lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333333333 1 3333333 33333333333333333333333333333333333333 1 11 111 11111111 55555555555555 1111111 111111 333333333333333333333333333333333 1111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111 33333333333333333333 1111 1 111 1 22222222222 333333333 2222222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222
lowQualScore : 4 3 666 3 66666666666666666666666666666 2 2 6 1 1111111 2 3 3 3 55555555555555555555555555555555555555 44 2 1 1 9 3 1 44 3 2 44 444 9 5 33333333 3 0 00000000000000 8888888 000000 444444444444444444444444444444444 4444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44 3 7777 99999999 3 111 22222222222222222222 1111 555 44 4 555 999 4 555 6 22222222222 7 4 6 4 33 2 999999999 6666666666666666666666 3 3 99 0 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55 33333333 3 5 9999999999 3 00000000 33 33 33 1 0 33 2 2
lowQualScore : . . ... . ............................. . . . . ....... . . . . ...................................... .. . . . . . . .. . . .. ... . . ........ . . .............. ....... ...... ................................. ....... ....................................................................................... .. . .... ........ . ... .................... .... ... .. . ... ... . ... . ........... . . . . .. . ......... ...................... . . .. . . ............................................................................................................................ .. ........ . . .......... . ........ .. .. .. . . .. . .
lowQualScore : 4 3 777 3 11111111111111111111111111111 9 9 1 4 0000000 7 1 1 1 77777777777777777777777777777777777777 22 8 8 0 3 3 8 33 3 8 66 777 6 5 33333333 3 7 00000000000000 5555555 555555 666666666666666666666666666666666 4444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 3 1111 44444444 3 555 44444444444444444444 4444 444 22 4 888 444 3 666 0 00000000000 5 8 0 9 99 6 111111111 8888888888888888888888 1 1 22 8 2 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 22222222 3 7 2222222222 1 88888888 22 22 22 8 4 22 5 5
consensus : ACACCTG-GAAAA-A-G-T-N-AA---GCNNC-----CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACANATTGAGCT-A-AG-AAAAA----------N-----TA----------A-T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCCT-TCAAC-AATC-AAA--AG--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGT---ACC-TTTTA-----A----TC--AATAT------CGAA------GCA------------C------A------A------GTGT-------TG-----TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------TT------TT--ACT-AAAA----ATG--ACG--GGT-ATT--ACCCTAACATGACAT-NCTGTGACGCAATCG--TCA---GTAA---CG--TGTATA---GCCGCCGCGTG--CCCGGATGACAGCTTC-GACC--CTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCG--GAT-CGA-G-T-CCTGG---------GGT----------AA-ATTT-TGCC-ATTCTCGGTGCAAA-----GC-T--TG--T--C------A----T----TAC----------------TG----TT-AT--GTTC------T-----NAC-----C------AT--TACTAA------A---AC----GATTTTAGAGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATT------G-T-G-G---G-AAAATT--CA--GG--GGGCGCTT--AAC-TT-TTTTCCAGGTGTATA
Reference ( gi|3 ) : ACACCCG-AAAAA-A-G-T-A-AG---GCTAC-----CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAA----------C-----TA----------A-T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACT-TCAAA-AATC-AGA--AA--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTT---ACC-TTCTA-----A----T---AATAC------CGAA------GCA------------C------A------A------GTGT-------TG-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------TT------TT--ACT-AAAA----ATG--ATG--AGT-ATC--ACCCTAACATGACGC-ACTGCGGCACAACTT--TCA---ATAA---CG--TGAATA---GCTTCCGGGTA--CCCGGATGACGGACTC-GACC--CTCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCG--GGT--GA-G-T-CCTGG---------AAT----------AA-ATTT-TGCC-GTTCTCGGTGCAGA-----GC-T--TA--T--C------A----T----TAC----------------TG----TT-AT--GTTC------T-----AAC-----C------AT--TACTAA------A---AC----GATTTTAGAAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATT------G-T-G-G---G-ATAATT--CA--GG--GAGCGCTT--AAC-TT-TTTTCCAGGTGTATA
gi|2 : ACAACTG-GAACA-A-T-T-T-AA---GCTCC-----CGA--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAA----------A-----TA----------A-T------ATGATGA--GTAGCGA-AAC-CT-TTAAACCATC-AAT--AT--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGT---GCC-TTTTA-----A----TCA-AATGT------TGAA------GCA------------C------A------A------GTGT-------TG-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TT------TT--ACT-AAAA----ATGTCAT----GT-ATT--ACGCTTACATGACGC-A-------ATAG-----TCA---TTAA---CG--TGTATATGCGCT-----GCAATCCCAGATGGCAGCTTC-AA----CTCTTCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCG--GATCCGG-G---CCTGG---------GGT----------AC-AATT-TGTT-ATTCTCGGGGTAAA-----GA-TTGTG--T--C------AGTTCT----TGCAGATTGGATATTGATTTG----TTAAT--GTTC------T-----GTA-----C------AT--T---------------------GATTTTAAAGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT--------T-G-G---GAAAAAAT--CA--AG--GAGTACTTAAAAC-TT-TT
gi|9 : aaACACATG-GAAAATG-G-T-T-AA---GC-AC-----CTA--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAA----------A-----TA----------A-T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTT-CCGAC-AATC-AAA--AG--CCTTCATGGCTATCTATTTAG---TA---ACC-TTTTAAAC--A----A---AATAT------CGAA------GCA------------C------A------AACACATATGT-------TG-----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNAGTGTT--ATTCAAAA----ATG--ACG--GTT-ATA--ACCCTATCATGACAT-TCTGTGACACAATCG--TCA---GTAA---CG--TGTATA---GCCGCCTTGTA--CCCGGATGACAG-CTT-GA-A--CTCAT----ATGTTACCAGTAAGACGCTT--GATCCG--G-T-CCTGG---------c
gi|6 : tACACCTG-GAAAA-----T-A-AGTTGGCGCC-----CCC--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACAC----------ATGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAA----------CGAAATTA----------AAT------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCT-TCAAC-AATA-AGA--TG--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGT---ACC-TGCTAAATTCA----T---AATAT------CGAA------ACA------------CAAGAATA------A------GTGT-------TGCNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------TT------TT--ACA-AAAA----ATT--ATC--GGT-ATC--ATCCAAACATGACAT-ACTGTAACACAATCT--TCA---ATAA---CG--TGggata
gi|7 : cACACCTG-GAAAA-A-G-G-ATAA---GCACC-----CCA--T-----G-AAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGCGATGAC-----CGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA-----------------A----------A---------TGATGT--GAAGCAAGAAT-CT-TAAAC-AATCTTGA--AGGTC-TGCACGGTTACCAGTTTAG--TGT---CCCTTTCAA-----A----C---AAAACAT----CAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------GTGT-------TGTN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NT------TT--ACT-GAAA----ATG--GCG--GTT-GTT--ACCCTGGCATGACCT-TCTGTGACGCAATCG--CCA-----GA---CA---------------CCGCGTG--CCCAGATGACAGCTTC-AATG--CTCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCG--GATCCGG-G---CATAG---------GGT----------AA-ATTT-TGCT-ATTTTCAGTGCAAA-----AA-T--TG--TGCC------AG---T----TAT----------------TG----cagtaagtcgtcggatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|11 : tACACCTG-AATAA-ATG-T-C-AA---G-TAC-----CC---CTT---GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAA----------C-----TGACTATGATGTA-T------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTT-TCAAC-AATC-AAA--AG--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGT---ACC-TTTTA-----A----TCCAAATAT------CGAA------GCA------------C------A------C------GTGT-------TGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------TT------TT--AAT---AA----ATG--ACG--GGT-TTA--ACCCTGCAATGACAT-CCTGT--CAC-GCTG--TCGTCTGTTA---CG--TGTATA---GACACCGCGTG--CCCaatattggctac
gi|20 : ATACCTG-TAAAA-A-G-T-T-AA---GCGCC-----TCC--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAA----------C-----TA----------A-T------ATGATGT--a
gi|25 : tACATCTG-GAAAA-A-GCT-A-AGCA-GCC-C-----CCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|1 : cacCACCTG-AAAAA-G-G-T-A-AG----CAAC-----CCC--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAA----------------------------A-T------ATTATG--------------ACT-T-------TT-AAA--AG--CCTTTACGGTTATCAGT---G--TTTTGTATC-TTTTA-----A----TTGAAATAT------CGAAACACAAGCA------------C------A------A------GTGT-------TG-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTT------TT--ATT-AAAA----ATG--ACG--GGT-ATT--ACCCTAACATAACAT-TCTGTGGTGAAACCG--CCA---GTAA---CG--TGTATA---GCTGCCGAGTG--CCAGAATGACAGCTTC-AATT--TTCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTG--GATACGG-G---CCTGGTGTAAAACAAATATCGGTGTAAAA-ATTA-TGCCAGTTCT---TGCGTAATT--GC-T--TC--T--G------A----------AT----------------GG----TTCAG--CTTC------TG----AAT-----C-------T--TGC-AACC----A---AG----GGTGTTATAGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTT------G-G-G-GTGTG-GCGCTT--CT--GA--GAGTGCTT--AAC-TT-TGTTCATGGTGTATAatgcacggtta
gi|4 : ACCTGTAAAAA-A-G-T-T-AA---GC-AC-----CC---C-----AGAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAA----------A-----CA----------A-T------GTGA-----------AGAAC-CT-T------AT----A--AG--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACAT---ACC-TTTTATC---A----A---AATAT------CGAA------ACA------------C------AAACACCA------GTGT-------TG-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNG-----TTGAACT-AAAATGGGGTG--TGG--GGTAATTAAACCTTAACATGATAT-TCTGTGACACAATCG--TCA---G-AAGTTCG--TGTATG---GCCGCCGCATG--TCCGGTTG-CAGCCTC-AACT--CT------CATGTCACCAGTAAGACGTCG--AATCCGG-G-T-CTGGG---------GCA----------AA-ATTTGTGCCAGTGCT---TGCAGA--------T--TG--G--C----------------TAC----------------AG----AT-GG--GTCC-------------AC-----CTTCTGTAT--CA-TGC------A---ACCCAGGATTTTAG-------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACA------GTT-G-G---G-AAAATT--CA--TG--GATTGCCT--t
gi|16 : gCTCG-AAAAA-G-G-T-T-CA---GCATC-----TCC--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTC-----TA----------A-TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAAC-CTATCAAC-AATC-AAA--AG--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGT---ACC-TGTTA-----A----TCAAAATAT------C-AA------ACA------------C------A------A------GT
gi|18 : acG-AAAAA-A-G-T-A-AGC--GCT-C-----CCA--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAA----------C-----TA----------A-T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCT-TCATC-AATC-AGA--AA--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGT---ACC-TTCAA-----A----
gi|24 : taaacctgG-AAAAA-G-G-TTA-AGC--GCCACAACCCCCATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGAT
gi|29 : acgtgTAC-----CCA--CAC---GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTg
gi|5 : -----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAA----------A-----TA----------A-T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTT-TCAAC-AATG-AAA--AAG-CCTACACGGTT
gi|21 : cctTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAA----------A-----TA----------A-T------GCAATGC--GTAGC---AAAACC-TCACA-A--C-AAA--AAGTC-TGCACGGTTATCAGCTtttataaaaaacatcgtgtgtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgctaaatatggcaggcaggtattacccttatatggcattcattcgtcagtaacgtgtatatccgccgcgtgcccggatgacagcttcagttcttctcctcctcatgccaccagtaagacgtcgcatccgagtctggggttaagtttgctcttctcggtgaaaaaagtgtgccagttcttgtagaatcgctactgatgcgccaagattatgtatcttgcaacccaggatttgtgacagcactaatattttcgaaaattcgggaagtgcttttttccccgt
gi|8 : GACATATTGAGCT-A-AG-AAAAA----------T-----AA----------G-C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTT-TCAAC-AAGC-AAAAGAG--CATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGT---ATC-TTTTA-----C----TC--AAAACATCGAACGAA------GAA------------C------A------A------GTGT-------TG-----TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT--TT------TT--ATT-ATAA----ATG--GCG--CGT-ATT--ACCCTAACATCACAT-TCTGTGACGTAATCG--TCA---GTAA---CGAATG--TA---GTCGCCGTGTG--CCCAGATGACAG-CTC-GGCT--TAACTCTTATTGCCAACAGTAAGACGTCG--GAT--CC-G-TGCCTAG---------GGA----------AA-AGGT-TGCT-ATTGAAGGTGCAaaatgtcaatatttcaa
gi|26 : cgacg--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGA---ACC-TTTTA-----A----TCAAAATAT------GTAA------GGA------------C------A------A------GTGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta
gi|10 : acaacacaagtgTTAG--TGT---ACC-TTCTA-----AATCAT---AATAT------CGAA------GCA------------CAAGCCCA------A------ATGTGTTTGTTTG-----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---TT------TT--ACC-AAAT----ATG--ACG--GTT-ATT--AGACCAACATGACAT-ACTGTGATGCAATCT--TCA---ATAA---CG--CGAATG---GCCTCCACGTA--CCCGGATGACAGCCTC-AGCC--CTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTG--GGT--GA-G---CCTGG---------AGT----------AA-ATTT-TACC-ATTCTCGGTGC---------------A--T--C------A----T----TA------------------G-----A-AT--GTTC------T-----TA------C------AT--TACCAA------A---AC----GATTTTAGAAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATT------G-T-G-G---A-AAAAAT--CA--GG--GGGCGCTT--AACTTT-TTTTCCAGGTGTGTAgt
gi|12 : T------TT--ACT-AAAA----ATG--ACG--GGT-ATA--ACATGAACATGA-GCTAGTGTGACGCAATCT--TTA---ATAA---CG--TGAATA---GACTCCGCGTA--CCCGGATGAAAGCTTC-AACC--CTCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTG--GGT--GAGG-T-TCTGG---------GGT----------AA-ATTT-CACA-ATTCTCGGTGAAGA-----GC-T--AA--C--C------A----T----TAA----------------TA----TA-AT--GTTCTTACCAT-----AAC-----C------AT--AACTAT------A---AT----GATTTAAGAAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATT------G-TCG-A---A-AT-ATT--CA--GA--GGATGCTT--AAC-TT-TTTTCCAGGTGTATAt
gi|5 : T------TT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATG--GC-ATT------CA--TTCGTCA---GTAA---CG--TGTATA---TCCGCCGCGTG--CCCGGATGACAGCTTCAGTTCTTCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCG--CATCCGA-G-T--CTGG---------GGT----------TA-AGTT-TGCT-CTTCTCGGTGAAAA-----A-------------------A----G----TG-----------------TG----CC-A---GTTC------TTGTAGAAT-----C------GC--TACTGATGCGCCA---A-----GATTATGTATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT------T-T-C-G---A-A-AATT--CG--GG--AAGTG-------C-TT-TTTTCC
gi|13 : cctggaaatttgacactgaatgccaacacatgtactgctatgagatgaccgacaaattgagctacgaaaaaataatttgatgtgtagagggtacctttcaacaatgaaaaagcctacacggtttttataaaaaacatcgtgtgtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttg------TC--ATT-AAAA----ATG--GCG--GGT-ATT--ACCCCAACATGACAT-TCTGC--CAC-------TCA---GTAA---CG--TGTATA---GACACCGCGTG--CCTAGATTAAAGCTTC-AACT--CTTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCG--GA----------CCCGG---------GGT----------AA-ATTT-TGTT-ATTCACTGTGCAAA-----AA-T--TG--TGCC------AATTCT----TACAA--------------TGGTTTCT-ATTGGTTC------T-----AGC-------------T--T-CTAG------ACCCAT----GATTTTAGAGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGG-G-G-G---G-GGGA-T--CG--GGAAGAGTGCTT--AAC--T-TTGTCCAGGTGTATccgt
gi|14 : A---GTAA---CG--TATATA---GGCGCCACGTG--CCCGGATGGCAGCTTC-AACG--TTC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCG--GAT--CA-G-GGCCTGA---------GGT----------AA-ATTA--GCC-GTACCCGGTGCAAA-----AC-T--T
gi|15 : tgCCGCGTG--CCCAGGTGATAG-CTG-TATCT-CTCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAGGC--G--G-T-CTTGG---------GGT----------AATTTTT-TTCT-ATTCTCGGTGCAAAAAATTGTGT--TAGTT--CTTGCAGA----TTGGCTAC----------------TG----AT-AG--GTTC------------AGCTTCTGT------ATCGTGC--A------A---ACCAG-AATTTTAGAGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATT------G-G-G-G---T-A-AAAT--CA--GG--GAGTGCT-------TT-TTTCTCATGTGTACAgaatgtgtcatttcttgcagattggatacgggtaagtccaacttgcgtatcttacgacccaggatacagtcgcgctaaaattggggggaaattcaggagatgcttaacctttttccaggtgtg
gi|17 : CCAGTAAGACGTCA--GAT--GA-GAT-CCTTG---------AGT----------AA-ATTT-TGCC-ATTCTCGGTGCAGC-----GC-T--TA--C--C------A----T----TTT----------------TA----TA-AT--GTTC------T-----TAC-----T------TT--TACCAA------A---AC----GATTTTAGAAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATT------G-T-G-G---A-AAGAAT--CA--TC--GGGTGTTT--AAC-TT-TTTTCCTGGTATATAt
gi|6 : gCAGTAAGTCGTCG--GAT--GA-GGT-CCTAG---------GAT----------AA-ATCT-TGCC-ATTATTGGTGCAGT-----GC-T--Ttat
gi|22 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgT--GTTC------T-----TAT-----C------AC--TACTAA------A---AC----AATTTTAGAAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATT------G-T-GCA---A-AT-GTT--CA--GG--GGGCGTTT--AGC-CT-TTATCCAGGTATATAgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|19 : T--GTTC------T-----TAC-----C------AT--AATCAA------A---AC----GATTTAAGCAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATT------G-T-G-G---A-AAAATC--AA--GG--GGGC-CTT--AAC--T-TTTTCCAGGTGTATAt
gi|14 : tgtatcaagggaatTCGCGCTAAAATT------G-G-G-G---G-GAAATT--CA--GG--AGATGCTT--AAC-CT-TTTTCCAGGTGTa
gi|4 : tgagtaacgtatataggcgccacgtgcccggatggcagcttcaacgttctcctcatgccaccagtaagacatcggatcagggcctgaggtaaattagccgtacccggtgcaaaacttgaatgtgtcatttcttgcagattggatacgggtaagtccaacttgcgtatcttacgacccaggatacagATT------G-T-G-A---A-AT--TT--CT--GG--G-GTGCTT--AAC-TT-TTTTACAGGTg
gi|18 : gAATT--TACTGG--GAGCGCTT--A-C-TT-TTTTCCAGGTTTAaaatgacaacagaagtgctgtcatgagatgactgacaaattgagctaagaaaaaacaatgtgaagaaccttataagcatgcacggttatcagttaagcacataccttttatcaaaatatcgaaacacaaacaccagtgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaactaaaatggggtgtggggtaattaaaccttaacatgatattctgtgacacaatcgtcagaagttcgtgtatggccgccgcatgtccggttgcagcctcaactctcatgtcaccagtaagacgtcgaatccgggtctggggcaaaatttgtgccagtgcttgcagattggctacagatgggtccaccttctgtatcatgcaacccaggattttagagttgtggtcgcgctaaaacagttgggaaaattcatggattgcct
gi|6 : AATTTCCC--GG--GGGCGCC---AAC-TTATTTTCCAGGTGTtgataatgaataataatgcaagtgctgtcatgacatgaccgacacacagagctaagaaaaactaatgtgatgtgtagcgaaaacccttcatcaatcagaaacatgtacagttatcagtttagtgtaccttcaaa
gi|7 : cTT--CA--TG--GGGTGCTT--ATC-CT-TTTTCCAGGTGTAtgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgcagtaagtcgtcggatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|20 : TT--CG--GG--AGGCGCTT--AAC-T--TTTTACAGGTATAatttgattatgaatgacaacacaagtgttgcgatgaccgacaaattgagccaagaaaaaaatgatgtgaagcaagaatcttaaacaatcttgaaggtctgcacggttaccagtttagtgtccctttcaaacaaaacatcaaagtacacgcacagttgcaagtgttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttactgaaaatggcggttgttaccctggcatgaccttctgtgacgcaatcgccagacaccgcgtgcccagatgacagcttcaatgctccacataatgcctcgagttagacgtcggatccgggcatagggtaaattttgctattttcagtgcaaaaattgtgccagttattgaatattggctac
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CGCGTGCCCAGATGACAGCTTCAACTCTTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAACCAGACCCTGGAGTGAGTTTTGGTGTTAC
Unaligned ( gi|27 ): CATCATATCACGCTGTAACGTGTATAGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCTGC
Unaligned ( gi|28 ): CGTCTGTAACGTGTATAGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCTGCATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 11111111111 2222222222222222222222222222222 33 111111 222222222222222222222222222222222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 22222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111
lowQualScore : 3 77 3 9999 888 0000000 99999999999 2 2 2 1 2 2 2 4444444444444444444444444444444 33 1 0 6666 33 0 33 77 66 44 77 666666 333333333333333333333333333333333333333333 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 44 3 6666 6666 3 44 2 0 444 2 2 4 3333333 2 22222222 2 2 2 2 0 2 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 6666 33 11111111 111111 66666 0 44 0 44 3
lowQualScore : . .. . .... ... ....... ........... . . . . . . . ............................... .. . . .... .. . .. .. .. .. .. ...... .......................................... . ....................................................................................... . .. . .... .... . .. . . ... . . . ....... . ........ . . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... . .... .. ........ ...... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 33 1 1111 111 0000000 11111111111 7 7 4 0 9 9 9 2222222222222222222222222222222 99 8 8 9999 99 7 99 99 77 66 99 777777 333333333333333333333333333333333333333333 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 1 5555 5555 1 22 1 7 444 5 5 5 2222222 5 11111111 7 7 5 7 4 9 99 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 5555 33 22222222 999999 55555 8 22 7 66 3
consensus : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGC-GCC-------CC--A--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAAT-C--AAAAG--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAA--A--TATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----TTGGTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-TT--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCTTC-AACC--CTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGA-T-CGGG-T-CCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Reference ( family-601 ) : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-NAAGC-NNC-------CC--A--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACANATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCCTTCAACAAT-C--AAAAG--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TC--A--A--TATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----TNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-TT--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATNCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCTTC-GACC--CTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGA-T-CGAG-T-CCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|1 : CACCTG-AAAAA--G-G-T--AAGC-AAC-------CC--C--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------TAT----------T------ATGA-----------------CTT------T-T--AAAAG--CCTTTACGGTTATCAGTGTTT--TGTATCTTTTAA--TTGAA--A--TATCGAAACACAAGCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TT-TT--ATT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATAACATTCTGTGGTGAAACCGCCAGTAA---CGTGTA-T-AGCTGCCGAGTGCCAGAATGACAGCTTC-AATT--TTCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTGGA-TACGGG---CCTGGTGT-AA-A-----ACAA-ATATCGGTG--TAAAAATTATGCCAGTT-CT--TGCGT--AA------TTGC----------------TT----CTGAAT--GGTTCAGCTTC----T-----GAA-T------CT-----T-GC----AACC----A---AG----G---GTGTTA-T----AGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTTG------GGGTGTG-GCGCTTCTGA--GAGTGCTT--AAC-TTTGTTCATGGTGTATA
gi|10 : TTAG--TGTACCTTCTAAA-TC--ATAA--TATCGAA------GCA------------C------A------A------GCCCAAATGTGTTTG------T-----TTGGTNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-TT--ACC-AAAT----ATGACGGT----T-ATT--AGACCAACATGACATACTGTGATGCAATCTTCAATAA---CGCGAA-T-GGCCTCCACGTACCCGGATGACAGCCTC-AGCC--CTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTGGG-T--GAG---CCTGGAGT-AA-ATTT-TACCA-TTCTCGGTG--CA------------------------T--CA------TTA------------------G-----A--AT--G-------TTC----T-----TA--C------AT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATTG------TGG---A-AAAAATCAGG--GGGCGCTT--AACTTTTTTTCCAGGTGTGTAt
gi|11 : ACACCTG-AATAA--ATG-T-CAAGT-ACC-------CC--T--T-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TGACTATGATGTAT------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTTTCAACAAT-C--AAAAG--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGTACCTTTTAA--TCCAA--A--TATCGAA------GCA------------C------A------C------G--------TGTT-G------TNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-TT--AAT---AA----ATGACGGG----T-TTA--ACCCTGCAATGACATCCTGTCACGCTGTCGTCTGTTA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCCt
gi|12 : T-TT--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATA--ACATGAACATGAGCTAGTGTGACGCAATCTTTAATAA---CGTGAA-T-AGACTCCGCGTACCCGGATGAAAGCTTC-AACC--CTCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTGGG-T-GAGG-T-TCTGGGGT-AA-ATTT-CACAA-TTCTCGGTG--AAGAG-------------CT--A--AC--CA------TTAA----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-C------ATAACCATAAC---TAT------A---AT----G---ATTTAA-G----AAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATTG------TCG---A-AATATTCAGA--GGATGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATAa
gi|13 : -TC--ATT-AAAA----ATGGCGGG----T-ATT--ACCCCAACATGACATTCTGCCAC-------TCAGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCTAGATTAAAGCTTC-AACT--CTTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCGGA----------CCCGGGGT-AA-ATTT-TGTTA-TTCACTGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAATTC--TTACAA--------------TGGTTTCT--ATTGG-------TTC----T-----AGC---------T-----T--C---TAG------ACCCAT----G---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGGGGG---G-GGGAT-CGGGAAGAGTGCTT--AAC-TTTGT-CCAGGTGTAT
gi|14 : AGTAA---CGTATA-T-AGGCGCCACGTGCCCGGATGGCAGCTTC-AACG--TTC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCGGA-T-CAGG-G-CCTGAGGT-AA-A-TT-AGCCG-TACCCGGTG--CAAAA-------------CT--T--G----A------ATG-----------------TG----TC--AT----------TTC----T-----TGCAG------ATTGGA-T-ACGGGTAAGTCC--A---ACTT--GCGTATCTTACGACCCAGGATACAG--------------TCGCGCTAAAATTG------GGG---G-GAAATTCAGG--AGATGCTT--AAC-CTTTTTCCAGGTGT
gi|15 : tgCCGCGTGCCCAGGTGATAGCTGT-ATCT--CTCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAGG-CG-G-T-CTTGGGGT-AATTTTT-TTCTA-TTCTCGGTG--CAAAAAATTGTGTTAGTTCT--T--G---CAGATTGGCTAC----------------TG----AT--AG--G-------TTCAGCTT-----CTG-T------ATCG---T-GC-----A------A---ACCAG-A---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATTG------GGG---T-AAAA-TCAGG--GAGTGCT-------TTTTTCTCATGTGTACAg
gi|16 : ACCTC-GAAAA--A-GGT-TCAGC-ATC-------TC--C--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTCTAA----------TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAACCTATCAACAAT-C--AAAAG--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGTACCTGTTAA--TCAAA--A--TATC-AA------ACA------------C------A------A------G--------Tt
gi|17 : CCAGTAAGACGTCAGA-T--GAGAT-CCTTGAGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAGCG-------------CT--T--AC--CA------TTTT----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-T------TT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATTG------TGG---A-AAGAATCATC--GGGTGTTT--AAC-TTTTTTCCTGGTATATA
gi|18 : gACCTG-GAAAA--A-A-G-TAAGCGCTC-------CC--A--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCTTCATCAAT-C--AGAAA--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTtat
gi|19 : taaT--G-------TTC----T-----TAC-C------AT-----A-AT---CAA------A---AC----G---ATTTAA-G----CAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---A-AAAATCAAGG--GGGC-CTT--AAC--TTTTTCCAGGTGTATAcaaa
gi|2 : tgtatcaagggaatACAACTG-GAACA--A-T-T-TAAGC-TCC-------CG--A--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAAA----------TAA----------T------ATGATGA--GTAGCGA-AACCTTTAAACCAT-C--AATAT--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTGCCTTTTAA--TC--A--AA-TGTTGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----TT-TT--ACT-AAAA----ATGTCATG----T-ATT--ACGCTTACA----------TGACGCAATAGTCATTAA---CGTGTA-T-ATGCGCTGCAATCCCAGATGGCAGCTTC-AA----CTCTTCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCGGA-T-CCGG-G-CCTGGGGT-AC-AATT-TGTTA-TTCTCGGGG--TAAAG-------------ATTGT--GT--CAGTTC--TTGCAGATTGGATATTGATTTG----TTA-AT--G-------TTC----T-----GTA-C------AT-----T-------------------------G---ATTTTA-A----AGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT-------TGG---GAAAAAATCAAG--GAGTACTTAAAAC-TTTTa
gi|20 : aaATACCTG-TAAAA--A-G-T-TAAGC-GCC-------TC--C--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAAC----------TAA----------T------ATGATGT--c
gi|21 : tTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAAA----------TAA----------T------GCAATGC--GTAGC-AAAACCTCACAACA------AAAAG--TCTGCACGGTTATCAGCTAAA--TGT
gi|22 : T--G-------TTC----T-----TAT-C------AC-----T-AC---TAA------A---AC----A---ATTTTA-G----AAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGC---A-AATGTTCAGG--GGGCGTTT--AGC-CTTTATCCAGGTATATAcaatatttcaa
gi|23 : CGCGTGCCCAGATGACAGCTTC-AACT--CTTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAA-C-CAGA-C-CCTGGAGT-GA-GTTT-TGt
gi|24 : ACGTG-GAAAA--A-GGT-TAAGC-GCCACAACCCCC--ATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGATGgtgttac
gi|25 : ACATCTG-GAAAA--A-G-C-TAAGC-AGC-------CCCCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|26 : cacCAACA---C--AAGTG--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGAACCTTTTAA--TCAAA--A--TATGTAA------GGA------------C------A------A------G--------TGatgcacggtta
gi|27 : aGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCTgt
gi|28 : catcatatcacgctCGTCTGTAA---CGTGTA-T-AGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCTgc
gi|29 : C--A--C-----GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTgcatc
gi|3 : tacccaACACCCG-AAAAA--A-G-T-AAGGC-TAC-------CC--A--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACTTCAAAAAT-C--AGAAA--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTTACCTTCTAA--T---A--A--TACCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-TT--ACT-AAAA----ATGATGAG----T-ATC--ACCCTAACATGACGCACTGCGGCACAACTTTCAATAA---CGTGAA-T-AGCTTCCGGGTACCCGGATGACGGACTC-GACC--CTCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCGGG-T--GAG-T-CCTGGAAT-AA-ATTT-TGCCG-TTCTCGGTG--CAGAG-------------CT--T--AT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----AAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATTG------TGG---G-ATAATTCAGG--GAGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|4 : ACCTGTAAAAA--A-G-T-TAAGC-ACC-------CC--A---------GAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------CAA----------T------GTGA-----------AGAACCTT------AT------AAG--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACATACCTTTT-A--TCAAA--A--TATCGAA------ACA------------C------AAACACCA------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNGTTGAACT-AAAATGGGGTGTGGGG----TAATTAAACCTTAACATGATATTCTGTGACACAATCGTCAG-AAGTTCGTGTA-T-GGCCGCCGCATGTCCGGTTG-CAGCCTC-AAC--------TCTCATGTCACCAGTAAGACGTCGAA-TCCGGG-T--CTGGGGCAAA-ATTTGTGCCAGTGCT---TG--CAGA---------------T--T--GG--C--------TAC----------------AG----AT--GG--G-------TCC-----------AC-CTTCTGTAT-----C-A----TGC------A---ACCCAGG---ATTTTA-G-----------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACAGT-----TGG---G-AAAATTCATG--G
gi|5 : g-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAAA----------TAA----------T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTTTCAACAATGA--AAAAG--CCTACACGGTTattgcct
gi|5 : cctT-TT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATGGCATTC--------ATTCGTCAGTAA---CGTGTA-T-ATCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCTTCAGTTCTTCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGCA-TCCGAG-T--CTGGGGT-TA-AGTT-TGCTC-TTCTCGGTGAAAAAAG-------------TG--T--GC--CA----------------------------------------G-------TTC----TTGTAGAAT-C------GC-----T-AC---TGATGCGCCA---A-----G---ATTATG-T----ATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT-------TTC---G-AAAATTCGGG--AAGTG-------C-TTTTTTCCtttataaaaaacatcgtgtgtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttgctaaatatggcaggcaggtattacccttatatggcattcattcgtcagtaacgtgtatatccgccgcgtgcccggatgacagcttcagttcttctcctcctcatgccaccagtaagacgtcgcatccgagtctggggttaagtttgctcttctcggtgaaaaaagtgtgccagttcttgtagaatcgctactgatgcgccaagattatgtatcttgcaacccaggatttgtgacagcactaatattttcgaaaattcgggaagtgcttttttccccgt
gi|6 : cctggaaatttgacactgaatgccaacacatgtactgctatgagatgaccgacaaattgagctacgaaaaaataatttgatgtgtagagggtacctttcaacaatgaaaaagcctacacggtttttataaaaaacatcgtgtgtggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgACACCTG-GAAAATAA-G-T-TG-GC-GCC-------CC--C--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACACA----------TGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAACGAAAT-----TAAA---------T------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCTTCAACAAT-A--AGATG--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGTACCTGCTAAATTCATA--A--TATCGAA------ACA------------CAAGAATA------A------G--------TGTT-GCNNN--N-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-TT--ACA-AAAA----ATTATCGG----T-ATC--ATCCAAACATGACATACTGTAACACAATCTTCAATAA---CGTGCAGTAAGTCGTCGccgt
gi|6 : cCAGTAAGTCGTCGGA-T-GAGG-T-CCTAGGAT-AA-ATCT-TGCCA-TTATTGGTG--CAGTG-------------CT--T--GA--CA------gatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|7 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgACACCTG-GAAAA--A-G-GATAAGC-ACC-------CC--A--T------GAAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGC-----GATGACCGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA------------AA------------------TGATGT--GAAGCAAGAA-TCTTAAACAAT-CTTGAAGG--TCTGCACGGTTACCAGTTTAG--TGTCCCTTTCAA--ACAAA--A--CATCAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------G--------TGTT-G------TNN---NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-TT--ACT-GAAA----ATGGCGGT----T-GTT--ACCCTGGCATGACCTTCTGTGACGCAATCGCCAG-A----------------CACCGCGTGCCCAGATGACAGCTTC-AATG--CTCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCGGA-T-CCGG-G-CATAGGGT-AA-ATTT-TGCTA-TTTTCAGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAG-----TTAT----------------TG----aaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|8 : tGACGGACATATTGAGCT-A-AG-AAAAAT----------AAG----------C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTTTCAACAAG-C--AAAAGAGCATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGTATCTTTTAC--TC--A--AAACATCGAACGAA--GAA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---TT-TT--ATT-ATAA----ATGGCGCG----T-ATT--ACCCTAACATCACATTCTGTGACGTAATCGTCAGTAA---CGAATG-T-AGTCGCCGTGTGCCCAGATGACAGC-TC-GGCT--TAACTCTTATTGCCAACAGTAAGACGTCGGA-T-C-CG-TGCCTAGGGA-AA-AGGT-TGCTA-TTGAAGGTG--CAaatattggctac
gi|9 : cACACATG-GAAAAT-G-G-T-TAAGC-A-C-------CT--A--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAAA----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTCCGACAAT-C--AAAAG--CCTTCATGGCTATCTATTTAG--TA-ACCTTTTAA--ACAAA--A--TATCGAA------GCA------------C------A------AACACATA--------TGTT-GGNNNNNN-----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-------TG-TT--ATTCAAAA----ATGACGGT----T-ATA--ACCCTATCATGACATTCTGTGACACAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCTTGTACCCGGATGACAGCTTG-AA----CTCAT----ATGTTACCAGTAAGACGCTTGA-T-CCGG-T-CCTGGGGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 22222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111
lowQualScore : 3 77 3 666 666 2 9999999 55555555 2 2 2 1 2 2 2 33333333333 55555555555555555 33 1 0 1 444 2 33 0 33 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 44 3 6666 6666 3 44 2 0 444 2 2 1 5555 33333 0 1 555 5 2 2 2 2 0 2 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 6666 33 11111111 111111 66666 0 44 0 44 3
lowQualScore : . .. . ... ... . ....... ........ . . . . . . . ........... ................. .. . . . ... . .. . .. .. ................................................... . ....................................................................................... . ... .. . .... .... . .. . . ... . . . .... ..... . . ... . . . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... . .... .. ........ ...... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 33 1 999 444 9 3333333 55555555 7 7 4 9 9 9 9 44444444444 66666666666666666 99 8 8 7 666 9 99 7 77 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 444 22 1 5555 5555 1 22 0 7 444 5 5 0 3333 11111 1 2 999 6 7 7 5 7 4 9 99 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 5555 33 22222222 999999 55555 8 22 7 66 3
consensus : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Reference ( family-601 ) : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----TTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CCCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|1 : CACCTG--AAAA--A-G-G-TAAGCA--A-C-------CCC--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------TAT----------T------ATGA----------------CTTTTAA---------AA-G--CCTTTACGGTTATCAGTGTTT--TGTATCTTTTAA--TTGAAATATCGAAACACAAGCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TT-T---T--ATT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATAACATTCTGTGGTGAAACCGCCAGTAA---CGTGTA-T-AGCTGCCGAGTGCCAGAATGACAGCT----TCAA---TTTTCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTGGATACGGG-CCTGGTGT-AA-A-----ACAA-ATATCGGTG--TAAAAATTATGCCAGTT-CT--TGCGT--AA------TTGC----------------TT----CTGAAT--GGTTCAGCTTC----T-----GAA-T------CT-----T-GC----AACC----A---AG----G---GTGTTA-T----AGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTTG------GGGTGTG-GCGCTTCTGA--GAGTGCTT--AAC-TTTGTTCATGGTGTATA
gi|10 : TTAG--TGTACCTTCTAAA-TCATAATATCGAA------GCA------------C------A------A------GCCCAAATGTGTTTG------T-----TTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-T---T--ACC-AAAT----ATGACGGT----T-ATT--AGACCAACATGACATACTGTGATGCAATCTTCAATAA---CGCGAA-T-GGCCTCCACGTACCCGGATGACAGCC----TCAG---CCCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTGGGT--GAG-CCTGGAGT-AA-ATTT-TACCA-TTCTCGGTG--CA------------------------T--CA------TTA------------------G-----A--AT--G-------TTC----T-----TA--C------AT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATTG------TGG---A-AAAAATCAGG--GGGCGCTT--AACTTTTTTTCCAGGTGTGTAt
gi|11 : ACACCTG-AATAA--ATG-T-CAAGTA--C-C-------CCT--T-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TGACTATGATGTAT------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGTACCTTTTAA--TCCAAATATCGAA------GCA------------C------A------C------G--------TGTT-G------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--AAT---AA----ATGACGGG----T-TTA--ACCCTGCAATGACATCCTGTCACGCTGTCGTCTGTTA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCCt
gi|12 : T-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATA--ACATGAACATGAGCTAGTGTGACGCAATCTTTAATAA---CGTGAA-T-AGACTCCGCGTACCCGGATGAAAGCT----TCAA---CCCTCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTGGGT-GAGGTTCTGGGGT-AA-ATTT-CACAA-TTCTCGGTG--AAGAG-------------CT--A--AC--CA------TTAA----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-C------ATAACCATAAC---TAT------A---AT----G---ATTTAA-G----AAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATTG------TCG---A-AATATTCAGA--GGATGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATAa
gi|13 : -T---C--ATT-AAAA----ATGGCGGG----T-ATT--ACCCCAACATGACATTCTGCCAC-------TCAGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCTAGATTAAAGCT----TCAA---CTCTTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCGGA-------CCCGGGGT-AA-ATTT-TGTTA-TTCACTGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAATTC--TTACAA--------------TGGTTTCT--ATTGG-------TTC----T-----AGC---------T-----T--C---TAG------ACCCAT----G---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGGGGG---G-GGGAT-CGGGAAGAGTGCTT--AAC-TTTGT-CCAGGTGTAT
gi|14 : AGTAA---CGTATA-T-AGGCGCCACGTGCCCGGATGGCAGCT----TCAA---CGTTC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCGGAT-CAGGGCCTGAGGT-AA-A-TT-AGCCG-TACCCGGTG--CAAAA-------------CT--T--G----A------ATG-----------------TG----TC--AT----------TTC----T-----TGCAG------ATTGGA-T-ACGGGTAAGTCC--A---ACTT--GCGTATCTTACGACCCAGGATACAG--------------TCGCGCTAAAATTG------GGG---G-GAAATTCAGG--AGATGCTT--AAC-CTTTTTCCAGGTGT
gi|15 : tgCCGCGTGCCCAGGTGATAGCT----GTAT---CTCTCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAG-GCGGTCTTGGGGT-AATTTTT-TTCTA-TTCTCGGTG--CAAAAAATTGTGTTAGTTCT--T--G---CAGATTGGCTAC----------------TG----AT--AG--G-------TTCAGCTT-----CTG-T------ATCG---T-GC-----A------A---ACCAG-A---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATTG------GGG---T-AAAA-TCAGG--GAGTGCT-------TTTTTCTCATGTGTACAg
gi|16 : ACCTC-GAAAA--A-GGT-TCAGCA--T-C-------TCC--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTCTAA----------TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAACCTATCAACAATC--AAAA-G--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGTACCTGTTAA--TCAAAATATC-AA------ACA------------C------A------A------G--------Tt
gi|17 : CCAGTAAGACGTCAGAT-GAGATCCTTGAGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAGCG-------------CT--T--AC--CA------TTTT----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-T------TT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATTG------TGG---A-AAGAATCATC--GGGTGTTT--AAC-TTTTTTCCTGGTATATA
gi|18 : gACCTG-GAAAA--A-A-G-TAAGCG--CTC-------CCA--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCTTCATCAATC--AGAA-A--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTtat
gi|19 : taaT--G-------TTC----T-----TAC-C------AT-----A-AT---CAA------A---AC----G---ATTTAA-G----CAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---A-AAAATCAAGG--GGGC-CTT--AAC--TTTTTCCAGGTGTATAcaaa
gi|2 : tgtatcaagggaatACAACTG-GAACA--A-T-T-TAAGCT--C-C-------CGA--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAAA----------TAA----------T------ATGATGA--GTAGCGA-AACCTTTAAACCATC--AATA-T--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTGCCTTTTAA--TC-AAATGTTGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----TT-T---T--ACT-AAAA----ATGTCATG----T-ATT--ACGCTTACA----------TGACGCAATAGTCATTAA---CGTGTA-T-ATGCGCTGCAATCCCAGATGGCAGCT----TCAA-----CTCTTCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCGGAT-CCGGGCCTGGGGT-AC-AATT-TGTTA-TTCTCGGGG--TAAAG-------------ATTGT--GT--CAGTTC--TTGCAGATTGGATATTGATTTG----TTA-AT--G-------TTC----T-----GTA-C------AT-----T-------------------------G---ATTTTA-A----AGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT-------TGG---GAAAAAATCAAG--GAGTACTTAAAAC-TTTTa
gi|20 : aaATACCTG-TAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------TCC--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAAC----------TAA----------T------ATGATGT--c
gi|21 : tTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAAA----------TAA----------T------GCAATGC--GTAGC-AAAACCTCACAACA-----AAAA-G--TCTGCACGGTTATCAGCTAAA--TGT
gi|22 : T--G-------TTC----T-----TAT-C------AC-----T-AC---TAA------A---AC----A---ATTTTA-G----AAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGC---A-AATGTTCAGG--GGGCGTTT--AGC-CTTTATCCAGGTATATAcaatatttcaa
gi|23 : CGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---CTCTTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAAC-CAGACCCTGGAGT-GA-GTTT-TGt
gi|24 : ACGTG-GAAAA--A-GGT-TAAGCG--C-CACAACCCCCATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGATGgtgttac
gi|25 : ACATCTG-GAAAA--A-G-C-TAAGCAGCC-C-------CCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|26 : cacCAACA--C--AAGT-G--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGAACCTTTTAA--TCAAAATATGTAA------GGA------------C------A------A------G--------TGatgcacggtta
gi|27 : aGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----gt
gi|28 : catcatatcacgctCGTCTGTAA---CGTGTA-T-AGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----GCAgc
gi|29 : --C-C-------ACA--C-----GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTtc
gi|3 : tacACACCCG-AAAAA--A-G-T-AAGGCT--A-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACTTCAAAAATC--AGAA-A--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTTACCTTCTAA--T---AATACCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGATGAG----T-ATC--ACCCTAACATGACGCACTGCGGCACAACTTTCAATAA---CGTGAA-T-AGCTTCCGGGTACCCGGATGACGGAC----TCGA---CCCTCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCGGGT--GAGTCCTGGAAT-AA-ATTT-TGCCG-TTCTCGGTG--CAGAG-------------CT--T--AT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----AAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATTG------TGG---G-ATAATTCAGG--GAGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|4 : ACCTGTAAAAA--A-G-T-TAAGCA--C-C-------CCA---------GAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------CAA----------T------GTGA-----------AGAACCTT------AT-----AA-G--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACATACCTTTT-A--TCAAAATATCGAA------ACA------------C------AAACACCA------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNGT---TGAACT-AAAATGGGGTGTGGGG----TAATTAAACCTTAACATGATATTCTGTGACACAATCGTCAG-AAGTTCGTGTA-T-GGCCGCCGCATGTCCGGTTG-CAGCC----TCAA---C------TCTCATGTCACCAGTAAGACGTCGAATCCGGGT-CTGGGGCAAA-ATTTGTGCCAGTGCT---TG--CAGA---------------T--T--GG--C--------TAC----------------AG----AT--GG--G-------TCC-----------AC-CTTCTGTAT-----C-A----TGC------A---ACCCAGG---ATTTTA-G-----------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACAGT-----TGG---G-AAAATTCATG--G
gi|5 : g-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAAA----------TAA----------T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTTTCAACAATG--AAAAAG--CCTACACGGTT-----TTTA------------TAA----AAAACATCG--------------------------------------------------------T-G------T-----GTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-TGTTT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATGGCATTC--------ATTCGTCAGTAA---CGTGTA-T-ATCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAGTTCTTCTCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGCATCCGAGT-CTGGGGT-TA-AGTT-TGCTC-TTCTCGGTGAAAAAAG-------------TG--T--GC--CA----------------------------------------G-------TTC----TTGTAGAAT-C------GC-----T-AC---TGATGCGCCA---A-----G---ATTATG-T----ATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT-------TTC---G-AAAATTCGGG--AAGTG-------C-TTTTTTCCattgcct
gi|6 : cctACACCTG-GAAAATAA-G-T-TG-GCG--C-C-------CCC--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACACA----------TGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAACGAAAT-----TAAA---------T------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCTTCAACAATA--AGAT-G--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGTACCTGCTAAATTCATAATATCGAA------ACA------------CAAGAATA------A------G--------TGTT-GCNNN--N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACA-AAAA----ATTATCGG----T-ATC--ATCCAAACATGACATACTGTAACACAATCTTCAATAA---CGTGCAGTAAGTCGTCGccgt
gi|6 : cCAGTAAGTCGTCGGAT-GAGGTCCTAGGAT-AA-ATCT-TGCCA-TTATTGGTG--CAGTG-------------CT--T--GA--CA------gatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|7 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgACACCTG-GAAAA--A-G-GATAAGCA--C-C-------CCA--T-----G-AAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGC-----GATGACCGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA------------AA----------T------G--ATGT--GAAGCAAGAATCTT-AAACAATCTTGAAG-G--TCTGCACGGTTACCAGTTTAG--TGTCCCTTTCAA--ACAAAACATCAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------G--------TGTT-G------TNN---NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-T---T--ACT-GAAA----ATGGCGGT----T-GTT--ACCCTGGCATGACCTTCTGTGACGCAATCGCC-----------------AGACACCGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---TGCTCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCGGAT-CCGGGCATAGGGT-AA-ATTT-TGCTA-TTTTCAGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAG-----TTAT----------------TG----aaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|8 : tGACGGACATATTGAGCT-A-AG-AAAAAT----------AAG----------C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTTTCAACAAGC--AAAA-GAGCATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGTATCTTTTAC--TCAAAACATCGAACGAA--GAA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---TT-T---T--ATT-ATAA----ATGGCGCG----T-ATT--ACCCTAACATCACATTCTGTGACGTAATCGTCAGTAA---CGAATG-T-AGTCGCCGTGTGCCCAGATGACAGCTCGGCTTAA---CTCTTAT-----TGCCAACAGTAAGACGTCGGAT-CCGTGCCTAGGGA-AA-AGGT-TGCTA-TTGAAGGTG--CAaatattggctac
gi|9 : cACACATG-GAAAAT-G-G-T-TAAGCA--C-C-------T-A--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAAA----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTCCGACAATC--AAAA-G--CCTTCATGGCTATCTATTTAG--TA-ACCTTTTAA--ACAAAATATCGAA------GCA------------C------A------AACACATA--------TGTT-GGNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-------TG-T---T--ATTCAAAA----ATGACGGT----T-ATA--ACCCTATCATGACATTCTGTGACACAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCTTGTACCCGGATGACAGCT----TGAA-----CTCAT----ATGTTACCAGTAAGACGCTTGAT-CCGGTCCTGGGGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 22222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111
lowQualScore : 3 77 3 666 666 2 9999999 55555555 2 2 2 1 2 2 2 33333333333 55555555555555555 33 1 0 1 444 2 33 0 33 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 44 3 6666 6666 3 44 2 0 444 2 2 1 5555 555 2 33 0 555 5 2 2 2 2 0 2 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 6666 33 11111111 111111 66666 0 44 0 44 3
lowQualScore : . .. . ... ... . ....... ........ . . . . . . . ........... ................. .. . . . ... . .. . .. .. ................................................... . ....................................................................................... . ... .. . .... .... . .. . . ... . . . .... ... . .. . ... . . . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... . .... .. ........ ...... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 33 1 999 444 9 3333333 55555555 7 7 4 9 9 9 9 44444444444 66666666666666666 99 8 8 7 666 9 99 7 77 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444 22 1 5555 5555 1 22 0 7 444 5 5 0 3333 000 9 11 1 999 6 7 7 5 7 4 9 99 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 5555 33 22222222 999999 55555 8 22 7 66 3
consensus : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Reference ( family-601 ) : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|1 : CACCTG--AAAA--A-G-G-TAAGCA--A-C-------CCC--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------TAT----------T------ATGA----------------CTTTTAA---------AA-G--CCTTTACGGTTATCAGTGTTT--TGTATCTTTTAA--TTGAAATATCGAAACACAAGCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TT-T---T--ATT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATAACATTCTGTGGTGAAACCGCCAGTAA---CGTGTA-T-AGCTGCCGAGTGCCAGAATGACAGCT----TCAA---TTT-TCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTGGATACGGG-CCTGGTGT-AA-A-----ACAA-ATATCGGTG--TAAAAATTATGCCAGTT-CT--TGCGT--AA------TTGC----------------TT----CTGAAT--GGTTCAGCTTC----T-----GAA-T------CT-----T-GC----AACC----A---AG----G---GTGTTA-T----AGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTTG------GGGTGTG-GCGCTTCTGA--GAGTGCTT--AAC-TTTGTTCATGGTGTATA
gi|10 : TTAG--TGTACCTTCTAAA-TCATAATATCGAA------GCA------------C------A------A------GCCCAAATGTGTTTG------T-----TTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-T---T--ACC-AAAT----ATGACGGT----T-ATT--AGACCAACATGACATACTGTGATGCAATCTTCAATAA---CGCGAA-T-GGCCTCCACGTACCCGGATGACAGCC----TCAG---CCC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTGGGT--GAG-CCTGGAGT-AA-ATTT-TACCA-TTCTCGGTG--CA------------------------T--CA------TTA------------------G-----A--AT--G-------TTC----T-----TA--C------AT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATTG------TGG---A-AAAAATCAGG--GGGCGCTT--AACTTTTTTTCCAGGTGTGTAt
gi|11 : ACACCTG-AATAA--ATG-T-CAAGTA--C-C-------CCT--T-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TGACTATGATGTAT------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGTACCTTTTAA--TCCAAATATCGAA------GCA------------C------A------C------G--------TGTT-G------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--AAT---AA----ATGACGGG----T-TTA--ACCCTGCAATGACATCCTGTCACGCTGTCGTCTGTTA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCCt
gi|12 : T-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATA--ACATGAACATGAGCTAGTGTGACGCAATCTTTAATAA---CGTGAA-T-AGACTCCGCGTACCCGGATGAAAGCT----TCAA---CCC-TCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTGGGT-GAGGTTCTGGGGT-AA-ATTT-CACAA-TTCTCGGTG--AAGAG-------------CT--A--AC--CA------TTAA----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-C------ATAACCATAAC---TAT------A---AT----G---ATTTAA-G----AAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATTG------TCG---A-AATATTCAGA--GGATGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATAa
gi|13 : -T---C--ATT-AAAA----ATGGCGGG----T-ATT--ACCCCAACATGACATTCTGCCAC-------TCAGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCTAGATTAAAGCT----TCAA---CTC-TTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCGGA-------CCCGGGGT-AA-ATTT-TGTTA-TTCACTGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAATTC--TTACAA--------------TGGTTTCT--ATTGG-------TTC----T-----AGC---------T-----T--C---TAG------ACCCAT----G---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGGGGG---G-GGGAT-CGGGAAGAGTGCTT--AAC-TTTGT-CCAGGTGTAT
gi|14 : AGTAA---CGTATA-T-AGGCGCCACGTGCCCGGATGGCAGCT----TCAA---CGT-TC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCGGAT-CAGGGCCTGAGGT-AA-A-TT-AGCCG-TACCCGGTG--CAAAA-------------CT--T--G----A------ATG-----------------TG----TC--AT----------TTC----T-----TGCAG------ATTGGA-T-ACGGGTAAGTCC--A---ACTT--GCGTATCTTACGACCCAGGATACAG--------------TCGCGCTAAAATTG------GGG---G-GAAATTCAGG--AGATGCTT--AAC-CTTTTTCCAGGTGT
gi|15 : tgCCGCGTGCCCAGGTGATAGCT----GTAT---CTC-TCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAG-GCGGTCTTGGGGT-AATTTTT-TTCTA-TTCTCGGTG--CAAAAAATTGTGTTAGTTCT--T--G---CAGATTGGCTAC----------------TG----AT--AG--G-------TTCAGCTT-----CTG-T------ATCG---T-GC-----A------A---ACCAG-A---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATTG------GGG---T-AAAA-TCAGG--GAGTGCT-------TTTTTCTCATGTGTACAg
gi|16 : ACCTC-GAAAA--A-GGT-TCAGCA--T-C-------TCC--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTCTAA----------TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAACCTATCAACAATC--AAAA-G--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGTACCTGTTAA--TCAAAATATC-AA------ACA------------C------A------A------G--------Tt
gi|17 : CCAGTAAGACGTCAGAT-GAGATCCTTGAGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAGCG-------------CT--T--AC--CA------TTTT----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-T------TT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATTG------TGG---A-AAGAATCATC--GGGTGTTT--AAC-TTTTTTCCTGGTATATA
gi|18 : gACCTG-GAAAA--A-A-G-TAAGCG--CTC-------CCA--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCTTCATCAATC--AGAA-A--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTtat
gi|19 : taaT--G-------TTC----T-----TAC-C------AT-----A-AT---CAA------A---AC----G---ATTTAA-G----CAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---A-AAAATCAAGG--GGGC-CTT--AAC--TTTTTCCAGGTGTATAcaaa
gi|2 : tgtatcaagggaatACAACTG-GAACA--A-T-T-TAAGCT--C-C-------CGA--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAAA----------TAA----------T------ATGATGA--GTAGCGA-AACCTTTAAACCATC--AATA-T--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTGCCTTTTAA--TC-AAATGTTGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----TT-T---T--ACT-AAAA----ATGTCATG----T-ATT--ACGCTTACA----------TGACGCAATAGTCATTAA---CGTGTA-T-ATGCGCTGCAATCCCAGATGGCAGCT----TCAA---CTC-T--TCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCGGAT-CCGGGCCTGGGGT-AC-AATT-TGTTA-TTCTCGGGG--TAAAG-------------ATTGT--GT--CAGTTC--TTGCAGATTGGATATTGATTTG----TTA-AT--G-------TTC----T-----GTA-C------AT-----T-------------------------G---ATTTTA-A----AGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT-------TGG---GAAAAAATCAAG--GAGTACTTAAAAC-TTTTa
gi|20 : aaATACCTG-TAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------TCC--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAAC----------TAA----------T------ATGATGT--c
gi|21 : tTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAAA----------TAA----------T------GCAATGC--GTAGC-AAAACCTCACAACA-----AAAA-G--TCTGCACGGTTATCAGCTAAA--TGT
gi|22 : T--G-------TTC----T-----TAT-C------AC-----T-AC---TAA------A---AC----A---ATTTTA-G----AAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGC---A-AATGTTCAGG--GGGCGTTT--AGC-CTTTATCCAGGTATATAcaatatttcaa
gi|23 : CGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---CTC-TTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAAC-CAGACCCTGGAGT-GA-GTTT-TGt
gi|24 : ACGTG-GAAAA--A-GGT-TAAGCG--C-CACAACCCCCATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGATGgtgttac
gi|25 : ACATCTG-GAAAA--A-G-C-TAAGCAGCC-C-------CCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|26 : cacCAACA--C--AAGT-G--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGAACCTTTTAA--TCAAAATATGTAA------GGA------------C------A------A------G--------TGatgcacggtta
gi|27 : aGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----gt
gi|28 : catcatatcacgctCGTCTGTAA---CGTGTA-T-AGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----GCAgc
gi|29 : --C-C-------ACA--C-----GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTtc
gi|3 : tacACACCCG-AAAAA--A-G-T-AAGGCT--A-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACTTCAAAAATC--AGAA-A--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTTACCTTCTAA--T---AATACCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGATGAG----T-ATC--ACCCTAACATGACGCACTGCGGCACAACTTTCAATAA---CGTGAA-T-AGCTTCCGGGTACCCGGATGACGGAC----TCGA---CCC-TCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCGGGT--GAGTCCTGGAAT-AA-ATTT-TGCCG-TTCTCGGTG--CAGAG-------------CT--T--AT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----AAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATTG------TGG---G-ATAATTCAGG--GAGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|4 : ACCTGTAAAAA--A-G-T-TAAGCA--C-C-------CCA---------GAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------CAA----------T------GTGA-----------AGAACCTT------AT-----AA-G--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACATACCTTTT-A--TCAAAATATCGAA------ACA------------C------AAACACCA------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNGT---TGAACT-AAAATGGGGTGTGGGG----TAATTAAACCTTAACATGATATTCTGTGACACAATCGTCAG-AAGTTCGTGTA-T-GGCCGCCGCATGTCCGGTTG-CAGCC----TCAA---CT-------CTCATGTCACCAGTAAGACGTCGAATCCGGGT-CTGGGGCAAA-ATTTGTGCCAGTGCT---TG--CAGA---------------T--T--GG--C--------TAC----------------AG----AT--GG--G-------TCC-----------AC-CTTCTGTAT-----C-A----TGC------A---ACCCAGG---ATTTTA-G-----------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACAGT-----TGG---G-AAAATTCATG--G
gi|5 : g-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAAA----------TAA----------T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTTTCAACAATG--AAAAAG--CCTACACGGTT-----TTTA------------TAA----AAAACATCG--------------------------------------------------------T-G------T-----GTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-TGTTT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATGGCATTC--------ATTCGTCAGTAA---CGTGTA-T-ATCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAGTTCTTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGCATCCGAGT-CTGGGGT-TA-AGTT-TGCTC-TTCTCGGTGAAAAAAG-------------TG--T--GC--CA----------------------------------------G-------TTC----TTGTAGAAT-C------GC-----T-AC---TGATGCGCCA---A-----G---ATTATG-T----ATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT-------TTC---G-AAAATTCGGG--AAGTG-------C-TTTTTTCCattgcct
gi|6 : cctACACCTG-GAAAATAA-G-T-TG-GCG--C-C-------CCC--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACACA----------TGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAACGAAAT-----TAAA---------T------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCTTCAACAATA--AGAT-G--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGTACCTGCTAAATTCATAATATCGAA------ACA------------CAAGAATA------A------G--------TGTT-GCNNN--N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACA-AAAA----ATTATCGG----T-ATC--ATCCAAACATGACATACTGTAACACAATCTTCAATAA---CGTGCAGTAAGTCGTCGccgt
gi|6 : cCAGTAAGTCGTCGGAT-GAGGTCCTAGGAT-AA-ATCT-TGCCA-TTATTGGTG--CAGTG-------------CT--T--GA--CA------gatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|7 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgACACCTG-GAAAA--A-G-GATAAGCA--C-C-------CCA--T-----G-AAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGC-----GATGACCGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA------------AA----------T------G--ATGT--GAAGCAAGAATCTT-AAACAATCTTGAAG-G--TCTGCACGGTTACCAGTTTAG--TGTCCCTTTCAA--ACAAAACATCAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------G--------TGTT-G------TNN---NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-T---T--ACT-GAAA----ATGGCGGT----T-GTT--ACCCTGGCATGACCTTCTGTGACGCAATCGCC-----------------AGACACCGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---TGC-TCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCGGAT-CCGGGCATAGGGT-AA-ATTT-TGCTA-TTTTCAGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAG-----TTAT----------------TG----aaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|8 : tGACGGACATATTGAGCT-A-AG-AAAAAT----------AAG----------C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTTTCAACAAGC--AAAA-GAGCATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGTATCTTTTAC--TCAAAACATCGAACGAA--GAA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---TT-T---T--ATT-ATAA----ATGGCGCG----T-ATT--ACCCTAACATCACATTCTGTGACGTAATCGTCAGTAA---CGAATG-T-AGTCGCCGTGTGCCCAGATGACAGCTCGGCTTAA---CTC-TTAT-----TGCCAACAGTAAGACGTCGGAT-CCGTGCCTAGGGA-AA-AGGT-TGCTA-TTGAAGGTG--CAaatattggctac
gi|9 : cACACATG-GAAAAT-G-G-T-TAAGCA--C-C-------T-A--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAAA----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTCCGACAATC--AAAA-G--CCTTCATGGCTATCTATTTAG--TA-ACCTTTTAA--ACAAAATATCGAA------GCA------------C------A------AACACATA--------TGTT-GGNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-------TG-T---T--ATTCAAAA----ATGACGGT----T-ATA--ACCCTATCATGACATTCTGTGACACAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCTTGTACCCGGATGACAGCT----TGAA---CTCAT-------ATGTTACCAGTAAGACGCTTGAT-CCGGTCCTGGGGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 22222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111
lowQualScore : 3 77 3 666 666 2 9999999 55555555 2 2 2 1 2 2 2 33333333333 55555555555555555 33 1 0 1 444 2 33 0 33 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 44 3 6666 6666 3 44 2 0 444 2 2 1 5555 555 2 33 0 555 5 2 2 2 2 0 2 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 6666 33 11111111 111111 66666 0 44 0 44 3
lowQualScore : . .. . ... ... . ....... ........ . . . . . . . ........... ................. .. . . . ... . .. . .. .. ................................................... . ....................................................................................... . ... .. . .... .... . .. . . ... . . . .... ... . .. . ... . . . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... . .... .. ........ ...... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 33 1 999 444 9 3333333 55555555 7 7 4 9 9 9 9 44444444444 66666666666666666 99 8 8 7 666 9 99 7 77 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444 22 1 5555 5555 1 22 0 7 444 5 5 0 3333 000 9 11 1 999 6 7 7 5 7 4 9 99 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 5555 33 22222222 999999 55555 8 22 7 66 3
consensus : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Reference ( family-601 ) : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|1 : CACCTG--AAAA--A-G-G-TAAGCA--A-C-------CCC--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------TAT----------T------ATGA----------------CTTTTAA---------AA-G--CCTTTACGGTTATCAGTGTTT--TGTATCTTTTAA--TTGAAATATCGAAACACAAGCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TT-T---T--ATT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATAACATTCTGTGGTGAAACCGCCAGTAA---CGTGTA-T-AGCTGCCGAGTGCCAGAATGACAGCT----TCAA---TTT-TCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTGGATACGGG-CCTGGTGT-AA-A-----ACAA-ATATCGGTG--TAAAAATTATGCCAGTT-CT--TGCGT--AA------TTGC----------------TT----CTGAAT--GGTTCAGCTTC----T-----GAA-T------CT-----T-GC----AACC----A---AG----G---GTGTTA-T----AGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTTG------GGGTGTG-GCGCTTCTGA--GAGTGCTT--AAC-TTTGTTCATGGTGTATA
gi|10 : TTAG--TGTACCTTCTAAA-TCATAATATCGAA------GCA------------C------A------A------GCCCAAATGTGTTTG------T-----TTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-T---T--ACC-AAAT----ATGACGGT----T-ATT--AGACCAACATGACATACTGTGATGCAATCTTCAATAA---CGCGAA-T-GGCCTCCACGTACCCGGATGACAGCC----TCAG---CCC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTGGGT--GAG-CCTGGAGT-AA-ATTT-TACCA-TTCTCGGTG--CA------------------------T--CA------TTA------------------G-----A--AT--G-------TTC----T-----TA--C------AT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATTG------TGG---A-AAAAATCAGG--GGGCGCTT--AACTTTTTTTCCAGGTGTGTAt
gi|11 : ACACCTG-AATAA--ATG-T-CAAGTA--C-C-------CCT--T-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TGACTATGATGTAT------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGTACCTTTTAA--TCCAAATATCGAA------GCA------------C------A------C------G--------TGTT-G------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--AAT---AA----ATGACGGG----T-TTA--ACCCTGCAATGACATCCTGTCACGCTGTCGTCTGTTA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCCt
gi|12 : T-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATA--ACATGAACATGAGCTAGTGTGACGCAATCTTTAATAA---CGTGAA-T-AGACTCCGCGTACCCGGATGAAAGCT----TCAA---CCC-TCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTGGGT-GAGGTTCTGGGGT-AA-ATTT-CACAA-TTCTCGGTG--AAGAG-------------CT--A--AC--CA------TTAA----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-C------ATAACCATAAC---TAT------A---AT----G---ATTTAA-G----AAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATTG------TCG---A-AATATTCAGA--GGATGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATAa
gi|13 : -T---C--ATT-AAAA----ATGGCGGG----T-ATT--ACCCCAACATGACATTCTGCCAC-------TCAGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCTAGATTAAAGCT----TCAA---CTC-TTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCGGA-------CCCGGGGT-AA-ATTT-TGTTA-TTCACTGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAATTC--TTACAA--------------TGGTTTCT--ATTGG-------TTC----T-----AGC---------T-----T--C---TAG------ACCCAT----G---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGGGGG---G-GGGAT-CGGGAAGAGTGCTT--AAC-TTTGT-CCAGGTGTAT
gi|14 : AGTAA---CGTATA-T-AGGCGCCACGTGCCCGGATGGCAGCT----TCAA---CGT-TC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCGGAT-CAGGGCCTGAGGT-AA-A-TT-AGCCG-TACCCGGTG--CAAAA-------------CT--T--G----A------ATG-----------------TG----TC--AT----------TTC----T-----TGCAG------ATTGGA-T-ACGGGTAAGTCC--A---ACTT--GCGTATCTTACGACCCAGGATACAG--------------TCGCGCTAAAATTG------GGG---G-GAAATTCAGG--AGATGCTT--AAC-CTTTTTCCAGGTGT
gi|15 : tgCCGCGTGCCCAGGTGATAGCT----GTAT---CTC-TCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAG-GCGGTCTTGGGGT-AATTTTT-TTCTA-TTCTCGGTG--CAAAAAATTGTGTTAGTTCT--T--G---CAGATTGGCTAC----------------TG----AT--AG--G-------TTCAGCTT-----CTG-T------ATCG---T-GC-----A------A---ACCAG-A---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATTG------GGG---T-AAAA-TCAGG--GAGTGCT-------TTTTTCTCATGTGTACAg
gi|16 : ACCTC-GAAAA--A-GGT-TCAGCA--T-C-------TCC--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTCTAA----------TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAACCTATCAACAATC--AAAA-G--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGTACCTGTTAA--TCAAAATATC-AA------ACA------------C------A------A------G--------Tt
gi|17 : CCAGTAAGACGTCAGAT-GAGATCCTTGAGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAGCG-------------CT--T--AC--CA------TTTT----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-T------TT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATTG------TGG---A-AAGAATCATC--GGGTGTTT--AAC-TTTTTTCCTGGTATATA
gi|18 : gACCTG-GAAAA--A-A-G-TAAGCG--CTC-------CCA--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCTTCATCAATC--AGAA-A--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTtat
gi|19 : taaT--G-------TTC----T-----TAC-C------AT-----A-AT---CAA------A---AC----G---ATTTAA-G----CAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---A-AAAATCAAGG--GGGC-CTT--AAC--TTTTTCCAGGTGTATAcaaa
gi|2 : tgtatcaagggaatACAACTG-GAACA--A-T-T-TAAGCT--C-C-------CGA--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAAA----------TAA----------T------ATGATGA--GTAGCGA-AACCTTTAAACCATC--AATA-T--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTGCCTTTTAA--TC-AAATGTTGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----TT-T---T--ACT-AAAA----ATGTCATG----T-ATT--ACGCTTACA----------TGACGCAATAGTCATTAA---CGTGTA-T-ATGCGCTGCAATCCCAGATGGCAGCT----TCAA---CTC-T--TCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCGGAT-CCGGGCCTGGGGT-AC-AATT-TGTTA-TTCTCGGGG--TAAAG-------------ATTGT--GT--CAGTTC--TTGCAGATTGGATATTGATTTG----TTA-AT--G-------TTC----T-----GTA-C------AT-----T-------------------------G---ATTTTA-A----AGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT-------TGG---GAAAAAATCAAG--GAGTACTTAAAAC-TTTTa
gi|20 : aaATACCTG-TAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------TCC--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAAC----------TAA----------T------ATGATGT--c
gi|21 : tTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAAA----------TAA----------T------GCAATGC--GTAGC-AAAACCTCACAACA-----AAAA-G--TCTGCACGGTTATCAGCTAAA--TGT
gi|22 : T--G-------TTC----T-----TAT-C------AC-----T-AC---TAA------A---AC----A---ATTTTA-G----AAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGC---A-AATGTTCAGG--GGGCGTTT--AGC-CTTTATCCAGGTATATAcaatatttcaa
gi|23 : CGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---CTC-TTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAAC-CAGACCCTGGAGT-GA-GTTT-TGt
gi|24 : ACGTG-GAAAA--A-GGT-TAAGCG--C-CACAACCCCCATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGATGgtgttac
gi|25 : ACATCTG-GAAAA--A-G-C-TAAGCAGCC-C-------CCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|26 : cacCAACA--C--AAGT-G--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGAACCTTTTAA--TCAAAATATGTAA------GGA------------C------A------A------G--------TGatgcacggtta
gi|27 : aGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----gt
gi|28 : catcatatcacgctCGTCTGTAA---CGTGTA-T-AGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----GCAgc
gi|29 : --C-C-------ACA--C-----GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTtc
gi|3 : tacACACCCG-AAAAA--A-G-T-AAGGCT--A-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACTTCAAAAATC--AGAA-A--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTTACCTTCTAA--T---AATACCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGATGAG----T-ATC--ACCCTAACATGACGCACTGCGGCACAACTTTCAATAA---CGTGAA-T-AGCTTCCGGGTACCCGGATGACGGAC----TCGA---CCC-TCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCGGGT--GAGTCCTGGAAT-AA-ATTT-TGCCG-TTCTCGGTG--CAGAG-------------CT--T--AT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----AAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATTG------TGG---G-ATAATTCAGG--GAGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|4 : ACCTGTAAAAA--A-G-T-TAAGCA--C-C-------CCA---------GAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------CAA----------T------GTGA-----------AGAACCTT------AT-----AA-G--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACATACCTTTT-A--TCAAAATATCGAA------ACA------------C------AAACACCA------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNGT---TGAACT-AAAATGGGGTGTGGGG----TAATTAAACCTTAACATGATATTCTGTGACACAATCGTCAG-AAGTTCGTGTA-T-GGCCGCCGCATGTCCGGTTG-CAGCC----TCAA---CT-------CTCATGTCACCAGTAAGACGTCGAATCCGGGT-CTGGGGCAAA-ATTTGTGCCAGTGCT---TG--CAGA---------------T--T--GG--C--------TAC----------------AG----AT--GG--G-------TCC-----------AC-CTTCTGTAT-----C-A----TGC------A---ACCCAGG---ATTTTA-G-----------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACAGT-----TGG---G-AAAATTCATG--G
gi|5 : g-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAAA----------TAA----------T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTTTCAACAATG--AAAAAG--CCTACACGGTT-----TTTA------------TAA----AAAACATCG--------------------------------------------------------T-G------T-----GTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-TGTTT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATGGCATTC--------ATTCGTCAGTAA---CGTGTA-T-ATCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAGTTCTTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGCATCCGAGT-CTGGGGT-TA-AGTT-TGCTC-TTCTCGGTGAAAAAAG-------------TG--T--GC--CA----------------------------------------G-------TTC----TTGTAGAAT-C------GC-----T-AC---TGATGCGCCA---A-----G---ATTATG-T----ATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT-------TTC---G-AAAATTCGGG--AAGTG-------C-TTTTTTCCattgcct
gi|6 : cctACACCTG-GAAAATAA-G-T-TG-GCG--C-C-------CCC--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACACA----------TGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAACGAAAT-----TAAA---------T------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCTTCAACAATA--AGAT-G--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGTACCTGCTAAATTCATAATATCGAA------ACA------------CAAGAATA------A------G--------TGTT-GCNNN--N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACA-AAAA----ATTATCGG----T-ATC--ATCCAAACATGACATACTGTAACACAATCTTCAATAA---CGTGCAGTAAGTCGTCGccgt
gi|6 : cCAGTAAGTCGTCGGAT-GAGGTCCTAGGAT-AA-ATCT-TGCCA-TTATTGGTG--CAGTG-------------CT--T--GA--CA------gatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|7 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgACACCTG-GAAAA--A-G-GATAAGCA--C-C-------CCA--T-----G-AAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGC-----GATGACCGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA------------AA----------T------G--ATGT--GAAGCAAGAATCTT-AAACAATCTTGAAG-G--TCTGCACGGTTACCAGTTTAG--TGTCCCTTTCAA--ACAAAACATCAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------G--------TGTT-G------TNN---NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-T---T--ACT-GAAA----ATGGCGGT----T-GTT--ACCCTGGCATGACCTTCTGTGACGCAATCGCC-----------------AGACACCGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---TGC-TCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCGGAT-CCGGGCATAGGGT-AA-ATTT-TGCTA-TTTTCAGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAG-----TTAT----------------TG----aaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|8 : tGACGGACATATTGAGCT-A-AG-AAAAAT----------AAG----------C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTTTCAACAAGC--AAAA-GAGCATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGTATCTTTTAC--TCAAAACATCGAACGAA--GAA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---TT-T---T--ATT-ATAA----ATGGCGCG----T-ATT--ACCCTAACATCACATTCTGTGACGTAATCGTCAGTAA---CGAATG-T-AGTCGCCGTGTGCCCAGATGACAGCTCGGCTTAA---CTC-TTAT-----TGCCAACAGTAAGACGTCGGAT-CCGTGCCTAGGGA-AA-AGGT-TGCTA-TTGAAGGTG--CAaatattggctac
gi|9 : cACACATG-GAAAAT-G-G-T-TAAGCA--C-C-------T-A--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAAA----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTCCGACAATC--AAAA-G--CCTTCATGGCTATCTATTTAG--TA-ACCTTTTAA--ACAAAATATCGAA------GCA------------C------A------AACACATA--------TGTT-GGNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-------TG-T---T--ATTCAAAA----ATGACGGT----T-ATA--ACCCTATCATGACATTCTGTGACACAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCTTGTACCCGGATGACAGCT----TGAA---CTCAT-------ATGTTACCAGTAAGACGCTTGAT-CCGGTCCTGGGGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta
blockSeqs : T TA T GT AGC T ACAACCC CCCCTT G A T C C T A GGAACTATCTC CTATGATGTAT TT A T CTT A AG CA AT GTACACGCACAGTTGCAAG T TTTGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT G GTT GA C TGGG CAGG A AA A GTT G A C CGGC TTC A CC CCG T A T T G G AA AAATTGTGTTAGTTCTTGCAGATTGGCTACTGATAGGTTCAGCTTCTGTATCGTGCAAACCAG CGT C ACCC AA CCCAGGAT AGGGGG GA AA AA T
blockSeqs : . T . GT A . . TCC . . C A . . . CGAAAT TTCCTTG . C T C . . . A GCACAAGCCCAAATG . GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG . . . . . . . . C . . . A . . . CC CCG G . . T . . . GATTGTGTCAGTTCTTGCAGATTGGATATTGATTTGTTAATGTTCTGTACATT . . . AA . T A . . .
blockSeqs : . . . GA A . . CTC . . C C . . . C AT . T T C . . . . ACACAAACACCAG . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . . A . . . A . . . TC GA T . . T . . . AATTGTGCCAATTCTTACAATGGTTTCTATTGGTTCTAGCTTCTAGACCCAT . . . GT . . A . . .
blockSeqs : . . . T G . . T . . A T . . . C T . T T C . . . . ACACAAGAATAAG . CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . . T . . . A . . . CC CA T . . T . . . ACTTGAATGTGTCATTTCTTGCAGATTGGATACGGGTAAGTCCAACTT . . . GG . . G . . .
blockSeqs : . . . G T . . C . . C A . . . A T . T A C . . . . GCACAAACACATA . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT . . . . . . . . A . . . G . . . TC GC G . . T . . . GCTAACCATTAATATAATGTTCTTACCATAACCATAACTATAAT . . . GT . . G . . .
blockSeqs : . . . T G . . C . . T A . . . C T . T T C . . . . CGAAGAACAAG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . . . . . . T . . . G . . . CC GA C . . A . . . TTGGCTACAGATGGGTCCACCTTCTGTATCATGCAACCCAG . . . AA . . T . . .
blockSeqs : . . . T G . . C . . A A . . . A T . T T C . . . . GCACACG . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . T . . . A . . . CC CC T . . T . . . GCTTACCATTTTTATAATGTTCTTACTTTTACCAAAAC . . . AA . . A . . .
blockSeqs : . . . C T . . C . . C A . . . C T . T T G . . . . ACACAAG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . . . . . . A . . . A . . . CC CA T . . T . . . GCTTATCATTACTGTTATGTTCTAACCATTACTAAAAC . . . GT . . A . . .
blockSeqs : . . . T A . . G . . C A . . . A T . A T A . . . . GCACAAG . TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . T . . . C . . . TA GA T . . T . . . GTGTGCCAGTTCTTGTAGAATCGCTACTGATGCGCCAA . . . AA . . A . . .
blockSeqs : . . . T G . . T . . T T . . . A T . A C C . . . . GGACAAG . TGTGGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . . . . . T . . . C . . . C CC T . . G . . . TCATTAGAATGTTCTTACATTACCAAAAC . . . AA . . G . . .
blockSeqs : . . . T A . . C . . C A . . . T T . T . C . . . . GCACAAG . . . . . . . . T . . . C . . . . CC G . . T . . . . . . TC . . G . . .
blockSeqs : . . . T A . . . . . . T . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . CC G . . T . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . A . . . . G T . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . T . G . . . . .
blockSeqs : . . . C . . .
blockSeqCons : C** CN* G****
originalCons : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGAT-CGGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
finalCons : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGATCN-GGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGGG----AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 22222222222 11111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111 111111
lowQualScore : 3 77 3 666 666 2 9999999 55555555 2 2 2 1 2 2 2 33333333333 55555555555555555 33 1 0 1 444 2 33 0 33 77 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 555 44 3 6666 6666 3 44 2 0 444 2 2 1 5555 555 2 33 0 55 5 2 2 2 2 0 2 33 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 555 3 6666 33 11111111 111111 66666 0 44 0 44 3
lowQualScore : . .. . ... ... . ....... ........ . . . . . . . ........... ................. .. . . . ... . .. . .. .. ................................................... . ....................................................................................... . ... .. . .... .... . .. . . ... . . . .... ... . .. . .. . . . . . . . .. . .................................................................................................................................... ... . .... .. ........ ...... ..... . .. . .. .
lowQualScore : 1 33 1 999 444 9 3333333 55555555 7 7 4 9 9 9 9 44444444444 66666666666666666 99 8 8 7 666 9 99 7 77 33 999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 444 22 1 5555 5555 1 22 0 7 444 5 5 0 3333 000 9 11 1 99 4 7 7 5 7 4 9 99 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444 1 5555 33 22222222 999999 55555 8 22 7 66 3
consensus : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGATCCGGNCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
Reference ( family-601 ) : ACACCTG-GAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACAAGTGCTGTCATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAN----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTTTAA--TCAAAATATCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATGACATTCTGTGACGCAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGNCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAA---CTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGGATCNGGTCCTGGGGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAAAG-------------CT--T--GT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----NAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AGNTTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---G-AAAATTCAGG--GGGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|1 : CACCTG--AAAA--A-G-G-TAAGCA--A-C-------CCC--C-----GAATAC-TTGACAATGAATG-TCAACACTGATGATGTCATGAGATGACCGAAATACTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------TAT----------T------ATGA----------------CTTTTAA---------AA-G--CCTTTACGGTTATCAGTGTTT--TGTATCTTTTAA--TTGAAATATCGAAACACAAGCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGT-TT-T---T--ATT-AAAA----ATGACGGG----T-ATT--ACCCTAACATAACATTCTGTGGTGAAACCGCCAGTAA---CGTGTA-T-AGCTGCCGAGTGCCAGAATGACAGCT----TCAA---TTT-TCCTCCTTATGCCGCTAGTAAGACATTGGATACGGGCCTGGTGT-AA-A-----ACAA-ATATCGGTG--TAAAAATTATGCCAGTT-CT--TGCGT--AA------TTGC----------------TT----CTGAAT--GGTTCAGCTTC----T-----GAA-T------CT-----T-GC----AACC----A---AG----G---GTGTTA-T----AGTTTGAAA--------TTGCGGTTGTGCTAAAGTTG------GGGTGTG-GCGCTTCTGA--GAGTGCTT--AAC-TTTGTTCATGGTGTATA
gi|10 : TTAG--TGTACCTTCTAAA-TCATAATATCGAA------GCA------------C------A------A------GCCCAAATGTGTTTG------T-----TTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-T---T--ACC-AAAT----ATGACGGT----T-ATT--AGACCAACATGACATACTGTGATGCAATCTTCAATAA---CGCGAA-T-GGCCTCCACGTACCCGGATGACAGCC----TCAG---CCC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGAGGTTGGGTGAG--CCTGGAGT-AA-ATTT-TACCA-TTCTCGGTG--CA------------------------T--CA------TTA------------------G-----A--AT--G-------TTC----T-----TA--C------AT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGTAG--------TTATGGTCGTTCTTAAATTG------TGG---A-AAAAATCAGG--GGGCGCTT--AACTTTTTTTCCAGGTGTGTAt
gi|11 : ACACCTG-AATAA--ATG-T-CAAGTA--C-C-------CCT--T-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-ACAACACAAATGCGGTTATAAGACGACTGATGCATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TGACTATGATGTAT------ATGATGT--GAAGCGAGAACCTTTCAACAATC--AAAA-G--CCTGCACGATCATCGGTTCGG--TGTACCTTTTAA--TCCAAATATCGAA------GCA------------C------A------C------G--------TGTT-G------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--AAT---AA----ATGACGGG----T-TTA--ACCCTGCAATGACATCCTGTCACGCTGTCGTCTGTTA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCCt
gi|12 : T-T---T--ACT-AAAA----ATGACGGG----T-ATA--ACATGAACATGAGCTAGTGTGACGCAATCTTTAATAA---CGTGAA-T-AGACTCCGCGTACCCGGATGAAAGCT----TCAA---CCC-TCCTCCTCATGCCATCAGTAAGAAATTGGGTGAGGTTCTGGGGT-AA-ATTT-CACAA-TTCTCGGTG--AAGAG-------------CT--A--AC--CA------TTAA----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-C------ATAACCATAAC---TAT------A---AT----G---ATTTAA-G----AAATTTCAG--------TTGTGGCCGCGCTAAAATTG------TCG---A-AATATTCAGA--GGATGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATAa
gi|13 : -T---C--ATT-AAAA----ATGGCGGG----T-ATT--ACCCCAACATGACATTCTGCCAC-------TCAGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGCCTAGATTAAAGCT----TCAA---CTC-TTCTCCTCATGCCACCAGTAAGGCGTCGGA------CCCGGGGT-AA-ATTT-TGTTA-TTCACTGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAATTC--TTACAA--------------TGGTTTCT--ATTGG-------TTC----T-----AGC---------T-----T--C---TAG------ACCCAT----G---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------CTGTGGTCGCGCTCAAATTGAGGGGGGGG---G-GGGAT-CGGGAAGAGTGCTT--AAC-TTTGT-CCAGGTGTAT
gi|14 : AGTAA---CGTATA-T-AGGCGCCACGTGCCCGGATGGCAGCT----TCAA---CGT-TC-TCCTCATGCCACCAGTAAGACATCGGATCAGGGCCTGAGGT-AA-A-TT-AGCCG-TACCCGGTG--CAAAA-------------CT--T--G----A------ATG-----------------TG----TC--AT----------TTC----T-----TGCAG------ATTGGA-T-ACGGGTAAGTCC--A---ACTT--GCGTATCTTACGACCCAGGATACAG--------------TCGCGCTAAAATTG------GGG---G-GAAATTCAGG--AGATGCTT--AAC-CTTTTTCCAGGTGT
gi|15 : tgCCGCGTGCCCAGGTGATAGCT----GTAT---CTC-TCCTACTCATACCACCAGCAAGACGTCGGAGGCGGTCTTGGGGT-AATTTTT-TTCTA-TTCTCGGTG--CAAAAAATTGTGTTAGTTCT--T--G---CAGATTGGCTAC----------------TG----AT--AG--G-------TTCAGCTT-----CTG-T------ATCG---T-GC-----A------A---ACCAG-A---ATTTTA-G----AGTTTGCAA--------TTGTAAACGTACTAAAATTG------GGG---T-AAAA-TCAGG--GAGTGCT-------TTTTTCTCATGTGTACAg
gi|16 : ACCTC-GAAAA--A-GGT-TCAGCA--T-C-------TCC--C-----GGAAAT-TTGA------ATG-ACAACACAAGTGCTGTCATTAGATGACCACCAAATTGAGCTCATAG-AAAAAGGAACTATCTCTAA----------TTCCTTGGTGATGT--GCAGCGAGAACCTATCAACAATC--AAAA-G--CCAGCACGGTTATTAGTTTAG--TGTACCTGTTAA--TCAAAATATC-AA------ACA------------C------A------A------G--------Tt
gi|17 : CCAGTAAGACGTCAGATGAGATCCTTGAGT-AA-ATTT-TGCCA-TTCTCGGTG--CAGCG-------------CT--T--AC--CA------TTTT----------------TA----TA--AT--G-------TTC----T-----TAC-T------TT-----T-AC---CAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGGTCGCGCTAGAATTG------TGG---A-AAGAATCATC--GGGTGTTT--AAC-TTTTTTCCTGGTATATA
gi|18 : gACCTG-GAAAA--A-A-G-TAAGCG--CTC-------CCA--------GTAAAT-TTGATAATGAATA-ATAATGCAAGTGCTGTCATGACATGACCGACACACAGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAAAACCCTTCATCAATC--AGAA-A--CATGTACAGTTATCAGTTTAG--TGTACCTTtat
gi|19 : taaT--G-------TTC----T-----TAC-C------AT-----A-AT---CAA------A---AC----G---ATTTAA-G----CAATAACAG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGG---A-AAAATCAAGG--GGGC-CTT--AAC--TTTTTCCAGGTGTATAcaaa
gi|2 : tgtatcaagggaatACAACTG-GAACA--A-T-T-TAAGCT--C-C-------CGA--CCCCTTGGCAAT-TAGACAACGAATG-GCAACATAAGTGCGGTAATAAGATGATCGATATATTAAGCT-A-AG-ACAAAA----------TAA----------T------ATGATGA--GTAGCGA-AACCTTTAAACCATC--AATA-T--CCTGCACGGTTATCAGTTTAG--TGTGCCTTTTAA--TC-AAATGTTGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----TT-T---T--ACT-AAAA----ATGTCATG----T-ATT--ACGCTTACA----------TGACGCAATAGTCATTAA---CGTGTA-T-ATGCGCTGCAATCCCAGATGGCAGCT----TCAA---CTC-T--TCCTCATGCCACCAGTAAGTCGTCGGATCCGGGCCTGGGGT-AC-AATT-TGTTA-TTCTCGGGG--TAAAG-------------ATTGT--GT--CAGTTC--TTGCAGATTGGATATTGATTTG----TTA-AT--G-------TTC----T-----GTA-C------AT-----T-------------------------G---ATTTTA-A----AGTTTAC-----------TATGGTCGCGCTAAAATT-------TGG---GAAAAAATCAAG--GAGTACTTAAAAC-TTTTa
gi|20 : aaATACCTG-TAAAA--A-G-T-TAAGCG--C-C-------TCC--C-----GAAAAT-TTGACAATGAATG-ATAACACAAGCGCTGGCATCAGATGACAAACAAATTGAGCT-A-AGAAAAAAC----------TAA----------T------ATGATGT--c
gi|21 : tTGTTATGAGATGATCGACAAATTGAACT-A-AT-AAAAAA----------TAA----------T------GCAATGC--GTAGC-AAAACCTCACAACA-----AAAA-G--TCTGCACGGTTATCAGCTAAA--TGT
gi|22 : T--G-------TTC----T-----TAT-C------AC-----T-AC---TAA------A---AC----A---ATTTTA-G----AAATTGCCG--------TTGTGGTCGCGCTAAAATTG------TGC---A-AATGTTCAGG--GGGCGTTT--AGC-CTTTATCCAGGTATATAcaatatttcaa
gi|23 : CGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---CTC-TTCTTCTCATGCATCTAGTAATACGTCTAACCAGACCCTGGAGT-GA-GTTT-TGt
gi|24 : ACGTG-GAAAA--A-GGT-TAAGCG--C-CACAACCCCCATCC-----GGAAAT-TTGACATTGAATG-ACAACACAAGTGCTGTAATGAGATGgtgttac
gi|25 : ACATCTG-GAAAA--A-G-C-TAAGCAGCC-C-------CCA--CTC---GGAAAG-TTGACAATGAATA-ACAACACAAGTGC
gi|26 : cacCAACA--C--AAGT-G--CATGCACGGTTATCCGTTTAG--TGAACCTTTTAA--TCAAAATATGTAA------GGA------------C------A------A------G--------TGatgcacggtta
gi|27 : aGTAA---CGTGTA-T-AGACACCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----gt
gi|28 : catcatatcacgctCGTCTGTAA---CGTGTA-T-AGACGCCGCGTGTCCAGGTGACAGCT----GCAgc
gi|29 : --C-C-------ACA--C-----GGAAAT-TTGACAATG-ATGAACAACACAAATGCTGTtc
gi|3 : tacACACCCG-AAAAA--A-G-T-AAGGCT--A-C-------CCA--C-----GGAAAT-TTGACAATGAATG-ACAACACCAGTGCTGTCATGATATAAGAGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAC----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACACTTCAAAAATC--AGAA-A--CATGCACAGTTATCAGTTTAG--TTTACCTTCTAA--T---AATACCGAA------GCA------------C------A------A------G--------TGTT-G------N-----NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACT-AAAA----ATGATGAG----T-ATC--ACCCTAACATGACGCACTGCGGCACAACTTTCAATAA---CGTGAA-T-AGCTTCCGGGTACCCGGATGACGGAC----TCGA---CCC-TCCTCCCCATGCTACCGGCAAGACGTCGGGT-GAGTCCTGGAAT-AA-ATTT-TGCCG-TTCTCGGTG--CAGAG-------------CT--T--AT--CA------TTAC----------------TG----TT--AT--G-------TTC----T-----AAC-C------AT-----T-AC---TAA------A---AC----G---ATTTTA-G----AAATTGCAG--------TTGTGATTGCGCTAAAATTG------TGG---G-ATAATTCAGG--GAGCGCTT--AAC-TTTTTTCCAGGTGTATA
gi|4 : ACCTGTAAAAA--A-G-T-TAAGCA--C-C-------CCA---------GAAAT-TTCACAATAAATG-ACAACAGAAGTGCTGTCATGAGATGACTGACAAATTGAGCT-A-AG-AAAAAA----------CAA----------T------GTGA-----------AGAACCTT------AT-----AA-G--CATGCACGGTTATCAGTTAAGCACATACCTTTT-A--TCAAAATATCGAA------ACA------------C------AAACACCA------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNGT---TGAACT-AAAATGGGGTGTGGGG----TAATTAAACCTTAACATGATATTCTGTGACACAATCGTCAG-AAGTTCGTGTA-T-GGCCGCCGCATGTCCGGTTG-CAGCC----TCAA---CT-------CTCATGTCACCAGTAAGACGTCGAATCCGGGTCTGGGGCAAA-ATTTGTGCCAGTGCT---TG--CAGA---------------T--T--GG--C--------TAC----------------AG----AT--GG--G-------TCC-----------AC-CTTCTGTAT-----C-A----TGC------A---ACCCAGG---ATTTTA-G-----------AG--------TTGTGGTCGCGCTAAAACAGT-----TGG---G-AAAATTCATG--G
gi|5 : g-----GGAAAT-TTGACACTGAATG-CCAACACATGTACTGCTATGAGATGACCGACAAATTGAGCT-A-CG-AAAAAA----------TAA----------T------TTGATGT--GTAGAGGGTACCTTTCAACAATG--AAAAAG--CCTACACGGTT-----TTTA------------TAA----AAAACATCG--------------------------------------------------------T-G------T-----GTGGTNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-TGTTT--GCT-AAAT----ATGGCAGGCAGGT-ATT--ACCCTTATATGGCATTC--------ATTCGTCAGTAA---CGTGTA-T-ATCCGCCGCGTGCCCGGATGACAGCT----TCAGTTCTTC-TCCTCCTCATGCCACCAGTAAGACGTCGCATCCGAGTCTGGGGT-TA-AGTT-TGCTC-TTCTCGGTGAAAAAAG-------------TG--T--GC--CA----------------------------------------G-------TTC----TTGTAGAAT-C------GC-----T-AC---TGATGCGCCA---A-----G---ATTATG-T----ATCTTGCAACCCAGGATTTGTGACAGCACTAATATT-------TTC---G-AAAATTCGGG--AAGTG-------C-TTTTTTCCattgcct
gi|6 : cctACACCTG-GAAAATAA-G-T-TG-GCG--C-C-------CCC--G-----GGAAAT-TTGACAATAAATG-ACAACACA----------TGAGATGACGGATATTTTGCGCT-A-GG-AAAAACGAAAT-----TAAA---------T------GTGATATTTGTAGCGAGAACCCTTCAACAATA--AGAT-G--CATGCATCGTTATCAGTTGAG--TGTACCTGCTAAATTCATAATATCGAA------ACA------------CAAGAATA------A------G--------TGTT-GCNNN--N-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-------TT-T---T--ACA-AAAA----ATTATCGG----T-ATC--ATCCAAACATGACATACTGTAACACAATCTTCAATAA---CGTGCAGTAAGTCGTCGccgt
gi|6 : cCAGTAAGTCGTCGGATGAGGTCCTAGGAT-AA-ATCT-TGCCA-TTATTGGTG--CAGTG-------------CT--T--GA--CA------gatgaggtcctaggataaatcttgccattattggtgcagtgcttgacaaaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|7 : cacacctggaaaataagttggcgcccccgggaaatttgacaataaatgacaacacatgagatgacggatattttgcgctaggaaaaacgaaattaaatgtgatatttgtagcgagaacccttcaacaataagatgcatgcatcgttatcagttgagtgtacctgctaaattcataatatcgaaacacaagaataagtgttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattttacaaaaaattatcggtatcatccaaacatgacatactgtaacacaatcttcaataacgtgACACCTG-GAAAA--A-G-GATAAGCA--C-C-------CCA--T-----G-AAAT-TTGATTATGAATG-ACAACACAAGTGTTGC-----GATGACCGACAAATTGAGCC-A-AG-AAAAA------------AA----------T------G--ATGT--GAAGCAAGAATCTT-AAACAATCTTGAAG-G--TCTGCACGGTTACCAGTTTAG--TGTCCCTTTCAA--ACAAAACATCAAA------GTACACGCACAGTTGC------A------A------G--------TGTT-G------TNN---NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NT-T---T--ACT-GAAA----ATGGCGGT----T-GTT--ACCCTGGCATGACCTTCTGTGACGCAATCGCC-----------------AGACACCGCGTGCCCAGATGACAGCT----TCAA---TGC-TCCACATAATGCCTCGAGTTAGACGTCGGATCCGGGCATAGGGT-AA-ATTT-TGCTA-TTTTCAGTG--CAAAA-------------AT--T--GTGCCAG-----TTAT----------------TG----aaaacatgtgttagttgttgcagattgactactagtggttccagcttctgtatcttgcggcccaggatgtcccaaatgtggtcaattgtgttcaga
gi|8 : tGACGGACATATTGAGCT-A-AG-AAAAAT----------AAG----------C------TTGATGT--GAAGCTAAAACCTTTCAACAAGC--AAAA-GAGCATGCACGTTTATCAGTTTAG--TGTATCTTTTAC--TCAAAACATCGAACGAA--GAA------------C------A------A------G--------TGTT-G------T-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAT---TT-T---T--ATT-ATAA----ATGGCGCG----T-ATT--ACCCTAACATCACATTCTGTGACGTAATCGTCAGTAA---CGAATG-T-AGTCGCCGTGTGCCCAGATGACAGCTCGGCTTAA---CTC-TTAT-----TGCCAACAGTAAGACGTCGGATCCGTGCCTAGGGA-AA-AGGT-TGCTA-TTGAAGGTG--CAaatattggctac
gi|9 : cACACATG-GAAAAT-G-G-T-TAAGCA--C-C-------T-A--C-----TGGACTGTTGGCAATAAATA-ATAACACAAGTGCTGTCATGAGATGGCCGACAAATTGAGCT-T-AG-AAAAAA----------TAA----------T------GTGATGT--GTAGCGAGAACCTTCCGACAATC--AAAA-G--CCTTCATGGCTATCTATTTAG--TA-ACCTTTTAA--ACAAAATATCGAA------GCA------------C------A------AACACATA--------TGTT-GGNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG-------TG-T---T--ATTCAAAA----ATGACGGT----T-ATA--ACCCTATCATGACATTCTGTGACACAATCGTCAGTAA---CGTGTA-T-AGCCGCCTTGTACCCGGATGACAGCT----TGAA---CTCAT-------ATGTTACCAGTAAGACGCTTGATCCGGTCCTGGGGtaatgagtgcaagtttttgcagattggcaactgatgtatccagcttcttta