lowQualScore : 1 11
lowQualScore : 1 0 0 6666666 666666 6 333 333 22
lowQualScore : . . . ....... ...... . ... ... ..
lowQualScore : 1 8 3 8888888 111111 1 777 777 88
consensus : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGA-TAAG
Reference ( gi|9 ) : TCAATATTAATTTAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGA-GAAG
gi|7 : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CCT------TTTTTAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGAGA-TAAG
gi|2 : aTCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CATAACATGTATTAGATTCC---T---TATTTTATTTCCTGTGA-TAA
gi|5 : aTCAATATTAATTAAAAAGTGTTTTTAATAA-------CAT------TAACAAATCAC---T---TATTTTATTTCCTGTGA-aat
gi|4 : TTAATACTAATTCAAAAATGTTTTTGATAA-------CAT------TATTAAAGTAC---T---TA-TTTATTTCCTGTGA-TAAGtggga
gi|1 : gTCAATATTAATACAAAATTGTTTTTGATGAGCTCTACCAT------TATTAAATTAC---T---TATTTCATTTCCTGTGA-TAAGac
gi|6 : aTCAATATTAATTAAAAAATGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATAAC---T---AATTTTATTTCCTGTGA-TAAGat
gi|3 : TCAACATTAATTCAAAACTGTTGT-AATGA-------CAT------TATTAAATTAC---TTAATATTTTGTTTCCTGTGA-TAAGa
gi|13 : TCAATATTGATTAAAAATCGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---C---AATTTTATATCCTATGA-att
gi|14 : TCAATATTAATTCAAAACTGTTCTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTTTATTACCTGTaga
gi|19 : TCAATATTAATTCAAATTTGTTTTT--TAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TACTTTATTCCCTcata
gi|16 : aaTCAATATTAATAAAAAAATGTTTTCAATAA-------CAT------TTTTAAATTAT---T---AATTTTATTTTCCATGA-
gi|12 : TCAACATTAACGCAATATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTACATTAC---C---AATTGTAGTATCTGTGG-GAAGt
gi|11 : CAATATTAATTCAAAATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TA-TATATTTCCTGTGA-
gi|10 : CAATTTTAATTGAAAACTGTTTTTATTAA-------CAT------TTCTAAATTAC---T---CATTATATTTCCTGTGA-caggat
gi|17 : AATAATAATT-GAAACGGTTTTTAATAA-------CAC------TTTTAAAACAC---T---TATTGTTTTTCCTGTGA-tcaga
gi|15 : TATTAGTTAAAAGTTGTTTTTGAAAA-------CAT------TATTAAATGAC---T---TATTTTATCTCATGTGA-TAAGta
gi|8 : ATTAATTGAAAACTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATAACTTAT---TATTCTATTTCCTGTGA-TAAat
gi|18 : ATTTTAACTGGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTGTATTGCTTGTGA-TAAGaat
gi|20 : tAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTTCTGTGATGAAa
Alignments
lowQualScore : 3 0 6666666 555555 2 333 333
lowQualScore : . . ....... ...... . ... ...
lowQualScore : 5 3 5555555 888888 7 555 555
consensus : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---TTA---TTTTATTTCCTGTGATAAG
Reference ( family-968 ) : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---TTA---TTTTATTTCCTGTGATAAG
gi|1 : TCAATATTAATACAAAATTGTTTTTGATGAGCTCTACCAT------TATTAAATTAC---TTA---TTTCATTTCCTGTGATAAG
gi|10 : aCAATTTTAATTGAAAACTGTTTTTATTAA-------CAT------TTCTAAATTAC---TCA---TTATATTTCCTGTGATCAGat
gi|11 : CAATATTAATTCAAAATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---TTA----TATATTTCCTGTGACAGGa
gi|12 : TCAACATTAACGCAATATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTACATTAC---CAA---TTGTAGTATCTGTGGGAAGat
gi|13 : TCAATATTGATTAAAAATCGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---CAA---TTTTATATCCTATGA
gi|14 : TCAATATTAATTCAAAACTGTTCTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---TTA---TTTTATTACCTGTCATAaga
gi|15 : TATTAGTTAAAAGTTGTTTTTGAAAA-------CAT------TATTAAATGAC---TTA---TTTTATCTCATGTGATAAG
gi|16 : TCAATATTAATAAAAAAATGTTTTCAATAA-------CAT------TTTTAAATTAT---TAA---TTTTATTTTCCATGATat
gi|17 : AATAATAATT-GAAACGGTTTTTAATAA-------CAC------TTTTAAAACAC---TTA---TTGTTTTTCCTGTGATA
gi|18 : ATTTTAACTGGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---TTA---TTGTATTGCTTGTGATAAG
gi|19 : tTCAATATTAATTCAAATTTGTTTTT--TAA-------CAT------TTTTAAATTAC---TTA---CTTTATTCCCTa
gi|2 : aaTCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CATAACATGTATTAGATTCC---TTA---TTTTATTTCCTGTGATAA
gi|20 : aAA-------CAT------TATTAAATTAC---TTA---TTTTATTTTCTGTGATGAaat
gi|3 : TCAACATTAATTCAAAACTGTTGT-AATGA-------CAT------TATTAAATTAC---TTAATATTTTGTTTCCTGTGATAAGa
gi|4 : TTAATACTAATTCAAAAATGTTTTTGATAA-------CAT------TATTAAAGTAC---TTA----TTTATTTCCTGTGATAAGatt
gi|5 : gTCAATATTAATTAAAAAGTGTTTTTAATAA-------CAT------TAACAAATCAC---TTA---TTTTATTTCCTGTGATac
gi|6 : TCAATATTAATTAAAAAATGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATAAC---TAA---TTTTATTTCCTGTGATAAGggga
gi|7 : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CCT------TTTTTAATTAC---TTA---TTTTATTTCCTGAGATAAGa
gi|8 : aATTAATTGAAAACTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATAACTTATTA---TTCTATTTCCTGTGATAA
gi|9 : TCAATATTAATTTAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---TTA---TTTTATTTCCTGTGAGAAGaat
Alignments
lowQualScore : 3 0 6666666 555555 1 333 333
lowQualScore : . . ....... ...... . ... ...
lowQualScore : 5 3 5555555 888888 0 555 555
consensus : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
Reference ( family-968 ) : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
gi|1 : TCAATATTAATACAAAATTGTTTTTGATGAGCTCTACCAT------TATTAAATTAC---T---TATTTCATTTCCTGTGATAAG
gi|10 : aCAATTTTAATTGAAAACTGTTTTTATTAA-------CAT------TTCTAAATTAC---T---CATTATATTTCCTGTGATCAGat
gi|11 : CAATATTAATTCAAAATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TA-TATATTTCCTGTGACAGGa
gi|12 : TCAACATTAACGCAATATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTACATTAC---C---AATTGTAGTATCTGTGGGAAGat
gi|13 : TCAATATTGATTAAAAATCGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---C---AATTTTATATCCTATGA
gi|14 : TCAATATTAATTCAAAACTGTTCTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTTTATTACCTGTCATAaga
gi|15 : TATTAGTTAAAAGTTGTTTTTGAAAA-------CAT------TATTAAATGAC---T---TATTTTATCTCATGTGATAAG
gi|16 : TCAATATTAATAAAAAAATGTTTTCAATAA-------CAT------TTTTAAATTAT---T---AATTTTATTTTCCATGATat
gi|17 : AATAATAATT-GAAACGGTTTTTAATAA-------CAC------TTTTAAAACAC---T---TATTGTTTTTCCTGTGATA
gi|18 : ATTTTAACTGGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTGTATTGCTTGTGATAAG
gi|19 : tTCAATATTAATTCAAATTTGTTTTT--TAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TACTTTATTCCCTa
gi|2 : aaTCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CATAACATGTATTAGATTCC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAA
gi|20 : aAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTTCTGTGATGAaat
gi|3 : TCAACATTAATTCAAAACTGTTGT-AATGA-------CAT------TATTAAATTAC---TTAATATTTTGTTTCCTGTGATAAGa
gi|4 : TTAATACTAATTCAAAAATGTTTTTGATAA-------CAT------TATTAAAGTAC---T---TA-TTTATTTCCTGTGATAAGatt
gi|5 : gTCAATATTAATTAAAAAGTGTTTTTAATAA-------CAT------TAACAAATCAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATac
gi|6 : TCAATATTAATTAAAAAATGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATAAC---T---AATTTTATTTCCTGTGATAAGggga
gi|7 : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CCT------TTTTTAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGAGATAAGa
gi|8 : aATTAATTGAAAACTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATAACTTAT---TATTCTATTTCCTGTGATAA
gi|9 : TCAATATTAATTTAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGAGAAGaat
Alignments
lowQualScore : 3 0 6666666 555555 1 333 333
lowQualScore : . . ....... ...... . ... ...
lowQualScore : 5 3 5555555 888888 0 555 555
consensus : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
Reference ( family-968 ) : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
gi|1 : TCAATATTAATACAAAATTGTTTTTGATGAGCTCTACCAT------TATTAAATTAC---T---TATTTCATTTCCTGTGATAAG
gi|10 : aCAATTTTAATTGAAAACTGTTTTTATTAA-------CAT------TTCTAAATTAC---T---CATTATATTTCCTGTGATCAGat
gi|11 : CAATATTAATTCAAAATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TA-TATATTTCCTGTGACAGGa
gi|12 : TCAACATTAACGCAATATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTACATTAC---C---AATTGTAGTATCTGTGGGAAGat
gi|13 : TCAATATTGATTAAAAATCGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---C---AATTTTATATCCTATGA
gi|14 : TCAATATTAATTCAAAACTGTTCTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTTTATTACCTGTCATAaga
gi|15 : TATTAGTTAAAAGTTGTTTTTGAAAA-------CAT------TATTAAATGAC---T---TATTTTATCTCATGTGATAAG
gi|16 : TCAATATTAATAAAAAAATGTTTTCAATAA-------CAT------TTTTAAATTAT---T---AATTTTATTTTCCATGATat
gi|17 : AATAATAATT-GAAACGGTTTTTAATAA-------CAC------TTTTAAAACAC---T---TATTGTTTTTCCTGTGATA
gi|18 : ATTTTAACTGGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTGTATTGCTTGTGATAAG
gi|19 : tTCAATATTAATTCAAATTTGTTTTT--TAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TACTTTATTCCCTa
gi|2 : aaTCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CATAACATGTATTAGATTCC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAA
gi|20 : aAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTTCTGTGATGAaat
gi|3 : TCAACATTAATTCAAAACTGTTGT-AATGA-------CAT------TATTAAATTAC---TTAATATTTTGTTTCCTGTGATAAGa
gi|4 : TTAATACTAATTCAAAAATGTTTTTGATAA-------CAT------TATTAAAGTAC---T---TA-TTTATTTCCTGTGATAAGatt
gi|5 : gTCAATATTAATTAAAAAGTGTTTTTAATAA-------CAT------TAACAAATCAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATac
gi|6 : TCAATATTAATTAAAAAATGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATAAC---T---AATTTTATTTCCTGTGATAAGggga
gi|7 : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CCT------TTTTTAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGAGATAAGa
gi|8 : aATTAATTGAAAACTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATAACTTAT---TATTCTATTTCCTGTGATAA
gi|9 : TCAATATTAATTTAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGAGAAGaat
blockSeqs : G . AACATG T TTA TAA
blockSeqs : C . . T . .
blockSeqs : C . . T . .
blockSeqs : A . . A . .
blockSeqs : C . . T . .
blockSeqs : A . . A . .
blockSeqs : A . . T . .
blockSeqs : T . . T . .
blockSeqs : C . . T . .
blockSeqs : C . . T . .
blockSeqs : C . . A . .
blockSeqs : C . . A . .
blockSeqs : A . . A . .
blockSeqs : A . . A . .
blockSeqs : C . . A . .
blockSeqs : G . . T . .
blockSeqs : T . . T . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqCons : *******
originalCons : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
finalCons : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
Alignments
lowQualScore : 3 0 6666666 555555 1 333 333
lowQualScore : . . ....... ...... . ... ...
lowQualScore : 5 3 5555555 888888 0 555 555
consensus : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
Reference ( family-968 ) : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TNTTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAAG
gi|1 : TCAATATTAATACAAAATTGTTTTTGATGAGCTCTACCAT------TATTAAATTAC---T---TATTTCATTTCCTGTGATAAG
gi|10 : aCAATTTTAATTGAAAACTGTTTTTATTAA-------CAT------TTCTAAATTAC---T---CATTATATTTCCTGTGATCAGat
gi|11 : CAATATTAATTCAAAATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TA-TATATTTCCTGTGACAGGa
gi|12 : TCAACATTAACGCAATATTGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTACATTAC---C---AATTGTAGTATCTGTGGGAAGat
gi|13 : TCAATATTGATTAAAAATCGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---C---AATTTTATATCCTATGA
gi|14 : TCAATATTAATTCAAAACTGTTCTAAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTTTATTACCTGTCATAaga
gi|15 : TATTAGTTAAAAGTTGTTTTTGAAAA-------CAT------TATTAAATGAC---T---TATTTTATCTCATGTGATAAG
gi|16 : TCAATATTAATAAAAAAATGTTTTCAATAA-------CAT------TTTTAAATTAT---T---AATTTTATTTTCCATGATat
gi|17 : AATAATAATT-GAAACGGTTTTTAATAA-------CAC------TTTTAAAACAC---T---TATTGTTTTTCCTGTGATA
gi|18 : ATTTTAACTGGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TATTGTATTGCTTGTGATAAG
gi|19 : tTCAATATTAATTCAAATTTGTTTTT--TAA-------CAT------TTTTAAATTAC---T---TACTTTATTCCCTa
gi|2 : aaTCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CATAACATGTATTAGATTCC---T---TATTTTATTTCCTGTGATAA
gi|20 : aAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTTCTGTGATGAaat
gi|3 : TCAACATTAATTCAAAACTGTTGT-AATGA-------CAT------TATTAAATTAC---TTAATATTTTGTTTCCTGTGATAAGa
gi|4 : TTAATACTAATTCAAAAATGTTTTTGATAA-------CAT------TATTAAAGTAC---T---TA-TTTATTTCCTGTGATAAGatt
gi|5 : gTCAATATTAATTAAAAAGTGTTTTTAATAA-------CAT------TAACAAATCAC---T---TATTTTATTTCCTGTGATac
gi|6 : TCAATATTAATTAAAAAATGTTTTAAATAA-------CAT------TTTTAAATAAC---T---AATTTTATTTCCTGTGATAAGggga
gi|7 : TCAATATTAATTCAAAATTGTTTTTAATAA-------CCT------TTTTTAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGAGATAAGa
gi|8 : aATTAATTGAAAACTGTTTTTAATAA-------CAT------TTTTAAATAACTTAT---TATTCTATTTCCTGTGATAA
gi|9 : TCAATATTAATTTAAAATTGTTTTTAATAA-------CAT------TATTAAATTAC---T---TATTTTATTTCCTGTGAGAAGaat