lowQualScore : 1111 11 1111111111111111 2222222222 1111111111 1111 1111111
lowQualScore : 1 222 11 111 11 11 2 6666 1 00 11 22 1 11 88888 1 1 22 3333333333333333 33333 44444444444 2222 1 11 8888888888 0 111 0 0 0 22 1111 1111 33 0000000000 44444444444 22 222 22 8888 2 1 1 1 3333333 5555555 22 44 77 22 6666666666666 1 11 1 1 1 1 11 11 444 22 11 33 4 5555555 1
lowQualScore : . ... .. ... .. .. . .... . .. .. .. . .. ..... . . .. ................ ..... ........... .... . .. .......... . ... . . . .. .... .... .. .......... ........... .. ... .. .... . . . . ....... ....... .. .. .. .. ............. . .. . . . . .. .. ... .. .. .. . ....... .
lowQualScore : 5 000 55 999 55 55 2 5555 1 77 22 88 0 44 22222 2 0 33 9999999999999999 00000 77777777777 0000 0 22 1111111111 9 555 8 8 8 22 7777 7777 11 7777777777 66666666666 44 888 88 0000 0 0 0 0 7777777 6666666 44 88 44 44 2222222222222 0 33 0 0 0 0 55 44 777 77 66 00 1 0000000 6
consensus : TATACTAATT---TA--T---TT--TA--GCTC-GAT--T-GCG-AA-G-AA--A-GC--T--C--AGAGC-T--T------------A--TAT----GAA------T----CG----CTC-TC-GAGT-CCG--C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TACTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-G-C-----ATC------GG--GTCGAG--C--T--G-----G----GGATCGAACCCGCG-A--C-C-T-CTGG-C-GTG--AG--CGGCCAAC--A--CTC--TATCCACT-------GCACTAC-CGCCCC
Reference ( gi|17 ) : TATACTAATT---TA--T---TT--TA--GCTT-GAT--A-GTG-AT-G-AA--A-GC--T--C--AGAGC-T--T------------A--CAT----GAA------T----CG----CTC-TC-GAGG-CTG--C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TACTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--TATG-A-GA-G-G-C-----ATC------GG--GTCAAG--C--T--G-----G----GGATCGAACCCGCA-A--C-C-T-CTGG-C-ATG--AG--CGGCCAAC--A--CTC--TATCCATT-------ACACTAC-CGCCCC
gi|14 : TATACTAATT---AA--T---TT---A--GCTT-GAT--T-GTG-AA-G-AA--A-GC--T--C--AGAGC-T--T------------A--TAT----GAA------A----CG----CTC-TT-GAGT-CCT--T--TTCC-CGCCGG-GT-AGACTCAG-TACTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T--G-A-GA-G-G-C-----ATT------TG--GTCAAG--C--T--G-----G----GGATCGAACCCACA-A--C-A-T-CTGG-C-GTG--AG--CGACCAAC--A--CTC--TATCCATT-------ACAATAC-CGCCC
gi|11 : ttTATA-TAATTCTTTA--T---TT--TA--GCTT-GAT-----TGCATAG-AA--A-GC--T--C--AAAAC-T--T------------A--TGT----GAA------C----CG----CTG-TC-GAGT-CTG--C--ATCC-TG---G-AT-AGAACCAG-TATTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--TTTG-A-GA-G-G-C-----ATG------GA--GTCAAA--CA-T--T-----T----GGATTGAACCCCCA-A--C-C-T-CTTG-A-GTG--AG--TGGCCAAC--T--CTC--T-TCAACT-------ATACTAC-CACCC
gi|24 : TATATTAATT---TA--A---TT--TA--GCTC-CAT--T-GCG-AA-G-AC--A-GT--T--C--AGAGC-T--T------------A--TAT----GAA------T----TG----CTC-TC-GATT-ATG--T--TTTC-TA---G-TT-AGAAACGG-TACCG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--AGTG-A-GA-G-G-C-----A---------------GAG--C--T--G-----G----GCATCGAACCGGCA-A--A-C-T-CTGG-C-ATG--AG--CGGTCAAC--A--CTA--AATCCACA-------GCAATAC-CGCCCtgc
gi|10 : attTATACTTATT---TA--T---TT--TT--GCTC-GAT--T-GCG-AA-A-AA--AAGC--T--C--AAAGC-C--TTAT---------A--TAT----GAA------C----CA----CTC-TT-TGGT-CCG--C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-CACTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TC-A-GA-A-A-C-----CTC------GT--GTCGAG-------------------GGATCGAACCCACA-A--C-C-T-CTGG-C-ATG--AG--TGGCAAAC--A--CTA--TATTCGCT-------TCATTAC-CGgc
gi|23 : gtTATACAAACT----A--T---TT--TA--TCTT-GAA--T-GCA-AC-A-AA--A-GC--T--C--AGAGC-T--T------------A--TAA----GAA------C----CT----CTC-TT-TAGT-CCT--C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TACAG--AGTATG----T--GT----------T-----------G--T---T--T--TATG-A-GA-G-G-C-----ATT------AA--GTCGAC--C--A--G-----G----GGATTGACCCCTTA-A--C-C-T-CT-G-C--TG--TG--TG--CAAC--A----C--TATTCCTT-------ACACTAC-CGCCCtaccgct
gi|15 : aTACATTAATT---TA--A---TT--TA--GCTT-GAT--T-GTG-AA-G-TA--A-GC--T--C--GGAGC-T--T------------ATGCAT------A------T----CG----TTC-TC-CAG---TG--CATTCCC-TT---A-TT-AGATCTGG-TACTG--A----A----T--TG----------T-----------G--T---T--T--C------GA-G-A-C-----GTC------GG--GTAGAGC-C--T--G-----G----G--TCAAACTCGCG-A--C-C-T-CTGC-C-ATC--TG--AAGCCAGC--A--CCC--TATCCGCT-------GTACTAC-TGACCCa
gi|26 : ttTAAACTGATT---GA--T---TT--AA--TCTT-TAT--T-GCG-AA-G-AA--A-GC--T--C--AGAGC-TTAT------------A--TAT----AAA------C----TG----CTG-TT--AGG--TGCAC--TTGC-TG---C-AT-AGAAGCAG-TACTG--A----G----T--GT----------T--------------T---A--T--TATG-A-G-----------------------------AG--C--T--G-----G----GGAGTGAATCCGTT-A--C-T-T-CTGG-A-GTG--AG--TGGCCAAC--T--ATC--TATTCACT-------GCACTGC-TGCCCCactt
gi|22 : tagttTACATTAATT---TA--A---TT--TA--GCTT-GAT--T-GTG-AA-G-TA--A-GC--T--C--GGAGC-T--T------------ATGCAT------A------T----CG----TTC-TC-CA---TTG--CATTCCC-TT---A-TT-AGATCTGG-TACTG--A----A----T--TG----------T-----------G--T---T--T----CG-A-GA-G-G--------TC------GG--GTAGAGC-C--T--G-----G----G--TCAAACTCGCA-A--C-C-T-CTAC-C-GTC--TG--AAGCCAGC--A--CCC--TATCCGCT-------GTACTAC-TGACCCactt
gi|25 : TATACTTAGT---TG--T---TT--AA--GCTT-GAC--T-GTA-AA-G-TA--A-AC--T-------ATT-T--G------------G--TGT----CAA------T----TG----AAC-TT-GAAG-CTG--T--TTCC-AT---G-GT-AGAACCAA-TGCTG--G----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-A-CT----ATT------GG--TCTAAG--C--C--A-----G----GGATTGAACCTGAT-A--A-A-T-CTAG-T-ATG--AG--AGGTCAAC--A--CCC--TATCTGCT-------ACATTAC-CATCCCcct
gi|61 : TATACTAATT---TA--T---TT--TA--GTTT-GAT--T-GCG-AT-A-AA--A-GC--T--C--AGAGC-A--T------------A--TAT----GAA------C----TG----TTC-TC-GAGT-CCG--T--TTCC-TG---G-GA-AGAACCAG-TACTG--A----G----T--GT----------
gi|19 : gttTATACTAATT---TAGTTAAATT--TA--G-TT-GAT--T-GCA-AA-G-TA--G-GC--T--C--TGAGC-T--T------------A--CAT----GAA------T----CG----CTC-TC-TAGT-CCA--T--TTCA-TG---G-GTAAGAACCAA-TTCTG--A------------GT----------T-----------C--T---T--T--TGCT-A-GA---C-C-----ATT------GA--GTTAAG--C--C--A-----G----AGATCAAACCCATG-A--C-CTT-CTTG-C-GTG--AG--
gi|2 : ttTATACTAATA---AA--T---AC--TA----TT-AAT--A--T--AT-G-AA--G-AT--A--C--AGAGC-T--T------------A--TAT----AAACTTATCT----TGAGTCCTC-TT-GAGT-CTG--T--TTGA-TG---C-GA-ATAACCGG-AACTG--A----G----TT-GT----------T-----------G--T---T--T--TTTG-CCGA-G-G-A-----AT-------GG--GTTGAA--T--T--G-----G----GGATTGAAACTGTA-AAAC-C-T-CTGG-C-GTG--AT--TAGCCAGC--A--CTG--GATCCACT-------ATAATAA-TGCCatacatgtactaacactgctgtgcagt
gi|60 : gaaaatgtTATGCCAATT---TA--C---TT--TA--GCTC-GAT--T-TGG-AA-G-AA--C-GC--T--C--AAAGC-T--T------------T--TAT----GAA------C----TG----CCC-TC-GAGT-CCA--T--GTCC-CG---G-GT-AGAACTAG-TAGTG--A----G----T--GT----------T-----------taacttg
gi|39 : gtTATA-TAATT---TA--T---TA--TA--GTTC-CAT---------T-GCAA--A-GT---------AAGC-T--T------------T--CAT----GAA------A----TG----CTG-TC-AAG-----------TCC-TG---G-GT-AGAACCAG-CACTG--A----A----G--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-GCC-----ATT------TG--GTCAAGTCC--T--G-----G----tt
gi|62 : tTATACTAATT----G--T---GT--TA--GATC-GAA--T-GCG-AT-T-AA--A-GC--T--C--AAAGC-T--T------------A--ATT----GAA------A----TG----CGT-TC-GAGT-TCG--C--TGCT-TG---G-AT-AGAACCAC-TACTG--A----G----T--GT----------ttagtgtatggcatgagctaccacaccacccat
gi|9 : aattTAAACTTATT---TA--T---TT--TA--CATC-AAT--T-GTG-AA-A-CA--A-GT--T--CTTACAAC-T--T------------G--GAT----AAA------T----CA----CTC-CC-AAA---TT--C--CTCC-TA---A-GT-AGAACCAG-TACTA--A----G----T--GTA---------TGCGAATAAAAAG--T---T--C--CATGTA-TA-G-C-C-----GT---------------GG--C--T--G-----A----GGATTGAACCCACACA--C-C-
gi|49 : tTATATTTATT---TA--T---TT--TA--GCCT-TAT--A-GT--------A--A-GT--T-----AGAGC-----------------------------------------------------------CTG--T--TTCC-TT---T-GT-AGAACCAG-T------A----G----T--GT----------T-----------C--T---T-------TG-A-GA-G-G-CT----GTC------GG--GTTGAG--G--T--A-----A----GGAT---ATATAGA-A--C-C-T-TTAG-C-GTG--cagatatttgatctgatcctctactgctgggcaacacatgc
gi|63 : tTATATTAATA---TA--T---CC--TA--ACTT-TAT--T-ATA-AA-G-AT--A-GC--T--T--CACTC-T--T------------A--TAT----AAA------C----AA----CAC-TC-GAGT-CTG--C--TTAC-CG---G-GT-AGGACAAG-TACTG--A----
gi|68 : ggtTAAACTTATT---TA--T---TT--TA--CTTC-GAT--T-GCG-AA-A-CA--A-GT--T--CTTACAAC-T--T------------A--GAC----AAA------T----CA----CGC-TC-GAAG-T----C--TTCC-TG---G-GT-AGTACCA
gi|1 : TAAACTTATT---TA--T---TT---A--ACTTCGAT--T-GTG----G-AACAA-GT--TGTT--ACAAC-T--T------------G--TAC----AAA------T----CT----CGT-TC-AAAG-T----C--TTCC-TG---G-GT-AGAACAAG-TACTA--A----G----
gi|20 : TAAACTTATT---TA--T---TT--TA--TTTC-GAT--T-GCG-AA-A-CA--A-GT--T--C--------T--T------------A--TAT----AAA------T----TA----TAC-----ATG-TT------TTCC-TG---A-AT-AGAACCAG-AACTA--A----G----catatcaggaaaaatgctcactagcactatatatagcactatatatagccgtagcgaagaatcgaacccacgaccatccgaccaagggggcgatgctctagtactgggccacgcgctg
gi|56 : tTATACTGCTT---TA--T---TT--TA--GCTC-GAT--T-GCG-AA-G-AA--A-GC--T--catgtgcgggaaaaacgtcttgctcaaggacatcacacatgaccacgtgtagggaggatcgaaccatgatcgtccaatcacgggttcggggctctaccacg
gi|13 : gtattcatgtaaacgaaaaataaatgtcgaagtagtccgtttttctataaatgtttgttaacttATACTAATT---TA--T---TT--TA--TCTT-GAC--T-GAG-AA-G-AG--A-GC--T--C--AAAGC-T--TGTATTACAATGTA--CAT----GTA------A----CG----GT--TC-AACGTCCG--C--TTCC-TG---T-AC-AAAACCAG-TATTG--G----G----T--GT----------T-----------A--TATTT--T--TTTG-A-GA-A-T-C-----ATT------GG--GTCAAG--C--T--G-----T----AGATCGAACTGACC-G--C-C-C-CTGG-C-tcaatg
gi|35 : tcATATTTATT---TA--T---TT--TA--ATTT-GAA--C-GTG-AA-T-TA--A-GA--T--C--AGAGA-A--T------------A--TAT----TAA------G----CA----GTC-TG-GAG--TTC--T--TTCC-TT---T-GT-ACGACTAG-TACAG--A----C----T--GT----------T-----------GCGT---T--T--CA---G-GA-G-G-C-----ATC------GA--GTAGAA--A--T--T-----G----GGATCGAATTCGTG-A--C-C-C-ATGA-C-TTG--AT--CAGTCAAC--A--Ctgtccactattttaccgcaccgct
gi|6 : cTATTTATT---TA--G---TT--TA--CCCT-GAC--T-GTG-AA-A-CA--A-GT--T--CTTACATC-T--T------------A--GAT----AAA------T----CG----TGC-TT-GAAG-TT-------TCCATG---G-GC-AGAATCAG-TACTA--A----G----C--AT----------T-----------A--T---A--T--TATGCA-GA-
gi|31 : TATTTATT---TA--T---TTTATA--GAAT-GTT--ACTTG-AT-T-AAACA-GA--T--C--AAAGC-A--T------------T--TGT----GAA------TCATGCA----CTC-TC-CAAT-CCG--T--TTCC-TT---G-GT-A---------ACTG--G----G----T--AG----------T-----------G--T---T--C--TCT--A-GATG-T-C-----ATC------AG--GTCGGG--T--C--T-----G----TGATTGAACTAGTT-A--T-C-A-GTTG-T-GTG--AG--TGGCAAAC--A--taaagtgttctacttgagttgagcaccacaaacggatgatcaaactcacagtccgatgctccaccactgaaccatatgctccgcaacta
gi|32 : ctagacattACTTATT---TA--T---TT--CA--CCAT-GAT--T-GTG-A--G-AC--A-----------AGATT-T--T------------A----------AA------A----CG----CGC-TC-TATG-T----C--TTTC-TG---A-GT-AGAACCAG-TACTA--A----G----
gi|28 : aTAGTT---TA--T---AA--TA--GCTC-GAT--T-GTG-AA-G-TA--T-GC--T------GAGG-T--T------------A---GT----CAA------G----TG----CTC-TC-GAGT-TCA--C--TTCC-TG---G-AT-AGGACCAGGTACTG--A----A----T--GT----------T-----------G--T---T--A--T-TG-A-GA-GTA-T-----ATA------GT--GTTGAA--C--T--T-----G----GTATCAAACCCGCA-A--C-C-T-CTGG-T-GTA--AG--CGGCCAAC--A--CTC--TGTcatatgcggataaagtgtcttgctcaatgacactatatatagtcttgacaggggatcgaacaaacccacgacccttggatcctgggttcg
gi|57 : ccaaattAATT---TA--T---TT--TA--GCTC-GAA--T-GCG-AT-G-AA--A-AC--A--C--AGAGC-T--T------------A--TAT----GGA------T----CG----CTC-TC-GAGT-CCG--C--TTCC-TG---G-GT-ACAA-TAA-TACTG--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--AATG-A-GA-G-G-C-----ATtgtcta
gi|18 : AAAT---CA--T---TT--CA--GCTT-GATTTA-GTG--T-G-AA--A-TA--T------GAGC-CA-T------------A--CTTTTGCGAT------T----TG----CTC-TC-TAGT-CCA--T--TTCC-AG---A-GT-A---TCAG-TACTG-------G----T--AT----------T-----------G--T---T--T---ATG-A-AA-G-G--------------------GTCTAG--C--TTGG-----G----GGAACCAACATGCA-A--C-C-T-TTGG-C-ACA--TG--TGGCCAAC--A--GCC--TATCTGCC-------ACACTAC-AACCCC
gi|27 : tttatggaATT---TA--T---TT--TA--ATTT-GAT--T-GTG-AA-A-CA--A-GTAAT--T--ACAAC-T--T------------A--TAC----AAG------T----CA----TGCATG-GAG---T---C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCCG-TACTA--A----G----at
gi|16 : tATT---TA--T---TT------ACTTCGGT--T-GTG-AA-A-CA--A-GT--T--CTTACAAC-T--T------------A--AAC----AAA------T----CA----TGC-TCAGAG---T---C--TCCC-TT---G-GT-AGAACCAG-AACTA--A----G----CAAATACAGAAAAAAT-----------G--T---T--T--TGTT-C-AA-G-GAC-----ATC------AC--ACAAAG--CCAT--G-----GCGGAGGATCGAACCTACG-A--CTC-T-CTGA-TAATG--AG--catatgtagataaagtgtcttgctcaaggacaccacacatagccgcggcagaggatcaaactgggggccatgaccctccgatccagtaccactgga
gi|7 : taaacatTT---TA--T---TT--AA--GGGC-GAT--T-AAA-AA-G-AA--A-GC--T--C--AAGGC-T--T------------A--TAT----GAA------C----GG----GTC-TT-GAGC-CCA--C--TACC-TG---A-GT-AGAACTGA-TACGG--A----G----T--ATAGTAT-----T-----------G--C---T--G--TTTG-A-GA-G-G-C-----ATT------GG--GTCAAG--T--T--G-----G----AGATTTAACCCACA-A--C-T-T-CCGG-T-GTG--AG--CGGCCAAT--A--CCCT-TATCCACT-------GCACTAC-TGCCCCtttggtgccctac
gi|30 : taatggTT---TA--T---TT--TA--GCTC-GAC--A-ACG-AA-G-AA--A-GC--T--C--ATTGA-T--C------------A--TGT----GAA------T----CG----ATG-TC-GAG-------T--TTCC-CA---G-GT-AGAATTAG-CAGTT--A----G----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-GTC-----ACC------TG--GTTGAGA-C--T--G-----G----GAGT-GAACCCGCA-A--C-C---CTGG-T-GCG--AG--CGGTCAAC--A--C------TCCATT-------GAACTAC-gctt
gi|36 : ttttTT---TA--T---TT--TACAGGTT-G-----------T-G-AA--A--------C--AGA---T--T------------A--GAC----AAA------T----CA----CGC-TC-AACG-TT------TCCC-TG---G-GT-AAAACCAA-TGCTA--A----ttcc
gi|5 : taaacttgtttA--T---TT--TA--CATC-GAT--T-GTG-AA-A-CA--A-GT--T--TTTACAAC-T--T------------G--GAC----AAC------T----CG----CGC-TC-GAAG-T----C--TTTC-TG---T-GT-AGAACCAG-TACTA--A----G----agtacatgcagatgaaatatcttacacatggacacccactatggcagtggcgaaggatcgaacctacaaacctcggatc
gi|42 : ggttctagcatacacAT--A-GAG-AT-T-AA--A-GC--T--------AC-T-------------------GT----GAC------A----CA----CTC-TC-------CG--C--CTCC-AG---A-GT-AGAATCAG-TACTG--A----G----T--AT----------T-----------G--T---T--T--T-T--A-GA-G-G-C-----ACC------GG--TTCGAG--C--T--G-----G----GGACC-------------------------------AA--CGACCAAT--A--CTC--TACCAACT-------TCACTGC-gatgtgggaataaagtgtcatgctcaaggacactacacatagccgttgtggaagatcgaacccgctactttctccctaatcctgagtccactggactac
gi|29 : aa-GTG-AT-G-AA--A-GC--C--C--AGAGT-T--T------------A--TAT----AAA------C----TG----CTC-TC-GAGC-CCG--C--GTCC-TG---G-GT---------------------------T--GT----------T-----------G--T---T--T-----G-A-CA-G-G-C-----ATC------GG--ACCAAG--C--T--G-----G----GGAATTAATCTGCA-A--C-C-T-ATGG-T-GTG--AG--TGGCCAAC--A--CTC--TATCTACT-------GTACTAC-TGCttccgtgctttc
gi|38 : tattatttaattgtcatattgtt--A-AC--T--T--AAAGCGT--T------------A---GT----GAA------T----CT----TTC-TC-GAGT-TCA--T--TTCT-TG---T-GT-AGAATAAG-TACT---A----G----CA-GT----------T-----------G--T---T--T---ATG-G-GA-A-T-CT----ATG------GG--GTCAAGT-C--T--G-----T----GAA-CAAACCTGTG-A--C-C-T-CTG----AT----G--CAGCCAGC--A--ATG--TATCCACA-------ACACCAT-TGCCCtttgcttttaa
gi|12 : --C--AGTGC-T--T------------T--TGT----GAA------T----CT----CTT-TC-GAG---------------------------AACCAG-TACTGGTG----G----T--GT----------T-----------GT-T---T--T--TATT-A-GA-----T-----ACC----------ATCAAG--C--T--GAACCCA----AGATCAAACTCATG-A--C-C-T-TTGG-C-ATT--AG--TGGGGAAC--A--TTC--TATCAAGTATCGACCACATTAC-AGTCCCtgct
gi|34 : atttacacatttatgtcacaccctttttataataagaaAGC-T--T------------A--TAT----GAA------T----TG----CTC-TC-GTGT-CTG-----TTCT-TG---GAGT-AGATCCGG-TACTA--A----G----T--GT----------T-----------C--T---T--T--T-TG-A-AA-A-GAT-----ATT------GG--GTTGAA--C--C--T-----T----GGATCAAATTTACA-A--C-C-T-CTGA-C-GTG--AG--AGGCAAAC--A--TCC--TGACCActttctg
gi|4 : ttattcaattatgccaatttatataagaaaatacC-T--T------------A--AAC----AAA------T----CC----CAT-TC-GAAG-T----C--TCCC-TG---G-GT-AAAACTCG-TACAA--A----GCTTAT--GCGAAAAAGG--T-----------G--TC--T--T--TCTA-A-AC-G-A-C-----ATCCAACGTGGCCGTTA----C--A--G-----A----GGATCGAACCCACG-A--C-C-
gi|54 : ctttattttttacttcgattgtggaacaagttattatta----CG----ATT-TT-GAGT-CCG--T--TTCA-TT---G-GT-TGAAC-----ACTT--A------------------------T-----------A--T---T--TGCTATG-A-AA-A-G-CCTTCCATT------GGA-GTC-----T--T--G-----G----G--TCGAACCCGCG-A--T-T-T-CTGG-T-GTG--AG--CGACAAAA--A--CTC--Tctccgatcaagtagcccatgcttaacctatgaatcacgca
gi|33 : G--T--TTCC-TA---G-AT-AAAACTAG-CACTA--G----G----T--TT----------T-----------G--T---T--G---ATG-A-CA-G-A-CC----ATT------GG--GATGAG--A--TTGG-----G----GGATCAAACCTGCA-A--C-C-T-CTGG-T-GCA--AG--T-GTCAAG--ATCCTA--TATCCTCT-------ACAC
gi|84 : gttttagttcaattcagaatgaagtccaaaaggttttttaattg--C--TTCC-TG---T-GT-AGAACCAG-TACTG--A----G----T--GG----------T-----------G--T---T--T--Tcccacaccaac
gi|8 : tcct--C--TTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TACTA--A----G----ttt
gi|51 : ttttttaaaactgattaattttcatacatgtatattgtaaaacaagttcttacaactttagacatatcatgctctatgt--TTCC-AT---G-GT-CAAACCAG-TACAGGAA----A----T--GC----------T-----------G--T---T--T---ATG-C-GA-C-G-CC----ATC------GG--GTTGTGT-C--T--G-----A----GGATAGAACCATCG-A--C-C-T-AAGG-C-ATG--AA--CGGCCAAC--A--TTA--CATCcacatgcagacaaggacactacacttagccgtgacagaggatcgaatctgagattccccagatccttggttcgatgctggaccatgt
gi|67 : gcgtccat-TG---G-TT-A-AACAAG-TACTG---------------GT----------T-----------G--T---TAAT--CATG-A-GA-G-G-CC----ACA------GA--GT--AG--C--T--C-----CTC--GGATCAAACCAGCA-A--C-A-T-TGAG-C-ATG--AG--Cg
gi|55 : tcccaG---G-GT-AGAAGAGA-TGCTG--A----A----T--GT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-GTC-----ATC------TG--ATTGAG--T--C--T-----T----CGATCTAAC--GCA-T--T-A-T-CTAG-C-ATG--AA--TGGCCAAT--A--CTC--TATTCACT-------GCACTAC-CAC
gi|70 : -GT-AGAAGCAG-TACTG--A----G----T--GT----------G-----------G--T---T--T--T----------------------------GG--GCCCAG--C--T--A-----G----GGATAGAGGCCACA-G--C-A-A-CT-G-C-ATA--A------CCACC--A--C
gi|52 : AACCAG-TAC-----------------GG----------T-----------G--C---T--T--T-TC-A-GT-G-A-CT----ATC------TG--GTCTGGC-C--T--GGCCT-G----GAATTGAACCTGGG-A--C-C-T-CTGA-C-ATG--AA--AGGTCAAA--A--TCA--TATACACT-------ATACCAT-TGCCCcagcttt
gi|58 : -TACTG--A----G----T--GT----------T-----------T--T---TGGT--TTTT-A-GA-G-GCC-----CTT------GG--GTAAAG--C--C--T-----G----GGATCAAACCCACA-A--C-C-C-AGGA-T-GTG--AG--CAGTCAACA-A--CGA--TATTCACT-------ACACCAC-CTCCCtgat
gi|69 : a--A----A----T--AT----------T-----------G--T---T--T--T-TG-A-GA-G-ACC-----ATT------GG--GTAGAG--C--C--T-----A----GGATCAAACATATA-A--C-C-A-CTG----ATG--AAATTGGCCATT--G--CTCCTTA-CCAT
gi|66 : G-A-GA-T-G-CC----ATC------AA--GTCCAA--C--T--G-----G----GGTTTGAATCCCCA-A--T-C-T-CTTG-C-ATG--AG--TGGCATAT--G--CTC--TAGCCACT-------GCACTAC-TGTTCC
gi|44 : TC------AG--ATCAAG--C--T--G-----A----TGACCAAACCTGCA-A--C-C-T-CTAG-C-ATGATAGTTCAGTCAAC--A--TGT--TACCAACA-------GCACTAC-gcatt
gi|59 : G--C--A--G-----A----GGATCGAACCGACG-A--C-C-CACTGATC-ATG--GGTTCGG----T--G--CTC--TA-CCACT-------ACACCACGCGCTCaccctggcccacctcttctgaggataatatatataatagtatattatatctgatact
gi|72 : atgtcttcctcaaggacatcacacatagccgtt----GGATTGAACCCATG-A--C-C-T-CTTG-C-ATG--AG--TGACTTGCTAA--CCC--TATTTACT-------ACATCGC-TGCCaa
gi|79 : ATCAAATCTGCA-A--C-C-T-CTGA-C-GTG--AG--CAACAAAC--A--CTC--Tacact
gi|73 : ACCAAACCCGCA-A--C-A-T-TTTG-A-GTA--AG--CGGTCAAC--A--CAC--TTTCAACT-------GTGTTAC-CACTCtcaccac
27 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGTTATTTTTATATTTATTAATGTTGCATCGATCGTGAAACACATTCTTGCAACTTAGACAAATCACGCACGCAATCGTCTTATGTAGAACAAGTACTAAGCATATGTGTATAATTGTCTCTTAATCAAAGACACTACACATAGCCACGGACCCACGACCATCCCGAACCCAGATCCTTCCCACTGCGCCACGTGCTCC
Unaligned ( gi|21 ): AGAAATGTATTTACGATGTATTTTACATCGATTGCTACAACTTAAACAAATCAATCTCCAAGTTTTAAGACCAGTACTAAGCACATGCAGATAAAGTGTCTTGCTCAAGGACACCAAACATGACTCGGACGGGGGTTCAAACCTACAACCCACCGACGCTCTACCCTTAGACACTATGTGCCAT
Unaligned ( gi|37 ): TTCGATATATATCCATTTTTAAGTAAGTTCTTGCACCTTATGCATATTTATGTCTTCTTTATTAGAACTAAACATATGCGGTTAAAGTTGACAGGGGACCGAATCTACAAACAACTGATCCTGGGATCGATGATCCACAACCAACTGCACCACGTGTTCC
Unaligned ( gi|40 ): ATTCATTTTACATCGATAGTGAAAGAAAAATATTTATTTCTGATTGAACTAGACTAAGGATTTGCGGATAAAATGCCTTGGTCATTGACGCAACATTTAGTTCTGGTGGCGGTTAGACCAACATCTAACCGGCCCTGGATTCGA
Unaligned ( gi|41 ): ATTTTACATTAATTGAAAACATGTTTTTACAATTTAGAACCAGTATTAATACATTCAGATAAAAAGATTGGTCAAGTATACAGTATGTGGGAGGGGATCATACCCAAACTCTGGGAGCATGGTACTGACGCTCTTCCGTTAGA
Unaligned ( gi|43 ): AATCTAAATCATTTTTGACAGAACCAGGAGTATGCATATGCGGATAAATTGTCTAATCAAAGGAAAACACACTCAGCCGTAACGGTGAAGCGAACCCACAACTGCGATGCTCTGCCATCAGACTACGTGTTCC
Unaligned ( gi|45 ): AATTTCATACTTAATTATTTATACTCAATTACGAAGTAAGTTTGTATGTTTTGTGTATTGTTCTGTAGTTCATTTCCATGGCAGATCCAGTAATGAGCATTTTAAGAGGCTGCTGGGTGAAGTCTG
Unaligned ( gi|46 ): GAATAGATTAATATCCAAGTTACGAGTACTAAGCACATGTGGATATTAATACTTATTCAAGAACACAGGTAAGGGATTAAACATACAACTCGGGGTCCAGCATCTGTTGTTCTACCATTAGACA
Unaligned ( gi|47 ): TTCATGTGACAATGATTTCGAAACAAGTTTATAACAGCTTGAATAGTTGTATTCAATGTTGCCTAGGTAGAGCTAGTACCAAGCATTGTGGGAAAAGTCACTTTAGTGTCCTTGCTCAA
Unaligned ( gi|48 ): ATTTTTTCATCAAATTAGAAATAAGTTTGCAATTTATTAGACCTTCTGGAGAGAACCCACACCAAACGTAAGTGTCTCGTTTAAGGACACACATATGACCAATACAGATGGGCAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CACACAAGGATAATTTGATTTTAACTAATATATTTTGCATCAATTGTAAAACAGGTTTTTACAGCTTAATATACAAATATTGCTTGATGTTTAAAGTGTTAAAACTGATACCAAG
Unaligned ( gi|53 ): AGACATGGTGACTGTTATTTTTATGTGGCTATTAGGTTGTGCTGGAAACTGAACGGGCAACATCTAGCATGAACAATCAATACTCTAATCACTGCACAACCTCCCGCAT
Unaligned ( gi|64 ): AACTTTAATACATGTATATAACCGACACATTCTTAAGTTCTAACATTTCTCGCTTGGTGATTTTCTGGATAGAATTAGTACTTAGTACATGT
Unaligned ( gi|65 ): AAACATTTTTTTTCTTCGATTGTGAAACAAGTTCTTACAACTTAGGCAAATCACGCTGGAAGTCTTTATGACCAGTACTAAGCATATGCG
Unaligned ( gi|71 ): TTTCAAATTTATTATCTTACATCAATTGTAAAATAAGATTTGCAACTTTTACTAATATCGGTTAATGTCTTCCTGG
Unaligned ( gi|74 ): TCTATGTCTCTCTTAATAGAACCTGTAATAAGAAAATAAACTGTTTTGCTCAGGACAC
Unaligned ( gi|75 ): AAACTTTTTTTCTCCATTGATTGTGAATTAAGCTCTAACAACTTCGGCAAAGCATGCT
Unaligned ( gi|76 ): ACATATTTATTTAAATCGATTGTGAAATAAGTTATTACAAGTTAAAGGTAATCCTGC
Unaligned ( gi|77 ): GTTTTAAACTTATTCATTTTACATCGATTGTGAAAGAAATTTTTTAAAACT
Unaligned ( gi|78 ): ATTGTGAAACAAATTCTTATAACTTAGACAAACATGCTCGAAGTCT
Unaligned ( gi|80 ): CTTTTTTAGCAGAACCAGTACTTAGGAGATGCGGATAGAGTGCCT
Unaligned ( gi|81 ): ATACTATGTATTAGCTCACCATTGTGATACTTGTACAATTTGGA
Unaligned ( gi|82 ): TATAAACAACACTCAATTCTGATTCCTGGTTAGGATAAGTACTG
Unaligned ( gi|83 ): TATTAGATCTGGTACTGAATTGTATTTTGAGAAGTCATAGGG
Unaligned ( gi|85 ): TTTAAACTCATTTATTTTACATTAATTGCGAAAACAAGTT
Unaligned ( gi|86 ): AGAACCGGTACTAAGCATATGAAGGTAAAGTGTCTTTC
Unaligned ( gi|87 ): GGAACCAGTACTAAGCATATGCCAATAAAGTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111
lowQualScore : 0 111 11 111 11 6666666666 111 1 2222 1 2 11 0 11 11 77777 2 0 0 11 111 0 33333333 44444444444 1111 0 0 0 0 5 000 1 111 0 0 0 22222222 6666666 1111 444444444444444 1 0 2222 1 4444 1 222 33 11 2 1 2222222 444444444 1 2222 66 33 44 4444 3 11 1 1 11 222 22 11 1 444444 1
lowQualScore : . ... .. ... .. .......... ... . .... . . .. . .. .. ..... . . . .. ... . ........ ........... .... . . . . . ... . ... . . . ........ ....... .... ............... . . .... . .... . ... .. .. . . ....... ......... . .... .. .. .. .... . .. . . .. ... .. .. . ...... .
lowQualScore : 4 888 44 888 44 8888888888 111 0 1111 9 9 22 9 22 22 77777 8 9 9 33 666 6 44444444 88888888888 9999 9 9 9 9 2 888 6 444 8 8 8 77777777 3333333 6666 888888888888888 8 9 0000 0 9999 0 555 77 33 0 0 9999999 777777777 0 4444 22 33 00 0000 0 33 0 0 55 111 88 66 2 000000 4
consensus : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GCT-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGA-GC-T--T---ATACGA--------A------T----CG----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGCGA--C-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
Reference ( family-32 ) : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GCT-C-GAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-T--T---ATATGA--------A------T----CG----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGCGA--C-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
gi|1 : TAAACTTATT---TA--T---TTA--A---------CTT-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TGTT--ACA-AC-T--T---GTACAA--------A------T----CT----CGT-T-C-A-AAGTC---TTCC-TG---G-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|10 : TATACTTATT---TA--T---TTT--T---------GCT-C-GAT-T----GCGAAAAA--AAG--C--T--C--AAA-GC-C--TTATATATGA--------A------C----CA----CTC-T-T-T-G-GTCCGCTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TC--A--GA-A-A-----C-CT----CG---T-GTCG--A----------G----GGATCGAACCCACAA--C-C-TCTGGCATGA--G--TGGCAAAC--A--CTA-TATT------C-GCTTCATTACCGcatatcaggaaaaatgctcactagcactatatatagcactatatatagccgtagcgaagaatcgaacccacgaccatccgaccaagggggcgatgctctagtactgggccacgcgctg
gi|11 : gtTATA-TAATTCTTTA--T---TTT--A---------GCT-T-GAT-T----GCATAGAA--A-G--C--T--C--AAA-AC-T--T---ATGTGA--------A------C----CG----CTG-T-C-G-A-GTCTGCATCC-TG---G-AT-AGAACCAG-TAT--------TG-------A----G---------------T-GT-T----GTT----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----GG---A-GTCA--AA--CA-T--TT----GGATTGAACCCCCAA--C-C-TCTTGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--CTC-T-TC------A-ACTATACTACCACCCtaccgct
gi|12 : AAGAA-------------C--AGT-GC-T--T---TTGTGA--------A------T----CT----CTT-T-C-G-A-G----------------------AACCAG-TAC--------TGGT-----G----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TATTA--GATA-C-----C-AT----CA---A-GCTG--AA--C--C--CA----AGATCAAACTCATGA--C-C-TTTGGCATTA--G--TGGGGAAC--A--TTC-TATCAAGTATCGACCACATTACAGTCCCtgc
gi|13 : atttacacatttatgtcacaccctttttataatATACTAATT---TA--T---TTT--A---------TCT-T-GAC-T----GAGAAGAG--A-G--C--T--C--AAA-GC-T--T---GTATTACAATGTACA------TGTAACG----GT--T-C-A-ACGTCCGCTTCC-TG---T-AC-AAAACCAG-TAT--------TG-------G----G---------------T-GT-T----A-TATTTT-T-T-TG--A--GA-A-T-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--C--T--GT----AGATCGAACTGACCG--C-C-CCTGGCctttctg
gi|14 : tcTATACTAATT---AA--T---TT---A---------GCT-T-GAT-T----GTGAAGAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-T--T---ATATGA--------A------A----CG----CTC-T-T-G-A-GTCCTTTTCC-CGCCGG-GT-AGACTCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T--G--A--GA-G-G-----C-AT----TT---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCACAA--C-A-TCTGGCGTGA--G--CGACCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACAATACCGCCCtgtccactattttaccgcaccgct
gi|15 : ttTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GCT-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGA-GC-T--T---ATGCAT--------A------T----CG----TTC-T-C-C-A-GTGCATTCCC-TT---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA---------C-GT----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGCGA--C-C-TCTGCCATCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCC
gi|16 : ttATT---TA--T---TT---A---------CTT-C-GGT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACA-AC-T--T---AAACAA--------A------T----CA----TGC-T-CAG-A-GTC---TCCC-TT---G-GT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----GCAAATACAGAAAAAAT-GT-T----T-T----G-T-T-CA--A--G--G-A-----C-AT----CA---C-ACAA--AG--CCAT--GGCGGAGGATCGAACCTACGA--CTC-TCTGactt
gi|17 : taaacatTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GCT-T-GAT-A----GTGATGAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-T--T---ACATGA--------A------T----CG----CTC-T-C-G-A-GGCTGCTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGCAA--C-C-TCTGGCATGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACACTACCGCCCCataatgagtttggtgccctac
gi|18 : AAAT---CA--T---TTC--A---------GCT-T-GAT-TTAGTGTGAAATATGA-G--C-----C--ATA--C-T--T---TTGCGA--------T------T----TG----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCC-AG---A-GT-A---TCAG-TAC--------TG------------G---------------T-AT-T----G-T----T-T-A-TG--A--AA-G-G--------------------GTCT--AG--C--TTGGG----GGAACCAACATGCAA--C-C-TTTGGCACAT--G--TGGCCAAC--A--GCC-TATC------T-GCCACACTACAACCCC
gi|19 : tttatggaTATACTAATT---TAGTTAAATTT--A---------GTT---GAT-T----GCAAAGTA--G-G--C--T--C--TGA-GC-T--T---ACATGA--------A------T----CG----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCA-TG---G-GTAAGAACCAA-TTC--------TG-------A----G---------------T--T--------C----T-T-T-TGCTA--GA---C-----C-AT----TG---A-GTTA--AG--C--C--AG----AGATCAAACCCATGA--C-CTTCTTGCGTGA--G--at
gi|2 : ttTATACTAATA---AA--T---ACT--A-----------T-T-AATAT----ATGAAGAT--A----------C--AGA-GC-T--T---ATATAA--------ACTTATCT----TGAGTCCTC-T-T-G-A-GTCTGTTTGA-TG---C-GA-ATAACCGG-AAC--------TG-------A----G---------------TTGT-T----G-T----T-T-T-TT--GCCGA-G-G-----A-AT-----G---G-GTTG--AA--T--T--GG----GGATTGAAACTGTAAAAC-C-TCTGGCGTGA--T--TAGCCAGC--A--CTG-GATC------C-ACTATAATAATGCCatacatgtactaacactgctgtgcagt
gi|20 : gaaaatgtTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------TTT-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T----------C-T--T---ATATAA--------A------T-----------TA-TAC-A-T-GT---TTTCC-TG---A-AT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----G---------------taacttg
gi|22 : tTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GCT-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGA-GC-T--T---ATGCAT--------A------T----CG----TTC-T-C-C-A-TTGCATTCCC-TT---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA-G-G--------T----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGCAA--C-C-TCTACCGTCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCCcatgtgcgggaaaaacgtcttgctcaaggacatcacacatgaccacgtgtagggaggatcgaaccatgatcgtccaatcacgggttcggggctctaccacg
gi|23 : TATACAAACT----A--T---TTT--A---------TCT-T-GAA-T----GCAACAAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-T--T---ATAAGA--------A------C----CT----CTC-T-T-T-A-GTCCTCTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TAC--------AG-------AGTATG---------------T-GT-T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----TA---A-GTCG--AC--C--A--GG----GGATTGACCCCTTAA--C-C-TCTGCTGTGT--G------CAAC--A----C-TATT------C-CTTACACTACCGCCCcct
gi|24 : aTATATTAATT---TA--A---TTT--A---------GCT-C-CAT-T----GCGAAGAC--A-G--T--T--C--AGA-GC-T--T---ATATGA--------A------T----TG----CTC-T-C-G-A-TTATGTTTTC-TA---G-TT-AGAAACGG-TAC--------CG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-TAG-TG--A--GA-G-G-----C-A---------------G--AG--C--T--GG----GCATCGAACCGGCAA--A-C-TCTGGCATGA--G--CGGTCAAC--A--CTA-AATC------C-ACAGCAATACCGCCCa
gi|25 : attTATACTTAGT---TG--T---TTA--A---------GCT-T-GAC-T----GTAAAGTA--A-A--C--T-------A-TT-T--G---GTGTCA--------A------T----TG----AAC-T-T-G-A-AGCTGTTTCC-AT---G-GT-AGAACCAA-TGC--------TG-------G----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-A-----CTAT----TG---G-TCTA--AG--C--C--AG----GGATTGAACCTGATA--A-A-TCTAGTATGA--G--AGGTCAAC--A--CCC-TATC------T-GCTACATTACCATCCCgc
gi|26 : TAAACTGATT---GA--T---TTA--A---------TCT-T-TAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-TTAT---ATATAA--------A------C----TG----CTG-T-T-A-G-GTGCACTTGC-TG---C-AT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----T-A----T-T-A-TG--A-------------------------------G--AG--C--T--GG----GGAGTGAATCCGTTA--C-T-TCTGGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--ATC-TATT------C-ACTGCACTGCTGCCCC
gi|27 : tagttATT---TA--T---TTT--A---------ATT-T-GAT-T----GTGAAACA--A-G--TAAT--T--ACA-AC-T--T---ATACAA--------G------T----CA----TGCAT-G-G-A-GTC---TTCC-TG---G-GT-AGAACCCG-TAC--------TA-------A----G---------------actt
gi|28 : tTAGTT---TA--T---AAT--A---------GCT-C-GAT-T----GTGAAGTA--T-G--C--T------GA-GG-T--T---A-GTCA--------A------G----TG----CTC-T-C-G-A-GTTCACTTCC-TG---G-AT-AGGACCAGGTAC--------TG-------A----A---------------T-GT-T----G-T----T-A-T-TG--A--GA-GTA-----T-AT----AG---T-GTTG--AA--C--T--TG----GTATCAAACCCGCAA--C-C-TCTGGTGTAA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TGTcatatgtagataaagtgtcttgctcaaggacaccacacatagccgcggcagaggatcaaactgggggccatgaccctccgatccagtaccactgga
gi|29 : ccaaattT-T----GTGATGAA--A-G--C--C--C--AGA-GT-T--T---ATATAA--------A------C----TG----CTC-T-C-G-A-GCCCGCGTCC-TG---G-GT---------------------------------------------------T-GT-T----G-T----T-T----G--A--CA-G-G-----C-AT----CG---G-ACCA--AG--C--T--GG----GGAATTAATCTGCAA--C-C-TATGGTGTGA--G--TGGCCAAC--A--CTC-TATC------T-ACTGTACTACTGCtgtcta
gi|30 : tattatttaattgtcatattgTT---TA--T---TTT--A---------GCT-C-GAC-A----ACGAAGAA--A-G--C--T--C--ATT-GA-T--C---ATGTGA--------A------T----CG----ATG-T-C-G-A-GT----TTCC-CA---G-GT-AGAATTAG-CAG--------TT-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AC----CT---G-GTTG--AGA-C--T--GG----GAGT-GAACCCGCAA--C-C--CTGGTGCGA--G--CGGTCAAC--A--C-----TC------C-ATTGAACTACCtttgcttttaa
gi|31 : ttttTATTTATT---TA--T---TTT--ATAGAATGTTACT-T-GAT-T--------AAAC--A-G--A--T--C--AAA-GC-A--T---TTGTGA--------A------TCATGCA----CTC-T-C-C-A-ATCCGTTTCC-TT---G-GT-A---------AC--------TG-------G----G---------------T-AG-T----G-T----T-C-T-CT--A--GATG-T-----C-AT----CA---G-GTCG--GG--T--C--TG----TGATTGAACTAGTTA--T-C-AGTTGTGTGA--G--TGGCAAAC--A--ttcc
gi|32 : ctagacattACTTATT---TA--T---TTC--A---------CCA-T-GAT-T----GTGA-GAC--A-------------AGA-TT-T--T---A----A--------A------A----CG----CGC-T-C-T-ATGTC---TTTC-TG---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|33 : a--T---TTT--A---------GTT-C-AAT-T----CAGAATGA--A-G--T--C--C--AAAAGG-T--T---TT-TTA--------A------T----TG--------------------GTTTCC-TA---G-AT-AAAACTAG-CAC--------TA-------G----G---------------T-TT-T----G-T----T-G-A-TG--A--CA-G-A-----CCAT----TG---G-GATG--AG--A--TTGGG----GGATCAAACCTGCAA--C-C-TCTGGTGCAA--G--T-GTCAAG--ATCCTA-TATC------C-TCTACACcatatgcggataaagtgtcttgctcaatgacactatatatagtcttgacaggggatcgaacaaacccacgacccttggatcctgggttcg
gi|34 : gTATGCCAATT---TA--T-------------------------AT---------AAGAA--A-A--T--------ACA-GC-T--T---ATATGA--------A------T----TG----CTC-T-C-G-T-GTCTG-TTCT-TG---GAGT-AGATCCGG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GT-T----C-T----T-T-T-TGA-A--AA-G-A-----T-AT----TG---G-GTTG--AA--C--C--TT----GGATCAAATTTACAA--C-C-TCTGACGTGA--G--AGGCAAAC--A--TCC-TGAC------C-cccacaccaac
gi|35 : ttattcaatATATTTATT---TA--T---TTT--A---------ATT-T-GAA-C----GTGAATTA--A-G--A--T--C--AGA-GA-A--T---ATATTA--------A------G----CA----GTC-T-G-G-A-GTTC-TTTCC-TT---T-GT-ACGACTAG-TAC--------AG-------A----C---------------T-GT-T----G-CG---T-T-T-CA--G--GA-G-G-----C-AT----CG---A-GTAG--AA--A--T--TG----GGATCGAATTCGTGA--C-C-CATGACTTGA--T--CAGTCAAC--A--C
gi|36 : cTT---TA--T---TTT--A-------------CAGGT-T----GTGAAA---------------C--AGA----T--T---AGACAA--------A------T----CA----CGC-T-C-A-A----CGTTTCCCTG---G-GT-AAAACCAA-TGC--------TA-------A----
gi|38 : taaacttgttt--A-A--C--T--T--AAA-GCGT--T---A-GTGA--------A------T----CT----TTC-T-C-G-A-GTTCATTTCT-TG---T-GT-AGAATAAG-TAC--------T--------A----G---------------CAGT-T----G-T----T-T-A-TG--G--GA-A-T-----CTAT----GG---G-GTCA--AGT-C--T--GT----GAA-CAAACCTGTGA--C-C-TCTGAT------G--CAGCCAGC--A--ATG-TATC------C-ACAACACCATTGCCCagtacatgcagatgaaatatcttacacatggacacccactatggcagtggcgaaggatcgaacctacaaacctcggatc
gi|39 : TATA-TAATT---TA--T---TAT--A---------GTT-C-CAT-T----GCAAAGTA--A-G--C--T------------T--T----CATGA--------A------A----TG----CTG-T-C-A-A-GTCC-------TG---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----A---------------G-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GC----C-AT----TT---G-GTCA--AGTCC--T--GG----tgct
gi|4 : tTT---TA--T---TTTTTA---------CTT-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TATT--ATT-AC-T--T---AAACAA--------A------T----CC----CAT-T-C-G-AAGTC---TCCC-TG---G-GT-AAAACTCG-TACAAAGCTTATGCGAAAAAG----G---------------T-GT-C------T----T-T-C-TA--A--AC-G-A-----C-ATCCAACGT--G-GCCGTTA---C--A--GA----GGATCGAACCCACGA--C-C-ttagtgtatggcatgagctaccacaccacccat
gi|42 : cAATAG--A-G--A--T--T--AAA-GC-T--A---CTGTGA--------------------CA----CAC-T-C------TCCGCCTCC-AG---A-GT-AGAATCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-AT-T----G-T----T-T-T-T---A--GA-G-G-----C-AC----CG---G-TTCG--AG--C--T--GG----GGACC-------------------------A--A--CGACCAAT--A--CTC-TACC------A-ACTTCACTGCctccgatcaagtagcccatgcttaacctatgaatcacgca
gi|44 : aT----CA---G-ATCA--AG--C--T--GA----TGACCAAACCTGCAA--C-C-TCTAGCATGATAGTTCAGTCAAC--A--TGT-TACC------A-ACAGCACTACttccgtgctttc
gi|49 : -G-A-GCCTGTTTCC-TT---T-GT-AGAACCAG-T-------------------A----G---------------T-GT--------T----C-T-T-TG--A--GA-G-G-----CTGT----CG---G-GTTG--AG--G--T--AA----GGAT---ATATAGAA--C-C-TTTAGCGTGaccctggcccacctcttctgaggataatatatataatagtatattatatctgatact
gi|5 : ttatatttatttattttagccttatagtaagttaA--T---TTT--A---------CAT-C-GAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--TTTACA-AC-T--T---GGACAA--------C------T----CG----CGC-T-C-G-AAGTC---TTTC-TG---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|51 : ggttctagcatacac-GTCCATTTCC-AT---G-GT-CAAACCAG-TAC--------AGGA-----A----A---------------T-GC-T----G-T----T-T-A-TG--C--GA-C-G-----CCAT----CG---G-GTTG--TGT-C--T--GA----GGATAGAACCATCGA--C-C-TAAGGCATGA--A--CGGCCAAC--A--TTA-CATC------gatgtgggaataaagtgtcatgctcaaggacactacacatagccgttgtggaagatcgaacccgctactttctccctaatcctgagtccactggactac
gi|52 : gcAACCAG-TAC--------GG---------------------------------T----G-C----T-T-T-TC--A--GT-G-A-----CTAT----CT---G-GTCT--GG--CC-T--GGCCTGGAATTGAACCTGGGA--C-C-TCTGACATGA--A--AGGTCAAA--A--TCA-TATA------C-ACTATACCATTGCCCg
gi|53 : --------TG-------A----C---------------T-GT-T----A-T----T-T-T-TA--T--GT-G-G-----CTAT----TA---G-GTTG--TG--C--T--GG----AAACTGAACGGGCAA--C-A-TCTAGCATGA--A--CAATCAAT--A--CTC-TAAT------C-ACTGCACAACCTCCCtgat
gi|54 : agacatgg----CG----ATT-T-T-G-A-GTCCGTTTCA-TT---G-GT-TGAAC-----AC--------TT-------A--------------------T-AT-T----T-G----C-T-A-TG--A--AA-A-GCCTTCC-AT----TG---GAGTC-------T--T--GG----G--TCGAACCCGCGA--T-T-TCTGGTGTGA--G--CGACAAAA--A--CTC-Tgcat
gi|55 : G---G-GT-AGAAGAGA-TGC--------TG-------A----A---------------T-GT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AT----CT---G-ATTG--AG--T--C--TT----CGATCTAACGCATTA------TCTAGCATGA--A--TGGCCAAT--A--CTC-TATT------C-ACTGCACTACCAC
gi|56 : TATACTGCTT---TA--T---TTT--A---------GCT-C-GAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--
gi|57 : gtattcatgtaaacgaaaaataaatgtcgaagtagtccgtttttctataaatgtttgttaacttAATT---TA--T---TTT--A---------GCT-C-GAA-T----GCGATGAA--A-A--C--A--C--AGA-GC-T--T---ATATGG--------A------T----CG----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-TG---G-GT-ACAA-TAA-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-T----G-T----T-TAA-TG--A--GA-G-G-----C-AT----tcaatg
gi|58 : -TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-TTTTGG-T----T-T-T-T---A--GA-G-GC----C-CT----TG---G-GTAA--AG--C--C--TG----GGATCAAACCCACAA--C-C-CAGGATGTGA--G--CAGTCAACA-A--CGA-TATT------C-ACTACACCACCTCCC
gi|6 : aTATTTATT---TA--G---TTT--A---------CCC-T-GAC-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACA-TC-T--T---AGATAA--------A------T----CG----TGC-T-T-G-A-A---GTTTCCATG---G-GC-AGAATCAG-TAC--------TA-------A----G---------------C-AT-T----A-T----A-T-T-
gi|60 : TATGCCAATT---TA--C---TTT--A---------GCT-C-GAT-T----TGGAAGAA--C-G--C--T--C--AAA-GC-T--T---TTATGA--------A------C----TG----CCC-T-C-G-A-GTCCATGTCC-CG---G-GT-AGAACTAG-TAG--------TG-------A----G---------------T-GT-T----atgcagataaagtgttctacttgagttgagcaccacaaacggatgatcaaactcacagtccgatgctccaccactgaaccatatgctccgcaacta
gi|61 : gtTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GTT-T-GAT-T----GCGATAAA--A-G--C--T--C--AGA-GC-A--T---ATATGA--------A------C----TG----TTC-T-C-G-A-GTCCGTTTCC-TG---G-GA-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-tt
gi|62 : gttTATACTAATT----G--T---GTT--A---------GAT-C-GAA-T----GCGATTAA--A-G--C--T--C--AAA-GC-T--T---AATTGA--------A------A----TG----CGT-T-C-G-A-GTTCGCTGCT-TG---G-AT-AGAACCAC-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-
gi|63 : aattTATATTAATA---TA--T---CCT--A---------ACT-T-TAT-T----ATAAAGAT--A-G--C--T--T--CAC-TC-T--T---ATATAA--------A------C----AA----CAC-T-C-G-A-GTCTGCTTAC-CG---G-GT-AGGACAAG-TAC--------TG-------A----
gi|65 : ggtATT---TT--T---TTT-------------CTTC-GAT-T----GTGAAACA--A-GTTC--T--T--ACA-AC-T--T---AGGCAA--------A------T----CA----CGC-T-G-GAA-GT---CTTTA-TG-----------ACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|66 : aaacG--A--GA-T-G-----CCAT----CA---A-GTCC--AA--C--T--GG----GGTTTGAATCCCCAA--T-C-TCTTGCATGA--G--TGGCATAT--G--CTC-TAGC------C-ACTGCACTACTGTTCCcatatgcg
gi|67 : -TG---G-TT-A-AACAAG-TAC--------TG-------G----T---------------T-GT-T----A-A----T-C-A-TG--A--GA-G-GC----C-AC----AG---A-GT----AG--C--TCCTC----GGATCAAACCAGCAA--C-A-TTGAGCATGA--G--Cgcatt
gi|68 : tcccaTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CTT-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T--CTTACA-AC-T--T---AGACAA--------A------T----CA----CGC-T-C-G-AAGTC---TTCC-TG---G-GT-AGTACCA
gi|69 : -------A----A---------------T-AT-T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-AC----C-AT----TG---G-GTAG--AG--C--C--TA----GGATCAAACATATAA--C-C-ACTGATGAAA--T--TGGCCA
gi|7 : TT---TA--T---TTA--A---------GGG-C-GAT-T----AAAAAGAA--A-G--C--T--C--AAG-GC-T--T---ATATGA--------A------C----GG----GTC-T-T-G-A-GCCCACTACC-TG---A-GT-AGAACTGA-TAC--------GGAGTAT--A----G---------------T-AT-T----G-C----TGT-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--T--T--GG----AGATTTAACCCACAA--C-T-TCCGGTGTGA--G--CGGCCAAT--A--CCCTTATC------C-ACTGCACTACTGCCCCttgctccttaccat
gi|70 : taatgg-GT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-G----G-T----T-T-T----------------------------G---G-GCCC--AG--C--T--AG----GGATAGAGGCCACgctt
gi|72 : ----GGATTGAACCCATGA--C-C-TCTTGCATGA--G--TGACTTGCTAA--CCC-TATT------T-ACTACATCGCTGCCagcaactgcataaccaccaccagcttt
gi|73 : ACCAAACCCGCAA--C-A-TTTTGAGTAA--G--CGGTCAAC--A--CAC-TTTC------A-ACTGTGTTACCACTCacact
gi|79 : ATCAAATCTGCAA--C-C-TCTGACGTGA--G--CAACAAAC--A--CTC-Tttatta
gi|8 : CTTCC-TG---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------tcaccac
gi|84 : ttttttaaaactgattaattttcatacatgtatattgtaaaacaagttcttacaactttagacatatcatgctctatgtTCCTCTTCC-TG---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GG-T----G-T----T-T-T-Tcacatgcagacaaggacactacacttagccgtgacagaggatcgaatctgagattccccagatccttggttcgatgctggaccatgt
gi|9 : TAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CAT-C-AAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACA-AC-T--T---GGATAA--------A------T----CA----CTC-C-C-A-A-ATTC--CTCC-TA---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GTAT----G-C----G-A-A-TA--A--AA-A-GTTC--C-AT-----GTATA-GCCGT-GG--C--T--GA----GGATTGAACCCACtt
26 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ATGTTATTTTTATATTTATTAATGTTGCATCGATCGTGAAACACATTCTTGCAACTTAGACAAATCACGCACGCAATCGTCTTATGTAGAACAAGTACTAAGCATATGTGTATAATTGTCTCTTAATCAAAGACACTACACATAGCCACGGACCCACGACCATCCCGAACCCAGATCCTTCCCACTGCGCCACGTGCTCC
Unaligned ( gi|21 ): AGAAATGTATTTACGATGTATTTTACATCGATTGCTACAACTTAAACAAATCAATCTCCAAGTTTTAAGACCAGTACTAAGCACATGCAGATAAAGTGTCTTGCTCAAGGACACCAAACATGACTCGGACGGGGGTTCAAACCTACAACCCACCGACGCTCTACCCTTAGACACTATGTGCCAT
Unaligned ( gi|37 ): TTCGATATATATCCATTTTTAAGTAAGTTCTTGCACCTTATGCATATTTATGTCTTCTTTATTAGAACTAAACATATGCGGTTAAAGTTGACAGGGGACCGAATCTACAAACAACTGATCCTGGGATCGATGATCCACAACCAACTGCACCACGTGTTCC
Unaligned ( gi|40 ): ATTCATTTTACATCGATAGTGAAAGAAAAATATTTATTTCTGATTGAACTAGACTAAGGATTTGCGGATAAAATGCCTTGGTCATTGACGCAACATTTAGTTCTGGTGGCGGTTAGACCAACATCTAACCGGCCCTGGATTCGA
Unaligned ( gi|41 ): ATTTTACATTAATTGAAAACATGTTTTTACAATTTAGAACCAGTATTAATACATTCAGATAAAAAGATTGGTCAAGTATACAGTATGTGGGAGGGGATCATACCCAAACTCTGGGAGCATGGTACTGACGCTCTTCCGTTAGA
Unaligned ( gi|43 ): AATCTAAATCATTTTTGACAGAACCAGGAGTATGCATATGCGGATAAATTGTCTAATCAAAGGAAAACACACTCAGCCGTAACGGTGAAGCGAACCCACAACTGCGATGCTCTGCCATCAGACTACGTGTTCC
Unaligned ( gi|45 ): AATTTCATACTTAATTATTTATACTCAATTACGAAGTAAGTTTGTATGTTTTGTGTATTGTTCTGTAGTTCATTTCCATGGCAGATCCAGTAATGAGCATTTTAAGAGGCTGCTGGGTGAAGTCTG
Unaligned ( gi|46 ): GAATAGATTAATATCCAAGTTACGAGTACTAAGCACATGTGGATATTAATACTTATTCAAGAACACAGGTAAGGGATTAAACATACAACTCGGGGTCCAGCATCTGTTGTTCTACCATTAGACA
Unaligned ( gi|47 ): TTCATGTGACAATGATTTCGAAACAAGTTTATAACAGCTTGAATAGTTGTATTCAATGTTGCCTAGGTAGAGCTAGTACCAAGCATTGTGGGAAAAGTCACTTTAGTGTCCTTGCTCAA
Unaligned ( gi|48 ): ATTTTTTCATCAAATTAGAAATAAGTTTGCAATTTATTAGACCTTCTGGAGAGAACCCACACCAAACGTAAGTGTCTCGTTTAAGGACACACATATGACCAATACAGATGGGCAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CACACAAGGATAATTTGATTTTAACTAATATATTTTGCATCAATTGTAAAACAGGTTTTTACAGCTTAATATACAAATATTGCTTGATGTTTAAAGTGTTAAAACTGATACCAAG
Unaligned ( gi|59 ): ATGTCTTCCTCAAGGACATCACACATAGCCGTTGCAGAGGATCGAACCGACGACCCACTGATCATGGGTTCGGTGCTCTACCACTACACCACGCGCTCAA
Unaligned ( gi|64 ): AACTTTAATACATGTATATAACCGACACATTCTTAAGTTCTAACATTTCTCGCTTGGTGATTTTCTGGATAGAATTAGTACTTAGTACATGT
Unaligned ( gi|71 ): TTTCAAATTTATTATCTTACATCAATTGTAAAATAAGATTTGCAACTTTTACTAATATCGGTTAATGTCTTCCTGG
Unaligned ( gi|74 ): TCTATGTCTCTCTTAATAGAACCTGTAATAAGAAAATAAACTGTTTTGCTCAGGACAC
Unaligned ( gi|75 ): AAACTTTTTTTCTCCATTGATTGTGAATTAAGCTCTAACAACTTCGGCAAAGCATGCT
Unaligned ( gi|76 ): ACATATTTATTTAAATCGATTGTGAAATAAGTTATTACAAGTTAAAGGTAATCCTGC
Unaligned ( gi|77 ): GTTTTAAACTTATTCATTTTACATCGATTGTGAAAGAAATTTTTTAAAACT
Unaligned ( gi|78 ): ATTGTGAAACAAATTCTTATAACTTAGACAAACATGCTCGAAGTCT
Unaligned ( gi|80 ): CTTTTTTAGCAGAACCAGTACTTAGGAGATGCGGATAGAGTGCCT
Unaligned ( gi|81 ): ATACTATGTATTAGCTCACCATTGTGATACTTGTACAATTTGGA
Unaligned ( gi|82 ): TATAAACAACACTCAATTCTGATTCCTGGTTAGGATAAGTACTG
Unaligned ( gi|83 ): TATTAGATCTGGTACTGAATTGTATTTTGAGAAGTCATAGGG
Unaligned ( gi|85 ): TTTAAACTCATTTATTTTACATTAATTGCGAAAACAAGTT
Unaligned ( gi|86 ): AGAACCGGTACTAAGCATATGAAGGTAAAGTGTCTTTC
Unaligned ( gi|87 ): GGAACCAGTACTAAGCATATGCCAATAAAGTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111
lowQualScore : 1 111 11 111 11 5555555555 1 1 1 0 2222 2 1 11 0 11 11 9999999 0 11 222 1 3333 22222 222222 1111 11 3333 0 0 0 1 6 333 1 22222222 111 0 0 0 22222222 4444444 1111 555555555555555 0 33333 2222 1 4444 1 222 33 11 2 1 2222222 444444444 1 2222 66 33 44 4444 444 1 1 11 222 22 11 1 444444 1
lowQualScore : . ... .. ... .. .......... . . . . .... . . .. . .. .. ....... . .. ... . .... ..... ...... .... .. .... . . . . . ... . ........ ... . . . ........ ....... .... ............... . ..... .... . .... . ... .. .. . . ....... ......... . .... .. .. .. .... ... . . .. ... .. .. . ...... .
lowQualScore : 7 888 33 777 33 8888888888 0 0 0 9 0000 0 9 22 9 22 22 3333333 9 22 444 4 2222 22222 666666 8888 22 7777 9 9 9 7 0 555 6 88888888 444 8 8 8 77777777 4444444 5555 555555555555555 9 11111 0000 0 9999 0 555 77 33 0 0 9999999 777777777 0 4444 22 33 00 0000 333 0 0 55 111 88 66 2 000000 4
consensus : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
Reference ( family-32 ) : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
gi|1 : TAAACTTATT---TA--T---TTA--A---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TGTT--ACAAC-T--T---GTA---CAA-----A------T----C--T----CGT-T-C-A-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|10 : TATACTTATT---TA--T---TTT--T---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAAAA--AAG--C--T--C--AAAGC-C--TTATATA---TGA-----A------C----C--A----CTC-T-T-T-G-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TC--A--GA-A-A-----C-CT----CG---T-GTCG--A----------G----GGATCGAACCCAC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--TGGCAAAC--A--CTA-TATT------C-GCTTCATTACCGcatatcaggaaaaatgctcactagcactatatatagcactatatatagccgtagcgaagaatcgaacccacgaccatccgaccaagggggcgatgctctagtactgggccacgcgctg
gi|11 : gtTATA-TAATTCTTTA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GCATAGAA--A-G--C--T--C--AAAAC-T--T---ATG---TGA-----A------C----C--G----CTG-T-C-G-A-GTCTGCATCC-T--------G---G-AT-AGAACCAG-TAT--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----GTT----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----GG---A-GTCA--AA--CA-T--TT----GGATTGAACCCCC--AAC-C-TCTTGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--CTC-T-TC------A-ACTATACTACCACCCtaccgct
gi|12 : --C--AGTGC-T--T---TTG---TGA-----A------T----C--T----CTT-T-C-G-A-G------------------------------AACCAG-TAC--------TGGT-----G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TATTA--GATA-C-----C-AT----CA---A-GCTG--AA--C--C--CA----AGATCAAACTCAT--GAC-C-TTTGGCATTA--G--TGGGGAAC--A--TTC-TATCAAGTATCGACCACATTACAGTCCCtgc
gi|13 : atttacacatttatgtcacaccctttttataataagaaATACTAATT---TA--T---TTT--A---------TC-T-T-GAC-T----GAGAAGAG--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---GTATTACAATGTACA------TGTAAC--G----GT--T-C-A-ACGTCCGCTTCC-T--------G---T-AC-AAAACCAG-TAT--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----A-TATTTT-T-T-TG--A--GA-A-T-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--C--T--GT----AGATCGAACTGAC--CGC-C-CCTGGCctttctg
gi|14 : tcTATACTAATT---AA--T---TT---A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------A----C--G----CTC-T-T-G-A-GTCCTTTTCC-C--------GCCGG-GT-AGACTCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T--G--A--GA-G-G-----C-AT----TT---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCAC--AAC-A-TCTGGCGTGA--G--CGACCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACAATACCGCCCtgtccactattttaccgcaccgct
gi|15 : ttTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-GTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA---------C-GT----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--GAC-C-TCTGCCATCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCC
gi|16 : ttATT---TA--T---TT---A---------CT-T-C-GGT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--A----TGC-T-CAG-A-GTC---TCCC-T--------T---G-GT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----GCAAATACAGAAAAAAT-GT-----T----T-T----G-T-T-CA--A--G--G-A-----C-AT----CA---C-ACAA--AG--CCAT--GGCGGAGGATCGAACCTAC--GACTC-TCTGactt
gi|17 : taaacatTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-A----GTGATGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GGCTGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACACTACCGCCCCataatgagtttggtgccctac
gi|18 : AAAT---CA--T---TTC--A---------GC-T-T-GAT-TTAGTGTGAAATATGA-G--C-----C--ATA-C-T--T---TTG---CGA-----T------T----T--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCC-A--------G---A-GT-A---TCAG-TAC--------TG------------G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-A-TG--A--AA-G-G--------------------GTCT--AG--C--TTGGG----GGAACCAACATGC--AAC-C-TTTGGCACAT--G--TGGCCAAC--A--GCC-TATC------T-GCCACACTACAACCCC
gi|19 : tttatggaTATACTAATT---TAGTTAAATTT--A---------GT-T---GAT-T----GCAAAGTA--G-G--C--T--C--TGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCA-T--------G---G-GTAAGAACCAA-TTC--------TG-------A----G---------------T--T------------C----T-T-T-TGCTA--GA---C-----C-AT----TG---A-GTTA--AG--C--C--AG----AGATCAAACCCAT--GAC-CTTCTTGCGTGA--G--at
gi|2 : ttTATACTAATA---AA--T---ACT--A------------T-T-AATAT----ATGAAGAT--A----------C--AGAGC-T--T---ATA---TAA-----ACTTATCT----T--GAGTCCTC-T-T-G-A-GTCTGTTTGA-T--------G---C-GA-ATAACCGG-AAC--------TG-------A----GT--------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TT--GCCGA-G-G-----A-AT-----G---G-GTTG--AA--T--T--GG----GGATTGAAACTGTAAAAC-C-TCTGGCGTGA--T--TAGCCAGC--A--CTG-GATC------C-ACTATAATAATGCCatacatgtactaacactgctgtgcagt
gi|20 : gaaaatgtTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------TT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T---------C-T--T---ATA---TAA-----A------T-------------TA-TAC-A-T-GT---TTTCC-T--------G---A-AT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----G---------------taacttg
gi|22 : tTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-TTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA-G-G--------T----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--AAC-C-TCTACCGTCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCCcatgtgcgggaaaaacgtcttgctcaaggacatcacacatgaccacgtgtagggaggatcgaaccatgatcgtccaatcacgggttcggggctctaccacg
gi|23 : TATACAAACT----A--T---TTT--A---------TC-T-T-GAA-T----GCAACAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---AGA-----A------C----C--T----CTC-T-T-T-A-GTCCTCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------AG-------AGTATG---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----TA---A-GTCG--AC--C--A--GG----GGATTGACCCCTT--AAC-C-TCTGCTGTGT--G------CAAC--A----C-TATT------C-CTTACACTACCGCCCcct
gi|24 : aTATATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-C-CAT-T----GCGAAGAC--A-G--T--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-A-TTATGTTTTC-T--------A---G-TT-AGAAACGG-TAC--------CG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAG-TG--A--GA-G-G-----C-A---------------G--AG--C--T--GG----GCATCGAACCGGC--AAA-C-TCTGGCATGA--G--CGGTCAAC--A--CTA-AATC------C-ACAGCAATACCGCCCa
gi|25 : attTATACTTAGT---TG--T---TTA--A---------GC-T-T-GAC-T----GTAAAGTA--A-A--C--T-------ATT-T--G---GTG---TCA-----A------T----T--G----AAC-T-T-G-A-AGCTGTTTCC-A--------T---G-GT-AGAACCAA-TGC--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-A-----CTAT----TG---G-TCTA--AG--C--C--AG----GGATTGAACCTGA--TAA-A-TCTAGTATGA--G--AGGTCAAC--A--CCC-TATC------T-GCTACATTACCATCCCgc
gi|26 : TAAACTGATT---GA--T---TTA--A---------TC-T-T-TAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-TTAT---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTG-T-T-A-G-GTGCACTTGC-T--------G---C-AT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----T-A----T-T-A-TG--A-------------------------------G--AG--C--T--GG----GGAGTGAATCCGT--TAC-T-TCTGGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--ATC-TATT------C-ACTGCACTGCTGCCCC
gi|27 : tagttATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAT-T----GTGAAACA--A-G--TAAT--T--ACAAC-T--T---ATA---CAA-----G------T----C--A----TGCAT-G-G-A-GTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCCG-TAC--------TA-------A----G---------------actt
gi|28 : tTAGTT---TA--T---AAT--A---------GC-T-C-GAT-T----GTGAAGTA--T-G--C--T------GAGG-T--T---AGT---CAA-----G------T-------G----CTC-T-C-G-A-GTTCACTTCC-T--------G---G-AT-AGGACCAGGTAC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-A-T-TG--A--GA-GTA-----T-AT----AG---T-GTTG--AA--C--T--TG----GTATCAAACCCGC--AAC-C-TCTGGTGTAA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TGTcatatgtagataaagtgtcttgctcaaggacaccacacatagccgcggcagaggatcaaactgggggccatgaccctccgatccagtaccactgga
gi|29 : ccaaattT-T----GTGATGAA--A-G--C--C--C--AGAGT-T--T---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTC-T-C-G-A-GCCCGCGTCC-T--------G---G-GT---------------------------------------------------T-GT-----T----G-T----T-T----G--A--CA-G-G-----C-AT----CG---G-ACCA--AG--C--T--GG----GGAATTAATCTGC--AAC-C-TATGGTGTGA--G--TGGCCAAC--A--CTC-TATC------T-ACTGTACTACTGCtgtcta
gi|3 : tattatttaattgtcatattgTATATTTATT---AA--T---GTT------------GCAT-C-GAT-C----GTGAAACA--C-A--T--T--CTTGCAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-A-C-GCA-ATC-G--TCT-T--------A---T-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------tttgcttttaa
gi|30 : atgttattttTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAC-A----ACGAAGAA--A-G--C--T--C--ATTGA-T--C---ATG---TGA-----A------T----C--G----ATG-T-C-G-A-GT----TTCC-C--------A---G-GT-AGAATTAG-CAG--------TT-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AC----CT---G-GTTG--AGA-C--T--GG----GAGT-GAACCCGC--AAC-C--CTGGTGCGA--G--CGGTCAAC--A--C-----TC------C-ATTGAACTACCcatatgtgtataattgtctcttaatcaaagacactacacatagccacggacccacgaccatcccgaacccagatccttcccactgcgccacgtgctcc
gi|31 : ttttTATTTATT---TA--T---TTT--ATAGAATGTTAC-T-T-GAT-T-------AAACA----G--A--T--C--AAAGC-A--T---TTG---TGA-----A------T----C--ATGCACTC-T-C-C-A-ATCCGTTTCC-TTGGTAACTG---G-GT-AG---------------------------------------------------------T----G-T----T-C-T-CT--A--GATG-T-----C-AT----CA---G-GTCG--GG--T--C--TG----TGATTGAACTAGT--TAT-C-AGTTGTGTGA--G--TGGCAAAC--A--ttcc
gi|32 : ctagacattACTTATT---TA--T---TTC--A---------CC-A-T-GAT-T----GTGAGACA--A-G--A--T--T--------T--T---A-------A-----A------A----C--G----CGC-T-C-T-ATGTC---TTTC-T--------G---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|33 : a--T---TTT--A---------GT-T-C-AAT-T----CAGAATGA--A-G--T--C--C--AAAA----------------G---------------------G----TTT-T-T-T-A-ATTGGTTTCC-T--------A---G-AT-AAAACTAG-CAC--------TA-------G----G---------------T-TT-----T----G-T----T-G-A-TG--A--CA-G-A-----CCAT----TG---G-GATG--AG--A--TTGGG----GGATCAAACCTGC--AAC-C-TCTGGTGCAA--G--T-GTCAAG--ATCCTA-TATC------C-TCTACACcatatgcggataaagtgtcttgctcaatgacactatatatagtcttgacaggggatcgaacaaacccacgacccttggatcctgggttcg
gi|34 : gAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-T-GTCTG-TTCT-T--------G---GAGT-AGATCCGG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GT-----T----C-T----T-T-T-TGA-A--AA-G-A-----T-AT----TG---G-GTTG--AA--C--C--TT----GGATCAAATTTAC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--AGGCAAAC--A--TCC-TGAC------C-cccacaccaac
gi|35 : ttattcaattatgccaatttatataagaaaatacATATTTATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAA-C----GTGAATTA--A-G--A--T--C--AGAGA-A--T---ATA---TTA-----A------G----C--A----GTC-T-G-G-A-GTTC-TTTCC-T--------T---T-GT-ACGACTAG-TAC--------AG-------A----C---------------T-GT-----T----G-CG---T-T-T-CA--G--GA-G-G-----C-AT----CG---A-GTAG--AA--A--T--TG----GGATCGAATTCGT--GAC-C-CATGACTTGA--T--CAGTCAAC--A--C
gi|36 : cTT---TA--T---TTT--A--------------CAGGT-T----GTGAAA---------------C--AGA---T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-A-A----CGTTTCCCT--------G---G-GT-AAAACCAA-TGC--------TA-------A----
gi|38 : taaacttgttt--A-A--C--T--T--AAAGCGT--T---A-G---TGA-----A------T----C--T----TTC-T-C-G-A-GTTCATTTCT-T--------G---T-GT-AGAATAAG-TAC--------T--------A----G---------------CAGT-----T----G-T----T-T-A-TG--G--GA-A-T-----CTAT----GG---G-GTCA--AGT-C--T--GT----GAA-CAAACCTGT--GAC-C-TCTGAT------G--CAGCCAGC--A--ATG-TATC------C-ACAACACCATTGCCCagtacatgcagatgaaatatcttacacatggacacccactatggcagtggcgaaggatcgaacctacaaacctcggatc
gi|39 : TATA-TAATT---TA--T---TAT--A---------GT-T-C-CAT-T----GCAAAGTA--A-G--C--T--T--------T--C---AT-----GA-----A------A----T--G----CTG-T-C-A-A-GTCC-------T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----A---------------G-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GC----C-AT----TT---G-GTCA--AGTCC--T--GG----tgct
gi|4 : tTT---TA--T---TTTTTA---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TATT--ATTAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--C----CAT-T-C-G-AAGTC---TCCC-T--------G---G-GT-AAAACTCG-TACAAAGCTTATGCGAAAAAG----G---------------T-GT-----C------T----T-T-C-TA--A--AC-G-A-----C-ATCCAACGT--G-GCCGTTA---C--A--GA----GGATCGAACCCAC--GAC-C-ttagtgtatggcatgagctaccacaccacccat
gi|42 : cTCCGCCTCC-A--------G---A-GT-AGAATCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-T---A--GA-G-G-----C-AC----CG---G-TTCG--AG--C--T--GG----GGACC-------------------------A--A--CGACCAAT--A--CTC-TACC------A-ACTTCACTGCctccgatcaagtagcccatgcttaacctatgaatcacgca
gi|44 : aaatagagattaaagctactgtgacacactcT----CA---G-ATCA--AG--C--T--GA----TGACCAAACCTGC--AAC-C-TCTAGCATGATAGTTCAGTCAAC--A--TGT-TACC------A-ACAGCACTACttccgtgctttc
gi|49 : TATATTTATT---TA--T---TTT--A---------GC-C-T-TAT----------AGTA--A-G--T--T-----AGAGC--------------------------------------------------------CTGTTTCC-T--------T---T-GT-AGAACCAG-T-------------------A----G---------------T-GT------------T----C-T-T-TG--A--GA-G-G-----CTGT----CG---G-GTTG--AG--G--T--AA----GGAT---ATATAG--AAC-C-TTTAGCGTGaccctggcccacctcttctgaggataatatatataatagtatattatatctgatact
gi|5 : tA--T---TTT--A---------CA-T-C-GAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--TTTACAAC-T--T---GGA---CAA-----C------T----C--G----CGC-T-C-G-AAGTC---TTTC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|51 : ggttctagcatacac-GTCCATTTCC-A--------T---G-GT-CAAACCAG-TAC--------AGGA-----A----A---------------T-GC-----T----G-T----T-T-A-TG--C--GA-C-G-----CCAT----CG---G-GTTG--TGT-C--T--GA----GGATAGAACCATC--GAC-C-TAAGGCATGA--A--CGGCCAAC--A--TTA-CATC------gatgtgggaataaagtgtcatgctcaaggacactacacatagccgttgtggaagatcgaacccgctactttctccctaatcctgagtccactggactac
gi|52 : gcAACCAG-TAC--------GG-------------------------------------T----G-C----T-T-T-TC--A--GT-G-A-----CTAT----CT---G-GTCT--GG--CC-T--GGCCTGGAATTGAACCTGG--GAC-C-TCTGACATGA--A--AGGTCAAA--A--TCA-TATA------C-ACTATACCATTGCCCg
gi|53 : --------TG-------A----C---------------T-GT-----T----A-T----T-T-T-TA--T--GT-G-G-----CTAT----TA---G-GTTG--TG--C--T--GG----AAACTGAACGGGC--AAC-A-TCTAGCATGA--A--CAATCAAT--A--CTC-TAAT------C-ACTGCACAACCTCCCtgat
gi|54 : agacatgg----C--G----ATT-T-T-G-A-GTCCGTTTCA-T--------T---G-GT-TGAAC-----AC--------TT-------A--------------------T-AT-----T----T-G----C-T-A-TG--A--AA-A-GCCTTCC-AT----TG---GAGTC-------T--T--GG----G--TCGAACCCGC--GAT-T-TCTGGTGTGA--G--CGACAAAA--A--CTC-Tgcat
gi|55 : --------G---G-GT-AGAAGAGA-TGC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AT----CT---G-ATTG--AG--T--C--TT----CGATCTAACGCAT--TA----TCTAGCATGA--A--TGGCCAAT--A--CTC-TATT------C-ACTGCACTACCAC
gi|56 : TATACTGCTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--
gi|57 : gtattcatgtaaacgaaaaataaatgtcgaagtagtccgtttttctataaatgtttgttaacttAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAA-T----GCGATGAA--A-A--C--A--C--AGAGC-T--T---ATA---TGG-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-ACAA-TAA-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAA-TG--A--GA-G-G-----C-AT----tcaatg
gi|58 : -TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----TTTTGG-T----T-T-T-T---A--GA-G-GC----C-CT----TG---G-GTAA--AG--C--C--TG----GGATCAAACCCAC--AAC-C-CAGGATGTGA--G--CAGTCAACA-A--CGA-TATT------C-ACTACACCACCTCCC
gi|6 : aTATTTATT---TA--G---TTT--A---------CC-C-T-GAC-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACATC-T--T---AGA---TAA-----A------T----C--G----TGC-T-T-G-A-A---GTTTCCAT--------G---G-GC-AGAATCAG-TAC--------TA-------A----G---------------C-AT-----T----A-T----A-T-T-
gi|60 : TATGCCAATT---TA--C---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----TGGAAGAA--C-G--C--T--C--AAAGC-T--T---TTA---TGA-----A------C----T--G----CCC-T-C-G-A-GTCCATGTCC-C--------G---G-GT-AGAACTAG-TAG--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----atgcagataaagtgttctacttgagttgagcaccacaaacggatgatcaaactcacagtccgatgctccaccactgaaccatatgctccgcaacta
gi|61 : gtTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GT-T-T-GAT-T----GCGATAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-A--T---ATA---TGA-----A------C----T--G----TTC-T-C-G-A-GTCCGTTTCC-T--------G---G-GA-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----tt
gi|62 : gttTATACTAATT----G--T---GTT--A---------GA-T-C-GAA-T----GCGATTAA--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---AAT---TGA-----A------A----T--G----CGT-T-C-G-A-GTTCGCTGCT-T--------G---G-AT-AGAACCAC-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----
gi|63 : aattTATATTAATA---TA--T---CCT--A---------AC-T-T-TAT-T----ATAAAGAT--A-G--C--T--T--CACTC-T--T---ATA---TAA-----A------C----A--A----CAC-T-C-G-A-GTCTGCTTAC-C--------G---G-GT-AGGACAAG-TAC--------TG-------A----
gi|65 : ggtATT---TT--T---TTT-------------C-TTC-GAT-T----GTGAAACA--A-GTTC--T--T--ACAAC-T--T---AGG---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-G-GAA-GT---CTTTA-T--------G-----------ACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|66 : aaacG--A--GA-T-G-----CCAT----CA---A-GTCC--AA--C--T--GG----GGTTTGAATCCCC--AAT-C-TCTTGCATGA--G--TGGCATAT--G--CTC-TAGC------C-ACTGCACTACTGTTCCcatatgcg
gi|67 : -T--------G---G-TT-A-AACAAG-TAC--------TG-------G----T---------------T-GT-----T----A-A----T-C-A-TG--A--GA-G-GC----C-AC----AG---A-GT----AG--C--TCCTC----GGATCAAACCAGC--AAC-A-TTGAGCATGA--G--Cgcatt
gi|68 : tcccaTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-G-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGTACCA
gi|69 : -------A----A---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-AC----C-AT----TG---G-GTAG--AG--C--C--TA----GGATCAAACATAT--AAC-C-ACTGATGAAA--T--TGGCCA
gi|7 : TT---TA--T---TTA--A---------GG-G-C-GAT-T----AAAAAGAA--A-G--C--T--C--AAGGC-T--T---ATA---TGA-----A------C----G--G----GTC-T-T-G-A-GCCCACTACC-T--------G---A-GT-AGAACTGA-TAC--------GG-------A----G---------------T-ATAGTATT----G-C----TGT-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--T--T--GG----AGATTTAACCCAC--AAC-T-TCCGGTGTGA--G--CGGCCAAT--A--CCCTTATC------C-ACTGCACTACTGCCCCttgctccttaccat
gi|70 : taatgg-GT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----G----G-T----T-T-T----------------------------G---G-GCCC--AG--C--T--AG----GGATAGAGGCCAC--gctt
gi|72 : ----GGATTGAACCCAT--GAC-C-TCTTGCATGA--G--TGACTTGCTAA--CCC-TATT------T-ACTACATCGCTGCCagcaactgcataaccaccaccagcttt
gi|73 : ACCAAACCCGC--AAC-A-TTTTGAGTAA--G--CGGTCAAC--A--CAC-TTTC------A-ACTGTGTTACCACTCacact
gi|79 : ATCAAATCTGC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--CAACAAAC--A--CTC-Tttatta
gi|8 : AT-T----GTAAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--TT--AGA---CAT-----A------T----CATG----CTC-T-----ATGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------tcaccac
gi|84 : ttttttaaaactgattaattttcatacatgtatTCCTCTTCC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GG-----T----G-T----T-T-T-Tcacatgcagacaaggacactacacttagccgtgacagaggatcgaatctgagattccccagatccttggttcgatgctggaccatgt
gi|9 : TAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CA-T-C-AAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---GGA---TAA-----A------T----C--A----CTC-C-C-A-A-ATTC--CTCC-T--------A---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GTA----T----G-C----G-A-A-TA--A--AA-A-GTTC--C-AT-----GTATA-GCCGT-GG--C--T--GA----GGATTGAACCCAC--tt
25 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAAATGTATTTACGATGTATTTTACATCGATTGCTACAACTTAAACAAATCAATCTCCAAGTTTTAAGACCAGTACTAAGCACATGCAGATAAAGTGTCTTGCTCAAGGACACCAAACATGACTCGGACGGGGGTTCAAACCTACAACCCACCGACGCTCTACCCTTAGACACTATGTGCCAT
Unaligned ( gi|37 ): TTCGATATATATCCATTTTTAAGTAAGTTCTTGCACCTTATGCATATTTATGTCTTCTTTATTAGAACTAAACATATGCGGTTAAAGTTGACAGGGGACCGAATCTACAAACAACTGATCCTGGGATCGATGATCCACAACCAACTGCACCACGTGTTCC
Unaligned ( gi|40 ): ATTCATTTTACATCGATAGTGAAAGAAAAATATTTATTTCTGATTGAACTAGACTAAGGATTTGCGGATAAAATGCCTTGGTCATTGACGCAACATTTAGTTCTGGTGGCGGTTAGACCAACATCTAACCGGCCCTGGATTCGA
Unaligned ( gi|41 ): ATTTTACATTAATTGAAAACATGTTTTTACAATTTAGAACCAGTATTAATACATTCAGATAAAAAGATTGGTCAAGTATACAGTATGTGGGAGGGGATCATACCCAAACTCTGGGAGCATGGTACTGACGCTCTTCCGTTAGA
Unaligned ( gi|43 ): AATCTAAATCATTTTTGACAGAACCAGGAGTATGCATATGCGGATAAATTGTCTAATCAAAGGAAAACACACTCAGCCGTAACGGTGAAGCGAACCCACAACTGCGATGCTCTGCCATCAGACTACGTGTTCC
Unaligned ( gi|45 ): AATTTCATACTTAATTATTTATACTCAATTACGAAGTAAGTTTGTATGTTTTGTGTATTGTTCTGTAGTTCATTTCCATGGCAGATCCAGTAATGAGCATTTTAAGAGGCTGCTGGGTGAAGTCTG
Unaligned ( gi|46 ): GAATAGATTAATATCCAAGTTACGAGTACTAAGCACATGTGGATATTAATACTTATTCAAGAACACAGGTAAGGGATTAAACATACAACTCGGGGTCCAGCATCTGTTGTTCTACCATTAGACA
Unaligned ( gi|47 ): TTCATGTGACAATGATTTCGAAACAAGTTTATAACAGCTTGAATAGTTGTATTCAATGTTGCCTAGGTAGAGCTAGTACCAAGCATTGTGGGAAAAGTCACTTTAGTGTCCTTGCTCAA
Unaligned ( gi|48 ): ATTTTTTCATCAAATTAGAAATAAGTTTGCAATTTATTAGACCTTCTGGAGAGAACCCACACCAAACGTAAGTGTCTCGTTTAAGGACACACATATGACCAATACAGATGGGCAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CACACAAGGATAATTTGATTTTAACTAATATATTTTGCATCAATTGTAAAACAGGTTTTTACAGCTTAATATACAAATATTGCTTGATGTTTAAAGTGTTAAAACTGATACCAAG
Unaligned ( gi|59 ): ATGTCTTCCTCAAGGACATCACACATAGCCGTTGCAGAGGATCGAACCGACGACCCACTGATCATGGGTTCGGTGCTCTACCACTACACCACGCGCTCAA
Unaligned ( gi|64 ): AACTTTAATACATGTATATAACCGACACATTCTTAAGTTCTAACATTTCTCGCTTGGTGATTTTCTGGATAGAATTAGTACTTAGTACATGT
Unaligned ( gi|71 ): TTTCAAATTTATTATCTTACATCAATTGTAAAATAAGATTTGCAACTTTTACTAATATCGGTTAATGTCTTCCTGG
Unaligned ( gi|74 ): TCTATGTCTCTCTTAATAGAACCTGTAATAAGAAAATAAACTGTTTTGCTCAGGACAC
Unaligned ( gi|75 ): AAACTTTTTTTCTCCATTGATTGTGAATTAAGCTCTAACAACTTCGGCAAAGCATGCT
Unaligned ( gi|76 ): ACATATTTATTTAAATCGATTGTGAAATAAGTTATTACAAGTTAAAGGTAATCCTGC
Unaligned ( gi|77 ): GTTTTAAACTTATTCATTTTACATCGATTGTGAAAGAAATTTTTTAAAACT
Unaligned ( gi|78 ): ATTGTGAAACAAATTCTTATAACTTAGACAAACATGCTCGAAGTCT
Unaligned ( gi|80 ): CTTTTTTAGCAGAACCAGTACTTAGGAGATGCGGATAGAGTGCCT
Unaligned ( gi|81 ): ATACTATGTATTAGCTCACCATTGTGATACTTGTACAATTTGGA
Unaligned ( gi|82 ): TATAAACAACACTCAATTCTGATTCCTGGTTAGGATAAGTACTG
Unaligned ( gi|83 ): TATTAGATCTGGTACTGAATTGTATTTTGAGAAGTCATAGGG
Unaligned ( gi|85 ): TTTAAACTCATTTATTTTACATTAATTGCGAAAACAAGTT
Unaligned ( gi|86 ): AGAACCGGTACTAAGCATATGAAGGTAAAGTGTCTTTC
Unaligned ( gi|87 ): GGAACCAGTACTAAGCATATGCCAATAAAGTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111
lowQualScore : 1 111 11 111 11 5555555555 1 1 1 0 2222 2 1 11 0 11 11 9999999 0 11 222 1 3333 22222 222222 1111 11 3333 0 0 0 1 6 333 1 22222222 111 0 0 0 22222222 4444444 1111 555555555555555 0 33333 2222 1 4444 1 222 33 11 2 1 2222222 444444444 1 2222 66 33 44 4444 444 1 1 11 222 22 11 1 444444 1
lowQualScore : . ... .. ... .. .......... . . . . .... . . .. . .. .. ....... . .. ... . .... ..... ...... .... .. .... . . . . . ... . ........ ... . . . ........ ....... .... ............... . ..... .... . .... . ... .. .. . . ....... ......... . .... .. .. .. .... ... . . .. ... .. .. . ...... .
lowQualScore : 7 888 33 777 33 8888888888 0 0 0 9 0000 0 9 22 9 22 22 3333333 9 22 444 4 2222 22222 666666 8888 22 7777 9 9 9 7 0 555 6 88888888 444 8 8 8 77777777 4444444 5555 555555555555555 9 11111 0000 0 9999 0 555 77 33 0 0 9999999 777777777 0 4444 22 33 00 0000 333 0 0 55 111 88 66 2 000000 4
consensus : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
Reference ( family-32 ) : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
gi|1 : TAAACTTATT---TA--T---TTA--A---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TGTT--ACAAC-T--T---GTA---CAA-----A------T----C--T----CGT-T-C-A-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|10 : TATACTTATT---TA--T---TTT--T---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAAAA--AAG--C--T--C--AAAGC-C--TTATATA---TGA-----A------C----C--A----CTC-T-T-T-G-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TC--A--GA-A-A-----C-CT----CG---T-GTCG--A----------G----GGATCGAACCCAC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--TGGCAAAC--A--CTA-TATT------C-GCTTCATTACCGcatatcaggaaaaatgctcactagcactatatatagcactatatatagccgtagcgaagaatcgaacccacgaccatccgaccaagggggcgatgctctagtactgggccacgcgctg
gi|11 : gtTATA-TAATTCTTTA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GCATAGAA--A-G--C--T--C--AAAAC-T--T---ATG---TGA-----A------C----C--G----CTG-T-C-G-A-GTCTGCATCC-T--------G---G-AT-AGAACCAG-TAT--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----GTT----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----GG---A-GTCA--AA--CA-T--TT----GGATTGAACCCCC--AAC-C-TCTTGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--CTC-T-TC------A-ACTATACTACCACCCtaccgct
gi|12 : --C--AGTGC-T--T---TTG---TGA-----A------T----C--T----CTT-T-C-G-A-G------------------------------AACCAG-TAC--------TGGT-----G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TATTA--GATA-C-----C-AT----CA---A-GCTG--AA--C--C--CA----AGATCAAACTCAT--GAC-C-TTTGGCATTA--G--TGGGGAAC--A--TTC-TATCAAGTATCGACCACATTACAGTCCCtgc
gi|13 : atttacacatttatgtcacaccctttttataataagaaATACTAATT---TA--T---TTT--A---------TC-T-T-GAC-T----GAGAAGAG--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---GTATTACAATGTACA------TGTAAC--G----GT--T-C-A-ACGTCCGCTTCC-T--------G---T-AC-AAAACCAG-TAT--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----A-TATTTT-T-T-TG--A--GA-A-T-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--C--T--GT----AGATCGAACTGAC--CGC-C-CCTGGCctttctg
gi|14 : tcTATACTAATT---AA--T---TT---A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------A----C--G----CTC-T-T-G-A-GTCCTTTTCC-C--------GCCGG-GT-AGACTCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T--G--A--GA-G-G-----C-AT----TT---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCAC--AAC-A-TCTGGCGTGA--G--CGACCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACAATACCGCCCtgtccactattttaccgcaccgct
gi|15 : ttTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-GTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA---------C-GT----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--GAC-C-TCTGCCATCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCC
gi|16 : ttATT---TA--T---TT---A---------CT-T-C-GGT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--A----TGC-T-CAG-A-GTC---TCCC-T--------T---G-GT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----GCAAATACAGAAAAAAT-GT-----T----T-T----G-T-T-CA--A--G--G-A-----C-AT----CA---C-ACAA--AG--CCAT--GGCGGAGGATCGAACCTAC--GACTC-TCTGactt
gi|17 : taaacatTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-A----GTGATGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GGCTGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACACTACCGCCCCataatgagtttggtgccctac
gi|18 : AAAT---CA--T---TTC--A---------GC-T-T-GAT-TTAGTGTGAAATATGA-G--C-----C--ATA-C-T--T---TTG---CGA-----T------T----T--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCC-A--------G---A-GT-A---TCAG-TAC--------TG------------G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-A-TG--A--AA-G-G--------------------GTCT--AG--C--TTGGG----GGAACCAACATGC--AAC-C-TTTGGCACAT--G--TGGCCAAC--A--GCC-TATC------T-GCCACACTACAACCCC
gi|19 : tttatggaTATACTAATT---TAGTTAAATTT--A---------GT-T---GAT-T----GCAAAGTA--G-G--C--T--C--TGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCA-T--------G---G-GTAAGAACCAA-TTC--------TG-------A----G---------------T--T------------C----T-T-T-TGCTA--GA---C-----C-AT----TG---A-GTTA--AG--C--C--AG----AGATCAAACCCAT--GAC-CTTCTTGCGTGA--G--at
gi|2 : ttTATACTAATA---AA--T---ACT--A------------T-T-AATAT----ATGAAGAT--A----------C--AGAGC-T--T---ATA---TAA-----ACTTATCT----T--GAGTCCTC-T-T-G-A-GTCTGTTTGA-T--------G---C-GA-ATAACCGG-AAC--------TG-------A----GT--------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TT--GCCGA-G-G-----A-AT-----G---G-GTTG--AA--T--T--GG----GGATTGAAACTGTAAAAC-C-TCTGGCGTGA--T--TAGCCAGC--A--CTG-GATC------C-ACTATAATAATGCCatacatgtactaacactgctgtgcagt
gi|20 : gaaaatgtTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------TT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T---------C-T--T---ATA---TAA-----A------T-------------TA-TAC-A-T-GT---TTTCC-T--------G---A-AT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----G---------------taacttg
gi|22 : tTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-TTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA-G-G--------T----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--AAC-C-TCTACCGTCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCCcatgtgcgggaaaaacgtcttgctcaaggacatcacacatgaccacgtgtagggaggatcgaaccatgatcgtccaatcacgggttcggggctctaccacg
gi|23 : TATACAAACT----A--T---TTT--A---------TC-T-T-GAA-T----GCAACAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---AGA-----A------C----C--T----CTC-T-T-T-A-GTCCTCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------AG-------AGTATG---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----TA---A-GTCG--AC--C--A--GG----GGATTGACCCCTT--AAC-C-TCTGCTGTGT--G------CAAC--A----C-TATT------C-CTTACACTACCGCCCcct
gi|24 : aTATATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-C-CAT-T----GCGAAGAC--A-G--T--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-A-TTATGTTTTC-T--------A---G-TT-AGAAACGG-TAC--------CG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAG-TG--A--GA-G-G-----C-A---------------G--AG--C--T--GG----GCATCGAACCGGC--AAA-C-TCTGGCATGA--G--CGGTCAAC--A--CTA-AATC------C-ACAGCAATACCGCCCa
gi|25 : attTATACTTAGT---TG--T---TTA--A---------GC-T-T-GAC-T----GTAAAGTA--A-A--C--T-------ATT-T--G---GTG---TCA-----A------T----T--G----AAC-T-T-G-A-AGCTGTTTCC-A--------T---G-GT-AGAACCAA-TGC--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-A-----CTAT----TG---G-TCTA--AG--C--C--AG----GGATTGAACCTGA--TAA-A-TCTAGTATGA--G--AGGTCAAC--A--CCC-TATC------T-GCTACATTACCATCCCgc
gi|26 : TAAACTGATT---GA--T---TTA--A---------TC-T-T-TAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-TTAT---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTG-T-T-A-G-GTGCACTTGC-T--------G---C-AT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----T-A----T-T-A-TG--A-------------------------------G--AG--C--T--GG----GGAGTGAATCCGT--TAC-T-TCTGGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--ATC-TATT------C-ACTGCACTGCTGCCCC
gi|27 : tagttATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAT-T----GTGAAACA--A-G--TAAT--T--ACAAC-T--T---ATA---CAA-----G------T----C--A----TGCAT-G-G-A-GTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCCG-TAC--------TA-------A----G---------------actt
gi|28 : tTAGTT---TA--T---AAT--A---------GC-T-C-GAT-T----GTGAAGTA--T-G--C--T------GAGG-T--T---AGT---CAA-----G------T-------G----CTC-T-C-G-A-GTTCACTTCC-T--------G---G-AT-AGGACCAGGTAC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-A-T-TG--A--GA-GTA-----T-AT----AG---T-GTTG--AA--C--T--TG----GTATCAAACCCGC--AAC-C-TCTGGTGTAA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TGTcatatgtagataaagtgtcttgctcaaggacaccacacatagccgcggcagaggatcaaactgggggccatgaccctccgatccagtaccactgga
gi|29 : ccaaattT-T----GTGATGAA--A-G--C--C--C--AGAGT-T--T---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTC-T-C-G-A-GCCCGCGTCC-T--------G---G-GT---------------------------------------------------T-GT-----T----G-T----T-T----G--A--CA-G-G-----C-AT----CG---G-ACCA--AG--C--T--GG----GGAATTAATCTGC--AAC-C-TATGGTGTGA--G--TGGCCAAC--A--CTC-TATC------T-ACTGTACTACTGCtgtcta
gi|3 : tattatttaattgtcatattgTATATTTATT---AA--T---GTT------------GCAT-C-GAT-C----GTGAAACA--C-A--T--T--CTTGCAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-A-C-GCA-ATC-G--TCT-T--------A---T-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------tttgcttttaa
gi|30 : atgttattttTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAC-A----ACGAAGAA--A-G--C--T--C--ATTGA-T--C---ATG---TGA-----A------T----C--G----ATG-T-C-G-A-GT----TTCC-C--------A---G-GT-AGAATTAG-CAG--------TT-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AC----CT---G-GTTG--AGA-C--T--GG----GAGT-GAACCCGC--AAC-C--CTGGTGCGA--G--CGGTCAAC--A--C-----TC------C-ATTGAACTACCcatatgtgtataattgtctcttaatcaaagacactacacatagccacggacccacgaccatcccgaacccagatccttcccactgcgccacgtgctcc
gi|31 : ttttTATTTATT---TA--T---TTT--ATAGAATGTTAC-T-T-GAT-T-------AAACA----G--A--T--C--AAAGC-A--T---TTG---TGA-----A------T----C--ATGCACTC-T-C-C-A-ATCCGTTTCC-TTGGTAACTG---G-GT-AG---------------------------------------------------------T----G-T----T-C-T-CT--A--GATG-T-----C-AT----CA---G-GTCG--GG--T--C--TG----TGATTGAACTAGT--TAT-C-AGTTGTGTGA--G--TGGCAAAC--A--ttcc
gi|32 : ctagacattACTTATT---TA--T---TTC--A---------CC-A-T-GAT-T----GTGAGACA--A-G--A--T--T--------T--T---A-------A-----A------A----C--G----CGC-T-C-T-ATGTC---TTTC-T--------G---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|33 : a--T---TTT--A---------GT-T-C-AAT-T----CAGAATGA--A-G--T--C--C--AAAA----------------G---------------------G----TTT-T-T-T-A-ATTGGTTTCC-T--------A---G-AT-AAAACTAG-CAC--------TA-------G----G---------------T-TT-----T----G-T----T-G-A-TG--A--CA-G-A-----CCAT----TG---G-GATG--AG--A--TTGGG----GGATCAAACCTGC--AAC-C-TCTGGTGCAA--G--T-GTCAAG--ATCCTA-TATC------C-TCTACACcatatgcggataaagtgtcttgctcaatgacactatatatagtcttgacaggggatcgaacaaacccacgacccttggatcctgggttcg
gi|34 : gAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-T-GTCTG-TTCT-T--------G---GAGT-AGATCCGG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GT-----T----C-T----T-T-T-TGA-A--AA-G-A-----T-AT----TG---G-GTTG--AA--C--C--TT----GGATCAAATTTAC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--AGGCAAAC--A--TCC-TGAC------C-cccacaccaac
gi|35 : ttattcaattatgccaatttatataagaaaatacATATTTATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAA-C----GTGAATTA--A-G--A--T--C--AGAGA-A--T---ATA---TTA-----A------G----C--A----GTC-T-G-G-A-GTTC-TTTCC-T--------T---T-GT-ACGACTAG-TAC--------AG-------A----C---------------T-GT-----T----G-CG---T-T-T-CA--G--GA-G-G-----C-AT----CG---A-GTAG--AA--A--T--TG----GGATCGAATTCGT--GAC-C-CATGACTTGA--T--CAGTCAAC--A--C
gi|36 : cTT---TA--T---TTT--A--------------CAGGT-T----GTGAAA---------------C--AGA---T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-A-A----CGTTTCCCT--------G---G-GT-AAAACCAA-TGC--------TA-------A----
gi|38 : taaacttgttt--A-A--C--T--T--AAAGCGT--T---A-G---TGA-----A------T----C--T----TTC-T-C-G-A-GTTCATTTCT-T--------G---T-GT-AGAATAAG-TAC--------T--------A----G---------------CAGT-----T----G-T----T-T-A-TG--G--GA-A-T-----CTAT----GG---G-GTCA--AGT-C--T--GT----GAA-CAAACCTGT--GAC-C-TCTGAT------G--CAGCCAGC--A--ATG-TATC------C-ACAACACCATTGCCCagtacatgcagatgaaatatcttacacatggacacccactatggcagtggcgaaggatcgaacctacaaacctcggatc
gi|39 : TATA-TAATT---TA--T---TAT--A---------GT-T-C-CAT-T----GCAAAGTA--A-G--C--T--T--------T--C---AT-----GA-----A------A----T--G----CTG-T-C-A-A-GTCC-------T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----A---------------G-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GC----C-AT----TT---G-GTCA--AGTCC--T--GG----tgct
gi|4 : tTT---TA--T---TTTTTA---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TATT--ATTAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--C----CAT-T-C-G-AAGTC---TCCC-T--------G---G-GT-AAAACTCG-TACAAAGCTTATGCGAAAAAG----G---------------T-GT-----C------T----T-T-C-TA--A--AC-G-A-----C-ATCCAACGT--G-GCCGTTA---C--A--GA----GGATCGAACCCAC--GAC-C-ttagtgtatggcatgagctaccacaccacccat
gi|42 : cTCCGCCTCC-A--------G---A-GT-AGAATCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-T---A--GA-G-G-----C-AC----CG---G-TTCG--AG--C--T--GG----GGACC-------------------------A--A--CGACCAAT--A--CTC-TACC------A-ACTTCACTGCctccgatcaagtagcccatgcttaacctatgaatcacgca
gi|44 : aaatagagattaaagctactgtgacacactcT----CA---G-ATCA--AG--C--T--GA----TGACCAAACCTGC--AAC-C-TCTAGCATGATAGTTCAGTCAAC--A--TGT-TACC------A-ACAGCACTACttccgtgctttc
gi|49 : TATATTTATT---TA--T---TTT--A---------GC-C-T-TAT----------AGTA--A-G--T--T-----AGAGC--------------------------------------------------------CTGTTTCC-T--------T---T-GT-AGAACCAG-T-------------------A----G---------------T-GT------------T----C-T-T-TG--A--GA-G-G-----CTGT----CG---G-GTTG--AG--G--T--AA----GGAT---ATATAG--AAC-C-TTTAGCGTGaccctggcccacctcttctgaggataatatatataatagtatattatatctgatact
gi|5 : tA--T---TTT--A---------CA-T-C-GAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--TTTACAAC-T--T---GGA---CAA-----C------T----C--G----CGC-T-C-G-AAGTC---TTTC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|51 : ggttctagcatacac-GTCCATTTCC-A--------T---G-GT-CAAACCAG-TAC--------AGGA-----A----A---------------T-GC-----T----G-T----T-T-A-TG--C--GA-C-G-----CCAT----CG---G-GTTG--TGT-C--T--GA----GGATAGAACCATC--GAC-C-TAAGGCATGA--A--CGGCCAAC--A--TTA-CATC------gatgtgggaataaagtgtcatgctcaaggacactacacatagccgttgtggaagatcgaacccgctactttctccctaatcctgagtccactggactac
gi|52 : gcAACCAG-TAC--------GG-------------------------------------T----G-C----T-T-T-TC--A--GT-G-A-----CTAT----CT---G-GTCT--GG--CC-T--GGCCTGGAATTGAACCTGG--GAC-C-TCTGACATGA--A--AGGTCAAA--A--TCA-TATA------C-ACTATACCATTGCCCg
gi|53 : --------TG-------A----C---------------T-GT-----T----A-T----T-T-T-TA--T--GT-G-G-----CTAT----TA---G-GTTG--TG--C--T--GG----AAACTGAACGGGC--AAC-A-TCTAGCATGA--A--CAATCAAT--A--CTC-TAAT------C-ACTGCACAACCTCCCtgat
gi|54 : agacatgg----C--G----ATT-T-T-G-A-GTCCGTTTCA-T--------T---G-GT-TGAAC-----AC--------TT-------A--------------------T-AT-----T----T-G----C-T-A-TG--A--AA-A-GCCTTCC-AT----TG---GAGTC-------T--T--GG----G--TCGAACCCGC--GAT-T-TCTGGTGTGA--G--CGACAAAA--A--CTC-Tgcat
gi|55 : --------G---G-GT-AGAAGAGA-TGC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AT----CT---G-ATTG--AG--T--C--TT----CGATCTAACGCAT--TA----TCTAGCATGA--A--TGGCCAAT--A--CTC-TATT------C-ACTGCACTACCAC
gi|56 : TATACTGCTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--
gi|57 : gtattcatgtaaacgaaaaataaatgtcgaagtagtccgtttttctataaatgtttgttaacttAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAA-T----GCGATGAA--A-A--C--A--C--AGAGC-T--T---ATA---TGG-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-ACAA-TAA-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAA-TG--A--GA-G-G-----C-AT----tcaatg
gi|58 : -TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----TTTTGG-T----T-T-T-T---A--GA-G-GC----C-CT----TG---G-GTAA--AG--C--C--TG----GGATCAAACCCAC--AAC-C-CAGGATGTGA--G--CAGTCAACA-A--CGA-TATT------C-ACTACACCACCTCCC
gi|6 : aTATTTATT---TA--G---TTT--A---------CC-C-T-GAC-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACATC-T--T---AGA---TAA-----A------T----C--G----TGC-T-T-G-A-A---GTTTCCAT--------G---G-GC-AGAATCAG-TAC--------TA-------A----G---------------C-AT-----T----A-T----A-T-T-
gi|60 : TATGCCAATT---TA--C---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----TGGAAGAA--C-G--C--T--C--AAAGC-T--T---TTA---TGA-----A------C----T--G----CCC-T-C-G-A-GTCCATGTCC-C--------G---G-GT-AGAACTAG-TAG--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----atgcagataaagtgttctacttgagttgagcaccacaaacggatgatcaaactcacagtccgatgctccaccactgaaccatatgctccgcaacta
gi|61 : gtTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GT-T-T-GAT-T----GCGATAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-A--T---ATA---TGA-----A------C----T--G----TTC-T-C-G-A-GTCCGTTTCC-T--------G---G-GA-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----tt
gi|62 : gttTATACTAATT----G--T---GTT--A---------GA-T-C-GAA-T----GCGATTAA--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---AAT---TGA-----A------A----T--G----CGT-T-C-G-A-GTTCGCTGCT-T--------G---G-AT-AGAACCAC-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----
gi|63 : aattTATATTAATA---TA--T---CCT--A---------AC-T-T-TAT-T----ATAAAGAT--A-G--C--T--T--CACTC-T--T---ATA---TAA-----A------C----A--A----CAC-T-C-G-A-GTCTGCTTAC-C--------G---G-GT-AGGACAAG-TAC--------TG-------A----
gi|65 : ggtATT---TT--T---TTT-------------C-TTC-GAT-T----GTGAAACA--A-GTTC--T--T--ACAAC-T--T---AGG---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-G-GAA-GT---CTTTA-T--------G-----------ACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|66 : aaacG--A--GA-T-G-----CCAT----CA---A-GTCC--AA--C--T--GG----GGTTTGAATCCCC--AAT-C-TCTTGCATGA--G--TGGCATAT--G--CTC-TAGC------C-ACTGCACTACTGTTCCcatatgcg
gi|67 : -T--------G---G-TT-A-AACAAG-TAC--------TG-------G----T---------------T-GT-----T----A-A----T-C-A-TG--A--GA-G-GC----C-AC----AG---A-GT----AG--C--TCCTC----GGATCAAACCAGC--AAC-A-TTGAGCATGA--G--Cgcatt
gi|68 : tcccaTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-G-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGTACCA
gi|69 : -------A----A---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-AC----C-AT----TG---G-GTAG--AG--C--C--TA----GGATCAAACATAT--AAC-C-ACTGATGAAA--T--TGGCCA
gi|7 : TT---TA--T---TTA--A---------GG-G-C-GAT-T----AAAAAGAA--A-G--C--T--C--AAGGC-T--T---ATA---TGA-----A------C----G--G----GTC-T-T-G-A-GCCCACTACC-T--------G---A-GT-AGAACTGA-TAC--------GG-------A----G---------------T-ATAGTATT----G-C----TGT-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--T--T--GG----AGATTTAACCCAC--AAC-T-TCCGGTGTGA--G--CGGCCAAT--A--CCCTTATC------C-ACTGCACTACTGCCCCttgctccttaccat
gi|70 : taatgg-GT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----G----G-T----T-T-T----------------------------G---G-GCCC--AG--C--T--AG----GGATAGAGGCCAC--gctt
gi|72 : ----GGATTGAACCCAT--GAC-C-TCTTGCATGA--G--TGACTTGCTAA--CCC-TATT------T-ACTACATCGCTGCCagcaactgcataaccaccaccagcttt
gi|73 : ACCAAACCCGC--AAC-A-TTTTGAGTAA--G--CGGTCAAC--A--CAC-TTTC------A-ACTGTGTTACCACTCacact
gi|79 : ATCAAATCTGC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--CAACAAAC--A--CTC-Tttatta
gi|8 : AT-T----GTAAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--TT--AGA---CAT-----A------T----CATG----CTC-T-----ATGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------tcaccac
gi|84 : ttttttaaaactgattaattttcatacatgtatTCCTCTTCC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GG-----T----G-T----T-T-T-Tcacatgcagacaaggacactacacttagccgtgacagaggatcgaatctgagattccccagatccttggttcgatgctggaccatgt
gi|9 : TAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CA-T-C-AAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---GGA---TAA-----A------T----C--A----CTC-C-C-A-A-ATTC--CTCC-T--------A---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GTA----T----G-C----G-A-A-TA--A--AA-A-GTTC--C-AT-----GTATA-GCCGT-GG--C--T--GA----GGATTGAACCCAC--tt
blockSeqs : T CTT GT AAA TT TAGAATGTTA TAGT C A TG TT AA CTTAC TA TAT T TTAC TGTAC CTTATC GTAA AT AGTC C C CGC C TGGTAACT CCG AAAGCTTA CGAAAAA GTAT CAAATACAGAAAAAA AGTAT TTTG ATTT TA TT CC T CCTTCC CCAACGT CGTT TC CA TG CGGA AAA TA TTC TA TC T AAGTAT G
blockSeqs : A . . . . G . C A . . . CTTGC . T T T . . . . TGCA A T TGC A . . . GT . T A . G TA CT . T TTCC GTAT CGT C A TG CCTG A . T A . . . .
blockSeqs : A . . . . G . A A . . . ATTAT . . T T . . . . . . A CGC . . . . GA . . . . G AG A . . CT GG CA C C CC . G . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . T A . . . TTTAC . . T T . . . . . . A CTT . . . . . . . . . G AA . . . TC CA TG A . . . C . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T T . . . CTTAC . . T T . . . . . . A CAT . . . . . . . . . . T . . . CC TG CA T . . . A . A . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T C . . . CTTAC . . T C . . . . . . T TGC . . . . . . . . . . T . . . CT TT CA T . . . G . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . T A . . . CTTAC . . A C . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . T . . . CC CG AG . . . . G . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T T . . . CTTAC . . C T . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . T . . . CT CA AA . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . C T . . . CAA . . T C . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . T . . . CC CG CA . . . . A . A . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . T A . . . CAA . . C T . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . T . . . CT TG CT . . . . G . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . C C . . . CAG . . T T . . . . . . . CTC . . . . . . . . . . A . . . CT CG TA . . . . A . A . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T T . . . CAA . . T T . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . T . . . TC TA TG . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . C A . . . CAG . . T C . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . T . . . CC TG AG . . . . A . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . C A . . . CGG . . T A . . . . . . . CAC . . . . . . . . . . T . . . CC AG CG . . . . T . T . . . . .
blockSeqs : G . . . . G . T T . . . CAG . . T T . . . . . . . CAC . . . . . . . . . . T . . . CC CG TA . . . . T . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . T . C A . . . CAT . . T T . . . . . . . CGC . . . . . . . . . . A . . . CC CT TG . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : T . . . . A . T C . . . CTG . . T T . . . . . . . CGT . . . . . . . . . . T . . . C CA CA . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . T T . . . CAG . . T C . . . . . . . GGT . . . . . . . . . . T . . . C TG TG . . . . A . A . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . T A . . . CGG . . G C . . . . . . . CGT . . . . . . . . . . T . . . C TG CG . . . . T . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . T C . . . CAG . . T T . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . A . . . C CG TG . . . . A . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . C A . . . CAG . . G C . . . . . . . CGC . . . . . . . . . . T . . . C GG TG . . . . A . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . G . T C . . . CAG . . T T . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . T . . . C TT AG . . . . G . C . . . . .
blockSeqs : G . . . . A . A C . . . TAC . . T T . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . A . . . C CG CA . . . . G . A . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T G . . . CAG . . T T . . . . . . . CGT . . . . . . . . . . T . . . C CA CA . . . . G . C . . . . .
blockSeqs : T . . . . C . T T . . . CAT . . T T . . . . . . . CGC . . . . . . . . . . C . . . A CG CG . . . . A . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . C T . . . CAA . . G C . . . . . . . CAT . . . . . . . . . . T . . . C CG CA . . . . A . T . . . . .
blockSeqs : A . . . . C . T C . . . CAA . . T T . . . . . . . CGT . . . . . . . . . . T . . . C CT TG . . . . G . C . . . . .
blockSeqs : A . . . . G . T T . . . CAG . . A C . . . . . . . CGC . . . . . . . . . . A . . . T TA TG . . . . G . T . . . .
blockSeqs : A . . . . G . C C . . . CAG . . G C . . . . . . . TGC . . . . . . . . . . T . . . C TG CT . . . . A . C . . .
blockSeqs : T . . . . C . C A . . . TAA . . T T . . . . . . . CAC . . . . . . . . . . T . . . C CT TG . . . . G . T . . .
blockSeqs : T . . . . G . T A . . . CAG . . G T . . . . . . . CTC . . . . . . . . . . A . . . T TG TG . . . . T . C . . .
blockSeqs : . . . . G . G C . . . CAA . . T T . . . . . . . TG . . . . . . . . . . T . . . C CA AA . . . . A . T . .
blockSeqs : . . . . G . C A . . . CAG . . T T . . . . . . . CT . . . . . . . . . . T . . . C AG CC . . . . A . C . .
blockSeqs : . . . . A . C A . . . CAA . . A T . . . . . . . GT . . . . . . . . . . T . . . C TG AG . . . . A . C
blockSeqs : . . . . C . T A . . . TCA . . T T . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . C TG CA . . . . A . .
blockSeqs : . . . . G . T A . . . TAC . . G C . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . C G CC . . . . A .
blockSeqs : . . . . C . C C . . . CAA . . G C . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . G G . . . . G
blockSeqs : . . . . . . A C . . . AG . . T T . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . A
blockSeqs : . . . . . T A . . . G . . G C . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . A
blockSeqs : . . . . . T C . . . T . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CAG**** CGC
originalCons : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
finalCons : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--TCAG----AGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
25 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAAATGTATTTACGATGTATTTTACATCGATTGCTACAACTTAAACAAATCAATCTCCAAGTTTTAAGACCAGTACTAAGCACATGCAGATAAAGTGTCTTGCTCAAGGACACCAAACATGACTCGGACGGGGGTTCAAACCTACAACCCACCGACGCTCTACCCTTAGACACTATGTGCCAT
Unaligned ( gi|37 ): TTCGATATATATCCATTTTTAAGTAAGTTCTTGCACCTTATGCATATTTATGTCTTCTTTATTAGAACTAAACATATGCGGTTAAAGTTGACAGGGGACCGAATCTACAAACAACTGATCCTGGGATCGATGATCCACAACCAACTGCACCACGTGTTCC
Unaligned ( gi|40 ): ATTCATTTTACATCGATAGTGAAAGAAAAATATTTATTTCTGATTGAACTAGACTAAGGATTTGCGGATAAAATGCCTTGGTCATTGACGCAACATTTAGTTCTGGTGGCGGTTAGACCAACATCTAACCGGCCCTGGATTCGA
Unaligned ( gi|41 ): ATTTTACATTAATTGAAAACATGTTTTTACAATTTAGAACCAGTATTAATACATTCAGATAAAAAGATTGGTCAAGTATACAGTATGTGGGAGGGGATCATACCCAAACTCTGGGAGCATGGTACTGACGCTCTTCCGTTAGA
Unaligned ( gi|43 ): AATCTAAATCATTTTTGACAGAACCAGGAGTATGCATATGCGGATAAATTGTCTAATCAAAGGAAAACACACTCAGCCGTAACGGTGAAGCGAACCCACAACTGCGATGCTCTGCCATCAGACTACGTGTTCC
Unaligned ( gi|45 ): AATTTCATACTTAATTATTTATACTCAATTACGAAGTAAGTTTGTATGTTTTGTGTATTGTTCTGTAGTTCATTTCCATGGCAGATCCAGTAATGAGCATTTTAAGAGGCTGCTGGGTGAAGTCTG
Unaligned ( gi|46 ): GAATAGATTAATATCCAAGTTACGAGTACTAAGCACATGTGGATATTAATACTTATTCAAGAACACAGGTAAGGGATTAAACATACAACTCGGGGTCCAGCATCTGTTGTTCTACCATTAGACA
Unaligned ( gi|47 ): TTCATGTGACAATGATTTCGAAACAAGTTTATAACAGCTTGAATAGTTGTATTCAATGTTGCCTAGGTAGAGCTAGTACCAAGCATTGTGGGAAAAGTCACTTTAGTGTCCTTGCTCAA
Unaligned ( gi|48 ): ATTTTTTCATCAAATTAGAAATAAGTTTGCAATTTATTAGACCTTCTGGAGAGAACCCACACCAAACGTAAGTGTCTCGTTTAAGGACACACATATGACCAATACAGATGGGCAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CACACAAGGATAATTTGATTTTAACTAATATATTTTGCATCAATTGTAAAACAGGTTTTTACAGCTTAATATACAAATATTGCTTGATGTTTAAAGTGTTAAAACTGATACCAAG
Unaligned ( gi|59 ): ATGTCTTCCTCAAGGACATCACACATAGCCGTTGCAGAGGATCGAACCGACGACCCACTGATCATGGGTTCGGTGCTCTACCACTACACCACGCGCTCAA
Unaligned ( gi|64 ): AACTTTAATACATGTATATAACCGACACATTCTTAAGTTCTAACATTTCTCGCTTGGTGATTTTCTGGATAGAATTAGTACTTAGTACATGT
Unaligned ( gi|71 ): TTTCAAATTTATTATCTTACATCAATTGTAAAATAAGATTTGCAACTTTTACTAATATCGGTTAATGTCTTCCTGG
Unaligned ( gi|74 ): TCTATGTCTCTCTTAATAGAACCTGTAATAAGAAAATAAACTGTTTTGCTCAGGACAC
Unaligned ( gi|75 ): AAACTTTTTTTCTCCATTGATTGTGAATTAAGCTCTAACAACTTCGGCAAAGCATGCT
Unaligned ( gi|76 ): ACATATTTATTTAAATCGATTGTGAAATAAGTTATTACAAGTTAAAGGTAATCCTGC
Unaligned ( gi|77 ): GTTTTAAACTTATTCATTTTACATCGATTGTGAAAGAAATTTTTTAAAACT
Unaligned ( gi|78 ): ATTGTGAAACAAATTCTTATAACTTAGACAAACATGCTCGAAGTCT
Unaligned ( gi|80 ): CTTTTTTAGCAGAACCAGTACTTAGGAGATGCGGATAGAGTGCCT
Unaligned ( gi|81 ): ATACTATGTATTAGCTCACCATTGTGATACTTGTACAATTTGGA
Unaligned ( gi|82 ): TATAAACAACACTCAATTCTGATTCCTGGTTAGGATAAGTACTG
Unaligned ( gi|83 ): TATTAGATCTGGTACTGAATTGTATTTTGAGAAGTCATAGGG
Unaligned ( gi|85 ): TTTAAACTCATTTATTTTACATTAATTGCGAAAACAAGTT
Unaligned ( gi|86 ): AGAACCGGTACTAAGCATATGAAGGTAAAGTGTCTTTC
Unaligned ( gi|87 ): GGAACCAGTACTAAGCATATGCCAATAAAGTGCTTG
Alignments
lowQualScore : 111 1111111
lowQualScore : 1 111 11 111 11 5555555555 1 1 1 0 2222 2 1 11 0 11 11 9999999 0 11 222 1 3333 22222 222222 1111 11 3333 0 0 0 1 6 333 1 22222222 111 0 0 0 22222222 4444444 1111 555555555555555 0 33333 2222 1 4444 1 222 33 11 2 1 2222222 444444444 1 2222 66 33 44 4444 444 1 1 11 222 22 11 1 444444 1
lowQualScore : . ... .. ... .. .......... . . . . .... . . .. . .. .. ....... . .. ... . .... ..... ...... .... .. .... . . . . . ... . ........ ... . . . ........ ....... .... ............... . ..... .... . .... . ... .. .. . . ....... ......... . .... .. .. .. .... ... . . .. ... .. .. . ...... .
lowQualScore : 7 888 33 777 33 8888888888 0 0 0 9 0000 0 9 22 9 22 22 3333333 9 22 444 4 2222 22222 666666 8888 22 7777 9 9 9 7 0 555 6 88888888 444 8 8 8 77777777 4444444 5555 555555555555555 9 11111 0000 0 9999 0 555 77 33 0 0 9999999 777777777 0 4444 22 33 00 0000 333 0 0 55 111 88 66 2 000000 4
consensus : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
Reference ( family-32 ) : TATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGNA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---CGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCG--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--GAC-C-TCTGGCGTGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ACTGCACTACCGCCCC
gi|1 : TAAACTTATT---TA--T---TTA--A---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TGTT--ACAAC-T--T---GTA---CAA-----A------T----C--T----CGT-T-C-A-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|10 : TATACTTATT---TA--T---TTT--T---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAAAA--AAG--C--T--C--AAAGC-C--TTATATA---TGA-----A------C----C--A----CTC-T-T-T-G-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TC--A--GA-A-A-----C-CT----CG---T-GTCG--A----------G----GGATCGAACCCAC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--TGGCAAAC--A--CTA-TATT------C-GCTTCATTACCGcatatcaggaaaaatgctcactagcactatatatagcactatatatagccgtagcgaagaatcgaacccacgaccatccgaccaagggggcgatgctctagtactgggccacgcgctg
gi|11 : gtTATA-TAATTCTTTA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GCATAGAA--A-G--C--T--C--AAAAC-T--T---ATG---TGA-----A------C----C--G----CTG-T-C-G-A-GTCTGCATCC-T--------G---G-AT-AGAACCAG-TAT--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----GTT----T-T-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----GG---A-GTCA--AA--CA-T--TT----GGATTGAACCCCC--AAC-C-TCTTGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--CTC-T-TC------A-ACTATACTACCACCCtaccgct
gi|12 : --C--AGTGC-T--T---TTG---TGA-----A------T----C--T----CTT-T-C-G-A-G------------------------------AACCAG-TAC--------TGGT-----G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TATTA--GATA-C-----C-AT----CA---A-GCTG--AA--C--C--CA----AGATCAAACTCAT--GAC-C-TTTGGCATTA--G--TGGGGAAC--A--TTC-TATCAAGTATCGACCACATTACAGTCCCtgc
gi|13 : atttacacatttatgtcacaccctttttataataagaaATACTAATT---TA--T---TTT--A---------TC-T-T-GAC-T----GAGAAGAG--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---GTATTACAATGTACA------TGTAAC--G----GT--T-C-A-ACGTCCGCTTCC-T--------G---T-AC-AAAACCAG-TAT--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----A-TATTTT-T-T-TG--A--GA-A-T-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--C--T--GT----AGATCGAACTGAC--CGC-C-CCTGGCctttctg
gi|14 : tcTATACTAATT---AA--T---TT---A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------A----C--G----CTC-T-T-G-A-GTCCTTTTCC-C--------GCCGG-GT-AGACTCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T--G--A--GA-G-G-----C-AT----TT---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCAC--AAC-A-TCTGGCGTGA--G--CGACCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACAATACCGCCCtgtccactattttaccgcaccgct
gi|15 : ttTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-GTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA---------C-GT----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--GAC-C-TCTGCCATCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCC
gi|16 : ttATT---TA--T---TT---A---------CT-T-C-GGT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--A----TGC-T-CAG-A-GTC---TCCC-T--------T---G-GT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----GCAAATACAGAAAAAAT-GT-----T----T-T----G-T-T-CA--A--G--G-A-----C-AT----CA---C-ACAA--AG--CCAT--GGCGGAGGATCGAACCTAC--GACTC-TCTGactt
gi|17 : taaacatTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-T-GAT-A----GTGATGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GGCTGCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----CG---G-GTCA--AG--C--T--GG----GGATCGAACCCGC--AAC-C-TCTGGCATGA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TATC------C-ATTACACTACCGCCCCataatgagtttggtgccctac
gi|18 : AAAT---CA--T---TTC--A---------GC-T-T-GAT-TTAGTGTGAAATATGA-G--C-----C--ATA-C-T--T---TTG---CGA-----T------T----T--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCC-A--------G---A-GT-A---TCAG-TAC--------TG------------G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-A-TG--A--AA-G-G--------------------GTCT--AG--C--TTGGG----GGAACCAACATGC--AAC-C-TTTGGCACAT--G--TGGCCAAC--A--GCC-TATC------T-GCCACACTACAACCCC
gi|19 : tttatggaTATACTAATT---TAGTTAAATTT--A---------GT-T---GAT-T----GCAAAGTA--G-G--C--T--C--TGAGC-T--T---ACA---TGA-----A------T----C--G----CTC-T-C-T-A-GTCCATTTCA-T--------G---G-GTAAGAACCAA-TTC--------TG-------A----G---------------T--T------------C----T-T-T-TGCTA--GA---C-----C-AT----TG---A-GTTA--AG--C--C--AG----AGATCAAACCCAT--GAC-CTTCTTGCGTGA--G--at
gi|2 : ttTATACTAATA---AA--T---ACT--A------------T-T-AATAT----ATGAAGAT--A----------C--AGAGC-T--T---ATA---TAA-----ACTTATCT----T--GAGTCCTC-T-T-G-A-GTCTGTTTGA-T--------G---C-GA-ATAACCGG-AAC--------TG-------A----GT--------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TT--GCCGA-G-G-----A-AT-----G---G-GTTG--AA--T--T--GG----GGATTGAAACTGTAAAAC-C-TCTGGCGTGA--T--TAGCCAGC--A--CTG-GATC------C-ACTATAATAATGCCatacatgtactaacactgctgtgcagt
gi|20 : gaaaatgtTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------TT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T---------C-T--T---ATA---TAA-----A------T-------------TA-TAC-A-T-GT---TTTCC-T--------G---A-AT-AGAACCAG-AAC--------TA-------A----G---------------taacttg
gi|22 : tTACATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-T-GAT-T----GTGAAGTA--A-G--C--T--C--GGAGC-T--T---ATG---CAT-----A------T----C--G----TTC-T-C-C-A-TTGCATTCCC-T--------T---A-TT-AGATCTGG-TAC--------TG-------A----------------------AT-----T----G-TG---T-T-T-CG--A--GA-G-G--------T----CG---G-GTAG--AGC-C--T--GG----G--TCAAACTCGC--AAC-C-TCTACCGTCT--G--AAGCCAGC--A--CCC-TATC------C-GCTGTACTACTGACCCcatgtgcgggaaaaacgtcttgctcaaggacatcacacatgaccacgtgtagggaggatcgaaccatgatcgtccaatcacgggttcggggctctaccacg
gi|23 : TATACAAACT----A--T---TTT--A---------TC-T-T-GAA-T----GCAACAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-T--T---ATA---AGA-----A------C----C--T----CTC-T-T-T-A-GTCCTCTTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------AG-------AGTATG---------------T-GT-----T----G-T----T-T-TATG--A--GA-G-G-----C-AT----TA---A-GTCG--AC--C--A--GG----GGATTGACCCCTT--AAC-C-TCTGCTGTGT--G------CAAC--A----C-TATT------C-CTTACACTACCGCCCcct
gi|24 : aTATATTAATT---TA--A---TTT--A---------GC-T-C-CAT-T----GCGAAGAC--A-G--T--T--C--AGAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-A-TTATGTTTTC-T--------A---G-TT-AGAAACGG-TAC--------CG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAG-TG--A--GA-G-G-----C-A---------------G--AG--C--T--GG----GCATCGAACCGGC--AAA-C-TCTGGCATGA--G--CGGTCAAC--A--CTA-AATC------C-ACAGCAATACCGCCCa
gi|25 : attTATACTTAGT---TG--T---TTA--A---------GC-T-T-GAC-T----GTAAAGTA--A-A--C--T-------ATT-T--G---GTG---TCA-----A------T----T--G----AAC-T-T-G-A-AGCTGTTTCC-A--------T---G-GT-AGAACCAA-TGC--------TG-------G----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-A-----CTAT----TG---G-TCTA--AG--C--C--AG----GGATTGAACCTGA--TAA-A-TCTAGTATGA--G--AGGTCAAC--A--CCC-TATC------T-GCTACATTACCATCCCgc
gi|26 : TAAACTGATT---GA--T---TTA--A---------TC-T-T-TAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--C--AGAGC-TTAT---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTG-T-T-A-G-GTGCACTTGC-T--------G---C-AT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----T-A----T-T-A-TG--A-------------------------------G--AG--C--T--GG----GGAGTGAATCCGT--TAC-T-TCTGGAGTGA--G--TGGCCAAC--T--ATC-TATT------C-ACTGCACTGCTGCCCC
gi|27 : tagttATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAT-T----GTGAAACA--A-G--TAAT--T--ACAAC-T--T---ATA---CAA-----G------T----C--A----TGCAT-G-G-A-GTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCCG-TAC--------TA-------A----G---------------actt
gi|28 : tTAGTT---TA--T---AAT--A---------GC-T-C-GAT-T----GTGAAGTA--T-G--C--T------GAGG-T--T---AGT---CAA-----G------T-------G----CTC-T-C-G-A-GTTCACTTCC-T--------G---G-AT-AGGACCAGGTAC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-A-T-TG--A--GA-GTA-----T-AT----AG---T-GTTG--AA--C--T--TG----GTATCAAACCCGC--AAC-C-TCTGGTGTAA--G--CGGCCAAC--A--CTC-TGTcatatgtagataaagtgtcttgctcaaggacaccacacatagccgcggcagaggatcaaactgggggccatgaccctccgatccagtaccactgga
gi|29 : ccaaattT-T----GTGATGAA--A-G--C--C--C--AGAGT-T--T---ATA---TAA-----A------C----T--G----CTC-T-C-G-A-GCCCGCGTCC-T--------G---G-GT---------------------------------------------------T-GT-----T----G-T----T-T----G--A--CA-G-G-----C-AT----CG---G-ACCA--AG--C--T--GG----GGAATTAATCTGC--AAC-C-TATGGTGTGA--G--TGGCCAAC--A--CTC-TATC------T-ACTGTACTACTGCtgtcta
gi|3 : tattatttaattgtcatattgTATATTTATT---AA--T---GTT------------GCAT-C-GAT-C----GTGAAACA--C-A--T--T--CTTGCAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-A-C-GCA-ATC-G--TCT-T--------A---T-GT-AGAACAAG-TAC--------TA-------A----G---------------tttgcttttaa
gi|30 : atgttattttTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAC-A----ACGAAGAA--A-G--C--T--C--ATTGA-T--C---ATG---TGA-----A------T----C--G----ATG-T-C-G-A-GT----TTCC-C--------A---G-GT-AGAATTAG-CAG--------TT-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AC----CT---G-GTTG--AGA-C--T--GG----GAGT-GAACCCGC--AAC-C--CTGGTGCGA--G--CGGTCAAC--A--C-----TC------C-ATTGAACTACCcatatgtgtataattgtctcttaatcaaagacactacacatagccacggacccacgaccatcccgaacccagatccttcccactgcgccacgtgctcc
gi|31 : ttttTATTTATT---TA--T---TTT--ATAGAATGTTAC-T-T-GAT-T-------AAACA----G--A--T--C--AAAGC-A--T---TTG---TGA-----A------T----C--ATGCACTC-T-C-C-A-ATCCGTTTCC-TTGGTAACTG---G-GT-AG---------------------------------------------------------T----G-T----T-C-T-CT--A--GATG-T-----C-AT----CA---G-GTCG--GG--T--C--TG----TGATTGAACTAGT--TAT-C-AGTTGTGTGA--G--TGGCAAAC--A--ttcc
gi|32 : ctagacattACTTATT---TA--T---TTC--A---------CC-A-T-GAT-T----GTGAGACA--A-G--A--T--T--------T--T---A-------A-----A------A----C--G----CGC-T-C-T-ATGTC---TTTC-T--------G---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|33 : a--T---TTT--A---------GT-T-C-AAT-T----CAGAATGA--A-G--T--C--C--AAAA----------------G---------------------G----TTT-T-T-T-A-ATTGGTTTCC-T--------A---G-AT-AAAACTAG-CAC--------TA-------G----G---------------T-TT-----T----G-T----T-G-A-TG--A--CA-G-A-----CCAT----TG---G-GATG--AG--A--TTGGG----GGATCAAACCTGC--AAC-C-TCTGGTGCAA--G--T-GTCAAG--ATCCTA-TATC------C-TCTACACcatatgcggataaagtgtcttgctcaatgacactatatatagtcttgacaggggatcgaacaaacccacgacccttggatcctgggttcg
gi|34 : gAGC-T--T---ATA---TGA-----A------T----T--G----CTC-T-C-G-T-GTCTG-TTCT-T--------G---GAGT-AGATCCGG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GT-----T----C-T----T-T-T-TGA-A--AA-G-A-----T-AT----TG---G-GTTG--AA--C--C--TT----GGATCAAATTTAC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--AGGCAAAC--A--TCC-TGAC------C-cccacaccaac
gi|35 : ttattcaattatgccaatttatataagaaaatacATATTTATT---TA--T---TTT--A---------AT-T-T-GAA-C----GTGAATTA--A-G--A--T--C--AGAGA-A--T---ATA---TTA-----A------G----C--A----GTC-T-G-G-A-GTTC-TTTCC-T--------T---T-GT-ACGACTAG-TAC--------AG-------A----C---------------T-GT-----T----G-CG---T-T-T-CA--G--GA-G-G-----C-AT----CG---A-GTAG--AA--A--T--TG----GGATCGAATTCGT--GAC-C-CATGACTTGA--T--CAGTCAAC--A--C
gi|36 : cTT---TA--T---TTT--A--------------CAGGT-T----GTGAAA---------------C--AGA---T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-A-A----CGTTTCCCT--------G---G-GT-AAAACCAA-TGC--------TA-------A----
gi|38 : taaacttgttt--A-A--C--T--T--AAAGCGT--T---A-G---TGA-----A------T----C--T----TTC-T-C-G-A-GTTCATTTCT-T--------G---T-GT-AGAATAAG-TAC--------T--------A----G---------------CAGT-----T----G-T----T-T-A-TG--G--GA-A-T-----CTAT----GG---G-GTCA--AGT-C--T--GT----GAA-CAAACCTGT--GAC-C-TCTGAT------G--CAGCCAGC--A--ATG-TATC------C-ACAACACCATTGCCCagtacatgcagatgaaatatcttacacatggacacccactatggcagtggcgaaggatcgaacctacaaacctcggatc
gi|39 : TATA-TAATT---TA--T---TAT--A---------GT-T-C-CAT-T----GCAAAGTA--A-G--C--T--T--------T--C---AT-----GA-----A------A----T--G----CTG-T-C-A-A-GTCC-------T--------G---G-GT-AGAACCAG-CAC--------TG-------A----A---------------G-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GC----C-AT----TT---G-GTCA--AGTCC--T--GG----tgct
gi|4 : tTT---TA--T---TTTTTA---------CT-T-C-GAT-T----GTGGAACA--A-G--T--TATT--ATTAC-T--T---AAA---CAA-----A------T----C--C----CAT-T-C-G-AAGTC---TCCC-T--------G---G-GT-AAAACTCG-TACAAAGCTTATGCGAAAAAG----G---------------T-GT-----C------T----T-T-C-TA--A--AC-G-A-----C-ATCCAACGT--G-GCCGTTA---C--A--GA----GGATCGAACCCAC--GAC-C-ttagtgtatggcatgagctaccacaccacccat
gi|42 : cTCCGCCTCC-A--------G---A-GT-AGAATCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-T---A--GA-G-G-----C-AC----CG---G-TTCG--AG--C--T--GG----GGACC-------------------------A--A--CGACCAAT--A--CTC-TACC------A-ACTTCACTGCctccgatcaagtagcccatgcttaacctatgaatcacgca
gi|44 : aaatagagattaaagctactgtgacacactcT----CA---G-ATCA--AG--C--T--GA----TGACCAAACCTGC--AAC-C-TCTAGCATGATAGTTCAGTCAAC--A--TGT-TACC------A-ACAGCACTACttccgtgctttc
gi|49 : TATATTTATT---TA--T---TTT--A---------GC-C-T-TAT----------AGTA--A-G--T--T-----AGAGC--------------------------------------------------------CTGTTTCC-T--------T---T-GT-AGAACCAG-T-------------------A----G---------------T-GT------------T----C-T-T-TG--A--GA-G-G-----CTGT----CG---G-GTTG--AG--G--T--AA----GGAT---ATATAG--AAC-C-TTTAGCGTGaccctggcccacctcttctgaggataatatatataatagtatattatatctgatact
gi|5 : tA--T---TTT--A---------CA-T-C-GAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--TTTACAAC-T--T---GGA---CAA-----C------T----C--G----CGC-T-C-G-AAGTC---TTTC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|51 : ggttctagcatacac-GTCCATTTCC-A--------T---G-GT-CAAACCAG-TAC--------AGGA-----A----A---------------T-GC-----T----G-T----T-T-A-TG--C--GA-C-G-----CCAT----CG---G-GTTG--TGT-C--T--GA----GGATAGAACCATC--GAC-C-TAAGGCATGA--A--CGGCCAAC--A--TTA-CATC------gatgtgggaataaagtgtcatgctcaaggacactacacatagccgttgtggaagatcgaacccgctactttctccctaatcctgagtccactggactac
gi|52 : gcAACCAG-TAC--------GG-------------------------------------T----G-C----T-T-T-TC--A--GT-G-A-----CTAT----CT---G-GTCT--GG--CC-T--GGCCTGGAATTGAACCTGG--GAC-C-TCTGACATGA--A--AGGTCAAA--A--TCA-TATA------C-ACTATACCATTGCCCg
gi|53 : --------TG-------A----C---------------T-GT-----T----A-T----T-T-T-TA--T--GT-G-G-----CTAT----TA---G-GTTG--TG--C--T--GG----AAACTGAACGGGC--AAC-A-TCTAGCATGA--A--CAATCAAT--A--CTC-TAAT------C-ACTGCACAACCTCCCtgat
gi|54 : agacatgg----C--G----ATT-T-T-G-A-GTCCGTTTCA-T--------T---G-GT-TGAAC-----AC--------TT-------A--------------------T-AT-----T----T-G----C-T-A-TG--A--AA-A-GCCTTCC-AT----TG---GAGTC-------T--T--GG----G--TCGAACCCGC--GAT-T-TCTGGTGTGA--G--CGACAAAA--A--CTC-Tgcat
gi|55 : --------G---G-GT-AGAAGAGA-TGC--------TG-------A----A---------------T-GT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-GT----C-AT----CT---G-ATTG--AG--T--C--TT----CGATCTAACGCAT--TA----TCTAGCATGA--A--TGGCCAAT--A--CTC-TATT------C-ACTGCACTACCAC
gi|56 : TATACTGCTT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----GCGAAGAA--A-G--C--T--
gi|57 : gtattcatgtaaacgaaaaataaatgtcgaagtagtccgtttttctataaatgtttgttaacttAATT---TA--T---TTT--A---------GC-T-C-GAA-T----GCGATGAA--A-A--C--A--C--AGAGC-T--T---ATA---TGG-----A------T----C--G----CTC-T-C-G-A-GTCCGCTTCC-T--------G---G-GT-ACAA-TAA-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----G-T----T-TAA-TG--A--GA-G-G-----C-AT----tcaatg
gi|58 : -TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----TTTTGG-T----T-T-T-T---A--GA-G-GC----C-CT----TG---G-GTAA--AG--C--C--TG----GGATCAAACCCAC--AAC-C-CAGGATGTGA--G--CAGTCAACA-A--CGA-TATT------C-ACTACACCACCTCCC
gi|6 : aTATTTATT---TA--G---TTT--A---------CC-C-T-GAC-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACATC-T--T---AGA---TAA-----A------T----C--G----TGC-T-T-G-A-A---GTTTCCAT--------G---G-GC-AGAATCAG-TAC--------TA-------A----G---------------C-AT-----T----A-T----A-T-T-
gi|60 : TATGCCAATT---TA--C---TTT--A---------GC-T-C-GAT-T----TGGAAGAA--C-G--C--T--C--AAAGC-T--T---TTA---TGA-----A------C----T--G----CCC-T-C-G-A-GTCCATGTCC-C--------G---G-GT-AGAACTAG-TAG--------TG-------A----G---------------T-GT-----T----atgcagataaagtgttctacttgagttgagcaccacaaacggatgatcaaactcacagtccgatgctccaccactgaaccatatgctccgcaacta
gi|61 : gtTATACTAATT---TA--T---TTT--A---------GT-T-T-GAT-T----GCGATAAA--A-G--C--T--C--AGAGC-A--T---ATA---TGA-----A------C----T--G----TTC-T-C-G-A-GTCCGTTTCC-T--------G---G-GA-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----tt
gi|62 : gttTATACTAATT----G--T---GTT--A---------GA-T-C-GAA-T----GCGATTAA--A-G--C--T--C--AAAGC-T--T---AAT---TGA-----A------A----T--G----CGT-T-C-G-A-GTTCGCTGCT-T--------G---G-AT-AGAACCAC-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----
gi|63 : aattTATATTAATA---TA--T---CCT--A---------AC-T-T-TAT-T----ATAAAGAT--A-G--C--T--T--CACTC-T--T---ATA---TAA-----A------C----A--A----CAC-T-C-G-A-GTCTGCTTAC-C--------G---G-GT-AGGACAAG-TAC--------TG-------A----
gi|65 : ggtATT---TT--T---TTT-------------C-TTC-GAT-T----GTGAAACA--A-GTTC--T--T--ACAAC-T--T---AGG---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-G-GAA-GT---CTTTA-T--------G-----------ACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------
gi|66 : aaacG--A--GA-T-G-----CCAT----CA---A-GTCC--AA--C--T--GG----GGTTTGAATCCCC--AAT-C-TCTTGCATGA--G--TGGCATAT--G--CTC-TAGC------C-ACTGCACTACTGTTCCcatatgcg
gi|67 : -T--------G---G-TT-A-AACAAG-TAC--------TG-------G----T---------------T-GT-----T----A-A----T-C-A-TG--A--GA-G-GC----C-AC----AG---A-GT----AG--C--TCCTC----GGATCAAACCAGC--AAC-A-TTGAGCATGA--G--Cgcatt
gi|68 : tcccaTAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CT-T-C-GAT-T----GCGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---AGA---CAA-----A------T----C--A----CGC-T-C-G-AAGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGTACCA
gi|69 : -------A----A---------------T-AT-----T----G-T----T-T-T-TG--A--GA-G-AC----C-AT----TG---G-GTAG--AG--C--C--TA----GGATCAAACATAT--AAC-C-ACTGATGAAA--T--TGGCCA
gi|7 : TT---TA--T---TTA--A---------GG-G-C-GAT-T----AAAAAGAA--A-G--C--T--C--AAGGC-T--T---ATA---TGA-----A------C----G--G----GTC-T-T-G-A-GCCCACTACC-T--------G---A-GT-AGAACTGA-TAC--------GG-------A----G---------------T-ATAGTATT----G-C----TGT-T-TG--A--GA-G-G-----C-AT----TG---G-GTCA--AG--T--T--GG----AGATTTAACCCAC--AAC-T-TCCGGTGTGA--G--CGGCCAAT--A--CCCTTATC------C-ACTGCACTACTGCCCCttgctccttaccat
gi|70 : taatgg-GT-AGAAGCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GT-----G----G-T----T-T-T----------------------------G---G-GCCC--AG--C--T--AG----GGATAGAGGCCAC--gctt
gi|72 : ----GGATTGAACCCAT--GAC-C-TCTTGCATGA--G--TGACTTGCTAA--CCC-TATT------T-ACTACATCGCTGCCagcaactgcataaccaccaccagcttt
gi|73 : ACCAAACCCGC--AAC-A-TTTTGAGTAA--G--CGGTCAAC--A--CAC-TTTC------A-ACTGTGTTACCACTCacact
gi|79 : ATCAAATCTGC--AAC-C-TCTGACGTGA--G--CAACAAAC--A--CTC-Tttatta
gi|8 : AT-T----GTAAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--TT--AGA---CAT-----A------T----CATG----CTC-T-----ATGTC---TTCC-T--------G---G-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------tcaccac
gi|84 : ttttttaaaactgattaattttcatacatgtatTCCTCTTCC-T--------G---T-GT-AGAACCAG-TAC--------TG-------A----G---------------T-GG-----T----G-T----T-T-T-Tcacatgcagacaaggacactacacttagccgtgacagaggatcgaatctgagattccccagatccttggttcgatgctggaccatgt
gi|9 : TAAACTTATT---TA--T---TTT--A---------CA-T-C-AAT-T----GTGAAACA--A-G--T--T--CTTACAAC-T--T---GGA---TAA-----A------T----C--A----CTC-C-C-A-A-ATTC--CTCC-T--------A---A-GT-AGAACCAG-TAC--------TA-------A----G---------------T-GTA----T----G-C----G-A-A-TA--A--AA-A-GTTC--C-AT-----GTATA-GCCGT-GG--C--T--GA----GGATTGAACCCAC--tt
25 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAAATGTATTTACGATGTATTTTACATCGATTGCTACAACTTAAACAAATCAATCTCCAAGTTTTAAGACCAGTACTAAGCACATGCAGATAAAGTGTCTTGCTCAAGGACACCAAACATGACTCGGACGGGGGTTCAAACCTACAACCCACCGACGCTCTACCCTTAGACACTATGTGCCAT
Unaligned ( gi|37 ): TTCGATATATATCCATTTTTAAGTAAGTTCTTGCACCTTATGCATATTTATGTCTTCTTTATTAGAACTAAACATATGCGGTTAAAGTTGACAGGGGACCGAATCTACAAACAACTGATCCTGGGATCGATGATCCACAACCAACTGCACCACGTGTTCC
Unaligned ( gi|40 ): ATTCATTTTACATCGATAGTGAAAGAAAAATATTTATTTCTGATTGAACTAGACTAAGGATTTGCGGATAAAATGCCTTGGTCATTGACGCAACATTTAGTTCTGGTGGCGGTTAGACCAACATCTAACCGGCCCTGGATTCGA
Unaligned ( gi|41 ): ATTTTACATTAATTGAAAACATGTTTTTACAATTTAGAACCAGTATTAATACATTCAGATAAAAAGATTGGTCAAGTATACAGTATGTGGGAGGGGATCATACCCAAACTCTGGGAGCATGGTACTGACGCTCTTCCGTTAGA
Unaligned ( gi|43 ): AATCTAAATCATTTTTGACAGAACCAGGAGTATGCATATGCGGATAAATTGTCTAATCAAAGGAAAACACACTCAGCCGTAACGGTGAAGCGAACCCACAACTGCGATGCTCTGCCATCAGACTACGTGTTCC
Unaligned ( gi|45 ): AATTTCATACTTAATTATTTATACTCAATTACGAAGTAAGTTTGTATGTTTTGTGTATTGTTCTGTAGTTCATTTCCATGGCAGATCCAGTAATGAGCATTTTAAGAGGCTGCTGGGTGAAGTCTG
Unaligned ( gi|46 ): GAATAGATTAATATCCAAGTTACGAGTACTAAGCACATGTGGATATTAATACTTATTCAAGAACACAGGTAAGGGATTAAACATACAACTCGGGGTCCAGCATCTGTTGTTCTACCATTAGACA
Unaligned ( gi|47 ): TTCATGTGACAATGATTTCGAAACAAGTTTATAACAGCTTGAATAGTTGTATTCAATGTTGCCTAGGTAGAGCTAGTACCAAGCATTGTGGGAAAAGTCACTTTAGTGTCCTTGCTCAA
Unaligned ( gi|48 ): ATTTTTTCATCAAATTAGAAATAAGTTTGCAATTTATTAGACCTTCTGGAGAGAACCCACACCAAACGTAAGTGTCTCGTTTAAGGACACACATATGACCAATACAGATGGGCAAAC
Unaligned ( gi|50 ): CACACAAGGATAATTTGATTTTAACTAATATATTTTGCATCAATTGTAAAACAGGTTTTTACAGCTTAATATACAAATATTGCTTGATGTTTAAAGTGTTAAAACTGATACCAAG
Unaligned ( gi|59 ): ATGTCTTCCTCAAGGACATCACACATAGCCGTTGCAGAGGATCGAACCGACGACCCACTGATCATGGGTTCGGTGCTCTACCACTACACCACGCGCTCAA
Unaligned ( gi|64 ): AACTTTAATACATGTATATAACCGACACATTCTTAAGTTCTAACATTTCTCGCTTGGTGATTTTCTGGATAGAATTAGTACTTAGTACATGT
Unaligned ( gi|71 ): TTTCAAATTTATTATCTTACATCAATTGTAAAATAAGATTTGCAACTTTTACTAATATCGGTTAATGTCTTCCTGG
Unaligned ( gi|74 ): TCTATGTCTCTCTTAATAGAACCTGTAATAAGAAAATAAACTGTTTTGCTCAGGACAC
Unaligned ( gi|75 ): AAACTTTTTTTCTCCATTGATTGTGAATTAAGCTCTAACAACTTCGGCAAAGCATGCT
Unaligned ( gi|76 ): ACATATTTATTTAAATCGATTGTGAAATAAGTTATTACAAGTTAAAGGTAATCCTGC
Unaligned ( gi|77 ): GTTTTAAACTTATTCATTTTACATCGATTGTGAAAGAAATTTTTTAAAACT
Unaligned ( gi|78 ): ATTGTGAAACAAATTCTTATAACTTAGACAAACATGCTCGAAGTCT
Unaligned ( gi|80 ): CTTTTTTAGCAGAACCAGTACTTAGGAGATGCGGATAGAGTGCCT
Unaligned ( gi|81 ): ATACTATGTATTAGCTCACCATTGTGATACTTGTACAATTTGGA
Unaligned ( gi|82 ): TATAAACAACACTCAATTCTGATTCCTGGTTAGGATAAGTACTG
Unaligned ( gi|83 ): TATTAGATCTGGTACTGAATTGTATTTTGAGAAGTCATAGGG
Unaligned ( gi|85 ): TTTAAACTCATTTATTTTACATTAATTGCGAAAACAAGTT
Unaligned ( gi|86 ): AGAACCGGTACTAAGCATATGAAGGTAAAGTGTCTTTC
Unaligned ( gi|87 ): GGAACCAGTACTAAGCATATGCCAATAAAGTGCTTG