lowQualScore : 1111 11 22222222 111111111 111111111 2222222 11 2 11 33333333 22222 3333333333333333333 2222 3333333333333333 33333 22 444444444444 1 11 555555555 22222222 1 11 4444 33333 1 22 11 1 1 11 1 333 22
lowQualScore : 1 1111 33333 00 222 1 0 6 33 00 1 5 444444 11 666 11 55555555 444 77 444 3 2 555555555 111111111 1 1111111 8888 44 0 0 3 44 3 3 22 4 4 11111111 5 88888 4 3333333333333333333 8888 7 6 5 0 77 2222222222222222 2 00000 77 3 555555555555 4 3 4 55 8 8 888888888 11111111 6 7 1 7 77 3 2 4 2222 2 3 3 2 4 4 44444 2 2 2 2 5 6 66 33 3 55 2 4 2 4 4 5 2 5 4 88 5 555 3 2 3 66 6 66 77 4 2
lowQualScore : . .... ..... .. ... . . . .. .. . . ...... .. ... .. ........ ... .. ... . . ......... ......... . ....... .... .. . . . .. . . .. . . ........ . ..... . ................... .... . . . . .. ................ . ..... .. . ............ . . . .. . . ......... ........ . . . . .. . . . .... . . . . . . ..... . . . . . . .. .. . .. . . . . . . . . . .. . ... . . . .. . .. .. . .
lowQualScore : 7 1111 88888 99 555 4 1 3 88 66 4 9 000000 99 222 88 99999999 777 11 777 0 7 555555555 444444444 2 7777777 5555 77 6 7 2 99 9 2 66 7 9 33333333 7 66666 7 6666666666666666666 3333 8 7 4 2 22 8888888888888888 2 55555 55 2 333333333333 7 3 7 00 3 3 000000000 33333333 0 0 0 0 55 0 5 0 5555 5 0 0 5 0 0 00000 5 5 5 5 0 0 55 00 0 55 5 0 5 0 0 5 5 0 0 00 0 000 0 5 0 55 0 55 55 0 5
consensus : GTTGTN---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GG--CACN--ATAG--AGTGTGGACTGTAAAAGGT-T-T-AAT---TTTGAGATTT---TGATGNTT-TTG-NTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTCCTA-------AA-AC-TGT-GAAAAATA-GGATATACCC-GTCGGTTAATTTAACCT-CTAGTGGGTCTATCCTG-----NTA-TGCC-----GAGGTAAA---G---TGAT-A-T-G-TGTTG-A-ANCGG-CGTGGGACNTGCCGCCGTGTTTAT-CTAGA----TTCCCTATTGGTTGATGGTGTTGATT------GNNAT-GGGGTCGNTA-TANTATT-GTGTGTATGTTGTTGTAGTTG--TT-----TAAGTTTTGAGG--GTAAC-GA-GCTGGGGATTAGCACCGGCGGAGTNTNTGTNTTGAAGGTTNTNTANGGACGGTNTANCTTAGANTACCGTTGCGCTGTGNGTTGTNTGTGNTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTNNTTGGGTGGTCGTTNGTCGGAGGTTGNTGCTCTGTGGNNGGNTGTGCTGCGTNGTTCGTTGTCTAGAAGANGCCCGGCAGNACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTANCCCCGGGCTNGTTGGGTCGTCTTCTTGTTGNTGGGTNTTCNGGTCACGGCGCCTGTNNATTGGTCNNTTTAGGCCTCGNTCAGTCGTCGTNCC
Reference ( gi|1 ) : GTTGTA---CTAAG-----GTTT-AT---AGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGGACTGTAAAAAGA-T-T-AAT---TTTGGAATTT---TGATGTTT-TCG-CTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTCCTA-------AA-AC-TGT-GAAAAATAGGGATATACCT-GTCGGTTAATTTAACCT-TTAGTTGGTTTATCCCG-----ATA-TGCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-T-A-TGTTG-A-AGTGG-TGTTGGACATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGA----TTCCTTG-TGTTTG--GGTGTTGATT------GAGAT-GGGGTCGATA-TAATATTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTTTGAGG--GTCACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCGT
gi|2 : GTTGTA---CTAAG-----GATT-AT---AGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGG------------------AT---TTTGGAATTT---TGATGTTT-TCG-CTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTCCTA-------AA-TC-TGT-GAAAAATAGGGATATACCT-GTTGGTTAATTTAACCT-TTAGTTGGTTTATCCCG-----ATA-TGCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-T-A-TGTTG-A-AGTGG-TGTTGGACATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGA----TTCTTAA-TGTTTG--GGTGTTGATT------GAGAT-GGGGTCGATA-TAATATTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTTTGAGG--GTCACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|6 : gtGTAGTT---CTGAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC--------------------ACA--ATAG--AGTGTGGACTGTAAAAAGG-T-TTAAT---TTTGAAATTT---TGATGTTT-TTG-GTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTCCTA-------AA-AC-TGT-GAAA----------------GTCGGTTAACTTTACCT-TTAGTTGGTTTATCCTA-----TTA-TGCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-T-GTTGTT----ATTGG-TGTGGGACA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAG----TTCCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------TTTGTAGGGGTCGGGG-TATCACTTGTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATATTGGGG--GTAGCAGAAGCTGGAGATTAACACCGG
gi|12 : gtgtGTAGTA---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG--------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAATGT-T-T-AAT---TTTGAATTTT---TTATGTTT-TTG-TTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCT---------AAAGTTCCTA-------AA-AC-TGT-GAAAATTA-GGATATACCT-GTCGc
gi|17 : gtgtGTGGTA---CTAAG-----GTTT-AT---AGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGGACTcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|23 : tGTAGTT---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GG--TACA--ATAG--AGCG
gi|30 : tatGTTGTT---ATAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GGGTT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGGACT
gi|32 : atGTAGTA---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGG
gi|37 : tgtGTTGTA---CTAAG-----GATT-AT---AGTCCCTCC-GCCAGGTt
gi|18 : gtgtGTTATT---CGAAG-----TTTT-AT---AGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-ATGTT------GG--CTCT--ATAG--TGCCCGGACTGTAc
gi|4 : tTGTAATTCTAAG-----GTTT-TT---AGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC-------T------TG--CACA--ATAG--AGTGTAGACTGTAAAAGGT-A-A-AAT---TGTGAGATTT---TGATGTTT-TT---TAT--GCTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTCT---------A-------AA-AC-TGT--ATAAATTAGGATATTCCT-TTCGGTTAATTTAACCT-CTAACTGGTCTATCCTA-----TCA-TGCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-T-A-TATTA-ATATTGG-TGTGAAACTTGCCACTGTACTTATATTAG-----TTCCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAAT-GGGGACTTTACCGGTAT--GTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATTGGAGGTAGCAA--GA-GCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|19 : gTGTAATTCTATG-----GTTT--T---AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GG--CACA--TTAG--AGTG
gi|34 : TGTAATTCTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTTC-GCTGGGT--------------------------T------GG--CACA--ATAG--A--GTGGACTattgacc
gi|24 : gGTT---CTAAG-----GGTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GGGTT------GG--CATA--TTAG--AGTG
gi|25 : tatgcaGTT---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GATTT------AA--CACA--ATAG--AATGTGGAC
gi|26 : tgtataGTT---CTAAG-----GTTT-TA---AGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-ATGTT------GG--CCCT--ATAG--ACTGTGGACT
gi|10 : A---CTAAGTTCCTGTTTGATTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-TT------GA--CACT--ATAA--AGTGAGGACTATAAAAGGG-T-TTAAC---CTCGAGAT-------ATCCTTATTG-TTATGATCCTCCACAGAACTATGTTT---------AACGTTTCTA-------AA-GG-TACAGAAAAAAAGATAAATACGTCGTCACTAGATT---CCT-TTA
gi|21 : gtc---CTAAG-----GTTT-TG---AGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGGGTT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGG
gi|28 : taatt---CTAAA-----GTTT-TT---AGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AGATT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGtc
gi|35 : t---CTAAG-----GTTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|22 : tatt---CTAAG-----GTTT-AT---AGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GTTTT------GG--CACT--TTTG--ATTGTGGACTaa
gi|20 : tgatt---CTAAA-----GTTT-TA---AGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCCTT---CATTACCCCT-GAGTTAACGTTGG--CACT--ATAG--AGTGTGGAC
gi|38 : agt---CTAAG-----GTGT-TT---AGTCCCTCC-GTCAAGTGATC
gi|31 : gtaatt---CTAAG-----ATTT-TT---AGTCCCTGC-ACCAAGGTATCCC
gi|33 : tgtgtgatt---CTAAG-----ATTT-TT---AGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GGTTT------GG--CACT--ATAG--ATTGTGtagttgacattatatagtgtagag
gi|29 : atgtgtgattAAG-----ATTA-AC---AGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TGGTT------GA--TAC----TAGGCAGTGTGAACTGT
gi|5 : G-----GCTT-TT---AGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|7 : TT-A----AGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC--------------------ACT--ATAC--AGTGGGGACTGTAAAAGGT-A-T-AAT---TTTGAGATTT---TGATGGTT-TTG-AAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCT---------AAAGTTCGTG-------AA-AC-TGT--ATAAATTAGGATAGATCC-GTTGGTTAATTTAACCC-CTAGTGGGTCTAT-CCA-----ATGTTGCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-T-aatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|11 : -AT---AGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GGGTT------TG--CACT--ATAA--AGTTTGGACTAGAAAAGGT-T-T-ATT---TTTGAAATTTGATTAATATTG-ACG----T--TCCGCCACAGAACTAGATCT---------AAAGTTGCTA-------GA-TA-TAT-AGAAAATtatcctactggttgatatgcttgccgctgcacctgt
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GG--CACT--TTAG--AGTGTTGACTATAAACGGT-A-T-AAA---TATGAGATTT---CGTTGATT-TTG-TTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTTCTACTTCTATAGTACATGT--AAAAGTA-AGATAGATCC-ATCG--TAATTTCACCCAGTAGTGGATAAAACCTGGTGTCATA-GGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACT-G-TGTTGCA-AACGG-CGTTtaaaacagatgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GG--CACT--TTAG--AGTGTTGACTATAAACGGT-A-T-AAA---TATGAGATTT---CGTTGATT-TTG-TTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCT---------AAAGTTTCTACTTCTATAGTACATGT--AAAAGTA-AGATAGATCC-ATCG--TAATTTCACCCAGTAGTGGATAAAACCTGGTGTCATA-GGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACT-G-TGTTGCA-AACGG-CGT
gi|27 : gcaaaacag-TTACCCCC-AGGTT------GG--CACA--ATAG--AGTGTGGACTGTAAAATGT-T-A-AAT---TTTGAAATTT---TGATGTTT-T
gi|16 : ccttCCCC-GGGTG------GGAACCCAGTATAG--AGTGTGGACTATAAAAGGGTT-T-AATTTGTTT---ATTT---TGATGTTT-------------CGCCACAGATCTATTTCT---------Agg
gi|14 : cagtgtagtgtcgagatagcctCTC-GGACT------GC--CGCA--ATAA--AGTGCGGACTATAAAATGA-T-TTAAT---TTTAAGACTT---TGTTAATT-CTG-ACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|13 : tgtgtgtgattcgattctaaggatttgagttcattcgtcaaacaa-GGGTT------GG--CACT--ATAG--AGTGTAGGCTATAAAAAGT-TAT-AAT---TTTGAGATTT---AGTTGGTT-TTG-ATGT--CCCACCACAGAATTATTTCT---------ATAGTTTCT
gi|15 : T------GG--CACT--ATAG--AGTGTTGAC---------A-T----AT---TTTGAGATTT---CGTTGCTT-TAGATTA---TCCGCAACTAAATCAATTCT---------AAAGTTTCTA-------ttttgtttttcataaaatctaaagtttctaaatctgtataaaatagaataaattcgccggttaa
gi|5 : t--AATGTGGACTGTAAAAGGT-A-T-AAT---TTTGAGATTT---TGATGGTT-TTG-ATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT----------AAGTTCCTA-------AA-AC-TGT-GTATATTA-GGATATACCC-TTCGGTTAATTTAACCT-CTAGTGGATCTATCCTA-----TCA-TGCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGA-TATT----ATTGGTTGTGATACTTGCCGCCGC----AC-CTATATTATTTCCCTG----TTG--GTTG-TGATtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|13 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcTCT---------AAAGTTTCTA-------AA-TC-TGT-ATAAAATA-GAATAAATTC-GCCGGTTAAacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|3 : gggttggcactatagagtgtaggctataaaaagttataattttgagatttagttggttttgatgtcccaccacagaattatttctatagtttctttttgtttttcataaaaTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333333333333333333333 1111 22222 22222 2222222 1 2222 1111 1111 11 333333333 111 111 11111 2222222222 3333333333 55555 4444 11 22 333 33
lowQualScore : 2 1 1 0 2 0 33333 1 333333 44444 0 66 33 1 2 1 33 22222222222222222222222222222222222222222222 77 4 7 4 1 0 4444 2 2 66 11 55555 55555 2 0000000 4 5 0 5 5 1111 22 77 1 1 2222 6 6 4444 3 66 000000000 8 8 444 1 000 1 66666 1 0 6 8888888888 5555555555 3 0 22222 2 6 1 1 1 4444 1 1 1 1 1 1 00 0 0 1 1 1 3 0 22 0 44 1 22 1 1 11 1 7 1 6 1 7 0 6 777 1 1 1 22 22 00 1 1
lowQualScore : . . . . . . ..... . ...... ..... . .. .. . . . .. ............................................ .. . . . . . .... . . .. .. ..... ..... . ....... . . . . . .... .. .. . . .... . . .... . .. ......... . . ... . ... . ..... . . . .......... .......... . . ..... . . . . . .... . . . . . . .. . . . . . . . .. . .. . .. . . .. . . . . . . . . ... . . . .. .. .. . .
lowQualScore : 6 0 3 8 4 5 77777 3 777777 22222 0 22 11 0 5 0 77 00000000000000000000000000000000000000000000 22 2 3 5 1 2 9999 5 2 99 99 00000 00000 5 2222222 5 0 0 7 7 6666 44 11 0 0 5555 7 0 2222 5 00 000000000 0 0 000 0 000 0 66666 4 8 6 6666666666 0000000000 2 6 44444 5 7 0 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 33 7 7 0 0 0 0 7 00 7 33 0 00 0 0 77 0 3 0 7 0 3 7 7 333 0 0 0 00 00 77 0 0
consensus : GTNGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGNAAANTA-GGATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANCGG-CGTGGGACNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------GNGAT-GGGG-TC---GGTA-T-ANTA-TTAGTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAAGATGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
Reference ( family-1150 ) : GTTGTNCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGAAAAATA-GGATATACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGGTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANCGG-CGTGGGACNTGCCGCCGTGTTTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATGGTGTTGATT------GNNAT-GGGG-TC---GNTA-T-ANTA-TT-GTGTGTATGTTGTTGTAGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAAC--GA-GCTGGGGATTAGCACCGGCGGAGTNTNTGTNTTGAAGGTTNTNTANGGACGGTNTANCTTAGANTACCGTTGCGCTGTGNGTTGTNTGTGNTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTNNTTGGGTGGTCGTTNGTCGGAGGTTGNTGCTCTGTGGNNGGNTGTGCTGCGTNGTTCGTTGTCTAGAAGANGCCCGGCAGNACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTANCCCCGGGCTNGTTGGGTCGTCTTCTTGTTGNTGGGTNTTCNGGTCACGGCGCCTGTNNATTGGTCNNTTTAGGCCTCGNTCAGTCGTCGTNCC
gi|1 : GTTGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-AGAT-TAATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGAAAAATAGGGATATACCTGTCGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-TA-T-GTTG-A-AGTGG-TGTTGGACATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGATT----CCTTG-TGTTTG--GGTGTTGATT------GAGAT-GGGG-TC---GATA-T-AATA-TTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTCACT-GATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|10 : TTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-TT------GACACT----ATAAAGTGAGGACTATAAAAGGGTT-TAACCTCGAGAT----A-TCCTTATTGTTATGATCCTCCACAGAACTATGTTTAACGTTTC-------------TA-------AA-G----------------G-TACAGAAAAAA-AGATAAATACGTCGgt
gi|11 : gtcactaagttcctgtttgaTAGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GGGTT------TGCACT----ATAAAGTTTGGACTAGAAAA-GGTT-TATTTTTGAAA-TTTGATTAATA-TTGACGT--TCCGCCACAGAACTAGATCTAAAGTTGC-------------TA-------GA-T----------------A-TATAGAAAATtcactagattccttta
gi|12 : aGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-TAATTTTGAATTTTTTA-TGTTT-TTGTTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGAAAATTA-GGATATACCTGTCGtaaaacagatgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|13 : gtgt-GGGTT------GGCACT----ATAGAGTGTAGGCTATAAAA-AGTTATAATTTTGAGATTTAGT-TGGTT-TTGATGT--CCCACCACAGAATTATTTCTATAGTTTCTTTTTGTTTTTCATA-------AA-ATCTAAAGTTTCTAAATC-TGTATAAAATA-GAATAAATTCGCCGGTTAAcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|14 : TTCTAAGGATTTGAGTTCATTC-GTCAAACAA----------------CTC-GGACT------GCCGCA----ATAAAGTGCGGACTATAAAATGATT-TAATTTTAAGACTTTGT-TAATT-CTGACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|15 : tgtgtgtgattcgaTT------GGCACT----ATAGAGTGTTGAC---------AT----ATTTTGAGATTTCGT-TGCTT-TAGATTA--TCCGCAACTAAATCAATTCTAAAGTTTC-------------TA-------
gi|16 : CCCC-GGGTG------GGAACCCAGTATAGAGTGTGGACTATAAAAGGGTT-TAATTT----GTTT------ATT-TTGATGT--TTCGCCACAGATCTATTTCTAtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|17 : cagtgtagtgtcgagatagcctGTGGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACT
gi|18 : tGTTATTCGAAGTTTTATAGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-ATGTT------GGCTCT----ATAGTGCCCGGACTGTA
gi|19 : tTTCTATGGTTTT-AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----TTAGAGTG
gi|2 : tgtaaGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGG-----------------ATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-T----------------C-TGTGAAAAATAGGGATATACCTGTTGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-TA-T-GTTG-A-AGTGG-TGTTGGACATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGATT-----CTTAATGTTTG--GGTGTTGATT------GAGAT-GGGG-TC---GATA-T-AATA-TTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTCACT-GATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCattgacc
gi|20 : gtCTAAAGTTTTAAGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCCTT---CATTACCCCT-GAGTTAACGTTGGCACT----ATAGAGTGTGGAC
gi|21 : agtTTCTAAGGTTTTGAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGG
gi|22 : taaTTCTAAGGTTTATAGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GTTTT------GGCACT----TTTGATTGTGGACTtc
gi|23 : tgaGTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGTACA----ATAGAGCG
gi|24 : tatGTTCTAAGGGTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCATA----TTAGAGTG
gi|25 : tatgcaGTTCTAAGGTTTTTAGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GATTT------AACACA----ATAGAATGTGGAC
gi|26 : tgtataGTTCTAAGGTTTTAAGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-ATGTT------GGCCCT----ATAGACTGTGGACT
gi|27 : -TTACCCCC-AGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-AAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-T
gi|28 : ccttCTAAAGTTTTTAGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AGATT------GGCACA----ATAGAGTGTGgg
gi|29 : tAGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TGGTT------GATACT----AGGCAGTGTGAACTGT
gi|3 : aagattaacTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
gi|30 : GTTGTTATAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTcctcaggtccatgatactttaagacatcttggtgcaatgagcttttggtatttgttagtgagcttacggttttgttgcttacaaaaaatggcctgctttataggtatatcttgttgggcattgcctttagttaaatataatatataaaatatgtaataactaaatataatatataaaatatgtaataactaatactacgtttactagtaaatatatttacagtgttaagctacatttgttgtgcataccgcaatagttgcactagcactaaggtataccgctactaatttggttgtgtttcctgttttgataccaattgtgtaatatctctatctgtgtttattgtatctagttttgtgattgatgtgtatatgggttctttgacttgtatttttgtcacgttgtattttcgaagtaggtgttgtattttgtgggtgtatggtaatatttgttt
gi|31 : atTTCTAAGATTTTTAGTCCCTGC-ACCAAGGTATCC------C-T---------AGTT------GACATT----ATATAGTGTAGA
gi|32 : tgtgtgaGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTg
gi|33 : tgtTTCTAAGATTTTTAGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GGTTT------GGCACT----ATAGATTGTG
gi|34 : atgtgtgaTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTTC-G-------------------------CT-GGGTT------GGCACA----ATAGA--GTGGACT
gi|35 : gtgtaaTATTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|37 : GTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGTaa
gi|38 : gtgtTTCTAAGGTGTTTAGTCCCTCC-GTCAAGTGATCc
gi|4 : gtaaTTCTAAGGTTTTTAGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC------TT------G-CACA----ATAGAGTGTAGACTGTAAAA-GGTA-AAATTGTGAGATTTTGA-TGTTT-TTTATG----CTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTATAAATTA-GGATATTCCTTTCGGTTAATTTAACCTC--TAACTGGTCTATCC--TATCAT-----GCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-TA-T-ATTA-ATATTGG-TGTGAAACTTGCCACTGTACTTATATTAG-TT----CCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAAT-GGGG-AC---TTTACC-GGTA--T-GTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATT----------GGA-GGTAGCAAGA-GCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|5 : gtgtaaGGCTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|5 : AATGTGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAA-GTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGTATATTA-GGATATACCCTTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGATCTATCC--TATCAT-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGAT-ATT----ATTGGTTGTGATACTTGCCGCCGCACCTAT-ATTATTT----CCCTGTTGGTTGaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|5 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcGTGATACTTGCCAACGC----AC-CTAAATTATTTCCCTATTGGTTGCTAGTATTGATT-------TGAT-GGGGATTGGGGGTA-TCACT--TT-ATGTGTGTG-TATTTTTGTTG--TT-----AAAATTTCAGATAAAAATGGAGGTAGCAAAA-GCTGGGGAGTAGtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|6 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttGTAGTTCTGAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC------------------ACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAAAGGTT-TAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-TTGGTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGTGAAA---------------GTCGGTTAACTTTACCTT--TAGTTGGTTTATCC--TATTAT-----GCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-TG-TTGTT----ATTGG-TGTGGGACA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAGTT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------TTTGTAGGGG-TC---GGGG-T-ATCACTT-GTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATAT----------TGGGGGTAGCAGAA-GCTGGAGATTAACACCGGC
gi|7 : gtgtTTAAGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC------------------ACT----ATACAGTGGGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGAAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCTAAAGTTCG-------------TG-------AA-A----------------C-TGTATAAATTA-GGATAGATCCGTTGGTTAATTTAACCCC--TAGTGGGTCTATCCAATGT--T-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-T
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT-AAAAGTA-AGATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-CGTtatcctactggttgatatgcttgccgctgcacctgt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT-AAAAGTA-AGATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-CGTt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333 1111 22222 22222 2222222 1 2222 11 1111 11 22222222 33333333333 11111 2222222222 3333333333 111111 1 2222 11 1 222 11
lowQualScore : 1 1 0 2 0 33333 1 333333 44444 7 2 66 33 1 2 1 33 22222222222222222222222222222222222222222222 888 2 3 3 2 1 0 4444 1 2 66 11 55555 55555 1 0000000 4 5 0 77 5 2222 33 77 3 77 1 44 6 6 4444 44 99999999 8 22222222222 77777 222 0 1 8888888888 5555555555 3 888888 5 1 6 8888 00 0 1 0 0 3 1 7 6 7 6 333 88
lowQualScore : . . . . . ..... . ...... ..... . . .. .. . . . .. ............................................ ... . . . . . . .... . . .. .. ..... ..... . ....... . . . .. . .... .. .. . .. . .. . . .... .. ........ . ........... ..... ... . . .......... .......... . ...... . . . .... .. . . . . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 0 3 8 4 5 77777 3 777777 22222 5 5 22 11 0 5 0 77 00000000000000000000000000000000000000000000 000 2 3 3 2 1 2 9999 0 2 99 99 00000 00000 0 2222222 5 0 0 22 0 9999 00 00 0 99 0 22 7 0 2222 22 00000000 0 22222222222 00000 444 8 4 6666666666 0000000000 2 000000 8 0 7 3333 33 7 0 7 7 3 0 3 7 3 7 333 33
consensus : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GG-TT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-TGTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------GNGAT-GGGGA-----TC---GGTAT-ANTATTAGTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAATGATGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
Reference ( family-1150 ) : GTNGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GG-TT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GNAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANCGG-CGTGGGA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------GNGAT-GGGG------TC---GGTAT-ANTATTAGTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAA-GATGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|1 : GTTGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-AG-AT-TAATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAAATA-GGGATATACCTGTCGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-TA-T-GTTG-A-AGTGG-TGTTGGA--CATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGATT----CCTTGT-GTTTGG--GTGTTGATT------GAGAT-GGGG------TC---GATAT-AATATTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|10 : TTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-TT------GACACT----ATAAAGTGAGGACTATAAAAGGG-TT-TAACCTCGAGAT----A-TCCTTATTGTTATGATCCTCCACAGAACTATGTTTAACGTTTC-------------TA-------AA-G----------------G-TAC-AGAAAAAA-AG-ATAAATACGTCGgt
gi|11 : gtcactaagttcctgtttgaTAGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GGGTT------TGCACT----ATAAAGTTTGGACTAGAAAA-GG-TT-TATTTTTGAAA-TTTGATTAATA-TTGACGT--TCCGCCACAGAACTAGATCTAAAGTTGC-------------TA-------GA-T----------------A-TATAGAAAATTA-AA-ACAGAtcactagattccttta
gi|12 : aGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAA-TG-TT-TAATTTTGAATTTTTTA-TGTTT-TTGTTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAATTA-GG-ATATACCTGTCGtgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|13 : gtgt-GGGTT------GGCACT----ATAGAGTGTAGGCTATAAAA-AG-TTATAATTTTGAGATTTAGT-TGGTT-TTGATGT--CCCACCACAGAATTATTTCTATAGTTTCTTTTTGTTTTTCATA-------AA-ATCTAAAGTTTCTAAATC-TGT-ATAAAATA-GA-ATAAATTCGCCGGTTAAcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|14 : TTCTAAGGATTTGAGTTCATTC-GTCAAACAA----------------CTC-GGACT------GCCGCA----ATAAAGTGCGGACTATAAAATGA-TT-TAATTTTAAGACTTTGT-TAATT-CTGACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|15 : tgtgtgtgattcgaTT------GGCACT----ATAGAGTGTTGAC---------A-T----ATTTTGAGATTTCGT-TGCTT-TAGATTA--TCCGCAACTAAATCAATTCTAAAGTTTC-------------TA-------
gi|16 : CCCC-GGGTG------GGAACCCAGTATAGAGTGTGGACTATAAAA-GGGTT-TAATTT----GTTT------ATT-TTGATGT--TTCGCCACAGATCTATTTCTAtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|17 : cagtgtagtgtcgagatagcctGTGGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACT
gi|18 : tGTTATTCGAAGTTTTATAGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-ATGTT------GGCTCT----ATAGTGCCCGGACTGTA
gi|19 : tGTAATTCTATGGTTTT-AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----TTAGAGTG
gi|2 : tGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGG------------------ATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-T----------------C-TGT-GAAAAATAGGG-ATATACCTGTTGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-TA-T-GTTG-A-AGTGG-TGTTGGA--CATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGATT-----CTTAATGTTTG--GGTGTTGATT------GAGAT-GGGG------TC---GATAT-AATATTAGAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCattgacc
gi|20 : gtTCTAAAGTTTTAAGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCCTT---CATTACCCCT-GAGTTAACGTTGGCACT----ATAGAGTGTGGAC
gi|21 : agTAATTCTAAGGTTTTGAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGG
gi|22 : TGATTCTAAGGTTTATAGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GTTTT------GGCACT----TTTGATTGTGGACTtc
gi|23 : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGTACA----ATAGAGCG
gi|24 : tatGCAGTTCTAAGGGTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCATA----TTAGAGTG
gi|25 : tatTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GATTT------AACACA----ATAGAATGTGGAC
gi|26 : tgtaGTTCTAAGGTTTTAAGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-ATGTT------GGCCCT----ATAGACTGTGGACT
gi|27 : -TTACCCCC-AGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-TG-TT-AAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-T
gi|28 : ccttTCTAAAGTTTTTAGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AGATT------GGCACA----ATAGAGTGTGgg
gi|29 : AGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TGGTT------GATACT----AGGCAGTGTGAACTGT
gi|3 : aagattaacTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
gi|30 : GTTGTTATAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTcctcaggtccatgatactttaagacatcttggtgcaatgagcttttggtatttgttagtgagcttacggttttgttgcttacaaaaaatggcctgctttataggtatatcttgttgggcattgcctttagttaaatataatatataaaatatgtaataactaaatataatatataaaatatgtaataactaatactacgtttactagtaaatatatttacagtgttaagctacatttgttgtgcataccgcaatagttgcactagcactaaggtataccgctactaatttggttgtgtttcctgttttgataccaattgtgtaatatctctatctgtgtttattgtatctagttttgtgattgatgtgtatatgggttctttgacttgtatttttgtcacgttgtattttcgaagtaggtgttgtattttgtgggtgtatggtaatatttgttt
gi|31 : atGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTGC-ACCAAGGTATCC------C-T---------AGTT------GACATT----ATATAGTGTAGA
gi|32 : tgtGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTg
gi|33 : tgtGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GGTTT------GGCACT----ATAGATTGTG
gi|34 : atgtGTAATTCTAAGGTTTTTAGTCCCTTC-G-------------------------CT-GGGTT------GGCACA----ATAGA--GTGGACT
gi|35 : gtTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|37 : taGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGTaa
gi|38 : gtgtGTAATTCTAAGGTGTTTAGTCCCTCC-GTCAAGTGATCc
gi|4 : GTAATTCTAAGGTTTTTAGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC------TT------G-CACA----ATAGAGTGTAGACTGTAAAA-GG-TA-AAATTGTGAGATTTTGA-TGTTT-TTTATG----CTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATATTCCTTTCGGTTAATTTAACCTC--TAACTGGTCTATCC--TATCAT-----GCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-TA-T-ATTA-ATATTGG-TGTGAAA--CTTGCCACTGTACTTATATTAG-TT----CCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAAT-GGGGACTTTACC---GGTAT--------GTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATT----------GGA-GGTAGCAA-GA-GCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|5 : gtGGCTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|5 : AATGTGGACTGTAAAA-GG-TA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT-AAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GTATATTA-GG-ATATACCCTTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGATCTATCC--TATCAT-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGAT-ATT----ATTGGTTGTGATA--CTTGCCGCCGCACCTAT-ATTATTT----CCCTGTTGGTTGaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|5 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcGTGATA--CTTGCCAACGCAC-----CTAAATTATTTCCCTATTGGTTGCTAGTATTGATT-------TGAT-GGGGA-----TTGGGGGTATCACT-TTA-TGTGTGTG-TATTTTTGTTG--TT-----AAAATTTCAGATAAAAATGGAGGTAGCAA-AA-GCTGGGGAGTAGtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|6 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttGTAGTTCTGAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC------------------ACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAAAGG-TT-TAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-TTGGTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAA----------------GTCGGTTAACTTTACCTT--TAGTTGGTTTATCC--TATTAT-----GCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-TG-TTGTT----ATTGG-TGTGGGA--CA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAGTT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATT------TTTGTAGGGG------TC---GGGGT-ATCACTTGTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATAT----------TGGGGGTAGC-A-GAAGCTGGAGATTAACACCGGC
gi|7 : gtgtTTAAGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC------------------ACT----ATACAGTGGGGACTGTAAAA-GG-TA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGAAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCTAAAGTTCG-------------TG-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATAGATCCGTTGGTTAATTTAACCCC--TAGTGGGTCTATCCAATGT--T-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-T--T-ATCC-T-ACTGG-T-TGATATGCTTGCCGCTGCAC
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GG-TA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-CGTctgt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GG-TA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-CGTt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333333333333333333333 1111 22222 22222 2222222 1 2222 11 1111 11 11 111111 111 2222222222 3333333333 1 22 1 2222 11 1 222 11
lowQualScore : 1 0 2 0 33333 1 333333 44444 0 66 33 1 2 1 33 22222222222222222222222222222222222222222222 777 2 3 3 2 1 0 4444 1 2 66 11 55555 55555 1 0000000 4 5 0 77 5 2222 1 4 4 1 77 1 44 6 6 4444 44 11 666666 0 444 8 1 3 999 0 1 8888888888 5555555555 3 0 55 1 1 6 8888 00 0 1 0 0 3 1 7 6 7 6 333 88
lowQualScore : . . . . ..... . ...... ..... . .. .. . . . .. ............................................ ... . . . . . . .... . . .. .. ..... ..... . ....... . . . .. . .... . . . . .. . .. . . .... .. .. ...... . ... . . . ... . . .......... .......... . . .. . . . .... .. . . . . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 3 8 4 5 77777 3 777777 22222 0 22 11 0 5 0 77 00000000000000000000000000000000000000000000 999 2 3 3 2 1 2 9999 0 2 99 99 00000 00000 0 2222222 5 0 0 22 0 9999 0 4 4 0 99 0 22 7 0 2222 22 00 888888 6 000 0 0 8 444 8 4 6666666666 0000000000 2 6 88 2 0 7 3333 33 7 0 7 7 3 0 3 7 3 7 333 33
consensus : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGATC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCANTGANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
Reference ( family-1150 ) : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTGNGATGGGGATC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAATGATGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|1 : GTTGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-AGAT-TAATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAAATA-GGGATATACCTGTCGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-TA-T-GTTG-A-AGTGG-T-GTTGGA--CATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGATT----CCTTGT-GTTTGG--GTGTTGATTGAGATGGGG-TC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|10 : TTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-TT------GACACT----ATAAAGTGAGGACTATAAAAGGGTT-TAACCTCGAGAT----A-TCCTTATTGTTATGATCCTCCACAGAACTATGTTTAACGTTTC-------------TA-------AA-G----------------G-TAC-AGAAAAAA-AG-ATAAATACGTCGgt
gi|11 : gtcactaagttcctgtttgaTAGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GGGTT------TGCACT----ATAAAGTTTGGACTAGAAAA-GGTT-TATTTTTGAAA-TTTGATTAATA-TTGACGT--TCCGCCACAGAACTAGATCTAAAGTTGC-------------TA-------GA-T----------------A-TATAGAAAATTA-AA-ACAGAtcactagattccttta
gi|12 : aGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-TAATTTTGAATTTTTTA-TGTTT-TTGTTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAATTA-GG-ATATACCTGTCGtgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|13 : gtgt-GGGTT------GGCACT----ATAGAGTGTAGGCTATAAAA-AGTTATAATTTTGAGATTTAGT-TGGTT-TTGATGT--CCCACCACAGAATTATTTCTATAGTTTCTTTTTGTTTTTCATA-------AA-ATCTAAAGTTTCTAAATC-TGT-ATAAAATA-GA-ATAAATTCGCCGGTTAAcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|14 : TTCTAAGGATTTGAGTTCATTC-GTCAAACAA----------------CTC-GGACT------GCCGCA----ATAAAGTGCGGACTATAAAATGATT-TAATTTTAAGACTTTGT-TAATT-CTGACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|15 : tgtgtgtgattcgaTT------GGCACT----ATAGAGTGTTGAC---------AT----ATTTTGAGATTTCGT-TGCTT-TAGATTA--TCCGCAACTAAATCAATTCTAAAGTTTC-------------TA-------
gi|16 : CCCC-GGGTG------GGAACCCAGTATAGAGTGTGGACTATAAAAGGGTT-TAATTT----GTTT------ATT-TTGATGT--TTCGCCACAGATCTATTTCTAtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|17 : cagtgtagtgtcgagatagcctGTGGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACT
gi|18 : tTTCGAAGTTTTATAGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-ATGTT------GGCTCT----ATAGTGCCCGGACTGTA
gi|19 : tgttaGTAATTCTATGGTTTT-AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----TTAGAGTG
gi|2 : tGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGG-----------------ATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-T----------------C-TGT-GAAAAATAGGG-ATATACCTGTTGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-TA-T-GTTG-A-AGTGG-T-GTTGGA--CATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGATT-----CTTAATGTTTG--GGTGTTGATTGAGATGGGG-TC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCattgacc
gi|20 : gtTCTAAAGTTTTAAGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCCTT---CATTACCCCT-GAGTTAACGTTGGCACT----ATAGAGTGTGGAC
gi|21 : agTAATTCTAAGGTTTTGAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGG
gi|22 : TTCTAAGGTTTATAGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GTTTT------GGCACT----TTTGATTGTGGACTtc
gi|23 : tgaGTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGTACA----ATAGAGCG
gi|24 : tatGCAGTTCTAAGGGTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCATA----TTAGAGTG
gi|25 : tatTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GATTT------AACACA----ATAGAATGTGGAC
gi|26 : tgtaGTTCTAAGGTTTTAAGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-ATGTT------GGCCCT----ATAGACTGTGGACT
gi|27 : -TTACCCCC-AGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-AAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-T
gi|28 : ccttTCTAAAGTTTTTAGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AGATT------GGCACA----ATAGAGTGTGgg
gi|29 : AGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TGGTT------GATACT----AGGCAGTGTGAACTGT
gi|3 : aagattaacTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
gi|30 : GTTGTTATAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTcctcaggtccatgatactttaagacatcttggtgcaatgagcttttggtatttgttagtgagcttacggttttgttgcttacaaaaaatggcctgctttataggtatatcttgttgggcattgcctttagttaaatataatatataaaatatgtaataactaaatataatatataaaatatgtaataactaatactacgtttactagtaaatatatttacagtgttaagctacatttgttgtgcataccgcaatagttgcactagcactaaggtataccgctactaatttggttgtgtttcctgttttgataccaattgtgtaatatctctatctgtgtttattgtatctagttttgtgattgatgtgtatatgggttctttgacttgtatttttgtcacgttgtattttcgaagtaggtgttgtattttgtgggtgtatggtaatatttgttt
gi|31 : atGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTGC-ACCAAGGTATCC------C-T---------AGTT------GACATT----ATATAGTGTAGA
gi|32 : tgtGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTg
gi|33 : tgtGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GGTTT------GGCACT----ATAGATTGTG
gi|34 : atgtGTAATTCTAAGGTTTTTAGTCCCTTC-G-------------------------CT-GGGTT------GGCACA----ATAGA--GTGGACT
gi|35 : gtTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|37 : taGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGTaa
gi|38 : gtgtGTAATTCTAAGGTGTTTAGTCCCTCC-GTCAAGTGATCc
gi|4 : GTAATTCTAAGGTTTTTAGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC------TT------G-CACA----ATAGAGTGTAGACTGTAAAA-GGTA-AAATTGTGAGATTTTGA-TGTTT-TTTATG----CTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATATTCCTTTCGGTTAATTTAACCTC--TAACTGGTCTATCC--TATCAT-----GCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-TA-T-ATTA-ATATTGG-T-GTGAAA--CTTGCCACTGTACTTATATTAG-TT----CCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAATG---GGGACTTT-ACCGGTATGTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATT----------GGA-GGTAGCAA-GA-GCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|5 : gtGGCTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|5 : AATGTGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT-AAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GTATATTA-GG-ATATACCCTTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGATCTATCC--TATCAT-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGAT-ATT----ATTGGTT-GTGATA--CTTGCCGCCGCACCTAT-ATTATTT----CCCTGTTGGTTGaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|5 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcTGG-TTGTGATA--CTTGCCAACGCAC-----CTAAATTATTTCCCTATTGGTTGCTAGTATTGATT-TGATGGGGATTGGGGGTA---TCACT-TTA--TGTGTGTG-TATTTTTGTTG--TT-----AAAATTTCAGATAAAAATGGAGGTAGCAA--AAGCTGGGGAGTAGtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|6 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgtGTAGTTCTGAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC------------------ACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAAAGGTT-TAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-TTGGTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAA----------------GTCGGTTAACTTTACCTT--TAGTTGGTTTATCC--TATTAT-----GCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-TG-TTGTT----ATTGG-T-GTGGGA--CA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAGTT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTTTTGTAGGGGTC---GGGG---T-ATCACTT-GTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATAT----------TGGGGGTAGCA--GAAGCTGGAGATTAACACCGGC
gi|7 : gtgtTTAAGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC------------------ACT----ATACAGTGGGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGAAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCTAAAGTTCG-------------TG-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATAGATCCGTTGGTTAATTTAACCCC--TAGTGGGTCTATCCAATGT--T-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-T--T-ATCC-T-ACTGG-T--TGATATGCTTGCCGCTGCAC
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-C-GTctgt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-C-GTt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333333333333333333333 1111 22222 22222 2222222 1 2222 11 1111 11 11 111111 111 2222222222 3333333333 1 22 2222 11 1 222 11
lowQualScore : 1 0 2 0 33333 1 333333 44444 0 66 33 1 2 1 33 22222222222222222222222222222222222222222222 777 2 3 3 2 1 0 4444 1 2 66 11 55555 55555 1 0000000 4 5 0 77 5 2222 1 4 4 1 77 1 44 6 6 4444 44 00 666666 0 444 8 1 3 999 0 1 8888888888 5555555555 3 0 44 8 1 6 8888 00 0 1 0 0 3 1 7 6 7 6 333 88
lowQualScore : . . . . ..... . ...... ..... . .. .. . . . .. ............................................ ... . . . . . . .... . . .. .. ..... ..... . ....... . . . .. . .... . . . . .. . .. . . .... .. .. ...... . ... . . . ... . . .......... .......... . . .. . . . .... .. . . . . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 3 8 4 5 77777 3 777777 22222 0 22 11 0 5 0 77 00000000000000000000000000000000000000000000 999 2 3 3 2 1 2 9999 0 2 99 99 00000 00000 0 2222222 5 0 0 22 0 9999 0 4 4 0 99 0 22 7 0 2222 22 22 888888 6 000 0 0 8 444 8 4 6666666666 0000000000 2 6 22 8 0 7 3333 33 7 0 7 7 3 0 3 7 3 7 333 33
consensus : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGATC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCANTGANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
Reference ( family-1150 ) : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGATC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCANTGANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|1 : GTTGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-AGAT-TAATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAAATA-GGGATATACCTGTCGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-TA-T-GTTG-A-AGTGG-T-GTTGGA--CATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGATT----CCTTGT-GTTTGG--GTGTTGATTGAGATGGGG-TC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|10 : TTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-TT------GACACT----ATAAAGTGAGGACTATAAAAGGGTT-TAACCTCGAGAT----A-TCCTTATTGTTATGATCCTCCACAGAACTATGTTTAACGTTTC-------------TA-------AA-G----------------G-TAC-AGAAAAAA-AG-ATAAATACGTCGgt
gi|11 : gtcactaagttcctgtttgaTAGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GGGTT------TGCACT----ATAAAGTTTGGACTAGAAAA-GGTT-TATTTTTGAAA-TTTGATTAATA-TTGACGT--TCCGCCACAGAACTAGATCTAAAGTTGC-------------TA-------GA-T----------------A-TATAGAAAATTA-AA-ACAGAtcactagattccttta
gi|12 : aGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-TAATTTTGAATTTTTTA-TGTTT-TTGTTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAATTA-GG-ATATACCTGTCGtgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|13 : gtgt-GGGTT------GGCACT----ATAGAGTGTAGGCTATAAAA-AGTTATAATTTTGAGATTTAGT-TGGTT-TTGATGT--CCCACCACAGAATTATTTCTATAGTTTCTTTTTGTTTTTCATA-------AA-ATCTAAAGTTTCTAAATC-TGT-ATAAAATA-GA-ATAAATTCGCCGGTTAAcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|14 : TTCTAAGGATTTGAGTTCATTC-GTCAAACAA----------------CTC-GGACT------GCCGCA----ATAAAGTGCGGACTATAAAATGATT-TAATTTTAAGACTTTGT-TAATT-CTGACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|15 : tgtgtgtgattcgaTT------GGCACT----ATAGAGTGTTGAC---------AT----ATTTTGAGATTTCGT-TGCTT-TAGATTA--TCCGCAACTAAATCAATTCTAAAGTTTC-------------TA-------
gi|16 : CCCC-GGGTG------GGAACCCAGTATAGAGTGTGGACTATAAAAGGGTT-TAATTT----GTTT------ATT-TTGATGT--TTCGCCACAGATCTATTTCTAtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|17 : cagtgtagtgtcgagatagcctGTGGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACT
gi|18 : tTTCGAAGTTTTATAGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-ATGTT------GGCTCT----ATAGTGCCCGGACTGTA
gi|19 : tgttaGTAATTCTATGGTTTT-AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----TTAGAGTG
gi|2 : tGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGCT------GGCACA----ATAGAGTGTGG-----------------ATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-T----------------C-TGT-GAAAAATAGGG-ATATACCTGTTGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-TA-T-GTTG-A-AGTGG-T-GTTGGA--CATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGATT-----CTTAATGTTTG--GGTGTTGATTGAGATGGGG-TC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGT--CACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCattgacc
gi|20 : gtTCTAAAGTTTTAAGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCCTT---CATTACCCCT-GAGTTAACGTTGGCACT----ATAGAGTGTGGAC
gi|21 : agTAATTCTAAGGTTTTGAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGG
gi|22 : TTCTAAGGTTTATAGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GTTTT------GGCACT----TTTGATTGTGGACTtc
gi|23 : tgaGTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGTACA----ATAGAGCG
gi|24 : tatGCAGTTCTAAGGGTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCATA----TTAGAGTG
gi|25 : tatTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GATTT------AACACA----ATAGAATGTGGAC
gi|26 : tgtaGTTCTAAGGTTTTAAGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-ATGTT------GGCCCT----ATAGACTGTGGACT
gi|27 : -TTACCCCC-AGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-AAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-T
gi|28 : ccttTCTAAAGTTTTTAGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AGATT------GGCACA----ATAGAGTGTGgg
gi|29 : AGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TGGTT------GATACT----AGGCAGTGTGAACTGT
gi|3 : aagattaacTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
gi|30 : GTTGTTATAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACA----ATAGAGTGTGGACTcctcaggtccatgatactttaagacatcttggtgcaatgagcttttggtatttgttagtgagcttacggttttgttgcttacaaaaaatggcctgctttataggtatatcttgttgggcattgcctttagttaaatataatatataaaatatgtaataactaaatataatatataaaatatgtaataactaatactacgtttactagtaaatatatttacagtgttaagctacatttgttgtgcataccgcaatagttgcactagcactaaggtataccgctactaatttggttgtgtttcctgttttgataccaattgtgtaatatctctatctgtgtttattgtatctagttttgtgattgatgtgtatatgggttctttgacttgtatttttgtcacgttgtattttcgaagtaggtgttgtattttgtgggtgtatggtaatatttgttt
gi|31 : atGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTGC-ACCAAGGTATCC------C-T---------AGTT------GACATT----ATATAGTGTAGA
gi|32 : tgtGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTg
gi|33 : tgtGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GGTTT------GGCACT----ATAGATTGTG
gi|34 : atgtGTAATTCTAAGGTTTTTAGTCCCTTC-G-------------------------CT-GGGTT------GGCACA----ATAGA--GTGGACT
gi|35 : gtTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|37 : taGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGTaa
gi|38 : gtgtGTAATTCTAAGGTGTTTAGTCCCTCC-GTCAAGTGATCc
gi|4 : GTAATTCTAAGGTTTTTAGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC------TT------G-CACA----ATAGAGTGTAGACTGTAAAA-GGTA-AAATTGTGAGATTTTGA-TGTTT-TTTATG----CTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATATTCCTTTCGGTTAATTTAACCTC--TAACTGGTCTATCC--TATCAT-----GCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-TA-T-ATTA-ATATTGG-T-GTGAAA--CTTGCCACTGTACTTATATTAG-TT----CCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAATG---GGGACTTT-ACCGGTATGTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATT----------GGA-GGTAGCAA-GA-GCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|5 : gtGGCTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|5 : AATGTGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT-AAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GTATATTA-GG-ATATACCCTTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGATCTATCC--TATCAT-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGAT-ATT----ATTGGTT-GTGATA--CTTGCCGCCGCACCTAT-ATTATTT----CCCTGTTGGTTGaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|5 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcTGG-TTGTGATA--CTTGCCAACGCAC-----CTAAATTATTTCCCTATTGGTTGCTAGTATTGATT-TGATGGGGATTGGGGGTA---TCACT-TTA--TGTGTGTG-TATTTTTGTTG--TT-----AAAATTTCAGATAAAAATGGAGGTAGCAA--AAGCTGGGGAGTAGtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|6 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgtGTAGTTCTGAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC------------------ACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAAAGGTT-TAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-TTGGTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAA----------------GTCGGTTAACTTTACCTT--TAGTTGGTTTATCC--TATTAT-----GCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-TG-TTGTT----ATTGG-T-GTGGGA--CA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAGTT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTTTTGTAGGGGTC---GGGG---T-ATCACTT-GTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATAT----------TGGGGGTAGCA--GAAGCTGGAGATTAACACCGGC
gi|7 : gtgtTTAAGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC------------------ACT----ATACAGTGGGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGAAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCTAAAGTTCG-------------TG-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATAGATCCGTTGGTTAATTTAACCCC--TAGTGGGTCTATCCAATGT--T-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-T--T-ATCC-T-ACTGG-T--TGATATGCTTGCCGCTGCAC
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-C-GTctgt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AGGTT------GGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA-AACGG-C-GTt
blockSeqs : T A CATTA A AACGTT CCAGT G TA AT C A T GA TTTTTGTTTTTCATAAAATCTAAAGTTTCTAAATC AGA A G . A G CAG T T AA AT CATAG TACAT T GAAA G G C GA T AAT G T T G TG A GA A A ATTT AT GA ATTGGG CTT C A A TGT T AATTTCCTAT CAGATAAAAA G A CT T A G GAAG CC T G A T C T C TTG TA
blockSeqs : . A CTTG . . T T T A A . A . TACTTCTATAGTACA AG T . . G G CAG T C . TC CATAG TACAT G AATG A . C A . GCA T . . A . T TT . T . CT TT ATG . . C G GA A TTT . A A A A C . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . T CTTG . . T G T A T . T . TACTTCTATAGTACA GA T . . T G TT G C . TC . . G GAAA G . . A . GCA T . . T . T CT . A . AT TT GTC . . C A GT T TTA . G A A A C
blockSeqs : . A CTTG . . T A T T G . A . TAAAGG AT A . . A G TC T T . TT . . G G G . . G . GA T . . T . T TT . G . . T TC . . T . T A . . . . . .
blockSeqs : . T CTTG . . A . T T A . A . TAGATA GA A . . T G TC G C . GT . . G G G . . G . CT C . . G . A . . . .
blockSeqs : . G TTTT . . T . T T C . A . TAAAAC AT T . . T G TT G A . GT . . T A . . . G . . A . . T . T
blockSeqs : . T CTTG . . A . T A A . A . TAAATC GT T . . T . CC G A . T . . T A . . . . . . A . .
blockSeqs : . T CTTG . . T . A A T . C . TAAAAC GA T . . G . . .
blockSeqs : . A CGTG . . A . A A T . A . TAAAAC AT G . . G
blockSeqs : . T CTTG . . A . T A T . A . TAAAAC A G . . G
blockSeqs : . A CTTG . . T . A A G . G . TGAAAC A . . . .
blockSeqs : . T CTTG . . A . A A T . A .
blockSeqs : . T ATTG . . T . A T G . T .
blockSeqs : . T CTTG . . A . . T A . T .
blockSeqs : . A CTTG . . A . . . A .
blockSeqs : . G CTAA . . A
blockSeqs : . C CTAA . . T
blockSeqs : . T TAG . . A
blockSeqs : . A TTT . . A
blockSeqs : . G AA . . T
blockSeqs : . G AT . . A
blockSeqs : . T CT . . T
blockSeqs : . G A . . T
blockSeqs : . T A . . A
blockSeqs : . A . . . A
blockSeqs : . . . . . A
blockSeqs : . . . . . T
blockSeqs : . . . . T
blockSeqs : . . . T
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : G*** AT GTC*** **
originalCons : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG-A-ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGATC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCANTGANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
finalCons : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GGGTT------GGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG---ANTGG-T-GTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGGTC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCA--GANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333333333333333333333333333 1111 22222 22222 111111111 111 44444444 11 1111 11 11 111 111 2222222222 3333333333 2222 11 1 222 11
lowQualScore : 1 0 2 1 33333 1 333333 44444 0 66 33 1 2 1 33 22222222222222222222222222222222222222222222 777 2 3 3 2 1 0 4444 1 2 66 11 55555 55555 1 555555555 111 4 4 00000000 4 1 77 1 44 6 6 4444 44 00 3 6 444 0 444 8 1 3 999 0 1 8888888888 5555555555 3 0 1 1 1 6 8888 00 0 1 0 0 3 1 7 6 7 6 333 88
lowQualScore : . . . . ..... . ...... ..... . .. .. . . . .. ............................................ ... . . . . . . .... . . .. .. ..... ..... . ......... ... . . ........ . . .. . .. . . .... .. .. . . ... . ... . . . ... . . .......... .......... . . . . . . .... .. . . . . . . . . . . ... ..
lowQualScore : 3 8 4 4 77777 3 777777 22222 0 22 11 0 5 0 77 00000000000000000000000000000000000000000000 999 2 3 3 2 1 2 9999 0 2 99 99 00000 00000 0 555555555 666 4 4 33333333 4 0 99 0 22 7 0 2222 22 22 2 4 000 6 000 0 0 8 444 8 4 6666666666 0000000000 2 6 4 0 0 7 3333 33 7 0 7 7 3 0 3 7 3 7 333 33
consensus : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GG------GTTGGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG----AN-TGG-TGTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGGTC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAGAAGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
Reference ( family-1150 ) : GTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTNATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GG------GTTGGCACN----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-GGTT-TAATTTTGAGATTTTGA-TGNTT-TTGNTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAANTA-GG-ATANACCCGTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTNGGTCTATCC--TGNTAT-----GCC-----GAGNTAAA---G---TGAT-A-TG-T-GTTG----AN-TGG-TGTGGNA--CNTGCCGCCGCGCGTAT-CTAGATT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTNTGATGGGGGTC---GGTA---T-ANTATTA-GTGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTAGCAGANGCTGGGGATTAGCANCGGCGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGCGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAANGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGCGGTGGTGTCTTCTTGGGTGGTCGTTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGNAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|1 : GTTGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GG------GCTGGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-AGAT-TAATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTAT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAAATA-GGGATATACCTGTCGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-A-TA-T-GTTG----AAGTGG-TGTTGGA--CATGCCGCCGTGTGGAT-CTAGATT----CCTTGT-GTTTGG--GTGTTGATTGAGATGGGG-TC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTCACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACTGTTGTGTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAAGGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGATGGTGTCTTCTTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGTAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTCTAGAAGATACCCGGCAGTACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGATCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTAGTCAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCC
gi|10 : TTTGAGTCCCTCC----ATGGAATCCCCGTGG--TAGCTCCT-TA-------TTGACACT----ATAAAGTGAGGACTATAAAAGGGTT-TAACCTCGAGAT----A-TCCTTATTGTTATGATCCTCCACAGAACTATGTTTAACGTTTC-------------TA-------AA-G----------------G-TAC-AGAAAAAA-AG-ATAAATACGTCGgt
gi|11 : gtcactaagttcctgtttgaTAGTTCCTTCTGCCAAATAGTCCCAGCGG----AACTCT-GG------GTTTGCACT----ATAAAGTTTGGACTAGAAAA-GGTT-TATTTTTGAAA-TTTGATTAATA-TTGACGT--TCCGCCACAGAACTAGATCTAAAGTTGC-------------TA-------GA-T----------------A-TATAGAAAATTA-AA-ACAGAtcactagattccttta
gi|12 : aGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGG------------------------------------AGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-TAATTTTGAATTTTTTA-TGTTT-TTGTTGT--TCCGCCGAAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAAATTA-GG-ATATACCTGTCGtgcaaacctataggtgtattaataacaacctattttagt
gi|13 : gtgt-GG------GTTGGCACT----ATAGAGTGTAGGCTATAAAA-AGTTATAATTTTGAGATTTAGT-TGGTT-TTGATGT--CCCACCACAGAATTATTTCTATAGTTTCTTTTTGTTTTTCATA-------AA-ATCTAAAGTTTCTAAATC-TGT-ATAAAATA-GA-ATAAATTCGCCGGTTAAcacctatacctccgtttatcaccatgc
gi|14 : TTCTAAGGATTTGAGTTCATTC-GTCAAACAA----------------CTC-GG------ACTGCCGCA----ATAAAGTGCGGACTATAAAATGATT-TAATTTTAAGACTTTGT-TAATT-CTGACAT--TCCGCCATAGAACTG
gi|15 : tgtgtgtgattcgaTTGGCACT----ATAGAGTGTTGAC---------AT----ATTTTGAGATTTCGT-TGCTT-TAGATTA--TCCGCAACTAAATCAATTCTAAAGTTTC-------------TA-------
gi|16 : CCCC-GG------GTGGGAACCCAGTATAGAGTGTGGACTATAAAAGGGTT-TAATTT----GTTT------ATT-TTGATGT--TTCGCCACAGATCTATTTCTAtagtttctgtatagttaaaaaaagatgattccgt
gi|17 : cagtgtagtgtcgagatagcctGTGGTACTAAGGTTTATAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCAAGGGGC-TTGCCCCC-GG------GCTGGCACA----ATAGAGTGTGGACT
gi|18 : tTTCGAAGTTTTATAGTCACTCC-GTCAAATGA-CCCGGGGGT-TT--TCAC-AT------GTTGGCTCT----ATAGTGCCCGGACTGTA
gi|19 : tgttaGTAATTCTATGGTTTT-AGTCCCTCC-ACCAGGTTGTCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GG------GTTGGCACA----TTAGAGTG
gi|2 : tGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGATATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GG------GCTGGCACA----ATAGAGTGTGG-----------------ATTTTGGAATTTTGA-TGTTT-TCGCTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-T----------------C-TGT-GAAAAATAGGG-ATATACCTGTTGGTTAATTTAACCTT--TAGTTGGTTTATCC--CGATAT-----GCC-----GAGTTAAG---G---TGAT-G-TA-T-GTTGA---AG-TGG-TGTTGGA--CATGCCGCCGTGTGAAT-CTAGATT-----CTTAATGTTTG--GGTGTTGATTGAGAT-GGGGTC---GATA---T-AATATTA-GAGTGTATGTTGTTGTTGTTG--TT-----TAAGTTT----------TGAGGGTCACTGATGCTTGGAATTAGCAACGGTGGAGTATGTGTATT----GTTGTATATGGACGGTGTATCTTAGAATACCGTTGTTTTGTGCGTTGTGTGTGGTGTGTATGAGTCAAGGTGGATCGGGTAATGTCAGGGAGGGCGCTAGTTCTCTTGATTGTGGTGGTGTCTTATTGGGTGGTCATTT-TCGGAGGTTGTTGCTCTGTGGAAGGCTGTGCTGCGTAGTTCGTTGTTTAGAAGATACCCGGCAGAACCTGTACCCCACACTTTAGGTGTGACGTATCTAGTACCCCCGGGCTTGTTGGGTCGTCTTC---TTGATGGGTCTTCTGGTCACGGCGCCTGTGAATTGGTTAGTT--GGCCTCGATCAGTCGTCGTGCCattgacc
gi|20 : gtTCTAAAGTTTTAAGTCCCTCC-GCAAAATAGTCCC---TTCATTACCCCT-GAGTTAACGTTGGCACT----ATAGAGTGTGGAC
gi|21 : agTAATTCTAAGGTTTTGAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCCCATGGGC-TTGCCCCCAGG------GTTGGCACA----ATAGAGTGTGG
gi|22 : TTCTAAGGTTTATAGACCGTCC-GCAAAATATTCCCGGCGGT-TTTCACCC-GT------TTTGGCACT----TTTGATTGTGGACTtc
gi|23 : tgaGTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCAGGGGC-TTGCCCCC-GG------GTTGGTACA----ATAGAGCG
gi|24 : tatGCAGTTCTAAGGGTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTTATCTCGGGTGC-TTGCCCCC-GG------GTTGGCATA----TTAGAGTG
gi|25 : tatTAGTTCTAAGGTTTTTAGTCCC-------AGGTTATCCCCGGGAC-GTGCACCC-GA------TTTAACACA----ATAGAATGTGGAC
gi|26 : tgtaGTTCTAAGGTTTTAAGTCCATCT-GCCAAACAATCCCTGGGAA---ACCCCC-AT------GTTGGCCCT----ATAGACTGTGGACT
gi|27 : -TTACCCCC-AG------GTTGGCACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAA-TGTT-AAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-T
gi|28 : ccttTCTAAAGTTTTTAGTCCATCT-GCCAAGTGATCCCGGGGGC-TTGCCCCC-AG------ATTGGCACA----ATAGAGTGTGgg
gi|29 : AGTCCCTCT-GCCATATCGTCCCGGGGGA-T----CCC-TG------GTTGATACT----AGGCAGTGTGAACTGT
gi|3 : aagattaacTGCAGTGGTGTCTACTTGGATGGTCGTTGGTTGGAGGTTGGTGCTCTGTGGCTGGGTATGCTGCATTGTTTCTTGTCTAGAAGAAGCCCGACAGTACCTGTACCCCACAC-TTAGGTATGACGTATCTAGTAGCCCTGGG-TAGT--GAT-GTTTTCTTGTTGCTGGATGTTCGGGTCACGGCGTCTGTCTATTGGTCTTTTTAGGCCTCGTTCAGTCGTCGTTCC
gi|30 : GTTGTTATAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGG------------C-TTGCCCCC-GG------GTTGGCACA----ATAGAGTGTGGACTcctcaggtccatgatactttaagacatcttggtgcaatgagcttttggtatttgttagtgagcttacggttttgttgcttacaaaaaatggcctgctttataggtatatcttgttgggcattgcctttagttaaatataatatataaaatatgtaataactaaatataatatataaaatatgtaataactaatactacgtttactagtaaatatatttacagtgttaagctacatttgttgtgcataccgcaatagttgcactagcactaaggtataccgctactaatttggttgtgtttcctgttttgataccaattgtgtaatatctctatctgtgtttattgtatctagttttgtgattgatgtgtatatgggttctttgacttgtatttttgtcacgttgtattttcgaagtaggtgttgtattttgtgggtgtatggtaatatttgttt
gi|31 : atGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTGC-ACCAAGGTATCC------C-T---------A------GTTGACATT----ATATAGTGTAGA
gi|32 : tgtGTAGTACTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTAGTCCCGGGGGC-TTGCCCCC-GG------GTg
gi|33 : tgtGTGATTCTAAGATTTTTAGTCCCTCC-----------------------ACCCCC-GG------TTTGGCACT----ATAGATTGTG
gi|34 : atgtGTAATTCTAAGGTTTTTAGTCCCTTC-G-------------------------CT-GG------GTTGGCACA----ATAGA--GTGGACT
gi|35 : gtTTCTAAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATCCCGAGGG
gi|37 : taGTTGTACTAAGGATTATAGTCCCTCC-GCCAGGTaa
gi|38 : gtgtGTAATTCTAAGGTGTTTAGTCCCTCC-GTCAAGTGATCc
gi|4 : GTAATTCTAAGGTTTTTAGTATCTCC-GCCAGGTTATCCTGGGGGA-TTGCCC------------TTG-CACA----ATAGAGTGTAGACTGTAAAA-GGTA-AAATTGTGAGATTTTGA-TGTTT-TTTATG----CTGCCGCAGAACTGTTTCTATAATTTC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATATTCCTTTCGGTTAATTTAACCTC--TAACTGGTCTATCC--TATCAT-----GCT-----TAGGTAAA---G---AAATGG-TA-T-ATTAAT--AT-TGG-TGTGAAA--CTTGCCACTGTACTTATATTAG-TT----CCCTATTGGTTGATAGTATTGATTTTGGTGGGAATG---GGGACTTT-ACCGGTATGTGTGTATATTGTTGTAGTTGAATTTCCTATAAGATT----------GGA-GGTAGCAAGAGCTGGGGATTAGCACCGGC--AGTCTTTGTTTTGAAGGTTTTCTAGAGATGGTTTAACTTAAATTA-----GCGCTGTAGGTTATTTGTGTTGTGTAT
gi|5 : gtGGCTTTTAGTCCCTCC-GCCAAGTGATC
gi|5 : AATGTGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGATGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCT-AAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GTATATTA-GG-ATATACCCTTCGGTTAATTTAACCTC--TAGTGGATCTATCC--TATCAT-----GCC-----GAGGTAAA---GAAATGGT-A-TGAT-ATT-----AT-TGGTTGTGATA--CTTGCCGCCGCACCTAT-ATTATTT----CCCTGTTGGTTGaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttccctgttggttgtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|5 : ggcttttagtccctccgccaagtgatc-T-GTTG--------GT-TGTGATA--CTTGCCAACGCAC-----CTAAATTATTTCCCTATTGGTTGCTAGTATTGATT-TGATGGGGATTGGGGGTA---TCACT-TTA--TGTGTGTG-TATTTTTGTTG--TT-----AAAATTTCAGATAAAAATGGAGGTAGCAAAAGCTGGGGAGTAGtgatacttgccaacgcacctaaattatttccctattggttgctagtattgatttgatggggattgggggtatcactttatgtgtgtgtatttttgttgttaaaatttcagataaaaatggaggtagcaaaagctggggagtag
gi|6 : ggcttttagtccctccgccaagtgatcaatgtggactgtaaaaggtataattttgagattttgatggttttgatgttccgccgcagaactgtttctaagttcctaaaactgtgtatattaggatatacccttcggttaatttaacctctagtggatctatcctatcatgccgaggtaaagaaatggtatgatattattggttgtgatacttgccgccgcacctatattatttcccGTAGTTCTGAGGTTTTTAGTCCCTCC-GCCAGGTTATCCCGGGGGC-TTGCC------------------ACA----ATAGAGTGTGGACTGTAAAAAGGTT-TAATTTTGAAATTTTGA-TGTTT-TTGGTGT--TCCGCCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTCC-------------TA-------AA-A----------------C-TGT-GAAA----------------GTCGGTTAACTTTACCTT--TAGTTGGTTTATCC--TATTAT-----GCC-----GAGGTAAAAATG---TGCT-A-TG-TTGTT-----AT-TGG-TGTGGGA--CA-GCCGCCGTGTTTAT-CTGAGTT----CCCTATTGGTTGATAGTGTTGATTTTTGTAGGGGTC---GGGG---T-ATCACTT-GTGTGTATGTTGCTGTAGTTA----------AAATAT----------TGGGGGTAGCAGAAGCTGGAGATTAACACCGGC
gi|7 : gtgtTTAAGTCCCTCC-GCCAAGTAGTCCAGGAGGC-TTGCC------------------ACT----ATACAGTGGGGACTGTAAAA-GGTA-TAATTTTGAGATTTTGA-TGGTT-TTGAAGT--TCCGCCGCAGAAC-ATTTCTAAAGTTCG-------------TG-------AA-A----------------C-TGT-ATAAATTA-GG-ATAGATCCGTTGGTTAATTTAACCCC--TAGTGGGTCTATCCAATGT--T-----GCC-----GAGGTAAA---G---AAAT-G--G-T-ATTATCCTAC-TGG-T-TGATATGCTTGCCGCTGCAC
gi|8 : TCCCGTG--C-TAACCTCC-AG------GTTGGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA--AA-CGG-CGTctgt
gi|9 : gcaaaacagTCCCGTG--C-TAACCTCC-AG------GTTGGCACT----TTAGAGTGTTGACTATAAAC-GGTA-TAAATATGAGATTTCGT-TGATT-TTGTTGT--TCCACCGCAGAACTGTTTCTAAAGTTTC-------------TACTTCTATAGTA----------------CATGT--AAAAGTA-AG-ATAGATCCATCG--TAATTTCACC-CAGTAGTGGATAAAACC--TGGTGTCATAGGCCTACATAAGTTAAA---A---T-AT-ACTG-T-GTTGCA--AA-CGG-CGTt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|36 ): TGAATATAATTTGAAGTCGTCCCTGAAATTGGTTTTGTTTCA
Unaligned ( gi|39 ): TGCGTTTTAGTACTTTGTAATTCTAAGGTTTTGA
Unaligned ( gi|40 ): TGTGGTGCATTCTCTGACATCCATGTTTTTT