualScore : . . .... . .. . . ........... ... ...... ................... ... . . . ........... ................ . .. .. ... .. . .. ........ . . .. . .. ................. . ...... .. ....... ..... .
lowQualScore : 4 4 7777 6 77 6 6 33333333333 777 555555 2222222222222222222 444 2 0 2 22222222222 0000000000000000 1 88 88 222 55 8 55 66666666 8 8 00 7 44 77777777777777777 8 111111 11 1111111 33333 8
consensus : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
Reference ( family-1365 ) : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
gi|1 : ---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGA-G--GGTCTTGGGTTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAGAAA-----AAAGAAAAAAAAATGG
gi|1 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----A-ATTGGAGGGGGTGGAGGGTCTTGGGT-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTTTTAA-------------AT---TT-AAAACAAAACA-----------AAA--------GAAAAA-----A-GAAAAA--A---AA--A-TGGGCGAGG--------G-GTGTAAGGG-G--GG---TGGGGGTGGgcgaggggtgtaaggggggtgggggtggggtagtcattggtgtcagt
gi|10 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---CA--A-TTG--GAGC--------G-G-GT--GAG-G--GGTCTTGGGGTTGGCAACA-----------------AA-GGGGCATAATAGTA------TCAAA----TAAAAAAAAAggtagtcattggtgtcagt
gi|11 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-A-ATAAAAA----A-GTTTGAGGG----G-ATGTCTTGAAG-TCT-----------GTAACAAA---GTTG------AATAG----GG-------------GCAGTTT-AATACAGAACA-----------AAATCT----A-----A-----A-A--AAA--AACACA--A-TTG--GCTGTT------G-G-GT--TAG-AATGGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACCGAGTAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAA
gi|12 : atCA-----------CAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTA--TAGG--------G-G-GT--GTG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATA
gi|13 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----------AAATTA----A-----A-----A-A--AAACAA---CA--A-TTG--GACG--------G-G--T--GGG-G--TGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TCAAAACAAAACAAAACTTAAAATTTA-----AAAGAAAAAA-AATGG
gi|13 : AAAATTA-AAAAAAACAACA-ATTGGACGGGTGGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTATTAA-------------AT---TC-AAAACAAAACA-----------AAACTTAAAATTTAA-A-----A-G--AAA--A---AA--A-ATG--GGGA--------G-G-----AGA-T--GTCCTTGGGGTCAGTAACA-----------------AA-Gggaggagatgtccttggggtcagtaacaaagttgaaaa
gi|14 : ATAAAAT-A-AAAAAAA----AAGTTGGAGAAAAAGT-GTGCCTTTGGG-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNN-----------NNNNNN----N-----N-----N-N--NNN--N---CA--A-TTG--GAAG--------G-G-GT--G-G-G--GGTCTTTGGGTTGGTAAAA-----------------AA-Gttgaaaa
gi|15 : CA-----------------AA-GGGGCAGAATACTA------TTAAATATTTAACACAAGAC-------AAACTTTA-----AAAGAAAACA-AATGG
gi|15 : -------------AT---TT-AACACAAGACA-----------AACTTT----A-----A-----AAG--AAA--A---CA--A-ATG--GGCG--------A-G-GT------G--GGTCTTTGTGGTGGgcgaggtgggtctttgtggtggggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|16 : caaaggggcagaatactattaaatAAAAG-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTTACAGA---GTTG------AAAAG----GATCC----------AC---TTGAATACATAACA-----------AAA-TT----C-----A-----A-G--AAA--A---CA--G-TTG--GAGG--------G-G-GG--AAG-G--GGggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|17 : aaa-----A-----A-G--AAA------CA--A-TTG--AAGG--------G-G-GT--GAG-G--GATCTTGCGGTTGGTAACA-----------------AA-ATGGCAAAATACGA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTAAAATTAAAGAAACAAAAATGGGAg
gi|18 : ATACAAT-G-AAAA--A----A-GTTGGAGGGGGAGT-GTGTTTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----AG-------------Aggggt
gi|19 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaat----T-----A-----A-A--AAA--A----A--G-TTG--GAAG--------GTG-GT--G--------TCTTGGGGTTGGTAACAAAGTTGAAAAGGAAACAAA-GGGGCAGAATAGTA------GTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AATATTTA-----AAaaatgt
gi|2 : CA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---AA--AATTG--GAGG--------A-T-GT--GGG-G--TGAATTGGGGTTGGTAACA-----------------AATGGGACAGAATGGTG------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAATAAAGAAc
gi|20 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--AAA--A---AA--G-TTG--GAGG--------G-G--T--GGG-G---GTCTTGGGGTTGTTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTATTAAATTTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAaaaacaagtgggaggggatg
gi|21 : acaataAAAA----T-GCAGGATGGAAAGG-GCCACTTGGGGGTTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GGGGACAGTGAATCTAC---TTCAATACAGAACA-----------AAa
gi|22 : AATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-CTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--G----------TGG--------------------------------AAT-GTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAA
gi|23 : GGTTGTTAGCA-----------------AA-GGGGCTGAGTTGTA------TTAAAT--TTAAAAC
gi|24 : a-G--GGTCTTTGAGTTGGTAACA-----------------AA-GAGGCAAAGTATTA------ATAAAT--TTA----AAAAC-------AAAA-TTA-----AAAAAAAttgaaattggacttttgattaaaaa
gi|3 : ATGAAAT-ATAAAAAAA----A-AATGGAGAGANNNN-NNNNNNNNNNN-NNN-----------NNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGGCATTGGAGG-G-GT--TGGCG--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAA--TTAAAACAAAAC-------AAAt
gi|4 : taATACAAT-A-AAAAAAA----A-ATTAGAGGGAGAGT-GTGTCTTAGGG-TTG-----------GTAATAAA---GTTG------AAAAG----GAACAGTGTATCT--AC---TTAAATACAGAACA-----------CAATTT----T-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAAG--------T-A-GT---GG-G--GGTCTTTGGGTTGGTAACA-----------------AA--GGGTAGAATAGTA------TTTAAT--TTGAAATAAAAC-------ATACATTA-----AAAGAAAAAATttcataattctataattaa
gi|5 : aCA-----------TAATTTAA--C-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-T-AT--GGG-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGTCAGAAC--TA------TTGAAT--TAAAAACAAAAT--------TAATTTA-----AAAGAAAAAATAATAAAAAtttaa
gi|6 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TT-AAAA--GAACA-----------AAATTT----T-----ATAA--A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGT--------G-G-GT--GG---------------TCGATAATA-----------------AA-GGGGTAGAATACTA------TTAAAT--TTAAAACAAGAC-------AAAATTT------AAAGAAAAA
gi|7 : aataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaattATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AATACAGAACA-----------AATTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GATCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCTGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAT-------TAAATTGA-----AAAAAAAAAAGAATTGAAA
gi|8 : ATACAAT-A-AAAAAA-------GTTTGAGGG----G-ATGTCTTCAGG-TCT-----------GTAATAAA---GTTGCAGTTTAAAAC----GGCA-----------GT---TT-AAAACAGAACA-----------AA-TTA----A-----A-----A-A--AAA--A---CACTA-TCG--GATGAC------G-G-GTTTGGA-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACAGAGTAGTA------GTAAAT--CAAAAACAAAAC-------AAAAT
gi|9 : tta---TT-AAAATA--ACA-----------AAATAT----T-----ATAAAAA-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGA--------G-G-GT--GGC-G--GATCTTAAGGTCGATAACA-----------------AA-CGGACAGAATACTA------TTAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 111111 5555555555555555555 11111111111 1111111111111111 11111111 11111111111111111 1
lowQualScore : 4 4 7777 3 44 3 3 77777777777 222 000000 4444444444444444444 555 9 1 1 11111111111 7777777777777777 2 22 22 333 22 1 22 11111111 1 1 55 1 22 22222222222222222 1 666666 33 8888888 88888 0
lowQualScore : . . .... . .. . . ........... ... ...... ................... ... . . . ........... ................ . .. .. ... .. . .. ........ . . .. . .. ................. . ...... .. ....... ..... .
lowQualScore : 4 4 7777 6 77 6 6 33333333333 777 555555 2222222222222222222 444 2 0 2 22222222222 0000000000000000 1 88 88 222 55 8 55 66666666 8 8 00 7 44 77777777777777777 8 111111 11 1111111 33333 8
consensus : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
Reference ( family-1365 ) : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
gi|1 : ---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGA-G--GGTCTTGGGTTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAGAAA-----AAAGAAAAAAAAATGG
gi|1 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----A-ATTGGAGGGGGTGGAGGGTCTTGGGT-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTTTTAA-------------AT---TT-AAAACAAAACA-----------AAA--------GAAAAA-----A-GAAAAA--A---AA--A-TGGGCGAGG--------G-GTGTAAGGG-G--GG---TGGGGGTGGgcgaggggtgtaaggggggtgggggtggggtagtcattggtgtcagt
gi|10 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---CA--A-TTG--GAGC--------G-G-GT--GAG-G--GGTCTTGGGGTTGGCAACA-----------------AA-GGGGCATAATAGTA------TCAAA----TAAAAAAAAAggtagtcattggtgtcagt
gi|11 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-A-ATAAAAA----A-GTTTGAGGG----G-ATGTCTTGAAG-TCT-----------GTAACAAA---GTTG------AATAG----GG-------------GCAGTTT-AATACAGAACA-----------AAATCT----A-----A-----A-A--AAA--AACACA--A-TTG--GCTGTT------G-G-GT--TAG-AATGGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACCGAGTAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAA
gi|12 : atCA-----------CAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTA--TAGG--------G-G-GT--GTG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATA
gi|13 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----------AAATTA----A-----A-----A-A--AAACAA---CA--A-TTG--GACG--------G-G--T--GGG-G--TGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TCAAAACAAAACAAAACTTAAAATTTA-----AAAGAAAAAA-AATGG
gi|13 : AAAATTA-AAAAAAACAACA-ATTGGACGGGTGGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTATTAA-------------AT---TC-AAAACAAAACA-----------AAACTTAAAATTTAA-A-----A-G--AAA--A---AA--A-ATG--GGGA--------G-G-----AGA-T--GTCCTTGGGGTCAGTAACA-----------------AA-Gggaggagatgtccttggggtcagtaacaaagttgaaaa
gi|14 : ATAAAAT-A-AAAAAAA----AAGTTGGAGAAAAAGT-GTGCCTTTGGG-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNN-----------NNNNNN----N-----N-----N-N--NNN--N---CA--A-TTG--GAAG--------G-G-GT--G-G-G--GGTCTTTGGGTTGGTAAAA-----------------AA-Gttgaaaa
gi|15 : CA-----------------AA-GGGGCAGAATACTA------TTAAATATTTAACACAAGAC-------AAACTTTA-----AAAGAAAACA-AATGG
gi|15 : -------------AT---TT-AACACAAGACA-----------AACTTT----A-----A-----AAG--AAA--A---CA--A-ATG--GGCG--------A-G-GT------G--GGTCTTTGTGGTGGgcgaggtgggtctttgtggtggggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|16 : caaaggggcagaatactattaaatAAAAG-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTTACAGA---GTTG------AAAAG----GATCC----------AC---TTGAATACATAACA-----------AAA-TT----C-----A-----A-G--AAA--A---CA--G-TTG--GAGG--------G-G-GG--AAG-G--GGggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|17 : aaa-----A-----A-G--AAA------CA--A-TTG--AAGG--------G-G-GT--GAG-G--GATCTTGCGGTTGGTAACA-----------------AA-ATGGCAAAATACGA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTAAAATTAAAGAAACAAAAATGGGAg
gi|18 : ATACAAT-G-AAAA--A----A-GTTGGAGGGGGAGT-GTGTTTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----AG-------------Aggggt
gi|19 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaat----T-----A-----A-A--AAA--A----A--G-TTG--GAAG--------GTG-GT--G--------TCTTGGGGTTGGTAACAAAGTTGAAAAGGAAACAAA-GGGGCAGAATAGTA------GTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AATATTTA-----AAaaatgt
gi|2 : CA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---AA--AATTG--GAGG--------A-T-GT--GGG-G--TGAATTGGGGTTGGTAACA-----------------AATGGGACAGAATGGTG------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAATAAAGAAc
gi|20 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--AAA--A---AA--G-TTG--GAGG--------G-G--T--GGG-G---GTCTTGGGGTTGTTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTATTAAATTTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAaaaacaagtgggaggggatg
gi|21 : acaataAAAA----T-GCAGGATGGAAAGG-GCCACTTGGGGGTTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GGGGACAGTGAATCTAC---TTCAATACAGAACA-----------AAa
gi|22 : AATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-CTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--G----------TGG--------------------------------AAT-GTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAA
gi|23 : GGTTGTTAGCA-----------------AA-GGGGCTGAGTTGTA------TTAAAT--TTAAAAC
gi|24 : a-G--GGTCTTTGAGTTGGTAACA-----------------AA-GAGGCAAAGTATTA------ATAAAT--TTA----AAAAC-------AAAA-TTA-----AAAAAAAttgaaattggacttttgattaaaaa
gi|3 : ATGAAAT-ATAAAAAAA----A-AATGGAGAGANNNN-NNNNNNNNNNN-NNN-----------NNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGGCATTGGAGG-G-GT--TGGCG--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAA--TTAAAACAAAAC-------AAAt
gi|4 : taATACAAT-A-AAAAAAA----A-ATTAGAGGGAGAGT-GTGTCTTAGGG-TTG-----------GTAATAAA---GTTG------AAAAG----GAACAGTGTATCT--AC---TTAAATACAGAACA-----------CAATTT----T-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAAG--------T-A-GT---GG-G--GGTCTTTGGGTTGGTAACA-----------------AA--GGGTAGAATAGTA------TTTAAT--TTGAAATAAAAC-------ATACATTA-----AAAGAAAAAATttcataattctataattaa
gi|5 : aCA-----------TAATTTAA--C-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-T-AT--GGG-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGTCAGAAC--TA------TTGAAT--TAAAAACAAAAT--------TAATTTA-----AAAGAAAAAATAATAAAAAtttaa
gi|6 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TT-AAAA--GAACA-----------AAATTT----T-----ATAA--A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGT--------G-G-GT--GG---------------TCGATAATA-----------------AA-GGGGTAGAATACTA------TTAAAT--TTAAAACAAGAC-------AAAATTT------AAAGAAAAA
gi|7 : aataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaattATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AATACAGAACA-----------AATTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GATCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCTGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAT-------TAAATTGA-----AAAAAAAAAAGAATTGAAA
gi|8 : ATACAAT-A-AAAAAA-------GTTTGAGGG----G-ATGTCTTCAGG-TCT-----------GTAATAAA---GTTGCAGTTTAAAAC----GGCA-----------GT---TT-AAAACAGAACA-----------AA-TTA----A-----A-----A-A--AAA--A---CACTA-TCG--GATGAC------G-G-GTTTGGA-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACAGAGTAGTA------GTAAAT--CAAAAACAAAAC-------AAAAT
gi|9 : tta---TT-AAAATA--ACA-----------AAATAT----T-----ATAAAAA-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGA--------G-G-GT--GGC-G--GATCTTAAGGTCGATAACA-----------------AA-CGGACAGAATACTA------TTAAA
blockSeqs : T T CAAC A GT . G ANNNNNNNNNN GGG CAGTTT GGGGACAGTGAATCT AGT G T G NNNNNNNNNNC AAAATTTAAA A . CA ACA CT A GC CATTGGAG T T AA C AT AAGTTGAAAAGGAAACA T TTAAAT AT AAAACTT AAATT A
blockSeqs : . . . . AA . . . . . GAACAGTGTATCT . C A A . TATAAAA . . . . . . . TT . . TT . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . AG . . . . . TATTAA . A N N . TATAA . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . GG . . . . . GATCC . . C A . AACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . AA . . . . . GGCA . . T T . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . AN . . . . . GG . . T G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . NN . . N N . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . AG . . . . . AG . . T G . NN . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . NN . . A G . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GG . . T G . CA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A G . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . TA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** GG***************** TA************** **
originalCons : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
finalCons : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAGGG-----------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTTTA--------------A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 111111 5555555555555555555 11111111111 1111111111111111 11111111 11111111111111111 1
lowQualScore : 4 4 7777 3 44 3 3 77777777777 222 000000 4444444444444444444 555 9 1 1 11111111111 7777777777777777 2 22 22 333 22 1 22 11111111 1 1 55 1 22 22222222222222222 1 666666 33 8888888 88888 0
lowQualScore : . . .... . .. . . ........... ... ...... ................... ... . . . ........... ................ . .. .. ... .. . .. ........ . . .. . .. ................. . ...... .. ....... ..... .
lowQualScore : 4 4 7777 6 77 6 6 33333333333 777 555555 2222222222222222222 444 2 0 2 22222222222 0000000000000000 1 88 88 222 55 8 55 66666666 8 8 00 7 44 77777777777777777 8 111111 11 1111111 33333 8
consensus : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
Reference ( family-1365 ) : ATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AANACAGAACA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAAANAATGGAAA
gi|1 : ---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGA-G--GGTCTTGGGTTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAGAAA-----AAAGAAAAAAAAATGG
gi|1 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----A-ATTGGAGGGGGTGGAGGGTCTTGGGT-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTTTTAA-------------AT---TT-AAAACAAAACA-----------AAA--------GAAAAA-----A-GAAAAA--A---AA--A-TGGGCGAGG--------G-GTGTAAGGG-G--GG---TGGGGGTGGgcgaggggtgtaaggggggtgggggtggggtagtcattggtgtcagt
gi|10 : taatacaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc---CA--A-TTG--GAGC--------G-G-GT--GAG-G--GGTCTTGGGGTTGGCAACA-----------------AA-GGGGCATAATAGTA------TCAAA----TAAAAAAAAAggtagtcattggtgtcagt
gi|11 : taataaaataaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAC-A-ATAAAAA----A-GTTTGAGGG----G-ATGTCTTGAAG-TCT-----------GTAACAAA---GTTG------AATAG----GG-------------GCAGTTT-AATACAGAACA-----------AAATCT----A-----A-----A-A--AAA--AACACA--A-TTG--GCTGTT------G-G-GT--TAG-AATGGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACCGAGTAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAA
gi|12 : atCA-----------CAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTA--TAGG--------G-G-GT--GTG-G--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATA
gi|13 : taatacaattaacaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-----------AAATTA----A-----A-----A-A--AAACAA---CA--A-TTG--GACG--------G-G--T--GGG-G--TGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAT--TCAAAACAAAACAAAACTTAAAATTTA-----AAAGAAAAAA-AATGG
gi|13 : AAAATTA-AAAAAAACAACA-ATTGGACGGGTGGG-GTGTCTTGGGG-TTG-----------GTAACAAAGGGGCAG------AATAGTATTAA-------------AT---TC-AAAACAAAACA-----------AAACTTAAAATTTAA-A-----A-G--AAA--A---AA--A-ATG--GGGA--------G-G-----AGA-T--GTCCTTGGGGTCAGTAACA-----------------AA-Gggaggagatgtccttggggtcagtaacaaagttgaaaa
gi|14 : ATAAAAT-A-AAAAAAA----AAGTTGGAGAAAAAGT-GTGCCTTTGGG-TTGANNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNN-----------NNNNNN----N-----N-----N-N--NNN--N---CA--A-TTG--GAAG--------G-G-GT--G-G-G--GGTCTTTGGGTTGGTAAAA-----------------AA-Gttgaaaa
gi|15 : CA-----------------AA-GGGGCAGAATACTA------TTAAATATTTAACACAAGAC-------AAACTTTA-----AAAGAAAACA-AATGG
gi|15 : -------------AT---TT-AACACAAGACA-----------AACTTT----A-----A-----AAG--AAA--A---CA--A-ATG--GGCG--------A-G-GT------G--GGTCTTTGTGGTGGgcgaggtgggtctttgtggtggggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|16 : caaaggggcagaatactattaaatAAAAG-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTTACAGA---GTTG------AAAAG----GATCC----------AC---TTGAATACATAACA-----------AAA-TT----C-----A-----A-G--AAA--A---CA--G-TTG--GAGG--------G-G-GG--AAG-G--GGggggggggggggggggggggatcactgggtcagtaataaagttgaaaccggagca
gi|17 : aaa-----A-----A-G--AAA------CA--A-TTG--AAGG--------G-G-GT--GAG-G--GATCTTGCGGTTGGTAACA-----------------AA-ATGGCAAAATACGA------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTAAAATTAAAGAAACAAAAATGGGAg
gi|18 : ATACAAT-G-AAAA--A----A-GTTGGAGGGGGAGT-GTGTTTTGGGG-TTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----AG-------------Aggggt
gi|19 : gtatgtgctggtaatgtttaataaatggggctgtgcagttttaat----T-----A-----A-A--AAA--A----A--G-TTG--GAAG--------GTG-GT--G--------TCTTGGGGTTGGTAACAAAGTTGAAAAGGAAACAAA-GGGGCAGAATAGTA------GTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AATATTTA-----AAaaatgt
gi|2 : CA-----------AAATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---AA--AATTG--GAGG--------A-T-GT--GGG-G--TGAATTGGGGTTGGTAACA-----------------AATGGGACAGAATGGTG------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAATAAAGAAc
gi|20 : aataaaataaatggcggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--AAA--A---AA--G-TTG--GAGG--------G-G--T--GGG-G---GTCTTGGGGTTGTTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTATTAAATTTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAAaaaacaagtgggaggggatg
gi|21 : acaataAAAA----T-GCAGGATGGAAAGG-GCCACTTGGGGGTTG-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GGGGACAGTGAATCTAC---TTCAATACAGAACA-----------AAa
gi|22 : AATTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-CTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--G----------TGG--------------------------------AAT-GTT------TTAAAT--TTAAAACAAAAC-------AAAATTTA-----AAAGAAAAA
gi|23 : GGTTGTTAGCA-----------------AA-GGGGCTGAGTTGTA------TTAAAT--TTAAAAC
gi|24 : a-G--GGTCTTTGAGTTGGTAACA-----------------AA-GAGGCAAAGTATTA------ATAAAT--TTA----AAAAC-------AAAA-TTA-----AAAAAAAttgaaattggacttttgattaaaaa
gi|3 : ATGAAAT-ATAAAAAAA----A-AATGGAGAGANNNN-NNNNNNNNNNN-NNN-----------NNNNNNNN---NNNN------NNNNN----NN-------------NN---NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGGCATTGGAGG-G-GT--TGGCG--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCAGAATAGTA------TTAAAA--TTAAAACAAAAC-------AAAt
gi|4 : taATACAAT-A-AAAAAAA----A-ATTAGAGGGAGAGT-GTGTCTTAGGG-TTG-----------GTAATAAA---GTTG------AAAAG----GAACAGTGTATCT--AC---TTAAATACAGAACA-----------CAATTT----T-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAAG--------T-A-GT---GG-G--GGTCTTTGGGTTGGTAACA-----------------AA--GGGTAGAATAGTA------TTTAAT--TTGAAATAAAAC-------ATACATTA-----AAAGAAAAAATttcataattctataattaa
gi|5 : aCA-----------TAATTTAA--C-----A-----A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-T-AT--GGG-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGTCAGAAC--TA------TTGAAT--TAAAAACAAAAT--------TAATTTA-----AAAGAAAAAATAATAAAAAtttaa
gi|6 : taatacaataacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn---TT-AAAA--GAACA-----------AAATTT----T-----ATAA--A-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGT--------G-G-GT--GG---------------TCGATAATA-----------------AA-GGGGTAGAATACTA------TTAAAT--TTAAAACAAGAC-------AAAATTT------AAAGAAAAA
gi|7 : aataaaacaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgaaattATAAAAT-A-AAAAAAA----A-GTTGGAGGGAGAGG-GTGTCTTGGGG-TTA-----------GTAACAAA---GTTG------AAAAG----GG-------------AC---TT-AATACAGAACA-----------AATTTT----T-----A-----A-G--AAA--A---CA--A-TTG--GAGG--------G-G-GT--GGG-G--GATCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGGCTGAATAGTA------TTAAAT--TTAAAACAAAAT-------TAAATTGA-----AAAAAAAAAAGAATTGAAA
gi|8 : ATACAAT-A-AAAAAA-------GTTTGAGGG----G-ATGTCTTCAGG-TCT-----------GTAATAAA---GTTGCAGTTTAAAAC----GGCA-----------GT---TT-AAAACAGAACA-----------AA-TTA----A-----A-----A-A--AAA--A---CACTA-TCG--GATGAC------G-G-GTTTGGA-T--GGTCTTGGGGTTGGTAACA-----------------AA-GGGACAGAGTAGTA------GTAAAT--CAAAAACAAAAC-------AAAAT
gi|9 : tta---TT-AAAATA--ACA-----------AAATAT----T-----ATAAAAA-A--AAA--A---CA--A-TTG--GAGA--------G-G-GT--GGC-G--GATCTTAAGGTCGATAACA-----------------AA-CGGACAGAATACTA------TTAAA