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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-569 ) : TTGCCGACAAA-ATGCGCGAT-GNCACGATGGC-ACGATGGCACGAT-GGCGATGGCGCGATAGC-ACGATAGC-ACGAT-G--------G-TGATGGNGCGAT----GAC------ACGATGGT-GANGNCGCG--AT------GNCACGA------CGNC---GNNNT-G-----NCGNCGTCN----CG-TNN------CGNNAT--C---GCGCCAT-----CG--CCA---T--------CGT----GC----CG-------T-CG-TG--------T--------------CA--TC---G---C-GTCN-----TC-----GTCATCGTGCC--------ATCG-NTCCAT-----CACCA--TCGT-GTCATCGC---GCCATCGC--CATCGTGCTATCG--------TGCCGT--------CGTGCCA----------TC--GCCA--TCGTGTCATCG------TGCCGTCGTAGCATC--GCCTTCCTGT
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-569 ) : TTGCCGACAAACACGCGCGATGCCACGATGGC-A---CG--------------A------TGGCACGAT-GGCGATGGCGCGATAGC-ACGATAGCA----CGA--T-G--------G-TGA--TGG---AGCGATG---------A-C------A-CGATGGTGATGGCGC-G--ATGTCATGACGGCG---------TC-GT-G--T-C------GTCGT-----CG---------C-G-T--------CG------C-----GNCAT-C-GCNC-CAT-----CG--C--CAT--------CG---T----GC----CGTC---GT-G--------T--------------CATC---G---C-GTCN-----TC-----GTCA---TCGTGCCG-TC--------GTTCCAT-----CACC--ATCGT-GTCATCGC---GCCA--TC--G--C--CATCGTGCTATCGTGCCGT--------CGTGCCATCGCCA--TCGTGTCATCG-----TGCCGTCG-TGGCATC--GCCT-T-CCTGT
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gi|2 : tcaacataagtgttaaagatcatcatcatttaattacctcattgtattgacgacgacaacgacggcgataatcacattattgaaggtgacgacgttaacatgaccatcataatcacgacgtcaacattaattaaccattgtcataatccctttaattactcccattgtattgacgacgaaaGCGATAATACGATGGC-A---CGCTGGTGATGAAGCAA------TGGCACGAT-AATGAAGATGCGA-AGT-AATATAGCGTCTTCGACAT-C--------G-TGA--TGT-----CGTTGCATCTGCCCATC------A-CCATCGTGTCGTCGT-G--TTATCGCGTCTTCG---------TC-AT-C--T-T------GACAT-----CGGTCCATCACC-A-T--------CG------T-----GTTAT-C-GTGT-AAT-----CG--CGTCTT--------CG---T----------CATC---TT-G--------A--------------CATC---G-----GTCCA----TC-----ACCA---TTGTGTTA-TC--------GCGTCTT-----CGTC--ATCTT-GACATCGG---TCCA--TT--A--C--CATCGTGTTATCGTGTTAT--------CGTGTCTTCGTCA--TTGTGACATCgaccgatgtcaagatgacgaagacgcgataacacgacgacacgatggtgatgggcagatgcaacgacatcacgatgtcgaagacgctatattacttcgcatcttcattatcgtgccattgcttcatcaccagcgtgccatcgtattatcgcca
gi|2 : tcaacataagtgttaaagatcatcatcatttaattacctcattgtattgacgacgacaacgacggcgataatcacattattgaaggtgacgacgttaacatgaccatcataatcacgacgtcaacattaattaaccattgtcataatccctttaattactcccattgtattgacgacgaaaaagacgacatcagcgacgacaaacaccgctattaccatatggagtGCGATAAT-ACGATGGCA----CGC--T-G--------G-TGA--TGA---AGCAATG---------G-C------A-CGATAATGAAGATGC-G--AAGTAAT-ATAGCG---------TC-TTCG--A-C------ATCGT-----GA---------T-G-T--------CG------T-----TGCAT-CTGC-C-CAT-----CA--C--CAT--------CG---T----GT----CGTC---GT-G--------T--------------TATC---G---C-GTCT-----TC-----GTCA---TCTTGACA-TC--------GGTCCAT-----CACC--ATCGT-GTTATCGT---GTAA--TC--G--CGTCTTCGT--CATCTTGACAT--------CGGTCCATCACCA--TTGTGTTATCG-----CGTCTTCG-T--CATC--ca
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gi|5 : gaGCGATGGCAAAATGGCGA---AG--------------A------TGGCAC-ATAGGTGATGGAGCGGTGCC-ACGACAGCA----CGA--C-G----------TCA--TTG---CCCATTT---------A-CTCCATCA-CCATCGTGATTTCGC-CCCATCTCATGGTGCTC---------TC-GT-G--T-C------GTCTT-----TG---------C-A-T--------CGAATGTTC-----ATCAT-C-GTGT-CAT-----CATTC--CAT--------C---------AC----CAGC---AT-G--------C--------------CACC---T---C-TCTA-----TT-----ACCA---TCGTGCTG-TC--------GTGCCGTTTTAGCACCGAGTCTTCGTCATCGT---ATCATCTC--T--C--CAT--TACCAGCATGCCAT--------CTCTCCATCACCA--TCTTGCTGTCG-----TGCCGTCT-TAGCACCGAGTCT-T-tctccattaccagcatgccatctctccatcaccatcttgctgtcgtgccgtcttagcaccgagtcttc
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-569 ) : TTGCCAACAGGCACGCGCGATGNCACGATGGC-A------CG------ATGGCACGAT-GGCGA----------TGGCGCGATAGC-ACGATAGCACGAT-G--------G-TGATGG---AGCGATGAC------ACGATGGTGATGGCGC-G--ATG------TCATGACGGCG----------TCG------T-GT-C------GTCGT-----CGC-GTCG------CGNCA-T-C-G-CNCCAT-----CG--CCAT--------CG---T----GC----CGTC---GT-G--------T--------------CATC---G---C-GTCN-----TC-----GTC---ATCGTGCCG-TC--------GTTCCAT-----CACC--ATCGT-GTCATCGC---GCCA--TC--GC--CATCGTGCTATCGTGCCGT--------CGTGCCATCGCCA--TCGTGTCATCG-----TGCCGTCG-TGGCATC--GCCT-T-CCTGT
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gi|10 : ATGACGC-G--ATG------TAAT-ATCGCG----------TCA------TCGT-C------ATCGT-----GTC-ATCG------TAGCA-T-C-G-CTCCAT-----CA--CNNN--------NN---N----NN----NNNN---NN-N--------N--------------NNNN---N---N-NNNN-----NN-----NNN---NNNNNNNNN-NN--------NNNNNNN-----NACC--ATCGT-GTCATCGT---ACCA--TC--AC--CATCGTGCTATCGTACTAT--------CGTGCCATCACCA--TCGTGTCATCG-----TGCTATCG-TAGCATC--GCCT-T-CCaaaacatgcgaaaaataataataatggaacacatcatgcattcaaatattcggggttattttgtgtcaggttatacataaccctgagacacaaatgctgctgaaaagggaaattcatataagatacacagtcatatgttttctttttatattataatcactaaatgtgagttatttatgcgtgcaaatatgttattacgtgaatggtaaattattgagaaggtacatattatgattatagtcctttcgacagattcacaaaaaagttgatgtcgatccggtaaacaacagacaaaatcttaaatgataaaatagttggtgtataataccgatgcgtagtggtctgtccgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgtctgtctgtttttgtttgtttttttgtttgtttatgtgttcatttgttcgttagttccatcgtccgtccgtccgttcgttccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgtcacctttggtagagttttgagtgtcttaa
gi|11 : GA----------TGTTGCGATAGC-ACTGTAGCA------------------ATAG---AGCGATGAC------GTGATGGTGGTGGCTT-GA-ATG-------CATAATGACGAGAATAATA-TCG------C-GT-CTCCATTTTCGT------GCTGTCG------GGGAA-T-C-T-TTCCAT-----CG--CCAT--------CA---T----
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Reference ( family-569 ) : TTGTCAACAGGCACGC--GCGATGNCACGATGGC-A------CG------ATGGC-ACGAT-GGCGA----------TGGAGCGATAGCA----CGATAGCACGATGG--------TGATG-----GCGCG--------ATGGCACGATG--GTGATGGCGC-G--AT---------G------TCAT---GAC---GG--------CG----------TCG------T-GTC------GTCGT-----CGC-GTCG------CGNCA-T-C-G-CNCCAT-----CG--CCAT--------CG---T----GC----CGTC---GT-G--------T--------------CATCG---C-GTCNTC-----GTC---ATCGTGCCG-TC--------GTTCCAT-----CACC--ATCGT-GTCATCGC---GCCA--TCGC--CATCGTGCTATCGTGCCGTCGTGCCATCA--CCA--TCGTGTCAT--CG-----TGCCGTCG-TGGCATC--GCCT-T-CCTGT
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gi|11 : ----CGATAGCACTGTAG--------CAATA-----GAGCG--------ATGACGTGATG--GTGGTGGCTT-GA-AT---------G-------CAT---AAT---GA--------CGAGAATAATA-TCG------C-GTCTCCATTTTCGT------GCTGTCG------GGGAA-T-C-T-TTCCAT-----CG--CCAT--------CA---T----
gi|12 : aaaacaatgataagTTGTCAACAGGCACAC--GCGATcaacatc
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gi|17 : gtattccgttaTTGCCAACAGGCACAC--GCGATATCACGATAAC-A------CGATGATTATGGC-ACGAacaggcacacgcgatatcacgataacacgatgattatggcacgacagt
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gi|2 : tcaacataagtgttaaagatcatcatcatttaattacctcattgtattgacgacgacaacgacggcgataatcacattattgaaggtgacgacgttaacatgaccatcataatcacgacgtcaacattaattaaccattgtcataatccctttaattactcccattgtattgacgacgaaaGCGATAATA----CGATGGCACGCTGG--------TGATG-----AAGCA--------ATGGCACGATA--ATGAAGATGC-G--AA---------G------TAAT----AT---AG--------CG----------TCT------TCGAC------ATCGT-----GAT-GTCG------TTGCA-T-CTG-C-CCAT-----CA--CCAT--------CG---T----GT----CGTC---GT-G--------T--------------TATCG---C-GTCTTC-----GTC---ATCTTGACA-TC--------GGTCCAT-----CACC--ATCGT-GTTATCGT---GTAA--TCGCGTCTTCGT--CATCTTGACATCGGTCCATCA--CCA--TTGTGTTAT--CG-----CGTCTTCG-T--CATC--atcgtattatcgcca
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blockSeqs : . GTA A . . GT . . GGCATTATGACATGGTGCTGTCATGG . . . . T CA . T . G . . C . . A . . CT . . . . TGC . G
blockSeqs : ACA . . . GA . . GCCATGACAGCACCATGTCATAATGC . . . . C CG . T . T . . T . . T . . CT . . . .
blockSeqs : GT . . GTAATCGTCATCGTGCCATCGTAG . . . . A TC . T . A . . C . . T . . AT . . .
blockSeqs : . . . . . . T CA . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . G . .
blockSeqCons :
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATGATCATAACATTATAAAACTTTTGTAATGGCATGCAATGTATAAAAATAATCAGTTGCCTGTGATTTCTACGGTGTTCTATTAGGGTCA
Unaligned ( gi|18 ): ACGATGACGAAGACGTGATATACTATCGCGTCTAATATCGTGACATTACTTAATAAACCATTTGTCGTCGGTATCA
Unaligned ( gi|19 ): AATCATCTCATTGTATTAACGACGAAAAGGACGATAACGACGACAAC
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Reference ( family-569 ) : TTGTCAACAGGCACGCGCGATGNCACGATGGC-ACG--------------ATGGCACGAT-GGCGATGGAGCGATAGCACGAT-----AG-CA----CGA--TG--G--------TGATG-----GNA-----CG--------ATGGCACGAT-GGT--GATGGCGC-G--ATGTNATGACGGCGTC-G------T------GTCATC-----G-------------T--------CG---------C-GTCG-CGNCAT---------------C-GCTCCAT-----CG--C--CAT--------CGT----GC----CGTCGTG--------T--------------CATC---G---C-GTCN-----TC-----GTC---ATCGTGCCG-TC--------GTTCCAT-----CACCA--TCGT-GTCATCGC---GCCATCG--C--CATCGTGCTATCGTGCCGT--------CGTGCCATCA--CCA--TCGTGTCAT--CG-----TGCCGTCG-TGGCATC--GCCT-T-CCTGT
gi|1 : TTGTCAACAAACATGCGCGATGCCACGATAGC-ACG--------------ATGACACGAT-GGTGATGACACGATAGTACGAT-----AA-CA----CGA--TG--G--------TGATA-----GTA-----CG--------ATGACACGAT-GGT--NNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNNN-N------N------NNNNNN-----N-------------N--------NN---------N-NNNN-NNNNNNN--------------C-GTGTCAT-----CA--C--CAT--------CGT----GT----CATCATG--------T--------------CATC---G---C-GTCA-----TC-----GTC---ATCGTGCCA-TC--------GTGCCAT-----CACCA--TCGT-GTCATCGT---ACCATCA--C--CATCGTGCTATCGTACTGT--------CGTGTCATCA--CCA--TCGTGTCAT--CG-----TGCTATAG-AAGCATC--GCCT-T-CCTGT
gi|10 : ATGACGC-G--ATGTAAT-ATCGCGTC-A------TC-----GTCATC-----G-------------T--------GT---------C-ATCG-TAGCAT---------------C-GCTCCAT-----CA--C--NNN--------NNN----NN----NNNNNNN--------N--------------NNNN---N---N-NNNN-----NN-----NNN---NNNNNNNNN-NN--------NNNNNNN-----NACCA--TCGT-GTCATCGT---ACCATCA--C--CATCGTGCTATCGTACTAT--------CGTGCCATCA--CCA--TCGTGTCAT--CG-----TGCTATCG-TAGCATC--GCCT-T-CCaaaacatgcgaaaaataataataatggaacacatcatgcattcaaatattcggggttattttgtgtcaggttatacataaccctgagacacaaatgctgctgaaaagggaaattcatataagatacacagtcatatgttttctttttatattataatcactaaatgtgagttatttatgcgtgcaaatatgttattacgtgaatggtaaattattgagaaggtacatattatgattatagtcctttcgacagattcacaaaaaagttgatgtcgatccggtaaacaacagacaaaatcttaaatgataaaatagttggtgtataataccgatgcgtagtggtctgtccgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctgtctgtctgtttttgtttgtttttttgtttgtttatgtgttcatttgttcgttagttccatcgtccgtccgtccgttcgttccttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatatgtcacctttggtagagttttgagtgtcttaa
gi|11 : G--------------ATGTTGCGAT-AGCACTGTAGCAATAGAGCGAT-----GA-CG----TGA--TG--G--------TGGTG-----GCT-----TG--------AATGCA-------T--AATGACGA-G--A-ATAAT-ATCGCGTC--------T-------CCATT-----T-------------T--------CGTGC------T-GTCG-GGGAAT---------------C-TTTCCAT-----CG--C--CAT--------CAT----
gi|12 : aaaacaatgataagTTGTCAACAGGCACACGCGAT
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gi|5 : taatgtccagtttttacaatcatgttaagggactctgttaaagtaattgtgacatcgctatgtcagcattatttaaacaGCGATGGCAAAATGGCGAAG--------------ATGGCAC-ATAGGTGATGGAGCGGTGCCACGAC-----AG-CA----CGA--CG-----------TCATT-----GCC-----CATTTACTCCAT--CACCAT-CGT--GATTTCGC-CCCATCTCATGGTGCTCTC-G------T------GTCGTCTTTGCA-------------T--------CGAATGTTCATC-ATCG-TGTCAT---------------C-ATTCCAT-----CA--C--CAG--------CAT----GC----CACC-----------T--------------C-TC-----------TA-----TT-----ACC---ATCGTGCTG-TC--------GTGCCGTTTTAGCACCGAGTCTTCGTCATCGT---ATCATCT--CTCCAT--TACCAGCATGCCAT--------CTCTCCATCA--CCA--TCTTGCTGT--CG-----TGCCGTCT-TAGCACCGAGTCT-T-acgttggtttaccattttattgggttatcaccattgctca
gi|5 : gaCGAT-----GG-CA----AAA--TG--G--------CGA---------A------G--------ATGGCAC-ATAGGT--GATGGAGC-G--GTGCCACGACAGCACG-A------C------GTCATT-----GCCCATTTACTCCAT--------CA---------CCATCG-TGATTT---------------C-GCCCCAT-----C---T--CAT--------GGT----GC----TCTCGTG--------T--------------CGTCTTTG---C-ATCGAATGTTC-----ATC---ATCGTGTCA-TC--------ATTCCAT-----CACCA--GCAT-GCCACCTC---TCTATTA--C--CATCGTGCTGTCGTGCCGTTTTAGCACCGAGTCTTCG--TCA--TCGTATCAT--C
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gi|8 : aaagatttttagcaatatttagaaattaaggtgttccatttgagccattgtgccattgctttttcaacaggtaaaatactacaaaTC-G------C------GTCTTC-----G-------------T--------TA------------TCA-CATTAC---------------C-GCCCCGT-----CG--C--TATTATATTGTCGT----AT----TGTCGTG--------C--------------TGTC---GAAGC-GTCA-----TATATAAGTG---ATCGTGCTGTTT--------GTT-CAT-----CATAA--TCGT-GATTTCGA---ACTATAA--C--CATCATACTGTGTTGCTGT--------TGTAGCATCG--GCG--TC
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATGATCATAACATTATAAAACTTTTGTAATGGCATGCAATGTATAAAAATAATCAGTTGCCTGTGATTTCTACGGTGTTCTATTAGGGTCA
Unaligned ( gi|18 ): ACGATGACGAAGACGTGATATACTATCGCGTCTAATATCGTGACATTACTTAATAAACCATTTGTCGTCGGTATCA
Unaligned ( gi|19 ): AATCATCTCATTGTATTAACGACGAAAAGGACGATAACGACGACAAC