lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222 1 1 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2222222 111111111111111111 111111 1
lowQualScore : 6 8 1 8 77 666666 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555 99 99 5 7 666 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 666 2222222 3 1 888888888888888888 5 999999 7
lowQualScore : . . . . .. ...... . .................................................................................. ....... .. .. . . ... . ............................................................. . ... ....... . . .................. . ...... .
lowQualScore : 0 0 4 6 99 444444 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666 00 22 0 1 222 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 444 5555555 6 6 000000000000000000 0 111111 0
consensus : NTTTTTAAAAAAA-AGGGAAGCTATTGT--AC------TCGCCCC------------GG------------CGTCA-G---------------T----T----T----TT-----GA-T---AAG--TTTTNA----GGCA-TGCTCATAT--CTCAGTAACCACTAC--CCATACATCAATGAAACTTC-A---CGCGTGTGT-T--C---ACTAC-CA-TANAGG-G-GACTC-GAAGG--G-C-A-A---GTGGGATAACTC-CA---TT-TGA-NT-TNAG-ACAGN----A-TTATGGCC-CT-TTTATACTTAGA
Reference ( gi|7 ) : CTCTTTAAAAAAA-AGGGAAGCTGTTGT--AC------TTGCTTC------------GG------------CAT-A-G---------------T----T----T----TT-----AA-T---AAA--TTTTAA----GGCA-TGCTCATAT--CTCACTACCCACTAC--CCATACATCAATCAAATTTG-A---TGCAAGTGT-T--A---ACTAC-CA-TATGGA-G-AACTT-GTAGG--T-CGA-A---GTGGGATAACTC-CA---TT-TGA-AT-TAAG-ACAGT----A-TTATGGTT-CT-TTTATACTAAGA
gi|4 : TTTTTAAAAAGGGAGATAAGTT--TGT--GC------TTGTTCT------------AG------------CGT-T-GATGTCGCT-------T----T----T----TTCTTTAAA-T---A----TTTTA------GCAATGCTCATATATCTCAGTAACCACTTTTTCCTTATAT----------------------GTGT-TTTC---ACTAC-CA-TAAAGG-G-GCCTTAATAGG--C-C-A-A---GTTGAATACCTC-CA---TTGTGG----TA---ACAGTTATGA-TCATGGCTGCT-TTT
gi|8 : TTCAAAAAAA-AAGGCAGCCATTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGTCTACATTGACAT-T-G---------------TATA-T----T----TT-----GGCT---GAA--TTT-------AGCA-AGCTCTTAC--CTTAGTAACTACTTT--CTATACAACAATGAAACTTA-A-----CATGTTT-T--C---ACTTC-TA-TAAAAG-G-GACT------G--C---A-A---GTTGGATAACCC-TAT--TT-TGA-TT-TGAT-GGAGA----A-TTAAGGCC-CC-TTCACACTttcttagaaaattcgataaagtttca
gi|3 : tTTTGAAGAAA-AAGGAAGTTATTGTGTAC------TAACTTC------------AC------------CATCA-GCATTTTGCTTGGACTT----T----T----TT-----GT-T---AAAGATTTTA------GCA-TGCTCACAT--CTTGGTAACCACTGA--CCATACGTCAATAAAACTTC-A---TTTGTGTGG-T--T---ACTAG-AA-CAAAGT-G-GATTC-AAGGG--A-CTA-G---GTAGATTAGC-C-CAGT-TT-TAATAT-TAGG-A-AGC----A-TTATG
gi|14 : atAAAA-ATGGA-GCTATCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GG------------CGT-A-G---------------T----T----TGTTTTT-----AG-T---T----TTTTTA----GACA-TGTCCATAT--CTTAGTAACCACTAT--CCAcactcttcactacttcggaaa
gi|9 : aatttgactttttttgttttgAAGA-AGGGGAGGTATTGT--AT------T--CCCC------------AG------------CATCA-A---------------T----TGTTTT----TT-----CA-TTTAAAG--TTTTGT----GTTA-ACCTCATGTACCTCAGTA---ACTAC--TGACACAACAATCCAGCTTC-A---TGTCAGTTG-T--C---ACTGT-CA-TAACGG-C-AATTC-AAGGG--G-CCA-A---GTGGGACAAGTT-CA---TT-TTG-AT-T
gi|6 : acttttgGAAACTGTAAT--AC------TTGTCTC------------GG------------CATCA-G---------------TGATTT----T----TT-----TA-G---ACA--TTTTTA----G-CA-AACTCATAT--CTAAGTAGCCACTAA--CCACACATCAACGAAACTT--------CACATTTAT--A---ACCAC-CAGTATAAAGG-AACTC-AAAGGGAC-AGA-T---GTGATGTAGCTA-T----TT-TGATAT-TAAGTACAAT----A---ATGGCTGAT-TTTATGCTtttaggcagaata
gi|5 : agaaaAGCTATTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGG------------CGT-TTG---------------T----T----T----TT-----GA-T---TAA--TTTTA------GCA--GCTCTTTT--CGCAGTAAATACTAT--TCTTATACCGGTGAACTTCACA---TGT--GTGT-T--C---ACTAC-CG-TACTGG-G-AAC---ATAAG--G-AGACATGTGTGGGATTACTC-AA---TT-TTG-TTATAAA-ATAGC----A-TTATTACC-TA-TATATACTTAGAttaaaaaaatg
gi|13 : g-A-G---------------T----T----T----TT-----------------TTTT------GACA--ACTCATAT--CTCAGCAACTGCTAG--CCAAACATCAATGAAACTTC-A---CGTATATTT-T--CCTTACTAC-CA-aaatctga
gi|16 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaa-G---------------T----T----T----T-------A-T---A----TTTTAACCTAAGCA-TGCTCATAT--CTCAGTAACCTCTTC--CCATATATCAATCAGAgggactcaaa
gi|11 : ttgaagccc---AAG--TTTTAC----GGTA-TGCTCATAT--AGCAGTAACCTCTAC--C------------AAACT---A---T-CA-GTGT-T--T---ACTAC-CA-TATGGG-G----TT-GAAGG--GGCTA-A---GTGGGATAACTC-CAT--TT-TTA-TT-TCAG-GCATA----A-TTATGGCC-CT-TTTATACTcgtaccatgtttctgcattactatcaaagaaac
gi|12 : AG--TTTTTA----CGCA-TGCTCGTAT--CTTAGTGGCAACTAC--TCATACACCAATGGAA-TCG-AAAGTGCA--TGT-T--C---GCTAT-CA-TGGAGG-G-GAATC-AAAGG--G-CAA-A---CTGGCATAACT--CA---TT-Ttcgattacagttttagacattcttat
gi|2 : --TTTCGA----GGCT-TGCTCATAT--CTCAGTAACCACTAC--CCATGCATGAATTAAAATTT-A---CATATATGT-T--A---ATTA---A-TATTAA-A-A---T-GGA------C-A-A---ATGGAATAACT---AGTTTT-TGA-CT-TTAG-CTAGC----ATTTTTAGCC-CTGCTTATACTtgcttttatttatagaagtgataatggcccctt
gi|17 : cttttatactagaaaaattttggACATCAATGAAACTTC-A---CGCGAGTCT-T-------CTATACA-TTCAAA-GCAAATC-AAGGG--G-CCA-A---GTGGGACAACTC-AA---TT-TTA-AT-Tttgaaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|19 : TGT-T--C---ACTAC-CA-T-TG-A-G-CACAG-GTATA--T---A-A---GTGGGATAACTCAGA---CT-TGA-TT-TTAG-ATAAA----A-TTATGCCT-CA-TTCAttagccaaaa
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TAAATATTATTCGATAATACCTAATGGATGAGGAGATAATATTTTAGTGGGTGTTGTAAAAAATAAACTTGTATGTGCCTGTAGTTGATGAAAACAGCATGATAGAACCTTCCTTTATTAAAGAAATCATGCTAGCATTTTTTATACTTAGAAAATTTGATTCAATGTTTATTACAAGCATCTATCTCAATAAGTAATAGTCATACTTAAGGAAATACACGTTTGTTTACTACCATTAAAGGGGCTTAAGGGGACAAGTGGTTTGACTTTAGGCAGAATTATGCCACGTTTAATATTAAGAAAATTTGGTTTAAGATTTACAGCAAGCTCATACCTTGGTAGTTACTTAAATATATAGTCATACATCACGAAACTTGATAAATGTCTATTGTTGTTGTTCACATATATCATCCAAGACAACCACC
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGTTTAGTGTTTGAGCAAGCTCAACTCAGAAATTGCTAGTCAAATGAATGTGTATTTATTTCCACTAAGTATAAAACATGGGACAAGTGGGTTACATCTGGTTTCACGTTAGGCAAAATATTGCCCCGTTTAAAACTTAGAAAAAATCTGTTTATAGCAAGCTAATAT
Unaligned ( gi|15 ): TATATCAGGCAGTTTATTGAACATTTTGTTCTGCAAACTTATATCGTAGTAACTGCAGCCCTTACATCAACGAAACTTCACGTGTTTTCATTATTATTAAAGGGAATCAA
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA
Alignments
lowQualScore : 11111111 222222222222 5555555555555555555555555555555555555555 2222222222 1111111111 111111111 11111 222222 2222222
lowQualScore : 7777 0 888 66 55555555 555555555555 9999999999999999999999999999999999999999 2 7777777777 2 5 9999999999 6 2 33 33 000000000 888 0 2 33 55555 0 0 444 5555 2 1 555555 3 000000 6 44 3 44 7777777 3 88888888 6 44 888 44 3 8888 4 4
lowQualScore : .... . ... .. ........ ............ ........................................ . .......... . . .......... . . .. .. ......... ... . . .. ..... . . ... .... . . ...... . ...... . .. . .. ....... . ........ . .. ... .. . .... . .
lowQualScore : 5555 9 888 99 99999999 666666666666 9999999999999999999999999999999999999999 9 8888888888 5 0 8888888888 9 5 44 44 000000000 444 4 5 77 77777 9 4 444 9999 2 4 111111 1 777777 2 22 1 22 3333333 1 22222222 2 11 222 11 1 1111 0 0
consensus : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----TT-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCA--TAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATAAAGGGGACTCAA-A--G-G---G--C-A--AG-TGGGA--TAACTC-NAT--TT-TG-----A-TT-T-TAG-GCAG-NA-TTATGGCC-CN-TTT-A-TACTTAGA
Reference ( family-613 ) : NTTTTTAAAAAAAAGGGAAGCTA---TTGT--AC------TCGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----TT-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCATGC-TCA--TAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATANAGGGGACTCGA-A--G-G---G--C-A--AG-TGGGA--TAACTC-CA---TT-TG-----A-NT-T-NAG-ACAG-NA-TTATGGCC-CT-TTT-A-TACTTAGA
gi|1 : T-TTGA-TTC-AATGT-TTATT--A------CAAGCATC---TAT--CTCAATAAGTAA---------TAG--TCATAC-TTAAGGAAAT------ACAC--GTTTGTTT---ACTACCATTAAAGGGGCTTAA-G--G-G---GA-C-A--AG-TGG----------------TT-TG-----A-CT-T-TAG-GCAG-AA-TTATGCCA-CG-TTTAA-TATTAAGA
gi|1 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaaT-TTGG-TTT-AA-GA-TT-TA--C----AGCAAGC-TCA--TAC--CTTGGTAGTTACTTAAATATATAG--TCATACATC-ACGAAACT-Taaatttggtttaagatttacagcaagctcataccttggtagttacttaaatatatagtcatacatcacgaaacttgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|11 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaatttgattcaatgtttattacaagcatctatctcaataagtaatagtcatacttaaggaaatacacgtttgtttactaccattaaaggggcttaaggggacaagtggtttgactttaggcagaattatgccacgtttaatattaagaaaa---AA-GT-TT-TA--C----GGTATGC-TCA--TAT--AGCAGTAACCTC---------TAC--C------------AAACTATC--A-------GTGTTT---ACTACCATATGGGG---TTGA-A--G-G---GGCT-A--AG-TGGGA--TAACTC-CAT--TT-TT-----A-TT-T-CAG-GCAT-AA-TTATGGCC-CT-TTT-A-TACTTCGAgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|12 : A-GT-TT-TT--A----CGCATGC-TCG--TAT--CTTAGTGGCAAC---------TAC--TCATACACCAATGGAA---TCGAAAGT--GCATGTTC---GCTATCATGGAGGGGAATCAA-A--G-G---G--C-A--AACTGGCA--TAACTC-AT---TT-TGCTTTTA-TT-TATAG-A-AGTGA-TAATGGCC-CC-TTttacagttttagacattcttat
gi|13 : ---------A--G---------------T----TT-TT-----------T-TT-TG--A------CA-AC-TCA--TAT--CTCAGCAACTGC---------TAG--CCAAACATCAATGAAACT-TC--ACGT--ATATTTTCCTTACTACCA-----GGGACTCAA-A--
gi|14 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaaTTTTGAAAAA---TGGAGCTA---TCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GGCGT----------------A--G---------------T----TT-GTTT-T---TA-GT-TT-TTTTA----GACATGT-CCA--TAT--CTTAGTAACCAC---------TAT--CCA
gi|15 : aatttgactttttttg------C---------A--G---------------T----TTATTGA-A---CA-TT-TTGTT--C----TGCAAAC-TTA--TAT--CGTAGTAACTGC---------AGC--CCTTACATCAACGAAACT-TC--A--C--GTGTTTTC---ATTATTATTAAAGGGAATCAA-
gi|16 : tatatcagg--G---------------T----TT-T--A-T---A---T-TT-TA--ACCTAAGCATGC-TCA--TAT--CTCAGTAACCTC---------TTC--CCATATATCAATCAGACG-TA--CCAT--GTTTCTGC---ATTACTATCAAAGAAAC
gi|17 : ttgaagcccACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GAGTCTTC---TATACATTCAAAGCAAATCAA-G--G-G---GC-C-A--AG-TGGGA--CAACTC-AAT--TT-TA-----A-TT-T-TAG-CCAA-AA-
gi|19 : TGTTC---ACTACCATTGAG------CAC-A--G-GTATA--T-A--AG-TGGGA--TAACTCAGA---CT-TG-----A-TT-T-TAG-ATAA-AA-TTATGCCT-CA-TTC-A-
gi|2 : ----TT-TTG---------GT-TT-CG--A----GGCTTGC-TCA--TAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATGCATGAATTAAAAT-TT--ACAT--ATATGTTA---ATTA--ATA--------TTAA-AATG-G---A--C-A--AA-TGGAA--TAACT---AGTTTT-TG-----A-CT-T-TAG-CTAG-CATTTTTAGCC-CTGCTT-A-TACTTTGAa
gi|3 : cttttatactagaaaaaTTTTGAAGAAAAAGGAAGTTA---TTGTGTAC------TAACTTC------------ACCAT------C---------A--GCATTTTGCTTGGACTT----TT-TTGT-T---AAAGA-TT-TT--A----G-CATGC-TCA--CAT--CTTGGTAACCAC---------TGA--CCATACGTCAATAAAACT-TC--ATTT--GTGTGGTT---ACTAGAACAAAGTGGATTCAA-G--G-G---A--CTA--GG-TAGAT--TAGCCC-AG---TT-TT-----A-ATAT-TAG-GAAG-CA-TTATGCAC-TC-TTC-ACTACTTaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|4 : aTTTTTAAAAA----GGGAGATAAGTTTGT--GC------TTGTTCT------------AGCGTTGATGTC---------G--C---------------T----TT-TTTC-TTT-AA-ATATT-TT--A----GCAATGC-TCA--TATATCTCAGTAACCAC---------TTTTTCCTTATAT---------------------GTGTTTTC---ACTACCATAAAGGGGCCTTAATA--G-G---C--C-A--AG-TTGAA--TACCTC-CA---TTGTG-----G-TA-A-CAG-TTAT-GA-TCATGGCTGCT-TTT---TTCTTAGAcggaaa
gi|5 : AGCTA---TTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGGCGT------T---------T--G---------------T----TT-TTGA-T---TA-AT-TT-TA--------GCA-GC-TCT--TTT--CGCAGTAAATAC---------TAT--TCTTATACCGGTG-AACT-TC--ACAT--GTGTGTTC---ACTACCGTACTGGGAACATAA-G--GAG---A--C-ATGTG-TGGGA--TTACTC-AA---TT-TT-----G-TTAT-AAA-ATAG-CA-TTATTACC-TA-TAT-A-TACTTAGAaaattcgataaagtttca
gi|6 : gGAAACTG---TAAT--AC------TTGTCTC------------GGCAT------C---------A--G---------------TGATTTT-TTTA-G---AC-AT-TT-TT--A----G-CAAAC-TCA--TAT--CTAAGTAGCCAC---------TAA--CCACACATCAACGAAACT-TC--ACAT--TTATAACC---ACCAGTATAAA-GGAACTCAA-A--G-G---GA-C-A--GA-TGTGATGTAGCT---AT--TT-TG-----ATAT-T-AAGTACAA-TA---ATGGCTGAT-TTT-A-TGCTTaaatctga
gi|7 : agaaaTCTTTAAAAAAAAGGGAAGCTG---TTGT--AC------TTGCTTC------------GGCAT----------------A--G---------------T----TT-TTAA-T---AA-AT-TT-TA--A----GGCATGC-TCA--TAT--CTCACTACCCAC---------TAC--CCATACATCAATCAAATT-TG--ATGC--AAGTGTTA---ACTACCATATGGAGAACTTGT-A--G-G---T--CGA--AG-TGGGA--TAACTC-CA---TT-TG-----A-AT-T-AAG-ACAG-TA-TTATGGTT-CT-TTT-A-TACTAAGAtaaaaaaatg
gi|8 : cTTTCAAAAAAAAAGGCAGCCA---TTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGT------CTACATTGACATTG---------------TATA-TT-TTGGCT---GA-AT-TT----------AGCAAGC-TCT--TAC--CTTAGTAACTAC---------TTT--CTATACAACAATGAAACT-TA--A--C--ATGTTTTC---ACTTCTATAAAAGGGACT-------------G--C-A--AG-TTGGA--TAACCC-TAT--TT-TG-----A-TT-T-GAT-GGAG-AA-TTAAGGCC-CC-TTC-A-CACT
gi|9 : AAGAAGGGGAGGTA---TTGT--AT------T--CCCC------------AGCAT------C---------A--ATTGT-----------T----TT-TTCA-TTTAAA-GT-TT-TG--T----GTTAACC-TCATGTAC--CTCAGTAACTAC---------TG-----ACACAACAATCCAGCT-TC--ATGTCAGT-TG-TC---ACTGTCATAACGGCAATTCAA-G--G-G---GC-C-A--AG-TGGGA--CAAGTT-CAT--TT-TG-----ATTT-T-TAG-GCAG-AA-T
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TTTAGTTTAGTGTTTGAGCAAGCTCAACTCAGAAATTGCTAGTCAAATGAATGTGTATTTATTTCCACTAAGTATAAAACATGGGACAAGTGGGTTACATCTGGTTTCACGTTAGGCAAAATATTGCCCCGTTTAAAACTTAGAAAAAATCTGTTTATAGCAAGCTAATAT
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111 1111111
lowQualScore : 7777 888 66 444444 5 555555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 8888888888 3 2 66 999999999 888 2 333 77777 0 0 444 4444 0 3 1 888888 2 5555555 33 2 33 5 2 0 77777 1 33 2 4444 7 3
lowQualScore : .... ... .. ...... . ............ ........................................................... . . .......... . . .. ......... ... . ... ..... . . ... .... . . . ...... . ....... .. . .. . . . ..... . .. . .... . .
lowQualScore : 5555 888 99 444444 2 666666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 8888888888 3 4 55 444444444 888 4 888 00000 2 7 111 9999 1 1 8 555555 9 4444444 99 9 99 8 9 1 11111 1 99 9 5555 3 6
consensus : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAGGGGACTCAA-G----G-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA-----GGCAG-AA-TTATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
Reference ( family-613 ) : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATAAAGGGGACTCAA-A----G-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA-----GGCAG-NA-TTATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
gi|1 : ----T-TTGA-TTC-AATGT-TTATT--A------CAAGCATC-TAT--CTCAATAAGTAA---------TAG--TCATAC-TTAAGGAAAT------ACAC--GTTTGTTT---ACTACCATTAAAGGGGCTTAA-G----G-G---GAC-A--AG-TGG-------------TTTGA-CTTTA-----GGCAG-AA-TTATGCCA-C-GTTTAA-TATTAAGA
gi|1 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaa----T-TTGG-TTT-AA-GA-TT-TA--C----AGCAAGC-TCATAC--CTTGGTAGTTACTTAAATATATAG--TCATACATC-ACGAAACT-Taaatttggtttaagatttacagcaagctcataccttggtagttacttaaatatatagtcatacatcacgaaacttgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|10 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaatttgattcaatgtttattacaagcatctatctcaataagtaatagtcatacttaaggaaatacacgtttgtttactaccattaaaggggcttaaggggacaagtggtttgactttaggcagaattatgccacgtttaatattaagaaaaA-GT-GT-TT--G----AGCAAGC-TCA-A---CTCAGAAATTGC---------TAG--TCA------AATGAA-----------T--GTGTATTT---ATTTCCACTAAGTATA---AA-ACATGG-G---A-C-A--AG-TGGGT--TACATCTGGTTTCA-CGTTA-----GGCAA-AA-TATTGCCC-C-GTTTAA-AACTTAGAgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|11 : tttagttt---AA-GT-TT-TA--C----GGTATGC-TCATAT--AGCAGTAACCTC---------TAC--C------------AAACTATC--A-------GTGTTT---ACTACCATA--TGGGGTTGAA-G----G-G---G-CTA--AG-TGGGA--TAACTCCATTTTTA-TTTCA-----GGCAT-AA-TTATGGCC-C-TTTT-A-TACTTCGAaaaaatctgtttatagcaagctaatat
gi|12 : A-GT-TT-TT--A----CGCATGC-TCGTAT--CTTAGTGGCAAC---------TAC--TCATACACCAATGGAA---TCGAAAGT--GCATGTTC---GCTATCATGGAGGGGAATCAA-A----G-G---G-C-A--AACTGGCA--TAACTC-ATTTTGC-TTTTATTTATAGAAGTGA-TAATGGCC-C-CTTttacagttttagacattcttat
gi|13 : ---------A--G---------------T----T----T-TT-----------T-TT-TG--A------CAA-C-TCATAT--CTCAGCAACTGC---------TAG--CCAAACATCAATGAAACT-TC--ACGT--ATATTTTCCTTACTACCA-----GGGACTCAA-A----
gi|14 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaaTTTTGAAAAA---TGGAGCTA---TCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GGCGT----------------A--G---------------T----T----T-GTTT-T---TA-GT-TT-TTTTA----GACATGT-CCATAT--CTTAGTAACCAC---------TAT--CCA
gi|15 : aatttgactttttttg------C---------A--G---------------T----T----TATTGA-A---CA-TT-TTGTT--C----TGCAAAC-TTATAT--CGTAGTAACTGC---------AGC--CCTTACATCAACGAAACT-TC--A--C--GTGTTTTC---ATTATTATTAAAGGGAATCAA-
gi|16 : tatatcagg--G---------------T----T----T-T--A-T---A---T-TT-TA--ACCTAAGCATGC-TCATAT--CTCAGTAACCTC---------TTC--CCATATATCAATCAGACG-TA--CCAT--GTTTCTGC---ATTACTATCAAAGAAAC
gi|17 : ttgaagcccACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GAGTCTTC---TATACATTCAAAGCAAATCAA-G----G-G---GCC-A--AG-TGGGA--CAACTCAATTTTAA-TTTTA-----GCCAA-AA-
gi|19 : TGTTC---ACTACCATTGAG------CAC-A----G-GTATA-T-A--AG-TGGGA--TAACTCAGACTTGA-TTTTA-----GATAA-AA-TTATGCCT-C-ATTC-A-
gi|2 : ----T----T-TTG---------GT-TT-CG--A----GGCTTGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATGCATGAATTAAAAT-TT--ACAT--ATATGTTA---ATTAATATTAA--------AA-T----G-G---A-C-A--AA-TGGAA--TAACTAGTTTTTGA-CTTTA-----GCTAG-CATTTTTAGCC-CTGCTT-A-TACTTTGAa
gi|3 : cttttatactagaaaaaTTTTGAAGAAAAAGGAAGTTA---TTGTGTAC------TAACTTC------------ACCAT------C---------A--GCATTTTGCTTGGACTT----T----T-TTGT-T---AAAGA-TT-TT--A----G-CATGC-TCACAT--CTTGGTAACCAC---------TGA--CCATACGTCAATAAAACT-TC--ATTT--GTGTGGTT---ACTAGAACAAAGTGGATTCAA-G----G-G---A-CTA--GG-TAGAT--TAGCCCAGTTTTAA-TATTA-----GGAAG-CA-TTATGCAC-T-CTTC-ACTACTTaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|4 : aTTTTTAAAAA----GGGAGATAAGTTTGT--GC------TTGTTCT------------AGCGTTGATGTC---------G--C---------------T----T----T-TTTC-TTT-AA-ATATT-TT--A----GCAATGC-TCATATATCTCAGTAACCAC---------TTTTTCCTTATAT---------------------GTGTTTTC---ACTACCATAAAGGGGCCTTAATA----G-G---C-C-A--AG-TTGAA--TACCTCCATTGTGG-TAACA-----GTTAT-GA-TCATGGCT-G-CTTT-T-TTCTTAGAcggaaa
gi|5 : GAGCTA---TTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGGCGT------T---------T--G---------------T----T----T-TTGA-T---TA-AT-TT-TA--------GCA-GC-TCTTTT--CGCAGTAAATAC---------TAT--TCTTATACCGGTG-AACT-TC--ACAT--GTGTGTTC---ACTACCGTACTGGGAACATAA-G----GAG---A-C-ATGTG-TGGGA--TTACTCAATTTTGT-TATAA-----AATAG-CA-TTATTACC-T-ATAT-A-TACTTAGAaaattcgataaagtttca
gi|6 : GAAACTG---TAAT--AC------TTGTCTC------------GGCAT------C---------A--G---------------TGATTT----T-TTTA-G---AC-AT-TT-TT--A----G-CAAAC-TCATAT--CTAAGTAGCCAC---------TAA--CCACACATCAACGAAACT-TC--ACAT--TTATAACC---ACCAGTATAAA-GGAACTCAA-A----G-G---GAC-A--GA-TGTGATGTAGCT--ATTTTGA-TATTA-----AGTAC-AA-TAATGGCTGA-TTTT-A-TGCTTaaatctga
gi|7 : agaaaTCTTTAAAAAAAAGGGAAGCTG---TTGT--AC------TTGCTTC------------GGCAT----------------A--G---------------T----T----T-TTAA-T---AA-AT-TT-TA--A----GGCATGC-TCATAT--CTCACTACCCAC---------TAC--CCATACATCAATCAAATT-TG--ATGC--AAGTGTTA---ACTACCATATGGAGAACTTGT-A----G-G---T-CGA--AG-TGGGA--TAACTCCA-TTTGA-ATTAA-----GACAG-TA-TTATGGTT-C-TTTT-A-TACTAAGAtaaaaaaatg
gi|8 : cTTTCAAAAAAAAAGGCAGCCA---TTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGT------CTACATTGACATTG---------------TATA-T----T-TTGGCT---GA-AT-TT----------AGCAAGC-TCTTAC--CTTAGTAACTAC---------TTT--CTATACAACAATGAAACT-TA--A--C--ATGTTTTC---ACTTCTATAAAAGGGACT---------------G-C-A--AG-TTGGA--TAACCCTATTTTGA-TTTGA-----TGGAG-AA-TTAAGGCC-C-CTTC-A-CACT
gi|9 : AAGAAGGGGAGGTA---TTGT--AT------T--CCCC------------AGCAT------C---------A--A---------------T----TGTTTT-TTCA-TTTAAA-GT-TT-TG--T----GTTAACC-TCATGTACCTCAGTAACTAC---------TG-----ACACAACAATCCAGCT-TC--ATGTCAGT-TGT-C---ACTGTCATAACGGCAATTCAA-G----G-G---G-CCA--AG-TGGGA--CAAGTTCATTTTGATTTTTA-----GGCAG-AA-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111 1111111
lowQualScore : 7777 888 66 444444 5 555555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 8888888888 3 2 66 999999999 444 2 333 66666 0 0 444 4 7777 0 44 2 2 3333333 33 2 33 5 2 0 33 0 2 7777 4444 7 3
lowQualScore : .... ... .. ...... . ............ ........................................................... . . .......... . . .. ......... ... . ... ..... . . ... . .... . .. . . ....... .. . .. . . . .. . . .... .... . .
lowQualScore : 5555 888 99 444444 2 666666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 8888888888 3 4 55 444444444 222 4 888 44444 2 7 111 1 6666 2 33 5 9 7777777 99 9 99 8 9 1 99 4 9 1111 5555 3 6
consensus : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
Reference ( family-613 ) : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
gi|1 : ----T-TTGA-TTC-AATGT-TTATT--A------CAAGCATC-TAT--CTCAATAAGTAA---------TAG--TCATAC-TTAAGGAAAT------ACAC--GTTTGTTT---ACTACCATTAAA---GGGGCTT-AA-GG-G---GAC-A--AG-TGG-------------TTTGA-CTTTA--GGCAGAA-TT----ATGCCA-C-GTTTAA-TATTAAGA
gi|1 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaa----T-TTGG-TTT-AA-GA-TT-TA--C----AGCAAGC-TCATAC--CTTGGTAGTTACTTAAATATATAG--TCATACATC-ACGAAACT-Taaatttggtttaagatttacagcaagctcataccttggtagttacttaaatatatagtcatacatcacgaaacttgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|10 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaatttgattcaatgtttattacaagcatctatctcaataagtaatagtcatacttaaggaaatacacgtttgtttactaccattaaaggggcttaaggggacaagtggtttgactttaggcagaattatgccacgtttaatattaagaaaaA-GT-GT-TT--G----AGCAAGC-TCA-A---CTCAGAAATTGC---------TAG--TCA------AATGAA-----------T--GTGTATTT---ATTTCCACTAAGTATAAAAC---AT-GG-G---A-C-A--AG-TGGGT--TACATCTGGTTTCA-CGTTA--GGCAAAA-TA----TTGCCC-C-GTTTAA-AACTTAGAgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|11 : tttagttt---AA-GT-TT-TA--C----GGTATGC-TCATAT--AGCAGTAACCTC---------TAC--C------------AAACTATC--A-------GTGTTT---ACTACCAT--AT---GGGGTTG-AA-GG-G---G-CTA--AG-TGGGA--TAACTCCATTTTTA-TTTCA--GGCATAA-TT----ATGGCC-C-TTTT-A-TACTTCGAaaaaatctgtttatagcaagctaatat
gi|12 : A-GT-TT-TT--A----CGCATGC-TCGTAT--CTTAGTGGCAAC---------TAC--TCATACACCAATGGAA---TCGAAAGT--GCATGTTC---GCTATCATGGAG---GGGAATC-AA-AG-G---G-C-A--AACTGGCA--TAACTC-ATTTTGC-TTTTATTTATAGAA-GTGATAATGGCC-C-CTTttacagttttagacattcttat
gi|13 : ---------A--G---------------T----T----T-TT-----------T-TT-TG--A------CAA-C-TCATAT--CTCAGCAACTGC---------TAG--CCAAACATCAATGAAACT-TC--ACGT--ATATTTTCCTTACTACCA--------GGGACTC-AA-
gi|14 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaaTTTTGAAAAA---TGGAGCTA---TCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GGCGT----------------A--G---------------T----T----T-GTTT-T---TA-GT-TT-TTTTA----GACATGT-CCATAT--CTTAGTAACCAC---------TAT--CCAa
gi|15 : aatttgactttttttg------C---------A--G---------------T----T----TATTGA-A---CA-TT-TTGTT--C----TGCAAAC-TTATAT--CGTAGTAACTGC---------AGC--CCTTACATCAACGAAACT-TC--A--C--GTGTTTTC---ATTATTATTAAA---GGGAATC-AA-
gi|16 : tatatcagg--G---------------T----T----T-T--A-T---A---T-TT-TA--ACCTAAGCATGC-TCATAT--CTCAGTAACCTC---------TTC--CCATATATCAATCAGACG-TA--CCAT--GTTTCTGC---ATTACTATCAAA---GAAAC
gi|17 : ttgaagcccACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GAGTCTTC---TATACATTCAAA---GCAAATC-AA-GG-G---G-CCA--AG-TGGGA--CAACTCAATTTTAA-TTTTA--GCCAAAA-
gi|19 : TGTTC---ACTACCATTGAG---------C-AC-AG-GTATA-T-A--AG-TGGGA--TAACTCAGACTTGA-TTTTA--GATAAAA-TT----ATGCCT-C-ATTC-A-
gi|2 : ----T----T-TTG---------GT-TT-CG--A----GGCTTGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATGCATGAATTAAAAT-TT--ACAT--ATATGTTA---ATTAATATTAA------------AA-TG-G---A-C-A--AA-TGGAA--TAACTAGTTTTTGA-CTTTA--GCTAGCATTT----TTAGCC-CTGCTT-A-TACTTTGAa
gi|3 : cttttatactagaaaaaTTTTGAAGAAAAAGGAAGTTA---TTGTGTAC------TAACTTC------------ACCAT------C---------A--GCATTTTGCTTGGACTT----T----T-TTGT-T---AAAGA-TT-TT--A----G-CATGC-TCACAT--CTTGGTAACCAC---------TGA--CCATACGTCAATAAAACT-TC--ATTT--GTGTGGTT---ACTAGAACAAAG---TGGATTC-AA-GG-G---A-CTA--GG-TAGAT--TAGCCCAGTTTTAA-TATTA--GGAAGCA-TT----ATGCAC-T-CTTC-ACTACTTaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|4 : aTTTTTAAAAA----GGGAGATAAGTTTGT--GC------TTGTTCT------------AGCGTTGATGTC---------G--C---------------T----T----T-TTTC-TTT-AA-ATATT-TT--A----GCAATGC-TCATATATCTCAGTAACCAC---------TTTTTCCTTATAT---------------------GTGTTTTC---ACTACCATAAAG---GGGCCTT-AATAG-G---C-C-A--AG-TTGAA--TACCTCCATTGTGG-TAACA--GTTATGA-TC----ATGGCT-G-CTTT-T-TTCTTAGAcggaaa
gi|5 : GAGCTA---TTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGGCGT------T---------T--G---------------T----T----T-TTGA-T---TA-AT-TT-TA--------GCA-GC-TCTTTT--CGCAGTAAATAC---------TAT--TCTTATACCGGTG-AACT-TC--ACAT--GTGTGTTC---ACTACCGTACTG---GGAACAT-AA-GGAG---A-C-ATGTG-TGGGA--TTACTCAATTTTGT-TATAA--AATAGCA-TT----ATTACC-T-ATAT-A-TACTTAGAaaattcgataaagtttca
gi|6 : GAAACTG---TAAT--AC------TTGTCTC------------GGCAT------C---------A--G---------------TGATTT----T-TTTA-G---AC-AT-TT-TT--A----G-CAAAC-TCATAT--CTAAGTAGCCAC---------TAA--CCACACATCAACGAAACT-TC--ACAT--TTATAACC---ACCAGTATAAA----GGAACTCAAA-GG-G---A-C-A--GA-TGTGATGTAGCT--ATTTTGA-TATTA--AGTACAA-TA----ATGGCTGA-TTTT-A-TGCTTaaatctga
gi|7 : agaaaTCTTTAAAAAAAAGGGAAGCTG---TTGT--AC------TTGCTTC------------GGCAT----------------A--G---------------T----T----T-TTAA-T---AA-AT-TT-TA--A----GGCATGC-TCATAT--CTCACTACCCAC---------TAC--CCATACATCAATCAAATT-TG--ATGC--AAGTGTTA---ACTACCATATGG---AGAACTT-GT-AG-G---T-CGA--AG-TGGGA--TAACTCCA-TTTGA-ATTAA--GACAGTA-TT----ATGGTT-C-TTTT-A-TACTAAGAtaaaaaaatg
gi|8 : cTTTCAAAAAAAAAGGCAGCCA---TTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGT------CTACATTGACATTG---------------TATA-T----T-TTGGCT---GA-AT-TT----------AGCAAGC-TCTTAC--CTTAGTAACTAC---------TTT--CTATACAACAATGAAACT-TA--ACA----TGTTTTC---ACTTCTATAAAA---GGGACT------------G-C-A--AG-TTGGA--TAACCCTATTTTGA-TTTGA--TGGAGAA-TT----AAGGCC-C-CTTC-A-CACT
gi|9 : AAGAAGGGGAGGTA---TTGT--AT------T--CCCC------------AGCAT------C---------A--A---------------T----TGTTTT-TTCA-TTTAAA-GT-TT-TG--T----GTTAACC-TCATGTACCTCAGTAACTAC---------TGA--C---ACAACAATCCAGCT-TC--ATGTCAGT-TGT-C---ACTGTCATAACG---GCAATTC-AA-GG-G---GCC-A--AG-TGGGA--CAAGTTCATTTTGATTTTTA--GGCAGAA-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111 1111111
lowQualScore : 7777 888 66 444444 5 555555555555 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 8888888888 3 2 66 999999999 444 2 333 66666 0 0 444 4 7777 0 44 2 2 3333333 33 2 33 5 2 0 33 0 2 7777 4444 7 3
lowQualScore : .... ... .. ...... . ............ ........................................................... . . .......... . . .. ......... ... . ... ..... . . ... . .... . .. . . ....... .. . .. . . . .. . . .... .... . .
lowQualScore : 5555 888 99 444444 2 666666666666 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 7 8888888888 3 4 55 444444444 222 4 888 44444 2 7 111 1 6666 2 33 5 9 7777777 99 9 99 8 9 1 99 4 9 1111 5555 3 6
consensus : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
Reference ( family-613 ) : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
gi|1 : ----T-TTGA-TTC-AATGT-TTATT--A------CAAGCATC-TAT--CTCAATAAGTAA---------TAG--TCATAC-TTAAGGAAAT------ACAC--GTTTGTTT---ACTACCATTAAA---GGGGCTT-AA-GG-G---GAC-A--AG-TGG-------------TTTGA-CTTTA--GGCAGAA-TT----ATGCCA-C-GTTTAA-TATTAAGA
gi|1 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaa----T-TTGG-TTT-AA-GA-TT-TA--C----AGCAAGC-TCATAC--CTTGGTAGTTACTTAAATATATAG--TCATACATC-ACGAAACT-Taaatttggtttaagatttacagcaagctcataccttggtagttacttaaatatatagtcatacatcacgaaacttgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|10 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaatttgattcaatgtttattacaagcatctatctcaataagtaatagtcatacttaaggaaatacacgtttgtttactaccattaaaggggcttaaggggacaagtggtttgactttaggcagaattatgccacgtttaatattaagaaaaA-GT-GT-TT--G----AGCAAGC-TCA-A---CTCAGAAATTGC---------TAG--TCA------AATGAA-----------T--GTGTATTT---ATTTCCACTAAGTATAAAAC---AT-GG-G---A-C-A--AG-TGGGT--TACATCTGGTTTCA-CGTTA--GGCAAAA-TA----TTGCCC-C-GTTTAA-AACTTAGAgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|11 : tttagttt---AA-GT-TT-TA--C----GGTATGC-TCATAT--AGCAGTAACCTC---------TAC--C------------AAACTATC--A-------GTGTTT---ACTACCAT--AT---GGGGTTG-AA-GG-G---G-CTA--AG-TGGGA--TAACTCCATTTTTA-TTTCA--GGCATAA-TT----ATGGCC-C-TTTT-A-TACTTCGAaaaaatctgtttatagcaagctaatat
gi|12 : A-GT-TT-TT--A----CGCATGC-TCGTAT--CTTAGTGGCAAC---------TAC--TCATACACCAATGGAA---TCGAAAGT--GCATGTTC---GCTATCATGGAG---GGGAATC-AA-AG-G---G-C-A--AACTGGCA--TAACTC-ATTTTGC-TTTTATTTATAGAA-GTGATAATGGCC-C-CTTttacagttttagacattcttat
gi|13 : ---------A--G---------------T----T----T-TT-----------T-TT-TG--A------CAA-C-TCATAT--CTCAGCAACTGC---------TAG--CCAAACATCAATGAAACT-TC--ACGT--ATATTTTCCTTACTACCA--------GGGACTC-AA-
gi|14 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaaTTTTGAAAAA---TGGAGCTA---TCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GGCGT----------------A--G---------------T----T----T-GTTT-T---TA-GT-TT-TTTTA----GACATGT-CCATAT--CTTAGTAACCAC---------TAT--CCAa
gi|15 : aatttgactttttttg------C---------A--G---------------T----T----TATTGA-A---CA-TT-TTGTT--C----TGCAAAC-TTATAT--CGTAGTAACTGC---------AGC--CCTTACATCAACGAAACT-TC--A--C--GTGTTTTC---ATTATTATTAAA---GGGAATC-AA-
gi|16 : tatatcagg--G---------------T----T----T-T--A-T---A---T-TT-TA--ACCTAAGCATGC-TCATAT--CTCAGTAACCTC---------TTC--CCATATATCAATCAGACG-TA--CCAT--GTTTCTGC---ATTACTATCAAA---GAAAC
gi|17 : ttgaagcccACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GAGTCTTC---TATACATTCAAA---GCAAATC-AA-GG-G---G-CCA--AG-TGGGA--CAACTCAATTTTAA-TTTTA--GCCAAAA-
gi|19 : TGTTC---ACTACCATTGAG---------C-AC-AG-GTATA-T-A--AG-TGGGA--TAACTCAGACTTGA-TTTTA--GATAAAA-TT----ATGCCT-C-ATTC-A-
gi|2 : ----T----T-TTG---------GT-TT-CG--A----GGCTTGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATGCATGAATTAAAAT-TT--ACAT--ATATGTTA---ATTAATATTAA------------AA-TG-G---A-C-A--AA-TGGAA--TAACTAGTTTTTGA-CTTTA--GCTAGCATTT----TTAGCC-CTGCTT-A-TACTTTGAa
gi|3 : cttttatactagaaaaaTTTTGAAGAAAAAGGAAGTTA---TTGTGTAC------TAACTTC------------ACCAT------C---------A--GCATTTTGCTTGGACTT----T----T-TTGT-T---AAAGA-TT-TT--A----G-CATGC-TCACAT--CTTGGTAACCAC---------TGA--CCATACGTCAATAAAACT-TC--ATTT--GTGTGGTT---ACTAGAACAAAG---TGGATTC-AA-GG-G---A-CTA--GG-TAGAT--TAGCCCAGTTTTAA-TATTA--GGAAGCA-TT----ATGCAC-T-CTTC-ACTACTTaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|4 : aTTTTTAAAAA----GGGAGATAAGTTTGT--GC------TTGTTCT------------AGCGTTGATGTC---------G--C---------------T----T----T-TTTC-TTT-AA-ATATT-TT--A----GCAATGC-TCATATATCTCAGTAACCAC---------TTTTTCCTTATAT---------------------GTGTTTTC---ACTACCATAAAG---GGGCCTT-AATAG-G---C-C-A--AG-TTGAA--TACCTCCATTGTGG-TAACA--GTTATGA-TC----ATGGCT-G-CTTT-T-TTCTTAGAcggaaa
gi|5 : GAGCTA---TTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGGCGT------T---------T--G---------------T----T----T-TTGA-T---TA-AT-TT-TA--------GCA-GC-TCTTTT--CGCAGTAAATAC---------TAT--TCTTATACCGGTG-AACT-TC--ACAT--GTGTGTTC---ACTACCGTACTG---GGAACAT-AA-GGAG---A-C-ATGTG-TGGGA--TTACTCAATTTTGT-TATAA--AATAGCA-TT----ATTACC-T-ATAT-A-TACTTAGAaaattcgataaagtttca
gi|6 : GAAACTG---TAAT--AC------TTGTCTC------------GGCAT------C---------A--G---------------TGATTT----T-TTTA-G---AC-AT-TT-TT--A----G-CAAAC-TCATAT--CTAAGTAGCCAC---------TAA--CCACACATCAACGAAACT-TC--ACAT--TTATAACC---ACCAGTATAAA----GGAACTCAAA-GG-G---A-C-A--GA-TGTGATGTAGCT--ATTTTGA-TATTA--AGTACAA-TA----ATGGCTGA-TTTT-A-TGCTTaaatctga
gi|7 : agaaaTCTTTAAAAAAAAGGGAAGCTG---TTGT--AC------TTGCTTC------------GGCAT----------------A--G---------------T----T----T-TTAA-T---AA-AT-TT-TA--A----GGCATGC-TCATAT--CTCACTACCCAC---------TAC--CCATACATCAATCAAATT-TG--ATGC--AAGTGTTA---ACTACCATATGG---AGAACTT-GT-AG-G---T-CGA--AG-TGGGA--TAACTCCA-TTTGA-ATTAA--GACAGTA-TT----ATGGTT-C-TTTT-A-TACTAAGAtaaaaaaatg
gi|8 : cTTTCAAAAAAAAAGGCAGCCA---TTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGT------CTACATTGACATTG---------------TATA-T----T-TTGGCT---GA-AT-TT----------AGCAAGC-TCTTAC--CTTAGTAACTAC---------TTT--CTATACAACAATGAAACT-TA--ACA----TGTTTTC---ACTTCTATAAAA---GGGACT------------G-C-A--AG-TTGGA--TAACCCTATTTTGA-TTTGA--TGGAGAA-TT----AAGGCC-C-CTTC-A-CACT
gi|9 : AAGAAGGGGAGGTA---TTGT--AT------T--CCCC------------AGCAT------C---------A--A---------------T----TGTTTT-TTCA-TTTAAA-GT-TT-TG--T----GTTAACC-TCATGTACCTCAGTAACTAC---------TGA--C---ACAACAATCCAGCT-TC--ATGTCAGT-TGT-C---ACTGTCATAACG---GCAATTC-AA-GG-G---GCC-A--AG-TGGGA--CAAGTTCATTTTGATTTTTA--GGCAGAA-T
blockSeqs : AAAA AGT GT . A AGTGTCTGTATT CAGCATTTTGCTTGGACTTTTTTGTTAAA A G AACCTAAG A . AT TTAAATATA TTT A CGA TGTCA CTT T GTAT CA T A TATAT TG C TG T T TT T GATA CTG A C
blockSeqs : AAAG . . . T . CTACATTGACATTGTATATTTTGGCTGA . . TTTAGA A . AC . G . C AGT . G T G . . GCT . . . C . . . . GAT . .
blockSeqs : AAAA . . . C . TGATGTCGCTTTTTTCTTTAA . . ACAG T . . . G . C CGT . T G C . . GCC . . . A . . . . CG . .
blockSeqs : GAAG . . . T . CAATTGTTTTTTCATTTAAA . . TGAG T . . . C . C CAT . C A C . . ACT . . . A . . . . CT . .
blockSeqs : . . . . T . CAGTGATTTTTTTAGAC . . ACGG A . . . C . A CGC . C A C . . TCG . . . G . . . . CC . .
blockSeqs : . . . T . CAGTTTATTGAACA . . TACG T . . . G . C CAT . T A C . . GCC . . . A . . . . CA . .
blockSeqs : . . . . . TTGTTTTTGATTA . . TCTG A . . . T . T TTT . T G C . . AC . . . C . . . . TC . .
blockSeqs : AGTTTTTAATAA . . GAGG T . . . C . C CAT . A G C . . GC . . . A . . . . GC . .
blockSeqs : . . TAGC T . . . C . C CAT . A G T . . AC . . . C . . . . TA . .
blockSeqs : . . AAGG T . . . C . C TGC . A G T . . CC . . . T . . . . CT . .
blockSeqs : . . GTGT T . . . A . G CA . A G T . . AC . . . C . . . . CC
blockSeqs : . . TAG A . . . T . A T . A A C . . AC . . . . . . .
blockSeqs : . . TAG T . . . A . C C . A G . . . GC . . . . . . .
blockSeqs : . . GA A . . . C . . . . A . . .
blockSeqs : . . AG A . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . AG . . . . A . . . .
blockSeqCons : AAAG ****** NNGG****** C** AC*****
originalCons : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TN--A----GGCANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---G-C-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
finalCons : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T----T----T-TTGA-T---AA-GT-TT-TNNGG------CANGC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-GAC-----A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA
Alignments
lowQualScore : 111111 222222222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111 1
lowQualScore : 7777 888 66 444444 5 555555555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 2 6666666 55 2 66 999999999 444 2 333 66666 0 0 444 4 7777 0 44 5 2 555 4 33 2 33 5 2 0 33 0 2 7777 4444 7 3
lowQualScore : .... ... .. ...... . ............ .......................................................... . . ....... .. . .. ......... ... . ... ..... . . ... . .... . .. . . ... . .. . .. . . . .. . . .... .... . .
lowQualScore : 5555 888 99 444444 2 666666666666 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 4 6666666 66 4 55 444444444 222 4 888 44444 2 7 111 1 6666 2 33 0 9 000 3 99 9 99 8 9 1 99 4 9 1111 5555 3 6
consensus : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T-----T----T-TT-GA-T---AAGTTT-TNC----GGCAN-GC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---GC-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
Reference ( family-613 ) : NTTTTTAAAAAAAAGGGGAGCTA---TTGT--AC------TTGCCCC------------GGCGT------C---------A--G---------------T-----T----T-TT-GA-T---AAGTTT-TNN----GGCAN-GC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAN--CCATACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GTGTGTTC---ACTACCATNAAG---GGGACTC-AA-GG-G---AC-A--AG-TGGGA--TAACTCNATTTTGA-TTTTA--GGCAGAA-TT----ATGGCC-C-NTTT-A-TACTTAGA
gi|1 : ----T-TT-GA-TTC-AATGTT-TAT----TACAA-GCATC-TAT--CTCAATAAGTAA---------TAG--TCATAC-TTAAGGAAAT------ACAC--GTTTGTTT---ACTACCATTAAA---GGGGCTT-AAGGG-G---AC-A--AG-TGG-------------TTTGA-CTTTA--GGCAGAA-TT----ATGCCA-C-GTTTAA-TATTAAGA
gi|1 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaa----T-TT-GG-TTT-AAGATT-TAC----AGCAA-GC-TCATAC--CTTGGTAGTTACTTAAATATATAG--TCATACATC-ACGAAACT-Taaatttggtttaagatttacagcaagctcataccttggtagttacttaaatatatagtcatacatcacgaaacttgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|10 : taaatattattcgataatacctaatggatgaggagataatattttagtgggtgttgtaaaaaataaacttgtatgtgcctgtagttgatgaaaacagcatgatagaaccttcctttattaaagaaatcatgctagcattttttatacttagaaaatttgattcaatgtttattacaagcatctatctcaataagtaatagtcatacttaaggaaatacacgtttgtttactaccattaaaggggcttaaggggacaagtggtttgactttaggcagaattatgccacgtttaatattaagaaaaAGTGT-TTG----AGCAA-GC-TCA-A---CTCAGAAATTGC---------TAG--TCA------AATGAA-----------T--GTGTATTT---ATTTCCACTAAGTATAAAAC---AT-GG-G---AC-A--AG-TGGGT--TACATCTGGTTTCA-CGTTA--GGCAAAA-TA----TTGCCC-C-GTTTAA-AACTTAGAgataaatgtctattgttgttgttcacatatatcatccaagacaaccacc
gi|11 : tttagttt---AAGTTT-TAC----GGTAT-GC-TCATAT--AGCAGTAACCTC---------TAC--C------------AAACTATC--A-------GTGTTT---ACTACCAT--AT---GGGGTTG-AA-GG-G---GCTA--AG-TGGGA--TAACTCCATTTTTA-TTTCA--GGCATAA-TT----ATGGCC-C-TTTT-A-TACTTCGAaaaaatctgtttatagcaagctaatat
gi|12 : AGTTT-TTA----CGCAT-GC-TCGTAT--CTTAGTGGCAAC---------TAC--TCATACACCAATGGAA---TCGAAAGT--GCATGTTC---GCTATCATGGAG---GGGAATC-AA-AG-G---GC-A--AACTGGCA--TAACTC-ATTTTGC-TTTTATTTATAGAA-GTGATAATGGCC-C-CTTttacagttttagacattcttat
gi|13 : TTT-TTT----GACAA--C-TCATAT--CTCAGCAACTGC---------TAG--CCAAACATCAATGAAACT-TC--ACGT--ATATTTTCCTTACTACCA--------GGGACTC-AA-
gi|14 : aagaatactataacatcttcataggctattaggctaaagtttTTTTGAAAAA---TGGAGCTA---TCGC--ACACGAACTGGCTTC------------GGCGT----------------A--G---------------T-----T----T-GT-TT-T---TAGTTT-TTTTA--GACAT-GT-CCATAT--CTTAGTAACCAC---------TAT--CCAa
gi|15 : aatttgactttttttg------C---------A--G---------------T-----T----TATT-GA-A---CATTTTGTTC----TGCAA-AC-TTATAT--CGTAGTAACTGC---------AGC--CCTTACATCAACGAAACT-TC--A--C--GTGTTTTC---ATTATTATTAAA---GGGAATC-AA-
gi|16 : tatatcagg--G---------------T-----T----T-T---A-T---A--TTT-TAACCTAAGCAT-GC-TCATAT--CTCAGTAACCTC---------TTC--CCATATATCAATCAGACG-TA--CCAT--GTTTCTGC---ATTACTATCAAA---GAAAC
gi|17 : ttgaagcccACATCAATGAAACT-TC--ACGC--GAGTCTTC---TATACATTCAAA---GCAAATC-AA-GG-G---GCCA--AG-TGGGA--CAACTCAATTTTAA-TTTTA--GCCAAAA-
gi|19 : TGTTC---ACTACCATTGAG---------C-AC-AG-GTATAT-A--AG-TGGGA--TAACTCAGACTTGA-TTTTA--GATAAAA-TT----ATGCCT-C-ATTC-A-
gi|2 : -----T----T-TT-G--------GTTT-CGA----GGCTT-GC-TCATAT--CTCAGTAACCAC---------TAC--CCATGCATGAATTAAAAT-TT--ACAT--ATATGTTA---ATTAATATTAA------------AA-TG-G---AC-A--AA-TGGAA--TAACTAGTTTTTGA-CTTTA--GCTAGCATTT----TTAGCC-CTGCTT-A-TACTTTGAa
gi|3 : cttttatactagaaaaaTTTTGAAGAAAAAGGAAGTTA---TTGTGTAC------TAACTTC------------ACCAT------C---------A--GCATTTTGCTTGGACTT-----T----T-TT-GT-T---AAAGAT-TTT----AGCAT-GC-TCACAT--CTTGGTAACCAC---------TGA--CCATACGTCAATAAAACT-TC--ATTT--GTGTGGTT---ACTAGAACAAAG---TGGATTC-AA-GG-G---ACTA--GG-TAGAT--TAGCCCAGTTTTAA-TATTA--GGAAGCA-TT----ATGCAC-T-CTTC-ACTACTTaatttggctagcgtttataagaagcttacatcttggtaactacttctcatacatataatatcacaatagtctcaactaccattaatgtannnnnnnnnncttctcatacatataatatcacaatagtctcaactacca
gi|4 : aTTTTTAAAAA----GGGAGATAAGTTTGT--GC------TTGTTCT------------AGCGTTGATGTC---------G--C---------------T-----T----T-TT-TC-TTT-AAATAT-TTT----AGCAATGC-TCATATATCTCAGTAACCAC---------TTTTTCCTTATAT---------------------GTGTTTTC---ACTACCATAAAG---GGGCCTT-AATAG-G---CC-A--AG-TTGAA--TACCTCCATTGTGG-TAACA--GTTATGA-TC----ATGGCT-G-CTTT-T-TTCTTAGAcggaaa
gi|5 : GAGCTA---TTGT--AC------TCGCCCCAGTGTCTGTATTGGCGT------T---------T--G---------------T-----T----T-TT-GA-T---TAATTT-TA------GCA--GC-TCTTTT--CGCAGTAAATAC---------TAT--TCTTATACCGGTG-AACT-TC--ACAT--GTGTGTTC---ACTACCGTACTG---GGAACAT-AA-GGAG---AC-ATGTG-TGGGA--TTACTCAATTTTGT-TATAA--AATAGCA-TT----ATTACC-T-ATAT-A-TACTTAGAaaattcgataaagtttca
gi|6 : GAAACTG---TAAT--AC------TTGTCTC------------GGCAT------C---------A--G---------------TGATTTT----T-TTAGA-C---A---TT-TTT----AGCAA-AC-TCATAT--CTAAGTAGCCAC---------TAA--CCACACATCAACGAAACT-TC--ACAT--TTATAACC---ACCAGTATAAA----GGAACTCAAA-GG-G---AC-A--GA-TGTGATGTAGCT--ATTTTGA-TATTA--AGTACAA-TA----ATGGCTGA-TTTT-A-TGCTTaaatctga
gi|7 : agaaaTCTTTAAAAAAAAGGGAAGCTG---TTGT--AC------TTGCTTC------------GGCAT----------------A--G---------------T-----T----T-TT-AA-T---AAATTT-TAA----GGCAT-GC-TCATAT--CTCACTACCCAC---------TAC--CCATACATCAATCAAATT-TG--ATGC--AAGTGTTA---ACTACCATATGG---AGAACTT-GT-AG-G---TCGA--AG-TGGGA--TAACTCCA-TTTGA-ATTAA--GACAGTA-TT----ATGGTT-C-TTTT-A-TACTAAGAtaaaaaaatg
gi|8 : cTTTCAAAAAAAAAGGCAGCCA---TTGT--AC------TTGCCCT------------GGAGT------CTACATTGACATTG---------------TATA--T----T-TT-GGCT---GAATTT--------AGCAA-GC-TCTTAC--CTTAGTAACTAC---------TTT--CTATACAACAATGAAACT-TA--ACA----TGTTTTC---ACTTCTATAAAA---GGGACT------------GC-A--AG-TTGGA--TAACCCTATTTTGA-TTTGA--TGGAGAA-TT----AAGGCC-C-CTTC-A-CACT
gi|9 : AAGAAGGGGAGGTA---TTGT--AT------T--CCCC------------AGCAT------C---------A--A---------------T-----TGTTTT-TT-CA-TTTAAAGTTT-TGT----GTTAA-CC-TCATGTACCTCAGTAACTAC---------TGA--C---ACAACAATCCAGCT-TC--ATGTCAGT-TGT-C---ACTGTCATAACG---GCAATTC-AA-GG-G---GCCA--AG-TGGGA--CAAGTTCATTTTGATTTTTA--GGCAGAA-T
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGACTAGACATAATCATGTCCCTTCGGAACTTACACAATTTGGTTAAAGTTTTACAGCAAGCTCATAACTATGCCGTGACTAC
Unaligned ( gi|20 ): AACTTATATCTTAATAATTACAAGCAGCACATCAGGGAAACCTCACCTGTGTGGTTACTACTACTAACGGCAATCA
Unaligned ( gi|21 ): AGTTTTTTTATCGACTAGCTTCACGAATCATATTTCAACTTCTAGTCAAACATCAATAAAACTTCA