lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 77777777777777777777 1111 333 4444444444 11111111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111111 22222 1111111 2222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 22222
lowQualScore : 11111111111111111111 1 7777 6666 3 3 888 1 7 4444444444 77777777777777 0 7777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 88888888 2 2 999999999 1 33333 9 2 444 2 5 44 9999999 3 5 5555555555555 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333 555 11111 0 6 6
lowQualScore : .................... . .... .... . . ... . . .......... .............. . .... ................................................................................................................................................................................. .. ........ . . ......... . ..... . . ... . . .. ....... . . ............. . .............................................................................. ... ... ..... . . .
lowQualScore : 55555555555555555555 4 6666 9999 0 0 111 7 1 0000000000 00000000000000 5 7777 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 55555555 5 5 999999999 6 99999 3 5 444 5 1 88 0000000 1 2 2222222222222 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 888 444 77777 5 0 7
consensus : TGTTAATGCCAGCATCGACAGTA-TAT--GGTGCCATCGGNGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTC-CTTTTTGC--AA-T-----GTTGTATCAACAATGCAT----G------CA------T-------G-T-----T-----ATTATT-GGGANNA--AATGAGCGTG---AAA------ATGTATAACAAG---GCCGTTTCTGAAACGTTATTT-----TA--GGTCTTAGTTAGACGTG------T--GAA------A-AAA-A-AACATTATTAT-TGCG--CA----A--TA-AT-TACA--ATTTG-CCTCTCATTTACAT--AA-ATTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGATCGCG-GNAT-ACGGGGGAGGAAAA-CGG--AAT-AGCATT-TTCGCCAGCA-TTAT----G--NA--CCGAAGTATTGACAATG-GA-T---------------TGNC----------A-NTGC---ATTA---ACAG----TTCTGTGCTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
Reference ( gi|1 ) : TGTTAATGCAAGTATTTACAGCA-TACCAGGTGCCATGGTAGAAATTG-TGAGCATTTCAATCTTTAACCACCAACTAGATCCTTCTGCATTCCCTTTTTGT--AA-T-----GCTATATCAACAATGTAT----G------C-------T-------G-T-----T-----ATCATT-GGTATAA--AATTAGTGCG---AAA------ATGTACAGTAAG---GCCTTTTCAGAAACATTATTT-----TT--GGTCTAAGTTAGACATG------T--AAA------A-AAACACAACATTATTAT-TGTG--CA----A--TA-AT-TACA--TTTTT-TCTCTCATTTACAT-TAA-ATTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AACGAATGAAATCAAATCATG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAA-TGA--AAT-ATAATT-TTCACGAGCA-TTAT----T--TG--CTGAAGTCTTGACAATG-GA-T---------------TGGC----------A-TTGC---ATTA---ACAT----TTCTGTACTTCTGAGCGCTTTGATT-TTG
gi|2 : TGTCAACGCCAGC-TTAATAATA-TAT--GGTAACATCGGCGAAACAG-TGAACTTCTGA--CATTGTCCGACAACTAGATCCTTCCGC-TTTATTTTATGA--AA-TTCAGTGCTATATCTACAATGCAT----G------CATTGTTTT-------G-T-----T-----GTCATT-GGGAGAATAAATGAGTGTG---AAA------ATGTAAAACAAATATGTATTT---GAAATGTTCTTT-----AA--GGTCTTAGTTAAACGTG------T--TTA------A-AAACCCGAAATTGTT---------CA----A--TA-AT-TCC------TT-ACTCTAACTT---T-TAA-AATTG-TGAATGACCTTTGATA---T-AACGAATGATATCAGATCGCC-GGTT-ACAGGGGAGGAAAA-T---------TGAT--------AGCG-TT--------------TGAA---TCGACAATG-GA-T---------------TTGC----------A-ATGT---ATTG---TTAG----TTCGAAATTTTGGATCACTTTGATTATTG
gi|4 : TGTTAATGCCA------ACAGTA-TAT--GGTTCTTTGGCATAA--T--TGGGCATTTCCTGCTTTGATCATCACCTACATTTTTCAGC-TTTTATTTTTG---AA-T-----GTTATATCAACAATGCAT----G------C-------TAGTCCA-G-T-----T-----ATTATT-GGGGGAA--AA--AA---G---AGA------GT---CATAAAG---GCCATTCCTGATATGTTAAGT-----TA--GTTCTTAGCTCAATGTG------TGAAAA------A-AGAAACAA-ACCAATA--CGCG--CT----C--TA-AT-TACA--GTTTG-CCTCTCATTAACTT-T---ATATGATGATTGACCTTTGGAA---T-AATGATTGAAATT--ATTATC-AATT-A----GGAGGGATA--GA--AAT-ATaaaatatcagagaaatgttat
gi|3 : ttacTTAATGCGACTATCGACAGTG-TAT--GTTGTCATTGGCGAAATTG-T------------C----ACCGCCAAAAAGATCATTC---ATAC---TTTTAC--GACT-----ATTGTATCAACAATGTAA----G------CGTAGCCCT-------G-T-----A-----AGTATT-GG----G--AAT--ACGCG---AGAGTAAACATGTTTAACAAG---GCCGATACTGAAACGTTCCTG-----TA--GGTCTTAGT----CGTC------T--GAA------C-AAACA-AA----------TG-G--CA----AAATC-AT-TACT--ACTTT-CCTCTTATTTACAT---A-ACT-G-TGAATTTACTTTGCAA---T-AAAGAATGAAATCAGATCGTG-AAAT-ATGGTGGAGGAAAA-CGG--AAT-AGCATT-TTAAGCAGCA-ATAC----GAATG----AAAGTAT--ACGA-G-TT-C---------------TGAT----------A-TTGCTAAAGTATGTACAG----TTGTGTATTTACGAGCACATTGATC-TTtgacaaaggatttgccaatgcatcaacaattctg
gi|19 : TAATGCCAGCAT---CAGCAGTGCATGGCGCCATAAGCGAAATAT-TAAGAACTTCCGGCTTTGGCTACCAACTAGATCCTTCTGC--TGTCATTATGC--AG-C-----ATTGTATCATGAATGTAG----G------CAT-----T-------G-TCCGAGT-----ATTATT-GTTAAGA--AATCAGCGTA---AAA------
gi|12 : GGTACCATCGGAGAAATTG-CGAGCACTTCCGGTTTTGATCACAAACTAAATCCTTCCGCGTTCTC-TTTTG---AA-T-----ATTGTATTAACAATGCAT----G------CA------TACTCAA-G-T-----G-----ATTATT-GGGAATA--CATGAGCGTGTACAAC------ATGTACAACATG---GCCGTTTCCGTGCTGTTATTT-----TG--GGT----GT--GA-ATG------------------A-AAACAAAG----------TGCG--TA----A--CA-AT-TACA--CTTTA-CCTCTCATGTACAT-t
gi|15 : gttaaatgtttatAGAAATTG-CCATCACTTCCGGCTTTGACCGCCAATTAGATCTTTGAGCGTTCATTTTT--C--AA-T-----GTTGTATCAACAATGCAT----GA-----C-------TACTCCG-G-T-----T-----ATTATG-GGAAT-A--AATGAACGTA---AAA------ATGTAaacggca
gi|6 : tgccaacgttaagagtacattgcgtcatctgATTGGCGATCACTTCCAGCTTTGACCAACAATC---TCTTTC---ATTG---TTCTAT--AAAT-----GTTGTATCAACAATGCAT----GGGCAGTC-------T-------GGT-----T-----ATTATTAGGAATAG--A-TGAGTG-----AAA------ATGAACA---AG---GC--------------TGTTT-----CT--GG--------------G------T--ATA------A-AA---TAGCATTAT-----GTG--CA----A---A-AT-TGGAAGTTTTTGCCTCTCAATTGCAT---A-ATT-A-TAAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATtgaaaaatccggaacgatgcttagtttgaagtgtgaaaaatataaaat
gi|23 : acagtaaacgctttattgagaggccTGACCACCAGCTAGTTCCTTCTGCATT---GTTTTCT--AA-G-----GTTATATCAACAtcttcagcattttgaatattatgaatgaaagtgttgacaatagatttgtgttcagaaattgccaatgtgttagttctgtacttccgatc
gi|5 : atgtcagcattaccggtatatggttctatctgcgaaattgTTTTTAT--A--T-----GTTATATCAATAAAGTAT----G------CA------TA------G-T-----TTGAGTATTACT-GGGAATG--AATGAACATG---AAA------ATGTATAACACT---ACCATTTCTGAAATATTGTTTAAAATTT----TCT----TAGACATG------C--GAA------A-A---------------T-CCCG---A----A--TA-AT-TACA--ATATG-CCTCTCATTTATGT---A-ACT-G-CCAACTGTCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGACCATG-GGAT-ACTGGAGAGAAAAA-AGG--AATAATATTT-TT-----GCA-TTATGA--T--T----CAAAGTATTGACAATG-GA-TATTAAAGCATAGATCTGAA----------A-TTGCCA-AATG---CCACTTAGTTCTGTACTTCTAAGCATCTTGATtaatgcctgtatttccggttat
gi|8 : tTCTTCGTTGAA-T-----ATTATATCAACGGTGCAT----G------CATGATCCT-------G-T-----A-----ATTACT-GGGAATA--AATGAGCGAG---AAA------ATGTATAA-AAT---GCCTT------------ATGT-----TA--AGTCTTAGTTAGATGTG------T--AGA------A-----------TTAGTGT--GTGATTA----A--TA-AT-TGCA--ATTTG-CTTCTGATTTATAT-AAA-ATTGG-TAAATGGCCTTTAAAA---T-AATGGACGAAATCGGATTATT-GTAA-ACGTGAGAGTAA
gi|7 : atgtcataatgctcacgcattagcagtatttgggccatagtcaaaattgtgcttttatgtcgctccacggATGAATAATGTATCAATG------C-------TTAGTCTGG-T-----T-----AGTATTTGGGATAA--A-TGACCGTG---AAA------ACGTATAGCACG---GTCCTTT------------TT-----TTAAGATTTGAGTAGGACGTG------T--GAA------T-AAA---AA-------AT-T-TG--CA----A--CA-ATGTGCA--TTT-------------ATAT-TA----TTG-TTAAAGACTTTCAAGA---T-AATGAATGAA
gi|10 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaATGCAT----G------C-------TTG-----G-T-----T-------TACT-GATAGGAG-AATTA---C------A------ATGTATAACAAT---GCGGTTGGTGCAACGTTATTT-----AA--GGTAGCAGTTA--CATG------T--AGACGTTTGA-AAAAAAAAGATTGTTAT--GCG--CA----C--TA-AT-AACA--ATTTA-CCTGTAATGTACAT-----GCTTT-CGAATGACCTTTGGAA---T-----AATGAAAT-AAATC----GCAT--C---GCAGGCAAA-CAG--AAT-AGCATT-TTCGCCAGCATTTATGAAAT--TA--CCAAAACATTAACACTG-AA-ccgaagtaatgacaatgaatttgctttctgaaaatgcctatgaattaatagttcattgctcttctgagcttttgag
gi|17 : TAA--AATGAGCATG---AAA------AGGTATAAGAAT---GCCGTTTATGAAACGTTGTTT-----TA--GGTCTTGGTTAGATGTG------T--GGA------A-AAAG----------TATATGCG--CA----A--AA-AG-TACA--ATGTG-CTTCTCGTTTAC-T-TAACATTGA-TGTCTGACCTTTGGAA---T-ACCGTATTAAAT
gi|11 : gtaagcatgaacggctttgatcgcTTTCTGAAATGTTATTT-----TA--GATTTGTGCTGGACATGATGATGT--GAA------AGAAAAACGACATTATGA-----G--CA----G-----AT--ACA--ATTTA-CTTCTCATTTGCA---AA-ATT-G-TAAATGACTTTTGAAA---T-AATGAATGAAATC------TG----C-ACATGGGAGGAAAA-AGG--AAT-AGCATTGTTGGC-AGC---TAT----G--AA--CTAAAGTATTGTCAATG-GA-TTTATGCTC-------TGAA----------A-TTGCCA-GTTA---GCAG----TTCTGTACTTCTGAGatgatta
gi|14 : gctgTA------T--AAA------A-AAA---AACGT-ATC-C-TGTG--CACTGAA--TA-AT-CAAA--ATGTG-CCTCTTACTTACAT-----ATCTG-TGA----CATTTGAAAGAATGAATGAATGAAATCGAATCGCG-ATTT-ATTGGGGAGGAAAA-CGG--AAT-AGCATT-TTCGCCAGC----------------------GTATTGACAATG-CACT---------------TACC----------G-ATGC---ATTA---ATCC----TTCTATGCTTCAGAGCACTtattt
gi|9 : tattttatactgttaatgccagA------A-AAACA-AACATTAC-----ACG--CA----T--TA-AT-TATG--ATTTG-CCTCTCATTTAGAT-AAA-ATTTA-TAAAAGACCTTTGATA---T-AATGAATGAAATCAGATTGTG-GTAT-ACAGGGGAGGAAAA-CGG--AAT-AGAATT-TTAACTGGCA-TAAT----G--AA--CTGAAATATTAGAAATG-GATT---------------TGTC----------A-ATGC---ATTA---ATAA----TTCTGTCCTTCTTAGTACTTTGAT
gi|13 : ctgagaaaaaaaacaccaaaaacaaacattattgtttctgaatattttccaaatcaatgtcactatatctgttaatg------A-AAATGAAGCATTAT-----ACG--AA----A--CA-CT-TATA--ATCTG-CCTCTAATTTACAT-AAT-AATTG-TGAATGACCGTTGAAA---T-AATGAATGAAACCAAAGC---------CCGGGGAAAGATGG-GGG--AAT-AGCATT-TTCACCAGCA-TTAT----G--AA--CCGAAGCA--GACGATGTCA-T---------------TGCC----------A-GTGC---ATTA---ACGG----TTCTGTGCTCATGAGCACTTTGGTT-TT
gi|22 : tttcaaaaaaagcaggtctttgttaggtcaacgagcgTA--CA----A--TACAT-GATA--TGTTT-TGCAGCATTTACTT-AAA-ATTTA-TGAACGAACTTTGAAA---T-AATGAATGAAATAGGATCGTG-ATAT-ACGGAGGAGGACAA-CGG--AAT-AGCATT-TTCTTAAGTA-TTAa
gi|16 : t-AC-TACA--ATTTG-CCTCTTATTTACATATCA-ATT-G-TGAACGACCTTTGGAA---T-AATGAATGAAATCAGATTGCG-GGAT-ACCGGTGTGGAAAA-T-----------ATT-TTCA--AGTA-T--T----T--TGAACCGAAATATTTACAATA-AA-T---------------TTGC----------GTTTGC---ATTA---ACAG----TTCTGTAC
gi|18 : caagaaaaagacagtCTCTAATTTACAT-GAA-GTTTT-GGAATGGTCTTGGAAA---A-CATGAATGAAATGAAATTGCGAAGATCATGGGGGAAGAAAATTGAAGAGC-AT-ATT-CTCAAGA-----TAT----G--AA--CCGAAGTATTGGCGATG-GA-TTTA------------TGTCTGAAGTGAAAA-ATGC---AATA---ACAG----TTCTGTGTTTCTGAGCACattgatttatgcatgactctaagtagaaa
gi|21 : ATT-TTCACCAACA-TT------T--TGGACCAAATAATGGACAAGG-GA-T-----------------------------A-ATGC---ATTA---AAAG----ATCTGTGCTAATGAGCACTTTAATT-aattt
gi|4 : tagcGAAATATTGACAAAG-GATT---------------TGCC----------A-ATGC---ATCA---ACAA----TTCTGatctacatttagcaacagtcaatattttaaatcattcataatgataatttt
gi|25 : ttactgttaatgccaacagtatatggttctttggcataattgggcatttcctgctttgatcatcacctacatttttcagcttttatttttgaatgttatatcaacaatgcatgctagtccagttattattgggggaaaaaagagagtcataaaggccattcctgatatgttaagttagttcttagctcaatgtgtgaaaaaagaaacaaaccaatacgcgctctaattacagtttgcctctcattaactttatatgatgattgacctttggaataatgattgaaattattatcaattaggagggataAGTATTGAAAATG-TA-T---------------TTTC----------CCTTGC---ATTT---ACAG----TTCTGCACATCTGAGCACTTTGATT-TT
gi|20 : ccatcattatgaagcgcA-T---------------TGAT----------A-ATGT---ATTT---A-ATG---TTCTGTGCTAATGAGCACTTTGATT-TTaca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTTGATTAATATTGTGTCAAAAATGCATACATAGTTTTGATTTAATTGGATATATACTAACATGAAAACGTAAAACAAGGCCGTTTCT
Unaligned ( gi|26 ): GGGGGGGAAGAAAAATCATTTTCGACAGCATAATGAACCAAATATTAACAATATATTTGCGTTCAGAAATTGCCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGTAAAAATTACTTAAGAGAAACATTAT
Alignments
lowQualScore : 222222 11 2222222 66666666666666666666666666666666666 1111111111111 666666666666666666666666 22222222 1111111 1111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111
lowQualScore : 5 66 2 99 66 1 1 999999 0 888 2 7 4 55 8888888 3 44 2 55555555555555555555555555555555555 44 55 33 3 555 2 0 1 1 1 0 0 0 33 3333333333333 0 777777 222222222222222222222222 555 2 444 1 2 333 4 33333333 2 444 2 5555555 0 7 0000 2 77777 0 4444 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33 2 555555 2 2 33 33 1 5
lowQualScore : . .. . .. .. . . ...... . ... . . . .. ....... . .. . ................................... .. .. .. . ... . . . . . . . . .. ............. . ...... ........................ ... . ... . . ... . ........ . ... . ....... . . .... . ..... . .... .............................................................. .. . ...... . . .. .. . .
lowQualScore : 0 44 0 44 11 9 0 222222 7 999 1 3 0 00 0000000 1 22 9 77777777777777777777777777777777777 22 00 99 0 000 8 2 2 5 9 3 7 6 55 6666666666666 6 777777 333333333333333333333333 888 9 444 0 2 999 4 44444444 4 111 4 5555555 6 2 0000 4 66666 4 7777 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 5 000000 5 5 44 44 9 7
consensus : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGC-GTTCT-TTTTTG-----CAA-TGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGGAATA--AATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATG----AACCGAAGTATTGACAA----TG-G--------------A-T---------------T--------------GNC----------A-AT-GC------AT-T-AAC--AGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
Reference ( family-940 ) : TGTTAATGC-CA-GCATCGACAGTATAT--GGTGCCATCGGNGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGC-GTTCC-TTTTTG-----CAA-TGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGGANNA--AATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGATCGCG-GNAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATG----NACCGAAGTATTGACAA----TG-G--------------A-T---------------T--------------GNC----------A-NT-GC------AT-T-AAC--AGTTC--TGTGCTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
gi|1 : TGTTAATGC-AA-GTATTTACAGCATACCAGGTGCCATGGTAGAAATTG-TGAGCATTTCAATCTTTAACCACCAACTAGATCCTTCTGC-ATTCCCTTTTTG-----TAA-TGCTATATCAAC--AATGTAT-G------C------T------G-T-----T------ATC--ATTGGTATAA--AATTAGTGCG---AAAATGTACAGTAAGGCCTTTTCAGAAACATTATTTTTGGTCTAAGTTA------G----ACATG------TAAAAAA---AC--ACAACA--TTATTAT-TGTGC--AATAATTACAT---TTTTTCTCTCA-TTTAC---ATTA--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AACGAATGAAATCAAATCATG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAATGAAATATAATTTTCACGAGCA-TTATT----TGCTGAAGTCTTGACAA----TG-G--------------A-T---------------T--------------GGC----------A-TT-GC------AT-T-AAC--ATTTC--TGTACTTCTGAGCGCTTTGATT-TTG
gi|10 : ATGCAT-G------C--T---T------G-G-----T-------TT--ACTGATAG-------GAGAATT---ACAATGTATAACAATGCGGTTGGTGCAACGTTATTTAAGGTAGCAGTTACATGTAG----ACGTT------TGAAAAA---A---A-AAGA--TTGTTAT--GCGC--ACTAATAACAA---TTTACCTGTAA-TGTAC---AT-G-------CTTT-CGAATGACCTTTGGAA---T-AATGAAATAAATCGCATCGC--------------AGGCAAACAGAATAGCATTTTCGCCAGCATTTATGAAATTACCAAAACATTAACAC----TG-A--------------A-
gi|11 : GCTGTTTCTGAAATGTTATTTTAGATTTGTGCTG------G----ACATGATGATGTGAAAGA---A---A-AACG--ACATTAT--GAGC--AG--AT-ACAA---TTTACTTCTCA-TTTGC---A--A--A-A--TT-G-TAAATGACTTTTGAAA---T-AATGAATGAAATC----TGC-------ACATGGGAGGAAAAAGGAATAGCATTGTTGGCAGC---TATG----AACTAAAGTATTGTCAA----TG-G--------------A-TTTATGCTC-------T--------------GAA----------A-TT-GCCA----GT-T-AGC--AGTTC--TGTACTTCTGAGTATTT
gi|12 : GTTTAT--GGTACCATCGGAGAAATTG-CGAGCACTTCCGGTTTTGATCACAAACTAAATCCTTCCGC-GTTCT-CTTTTG------AA-TATTGTATTAAC--AATGCAT-G------C--A---TACTCAAG-T-----G------ATT--ATTGGGAATA--CATGAGCGTGTACAACATGTACAACATGGCCGTTTCCGTGCTGTTATTTTGGGT----GT--------G----A---A------TGAAAAC---A---A-AG------------TGCGT--AACAATTACAC---TTTACCTCTCA-TGTAC---AT-A--A-
gi|13 : gttaaatAGGTCTTTGTTA------GGTCAACGAG------CGAAAAT---G---A-AGCA--TTAT-----ACGA--AACACTTATAA---TCTGCCTCTAA-TTTAC---AT-A--ATA--ATTG-TGAATGACCGTTGAAA---T-AATGAATGAAACCAAAGC-C--------CGGGGAAAGATGGGGGAATAGCATTTTCACCAGCA-TTATG----AACCGAAGCA--GACGA----TGTC--------------A-T---------------T--------------GCC----------A-GT-GC------AT-T-AAC--GGTTC--TGTGCTCATGAGCACTTTGGTT-TTcggca
gi|14 : tttcaaaaaaagcAAAAA---A---A-AACG--T-ATCCTGTGCACTGAATAATCAAAA---TGTGCCTCTTA-CTTAC---AT-A-------TCTG-TGA----CATTTGAAAGAATGAATGAATGAAATCGAATCGCG-ATTT-ATTGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGC------------------GTATTGACAA----TG-C--------------ACT---------------T--------------ACC----------G-AT-GC------AT-T-AAT--CCTTC--TATGCTTCAGAGCACTa
gi|15 : tattttatactgttaatgccagtatTGC-CA-ACGTTAAGAGTACAT--TGCGTCATCTGAGAAATTG-CCATCACTTCCGGCTTTGACCGCCAATTAGATCTTTGAGC-GTTCA-TTTTT------CAA-TGTTGTATCAAC--AATGCAT-GACTACTC--C---G------G-T-----T------ATT--A-TGGGAATA--AATGAACGTA---AAAATGTATGAAAAA------TCCGGAACG--AT----G--CTTAGTTT------G----AAGTG------TGAAAAATATA---A-AA
gi|16 : ACTACAA---TTTGCCTCTTA-TTTAC---AT-ATCA-A--TT-G-TGAACGACCTTTGGAA---T-AATGAATGAAATCAGATTGCG-GGAT-ACCGGTGTGGAAAA--------TATTTTCA--AGTA-TTTTG----AACCGAAATATTTACAA----TA-A--------------A-T---------------T--------------TGC----------GTTT-GC------AT-T-AAC--AGTTC--TGTACt
gi|17 : caagaaaaagacagtA--AATGAGCATG---AAAAGGTATAAGAATGCCGTTTATGAAACGTTGTTTTAGGTCTTGGTTA------G----ATGTG------TGGAAAA---A---G-----------TATATGCGC--AAAAAGTACAA---TGTGCTTCTCG-TTTAC---TT-A--ACA--TTGA-TGTCTGACCTTTGGAA---T-ACCGTATTAAATattgatttatgcatgactctaagtagaaa
gi|18 : gtaagcatgaacggctttgatcgctaCTCTAA-TTTAC---AT-G--A-AGTTTTG--GAATGGTCTTGGAAA---A-CATGAATGAAATGAAATTGCGAAGATCATGGGGGAAGAAAATTGAAGAGCATATTCTCAAG-A--TATG----AACCGAAGTATTGGCGA----TG-G--------------A-TTTA------------T--------------GTCTGAAGTGAAAA-AT-GC------AA-T-AAC--AGTTC--TGTGTTTCTGAGCACatgatta
gi|19 : TAATGC-CA-GCATCAGCAGTGCAT--GGCGCCATAAGCGAAATAT-TAAGAACTTCCGGCTTTGGCTACCAACTAGATCCTTCTGCTGT--C-ATTATG-----CAG-CATTGTATCATG--AATGTAG-G------C--AT--T------G-TCCGAGT------ATT--ATTGTTAAGA--AATCAGCGTA---AAAaattt
gi|2 : TGTCAACGC-CA-GC-TTAATAATATAT--GGTAACATCGGCGAAACAG-TGA--ACTTCTGACATTGTCCGACAACTAGATCCTTCCGC-TTTAT-TTTATGAAATTCAG-TGCTATATCTAC--AATGCAT-G------C--A---TTGTTTTG-T-----T------GTC--ATTGGGAGAATAAATGAGTGTG---AAAATGTAAAACAAATATGTATTTGAAATGTTCTTTAAGGTCTTAGTTA------A----ACGTG------TTTAAAA---ACCCG-AA------ATTGT-T---C--AATAATTCC------TTAC-TCTAACTTT------T-A--A-A--ATTG-TGAATGACCTTTGATA---T-AACGAATGATATCAGATCGCC-GGTT-ACAGGGGAGGAAAATTG-ATAGCGTTT-----------------------GA---ATCGACAA----TG-G--------------A-T---------------T--------------TGC----------A-AT-GT------AT-T-GTT--AGTTC--GAAATTTTGGATCACTTTGATTATTGt
gi|20 : ATTTCTGCCAGCA-TTAGG----GATCAAAATATGGACAA----TG-G--------------A-T---------------TTGTGTTATGAAATTGAT----------A-AT-GT------AT-TTAAT---GTTC--TGTGCTAATGAGCACTTTGATT-TTaaaatatcagagaaatgttat
gi|21 : TAGCATTTTCACCAACA-TTTTG----GACCAAATAATGGACAA----GG-G--------------A-T-------------------------------------------A-AT-GC------AT-T-AAA--AGATC--TGTGCTAATGAGCACTTTAATT-aacttgattaccgacggaataaatattttaaacatatttttttaattttt
gi|22 : CA-TTTAC---TT-A--A-AA-TTTA-TGAACGAACTTTGAAA---T-AATGAATGAAATAGGATCGTG-ATAT-ACGGAGGAGGACAACGGAATAGCATTTTCTTAAGTA-TTAatctacatttagcaacagtcaatattttaaatcattcataatgataatttt
gi|23 : ttacaatacatgatatgttttgcagATGT-CA-GCATTACCGGTATAT--GGTTCTATCTGCGAAATTG-----------------TGACCACCAGCTAGTTCCTTCTGC-ATTGT-TTTCT-------AA-GGTTATATCAACATAATGCCT-G------T--A---TTTCCG-G-T-----T------AT
gi|24 : TTTGAT---TAA-TATTGTGTCAAA--AATGCAT-A------C--A---TA-----G-T-----TTTG---ATTTAATTGGATATA--TACTAACATG---AAAACGTAAAACAAGGCCGTTTCT
gi|25 : CCATCA-TTATG----AAGCGCAGTATTGAAAA----TG-T--------------A-T---------------T--------------TTC----------C-CTTGC------AT-T-TAC--AGTTC--TGCACATCTGAGCACTTTGATT-TT
gi|26 : GGGGGAAGAAAA----AT--CATTTTCGACAGCA-TAATG----AACC-AAATATTAACAA----TA-T--------------A-T---------------T--------------aca
gi|3 : ggTTAATGC-GA-CTATCGACAGTGTAT--GTTGTCATTGGCGAAATTG---------TC--------ACCGCCAAAAAGATCATTC----ATAC---TTTTA-----CGACTATTGTATCAAC--AATGTAA-G------C--G---TAGCCCTG-T-----A------AGT--ATTGGGAATA--CGCGAGAGTA---AACATGTTTAACAAGGCCGATACTGAAACGTTCCTGTAGGTCTTAGT--------------CGTC------TGAACAA---A---C-AA---------AT-GGCAA--AATCATTACTA---CTTTCCTCTTA-TTTAC---AT-A--A-----CTG-TGAATTTACTTTGCAA---T-AAAGAATGAAATCAGATCGTG-AAAT-ATGGTGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTAAGCAGCA-ATACG----AATGAAAGTAT--ACGAGTTCTG-AT-------------A-T---------------T--------------GCT----------A-AA-GT------AT-G-TAC--AGTTG--TGTATTTACGAGCACATTGATC-TTtgcgttcagaaattgccaat
gi|4 : TGTTAATGC-CA-------ACAGTATAT--GGTTCT-TTGGCATAATTG---GGCATTTCCTGCTTTGATCATCACCTACATTTTTCAGC-TTTTA-TTTTTG------AA-TGTTATATCAAC--AATGCAT-G------CTAG---TCCA---G-T-----T------ATT--ATTGGGGGAA--AA--AA---G---AGAGT-CATAA--AGGCCATTCCTGATATGTTAAGTTAGTTCTTAGCTC------A----ATGTG------TGAAAAA---AG--A-AACAAACCAATAC--GCGC--TCTAATTACAG---TTTGCCTCTCA-TTAACTTTAT-A---------TGATGATTGACCTTTGGAA---T-AATGATTGAAATTA
gi|4 : ttacGAAATATTGACAA----AG-G--------------A-T---------------TT-------------GCC----------A-AT-GC------AT-C-AAC--AATTC--TGttatcaattaggagggatagaaatattgacaaaggatttgccaatgcatcaacaattctg
gi|5 : ttactgttaatgccaacagtatatggttctttggcataattgggcatttcctgctttgatcatcacctacatttttcagcttttatttttgaatgttatatcaacaatgcatgctagtccagttattattgggggaaaaaagagagtcataaaggccattcctgatatgttaagttagttcttagctcaatgtgtgaaaaaagaaacaaaccaatacgcgctctaattacagtttgcctctcattaactttatatgatgattgacctttggaataatgattgaaattattatcaattaggagggata-TTTTTA-----TA--TGTTATATCAAT--AAAGTAT-G------C--A---TA-----G-T-----TTGAGT-ATT--ACTGGGAATG--AATGAACATG---AAAATGTATAACACTACCATTTCTGAAATATTGTTTAAAATTTTC-TTA------G----ACATG------CGAAAA----------------------T-CCCG---AATAATTACAA---TATGCCTCTCA-TTTAT---GT-A--A-----CTG-CCAACTGTCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGACCATG-GGAT-ACTGGAGAGAAAAAAGGAATAATATTTTT----GCA-TTATG----ATTCAAAGTATTGACAA----TG-G--------------A-TATTAAAGCATAGATCT--------------GAA----------A-TT-GCCAA---ATGC-CACTTAGTTC--TGTACTTCTAAGCATCTTGAT
gi|6 : tATTGGCGATCACTTCCAGCTTTGACCAACAATC---TCTTTCATT-GTTC----TATA------AA-TGTTGTATCAAC--AATGCAT-GGG----C--AGTCT------GGT-----T------ATT--ATTAGGAATA--GATGAG--TG---AAAATG---AACAAGGCTGT-------------TTCTGGGTAT--------------------------------AAA---A---T-AGCA--TTAT-----GTGC--AA-AATTGGAAGTTTTTGCCTCTCA-ATTGC---AT-A--A-----TTA-TAAATGACCTTTGAAA---T-AATGAAT
gi|6 : acagtaaacgctttattgagaggccAGCATTTT-G--AATA-TTATG----AATGAAAGTGTTGACAA----TA-GATTTGTGTTCAGAAA-T---------------T--------------GCC----------A-AT-GT------GT-T------AGTTC--TGTACTTCCGAtcttcagcattttgaatattatgaatgaaagtgttgacaatagatttgtgttcagaaattgccaatgtgttagttctgtacttccgatc
gi|7 : acagtaaacgctttattgagaggccattggcgatcacttccagctttgaccaacaatctctttcattgttctataaatgttgtatcaacaatgcatgggcagtctggttattattaggaatagatgagtgaaaatgaacaaggctgtttctgggtataaaatagcattatgtgcaaaattggaagtttttgcctctcaattgcataattataaatgacctttgaaataatgaattcttcAA-TAATGTATCAA-----TGCTTAG------T--C---T------GGT-----T------AGT--ATTTGGGATA--AATGACCGTG---AAAACGTATAGCACGGTCCTTTTT------TTA----AGATTTGAGTAG------G----ACGTG------TGAATAA---A---A-AAT---------T-TGCA----------ACAA---TGTGC-----A-TTTAT---AT-T--A-----TTG-TTAAAGACTTTCAAGA---T-AATGAATGAAtc
gi|7 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgATG----AACCGAAGTAATGACAA----TG-A--------------A-TTTGCTTTC-------T--------------GAA----------A-AT-GCCTATGAAT-T-AAT--AGTTCATTGCTCTTCTGAGC-TTTTGAccgaagtaatgacaatgaatttgctttctgaaaatgcctatgaattaatagttcattgctcttctgagcttttgag
gi|8 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgaataatgtatcaatgcttagtctggttagtatttgggataaatgaccgtgaaaacgtatagcacggtcctttttttaagatttgagtaggacgtgtgaataaaaaatttgcaacaatgtgcatttatattattgttaaagactttcaagataatgaTAATGCTCACGCATTAGCAGTATTT--GG-GCCATAGTCAAAATTG-TG-----------CTTT----------TATGTCGCTCCAC-GGTCT-TCGTTG------AA-TATTATATCAAC--GGTGCAT-G------C--A---T------G-A-----TCCTGTAATT--ACTGGGAATA--AATGAGCGAG---AAAATGTATAA-AATGCC------------TTATGTTAAGTCTTAGTTA------G----ATGTG------TAGA---------------A--TTAGTGTGTGATT--AATAATTGCAA---TTTGCTTCTGA-TTTAT---ATAA--A-A--TTGG-TAAATGGCCTTTAAAA---T-AATGGACGAAATCGGATTATT-GTAA-ACGTGAGAGTAAg
gi|9 : atgtca------TGAAAAA---C---A-AACA--TTAC-----ACGC--ATTAATTATGA---TTTGCCTCTCA-TTTAG---AT-A--A-AA-TTTA-TAAAAGACCTTTGATA---T-AATGAATGAAATCAGATTGTG-GTAT-ACAGGGGAGGAAAACGGAATAGAATTTTAACTGGCA-TAATG----AACTGAAATATTAGAAA----TG-G--------------ATT---------------T--------------GTC----------A-AT-GC------AT-T-AAT--AATTC--TGTCCTTCTTAGTACTTTGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGTAAAAATTACTTAAGAGAAACATTAT
Alignments
lowQualScore : 222222 2222222 66666666666666666666666666666666666 1111111111111 666666666666666666666666 22222222 1111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 5 66 2 66 1 999999 0 888 2 7 2 55 0 9999999 44 2 55555555555555555555555555555555555 44 44444 1 555 2 0 1 1 1 0 0 0 33 3333333333333 0 777777 333333333333333333333333 555 2 444 1 2 333 4 33333333 2 444 2 3 6666666 0 7 0000 2 5555 3 4444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 2 000000 33 33 5
lowQualScore : . .. . .. . ...... . ... . . . .. . ....... .. . ................................... .. ..... . ... . . . . . . . . .. ............. . ...... ........................ ... . ... . . ... . ........ . ... . . ....... . . .... . .... . .... .............................................................. . . . ...... .. .. .
lowQualScore : 0 44 0 11 9 222222 7 999 1 3 3 22 8 5555555 22 9 77777777777777777777777777777777777 22 55555 2 000 8 2 2 5 9 3 7 6 55 6666666666666 6 777777 999999999999999999999999 888 9 444 0 2 999 4 44444444 4 111 4 7 0000000 6 2 0000 4 0000 2 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 5 666666 88 44 7
consensus : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-----CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
Reference ( family-940 ) : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-----CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
gi|1 : TGTTAATGC-AA-GTATTTACAGCATACCAGGTGCCATGGTAGAAATTG-TGAGCATTTCAATCTTTAACCACCAACTAGATCCTTCTGCATTCCCTTTTTG-----TAATGCTATATCAAC--AATGTAT-G------C------T------G-T-----T------ATC--ATTGGT--A--TAAAATTAGTGCG---AAAATGTACAGTAAGGCCTTTTCAGAAACATTATTTTTGGTCTAAGTTA------G----ACATG------TAAAAAA---AC--ACAACA--TTATTAT-TGTGC--AATAATTACAT---TTTTTCTCTCA-TTTAC---ATTA--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AACGAATGAAATCAAATCATG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAATGAAATATAATTTTCACGAGCA-TTATTT----GCTGAAGTCTTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GGC----------A-TT-G-C------ATT-AACATTTC--TGTACTTCTGAGCGCTTTGATT-TTG
gi|10 : ATGCAT-G------C--T---T------G-G-----T-------TT--ACTG-------ATAG--GAGAATT---ACAATGTATAACAATGCGGTTGGTGCAACGTTATTTAAGGTAGCAGTTACATGTAG----ACGTT------TGAAAAA---A---A-AAGA--TTGTTAT--GCGC--ACTAATAACAA---TTTACCTGTAA-TGTAC---AT-G-------CTTT-CGAATGACCTTTGGAA---T-AATGAAATAAATCGCATCGC--------------AGGCAAACAGAATAGCATTTTCGCCAGCATTTATGAAATTACCAAAACATTAACAC----TG-A---------------------A-
gi|11 : GCTGTTTCTGAAATGTTATTTTAGATTTGTGCTG------G----ACATGATGATGTGAAAGA---A---A-AACG--ACATTAT--GAGC--AG--AT-ACAA---TTTACTTCTCA-TTTGC---A--A--A-A--TT-G-TAAATGACTTTTGAAA---T-AATGAATGAAATC----TGC-------ACATGGGAGGAAAAAGGAATAGCATTGTTGGCAGC---TATGA----ACTAAAGTATTGTCAA----TG-G---------------------A-TTTATGCTCT--------------GAA----------A-TT-G-CCA----GTT-AGCAGTTC--TGTACTTCTGAGTATTT
gi|12 : TTAAATGTTTAT--GGTACCATCGGAGAAATTG-CGAGCACTTCCGGTTTTGATCACAAACTAAATCCTTCCGCGTTCT-CTTTTG------AATATTGTATTAAC--AATGCAT-G------C--A---TACTCAAG-T-----G------ATT--ATTGGG--A--ATACATGAGCGTGTACAACATGTACAACATGGCCGTTTCCGTGCTGTTATTTTGGGT----GT--------G----A---A------TGAAAAC---A---A-AG------------TGCGT--AACAATTACAC---TTTACCTCTCA-TGTAC---AT-A--A-
gi|13 : gAGGTCTTTGTTA------GGTCAACGAG------CGAAAAT---G---A-AGCA--TTAT-----ACGA--AACACTTATAA---TCTGCCTCTAA-TTTAC---AT-A--ATA--ATTG-TGAATGACCGTTGAAA---T-AATGAATGAAACCAAAGC-C--------CGGGGAAAGATGGGGGAATAGCATTTTCACCAGCA-TTATGA----ACCGAAGCA--GACGA----TGTC---------------------A-T--------T--------------GCC----------A-GT-G-C------ATT-AACGGTTC--TGTGCTCATGAGCACTTTGGTT-TTcggca
gi|14 : tttcaaaaaaagcAAAAA---A---A-AACG--T-ATCCTGTGCACTGAATAATCAAAA---TGTGCCTCTTA-CTTAC---AT-A-------TCTG-TGA----CATTTGAAAGAATGAATGAATGAAATCGAATCGCG-ATTT-ATTGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGC------------------GTATTGACAA----TG-C---------------------ACT--------T--------------ACC----------G-AT-G-C------ATT-AATCCTTC--TATGCTTCAGAGCACTa
gi|15 : tattttatactgttaatgccagtatTGC-CA-ACGTTAAGAGTACAT--TGCGTCATCTGAGAAATTG-CCATCACTTCCGGCTTTGACCGCCAATTAGATCTTTGAGCGTTCA-TTTTT------CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-GACTACTC--C---G------G-T-----T------ATT--A-TGGG--A--ATAAATGAACGTA---AAAATGTATGAAAAA------TCCGGAACG--AT----G--CTTAGTTT------G----AAGTG------TGAAAAATATA---A-AA
gi|16 : ACTACAA---TTTGCCTCTTA-TTTAC---AT-ATCA-A--TT-G-TGAACGACCTTTGGAA---T-AATGAATGAAATCAGATTGCG-GGAT-ACCGGTGTGGAAAA--------TATTTTCA--AGTA-TTTTGA----ACCGAAATATTTACAA----TA-A---------------------A-T--------T--------------TGC----------GTTT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACt
gi|17 : caagaaaaagacagtAAATGAGCATG---AAAAGGTATAAGAATGCCGTTTATGAAACGTTGTTTTAGGTCTTGGTTA------G----ATGTG------TGGAAAA---A---G-----------TATATGCGC--AAAAAGTACAA---TGTGCTTCTCG-TTTAC---TT-A--ACA--TTGA-TGTCTGACCTTTGGAA---T-ACCGTATTAAATattgatttatgcatgactctaagtagaaa
gi|18 : gtaagcatgaacggctttgatcgctaCTCTAA-TTTAC---AT-G--A-AGTTTTG--GAATGGTCTTGGAAA---A-CATGAATGAAATGAAATTGCGAAGATCATGGGGGAAGAAAATTGAAGAGCATATTCTCAAG-A--TATGA----ACCGAAGTATTGGCGA----TG-G---------------------A-TTTA-----T--------------GTCTGAAGTGAAAA-AT-G-C------AAT-AACAGTTC--TGTGTTTCTGAGCACatgatta
gi|19 : TAATGC-CA-GCATCAGCAGTGCAT--GGCGCCATAAGCGAAATAT-TAAGAACTTCCGGCTTTGGCTACCAACTAGATCCTTCTGCTGTC--ATTATG-----CAGCATTGTATCATG--AATGTAG-G------C--AT--T------G-TCCGAGT------ATT--ATTGTT--A--AGAAATCAGCGTA---AAAaattt
gi|2 : TGTCAACGC-CA-GC-TTAATAATATAT--GGTAACATCGGCGAAACAG-TGA--ACTTCTGACATTGTCCGACAACTAGATCCTTCCGCTTTAT-TTTATGAAATTCAGTGCTATATCTAC--AATGCAT-G------C--A---TTGTTTTG-T-----T------GTC--ATTGGG--AGAATAAATGAGTGTG---AAAATGTAAAACAAATATGTATTTGAAATGTTCTTTAAGGTCTTAGTTA------A----ACGTG------TTTAAAA---ACCCG-AA-A--TTGTT-------C--AATAATTCC------TTA-CTCTAACTTT------T-A--A-A--ATTG-TGAATGACCTTTGATA---T-AACGAATGATATCAGATCGCC-GGTT-ACAGGGGAGGAAAATTG-ATAGCGTT--------------TGA----ATC--------GACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------TGC----------A-AT-G-T------ATT-GTTAGTTC--GAAATTTTGGATCACTTTGATTATTGt
gi|20 : ATTTCTGCCAGCA-TTAGGG----ATCAAAATATGGACAA----TG-G---------------------A-T--------TTGTGTTATGAAATTGAT----------A-AT-G-T------ATTTAAT-GTTC--TGTGCTAATGAGCACTTTGATT-TTaaaatatcagagaaatgttat
gi|21 : TAGCATTTTCACCAACA-TTTTGG----ACCAAATAATGGACAA----GG-G---------------------A-T------------------------------------A-AT-G-C------ATT-AAAAGATC--TGTGCTAATGAGCACTTTAATT-aacttgattaccgacggaataaatattttaaacatatttttttaattttt
gi|22 : CA-TTTAC---TT-A--A-AA-TTTA-TGAACGAACTTTGAAA---T-AATGAATGAAATAGGATCGTG-ATAT-ACGGAGGAGGACAACGGAATAGCATTTTCTTAAGTA-TTAatctacatttagcaacagtcaatattttaaatcattcataatgataatttt
gi|23 : ttacaatacatgatatgttttgcagATGT-CA-GCATTACCGGTATAT--GGTTCTATCTGCGAAATTG-----------------TGACCACCAGCTAGTTCCTTCTGCATTGT-TTTCT-------AAGGTTATATCAACATAATGCCT-G------T--A---TTTCCG-G-T-----T------AT
gi|24 : TTTGAT---TAATATTGTGTCAAA--AATGCAT-A------C--A---TA-----G-T-----TTTG---ATTTAATTGGA--T--ATATACTAACATG---AAAACGTAAAACAAGGCCGTTTCT
gi|25 : CCATCA-TTATGA----AGCGCAGTATTGAAAA----TG-T---------------------A-T--------T--------------TTC----------C-CTTG-C------ATT-TACAGTTC--TGCACATCTGAGCACTTTGATT-TT
gi|26 : GGGGGAAGAAAA----AT--CATTTTCGACAGCA-TAATGA----ACC-AAATATTAACAA----TA-T---------------------A-T--------T--------------aca
gi|3 : ggTTAATGC-GA-CTATCGACAGTGTAT--GTTGTCATTGGCGAAATTG---------TC--------ACCGCCAAAAAGATCATTC---ATACT-TTTACG------ACTATTGTATCAAC--AATGTAA-G------C--G---TAGCCCTG-T-----A------AGT--ATTGGG--A--ATACGCGAGAGTA---AACATGTTTAACAAGGCCGATACTGAAACGTTCCTGTAGGTCTTAGT--------------CGTC------TGAACAA---A---C-AA---------AT-GGCAA--AATCATTACTA---CTTTCCTCTTA-TTTAC---AT-A--A-----CTG-TGAATTTACTTTGCAA---T-AAAGAATGAAATCAGATCGTG-AAAT-ATGGTGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTAAGCAGCA-ATACGA----ATGAAAGTAT--ACGAGTTCTG-AT--------------------A-T--------T--------------GCT----------A-AA-G-T------ATG-TACAGTTG--TGTATTTACGAGCACATTGATC-TTtgcgttcagaaattgccaat
gi|4 : TGTTAATGC-CA-------ACAGTATAT--GGTTCT-TTGGCATAATTG---GGCATTTCCTGCTTTGATCATCACCTACATTTTTCAGCTTTTA-TTTTTG------AATGTTATATCAAC--AATGCAT-G------CTAG---TCCA---G-T-----T------ATT--ATTGGGGGA--AAAAA-GAGAGT----------CATAA--AGGCCATTCCTGATATGTTAAGTTAGTTCTTAGCTC------A----ATGTG------TGAAAAA---AG--A-AACAAACCAATAC--GCGC--TCTAATTACAG---TTTGCCTCTCA-TTAACTTTAT-A---------TGATGATTGACCTTTGGAA---T-AATGATTGAAAT
gi|4 : ttacGAAATATTGACAA----AG-G---------------------A-T--------TT-------------GCC----------A-AT-G-C------ATC-AACAATTC--TGtattatcaattaggagggatagaaatattgacaaaggatttgccaatgcatcaacaattctg
gi|5 : ttactgttaatgccaacagtatatggttctttggcataattgggcatttcctgctttgatcatcacctacatttttcagcttttatttttgaatgttatatcaacaatgcatgctagtccagttattattgggggaaaaaagagagtcataaaggccattcctgatatgttaagttagttcttagctcaatgtgtgaaaaaagaaacaaaccaatacgcgctctaattacagtttgcctctcattaactttatatgatgattgacctttggaataatgattgaaattattatcaattaggagggataT-TTTTTA-----TA-TGTTATATCAAT--AAAGTAT-G------C--A---TA-----G-T-----TTGAGT-ATT--ACTGGG--A--ATGAATGAACATG---AAAATGTATAACACTACCATTTCTGAAATATTGTTTAAAATTTTC-TTA------G----ACATG------CGAAAA----------------------T-CCCG---AATAATTACAA---TATGCCTCTCA-TTTAT---GT-A--A-----CTG-CCAACTGTCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGACCATG-GGAT-ACTGGAGAGAAAAAAGGAATAATATTTTT----GCA-TTATGA----TTCAAAGTATTGACAA----TG-GATATTAAAGCATAGATCTGAAA-T--------T--------------GCCA---------A-AT-GCC------ACT---TAGTTC--TGTACTTCTAAGCATCTTGAT
gi|6 : ATTGGCGATCACTTCCAGCTTTGACCAACAATC---TCTTTCATTGTTCT-AT---------AAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-GGG----C--AGTCT------GGT-----T------ATT--ATTAGG--A--ATAGATGAG--TG---AAAATG---AACAAGGCTGT-------------TTCTGGGTAT--------------------------------AAA---A---T-AGCA--TTAT-----GTGC--AA-AATTGGAAGTTTTTGCCTCTCA-ATTGC---AT-A--A-----TTA-TAAATGACCTTTGAAA---T-AATGAAT
gi|6 : acagtaaacgctttattgagaggccAGCATTTT-G--AATA-TTATGA----ATGAAAGTGTTGACAA----TA-GATTTGTGTTCAGAA-------A-T--------T--------------GCC----------A-AT-G-T------GTT----AGTTC--TGTACTTCCGAtcttcagcattttgaatattatgaatgaaagtgttgacaatagatttgtgttcagaaattgccaatgtgttagttctgtacttccgatc
gi|7 : acagtaaacgctttattgagaggccattggcgatcacttccagctttgaccaacaatctctttcattgttctataaatgttgtatcaacaatgcatgggcagtctggttattattaggaatagatgagtgaaaatgaacaaggctgtttctgggtataaaatagcattatgtgcaaaattggaagtttttgcctctcaattgcataattataaatgacctttgaaataatgaattcttcAATAATGTATCAA-----TGCTTAG------T--C---T------GGT-----T------AGT--ATTTGG--G--ATAAATGACCGTG---AAAACGTATAGCACGGTCCTTTTT------TTA----AGATTTGAGTAG------G----ACGTG------TGAATAA---A---A-AAT---------T-TGCA----------ACAA---TGTGC-----A-TTTAT---AT-T--A-----TTG-TTAAAGACTTTCAAGA---T-AATGAATGAAtc
gi|7 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgATGA----ACCGAAGTAATGACAA----TG-A---------------------A-TTTGCTTTCT--------------GAA----------A-AT-G-CCTATGAATT-AATAGTTCATTGCTCTTCTGAGC-TTTTGAccgaagtaatgacaatgaatttgctttctgaaaatgcctatgaattaatagttcattgctcttctgagcttttgag
gi|8 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgaataatgtatcaatgcttagtctggttagtatttgggataaatgaccgtgaaaacgtatagcacggtcctttttttaagatttgagtaggacgtgtgaataaaaaatttgcaacaatgtgcatttatattattgttaaagactttcaagataatgaTAATGCTCACGCATTAGCAGTATTT--GG-GCCATAGTCAAAATTG-TG-----------CTTT----------TATGTCGCTCCACGGTCT-TCGTTG------AATATTATATCAAC--GGTGCAT-G------C--A---T------G-A-----TCCTGTAATT--ACTGGG--A--ATAAATGAGCGAG---AAAATGTATAA-AATGCC------------TTATGTTAAGTCTTAGTTA------G----ATGTG------TAGA---------------A--TTAGTGTGTGATT--AATAATTGCAA---TTTGCTTCTGA-TTTAT---ATAA--A-A--TTGG-TAAATGGCCTTTAAAA---T-AATGGACGAAATCGGATTATT-GTAA-ACGTGAGAGTAAg
gi|9 : atgtca------TGAAAAA---C---A-AACA--TTAC-----ACGC--ATTAATTATGA---TTTGCCTCTCA-TTTAG---AT-A--A-AA-TTTA-TAAAAGACCTTTGATA---T-AATGAATGAAATCAGATTGTG-GTAT-ACAGGGGAGGAAAACGGAATAGAATTTTAACTGGCA-TAATGA----ACTGAAATATTAGAAA----TG-G---------------------ATT--------T--------------GTC----------A-AT-G-C------ATT-AATAATTC--TGTCCTTCTTAGTACTTTGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGTAAAAATTACTTAAGAGAAACATTAT
Alignments
lowQualScore : 222222 2222222 66666666666666666666666666666666666 1111111111111 666666666666666666666666 22222222 1111111 1111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 5 66 2 66 1 999999 0 888 2 7 2 55 0 9999999 44 2 55555555555555555555555555555555555 44 44444 1 555 2 0 1 1 1 0 0 0 33 3333333333333 0 777777 333333333333333333333333 555 2 444 1 2 333 4 33333333 2 444 2 3 6666666 0 7 0000 2 5555 3 4444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 2 000000 33 33 5
lowQualScore : . .. . .. . ...... . ... . . . .. . ....... .. . ................................... .. ..... . ... . . . . . . . . .. ............. . ...... ........................ ... . ... . . ... . ........ . ... . . ....... . . .... . .... . .... .............................................................. . . . ...... .. .. .
lowQualScore : 0 44 0 11 9 222222 7 999 1 3 3 22 8 5555555 22 9 77777777777777777777777777777777777 22 55555 2 000 8 2 2 5 9 3 7 6 55 6666666666666 6 777777 999999999999999999999999 888 9 444 0 2 999 4 44444444 4 111 4 7 0000000 6 2 0000 4 0000 2 7777 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 5 5 666666 88 44 7
consensus : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-----CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
Reference ( family-940 ) : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-----CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
gi|1 : TGTTAATGC-AA-GTATTTACAGCATACCAGGTGCCATGGTAGAAATTG-TGAGCATTTCAATCTTTAACCACCAACTAGATCCTTCTGCATTCCCTTTTTG-----TAATGCTATATCAAC--AATGTAT-G------C------T------G-T-----T------ATC--ATTGGT--A--TAAAATTAGTGCG---AAAATGTACAGTAAGGCCTTTTCAGAAACATTATTTTTGGTCTAAGTTA------G----ACATG------TAAAAAA---AC--ACAACA--TTATTAT-TGTGC--AATAATTACAT---TTTTTCTCTCA-TTTAC---ATTA--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AACGAATGAAATCAAATCATG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAATGAAATATAATTTTCACGAGCA-TTATTT----GCTGAAGTCTTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GGC----------A-TT-G-C------ATT-AACATTTC--TGTACTTCTGAGCGCTTTGATT-TTG
gi|10 : ATGCAT-G------C--T---T------G-G-----T-------TT--ACTG-------ATAG--GAGAATT---ACAATGTATAACAATGCGGTTGGTGCAACGTTATTTAAGGTAGCAGTTACATGTAG----ACGTT------TGAAAAA---A---A-AAGA--TTGTTAT--GCGC--ACTAATAACAA---TTTACCTGTAA-TGTAC---AT-G-------CTTT-CGAATGACCTTTGGAA---T-AATGAAATAAATCGCATCGC--------------AGGCAAACAGAATAGCATTTTCGCCAGCATTTATGAAATTACCAAAACATTAACAC----TG-A---------------------A-
gi|11 : GCTGTTTCTGAAATGTTATTTTAGATTTGTGCTG------G----ACATGATGATGTGAAAGA---A---A-AACG--ACATTAT--GAGC--AG--AT-ACAA---TTTACTTCTCA-TTTGC---A--A--A-A--TT-G-TAAATGACTTTTGAAA---T-AATGAATGAAATC----TGC-------ACATGGGAGGAAAAAGGAATAGCATTGTTGGCAGC---TATGA----ACTAAAGTATTGTCAA----TG-G---------------------A-TTTATGCTCT--------------GAA----------A-TT-G-CCA----GTT-AGCAGTTC--TGTACTTCTGAGTATTT
gi|12 : TTAAATGTTTAT--GGTACCATCGGAGAAATTG-CGAGCACTTCCGGTTTTGATCACAAACTAAATCCTTCCGCGTTCT-CTTTTG------AATATTGTATTAAC--AATGCAT-G------C--A---TACTCAAG-T-----G------ATT--ATTGGG--A--ATACATGAGCGTGTACAACATGTACAACATGGCCGTTTCCGTGCTGTTATTTTGGGT----GT--------G----A---A------TGAAAAC---A---A-AG------------TGCGT--AACAATTACAC---TTTACCTCTCA-TGTAC---AT-A--A-
gi|13 : gAGGTCTTTGTTA------GGTCAACGAG------CGAAAAT---G---A-AGCA--TTAT-----ACGA--AACACTTATAA---TCTGCCTCTAA-TTTAC---AT-A--ATA--ATTG-TGAATGACCGTTGAAA---T-AATGAATGAAACCAAAGC-C--------CGGGGAAAGATGGGGGAATAGCATTTTCACCAGCA-TTATGA----ACCGAAGCA--GACGA----TGTC---------------------A-T--------T--------------GCC----------A-GT-G-C------ATT-AACGGTTC--TGTGCTCATGAGCACTTTGGTT-TTcggca
gi|14 : tttcaaaaaaagcAAAAA---A---A-AACG--T-ATCCTGTGCACTGAATAATCAAAA---TGTGCCTCTTA-CTTAC---AT-A-------TCTG-TGA----CATTTGAAAGAATGAATGAATGAAATCGAATCGCG-ATTT-ATTGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGC------------------GTATTGACAA----TG-C---------------------ACT--------T--------------ACC----------G-AT-G-C------ATT-AATCCTTC--TATGCTTCAGAGCACTa
gi|15 : tattttatactgttaatgccagtatTGC-CA-ACGTTAAGAGTACAT--TGCGTCATCTGAGAAATTG-CCATCACTTCCGGCTTTGACCGCCAATTAGATCTTTGAGCGTTCA-TTTTT------CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-GACTACTC--C---G------G-T-----T------ATT--A-TGGG--A--ATAAATGAACGTA---AAAATGTATGAAAAA------TCCGGAACG--AT----G--CTTAGTTT------G----AAGTG------TGAAAAATATA---A-AA
gi|16 : ACTACAA---TTTGCCTCTTA-TTTAC---AT-ATCA-A--TT-G-TGAACGACCTTTGGAA---T-AATGAATGAAATCAGATTGCG-GGAT-ACCGGTGTGGAAAA--------TATTTTCA--AGTA-TTTTGA----ACCGAAATATTTACAA----TA-A---------------------A-T--------T--------------TGC----------GTTT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACt
gi|17 : caagaaaaagacagtAAATGAGCATG---AAAAGGTATAAGAATGCCGTTTATGAAACGTTGTTTTAGGTCTTGGTTA------G----ATGTG------TGGAAAA---A---G-----------TATATGCGC--AAAAAGTACAA---TGTGCTTCTCG-TTTAC---TT-A--ACA--TTGA-TGTCTGACCTTTGGAA---T-ACCGTATTAAATattgatttatgcatgactctaagtagaaa
gi|18 : gtaagcatgaacggctttgatcgctaCTCTAA-TTTAC---AT-G--A-AGTTTTG--GAATGGTCTTGGAAA---A-CATGAATGAAATGAAATTGCGAAGATCATGGGGGAAGAAAATTGAAGAGCATATTCTCAAG-A--TATGA----ACCGAAGTATTGGCGA----TG-G---------------------A-TTTA-----T--------------GTCTGAAGTGAAAA-AT-G-C------AAT-AACAGTTC--TGTGTTTCTGAGCACatgatta
gi|19 : TAATGC-CA-GCATCAGCAGTGCAT--GGCGCCATAAGCGAAATAT-TAAGAACTTCCGGCTTTGGCTACCAACTAGATCCTTCTGCTGTC--ATTATG-----CAGCATTGTATCATG--AATGTAG-G------C--AT--T------G-TCCGAGT------ATT--ATTGTT--A--AGAAATCAGCGTA---AAAaattt
gi|2 : TGTCAACGC-CA-GC-TTAATAATATAT--GGTAACATCGGCGAAACAG-TGA--ACTTCTGACATTGTCCGACAACTAGATCCTTCCGCTTTAT-TTTATGAAATTCAGTGCTATATCTAC--AATGCAT-G------C--A---TTGTTTTG-T-----T------GTC--ATTGGG--AGAATAAATGAGTGTG---AAAATGTAAAACAAATATGTATTTGAAATGTTCTTTAAGGTCTTAGTTA------A----ACGTG------TTTAAAA---ACCCG-AA-A--TTGTT-------C--AATAATTCC------TTA-CTCTAACTTT------T-A--A-A--ATTG-TGAATGACCTTTGATA---T-AACGAATGATATCAGATCGCC-GGTT-ACAGGGGAGGAAAATTG-ATAGCGTT--------------TGA----ATC--------GACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------TGC----------A-AT-G-T------ATT-GTTAGTTC--GAAATTTTGGATCACTTTGATTATTGt
gi|20 : ATTTCTGCCAGCA-TTAGGG----ATCAAAATATGGACAA----TG-G---------------------A-T--------TTGTGTTATGAAATTGAT----------A-AT-G-T------ATTTAAT-GTTC--TGTGCTAATGAGCACTTTGATT-TTaaaatatcagagaaatgttat
gi|21 : TAGCATTTTCACCAACA-TTTTGG----ACCAAATAATGGACAA----GG-G---------------------A-T------------------------------------A-AT-G-C------ATT-AAAAGATC--TGTGCTAATGAGCACTTTAATT-aacttgattaccgacggaataaatattttaaacatatttttttaattttt
gi|22 : CA-TTTAC---TT-A--A-AA-TTTA-TGAACGAACTTTGAAA---T-AATGAATGAAATAGGATCGTG-ATAT-ACGGAGGAGGACAACGGAATAGCATTTTCTTAAGTA-TTAatctacatttagcaacagtcaatattttaaatcattcataatgataatttt
gi|23 : ttacaatacatgatatgttttgcagATGT-CA-GCATTACCGGTATAT--GGTTCTATCTGCGAAATTG-----------------TGACCACCAGCTAGTTCCTTCTGCATTGT-TTTCT-------AAGGTTATATCAACATAATGCCT-G------T--A---TTTCCG-G-T-----T------AT
gi|24 : TTTGAT---TAATATTGTGTCAAA--AATGCAT-A------C--A---TA-----G-T-----TTTG---ATTTAATTGGA--T--ATATACTAACATG---AAAACGTAAAACAAGGCCGTTTCT
gi|25 : CCATCA-TTATGA----AGCGCAGTATTGAAAA----TG-T---------------------A-T--------T--------------TTC----------C-CTTG-C------ATT-TACAGTTC--TGCACATCTGAGCACTTTGATT-TT
gi|26 : GGGGGAAGAAAA----AT--CATTTTCGACAGCA-TAATGA----ACC-AAATATTAACAA----TA-T---------------------A-T--------T--------------aca
gi|3 : ggTTAATGC-GA-CTATCGACAGTGTAT--GTTGTCATTGGCGAAATTG---------TC--------ACCGCCAAAAAGATCATTC---ATACT-TTTACG------ACTATTGTATCAAC--AATGTAA-G------C--G---TAGCCCTG-T-----A------AGT--ATTGGG--A--ATACGCGAGAGTA---AACATGTTTAACAAGGCCGATACTGAAACGTTCCTGTAGGTCTTAGT--------------CGTC------TGAACAA---A---C-AA---------AT-GGCAA--AATCATTACTA---CTTTCCTCTTA-TTTAC---AT-A--A-----CTG-TGAATTTACTTTGCAA---T-AAAGAATGAAATCAGATCGTG-AAAT-ATGGTGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTAAGCAGCA-ATACGA----ATGAAAGTAT--ACGAGTTCTG-AT--------------------A-T--------T--------------GCT----------A-AA-G-T------ATG-TACAGTTG--TGTATTTACGAGCACATTGATC-TTtgcgttcagaaattgccaat
gi|4 : TGTTAATGC-CA-------ACAGTATAT--GGTTCT-TTGGCATAATTG---GGCATTTCCTGCTTTGATCATCACCTACATTTTTCAGCTTTTA-TTTTTG------AATGTTATATCAAC--AATGCAT-G------CTAG---TCCA---G-T-----T------ATT--ATTGGGGGA--AAAAA-GAGAGT----------CATAA--AGGCCATTCCTGATATGTTAAGTTAGTTCTTAGCTC------A----ATGTG------TGAAAAA---AG--A-AACAAACCAATAC--GCGC--TCTAATTACAG---TTTGCCTCTCA-TTAACTTTAT-A---------TGATGATTGACCTTTGGAA---T-AATGATTGAAAT
gi|4 : ttacGAAATATTGACAA----AG-G---------------------A-T--------TT-------------GCC----------A-AT-G-C------ATC-AACAATTC--TGtattatcaattaggagggatagaaatattgacaaaggatttgccaatgcatcaacaattctg
gi|5 : ttactgttaatgccaacagtatatggttctttggcataattgggcatttcctgctttgatcatcacctacatttttcagcttttatttttgaatgttatatcaacaatgcatgctagtccagttattattgggggaaaaaagagagtcataaaggccattcctgatatgttaagttagttcttagctcaatgtgtgaaaaaagaaacaaaccaatacgcgctctaattacagtttgcctctcattaactttatatgatgattgacctttggaataatgattgaaattattatcaattaggagggataT-TTTTTA-----TA-TGTTATATCAAT--AAAGTAT-G------C--A---TA-----G-T-----TTGAGT-ATT--ACTGGG--A--ATGAATGAACATG---AAAATGTATAACACTACCATTTCTGAAATATTGTTTAAAATTTTC-TTA------G----ACATG------CGAAAA----------------------T-CCCG---AATAATTACAA---TATGCCTCTCA-TTTAT---GT-A--A-----CTG-CCAACTGTCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGACCATG-GGAT-ACTGGAGAGAAAAAAGGAATAATATTTTT----GCA-TTATGA----TTCAAAGTATTGACAA----TG-GATATTAAAGCATAGATCTGAAA-T--------T--------------GCCA---------A-AT-GCC------ACT---TAGTTC--TGTACTTCTAAGCATCTTGAT
gi|6 : ATTGGCGATCACTTCCAGCTTTGACCAACAATC---TCTTTCATTGTTCT-AT---------AAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-GGG----C--AGTCT------GGT-----T------ATT--ATTAGG--A--ATAGATGAG--TG---AAAATG---AACAAGGCTGT-------------TTCTGGGTAT--------------------------------AAA---A---T-AGCA--TTAT-----GTGC--AA-AATTGGAAGTTTTTGCCTCTCA-ATTGC---AT-A--A-----TTA-TAAATGACCTTTGAAA---T-AATGAAT
gi|6 : acagtaaacgctttattgagaggccAGCATTTT-G--AATA-TTATGA----ATGAAAGTGTTGACAA----TA-GATTTGTGTTCAGAA-------A-T--------T--------------GCC----------A-AT-G-T------GTT----AGTTC--TGTACTTCCGAtcttcagcattttgaatattatgaatgaaagtgttgacaatagatttgtgttcagaaattgccaatgtgttagttctgtacttccgatc
gi|7 : acagtaaacgctttattgagaggccattggcgatcacttccagctttgaccaacaatctctttcattgttctataaatgttgtatcaacaatgcatgggcagtctggttattattaggaatagatgagtgaaaatgaacaaggctgtttctgggtataaaatagcattatgtgcaaaattggaagtttttgcctctcaattgcataattataaatgacctttgaaataatgaattcttcAATAATGTATCAA-----TGCTTAG------T--C---T------GGT-----T------AGT--ATTTGG--G--ATAAATGACCGTG---AAAACGTATAGCACGGTCCTTTTT------TTA----AGATTTGAGTAG------G----ACGTG------TGAATAA---A---A-AAT---------T-TGCA----------ACAA---TGTGC-----A-TTTAT---AT-T--A-----TTG-TTAAAGACTTTCAAGA---T-AATGAATGAAtc
gi|7 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgATGA----ACCGAAGTAATGACAA----TG-A---------------------A-TTTGCTTTCT--------------GAA----------A-AT-G-CCTATGAATT-AATAGTTCATTGCTCTTCTGAGC-TTTTGAccgaagtaatgacaatgaatttgctttctgaaaatgcctatgaattaatagttcattgctcttctgagcttttgag
gi|8 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgaataatgtatcaatgcttagtctggttagtatttgggataaatgaccgtgaaaacgtatagcacggtcctttttttaagatttgagtaggacgtgtgaataaaaaatttgcaacaatgtgcatttatattattgttaaagactttcaagataatgaTAATGCTCACGCATTAGCAGTATTT--GG-GCCATAGTCAAAATTG-TG-----------CTTT----------TATGTCGCTCCACGGTCT-TCGTTG------AATATTATATCAAC--GGTGCAT-G------C--A---T------G-A-----TCCTGTAATT--ACTGGG--A--ATAAATGAGCGAG---AAAATGTATAA-AATGCC------------TTATGTTAAGTCTTAGTTA------G----ATGTG------TAGA---------------A--TTAGTGTGTGATT--AATAATTGCAA---TTTGCTTCTGA-TTTAT---ATAA--A-A--TTGG-TAAATGGCCTTTAAAA---T-AATGGACGAAATCGGATTATT-GTAA-ACGTGAGAGTAAg
gi|9 : atgtca------TGAAAAA---C---A-AACA--TTAC-----ACGC--ATTAATTATGA---TTTGCCTCTCA-TTTAG---AT-A--A-AA-TTTA-TAAAAGACCTTTGATA---T-AATGAATGAAATCAGATTGTG-GTAT-ACAGGGGAGGAAAACGGAATAGAATTTTAACTGGCA-TAATGA----ACTGAAATATTAGAAA----TG-G---------------------ATT--------T--------------GTC----------A-AT-G-C------ATT-AATAATTC--TGTCCTTCTTAGTACTTTGAT
blockSeqs : T CG G . C GCGATC CGG A C G T GAAATTC AT A CATACTCAAGTG TA AGA A TAC C G C C CA TACATGTAG ATGATG AGAAACAAACCAATAC CTG T GTT A C TTT A TCAAT A GAA G G GAAGATC C CGCC T AATT A GTTC GATATTAAAGCATAGATCTGAAATTGCCA T T C CTATGA TA AT A
blockSeqs : . A A . C CGAGC CGG G A G A GATT . . ACTACTCCGGTT . GGA C . C G A T GT TAGGTCA . AAAACGTATCCTGT C C . C . . . AAGTT . . . A GATTT A TGGC . . A . GATTTGTGTTATGAAATTGAT . . . CA A . .
blockSeqs : . G A . A CCATC CGG A T T T GC . . CATTGTCCGAGT . A C . A G T T TT TGG . AAAAGATTGTTAT C C . C . . . ATAA . . . G GGGAT G CACC . . G . GATTTGTGTTCAGAAATTGCC . . . . A . .
blockSeqs : . G A . C TAAGA TGA G C T T AT . . CATTGTTTTGTT . A C . G G G C TA TTG . AAAACGACATTAT T T . A . . . ACAT . . . A CGGTT C CGCC . . G . GATTTATGTCTGAAGTGAAA . . . . A . .
blockSeqs : . G A . C TGA CTG A T A T G . . CGTAGCCCTGTA . A C . C G A C TG TAG . ACCCGAAATTGTT A A . T . . . AAAT . . . A GATAT T CTCA . . G . GATTTATGCTCTGAA . . . . A . .
blockSeqs : . C . . T GGC CAG G A A A C . . CATAGTTTGAGT . T T . C G A T TA TAA . GAAGCATTAT C T . T . . . AAAT . . . A GAAAT T TGCC . . A . AATTTGCTTTCTGAA . . . . A . .
blockSeqs : . . . . T TG . A A T T G . . GGCAGTCTGGTT . A C . C G A C TA TCA . ATAGCATTAT C T . C . . . AAT . . . G GGGAT C CACC . . A . TCATTGCC . . . . G .
blockSeqs : . A . . A C G T G . . CATGATCCTGTA . A A . C A A T TA TAG . ATTAGTGTGT A T . A . . . AAA . . . A TGTAA C CTTA . . G . CACTTACC . . . . A .
blockSeqs : . . . . G T A . . TATTTCCGGTT . A A . C A A T TC AGG . CAAACATTAC C T . A . . . AAT . . . A GGTAT A CGAC . . A . ATATTGCT . . . . T .
blockSeqs : . G . . CTAGTCCAGTT . G C . C G . . GA TAG . AGTATAT C T . C . . . C . . . G . C AAGC . . G . GATTTGCC . . . . T .
blockSeqs : . . . CATAGTTTTG . A C . . C . . TA G . ACAAATG T T . T . . . T . . . A . . AACT . . A . GATTTGTC . . . . A .
blockSeqs : . . TCTGGTT . . C . . . . . . . . AAAATTT C . . C . . . A . . . . . . CA . . A . AATTTGC . . . . A .
blockSeqs : . CTTGGT . . . . . . AAAGT . . . C . . . A . . . T . . G . GATTTGC . . . . A .
blockSeqs : . TC . . . C . . . A . . . G . . G . TATTTTC . . . . . .
blockSeqs : . G . . . A . . . . . . . . GAT . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : ** T* G****** CGTAGTCCGGTT*********************** AAAACGATTAT************* AAT*****
originalCons : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-----CAATGTTGTATCAAC--AATGCAT-G------C--A---T------G-T-----T------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAA---A---A-AACA--TTATTAT-TGCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
finalCons : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG------AATGTTGTATCAAC--AATGCAT-GCGTAGTCCGGTT-----------------------ATT--ATTGGG--A--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAAAAAAAAACGATTAT-------------GCGC--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-AAAT-----TTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCG-GGAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T--------------GNC----------A-AT-G-C------ATT-AACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGTAAAAATTACTTAAGAGAAACATTAT
Alignments
lowQualScore : 222222 1 1111111111111 4444444444444444444444444444 22222222 1111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 5 66 2 66 1 999999 0 888 2 9 3 3 33 555 888888 44 0 2 5555 44 44 1 555 0 0 1 1 1 0 0 0 33 3333333333333 0 777777 2 8888888888888888888888888888 2 77777 2 444 2 333 4 33333333 2 444 2 3 6666666 0 7 0000 2 5555 3 4444 111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 000000 2 1 33 5
lowQualScore : . .. . .. . ...... . ... . . . . .. ... ...... .. . . .... .. .. . ... . . . . . . . . .. ............. . ...... . ............................ . ..... . ... . ... . ........ . ... . . ....... . . .... . .... . .... ................................................... . . . ...... . . .. .
lowQualScore : 0 44 0 11 9 222222 7 999 1 8 9 6 22 444 888888 22 5 1 7777 22 22 2 000 8 2 2 5 9 3 7 6 55 6666666666666 6 777777 5 1111111111111111111111111111 7 88888 9 444 2 999 4 44444444 4 111 4 7 0000000 6 2 0000 4 0000 2 7777 777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 5 666666 5 3 44 7
consensus : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-A---A------TGTTGTATCAAC--AATGCATGCATAGTCC-GGTTATTATT--GGGA--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAA-AAA---A-----A-AAC---A--T--T---AT-GCG--C--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCGG-GAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T---GNC----------A-AT-G-C------A-TTAACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
Reference ( family-940 ) : TGTTAATGC-CA-GCATTAACAGTATAT--GGTGCCATCGGCGAAATTG-CGAGCACTTCCGGCTTTGACCGCCAACTAGATCCTTCCGCGTTCT-TTTTTG-A---A------TGTTGTATCAAC--AATGCATGCGTAGTCC-GGTTATTATT--GGGA--ATAAATGAGCGTG---AAAATGTATAACAAGGCCGTTTCTGAAACGTTATTTTAGGTCTTAGTTA------G----ACGTG------TGAA-AAA---A-----A-AACG--A--T--T---AT-GCG--C--AATAATTACAA---TTTGCCTCTCA-TTTAC---AT-A--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCGGATCGCGG-GAT-ACGGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGCA-TTATGA----ACCGAAGTATTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T---GNC----------A-AT-G-C------A-TTAACAGTTC--TGTACTTCTGAGCACTTTGATT-TTG
gi|1 : TGTTAATGC-AA-GTATTTACAGCATACCAGGTGCCATGGTAGAAATTG-TGAGCATTTCAATCTTTAACCACCAACTAGATCCTTCTGCATTCCCTTTTTGTA---A------TGCTATATCAAC--AATGTATGC----T----GTTATCATT--GGTA--TAAAATTAGTGCG---AAAATGTACAGTAAGGCCTTTTCAGAAACATTATTTTTGGTCTAAGTTA------G----ACATG------TAAA-AAA---AC----ACAACATTA--T--T---ATTGTG--C--AATAATTACAT---TTTTTCTCTCA-TTTAC---ATTA--A-A--TTTG-TGAATGACCTTTGAAA---T-AACGAATGAAATCAAATCATGG-GAT-ACGGGGGAGGAAAATGAAATATAATTTTCACGAGCA-TTATTT----GCTGAAGTCTTGACAA----TG-G---------------------A-T--------T---GGC----------A-TT-G-C------A-TTAACATTTC--TGTACTTCTGAGCGCTTTGATT-TTG
gi|10 : ATGCATGCTTGGT--------TTACT--G-----ATAG--GAGAATT---ACAATGTATAACAATGCGGTTGGTGCAACGTTATTTAAGGTAGCAGTTACATGTAG----ACGTT------TGAA-AAA---A-----A-AA-G--A--T--TGTTAT-GCG--C--ACTAATAACAA---TTTACCTGTAA-TGTAC---AT-G-------CTTT-CGAATGACCTTTGGAA---T-AATGAAATAAATCGCATCGC--------------AGGCAAACAGAATAGCATTTTCGCCAGCATTTATGAAATTACCAAAACATTAACAC----TG-A---------------------A-
gi|11 : GCTGTTTCTGAAATGTTATTTTAGATTTGTGCTG------G----ACATGATGATGTGAA-AGA---A-----A-AACG--ACAT--T---AT-GAG--C--AG--AT-ACAA---TTTACTTCTCA-TTTGC---A--A--A-A--TT-G-TAAATGACTTTTGAAA---T-AATGAATGAAATC----TGC-------ACATGGGAGGAAAAAGGAATAGCATTGTTGGCAGC---TATGA----ACTAAAGTATTGTCAA----TG-G---------------------A-TTTATGCTCT---GAA----------A-TT-G-CCA----G-TTAGCAGTTC--TGTACTTCTGAGTATTT
gi|12 : TTAAATGTTTAT--GGTACCATCGGAGAAATTG-CGAGCACTTCCGGTTTTGATCACAAACTAAATCCTTCCGCGTTCT-CTTTTG-A---A------TATTGTATTAAC--AATGCATGCATACTCA-AGTGATTATT--GGGA--ATACATGAGCGTGTACAACATGTACAACATGGCCGTTTCCGTGCTGTTATTTTGGGT----GT--------G----A---A------TGAA-AAC---A-----A-A---------------GT-GCG--T--AACAATTACAC---TTTACCTCTCA-TGTAC---AT-A--A-
gi|13 : gAGGTCTTTGTTA------GGTCAACGAG------CGAA-AAT---G-----A-AGC---A--T--T---AT-ACG--A--AACACTTATAA---TCTGCCTCTAA-TTTAC---AT-A--ATA--ATTG-TGAATGACCGTTGAAA---T-AATGAATGAAACCAAAGC-C--------CGGGGAAAGATGGGGGAATAGCATTTTCACCAGCA-TTATGA----ACCGAAGCA--GACGA----TGTC---------------------A-T--------T---GCC----------A-GT-G-C------A-TTAACGGTTC--TGTGCTCATGAGCACTTTGGTT-TTcggca
gi|14 : tttcaaaaaaagcAA-AAA---A-----A-AACGT-A--TCCT---GT-GCA--CTGAATAATCAAAA---TGTGCCTCTTA-CTTAC---AT-A-------TCTG-TGA----CATTTGAAAGAATGAATGAATGAAATCGAATCGCGA-TTT-ATTGGGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTCGCCAGC------------------GTATTGACAA----TG-C---------------------ACT--------T---ACC----------G-AT-G-C------A-TTAATCCTTC--TATGCTTCAGAGCACTa
gi|15 : tattttatactgttaatgccagtatTGC-CA-ACGTTAAGAGTACAT--TGCGTCATCTGAGAAATTG-CCATCACTTCCGGCTTTGACCGCCAATTAGATCTTTGAGCGTTCA-TTTTTC-A---A------TGTTGTATCAAC--AATGCATGACTACTCC-GGTTATTA-T--GGGA--ATAAATGAACGTA---AAAATGTATGAAAAA------TCCGGAACG--AT----G--CTTAGTTT------G----AAGTG------TGAA-AAATATA-----A-AA
gi|16 : ACTACAA---TTTGCCTCTTA-TTTAC---AT-ATCA-A--TT-G-TGAACGACCTTTGGAA---T-AATGAATGAAATCAGATTGCGG-GAT-ACCGGTGTGGAAAA--------TATTTTCA--AGTA-TTTTGA----ACCGAAATATTTACAA----TA-A---------------------A-T--------T---TGC----------GTTT-G-C------A-TTAACAGTTC--TGTACt
gi|17 : caagaaaaagacagtAAATGAGCATG---AAAAGGTATAAGAATGCCGTTTATGAAACGTTGTTTTAGGTCTTGGTTA------G----ATGTG------TGGA-AAA---A-----G-TA----------T---AT-GCG--C--AAAAAGTACAA---TGTGCTTCTCG-TTTAC---TT-A--ACA--TTGA-TGTCTGACCTTTGGAA---T-ACCGTATTAAATattgatttatgcatgactctaagtagaaa
gi|18 : gtaagcatgaacggctttgatcgctaCTCTAA-TTTAC---AT-G--A-AGTTTTG--GAATGGTCTTGGAAA---A-CATGAATGAAATGAAATTGCGAAGATCATGGGGGAAGAAAATTGAAGAGCATATTCTCAAG-A-T-ATGA----ACCGAAGTATTGGCGA----TG-G---------------------A-T--------TTATGTCTGAAGTGAAAA-AT-G-C------A-ATAACAGTTC--TGTGTTTCTGAGCACatgatta
gi|19 : TAATGC-CA-GCATCAGCAGTGCAT--GGCGCCATAAGCGAAATAT-TAAGAACTTCCGGCTTTGGCTACCAACTAGATCCTTCTGCTGTCA-TTATGC-A---G------CATTGTATCATG--AATGTAGGCATTGTCC-GAGTATTATT--GTTA--AGAAATCAGCGTA---AAAaattt
gi|2 : TGTCAACGC-CA-GC-TTAATAATATAT--GGTAACATCGGCGAAACAG-TGA--ACTTCTGACATTGTCCGACAACTAGATCCTTCCGCTTTAT-TTTATG-A---AATTCAGTGCTATATCTAC--AATGCATGCATTGTTT-TGTTGTCATT--GGGAGAATAAATGAGTGTG---AAAATGTAAAACAAATATGTATTTGAAATGTTCTTTAAGGTCTTAGTTA------A----ACGTG------TTTA-AAA---ACCCG-A-AAT--------------T-GTT--C--AATAATTCC------TTA-CTCTAACTTT------T-A--A-A--ATTG-TGAATGACCTTTGATA---T-AACGAATGATATCAGATCGCCG-GTT-ACAGGGGAGGAAAATTG-ATAGCGTT--------------TGA----ATC--------GACAA----TG-G---------------------A-T--------T---TGC----------A-AT-G-T------A-TTGTTAGTTC--GAAATTTTGGATCACTTTGATTATTGt
gi|20 : ATTTCTGCCAGCA-TTAGGG----ATCAAAATATGGACAA----TG-GATTTGTGTTATGAA-------A-T--------T---GAT----------A-AT-G-T------ATTTAAT-GTTC--TGTGCTAATGAGCACTTTGATT-TTaaaatatcagagaaatgttat
gi|21 : TAGCATTTTCACCAACA-TTTTGG----ACCAAATAATGGACAA----GG-G---------------------A-T-------------------------A-AT-G-C------A-TTAAAAGATC--TGTGCTAATGAGCACTTTAATT-aacttgattaccgacggaataaatattttaaacatatttttttaattttt
gi|22 : CA-TTTAC---TT-A--A-AA-TTTA-TGAACGAACTTTGAAA---T-AATGAATGAAATAGGATCGTGA-TAT-ACGGAGGAGGACAACGGAATAGCATTTTCTTAAGTA-TTAatctacatttagcaacagtcaatattttaaatcattcataatgataatttt
gi|23 : ttacaatacatgatatgttttgcagATGT-CA-GCATTACCGGTATAT--GGTTCTATCTGCGAAATTG-----------------TGACCACCAGCTAGTTCCTTCTGCATTGT-TTTCT--A---A------GGTTATATCAACATAATGCCTGTAT-TTCC-GGTTAT
gi|24 : TTTG-ATTAA------TATTGTGTCAAA--AATGCATACATAGTTTTGATT-TAATT--GGAT--ATATACTAACATG---AAAACGTAAAACAAGGCCGTTTCT
gi|25 : CCATCA-TTATGA----AGCGCAGTATTGAAAA----TG-T---------------------A-T--------T---TTC----------C-CTTG-C------A-TTTACAGTTC--TGCACATCTGAGCACTTTGATT-TT
gi|26 : GGGGGAAGAAAA----AT--CATTTTCGACAGCA-TAATGA----ACC-AAATATTAACAA----TA-T---------------------A-T--------T---aca
gi|3 : ggTTAATGC-GA-CTATCGACAGTGTAT--GTTGTCATTGGCGAAATTG---------TC--------ACCGCCAAAAAGATCATTC---ATACT-TTTACG-A---C------TATTGTATCAAC--AATGTAAGCGTAGCCC-TGTAAGTATT--GGGA--ATACGCGAGAGTA---AACATGTTTAACAAGGCCGATACTGAAACGTTCCTGTAGGTCTTAGT--------------CGTC------TGAACAAA---C-----A-AATG---------------GCA--A--AATCATTACTA---CTTTCCTCTTA-TTTAC---AT-A--A-----CTG-TGAATTTACTTTGCAA---T-AAAGAATGAAATCAGATCGTGA-AAT-ATGGTGGAGGAAAACGGAATAGCATTTTAAGCAGCA-ATACGA----ATGAAAGTAT--ACGAGTTCTG-AT--------------------A-T--------T---GCT----------A-AA-G-T------A-TGTACAGTTG--TGTATTTACGAGCACATTGATC-TTtgcgttcagaaattgccaat
gi|4 : TGTTAATGC-CA-------ACAGTATAT--GGTTCT-TTGGCATAATTG---GGCATTTCCTGCTTTGATCATCACCTACATTTTTCAGCTTTTA-TTTTTG-A---A------TGTTATATCAAC--AATGCATGC-TAGTCC-AGTTATTATTGGGGGA--A-AAAAGAGAGT----------CATA--AAGGCCATTCCTGATATGTTAAGTTAGTTCTTAGCTC------A----ATGTG------TGAA-AAA---AGAAACA-AACC--A--A--T---AC-GCG--C--TCTAATTACAG---TTTGCCTCTCA-TTAACTTTAT-A---------TGATGATTGACCTTTGGAA---T-AATGATTGAAAT
gi|4 : ttacGAAATATTGACAA----AG-G---------------------A-T--------TT--GCC----------A-AT-G-C------A-TCAACAATTC--TGtattatcaattaggagggatagaaatattgacaaaggatttgccaatgcatcaacaattctg
gi|5 : ttactgttaatgccaacagtatatggttctttggcataattgggcatttcctgctttgatcatcacctacatttttcagcttttatttttgaatgttatatcaacaatgcatgctagtccagttattattgggggaaaaaagagagtcataaaggccattcctgatatgttaagttagttcttagctcaatgtgtgaaaaaagaaacaaaccaatacgcgctctaattacagtttgcctctcattaactttatatgatgattgacctttggaataatgattgaaattattatcaattaggagggataT-TTTTTA-T---A------TGTTATATCAAT--AAAGTATGCATAGTTT-GAGTATTACT--GGGA--ATGAATGAACATG---AAAATGTATAACACTACCATTTCTGAAATATTGTTTAAAATTTTC-TTA------G----ACATG------CGAA-AA-----------------------------T-CCC--G--AATAATTACAA---TATGCCTCTCA-TTTAT---GT-A--A-----CTG-CCAACTGTCTTTGAAA---T-AATGAATGAAATCAGACCATGG-GAT-ACTGGAGAGAAAAAAGGAATAATATTTTT----GCA-TTATGA----TTCAAAGTATTGACAA----TG-GATATTAAAGCATAGATCTGAAA-T--------T---GCCA---------A-AT-GCC------A-CT--TAGTTC--TGTACTTCTAAGCATCTTGAT
gi|6 : ATTGGCGATCACTTCCAGCTTTGACCAACAATC---TCTTTC---ATTGT-TCTATA-A---A------TGTTGTATCAAC--AATGCATGGGCAGTCT-GGTTATTATT--AGGA--ATAGATGAG--TG---AAAATG---AACAAGGCTGT-------------TTCTGGGTAT---------------------------------AAA---A-----T-AGC---A--T--T---AT-GTG--C--AA-AATTGGAAGTTTTTGCCTCTCA-ATTGC---AT-A--A-----TTA-TAAATGACCTTTGAAA---T-AATGAAT
gi|6 : acagtaaacgctttattgagaggccAGCATTTT-G--AATA-TTATGA----ATGAAAGTGTTGACAA----TA-GATTTGTGTTCAGAA-------A-T--------T---GCC----------A-AT-G-T------G-TT---AGTTC--TGTACTTCCGAtcttcagcattttgaatattatgaatgaaagtgttgacaatagatttgtgttcagaaattgccaatgtgttagttctgtacttccgatc
gi|7 : acagtaaacgctttattgagaggccattggcgatcacttccagctttgaccaacaatctctttcattgttctataaatgttgtatcaacaatgcatgggcagtctggttattattaggaatagatgagtgaaaatgaacaaggctgtttctgggtataaaatagcattatgtgcaaaattggaagtttttgcctctcaattgcataattataaatgacctttgaaataatgaattcttcTG-A---A------TAATGTATCAA---------TGCTTAGTCT-GGTTAGTATT--TGGG--ATAAATGACCGTG---AAAACGTATAGCACGGTCCTTTTT------TTA----AGATTTGAGTAG------G----ACGTG------TGAA-TAA---A-----A-A-----A--T--T----T-GCA------------ACAA---TGTG-----CA-TTTAT---AT-T--A-----TTG-TTAAAGACTTTCAAGA---T-AATGAATGAAtc
gi|7 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaaATGA----ACCGAAGTAATGACAA----TG-A---------------------A-TTTGCTTTCT---GAA----------A-AT-G-CCTATGAA-TTAATAGTTCATTGCTCTTCTGAGC-TTTTGAccgaagtaatgacaatgaatttgctttctgaaaatgcctatgaattaatagttcattgctcttctgagcttttgag
gi|8 : cactttcggctttgaaccttataaagactttttgaacattgtaccaatataaggtaaaatgaataatgtatcaatgcttagtctggttagtatttgggataaatgaccgtgaaaacgtatagcacggtcctttttttaagatttgagtaggacgtgtgaataaaaaatttgcaacaatgtgcatttatattattgttaaagactttcaagataatgaTAATGCTCACGCATTAGCAGTATTT--GG-GCCATAGTCAAAATTG-TG-----------CTTT----------TATGTCGCTCCACGGTCT-TCGTTG-A---A------TATTATATCAAC--GGTGCATGCATGATCC-TGTAATTACT--GGGA--ATAAATGAGCGAG---AAAATGTATAA-AATGCC------------TTATGTTAAGTCTTAGTTA------G----ATGTG------T----------A-----G-AATT--A--G--T---GT-GTGATT--AATAATTGCAA---TTTGCTTCTGA-TTTAT---ATAA--A-A--TTGG-TAAATGGCCTTTAAAA---T-AATGGACGAAATCGGATTATTG-TAA-ACGTGAGAGTAAg
gi|9 : atgtca------TGAA-AAA---C-----A-AAC---A--T--T---AC-ACG--C--ATTAATTATGA---TTTGCCTCTCA-TTTAG---AT-A--A-AA-TTTA-TAAAAGACCTTTGATA---T-AATGAATGAAATCAGATTGTGG-TAT-ACAGGGGAGGAAAACGGAATAGAATTTTAACTGGCA-TAATGA----ACTGAAATATTAGAAA----TG-G---------------------ATT--------T---GTC----------A-AT-G-C------A-TTAATAATTC--TGTCCTTCTTAGTACTTTGAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TTCAGTAAAAATTACTTAAGAGAAACATTAT