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Reference ( gi|3 ) : TCAAAGT-A-ATTCTGAGAAACCAAAGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAAGTATGTTGAGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTATAAAAAA-TGCAAACCAAACAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTT-----------------A-----------------TGGC----TCT---TTTATAGCACAATAAA-T-TATTAATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACT-AAA-TTA--CTTTATTATCAAATTAAATTGTTTTCAAAGA-T----GAGTAAAAAAAAA--AGAAAAAAGTCTCTATACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGCTAGATTTTTCTGAACTATCATTTGAAAC-------T--AAT-GTATTGCAAT--ATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CA----ATATAACT-GGG-TTTA-AT--------AA-A--A--TT-T-AAATTCAAGTTACAATAGTTTTGCACC---AA----TA-----T---AAAT-AA--AG-----G--TCTCCAAGA----T---A----TT-A--T-TT---GGTGCAAAACTATTGTA-------------------ACTCAAG--T--TACAATAGTTTT---GCGCTAAA---GAATT-AGTGT-A-----TTTGAGATACAATA-TTTT-CA--CCAAAAGTGAATATCTTCAAAG----TTATTTAAAATATCAGGACCAA----ATTTTAACACAAGATGCACATTGTA--AAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
gi|2 : TCAAATT-A-ATTCTGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATAAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAAGTATGTTGAGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTATAAAAAAATGCAAACCAAACAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTT-----------------AAACAAAATATCAACAAATAGC----TCT---TTTATAGCACAATAAA-T-TATTAATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCATATCA-TAAAACATTTAACATAATCATCTGACT-AAA-TTA--CTTTATTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGA-T----TTTCA------------AAAAAAGTCTCTATACCTGTATTTCTTCAAATTCTTGCTAGATTTTTCTGAACTATCATTTGAAAC-------T--AAT-GTACTGCAAT--ATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CA----GGATAACT-GGG-TTTA-AT--------AA-A--A--TT-T-AAATTCAAGTTACAATAGTTTTGCACC---GA----TA-----T---AAAT-AA--AG-----G--TCTCAAAGA----T---A----TT-A--T-TT---GGTGCAAAACTATTGTA-------------------ACTAAAG--T--TACAATAGTTTT---GCGCTAAA---GAATT-AGTGT-A-----ATTGAGATACAATA-TTTT-CA--CCAAAAGTGAATATCTTCAAAA----TTATTTAAAATATCAGGACCAA----ATTTTAACACAAGATGCACATTGTA--AAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
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gi|13 : tcaaattaattctgagaaaccaatgtttatcgatatctaaaatatattgttttggttctttaacagccattttaaaataattagatactgttgacttttaggtctgatacattaaaaagaacaatactgagtatatcaggtaattagaataaaatctcattctggaagtattcaaaagggatatattggttaagtaaagttataattggtataagttaaaagtgtgttgagtaatattgttagattggacggcctttttattaaaaaatatgcaaaccaaaaaattcacagaaaattttaataatcagattttttaacaaaacgtcaacaaatggttcttttatagcacaattactatattaatcgttcatttcattgtcactaatgtccaaatcaatagaacatttaacatactcatctaactaaaattactttattatcaaattaaattgttttcaaagattaagtaaaaaaaatagtctctttacctttatttcttcaaaatcttgcaagattttcctgatctgtcatttgaaacttgtattgcaatagtcttggactaaacaaaagtgtggttatacatgataactggggtttactaaaatttaaattcaagttacaatagttttgctccgatataagtaaaagtctccaagat---A----TT-C--T-TT---AGCGCAAAACTATTGTT-------------------ACATGAG--T--TACAATAGTTTT---GCACCAAATGTAAATTGAATTT-A-----TTtagtgtatttgagatacaatattttcaccaaaagtgaatattttcaaaattattttaaatatcaggaccaaactttaac
gi|4 : tttaagttacaatagtgttgcattgaaaattc-A--C-TT---GGTGCAAAACTATTGTA-------------------ACTTGAG--T--AACAATAGTTT------GCTCAA---G--T---------------------TACAATAGTTTTGCA--CCAAATATAAATtagtgtattaattttgagataaaatattttcaccaaaaatgaatatcttcaaaattatttaattatcaggacctaagtttaacacaagaatcacattgtaaaactacaaatatagtaattaatgcaaaa
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Alignments
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Reference ( family-8 ) : TCAAANTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTNAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATTAAAAAAAAATGCAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAAT-AANTATATTAATCATCCATTTCATTGTCACTNATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACT-AAATTA--CTTTNTTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTNAG---TAAAAAAAAA--AAAAAAAAGNCTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGNAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC---T-A-T-GTATTG-----CAATATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTT--------ATA-CANN----ATAACT-GGGTTTAA---TAAAA--TT-T-AAATTCGAGTTACAATAGTTTTGCACC----AATATAAA----T-AA------A--T-------CTCGAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCGA-------------------GTTACAATAGTTTTGCGCCAAAGAATTAGTGTA-----TTT--GAGAT-ACAAT--ATTTTCACCAAAAGTGAATATCTTCGAAACTTTA-TTT-A-AATATCGGGACNAAAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
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gi|18 : gtttgagttacaattgtgttgcgttgaaaattcaataaaactgaatttataTCAAATTATATCTGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATACATTtattaatccaaaattaattttaattctattaaag
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gi|4 : t---T-A-T-GT-TTG-----TGGTAACCTTTAATAGAATTAAAAT-TGGTTTTGGATTAATAACAAC----ATAATT-----TTAA----ACAG--TTGT-ATATT-GAGTTACAATACTCCTA-ATCTTAGAAAATTAA----T-TATTT---A--T-------CTCGTAAA----ACTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTTGAGTAACAATAGTTTGCTCAAGTTACAATAGTTTTGCACCAAAgttttacgagataaataattaattttctaagattaggagtattgtaactcaatatacaactgtttaaaattatgttgttattaatccaaaaccaattttaattctattaaaggttaccacaaacatataagaagtattggaaataaagaaaaacatatacaaaaatatattaagctgtattatttatgatttagcctataaatacaataattttgatggttctcatgttaacaatcaattaacctatgtcattaacattgtaaagtataatatttcagttataaatgaaagtattaaattatattaatataagttaatatatatatataatatatatatatatttccaaattcgtatttagaaattgatattgtgtaaatttataaagtatccagatactatttggaccacagcataatagtaactaactggcatatttaagaatgtgacatttggatattaaaataccagtaaatatcaaacaagataataaaactgttgttttcattcttataaatctattgacaaattttttacctggggtgcaataggcagtgagatcaaattgcatactacatgattgttttggttaaaacttcatttatagacagacaaatagacaaaaataaacctgttgtttatttagttaaaaatatggaaaaagttattgtttaaatttaaacaagcagtaagtgggt
gi|5 : tgagttacaatagtgttgcattgaaaattcaataaaactgaatttataTCAAATTAATTCTGAGAAACCAATGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTTTAGGTCTGATACATTAAAAAGAACAATACTGAGTATATCAGGTAATTAGAATAAAATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATAAGTTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATT-AAAAAATATGCAAACCAAAAAATTCACAGAAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAACGTCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAAT-TACTATATTAATCGTTCATTTCATTGTCACTAATGTCCAAATCAATAGAACATTTAACATACTCATCTAACTAAAATTA--CTTTATTATCAAATTAAATTGTTTTCAAAGATTAAG---T-------AA--AAAAAATAGTCTCTTTACCTTTATTTCTTCAAAATCTTGCAAGATTTTCCTGATCTGTCATTTGAAAC---T---T-GTATTG-----CAATAGTCTTGGACTAAACAAAAGTGTGGTT--------ATA-CATG----ATAACTGGGGTTTAC---TAAAA--TT-T-AAATTCAAGTTACAATAGTTTTGCTCC----GATATAAG----T-AA------AAGT-------CTCCAAGATATTATTTGGAACAAAA-------------------CTATTGTAACTCAA-------------------GTTACAATAGTTTTGCGCTAAAGAATTAGTGTA-----TTT--GAGAT-ACAAT--ATTTTCACCAAAAGTGAATATTTTCAAAA--TTATTTT-A-AATATCAGGACC-AAACTTTAACtaagaagtattggaaataaagaaaaacatatacaaaaatatattaagctgtattatttatgatttagcctataaatacaataattttgatggttctcatgttaacaatcaattaacctatgtcattaacattgtaaagtataatatttcagttataaatgaaagtattaaattatattaatataagttaatatatatatataatatatatatatatttccaaattcgtatttagaaattgatattgtgtaaatttataaagtatccagatactatttggaccacagcataatagtaactaactggcatatttaagaatgtgacatttggatattaaaataccagtaaatatcaaacaagataataaaactgttgttttcattcttataaatctattgacaaattttttacctggggtgcaataggcagtgagatcaaattgcatactacatgattgttttggttaaaacttcatttatagacagacaaatagacaaaaataaacctgttgtttatttagttaaaaatatggaaaaagttattgtttaaatttaaacaagcagtaagtgggt
gi|6 : AAGTTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGACTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATTTCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATGTTGGTTTAGTAAAGTTATAATTGGTAT-AATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGGTTGGACAACCTTTTTATT-AAAAAAAATACAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGGTTTTTTAACAAAATATCAACAA-----------ATAGCACAATAAAGTATATCAATCATCCATTTTATTGTCACTTATGCCCAAATCAATAAAACATTTAGCATACTCATCTGACTAAAATTA--CTTTTTTATCAAAGTAAAATGTTTTCAAAGATTTAG---TGAAAAAAAAACAAAAAAAAAACTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGAAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC---T---T-GTGTTG-----CAATATTCTTGGACTATATAAAAGTGTGATT--------ATA-CATG----ATAACT-GGGTTTAA---TA------T-T-AAATTCAAGTTACATTAGTTTTGCACT----AA
gi|6 : cacattgtgctttattcaattgatatgattaaA--TT-TGAAACTTGTGTTGCAATATTCTTGGACT----A-TATAAAAGTGT-GA------T--T-------ATACATGATA--ACTGGGTTTAA----------------------TATTA-AATTCAA-------------------GTTACATTAGTTTTGCACTAAAGAGTT----TA-----TTT--GA--T-ACAAT--ATTTTCACCAAAAGTGAATATTTTCAAAA--TTA-TTT-A-AATATCAGGAC-AAAATTTTAA-ATAAGATGCACATTGTAAAACTAT------AGTAATTTATGCAAAAagagtttatttgatacaatattttcaccaaaagtgaatattttcaaaattatttaaatatcaggacaaaattttaaataagatgcacattgtaaaactatagtaatttatgcaaaa
gi|7 : cacattgtgctttattcaattgatatgattaaaagttaactctgagaaaccaaggtttatcgatatctaaaatatattgttttgactctttaacagccattttaaaataattagatactgttgacttctagtactgatatattaaaaagaataatactgagtgtaccaggtaattagaataatttctcattctggaagtattcaaaagggatatgttggtttagtaaagttataattggtataattaaaagtgtgttgagtaatattgttaggttggacaacctttttattaaaaaaaatacaaaccaaaaaattcactgcaaattttaataatcaggttttttaacaaaatatcaacaaatagcacaataaagtatatcaatcatccattttattgtcacttatgcccaaatcaataaaacatttagcatactcatctgactaaaattacttttttatcaaagtaaaatgttttcaaagatttagtgaaaaaaaaacaaaaaaaaaactctttacctgtatttcttcaaaatcttgaaagattttcctgaactatcTTTGAGTTACAATAGTGTTGCGTTGAA-AAT-TCAA----T-AA------A--A-------CT-GAATTTA-TATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCAA-------------------GTTACAATAGTTTTGCACCA-------AGT--------TTTACGAGATAATAATTAATTT---CTAAGTTTAAAAATATT-GTAACTCAA-TAT-A-AA-------ACTAAAATTTAAA
gi|7 : gA-CAAC----ATAATT-----TTAAATTTTAGT--TT-T-ATATT-GAGTTACAATATTTTTAAACT------TAGAAAT---T-AATTATT-A--T-------CTCGTAAA----ACTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTTGA-------------------GTTACAATAGTTTTGCACCAAAattatgttgttattaatccaaaatcaattttaattctattaaagtttaaaacaaacatataagaagtatggaaataaagaaaaacatatacaaaagaatataaagttgtattatttatgttttagcctataaatacaataattttgatagttctcatgttaacaaacaattaacctatgtcattaacattgtaaagcataatatttcagttatgaaagtattaaattatgttaatataagttaatatataaaattatatttccaaattagtatttatattgtgtaaatttatttagtatgcagatactatctggaccacaacataatagtaactaactgtcatgtttaaggatgcgacattttgatattattaaccagtaaatatcaaacaagataataaaactattgttttcagtcttataaaaaatattggtgaatttttacctagggtgcaataggcagttgagatcaaattgcatactacatgattgttttggttaaaacctcatttatagacagacaaatagacaaaaataaacctgtgtttaattcagttaaaaatttggaaaaagttatcgtttaaatttaaacaagcagtaagtgggt
gi|9 : gtttgagttacaatagtgttgcgttgaaaattcaataaaactgaatttataGTT--------ATAACAAC----ATCATT-----TTAA---TCAGT--TT-T-ATATT-GAGTTACAATATTTTTAAACT------TAGAAA----T-AA------A--TTATTTATCTC----ATAAAACTTGGTGCAAAA-------------------CTAT--CAACTC-A-------------------GTTtattaatccaaaatcaattttaattctattaaagtttaaaacaaacatataagaagtatggaaataaagaaaaacatatacaaaagaatataaagttgtattatttatgttttagcctataaatacaataattttgatagttctcatgttaacaaacaattaacctatgtcattaacattgtaaagcataatatttcagttatgaaagtattaaattatgttaatataagttaatatataaaattatatttccaaattagtatttatattgtgtaaatttatttagtatgcagatactatctggaccacaacataatagtaactaactgtcatgtttaaggatgcgacattttgatattattaaccagtaaatatcaaacaagataataaaactattgttttcagtcttataaaaaatattggtgaatttttacctagggtgcaataggcagttgagatcaaattgcatactacatgattgttttggttaaaacctcatttatagacagacaaatagacaaaaataaacctgtgtttaattcagttaaaaatttggaaaaagttatcgtttaaatttaaacaagcagtaagtgggt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GTTTGAGTAACAATAGTGTTGCGTTGAAAATTCGATAAAACTAAATTTATTTTATGAGATAAATATTTAATTTCTAAGTTTTAAAACATTGTAACTCAATATAAAACTGTTTAAAATTATGTTGTTATTACCCCAAAACTAATTTTAATTCTATTAAAGGTTAACTATAACATATAAGAAGTATTTGAAATAAAAATAAAACATATACAAAAGTACATTAGGCTGTATTATTTATGTTTTAGCCTATACATAAAATAACTTTGATAGTTCTCGTGTTAACAGTCAATTAACCTAGATGTCATTAATACTGTAAAGCATAATATTTCAGTTATAAAAGTATTAAATTATTTTGATATGAGTTAATATATAATTATATATCCAAATTCGTATTTAGAAATTTATTTTGTGTAAATTTATATAGTATGCAGATATTATCTGGACCACAGCATAATCGTAACTAACTGTCATGTTTAAGAATGTGACATTTTGATATTAACATACAAGTAAATATCAAACAAGTTTATAAAACTGTTGTTTTCAGTCTTATAAATTTATTGGCGATTTTTACCTGTAATGCAATAGGCAGTTGAGATCAAATTGCATACTACATGTTTAGACAAATAGACACAAAGATACCTGTGTTTTATTTAGTTAACAATTTGGAAAAAGTTATCGTTTAAATTTAAACAAGCGGTAAGTGGGT
Unaligned ( gi|11 ): AGTATTTTGAAATTGAAAGTGAGTATATTTATATCTTATGCTGATACTCTCTGGACCACAGCATAGTCATAACTAATTGCAATGTTTAAGAATGTTACATTTCAAATTTGATATGAATATCAAACGAGATTATAAAACTCAGTACTATAAATGTATTGACGATTTTTTTTACCTAGAGTGCAATTGACAGTTGATATCAAATTACTACATGATTGTTTTGGTTAAAACCTCTTTTTTAGACAAACAGACAAAAAGATAACTGTGTGTTGTTTAATTAAAACATTGAAAAAGTTATCGTTTAAATTTAAACTAGCGGTAAGTGGGC
Unaligned ( gi|12 ): AGAATGTGACATTTTGATATTAATATACCAGTAGATATCAAACAAAATTTTAAAACTGTTGTTTTCTGTCTTATAAATTTATTGACACATTTTTACCTGGGGTGGAATAGGCAGTTGAGATCAAATTGCATACTACATGATTGTTTTGGTTAAAACCTTATTTTAGACAAAAAGATTCCTGTGTTTTATTTAGTTAAAAATTTGGAAAAAGTCATCGTTTAAATTTAAACAAGCGATTAGTAGGT
Unaligned ( gi|15 ): AGGTCAACACAAACATATAAGAAGTATTGAAAATAAAGAAAAACATATACAAAAGTATATTAAGCTGTATTGTTTATGTTTTAGCCTACAAATACAATAAGTTTGACAGTTCTCGTGTTAACAATAAATTAACCTATTTCATTAGCACTGAAAACGCATAATATTTCAGTTATGAAGGTATTAAACATATAACTGTAA
Unaligned ( gi|16 ): ACCTGGGGTGCAAAAGGCAGTTGAGATCAAATTGCATACTACATGATTGTTTTGGTTAAAACCTTATTTTTAGACAAATAAACAAAAAGATACCTGTGTTTTATTAAGTTAAAATTTTGGAAAAGTTATTGTTTAAATTTAAACAAGTGGTAAGTGGA
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Unaligned ( gi|19 ): TTTGAGTTACAATAGTGTTGGGTTGAAAATTCAATAAAACTGAA
Alignments
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lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . . . . . ... ............... . . . . ....... . ..... . ...... .. .......... . . .... . . .... . ............................. ................... . . ........ .. .. .... ......... ....... . .... . ...... . . ......
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consensus : TCAAGTTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTNAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATTAAAAAAAAATGCAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAAT-AANTATATTAATCATCCATTTCATTGTCACTNATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACTAAAATTAC-TTTATTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTNAG---TAAAAAAAAA--AAAAAAAAGTCTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGCAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC---T---T-GTATTG-----CAATATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CANN----ATAACT-GGGTTTAA---TAAAA--TTT-AAATTCGAGTTACAATAGTTTTGCACT---AATATAAA----T-AA------A--T-------CTCGAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCAAGTTACAATAGTTTTGCGCCAAAGAATTAGTGTATT-----T--GAGAT--ACAAT--ATTTTC----ACCAAAAGTG---------AATAT-C-----TTCAAAATTA-T----T-T-A----AATATCAGGACC-AAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
Reference ( family-8 ) : TCAAGTTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTNAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATTAAAAAAAAATGCAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAAT-AANTATATTAATCATCCATTTCATTGTCACTNATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACTAAAATTAC-TTTATTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTNAG---TAAAAAAAAA--AAAAAAAAGTCTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGCAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC---T-A-T-GTATTG-----CAATATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CANC----ATAACT-GGGTTTAA---TAAAA--TTT-AAATTCGAGTTACAATAGTTTTGCACT---AATATAAA----T-AA------A--T-------CTCGAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCGAGTTACAATAGTTTTGCGCCAAAGAATTAGTGTATT-----T--GAGAT--ACAAT--ATTTTC----ACCAAAAGTG---------AATAT-C-----TTCAAAATTA-T----T-T-A----AATATCAGGACCAAAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
gi|1 : AAGTTAACTCTGAGAAACAAAAGTTTATCAATATCTAAAATATATAGTTTTGGTTAGGTTAACAGCCATTTTGAAATAATTAAATAC--TGTCGACTTCAAATACCGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTCAT---------ATCTCTTTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTTAGTAAAGTTATAACTGGTATAAATT------GTGTTGAGTAATATTGTGAGATT--------TTTTTATGAAAAAAAAATGCACACCAAAAATTTCACTATAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGCTTCTTTTATAGCACAAT-AATTATATTAATCATCCATTTTATTGTCACTTATGTCC-AATCAATCAATCATTTAACATACTCATCTGACTAAAATAACTTTTTTTATCAAATCAAAATGTTTTTAAAAATTAAGAAAAAAAAAAAAA--AAAAAAAAGGCGCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATC-TGAAAGACTTTCCTGAACTATCATTTGAAACT--T-G-TAGTATTG-----CAATATTCTTGGACAAAATAAAAGTGTGGTAATA-CATG----GTAACT-GGGTTTAA---TCAAA--TTT-AAATACAAGTTACAATAGTTTTGCACC---GATATCAA----T-AA------AGGT-------TTCCAAGATATTGTTTGGTGCAAAA-------------------CT---------------------GCTTTGCGCTAAAGAATTAGTGTATT-----T--GAGAT--ACAAT--AGTTTC----ACCAAAAGTG---------AATAT-C-----TTCAAAATTA-T----T-T-AT---AATATCAGGA-CAAACTTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAATTAC------AGTTATTTATGGAAAA
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gi|14 : gtA-CAAC----ATAA------TTTGA----AACAGTTTT-ATATT-GAGTTACAATATTTTTAAACT-----TAGAAA----TTAATTATTTA--T-------CTCGTAAA----ACTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTTGAGTTACAATAGTTTTGCACCAAAgttattaatccaaaattaattttaattctattaaag
gi|18 : gtttgagttacaattgtgttgcgttgaaaattcaataaaactgaatttataTCAAATTATATCTGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATACATTtattaatccaaaattaattttaattctattaaag
gi|2 : aTCAAATTAATTCTGAGAAACCAAGGTTTATTGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATACAGTGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATAAGAATAATATCTCATTTTGGAAGTTTTCAAAAGGGATATATTGGTTAAGTAAAGTTATAATTGGTATACATTAAAAGTATGTTGAGTAATATTGTTCGATTGGACGGCCTTTTTATTATAAAAAAATGCAAACCAAACAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTAAACAAAATATCAACAAATAGCTCTTTTATAGCACAAT-AAAT-TATTAATCATCGATTTCATTGTCACTAATGTCCATATC-ATAAAACATTTAACATAATCATCTGACT-AAATTAC-TTTATTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTT-----T-----------CAAAAAAAGTCTCTATACCTGTATTTCTTCAAATTCTTGCTAGATTTTTCTGAACTATCATTTGAAAC---TAA-T-GTACTG-----CAATATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CAGG----ATAACT-GGGTTTAA---TAAAA--TTT-AAATTCAAGTTACAATAGTTTTGCACC---GATATAAA----T-AA------AGGT-------CTCAAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTAAAGTTACAATAGTTTTGCGCTAAAGAATTAGTGTAAT-----T--GAGAT--ACAAT--ATTTTC----ACCAAAAGTG---------AATAT-C-----TTCAAAATTA-T----T-TAA----AATATCAGGACC-AAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
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gi|9 : gtttgagttacaatagtgttgcgttgaaaattcaataaaactgaatttataGTTATAACAAC----ATCATT-----TTAA---TCAGT--TTT-ATATT-GAGTTACAATATTTTTAAACT-----TAGAAA----T-AA------A--TTATTTATCTC----ATAAAACTTGGTGCAAAA-------------------CTAT--CAACTC-AGTTtattaatccaaaatcaattttaattctattaaagtttaaaacaaacatataagaagtatggaaataaagaaaaacatatacaaaagaatataaagttgtattatttatgttttagcctataaatacaataattttgatagttctcatgttaacaaacaattaacctatgtcattaacattgtaaagcataatatttcagttatgaaagtattaaattatgttaatataagttaatatataaaattatatttccaaattagtatttatattgtgtaaatttatttagtatgcagatactatctggaccacaacataatagtaactaactgtcatgtttaaggatgcgacattttgatattattaaccagtaaatatcaaacaagataataaaactattgttttcagtcttataaaaaatattggtgaatttttacctagggtgcaataggcagttgagatcaaattgcatactacatgattgttttggttaaaacctcatttatagacagacaaatagacaaaaataaacctgtgtttaattcagttaaaaatttggaaaaagttatcgtttaaatttaaacaagcagtaagtgggt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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lowQualScore : . . .. . . .. . . . . . . . . . . ... ............... . . . . ............. ..... .. . ... . . ........... .. ....... . . ...... . .... . ............................. ................... . ..... .. .. .. .... ......... ....... . .... .... . ......
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Reference ( family-8 ) : TCAAGTTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTNAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATTAAAAAAAAATGCAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAAT-AANTATATTAATCATCCATTTCATTGTCACTNATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACTAAAATTAC-TTTATTATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTNAG---TAAAAAAAAA--AAAAAAAAGTCTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGCAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC----T--T-----GTATTG-----CAAT--ATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTAT-A---CANN----ATAACT-GGGTTTAATAAAA--TTT-AAATTCGAGTTACAATAGTTTTGCACT---AA-TATAAA----T-AA------A--T-------CTCGAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCAAGTTACAATAGTTTTGCGCCAAAGAATTAGTGTATT-----T--GAGAT--ACAAT--ATTTTC----ACCAAAAGTG---------AATAT-C-----TTCAAAATTA-T----TT-A--AATATCAGGACCAAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
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Reference ( family-8 ) : TCAAGTTAACTCTGAGAAACCAAGGTTTATCGATATCTAAAATATATTGTTTTGGTTCT-TTAACAGCCATTTTAAAATAATTAGATAC--TGTTGACTTCTAGTACTGATATATTAAAAAGAATAATACTGAGTGTACCAGGTAATTAGAATAATATCTCATTCTGGAAGTATTCAAAAGGGATATATTGGTTNAGTAAAGTTATAATTGGTATAAATTAAAAGTGTGTTGAGTAATATTGTTAGATTGGACGGCCTTTTTATTAAAAAAAAATGCAAACCAAAAAATTCACTGCAAATTTTAATAATCAGATTTTTTAACAAAATATCAACAAATGGTTCTTTTATAGCACAATAAN-TATATTAATCATCCATTTCATTGTCACTNATGTCCAAATCAATAAAACATTTAACATACTCATCTGACTAAAATTACTTTATT-ATCAAATTAAAATGTTTTCAAAGATTNAGTGAAAAAA----------A-------AA---------GTCTCTTTACCTGTATTTCTTCAAAATCTTGCAAGATTTTCCTGAACTATCATTTGAAAC-------T--AAT-GTATTGCAAT--ATTCTTGGACTAAATAAAAGTGTGGTTATA-CANN----ATAACT-GGGTTTAATAANA--TTT-AAATTCGAGTTACAATAGTTTTGCACT--GAAATATAAA----T-AA---A--TCTCGAAGATATTATTTGGTGCAAAA-------------------CTATTGTAACTCAAGTTACAATAGTTTTGCGCCAAAGAATTAGTGTA-----TTT--GAGAT--ACAAT--ATTTTCACCAAAAGT--GAATATC----TTCAA-----AATTATT-TAA---AATATCAGGACCAAATTTTAACACAAGATGCACATTGTAAAACTAC------AGTAATTTATGCAAAA
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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