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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|12 : gaggggcgtttgagtgtgcacttggcctgtatctccgtcattttttatttaataattataatttgcttatgtatagaaattcaattttcaatttagtaattacaaatctacacttgcaaatcataactgttcggatattgtattggtttttcgcacctaggttttgattaccgtcttgaatttgagtgaatcaggtcaacattgccatagaagagcaacgggcatatatccaaatacggacctttttaaatagtttgcctacagaaattaaaacggactt---------GCA----CGAACTTTTCAAACGCCCCTCG
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gi|15 : GATTTCTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAGTGCATTAGACGCTGCCGCTGGTTCGAATCCTGTCAGGGGGTCAGATTAGCGGGATTTCACTGTACCAGTAGTATTCCAAAAGAGGACTACAGAAAAACATTTTCTGATTGGCT-TCATCATTTGAAAAtttttca
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gi|4 : tttatactcattgaaatacattatatttcatatgtacgatagatcctatgcatagaaaggtcattcagtttaaatttcagtgatcacaaatctgcacgtgcaaattataacagttaagctattttagtggtttgtccatccaggtttccgttactttttagaatatgagtgaatcgtgttaaaatgaccataaaagagcaacgggcgtatatcaaaataaggacattgttaaacagtacgcctacagaaattatagtgaacttCTTAGGAGCAAACGA--GTG-TGCGAGTTAGAATGTCCTAAGACCTTTTACAAA------TGTATGATGGTTGTG-ACCCC-GG-GTTGATGCAGCGTG-TGTGTACTGGTGATGAgcaaacgagtgtgcgagttagaatgtcctaagaccttttacaaatgtatgatggttgtgaccccgggttgatgcagcgtgtgtgtactggtgatga
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gi|6 : aacccgaaaggaaaggaatatgacaaagtgtggataggtgaaactggagagaggtctcaagtagcaagcagaagtaagactgaaacgtgtaagttaatatcttatttttcgatgcagacagaatggtggcaaggacgtcggtacctcaacaaactactcgtactaaaaggtttaaggcacaaaatgtcctccctgtggttactaatcactacgctaagacccatccacgtaacagagtgcgtggaataaaactactgcacgataacgcaccggtccacaagtctgccatgattattgattatttggctatgaatgaaattgaaactttgtaacatccttcgcacagcactgatccagc---------GCA----CGGATTTTTCAAACGCTCTTCGa
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-437 ) : GGACAAAGTTTATGGGGATAGTGCTCTTCAGTATCGTGCAGTTG----CAAACTGGTCACA-ATGTT----T---A--AA------AGACAGTGT-AAA-GATGACCCCAGGGCG------GGACGGCCGCGGTCAGCGTTT-AGTGAGAAAGATGTTGTTGCTGTGCATGAAGCTATCAAGATAGACGCAA-----GATACACTGTGGATGATATTTCCCAGATACGTGGCT-TAAA-TTCGTCGGCGGTGTTTTTT--ATATTAAAAGAGAAACCGAATCTNAGGAAGGCTTGCAC-CAG--ACGGATACCACA--TCTTTTGACTTCGGAGTAAAAGATGGCG-TGCGGGTTAGAATGGCCCAAGANCTTTTAGATA------GGTACGATGGTTGTG-ACCCC-GGCG--GCTGCA-CGTGNTGTGTACTGGTGATGAAACACGGGTATCGTTTTTT-NAACCGAAAGGAAAGGAAAATAATAAAGTNTGGATAGGTGAAAATGGGGAAAGGCCTCAAATAGCAAGGAGAAGTAAGAC--TG--AAACGTGTAATTTA-TGCCTTATTTTTCGATGCNGACAGAATGGTGGCACGGATGNCGGTACCTGAACAAAC-TAC---------AATTG-AT--A-AAGGTTTTACGCACAAAAAGTCCTCCCTGTGGTTACTTATCACTACGCCAAGGCCCACCCACGTACCGGAGTGCGCGGAATAAAACTA---CTGCACGATAACGCACCGGTCCACAAGTCTGCGGTGGTTATTGATTATTTGGCTAGGAATCGAATTGAAACTTTGTCACACCCTCCGTACAGCACTNACCTAGCATCATGTGACNTTTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAG--CCTNAGA-G--GCCGTTGGTTCGAGTCCCGTCAGGANGTCGGATTAGCGGGTTTTCACTGTATCGGTAGTATACCGAAAGAGGACTACAGAAAGACATTTTCTGATTGGAT-TAAACGTTTGAAAAAGT--GTGTAGATAT-----GGTAGGGG-GTGTACTTCGAGGGTCTGAAATAGTCAGTTTTATCGATGTAAGC-----TNC----GTTTTCC---T-ACACC---------GCA----CGGACTTTTCAAACGCCCCTCGTA
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gi|10 : aagagcgactggcttatttcattatatggaccgtgttcaatagttggcctactgaaattaaagcggacttgacaaagtttataaggataatgctcttcagtatcgtggagctgcaaactggtcaaaaaatttcaaaaatggtagagacagtgcaaaagatgacctcagagcgggacagccgcgatcagcattttggttaggaagatattgttgctgtgcataaagctataaagacagacgcaacgcgagatacactgtggatgatatttcaaagatatgtggcttaatttcgtgggtaatgttttttttatattaaaagagaaacaggatctaaggaaggcttgcgccaaacgaataccacacatcttttgacttcggattaaaatatggtgcaggtaagaatggcccacgtacatttaaatatgtatgatggttatgacccttggcggttgtacatggtgtgtactgatatatcgttttttctaaccaaaaagaaatgTAAAGCTATTAAGATAGATGCAA-----GATACACTGTGGAGGATATTTCCCAGATATGTGGCA-TAAA-TTCATCATTAATGTTTTTC--ATATTAAAAGAAAAACTGAATCTTAGGTAGGCTTACCA-CAG--ATGGGT---ACA--TCTTACGAATTCGGAGTAATAGATG--A-TGCAGGCTAAAGTGGCCAAATAACTTTAAGATAGGTACCGGTACGATGGTTATGAATCCA-GGTG--GCTAAA-TGAGGTGTGTACTGATGATGAAACAAGGGTATCTTGTTTT-GAACCGGAAGGAAAGGAAAATAATAATGTCTGGATGGGTAAAAATTAGGAAAAGCCTAAAATAGCAAGGA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-437 ) : GGACAAAGTTTATGGGGATAGTGCTCTTCAGTATCGTGCAGTTG----CAAACTGGTCACA-ATGTT-T---A-AAT-----A---G-----ACAG-TG-TAAAAGATGACCCCAGGGCG------GGACGGCCGCGGTCAGCGTTT-AGTGAGAAAGATGTTGTTGCTGTGCATGAAGCTATCAAGATAGACGCAA-----GATACACTGTGGATGATATTTCCCAGATACGTGGCT-TAAA-TTCGTCGGCGGTGTTTTTT--ATATTAAAAGAGAAACCGAATCTNAGGAAGGCTTGCAC-CAG--ACGGATACCACA--TCTTTTGACTTCGGAGTAAAAGATGGCG-TGCGGGTTAGAATGGCCCAAGANCTTTTAGATA------GGTACGATGGTTGTG-ACCCC-GGCG--GCTGCA-CGTGNTGTGTACTGGTGATGAAACACGGGTATCGTTTTTT-NAACCGAAAGGAAAGGAAAATAATAAAGTNTGGATAGGTGAAAATGGGGAAAGGCCTCAAATAGCAAGGAGAAGTAAGAC--TG--AAACGTGTAATTTA-TGCCTTATTTTTCGATGCNGACAGAATGGTGGCACGGATGNCGGTACCTGAACAAAC-TAC---------AATTG-AT--A-AAGGTTTTACGCACAAAAAGTCCTCCCTGTGGTTACTTATCACTACGCCAAGGCCCACCCACGTACCGGAGTGCGCGGAATAAAACTA---CTGCACGATAACGCACCGGTCCACAAGTCTGCGGTGGTTATTGATTATTTGGCTAGGAATCGAATTGAAACTTTGTCACACCCTCCGTACAGCACTNACCTAGCATCATGTGACNTTTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAG--CCTNAGA-G--GCCGTTGGTTCGAGTCCCGTCAGGANGTCGGATTAGCGGGTTTTCACTGTATCGGTAGTATACCGAAAGAGGACTACAGAAAGACATTTTCTGATTGGAT-TAAACGTTTGAAAAAGT--GTGTAGATAT-----GGTAGGGG-GTGTACTTCGAGGGTCTGAAATAGTCAGTTTTATCGATGTAAGC-----TNC----GTTTTCC---T-ACACC---------GCA----CGGACTTTTCAAACGCCCCTCGTA
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gi|10 : aagagcgactggcttatttcattatatggaccgtgttcaatagttggcctactgaaattaaagcggacttgacaaagtttataaggataatgctcttcagtatcgtggagctgcaaactggtcaaaaaatttcaaaaatggtagagacagtgcaaaagatgacctcagagcgggacagccgcgatcagcattttggttaggaagatattgttgctgtgcataaagctataaagacagacgcaacgcgagatacactgtggatgatatttcaaagatatgtggcttaatttcgtgggtaatgttttttttatattaaaagagaaacaggatctaaggaaggcttgcgccaaacgaataccacacatcttttgacttcggattaaaatatggtgcaggtaagaatggcccacgtacatttaaatatgtatgatggttatgacccttggcggttgtacatggtgtgtactgatatatcgttttttctaaccaaaaagaaatgTAAAGCTATTAAGATAGATGCAA-----GATACACTGTGGAGGATATTTCCCAGATATGTGGCA-TAAA-TTCATCATTAATGTTTTTC--ATATTAAAAGAAAAACTGAATCTTAGGTAGGCTTACCA-CAG--ATGGGT---ACA--TCTTACGAATTCGGAGTAATAGATG--A-TGCAGGCTAAAGTGGCCAAATAACTTTAAGATAGGTACCGGTACGATGGTTATGAATCCA-GGTG--GCTAAA-TGAGGTGTGTACTGATGATGAAACAAGGGTATCTTGTTTT-GAACCGGAAGGAAAGGAAAATAATAATGTCTGGATGGGTAAAAATTAGGAAAAGCCTAAAATAGCAAGGA
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gi|15 : GATTTCTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAGTGCATTAGACGCTGCCGCTGGTTCGAATCCTGTCAGGGGGTCAGATTAGCGGGATTTCACTGTACCAGTAGTATTCCAAAAGAGGACTACAGAAAAACATTTTCTGATTGGCT-TCATCATTTGAAAAtttttca
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originalCons : GGACAAAGTTTATGGGGATAGTGCTCTTCAGTATCGTGCAGTTG----CAAACTGGTCACA-ATGTT-T---A-AAT-----A---G-----ACAG-TG-TAAAAGATGACCCCAGGGCG------GGACGGCCGCGGTCAGCGTTT-AGTGAGAAAGATGTTGTTGCTGTGCATGAAGCTATCAAGATAGACGCAA-----GATACACTGTGGATGATATTTCCCAGATACGTGGCT-TAAA-TTCGTCGGCGGTGTTTTTT--ATATTAAAAGAGAAACCGAATCTNAGGAAGGCTTGCAC-CAG--ACGGATACCACA--TCTTTTGACTTCGGAGTAAAAGATGGCG-TGCGGGTTAGAATGGCCCAAGANCTTTTAGATA------GGTACGATGGTTGTG-ACCCC-GGCG--GCTGCA-CGTGNTGTGTACTGGTGATGAAACACGGGTATCGTTTTTT-NAACCGAAAGGAAAGGAAAATAATAAAGTNTGGATAGGTGAAAATGGGGAAAGGCCTCAAATAGCAAGGAGAAGTAAGAC--TG--AAACGTGTAATTTA-TGCCTTATTTTTCGATGCNGACAGAATGGTGGCACGGATGNCGGTACCTGAACAAAC-TAC---------AATTG-AT--A-AAGGTTTTACGCACAAAAAGTCCTCCCTGTGGTTACTTATCACTACGCCAAGGCCCACCCACGTACCGGAGTGCGCGGAATAAAACTA---CTGCACGATAACGCACCGGTCCACAAGTCTGCGGTGGTTATTGATTATTTGGCTAGGAATCGAATTGAAACTTTGTCACACCCTCCGTACAGCACTNACCTAGCATCATGTGACNTTTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAG--CCTNAGA-G--GCCGTTGGTTCGAGTCCCGTCAGGANGTCGGATTAGCGGGTTTTCACTGTATCGGTAGTATACCGAAAGAGGACTACAGAAAGACATTTTCTGATTGGAT-TAAACGTTTGAAAAAGT--GTGTAGATAT-----GGTAGGGG-GTGTACTTCGAGGGTCTGAAATAGTCAGTTTTATCGATGTAAGC-----TNC----GTTTTCC---T-ACACC---------GCA----CGGACTTTTCAAACGCCCCTCGTA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): CGAGGGGTATTTGAAAAGTCTGCACTTGGTCTGTATCTCTATTTTTTTTTCAATTATTGTAATTTGCATATGTATAGAAATGTTATTAATTT
Unaligned ( gi|17 ): GGGGAGTTGGAAAAGTTTGTGCACTTGGCCTGCATCTCTATTATGTTTTATTCAATAACTATAATTTGCATATGTATAGAAAGGTGA
Alignments
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lowQualScore : . .... . .................... . . .. ...... . . . . ..... . . . . . ... . . . . .. .. .. .. . . . . ....... ............. . . . . . . . .. . . . . . .. .. . . . . . . . . . . .. ..... . . . . ... . . . . . . . . .............. . . . . . . . .. . . . .. ............. . ... . . . ............. ..... ......... ....
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Reference ( family-437 ) : GGACAAAGTTTATGGGGATAGTGCTCTTCAGTATCGTGCAGTTG----CAAACTGGTCACA-ATGTT-T----A-A----A-----GAGACAG-TG-TAAAAGATGACCCCAGGGCG------GGACGGCCGCGGTCAGCGTTT-AGTGAGAAAGATGTTGTTGCTGTGCATGAAGCTATCAAGATAGACGCAA-----GATACACTGTGGATGATATTTCCCAGATACGTGGCT-TAAA-TTCGTCGGCGGTGTTTTTT--ATATTAAAAGAGAAACCGAATCTNAGGAAGGCTTGCAC-CAG--ACGGATACCACA--TCTTTTGACTTCGGAGT--AAAA-GATGGTGCGGGTTAGAATGGCCCAAGANCTTTTAGATA------GGTACGATGGTTGTG-ACCCC-GGCG--GCTGCA-CGTGNTGTGTACTGGTGATGAAACACGGGTATCGTTTTTT-NAACCGAAAGGAAAGGAAAATAATAAAGTNTGGATAGGTGAAAATGGGGAAAGGCCTCAAATAGCAAGGAGAAGTAAGAC--TG--AAACGTGTAATTTA-TGCCTTATTTTTCGATGCNGACAGAATGGTGGCACGGATGNCGGTACCTGAACAAACTACTGNTANTGGAA-----GGTTTTACGCACAAAAAGTCCTCCCTGTGGTTACTTATCACTACGCCAAGGCCCACCCACGTACCGGAGTGCGCGGAATAAAACTA---CTGCACGATAACGCACCGGTCCACAAGTCTGCGGTGGTTATTGATTATTTGGCTAGGAATCGAATTGAAACTTTGTCACACCCTCCGTACAGCACTNACCTAGCATCATGTGACNTTTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAG--CCTNAGA-G--GCCGTTGGTTCGAGTCCCGTCAGGANGTCGGATTAGCGGGTTTTCACTGTATCGGTAGTATACCGAAAGAGGACTACAGAAAGACATTTTCTGATTGGAT-TAAACGTTTGAAAAAGT--GTGTAGATAT-GNAG-----GGGGTGTACT--TCGAGGGTCTGAAATAGTCAGTTTTATCGATGTAAGC-----TNC----GTTTTCC---T-ACACC---------GCA----CGGACTTTTCAAACGCCCCTCGTA
gi|1 : GACAAAGTTTATAAGGATAATGCTCTTCAGTATCGTGGAGCTG----CAAACTGGTCAAA-AAATT-TCAAAA-ATGGTA-----GAGACAG-TG-CAAAAGATGACCTCAGAGCG------GGACAGCCGCGATCAGCATTTTGGTTAGGAAGATATTGTTGCTGTGCATAAAGCTATAAAGACAGACGCAACGCGAGATACACTGTGGATGATATTTCAAAGATATGTGGCT-TAAT-TTCGTGGGTAATGTTTTTTTTATATTAAAAGAGAAACAGGATCTAAGGAAGGCTTGCGC-CAA--ACGAATACCACACATCTTTTGACTTCGGATT--AAAA-TATGGTGCAGGTAAGAATGGCCCACGTACATTTAAATA------TGTATGATGGTTATG-ACCCTTGGCG--GTTGTA-CATGGTGTGTACTGATA------------TATCGTTTTTTCTAACCAAAAAGAAATGAAA
gi|1 : aagagcgactggcttatttcattatatggaccgtgttcaatagttggcctactgaaattaaagcggacttAAATAGCAGGGAGATATAAGAC--TGTAAAACGTGAACTTTA-TGCTTTATTCTTTGATGC-GATAAAATGGTAGCAAGGGTGACGGTACCTAAACACAC--CTGTAACTAGAA-----GGTTTTACGCACAAAAAGTCCTATCTATGGTTATTTATGACCACGCCAAGGTTCACCCGCGTACCGGAGTTCGCAGAATAAAACTA---CTGCACGATAGCGCACTGGTCCACACGTTTGCGATGATTATTGGCTATTTGGCCAGAAATTGAATTGAAACTCTGTCGGACCCTTCGTACAGCACTTGCCTAGCATCATGTGACTTTTAGCTCAATTTTGTCATC----------------G--GCCAGTGGTTCGAGTCCGTTCAGGATGTCGGATTAGCGGATTTTCACT------GTAGTACATCGAAAGAAGACTAATGAAA-------TCTGATTGGAC-TTAACG-TTAAAAAAGT--GTGAAGA-----------------TGTAC------AGGGTCTGAAATAGTCAGTTTTATCCATGTAAGC-----TTT----GCTTTCC---T-GCACCGCACCAAGTGCA----CGGACTTTTCAAACGTCCTTCGTAtagcagggagatataagactgtaaaacgtgaactttatgctttattctttgatgcgataaaatggtagcaagggtgacggtacctaaacacacctgtaactagaaggttttacgcacaaaaagtcctatctatggttatttatgaccacgccaaggttcacccgcgtaccggagttcgcagaataaaactactgcacgatagcgcactggtccacacgtttgcgatgattattggctatttggccagaaattgaattgaaactctgtcggacccttcgtacagcacttgcctagcatcatgtgacttttagctcaattttgtcatcggccagtggttcgagtccgttcaggatgtcggattagcggattttcactgtagtacatcgaaagaagactaatgaaatctgattggacttaacgttaaaaaagtgtgaagatgtacagggtctgaaatagtcagttttatccatgtaagctttgctttcctgcaccgcaccaagtgcacggacttttcaaacgtccttcgta
gi|10 : aagagcgactggcttatttcattatatggaccgtgttcaatagttggcctactgaaattaaagcggacttgacaaagtttataaggataatgctcttcagtatcgtggagctgcaaactggtcaaaaaatttcaaaaatggtagagacagtgcaaaagatgacctcagagcgggacagccgcgatcagcattttggttaggaagatattgttgctgtgcataaagctataaagacagacgcaacgcgagatacactgtggatgatatttcaaagatatgtggcttaatttcgtgggtaatgttttttttatattaaaagagaaacaggatctaaggaaggcttgcgccaaacgaataccacacatcttttgacttcggattaaaatatggtgcaggtaagaatggcccacgtacatttaaatatgtatgatggttatgacccttggcggttgtacatggtgtgtactgatatatcgttttttctaaccaaaaagaaatgTAAAGCTATTAAGATAGATGCAA-----GATACACTGTGGAGGATATTTCCCAGATATGTGGCA-TAAA-TTCATCATTAATGTTTTTC--ATATTAAAAGAAAAACTGAATCTTAGGTAGGCTTACCA-CAG--ATGGGT---ACA--TCTTACGAATTCGGAGT--AATA-GATGATGCAGGCTAAAGTGGCCAAATAACTTTAAGATAGGTACCGGTACGATGGTTATGAATCCA-GGTG--GCTAAA-TGAGGTGTGTACTGATGATGAAACAAGGGTATCTTGTTTT-GAACCGGAAGGAAAGGAAAATAATAATGTCTGGATGGGTAAAAATTAGGAAAAGCCTAAAATAGCAAGGA
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gi|12 : gaggggcgtttgagtgtgcacttggcctgtatctccgtcattttttatttaataattataatttgcttatgtatagaaattcaattttcaatttagtaattacaaatctacacttgcaaatcataactgttcggatattgtattggtttttcgcacctaggttttgattaccgtcttgaatttgagtgaatcaggtcaacattgccatagaagagcaacgggcatatatccaaatacggacctttttaaatagtttgcctacagaaattaaaacggactt---------GCA----CGAACTTTTCAAACGCCCCTCG
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gi|15 : GATTTCTGGCTCAATTCTGTCATCAAACAGTGCATTAGACGCTGCCGCTGGTTCGAATCCTGTCAGGGGGTCAGATTAGCGGGATTTCACTGTACCAGTAGTATTCCAAAAGAGGACTACAGAAAAACATTTTCTGATTGGCT-TCATCATTTGAAAAtttttca
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gi|7 : cgaagagcgtttgaaaaatccgtgcatttggcctgtatccccgatatttttattcaataatacaaatttgcatatacatgtatatggaaaggtggtttaatggccgattcagtggtcaaaaatttgttagtgcaactcacaaaaggtaagatatggtgttgttgtttctagacaaatttttcattaccgttttgaatttgagtgaatcagatcaaaatggcaatagcagagcaatggatgaattaaattaatacattgtattaattgtgttcgtctacagaaattaaagcggaagtGATATTTCCTAGATATGTGACT-TAAAATTTGTTGGCAGTATTTTTTTTATATTAA--------CGGAATCTTAGGAAGACTTGTAC-CAG--ATGGATACCACA--TCGTTTGACATCTGAGT--AAAA-GATGGCGCGGACAAGAATGGCCCAAGAATATTTAGATA------AGTACGATGGTTGTG-ACCTTAGGCG--GCTGCA-CATGTCGTGTACTGGTGATGAAACATGGGTATCATTTTTT-AAACTCGAAGGAAAAGAAAATAATAAAGTATGGATAGGTG-AAATGGGAAAAGGCCTCAAATAGCAAGAAGAACCGAGACTGTG--AAACGTGTAAAGTA-TGGCTTATATTAGGATGCTGGCGGAATGGTTGCACGGGTGCTAGTACCTGAACATACTACTGCTATT---A-----GATTTTTTGCACAAAAAGTCCTTCCTGTGGTCACTTATCACAACGCCAAGGCCTACACA
gi|8 : gGGAAAAAGTTAATGGGGATAATGCTCTTCAGTACCCTGCGGTTG----CAAACTGGTCACA-ATGTTAT----A-A----ATAT--GAGACAG-TG-TAAAT--TGATCCCAGTGCT------GGACGACTGTGGTCAGCGTTT-AGTGAGAAAGATTATTTTGTTGTGCATAAAGCTATCAAGATAGACGCAA-----GATACACTGTGGATGATATTTCCCAGACACGTGGCT-TAAA-ATCGTCGGCGGTG-TTATT--ATATTAAAAGAGAAACTGAATCCAAGATAGGC--GTACGCAGTAATGGAATCCACA--T-TTTTGAATGTGGAGT--AAAA-GAT------GGTTAGAATGGCTCAAGATCTTCTAGAAA------GATACGATGGTTG
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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