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Reference ( gi|2 ) : TTTATTTGTTAATATAGCTATAACT----GGA---AGTGGGGTC---ACATGAAAAAACACACTTTTTGAGTAAGTGGTGTTCCT----ACAAGTAT-TGTTATGTACAAGTCTGTGAATAT-AATAAAAGAAATGCAG-AA-AAATATATACCGAACAAA-A-A-AGAA-A-TTCCACTACCGGTATGTTTAAGTGCAG--GTATATCGAAATATGAAA-----ACAA-AGTTCAA-A-----TTATT-TTTATAT-GTATCCCAAGAGT-A-CTTTAAGTTGCATTT-GT-ATGG--AATAAA---TTATGGCTCT-------ACTGTTATGGGAAAAA---GAT----AATATTATTGAT-TAAA--TGT-GGTAG-GTGTTTGAAAT-TA----AA-A-TTAC--AGCTGCA------------TTT-AAA-CA-----------TGGT--------G---------GA---------A----TGTTG----AATTTTA-GGCATT-T--TCAAAA----CTAGGAAAACTGAACA----AAT-TT-CTATGT----TTTT------CTTTATCTC----ATT--GACA---------A---------TAAA-----------C--A-----GAC-AGAA-------AGTTTGATTTGAT----AA-A-CAC----AG------------AC--CATACTGGT-CCATG--CATGCCTGTG----GAGATTGACTTTCACA--TTGTCTATTTTGTCTAATGTGCACATG-ATT--G-TTA-AAATTT-ATTTT------TATCTGAC--------CCTTAATC-TTTGCCC-AACACT-ATGTAGCTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAC---AT---TAAAA--ATATG----T--ATGAA-AAAT---GGA----TTTTTTTTTT
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gi|6 : ggaaTGTC-TTTAT-T-GTTTCACAACAGT-A-TTCTTAGATACATTT-GT-ATGG--GAAAGA---TTATGGTTCG-------ACGGTTATGGAAAAAGCCGGTT----GAAATAATTGATGTAAA---GT-TGTAG-GGATTTGACAC-AA----AT-A-ATAA--ATCTGCACTATTTCTTTTTTTT-AAGTCA-----------TAGC--------ACGTTCATATAA---------A----TTTTGTGGGAATTTTA-GGAATA-T--TAAAAAAAAAC-AGGAAAACTGAACA----CAT-TT-CACTAT----TTTT------CTATATCTG------T--GTAA---------A---------TAAA------------------------------------------TTT--------A-A-CAT----AG---------------------TGGT-TCGTG--TATGCACGTG----GAAATAGACTTTCGCG--TTGTCCA-TTAATCTAA--TACACATGTACT--ATTTA-CAGTTG-GTTGT------T-TCGGAC--------ACTTAATCGTTTGCCC-AAAACT-ATGAAGGTC-TTTCACATGTTTATTTCTTTATATttt
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gi|7 : gaacaaaacagaaacttcgactttgtgtaagtgtatatgtatgaaaacaaagtttaaattatctcaatatgtactgctagtgtatgttaaggtgttttgtatgtaaaacattatcgctatgctgttatgggaaaggatgaaattattgattaatgtgctaggggtagaaaacaaaaaacatagctgtactttaacatatttgaagtttctcttttttgtacagtaatggcccgtccgggtaaagttAGGGAAACTGAACA----AAT-GT-CAATGT----TTTT------C------------AAC--GACA---------A---------TAAAGTCCGTAAAATC--C-----GAT-TGAA-------TGTTTGATTTGAT----CA-A-CAC----GG------------AA--AATACCGGG-CCGTG--CATACACGTG----gttctgtttatatagtttaattttcataatatacttgctatgatattgatgtagttaagtaactga
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gi|9 : ttttatctttttatatatattggaatatggtgtcAAAA-CATAGTATGACA---------ACTGTTA-CGGGAAAA---GGGT----GAAATAATTGAT-TGAA--TGT-GGTAG-AAGTCGAAAA--TACA-TGTCA-CAATTGT--GC------------TT----AAG-TA-----------TAGC--------G---------GT---------A-----GTT----TG-ATTT----------------------CTTG---AACAGAACAAACATT---ATGTG--TTT------------T-A---CTTATTGACAT-TC----AAGTC--T---ATAAACTC-AGAC-------T-AAACGTTGAAGTT---TATGAT------------------AAC----GGAACATACAGGTACATGTACGTGCATGTGCATGGAAAT-GACTTTCGC--GTGATCAATTTTGTATAATGC--------TA-GTTATAATTGA-TTTTATTTGAAA---------------CGTAAACGTTTGCCAGAAATTAAGTAGGACTTGTTACAGGTTTG--TCTTTTTATAAC---AT---TAGAttctttttttgttctgtatttaataatacaaccacacatataaatactgcataaattatttttgtgtcttcaaccgggctggtatttacaaagctttataaatcaaacatagaaatattt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Alignments
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consensus : TTTGTTTGCTNNTATAGCTATAGCTTTGCGGACATAGTGGGNTCTTTACATNANAAGGCACANTNTTTGAGTAAGTGGTNCTCCCCATCACAAGTATGTGCNATGTACAGGTCTATNAATATCAATAAAAGAAATT-TAGTNNTANATA--TATACCGAACAAA-A-A-AGAAA---C--ACTTCCGCTA---TGTTTAAGTGCAG--ATATATCGAAATATGAAAA-----CAAAGTTTAA---AT---TATT-TTTATAT-GTATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCATTT-GT-ATGGAAAA-GAT--TATGGCTCT-------ACTGTTA-CGGGAAAA---GGAT----GAAATTATTGAT-TAAA--TGT-GGTAG-GGGTCGAAAA--CAAA-AATCA-CAGCTGC--AC------------TT----AAA-CATAGC--------G---------GAA----TGTT----GAATTTT-------AGGCAT-AT----T----AAAAACTA-GGAA---------AACTGAACAAAT-TT-CAATGTT--TTT--C-------T-TT-T---CTTATTGACAA-TA----AAGTC--T--A----A---C--AGAC-------T-GAANGTTTGATTT---GATAAA------------------CAC----GGAACATACTGGT-C-----CGTGCATGCACGTGGAAATCGACTTTCAC--GTTGTCTATTTTGTCTAATGCGCACGTGCTA-GTTACAATTNG-TTTTATCTGACA---------------CTTAATCGTTCGCCCGAAACTATGTAGGTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAC---AT---TAAAA--A--TATG----T--ATG-AAAATCGGAAGTTTCTTTTTT
Reference ( family-710 ) : TTTGTTTGCTNNTATAGCTATAGCTTTGCGGACATAGTGGGNTCTTTACATNANAAGGCACANTNTTTGAGTAAGTGGTNCTCCCCATCACAAGTATGTGCNATGTACAGGTCTATNAATATCAATAAAAGAAATT-TAGTNNTANATA--TATACCGAACAAA-A-A-AGAAA---C--ACTTCCGCTA---TGTTTAAGTGCAG--ATATATCGAAATATGAAAA-----CAAAGTTTAA---AT---TATT-TTTATAT-GTATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGCATTT-GT-ATGGAAAA-GAT--TATGGCTCT-------ACTGTTA-CGGGAAAA---GGAT----GAAATTATTGAT-TAAA--TGT-GGTAG-GGGTCGAAAA--CAAA-AATCA-CAGCTGC--AC------------TT----AAA-CATAGC--------G---------GAA----TGTT----GAATTTT-------AGGCAT-AT----T----AAAAACTA-GGAA---------AACTGAACAAAT-TT-CAATGTT--TTT--C-------T-TT-T---CTTATTGACAA-TA----AAGTC--T--A----A---C--AGAC-------T-GAANGTTTGATTT---GATAAA------------------CAC----GGAACATACTGGT-C-----CGTGCATGCACGTGGAAATCGACTTTCAC--GTTGTCTATTTTGTCTAATGCGCACGTGCTA-GTTACAATTNG-TTTTATCTGACA---------------CTTAATCGTTCGCCCGAAACTATGTAGGTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAC---AT---TAAAA--A--TATG----T--ATG-AAAATCGGAAGTTTCTTTTTT
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|7 : agggaaactgaacaaatgtcaatgtttttcaacgacaataaagtccgtaaaatccgattgaatgtttgatttgatcaacacggaaaataccgggccgtgcatacacgtgtaTAAAT-----------------CAC----GGAACATACCGGG-C-----CGTGCATACACGTGTAA-TCGACTATCACA-GAT-TCTATTTTGTCTGGTGCGCTCGTGTTAAGTTAGAAATGG-TTTTATACGACATCAGACATAATGTCTCTTAATAGTTCGCCTGAAACTATGTAGGTCATTTTAAATGTTTATTTTGTTTTATGAT---AT---TGAAAATA--TATG----T--ATGCAAAATCGGAAGTTTCTTGTTTacggaacataccgggccgtgcatacacgtgtaatcgactatcacagattctattttgtctggtgcgctcgtgttaagttagaaatggttttatacgacatcagacataatgtctcttaatagttcgcctgaaactatgtaggtcattttaaatgtttattttgttttatgatattgaaaatatatgtatgcaaaatcggaagtttcttgttttcgtcagtttgtatttctttcaca
gi|8 : agggaaactgaacaaatgtcaatgtttttcaacgacaataaagtccgtaaaatccgattgaatgtttgatttgatcaacacggaaaataccgggccgtgcatacacgtgtaaaacacggaacttaccgggccgtgcatacacgtg--TATACCGAACAAATA-A-AGAAA---C----TTCTGCTA---TGTTTAAGTGCAG--ATATATCGAAATATGAAAAAAACACAAAGTTTAACACATCTTTATCATTTATGT-ATATCGCGTGAGTATTCTAATGTGCATTT-GT-ATGGAAAA-GAT--TATGGCACTGAAGGTGACTGTTA---GGATAC---GGATTATAAAAATTATTGAC-TAAA--TGA-GATAG-GGGTTGAAAAAGCAAA-AGTtcgtcagtttgtatttctttcaca
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): GTTTAAACAAGCATTAAATCCCATTTTATATATATATTTA
Alignments
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consensus : TTTGTTTGCTNNTATAGCTATAGCTTTGCGGACATAGTGGGNTCTTTACATNANAAGGCACANTNTTTGAGTAAGTGGTNCTCCCCATCACAAGTATGTGCNATGTACAGGTCTATNAATATCAATAAAAGAAATT-TAGTNNTANATA--TATACCGAACAAA-A-A-AGA--A--A-----CTTCCGCTA---T-GTTTAAGTGCAG--ATATATCGAAATATGAAA-----ACAAAGTTTAA-A-----TTATT-TTTATAT-GTATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGC-ATTT-GTATGGAAAA-GAT--TATGGCTCT-------ACTGTTA-CGGGAAAA---GGAT----GAAATTATTGAT-T--AAATGT-GGTAG-GGGTCGAAAA--CAAA-AATCA-CAGCTGC--AC------------TT----AAA-CATAGC--------G---------GAA----TGTT----GAATTTT-------AGGCAT-AT----T----AAAAACTA-GGAA---------AACTGAACAAAT-TT-CAATGTT--TTT--C-------TTT-T---CTTATTGACAATNAAGTC-TNTAAAATCAGACT-GAANGTTTGA---TTT---G-----ATAAA------------------CAC----GGAACATACTGG-T-C-----CGTGCATGCACGTGGAAATCGACTTTCAC--GTTGTCTATTTTGTCTAATGCGCACGTGCTA-GTTACAATTNG-TTTTATCTGACA---------------CTTAATCGTTCGCCCGAAACTATGTAGGTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAC---AT---T--A-AANA--TATG----T--ATG-AAAATCGGAAGTTTCTTTTTT
Reference ( family-710 ) : TTTGTTTGCTNNTATAGCTATAGCTTTGCGGACATAGTGGGNTCTTTACATNANAAGGCACANTNTTTGAGTAAGTGGTNCTCCCCATCACAAGTATGTGCNATGTACAGGTCTATNAATATCAATAAAAGAAATT-TAGTNNTANATA--TATACCGAACAAA-A-A-AGA--A--A-----CTTCCGCTA---T-GTTTAAGTGCAG--ATATATCGAAATATGAAA-----ACAAAGTTTAA-A-----TTATT-TTTATAT-GTATCGCAAGAGTATTCTAAGGTGC-ATTT-GTATGGAAAA-GAT--TATGGCTCT-------ACTGTTA-CGGGAAAA---GGAT----GAAATTATTGAT-T--AAATGT-GGTAG-GGGTCGAAAA--CAAA-AATCA-CAGCTGC--AC------------TT----AAA-CATAGC--------G---------GAA----TGTT----GAATTTT-------AGGCAT-AT----T----AAAAACTA-GGAA---------AACTGAACAAAT-TT-CAATGTT--TTT--C-------TTT-T---CTTATTGACAATAAAGTC-TNTAAAATCAGACT-GAANGTTTGA---TTT---G-----ATAAA------------------CAC----GGAACATACTGG-T-C-----CGTGCATGCACGTGGAAATCGACTTTCAC--GTTGTCTATTTTGTCTAATGCGCACGTGCTA-GTTACAATTNG-TTTTATCTGACA---------------CTTAATCGTTCGCCCGAAACTATGTAGGTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAC---AT---T--A-AANA--TATG----T--ATG-AAAATCGGAAGTTTCTTTTTT
gi|1 : TTTGTTTGCTTTTATAACTATAGCTTTGCAGACATAGTGAGTTCTTTA-ATTACAAGGTA-AGTATTT---TAAATGGTTCTCCCCATCACA--TATGTACAATGTATAGG-CTATAAATATCAAT--------TT-TAG-GCTAGACA--CATACTGAACAAA-A-A-AAA--A--ATCAA-CTTCTGCTA---T-GTTTAAGTGCAGCTATATATCCAAATGTGAAA-----ACAAATTTTAA-A-----TTATT-TTTATAT-GTATTGCAAGAGTGTCCTAAG-------TT----TAAAAAA-GAT--TATGGTTCT-------ACTGTTA-TGAGAAAA---CAAT----GAAATTGTTGAT-T--AAATGT-GATAA-GGGTCGAAAA--TAAA-AATCC-TAACTGC--AC------------TT----AAA-CATAG
gi|1 : AAAAGAAA----AGTCA-AAAT-----TACCGAACAAA-A-A-GGA--AGAA-----C--CCGCTACTAT-GTTTAAGTGCAG--TTAtagcgggttcttcctttttgttcggtaattttgacttttctttttggcaataaagtatcaaatgagactgaatgtttgatttgataaacatggaacatacatgcatgtgtaaatgcactttcacattgttttgtctaatttccaaatgtagttacacttggttttatatgatacttaattgttctcccgagactatgtacgtcattttacatgtttatttctttttataatattaaaatatacctataaaaatgtttcttggttcagtataggctggtatacatttttttctttatgtataattatgtaaaatac
gi|1 : tttgtttgcttttataactatagctttgcagacatagtgagttctttaattacaaggtaagtattttaaatggttctccccatcacatatgtacaatgtataggctataaatatcaattttaggctagacacatactgaacaaaaaaaaaatcaacttctgctatgtttaagtgcagctatatatccaaatgtgaaaacaaattttaaattatttttatatgtattgcaagagtgtcctaagtttaaaaaagattatggttctactgttatgagaaaacaatgaaattgttgattaaatgtgataagggtcgaaaataaaaatcc-TT-CGGTAAT--TTTGAC-------TTT-T---CTTTTTGGCAATAAAGTA-TC--AAATGAGACT-GAATGTTTGA---TTT---G-----ATAAA------------------CAT----GGAACATAC-----------------ATGCATGTGTAAATGCACTTTCAC--ATTGT----TTTGTCTAATTTCCAAATG-TA-GTTACACTTGG-TTTTATATGATA---------------CTTAATTGTTCTCCCGAGACTATGTACGTCATTTTACATGTTTATTTCTTTTTATAAT---AT---TA-A-AATA--TACC----T--ATA-AAAAT-----GTTTCTTtggcaataaagtatcaaatgagactgaatgtttgatttgataaacatggaacatacatgcatgtgtaaatgcactttcacattgttttgtctaatttccaaatgtagttacacttggttttatatgatacttaattgttctcccgagactatgtacgtcattttacatgtttatttctttttataatattaaaatatacctataaaaatgtttcttggttcagtataggctggtatacatttttttctttatgtataattatgtaaaatac
gi|10 : tttgtttgcttttataactatagctttgcagacatagtgagttctttaattacaaggtaagtattttaaatggttctccccatcacatatgtacaatgtataggctataaatatcaattttaggctagacacatactgaacaaaaaaaaaatcaacttctgctatgtttaagtgcagctatatatccaaatgtgaaaacaaattttaaattatttttatatgtattgcaagagtgtcctaagtttaaaaaagattatggttctactgttatgagaaaacaatgaaattgttgattaaatgtgataagggtcgaaaataaaaatcctaactgcacttaaacatagtagcgggttcttcctttttgATTGTAATGATATATA--TATACTGAACAAA-C-ACAGA--A--A-----CTTCCGCTG---T-GTCGAAGTACAG--GTATATC-------------------AAGTTTAA-A-----TTACT-TTTGTAT-ATATCGCAAGAGTATCCTTATGTGC-ATTTTGCACGGTGAATGGT--TATGGTTCT-------ACTGTTA-TGTGAAAG---GGAT----GAAATTATTGAT-A--AAATGT-GGTAC-AGGTCGAAAA--CAAA-AACTA-CAGCTGC--AC------------TT----GAA-TATAGC--------A---------AAA-----GTT----TCATTTT-------ggttcagtataggctggtatacatttttttctttatgtataattatgtaaaatac
gi|11 : gttttcaaaacaagtactagtatccagtgTCAGCTG---T-GTTTAAGTGCAG--ATATAATGAAATATAAAA-----CCAAAGTTAAA-A-----ATATT-TTGATATTGTATCGCAATAGTCATCTGAGGTGC-TTTT-GTATGGAAAA-GAT--TATGGCTCT-------ACTGTTA-CGGAAAAA---GAAT----GAAATTATTGCT-T--TAATGTGGGCAGAGGGTCTAAGA--T--A-TATCAGAAGTTCCTTAC------------TTGCCCAAT-TATGGCCAATTCAAG---------TAAATTTTGTG----GACTTTT-------AGGCAT-AT----T----AAAAACTA-GGAA---------AACTGAACAAAA-TT-CAATGTT--TTT--CAACA---TCT-T---CTTCTTtttaataatagcacgttcacgtaaagtttatagaattttaggcacattcaa
gi|12 : AAGTTTAA---TT------------AAA------------------TACTAAAGGAAGATACTGG-TTC-----CGTACATGCACATGGAAATCGACTTTTTC--ATCGTCTATTGTATCTATTGTTCACGTGCTA-GTTACAATTTG-TTTTATCTGATA---------------CTTAATTGTTCTCCCGAAAA-AAATAGGGCATTTTACATGTTAATTTCATTTCATAAC---AT---T--A-AGAA--TATAT---T--ATG-AATTTCGGATGTTTTTTCTTact
gi|13 : cattA-AGAA---------AACTTAATACAT-TTTCAACGTC-------C-------TTT-T---CTTATTGACAATGAAGTC-T-TGAAGTCCAACA-TAAAGTTTAA---TTT---A-----ATACA------------------CTA----GGAACATATTGGTT-C-----CGTACATGCACGTGGAAATCGACTATTAC--ATTGTCTAT---------TGTGCACGTGCTT-CTTACAATTTG-TTTTATCGAATA---------------CTTAATTGTT------------------TCAGTTTATATTTATATATGCTTTTATATCTTTAC---T--A-CACA--TATG----T--Acagtatgtattgacttggtaaatatgaccagttattgatatagcaagtacatg
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