lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 11111 333333333333333 22 33333333333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 222222
lowQualScore : 6 5555 99999 1 8 222222222222222 44 99999999999999 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 11111 5 5 5 5 000000 6
lowQualScore : . .... ..... . . ............... .. .............. . .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .. ..... . . . . ...... .
lowQualScore : 0 0000 00000 2 2 888888888888888 00 77777777777777 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 11111 0 6 7 0 333333 0
consensus : GTAACAATA-T-GCCA--AA-TTTTGTAGTAA-NAC--TTTT-----AATTAAGAATTACA------GTATG-TGAAGTGTTCATAAATTAAT---G-GT-C-A--TTGAC--C-A--------------C----T---AAT----AA----ATA-----T-T-AAAC--TTA-A-T-TGT--AGT--T---TAAAAG--A----A-ATAACT---TTT--AAA-A--TA----ATTT---AT----G-GA-----N----G-----CCA----AAAATT-AACGAA-CACG------T--C-GGAC------GT----GCAA-ATAG----C-----CGA-C-------GTC--TN-TC----TGCGCAACA--T--CTAA-AAN-AGCCGG-TTTC-----AT-----TG---ATTG-----ATTTG-G-AT----ATA-AT--GATGGTTA-TATTT--ATG-GATA-------ATA--GA-----AATA-TGTGTNAG-TTAC----ATTTATACCTTG
Reference ( gi|5 ) : GTAGCAATA-T-GCCA--AA-TTTTATAGCAA-CAT--TTTT-----AATTAAGGATTACA------GTTTG-TCAAGTGTTTATAAATTACT---A-GT-C-C--TTGAC--C-A--------------C----T-G-AAT----AA----ATA-----T-T-AAAC--TTA-ACTCTGT--AGT--T---TAAAAG--A----A-ACAACT---TTT--GAA-A--TA----ATTC---AT----G-GA-----T----G-----TCA----AAAATT-AATGAG-TACA------T--T-GGAT------GT----GCAA-ATAG----C-----CAA-C-------ATC--AT-TC----TGCACAACA--T-ACTAA-AAT-AGTCAGTTTTC-----AT----GTG---ATTA-----ATTTG-G-AT----ATA-AT--GATGATTA-TATTTG-GTG-GAGA-------ATA--GA-----AATA-TGTGTTAG-TCAC----A-TTATATCTTG
gi|11 : GTAACAAAACT-ACCA--AAATTTTAATGTAA-AAC--TATT-----AATTAA---CTACAAACATAGCATACTGAAGTGTTCATAAATTTAT---C-GT-C-A--TTGAT--C-A--------------A----T-----T----TG----ATA-----T-T---AT--GTACACT-TGTAAAGT--T---TCAAAG--A----A-TTAACT---TTTACAAA-A--TA----ATTT---ATAAAGG-AA-----T----G-----CCA----GAATTT-AACGAA-CGCG------T--T-CG--------------GCAATAT-G----T-----TGA-T-------GTC--TA-TC----TGCACAACT--T-AATGA-A
gi|2 : aaAAT--T-GCCA--TA-TTTTGTAGAAAACAT--TTTTTTTTCAATTGAAGGTTACA---------TA-TTAAGTGTT--CAAATTAAT-----GTAC-A--TTGAC-----------------------------------AA----GT------T-T-AATCTATTA-A----GG--AGT--T---TTAAAC--A----A-ACAACT---TTT--AAA-A--CAT---GTTTTGGAG----G-GA-----A----G-----CCA----AATATT-AATAAA-CACT------C--C-AGAT------GT----GCAA-TTAA----C-----CAA-C-------GTC--TA-TC----TGCACAACA--T---------T-AG----------------------A---ACTG-----ATTTG-G-AT----ATA-AT--GACGGTTA-TTTTTA-ATG-GATG-------ATA--GA-----AGTA-TGAATTAA-TTAC----A-T
gi|14 : atagaagccaATA-TAGCCACAAA-TTTTATAGTAA-AAAAATTAG-----AATTACA-ATTATA------ATTTA-TGAAGTGTTCATAAATTATT---G-GT-CAT--TTGAT--CAA--------------CATTAT-A-AAT----AA----GTATCTGTT-T-A-----TTA-G-TATAT--GGCAAT---TAAAAA--A----A-ATCACC---TTT--AAA-A--TA----ATTT---AT----G-GA-----T----G-----GAAGTATAAAATT-AATCAA-CA-A------T--TCAGGC------AT----GCAA-ATAgttcatttaggtctagataatgcattaaaaaacttaagttattgtaaaaaggtaatttgacataatattggagtttgtgtgacttt
gi|1 : A-TGTTGCAGTAA-CTC--TGTT-----AATTCAGAATTTAA------GTATG-TGAAGTATTTATAAGATA-----A-GG-A-CAATTGAC--C-AATTTATTTTTCTTGC----T-ATGAT----AG----ATA---------AAA---TTA-A-----T--AGT--T---TAATAG--T----T-ACAATT---CTT--AAA-A--TA----ATCT---ATTGAGG-AA-----A----G-----CCA----AAAACT-AAAGAA-CACG------T--C-AGGC------GT----TTAA-ATAG----C-----CGA-C----------------T----TGCGCATCA--T--TTA---------CCGATTTA-----AA----CTT---ATT-------TTTG-G--------------------TTA-TATCTA-ACA-GATA-------ATA--GA-----ACTA-TGTGTAAG-TAAC----ATTTATAat
gi|3 : tggagagaaatacacagatgccacttagttttacTTT-----AATTAA--AATGCA------ATACG-AAAAGTATTTATATATTA------------------AC----A--------------C----T-C-AAT----TT-----TA-----T-TTCCAT--TTA-ACCTTAG--AGT--TATTTAAAAGTAA----ATACAACT---ATA--AAA-C--TA----ATTC---ATTAAGG-GA-----A----G-----CCA----AAAATA-ACTGAA-CACG------T--C-AGAC------GT----GCAA-ATAG----CAGATGTGA-C-------ATC--ATGTCTATATGCACAACA----------------------TTG-----AT-----TG----TTA-----AT----G-GT----ATT-AT----T--TTA-TA---------GATA-------ATA--GA-----AATA-TATGTGAG-CTAC----ATTTATACCTTGaccggttaatgcattagtgaacactttgttctctcattaaaagaaaacttgacgttttattttagctggcgtgactttaaaattcacctgaagtaataaaatttttaat
gi|8 : TTGAGAATTACA------GTATG-TGAAATTTCCATACATTAAT---G-GT-C-A--TTAACAAT-A--------------C----T---AAT----AA----ATG-----TGT-AGTC--GTA------GT--AGA--T---TAGAAA--T----T-ATAACT---TTT--AAA-A--TA----ATTT---AT----G-GA-----G----GGAAA-CCA----AATATT-ATTAAG-CACA------T--C-GGAC------GT----GCAA-TTAG----C-----AAA-T-------GT----T-TA----TA-ACAATA--T--TTGATAGA-AGCTGATTTTC-----AC----CGA---ATTG-----CTCTG-T-GT----ATATAT--AAAAA--AGTATTTT-ATG-CATA-------ATA--GA-----AATA-TGTGTataaaatatcatttcaaaaatgtgtttgttatcataaatgaggaatttgaagaagtatataagtcagtggcactttaaat
gi|16 : TGTTTAAGAATTACTTGAATGT-C-TA-TTGAC----A--------------C----T-G-AGTTATAAA----ACA-----T-T-A--C--TTA-A-TCT-T--AGTC-T---TAATAT--ATTTGA-ATAACTAAATTT--AAA-AA-TA----ATTT---AT----G-GAGAGAGT----G------CA----AAAA---AATCAA--ACAAAATCGT--C-AGAC------GT----GCAA-ATAG----C-----CGG-C-------GTC--TA-TC----TGAACAACA--gcttgtttatagtgt
gi|6 : AAATTAAT---G-GT-C-A--TTGGC--C-G--------------A----T-T-AAT----AT----ATA-----T-T-CAA-------ACTTTGG--AGT--T---CAAA-G--A----A-GCAG-----TTT--GAA-AAATA----AT--------------A-----T----A-----T----------TT-AA-------CA------TGCC-GAAC------GT----GCAA-ATAG----C-----CGA-C-------GTC--TT-TC----TGCACAACA--T---TAA-AAGAAATCGGTTATCACCAAAT----GTGTATATTA-----Aaatgatatcatc
gi|10 : --TTGGC--C-A------------------------AT----AA----ATA-----C-C-GAGA--TAA-ATTCAGT--CAA--T---TAATAA--A----A-ATATTT---TTTTCGAA-A--TA----GTTA---AT----GAGA-----------------CA----AAAATT-AGCAAA-CACG------T--C-TGCC------AT----GCAA-ATAG----C-----TGC-CATTGGCTATC--TT-TC----TGCACAACA--T--CAAA-AAC-ATACAGTTTTC-----AT----CAG---GCTG-----GTTTGTGTAT----ATA-ACTGGATATTTA-TAATTT-ATT-GCTA-------ATT--GATAACTAAT--TGTATAAG-TTAC----ATTTATAgggaaaagataaaacatgaatgcgtaagttctatttacatctagatatttcaaatactacagctgtgttgttttaaaaagataatttgctatacacatgtagttcatgagcttgtatgac
gi|9 : taAC--C-A--------------T----TTG-AAT----AT----ATA-----T-TCAAAC--T-A-A----GT--AGT--T-----AAAG--A----A-ATAACT---TT----AA-A--TACTATGTTT---TT----G-GA-----T----GGGAAGTCG----AATAAT-AATGAACTA-G------T--C-GGAC------AT----GCAA-ATAA----C-----CGT-C-------GCC--TA-TC----TTCACAGCA--T---TCA-AAC-G--CGGCTTTC-----GTCGAAAAG---ATTT-----ACCTA-T-AC----ATA-A----ATAAACA-TAATTATGTGTAAGGTCCATTTATACTGA-----GATACTGCGTTAG-TCAA----A-Tatatattaat
gi|13 : taaattgtgatcaaaa--------------C----T-G-AAT----AACAGTATA-----T-G-AAATG-TTA-ATAAT-T--AATA-T---TAAAAG--A----A-GTACCT---TCT--AAA-A--TA----ATTT---AC----G-GA------------------A----AGAATTAAACGAA-TACA------T--T-CGAC------TT----GAAA-ATAG----T-----CAAGG-------AAC--A--TC----TGCATATCATTT-GCGAA-TA--AGTCGATGTTT-----AT----ATA---ACTG-----ATTCA-G-ATTTCCATA-ACG-GATG-TTT-TATTgct
gi|22 : TA-----T-T-AAAC--TTG------GT--AGC--T---TATAAA--A----A-ATTATT---TTT--AAA-A--TA----ATTT---AT----G-GA-----GGGAAG-----CCA----AAAATA-AATGA-----A------C--T--GAC-------T----GCAA-ATAA----C-----ggctattagaagaatg
gi|15 : atatcGT--T---TAACAG--A----A-ATAACT---TTC---AA-A--TA----ATTT---AT----G-TA-----T----G-----GCAGACAAAAATT-AACGAA-CACA------C--G-GGATTAACTAGTACACACAA-ATAGTATAC-----TAA---------AT---GT-TTATA-TGCGTTACA--TGAATAC-AAT-AGCCAAATATC-----GT----GAG---ACCG-----ATTT--G-AT-----TA-AT--GACTGTTA-AA------TG-GATA-------ATT--GA-----AGTA-CTTGTTAGTTTGC----A-TTAtga
gi|19 : T--GAACA--TA----AATC---AT----G-AACGGAGT----G-----CCT----GAATAT-AATAAA-CACG------T--C-AGAC------GT----GCAA-ATAG----C-----CTT-C-------ATC--TA-TC----TGCGCAACA--G-TCTAA-AAA-AGTCGACGTTC-----AT----GTG---
gi|7 : ttggccaatttatatctttttaaaaA-A--TA-----TTT---AT----G-GA-----G----GGAAG-CCA----AAAATT-AATGAA-CACA------C--C-GTGC------GG----GCAA-ATTG----C-----AAA-CG------ACC--A--------TGTGCGACG--C-ATGAA-AAGAAACCGG---AC-----AT-----TA---ATTAAACTGATCTG-A-GT----ATT-TT--AATGGTTA-TATTTT-ATG-GATA-------ATA--TA-----Atatact
gi|17 : gtaattacttcttaacaagtagagA----AAAATT-AATGAA-CACA------T--T-GGAC------AT----GCAA-ATAG----C---------T-------GTCGAATGTC----T-------------CTAA-AAC-ATCCAA--CTG-----AT-----TG---GTTAT----ATTT-----T----ACA-----GA-GAATA-TATT-------------------TA--GG-----CATA-TGTGTAAG-TTACACTTA-TTATACCTcttttttagaagttaaatgtatgcatagataatgcattaagttacactttattattgtgtaaaataattttgacgtgatactggagcttgtgtgactttaa
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|4 ): AATAAACGTTCATCTGACAATTACATACTGTATGATTGAAAAAAGCATTTAACAAAACACAAATCTTTTGAAATAATTGATGGAGGTAAGCCAAAATATAAATATATTGAACACGTCAGACATGCAGATTGCTGCTCTCTATATGTGCGCCATTTAAAAACAACAGGTGCTCCTCAAATATATTTTGATTTATATTTTATGGAGAGAAAAAAGTGTGTAACTTGCATTTATATTAAGACACGTTGAAACAGTGTTATTGTAAAAAGACAATCTGACATACAGTATTGAATTTGGTGTGGTGTTTAA
Unaligned ( gi|12 ): GGATTCCGGTATGTGAATTTTTCATGAAATACGCATAGCTAAATAAGATAAGTCGCTGAATACAAACGATGTTTTAAAATAATTTATGAAGGAAAGTCAAATATAACCAAATACTTCCAACGCACAAAAAGCTACCTAAAATGAAGGTTATTTATGAACTATTTATAATAAGCGCCGCTTTTCGCCAAAGTAGGTCTGCGCATAACTTAT
Unaligned ( gi|18 ): TATTAATCAACTATATACAGTATGCCAATCACTCAATCACTCATAAATCACTGGTAATTAGTCAGTTTAATATCTATTTGAAGTACAGTTTCAGGGAAACAACTTTTAAAGTAATTTACAGAGGAAAGCCAAATTATTTG
Unaligned ( gi|20 ): ATAATTGAAATGCGTATAACTTACACGTGCATTCGTTAAAGCTATTATATAAAAACAATTTGACGTTTTATCTCAGCTGGAGTGACTTTAAAATAGATAAATTTTAATC
Unaligned ( gi|21 ): TCATTGACCAGTCCAATCGATTCATTTAAATAAAAATGATGTTTTCAATAATTAATGGATGGAATCCCGAAATTTGCAAACACGATCACCATGCGGATAGCTCCCG
Unaligned ( gi|23 ): TAAAATAAAAATCATGGAGGGAACGTTAACATAACAAACACGTCTGGCGTGCAAATACCT
Unaligned ( gi|24 ): TAAGACTTGCAGTAACATATTGTTACGCTCATTGATGTGACGTAGT
Unaligned ( gi|25 ): CTATCTGCACAACATTTAAAAGAAATCGGTTATCATCGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 11 333333333 22222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333 2222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111
lowQualScore : 4444 33 6 11 3 1 000000000 777 4 9999 22222222222 0 3 999999 3 44 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 22 2 4444 2 33 33 2 333 55 1 555555 6666 22 7777 444444444444444444444444 3333 5555555555 3 44 1 1 9999999999999 1 555555 0000000 1 0 1 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 5555555 33 44 77777 3 44 1 4 777
lowQualScore : .... .. . .. . . ......... ... . .... ........... . . ...... . .. . ....................................................................... ... .. . .... . .. .. . ... .. . ...... .... .. .... ........................ .... .......... . .. . . ............. . ...... ....... . . . . .......................................................................... .. ....... .. .. ..... . .. . . ...
lowQualScore : 2222 88 4 00 8 0 111111111 888 4 4444 00000000000 1 3 666666 1 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 55 2 7777 2 11 11 1 777 22 9 555555 0000 66 4444 000000000000000000000000 9999 7777777777 8 55 9 9 8888888888888 9 333333 6666666 9 4 6 7 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22 2222222 55 22 77777 1 66 0 0 000
consensus : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-------GTCTATCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AANA-GCCGG-T-T-TCAT-C-G-AC-----TGATTTG-G---AT----A---TAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--ATAGA-----A-AT--ATGTGTAAG-TTACAT---TTATACCTTG
Reference ( family-637 ) : GTAACAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAANAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-------GTCTNTCTGCGCAACA-T-C--T--AA-AANA-GCCGG-T-T-TCAT-T-G-AT-----TGATTTG-G---AT----A---TAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--ATAGA-----A-AT--ATGTGTNAG-TTACAT---TTATACCTTG
gi|1 : ATGTTGCA--GTAACTC-------TGTTAATTCAG---AAT-TTAAGT----AT--G--------TGAAGTATTTAT-AAGATA-----AGGACAA--TT-GAC--C-AATTTATTTTTCTTGCT--ATGA----TAGA-TA-------------AAA-T--TAAT---------AGT---TTAAT-AG-T----T-ACA--A--T-T---CTT--AAAA-T------A----AT--CT----ATTGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AC-T--AAA-GAACACG-TCAG-----------GCGTTTAAATA-GC-----CGAC-------------TTGCGCATCA-T-T--T--A--------CCGA-T-T-TAA------AC-----TTATTT-------T----------------TGGTTA--T-A-TCTAACAGAT-A--ATAGA-----A-CT--ATGTGTAAG-TAACAT---TTATA
gi|10 : tggagagaaatacacagatgccacttagttttacA--TT-GGC--C-A---------------------A----TAAA-TA---------C-C-GAGAT--AAAT-T----C--AGTCAATTAAT-AA-A----A-ATA--T--T-T---TTTTCGAAA-T------A----GT--TA----AT----G---A-----G-----A---CA----AA----A-----AT-T--AGC-AAACACG-TCTG-----------CCATGCAAATA-GC-----TGCCATTGGCTATCTTTCTGCACAACA-T-C--A--AA-AACATACAGT-T-T-TCAT-CAG-GC-----TGGTTTGTGT--AT----A---TAACTGGATATTTA--TAA-TTT-ATTGCT-A--ATTGATAACTA-AT---TGTATAAG-TTACAT---TTATAaccggttaatgcattagtgaacactttgttctctcattaaaagaaaacttgacgttttattttagctggcgtgactttaaaattcacctgaagtaataaaatttttaat
gi|11 : tGTAACAAAACT-ACCA--AAATTT-TAATGTAAAAC-------TATTAATTAACTACAAA-CATAGC----AT--AC-------TGAAGTGTTCAT-AAATTT-----ATCGTCA--TT-GAT--C-A--------------AT----------TTGA-TA---------T-T-ATGTA--CACT-T--G-TAAAGT---TTCAA-AG-A----A-TTA--A--C-T---TTTACAAAA-T------A----AT--TT----ATAAAGGA-AT-----G-----C---CA----GA----A-----TT-T--AAC-GAACGCG-TT--------------CG-GC-AATATGT-----TGAT-------GTCTATCTGCACAACatatattaat
gi|12 : aaG---GAT-TCCGGT----AT--G--------TGAATTTTTCATGAAAT-------ACG--CA--T---AG--C----------------------------TAAA-TA-------------AGA----TAA-----G-T--CGC---TGAAT-AC-A----A-ACG--A--TGT---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGAAGGA-AA-----G-----T---CA----AA----T-----AT-A--ACC-AAATACT-TCCA-----------ACGCACAAAAA-GC-----ttaatgaa
gi|13 : AAA-TG---------T-T-AA-----TAAT-T--AAT--A-----TTAAA-AG-A----A-GTA--C--C-T---TCT--AAAA-T------A----AT--TT----AC----GG-A-----------------A----AG----A-----AT-TA-AAC-GAATACA-TTCG-----------ACTTGAAAATA-GT-----CAAG-------GAACATCTGCATATCA-T-T--TGCGA-ATAA-GTCGA-TGT-TTATAT-A-AC-----TGATTCA-G---ATTTCCA---TAACG-GATGTTT---T-A-T----TGGCT-A--TTAGA-----A-GA--ATGtacctaaaatgaaggttatttatgaactatttataataagcgccgcttttcgccaaagtaggtctgcgcataacttat
gi|14 : ctgaataacagtatatgATA-TAGCCACAAATTTTATA--GTAAAAA-----------AATTA-G---AAT-TACAATTATAATTTA--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----TTGGTCA--TTTGAT--C-A--------------AC--ATTA----TAAA-TAAGTATCTGTT-T-A---T--TAGTAT--A-T--GGCAA-TTAAA-AA-A----A-ATC--A--C-C---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AT-----G-----G---AAGTATAA----A-----AT-T--AAT-CAACAAT-TCAG-----------GCATGCAAATA-
gi|15 : GT---TTAAC-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTC--AAA--T------A----AT--TT----AT----GT-AT-----GG----CAGACA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACA--CGGGATTAACTAGTACACACAAATA-GT-----ATACTAAAT--GTTTATATGCGTTACA-T-GAAT--AC-AATA-GCCAA-A-TATCGT-GAG-AC-----CGATTTG-----AT--------TAAT--GACTGTTA----A-----ATGGAT-A--ATTGA-----A-GT--ACTTGTTAGTTTGCAT---at
gi|16 : TGTTTAA-GAATTACTTGAATGTCTA--TT-GAC----A--------------CT--G--AGTTATAAAACA---------T-T-A--CT--TAAT-C--T-T--AGTC--TTAAT-AT-ATTTGA-ATA--A--C-TAAATTT--AAAAAT------A----AT--TT----AT----GG-AGAGAGTG-----C---AA----AA----A-----AA-TCAAAC-AAAATCG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGGC-------GTCTATCTGAACAACA-a
gi|17 : ----GG-TA-----G-----C---TA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-TTGG-----------ACATGCAAATA-GC-----TGTC-------GAATGTC----------T-C--T--AA-AACA-TCCA--------AC-T-G-AT-----TGGTT-------AT----ATTTTACA--GA-GAATA--T-A-TT-------------TAGG-----C-AT--ATGTGTAAG-TTACACTTATTATACCTaatgatatcatc
gi|18 : TTAATCAAC---TATATACAGT----AT--GCCAATCACTCAATCACTCAT-AAATCA-----CTGGTAA--TT-AGT--C-AGT------------TT--A--A----TATC-TA---------T-T-----T--GAAG-T--A-C--AGT---TTCAG-GG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAG-T------A----AT--TT----ACAGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----agataatgtatataattaaaacctgttgttttaaaaggcaacaatttga
gi|19 : ta-T---TTT--AAAA-TGAACATA----AA--TC----AT----GA-AC-----GGAGTGC---CT----GA----A-----TA-T--AAT-AAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CTTC-------ATCTATCTGCGCAACAGT-C--T--AA-AAAA-GTCGA-CGT-TCAT-ttatttg
gi|2 : ttggccaatttatatctAAT--T-GCCA--TATTTTGTA--G-AAAACATTTTTTTTTCAATTGAA---GGT-TACA-------T--A--------TTAAGTGTTCA---AATTA-----ATGTACA--TT-GAC--------------------------------AAG-T----------T-T-AATCTATTAA-----G-G--AGT---TTTAA-AC-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAA-C------AT---GT--TTTGG-AG----GG-AA-----G-----C---CA----AA----T-----AT-T--AAT-AAACACT-CCAG-----------ATGTGCAATTA-AC-----CAAC-------GTCTATCTGCACAACA-T----T--AG-AAC----------------------------TGATTTG-G---AT----A---TAAT--GACGGTTA--T-T-TTTAATGGAT-G--ATAGA-----A-GT--ATGAATTAA-TTACAT---gtgtatact
gi|21 : atagaagccaT---TTAAATAA-A----A-ATG--A--T-G---TTT--TCAA-T------A----AT--TA----AT----GG-AT-----GGAAT-C---CC----GA----A-----AT-T--TGC-AAACACGATC-A-----------CCATGCGGATA-GC-----gttcatttaggtctagataatgcattaaaaaacttaagttattgtaaaaaggtaatttgacataatattggagtttgtgtgacttt
gi|22 : tcattgaccagtccaatcgattca-TA---------T-T-AAACT--TG------G-T--AGC---TTATA-AA-A----A-ATT--A--T-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGGAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT-A--AAT-GAAC----T--G-----------AC-TGCAAATA-AC-----TGAtcccg
gi|23 : atatcT--AAAA-T------A----AAAATC----AT----GG-AG-----G----------G----AACGTTA-----ACAT--AAC-AAACACG-TCTG-----------GCGTGCAAATA-
gi|3 : TTTAATTAAA---A---TGCAAT----AC--G--------AAAAGTATTTAT-ATATTA-----ACACTCAATTT-TAT--T-T--------------CC--A--T----TTAA-CC---------T-T-AGAGT--TA-------------T---TTAAA-AGTA----A-ATACAA--C-T---ATA--AAAC-T------A----AT--TC----ATTAAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT----AACTGAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GCAGATGTGACATCAT--GTCTATATGCACAA------------------------------CAT-T-G-AT-----TG-T------------------TAAT--GGT-ATTA--T---TTT-ATAGAT-A--ATAGA-----A-AT--ATATGTGAG-CTACAT---TTATACCTTGcct
gi|4 : T---TTAAC-AA-A----ACACA--AATC-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TG----AT----GG-AG-----GTAAG-C---CA----AA----ATATAAATAT--ATT-GAACACG-TCAG-----------ACATGCAGATT-GC-----TGCT-------CTCTATATGTGCGCCA-T-T--TA-AA-AACA-ACAGG-TGC-TCCT-C-A-A--------AT--------AT----A---TTTT--GAT--TTA--T-ATTTT-ATGGA--G--AGAAA-----A-AA--GTGTGTAAC-TTGCAT---TTATAataaaatatcatttcaaaaatgtgtttgttatcataaatgaggaatttgaagaagtatataagtcagtggcactttaaat
gi|5 : aataaacgttcatctgacaattacatactgtatgattgaaaaaagcaGTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTATA--GCAACAT-------TTTTAATTAAG---GAT-TACAGT----TT--G--------TCAAGTGTTTAT-AAATTA-----CTAGTCC--TT-GAC--C-A--------------CTG-A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAC-TCTG-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TC----AT----GG-AT-----G-----T---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAGTACA-TTGG-----------ATGTGCAAATA-GC-----CAAC-------ATCATTCTGCACAACA-TAC--T--AA-AATA-GTCAGTT-T-TCATGT-G-AT-----TAATTTG-G---AT----A---TAAT--GATGATTA--T-A-TTTGGTGGAG-A--ATAGA-----A-AT--ATGTGTTAG-TCACA----TTATATCTTGttaagacacgttgaaacagtgttattgtaaaaagacaatctgacatacagtattgaatttggtgtggtgtttaa
gi|6 : -AAATTA-----ATGGTCA--TT-GGC--CGA--------------TT--A--A----TATA-TA---------T-TCAAACT--T----T--G-G--AGT---TCAAA--G-A----A-GCA--G--T-T---TGA--AAAA-T------A----AT--AT----AT-------------------------------------------T-T--AAC-----ATG-CCGA-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-------GTCTTTCTGCACAACA-T-T--A--AA-AGAA-ATCGG-T-TATCAC-C-A-------------------------------AAT--G-TG--TA--T-A-TTA-AGGGAA-AAGATAAA-----ACATGAATGCGTAAG-TTCTAT---TTACATCT
gi|7 : --AGAA-T------A-----T--TT----AT----GG-AG-----GGAAG-C---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-CCGT-----------GCGGGCAAATT-GC-----AAAC-------GACCATGTGCGACGCA-T-G--A--AA-AGAA-ACCGG-----ACAT-T-A-ATTAAACTGATCTG-A---GT----A---TTTT--AATGGTTA--T-ATTTT-ATGGAT-A--ATATA-----A-agatatttcaaatactacagctgtgttgttttaaaaagataatttgctatacacatgtagttcatgagcttgtatgac
gi|8 : gtaattacttcttaacaagtagTTGAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAATTTCCAT-ACATTA-----ATGGTCA--TT-AACAAT-A--------------CT--A--A----TAAA-TG---------TGT-AGTCG--TA------G-T--AGA---TTAGA-AA-T----T-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AG-----GGAAA-C---CA----AA----T-----AT-T--ATT-AAGCACA-TCGG-----------ACGTGCAATTA-GC-----AAAT-------GTTTAT---AACAATA-T-T--T--GATAGAA-GCTGATT-T-TCAC-C-GAAT-----TGCTCTGTGTATAT----A---TAAA--AAAG--TA--T---TTT-ATGCAT-A--ATAGA-----A-AT--ATGTGTcttttttagaagttaaatgtatgcatagataatgcattaagttacactttattattgtgtaaaataattttgacgtgatactggagcttgtgtgactttaa
gi|9 : T-AAATTG------TGATCA--AA-AAC--C-A--------------TTTGA--A----TATA-TA---------T-TCAAACT---AA-----G-T--AGT---T--AA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TT----AAA-T------ACTATGT--TTTTGGAT----GGGAA-----G-----T---CG----AA----T-----AA-T--AAT-GAACTAG-TCGG-----------ACATGCAAATA-AC-----CGTC-------GCCTATCTTCACAGCA-T-T--C--AA-A--C-GCGGC-T-T-TCGT-C-G-A-----------------------------AAA--GAT--TTACCT-A-TAC-ATAAATAA--ACATA-----A-TT--ATGTGTAAG-GTCCAT---TTATACgcttgtttatagtgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATAATTGAAATGCGTATAACTTACACGTGCATTCGTTAAAGCTATTATATAAAAACAATTTGACGTTTTATCTCAGCTGGAGTGACTTTAAAATAGATAAATTTTAATC
Unaligned ( gi|24 ): TAAGACTTGCAGTAACATATTGTTACGCTCATTGATGTGACGTAGT
Unaligned ( gi|25 ): CTATCTGCACAACATTTAAAAGAAATCGGTTATCATCGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 11 333333333 22222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333 1111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111
lowQualScore : 4444 33 6 11 3 0 000000000 777 4 9999 22222222222 0 3 999999 3 44 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 22 2 4444 2 33 33 2 333 55 1 555555 6666 22 7777 444444444444444444444444 3333 5555555555 3 44 1 1 9999999999999 1 555555 2222222222 5555 1 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 4444444 33 44 888888 77777 33 44 44 3 666
lowQualScore : .... .. . .. . . ......... ... . .... ........... . . ...... . .. . ....................................................................... ... .. . .... . .. .. . ... .. . ...... .... .. .... ........................ .... .......... . .. . . ............. . ...... .......... .... . . ....................................................................... .. ....... .. .. ...... ..... .. .. .. . ...
lowQualScore : 2222 88 4 00 8 6 111111111 888 4 4444 00000000000 1 3 666666 1 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 55 2 7777 2 11 11 1 777 22 9 555555 0000 66 4444 000000000000000000000000 9999 7777777777 8 55 9 9 8888888888888 9 333333 6666666666 0000 8 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 5555555 55 22 888888 77777 22 22 66 6 444
consensus : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
Reference ( family-637 ) : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
gi|1 : ATGTTGCA--GTAACTC-------TGTTAATTCAG---AAT-TTAAGT----AT--G--------TGAAGTATTTAT-AAGATA-----AGGACAA--TT-GAC--C-AATTTATTTTTCTTGCT--ATGA----TAGA-TA-------------AAA-T--TAAT---------AGT---TTAAT-AG-T----T-ACA--A--T-T---CTT--AAAA-T------A----AT--CT----ATTGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AC-T--AAA-GAACACG-TCAG-----------GCGTTTAAATA-GC-----CGAC------------------TTGCGCATCA-T-T--T--A---------CCGA--T-T-TAA---------ACTTATTT-------T-------------TGGTTA--T-A-TCTAACAGAT-A--A------TAGA-----A-CT--ATGTGT--AAG-TAACAT---TTATA
gi|10 : tggagagaaatacacagatgccacttagttttacA--TT-GGC--C-A---------------------A----TAAA-TA---------C-C-GAGAT--AAAT-T----C--AGTCAATTAAT-AA-A----A-ATA--T--T-T---TTTTCGAAA-T------A----GT--TA----AT----G---A-----G-----A---CA----AA----A-----AT-T--AGC-AAACACG-TCTG-----------CCATGCAAATA-GC-----TGCC-----ATTGGCTATCTTTCTGCACAACA-T-C--A--AA-AA-CATACAGT--T-T-TCAT-CAG----GCTGGTTTGTGT--AT----ATAACTGGATATTTA--TAA-TTT-ATTGCT-A--A------TTGATAACTA-AT---TGTAT--AAG-TTACAT---TTATAaccggttaatgcattagtgaacactttgttctctcattaaaagaaaacttgacgttttattttagctggcgtgactttaaaattcacctgaagtaataaaatttttaat
gi|11 : tGTAACAAAACT-ACCA--AAATTT-TAATGTAAAAC-------TATTAATTAACTACAAA-CATAGC----AT--AC-------TGAAGTGTTCAT-AAATTT-----ATCGTCA--TT-GAT--C-A--------------AT----------TTGA-TA---------T-T-ATGTA--CACT-T--G-TAAAGT---TTCAA-AG-A----A-TTA--A--C-T---TTTACAAAA-T------A----AT--TT----ATAAAGGA-AT-----G-----C---CA----GA----A-----TT-T--AAC-GAACGCG-TT--------------CG-GC-AATATGT-----TGAT-----GT---CTA----TCTGCACAAC----T--T--AA-atatattaat
gi|12 : aaG---GAT-TCCGGT----AT--G--------TGAATTTTTCATGAAAT-------ACG--CA--T---AG--C----------------------------TAAA-TA-------------AGA----TAA-----G-T--CGC---TGAAT-AC-A----A-ACG--A--TGT---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGAAGGA-AA-----G-----T---CA----AA----T-----AT-A--ACC-AAATACT-TCCA-----------ACGCACAAAAA-GC-----tgaa
gi|13 : AAA-TG---------T-T-AA-----TAAT-T--AAT--A-----TTAAA-AG-A----A-GTA--C--C-T---TCT--AAAA-T------A----AT--TT----AC----GG-A-----------------A----AG----A-----AT-TA-AAC-GAATACA-TTCG-----------ACTTGAAAATA-GT-----CAAG-----GA---ACA----TCTGCATATCA-T-T--TGCGA-AT-AA-GTCGA--TGT-TTATAT-A----ACTGATTCA-G---ATTTCCATAACG-GATGTTT---T-A-T----TGGCT-A--T------TAGA-----A-GA--ATGtacctaaaatgaaggttatttatgaactatttataataagcgccgcttttcgccaaagtaggtctgcgcataacttat
gi|14 : ctgaataacagtatatgATA-TAGCCACAAATTTTATA--GTAAAAA-----------AATTA-G---AAT-TACAATTATAATTTA--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----TTGGTCA--TTTGAT--C-A--------------AC--ATTA----TAAA-TAAGTATCTGTT-T-A---T--TAGTAT--A-T--GGCAA-TTAAA-AA-A----A-ATC--A--C-C---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AT-----G-----G---AAGTATAA----A-----AT-T--AAT-CAACAAT-TCAG-----------GCATGCAAATA-
gi|15 : GT---TTAAC-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTC--AAA--T------A----AT--TT----AT----GT-AT-----GG----CAGACA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACA--CGGGATTAACTAGTACACACAAATA-GT-----ATACTAAATGT---TTA----TATGCGTTACA-T-GAAT--AC-AA-TA-GCCAA--A-T---AT-C-GTGAGACCGATTTG-----AT-----TAAT--GACTGTTA----A-----ATGGAT-A--A------TTGA-----A-GT--ACTTGT--TAGTTTGCAT---at
gi|16 : TGTTTAA-GAATTACTTGAATGTCTA--TT-GAC----A--------------CT--G--AGTTATAAAACA---------T-T-A--CT--TAAT-C--T-T--AGTC--TTAAT-AT-ATTTGA-ATA--A--C-TAAATTT--AAAAAT------A----AT--TT----AT----GG-AGAGAGTG-----C---AA----AA----A-----AA-TCAAAC-AAAATCG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGGC-----GT---CTA----TCTGAACAACA-a
gi|17 : ----GG-TA-----G-----C---TA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-TTGG-----------ACATGCAAATA-GC-----TGTC-----GA---ATG----TC----------T-C--T--AA-AA-CA------------TC---C-A----ACTGAT-----------------------TGGTTA--T-ATTTT-ACAGAG-A--ATATATTTAGG-----C-AT--ATGTGT--AAG-TTACACTTATTATACCTaatgatatcatc
gi|18 : TTAATCAAC---TATATACAGT----AT--GCCAATCACTCAATCACTCAT-AAATCA-----CTGGTAA--TT-AGT--C-AGT------------TT--A--A----TATC-TA---------T-T-----T--GAAG-T--A-C--AGT---TTCAG-GG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAG-T------A----AT--TT----ACAGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----agataatgtatataattaaaacctgttgttttaaaaggcaacaatttga
gi|19 : ta-T---TTT--AAAA-TGAACATA----AA--TC----AT----GA-AC-----GGAGTGC---CT----GA----A-----TA-T--AAT-AAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CTTC-----AT---CTA----TCTGCGCAACAGT-C--T--AA-AA-AA-GTCGA--CGT-TCAT-ttatttg
gi|2 : ttggccaatttatatctAAT--T-GCCA--TATTTTGTA--G-AAAACATTTTTTTTTCAATTGAA---GGT-TACA-------T--A--------TTAAGTGTTCA---AATTA-----ATGTACA--TT-GAC--------------------------------AAG-T----------T-T-AATCTATTAA-----G-G--AGT---TTTAA-AC-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAA-C------AT---GT--TTTGG-AG----GG-AA-----G-----C---CA----AA----T-----AT-T--AAT-AAACACT-CCAG-----------ATGTGCAATTA-AC-----CAAC-----GT---CTA----TCTGCACAACA-T-T---------A-GA------------------------ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GACGGTTA--T-T-TTTAATGGAT-G--A------TAGA-----A-GT--ATGAAT--TAA-TTACAT---gtgtatact
gi|21 : atagaagccaT---TTAAATAA-A----A-ATG--A--T-G---TTT--TCAA-T------A----AT--TA----AT----GG-AT-----GGAAT-C---CC----GA----A-----AT-T--TGC-AAACACGATC-A-----------CCATGCGGATA-GC-----gttcatttaggtctagataatgcattaaaaaacttaagttattgtaaaaaggtaatttgacataatattggagtttgtgtgacttt
gi|22 : tcattgaccagtccaatcgattca-TA---------T-T-AAACT--TG------G-T--AGC---TTATA-AA-A----A-ATT--A--T-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGGAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT-A--AAT-GAAC----T--G-----------AC-TGCAAATA-AC-----TGAtcccg
gi|23 : atatcT--AAAA-T------A----AAAATC----AT----GG-AG-----G----------G----AACGTTA-----ACAT--AAC-AAACACG-TCTG-----------GCGTGCAAATA-
gi|25 : ---CTA----TCTGCACAACA-T-T--T--AA-AAGAA-ATCGG--T-TATCAT-C-G----Acct
gi|3 : TTTAATTAAA---A---TGCAAT----AC--G--------AAAAGTATTTAT-ATATTA-----ACACTCAATTT-TAT--T-T--------------CC--A--T----TTAA-CC---------T-T-AGAGT--TA-------------T---TTAAA-AGTA----A-ATACAA--C-T---ATA--AAAC-T------A----AT--TC----ATTAAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT----AACTGAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GCAGATGTGACATCATGT---CTA----TATGCACAACA-T-T--------------------------------G----ATTG-TT---------------AAT--GGT-ATTA--T---TTT-ATAGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATATGT--GAG-CTACAT---TTATACCTTG
gi|4 : T---TTAAC-AA-A----ACACA--AATC-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TG----AT----GG-AG-----GTAAG-C---CA----AA----ATATAAATAT--ATT-GAACACG-TCAG-----------ACATGCAGATT-GC-----TGCT-----CT---CTA----TATGTGCGCCA-T-T--TA-AA-AA-CA-ACAGG--TGC-TCCT-C-A----A---AT--------AT----ATTTT--GAT--TTA--T-ATTTT-ATGGA--G--A------GAAA-----A-AA--GTGTGT--AAC-TTGCAT---TTATAataaaatatcatttcaaaaatgtgtttgttatcataaatgaggaatttgaagaagtatataagtcagtggcactttaaat
gi|5 : aataaacgttcatctgacaattacatactgtatgattgaaaaaagcaGTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTATA--GCAACAT-------TTTTAATTAAG---GAT-TACAGT----TT--G--------TCAAGTGTTTAT-AAATTA-----CTAGTCC--TT-GAC--C-A--------------CTG-A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAC-TCTG-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TC----AT----GG-AT-----G-----T---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAGTACA-TTGG-----------ATGTGCAAATA-GC-----CAAC-----AT---CAT----TCTGCACAACA-TAC--T--AA-AA-TA-GTCAGT-T-T-TCATGT-G----ATTAATTTG-G---AT----ATAAT--GATGATTA--T-A-TTTGGTGGAG-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--TAG-TCACA----TTATATCTTGttaagacacgttgaaacagtgttattgtaaaaagacaatctgacatacagtattgaatttggtgtggtgtttaa
gi|6 : -AAATTA-----ATGGTCA--TT-GGC--CGA--------------TT--A--A----TATA-TA---------T-TCAAACT--T----T--G-G--AGT---TCAAA--G-A----A-GCA--G--T-T---TGA--AAAA-T------A----AT--AT----AT-------------------------------------------T-T--AAC-----ATG-CCGA-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTT----TCTGCACAACA-T-T--A--AA-AG-AA-ATCGG--T-TATCAC-C-A--------------------------AAT--G-TG--TA--T-A-TTA-AGGGAA-AAGA------TAAA-----ACATGAATGCGT--AAG-TTCTAT---TTACATCT
gi|7 : --AGAA-T------A-----T--TT----AT----GG-AG-----GGAAG-C---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-CCGT-----------GCGGGCAAATT-GC-----AAAC-----GA---CCA----TGTGCGACGCA-T-G--A--AA-AG-AA-ACCGGACA-T-TAAT-TAA----ACTGATCTG-A---GT----ATTTT--AATGGTTA--T-ATTTT-ATGGAT-A--A------TATA-----A-CT---TTTTTAGAAG-TTAAAT---GTATGCagatatttcaaatactacagctgtgttgttttaaaaagataatttgctatacacatgtagttcatgagcttgtatgac
gi|8 : gtaattacttcttaacaagtagTTGAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAATTTCCAT-ACATTA-----ATGGTCA--TT-AACAAT-A--------------CT--A--A----TAAA-TG---------TGT-AGTCG--TA------G-T--AGA---TTAGA-AA-T----T-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AG-----GGAAA-C---CA----AA----T-----AT-T--ATT-AAGCACA-TCGG-----------ACGTGCAATTA-GC-----AAAT-----GT---TTA----T---AACAATA-T-T--T--GATAG-AA-GCTGAT-T-T-TCAC-C-GA---ATTGCTCTGTGTATAT----ATAAA--AAAG--TA--T---TTT-ATGCAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--atagataatgcattaagttacactttattattgtgtaaaataattttgacgtgatactggagcttgtgtgactttaa
gi|9 : T-AAATTG------TGATCA--AA-AAC--C-A--------------TTTGA--A----TATA-TA---------T-TCAAACT---AA-----G-T--AGT---T--AA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TT----AAA-T------ACTATGT--TTTTGGAT----GGGAA-----G-----T---CG----AA----T-----AA-T--AAT-GAACTAG-TCGG-----------ACATGCAAATA-AC-----CGTC-----GC---CTA----TCTTCACAGCA-T-T--C--AA-A---C-GCGGC--T-T-TCGT-C-G----A---------------------AAA--GAT--TTACCT-A-TAC-ATAAATAA--A------CATA-----A-TT--ATGTGT--AAG-GTCCAT---TTATACgcttgtttatagtgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATAATTGAAATGCGTATAACTTACACGTGCATTCGTTAAAGCTATTATATAAAAACAATTTGACGTTTTATCTCAGCTGGAGTGACTTTAAAATAGATAAATTTTAATC
Unaligned ( gi|24 ): TAAGACTTGCAGTAACATATTGTTACGCTCATTGATGTGACGTAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 11 333333333 22222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333 1111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111
lowQualScore : 4444 33 6 11 3 0 000000000 777 4 9999 22222222222 0 3 999999 3 44 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 22 2 4444 2 33 33 2 333 55 1 555555 6666 22 7777 444444444444444444444444 3333 5555555555 3 44 1 1 9999999999999 1 555555 2222222222 5555 1 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 4444444 33 44 888888 77777 33 44 44 3 666
lowQualScore : .... .. . .. . . ......... ... . .... ........... . . ...... . .. . ....................................................................... ... .. . .... . .. .. . ... .. . ...... .... .. .... ........................ .... .......... . .. . . ............. . ...... .......... .... . . ....................................................................... .. ....... .. .. ...... ..... .. .. .. . ...
lowQualScore : 2222 88 4 00 8 6 111111111 888 4 4444 00000000000 1 3 666666 1 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 55 2 7777 2 11 11 1 777 22 9 555555 0000 66 4444 000000000000000000000000 9999 7777777777 8 55 9 9 8888888888888 9 333333 6666666666 0000 8 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 5555555 55 22 888888 77777 22 22 66 6 444
consensus : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
Reference ( family-637 ) : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
gi|1 : ATGTTGCA--GTAACTC-------TGTTAATTCAG---AAT-TTAAGT----AT--G--------TGAAGTATTTAT-AAGATA-----AGGACAA--TT-GAC--C-AATTTATTTTTCTTGCT--ATGA----TAGA-TA-------------AAA-T--TAAT---------AGT---TTAAT-AG-T----T-ACA--A--T-T---CTT--AAAA-T------A----AT--CT----ATTGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AC-T--AAA-GAACACG-TCAG-----------GCGTTTAAATA-GC-----CGAC------------------TTGCGCATCA-T-T--T--A---------CCGA--T-T-TAA---------ACTTATTT-------T-------------TGGTTA--T-A-TCTAACAGAT-A--A------TAGA-----A-CT--ATGTGT--AAG-TAACAT---TTATA
gi|10 : tggagagaaatacacagatgccacttagttttacA--TT-GGC--C-A---------------------A----TAAA-TA---------C-C-GAGAT--AAAT-T----C--AGTCAATTAAT-AA-A----A-ATA--T--T-T---TTTTCGAAA-T------A----GT--TA----AT----G---A-----G-----A---CA----AA----A-----AT-T--AGC-AAACACG-TCTG-----------CCATGCAAATA-GC-----TGCC-----ATTGGCTATCTTTCTGCACAACA-T-C--A--AA-AA-CATACAGT--T-T-TCAT-CAG----GCTGGTTTGTGT--AT----ATAACTGGATATTTA--TAA-TTT-ATTGCT-A--A------TTGATAACTA-AT---TGTAT--AAG-TTACAT---TTATAaccggttaatgcattagtgaacactttgttctctcattaaaagaaaacttgacgttttattttagctggcgtgactttaaaattcacctgaagtaataaaatttttaat
gi|11 : tGTAACAAAACT-ACCA--AAATTT-TAATGTAAAAC-------TATTAATTAACTACAAA-CATAGC----AT--AC-------TGAAGTGTTCAT-AAATTT-----ATCGTCA--TT-GAT--C-A--------------AT----------TTGA-TA---------T-T-ATGTA--CACT-T--G-TAAAGT---TTCAA-AG-A----A-TTA--A--C-T---TTTACAAAA-T------A----AT--TT----ATAAAGGA-AT-----G-----C---CA----GA----A-----TT-T--AAC-GAACGCG-TT--------------CG-GC-AATATGT-----TGAT-----GT---CTA----TCTGCACAAC----T--T--AA-atatattaat
gi|12 : aaG---GAT-TCCGGT----AT--G--------TGAATTTTTCATGAAAT-------ACG--CA--T---AG--C----------------------------TAAA-TA-------------AGA----TAA-----G-T--CGC---TGAAT-AC-A----A-ACG--A--TGT---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGAAGGA-AA-----G-----T---CA----AA----T-----AT-A--ACC-AAATACT-TCCA-----------ACGCACAAAAA-GC-----tgaa
gi|13 : AAA-TG---------T-T-AA-----TAAT-T--AAT--A-----TTAAA-AG-A----A-GTA--C--C-T---TCT--AAAA-T------A----AT--TT----AC----GG-A-----------------A----AG----A-----AT-TA-AAC-GAATACA-TTCG-----------ACTTGAAAATA-GT-----CAAG-----GA---ACA----TCTGCATATCA-T-T--TGCGA-AT-AA-GTCGA--TGT-TTATAT-A----ACTGATTCA-G---ATTTCCATAACG-GATGTTT---T-A-T----TGGCT-A--T------TAGA-----A-GA--ATGtacctaaaatgaaggttatttatgaactatttataataagcgccgcttttcgccaaagtaggtctgcgcataacttat
gi|14 : ctgaataacagtatatgATA-TAGCCACAAATTTTATA--GTAAAAA-----------AATTA-G---AAT-TACAATTATAATTTA--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----TTGGTCA--TTTGAT--C-A--------------AC--ATTA----TAAA-TAAGTATCTGTT-T-A---T--TAGTAT--A-T--GGCAA-TTAAA-AA-A----A-ATC--A--C-C---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AT-----G-----G---AAGTATAA----A-----AT-T--AAT-CAACAAT-TCAG-----------GCATGCAAATA-
gi|15 : GT---TTAAC-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTC--AAA--T------A----AT--TT----AT----GT-AT-----GG----CAGACA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACA--CGGGATTAACTAGTACACACAAATA-GT-----ATACTAAATGT---TTA----TATGCGTTACA-T-GAAT--AC-AA-TA-GCCAA--A-T---AT-C-GTGAGACCGATTTG-----AT-----TAAT--GACTGTTA----A-----ATGGAT-A--A------TTGA-----A-GT--ACTTGT--TAGTTTGCAT---at
gi|16 : TGTTTAA-GAATTACTTGAATGTCTA--TT-GAC----A--------------CT--G--AGTTATAAAACA---------T-T-A--CT--TAAT-C--T-T--AGTC--TTAAT-AT-ATTTGA-ATA--A--C-TAAATTT--AAAAAT------A----AT--TT----AT----GG-AGAGAGTG-----C---AA----AA----A-----AA-TCAAAC-AAAATCG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGGC-----GT---CTA----TCTGAACAACA-a
gi|17 : ----GG-TA-----G-----C---TA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-TTGG-----------ACATGCAAATA-GC-----TGTC-----GA---ATG----TC----------T-C--T--AA-AA-CA------------TC---C-A----ACTGAT-----------------------TGGTTA--T-ATTTT-ACAGAG-A--ATATATTTAGG-----C-AT--ATGTGT--AAG-TTACACTTATTATACCTaatgatatcatc
gi|18 : TTAATCAAC---TATATACAGT----AT--GCCAATCACTCAATCACTCAT-AAATCA-----CTGGTAA--TT-AGT--C-AGT------------TT--A--A----TATC-TA---------T-T-----T--GAAG-T--A-C--AGT---TTCAG-GG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAG-T------A----AT--TT----ACAGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----agataatgtatataattaaaacctgttgttttaaaaggcaacaatttga
gi|19 : ta-T---TTT--AAAA-TGAACATA----AA--TC----AT----GA-AC-----GGAGTGC---CT----GA----A-----TA-T--AAT-AAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CTTC-----AT---CTA----TCTGCGCAACAGT-C--T--AA-AA-AA-GTCGA--CGT-TCAT-ttatttg
gi|2 : ttggccaatttatatctAAT--T-GCCA--TATTTTGTA--G-AAAACATTTTTTTTTCAATTGAA---GGT-TACA-------T--A--------TTAAGTGTTCA---AATTA-----ATGTACA--TT-GAC--------------------------------AAG-T----------T-T-AATCTATTAA-----G-G--AGT---TTTAA-AC-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAA-C------AT---GT--TTTGG-AG----GG-AA-----G-----C---CA----AA----T-----AT-T--AAT-AAACACT-CCAG-----------ATGTGCAATTA-AC-----CAAC-----GT---CTA----TCTGCACAACA-T-T---------A-GA------------------------ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GACGGTTA--T-T-TTTAATGGAT-G--A------TAGA-----A-GT--ATGAAT--TAA-TTACAT---gtgtatact
gi|21 : atagaagccaT---TTAAATAA-A----A-ATG--A--T-G---TTT--TCAA-T------A----AT--TA----AT----GG-AT-----GGAAT-C---CC----GA----A-----AT-T--TGC-AAACACGATC-A-----------CCATGCGGATA-GC-----gttcatttaggtctagataatgcattaaaaaacttaagttattgtaaaaaggtaatttgacataatattggagtttgtgtgacttt
gi|22 : tcattgaccagtccaatcgattca-TA---------T-T-AAACT--TG------G-T--AGC---TTATA-AA-A----A-ATT--A--T-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGGAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT-A--AAT-GAAC----T--G-----------AC-TGCAAATA-AC-----TGAtcccg
gi|23 : atatcT--AAAA-T------A----AAAATC----AT----GG-AG-----G----------G----AACGTTA-----ACAT--AAC-AAACACG-TCTG-----------GCGTGCAAATA-
gi|25 : ---CTA----TCTGCACAACA-T-T--T--AA-AAGAA-ATCGG--T-TATCAT-C-G----Acct
gi|3 : TTTAATTAAA---A---TGCAAT----AC--G--------AAAAGTATTTAT-ATATTA-----ACACTCAATTT-TAT--T-T--------------CC--A--T----TTAA-CC---------T-T-AGAGT--TA-------------T---TTAAA-AGTA----A-ATACAA--C-T---ATA--AAAC-T------A----AT--TC----ATTAAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT----AACTGAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GCAGATGTGACATCATGT---CTA----TATGCACAACA-T-T--------------------------------G----ATTG-TT---------------AAT--GGT-ATTA--T---TTT-ATAGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATATGT--GAG-CTACAT---TTATACCTTG
gi|4 : T---TTAAC-AA-A----ACACA--AATC-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TG----AT----GG-AG-----GTAAG-C---CA----AA----ATATAAATAT--ATT-GAACACG-TCAG-----------ACATGCAGATT-GC-----TGCT-----CT---CTA----TATGTGCGCCA-T-T--TA-AA-AA-CA-ACAGG--TGC-TCCT-C-A----A---AT--------AT----ATTTT--GAT--TTA--T-ATTTT-ATGGA--G--A------GAAA-----A-AA--GTGTGT--AAC-TTGCAT---TTATAataaaatatcatttcaaaaatgtgtttgttatcataaatgaggaatttgaagaagtatataagtcagtggcactttaaat
gi|5 : aataaacgttcatctgacaattacatactgtatgattgaaaaaagcaGTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTATA--GCAACAT-------TTTTAATTAAG---GAT-TACAGT----TT--G--------TCAAGTGTTTAT-AAATTA-----CTAGTCC--TT-GAC--C-A--------------CTG-A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAC-TCTG-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TC----AT----GG-AT-----G-----T---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAGTACA-TTGG-----------ATGTGCAAATA-GC-----CAAC-----AT---CAT----TCTGCACAACA-TAC--T--AA-AA-TA-GTCAGT-T-T-TCATGT-G----ATTAATTTG-G---AT----ATAAT--GATGATTA--T-A-TTTGGTGGAG-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--TAG-TCACA----TTATATCTTGttaagacacgttgaaacagtgttattgtaaaaagacaatctgacatacagtattgaatttggtgtggtgtttaa
gi|6 : -AAATTA-----ATGGTCA--TT-GGC--CGA--------------TT--A--A----TATA-TA---------T-TCAAACT--T----T--G-G--AGT---TCAAA--G-A----A-GCA--G--T-T---TGA--AAAA-T------A----AT--AT----AT-------------------------------------------T-T--AAC-----ATG-CCGA-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTT----TCTGCACAACA-T-T--A--AA-AG-AA-ATCGG--T-TATCAC-C-A--------------------------AAT--G-TG--TA--T-A-TTA-AGGGAA-AAGA------TAAA-----ACATGAATGCGT--AAG-TTCTAT---TTACATCT
gi|7 : --AGAA-T------A-----T--TT----AT----GG-AG-----GGAAG-C---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-CCGT-----------GCGGGCAAATT-GC-----AAAC-----GA---CCA----TGTGCGACGCA-T-G--A--AA-AG-AA-ACCGGACA-T-TAAT-TAA----ACTGATCTG-A---GT----ATTTT--AATGGTTA--T-ATTTT-ATGGAT-A--A------TATA-----A-CT---TTTTTAGAAG-TTAAAT---GTATGCagatatttcaaatactacagctgtgttgttttaaaaagataatttgctatacacatgtagttcatgagcttgtatgac
gi|8 : gtaattacttcttaacaagtagTTGAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAATTTCCAT-ACATTA-----ATGGTCA--TT-AACAAT-A--------------CT--A--A----TAAA-TG---------TGT-AGTCG--TA------G-T--AGA---TTAGA-AA-T----T-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AG-----GGAAA-C---CA----AA----T-----AT-T--ATT-AAGCACA-TCGG-----------ACGTGCAATTA-GC-----AAAT-----GT---TTA----T---AACAATA-T-T--T--GATAG-AA-GCTGAT-T-T-TCAC-C-GA---ATTGCTCTGTGTATAT----ATAAA--AAAG--TA--T---TTT-ATGCAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--atagataatgcattaagttacactttattattgtgtaaaataattttgacgtgatactggagcttgtgtgactttaa
gi|9 : T-AAATTG------TGATCA--AA-AAC--C-A--------------TTTGA--A----TATA-TA---------T-TCAAACT---AA-----G-T--AGT---T--AA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TT----AAA-T------ACTATGT--TTTTGGAT----GGGAA-----G-----T---CG----AA----T-----AA-T--AAT-GAACTAG-TCGG-----------ACATGCAAATA-AC-----CGTC-----GC---CTA----TCTTCACAGCA-T-T--C--AA-A---C-GCGGC--T-T-TCGT-C-G----A---------------------AAA--GAT--TTACCT-A-TAC-ATAAATAA--A------CATA-----A-TT--ATGTGT--AAG-GTCCAT---TTATACgcttgtttatagtgt
blockSeqs : ATA CA A AT T ATTTTTTTT TAC A TATA GCCAATCAC G CTTGAA G AT T CAACATTATAAATAAGTATCTGTTTATTAGTATAT CAA AT T TTTG C CA AT G AAA TC A GAACAT CTAT AA TTGG GGAGAGAGTGC GTAT ATATAA A CA T A GGGATTAACTAGT T AGATGT TAAATGT TCTT A G TTGCGAATAAGTCGATGTTTATATAACTGATTCAGATTTCCATAACGGATGT CC AATTT TA AG TATATT TAACT CA GA AG T TTA
blockSeqs : AT . G . T TA . . . TTA . A G . . CACTGAATAAATATTAAACTTAACTCTGT AA T . . . . . . . AC . . T . TGG GAACGGAGTGC . CGTTA A A . . TG . T ATCATGT . A . CAAAAACATACAGTTTTCATCAGGCTGGTTTGTGTATATAACTGGATAT . ATTTT T . . . A . . . .
blockSeqs : T . A . C TT . . . AC . A T . . ACTGAGTTATAAAACATTACTTAATCTT C A . . . . . . . . . . . . . AAAGGAATGC . A . . . . CA . T ATTGG . A . TTGATAGAAGCTGATTTTCACCGAATTGCTCTGTGTATATATAAAAAAG . TTTTA T . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . T G . . CAATTTGATATTATGTACACTTGTAA . T . . . . . . . . . . . . . GAAGGAAAGT . A . . . . CG . C GT . G . ACTAAAATAGTCAGTTTTCATGTGATTAATTTGGATATAATGATGA . ATTTT T . . . G . . . .
blockSeqs : . . . A . C T . . AATACTAATAAATGTGTAGTCGTAGT . A . . . . . . . . . . . . . GTATGGCAGA . T . . . . AG . A GA . A . GAAAAGAAACCGGACATTAATTAAACTGATCTGAGTATTTTAATGG . ATTTG G . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G . A C . . CATTTGAATATATATTCAAACTAAGT . A . . . . . . . . . . . . . AGAGGAAAGC . A . . . . AG . C GT . G . GAATACAATAGCCAAATATCGTGAGACCGATTTGATTAATGACTG . ATTTT T . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . A G . . CGATTAATATATATTCAAACTTTGG . C . . . . . . . . . . . . . GGATGGAATC . A . . . . GG . T GA . A . TTAAAAACAACAGGTGCTCCTCAAATATATTTTGAT . ATTA T . . . A . . . .
blockSeqs : . . . G . C G . . CAGTTTAATATCTATTTGAAGTAC . T . . . . . . . . . . . . . GGAGGGAAGC . A . . . . AG . C AT . A . TAAAAGAAATCGGTTATCACCAAATGTG . ATAC G . . . A . . . .
blockSeqs : . A G . . CAATAAATACCGAGATAAATTC . G . . . . . . . . . . . . . TAAGGGAAGC . A . . . . AG . C GT . A . TAGAACTGATTTGGATATAATGACGG . TTT A . . . A . . . .
blockSeqs : . A A . . TTCCATTTAACCTTAGAGTTA . A . . . . . . . . . . . . . GGAGGTAAGC . A . . . . TG . T CT . G . TCAAACGCGGCTTTCGTCGAAAAGAT . TTT T . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . AAGTTTAATCTATTAAGG . A . . . . . . . . . . . . . GGAGGGAAGC . A . . . . AG . T AT . A . CTAAAACATCCAACTGATTGG . AT T . . . A . .
blockSeqs : . . CTAAATAAGATAAGT . A . . . . . . . . . . . . . GGAGGGAAAC . T . . . . AG . C GT . A . TGATTGTTAATGGTA . A . . . . T .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . GGGAAGT . A . . . . GG . C GA . G .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . GGATGG . A . . . . GA . A GT . A .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . GGTAGC . A . . . . GT . A GC . A .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . GGAAGC . A . . . . GG . C . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . GGATGT . A . . . . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . GGAGG . T . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . GAGA . T . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . GGA . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : GT********
originalCons : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
finalCons : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGACGT--------CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATAATTGAAATGCGTATAACTTACACGTGCATTCGTTAAAGCTATTATATAAAAACAATTTGACGTTTTATCTCAGCTGGAGTGACTTTAAAATAGATAAATTTTAATC
Unaligned ( gi|24 ): TAAGACTTGCAGTAACATATTGTTACGCTCATTGATGTGACGTAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 11 333333333 22222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333 1111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111
lowQualScore : 4444 33 6 11 3 0 000000000 777 4 9999 22222222222 0 3 999999 3 44 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 999 22 2 4444 2 33 33 2 333 55 1 555555 6666 22 7777 444444444444444444444444 3333 5555555555 3 44 1 1 9999999999999 1 555555 2222222222 5555 1 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 44 4444444 33 44 888888 77777 33 44 44 3 666
lowQualScore : .... .. . .. . . ......... ... . .... ........... . . ...... . .. . ....................................................................... ... .. . .... . .. .. . ... .. . ...... .... .. .... ........................ .... .......... . .. . . ............. . ...... .......... .... . . ....................................................................... .. ....... .. .. ...... ..... .. .. .. . ...
lowQualScore : 2222 88 4 00 8 6 111111111 888 4 4444 00000000000 1 3 666666 1 22 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 55 2 7777 2 11 11 1 777 22 9 555555 0000 66 4444 000000000000000000000000 9999 7777777777 8 55 9 9 8888888888888 9 333333 6666666666 0000 8 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 5555555 55 22 888888 77777 22 22 66 6 444
consensus : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
Reference ( family-637 ) : GTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTGTA--GTAAAAC-------TTTTAATTAAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----ATGGTCA--TT-GAC--C-A--------------CT--A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAT-T--G-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AN-----G-----C---CA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACG-TCGG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTA----TCTGCGCAACA-T-T--T--AA-AA-NA-GCCGG--T-T-TCAT-C-G----ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GATGGTTA--T-A-TTT-ATGGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--AAG-TTACAT---TTATACCTTG
gi|1 : ATGTTGCA--GTAACTC-------TGTTAATTCAG---AAT-TTAAGT----AT--G--------TGAAGTATTTAT-AAGATA-----AGGACAA--TT-GAC--C-AATTTATTTTTCTTGCT--ATGA----TAGA-TA-------------AAA-T--TAAT---------AGT---TTAAT-AG-T----T-ACA--A--T-T---CTT--AAAA-T------A----AT--CT----ATTGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AC-T--AAA-GAACACG-TCAG-----------GCGTTTAAATA-GC-----CGAC------------------TTGCGCATCA-T-T--T--A---------CCGA--T-T-TAA---------ACTTATTT-------T-------------TGGTTA--T-A-TCTAACAGAT-A--A------TAGA-----A-CT--ATGTGT--AAG-TAACAT---TTATA
gi|10 : tggagagaaatacacagatgccacttagttttacA--TT-GGC--C-A---------------------A----TAAA-TA---------C-C-GAGAT--AAAT-T----C--AGTCAATTAAT-AA-A----A-ATA--T--T-T---TTTTCGAAA-T------A----GT--TA----AT----G---A-----G-----A---CA----AA----A-----AT-T--AGC-AAACACG-TCTG-----------CCATGCAAATA-GC-----TGCC-----ATTGGCTATCTTTCTGCACAACA-T-C--A--AA-AA-CATACAGT--T-T-TCAT-CAG----GCTGGTTTGTGT--AT----ATAACTGGATATTTA--TAA-TTT-ATTGCT-A--A------TTGATAACTA-AT---TGTAT--AAG-TTACAT---TTATAaccggttaatgcattagtgaacactttgttctctcattaaaagaaaacttgacgttttattttagctggcgtgactttaaaattcacctgaagtaataaaatttttaat
gi|11 : tGTAACAAAACT-ACCA--AAATTT-TAATGTAAAAC-------TATTAATTAACTACAAA-CATAGC----AT--AC-------TGAAGTGTTCAT-AAATTT-----ATCGTCA--TT-GAT--C-A--------------AT----------TTGA-TA---------T-T-ATGTA--CACT-T--G-TAAAGT---TTCAA-AG-A----A-TTA--A--C-T---TTTACAAAA-T------A----AT--TT----ATAAAGGA-AT-----G-----C---CA----GA----A-----TT-T--AAC-GAACGCG-TT--------------CG-GC-AATATGT-----TGAT-----GT---CTA----TCTGCACAAC----T--T--AA-atatattaat
gi|12 : aaG---GAT-TCCGGT----AT--G--------TGAATTTTTCATGAAAT-------ACG--CA--T---AG--C----------------------------TAAA-TA-------------AGA----TAA-----G-T--CGC---TGAAT-AC-A----A-ACG--A--TGT---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGAAGGA-AA-----G-----T---CA----AA----T-----AT-A--ACC-AAATACT-TCCA-----------ACGCACAAAAA-GC-----tgaa
gi|13 : AAA-TG---------T-T-AA-----TAAT-T--AAT--A-----TTAAA-AG-A----A-GTA--C--C-T---TCT--AAAA-T------A----AT--TT----AC----GG-A-----------------A----AG----A-----AT-TA-AAC-GAATACA-TTCG-----------ACTTGAAAATA-GT-----CAAG-----GA---ACA----TCTGCATATCA-T-T--TGCGA-AT-AA-GTCGA--TGT-TTATAT-A----ACTGATTCA-G---ATTTCCATAACG-GATGTTT---T-A-T----TGGCT-A--T------TAGA-----A-GA--ATGtacctaaaatgaaggttatttatgaactatttataataagcgccgcttttcgccaaagtaggtctgcgcataacttat
gi|14 : ctgaataacagtatatgATA-TAGCCACAAATTTTATA--GTAAAAA-----------AATTA-G---AAT-TACAATTATAATTTA--------TGAAGTGTTCAT-AAATTA-----TTGGTCA--TTTGAT--C-A--------------AC--ATTA----TAAA-TAAGTATCTGTT-T-A---T--TAGTAT--A-T--GGCAA-TTAAA-AA-A----A-ATC--A--C-C---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AT-----G-----G---AAGTATAA----A-----AT-T--AAT-CAACAAT-TCAG-----------GCATGCAAATA-
gi|15 : GT---TTAAC-AG-A----A-ATA--A--C-T---TTC--AAA--T------A----AT--TT----AT----GT-AT-----GG----CAGACA----AA----A-----AT-T--AAC-GAACACA--CGGGATTAACTAGTACACACAAATA-GT-----ATACTAAATGT---TTA----TATGCGTTACA-T-GAAT--AC-AA-TA-GCCAA--A-T---AT-C-GTGAGACCGATTTG-----AT-----TAAT--GACTGTTA----A-----ATGGAT-A--A------TTGA-----A-GT--ACTTGT--TAGTTTGCAT---at
gi|16 : TGTTTAA-GAATTACTTGAATGTCTA--TT-GAC----A--------------CT--G--AGTTATAAAACA---------T-T-A--CT--TAAT-C--T-T--AGTC--TTAAT-AT-ATTTGA-ATA--A--C-TAAATTT--AAAAAT------A----AT--TT----AT----GG-AGAGAGTG-----C---AA----AA----A-----AA-TCAAAC-AAAATCG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGGC-----GT---CTA----TCTGAACAACA-a
gi|17 : ----GG-TA-----G-----C---TA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-TTGG-----------ACATGCAAATA-GC-----TGTC-----GA---ATG----TC----------T-C--T--AA-AA-CA------------TC---C-A----ACTGAT-----------------------TGGTTA--T-ATTTT-ACAGAG-A--ATATATTTAGG-----C-AT--ATGTGT--AAG-TTACACTTATTATACCTaatgatatcatc
gi|18 : TTAATCAAC---TATATACAGT----AT--GCCAATCACTCAATCACTCAT-AAATCA-----CTGGTAA--TT-AGT--C-AGT------------TT--A--A----TATC-TA---------T-T-----T--GAAG-T--A-C--AGT---TTCAG-GG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAG-T------A----AT--TT----ACAGAGGA-AA-----G-----C---CA----AA----agataatgtatataattaaaacctgttgttttaaaaggcaacaatttga
gi|19 : ta-T---TTT--AAAA-TGAACATA----AA--TC----AT----GA-AC-----GGAGTGC---CT----GA----A-----TA-T--AAT-AAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GC-----CTTC-----AT---CTA----TCTGCGCAACAGT-C--T--AA-AA-AA-GTCGA--CGT-TCAT-ttatttg
gi|2 : ttggccaatttatatctAAT--T-GCCA--TATTTTGTA--G-AAAACATTTTTTTTTCAATTGAA---GGT-TACA-------T--A--------TTAAGTGTTCA---AATTA-----ATGTACA--TT-GAC--------------------------------AAG-T----------T-T-AATCTATTAA-----G-G--AGT---TTTAA-AC-A----A-ACA--A--C-T---TTT--AAAA-C------AT---GT--TTTGG-AG----GG-AA-----G-----C---CA----AA----T-----AT-T--AAT-AAACACT-CCAG-----------ATGTGCAATTA-AC-----CAAC-----GT---CTA----TCTGCACAACA-T-T---------A-GA------------------------ACTGATTTG-G---AT----ATAAT--GACGGTTA--T-T-TTTAATGGAT-G--A------TAGA-----A-GT--ATGAAT--TAA-TTACAT---gtgtatact
gi|21 : atagaagccaT---TTAAATAA-A----A-ATG--A--T-G---TTT--TCAA-T------A----AT--TA----AT----GG-AT-----GGAAT-C---CC----GA----A-----AT-T--TGC-AAACACGATC-A-----------CCATGCGGATA-GC-----gttcatttaggtctagataatgcattaaaaaacttaagttattgtaaaaaggtaatttgacataatattggagtttgtgtgacttt
gi|22 : tcattgaccagtccaatcgattca-TA---------T-T-AAACT--TG------G-T--AGC---TTATA-AA-A----A-ATT--A--T-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----ATGGAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT-A--AAT-GAAC----T--G-----------AC-TGCAAATA-AC-----TGAtcccg
gi|23 : atatcT--AAAA-T------A----AAAATC----AT----GG-AG-----G----------G----AACGTTA-----ACAT--AAC-AAACACG-TCTG-----------GCGTGCAAATA-
gi|25 : ---CTA----TCTGCACAACA-T-T--T--AA-AAGAA-ATCGG--T-TATCAT-C-G----Acct
gi|3 : TTTAATTAAA---A---TGCAAT----AC--G--------AAAAGTATTTAT-ATATTA-----ACACTCAATTT-TAT--T-T--------------CC--A--T----TTAA-CC---------T-T-AGAGT--TA-------------T---TTAAA-AGTA----A-ATACAA--C-T---ATA--AAAC-T------A----AT--TC----ATTAAGGG-AA-----G-----C---CA----AA----A-----AT----AACTGAACACG-TCAG-----------ACGTGCAAATA-GCAGATGTGACATCATGT---CTA----TATGCACAACA-T-T--------------------------------G----ATTG-TT---------------AAT--GGT-ATTA--T---TTT-ATAGAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATATGT--GAG-CTACAT---TTATACCTTG
gi|4 : T---TTAAC-AA-A----ACACA--AATC-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TG----AT----GG-AG-----GTAAG-C---CA----AA----ATATAAATAT--ATT-GAACACG-TCAG-----------ACATGCAGATT-GC-----TGCT-----CT---CTA----TATGTGCGCCA-T-T--TA-AA-AA-CA-ACAGG--TGC-TCCT-C-A----A---AT--------AT----ATTTT--GAT--TTA--T-ATTTT-ATGGA--G--A------GAAA-----A-AA--GTGTGT--AAC-TTGCAT---TTATAataaaatatcatttcaaaaatgtgtttgttatcataaatgaggaatttgaagaagtatataagtcagtggcactttaaat
gi|5 : aataaacgttcatctgacaattacatactgtatgattgaaaaaagcaGTAGCAATA-T-GCCA--AATTTTATA--GCAACAT-------TTTTAATTAAG---GAT-TACAGT----TT--G--------TCAAGTGTTTAT-AAATTA-----CTAGTCC--TT-GAC--C-A--------------CTG-A--A----TAAA-TA---------T-T-AAACT--TAAC-TCTG-T--AGT---TTAAA-AG-A----A-ACA--A--C-T---TTT--GAAA-T------A----AT--TC----AT----GG-AT-----G-----T---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAGTACA-TTGG-----------ATGTGCAAATA-GC-----CAAC-----AT---CAT----TCTGCACAACA-TAC--T--AA-AA-TA-GTCAGT-T-T-TCATGT-G----ATTAATTTG-G---AT----ATAAT--GATGATTA--T-A-TTTGGTGGAG-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--TAG-TCACA----TTATATCTTGttaagacacgttgaaacagtgttattgtaaaaagacaatctgacatacagtattgaatttggtgtggtgtttaa
gi|6 : -AAATTA-----ATGGTCA--TT-GGC--CGA--------------TT--A--A----TATA-TA---------T-TCAAACT--T----T--G-G--AGT---TCAAA--G-A----A-GCA--G--T-T---TGA--AAAA-T------A----AT--AT----AT-------------------------------------------T-T--AAC-----ATG-CCGA-----------ACGTGCAAATA-GC-----CGAC-----GT---CTT----TCTGCACAACA-T-T--A--AA-AG-AA-ATCGG--T-TATCAC-C-A--------------------------AAT--G-TG--TA--T-A-TTA-AGGGAA-AAGA------TAAA-----ACATGAATGCGT--AAG-TTCTAT---TTACATCT
gi|7 : --AGAA-T------A-----T--TT----AT----GG-AG-----GGAAG-C---CA----AA----A-----AT-T--AAT-GAACACA-CCGT-----------GCGGGCAAATT-GC-----AAAC-----GA---CCA----TGTGCGACGCA-T-G--A--AA-AG-AA-ACCGGACA-T-TAAT-TAA----ACTGATCTG-A---GT----ATTTT--AATGGTTA--T-ATTTT-ATGGAT-A--A------TATA-----A-CT---TTTTTAGAAG-TTAAAT---GTATGCagatatttcaaatactacagctgtgttgttttaaaaagataatttgctatacacatgtagttcatgagcttgtatgac
gi|8 : gtaattacttcttaacaagtagTTGAG---AAT-TACAGT----AT--G--------TGAAATTTCCAT-ACATTA-----ATGGTCA--TT-AACAAT-A--------------CT--A--A----TAAA-TG---------TGT-AGTCG--TA------G-T--AGA---TTAGA-AA-T----T-ATA--A--C-T---TTT--AAAA-T------A----AT--TT----AT----GG-AG-----GGAAA-C---CA----AA----T-----AT-T--ATT-AAGCACA-TCGG-----------ACGTGCAATTA-GC-----AAAT-----GT---TTA----T---AACAATA-T-T--T--GATAG-AA-GCTGAT-T-T-TCAC-C-GA---ATTGCTCTGTGTATAT----ATAAA--AAAG--TA--T---TTT-ATGCAT-A--A------TAGA-----A-AT--ATGTGT--atagataatgcattaagttacactttattattgtgtaaaataattttgacgtgatactggagcttgtgtgactttaa
gi|9 : T-AAATTG------TGATCA--AA-AAC--C-A--------------TTTGA--A----TATA-TA---------T-TCAAACT---AA-----G-T--AGT---T--AA-AG-A----A-ATA--A--C-T---TT----AAA-T------ACTATGT--TTTTGGAT----GGGAA-----G-----T---CG----AA----T-----AA-T--AAT-GAACTAG-TCGG-----------ACATGCAAATA-AC-----CGTC-----GC---CTA----TCTTCACAGCA-T-T--C--AA-A---C-GCGGC--T-T-TCGT-C-G----A---------------------AAA--GAT--TTACCT-A-TAC-ATAAATAA--A------CATA-----A-TT--ATGTGT--AAG-GTCCAT---TTATACgcttgtttatagtgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATAATTGAAATGCGTATAACTTACACGTGCATTCGTTAAAGCTATTATATAAAAACAATTTGACGTTTTATCTCAGCTGGAGTGACTTTAAAATAGATAAATTTTAATC
Unaligned ( gi|24 ): TAAGACTTGCAGTAACATATTGTTACGCTCATTGATGTGACGTAGT