lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 1 444444444444444 1111111111111111111111111111111111 1 2 66666666666666666666666666666 111 44444444 1 1 1 22 11
lowQualScore : 5 5 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 77 5 3 88 1 1 555 5 0 3 44 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333 99 6 6 6 6 8 444444444444444 7777777777777777777777777777777777 2 7 0 11111111111111111111111111111 6666 6 666 33333333 0 0 3 9 5 11 55 6
lowQualScore : . . . ............................................................................................ . .. . . .. . . ... . . . .. ...................................................................................................................................... .... .. . . . . . ............... .................................. . . . ............................. .... . ... ........ . . . . . .. .. .
lowQualScore : 0 0 2 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 99 7 9 33 7 7 999 3 1 5 55 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7777 22 0 7 7 2 0 000000000000000 0000000000000000000000000000000000 5 0 0 33333333333333333333333333333 2222 0 222 88888888 2 8 5 0 0 77 77 0
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATATGGGTACTGGAACAGCGCAG-----TTATANTGC-----A-AAAAAAN--AT---NATGTTGAA-A-CGCG------C--------TTGTGG-------------G----GACATGTGTGGGTTGAAATAAAATC--AA-GGCGAAGGTTAAACAA-TAAGTGAAGAAACAGATGAGCAGG-T-GGAAATTTGGCAGGGT--GCGGGGGAGT-TGGGGAT-GTATGGCGGAAC-AT-AGAAATGTAA-TAGGAAAAAAATTA-AG-AAAAC-GATANAG-AAAAAG---TA-----AAAG--CGT-TG-------GGAG-GT-GG--GGACGT-GACCC-AAGTGACCTTGATCTTT-AA-GTAANTTGTC-CTTAACAAATAAAG-NCA-ATCACT--T--CCC---GAAGGCNTGTCCTCATAAGAAAATT---CAAGATGGTAGG-------TGCCGCTTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGT----TGCGATGAATGTAATNTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAATT
Reference ( gi|1 ) : AAGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA------TTATATTGCATGAGAAAAAAAAG--AT---AATGTTAAA-A-TGTG------C--------TTGTGA-------------G----GACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AA-GACGAAAATTAAACAT-CAAGTGAAGAAACCGATGAGTAGGAT-GGAAATTAAGCAAAAT--GCGGGGCAAC-TAATGCTGGTATGGTGGAAT-ATAAGAAATGTAA-TAGGAAAAGGATTC-AG-AAAAT-GATATAGTAAAAAG---TA-----AAAA--CAT----------GGAG-GT-GG--GGATGT-GACCC-AAGTGACCTTGAACTTT-AG-GTTAATTGGC-AATAACAAATAAAATTCAAATCATT--T--T-----GGACACTTGTCCACATATGAAAATT---AATGGTGAAAGG-------TGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGT----AACGATTAATGTAATGTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|6 : AGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTACAG-----TTGTATTG--------AAAAAAT--ATTGTAATGTTAAA-AACACA------CAAAAAAAATTGTGG-------------GTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AA-GGCAATGGTTAAACAA-TAAATGAAGAAAC
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGCA------TTATGATGCTTGAGATATGGAA---AC---AATATTGCA-A-TGTGATTTCTC--------TTA-GAATAGAATAGATTGG----GAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAGAAT-tacataagaaaaacaatagaa
gi|5 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT-----------AAAAC--AT---TTTTTTGGA-T-GGTG------C--------T--------------------------ATTTACGGATCGAAATAAAATT--AA-GGCGAATTTTAAGCAA-TAACTGAAGAAAGGGATAAACAGGAA-GAAAATTTGGCAAGGT--G-AGGGAGAC-TGGAGATTGTGTG--AGAAC-ATTAGAATAATAAGTAGGGTAAAAAT------AAAAT-AA-ATAAAAAAAGG---TA-----Aat
gi|15 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGC
gi|2 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTCA------CCACAATGTA----AACATATTGTAAT---TATGGTAAACA-CTTG------T--------TTGTGAATGG---------G----AACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AA-AGCGATGGTTTAA-----AAGTG----GGCTGGTGAGT----T-TGGAATT--GT---AT--TCAGG--AACATAA------------GAAAT-A---------TAA-TAGGAAAACACTTA-AG-AAAAA-GATAATGCAAAAAG---TG-----Aa
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacGTGG-------------G----GGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGA-GGCGAAGGTAAAACAA-TAAGTGGAGAAACAAATGAACAGG---GGA--TTTGGCAGGGTTTGTGGTG-AGT-TGGGGATTGTATGACGGAAC-ATAAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAACA-AGAAAAAT-ACTAGAGTAAAAGGACATA-----AAAG--T-T----------GAAGAGT-GGTTGGTAGTGGACAC-AAATGACCTTGATCTTT-AACGTAAGTTGTC-CTTAACAAA------TC--ATTACT--TCCT-----GAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATT---CAAGATGGTATG-------TGTTGC-TACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGT------TTATGAATGTAATTTCATTAAtagctcgaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|8 : aTGG-------------G----TACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AA-GGTTAATGT--AATAA-TAAACGAAGAAAAAATTGAGCTGGTTAGGAAGTT-GGCAGGGT--GCGGAGGAGT-TGGGGATGATATGGCGGAAT-A---------TAA-TAGGAGAATAATC-----AAAAC-AA-ATAA-AAACAG---TATAC--AAAGTTCGTTTGG------AGAG-GT-TG--GAGTGT-GGCCC-AAGTAAC
gi|11 : aaatcgtttgtagaTAAAATC--AA-GGTGAATGTTAAACAA-TAAGTGACAAAACAGATGAGTAGAGC-----ATTTGGCAGGGT--GTGGGAGAGT-TGGTGAT-GTATGCAAAAATGATAAG-AAT-TAA-T---AAACAAACTCTAGTAAAACGGACACAG----AAC---TA-----AA------------------GAG----GG--GAATGT-GATCA-AAGTGATCTTGATCTCT-a
gi|12 : TGGTGTGGTGGAAC-ATCAGAAATGCAG-TAGGAAA--TATTA-AA-AACAT-TTTAAAGTAAAAAG---TACAAATAAAA--CATCTGTGTAGAGGGGG-ATAGG--GGATGT-GAGCC-AAGTGACTTTGATCTTT-AA-GGTAACTGGCTCTTAACAAATAA
gi|4 : aga----------GGAG-GT-GG--CGACAT-GACCCCAAGTGATCTTGACCTTT-A-----ACTTGCC-CTCAGCAAAT-AAATGC-TATCACT--T--CCTGAAGGAC---TGTCCTCATAAGAAAATT---CA----GAAAGGCAAGTGTTGTCATTCAATT----GTTATAGCCTGAAATGC--AAATT-----GCAATGAATATAAT-CCATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATggtca
gi|10 : aagagg-GG--GGA-GT-GACAC-AAGTGACATTGACCTTTGAG-GTAACTTGTC-CTCAACAATTAAG--TCA--TCACTACC--T-----GTAGGCTT--CCTCATA-AAAAATTCAAAATGGTG---GG-------TGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGT----TGCAATGAATGAAATCTCATTATAGATATTAAAAGGCCATcaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|2 : TAACAAATAAAGAGCA--TCACT--T--CCC---AAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATT---CAAGATGGTAGG-------TGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGT----TGCAATGAATG
gi|16 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtgatagctcgacctTTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTA---AATATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|13 ): GTTACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGAGAATAAATAAGACCACAGGCTGATCATGTACAGTTGAATCAGGTTAAAACTGTGGA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 33333333 1 11 11111111 22222222222 1111 66666666666666666666666 222 22222222 2 11
lowQualScore : 1 1111111 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 66 5 1 00 5 9 5 44444444 1 3 6 3 5 5 5 7 11 99999999 4 5 99999 1 1 11111111111 1 2222 55555555555555555555555 5 77 9 5 5 0 222 1 4 22222222 2 3 1 0 3 1 99 1 11 7 77 11 0
lowQualScore : . ....... . ...................................................................................... .... .. . . .. . . . ........ . . . . . . . . .. ........ . . ..... . . ........... . .... ....................... . .. . . . . ... . . ........ . . . . . . .. . .. . .. .. .
lowQualScore : 4 0000000 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 99 0 4 55 0 6 7 22222222 0 7 7 7 2 7 7 1 99 77777777 0 7 11111 4 7 44444444444 4 1111 11111111111111111111111 7 99 9 7 7 3 777 0 3 77777777 5 3 0 7 3 7 22 0 55 8 77 66 2
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGC-----AGTTATATTGC---A------AAAA--AAN----ATT---ATGTTGAAA-CGC--G------C--------TTG------------T----G----GG----GACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
Reference ( family-991 ) : NAGACATTGCCTGTGGATATGGGTACTGGAACAGCGC-----AGTTATANTGC---A------AAAA--AAN----ATN---ATGTTGAAA-CGC--G------C--------TTG------------T----G----GG----GACATGTGTGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGGGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTT--------GGGAGGT-GG--GGACGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAANTTGTCCTTAACAAATAAAGNC--AATCACTTCCCGAAGGCNTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCGCTTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-GATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAATT
gi|1 : AGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGC-----A-TTATATTGC---ATGAGAAAAAA--AAG----ATA---ATGTTAAAA-TGT--G------C--------TTG------------T----G----AG----GACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGA-CGAAAATTAAACA-TCAAGTGAAGAAACCGATGAGTAG-GAT--GGAAATTAAGCAAAATGCGGGG-CAACTAATGC-T-GGTATGGTGGAAT--A-T-AAGAAATGTAA-TAGGAAAAGGAT-TCAGAAAATG-A-TATAGTAAAAAG----TA-----AAAA--CAT----------GGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGAACTTTAG-G-TTAATTGGCAATAACAAATAAAATTCAAATCATTT--TGGACACTTGTCCACATATGAAAATTAATGGTGAAAGGTGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGTAAC-GATTAATGTAAT-GTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|10 : a-GG--GGA-GTG-ACAC-AAGTGACATTGACCTTTGA-GGTAACTTGTCCTCAACAATTAA-GTC--A-TCACTACCTGTAGGCTT--CCTCATAA-AAAATTCAAAATGGTGGGTGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGAAAT-CTCATTATAGATATTAAAAGGCCAT
gi|11 : TAAAATC--AAGG-TGAATGTTAAACA-ATAAGTGACAAAACAGATGAGTAGAG-C------ATTTGGCAGGGTGTGGGA-GAGTTGGTGA-T-G-TATG-CAAAAATGA-T-A-AGAAT-TAA-TA--AACAAACTCTAGTAAAACGGA-CACAG-AAC-------TA-----AA------------------GAGG---G--GAATGTG-ATCA-AAGTGATCTTGATCTCT
gi|12 : GA-T-GGTGTGGTGGAAC--A-TCA-GAAATGCAG-TAGGAAATA--T-TAAAAACATT-T-TAAAGTAAAAAG----TACAAATAAAA--CATCTGTGTAGAGGGGGATAGG--GGATGTG-AGCC-AAGTGACTTTGATCTTTAAGG-TAACTGGCTCTTAACAAATAAGGTC--A
gi|13 : aACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGA
gi|15 : gttAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGCgaataaataagaccacaggctgatcatgtacagttgaatcaggttaaaactgtgga
gi|16 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatGCCG-TTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTAAAT-ATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAa
gi|2 : ACATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTC-----A-CCACAATGT---A------AACA--TATTGTAATT---ATGGT-AAA-CACTTG------T--------TTG------------T----GAATGGG----AACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AAAG-CGATGGTT-------TAA---AAG-------TGGGCTG-G-T--G--AGTTT-------------G-GAAT-------T-G-TATTCAGGAAC--A-TAA-GAAATATAA-TAGGAAAACACT-TAAGAAAAAG-A-TAATGCAAAAAG----TG-----ATAG--Cg
gi|2 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatat-TAGCTCGACCTTAACAAATAAAGAG--CATCACTTCCCAAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGTTGC-AATGAATG--ATATTCAACAAAATTAGTAAAGtcgaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtgaG------------T----G----GG----GGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGAGG-CGAAGGTAAAACA-ATAAGTGGAGAAACAAATGAACAG-G----GGA--TTTGGCAGGGTTTGTGGTGAGTTGGGGA-TTG-TATGACGGAAC--A-T-AAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAA-CAAGAAAAAT-ACTAGAG-TAAAAGGACATA-----AAAG----TT--------GAAGAGT-GGTTGGTAGTGGACAC-AAATGACCTTGATCTTTAACG-TAAGTTGTCCTTAACAAAT-----C--A-TTACTTCCTGAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATTCAAGATGGTATGTGTTGCT-ACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGTT---TATGAATGTAAT-TTCATTAAtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|4 : a--------GGGAGGT-GG--CGACATG-ACCCCAAGTGATCTTGACCTTTAA------CTTGCCCTCAGCAAATAAATGC--TATCACTTCCTGAAGGACTGTCCTCATAAGAAAATTCAGAAAGGCAAGTGTTG-TCATTCAATTGTTATAGCCTGAAATGC--AAA-TTGC-AATGAATATAAT-C-CATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATT
gi|5 : aagagAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT--------------AA--AAC----ATT---TTTTTGGA--------------------------------------T----G----GT----GCTATTTACGGATCGAAATAAAATT--AAGG-CGAATTTTAAGCA-ATAACTGAAGAAAGGGATAAACAG-GAA--GAAAATTTGGCAAGGTGAGGGA-GA-CTGGAGATT-G-TGTG--AGAAC--ATT-A-GAATAATAAGTAGGGTAAAAA--TAAAATAA---A-TAAA--AAAAGG----TA-----Acaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|6 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTAC-----AGTTGTATTG-----------AAAA--AAT----ATTGTAATGTTAAAAACAC--A------CAAAAAAAATTG------------T----G----GGTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AAGG-CAATGGTTAAACA-ATAAATGAAGAAAC
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGC-----A-TTATGATGCTTGA------GATATGGAA----ACA---ATATTGCAA-TGT--GATTTCTC--------TTAGAATAGAATAGAT----T----GG----GAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAG-tacataagaaaaacaatagaa
gi|8 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatC--G------T--------TTG------------TAGATG----GG----TACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AAGG-TTAATGT--AATA-ATAAACGAAGAAAAAATTGAGCTG-G-TTAGGAAG-TTGGCAGGGTGCGGAG-GAGTTGGGGA-T-GATATGGCGG-------------AATATAA-TAGGAGAATAAT-C---AAAACA-A--ATAA-AAACAG----TATAC--AAAGTTCGTTTG------GAGAGGT-TG--GAGTGTG-GCCC-AAGTAACaatat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 111 11 11111111 22222222222 1111 66666666666666666666666 222 22222222
lowQualScore : 1 1111111 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 66 5 1 00 5 9 5 44444444 1 3 6 3 3 5 222 11 99999999 4 5 99999 1 1 11111111111 1 2222 44444444444444444444444 5 77 3 5 5 0 222 1 22222222 2 0 6 99 6 7 77 11 0
lowQualScore : . ....... . ........................................................................................ . .. . . .. . . . ........ . . . . . . ... .. ........ . . ..... . . ........... . .... ....................... . .. . . . . ... . ........ . . . .. . . .. .. .
lowQualScore : 4 0000000 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 99 0 4 55 0 6 7 22222222 0 7 7 7 3 7 999 99 77777777 0 7 11111 4 7 44444444444 4 1111 44444444444444444444444 7 99 9 7 7 3 777 0 77777777 5 7 7 22 7 8 77 66 2
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGC-----AGTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
Reference ( family-991 ) : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGC-----AGTTATATTGC---A------AA----AAAAN----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
gi|1 : AGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGC-----A-TTATATTGC---ATGAGAAAA----AAAAG----ATA---ATGTT-AAAATGT--G------C--------TTG------------T----G----AGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGA-CGAAAATTAAACA-TCAAGTGAAGAAACCGATGAGTAG-GAT--GGAAATTAAGCAAAATGCGGGG-CAACTAATGC-TGG-TATGGTGGAAT--A-TAA-GAAATGTAA-TAGGAAAAGGAT-TCAGAAAATG-A-TATAGTAAAAAG----TA-----AAAA--CAT----------GGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGAACTTTAG-G-TTAATTGGCAATAACAAATAAAATTCAAATCATTT--TGGACACTTGTCCACATATGAAAATTAATGGTGAAAGGTGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGTAAC-GATTAATGTAAT-GTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|10 : a-GG--GGA-GTG-ACAC-AAGTGACATTGACCTTTGA-GGTAACTTGTCCTCAACAATTAA-GTC--A-TCACTACCTGTAGGCTT--CCTCATAA-AAAATTCAAAATGGTGGGTGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGAAAT-CTCATTATAGATATTAAAAGGCCAT
gi|11 : TAAAATC--AAGG-TGAATGTTAAACA-ATAAGTGACAAAACAGATGAGTAGAG-C------ATTTGGCAGGGTGTGGGA-GAGTTGGTGA-T-G-TATG-CAAAAATGA-T-A-AGAAT-TAA-TA--AACAAACTCTAGTAAAACGGA-CACAG-AAC-------TA-----AA------------------GAGG---G--GAATGTG-ATCA-AAGTGATCTTGATCTCT
gi|12 : GA-T-GGTGTGGTGGAAC--A-TCA-GAAATGCAG-TAGGAAATA--T-TAAAAACATT-T-TAAAGTAAAAAG----TACAAATAAAA--CATCTGTGTAGAGGGGGATAGG--GGATGTG-AGCC-AAGTGACTTTGATCTTTAAGG-TAACTGGCTCTTAACAAATAAGGTC--A
gi|13 : aACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGA
gi|15 : gttAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGCgaataaataagaccacaggctgatcatgtacagttgaatcaggttaaaactgtgga
gi|16 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatGCCG-TTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTAAAT-ATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAa
gi|2 : ACATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTC-----A-CCACAATGT---A------AA----CATATTGTAATT---ATGGT--AAACACTTG------T--------TTG------------T----GAATGGGAACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AAAG-CGATGGTT-------TAA---AAG-------TGGGCTG-G-T--G--AGTTT-------------G-GAAT-------T-G-TATTCAGGAAC--A-TAA-GAAATATAA-TAGGAAAACACT-TAAGAAAAAG-A-TAATGCAAAAAG----TG-----ATAG--C-TC--------Gg
gi|2 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatat-TAGCTCGACCTTAACAAATAAAGAG--CATCACTTCCCAAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGTTGC-AATGAATG--ATATTCAACAAAATTAGTAAAGaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtgaG------------T----G----GGGGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGAGG-CGAAGGTAAAACA-ATAAGTGGAGAAACAAATGAACAG-G----GGA--TTTGGCAGGGTTTGTGGTGAGTTGGGGA-TTG-TATGACGGAAC--A-T-AAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAA-CAAGAAAAAT-ACTAGAG-TAAAAGGACATA-----AAAG----TT--------GAAGAGT-GGTTGGTAGTGGACAC-AAATGACCTTGATCTTTAACG-TAAGTTGTCCTTAACAAAT-----C--A-TTACTTCCTGAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATTCAAGATGGTATGTGTTG-CTACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGTTT---ATGAATGTAAT-TTCATTAAtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|4 : a--------GGGAGGT-GG--CGACATG-ACCCCAAGTGATCTTGACCTTTAA------CTTGCCCTCAGCAAATAAATGC--TATCACTTCCTGAAGGACTGTCCTCATAAGAAAATTCAGAAAGGCAAGTGTTG-TCATTCAATTGTTATAGCCTGAAATGC--AAA-TTGC-AATGAATATAAT-C-CATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATT
gi|5 : aagagAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT------------------AAAAC----ATT---TTTTT-GGA-------------------------------------T----G----GTGCTATTTACGGATCGAAATAAAATT--AAGG-CGAATTTTAAGCA-ATAACTGAAGAAAGGGATAAACAG-GAA--GAAAATTTGGCAAGGTGAGGGA-GA-CTGGAGATT-G-TGTG--AGAAC--ATT-A-GAATAATAAGTAGGGTAAAAA--TAAAATAA---A-TAAA--AAAAGG----TA-----Acaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|6 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTAC-----AGTTGTATTG-----------AA----AAAAT----ATTGTAATGTTAAAAACAC--A------CAAAAAAAATTG------------T----GGGTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AAGG-CAATGGTTAAACA-ATAAATGAAGAAAC
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGC-----A-TTATGATGCTTGA------GATATGGAAAC----A-----ATATT-GCAATGT--GATTTCTC--------TTAGAATAGAATAGAT----T----GGGAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAG-tacataagaaaaacaatagaa
gi|8 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatC--G------T--------TTG------------TAGATG----GGTACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AAGG-TTAATGT--AATA-ATAAACGAAGAAAAAATTGAGCTG-G-TTAGGAAG-TTGGCAGGGTGCGGAG-GAGTTGGGGA-T-GATATGGCGG-------------AATATAA-TAGGAGAATAAT-C---AAAACA-A--ATAA-AAACAG----TATAC--AAAGTTCGTTTG------GAGAGGT-TG--GAGTGTG-GCCC-AAGTAACaatat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 111 11 11111111 22222222222 1111 66666666666666666666666 222 22222222
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 66 5 1 00 5 9 5 44444444 44 3 6 3 3 5 222 11 99999999 4 5 99999 1 1 11111111111 1 2222 44444444444444444444444 5 77 3 5 5 0 222 1 22222222 2 0 6 99 6 7 77 11 0
lowQualScore : . ...................................................................................................... . .. . . .. . . . ........ .. . . . . . ... .. ........ . . ..... . . ........... . .... ....................... . .. . . . . ... . ........ . . . .. . . .. .. .
lowQualScore : 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 99 0 4 55 0 6 7 22222222 55 7 7 7 3 7 999 99 77777777 0 7 11111 4 7 44444444444 4 1111 44444444444444444444444 7 99 9 7 7 3 777 0 77777777 5 7 7 22 7 8 77 66 2
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
Reference ( family-991 ) : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
gi|1 : AGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA------TTATATTGC---ATGAGAAAA----AAAAG----ATA---ATGTT-AAAATGT--G------C--------TTG------------T----G----AGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGA-CGAAAATTAAACA-TCAAGTGAAGAAACCGATGAGTAG-GAT--GGAAATTAAGCAAAATGCGGGG-CAACTAATGC-TGG-TATGGTGGAAT--A-TAA-GAAATGTAA-TAGGAAAAGGAT-TCAGAAAATG-A-TATAGTAAAAAG----TA-----AAAA--CAT----------GGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGAACTTTAG-G-TTAATTGGCAATAACAAATAAAATTCAAATCATTT--TGGACACTTGTCCACATATGAAAATTAATGGTGAAAGGTGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGTAAC-GATTAATGTAAT-GTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|10 : a-GG--GGA-GTG-ACAC-AAGTGACATTGACCTTTGA-GGTAACTTGTCCTCAACAATTAA-GTC--A-TCACTACCTGTAGGCTT--CCTCATAA-AAAATTCAAAATGGTGGGTGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGAAAT-CTCATTATAGATATTAAAAGGCCAT
gi|11 : TAAAATC--AAGG-TGAATGTTAAACA-ATAAGTGACAAAACAGATGAGTAGAG-C------ATTTGGCAGGGTGTGGGA-GAGTTGGTGA-T-G-TATG-CAAAAATGA-T-A-AGAAT-TAA-TA--AACAAACTCTAGTAAAACGGA-CACAG-AAC-------TA-----AA------------------GAGG---G--GAATGTG-ATCA-AAGTGATCTTGATCTCT
gi|12 : GA-T-GGTGTGGTGGAAC--A-TCA-GAAATGCAG-TAGGAAATA--T-TAAAAACATT-T-TAAAGTAAAAAG----TACAAATAAAA--CATCTGTGTAGAGGGGGATAGG--GGATGTG-AGCC-AAGTGACTTTGATCTTTAAGG-TAACTGGCTCTTAACAAATAAGGTC--A
gi|13 : aACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGA
gi|15 : gttAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGCgaataaataagaccacaggctgatcatgtacagttgaatcaggttaaaactgtgga
gi|16 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatGCCG-TTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTAAAT-ATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAa
gi|2 : ACATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTCA------CCACAATGT---A------AA----CATATTGTAATT---ATGGT--AAACACTTG------T--------TTG------------T----GAATGGGAACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AAAG-CGATGGTT-------TAA---AAG-------TGGGCTG-G-T--G--AGTTT-------------G-GAAT-------T-G-TATTCAGGAAC--A-TAA-GAAATATAA-TAGGAAAACACT-TAAGAAAAAG-A-TAATGCAAAAAG----TG-----ATAG--C-TC--------Gg
gi|2 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatat-TAGCTCGACCTTAACAAATAAAGAG--CATCACTTCCCAAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGTTGC-AATGAATG--ATATTCAACAAAATTAGTAAAGaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtgaG------------T----G----GGGGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGAGG-CGAAGGTAAAACA-ATAAGTGGAGAAACAAATGAACAG-G----GGA--TTTGGCAGGGTTTGTGGTGAGTTGGGGA-TTG-TATGACGGAAC--A-T-AAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAA-CAAGAAAAAT-ACTAGAG-TAAAAGGACATA-----AAAG----TT--------GAAGAGT-GGTTGGTAGTGGACAC-AAATGACCTTGATCTTTAACG-TAAGTTGTCCTTAACAAAT-----C--A-TTACTTCCTGAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATTCAAGATGGTATGTGTTG-CTACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGTTT---ATGAATGTAAT-TTCATTAAtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|4 : a--------GGGAGGT-GG--CGACATG-ACCCCAAGTGATCTTGACCTTTAA------CTTGCCCTCAGCAAATAAATGC--TATCACTTCCTGAAGGACTGTCCTCATAAGAAAATTCAGAAAGGCAAGTGTTG-TCATTCAATTGTTATAGCCTGAAATGC--AAA-TTGC-AATGAATATAAT-C-CATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATT
gi|5 : aagagAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT------------------AAAAC----ATT---TTTTT-GGA-------------------------------------T----G----GTGCTATTTACGGATCGAAATAAAATT--AAGG-CGAATTTTAAGCA-ATAACTGAAGAAAGGGATAAACAG-GAA--GAAAATTTGGCAAGGTGAGGGA-GA-CTGGAGATT-G-TGTG--AGAAC--ATT-A-GAATAATAAGTAGGGTAAAAA--TAAAATAA---A-TAAA--AAAAGG----TA-----Acaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|6 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTACA-----GTTGTATTG-----------AA----AAAAT----ATTGTAATGTTAAAAACAC--A------CAAAAAAAATTG------------T----GGGTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AAGG-CAATGGTTAAACA-ATAAATGAAGAAAC
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGCA------TTATGATGCTTGA------GATATGGAAAC----A-----ATATT-GCAATGT--GATTTCTC--------TTAGAATAGAATAGAT----T----GGGAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAG-tacataagaaaaacaatagaa
gi|8 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatC--G------T--------TTG------------TAGATG----GGTACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AAGG-TTAATGT--AATA-ATAAACGAAGAAAAAATTGAGCTG-G-TTAGGAAGTT-GGCAGGGTGCGGAG-GAGTTGGGGA-T-GATATGGCGG-------------AATATAA-TAGGAGAATAAT-C---AAAACA-A--ATAA-AAACAG----TATAC--AAAGTTCGTTTG------GAGAGGT-TG--GAGTGTG-GCCC-AAGTAACaatat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33333333 111 11 11111111 22222222222 1111 66666666666666666666666 222 22222222
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 66 5 1 00 5 9 5 44444444 44 3 6 3 3 5 222 11 99999999 4 5 99999 1 1 11111111111 1 2222 44444444444444444444444 5 77 3 5 5 0 222 1 22222222 2 0 6 99 6 7 77 11 0
lowQualScore : . ...................................................................................................... . .. . . .. . . . ........ .. . . . . . ... .. ........ . . ..... . . ........... . .... ....................... . .. . . . . ... . ........ . . . .. . . .. .. .
lowQualScore : 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 99 0 4 55 0 6 7 22222222 55 7 7 7 3 7 999 99 77777777 0 7 11111 4 7 44444444444 4 1111 44444444444444444444444 7 99 9 7 7 3 777 0 77777777 5 7 7 22 7 8 77 66 2
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
Reference ( family-991 ) : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
gi|1 : AGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA------TTATATTGC---ATGAGAAAA----AAAAG----ATA---ATGTT-AAAATGT--G------C--------TTG------------T----G----AGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGA-CGAAAATTAAACA-TCAAGTGAAGAAACCGATGAGTAG-GAT--GGAAATTAAGCAAAATGCGGGG-CAACTAATGC-TGG-TATGGTGGAAT--A-TAA-GAAATGTAA-TAGGAAAAGGAT-TCAGAAAATG-A-TATAGTAAAAAG----TA-----AAAA--CAT----------GGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGAACTTTAG-G-TTAATTGGCAATAACAAATAAAATTCAAATCATTT--TGGACACTTGTCCACATATGAAAATTAATGGTGAAAGGTGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGTAAC-GATTAATGTAAT-GTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|10 : a-GG--GGA-GTG-ACAC-AAGTGACATTGACCTTTGA-GGTAACTTGTCCTCAACAATTAA-GTC--A-TCACTACCTGTAGGCTT--CCTCATAA-AAAATTCAAAATGGTGGGTGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGAAAT-CTCATTATAGATATTAAAAGGCCAT
gi|11 : TAAAATC--AAGG-TGAATGTTAAACA-ATAAGTGACAAAACAGATGAGTAGAG-C------ATTTGGCAGGGTGTGGGA-GAGTTGGTGA-T-G-TATG-CAAAAATGA-T-A-AGAAT-TAA-TA--AACAAACTCTAGTAAAACGGA-CACAG-AAC-------TA-----AA------------------GAGG---G--GAATGTG-ATCA-AAGTGATCTTGATCTCT
gi|12 : GA-T-GGTGTGGTGGAAC--A-TCA-GAAATGCAG-TAGGAAATA--T-TAAAAACATT-T-TAAAGTAAAAAG----TACAAATAAAA--CATCTGTGTAGAGGGGGATAGG--GGATGTG-AGCC-AAGTGACTTTGATCTTTAAGG-TAACTGGCTCTTAACAAATAAGGTC--A
gi|13 : aACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGA
gi|15 : gttAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGCgaataaataagaccacaggctgatcatgtacagttgaatcaggttaaaactgtgga
gi|16 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatGCCG-TTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTAAAT-ATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAa
gi|2 : ACATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTCA------CCACAATGT---A------AA----CATATTGTAATT---ATGGT--AAACACTTG------T--------TTG------------T----GAATGGGAACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AAAG-CGATGGTT-------TAA---AAG-------TGGGCTG-G-T--G--AGTTT-------------G-GAAT-------T-G-TATTCAGGAAC--A-TAA-GAAATATAA-TAGGAAAACACT-TAAGAAAAAG-A-TAATGCAAAAAG----TG-----ATAG--C-TC--------Gg
gi|2 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatat-TAGCTCGACCTTAACAAATAAAGAG--CATCACTTCCCAAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGTTGC-AATGAATG--ATATTCAACAAAATTAGTAAAGaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtgaG------------T----G----GGGGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGAGG-CGAAGGTAAAACA-ATAAGTGGAGAAACAAATGAACAG-G----GGA--TTTGGCAGGGTTTGTGGTGAGTTGGGGA-TTG-TATGACGGAAC--A-T-AAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAA-CAAGAAAAAT-ACTAGAG-TAAAAGGACATA-----AAAG----TT--------GAAGAGT-GGTTGGTAGTGGACAC-AAATGACCTTGATCTTTAACG-TAAGTTGTCCTTAACAAAT-----C--A-TTACTTCCTGAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATTCAAGATGGTATGTGTTG-CTACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGTTT---ATGAATGTAAT-TTCATTAAtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|4 : a--------GGGAGGT-GG--CGACATG-ACCCCAAGTGATCTTGACCTTTAA------CTTGCCCTCAGCAAATAAATGC--TATCACTTCCTGAAGGACTGTCCTCATAAGAAAATTCAGAAAGGCAAGTGTTG-TCATTCAATTGTTATAGCCTGAAATGC--AAA-TTGC-AATGAATATAAT-C-CATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATT
gi|5 : aagagAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT------------------AAAAC----ATT---TTTTT-GGA-------------------------------------T----G----GTGCTATTTACGGATCGAAATAAAATT--AAGG-CGAATTTTAAGCA-ATAACTGAAGAAAGGGATAAACAG-GAA--GAAAATTTGGCAAGGTGAGGGA-GA-CTGGAGATT-G-TGTG--AGAAC--ATT-A-GAATAATAAGTAGGGTAAAAA--TAAAATAA---A-TAAA--AAAAGG----TA-----Acaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|6 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTACA-----GTTGTATTG-----------AA----AAAAT----ATTGTAATGTTAAAAACAC--A------CAAAAAAAATTG------------T----GGGTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AAGG-CAATGGTTAAACA-ATAAATGAAGAAAC
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGCA------TTATGATGCTTGA------GATATGGAAAC----A-----ATATT-GCAATGT--GATTTCTC--------TTAGAATAGAATAGAT----T----GGGAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAG-tacataagaaaaacaatagaa
gi|8 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatC--G------T--------TTG------------TAGATG----GGTACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AAGG-TTAATGT--AATA-ATAAACGAAGAAAAAATTGAGCTG-G-TTAGGAAGTT-GGCAGGGTGCGGAG-GAGTTGGGGA-T-GATATGGCGG-------------AATATAA-TAGGAGAATAAT-C---AAAACA-A--ATAA-AAACAG----TATAC--AAAGTTCGTTTG------GAGAGGT-TG--GAGTGTG-GCCC-AAGTAACaatat
blockSeqs : T TTATGATGCTTGAGATATGGAAACAATATTGCAATGTGATTTCTCTTAGAATAGAATAGATT T TC A T C G A TTAGGAA TG T T G T T GG GT TGATA G G AACTC A T CGGACACAG A GACA CAAATAAAACATCTGTGTAGA A TT T G C GG T AGAGCA C . AA A A AT AT
blockSeqs : A GTTGTATTGAAAAAATATTGTAATGTTAAAAACACACAAAAAAAATTGTGGGTT T . . G . G . AAGAAA TG T . A G . TG CA ATCA A . CACT A A TTTTAAAGT A . TACAAAGTTCGTTTG . . T . . GG C ATGCTA A . . . A C AT
blockSeqs : A CCACAATGTAAACATATTGTAATTATGGTAAACACTTGTTTGTGAATG C . . G . C . TGA TG A . G A . GA AC ATAA G . AAAA A G AGATAATGC A . ATAGCTC . . A . . CG A GTCA C . . . T A TT
blockSeqs : G AGCAAGTTATATTAAAACATTTTTTTGGATG T . . T . A . GGA T C . G G . G GC ATAA A . TAAT A G ATACTAGAG A . AAAGTT . . C . . . T CA C . . . T T AG
blockSeqs : T . . G . A . C G . . . . . G C ATTA A . AAA A A CAAATAA C . AA . . T . . C C . . . . C
blockSeqs : T . . G . . . . G . . . . AT . . ATAAA . . . . . . .
blockSeqs : . . T . .
blockSeqCons : NAA***** G** CAAAAGTCG************** GG* AGCA****
originalCons : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-G-T--GGAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TA-----AAAG--CGTC--------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAA-G-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGTC--AATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
finalCons : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG-GNAA-----ATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-TG--TATGGCGGAAC--A-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAACG-A-TANAG-AAAAAG----TACAAAAGTCG--------------GGGAGGT-GG--GGATGTG-ACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAAGG-TAACTTGNCCTTAACAAATAAAGCA----TCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333 111 111111111 22222222222 77777777777777777777777777 111111 333333333
lowQualScore : 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 66 5 1 00 5 9 555555555 1 1 3 6 3 3 5 222 555 999999999 4 5 99999 1 1 11111111111 3 22222222222222222222222222 444444 55 5 0 33 2 1 000000000 2 0 6 99 6 7 77 11 0
lowQualScore : . ...................................................................................................... . .. . . .. . . ......... . . . . . . . ... ... ......... . . ..... . . ........... . .......................... ...... .. . . .. . . ......... . . . .. . . .. .. .
lowQualScore : 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 99 0 4 55 0 6 000000000 7 0 7 7 7 3 7 999 444 111111111 0 7 11111 4 7 44444444444 2 55555555555555555555555555 999999 99 7 3 55 5 0 999999999 5 7 7 22 7 8 77 66 2
consensus : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG---G---GGAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAA--CA-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAAC-GA-TANAG-AAAAAGTACA--AA------A-----G-----TCGGGGAG--G-T-GGGGA-TGTGACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAAGGTAACTTGNCCTTAACAAATAAA-G--C----ATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
Reference ( family-991 ) : NAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA-----GTTATATTGC---A------AA----AAAAC----ATT---ATGTT-GAAACGC--G------C--------TTG------------T----G----GGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGG-CGAAGGTTAAACA-ATAAGTGAAGAAACAGATGAGCAG---G---NAAATTTGGCAGGGTGCGGGG-GAGTTGGNGA-T-G-TATGGCGGAA--CA-T-A-GAAATGTAA-TAGGAAAAAAAT-TAAGAAAAC-GA-TANAG-AAAAAGTACA--AA------A-----G-----TCGGGGAG--G-T-GGGGA-TGTGACCC-AAGTGACCTTGATCTTTAAGGTAACTTGNCCTTAACAAATAAA-G--C----ATCACTTCCTGAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCCG-TTACTCAGTAGTTATAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGTAAT-NTCATTAAAAATATCAAAGGGCCATAACT
gi|1 : AGAAATTGCCTTTGGATGTGGGTACTGGAACAGCGCA------TTATATTGC---ATGAGAAAA----AAAAG----ATA---ATGTT-AAAATGT--G------C--------TTG------------T----G----AGGACATGTGCGGGTTGAAATAAAATC--AAGA-CGAAAATTAAACA-TCAAGTGAAGAAACCGATGAGTAGGATG---GAAATTAAGCAAAATGCGGGG-CAACTAATGC-TGG-TATGGTGGAA--TA-TAA-GAAATGTAA-TAGGAAAAGGAT-TCAGAAAAT-GA-TATAGTAAAAAGTA-A--AA------A------------CATGGAG--G-T-GGGGA-TGTGACCC-AAGTGACCTTGAACTTTAGGTTAA-TTGGCAATAACAAATAAA-A--TTCAAATCATTT--TGGACACTTGTCCACATATGAAAATTAATGGTGAAAGGTGTCACTTACTTAGTAGTTATGGGCTGAAATGT--AAAGTAAC-GATTAATGTAAT-GTCATGAAAACGATCAAAGGATCATAACT
gi|10 : a-GGGGA--GTGACAC-AAGTGACATTGACCTTTGAGGTAACTTGTCCTCAACAATTAAG-T--C----ATCACTACCTGTAGGCTT--CCTCATAA-AAAATTCAAAATGGTGGGTGCTG-TTACTCAATAGATTCAGGCTGAAATGC--AAAGTTGC-AATGAATGAAAT-CTCATTATAGATATTAAAAGGCCAT
gi|11 : TAAAATC--AAGG-TGAATGTTAAACA-ATAAGTGACAAAACAGATGAGTAGA--G---C--ATTTGGCAGGGTGTGGGA-GAGTTGGTGA-T-G-TAT-GCAAAAATGA-T-A-AGAAT-TAA-TA--AACAAACTCTAGTAAAACGGA-CACAG-A------ACT--AA------A----------------GAG------GGGAA-TGTGATCA-AAGTGATCTTGATCTCT
gi|12 : GA-T-GGTGTGGTGGAA--CA-TCA-GAAATGCAG-TAGGAAATA--T-TAAAAACAT-TT-TAAAGTAAAAAGTACA--AATAAAACATCTGTG-----TAGAGGGG--GATAGGGGA-TGTGAGCC-AAGTGACTTTGATCTTTAAGGTAACTGGCTCTTAACAAATAAG-G--
gi|13 : a----ACCACTTACTGAAGGCCTGTCCTCATCAGACAATTCAAGAtca
gi|15 : gttAGACATCGCCCGTGGATATGGGTACTTGAATAGCgaataaataagaccacaggctgatcatgtacagttgaatcaggttaaaactgtgga
gi|16 : acacgaacttaagttaacttatagttaagggtcatggaataagcagaatGCCG-TTACACAGTAGTTATAGGTTGAAATAC--AAAGTTGCAAATGATTTAAAT-ATTACTAAAAATCTCAAAGGGCAATAAa
gi|2 : ACATTGTCTGTGGATATTGATACTGGAACAATTCA------CCACAATGT---A------AA----CATATTGTAATT---ATGGT--AAACACTTG------T--------TTG------------T----GAATGGGAACAAGTGTGGGTTGAGATCAAATC--AAAG-CGATGGTT-------TAA---AAG-------TGGGCTG---G---TGAGTTT-------------G-GAAT-------T-G-TATTCAGGAA--CA-TAA-GAAATATAA-TAGGAAAACACT-TAAGAAAAA-GA-TAATGCAAAAAGTg
gi|2 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatGATAGCTCGACCTTAACAAATAAA-GAGC----ATCACTTCCCAAAGGCCTGTCCTCATAAGAAAATTCAAGATGGTAGGTGCTG-TTACGCAATAGCTATAGGCTGAAATAA--AAAGTTGC-AATGAATG--ATATTCAACAAAATTAGTAAAGgatagctcgaccttaacaaataaagagcatcacttcccaaaggcctgtcctcataagaaaattcaagatggtaggtgctgttacgcaatagctataggctgaaataaaaagttgcaatgaatgatattcaacaaaattagtaaagtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|3 : tccccagctgaaaaggggcaaaaatagctaaatatacattgtctgtggatattgatactggaacaattcaccacaatgtaaacatattgtaattatggtaaacacttgtttgtgaatgggaacaagtgtgggttgagatcaaatcaaagcgatggtttaaaagtgggctggtgagtttggaattgtattcaggaacataagaaatataataggaaaacacttaagaaaaagataatgcaaaaagtG------------T----G----GGGGCATATGTGGGTTGAAATAAAATCTCGAGG-CGAAGGTAAAACA-ATAAGTGGAGAAACAAATGAACAG---G---GGA-TTTGGCAGGGTTTGTGGTGAGTTGGGGA-TTG-TATGACGGAA--CA-T-AAGAAATGTAA-TTGAAACAAAAA-CAAGAAAAA-TACTAGAG-TAAAAGGACATAAA------A-----G-----TTGAAGAGTGG-T-TGGTAGTG-GACAC-AAATGACCTTGATCTTTAACGTAAGTTGTCCTTAACAAAT-------C----ATTACTTCCTGAAGGTGTGTCCTAGTACGTAAATTCAAGATGGTATGTGTTG-CTACTCAGTAGTTATATGTGGAAATGTAAAAAGTTT---ATGAATGTAAT-TTCATTAAtaataaatcgttgaatcgggatgccaagaccacaggctcatgttca
gi|4 : aGGGGAG--G-T-GGCGA-CATGACCCCAAGTGATCTTGACCTTTAA-----CTTGCCCTCAGCAAATAAATG--CT---ATCACTTCCTGAAGGACTGTCCTCATAAGAAAATTCAGAAAGGCAAGTGTTG-TCATTCAATTGTTATAGCCTGAAATGC--AAA-TTGC-AATGAATATAAT-C-CATTAAAAAGATCAAAGGTCCATAATT
gi|5 : aagaAGACACTGCGTGTGGGTGTGTGTACTAGAACAGCACAAGCAAGTTATATT------------------AAAAC----ATT---TTTTT-GGA-------------------------------------T----G----GTGCTATTTACGGATCGAAATAAAATT--AAGG-CGAATTTTAAGCA-ATAACTGAAGAAAGGGATAAACAGGAAG---AAAATTTGGCAAGGTGAGGGA-GA-CTGGAGATT-G-TGTG--AGAA--CATT-A-GAATAATAAGTAGGGTAAAAA--TAAAATAA---A-TAAA--AAAAGGTAcaataagacgttattgcaccagaacactaagaacatatggttacgttcatactgtacattaagtttcatttgaacagtttatcaatgcgggaaggtccgcaaggttggtggtcaaaagtgtaatgta
gi|6 : tacgaaattcagtgaattcacatccactgcttatggggccatggactgagcaaaatAGACATTGCCTGTGGATGTGGGTACTGGAACAGTACA-----GTTGTATTG-----------AA----AAAAT----ATTGTAATGTTAAAAACAC--A------CAAAAAAAATTG------------T----GGGTTGGGACATGTATGAGGTGAAATAAAATC--AAGG-CAATGGTTAAACA-ATAAATGAAGAAACa
gi|7 : aagaaaaacagtgaattcacatccttcgctcaaaagggccatggactgggcaaaacAGACGTTGCTTGTGGATATAGGTACTGAAACAGTGCA------TTATGATGCTTGA------GATATGGAAAC----A-----ATATT-GCAATGT--GATTTCTC--------TTAGAATAGAATAGAT----T----GGGAAATATGTGGGTTGAAATAAAAAA--AAAGACGTAGGTTAAATACACAA-TGAAGAAACAGATGAGCAG---tacataagaaaaacaatagaa
gi|8 : caacaagtcaagtgaatgcatatccccgctatctttggactatgtaacatC--G------T--------TTG------------TAGATG----GGTACATGTGTGGGTTAAAATAAAATC--AAGG-TTAATGT--AATA-ATAAACGAAGAAAAAATTGAGCTG---GTTAGGAAGTTGGCAGGGTGCGGAG-GAGTTGGGGA-T-GATATGGCGG-------------AATATAA-TAGGAGAATAAT-C---AAAAC-AA--ATAA-AAACAGTATAC-AA------A-----GTTCGTTTGGAGAG--G-T-TGGAG-TGTGGCCC-AAGTAACaatat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): AGGTGTTGGTCTAAAGTGTCATGTAAACATTAAGTTAAAATAGGGCCATAACTCAATAAATTGTCATTGATTTGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGCGTCCGCATGGTTGATGGTCCAAAGTGTAATGTAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACACGAAATTCAGTGAATTCATATCCCTTGCCCAAAAGGGTCACAAAGTGAACAAAATCAACATCATCTCTGAATGTGGATGCTGGGAC
Unaligned ( gi|17 ): TCCAGTCGATTCACATACCCGGCTGCTGGCCATGAATTGAGCAAACTAGACAGTGCCGATGTAGGAATGGAACAGCGTG
Unaligned ( gi|18 ): AACAAGGAAGCTGATGAATTCATACCTATGCTTTAAAGGGCCATGGACTGAGCAAAATAGACATTGCCTG