lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 22222222 1111111 111 111 555555555555555 11111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1 222222 44444444444444 444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 222 11
lowQualScore : 2 99999999 5555555 000 777 0 99 4 3 111111111111111 88 3 44444444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 6 3 666 6 2 0 555555 3 22222222222222 333333333333333333 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 5 4 99999999 111 1 00 5 55
lowQualScore : . ........ ....... ... ... . .. . . ............... .. . ........ .......................................................................... . . . ... . . . ...... . .............. .................. . ........................................................................................................... . . . ........ ... . .. . ..
lowQualScore : 7 88888888 2222222 888 000 2 22 2 0 666666666666666 33 6 55555555 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5 7 444 8 2 2 111111 3 99999999999999 555555555555555555 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 6 44444444 444 3 00 7 33
consensus : CGCAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGT-G--ACGTAAAATT---T-AAGTT---AAAA-N-AACAAAGGGCCATAACTCNAT----CAAA-A--T--A-TTTAA-TCGGAAC--------GTTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA----TCCGCAAGGTTGTT---GGTCCAAAGTGTGACGTAAAAT-TT--A-AGTTA---AAA---GN-A-CAAAGGGCCATAACTC--CATCAA-A-T--AT--AATNTAAACGCC-AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCCAGAGAGTTTTGGTTCAAAGNGNG-ACGGACGGA-CG----CCATTTCAATATCCCCCAAN-TT-TCTTCGAAAAG
Reference ( gi|3 ) : CACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTAT-A--TCATAAAATC---C-AAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTCAAT----CAACCA--T--A-TTTAA-TCGGAAC--------GTTAATCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCC----TCTGCTAGGATGTT---GGTCCAAAATATGACGTAAAATCTT--A-AGTTA---TAA---GC-A-CAAAGGGCCATAACTC--TGTCAA-A-T--AT--AATATAAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTGAAAAGTTGTAAGTCCATTCGTG-ACGGACAGT-CG----CCATTTCAATATGCACCAAA-TT-TCTTTGAAAAG
gi|5 : CACAAGGCTGTTGATCCAAAGTGT-G--ACATAAAATT---C-AAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCAT----CA---A--T--A--TTAA-TCAGAAC--------G
gi|2 : aaaaaggttgttgttccatagtgtgatataaaatttaaattaaaaacagaaaaggccatttctccatgaaaaatcatttaaatggaacaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatcCGCAAGGTTGTTGGGTCAAAGTGT-G------AAAA-----C-AAG---------------AAAGGGGCATAACTCAAT----TAAA-A--T--A-ATTAAATCGGAAC--------GTc
gi|7 : acaaggtcgttggtccaaagtgtgacgtaaagtttaagttaaaagaataaagtgtcttagctcaatagaataatgtattcgaacgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcCAAAAGATG-TTGGTCGTAAGTAG-G--ACATAATATC---T-AAAT-----------------------CAACTCCAT----CAAAAA--T--AATCTAA-TCTAAAT--------GTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTCTGCAAGGTTATT---CGACCAAAGTATGAC--------TT--G-AATTA------------A-CAAAGGGCCATAACTA--AGTCAA-A-A--AT--AATTTAAACcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccgctgagtttttttgtctaaaacgggacggacggatgccatttcaatatcccccaattttcttctaaaagcagagg
gi|14 : gtcCGCAAGGTTGTTGGTCCATAGTGT-GATTTAAAAAA-------AAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATAA
gi|2 : ACAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGT-G--ACGTAAAGTT---T-AAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAAT----ataaaaataatctcacc
gi|5 : AAGGTTGTTGTTCCATAGTGT-G--ATATAAAATT---T-AAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTCCAT----GAAAAA--TC-A-TTTAA-ATGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA----TCCACAAGGCTGTT---GATCCAAAGTGTGACATAAAAT-TC--A-AGTTT---TAAAAAGT-AACAAAGGGCCATAACTC--CATCAATA-T---T--AATagaataatgtattcgaacgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtccgcaaggttgttgggtcaaagtgtgaaaacaagaaaggggcataactcaattaaaataattaaatcggaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccgctgagtttttttgtctaaaacgggacggacggatgccatttcaatatcccccaattttcttctaaaagcagagg
gi|1 : aaaAAGGCTGTTGATCCAAAGTGT-G--ACATAAAATT---C-AAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCAT----CA---A--T--A--TTAA-TCAGAAC--------Gcagaacgc
gi|13 : AAGGTTGTTGGTCCAAAGTG------CGCAAAATCTTTC-AAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT-----AAACA-----A-TTTAA-ACGCAAC--------Gccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatccgcaaggttgttagtagtccaaagtgtgatataaaattaaagtgaaagcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgcaaggttgttggtcaaaaaacatgattgacagacagacggacagacaatatttaaatattccccaatattcttaaaaaagca
gi|9 : AAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTA--T-GTAAAAAT---T-AAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTCAATAAAAAAACC------A-TTGAA-TTGGCAC--------
gi|12 : AAGGTTGTTGGTCAAAAGTGC-G---CATAACTTT---TTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTCCAT-----AA--A--TG-A-TTTAT-TCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctgcatggttgttagtttgaagtgtaatat
gi|11 : ga-TTGGTCAAAAGTAT-G--AGGTAAAATA---T-AAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTCCAT----CAA-AA--TTAA-TTTTA-TGAGCAT--------GCTAATcacc
gi|8 : aTGTTCCAAGCTGT-G--ACGTAAAATT---T-AAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTCAAT-----AACAAATT--A-TTGAA-TATTAAC--------GTatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|4 : aatgttacGTCCAAAGTAT-A--ATGTAAAATC---T-AAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCAA------AAATA-----A-ATGAA-TCGGAAC--------ATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|6 : tacgtaaaatctacattgaaagaacaaagagtcttagctcaattcaaaattatttattcctaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TCCGCGAGATTGTT---GATTCAAAGCGTGAAGTAAAA--TT--AGAGTTT---AAA---GA-A-TAGAGGTCCATAATTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatccagagagttttggttcaaagagtggacagatagacggataccatttcaatatacaccc
gi|14 : GCAAGGTTGTT---GGTCCATAGTGTGATTTAAAAAA----A-AGTTA---GAA---TA-A-CAAAGAGTCATAAAT-------AA-A-A--AT--AATtagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|1 : cAGGCTGTT---GATCCAAAGTGTGACATAAAAT-TC--A-AGTTT---TAAAAAGT-AACAAAGGGCCATAACTC--CATCAATA-T---T--AATCAGAACGCCctcacc
gi|13 : aAGGTTGTT---GGTCCAAAGTG---CGCAAAATCTTTCA-AGTTA----AA---AC-AACAAAAGTTCATAACTC-------A-A-TAAAC--AATTTAAACGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatccgcaaggttgttagtagtccaaagtgtgatataaaattaaagtgaaagcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgcaaggttgttggtcaaaaaacatgattgacagacagacggacagacaatatttaaatattccccaatattcttaaaaaagca
gi|2 : aAGGTCGTT---GGTCCAAAGTGTGACGTAAAGT-TT--A-AGTTA---AAA---GA-A-TAAAGTGTCTTAGCTC-------A-A-T--AG--AATAcaacg
gi|12 : acaAGGTTGTT---GGTCAAAAGTGCG-CATAACTTTTT--A-AGTTA----AA---ACAA-CAACGGGTCAAAACTC--CAT-AA-A-T--atgtattcgaacgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtccgcaaggttgttgggtcaaagtgtgaaaacaagaaaggggcataactcaattaaaataattaaatcggaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccgctgagtttttttgtctaaaacgggacggacggatgccatttcaatatcccccaattttcttctaaaagcagagg
gi|8 : gaaATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAAT-TT--A-AATCA---AAA---TA-A-CAAAGGGTCATAATTCAATAACAA-ATT--ATTGAATATTAACGTCgatttattcgcacc
gi|9 : aTGTT---GGTCTAAAGTGTTATGTAAAA-ATT--A-AATTAAAATAA---G-----AAAGGGCCATAACTC--nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|11 : aaagtTT---GGTCAAAAGTATGAGGTAAAATA-T--A-AGTTA---AAAT--GG-A-CTAAGGGACACAACTC--CATCAA-A-A--TT--AATaataaaaaaaccattgaattggcacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatctgcatggttgttagtttgaagtgtaatat
gi|4 : aGTCCAAAGTATAATGTAAAATCT---A-AGTTA---AAAC--GA-A-TAAAGGGCCATAAC------TCAA----------AA-ATAAATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCCAGAGAGTTTTGGTTCAAAGAGTGGACAGATAGA-CGGATACCATTTCAATATACACCtttatgagcatgctaatatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|2 : tacgtaaaatctacattgaaagaacaaagagtcttagctcaattcaaaattatttattcctaaagacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGGG-ACGGACGGA-TG----CCATTTCAATATCCCCCAAT-TT-TCTTCTAAAAGc
gi|1 : acaaggtcgttggtccaaagtgtgacgtaaagtttaagttaaaagaataaagtgtcttagctcaatagaataatgtattcgaacgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtccgcaaggttgttgggtcaaagtgtgaaaacaagaaaggggcataactcaattaaaataattaaatcggaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccgctgagtttttttgtctaaaaG-ACGGACAGA-CA----ATATTTAAATATTCCCCAAT-AT-TCTTAAAAAAGcagagg
gi|17 : aaggctgttgatccaaagtgtgacataaaattcaagttttaaaaagtaacaaagggccataactccatcaatattaatcagaacgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatccgcaaggttgttagtagtccaaagtgtgatataaaattaaagtgaaagcaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgcaaggttgttggtcaaaaaacatgattgacagacaG-ACGGACAGA-TG----CCTTTTCAATGT-C-CCAAATTT-TCTTCAAAAAGca
gi|18 : aaaacgcgacggacaG-ACAGACGGA-CG----CCATTTTAATAT-CACTCAG-TTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|16 : cggacaG-ATGGATGGA-CA----CCATTTCAATA-ACCCCCAA-TT-TCTGTGAAAAattggggat
gi|6 : aaaacatgatggacagacaG-ACGGAC-GTACA----TCATTTCAATATCCCGCAAT-GT-TCTTAGAAAtcagggga
gi|15 : tccgcgagattgttgattcaaagcgtgaagtaaaattagagtttaaagaatagaggtccataatttagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacaG-ACGGACGGA-CG----TCATTTCATTATCCTC--AA-TT-TTTCTAAGAAtgc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGATATACAATTTGAGTTAAGAGAACAAAGGGCCCTTATTCATTTAAAACATCATTGAACTGGAGTACCAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTGTGTTCACAAAGTTGTTAGTCCAAGGTGTGACTAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 111 111111 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 333333333333333 111111
lowQualScore : 0 000 6666 44 111111111 2 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 3 666 3 55 00 111 0 777 888888 8 0 5 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 0 77777 333333333333333 66 222222 1 5 3
lowQualScore : . ... .... .. ......... . . . .............................................................................................................................. . . ... . .. .. ... . ... ...... . . . ................................................................................................... .. . ..... ............... .. ...... . . .
lowQualScore : 4 000 1111 99 999999999 9 9 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 6 444 6 00 55 888 8 888 444444 1 1 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 0 22222 000000000000000 11 888888 4 9 4
consensus : CGCAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT----AAAA-NAACAAAGGG--------CCAT-AAC-TCAAT--C---AAA-A---T--A-T--TT-AATCGGAAC--------GCTAA------TNTNNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTG----CGTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCA-AAG--TGTGACGTAAAAT-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAATCAAATA-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNAGAGTT-TTG--GTTCAAA------GAG-----NGACGGACGGACG--C------CATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CGCAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT----AAAA-NAACAAAGGG--------CCAT-AAC-TCNAT--C---AAA-A---T--A-T--TT-AATCGGAAC--------GTTAA------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCCGCAAGGTTGTTGGT---CCA-AAG--TGTGACGTAAAAT-TTAAGTT---AAAA-G-NACAAAGGGCCATAACTCCATCAAATA-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGAGAGTT-TTG--GTTCAAA------GNG-----NGACGGACGGACG--C------CATTTCAATATCCCCCAANTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AAGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAAG-TAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--C---AGA-A---C--G-C--CN-NNNNNNNNN--------NNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----CATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCA-AAG--TGTGATATAAAAT-TAAAG-T---GAAA-G---CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCAAGGTTGTTG--G-TCAAAAAACATGAT-----TGACAGACAGACGGACAGACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : TGATATACAA---TTTGAGTT----AAGA-GAACAAAGGG--------CCCT-TAT-TCATT--T---AAA-A---C--A-TCATTGAACTGGAGT--------ACCAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTG----TGTTCACAAAGTTGTTAGT---CCA-AGG--TGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT----AAAATGGACTAAGGG--------ACAC-AAC-TCCAT--C---AAA-A---TTAA-T--TT-TATGAGCAT--------GCTAA------T
gi|12 : aAAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT----AAAA-CAACAACGGG--------TCAA-AAC-TCCAT-------AA-A---TG-A-T--TT-ATTCGatcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaAAGGTTGTTGGTCCAAAGTG---CGCAAAATCTTTCAAGTT----AAAA-CAACAAAAGT--------TCAT-AAC-TCAAT--A---AAC-A------A-T--TT-AAACGCAAC--------Gcacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGTCCATAGTGTGATTTAAAA----AAAAGTT----AGAA-TAACAAAGAG--------TCAT-AA-----AT--A---AAA-A---T--A-
gi|15 : ------GAG-----GGACGGACGGACG--T------CATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAatctcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacgA------GAC-----AGATGGATGGACA--C------CATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggacGACGGACAGATG--C------CTTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacggacaGACAGACGGACG--C------CATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cggacaCAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT----AAAA-GAATAAAGTG--------TCTT-AGC-TCAAT------AGA-A---TA-A-T--GT-ATTC-GAAC--------G----------CANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNAGT---CCGCAAGGTTGTTGGGTCAAAG-T---GTG---AAAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATTAAA-A-TAAT-TA------------AATCGGAACGTCattggggat
gi|2 : aTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCA-AAG--TGTGA----AAAC-------------AA-G----AAAGGGGCATAACTCAATTAAA-A-TAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCTGAGTT-TTTTTGTCTAAA------ACG-----GGACGGACGGATG--C------CATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattccgctgagtttttttgtctaaaacgggacggacggatgccatttcaatatcccccaattttcttctaaaagcagagg
gi|3 : acaaggtcgttggtccaaagtgtgacgtaaagtttaagttaaaagaataaagtgtcttagctcaatagaataatgtattcgaacgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagCACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT----AAAA-GAACAAAGGG--------TTAC-AAC-TCAAT--C---AACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC--------GTTAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CCTCTGCTAGGATGTTGGT---CCA-AAA--TATGACGTAAAATCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTCAAATA-TAATATAA-----ACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAAAAGTT-GTA--AGTCCAT------TCG-----TGACGGACAGTCG--C------CATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT----GAAA-GAACAAAGAG--------TCTT-AGC-TCA-------------------A-T--TC-AA----AA----------TTA-------TTTATTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCA-AAG--TATAATGTAAAAT-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCAA--AAATA--AATG--------------AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGAGAGTT-TTG--GTTCAAA------GAGTGGACAGATAGACGGATA--C------CATTTCAATAT
gi|5 : tAAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT----AAAA-ACAGAAAAGG--------CCAT-TTC-TCCAT--G---AAA-AAT-C--A-T--TT-AAATGGAACACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCCACAAGGCTGTTGAT---CCA-AAG--TGTGACATAAAAT-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC-AATATTAATCAGA-----ACG-Cacaccc
gi|6 : aaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCA-AAG--CGTGAAGTAAAAT-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATT
gi|6 : CGCGAGATTGTTGATTCAAAGCGTGAAGTAAAA---TTAGAGTT----TAAA-GAATAGAGGT--------CCAT-AAT-TTAGT--TTAAAAA-A---A--A-------AATCGCACC--------GCTAtagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|6 : tcGACGGACGTACA--T------CATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|7 : tccgcgagattgttgattcaaagcgtgaagtaaaattagagtttaaagaatagaggtccataatttagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacaAAAGATGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC----AA----------------------------C-TCCAT--C---AAA-AA--T--AAT--CT-AATCTAAAT--------GTTNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCGTCTGCAAGGTTATTCGA---CCA-AAG--TATGAC--------TTGAATT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCAAAAA-TAATTTAA-----ACtgc
gi|8 : gtccaAATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC----AAAA-TAACAAAGGG--------TCAT-AAT-TCAATAAC---AAA-T---T--A-T--TG-AATATTAAC--------GT
gi|8 : ----CGTCTGCAAGGTTATT-----------AG--TGTGACAGAAGAT-TGAAGCT---GAAA-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT----AAAA-TAAGAAAGGG--------CCAT-AAC-TCAAT--A---AAA-AAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNN----NNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATCTGCATGGTTGTTAGT---TTG-AAG--TGTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1111 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 555555555555555555555555
lowQualScore : 1 000 6666 55 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 666 22 555 0 777 1111 1 0 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 0 77777 111111111111111111111111 1 0 3
lowQualScore : . ... .... .. . ....................................................................................................................................................... . ... .. ... . ... .... . . . ................................................................................................... . . ..... ........................ . . .
lowQualScore : 2 888 5555 22 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 444 11 222 8 888 9999 0 1 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 22222 333333333333333333333333 4 4 4
consensus : CGCGAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT----AAAA-GAACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--C---AA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAAT-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTCAAATA-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNAGAGTT-TTG--GTTCAA--------------AGAC-----GGACGGACGGACGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CGCAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT----AAAA-NAACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--C---AA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTNNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAAT-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAATCAAATA-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNAGAGTT-TTG--GTTCAA--------------AGAG-----NGACGGACGGACGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AAGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAAG-TAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--C---AG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAAT-TAAAG-T---GAAA-G---CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCAAGGTTGTTG--G-TCAAAAAACATGATTGACAGAC-----AGACGGACAGACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : TGATATACAA---TTTGAGTT----AAGA-GAACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--T---AA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT----AAAATGGACTAAGGGACACAACTC----------CAT--C---AA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT----AAAA-CAACAACGGGTCAAAACTC----------CAT-------A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaAAGGTTGTTGGTCCAAAGTG---CGCAAAATCTTTCAAGTT----AAAA-CAACAAAAGTTCATAACTC----------AAT--A---AA-CA------A-T--TT-AAACGCAAC----Gcacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA--AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATA----AATAAAA-A-TAATCT
gi|15 : GAG-----GGACGGACGGACGTCATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacg--------------AGAC-----AGATGGATGGACACCATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggacGAC-----AGACGGACAGATGCCTTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacgGAC-----AGACAGACGGACGCCATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgCAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT----AAAA-GAATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT------AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA--------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATTAAA-A-TAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCTGAGTT-TTTTTGTCTAA--------------AACG-----GGACGGACGGATGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : aCACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT----AAAA-GAACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--C---AACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAATCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTCAAATA-TAATATAA-----ACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAAAAGTT-GTA--AGTCCA--------------TTCG-----TGACGGACAGTCGCCATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT----GAAA-GAACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-C---AA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAAT-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCAA--AAATA--AATG--------------AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGAGAGTT-TTG--GTTCAA--------------AGAGTGGACAGATAGACGGATACCATTTCAATAT
gi|5 : tAAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT----AAAA-ACAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--G---AA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAAT-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC-AATATTAATCAGA-----ACG-Cacaccc
gi|6 : aaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAAT-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGT
gi|6 : CGCGAGATTGTTGATTCAAAGCGTGAAGTAAAA---TTAGAGTT----TAAA-GAATAGAGGTCCATAATTT----------AGT--TTAAAA-AA---A--A-------AATCGCACC----GC--------TAttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|6 : tcGACGGACGTACATCATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|7 : tccgcgagattgttgattcaaagcgtgaagtaaaattagagtttaaagaatagaggtccataatttagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacaAAAGATGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC----AA-------------------CTC----------CAT--C---AA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCAAAAA-TAATTTAA-----ACtgc
gi|8 : gtccaAATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC----AAAA-TAACAAAGGGTCATAATTC----------AATAAC---AA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : ----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGAT-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT----AAAA-TAAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--A---AA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 111 11111 111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 66666666666666666666666666666
lowQualScore : 0 555 555 666 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555 99 99999 2 777 1111 99999 444 1 44444 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 0 11111111111111111111111111111 55 4 1 0 3
lowQualScore : . ... ... ... . ....................................................................................................................................................... . ... .. ..... . ... .... ..... ... . ..... ... ........................................................................ . . ............................. .. . . . .
lowQualScore : 7 888 888 333 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 888 22 33333 4 000 3333 99999 222 0 33333 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 88888888888888888888888888888 11 4 4 4 4
consensus : CGCGAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--C---AA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTCAAA-A-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNAGAGTT-TT-GGT-TCAA--------------A-----GACG-G-ACGGACGGACGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CGCGAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--C---AA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTCAAATA-TAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNAGAGTT-TT-GGT-TCAA--------------A-----GACG-G-ACGGACGGACGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--C---AG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAA---T-TAAAG-T---GAAA-G---CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCAAGGTTGTT-GG--TCAAAAAACATGATTGACA-----GACA-G-ACGGACAGACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : aTGATATACAA---TTTGAGTT---AAGA-G-AACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--T---AA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTC----------CAT--C---AA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTC----------CAT-------A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaaAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTG---CGCAAAATCTT-TCAAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT-AA--A-CAATTTAA-----ACG-Ccacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA-----AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATAAAT-----AAAAA-TAATCTaacg
gi|15 : -----GAGG-G-ACGGACGGACGTCATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacg--------------A-----GACA-G-ATGGATGGACACCATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggac-----GACA-G-ACGGACAGATGCCTTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacg-----GACA-G-ACAGACGGACGCCATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgCAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT------AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA-----------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATTAAA-A-TAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCTGAGTT-TT-TTTGTCTA--------------A-----AACG-GGACGGACGGATGCCATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : aCACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--C---AACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAA---TCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTCAAATA-TAATATAA-----ACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAAAAGTT-GTAAGT-CC----------------A-----TTCGTG-ACGGACAGTCGCCATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT---GAAA-G-AACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-C---AA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAA---T-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCA---AAA-------ATAA-----ATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGAGAGTT-TT-GGT-TCAA--------------AGAGTGGACA-G-ATAGACGGATACCATTTCAATAT
gi|5 : tAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--G---AA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAA---T-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC-AATATTAATCAGA-----ACG-Cacaccc
gi|6 : aaaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAA---T-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGT
gi|6 : CGCGAGATTGTTGATTCAAAGCGTGAAGTAAAA---TTAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTT----------AGT--TTAAAA-AA---A--A-------AATCGCACC----GC--------TAttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|6 : tcACA-G-ACGGACGTACATCATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAAtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaacagacggacgtacatcatttcaatatcccgcaatgttcttagaaatgc
gi|7 : tccgcgagattgttgattcaaagcgtgaagtaaaattagagtttaaagaatagaggtccataatttagtttaaaaaaaaaatcgcaccgctatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggatgtatgatgtttgaactgaaacgtgactgacgaTGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC---AA--------------------CTC----------CAT--C---AA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC---------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCAAAAA-TAATTTAA-----ACtgc
gi|8 : gtccaaaagaGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTC----------AATAAC---AA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : aat----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGA---T-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--A---AA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 6 6 0 666 666 777 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555 99 99999 2 777 999 1 3 99999 4 4 2 33 22222 999 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 4 9999 4 9999 777 1 0 3
lowQualScore : . . . ... ... ... . . .................................................................................................................................................... . ... .. ..... . ... ... . . ..... . . . .. ..... ... . ................................................................................................................ .. . .... . .... ... . . .
lowQualScore : 0 0 1 444 444 888 8 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888 22 33333 4 000 666 9 9 88888 4 4 1 11 55555 333 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 4 4444 4 4444 888 4 4 4
consensus : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAATCTAA-----ACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACG----GACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CGCGAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAATNTAA-----ACG-CCAATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACG----GACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--CAG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAA---T-TAAAG-T---GAAA-G-CA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-N-NNNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCA-----AG-GTTGTT-GG--TCAAAAAACATGATTGACA-G-ACA----GACGGACAG----ACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : aTGATATACAA---TTTGAGTT---AAGA-G-AACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--TAA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTC----------CAT--CAA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTC----------CAT----A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaaAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTG---CGCAAAATCTT-TCAAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT------A-A-ACAATTTAA-----ACG-Ccacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA-----AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATA----AATA----AA-A-ATAATCTaacg
gi|15 : ----------GAGG-G-ACG----GACGGAC-G----TC---ATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacgA----------GACA-G-ATG----GATGGAC-A----CC---ATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggac----------GACA-G-ACG----GACAGAT-G----CC---TTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacg----------GACA-G-ACA----GACGGAC-G----CC---ATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgCAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT---AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA-----------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATT----AA-A-ATAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCT-----GA-GTT-TT-TTTGTCTAA----------AACG-GGACG----GACGGAT-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : aCACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--CAACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAA---TCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTC----AA-ATATAATATAA-----ACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAA-----AA-GTT-GTAAGT-CC--A----------TTCGTG-ACG----GACAGTC-G----CC---ATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT---GAAA-G-AACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-CAA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAA---T-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCA-------AA-A-A-----TAA-----ATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAAGAGTG-----GACA-G-ATA----GACGGAT-A----CC---ATTTCAATAT
gi|5 : tAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--GAA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAA---T-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC----AATA-TTAATCAGA-----ACG-Cacaccc
gi|6 : aaaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAA---T-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGTTTAAAAA-A-AAAATCGCA-----CCG-CTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNCGGATGTATGATGTT-TG-AAC-TGAAACGT-------GACT-G-ACGAACAGACGGAC-GTACATC---ATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAA
gi|7 : TGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC---AA--------------------CTC----------CAT--CAA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC---------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCA---AA-A-ATAATTTAA-----ACtgc
gi|8 : gtccaaaagaGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTC----------AATAACAA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : aat----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGA---T-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--AAA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 0 666 666 777 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555 99 99999 2 777 999 1 3 99999 4 4 2 1111111 999 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 9999 777 1 0 3
lowQualScore : . ... ... ... . . .................................................................................................................................................... . ... .. ..... . ... ... . . ..... . . . ....... ... . ................................................................................................................ . . . .... ... . . .
lowQualScore : 1 444 444 888 8 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888 22 33333 4 000 666 9 9 88888 4 4 1 8888888 333 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 4444 888 4 4 4
consensus : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AAGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--CAG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAA---T-TAAAG-T---GAAA-G-CA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-N-NNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCA-----AG-GTTGTT-GG--TCAAAAAACATGATTGACA-G-ACAGACGGACAG----ACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : TGATATACAA---TTTGAGTT---AAGA-G-AACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--TAA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTC----------CAT--CAA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTC----------CAT----A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTG---CGCAAAATCTT-TCAAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT------A-A-ACAAT-----TTAAACG-Ccacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA-----AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATA----AATA----AA-A-ATAAT-----CTaacg
gi|15 : ----------GAGG-G-ACGGACGGAC-G----TC---ATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacgA----------GACA-G-ATGGATGGAC-A----CC---ATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggac----------GACA-G-ACGGACAGAT-G----CC---TTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacg----------GACA-G-ACAGACGGAC-G----CC---ATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgACAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT---AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA-----------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATT----AA-A-ATAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCT-----GA-GTT-TT-TTTGTCTAA----------AACG-GGACGGACGGAT-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : CACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--CAACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAA---TCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTC----AA-ATATAAT-----ATAAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAA-----AA-GTT-GTAAGT-CC--A----------TTCGTG-ACGGACAGTC-G----CC---ATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT---GAAA-G-AACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-CAA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAA---T-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCA-------AA-A-A----------TAAATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAAGAGTG-----GACA-G-ATAGACGGAT-A----CC---ATTTCAATAT
gi|5 : tAAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--GAA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAA---T-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC----AATA-TTAAT-----CAGAACG-Cacaccc
gi|6 : aaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAA---T-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGTTTAAAAA-A-AAAAT-----CGCACCG-CTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNCGGATGTATGATGTT-TG-AAC-TGAAACGTGACT---GACG-A-ACAGACGGAC-GTACATC---ATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAA
gi|7 : AAAGATGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC---AA--------------------CTC----------CAT--CAA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC---------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCA---AA-A-ATAAT-----TTAAACtgc
gi|8 : gtccaAATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTC----------AATAACAA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : ----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGA---T-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--AAA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 0 666 666 777 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555 99 99999 2 777 999 1 3 99999 4 4 2 1111111 999 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 9999 777 1 0 3
lowQualScore : . ... ... ... . . .................................................................................................................................................... . ... .. ..... . ... ... . . ..... . . . ....... ... . ................................................................................................................ . . . .... ... . . .
lowQualScore : 1 444 444 888 8 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888 22 33333 4 000 666 9 9 88888 4 4 1 8888888 333 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 4444 888 4 4 4
consensus : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AAGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--CAG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAA---T-TAAAG-T---GAAA-G-CA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-N-NNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCA-----AG-GTTGTT-GG--TCAAAAAACATGATTGACA-G-ACAGACGGACAG----ACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : TGATATACAA---TTTGAGTT---AAGA-G-AACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--TAA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTC----------CAT--CAA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTC----------CAT----A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTG---CGCAAAATCTT-TCAAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT------A-A-ACAAT-----TTAAACG-Ccacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA-----AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATA----AATA----AA-A-ATAAT-----CTaacg
gi|15 : ----------GAGG-G-ACGGACGGAC-G----TC---ATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacgA----------GACA-G-ATGGATGGAC-A----CC---ATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggac----------GACA-G-ACGGACAGAT-G----CC---TTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacg----------GACA-G-ACAGACGGAC-G----CC---ATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgACAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT---AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA-----------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATT----AA-A-ATAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCT-----GA-GTT-TT-TTTGTCTAA----------AACG-GGACGGACGGAT-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : CACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--CAACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAA---TCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTC----AA-ATATAAT-----ATAAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAA-----AA-GTT-GTAAGT-CC--A----------TTCGTG-ACGGACAGTC-G----CC---ATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT---GAAA-G-AACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-CAA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAA---T-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCA-------AA-A-A----------TAAATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAAGAGTG-----GACA-G-ATAGACGGAT-A----CC---ATTTCAATAT
gi|5 : tAAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--GAA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAA---T-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC----AATA-TTAAT-----CAGAACG-Cacaccc
gi|6 : aaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAA---T-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGTTTAAAAA-A-AAAAT-----CGCACCG-CTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNCGGATGTATGATGTT-TG-AAC-TGAAACGTGACT---GACG-A-ACAGACGGAC-GTACATC---ATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAA
gi|7 : AAAGATGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC---AA--------------------CTC----------CAT--CAA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC---------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCA---AA-A-ATAAT-----TTAAACtgc
gi|8 : gtccaAATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTC----------AATAACAA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : ----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGA---T-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--AAA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA
blockSeqs : CTT . TG C AATAGAATAATGTATTCGAACGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA A . CG TCTT C TTA CG C A TTAAA T T C TAAATCG TCN N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGATGTATGATGTTTGAACTGAAACGTGACT T G . TACA . C A
blockSeqs : . . G A CATGAAAAATCATTTAAATGGAACACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC G . TT TC A . GT C A CA . . T TT TC N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATCCAGAGAGTTTTGGTTCAAAGAGTG . . . . . C T
blockSeqs : . . C T ATTTAAAACATCATTGAACTGGAGTACCAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTTGT G . CG T T . C G A A . . T CT CT A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCTGAGTTTTTTTGTCTAA . . . . . C C
blockSeqs : . . G T AATAAAAAAACCATTGAATTGGCACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC G . TG T T . T C G T . . T AT . T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTCTGAAAAGTTGTAAGTCCA . . . . . C C
blockSeqs : . . G T CATCAAAAATAATCTAATCTAAATGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC G . CA T C . C T A C . . T CA . . . . . G C
blockSeqs : . . G T AATCAACCATATTTAATCGGAACGTTAATCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC N . AG T A . G C G C . . A CG . . . . . C T
blockSeqs : . . A C AATTCAAAATTATTTATTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . CA T G . G T G . . . T TT . . . . . . A
blockSeqs : . . T T G . C . G . . C . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . T C C . C . . .
blockSeqs : . . . . A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** G** *** ***
originalCons : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
finalCons : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAAG--AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 0 666 666 777 1 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 555 99 99999 2 777 999 1 3 99999 4 4 2 1111111 999 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 4 4 9999 777 1 0 3
lowQualScore : . ... ... ... . . .................................................................................................................................................... . ... .. ..... . ... ... . . ..... . . . ....... ... . ................................................................................................................ . . . .... ... . . .
lowQualScore : 1 444 444 888 8 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 888 22 33333 4 000 666 9 9 88888 4 4 1 8888888 333 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 4 4 4444 888 4 4 4
consensus : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
Reference ( family-977 ) : CACAAGGTTGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAA---TTTAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTC----------AAT--CAA-AA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GC--------TAA------TNTTNTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GC-------GTCCGCAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTGTGACGTAAAA---T-TNAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGCCATAACTCAGTC----AA-A-ATAAT-----CTAAACG-CCANCCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCCGNA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAA----------GACG-G-ACGGACGGAC-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCGAAAAG
gi|1 : AAGGCTGTTGATCCAAAGTGTGACATAAAA---TTCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATCAATATTAAT--CAG-AA---C--G-C--CN-NNNNNNNNN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----C-------ATCCGCAAGGTTGTTAGTAGTCCAAAGTGTGATATAAAA---T-TAAAG-T---GAAA-G-CA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-N-NNNNN-----NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TCTGCA-----AG-GTTGTT-GG--TCAAAAAACATGATTGACA-G-ACAGACGGACAG----ACAATATTTAAATATTCCCCAATATTCTTAAAAAAG
gi|10 : TGATATACAA---TTTGAGTT---AAGA-G-AACAAAGGGCCCTTATTC----------ATT--TAA-AA---C--A-TCATTGAACTGGAGT----AC--------CAAATCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGTT----GT-------GTTCACAAAGTTGTTAGT---CCAAGGTGTGAC-TAAAca
gi|11 : TTGGTCAAAAGTATGAGGTAAAA---TATAAGTT---AAAATG-GACTAAGGGACACAACTC----------CAT--CAA-AA---TTAA-T--TT-TATGAGCAT----GC--------TAA------TAT
gi|12 : aAAGGTTGTTGGTCAAAAGTG---CGCATAACTTTTTAAGTT---AAAA-C-AACAACGGGTCAAAACTC----------CAT----A-AA---TG-A-T--TT-ATTCGcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncg
gi|13 : gaAAGGTTGTTGGT---CCAAAGTG---CGCAAAATCTT-TCAAGTT---AAAA-C-AACAAAAGTTCATAACTCAAT------A-A-ACAAT-----TTAAACG-Ccacc
gi|14 : CGCAAGGTTGTTGGT---CCATAGTGTGATTTAAAA-----AAAAGTT---AGAA-T-AACAAAGAGTCATA----AATA----AA-A-ATAAT-----CTaacg
gi|15 : ----------GAGG-G-ACGGACGGAC-G----TC---ATTTCATTATCCTCAATTTTTCTAAGAAAcacc
gi|16 : tgatccaaattgtgacggacgA----------GACA-G-ATGGATGGAC-A----CC---ATTTCAATAACCCCCAA-TTTCTGTGAAAAgttg
gi|17 : aaaacatgatggac----------GACA-G-ACGGACAGAT-G----CC---TTTTCAATGT-CCCAAATTTTCTTCAAAAAGtcagggga
gi|18 : aaaacgcgacg----------GACA-G-ACAGACGGAC-G----CC---ATTTTAATATCACTCAGTTGTCTTCGAAAAcggtgga
gi|2 : cgACAAGGTCGTTGGTCCAAAGTGTGACGTAAAG---TTTAAGTT---AAAA-G-AATAAAGTGTCTTAGCTCAATAG-----AAT---AA-TG---T--A-T--TC-GAACGCANN----NN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNAGTCCGCAAGGTTGTTGGG---TCAAAGTGTGA-----------------------AAA-C-AAGAAAGGGGCATAACTCAATT----AA-A-ATAATTAAATCGGAACG-TCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTCCGCT-----GA-GTT-TT-TTTGTCTAA----------AACG-GGACGGACGGAT-G----CC---ATTTCAATATCCCCCAATTTTCTTCTAAAAGattggggat
gi|3 : CACAAGGTT-TTGGTCCAAAGTATATCATAAAA---TCCAAGTT---AAAA-G-AACAAAGGGTTACAACTC----------AAT--CAACCA---T--A-T--TT-AATCGGAAC----GT--------TAA------TCTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------CTCTGCTAGGATGTTGGT---CCAAAATATGACGTAAAA---TCTTAAGTT---ATAA-G-CACAAAGGGCCATAACTCTGTC----AA-ATATAAT-----ATAAACGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCG---TCTGAA-----AA-GTT-GTAAGT-CC--A----------TTCGTG-ACGGACAGTC-G----CC---ATTTCAATATGCACCAAATTTCTTTGAAAAGcagagg
gi|4 : ACGTAAAA---TCTACATT---GAAA-G-AACAAAGAGTCTTAGCTC----------AATT-CAA-AA---TT-A-T--TT-A-----------------------------------TTCCTAAAGACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN-------NNNNNNNNNNNNNNNNGT---CCAAAGTATAATGTAAAA---T-CTAAGTT---AAAACG-AATAAAGGGCCATAACTCA-------AA-A-A----------TAAATG---AATCGGAACATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCA---TCCAGA-----GA-GTT-TT-GGT-TCAAAGAGTG-----GACA-G-ATAGACGGAT-A----CC---ATTTCAATAT
gi|5 : tAAGGTTGTTGTTCCATAGTGTGATATAAAA---TTTAAATT---AAAA-A-CAGAAAAGGCCATTTCTC----------CAT--GAA-AAAT-C--A-T--TT-AAATGGAAC----ACCNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCCACAAGGCTGTTGAT---CCAAAGTGTGACATAAAA---T-TCAAGTTTTAAAAA-GTAACAAAGGGCCATAACTCCATC----AATA-TTAAT-----CAGAACG-Cacaccc
gi|6 : aaaTCCGCGAGATTGTTGAT---TCAAAGCGTGAAGTAAAA---T-TAGAGTT---TAAA-G-AATAGAGGTCCATAATTTAGTTTAAAAA-A-AAAAT-----CGCACCG-CTATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNCGGATGTATGATGTT-TG-AAC-TGAAACGTGACT---GACG-A-ACAGACGGAC-GTACATC---ATTTCAATATCCCGCAATGTTCTTAGAAA
gi|7 : AAAGATGTTGGTCGTAAGTAGGACATAATA---TCTAAATC---AA--------------------CTC----------CAT--CAA-AAA--T--AAT--CT-AATCTAAAT----GT--------TNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC-------GTCTGCAAGGTTATTCGA---CCAAAGTATGAC---------T-TGAA-TT---AA-------CAAAGGGCCATAACTAAGTCA---AA-A-ATAAT-----TTAAACtgc
gi|8 : gtccaAATGTTACTGTTCCAAGCTGTGACGTAAAA---TTTAAATC---AAAA-T-AACAAAGGGTCATAATTC----------AATAACAA-AT---T--A-T--TG-AAT
gi|8 : ----GC-------GTCTGCAAGGTTATT----------AGTGTGACAGAAGA---T-TGAAGCT---GAAA-attaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtctgcaaggttattagtgtgacagaagattgaagctgaaa
gi|9 : aatgttactgttccaagctgtgacgtaaaatttaaatcaaaataacaaagggtcataattcaataacaaattattgaatattaacgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAAGTTGTTGGTCTAAAGTGTTATGTAAAA---ATTAAATT---AAAA-T-AAGAAAGGGCCATAACTC----------AAT--AAA-AAAACC--A-T--TG-AATTGGCACNNNNNN--------NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NC-------ATCTGCATGGTTGTTAGT---TTGAAGTGTAA