lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1111111 1111111 3333333333 111 777777777777777777777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 5555555555555 111 44444444444444444 333333333333333333 1111 22222222222222222222222222222 1 11 111111111 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555 1 22 11 222222222222 2222222 222222222 111 22 777777777777777777777 5555555
lowQualScore : 8 33 3 55 3 3 22 6 2 44 1 77 1111111 1111111 1 0 1111111111 444 4 4 555555555555555555555555 6 9 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 88888888888888 2 0 4444444444444 9999 7 888 777 0 88888888888888888 7 888888888888888888 4 0000 77777777777777777777777777777 3 1 0 44 5 222222222 3 444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 1111111111111111111111111111111 6 2 11 66666 00 7 222222222222 444 9 5 2 3333333 33 44 666666666 555 3 11 3 555555555555555555555 3 0000000
lowQualScore : . .. . .. . . .. . . .. . .. ....... ....... . . .......... ... . . ........................ . . ................................................................ . .............. . . ............. .... . ... ... . ................. . .................. . .... ............................. . . . .. . ......... . ... ......................................................................................................................................... . ............................... . . .. ..... .. . ............ ... . . . ....... .. .. ......... ... . .. . ..................... . .......
lowQualScore : 4 66 3 00 5 6 55 0 2 66 6 44 8888888 8888888 1 8 4444444444 000 7 7 888888888888888888888888 7 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 77777777777777 5 1 5555555555555 2222 1 444 888 1 66666666666666666 2 888888888888888888 5 6666 55555555555555555555555555555 6 9 6 44 0 555555555 7 777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 4444444444444444444444444444444 1 7 77 22222 55 0 333333333333 777 0 8 7 9999999 99 22 000000000 888 3 88 6 555555555555555555555 0 0000000
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGACTTGNGCATAT--GGAGGCTGTGTA-TTTCCATA--TACTGCATTGTTGGTCGTG--TCCGACCTGT-------AAC-------TTCCAAATAC--------TTTCACAAA---ANTNTT------A-----------------ACC-TCAAAGGTCAAGGTCACGTA-------CN---GGACNTAC-----G--CG-------------TA-------------TTTCCATATACTGCATTGTTGGTTGTGCC--CNATTTTCAA-AT----AN---CTTCACAG-AAGTGTTCAGCATAA--CAT---GACG--AA---GTNCTGTA-GCAATACC---TNGGTGGCT-AC---CTCAAAGGTCAA----GGTCA--------C--GTAC-A-G-GACTT--GCGCATACGGAGGCTGT-GTA-TTTCCAT---------ATACTG---CA-------------C--A-----------NA--TGT--------CA-A-AT-----GA---TG-C--TT--C---AT-G--------NA-------C--A-TGT-G-A-CGGTA--------T----GT----C----CAACTTACCTGTC-CGCA-T-TTCCCGTTG--CT-C---A--TTTTG--AACAGTTT-TTCCGTA-----TGTAAA-CAACTCTCAAAATATCGTC-GG----TAA---ACGTTAGAACCTNC-TTC-ANT--TAT--TGTTG--TCAAC-C-GGCA-GGGG--AC-TTTGTATTGCATGGCA-TANCTCAATTAACNTNTTNTNNNTANTGATTAGTATC-TCATGTA
Reference ( gi|1 ) : AACTTTCACATGCATGGGCTATTTGCATACTTTATCATGACTTAGGCATGT--GGAGGTTGTGTA-TTTCCATA--TACTGCATTGTCGGTCGTG--TCCGATCTGT-------AAC-------TTTCAAATAC--------TTTCACAGA---AATATT------A-----------------ACC-TCAAAGCTCAAGGTAACGTG-------TT---GGACCTAC-----C--CA-------------TA-------------TTTCCATATACTGCATTTATGATCGTCCC--CCATTTTCAA-GT----AG---TTTCAAAG-AAGTGTTCGGCATAA--AAT---GACA--AA---GTTTTGTAAGCAACACC---GCGGTGATT-GT---CTTAAAGGTCAA----GGTTG--------C--GTAC-A-G-ATCTT--GCGTATAGGGAAGCTGG-GTA-TTTCCAT---------ATAATG---CA-------------C--A-----------CA--TGT--------CA-A-AT-----GA---TGCC--TT--C---AT-G--------TA-------C--A-TGT-G-A-CGGTA--------T----GT----C----CAACTTACCTGTC-CGCA-A-TCCCCGTTG--GT-T---A--TTAAA--AACAGTGT-TTCGATA-----TGTAAA-TAAATCTCAAAATAGCATC-GG----TAA---ACGTTAGAGCCTGC-TTC-ATT--TAT--TGTTG--TCAAA-C-GGCC-GGGT--AC-TTCTTATTGCATGGCA-TA--TT-ATTAACATA-TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTAAAACGACAATTTGTATCGGCGGTAGAAAAGAACCGATGCAAACTTTTGA
gi|2 : CAGGACTTACGCATAT--AGAAGCTGTTTA-TCTCCATT--TACTGCA
gi|10 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacctcatgatcaagtataggactttggtacatggaggctgggtatttcgatgtataatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtaCAGGAATTAAGCATAT--AGAGGTTATGTACTTTGTGTA--TACTGCAcagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|9 : actaggtggcgacctcaaaggtaaatagtggttacataCAGGAATTAAGCATAT--AGAGGTTATGTACTTTGTGTA--TACTGCAcagaattgttaagcttaacatgaaaacaaaacatgtctatggtgtaattgtctagtcaacttacctgcccacatttaccatggctcattttgaatagtttttcgtatgtaaacaaatgacaaaatatcataattgacgttagtattaccttcaatatattgttatcaactcaactaggatactttgtattgcatagcaatacttaaaa
gi|16 : actaggtggcgacctcaaaggtaaatagtggttacataCACGACTCGTGCATAG--GAAAGATGCATA-TTTTCATA--TACTGCAcagaattgttaagcttaacatgaaaacaaaacatgtctatggtgtaattgtctagtcaacttacctgcccacatttaccatggctcattttgaatagtttttcgtatgtaaacaaatgacaaaatatcataattgacgttagtattaccttcaatatattgttatcaactcaactaggatactttgtattgcatagcaatacttaaaatc
gi|27 : taaaggtcaaggtcacataCATGATTTCGGCATGT--GCTGGCTGTGTA-TTTCAAGT--GACTGCATTGTTGATTGTG--TCCGcagaaatatgcaacgtatcatgacgacaaatcattctagccgatttacctgtccgcattccgtgatatattttgaacagtttttctgtataaac
gi|3 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataGACTTGTGTATGT--GGAGGCTGTATA-TTTCGTTA--TTCTGTAc
gi|18 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtggctcaacggtcaaggtcacatacaagattttaggcgtatggaggctcaatatactgatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgaGACTTGCACATAC--GGGGGCTGTATA-TTTCCATAATTA-TGTACTGTcagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|8 : gGACTTGCACATAT--GGAGGCTGTGTA-TTTCCTTA--TACTGCAaaaacaactctccaaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|13 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaaGACATATACACAT--GGCAGTTGTTTA-TTTCCATA--AACTGCAaagaagtactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|6 : ACTTGGGCATAT--GGATGCTGCATA-TTTTCATA--TACTGCATTGTTGATTGT---TC-------T-------AAA-------TTTCAAATA----------TTCAcctaggttttcagcttaacttgaggatgaatcatacctatgaagaattgtcaagtcaacatgcatgtctgcatttcccatggctcattttgagatattttgctctgtttcaacaactctcaaaaaaaaaaaaatgtcataaaaagaactttttcaaatattgttgtc
gi|22 : tgcattgttggcagttctgccttgtaaacatatgatgtgtcgtgtgcaacacctgggtggctacttcaaaggtcaaggtcacataccgaACTTTGGCATAT--GGAAGTGGTGTA-TTTCCATA--TTCCACATTGTTGAT-GTGACTCCCAAATGTATGGACAAAT-------TTTCCGATAA--------TGTCACAGA---ATTATT------gattttcaaaaaacttcgcagtaagccaactgacctgtcttgttttttcaattgctctttttgaacaacattttttgcgtaggtaaaaaaatattgtccatgaacgttagaatctacttaaattattgatgtcaagcagtaggggattttgtattgcatgtcattacttcattaatttcttcatagtgattagtatctcatgtatga
gi|3 : atctcaaaggtcaagttcatgtgcagtTTAGGCGTAT--GGAGGCT---------CAATA--TACTG-ATTTTTA-TCGTG--TCTGCCCTGC-------AAT-------TACTAAATGC--------cagaataac
gi|4 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtggctcaacggtcaaggtcacatacaagattTAGGCATAA--TGATGCTGTATT-TTTTCATA--TAGTGCATTGTTGGTTGTG--CCCGACCTGT-------AACATACAATTTTCAAATAatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|25 : agttcaaggtcatgtacaggataGACATGTATGGAAGCTGTGTA-TTTCCATA--TACTacacaacataatgaagtgctgtatgcaataccttgttggctactgcaaaggtcaaggtcatacatagacgtataggacttgggtatatttaagctgtgtatttccacataccgcatagaagtgttcagcataatatgaaattatttaaccaacttacctgtaagcagttgccgtagctcattttgaattaatttatgcatgtaaaaaactctcaaaatatcctggtacctaagcattacagcttcgttattgttgtcaactggttggagactttgtattgcatcgcacagcttaattaacttgttataattattttcagcatttataa
gi|5 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatggCATATA-GGAGGCTGGGTA-TTTCCATG--TACTGCAatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|17 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactacctcaaaggttaaggtcatgtacaaaatattaaggctgtgtatttccacatactgcattgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcaCATAT--GGAAGCTGTGTA-TTTCCATA--TATTGCACTGcagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|29 : caatATAT--TGAGGCTGTGTA-TTTATACA--TACTGTATACTTGGTTATG--TTCGAACCAT-------AAC-------TTCCGAA-A---------TTTCAAAAA---Aaagtgttcataatatggcaatgaaatgtacctatggcgtaattgtttagccaacttaactttccacatattccgttgctcatttttaacagcttttctgtatgtaaacaactatcaa
gi|28 : gATAT--TGAGGCTGTGTA-TTTATACA--TACTGTATACTTGGTTATG--TTCGAACCAT-------AAC-------TTCCGAA-A---------TTTCAAAAA---Acttt
gi|19 : ag--GGAGGCTGTATA-TTTCCATA--TATTGAACTGTTGGTCGTG--T-TGATCTGT-------AAC-------TTctt
gi|5 : cgattatatcaaaggtcaaggtcatgtaaaagacAGGCTGTGTA-TTTCCACA--TACTGCATTGTTGGTTGTG--TCAGACCTGT-------AAT-------TACCAAATGC-------------CAGAACCAATTTT------A-----------------TTT-TCAAAggctgatttttaattaattttaaggaagtatccagcataacatgacaccatatattgc
gi|32 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactacctcaaaggttaaggtcatgtacaaaatattaGTGTA-TTTCCATA--TTCTTCACTGTTGATCGTG--TCCGGTCTGT-------ATC-------TTAACAATAC--------TTaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|15 : GTA-TCACCATA--TATTGCATATTTGGTCGTG--CCTGCCCTTT-------AAC-------TGTCAAAT
gi|8 : cagaagataactgtcaaggcccaggtcacatacaagaggatacgccACTGGATTGTTGGTCAAG--TCTGGCCTGT-------AAC-------TTCCAAATGCATAAGTAATTTCGCAAA---AGTGTTCTGTCCAATACCTTTGTGGTGGCTACC-TCAAAGGTCAAAGT--CATG-------TTA--AGACTTGC-----A--CATATGGAGGCTGTGTA-------------TTTCCTTATACTGCAgaaaaaaaacaaattttcaaatatattcacagaagtgttcagcataacatgacgacaggtcgtgtgcaacacc
gi|15 : T------A-----------------ACTGTCAAGGCCCA-GGTCACATA-------CAAGAGGA--TACG----C--CG-------------TA-------------TCACCATATATTGCATATTTGGTCGTGCCTGCCCTTTaagaagtactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|6 : cagaaga-----------------ACT-TCAAAGGTCAAGGTCACATACCGAAC-TT---GGGCATATGGATGCTGCA-------------TA-------------TTTTCATATACTGCATTGTTGATTGTTCT--AAA-TTTCAA-ATATTCAGAT-TTTCAAAA-AAaactgtcaaatgaaaaaaaacaaattttcaaatatattcacagaagtgttcagcataacatgacgacaggtcgtgtgcaacacc
gi|5 : tgcattgttggcagttctgccttgtaaacatatgatgtgtcgtgtgcaacacctgggtggct-----------------ACC-TCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAATATT---AAGGCTGT---------G-------------TA-------------TTTCCACATACTGCATTGTTGGTTGTcttcgcagtaagccaactgacctgtcttgttttttcaattgctctttttgaacaacattttttgcgtaggtaaaaaaatattgtccatgaacgttagaatctacttaaattattgatgtcaagcagtaggggattttgtattgcatgtcattacttcattaatttcttcatagtgattagtatctcatgtatga
gi|2 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactCC-TCAAAGATTAAGGCCATGTA-------CA---GGACTTAC-----G--CA-------------TA-------------T----AGAAGCTG--TTTAT-------CT--CCATTTAC---------------TGCACAG-ATGTGTTCAGGACAA--CAT---GAAA--Agtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|4 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacctcatgatcaagtataggactttggtacatggaggctgggtatttcgatgtataatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttAGTTCAAGGTCATGTA-------CA---GGATATAG-----G--CA-------------TAATGATGCTGTATTTTTTCATATAGTGCATTGTTGGTTGTGCC--CGACCTGTAACAT----ACAATTTTCAAAT-AA--------CACAA--CAT---AATG--AA---GTGCTGTATGCAATACC---TTGTTGGCT-AC---TGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGAC--GTAT-A-G-GACTT--GGGTATATTTAAGCTGT-GTA-TTTCCAC---------ATACCG---CA-------------T--A----------------G----------A-A-GT-----G----------TT--C---A--G--------CA-------T--AATAT-G-A-AATTA--------T----TTAA--C----CAACTTACCTGTA-AGCA-G-TTGCCGTAG--CT-C---ATTTTGAATTAA-----T-TTATGCA-----TGTAAA-AAACTCTCAAAATATCCT--GGTACCTAA---GCATTACA----GC-TTC-G-T--TAT--TGTTG--TCAAC-T-GGTT-GGAG--AC-TTTGTATTGCATCGCA-CAGCTTAATTAACTTGTTATAATTATTtgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|5 : ATTTTCAA-AA----AG---CTTCACAC-AAGTGTTCAGCTTAA--CAT---GCCA--AA---GTATTGTAAGCAAGACC---TTGGTGACT-AC---C----AGG--AA----GGT----------------C-A-----------CATATA-GGAGGCTGG-GTA-TTTCCAT---------GTACTG---CA-------------C--AGAAGTGTTTCGCA--TAT--------C----AT-----GA---TG-C--TG--A---ATCG--------TA-------C--C-TGCAG-AGCAATT--------T----AG----C----CAACTTGCTTGTC-TGTA-T-TTCCTG-TG--GC-T---C--TTttcagcatttataa
gi|15 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactacctcaaaggttaaggtcatgtacaaaatattaaggctgtgtatttccacatactgcattgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttATTTTCAA-AT----AT---ATTCACAG-AAGTGTTCAGCATAA--CAT---GACGACAG---GTCGTGT--GCAACACC---ttt
gi|30 : cagaagataactgtcaaggcccaggtcacatacaagaggatacgccgtatcaccatatattgcatatttggtcgtgcctgccctttaactgtcaaatgaaaaaaaacaaATTTTCAA-AT----AT---CTTCACAGTAAGTCTTTAGCATAA--CAT---G
gi|21 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagagTTCACCG-AAGTGTTCAACATAA--CAT---GAC-----------------GCAGTACC---A----GATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------C--ATAC-A-G-GACTT--GGGTATA
gi|20 : aacTTCACCG-AAGTGTTCAACATAA--CAT---GAC-----------------GCAGTACC---A----GATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------C--ATAC-A-G-GACTT--GGGTATAtcgaggacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|3 : aacAATGTTCAGCATAA--CAT---AACA--TGT--GTCGTGTAA--AATATC---TGGGTGG--------CTCAACGGTCAA----GGTCA--------C--ATACAA-G-ATTTTAGGCGTAT--GGAGGCTtcgaggacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|8 : aacagcacttgaatGCATAAGTAATTTCG-CA--AAAGTGTTCTGTC--CAATACCTTTGTGGTGGCT-AC---CTCAAAGGTCAA----AGTCA--------T--GTTA-A-G-A-CTT--GCACATATGGAGGCTGT-GTA-TTTCCTT---------ATACTG---CA-------------caatatactgatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|6 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaat---GTGTCGTGTGCAACACC---TGGGTGGCT-AC---TTCAAAGGTCAA----GGTCA--------C--ATAC-C-G-AACTT--GGGCATATGGATGCTGC-ATA-TTTTCAT---------ATACTG---CATTGTTGATTGTTCT--A-----------AA--TTT--------CA-A-ATATTCAGA---T--T--TT--C---A--A--------AA-------A--A-CTT-C-G-CAGTA--------A----G-----C----CAACTGACCTGTCTTGTT-T-TTTCAATTGCTCT-T---T--TTGAAC-AACA-TTT-TTTG--------CGTAGG-TAAA----AAAATATTGTC-CA----TGA---ACGTTAGAATCTAC-TTA-AAT--TAT--TGATG--TCAAG-C-AGTA-GGGG--AT-TTTGTATTGCATGTCATTACTTC-ATTA--ATT-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTAaagaagtactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|2 : tgcattgttggcagttctgccttgtaaacatatgatTCTGTGTGCAA-ACC---TAGGTGGCT-TC---CTCAAAGATTAA----GGCCA--------T--GTAC-A-G-GACTT--ACGCATATAGAAGCTGT-TTA-TCTCCAT---------TTACTG---CA-------------C--A-----------GA--TGTGTTCAGGACA-ACAT-----GAAAATGAA--TC--C---A------------A-------C--A-TGT-G-G--AGTAAA------T----GT----CTAGTCAACTTATGTGTC-TGCA-T-TTCCTG-TG--GT-TC--A--TTTTG--AACAGTTT-TTCTGTA-----TG-AAA-CAACTCTCAAAATATTGTC--G----TAAATTACGTTAGAGCCTTC-TTG-A----------GT--------A-T-GGCA-GGGG--AC-TTGGTATTGAATTGCA-tga
gi|19 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacctcatgatcaagtataggactttggtacatggaggctgggtatttcgatgtataatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctaccGATT-AT---ATCAAAGGTCAA----GGTCA--------T--GTAA-A--------------AGACGGAGGCTGT-ATA-TTTCCAT---------ATATTG---AA-------------C--g
gi|25 : cT-AT---CTTAA-GGTCAA----TGTCA--------G--GTAT-G-G-G------ACATGTATGGAAGCTGT-GTA-TTTCCAT---------ATAtgttggtcgtgttgatctgtaacttggctgatttttaattaattttaaggaagtatccagcataacatgacaccatatattgc
gi|22 : T---CTCAAAGGTCAA----GTTCA--------T--GTGC-A-GTACTTT--G-GCATATGGAAG-TGGTGTA-TTTCCAT---------AT--TC---CA-------------C--A-----------T---TGT--------------T-----GA---TGctatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|10 : a---CTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------C--ATAC-A-G-GAATTAAGCATATAGAG--GTTAT-GTACTTTGTGT---------ATACTG---CA-------------C--A-----------GAATTGT--------TA-A-G--------------C--TTAAC---AT-G--------AAAACAAAAC--A-TGT-CTA-TGGTG--------TAATTGT----CTAGTCAACTTACCTGCC-CACA-T-TTACCATGG--CT-C---A--TTTTG--AATAGTTT-TTCG-TA-----TGTAAA-CAAATGACAAAATATCAT--AA----TTG---ACGTTAGTATTACC-TTCAATA--TAT--TGTTA--TCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTGTATTGCATAGCA-tgactcccaaatgtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|9 : actaggtggcgac---CTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------C--ATAC-A-G-GAATTAAGCATATAGAG--GTTAT-GTACTTTGTGT---------ATACTG---CA-------------C--A-----------GAATTGT--------TA-A-G--------------C--TTAAC---AT-G--------AAAACAAAAC--A-TGT-CTA-TGGTG--------TAATTGT----CTAGTCAACTTACCTGCC-CACA-T-TTACCATGG--CT-C---A--TTTTG--AATAGTTT-TTCG-TA-----TGTAAA-CAAATGACAAAATATCAT--AA----TTG---ACGTTAGTATTACC-TTCAATA--TAT--TGTTA--TCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTGTATTGCATAGCA-atacttaaaa
gi|16 : actaggtggcgacTAAAGGTCAA----GGTCA--------C--ATAC-ACG-A-CTC--GTGCATAGGAAAGATGC-ATA-TTTTCAT---------ATACTG---CA-------------C--A----------------G----------A-A-AT------A---TGC-------A---AC-G--------TAT------C--A---T-G-A-CGACAAATCATTCT----AG----C----CGATTTACCTGTC-CGCA-T-T--CCG-TG--ATAT---A--TTTTG--AACAGTTT-TTC--TG-----TATAAA-atacttaaaatc
gi|3 : AAAGTCAA----AGTCA--------CAAGTG--A-G-A-CTT--GTGTATGTGGAGGCTGT-ATA-TTTCGTT---------ATTCTG---TA-------------C--A----------------G----------A-A-AT-----G----------TT--C---AT-GAGAAATCATA-------CCAA-TG--G-A-------------------GT----C-----AACTTACCATTC-CACA-T-TTTATGTGG--CT-T---A--TTTTG--AACAGTTT-TTTCGTA-----TGTAAA-CAACTCTCAAAATATTGTC-AG----TAA---ACGTTAGAACCTAT-TTT-A-A--TATTGTGTTG--TCAAT-T-GGAA-GGGG--AC-TTTGTATGGTACAGCA-Tc
gi|7 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtggctcaacggtcaaggtcacatacaagattttaggcgtatggaggctcaatatactgatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcGGTCAA----GGTCG--------C--GTAT-A-G-AAATT--AGGCATGCGGCAG-TGT-GTA-TTTCTATTATATCATGACAATGAATCA-------------T--A-----------CG--TAT--------GG-A-GT-----GA---TG----TT--T---AT-G--------GA-------------GT-A-A-TGTT---------T----AG----C----CAAATTACCTGTC-GGCA-AATCCCC--TG--GCGC---G--TTTTG--AACAGTTTCTTCTGCA-----TGTAAA-C---TATCACGACAG--TC-GG----TCT---ACGTATGAACCTAC-TTT-AAT--TAG--TGTTG--TCAAG-C-GGTA-GGAA--AA-TTTGTATC-CATGGCA-ttccacattgtct
gi|18 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgCTT--GCACATACGGGGGCTGT-ATA-TTTCCATA--------ATTATG---TA-------------C------------------TGT--------AA-A-Aacacttaaatcacttgtgtattgttcaattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|17 : ggaATATGGAAGCTGT-GTA-TTTCCAT---------ATATTG---CA-------------CTGA-----------AG--TGTT-------CATA-AT------A---TGGC--AA--TGAAAT-G--------TA-------C--C-TAT-G-G-CG-TAAT------T----GTTTAGC----CAACTTAACTTTC-CACATA-T-TCCGTTG--CT-C---A--TTTTT--AACAGCTT-TTCTGTA-----TGTAAA-CAACTATCAAcaactctccaaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|12 : caatcGAAGCGTT-GTA-TTTCCAG---------ATA------CA-------------T--A-----------CG--TGTGCAG----CA-G-AA-----CA---TACCATTC--C---AC-A--------TA-------C--A-CGT-G---TAGTAAT------T----GTTCAGC----CAACTTGCATGTT-TGCA-T-TTCC--TTG--GT-TCGTA--TTGAA--CAC-TTAT-TCCG-TA-----TATAAA-CGACTCTCAAAATACCGTC-GG----TAA---ATGTTATAACCTTC-T----GT--TAT--TGTTG--CTAAC-C-GGTA-GGGG--GC-GTTGTATTGCATG
gi|11 : ttAACTTACCTGTC-CGCA-T-TTCCAAAGG--CT-C---A--TTTTG--AACAGTTT-TTACATT-----CGTAAA-CAGCTCTCAAAATATCATCTGT----TAG---AAGTTAG-----GA-TTC-AAA--TAT--TGTTG--TCAa
gi|26 : ctgagtattacattacactgcacaaaaatgttcagcacaccatgacgatgaattattcgtatggaatatttgtctcgttCTGTC-CACT---TCTCTCATG--GT-TC--A--TTTCG--AACGGTTT-TTCCGTA-----TGTAAA-CAACGCTCAAAATATTGTA-AG----TAA---ATATTAGGTTCTGC-Tgtcagtacgggaccttgcaatattgaattca
gi|8 : taactggcacttataatgtA--AACAGTTT-TTCCATACAGTATATAAA-CAACTCTCAAAAACCCATC-AG----TAA---ACATTAGAACTTAC-C----TT--TAC--TATTGTATCAAC-C-TGTA-GGG------TTTGTATTGCATAGCA-
gi|23 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaactcatttt--AACAGT-T-TTCCATT-----TGTAAA-CAAATCTTTAAATATTGTT-GA----TAA---ATGGTAGAACCATT-TTCTACTATTAT--TATCA--TCAGC-C-AGCA-GAGG--AC-TTTGTATTGCATGGCA-gtagtttatccacttgttt
gi|24 : gctcattttg--AACAATTT-TTCCATA-----TG-AAA--AGACCT-------------GA----TAA---ACATTATGACCTACATCC-ATG--TAT--TGCTG--TCATT-CAGGTT-GGGTTTATATTTGTATTGCATGACA-gtacttaattca
gi|18 : ttttcagttgtctgtcctttg-----TGTAAAACAACTCTCCAAATATCGTC-AG----TAA---TAATTGGATCCTAC-TTC-AGT--TGT--TGTTG--TCAGC-C-AGCA-GAGG--AC-TTTGTATTGCATGGCA-atacttaat
gi|35 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatgtacCCCAAAATATTGTC-GG----TAA---ATGTTAGAACCTAC-TTT-AAT--TAT--TGTTgtagttgattcacttgttat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GCCGTTATCTCAAAAGTCAGGGTCACGTACATGATTTACGGATATAGACGCTTTGTACTGCATGTGCTCAACATAATACGATAAACAAGTAACTGACAAAAACTTATCTGTTTGCTTTTCCCACGGCTCATTTTGAACAGTTTTGCCATTTTTTCCGGGTGCAAACAACTCTTAAAATATCATCTATAAACATTAGAACCTACT
Unaligned ( gi|31 ): CTACTTTTAAACTCAACTTCATATGCAGGACTTGGACATATGAACACTGTACAAATAGTGCATTATTGGT
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTCAGCCGGTAGAGGACTTCGTGTTGAAATACTTAATTCACTTGTTTTACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 111111 7777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 11111111111 5555555555555555555555555555555555 1111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222 2
lowQualScore : 6 44 2 4 1 0 0 4 111 6 1 1 1 1 444444 66 4444444444444444444444444444444444444444444444 66 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 4 1111111111111111111111111111111111111 3 33 11111111111 2 1111111111111111111111111111111111 55 8888 8888 66666666 2222 5 1 3 1 22 22 777777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 2 0 1 9 22 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 99999999 333 333 1 2 555 33 66 2 5 555 2 555 3 33333333 3 3 1 1 333 1 2 4 0
lowQualScore : . .. . . . . . . ... . . . . . ...... .. .............................................. .. . ................................................................................... ... . ..................................... . .. ........... . .................................. .. .... .... ........ .... . . . . .. .. ......... .................................................................................................................................. .. . . . . .. . . ... . ......... . ..... . . ....... ........ ... ... . . ... .. .. . . ... . ... . ........ . . . . ... . . . .
lowQualScore : 7 77 5 3 0 5 2 5 555 7 0 0 1 0 444444 00 0000000000000000000000000000000000000000000000 99 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 0 2222222222222222222222222222222222222 1 99 99999999999 7 5555555555555555555555555555555555 88 0000 1111 99999999 6666 8 6 5 7 44 55 666666666 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 4 5 3 8 88 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 77777777 999 999 8 2 888 44 33 9 7 888 9 000 3 11111111 0 3 0 0 000 0 5 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAG------GACN-TT---AN------G-------CTG-GTA-------------T-----TTCCAT--ATACTGCATTGTTG--GT----CGT----G---C---------------C-------C-------------N-------------------------AT---TTTCAA-AT------ANC---------------TTC----------ACAG-AAGTG--TTCAGCATAAC-----------ATG-ACG--A---------A-GTN----CCG-T-A---GCAACACCTN---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTC--------ACGTACAGGACTT--GGGCATATGG-AGGCTGTGTA-TTTCCA-TA--TAC--TG---------CAC-------------AGA--TGT--------CA---------A------AT-----G--A---CG-C---T---T--CAT-G--NA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTGGCTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GG----TAAA---CGTTAGAACC---TNC-TTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TAGCTTAATTNACTTGTTATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAGGACTTGNGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGACCTGTAACTTCCAAATACTTTCACAAAANTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACNG------GACN-T----AC------G-------C---GTA-------------T-----TTCCAT--ATACTGCATTGTTG--GT----TGT----G---C---------------C-------C-------------N-------------------------AT---TTTCAA-AT------ANC---------------TTC----------ACAG-AAGTG--TTCAGCATAAC-----------ATG-ACG--A---------A-GTN----CTG-T-A---GCAATACCTN---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTC--------ACGTACAGGACTT--GCGCATACGG-AGGCTGTGTA-TTTCCA-TA--TAC--TG---------CAC-------------ANA--TGT--------CA---------A------AT-----G--A---TG-C---T---T--CAT-G--NA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTTGCTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GG----TAAA---CGTTAGAACC---TNC-TTCANT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TANCTCAATTAACNTNTTNTNNNTANTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTG------GACC-T----AC------C-------C---ATA-------------T-----TTCCAT--ATACTGCATTTATG--AT----CGT----C---C---------------C-------C-------------C-------------------------AT---TTTCAA-GT------AGT---------------TTC----------AAAG-AAGTG--TTCGGCATAAA-----------ATG-ACA--A---------A-GTT----TTG-TAA---GCAACACCGC---GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTT--------GCGTACAGATCTT--GCGTATAGGG-AAGCTGGGTA-TTTCCA-TA--TAA--TG---------CAC-------------ACA--TGT--------CA---------A------AT-----G--A---TGCC---T---T--CAT-G--TA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCAATCCCCGTTGGTTAT--TAAAA-A-CAG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GG----TAAA---CGTTAGAGCC---TGC-TTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGG--TAC-TTCT---TATTGCATGGC-A-TATT---ATTAACATA-TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTT--------ACATACAGGAATT--AAGCATATAG-AGGTTATGTACTTTGTG-TA--TAC--TG---------CAC-------------AGAATTGT--------TA---------A---------------------G-C---T---TAACAT-G--AAAACAAAAC-ATGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCAT--TTTGA-A-TAG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AA----TTGA---CGTTAGTATT---ACC-TTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGA--TAC-TTTG---TATTGCATAGC-A-aaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACAT-TA--CAC--TG---------CAC-------------AAAAATGTT-------CA---------GCACACCAT-----G--A---CG-A---TGAAT--TAT-T--CG-------T-ATG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCAAAGGCTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGT----TAGA---AGTTAGGA---------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGG--GAC-CTTGCAATATTGAATatacttaaaa
gi|12 : G-AAGCGTTGTA-TTTCCA-GA--TAC--------------AT-------------ACG--TGTGCAG----CA---------G------AA-----C--A---TA-CCATT---C--CAC-A--TA-------C-ACGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTTT-GCATTTCCT-TGGTTCGT--ATTGA-A-CAC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GG----TAAA---TGTTATAACC---TTC-T---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGG--GGC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttGACAT--ATACACATGG-CAGTTGTTTA-TTTCCA-TA--AAC--TG---------CAC-------------CTA--GGTTTT-----CAGCTT-----A------ACTTGAGG--A---TG-A---A---T--CAT-----A-------C-CTAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTCT-GCATTTCCCATGGCTCAT--TTTGAGA-TA----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-----TAAA---A---AGAACT---TT--TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : GTTATCTCAAAAGTCAG----GGTC--------ACGTACATGATTT--ACGGATATAG-ACGCTTTGTA-CTGC-A-TG--TGC--T----------CA--------------ACA--T---------------------A------AT--------A---CG-------------AT-A--AA-------C-AAGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTTT-GCTTTTCCCACGGCTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TA----TAAA---CATTAGAACC---TAC-T
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAA------GAGGAT----AC------G-------CC--GTA-------------T-----CACCAT--ATATTGCATATTTG--GT----CGTGCCTG---C---------------C-------C-------------TTTAACTGTCAAATGAAAAAAAACAAAT---TTTCAA-AT------ATA---------------TTC----------ACAG-AAGTG--TTCAGCATAAC-----------ATG-ACGACA---------G-GTC----GTG-T-----GCAACACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTC--------ACATACACGACTC--GTGCATAGGA-AAGATGCATA-TTTTCA-TA--TAC--TG---------CAC-------------AGA--------------A---------AT-----AT-----GCAA---CG-T---A---T--CAT-GACGA-------C-AAAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTCC-GCATT--CCGTGATATAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGG-AAGCTGTGTA-TTTCCA-TA--TAT--TG---------CACTG-----------AAG--TGTT-------CATAATATGGCA------AT-----G--A-----------------AAT-G--TA-------C-CTAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTCC-ACATATTCCGTTGCTCAT--TTTTA-A-CAG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGACTT--GCACATACGG-GGGCTGTATA-TTTCCA-TAATTA---TG---------TAC------------------TGT--------AA---------A------AC-----A--A---CT-C---T---C--CA
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AG----TAAT---AATTGGATCC---TAC-TTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTAG-TTGATTCACTTGTTATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAA------GACG-G----AG------G-------CTGTATA-------------T-----TTCCAT--ATATTGAACTGTTG--GT----CGT----G---TTGATCTGTAACTTGGC-------T-------------G-------------------------AT---TTTTAA-TT------AAT---------------TTT----------AAGG-AAGTA--TCCAGCATAAC-----------ATG-AC
gi|2 : cgattataTCAACATAAT-----------ATG-GTG--G---------C-GTG------G-C-ACCCACAACGCCTC---GGTGACTACCTCA----T-------GATC--------AAGTATAGGACTT--TGGTACATGG-AGGCTGGGTA-TTTCGA-TG--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAG------GACT-TTGGTACATGGAGG-------CTGGGTA-------------T-----TTCGATGTATAATATATTGTT---------TCT----G---C---------------C-------C-------------ATTAACTGACGG--------------AT---TTTCAT-GT------AAC---------------TAC----------ACAA-ACATG--TTCAATATAACAATATTGCGTCATGTACA--ATAATTTGTCA-GCTACCTCTG-T-GT--GCAA-ACCTA---GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCC--------ATGTACAGGACTT--ACGCATATAG-AAGCTGTTTA-TCTCCA-TT--TAC--TG---------CAC-------------AGA--TGTGTTCAGGACA---------AC-----AT-----G--AAAATG-AA--T---C--CA------A-------C-ATGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTCT-GCATTTCCTGTGGTTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-G-----TAAATTACGTTAGAGCC---TTC-TTGAGT--AT---------------GGC-AGGG--GAC-TTGG---TATTGAATTGC-A-taatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc------AAC---------------TTC----------ACCG-AAGTG--TTCAACATAAC-----------ATG-ACG--C---------A-GTA----CC----A---G--AT----------TGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTC--------ACATACAGGACTT--GGGTATATCG-AGGg
gi|21 : ------AAC---------------TTC----------ACCG-AAGTG--TTCAACATAAC-----------ATG-ACG--C---------A-GTA----CC----A---G--AT----------TGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTC--------ACATACAGGACTT--GGGTATATCG-AGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTC--------ATGTGCAGTACTT--TGGCATATGG-AAGTGGTGTA-TTTCCA-TA--T----TC---------CAC-------------AT---TGT---------------------------T-----G--A---TG-acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTACTTTGGCA-T----AT------GGAAGTGGT---GTA-------------T-----TTCCAT--ATTCCACATTGTTG--A-----TGT----GACTC---------------C-------CAAATGTATGGACAA-------------------------AT---TTTCCG-AT------AAT---------------GTC----------ACAG-AATTA--TTCAGAATAAC-----------tgactcccaaatgtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GA----TAAA---TGGTAGAACCATTTTC-TACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-CTTAATT
gi|24 : TTTTCAGTTGTCTGTCCTTTGA-A-CAA---TTT-T---------TCC-----ATA-TG-------------AAAAGA-------CC--T-GA----TAAA---CATTATGACC---TACATCCATG-TAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAA-TA-CTTAATca
gi|25 : AAGGTCAA----TGTC--------AGGTATGGGACAT--G----TATGG-AAGCTGTGTA-TTTCCA-TA--TAC--T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTCT-GCTTTTGGCATGGTGTAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTCC-ACTTCTCTCATGGTTCAT--TTCGA-A-CGG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AG----TAAA---TATTAGGTTC---TGC-T
gi|27 : taactggcacttataatgtGACTACTTCATAAGACAA----AGTC--------ACATACATGATTT--CGGCATGTGC-TGGCTGTGTA-TTTCAA-GT--GAC--TG---------CA
gi|27 : ggacCATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATG--TTCAGCATAAC-----------ATA-ACA--T---------GTGTC----GTG-T-A---A-AATATCTG---GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTC--------ACATACAAGATTTTAG-GCGTATGG-AGGC---------TCAA-TA--TAC--TG---------
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAA------GATT-TT---AG------G-------C---GTA-------------TGGAGGCTCAAT--ATACTG-ATTTTTATCGTG---TCT----G---C---------------C-------C-------------TGCA----------------------AT---TACTAA-ATGCATGGACC---------------TTTTTTTGGATA-ACAG-AATTG--TTTGGCATAAC-----------AT-------------------------------------------CTG---GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTC--------ACAAGTGAGACTT--GTGTATGTGG-AGGCTGTATA-TTTCGT-TA--TTC--TG---------TAC-------------AGA------------------------A------AT-----G-------------T---T--CAT-G--AGAAAT---C-ATACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTCC-ACATTTTATGTGGCTTAT--TTTGA-A-CAG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AG----TAAA---CGTTAGAACC---TAT-TTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGG--GAC-TTTG---TATGGTACAGC-A-Tatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------------------AT---TTTCAA-AT------ATC---------------TTC----------ACAGTAAGTC--TTTAGCATAAC-----------ATG-ttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagagCTACTTTTAAACTCAA----CTTC--------ATATGCAGGACTT--GGACATATGA-ACACTGT
gi|31 : CAGGACTTGGACATATGAACACTGTA------CAAATAGTGCATTATTGGTacaaatagtgcattattggt
gi|32 : ctacttttaaactcaacttcatatgGTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTT
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GG----TAAA---TGTTAGAACC---TAC-TTTAAT-TAT--TGTT
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAG------GATA-T----AG------G-------C---ATAATGATGCTGTATTT-----TTTCAT--ATAGTGCATTGTTG--GT----TGT----G---C---------------C-------C-------------G-------------------------AC---CTGTAACATACA---ATT---------------TTC----------AAAT-AA----------CACAAC-----------ATA-ATG--A---------A-GTG----CTG-T-AT--GCAATACCTT---GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGACTT--GGGTATATTT-AAGCTGTGTA-TTTCCA-CA--TAC--CG---------CAT-------------AG---------------A---------A------GT-----G-------------T---T--CA--G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTAA-GCAGTTGCCGTAGCTCAT--TTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAAG---CATTACA-------GC-TTC-GT-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGA--GAC-TTTG---TATTGCATCGC-A-CAGCTTAATTAACTTGTTATAATTATT
gi|5 : T------AAC---------------ATC----------ACAG-ATGTG--TTAAGCATACC-----------ATG-ACC--A---------T-GTG----TAGCT-T---GCAACACCTG---GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTC--------ATGTACAAA----------ATATTA-AGGCTGTGTA-TTTCCA-CA--TAC--TG---------CAttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAA------AATA-TTA--AG------G-------CTGTGTA-------------T-----TTCCAC--ATACTGCATTGTTG--GT----TGT----G---T---------------CAGACCTGT-------------A-------------------------AT---TACCAA-AT------GCCAGAACCAATTTTATTTTCAAAAAGCTTCACAC-AAGTG--TTCAGCTTAAC-----------ATG-CCA--A---------A-GTA----TTG-TAA---GCAAGACCTT---GGTGACTACC----AGG--AA----GGTC--------ACATATA----------------GG-AGGCTGGGTA-TTTCCA-TG--TAC--TG---------CAC-------------AGAAGTGTTTCG----CAT--------ATC----AT-----G--A---TG-C---T---G--AATCG--TA-------C-CTGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTCT-GTATTTCCTGTGGCTCTT--TTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAAC-----------AT--ATG--A---------T-GTG----TCG-T-GT--GCAACACCTG---GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTC--------ACATACCGAACTT--GGGCATATGG-ATGCTGCATA-TTTTCA-TA--TAC--TG---------CATTGTTGATTGTTCTAAA--TTT--------CA---------A------ATATTCAG--A---T--T---T---T--CA--A--AA-------A-ACTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTT--TTTGA-A-CAACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CA----TGAA---CGTTAGAATC---TAC-TTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGG--GAT-TTTG---TATTGCATGTC-A-TTACTTCATTAA---TTTCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTC--------GCGTATAGAAATT--AGGCATGCGGCAG--TGTGTA-TTTCTATTA--TATCATGACAATGAATCAT-------------ACG--TAT--------GG---------A------GT-----G--A---TG-----T---T--TAT-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTCG-GCAAATCCCCTGGCGCGT--TTTGA-A-CAG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTA----AACTATCACGACA---------GTC-GG----TCTA---CGTATGAACC---TAC-TTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGA--AAA-TTTG---TATC-CATGGC-A-ACACTTAAATCACTTGTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATTGTTG--GTCAAGTCT----G---G---------------C-------C-------------T-------------------------GTAACTTCCAA-AT------G-------------------------------CAT-AAGTAATTTC-GCA-AAA-----------GTG-------------------TT----CTG-T-C----CAATACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTC--------ATGT-TAAGACTT--GCACATATGG-AGGCTGTGTA-TTTCCT-TA--TAC--TG---------CAA-------------AGA--AGT--------gtattgttcaattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCAT--TTTAA-A-CAG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AG----TAAA---CATTAGAACT---TAC-CTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGC-AGTAGTTT-ATCCACTTGTTactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTT--------ACATACAGGAATT--AAGCATATAG-AGGTTATGTACTTTGTG-TA--TAC--TG---------CAC-------------AGAATTGT--------TA---------A---------------------G-C---T---TAACAT-G--AAAACAAAAC-ATGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCAT--TTTGA-A-TAG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AA----TTGA---CGTTAGTATT---ACC-TTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGA--TAC-TTTG---TATTGCATAGC-A-t
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTCAGCCGGTAGAGGACTTCGTGTTGAAATACTTAATTCACTTGTTTTACA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 777777777777777777777777777777777777777 11111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1
lowQualScore : 1 2 1 1 1 0 0 111 1 1 555555555555555555555555555555555555555 22222 66 66 2 9999 66 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 00000000 6666 222222222 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6666 1 8888 66666666 1 44 3 1 22 8888888 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 0 1 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 555 4444 333 333 1 0 7 33 5 2 55 444 2 444 999 0 3 1 1 5 3 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . ... . . ....................................... ..... .. .. . .... .. ................................................................................................ . ........ .... ......... . ........................................................ .... . .... ........ . .. . . .. ....... . ......................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ......... . ..... . . ....... ... .... ... ... . . . .. . . .. ... . ... ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 2 2 555 0 1 444444444444444444444444444444444444444 55555 99 99 9 4444 33 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 00000000 4444 333333333 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 2 1111 99999999 8 00 5 7 44 4444444 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 4 2 9 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 555 7777 999 999 8 2 5 44 3 7 55 777 7 777 555 2 5 0 7 7 2 0 0 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGA------CNTT---------AGG-C---CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T----G---C---------------C----------C-------------G-------------------------ATTTTCAA-AT--------AA---CTTC---------ACAG-AAGTGTTCAGCATAACA-----------TG-ACGA---------AG-TGTC---G-T-G-GCA------A--CACCTN---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGA------CNTT---------ANG-C---TG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T----G---C---------------C----------C-------------N-------------------------ATTTTCAA-AT--------AN---CTTC---------ACAG-AAGTGTTCAGCATAACA-----------TG-ACGA---------AG-TNCC---G-T-A-GCA------A--CACCTN---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TAGCTTAATTNACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTGGA------CCT------------A-C---CC--------A-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----TATG-ATC--G-----------------T----C---C---------------C----------C-------------C-------------------------ATTTTCAA-GT--------AG---TTTC---------AAAG-AAGTGTTCGGCATAAAA-----------TG-ACAA---------AG-TTTT---G-T-AAGCA------A--CACCGC---GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTTG--------CGTACAGAT-CTTGCGTATAGGGAAGCTGGGTA-TTTCCAT-A--TAA-------TGCA-C-------------A-----CA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ATGCCT---T--CA-T-G--TA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCAATCCCCGTTGGTTATTAAAA-AC-AG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GGTA----A---ACGTTAGAGCC---TGCTTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGG--TAC-TTCT---TATTGCATGGC-A-TA--TT-ATTAACATA--TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGA--TAC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAaaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACATT-A--CAC-------TGCA-C-------------A-----AAAATG--TT-------C---A---------GCACACCA--T-----G--ACGA-TGAAT--TA-T-T--CG-------TA-TG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCAAAGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGTTA----G---AAGTTAGGA--------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGG--GAC-CTTGCAATATTGAATaa
gi|12 : GAAGCGTTGTA-TTTCCAG-A--TACATACGTGTGCAGC-------------A-----GA-------------------A---------C------A--T-----A--CCAT-T---C--CA-C-A--TA-------CA-CGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTTT-GCATTTCCT-TGGTTCGTATTGA-AC-AC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GGTA----A---ATGTTATAACC---TTCT---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGG--GGC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttCACATGGCAGTTGTTTA-TTTCCAT-A--AAC-------TGCA-CCT-----------A-----GG--TT--TT-------C---AGCTT-----A------ACTT-----G--AGGA-TGAAT--CA-T-----A-------CC-TAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTCT-GCATTTCCCATGGCTCATTTTGAGAT-A----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-TA----A---AA---AGAACT---TT-TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : gacatataGTTATCTCAAAAGTCAG----GGTCA--------CGTACATGA-TTTACGGATATAGACGCTTTGTA-CTGC-AT-G--TGC-------T-CA---------------A-----CA--T--------------------------A------A--T--------ACG----------A-T-A--AA-------CA-AGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTTT-GCTTTTCCCACGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TATA----A---ACATTAGAACC---TACT
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAAGA------GGAT---------ACG-C---CG----------TAT-----CAC--CAT--ATATTGCATA----TTTG-GTC--G-----------------TGCCTG---C---------------C----------C-------------TTTAACTGTCAAATGAAAAAAAACAAATTTTCAA-AT--------AT---ATTC---------ACAG-AAGTGTTCAGCATAACA-----------TG-ACGAC--------AG--GTC---G-T-GTGCA------A--CACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACACGA-CTCGTGCATAGGAAAGATGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA-------------------A---------AT-----A--T-----GCAACGT-A---T--CA-T-GACGA-------CA-AAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTCC-GCATT--CCGTGATATATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAT-------TGCA-C-------------T-----GAAGTG--T--------TCATA---------AT-----A--T-----G--GCAA-T---G--AAAT-G--TA-------CC-TAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTCC-ACATATTCCGTTGCTCATTTTTA-AC-AG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGA-CTTGCACATACGGGGGCTGTATA-TTTCCAT-AATTA--------TGTA-C-----------------------TG--T--------A---A---------A------A--C-----A--ACTC-T---C--CA-
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AGTA----A---TAATTGGATCC---TACTTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTAG-TTGATTCACTTGT-TATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAAGA------CGG----------AGG-C---TGT-------A-TAT-----TTC--CAT--ATATTGAACT----GTTG-GTC--G-----------------T----G---TTGATCTGTAACTTGGC----------T-------------G-------------------------ATTTTTAA-TT--------AA---TTTT---------AAGG-AAGTATCCAGCATAACA-----------TG-AC
gi|2 : cgattataTCAACATAATA-----------TG---------------G-TGGC---G-T-G-GCACCCACAA--CGCCTC---GGTGACTACCTCA----T-------GATCA--------AGTATAGGA-CTTTGGTACATGGAGGCTGGGTA-TTTCGAT-G--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAGGA------CTTTGGTACATGGAGG-C---TG--------GGTAT-----TTC--GATGTATAATATATT----GTT---TC--------------------T----G---C---------------C----------C-------------ATTAACTGACGG--------------ATTTTCAT-GT--------AA---CTAC---------ACAA-ACATGTTCAATATAACAATATTGCGTCATGTACAATAATTTGTCAGCTACCTCTG-T-GTGCA------A---ACCTA---GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCCA--------TGTACAGGA-CTTACGCATATAGAAGCTGTTTA-TCTCCAT-T--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--TGTTCAGGAC---A---------AC-----A--T-----G--AAA----------A-T-G--AATCCAA--CA-TGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTCT-GCATTTCCTGTGGTTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC--GTA----AATTACGTTAGAGCC---TTCTT-GAG-TAT---------------GGC-AGGG--GAC-TTGG---TATTGAATTGC-A-taatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc--------AA---CTTC---------ACCG-AAGTGTTCAACATAACA-----------TG-ACGC---------AG-TACC---A-G-A-----------------TT---GGTA---AGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGg
gi|21 : --------AA---CTTC---------ACCG-AAGTGTTCAACATAACA-----------TG-ACGC---------AG-TACC---A-G-A-----------------TT---GGTA---AGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTCA--------TGTGCAGTA-CTTTGGCATATGGAAGTGGTGTA-TTTCCAT-A--T---------TCCA-C-------------ATTGTTGA--TG--TGACTCC--C---A---------A------A--T-----G--acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTA------CTTT----------GG-CATATGGAAGTGGTG-TAT-----TTC--CAT--ATTCCACATT----GTTG-AT---G-----------------T----GACTC---------------C----------CAAATGTATGGACAA-------------------------ATTTTCCG-AT--------AA---TGTC---------ACAG-AATTATTCAGAATAACtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GATA----A---ATGGTAGAACCATTTTCTACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAG--GAC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-CTTAATTCA
gi|24 : TTTGA-AC-AA---TTT-T---------TCC-----ATA-TG-------------AAAAGA-------CC--T-GATA----A---ACATTATGACC---TACATCCATGTAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAA-TA-CTTAAT
gi|25 : ttttcagttgtctgtccAAGGTCAA----TGTCA--------GGTATGGGA-CATG----TATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTCT-GCTTTTGGCATGGTGTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTCC-ACTTCTCTCATGGTTCATTTCGA-AC-GG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AGTA----A---ATATTAGGTTC---TGCT
gi|27 : taactggcacttataatgtGACTACTTCATAAGACAA----AGTCA--------CATACATGA-TTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTA-TTTCAAG-T--GAC-------TGCA-
gi|27 : ggacCATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATGTTCAGCATAACA-----------TA-AC-A---------TG-TGTC---G-T---GTA------AAATATCTG---GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTCA--------CATACAAGATTTTAGGCGTATGGAGGC---------TCAAT-A--TAC-------TG
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAAGA------TTTT---------AGG-C-------------G-TATGGAGGCTC--AAT--ATACTG-ATT----TTTA--TC--G-----------------T----G---T---------------CTGCCCTG---C-------------A-------------------------ATTACTAA-ATGCATGG--AC---CTTTTTTTGGATAACAG-AATTGTTTGGCATAACA-----------T----------------------------------------------CTG---GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTCA--------CAAGTGAGA-CTTGTGTATGTGGAGGCTGTATA-TTTCGTT-A--TTC-------TGTA-C-------------A-----GA-----------------------------A------A--T-----G-------T---T--CA-T-G--AGAAAT---CA-TACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTCC-ACATTTTATGTGGCTTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AGTA----A---ACGTTAGAACC---TATTTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGG--GAC-TTTG---TATGGTACAGC-A-Tatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------------------ATTTTCAA-AT--------AT---CTTC---------ACAGTAAGTCTTTAGCATAACA-----------TG-ttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagagCTACTTTTAAACTCAA----CTTCA--------TATGCAGGA-CTTGGACATATGAACACTGT
gi|31 : CAGGACTTGGACATATGAACACTGTA------CAAATAGTGCATTATTGGTacaaatagtgcattattggt
gi|32 : ctacttttaaactcaacttcatatgGTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTT
gi|34 : TTTTCAGC-C-GGT-AGAG--GAC-TTCG---TGTTGAA-----A-TA-CTTAATTCACTTGT-T-TTA
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GGTA----A---ATGTTAGAACC---TACTTTAAT-TAT--TGTTca
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAGGATATAGGCATA---------ATG-A---TGCT------G-TAT-----TTTTTCAT--ATAGTGCATT----GTTG-GTT--G-----------------T----G---C---------------C----------C-------------G-------------------------ACCTGTAACAT--------ACAATTTTC---------AAAT-AA--------CACAACA-----------TA-ATGA---------AG-TGCT---G-T-ATGCA------A--TACCTT---GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGA-CTTGGGTATATTTAAGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------CGCA-T-------------A-----GA-----------------------------A------G--T-----G-------T---T--CA---G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTAA-GCAGTTGCCGTAGCTCATTTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAA---GCATTACA-------GCTTCG-T-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGA--GAC-TTTG---TATTGCATCGC-A-CAGCTTAATTAACTTGT-TATAATTATT
gi|5 : T--------AA---CATC---------ACAG-ATGTGTTAAGCATACCA-----------TG-ACCA---------TG-TGTA---GCT-T-GCA------A--CACCTG---GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------TGTACAAA---------ATATTAAGGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------TGCA-ttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAA------TATT---------AAGGC---TGT-------G-TAT-----TTC--CAC--ATACTGCATTGTTGGTTGTGTC--AGACCTGTAATTACCAAAT----G---C---------------CAGAACCAATTT-------------T-------------------------ATTTTCAA-AA--------AG---CTTC---------ACAC-AAGTGTTCAGCTTAACA-----------TG-CCAA---------AG-TATT---G-TAA-GCA------A--GACCTT---GGTGACTACC----AGG--AA----GGTCA--------CATATA---------------GGAGGCTGGGTA-TTTCCAT-G--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAAGTG--TTTCG----C---AT--------ATC----A--T-----G--ATGC-T---G--AA-TCG--TA-------CC-TGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTCT-GTATTTCCTGTGGCTCTTTTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAACA-----------T--ATGA---------TG-TGTC---G-T-GTGCA------A--CACCTG---GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACCGAA-CTTGGGCATATGGATGCTGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-TTGTTGATTGTTCTA-----AA--TT--T--------C---A---------A------A--TATTCAG--AT-T-T---T--CA---A--AA-------AA-CTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTTTTTGA-AC-AACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CATG----A---ACGTTAGAATC---TACTTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGG--GAT-TTTG---TATTGCATGTC-A-TTACTTCATTAAT---T-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTCG--------CGTATAGAA-ATTAGGCATGCGGCAG-TGTGTA-TTTCTATTA--TATCA-----TG-A-C-------------A------A--TGAAT--------C---ATACGTATGGA------G--T-----G--ATGT-T---T---A-T-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTCG-GCAAATCCCCTGGCGCGTTTTGA-AC-AG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTAAA-C---TATCACGACA---------GTC-GGTC----T---ACGTATGAACC---TACTTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGA--AAA-TTTG---TATC-CATGGC-A-ACACTTAAATCACTTGTGTATTGTTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATT----GTTG-GTCAAG-----------------TCTG-G---C---------------C----------T-------------GTA-----------------------ACTTCCAA-ATGCATAAGTAA---TTTC---------GCAA-AAGTGTTC---------------------------------------TGTC----------CA------A--TACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTCA--------TGT-TAAGA-CTTGCACATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCTT-A--TAC-------TGCA-A-------------A-----GA--AG--T--------caattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCATTTTAA-AC-AG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AGTA----A---ACATTAGAACT---TACCTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGC-AGTAGTTT-ATCCACTTGT-Tactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGA--TAC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 777777777777777777777777777777777777 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33333333333333333333333333333333 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 111 1
lowQualScore : 1 2 1 1 1 1 0 0 111 1 1 1 888888888888888888888888888888888888 22222 66 66 2 9999 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222222222222222222 3 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 6666 8888 66666666 1 44 3 1 22 8888888 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33 2 0 1 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 0 00000000 333 333 1 11 7 33 5 2 55 444 2 444 555 3 1 5 3 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . . .................................... ..... .. .. . .... .. .............................................................................. ................................ . . .................................................... . .... .... ........ . .. . . .. ....... . ......................................................................................................................................... .. . . . . . ... . ......... . ..... . . ....... . ........ ... ... . .. . .. . . .. ... . ... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 5 4 0 4 0 2 2 555 0 1 0 555555555555555555555555555555555555 55555 99 99 9 4444 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222222222222222222222 1 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 0000 1111 99999999 8 00 5 7 44 4444444 0 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 44 4 2 9 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 9 22222222 999 999 8 55 5 44 3 7 55 777 7 777 666 6 7 7 2 0 0 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATGTNGAGGCTGTGTATTTCCACATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T--------AAC---------------TTCACAG-AAGTGTTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------G-T-GTGCA------ACACCTG---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GG----TAA---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T--------AAC---------------TTCACAG-AAGTGTTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------G-T-G-GCA------ACACCTN---GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GG----TAA---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTGGACCT-------------AC---------CC--------A-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----TATG-ATC--G-----------------T---C---C---------------CC-------------C-------A----------TTTTCAA---G-T--------AGT---------------TTCAAAG-AAGTGTTCG-GCATAAAA-----------TG-ACAA-AGT--TTT----------G-T-AAGCA------ACACCGC---GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTTG--------CGTACAGAT-CTTGCGTATAGGGAAGCTGGGTA-TTTCCAT-A--TAA-------TGCA-C-------------A-----CA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ATGCCT---T--CA-T-G--TA-------C-ATGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTCC-GCAATCCCCGTTGGTTATTAAAA-A-CAG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GG----TAA---ACGTTAGAGCC---TGCTTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGGT--AC-TTCT---TATTGCATGGC-A-TA-TT--ATTAACATA--TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAAC-ATGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCATTTTGA-A-TAG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AA----TTG---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAaaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACATT-A--CAC-------TGCA-C-------------A-----AAAATG--TT-------C---A---------GCACACCA--T-----G--ACGA-TGAAT--TA-T-T--CG-------T-ATG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTCC-GCATTTCCAAAGGCTCATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGT----TAG---AAGTTAGGA--------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGGG--AC-CTTGCAATATTGAATaa
gi|12 : GAAGCGTTGTA-TTTCCAG-A--TACATACGTGTGCAGC-------------A-----GA-------------------A---------C------A--T-----A--CCAT-T---C--CA-C-A--TA-------C-ACGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTTT-GCATTTCCT-TGGTTCGTATTGA-A-CAC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GG----TAA---ATGTTATAACC---TTCT---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGGG--GC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttCACATGGCAGTTGTTTA-TTTCCAT-A--AAC-------TGCA-CCT-----------A-----GG--TT--TT-------C---AGCTT-----A------ACTT-----G--AGGA-TGAAT--CA-T-----A-------C-CTAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTCT-GCATTTCCCATGGCTCATTTTGAGA-TA----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-----TAA---AA---AGAACT---TT-TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : gacatataGTTATCTCAAAAGTCAG----GGTCA--------CGTACATGA-TTTACGGATATAGACGCTTTGTA-CTGC-AT-G--TGC-------T-CA---------------A-----CA--T--------------------------A------A--T--------ACG----------A-T-A--AA-------C-AAGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTTT-GCTTTTCCCACGGCTCATTTTGA-A-CAG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TA----TAA---ACATTAGAACC---TACT
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAAGAGGAT---------A-CGC---------CG----------TAT-----CAC--CAT--ATATTGCATA----TTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CT-------------GCCCTTTAA----------CTGTCAA---A-TGAAAAAA-AACAAATTTTCAAATATATTCACAG-AAGTGTTCA-GCATAACA-----------TG-ACGACAG---GTC----------G-T-GTGCA------ACACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACACGA-CTCGTGCATAGGAAAGATGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA-------------------A---------AT-----A--T-----GCAACGT-A---T--CA-T-GACGA-------C-AAAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTCC-GCATT--CCGTGATATATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAT-------TGCA-C-------------T-----GAAGTG--T--------TCATA---------AT-----A--T-----G--GCAA-T---G--AAAT-G--TA-------C-CTAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTCC-ACATATTCCGTTGCTCATTTTTA-A-CAG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGA-CTTGCACATACGGGGGCTGTATA-TTTCCAT-AATTA--------TGTA-C-----------------------TG--T--------A---A---------A------A--C-----A--ACTC-T---C--CA-
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AG----TAA---TAATTGGATCC---TACTTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-GTTGATTCACTTGT-TATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAAGACGG----------A-GGC---------TGT-------A-TAT-----TTC--CAT--ATATTGAACT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---TTGATCTGTAACTTGGCT-------------G-------A----------TTTTTAA---T-T--------AAT---------------TTTAAGG-AAGTATCCA-GCATAACA-----------TG-AC
gi|2 : cgattataTCA-ACATAATA-----------TG-------GT--GGC----------G-T-G-GCACCCACAACGCCTC---GGTGACTACCTCA----T-------GATCA--------AGTATAGGA-CTTTGGTACATGGAGGCTGGGTA-TTTCGAT-G--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAGGACTTTGGTACATGGA-GGC---------TG--------GGTAT-----TTC--GATGTATAATATATT----GTT---TC--------------------T---G---C---------------CCATTAACTGACG--G-------A----------TTTTCAT---G-T--------AAC---------------TACACAA-ACATGTTCA-ATATAACAATATTGCGTCATGTACAATAATTTGTCAGCTACCTCTG-T-GTGCA------A-ACCTA---GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCCA--------TGTACAGGA-CTTACGCATATAGAAGCTGTTTA-TCTCCAT-T--TAC-------TGCA-C-------------A-----GA--TG--TGTTCAGGAC---A---------AC-----A--T-----G--AAA----------A-T-G--AATCCAA--C-ATGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTCT-GCATTTCCTGTGGTTCATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC--G----TAAATTACGTTAGAGCC---TTCTT-GAG-TAT---------------GGC-AGGGG--AC-TTGG---TATTGAATTGC-A-taatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc--------AAC---------------TTCACCG-AAGTGTTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT--------------------------------ACCAG---ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGg
gi|21 : --------AAC---------------TTCACCG-AAGTGTTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT--------------------------------ACCAG---ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTCA--------TGTGCAGTA-CTTTGGCATATGGAAGTGGTGTA-TTTCCAT-A--T---------TCCA-C-------------ATTGTTGA--TG--TGACTCC--C---A---------A------A--T-----G--acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTACTTT-----------GGCATA------TGGAAGTGGTG-TAT-----TTC--CAT--ATTCCACATT----GTTG-AT---G-----------------T---GACTC---------------CCAAATGTATGGACAA-------A----------TTTTCCG---A-T--------AAT---------------GTCACAG-AATTATTCA-GAATAACtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCATTTTGA-A-CAG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GA----TAA---ATGGTAGAACCATTTTCTACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-CTTAATTCA
gi|24 : TTTGA-A-CAA---TTT-T---------TCC-----ATA-TGAAAA-GACCT----------------------GA----TAA---ACATTATGACC---TACATCCATGTAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAA-TA-CTTAAT
gi|25 : ttttcagttgtctgtccAAGGTCAA----TGTCA--------GGTATGGGA-CATG----TATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTCT-GCTTTTGGCATGGTGTATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTCC-ACTTCTCTCATGGTTCATTTCGA-A-CGG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AG----TAA---ATATTAGGTTC---TGCT
gi|27 : taactggcacttataatgtGACTACTTCATAAGACAA----AGTCA--------CATACATGA-TTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTA-TTTCAAG-T--GAC-------TGCA-
gi|27 : ggacCATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATGTTCA-GCATAACA-----------TA-AC-A-TGT--GTC----------G-T-GTAAA------ATATCTG---GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTCA--------CATACAAGATTTTAGGCGTATGGAGGC---------TCAAT-A--TAC-------TG
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAAGATTTT---------A-GGC-------------------G-TATGGAGGCTC--AAT--ATACTG-ATT----TTTA--TC--G-----------------T---G---T---------------CT-------------G-------C----------CCTGCAATT-ACT--------AAA---------------TGCATGG-ACCTTTTTTTGGATAACA----------------GA-ATT--GTT------------T-G-GCATA----ACATCTG---GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTCA--------CAAGTGAGA-CTTGTGTATGTGGAGGCTGTATA-TTTCGTT-A--TTC-------TGTA-C-------------A-----GA-----------------------------A------A--T-----G-------T---T--CA-T-G--AGAAAT---C-ATACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTCC-ACATTTTATGTGGCTTATTTTGA-A-CAG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AG----TAA---ACGTTAGAACC---TATTTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGGG--AC-TTTG---TATGGTACAGC-A-Tatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T--------ATC---------------TTCACAGTAAGTCTTTA-GCATAACA-----------TG-ttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagaCTACTTTTAAACTCAA----CTTCA--------TATGCAGGA-CTTGGACATATGAACACTGT
gi|32 : GTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTTacaaatagtgcattattggt
gi|34 : TTTTCAGC-C-GGT-AGAGG--AC-TTCG---TGTTGAA-----A-TA-CTTAATTCACTTGT-T-TTA
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GG----TAA---ATGTTAGAACC---TACTTTAAT-TAT--TGTTca
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAGGATAT----------A-GGCATAATGATGCT--------G-TAT-----TTTTTCAT--ATAGTGCATT----GTTG-GTT--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------CCTGTAACATA-C--------AAT---------------TTT-CAA-A------TA-ACACAACA-----------TA-ATGA-AGT--GCT----------G-T-ATGCA------ATACCTT---GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGA-CTTGGGTATATTTAAGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------CGCA-T-------------A-----G--------------------A---------A------G--T-----G-------T---T--CA---G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTAA-GCAGTTGCCGTAGCTCATTTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAA---GCATTACA-------GCTTC-GT-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGAG--AC-TTTG---TATTGCATCGC-A-CAGCTTAATTAACTTGT-TATAATTATT
gi|5 : -T--------AAC---------------ATCACAG-ATGTGTTAA-GCATACCA-----------TG-ACCA-TGT--GTA----------GCT-T-GCA------ACACCTG---GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------TGTACAAA---------ATATTAAGGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------TGCA-ttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAATATT---------AAGGC---------TGT-------G-TAT-----TTC--CAC--ATACTGCATTGTTGGTTGTGTC--AGACCTGTAATTACCAAAT---G---C---------------CA-------------G-------AACCAATTTTATTTTCAA---A-A--------AGC---------------TTCACAC-AAGTGTTCA-GCTTAACA-----------TG-CCAA-AGT--ATT----------G-TAA-GCA------AGACCTT---GGTGACTACC----AGG--AA----GGTCA--------CATATA---------------GGAGGCTGGGTA-TTTCCAT-G--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAAGTG--TTTCG----C---AT--------ATC----A--T-----G--ATGC-T---G--AA-TCG--TA-------C-CTGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTCT-GTATTTCCTGTGGCTCTTTTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAACA-----------T--ATGA-TGT--GTC----------G-T-GTGCA------ACACCTG---GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACCGAA-CTTGGGCATATGGATGCTGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-TTGTTGATTGTTCTA-----AA--TT--T--------C---A---------A------A--TATTCAG--AT-T-T---T--CA---A--AA-------A-ACTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTTTTTGA-A-CAACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CA----TGA---ACGTTAGAATC---TACTTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGGG--AT-TTTG---TATTGCATGTC-ATTA-CTTCATTAAT---T-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTCG--------CGTATAGAA-ATTAGGCATGCGGCAG-TGTGTA-TTTCTATTA--TATCA-----TG-A-C-------------A------A--TGAAT--------C---ATACGTATGGA------G--T-----G--ATGT-T---T---A-T-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTCG-GCAAATCCCCTGGCGCGTTTTGA-A-CAG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTAAA-C---TATCACGACA---------GTC-GG----TCT---ACGTATGAACC---TACTTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGAA--AA-TTTG---TATC-CATGGCAA-CA-CTTAAATCACTTGTGTATTGTTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATT----GTTG-GTCAAG-----------------TCTGG---C---------------CT-------------GTA-----A----------CTTCCAA---A-TGCATAAGTAAT---------------TTCGCAA-AAGTGTTC-------------------------------T--GTC-----------------CA------ATACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTCA--------TGT-TAAGA-CTTGCACATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCTT-A--TAC-------TGCA-A-------------A-----GA--AG--T--------caattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCATTTTAA-A-CAG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AG----TAA---ACATTAGAACT---TACCTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGC-AGTA-GTTTATCCACTTGT-Tactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCTA---GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-C-------------A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAAC-ATGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCCC-ACATTTACCATGGCTCATTTTGA-A-TAG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AA----TTG---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 777777777777777777777777777777777777 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222 11111111111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1
lowQualScore : 1 1 2 3 1 1 0 0 111 1 1 1 888888888888888888888888888888888888 22222 66 66 2 9999 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666 3 33 2 22222222222 2 0 6 8888888888888888888 3 6666 8888 66666666 1 44 3 1 22 8888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 2 0 1 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 0 666 4444 333 333 1 0 7 33 5 2 55 444 2 444 555 3 1 5 3 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . . .................................... ..... .. .. . .... .. .............................................................................. ............................... . .. . ........... . . . ................... . .... .... ........ . .. . . .. ....... ............................................................................................................................................ .. . . . . . ... . ......... . ..... . . ....... . ... .... ... ... . . . .. . . .. ... . ... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 5 7 0 0 2 2 555 0 1 0 555555555555555555555555555555555555 55555 99 99 9 4444 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777777777777777777777777777777 1 99 7 77777777777 7 7 2 3333333333333333333 3 2222 1111 99999999 8 00 5 7 44 4444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 4 2 9 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 9 000 7777 999 999 8 2 5 44 3 7 55 777 7 777 666 6 7 7 2 0 0 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATGTNGAGGCTGTGTATTTCCACATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTGGACCT-------------AC---------CC--------A-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----TATG-ATC--G-----------------T---C---C---------------CC-------------C-------A----------TTTTCAA---G-T-------AGT---------------TTCAAAG-AAGTG--TTCG-GCATAAAA-----------TG-ACAA-AGT--TTT----------GTAAGCAACACCG--C-GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTTG--------CGTACAGAT-CTTGCGTATAGGGAAGCTGGGTA-TTTCCAT-A--TAA-------TGCA-------------C--A-----CA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ATGCCT---T--CA-T-G--TA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCAATCCCCGTTGGTTATTAAAA-AC-AG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GGTA----A---ACGTTAGAGCC---TGCTTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGGT--AC-TTCT---TATTGCATGGC-A-TA-TT--ATTAACATA--TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAaaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACATT-A--CAC-------TGCA-------------C--A-----AAAATG--TT-------C---A---------GCACACCA--T-----G--ACGA-TGAAT--TA-T-T--CG-------TA-TG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCAAAGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGTTA----G---AAGTTAGGA--------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGGG--AC-CTTGCAATATTGAATaa
gi|12 : GAAGCGTTGTA-TTTCCAG-A--TACATACGTGTGCAG------------C--A-----GA-------------------A---------C------A--T-----A--CCAT-T---C--CA-C-A--TA-------CA-CGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTT-TGCATTTCCT-TGGTTCGTATTGA-AC-AC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GGTA----A---ATGTTATAACC---TTCT---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGGG--GC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttCACATGGCAGTTGTTTA-TTTCCAT-A--AAC-------TGCA-------------CCTA-----GG--TT--TT-------C---AGCTT-----A------ACTT-----G--AGGA-TGAAT--CA-T-----A-------CC-TAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTC-TGCATTTCCCATGGCTCATTTTGAGAT-A----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-TA----A---AA---AGAACT---TT-TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : gacatataGTTATCTCAAAAGTCAG----GGTCA--------CGTACATGA-TTTACGGATATAGACGCTTTGTA-CTGC-AT-G--TGC-------T-CA----------------A-----CA--T--------------------------A------A--T--------ACG----------A-T-A--AA-------CA-AGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTT-TGCTTTTCCCACGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TATA----A---ACATTAGAACC---TACT
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAAGAGGAT---------A-CGC---------CG----------TAT-----CAC--CAT--ATATTGCATA----TTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CT-------------GCCCTTTAA----------CTGTCAA---A-TGAAAAAAAACAAATTTTCAAATATATTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGACAG---GTC----------GTGTGCAACACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACACGA-CTCGTGCATAGGAAAGATGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA-------------------A---------AT-----A--T-----GCAACGT-A---T--CA-T-GACGA-------CA-AAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTC-CGCATT--CCGTGATATATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAT-------TGCA-------------C--T-----GAAGTG--T--------TCATA---------AT-----A--T-----G--GCAA-T---G--AAAT-G--TA-------CC-TAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTC-CACATATTCCGTTGCTCATTTTTA-AC-AG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGA-CTTGCACATACGGGGGCTGTATA-TTTCCAT-AATTA--------TGTA-------------C------------TG--T--------A---A---------A------A--C-----A--ACTC-T---C--CA-
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AGTA----A---TAATTGGATCC---TACTTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-GTTGATTCACTTGT-TATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAAGACGG----------A-GGC---------TGT-------A-TAT-----TTC--CAT--ATATTGAACT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---TTGATCTGTAACTTGGCT-------------G-------A----------TTTTTAA---T-T-------AAT---------------TTTAAGG-AAGTA--TCCA-GCATAACA-----------TG-AC
gi|2 : cgattataTCA-ACATAATA-----------TG-GTGG-CGT--GGC----------ACCCACAACGCCT--C-GGTGACTACCTCA----T-------GATCA--------AGTATAGGA-CTTTGGTACATGGAGGCTGGGTA-TTTCGAT-G--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAGGACTTTGGTACATGGA-GGC---------TG--------GGTAT-----TTC--GATGTATAATATATT----GTT---TC--------------------T---G---C---------------CCATTAACTGACG--G-------A----------TTTTCAT---G-T-------AAC---------------TACACAA-ACATG--TTCA-ATATAACAATATTGCGTCATGTACAATAATTTGTCAGCTACCTCTGTGTGCAA-ACCT--A-GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCCA--------TGTACAGGA-CTTACGCATATAGAAGCTGTTTA-TCTCCAT-T--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--TGTTCAGGAC---A---------AC-----A--T-----G--AAA----------A-T-G--AATCCAA--CA-TGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTC-TGCATTTCCTGTGGTTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC--GTA----AATTACGTTAGAGCC---TTCTT-GAG-TAT---------------GGC-AGGGG--AC-TTGG---TATTGAATTGC-A-taatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc-------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGg
gi|21 : -------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTCA--------TGTGCAGTA-CTTTGGCATATGGAAGTGGTGTA-TTTCCAT-A--T---------TCCA-------------C--ATTGTTGA--TG--TGACTCC--C---A---------A------A--T-----G--acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTACTTT-----------GGCATA------TGGAAGTGGTG-TAT-----TTC--CAT--ATTCCACATT----GTTG-AT---G-----------------T---GACTC---------------CCAAATGTATGGACAA-------A----------TTTTCCG---A-T-------AAT---------------GTCACAG-AATTA--TTCA-GAATAACtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GATA----A---ATGGTAGAACCATTTTCTACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-CTTAATTCA
gi|24 : TTTGA-AC-AA---TTT-T---------TCC-----ATA-TGAAAA-GACCT----------------------GATA----A---ACATTATGACC---TACATCCATGTAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAA-TA-CTTAAT
gi|25 : ttttcagttgtctgtccAAGGTCAA----TGTCA--------GGTATGGGA-CATG----TATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTC-TGCTTTTGGCATGGTGTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTC-CACTTCTCTCATGGTTCATTTCGA-AC-GG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AGTA----A---ATATTAGGTTC---TGCT
gi|27 : taactggcacttataatgt--G-GACGACTACTTCATAAGACAA----AGTCA--------CATACATGA-TTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTA-TTTCAAG-T--GAC-------TGCA-------------
gi|27 : CATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATG--TTCA-GCATAACA-----------TA-AC-A-TGT--GTC----------GTGTAAAATATCT--G-GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTCA--------CATACAAGATTTTAGGCGTATGGAGGC---------TCAAT-A--TAC-------TG
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAAGATTTT---------A-GGC-------------------G-TATGGAGGCTC--AAT--ATACTG-ATT----TTTA--TC--G-----------------T---G---T---------------CT-------------G-------C----------CCTGCAATT-ACT-------AAA---------------TGCATGG-ACCTT--TTTTTGGATAACA----------------GA-ATT--GTT----------TGGCATAACATCT--G-GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTCA--------CAAGTGAGA-CTTGTGTATGTGGAGGCTGTATA-TTTCGTT-A--TTC-------TGTA-------------C--A-----GA-----------------------------A------A--T-----G-------T---T--CA-T-G--AGAAAT---CA-TACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTC-CACATTTTATGTGGCTTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AGTA----A---ACGTTAGAACC---TATTTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGGG--AC-TTTG---TATGGTACAGC-A-Tatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------ATC---------------TTCACAGTAAGTC--TTTA-GCATAACA-----------TG-ttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagaCTACTTTTAAACTCAA----CTTCA--------TATGCAGGA-CTTGGACATATGAACACTGT
gi|31 : CAGGACTTGGACATATGAACACTGTA------CAAATAGTGCATTATTGGTacaaatagtgcattattggt
gi|32 : ctacttttaaactcaacttcatatgGTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTT
gi|34 : TTTTCAGC-C-GGT-AGAGG--AC-TTCG---TGTTGAA-----A-TA-CTTAATTCACTTGT-T-TTA
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GGTA----A---ATGTTAGAACC---TACTTTAAT-TAT--TGTTca
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAGGATAT----------A-GGCATAATGATGCT--------G-TAT-----TTTTTCAT--ATAGTGCATT----GTTG-GTT--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------CCTGTAACATA-C-------AAT---------------TTT-CAA-A--------TA-ACACAACA-----------TA-ATGA-AGT--GCT----------GTATGCAATACCT--T-GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGA-CTTGGGTATATTTAAGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------CGCA-------------T--A-----GA-----------------------------A------G--T-----G-------T---T--CA---G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTA-AGCAGTTGCCGTAGCTCATTTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAA---GCATTACA-------GCTTCG-T-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGAG--AC-TTTG---TATTGCATCGC-A-CAGCTTAATTAACTTGT-TATAATTATT
gi|5 : -T-------AAC---------------ATCACAG-ATGTG--TTAA-GCATACCA-----------TG-ACCA-TGT--GTA----------GCTTGCAACACCT--G-GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------TGTACAAA---------ATATTAAGGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------TGCA-------------ttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAATATT---------AAGGC---------TGT-------G-TAT-----TTC--CAC--ATACTGCATTGTTGGTTGTGTC--AGACCTGTAATTACCAAAT---G---C---------------CA-------------G-------AACCAATTTTATTTTCAA---A-A-------AGC---------------TTCACAC-AAGTG--TTCA-GCTTAACA-----------TG-CCAA-AGT--ATT----------GTAAGCAAGACCT--T-GGTGACTACC----AGG--AA----GGTCA--------CATATA---------------GGAGGCTGGGTA-TTTCCAT-G--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAAGTG--TTTCG----C---AT--------ATC----A--T-----G--ATGC-T---G--AA-TCG--TA-------CC-TGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTC-TGTATTTCCTGTGGCTCTTTTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAACA-----------T--ATGA-TGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACCGAA-CTTGGGCATATGGATGCTGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCATTGTTGATTGTTCT--A-----AA--TT--T--------C---A---------A------A--TATTCAG--AT-T-T---T--CA---A--AA-------AA-CTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTTTTTGA-AC-AACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CATG----A---ACGTTAGAATC---TACTTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGGG--AT-TTTG---TATTGCATGTC-ATTA-CTTCATTAAT---T-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTCG--------CGTATAGAA-ATTAGGCATGCGGCAG-TGTGTA-TTTCTATTA--TATCA-----TG-A-------------C--A------A--TGAAT--------C---ATACGTATGGA------G--T-----G--ATGT-T---T---A-T-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTC-GGCAAATCCCCTGGCGCGTTTTGA-AC-AG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTAAA-C---TATCACGACA---------GTC-GGTC----T---ACGTATGAACC---TACTTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGAA--AA-TTTG---TATC-CATGGCAA-CA-CTTAAATCACTTGTGTATTGTTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATT----GTTG-GTCAAG-----------------TCTGG---C---------------CT-------------GTA-----A----------CTTCCAA---A-T-------G---------------------CAT-AAGTAATTTC--GCA---------------------AA-AGT--GTT----------CTGTCCAATACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTCA--------TGT-TAAGA-CTTGCACATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCTT-A--TAC-------TGCA-------------A--A-----GA--AG--T--------caattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCATTTTAA-AC-AG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AGTA----A---ACATTAGAACT---TACCTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGC-AGTA-GTTTATCCACTTGT-Tactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 777777777777777777777777777777777777 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222 11111111111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1
lowQualScore : 1 2 1 1 1 0 0 111 1 1 1 888888888888888888888888888888888888 22222 66 66 2 9999 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666 3 33 2 22222222222 2 0 6 8888888888888888888 3 6666 8888 66666666 1 44 3 1 22 8888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 2 0 1 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 0 666 4444 333 333 1 0 7 33 5 2 55 444 2 444 555 3 1 5 3 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . ... . . . .................................... ..... .. .. . .... .. .............................................................................. ............................... . .. . ........... . . . ................... . .... .... ........ . .. . . .. ....... ............................................................................................................................................ .. . . . . . ... . ......... . ..... . . ....... . ... .... ... ... . . . .. . . .. ... . ... ... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 5 0 0 0 2 2 555 0 1 0 555555555555555555555555555555555555 55555 99 99 9 4444 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777777777777777777777777777777 1 99 7 77777777777 7 7 2 3333333333333333333 3 2222 1111 99999999 8 00 5 7 44 4444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 4 2 9 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 9 000 7777 999 999 8 2 5 44 3 7 55 777 7 777 666 6 7 7 2 0 0 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTGGACCT-------------AC---------CC--------A-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----TATG-ATC--G-----------------T---C---C---------------CC-------------C-------A----------TTTTCAA---G-T-------AGT---------------TTCAAAG-AAGTG--TTCG-GCATAAAA-----------TG-ACAA-AGT--TTT----------GTAAGCAACACCG--C-GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTTG--------CGTACAGAT-CTTGCGTATAGGGAAGCTGGGTA-TTTCCAT-A--TAA-------TGCA-------------C--A-----CA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ATGCCT---T--CA-T-G--TA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCAATCCCCGTTGGTTATTAAAA-AC-AG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GGTA----A---ACGTTAGAGCC---TGCTTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGGT--AC-TTCT---TATTGCATGGC-A-TA-TT--ATTAACATA--TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAaaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACATT-A--CAC-------TGCA-------------C--A-----AAAATG--TT-------C---A---------GCACACCA--T-----G--ACGA-TGAAT--TA-T-T--CG-------TA-TG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCAAAGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGTTA----G---AAGTTAGGA--------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGGG--AC-CTTGCAATATTGAATaa
gi|12 : GAAGCGTTGTA-TTTCCAG-A--TACATACGTGTGCAG------------C--A-----GA-------------------A---------C------A--T-----A--CCAT-T---C--CA-C-A--TA-------CA-CGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTT-TGCATTTCCT-TGGTTCGTATTGA-AC-AC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GGTA----A---ATGTTATAACC---TTCT---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGGG--GC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttCACATGGCAGTTGTTTA-TTTCCAT-A--AAC-------TGCA-------------CCTA-----GG--TT--TT-------C---AGCTT-----A------ACTT-----G--AGGA-TGAAT--CA-T-----A-------CC-TAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTC-TGCATTTCCCATGGCTCATTTTGAGAT-A----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-TA----A---AA---AGAACT---TT-TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : gacatataGTTATCTCAAAAGTCAG----GGTCA--------CGTACATGA-TTTACGGATATAGACGCTTTGTA-CTGC-AT-G--TGC-------T-CA----------------A-----CA--T--------------------------A------A--T--------ACG----------A-T-A--AA-------CA-AGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTT-TGCTTTTCCCACGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TATA----A---ACATTAGAACC---TACT
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAAGAGGAT---------A-CGC---------CG----------TAT-----CAC--CAT--ATATTGCATA----TTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CT-------------GCCCTTTAA----------CTGTCAA---A-TGAAAAAAAACAAATTTTCAAATATATTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGACAG---GTC----------GTGTGCAACACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACACGA-CTCGTGCATAGGAAAGATGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA-------------------A---------AT-----A--T-----GCAACGT-A---T--CA-T-GACGA-------CA-AAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTC-CGCATT--CCGTGATATATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAT-------TGCA-------------C--T-----GAAGTG--T--------TCATA---------AT-----A--T-----G--GCAA-T---G--AAAT-G--TA-------CC-TAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTC-CACATATTCCGTTGCTCATTTTTA-AC-AG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGA-CTTGCACATACGGGGGCTGTATA-TTTCCAT-AATTA--------TGTA-------------C------------TG--T--------A---A---------A------A--C-----A--ACTC-T---C--CA-
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AGTA----A---TAATTGGATCC---TACTTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-GTTGATTCACTTGT-TATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAAGACGG----------A-GGC---------TGT-------A-TAT-----TTC--CAT--ATATTGAACT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---TTGATCTGTAACTTGGCT-------------G-------A----------TTTTTAA---T-T-------AAT---------------TTTAAGG-AAGTA--TCCA-GCATAACA-----------TG-AC
gi|2 : cgattataTCA-ACATAATA-----------TG-GTGG-CGT--GGC----------ACCCACAACGCCT--C-GGTGACTACCTCA----T-------GATCA--------AGTATAGGA-CTTTGGTACATGGAGGCTGGGTA-TTTCGAT-G--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAGGACTTTGGTACATGGA-GGC---------TG--------GGTAT-----TTC--GATGTATAATATATT----GTT---TC--------------------T---G---C---------------CCATTAACTGACG--G-------A----------TTTTCAT---G-T-------AAC---------------TACACAA-ACATG--TTCA-ATATAACAATATTGCGTCATGTACAATAATTTGTCAGCTACCTCTGTGTGCAA-ACCT--A-GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCCA--------TGTACAGGA-CTTACGCATATAGAAGCTGTTTA-TCTCCAT-T--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--TGTTCAGGAC---A---------AC-----A--T-----G--AAA----------A-T-G--AATCCAA--CA-TGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTC-TGCATTTCCTGTGGTTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC--GTA----AATTACGTTAGAGCC---TTCTT-GAG-TAT---------------GGC-AGGGG--AC-TTGG---TATTGAATTGC-A-taatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc-------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGg
gi|21 : -------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTCA--------TGTGCAGTA-CTTTGGCATATGGAAGTGGTGTA-TTTCCAT-A--T---------TCCA-------------C--ATTGTTGA--TG--TGACTCC--C---A---------A------A--T-----G--acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTACTTT-----------GGCATA------TGGAAGTGGTG-TAT-----TTC--CAT--ATTCCACATT----GTTG-AT---G-----------------T---GACTC---------------CCAAATGTATGGACAA-------A----------TTTTCCG---A-T-------AAT---------------GTCACAG-AATTA--TTCA-GAATAACtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GATA----A---ATGGTAGAACCATTTTCTACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-AGTA-CTTAATTCA
gi|24 : TTTGA-AC-AA---TTT-T---------TCC-----ATA-TGAAAA-GACCT----------------------GATA----A---ACATTATGACC---TACATCCATGTAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAA-TA-CTTAAT
gi|25 : ttttcagttgtctgtccAAGGTCAA----TGTCA--------GGTATGGGA-CATG----TATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTC-TGCTTTTGGCATGGTGTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTC-CACTTCTCTCATGGTTCATTTCGA-AC-GG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AGTA----A---ATATTAGGTTC---TGCT
gi|27 : taactggcacttataatgt--G-GACGACTACTTCATAAGACAA----AGTCA--------CATACATGA-TTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTA-TTTCAAG-T--GAC-------TGCA-------------
gi|27 : CATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATG--TTCA-GCATAACA-----------TA-AC-A-TGT--GTC----------GTGTAAAATATCT--G-GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTCA--------CATACAAGATTTTAGGCGTATGGAGGC---------TCAAT-A--TAC-------TG
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAAGATTTT---------A-GGC-------------------G-TATGGAGGCTC--AAT--ATACTG-ATT----TTTA--TC--G-----------------T---G---T---------------CT-------------G-------C----------CCTGCAATT-ACT-------AAA---------------TGCATGG-ACCTT--TTTTTGGATAACA----------------GA-ATT--GTT----------TGGCATAACATCT--G-GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTCA--------CAAGTGAGA-CTTGTGTATGTGGAGGCTGTATA-TTTCGTT-A--TTC-------TGTA-------------C--A-----GA-----------------------------A------A--T-----G-------T---T--CA-T-G--AGAAAT---CA-TACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTC-CACATTTTATGTGGCTTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AGTA----A---ACGTTAGAACC---TATTTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGGG--AC-TTTG---TATGGTACAGC-A-Tatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------ATC---------------TTCACAGTAAGTC--TTTA-GCATAACA-----------TG-ttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagaCTACTTTTAAACTCAA----CTTCA--------TATGCAGGA-CTTGGACATATGAACACTGT
gi|31 : CAGGACTTGGACATATGAACACTGTA------CAAATAGTGCATTATTGGTacaaatagtgcattattggt
gi|32 : ctacttttaaactcaacttcatatgGTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTT
gi|34 : TTTTCAGC-C-GGT-AGAGG--AC-TTCG---TGTTGAA-----A-TA-CTTAATTCACTTGT-T-TTA
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GGTA----A---ATGTTAGAACC---TACTTTAAT-TAT--TGTTca
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAGGATAT----------A-GGCATAATGATGCT--------G-TAT-----TTTTTCAT--ATAGTGCATT----GTTG-GTT--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------CCTGTAACATA-C-------AAT---------------TTT-CAA-A--------TA-ACACAACA-----------TA-ATGA-AGT--GCT----------GTATGCAATACCT--T-GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGA-CTTGGGTATATTTAAGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------CGCA-------------T--A-----GA-----------------------------A------G--T-----G-------T---T--CA---G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTA-AGCAGTTGCCGTAGCTCATTTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAA---GCATTACA-------GCTTCG-T-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGAG--AC-TTTG---TATTGCATCGC-A-CAGCTTAATTAACTTGT-TATAATTATT
gi|5 : -T-------AAC---------------ATCACAG-ATGTG--TTAA-GCATACCA-----------TG-ACCA-TGT--GTA----------GCTTGCAACACCT--G-GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------TGTACAAA---------ATATTAAGGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------TGCA-------------ttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAATATT---------AAGGC---------TGT-------G-TAT-----TTC--CAC--ATACTGCATTGTTGGTTGTGTC--AGACCTGTAATTACCAAAT---G---C---------------CA-------------G-------AACCAATTTTATTTTCAA---A-A-------AGC---------------TTCACAC-AAGTG--TTCA-GCTTAACA-----------TG-CCAA-AGT--ATT----------GTAAGCAAGACCT--T-GGTGACTACC----AGG--AA----GGTCA--------CATATA---------------GGAGGCTGGGTA-TTTCCAT-G--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAAGTG--TTTCG----C---AT--------ATC----A--T-----G--ATGC-T---G--AA-TCG--TA-------CC-TGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTC-TGTATTTCCTGTGGCTCTTTTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAACA-----------T--ATGA-TGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACCGAA-CTTGGGCATATGGATGCTGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCATTGTTGATTGTTCT--A-----AA--TT--T--------C---A---------A------A--TATTCAG--AT-T-T---T--CA---A--AA-------AA-CTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTTTTTGA-AC-AACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CATG----A---ACGTTAGAATC---TACTTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGGG--AT-TTTG---TATTGCATGTC-ATTA-CTTCATTAAT---T-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTCG--------CGTATAGAA-ATTAGGCATGCGGCAG-TGTGTA-TTTCTATTA--TATCA-----TG-A-------------C--A------A--TGAAT--------C---ATACGTATGGA------G--T-----G--ATGT-T---T---A-T-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTC-GGCAAATCCCCTGGCGCGTTTTGA-AC-AG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTAAA-C---TATCACGACA---------GTC-GGTC----T---ACGTATGAACC---TACTTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGAA--AA-TTTG---TATC-CATGGCAA-CA-CTTAAATCACTTGTGTATTGTTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATT----GTTG-GTCAAG-----------------TCTGG---C---------------CT-------------GTA-----A----------CTTCCAA---A-T-------G---------------------CAT-AAGTAATTTC--GCA---------------------AA-AGT--GTT----------CTGTCCAATACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTCA--------TGT-TAAGA-CTTGCACATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCTT-A--TAC-------TGCA-------------A--A-----GA--AG--T--------caattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCATTTTAA-AC-AG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AGTA----A---ACATTAGAACT---TACCTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGC-AGTA-GTTTATCCACTTGT-Tactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------GC-T---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAA-TA-CTTAAt
blockSeqs : C C G G A TAC T C G TGGTACATGGAGGCTGGG GGAGG TT GT C GTTG TG AGACCTGTAATTACCAAATGCCAGAACCAATTTTA ATGAAAAAAAACAAATTTTCAAATATA T AT T ATATTGCGTCA T C TTGTCAGCTACCTCTGTGT C TTGT TAGT TACATAGA T AA C T AT ATACGTG CAGAATTGTTAAGCTTAACATGAAAACAAAACATGTCTATGGTGTAATTGTCTAGTC AA T A G T CAT C GCCATTTTT A ATACA C A AAAAAAA CTG CCTA ATT ATT C A TG T A CT TTT A CAA AA G T G A T G T .
blockSeqs : G A C C A A T G TGGCATATGGAAGTGGTG . . . A . G GTGACTCCCAAATGTATGGACAAA TTACTAAA . . . . . T GTCGTGT C A TAGT . . AC C . . CA CAAAAATGTTCAGCACACCATGACGATGAATTATTCGTATGGAATATTTGTCTCGTT . . A . . . . . C . . . . CG . . . T G . T . CT T . . AG . T . A A
blockSeqs : A C C T A A T AGGCATAATGATGCTG . . . T . G GTGTTGATCTGTAACTTGGCTGA CATACAAT . . . . . . GGCACCC T C . . . GT . . . . CAGATGTGTTCAGGACAACATGAAAATGAATCCAACATGTGGAGTAAATGTCTAGTC . . A . . . . . C . . . . CA . . . T A . . . T G . . AG . T . C T
blockSeqs : C A A T T TAAGGCTGTG . . . C . A TGCCCATTAACTGACGGA TTAAT . . . . . . GTCGTGT C A . . . GC . . . . TTGTTGATTGTTCTAAATTTCAAATATTCAGATTTTCAAAAAACTTCGCAGTAAGCC . . A . . . . . C . . . . CT . . . A . . . . T G . . AA . T . A
blockSeqs : . T G C T AGGCTGTA . . . C . G GTGCCTGCCCTTTAA GTAAC . . . . . . GTTTGGC T G . . . TG . . . . CAGAATTGTTAAGCTTAACATGAAAACAAAACATGTCTATGGTGTAATTGTCTAGTC . . G . . . . . C . . . . CA . . . A . . . . C G . . AT . T . .
blockSeqs : T A TACGCCG . . . C . G AAGTCTGGCCTGTAA ATAAT . . . . . . GCTGTAT C G . . . AC . . . . CCTAGGTTTTCAGCTTAACTTGAGGATGAATCATACCTATGAAGAATTGTCAAGTC . . G . . . . . C . . . . TG . . . T . . . . C G . . AA . . .
blockSeqs : T A TAGGCG . . . G . . GTGTCTGC ATATC . . . . . . GTAGCTT G G . . . GG . . . . CTGAAGTGTTCATAATATGGCAATGAAATGTACCTATGGCGTAATTGTTTAGCC . . G . . . . . C . . . . AA . . . T . . . . C G . . AG .
blockSeqs : . . . GTGCCCGA AAAGC . . . . . . ATTGTAA C G . . . GG . . . . CAGAAGTGTTTCGCATATCATGATGCTGAATCGTACCTGCAGAGCAATTTAGCC . . A . . . . . C . . . . CA . . . A . . . . T G . . AA .
blockSeqs : ATG . . . . . . GTCGTGT T G . . . TG . . . . CAATGAATCATACGTATGGAGTGATGTTTATGGAGTAATGTTTAGCC . . A . . . . . C . . . . CG . . . G . . . . A G . . A .
blockSeqs : . . . . . . GTTCTGT . T . . . CG . . . . GCAGAACATACCATTCCACATACACGTGTAGTAATTGTTCAGCC . . G . . . . . C . . . . CC . . . A . . . . T G . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . AG . . . . CAGAAATATGCAACGTATCATGACGACAAATCATTCTAGCC . . G . . . . . C . . . . CG . . . A . . . . T G . . A
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . GT . . . . CAGAAATGTTCATGAGAAATCATACCAATGGAGTC . . G . . . . . T . . . . CA . . . G . . . . T A . . A
blockSeqs : . . . . G . . . GG . . . . TAGAAGTGTTCAGCATAATATGAAATTATTTAACC . . A . . . . . G . . . . A . . . A . . . . T T . .
blockSeqs : . . . A . . . GG . . . . ACATAATACGATAAACAAGTAACTGACA . . C . . . . . C . . . . C . . . A . . . . T . . .
blockSeqs : . . . GG . . . . . . A . . . . . C . . . . G . . . A . .
blockSeqs : . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C
blockSeqs : . . . GC . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . AA . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : TAAGGCTGTG************************** AG*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTT---------A-GGC---------CG--------G-TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGC-A-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNTTAAGGCTGTG--------------------------TAT-----TTC--CAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACGC-T---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGCAG-TA-CTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 666666666666666666666 111 11111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222222222222222222222222 11111111111 1111111111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1
lowQualScore : 1 2 1 1 1 1 0 0 111 1 1 000000000000000000000 222 22222 66 2 9999 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666666666666666666666666666 3 33 2 22222222222 2 0 6 8888888888888888888 3 6666 8888 66666666 1 44 3 1 22 8888888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 2 0 1 2 2 333 2 888888888 1 55555 2 2 7777777 0 666 4444 333 333 1 0 7 33 5 2 55 444 2 444 5 1 5 3 1 1 1 5
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . ..................... ... ..... .. . .... .. .............................................................................. ............................... . .. . ........... . . . ................... . .... .... ........ . .. . . .. ....... ............................................................................................................................................ .. . . . . . ... . ......... . ..... . . ....... . ... .... ... ... . . . .. . . .. ... . ... . . . . . . . .
lowQualScore : 0 5 4 0 4 0 2 2 555 0 1 555555555555555555555 555 55555 99 9 4444 33 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777777777777777777777777777777 1 99 7 77777777777 7 7 2 3333333333333333333 3 2222 1111 99999999 8 00 5 7 44 4444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 4 2 9 1 1 777 1 444444444 4 33333 1 1 2222222 9 000 7777 999 999 8 2 5 44 3 7 55 777 7 777 0 7 7 2 0 0 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATGTNGAGGCTGTGTATTTCCACATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNT--------TG--------AGGCTGTGTAT-----TTCCAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACG-CT---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGCAGTACTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
Reference ( family-1061 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGACTTNGGCATATGGAGGCTGTGTATTTCCANATACTGCATTGTTGGTCGTGTCCGANCCGTAACTTCCGAATACTTTCAAAAAACTNTTAACCTCAAAGGTCAAGGTCACGTACAGGACNT--------TA--------AGGCTGTGTAT-----TTCCAT--ATACTGCATT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------AAC---------------TTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGA-AGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CGTACAGGA-CTTGGGCATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ACG-CT---T--CA-T-G--NA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCCGTGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TCGTC-GGTA----A---ACGTTAGAACC---TNCTTCAAT-TAT--TGTTGTCAAC-C-GGC-AGGGG--AC-TTTG---TATTGCATGGCAGTACTTAATTCACTTGT-TATTANTATTGATTGNTANCTTCATGTA
gi|1 : CATGACTTAGGCATGTGGAGGTTGTGTATTTCCATATACTGCATTGTCGGTCGTGTCCGATCTGTAACTTTCAAATACTTTCACAGAAATATTAACCTCAAAGCTCAAGGTAACGTGTTGGACCT--------------------ACC-CATAT-----TTCCAT--ATACTGCATT----TATG-ATC--G-----------------T---C---C---------------CC-------------C-------A----------TTTTCAA---G-T-------AGT---------------TTCAAAG-AAGTG--TTCG-GCATAAAA-----------TG-ACAA-AGT--TTT----------GTAAGCAACACCG--C-GGTGATTGTCTTAAAGGTCAA----GGTTG--------CGTACAGAT-CTTGCGTATAGGGAAGCTGGGTA-TTTCCAT-A--TAA-------TGCA-------------C--A-----CA--TG--T--------C---A---------A------A--T-----G--ATGCCT---T--CA-T-G--TA-------CA-TGT-G-A-CGGTA--T----GT----C----C----AA--CTTACCTGTC-CGCAATCCCCGTTGGTTATTAAAA-AC-AG---TGT-T---------TCG-----ATA-TGTAAA-TAAATCTCAAAATA-------GCATC-GGTA----A---ACGTTAGAGCC---TGCTTCATT-TAT--TGTTGTCAAA-C-GGC-CGGGT--AC-TTCT---TATTGCATGGCA-TATT--ATTAACATA--TATTAGTATTGATTGCTAACTTCATGTA
gi|10 : aactttcacatgcatgggctatttgcatactttatCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------G-CT---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAATACTTAAaaacgacaatttgtatcggcggtagaaaagaaccgatgcaaacttttga
gi|11 : aCTGAGTA-TTACATT-A--CAC-------TGCA-------------C--A-----AAAATG--TT-------C---A---------GCACACCA--T-----G--ACG-ATGAAT--TA-T-T--CG-------TA-TG--G-A-ATATT--T----GT----C----TCGTTAA--CTTACCTGTC-CGCATTTCCAAAGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TAC-----ATT-CGTAAA-CAGCTCTCAAAATA-------TCATCTGTTA----G---AAGTTAGGA--------TTCAAA-TAT--TGTTGTCAGT-C-AGT-ACGGG--AC-CTTGCAATATTGAATaa
gi|12 : GAAGCGTTGTA-TTTCCAG-A--TACATACGTGTGCAG------------C--A-----GA-------------------A---------C------A--T-----A--CCA-TT---C--CA-C-A--TA-------CA-CGT-G---TAGTAATT----GTTCAGC----C----AA--CTTGCATGTT-TGCATTTCCT-TGGTTCGTATTGA-AC-AC---TTA-T---------TCC-----GTA-TATAAA-CGACTCTCAAAATA-------CCGTC-GGTA----A---ATGTTATAACC---TTCT---GT-TAT--TGTTGCTAAC-C-GGT-AGGGG--GC-GTTG---TATTGCATGtca
gi|13 : ttCACATGGCAGTTGTTTA-TTTCCAT-A--AAC-------TGCA-------------CCTA-----GG--TT--TT-------C---AGCTT-----A------ACTT-----G--AGG-ATGAAT--CA-T-----A-------CC-TAT-G-A-AGAAT--T----GT----CAAGTC----AA--CATGCATGTC-TGCATTTCCCATGGCTCATTTTGAGAT-A----TTT-T---------GCT-----CTG-TTTCAA-CAACTCTCAAAAAAAAAAAAAT-GTC-A-TA----A---AA---AGAACT---TT-TTCAAA-TAT--TGTTGTCa
gi|14 : gacatataGTTATCTCAAAAGTCAG----GGTCA--------CGTACATGA-TTTACGGATATAGACGCTTTGTA-CTGC-AT-G--TGC-------T-CA----------------A-----CA--T--------------------------A------A--T--------ACG----------A-T-A--AA-------CA-AGT-A-A-C------T----GA----C----A----AAAACTTATCTGTT-TGCTTTTCCCACGGCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-TGCCATTTTTTCC-----GGG-TGCAAA-CAACTCTTAAAATA-------TCATC-TATA----A---ACATTAGAACC---TACT
gi|15 : gccAAGGCCCAGGTCACATACAAGAGGA--------TA--------CGCC---GTAT-----CACCAT--ATATTGCATA----TTTG-GTC--G-----------------T---G---C---------------CT-------------GCCCTTTAA----------CTGTCAA---A-TGAAAAAAAACAAATTTTCAAATATATTCACAG-AAGTG--TTCA-GCATAACA-----------TG-ACGACAG---GTC----------GTGTGCAACACC
gi|16 : cagaagataactgtcAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACACGA-CTCGTGCATAGGAAAGATGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA-------------------A---------AT-----A--T-----GCAACG-TA---T--CA-T-GACGA-------CA-AAT-----CATTC--T----AG----C----C----GA--TTTACCTGTC-CGCATT--CCGTGATATATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA---TAAA-C
gi|17 : tCATATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAT-------TGCA-------------C--T-----GAAGTG--T--------TCATA---------AT-----A--T-----G--GCA-AT---G--AAAT-G--TA-------CC-TAT-G-G-CG-TAATT----GTTTAGC----C----AA--CTTAACTTTC-CACATATTCCGTTGCTCATTTTTA-AC-AG---CTT-T---------TCT-----GTA-TGTAAA-CAACTATCAA
gi|18 : caatGGA-CTTGCACATACGGGGGCTGTATA-TTTCCAT-AATTA--------TGTA-------------C------------TG--T--------A---A---------A------A--C-----A--ACT-CT---C--CA-
gi|18 : -----GTACTGTAAAACAACTCTCCAAATA-------TCGTC-AGTA----A---TAATTGGATCC---TACTTCAGT-TGT--TGTTGTCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGCAGTAGTTGATTCACTTGT-TATaatatcgtcagtaataattggatcctacttcagttgttgttgtcagccagcagaggactttgtattgcatggcagtagttgattcacttgttat
gi|19 : ggacttgcacatacgggggctgtatatttccataattatTCAAAGGTCAAGGTCATGTAAAAGACG----------G--------AGGCTGTATAT-----TTCCAT--ATATTGAACT----GTTG-GTC--G-----------------T---G---TTGATCTGTAACTTGGCT-------------G-------A----------TTTTTAA---T-T-------AAT---------------TTTAAGG-AAGTA--TCCA-GCATAACA-----------TG-AC
gi|2 : cgattataTCA-ACATAATA-----------TG-GTGG-CGT--GGC----------ACCCACAACGCCT--C-GGTGACTACCTCA----T-------GATCA--------AGTATAGGA-CTTTGGTACATGGAGGCTGGGTA-TTTCGAT-G--TAaccatatattgc
gi|2 : aTCATGATCAAGTATAGGACTT--------TGGTACATGGAGGCTGGGTAT-----TTCGATGTATAATATATT----GTT---TC--------------------T---G---C---------------CCATTAACTGACG--G-------A----------TTTTCAT---G-T-------AAC---------------TACACAA-ACATG--TTCA-ATATAACAATATTGCGTCATGTACAATAATTTGTCAGCTACCTCTGTGTGCAA-ACCT--A-GGTGGCTTCCTCAAAGATTAA----GGCCA--------TGTACAGGA-CTTACGCATATAGAAGCTGTTTA-TCTCCAT-T--TAC-------TGCA-------------C--A-----GA--TG--TGTTCAGGAC---A---------AC-----A--T-----G--AAA----------A-T-G--AATCCAA--CA-TGT-G-G--AGTAAAT----GT----CTAGTC----AA--CTTATGTGTC-TGCATTTCCTGTGGTTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCT-----GTA-TG-AAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC--GTA----AATTACGTTAGAGCC---TTCTT-GAG-TAT---------------GGC-AGGGG--AC-TTGG---TATTGAATTGCAGtaatatattgtttctgcccattaactgacggattttcatgtaactacacaaacatgttcaatataacaatattgcgtcatgtacaataatttgtcagctacctctgtgtgcaaacctaggtggcttcctcaaagattaaggccatgtacaggacttacgcatatagaagctgtttatctccatttactgcacagatgtgttcaggacaacatgaaaatgaatccaacatgtggagtaaatgtctagtcaacttatgtgtctgcatttcctgtggttcattttgaacagtttttctgtatgaaacaactctcaaaatattgtcgtaaattacgttagagccttcttgagtatggcaggggacttggtattgaattgcag
gi|20 : atcaacataatatggtggcgtggcacccacaacgcctcggtgactacc-------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGG
gi|21 : -------AAC---------------TTCACCG-AAGTG--TTCA-ACATAACA-----------TG-ACGC-AGT------------------------ACCA--G-ATTGGTAAGCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------CATACAGGA-CTTGGGTATATCGAGGacttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAA----GTTCA--------TGTGCAGTA-CTTTGGCATATGGAAGTGGTGTA-TTTCCAT-A--T---------TCCA-------------C--ATTGTTGA--TG--TGACTCC--C---A---------A------A--T-----G--acttaacgtaaaactagcatatcttcctccttagtctatatctgcaa
gi|22 : ATCTCAAAGGTCAAGTTCATGTGCAGTACTT--------TGGCATATGGAAGTGGTGTAT-----TTCCAT--ATTCCACATT----GTTG-AT---G-----------------T---GACTC---------------CCAAATGTATGGACAA-------A----------TTTTCCG---A-T-------AAT---------------GTCACAG-AATTA--TTCA-GAATAACtatggacaaattttccgataatgtcacagaattattcagaataac
gi|23 : GCTCATTTTGA-AC-AG---TTT-T----------CC-----ATT-TGTAAA-CAAATCTTTAAATA-------TTGTT-GATA----A---ATGGTAGAACCATTTTCTACTAT-TAT--TATCATCAGC-C-AGC-AGAGG--AC-TTTG---TATTGCATGGCAGTACTTAATTCA
gi|24 : TTTGA-AC-AA---TTT-T---------TCC-----ATA-TGAAAA-GACCT----------------------GATA----A---ACATTATGACC---TACATCCATGTAT--TGCTGTCATT-CAGGT-TGGGTTTATATTTG---TATTGCATGACAATACTTAAT
gi|25 : ttttcagttgtctgtccAAGGTCAA----TGTCA--------GGTATGGGA-CATG----TATGGAAGCTGTGTA-TTTCCAT-A--TAC-------T
gi|25 : tatcttA--CTTACCTTTC-TGCTTTTGGCATGGTGTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TCatctagcatacttacctttctgcttttggcatggtgtattttgaacagtttttc
gi|26 : tatcttaaggtcaatgtcaggtatgggacatgtatggaagctgtgtatttccatatactatctagcatCTGTC-CACTTCTCTCATGGTTCATTTCGA-AC-GG---TTT-T---------TCC-----GTA-TGTAAA-CAACGCTCAAAATA-------TTGTA-AGTA----A---ATATTAGGTTC---TGCT
gi|27 : taactggcacttataatgt--G-GACGACTACTTCATAAGACAA----AGTCA--------CATACATGA-TTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTA-TTTCAAG-T--GAC-------TGCA-------------
gi|27 : CATGATTTCGGCATGTGCTGGCTGTGTATTTCAAGTGACTGCATTGTTGATTGTGTCCGttgttgattgtgtccgc
gi|28 : ggacgactacttcataagacaaagtcacataATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTc
gi|29 : agATATTGAGGCTGTGTATTTATACATACTGTATACTTGGTTATGTTCGAACCATAACTTCCGAA-A-TTTCAAAAAACTTTt
gi|3 : gAATG--TTCA-GCATAACA-----------TA-AC-A-TGT--GTC----------GTGTAAAATATCT--G-GGTGGCT----CAACGGTCAA----GGTCA--------CATACAAGATTTTAGGCGTATGGAGGC---------TCAAT-A--TAC-------TG
gi|3 : aacagcacttgaatCTCAACGGTCAAGGTCACATACAAGATTT--------TA---------GGC---GTATGGAGGCTCAAT--ATACTG-ATT----TTTA--TC--G-----------------T---G---T---------------CT-------------G-------C----------CCTGCAATT-ACT-------AAA---------------TGCATGG-ACCTT--TTTTTGGATAACA----------------GA-ATT--GTT----------TGGCATAACATCT--G-GGCAGCTACAGCAAAG-TCAA----AGTCA--------CAAGTGAGA-CTTGTGTATGTGGAGGCTGTATA-TTTCGTT-A--TTC-------TGTA-------------C--A-----GA-----------------------------A------A--T-----G-------T---T--CA-T-G--AGAAAT---CA-TACCA-A-TGG-A-------GT----C---------AA--CTTACCATTC-CACATTTTATGTGGCTTATTTTGA-AC-AG---TTT-T---------TTC-----GTA-TGTAAA-CAACTCTCAAAATA-------TTGTC-AGTA----A---ACGTTAGAACC---TATTTTAA--TATTGTGTTGTCAAT-T-GGA-AGGGG--AC-TTTG---TATGGTACAGCAatttttatcgtgtctgccctgcaattactaaatgcatggacctttttttggataacagaattgtttggcataacatctgggcagctacagcaaagtcaaagtcacaagtgagacttgtgtatgtggaggctgtatatttcgttattctgtacagaaatgttcatgagaaatcataccaatggagtcaacttaccattccacattttatgtggcttattttgaacagttttttcgtatgtaaacaactctcaaaatattgtcagtaaacgttagaacctattttaatattgtgttgtcaattggaaggggactttgtatggtacagcatttccacattgtct
gi|30 : aacagcacttgaataatgttcagcataacataacatgtgtcgtgtaaaatatctgggtgg-------------G-------A----------TTTTCAA---A-T-------ATC---------------TTCACAGTAAGTC--TTTA-GCATAACA-----------TG-tttccacattgtct
gi|31 : ttgtgtcttattctgtagcttccaaatgcatagagaCTACTTTTAAACTCAA----CTTCA--------TATGCAGGA-CTTGGACATATGAACACTGT
gi|32 : GTGTATTTCCATATTCTTCACTGTTGATCGTGTCCGGTCTGTATCTTAACAATACTTacaaatagtgcattattggt
gi|34 : TTTTCAGC-C-GGT-AGAGG--AC-TTCG---TGTTG-A----AATACTTAATTCACTTGT-T-TTA
gi|35 : CCCAAAATA-------TTGTC-GGTA----A---ATGTTAGAACC---TACTTTAAT-TAT--TGTTca
gi|4 : AGTTCAAGGTCATGTACAGGATATAGGCATAATG--------ATGCTGTATTT-----TTTCAT--ATAGTGCATT----GTTG-GTT--G-----------------T---G---C---------------CC-------------G-------A----------CCTGTAACATA-C-------AAT---------------TTT-CAA-A--------TA-ACACAACA-----------TA-ATGA-AGT--GCT----------GTATGCAATACCT--T-GTTGGCTACTGCAAAGGTCAA----GGTCATACATAGACGTATAGGA-CTTGGGTATATTTAAGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------CGCA-------------T--A-----GA-----------------------------A------G--T-----G-------T---T--CA---G--CA-------TAATAT-G-A-AATTA--T----TTAA--C----C----AA--CTTACCTGTA-AGCAGTTGCCGTAGCTCATTTTGA-ATTAA---TTT-A---------T-------GCA-TGTAAA-AAACTCTCAAAATA-------TCCT--GGTACCTAA---GCATTACA-------GCTTCG-T-TAT--TGTTGTCAAC-T-GGT-TGGAG--AC-TTTG---TATTGCATCGCACAGCTTAATTAACTTGT-TATAATTATT
gi|5 : -T-------AAC---------------ATCACAG-ATGTG--TTAA-GCATACCA-----------TG-ACCA-TGT--GTA----------GCTTGCAACACCT--G-GGTGACTACCTCAAAGGTTAA----GGTCA--------TGTACAAA---------ATATTAAGGCTGTGTA-TTTCCAC-A--TAC-------TGCA-------------ttcagcatttataa
gi|5 : attgttaaacattaattatacatACCTCAAAGGTTAAGGTCATGTACAAAATAT--------TA--------AGGCTGTGTAT-----TTCCAC--ATACTGCATTGTTGGTTGTGTC--AGACCTGTAATTACCAAAT---G---C---------------CA-------------G-------AACCAATTTTATTTTCAA---A-A-------AGC---------------TTCACAC-AAGTG--TTCA-GCTTAACA-----------TG-CCAA-AGT--ATT----------GTAAGCAAGACCT--T-GGTGACTACC----AGG--AA----GGTCA--------CATATA---------------GGAGGCTGGGTA-TTTCCAT-G--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAAGTG--TTTCG----C---AT--------ATC----A--T-----G--ATG-CT---G--AA-TCG--TA-------CC-TGCAG-AGCAATT--T----AG----C----C----AA--CTTGCTTGTC-TGTATTTCCTGTGGCTCTTTTTttgttggttgtgtcagacctgtaattaccaaatgccagaaccaattttattttcaaaaagcttcacacaagtgttcagcttaacatgccaaagtattgtaagcaagaccttggtgactaccaggaaggtcacatataggaggctgggtatttccatgtactgcacagaagtgtttcgcatatcatgatgctgaatcgtacctgcagagcaatttagccaacttgcttgtctgtatttcctgtggctcttttt
gi|6 : attgttaaacattaattatacattaacatcacagatgtgttaagcataccatgaccatgtgtagcttgcaacacctgggtgactAACA-----------T--ATGA-TGT--GTC----------GTGTGCAACACCT--G-GGTGGCTACTTCAAAGGTCAA----GGTCA--------CATACCGAA-CTTGGGCATATGGATGCTGCATA-TTTTCAT-A--TAC-------TGCATTGTTGATTGTTCT--A-----AA--TT--T--------C---A---------A------A--TATTCAG--AT--TT---T--CA---A--AA-------AA-CTT-C-G-CAGTA--A----G-----C----C----AA--CTGACCTGTCTTGTTTTTTCAATTGCTCTTTTTGA-AC-AACATTTT-T---------TGC-----GTA-GGTAAA---------AAAATA-------TTGTC-CATG----A---ACGTTAGAATC---TACTTAAAT-TAT--TGATGTCAAG-C-AGT-AGGGG--AT-TTTG---TATTGCATGTCATTACTTCATTAAT---T-TCTTCATAGTGATTAGTATC-TCATGTA
gi|7 : tgcattgttggcagttctgccttgtaGGTCAA----GGTCG--------CGTATAGAA-ATTAGGCATGCGGCAG-TGTGTA-TTTCTATTA--TATCA-----TG-A-------------C--A------A--TGAAT--------C---ATACGTATGGA------G--T-----G--ATG-TT---T---A-T-G--GA-----------GT-A-A-TGTT---T----AG----C----C----AA--ATTACCTGTC-GGCAAATCCCCTGGCGCGTTTTGA-AC-AG---TTTCT---------TCT-----GCA-TGTAAA-C---TATCACGACA---------GTC-GGTC----T---ACGTATGAACC---TACTTTAAT-TAG--TGTTGTCAAG-C-GGT-AGGAA--AA-TTTG---TATC-CATGGCAACACTTAAATCACTTGTGTATTGTTtga
gi|8 : tagctacgcaaagggtcaatgtcgcgACTGGATT----GTTG-GTCAAG-----------------TCTGG---C---------------CT-------------GTA-----A----------CTTCCAA---A-T-------G---------------------CAT-AAGTAATTTC--GCA---------------------AA-AGT--GTT----------CTGTCCAATACCTTTGTGGTGGCTACCTCAAAGGTCAA----AGTCA--------TGT-TAAGA-CTTGCACATATGGAGGCTGTGTA-TTTCCTT-A--TAC-------TGCA-------------A--A-----GA--AG--T--------caattccaaagttgtaaaggagaaatattttagatgcttgataaagatcggtgcatttgttaga
gi|8 : CTCATTTTAA-AC-AG---TTT-T---------TCCATACAGTA-TATAAA-CAACTCTCAAAAAC-------CCATC-AGTA----A---ACATTAGAACT---TACCTTTAC-TAT--TG-TATCAAC-C-TGT-AGGG------TTTG---TATTGCATAGCAGTAGTTTATCCACTTGT-Tactaagcacaactcattttaaacagtttttccatacagtatataaacaactctcaaaaacccatcagtaaacattagaacttacctttactattgtatcaacctgtagggtttgtattgcatagcagtagtttatccacttgttt
gi|9 : actggattgttggtcaagtctggcctgtaacttccaaatgcataagtaatttcgcaaaagtgttctgtccaatacctttgtggtggctacctcaaaggtcaaagtcatgttaagacttgcacatatggaggctgtgtatttccttatactgcaaagaagtactaagcacaaCT--A-GGTGGCGACCTCAAAGGTAAATAGTGGTTA--------CATACAGGA-ATTAAGCATATAGAGGTTATGTACTTTGTGT-A--TAC-------TGCA-------------C--A-----GAATTG--T--------T---A---------A--------------------G-CT---TAACA-T-G--AAAACAAAACA-TGT-CTA-TGGTG--TAATTGT----CTAGTC----AA--CTTACCTGCC-CACATTTACCATGGCTCATTTTGA-AT-AG---TTT-T---------T-C-----GTA-TGTAAA-CAAATGACAAAATA-------TCAT--AATT----G---ACGTTAGTATT---ACCTTCAATATAT--TGTTATCAACTC-AACTAGGAT--AC-TTTG---TATTGCATAGCAATACTTAAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TAATACTAGCAATCGTAAGGATGACAAAAAAGAATCACCAACAGTTGATGTAAACTT