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Reference ( gi|3 ) : CAGTTACTGAATAAATGCCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTTGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCAAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTGCTATATAATGTAT--ATGCCA--ACTCGTGTACAATTAATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATATCATGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G----TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC--G------T-TCTT-------TATGGTT-------------ACCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCT-TTTCATGTTAATAATTCTTAAT--TTTC-----------G------TT----------ATTTCATATGAAGATAATTCATTTAGCGTCT--G-----TGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGCCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATAAACTGTATATCGTT------TTGTCAATTG-TGAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
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gi|4 : ataataaataaatgtattgttgagtttgaaaataaaagaaTATTG------TTTAGTCA-TTG-TAAATT-------------------TGTA----ATATGTA-TA--------C-GT----TTGTTCATT-GT--TTT-GT--ACA-TGTATAT----------G-TATGCT-CTCCTTGTA-----TGGAGG-AATAAAttcttattttggataacatgcatgtttaaaaagctatattgaactgttgtataacacgtgttgttatattgtgtacatttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttagtattgtttagtcattgtaaatttgtaatatgtatacgtttgttcattgttttgtacatgtatatgtatgctctccttgtatggaggaataaaagattaaatcaa
gi|5 : ataataaataaatgtattgttgagtttgaaaataaaagaatatttactaactgtcatattgatgaaactttatatggttttaatatattgcataataatttaaacttgtgtgacatttggaaattatccctagaagatagaaaatgttcatcacaatgtacaatagcaataaagttgatatgcaaattattcagtaaaccatatgagcaaacatgccctaagtgctatattgtaaatgttaataatgttgaacatgttctactatactgtataaagagtaacagtgaaagaaatatgttatactgcaagttatttgaaaagtttggtgttgttctatatcgctgtttgatatgcatgccacctcgtctgcagttgatccacatgtttagtggaatgtcacgttttctaaataaagaagatagtttttattgtttgaaaatttgcttagatacattttgtagcatttggttaaaatacaatatagttagaacttaaaaggttcagttttaatttgtataataaaatatgtcattataacaaatctaaattggtttataataatgcacgtatgttgtactagtatagtttccttctagataaatcttatatttcgtttcgataaggtttcttattttggataacatgcatgtttaaaaagctatattgaactgttgtataacacgtgttgttatattgtgtacatttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttttttttagTATTTACTAACTGTCATATTGATGAAACTTTATATGGTTTTAATAT-ATTGCATAATAATTTAAACTTGTG-TGACATTTGGAAATTATCCCTAG-AAGATAGAAAATGTTCAT-CACAAT------GTACCATAGCA-ATAAAGTTGATATGCAAA----TTATTCAGTAAACCATATGAGCAAACATGCCTTAAGTGCTAT-ATTGTAAATGTTAATAAT--GTTGAACATATTCTACTATACTGTAAAAAGAGTAACAGTGAAAGAAATATG---TTATACTGC--AA----GTTATTTGAACAGTTTGGTG-------TT-GTTCTATATCG-CTGTTTGATATGC--ATGCCA--CCTCGTCTGCAGTTGATCC--ACATGTTTAGTGGAATG-TCACGTTTTCT-AAATATAGAAGATA-GTTTT-------TATT-GTTTTAA---AATTTG---CTTAGATG---CATTTTGTAGCA-TTTGGTTAAAATACAATA----TAGTT-TG------A-ACTTA----AAAGGTT---CA-------GTT--TAAGTTTGT------ATA-ATA-------ATA-TATGTAATTATAAC---A---AAT---C---TAAATTGGTTTAT----A---AC----TATGCA---CG-------TAT-------GTTGTACTAGTATAGT-TTCCTTCTAGATAAA-TCTTATATTTCGTTTCGATAAGGTagattaaatcaa
gi|5 : atgtattgttgagtttgaaaataaaagaaAATTTGTAATATGTAT-ACG-TT----TGTT-CATTGGT---TT-GT--ACG-TGTATAT----------G-TATGCT-CTCCTTGTA-----TGGAGG-AATAAAttcttattttggataacatgcatgtttaaaaagctatattgaactgttgtataacacgtgttgttatattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttttttagtattgttttgtcgtaaatttgtaatatgtatacgtttgttcattggtttgtacgtgtatatgtatgctctccttgtatggaggaataaaatattaaatcaaagt
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Reference ( family-1060 ) : CAGTTATTNAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCGAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACNCGTGTACAATTGATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCGTAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATANACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
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gi|13 : gtttggTATTTGAGAAGTTTGGTGTCGTT--CT-ATA-----TCG-CTGTTTGATATGC--ATGCCA--CCTCGTCTGCAGATGATCCACAT--GTTTAGTGGAATG-TCACGTTTTCT-AAATAAAGAAAAT-AGTTTT-------TATT-GTTTGAA---AATTTGCG---TA---GATACATTTTGTGACC-TTTGGT----ttcttactttggataattatgcacgtttaaaaagctatattgaactattgtataacacgtgtgttatgttgtgtacatttatttatatatatatatattatttttgtattgtcattgtaaatttgcaatatgtatacgtttgttcgttgttttgtatgtactctccttgtatggaggaataaaaagattaaatca
gi|14 : -------------A-TCTTATATTTCGTTTCGATAAGGTtaaaatgcaatatagttagaacttaaaaggttcggttttaacttgtataataatatatttcattataacaaatttaaattggtttaaaataatgtacgtatgttgtactagtataacttcttgtatagtttccttttagataaatcttatgcttcgtttccataaggtttattattttggataattatgcccgtttaaaaagctaaattgaactgttgtgtaacacttggtgttatgttgtgtgtg
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Reference ( family-1060 ) : CAGTTATTNAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCGAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACNCGTGTACAATTGATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCGTAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATANACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
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gi|16 : gcagAAGTG-TGT-AGTGAGA-TATTCATATTTAATTAAGCACATTCTATCTGCCTGTATATATAAAAATAGCAAAAGGGGTTAA---CTATA--ACAAAACAAAACTTTATTTCAGGA-----GTAAAA--TTTGTT-----TTGATTGCAT--TGCGT--AT--TA--AC----------TTAGTA-ATAT--ATTTGCAGGAATT-AACTATTTCTG-TAATAAAAA-------CTTATTTTCTTGACT-GTTTGGA---AATATATACACTA---T---CATTCCACAACT-TGTGGT-----T----TGGTAAAAATGATA------A-A--TA----ATATA-CATACATAATACTGTTACTAAAC---T------ATC-A-AT------ATG-T---T--TCA-------C---CATACACTTGAAAATTGGTTGAA--TAC---AT----TATAC----TG-------AAT-------GTT---TT-CTATGatata
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gi|5 : atgtattgttgagtttgaaaataaaagaaAATTTGTAATATGTAT-ACG-TT----TGTT-CATTGGT---TT-GT--ACG-TGTATAT----------G-TATGCT-CTCCTTGTA-----TGGAGG-AATAAAttcttattttggataacatgcatgtttaaaaagctatattgaactgttgtataacacgtgttgttatattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttttttagtattgttttgtcgtaaatttgtaatatgtatacgtttgttcattggtttgtacgtgtatatgtatgctctccttgtatggaggaataaaatattaaatcaaagt
gi|6 : atgtattgttgagtttgaaaataaaagaatatttactaactgtcatattgatgaaactttatatggttttaatatattgcataataatttaaacttgtgtgacatttggaaattatccctagaagatagaaaatgttcatcacaatgtaccatagcaataaagttgatatgcaaattattcagtaaaccatatgagcaaacatgccttaagtgctatattgtaaatgttaataatgttgaacatattctactatactgtaaaaagagtaacagtgaaagaaatatgttatactgcaagttatttgaacagtttggtgttgttctatatcgctgtttgatatgcatgccacctcgtctgcagttgatccacatgtttagtggaatgtcacgttttctaaatatagaagatagtttttattgttttaaaatttgcttagatgcattttgtagcatttggttaaaatacaatatagtttgaacttaaaaggttcagtttaagtttgtataataatatatgtaattataacaaatctaaattggtttataactatgcacgtatgttgtactagtatagtttccttctagataaatcttatatttcgtttcgataaggtttcttattttggataacatgcatgtttaaaaagctatattgaactgttgtataacacgtgttgttatattgtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttttttttagtattgttttgtcgtaTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCAAACGGGATAAT---TTATG--GCAACA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACACGGGTACAATTAATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGC-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGAGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGAGTCTNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNN--NNNN--NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNATAT--TATAGCTATCAAATAGACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGG-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TG----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCTACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAGatattaaatcaaagt
gi|7 : CATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCGTTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTATTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCAAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTATATAATGTAT--ATGCCA--ACACGTGTACAATTAATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAT-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-TTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATAATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATCTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTAAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGTGCTTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATAGACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACCTTT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAGata
gi|8 : CAGTTATTAAATAGATGTCAAAATGATGAATCTTGCAATGGATTCAATCTTATT-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAACGGCATATC----TAATGTGTAGGGGGTTTTTTTTCAAGACCATTTCAGCAAAATCGTACTAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCGTATTTAGTTGAACATGTTCTATTTGATTGTATTTATAACAATAGCAAAAGGGACAAT---TTATG--GCAAAA----AGTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTATATAATGTAC--ATTCCA--ACACGTGTACAATGAATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATATCA-TGTGGT----TT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATCAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---TGTGTAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTA---TT-CTATGGT-A-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAGAGAGAGTGTGTACCAATATGGATTCATATGAACTTGCTTTTCATATTAATAA--TTCTTATC-TTTCCTTTCGATAAGGT------TATTTCACATAAAGAGAAT-TCATTTTGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGAGTGCGTGAGTGT--GTGT--ata
gi|9 : taatgctgtttatgggttcgaaaacaaaTAACAATAGCAAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAC--TT-GTT-----TTG-CTATATAATGTAT--ATGCCA--ACACGTGTACAATTAATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCATACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATAATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTGTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGAGTGTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAATTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATAGACTGTATATCA------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACATTGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAGg
blockSeqs : T T G C A TCCCT T A C T AAGT GGGT C T A T A A AAG CT CAAA AAT T CTATA A GC TCG T G AT A C A TTTTCTT T GGA GAT ATA A T TAAA ACAA GTAA AGTGTG ACT GTAT A TAATACT TTG TGTATA A T TGACAAT T ATG A TTATAAC CTT ACA G AA TGC TGTA GCTGTACTAGTAT TAGTATA TCC A TTCCATTTAGATAA G G AT ATC AGCCAG G GATTG GT GT TG A A GT CA TT TTCATT T A G A C A T TT GTAA A A T AC A G T
blockSeqs : G T G C A TCCCT T A C T AAGT . C . A T T A . CT . A . CTATA . . A T C . . . . . . . . ATA G . TAAA ACAA . . CT . A . . TGTATA . . T . G A TAAC . . G . . G ACG . GTA . TTCCTTCTAGATAA . . . AT . . NN GT AA . . A . . AG . . A . . . . . T . . A T . . . T
blockSeqs : T T . C . . T A C T . . . . A T A A . . . T . CTATA . . C T C . . . . . . . . . G . . . . . CT . A . . . . . . . . C TAAC . . T . . . TT . . . AA . . . AT . . . . GC . . A . . AG . . A . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : T . . . . . . A C T . . . . . T T G . . . A . . . . C A G . . . . . . . . . A . . . . . A . A . . . . . . . . A . . . A . . . TG . . . T . . . TG . . . . . . . C . . AC . . T . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . T . . . . . T A A . . . C . . . . A T C . . . . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TA . . . T . . . AA . . . . . . . A . . GC . . G . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T A G . . . A . . . . A T G . . . . . . . . . A . . . . . A . G . . . . . . . . C . . . G . . . TA . . . T . . . AT . . . . . . . C . . TT . . A . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T G . . . A . . . . C T C . . . . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TG . . . A . . . AT . . . . . . . A . . AC . . T . . . . . G . . T T . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . A . . . . A T C . . . . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TA . . . T . . . AT . . . . . . . N . . TC . . C . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . T A . . . A . . . . C T G . . . . . . . . . G . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TA . . . T . . . TC . . . . . . . A . . AA . . A . . . . . G . . A T . . . .
blockSeqs : A . . . A . . . . C A G . . . . . . . . . G . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TA . . . T . . . AT . . . . . . . A . . AG . . A . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : A . . . C . . . . A A G . . . . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . . . A . . . G . . . TA . . . A . . . . . . . . . . . . . AG . . A . . . . . T . . A T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A A G . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AG . . A . . . . . T . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . .
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originalCons : CAGTTATTNAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCGAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACNCGTGTACAATTGATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCGTAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATANACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TATGCTCTCCTTGTATGGAGGAATAAAAGATTAAATCAA
Alignments
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lowQualScore : . . . . . ..... . . . . .... .... . . . . . . . ... .. .... . . ... . ..... . . .. ... . . .. . . . ....... . ... . ... ... . . .... .... .... ...... .... .... . ....... . ... ...... . . ....... . ... . ....... ... ... . .. ... .... ............. ....... ... . ............... . . .. ... ...... . ..... .. .. .. . . . .. .. .. ...... . . . . . . . .. .... . . . . .. . . . .
lowQualScore : 0 3 3 7 3 33333 3 0 3 2 2222 6666 0 0 0 7 7 4 0 444 55 5555 3 8 444 7 00000 7 2 44 444 3 6 44 5 5 7 7777777 7 444 1 777 888 6 5 6666 3333 7777 777777 5555 7777 8 7777777 8 777 333333 7 7 3333333 7 333 0 0000000 777 777 7 22 444 6666 9999999999999 0000000 000 9 555555555555555 9 6 22 333 888888 3 99999 88 77 66 3 2 1 22 99 22 777777 7 6 7 7 7 5 5 33 7777 8 5 9 7 44 4 2 4 5
consensus : CAGTTATTNAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCGAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACNCGTGTACAATTGATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCGTAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATANACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
Reference ( family-1060 ) : CAGTTATTNAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTGGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATA----TAATGTGTAGG----TTTTTCTCAAGACCATTTCAGCAAAATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCGAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----ATTATATGTGAGGTTTGGTGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTGTATAATGTAT--ATGCCA--ACNCGTGTACAATTGATACATAT--GTTTACAGGAATG-AAATATTTCTT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCGTAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TA-------AAC-------GTT---CT-CTATGGT-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTGAGTGA--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATANACTGTATATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAG
gi|1 : CAGTTATTAAATAGATGTCAAAATGATGAATCTCTCAATGGATTCAATCTTATC-CATTGTAACTTTGATTTGTGCTTAC-TCTAGAAACTG-----AGTAAAACTGAAAGGATTTATACAGAATCATGTAGTACAATGGCATATC----TAATGTGTAGG----TTTTTTTCAAGACCATTTCAGGAATATTGTTCCAAATG-TGG-ATTGCCA-TCTTCATACTTAGTTGAACATGTTCTACTTGATTGTATTTATAACAATAGCAAGCGGGATAAT---TTATG--GCAAAA----AATATATGTGAGGTTTGATGTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTATATAATGTTT--ATGCCA--ACACGTGTACAATTAATACATAT--GTTAACAAGAATG-AAATATTTTAT-AAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GATT-GTTTAAA---AATATGTGTTTTA---G---CATTTCATAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----AAATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAAC----------TAA---AC----CATAT----TA-------AAA-------GTT---CT-CTATGGC-T-------------A-CCTTATATTTTGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAA-TTTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TAATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTATGCGTGCATGAGTGAGTGTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--GATAGCTATCAAATTTACTGTACATCG------TTTTGTCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTTTTCAATCTGTA-TA-ATATTACC--T----TTTTTCATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TCG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAA
gi|10 : aacaagtaaataatgctgtttatgggttcgaaaacaaaaAACGGGATAAT---TTATG--GCAAAC----AATATATGTGAGGTTTGGTTTAAAA--TT-GTT-----TTG-CTATATAATGTAT--ATGCCA--AATCGTGTTCAATTAATACATAT--GTTTACAGGATTG-AAATATTTTTTCAAATGAAAAAGAC-AGCTTG-------GACT-GTTTAAA---AAT--GTGTTTTA---G---CAT-----AACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-A--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAAGAGAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---TGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC--------------------------------GCT---CT-CTATGGC-T-------------T-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAAAGTGTACCAATATGGATTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTA----TTCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTG--------A--GTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTATG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATAAAATTTACTGTATATCG------TTTGGTCAATTG-CAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTACATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGGATGATTTGGAGGAAATAAAG
gi|11 : a---CATTTCATAACA-TGTGGT----AT----TG----CAGTTATA------A-G--TA----ATATGTCATGCA-------GTTAATAAAC---T------ATC-A-A-------ATA-T---TAATCA-------A---AAT---CGTGCAAACTGGCTTAT--TAA---AC----CATAT----TT-------AAC-------GTT---CT-CTATGGC-T-------------A-CCTTATATTTCGTTTCGATAATGTAGCCA-TATTATAAAGAGAATATGTACCAATATGGACTCAAATGAATTTGCTTTTCATGTTAATAA--TTCTTAAT-TTCCGTTTCGATAGGGT------TATTTCATATGAAGATAAT-TCATTTAGCGTCT-----GTGTATTTATGTGTGCGTGCGTAAGTGAGTGTGT--TTGT--GT-GCGAGCGAGTTTGTCTGTGTG--CGTGCATGATAT--TATAGCTATCAAATAGACTGTATATCG------TTTTGCCAATTG-TAAATTATCGT-TACTT-TA-TATATGTATTCAATCTGTA-TA-GTATTACC-TT----TTTTTTATTTGTCTTTT-GTCAACAATGTATATTATTGT--TTG-TATGCT-CTCC-TGTATGATTTGGAGGAAATAAAGttat
gi|12 : AATATATGCATGCCA--CCTCGTCTGCAGTTGATCCACAT--GTTTAGTGGAATG-TCACGTTTTCT-AGATAAAGAAGAT-AGTTTT-------CATTTGCTTAGA---TACA-ATTTTGTA---G---CATTTGGTAAAATTGCAAT----AT-----------ATTTAGA------ACT--TA----AAAGGTT---CA-------GTT--TTAAC---TTGTATAATG-A-T-------ATA-T---T--TCATTATAACA---AAT---C---TAAATTGGTTTAT--AAT---ACTGTACGTATGCTGTACTAGTATAAC--------TT---CT-ATATAGT-TTCCATTTAGATAAA-TCTAATATTTCGTTACGATAAGGTat
gi|13 : gtttggTATTTGAGAAGTTTGGTGTCGTT--CT-ATA-----TCG-CTGTTTGATATGC--ATGCCA--CCTCGTCTGCAGATGATCCACAT--GTTTAGTGGAATG-TCACGTTTTCT-AAATAAAGAAAAT-AGTTTT-------TATT-GTTTGAA---AATTTGCG---TA---GATACATTTTGTGACC-TTTGGT----ttcttactttggataattatgcacgtttaaaaagctatattgaactattgtataacacgtgtgttatgttgtgtacatttatttatatatatatatattatttttgtattgtcattgtaaatttgcaatatgtatacgtttgttcgttgttttgtatgtactctccttgtatggaggaataaaaagattaaatca
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gi|23 : gtATAATAT--CATAAATATCAA-----CTTTATATCG------TATTGTCAATTG----ATT-TTGTGTTCTT-TG-CCCATGTATTAAA----TA-TT-GAATT--T-GT----TCTGTCAATTG--TTTT-GTGGA-ATTGTTGATT-TTGTACTCG-TATTCT-CTTC-TGTA----TTAGAGGAAATGAAGt
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