lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222 111 1111111 11 00000000000000000000000000000000000 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1
lowQualScore : 5 22222222222 666 000 9999999 2 0 00 2 00000000000000000000000000000000000 0 1111111 99 44 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1 3333 4 6 5 6
lowQualScore : . ........... ... ... ....... . . .. . ................................... . ....... .. .. .................................................. . .... . . . .
lowQualScore : 7 11111111111 444 111 2222222 0 2 44 2 77777777777777777777777777777777777 5 9999999 99 22 55555555555555555555555555555555555555555555555555 4 3333 0 0 0 0
consensus : TTG-CTGTTCA--CGTCAN---TGA---TA--NCATT---N-ACAAACAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAGT-AACT-TG-C-C---ATAGT------C-TA--A-T-----CAGGGTCTN------CAT-TGTTTGG--CTCTCA----GT-------------CA------------------TCTN----TTCTAAATGATANTAAAATNGTCCAAAAGCAAA
Reference ( gi|2 ) : TTG-CTGTTCA--TGCCAT---TGA---TA--ACATT---A-ACAAACAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAGT-AACTGTGACAC---ATAGT------T-TA--A-T-----CAGGGTCTT------CAT-CGTTTGG--CTCACA----GT-------------CA------------------TCTG----TTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAAATTAG
gi|8 : TTA-CCGCTCA--TGTCAA---TGA---TA--TCTTTTGCA-A-AAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGGT-AACT----CAG---CT-GT------G-TA--A-C-----TAGGTTGTA------TGT-GGTTTGG--CTCTCT----GT-------------GA------------------GCTG----T
gi|3 : gtTTG-CTGGTCA--CCTTTT---TGG---TA--TCATC---T-ACAAACAATGTAG-TCCCAGATCAG-CTGGC------CTGTTACGCTCAATA-T------C-TA--A-TATGTACAGGGTGTA------CAT-TGTTTGA--CTC
gi|15 : ttTTG-CTGTTCACTTGTCAT---TGAAACCA--ACAT-------CAATCAATGTAGAACCCAGATTAGTCTAACAAC-AAttgattagatttttataattatggaatagttcaatagaaa
gi|20 : aataccTTG-CTGTTTA--TATCAA---TGA---AA--TCATT---T-GCAAACAAT---G-ACCCAGATCAGC
gi|16 : agcTTGACTGGTCA--CATCAC---TCA---TA--CCATT---A-TAAAACTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAAT-A
gi|4 : acG-CTGTTCA--AGAAAA---CAA---TG--CCATC---T-GCAAACAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAACT------C---ACAGT------C-TA-------------GATATG------CAT-TGTTTGG--CTCTCA----GT-------------CA------------------tgt
gi|10 : tctttattg-CTATTCA-----CATATGTAA---TA--CCTTT---T-GTAAACAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAGT-AATTTTA---------AGT------A-TG--G-T-----AAGAGTCTA------TTT-TATTTGG--TCCA-A----GT-------------CA------------------ataaattatcatgaacaactcttttaaatgattatggaa
gi|5 : tcttagcctTGTTCA--CATGAG---TGA---TG--AGATT---T-GCAAACAATGT---ACTC---TCAG---GTCAGT---CTATGAGCC---A-AG-----------------------GGATCTG------CAT-TGTTTGG--CCCTCT----GT-------------CAATAACATCTCATGAGCATTCT-----TTCTAAATAATATTGAAATTG
gi|12 : ttatcttagGTTTA--TATAAT---TGA---TACCACAT------ACAAACAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAGT-AACT-TGCCAT---CTGGT------------A-T-----CTGGGTCTA------GAT-AAGTTGC--CTCTCG----GT-------------CA------------------ga
gi|14 : --TGTCTT---TGA---TA--CCATT---T-TCGAACAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAGC-AACT-----------TA----------TA--A-T-----CAGGGTCTT------CTT-TGTTTGG--CTCTCA----G
gi|18 : ---TGG---TA--ACATT---A-ACAAACCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|11 : attgtacttcccaggtcta--ACAT------ATAAACAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAGT-AGCT------C---ATAGC------T-GG--A-T-----CAGACTTTT------CAT-TGTTTGGATCTCACA----A--------------AA------------------TTTACGATTTGTAAATTATGCAAGA
gi|7 : CATT---A--CAAACAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAGT-AACTCAGAC------------------TG--G-C-----CATGGTCTA------CAT-TATTTGG--CTCTCATAGGGTATATTCTTATTTACA------------------TC-G----TTCTAAATGA
gi|1 : ATT---ATACAAACAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAAT-AAC--TGACA----GTAGTCAGACCT-TA--AGT-----TAGGCACTA------CATGTATTTGG--CACAC-----------------------------------------CCC----TTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAAaaaaca
gi|13 : TT---T-ACAAACAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAGT-TACT------C---ACAGT------CACA--C-C-----CAGGG-CAA------CAT-TGTTTGG--CTCTCA----GT-------------CA------------------CCTC----TCCTGAATGggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|21 : ---A-GCAAACAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAGT-A
gi|17 : -ACAAACAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAGT-Accgt
gi|7 : cttatttttcaagtcagtcatgctagttCAAATAATGTAG-ACCATGGCCAGTCTG--AGT-TACTG-GCC-------AG-------C-TG--A-T-----CTGGGTATG------CAT-TGTTTG
gi|13 : cattaCAAACAATGTTG-CCCTGGGTGTGACTGTGAGT-AACT----CGC---A-GGT------T-TATCA-T-----CA---TCTG------CAT-TGTTTGgctctcatagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|6 : tttaAACCAATATAA-ACCAAGATTGACCTGC--GT-ATTTCT----C---A-AGT------T-AA--C-C-----CAG---CTTGAT---CAT-TGTTTGG--CTCTCA----GT-------------CA------------------gctctcagtcacctctcctgaatg
gi|19 : acaataccgcagCTGTAATTC---ATAGA------T-TG--A-T-----CAGGGTCCTTGTCTGCAT-TGTTTAG--CTCACA----GT-------------CA------------------attaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATGCCATATGTTAACAATGTAGAGGACCAAGAGTAATTTACAGTCCAATTATGATTGTTTGGCTCTTTGTCAGAATGGTTTGTTAACATTCCTTCTTAATGATAATGGAA
Alignments
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666 333333333333
lowQualScore : 5 555 1 1 55 22 2 2 2 00000000000000000000000000000000 99999999999999 2 999999 4 222222222222 44 1 2 1 0 3
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . ................................ .............. . ...... . ............ .. . . . . .
lowQualScore : 0 888 0 0 88 88 0 1 2 77777777777777777777777777777777 33333333333333 7 666666 0 777777777777 88 0 2 0 7 7
consensus : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATTT-ACAAA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAGT-AACT-T---C-CATAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTCTCAGT------CANCT-----------NTTCTAAATAATANTGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Reference ( family-792 ) : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATANCATTN-ACAAA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAGT-AACT-T-G-C-CATAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTCTCAGT------CATCT-----------NTTCTAAATGATANTAAAATNGTCCAAAAGCAAA
gi|1 : ATTATACAAA--CAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAAT-AACT-G-A-C-AGTAGTCAGACCTTA--AGT-----TAGGCAC------TA---CATGTATTTGG----CA--------CACCC-----------CTTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAA
gi|10 : -CTATTCAC--ATATGTAATACCTTTT-GTAAA--CAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAGT-AATT-T-----TA-AGTA------TG--G-T-----AAGAGTC------TA---TTT-TATTTGG-TCCAAGT------CAggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|11 : tcttagcct-ATAAA--CAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAGT-AGCT-------CATAGCT------GG--A-T-----CAGACTT------TT---CAT-TGTTTGGATCTCA
gi|12 : acatGTTTAT--ATAATTGATACCACAT-ACAAA--CAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAGT-AACT-T-G-C-CA---TC------TGGTA-T-----CTGGGTC------TA---GAT-AAGTTGCCTCTCGGT------CAcaaaatttacgatttgtaaattatgcaaga
gi|13 : TTT-ACAAA--CAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAGT-TACT-------CACAGTCA-----CA--C-C-----CAGGG-C------AA---CAT-TGTTTGGCTCTCAGT------CACCT-----------CTCCTGAATG
gi|14 : --GTCTTTGATACCATTT-TCGAA--CAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAGC-AACT-T-A----------------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CTT-TGTTTGGCTCTCAG
gi|15 : tTTG-CTGTTCACTTGTCATTGAAACCAACA-TCAAT--CAATGTAGAACCCAGATTAGTCT
gi|16 : aataccTTGACTGGTCAC--ATCACTCATACCATTA-TAAAA--CTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAAT-Aaacaacaa
gi|17 : acTTCAA--GTCAGTCATGCTAGTT-ACAAA--CAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAGT-Atgt
gi|18 : cttatttCAG--GTCTATGGTAACATTA-ACAAA--CCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|19 : attgtacttccGT-AATT-------CATAGAT------TG--A-T-----CAGGGTCCTTGTCTG---CAT-TGTTTAGCTCACAGT------CA
gi|2 : ctTTG-CTGTTCAT--GCCATTGATAACATTA-ACAAA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAGT-AACTGT-GACACATAGTT------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CAT-CGTTTGGCTCACAGT------CATCT-----------GTTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAA
gi|20 : TTG-CTGTTTAT--ATCAATGAAATCATTT-GCAAA--CAAT---G-ACCCAGATCAGCattag
gi|21 : agcCAAA--CAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAGT-A
gi|3 : agTTG-CTGGTCAC--CTTTTTGGTATCATCT-ACAAA--CAATGTAG-TCCCAGATCAGCTGGCCTGT-TACG-C-T-C-AATA-TC------TA--A-TATGTACAGGGTG------TA---CAT-TGTTTGACTCTTGAT------TAGAT-----------TTTT---ATAATTATGGAATAGTTCAATAGAAAccgt
gi|4 : ttG-CTGTTCAA--GAAAACAATGCCATCT-GCAAA--CAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAACT-------CACAGTC------TA-------------GATA------TG---CAT-TGTTTGGCTCTCAGT------CA
gi|5 : tctttattgTGTTCAC--ATGAGTGATGAGATTT-GCAAA--CAATGTAC-TCTCAGGTCAGTCTATGA----------G-C-CA-AG----------------------GGATC------TG---CAT-TGTTTGGCCCTCTGTCAATAACATCTCATGAGCATTCTTTCTAAATAATATTGAAATTGataaattatcatgaacaactcttttaaatgattatggaa
gi|6 : ttatcttagAAC--CAATATAA-ACCAAGATTGACCTGCG--T-A-TT-T-C-T-CA-AGT-------TA--A-C-----CCAG--C------TTGATCAT-TGTTTGGCTCTCAGT------CAga
gi|7 : acaataccgcagCATT--ACAAA--CAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAGT-AACT---------CAGAC------TG--G-C-----CATGGTC------TA---CAT-TATTTGGCTCTCAattaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
gi|8 : TTA-CCGCTCAT--GTCAATGATATCTTTT-GCAAAAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGGT-AACT-CAG-C-T---GTG------TA--A-C-----TAGGTTG------TA---TGT-GGTTTGGCTCTCTGT------GAGCT-----------GTtagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|9 : gtAA--CAATGTAG-A---GGACCAA-----GAGT-AATT-T-A-C----AGTC------CA--A-T-----TATG---------------AT-TGTTTGGCTCTTTGT------CA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555 44444444444444444 222222222222
lowQualScore : 5 555 1 4 22 44 2 2 2 2 6666666666666666666666666666666666 99999999999999 2 5555 44 77777777777777777 1 222222222222 4 1 1 1
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . . .................................. .............. . .... .. ................. . ............ . . . .
lowQualScore : 0 888 0 4 88 88 0 1 2 7 7777777777777777777777777777777777 33333333333333 7 7777 22 55555555555555555 0 111111111111 0 0 0 0
consensus : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAAC-T-------CA--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCT-----------CTTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Reference ( family-792 ) : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAAC-T----T-CCA--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCT-----------NTTCTAAATAATANTGGAATNGTTCAAAAGNAAA
gi|1 : ATTATACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAA-TAAC-T----G-ACAG-TAGTCAGACCTTA--AGT-----TAGGCAC------TA---CATGTATTTGG--------CA---------------------CACCC-----------CTTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAA
gi|10 : -CTATTCAC--ATATGTAATACCTTT-TGTA--AA--CAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAG-TAA--T----T-TTA---AGTA------TG--G-T-----AAGAGTC------TA---TTT-TATTTGG-TC----CAAG--T-----------------CAggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|11 : tcttagcct-TATA--AA--CAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAG-TAGC-T-------CA--TAGCT------GG--A-T-----CAGACTT------TT---CAT-TGTTTGGATC----TCA
gi|12 : acaGTTTAT--ATAATTGATACCACA-TACA--AA--CAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAG-TAAC-T----TGCCA-----TC------TGGTA-T-----CTGGGTC------TA---GAT-AAGTTGCCTC----TCGG--T-----------------CAcaaaatttacgatttgtaaattatgcaaga
gi|13 : TT-TACA--AA--CAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAG-TTAC-T-------CA--CAGTCA-----CA--C-C-----CAGGG-C------AA---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CACCT-----------CTCCTGAAT
gi|14 : --GTCTTTGATACCATT-TTCG--AA--CAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAG-CAAC-T----T---A-------------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CTT-TGTTTGGCTC----TCAG--g
gi|15 : tTTG-CTGTTCACTTGTCATTGAAACCA----ACATCAAT-CAATGTAGAACCCAGATTAGTCT
gi|16 : aataccTTGACTGGTCAC--ATCACTCATACCATTATA-A--AA--CTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAA-TAaacaacaa
gi|17 : acTTCAA--GTCAGTCATGCTAGT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAG-TAtgt
gi|18 : cttatttCAG--GTCTATGGTAACATT-AACA--AA--CCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|19 : attgtacttccG-TAAT-T-------CA--TAGAT------TG--A-T-----CAGGGTCCTTGTCTG---CAT-TGTTTAGCTC----ACAG--T-----------------CA
gi|2 : ctTTG-CTGTTCAT--GCCATTGATAACATT-AACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAG-TAAC-TGTGAC-ACA--TAGTT------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CAT-CGTTTGGCTC----ACAG--T-----------------CATCT-----------GTTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAA
gi|20 : TTG-CTGTTTAT--ATCAATGAAATCATT-TGCA--AA--CAAT---G-ACCCAGATCAGCattag
gi|21 : agcCA--AA--CAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAG-TA
gi|3 : agTTG-CTGGTCAC--CTTTTTGGTATCATC-TACA--AA--CAATGTAG-TCCCAGATCAGCTGGCCTG-TTACGC----T-CAA--TA-TC------TA--A-TATGTACAGGGTG------TA---CAT-TGTTTGACTC----TTGA--T-----------------TAGAT-----------TTTT---ATAATTATGGAATAGTTCAATAGAAAccgt
gi|4 : ttG-CTGTTCAA--GAAAACAATGCCATC-TGCA--AA--CAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAAC-T-------CA--CAGTC------TA-------------GATA------TG---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--TCAATAAATTATCATGAACAACT-----------CTTTTAAATGATTATGGAA
gi|5 : tctttattgTGTTCAC--ATGAGTGATGAGATT-TGCA--AA--CAATGTAC-TCTCAGGTCAGTCTATGAG-------------CCA---AG----------------------GGATC------TG---CAT-TGTTTGGCCC----TCTG--TCAATAA-----------CATCTCATGAGCATTCTTTCTAAATAATATTGAAATTG
gi|6 : ttatcttagA--AC--CAATATAA-ACCAAGATTGACCTGCG---TATT-T----C-TCA---AGT-------TA--A-C-----CCAG--C------TTGATCAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CAATT-----------ga
gi|7 : acaataccgcagT-TACA--AA--CAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAG-TAAC-T-----------CAGAC------TG--G-C-----CATGGTC------TA---CAT-TATTTGGCTC----TCAaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
gi|8 : caTTA-CCGCTCAT--GTCAATGATATCTTT-TGCA--AAAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGG-TAAC-T-------CAGCT-GTG------TA--A-C-----TAGGTTG------TA---TGT-GGTTTGGCTC----TCTG--T-----------------GAGCT-----------GTtagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|9 : gtATGCCATA-TGTT--AA--CAATGTAG-A---GGACCAA-----GAG-TAAT-T----T---A--CAGTC------CA--A-T-----TATG---------------AT-TGTTTGGCTCTTTGTCAGAATGGTTTGTTAA-------CATTC-----------CTTCTTAATGATAATGGAA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 44444444444444444 22222222222
lowQualScore : 5 555 1 4 22 44 2 2 2 33 0000000000000000000000000000000000 99999999999999 2 5555 44 77777777777777777 1 77777777777 3 1 1
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . .. .................................. .............. . .... .. ................. . ........... . . .
lowQualScore : 0 888 0 4 88 88 0 1 2 77 9999999999999999999999999999999999 33333333333333 7 7777 22 55555555555555555 0 11111111111 0 0 0
consensus : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CT------C-A--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Reference ( family-792 ) : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CT------C-A--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
gi|1 : ATTATACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAA-TAA--CTGA----C-AG-TAGTCAGACCTTA--AGT-----TAGGCAC------TA---CATGTATTTGG--------CA---------------------CACCCC-----------TTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAA
gi|10 : -CTATTCAC--ATATGTAATACCTTT-TGTA--AA--CAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAG-TAA--TT------T-T--AAGTA------TG--G-T-----AAGAGTC------TA---TTT-TATTTGG-TC----CAAG--T-----------------CAggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|11 : tcttagcct-TATA--AA--CAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAG-TAG--CT------C-A--TAGCT------GG--A-T-----CAGACTT------TT---CAT-TGTTTGGATC----TCA
gi|12 : acaGTTTAT--ATAATTGATACCACA-TACA--AA--CAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAG-TAA--CT------T-G--CCATC------TGGTA-T-----CTGGGTC------TA---GAT-AAGTTGCCTC----TCGG--T-----------------CAcaaaatttacgatttgtaaattatgcaaga
gi|13 : TT-TACA--AA--CAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAG-TTA--CT------C-A--CAGTCA-----CA--C-C-----CAGGG-C------AA---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CACCTC-----------TCCTGAATG
gi|14 : --GTCTTTGATACCATT-TTCG--AA--CAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAG-CAA--CT------T-A-------------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CTT-TGTTTGGCTC----TCAG--
gi|15 : tTTG-CTGTTCACTTGTCATTGAAACCA----ACATCAAT-CAATGTAGAACCCAGATTAGTCT
gi|16 : aataccTTGACTGGTCAC--ATCACTCATACCATTATA-A--AA--CTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAA-TAaacaacaa
gi|17 : acTTCAA--GTCAGTCATGCTAGT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAG-TAtgt
gi|18 : cttatttCAG--GTCTATGGTAACATT-AACA--AA--CCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|19 : attgtacttccG-TAA--TT------C-A--TAGAT------TG--A-T-----CAGGGTCCTTGTCTG---CAT-TGTTTAGCTC----ACAG--T-----------------CA
gi|2 : ctTTG-CTGTTCAT--GCCATTGATAACATT-AACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAG-TAA--CTGTGACAC-A--TAGTT------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CAT-CGTTTGGCTC----ACAG--T-----------------CATCTG-----------TTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAA
gi|20 : TTG-CTGTTTAT--ATCAATGAAATCATT-TGCA--AA--CAAT---G-ACCCAGATCAGCattag
gi|21 : agcCA--AA--CAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAG-TA
gi|3 : agTTG-CTGGTCAC--CTTTTTGGTATCATC-TACA--AA--CAATGTAG-TCCCAGATCAGCTGGCCTG-TTACGCT------CAA--TA-TC------TA--A-TATGTACAGGGTG------TA---CAT-TGTTTGACTC----TTGA--T-----------------TAGATT-----------TTT---ATAATTATGGAATAGTTCAATAGAAAccgt
gi|4 : ttG-CTGTTCAA--GAAAACAATGCCATC-TGCA--AA--CAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAA--CT------C-A--CAGTC------TA-------------GATA------TG---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--TCAATAAATTATCATGAACAACTC-----------TTTTAAATGATTATGGAA
gi|5 : tctttattgTGTTCAC--ATGAGTGATGAGATT-TGCA--AA--CAATGTAC-TCTCAGGTCAGTCTATGAG-----------------------C------CA--A--------GGGATC------TG---CAT-TGTTTGGCCC----TCTG--TCAATAA-----------CATCTCATGAGCATTCTTTCTAAATAATATTGAAATTG
gi|6 : ttatcttagA--AC--CAATATAA-ACCAAGATTGACCTGCGTA-TTT--CT------C-A---AGT-------TA--A-C-----CCAG--C------TTGATCAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CAATTga
gi|7 : acaataccgcagT-TACA--AA--CAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAG-TAA--CT------C-A--GA--C------TG--G-C-----CATGGTC------TA---CAT-TATTTGGCTC----TCAaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
gi|8 : caTTA-CCGCTCAT--GTCAATGATATCTTT-TGCA--AAAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGG-TAA--CT------C-AGCT-GTG------TA--A-C-----TAGGTTG------TA---TGT-GGTTTGGCTC----TCTG--T-----------------GAGCTtagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|9 : gtATGCCATA-TGTT--AA--CAATGTAG-A---GGACCAA-----GAG-TAA--TT------T-A--CAGTC------CA--A-T-----TATG---------------AT-TGTTTGGCTCTTTGTCAGAATGGTTTGTTAA-------CATTCC-----------TTCTTAATGATAATGGAAgt
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333 44444444444444444 22222222222
lowQualScore : 5 555 1 4 22 44 2 2 2 33 0000000000000000000000000000000000 99999999999999 2 5555 44 77777777777777777 1 77777777777 3 1 1
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . .. .................................. .............. . .... .. ................. . ........... . . .
lowQualScore : 0 888 0 4 88 88 0 1 2 77 9999999999999999999999999999999999 33333333333333 7 7777 22 55555555555555555 0 11111111111 0 0 0
consensus : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CT------C-A--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Reference ( family-792 ) : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CT------C-A--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
gi|1 : ATTATACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAA-TAA--CTGA----C-AG-TAGTCAGACCTTA--AGT-----TAGGCAC------TA---CATGTATTTGG--------CA---------------------CACCCC-----------TTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAA
gi|10 : -CTATTCAC--ATATGTAATACCTTT-TGTA--AA--CAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAG-TAA--TT------T-T--AAGTA------TG--G-T-----AAGAGTC------TA---TTT-TATTTGG-TC----CAAG--T-----------------CAggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|11 : tcttagcct-TATA--AA--CAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAG-TAG--CT------C-A--TAGCT------GG--A-T-----CAGACTT------TT---CAT-TGTTTGGATC----TCA
gi|12 : acaGTTTAT--ATAATTGATACCACA-TACA--AA--CAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAG-TAA--CT------T-G--CCATC------TGGTA-T-----CTGGGTC------TA---GAT-AAGTTGCCTC----TCGG--T-----------------CAcaaaatttacgatttgtaaattatgcaaga
gi|13 : TT-TACA--AA--CAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAG-TTA--CT------C-A--CAGTCA-----CA--C-C-----CAGGG-C------AA---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CACCTC-----------TCCTGAATG
gi|14 : --GTCTTTGATACCATT-TTCG--AA--CAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAG-CAA--CT------T-A-------------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CTT-TGTTTGGCTC----TCAG--
gi|15 : tTTG-CTGTTCACTTGTCATTGAAACCA----ACATCAAT-CAATGTAGAACCCAGATTAGTCT
gi|16 : aataccTTGACTGGTCAC--ATCACTCATACCATTATA-A--AA--CTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAA-TAaacaacaa
gi|17 : acTTCAA--GTCAGTCATGCTAGT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAG-TAtgt
gi|18 : cttatttCAG--GTCTATGGTAACATT-AACA--AA--CCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|19 : attgtacttccG-TAA--TT------C-A--TAGAT------TG--A-T-----CAGGGTCCTTGTCTG---CAT-TGTTTAGCTC----ACAG--T-----------------CA
gi|2 : ctTTG-CTGTTCAT--GCCATTGATAACATT-AACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAG-TAA--CTGTGACAC-A--TAGTT------TA--A-T-----CAGGGTC------TT---CAT-CGTTTGGCTC----ACAG--T-----------------CATCTG-----------TTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAA
gi|20 : TTG-CTGTTTAT--ATCAATGAAATCATT-TGCA--AA--CAAT---G-ACCCAGATCAGCattag
gi|21 : agcCA--AA--CAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAG-TA
gi|3 : agTTG-CTGGTCAC--CTTTTTGGTATCATC-TACA--AA--CAATGTAG-TCCCAGATCAGCTGGCCTG-TTACGCT------CAA--TA-TC------TA--A-TATGTACAGGGTG------TA---CAT-TGTTTGACTC----TTGA--T-----------------TAGATT-----------TTT---ATAATTATGGAATAGTTCAATAGAAAccgt
gi|4 : ttG-CTGTTCAA--GAAAACAATGCCATC-TGCA--AA--CAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAA--CT------C-A--CAGTC------TA-------------GATA------TG---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--TCAATAAATTATCATGAACAACTC-----------TTTTAAATGATTATGGAA
gi|5 : tctttattgTGTTCAC--ATGAGTGATGAGATT-TGCA--AA--CAATGTAC-TCTCAGGTCAGTCTATGAG-----------------------C------CA--A--------GGGATC------TG---CAT-TGTTTGGCCC----TCTG--TCAATAA-----------CATCTCATGAGCATTCTTTCTAAATAATATTGAAATTG
gi|6 : ttatcttagA--AC--CAATATAA-ACCAAGATTGACCTGCGTA-TTT--CT------C-A---AGT-------TA--A-C-----CCAG--C------TTGATCAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CAATTga
gi|7 : acaataccgcagT-TACA--AA--CAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAG-TAA--CT------C-A--GA--C------TG--G-C-----CATGGTC------TA---CAT-TATTTGGCTC----TCAaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
gi|8 : caTTA-CCGCTCAT--GTCAATGATATCTTT-TGCA--AAAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGG-TAA--CT------C-AGCT-GTG------TA--A-C-----TAGGTTG------TA---TGT-GGTTTGGCTC----TCTG--T-----------------GAGCTtagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|9 : gtATGCCATA-TGTT--AA--CAATGTAG-A---GGACCAA-----GAG-TAA--TT------T-A--CAGTC------CA--A-T-----TATG---------------AT-TGTTTGGCTCTTTGTCAGAATGGTTTGTTAA-------CATTCC-----------TTCTTAATGATAATGGAAgt
blockSeqs : A CTT T A TC AA A A T CG GTGACACATAGTTTAAT GTCCTTGTCTG . TTTG AA CAATAAATTATCATGAA C ATGAGCATTCT G T T
blockSeqs : . T T . . T . G . . CAATATCTAATATGTA CTTGAT . . . GGTTTGTTAA T . A A A
blockSeqs : . C T . . . . G . . TGCCATCTGGTAT GTCTA . . . CAATAA G . A T
blockSeqs : . A C . . . . G . . CACAGTCACACC CTTTT . . . . A . A
blockSeqs : . G G . . . . A . . CAGCTGTGTAAC GTCTA . . . . T . T
blockSeqs : . T A . . . . A . . TTAAGTATGGT GTCTT . . . . A . .
blockSeqs : . T T . . . . C . . CATAGCTGGAT GTCTT . . . . G
blockSeqs : C A . . . . C . . CATAGATTGAT GTGTA . . . . T
blockSeqs : A T . . . . A . . TACAGTCCAAT ATATG . . . .
blockSeqs : C A . . . . C . . CACAGTCTA ATCTG . . . .
blockSeqs : T G . . . . T . . CAAGTTAAC GTCTA . . . .
blockSeqs : A . . . . G . . CAGACTGGC TTGTA . . .
blockSeqs : . . . . G . . TATAAT GCAA . .
blockSeqs : . . . . C . . CCAA . . .
blockSeqs : . . . . G .
blockSeqs : . . . . G .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : CACAGTCTAAT***********************
originalCons : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CT------C-A--TAGTC------TA--A-T-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
finalCons : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAA--CTCACAGTCTAAT-----------------------CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222 44444444444444444 22222222222
lowQualScore : 5 555 1 4 22 44 2 2 2 66666666666666666666666666666666666666 99999999999999 2 5555 44 77777777777777777 1 77777777777 3 1 1
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . ...................................... .............. . .... .. ................. . ........... . . .
lowQualScore : 0 888 0 4 88 88 0 1 2 66666666666666666666666666666666666666 33333333333333 7 7777 22 55555555555555555 0 11111111111 0 0 0
consensus : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAACT------CA-CA--GT--------C-T--A--AT-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
Reference ( family-792 ) : TTG-CTGTTCAC--GTCANTGATACCATT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGCGAG-TAACT------CA-CA--GT--------C-T--A--AT-----CAGGGTC------TN---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CANCTC-----------TTCTNAATGATAATGGAATNGTTCAAAAGNAAA
gi|1 : ATTATACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATGAGCCTGCAAA-TAACT------GA-CA--GTAGTCAGACC-TTAA--GT-----TAGGCAC------TA---CATGTATTTGG--------CA---------------------CACCCC-----------TTCTTGATAATAATAAAATAATCCAAAAGCAAA
gi|10 : -CTATTCAC--ATATGTAATACCTTT-TGTA--AA--CAATGTAG-ACCCATATCAATCTGTAAG-TAATT------TT-AA--GT--------A-T--G--GT-----AAGAGTC------TA---TTT-TATTTGG-TC----CAAG--T-----------------CAggtggaagagtcctttctagaaattaagtga
gi|11 : tcttagcct-TATA--AA--CAATGTTG-ACCTAGATCAGCCCATGAG-TAGCT------CA-TA--GC--------T-G--G--AT-----CAGACTT------TT---CAT-TGTTTGGATC----TCA
gi|12 : acaGTTTAT--ATAATTGATACCACA-TACA--AA--CAATGTAA-ATCCAGACAAGTCTTTGAG-TAACT------TG-CC--AT--------C-T--GGTAT-----CTGGGTC------TA---GAT-AAGTTGCCTC----TCGG--T-----------------CAcaaaatttacgatttgtaaattatgcaaga
gi|13 : TT-TACA--AA--CAATGCAG-ATGATGATAAACCTGCGAG-TTACT------CA-CA--GT--------CAC--A--CC-----CAGGG-C------AA---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CACCTC-----------TCCTGAATG
gi|14 : --GTCTTTGATACCATT-TTCG--AA--CAATGTTA-ACTGAGATAATCCTGTAAG-CAACT------TA-----------------T--A--AT-----CAGGGTC------TT---CTT-TGTTTGGCTC----TCAG--
gi|15 : tTTG-CTGTTCACTTGTCATTGAAACCA----ACATCAAT-CAATGTAGAACCCAGATTAGTCT
gi|16 : aataccTTGACTGGTCAC--ATCACTCATACCATTATA-A--AA--CTATGTAG-ACACAG-TCAGCCTGTAAA-TAaacaacaa
gi|17 : acTTCAA--GTCAGTCATGCTAGT-TACA--AA--CAATGTAG-ACCAAGATCAGTCCATCAG-TAtgt
gi|18 : cttatttCAG--GTCTATGGTAACATT-AACA--AA--CCATGTAG-ACCCATGTCAGCTTG
gi|19 : attgtacttccG-TAATT------CA-TA--GA--------T-T--G--AT-----CAGGGTCCTTGTCTG---CAT-TGTTTAGCTC----ACAG--T-----------------CA
gi|2 : ctTTG-CTGTTCAT--GCCATTGATAACATT-AACA--AA--CAATGTAG-ACCCAGATCAGCCTGTCAG-TAACTGTGACACA-TA--GT--------T-T--A--AT-----CAGGGTC------TT---CAT-CGTTTGGCTC----ACAG--T-----------------CATCTG-----------TTCTAAATGATACAGGAATTGTTCCAAAGTAAA
gi|20 : TTG-CTGTTTAT--ATCAATGAAATCATT-TGCA--AA--CAAT---G-ACCCAGATCAGCattag
gi|21 : agcCA--AA--CAATGTAG-ACTCAGATCAGCCTGCAAG-TA
gi|3 : agTTG-CTGGTCAC--CTTTTTGGTATCATC-TACA--AA--CAATGTAG-TCCCAGATCAGCTGGCCTG-TTACG------CT-CAATAT--------C-T--A--ATATGTACAGGGTG------TA---CAT-TGTTTGACTC----TTGA--T-----------------TAGATT-----------TTT---ATAATTATGGAATAGTTCAATAGAAAccgt
gi|4 : ttG-CTGTTCAA--GAAAACAATGCCATC-TGCA--AA--CAGCATAA-ACTCCGATCAACCTTCTAGTTAACT------CA-CA--GT--------C-T--A------------GATA------TG---CAT-TGTTTGGCTC----TCAG--TCAATAAATTATCATGAACAACTC-----------TTTTAAATGATTATGGAA
gi|5 : tctttattgTGTTCAC--ATGAGTGATGAGATT-TGCA--AA--CAATGTAC-TCTCAGGTCAGTCTATGAG-----------------------------C-C--A--A-------GGGATC------TG---CAT-TGTTTGGCCC----TCTG--TCAATAA-----------CATCTCATGAGCATTCTTTCTAAATAATATTGAAATTG
gi|6 : ttatcttagA--AC--CAATATAA-ACCAAGATTGACCTGCGTA-TTTCT------CA--A--GT----------T--A--AC-----CCAG--C------TTGATCAT-TGTTTGGCTC----TCAG--T-----------------CAATTga
gi|7 : acaataccgcagT-TACA--AA--CAATGCAT-ACCCAGATCAGCTGGCCAG-TAACT------CA-GA------------C-T--G--GC-----CATGGTC------TA---CAT-TATTTGGCTC----TCAaagtgttgtttacaccctttctaacaatga
gi|8 : caTTA-CCGCTCAT--GTCAATGATATCTTT-TGCA--AAAATAATGTAG-ACCCAGATCAGCATGTGGG-TAACT------CAGCT--GT--------G-T--A--AC-----TAGGTTG------TA---TGT-GGTTTGGCTC----TCTG--T-----------------GAGCTtagggtatattcttatttacatcgttctaaatgaaaaaca
gi|9 : gtATGCCATA-TGTT--AA--CAATGTAG-A---GGACCAA-----GAG-TAATT------TA-CA--GT--------C-C--A--AT-----TATG---------------AT-TGTTTGGCTCTTTGTCAGAATGGTTTGTTAA-------CATTCC-----------TTCTTAATGATAATGGAAgt