lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 3333333 11 11 1 1 999999999999999999999999999999999 1 1 1 55555555555555555 11111 2222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 11 999999999999999999999999999999999999999999999999 4444444 1111111 222 3333 99999999999999999999 11111 1111 1111 111 222 22222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 222 333333333333333333333333
lowQualScore : 6 6 55 0000000 99 5 66 66 99 0 6 7 1 1 555555555555555555555555555555555 5 7 2 6 6 1 5 77777777777777777 1 66666 4444 5 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 0 222222 22 000000000000000000000000000000000000000000000000 0000000 2222222 5 9 000 1111 99 22222222222222222222 33333 8 2222 2222 1 0 888 7777 555 1 55555555555555 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444 22 444 4 2 77777 33 88 000000000000000000000000 0 77 0 2 0
lowQualScore : . . .. ....... .. . .. .. .. . . . . . ................................. . . . . . . . ................. . ..... .... . ........................................................ ... . ...... .. ................................................ ....... ....... . . ... .... .. .................... ..... . .... .... . . ... .... ... . .............. . ............................................................................. ..... .. ... . . ..... .. .. ........................ . .. . . .
lowQualScore : 6 0 88 8888888 66 0 44 00 00 6 0 0 4 4 444444444444444444444444444444444 3 3 7 0 5 0 3 22222222222222222 5 77777 0000 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 9 888888 00 333333333333333333333333333333333333333333333333 9999999 6666666 7 8 888 2222 22 77777777777777777777 99999 7 1111 1111 1 6 888 8888 555 0 22222222222222 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33333 11 888 0 9 11111 99 11 555555555555555555555555 9 66 5 8 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATAATTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACAAAAATTATGTNTTTGAAG-TTT--------AAAGATTACCTGAAAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGAT-T--AAAT-AA--A-TATGT-----GAA-CACATGTTTNATTTCTATAATGTACAT----AN-----TAACTGTCATGTACTTT-AG---AGACCAATA------TATGCT---GACA------GGGAAGATTCCTTTTCA-G--TAAAA--ATT-GAAA--AT------TTCC--ACG-TG-------CACTTAAAATG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--AT--ACAAACATC--GA--CTNN--A--TCTCCATCTTAACATATGC----ATNTATATTG----AA----CTCATTAAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACATGTAGCATTGTAAAAT-ACCATCTCATTCTCC------------TA-CTATT------G------TGTGA----------------AG----G----------------AAAT-----CAGATTTAGTAAAATCAAGC-TAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCT---CT---C-------T-------AAACCGGACNTTTTGTTCGGTCCNGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( gi|4 ) : TTGAATTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTAT-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-------TGTT-----AC-TTT--------AACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGAC-T--AGGT-AA--C-TATGT-----GAA-CAAATGTTTGATTTCTATAATGTACCA----AC-----TAACTGATATGTACTAT-AG---GAACCAATA------TATACT---GACA------GGGAAGATACCTTTTCA-A--TAAAA--AAT-GAAA--AT------TTCC--AAATTA-------CACTTAAAATTGTTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--AT--ACAAACCTT--GA--TTTC--A--CTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AA----CTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACATGTAGCATTGTAAAAC-ACAATCTCATTCTCC------------TA-CTATT------G------TGTGA----------------AG----G----------------AAAT-----CAGATTTAGTAAAATCTAGC-TAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCT---GT---C-------T-------AAACCAGACTTTTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|3 : TTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTATTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAG-TTT--------AAAGATTACCTGGAA-TAAAGAATGCACAGTGTGTTTG-C-TTTAAAT-AG--A-TATGT-----GAA-CATATGTTTTATTTCTATAATGTACAT----AA-----TAACTATTAT-TAACATCAG---AGACAAATA------TATGCT---GACA------GGAAA-ATAGTTGTTCA-G--TAAAA----T-TAAA--AT------TT----------------------AAAGTTCTTATACTTGATATGAAATAG-TTCACACT---TGTTT---AT--ACAAAC------A--T--C--A-------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTG----AATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACATGTAGCATTGTAAATT-ACCATCTCATTCTCC------------CA-TTATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCATA----------------AAATTGATCCAGATTTGATAAAAGA-AAC-TAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCT---CT---C-------T-------AAACTGGACTTTTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTA
gi|2 : ttgTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTATTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAG-TTT--------AAAGATTACCTGGAA-TAAAGAATGCACAGTGTGTTTG-C-TTTAAAT-AG--A-TATGT-----GAA-CATATGTTTTATTTCTATAATGTACAT----AA-----TAACTATTAT-TAACATCAG---AGACAAATA------TATGCT---GACA-------GGAAAATAGTTGTTCA-G--T--AA--AAT-TAAA--AT------Ttagaggttacac
gi|6 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAA-AAGA-GGTTGTTTGGGTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAACAAA-TGAAATGAATTAATTAAGGGACACA-------TGTA-----AG-TTT--------AGAGATTACCTGAAAATAAA
gi|1 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgCTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAAT-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGA-------TGTA-----AG-TTTTTCTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAAT-T----TT-AA----TATATTCATAGAA--ACATGTTCAATATCTATAATGTACAT----AA-----TAACTGTCACATTCTTT-AG---AGATCAAAAG-----TA-GCT---GATA------GGGAAGATTCC-TTTCA-G---ACAA--CATCGAAA--CG------TTGT--ACCTTACGTAGCGCACTTAAAATGATTATACTTGA---AAAATAT-tctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|5 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAAT-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-------TG-T-----ACGTTT--------AA-GAGTTTTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGAT-T--AAGTCAAATC-TGTGT-----AAA-C--GCGCTCGATTTCTATAATGTA-CATGATACATTTGTAACTGTCATGCACT-----------TCAGCG------TAT---------G------GGGAAGAT-CGTGTTCAGA--T-AGT--ATT-GAAACTATTTTC--TTCC--GAG-TG-------CACTTAAAATGGT-----TTGATTTGGAAaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|19 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtTATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATAT--AAAT-AT--A-TCTGT-----GGATCA--TGTTTCATTTCTGTAATGCA---------------AA-----ATGTACTTT-AGTGCGAGCTGTCA------TGTACTTCAGACAATTACAGGAAAGATTCCTTTTCG-G--TAAAA--ATT-GAAA--AT------TTCC--Aacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : AAGGATGCAT-GTGTGCTTGAT-T--TAGA-AA--CATCTGT-----GAA-CACATGTTTGATTTCTATAATAAACTA----AC-----TA
gi|9 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttta----AC-----TAAACGTCATGTACTTC-AG---AGACCAATACATGTATATGCC---GACA------GTGAAGATACCTTTTCA-C--TAAAA--ATT-GAAG--AT------TTCC--ACAGTG-------CACTTTAAATGGTTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATAT--ACAAACATC--AAGTCTTT--A--TCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AA----CTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACATttatta
gi|1 : tacattgtttctctcacagttaagtaggaagtgtatttcggtttccAAATGAT-TATACT-T--G---AAA--AATA------TAGGCT---GTAG------GGGGAGATTCCTTTTCAGA--T-AAT--ATT-GAAACTAT------ATACTTAAA-TG-------CACTTAA-------ATACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TG-TTA--AT--ACAAACATC--AA--GTCTGGA--TCTCCATC------CATGT----A---A-ATTG----AA----CTTATTAAAAATTC
gi|5 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaG---GAAACAATA-------A-GCT---GATA------GGGAAGTTTACTTTTCA-GCTTCAGATTATT-GACA--ATATTTCTTCCC--ATGATG-------CACTTAAA-------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--AT--ACAAACATCAAGG--CTGG--A--TCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AA----CTTAATGAAAGTTC
gi|7 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttA------TAAGCT---GATA------GGGAAGTTTACTTTTCA-GCTTCAGATTATT-GACA--ATATTTCTTCCC--ATGATG-------CACTTAAA-------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--AT--ACAAACATCAAGG--CTGG--A--TCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AA----CTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACATGTAGTATTG--AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTG-CTATT------G------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----G----------------AAAC-----CAGATTAGATAAAAACAAGC-TAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCT---CC---C-------T-------AATTCGAACGTTTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGT
gi|16 : caTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTT---ATCAACAA--CTA--G-----TC--AGACTTCAATTTTAACATATGC----ATTGATATTGAATAAA----CTCATTAAAAG------A--TAT-C-ATCTT-A---TTCTTCCAT----TATTGT-------------------TC------------TAGCTTTT------G------TGTG------------------T----G----------------AAGT-----CA-------TAA------GC-TAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCT---CT---C-------T-------AAACCAAACTTTTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTTctacagagg
gi|18 : TTAACATATAC----ATATATATTG----AA----CTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACATGAAGCATTGCAAAAT-ACAAACACATTCTGC------------TA-TTATT------G------TTTGA----------------AG----GCATACA----------AAAT-----CAGATTTAATCTAATCAAGC-TAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCT---CT---C-------T-------AAACCAGACTTTTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtatagagattatac
gi|11 : --TTT-T-GCATT-TAACTTATTACATGTAGCATTGTAAAt
gi|20 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaagagtATT------G------TGTGA----------------AG----GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----CAGATTTTATGAAATCAAGC-TAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCT---CT---CT------T-------AAACC-----TTTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTTttaccaa
gi|15 : ta----------------AA----G----------------AAAT-----CAGATTTAGTAAAAT--AACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCT---CT---C-------C-------AAACCGAACTTTTGATTCGGtacgaa
gi|17 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatc----G----------------AAAT-----CAGATTTAGTAAAGACAACT-TAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCT---TT---C-------T-------AAG-CAGAAATATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTT
gi|6 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggatcaaaccagttaaaatgtagcatatgttttcatgttattgtcctggatattataagaagttataaaattagtcttTAGTAAAAT--------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCT---CT---CTATTCCAT-------AAACCGGACtactgaggt
gi|10 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTAAATTCTTGA-TGAA-CCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTC--AT---C---------------AAACCAGA-TTTTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTTgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|16 : -TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCT---GTGAAC-------G-------AAACAAAAAGTTTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|2 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCT---CT---C-------TATTCTGGAAACCGGACc
gi|3 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagAACCTCTAT-AA-----A---TGGACAACCTCAGGA---C-------C-------AAACTAAAAGTCCAGTTTAG---AGAGGTT-TCCGATTaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|13 : ttgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatttaaagttcttatacttgatatgaaatagttcacacttgtttatacaaacatcaattttaacatatgcatttatattgaattaactcattaaaagttcagagtttctgcattaaacttattacatgtagcattgtaaattaccatctcattctcccattattctcctggccatattgtgaagtcataaaattgatccagatttgataaaagaaactaaaacccctataACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCT---CT---T-------T-------Aacac
gi|12 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTC--AT---C---------------AAACCAGA-TTTTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTttccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|21 : GA-AATCT---AT---C-------T-------AAACCGAACATTATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222 44444444 1111111 1 11111 3333333333333333333 111111 2222 11 666666666666666666666666666 333333333 11 2222 333333 1111 1111 11 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 00 000000000 7 7 88 7 7 77777777 9999999 6 4 5 1 1 7 5 5 2 1 44444 3 1 1111111111111111111 888 0 4 0 99 555555 8 1 3333 11 55 000000000000000000000000000 666666666 3 00 2 5 7 5 3333 5 666666 66 3 0000 5 0000 3 33 111 5 5 5 3 5 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222 5 0 9999 77777 0 2 55555 33 44 8888888888888888888 1 2 555 1
lowQualScore : .. ......... . . .. . . ........ ....... . . . . . . . . . . ..... . . ................... ... . . . .. ...... . . .... .. .. ........................... ......... . .. . . . . .... . ...... .. . .... . .... . .. ... . . . . . ......................................................................................... ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ................... . . ... .
lowQualScore : 00 888888888 8 2 33 3 3 33333333 8888888 7 0 0 7 4 1 7 7 4 3 33333 0 0 1111111111111111111 888 2 8 9 66 555555 2 4 0000 00 55 222222222222222222222222222 888888888 2 88 9 0 1 7 0000 7 333333 00 6 6666 9 6666 1 66 666 0 0 7 6 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 0 1 4444 66666 7 2 66666 11 55 7777777777777777777 0 7 000 0
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA--AAT-TATGTCTTTGA-AGTTTAAAG-ATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATT-TAAAT-ANATATGT-----GAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-T-G-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACA-TCA-GA--CTNNATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC------------TAT-TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTC---GGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATAA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACAAAAAT-TATGTNTTTGA-AGTTTAAAG-ATTACCTGAAAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGA-T-TAAAT-AAATATGT-----GAACACATGTTTNATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTTAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-T-G-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACA-TC--GA--CTNNATCTCCATCTTAACATATGC----ATNTATATTG----AACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAATACCATCTCATTCTCC------------TAC-TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTC---GGTCCNGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATA----GATGTAAGTTTTTCT-GGT--AAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAA-T-T---T-TAATATATTCATAGAA-ACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-T-GATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAA---------ATACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TG-TTA--ATACAAACA-TC--AAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCT---GGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCT---GGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTC---GGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTATCA-ACAACTAGTCA-GA--CTTCA-----ATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC------------CAT-TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTT---CGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTT---AG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC------------TGGATAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTA---GGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC------------TAT-TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATT---GGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGA-TATAAAT-ATATCTGT-----GGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAAT-TATGTCTTTGA-AGTTTAAAG-ATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTT-TAAAT-AGATATGT-----GAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTC---GGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTC---GGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|21 : ttcAAACTCTGT-AA-----AC--TTGACAACCTCG-------------------GGACCGAACAT-AATGTTC---GGTTTAGAtacagagtttg
gi|3 : ttcgaaatctaTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAAT-TATGTCTTTGA-AGTTTAAAG-ATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTT-TAAAT-AGATATGT-----GAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTT-C-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACA-TC--A-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC------------CAT-TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTT---GGTCCTGAGGTTGTCCATTTAg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACATTTA----TGTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA--------TGTT------ACTTTAACG-ATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGA-C-TAGGT-AACTATGT-----GAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----A-TT--ACACTTAAAA-TTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACC-TT--GA--TTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC------------TAC-TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTT---GGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAAT-ATACGAAATAAATTAATTAAAGGATACA------TGTACGTTTAAGAGTTT------TTA----AGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-T-TAAGTCAAATCTGT-----GTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-T-G-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtTTTGGAAAC-AATA-------A-GCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA---------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACA-TCAAGG--CTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACAC--------ATGT-----A-AGTTTAGAG-ATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATT-TAGAA-ACATCTGT-----GAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA---------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACA-TCAAGG--CTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGC-TAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTC---GGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|8 : caA--AACTAAACACTCTGT-AG-----AC--CATA-AAACTCT---A-------C-------AAACCGTGCTT-T---TTCAAAAGTCCTGAAGTctacagagg
gi|9 : ttaatatattttcagtatatcctcggtA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGG-TTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACA-TC--AAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Taatacgtgtttttgtatagcgcaataaccttatataaactagaacctttctattccggaaactggacaatgtttttgaatttctgtcgatattagaacaataaatacctttataaaccggaatatcacattgcctgacaatacacaaggtagcgtcaatgtttgctgataactcgaggcgaaattgccatttaccgacacactt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 1 55555555555555555555 3333333333333333333 111111 1111 11 666666666666666666666666666 333333333 11 1 111 2222 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111111111111
lowQualScore : 00 999999999 7 7 88 5 77777777777777777777 6 1 5 1 1 0 5 1 5 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 55 000000000000000000000000000 666666666 3 00 2 5 7 5 2 888 5 4444 66 3 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 66666 33 33 444 888888888888888 1 3 1 0
lowQualScore : .. ......... . . .. . .................... . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. .. ........................... ......... . .. . . . . . ... . .... .. . .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ... ............... . . . .
lowQualScore : 00 555555555 8 2 33 5 55555555555555555555 7 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 55 222222222222222222222222222 888888888 2 88 9 0 1 7 0 000 7 1111 00 6 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 5 22222 44 88 111 000000000000000 0 1 4 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-A--T-TATGTCTTT-AAGTTTAAAG-ATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-T-G-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACA-TCAAGNCTNNATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACAAA--T-TATGTCTTTGAAGTTTAAAG-ATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATATGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-T-G-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACA-TC-AGACTNNATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATA--GA--TGTAAGTTTTTCTGGT--AAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-T-GATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAA---------ATACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TG-TTA--ATACAAACA-TCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTATCA-ACAACTAGTC-AGACTTCA-----ATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAAT-TATGTCTTTGAAGTTTAAAG-ATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|3 : ttcTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAAT-TATGTCTTTGAAGTTTAAAG-ATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTT-C-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACA-TC-A------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAtacagagtttg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACATG--T-TAC----------TTTAACG-ATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----A-TT--ACACTTAAAA-TTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACC-TT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA--------TGT-----ACGTTTAAGA-GTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-T-G-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA---------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TG-TTA--ATACAAACA-TCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACAC--------ATGT-----AAGTTTAGAG-ATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA---------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TG-TTA--ATACAAACA-TCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGG-TTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACA-TCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 1 666666666666666 3333333333333333333 111111 1111 11 666666666666666666666666666 33333333 11 1111 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 00 999999999 7 7 88 5 222222222222222 1 1 5 1 1 0 5 1 1 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 55 000000000000000000000000000 66666666 3 00 2 5 7 5 5555 33 3 777 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 55555 33 55 8888888888888888888 1 2 0 0
lowQualScore : .. ......... . . .. . ............... . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. .. ........................... ........ . .. . . . . .... .. . ... .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ................... . . . .
lowQualScore : 00 555555555 8 2 33 5 888888888888888 8 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 55 222222222222222222222222222 88888888 2 88 9 0 1 7 1111 11 0 444 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 4 99999 22 33 6666666666666666666 0 9 5 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TATGTCTTT-AAGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACAA---TTATGTCTTT-AAGTTTAAAGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTNNATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGAT---GTAAGTTTTT-CTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-TGATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAA--------ATACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TG-TTA--ATACAAACATCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA-----TCAACAACTAGTC-AGACTTCAATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|21 : ttcAAACTCTGT-AA-----AC--TTGACAACCTCG-------------------GGACCGAACAT-AATGTTCGGTtacagagtttg
gi|3 : ttcgaaatctatctaaTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTTC-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACATCA-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-------TGTT-----ACTTTAACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----ATT---ACACTTAAAATTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACCTT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-------TGT-----ACGTTTAAGAGTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-TG-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACAC-------ATG----T-AAGTTTAGAGATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGGTTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACATCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 1 77777777777777777 3333333333333333333 111111 1111 11 666666666666666666666666666 44444444 11 2222 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111111111111
lowQualScore : 00 999999999 7 7 88 5 11111111111111111 1 1 5 1 1 0 5 1 1 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 55 000000000000000000000000000 22222222 3 00 2 5 7 5 2222 33 3 555 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 66666 33 33 444 888888888888888 1 3 1 0
lowQualScore : .. ......... . . .. . ................. . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. .. ........................... ........ . .. . . . . .... .. . ... .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ... ............... . . . .
lowQualScore : 00 555555555 8 2 33 5 00000000000000000 0 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 55 222222222222222222222222222 99999999 2 88 9 0 1 7 1111 11 0 111 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 5 22222 44 88 111 000000000000000 0 1 4 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-AAGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TAT--GTCTTT-AAGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGA-----TGTAAGTTTTT-CTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-TGATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAAA--------TACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA-----TCAACAACTAGTC-AGACTTCAATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|3 : ttcTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTTC-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACATCA-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAtacagagtttg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-----T----GTT-----ACTTTAACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----ATT---ACACTTAAAATTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACCTT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-----TGT---------ACGTTTAAGAGTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-TG-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACACA-----TG--------T-AAGTTTAGAGATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGGTTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACATCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 1 66666666666666666 3333333333333333333 111111 1111 11 666666666666666666666666666 44444444 11 2222 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 111111111111111
lowQualScore : 00 999999999 7 7 88 5 11111111111111111 3 1 1 5 1 1 0 5 1 1 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 55 000000000000000000000000000 22222222 3 00 2 5 7 5 2222 33 3 555 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 66666 33 33 444 888888888888888 1 3 1 0
lowQualScore : .. ......... . . .. . ................. . . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. .. ........................... ........ . .. . . . . .... .. . ... .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ... ............... . . . .
lowQualScore : 00 555555555 8 2 33 5 33333333333333333 3 0 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 55 222222222222222222222222222 99999999 2 88 9 0 1 7 1111 11 0 111 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 5 22222 44 88 111 000000000000000 0 1 4 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-ANGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-AAGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGA-----TGTAAGTTTTT-CTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-TGATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAAA--------TACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA-----TCAACAACTAGTC-AGACTTCAATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|3 : ttcTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTTC-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACATCA-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAtacagagtttg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT-------T-AC-TTTAACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----ATT---ACACTTAAAATTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACCTT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-----TGT---------ACGTTTAAGAGTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-TG-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACACA-----TG--------T-AAGTTTAGAGATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGGTTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACATCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111 1 66666666666666666 3333333333333333333 111111 1111 11 666666666666666666666666666 44444444 11 2222 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 00 999999999 7 7 88 5 11111111111111111 1 1 1 5 1 1 0 5 1 1 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 55 000000000000000000000000000 22222222 3 00 2 5 7 5 2222 33 3 555 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 55555 33 55 8888888888888888888 1 2 0 0
lowQualScore : .. ......... . . .. . ................. . . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. .. ........................... ........ . .. . . . . .... .. . ... .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ................... . . . .
lowQualScore : 00 555555555 8 2 33 5 33333333333333333 0 0 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 55 222222222222222222222222222 99999999 2 88 9 0 1 7 1111 11 0 111 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 4 99999 22 33 6666666666666666666 0 9 5 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-ANGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-ANGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG-TAA--T-GTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGA-----TGTAAGTTTTT-CTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGAAA--CG------TTGTACCTTAC----G-TAGCGCACTTAAAA-TGATTATACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGAAA--CT------AT---AT--ACTTAAA-T---GCACTTAAA--------TACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA-----TCAACAACTAGTC-AGACTTCAATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--At
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGA
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT------Taaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|21 : ttcAAACTCTGT-AA-----AC--TTGACAACCTCG-------------------GGACCGAACAT-AATGTTCGGTtacagagtttg
gi|3 : ttcgaaatctatctaaTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTAT--GTCTTTGAAGTTTAAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-AAA--AT-------------------------------TTAAAGTTC-TTATACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT---ATACAAACATCA-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT-------T-AC-TTTAACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGAAA--AT------TT---CC--AA----ATT---ACACTTAAAATTG-TTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTG--ATACAAACCTT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG-TAA--T-GTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-----TGT---------ACGTTTAAGAGTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGAAACTATTTTC--TT---CC--GA----G-T---GCACTTAAAA-TG-GT----TTGATTTGGAA
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACACA-----TG--------T-AAGTTTAGAGATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACA--ATATTTCTTC---CC--AT----GAT---GCACTTAAA--------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-A--ATACAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGAAG--AT------TT---CC--ACA---G-T---GCACTTTAAA-TGGTTATACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACATCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
blockSeqs : CA AAAGAGGTT A T TT A AAAATTATGTCTTTG A A A A C C C T C TC ATGTACTTTAG GCG GACA CATGTA G T CTTC TT CT ATTTCTTCCCATGAT GTTCTTA T TA G G T A TGAT TA T TTC AGAA A AATT G AT TT G A A T A AAT TGTTCTTGCTATTGTGTGAAGGCACAAAATTAATCAGG TGATC T TGTG TCATA A ACAAG AC AC TTATTCCGA T A
blockSeqs : CA TATTATT A T AT A AAAATTATGTCTTTG A A A A C T . G A TT TGATACATTTG . GACA . T T CTTC TT . ATTTCTTCCCATGAT ATTGTTA T TG G . C . TA AA A TGG . T . T T CT . . . C A . ATATTATAAGAAGTTATAAAATTAGTCTTG . . . ACA . . . AC CTATTCTGG A .
blockSeqs : CT TATTATT T G TT A TGTT C C A A C T . G A TT TAA . AACC . T A AT . . ATATACTTAAAT ATGGTTA T TT G . T . TG AA G TGG . T . A . T . . . T T . TATTCTCCTGGCCATATTGTGAAGTCATA . . . TCA . . . G CTATTCCAT T .
blockSeqs : . TTTAT T T G . TGT C G A A T T . A A TG TAA . GACC . T A TA . . TTTCTTCCGAGT ATGGT T CG G . T . T AA G TTT . G . A . T . . . T A . TATTGTTTGAAGGCATACA . . . TCA . . . A GAACG T .
blockSeqs : . GTAAT . . G . TGT A A A . G T . A C CG AAC . AA . T A TA . . TTCCAAATT . T CG G . . . A A T AG . G . G . T . . . . C . TATTGTGTGAAGG . . . TCT . . . A TC G .
blockSeqs : . . T T . C C TG AAC . C . A T AT . . TTCCACAGT . . TA G . . . A . . . . A . G . . . . . . . . . . ACA . . . A AT A .
blockSeqs : . G . A T TA . . . . . . . . . . . A . . . . . GA . . . A CC T .
blockSeqs : . T T T . . . . T . . . A CT C .
blockSeqs : . . A T . . . . . A CT A .
blockSeqs : . . . A CT A .
blockSeqs : . . . A CT T .
blockSeqs : . . . A CT T .
blockSeqs : . . . A CT G .
blockSeqs : . . . A CT
blockSeqs : . . . . CT
blockSeqs : . . . . CT
blockSeqs : . .
blockSeqCons : NATTATT** TGTC************* ****** TTCTTCCAAAT**************** ATT***** CG T** TCA**
originalCons : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATNA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-----TGT--GTCTTT-ANGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--AT------TT---CC--AC----G-T---GCACTTAAAA-TG-TTATACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
finalCons : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATTATT--GTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACATGTC-------------ANGTTTAANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGAAA--ATTTCTTCCAAAT----------------GCACTTAAAATT-----TACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA--ATACAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTTT--GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111 1 666666666666666 22222222 3333333333333333333 111111 1111 11 33333333333333333333333 6666666666 1111111 11 1111 1111 11 111 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111111111111111
lowQualScore : 00 999 99 7 7 88 5 111111111111111 1 44444444 1 1 5 1 1 0 5 1 1 44 1111111111111111111 888 0 0 7777 555555 5 1 8888 11 8 00000000000000000000000 1111111111 0000000 5 7 5 44 77 33 3 555 0000 6 0000 1 33 111 5 5 5 3 3 111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222 5 0 9999 88888 0 2 55555 33 55 8888888888888888888 1 2 0 0
lowQualScore : .. ... .. . . .. . ............... . ........ . . . . . . . . . .. ................... ... . . .... ...... . . .... .. . ....................... .......... ....... . . . .. .. .. . ... .... . .... . .. ... . . . . . ... .................................................................................. ..... . . .... ..... . . ..... .. .. ................... . . . .
lowQualScore : 00 888 22 8 2 33 5 333333333333333 0 22222222 0 7 0 7 4 1 7 0 0 44 1111111111111111111 888 2 2 4444 555555 9 4 6666 00 0 33333333333333333333333 4444444444 9999999 0 1 7 33 99 11 0 111 6666 5 6666 1 66 666 0 0 7 6 0 777 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 0 1 4444 88888 1 4 99999 22 33 6666666666666666666 0 9 5 5
consensus : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATTA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-------TGTC----AAGTTT--------AANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGA-AA--A-TTT----CTTCCA-A--A-TGCACTTAAAAT---T----TACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTAATA--CAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
Reference ( family-308 ) : NNNNNTTTACTAAAGTGTGACAATCACCAACANATTA--TTGTTAGTTGGTGTNTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGATTGTTGCAAACAAAATGAAATAAATTAATTAAGGGATACA-------TGTC----ANGTTT--------AANGATTACCTGAGAATAAAGGATGCACAGCGTGCTTGATTTAAAT-ANATNTGTGAACACATGTTCGATTTCTATAATGTACA--------TA--------NT---AACTGTCATGTACTTCAGAGACCAATA------TATGCTGACAGGGAAGATTCCTTTTCAG--TNAAA--ATTGA-AA--A-TTT----CTTCCA-A--A-TGCACTTAAAAT---T----TACTTGACGTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTAATA--CAAACATCAAGNCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTATTGAAAGTTCAGAG--TTT-T-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAANTACCATCTCATTCTCC---TAT---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCA--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCGGACNT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTA
gi|1 : CTGAATTGTGACAATCATCAACAG--TA--ATGTAAACTGGGGTTTAATTAGCAATTTAGGAGGACAAGTGAATGTTGCAAACAAA-TGAAATAAATTAACTAAGGGATAGA-------TGT-----AAGTTTTTCTGGTAAATTATTTTCTGAAAATTAAGGATGCAGAGCATGCTTAATTTTAAT-ATATTCATAGAAACATGTTCAATATCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTGTCACATTCTTTAGAGATCAAAAG-----TA-GCTGATAGGGAAGATTCC-TTTCAG--ACAAC--ATCGA-AA--C-GTTGTACCTTACGTA--G-CGCACTTAAAATGA-TTA--TACTTGA---AAAATAT-
gi|1 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtTATACTT--GAAA--AATA------TAGGCTGTAGGGGGAGATTCCTTTTCAG--ATAAT--ATTGA-AACTA-TATA---CTT--A-A--A-TGCACTTAAA----------TACTTG----GAAA-ATGTTTACAATTT-TGTT-AATA--CAAACATCAAGTCTGGATCTCCATC----------C----ATGTAAATTG----AACTTATTAAAAATTCaggctgtagggggagattccttttcagataatattgaaactatatacttaaatgcacttaaatacttggaaaatgtttacaattttgttaatacaaacatcaagtctggatctccatccatgtaaattgaacttattaaaaattc
gi|10 : aactgtagttatgtacatcaatttacctccataaactggaataactttatttcttcttgatttttgacattacacgatatagtgtattatcaaatgatagcatgaggcatagttgcaagattcgactaccaccttttatcaaatgtgattgtgtggtctgaattgtgacaatcatcaacagtaatgtaaactggggtttaattagcaatttaggaggacaagtgaatgttgcaaacaaatgaaataaattaactaagggatagatgtaagtttttctggtaaattattttctgaaaattaaggatgcagagcatgcttaattttaatatattcatagaaacatgttcaatatctataatgtacataataactgtcacattctttagagatcaaaagtagctgatagggaagattcctttcagacaacatcgaaacgttgtaccttacgtagcgcacttaaaatgatAACCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCAGTGGTTGTCTGGTT
gi|11 : taaattcttgatgAGAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCAgttggaggtaacattattaccttcaccgtccttggatatatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattaaggggtcctgtgtcaggcctaaccggtggtccgctaggggctgttgaagttactctggaa
gi|12 : aagcattttcgaaagtcaccaaatttttttcttctatttctattgcacaattaacactataaaaccaaaacctctattctggaaattacaaatttcagcaatttttgtgtatttttaaacattaatttacctctataaactggagctacttgataacttcttgaatttttgacattacacaaggtagtgccaaagcagttgatagcttgaggcataaaCTCTAT-AA-----AC--CGGG-AACCTCA---T-------C-------AAACCAGA-TT-TTTATCTGGTGCGGTGGTTGTCTGGTTa
gi|13 : TGAAACTTCCAT-AA-----AC--TGGA-CAT-TCT---A-------T-------AAACCGGAgttggaggtaacattattaccttcaccatccttggatacatcattgtcatctgacgaatcgtccatcatatctttatcatcatcatctttttccttgctagttgttgtactgacagcagaattagtggggacattgaggggtcctgtgtcaggcctaactggtggtccgctaggggctgttgaagttactctgga
gi|13 : tgatatacggtacagACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---T-------TATTCCGAAAACCGCACATATTTatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatacacctctataaaccggaacctctttattccgaaaaccgcacatatttcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|15 : tgatatacggtacagtgaaacttccataaactggacattctataaaccggaatacactacaaactgtgcatattcaaaagtcccaaaaatgttcattctttttctatagaagaatac----------------AA----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAAT-A--ACATTAAACCTCTAT-AG-----ACACCGGA-AACCTCT---C-------C-------AAACCGAACTT-TTGATTCGGcagcaatttttgtatttgtagtgtattttttgtacattaaaatacctctataaaccgaagatacttgatatcgtcttga
gi|16 : tacgtaagtgaattgaacgaaaaaacttgacagagactgtatattaatgaaatacagttatttgatgacattttcgacatgatcatcccaaaaaagtgttaccaattactacaccgagtaacttcttatcgtgtgaaagcatgacatttatcTGAAATAT-TTTACACTTT-TGTTTA-----TCAACAACTAGTC-AGACTTCAATTTTAACATATGC----AT------TG----A---TATTGAA---------------------T-AAACTCATTA---------A-----AAGATATCATCTTATTCTTC---CAT---------TAT-----TG-------T----------------------------------------------------------T-----CTAGCTTTTGTGTGTGAAGTCATAAGCTAAAACCTCAAT-TA-----AC--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAAACTT-TTTGTTTCGTTCACAGGTTGTCCTGTT
gi|16 : TATAATCTCTAT-AA-----AC--AGGACAACCTGTGAAC-------G-------AAACAAAAAGT-TTGGTTTAG---AGAGGTT-TCCGGTTAtatagagattatac
gi|17 : tgaaatattttacacttttgtttatcaacaactagtcagacttcaattttaacatatgcattgatattgaataaactcattaaaagatatcatcttattcttccattattgttctagcttttgtgtgtgaagtcataagctaaaacctcaatATC-AAACCAGTTAAAATGTAGCATATGT----TTTCATGTTATTGTCC---TGGA--------TAT-----TA-------TAAGA----------------AGTTATAAAATTAGTCTTG----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAGACA--ACTTAAAATCTGTAA-AA-----AC--CGGA-TACCTTT---C-------T-------AAG-CAGAAAT-ATTGTTAGGTCCCGGGTTTGTCCGGTTc
gi|18 : ttaatgggggtagatcgaggatatatacacagggTTAACATATAC----ATATATATTG----AACTAATTTAAAGTTCCTAG--TTT-TTGCATT-TAACTTATTACA-TGAAGCAT-TGCAAAATACAAACACATTCTGC---TAT---------TAT-----TG-------TTTGA----------------AG----------------GCATACA----------AAAT-----C-AGATTTAATC----TAATCA--AGCTAAAAACCCTAT-AA-----AC--CGAA-AACCTCT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGATTGGTCCCGAGGTTATCtactgaggt
gi|19 : TATCTGAAAATAAATGATGCGCAGCATGTTTGATATAAAT-ATATCTGTGGAT-CATGTTTCATTTCTGTAATGCAAAATGTACTTTA--------GTGCGAGCTGTCATGTACTTCAGA---CAAT------------T-ACAGGAAAGATTCCTTTTCGG--TAAAA--ATTGA-AA--A-TTT----Ct
gi|2 : CTAAAACCTCCGT-AA-----AC--TTCA-CA-CTCT---C-------T-------AGACCGGAca
gi|2 : tctgcaataAAACCTCTAT-AA-----AG--CGG--AACCTCT---C-------TATTCTGGAAACCGGACatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|2 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAGTTT--------AAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-A-AA--A-TTaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgtttactaaagtgtgaaaattacatatattattgttagttggtatggattagcaggttaagatgacagttgattgttgccaacaaaatgaaacaaaataattaagggatataaaaattatgtctttgaagtttaaagattacctggaataaagaatgcacagtgtgtttgctttaaatagatatgtgaacatatgttttatttctataatgtacataataactattattaacatcagagacaaatatatgctgacaggaaaatagttgttcagtaaaattaaaatt
gi|20 : tctgcaatactaaaacctccgtaaacttcacactctctagaccggaatactattaccggtaatccgtgcattttcaaaaatcccaaaattttctttctatttctatattagaagaaacctctataaagcggaacctctctattctggaaaccggacaaatttcagaaattttgtgaattttatacattaatttacttctataaaccagagctacttgattttttgacattacacaaggaagttagtgccatatcaattaacagcttgtggcataattgtcagatttggctgccacctgttatcagatgtcattgAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------GCATCAACTTGATCTAGAAAT-----C-AGATTTTATG----AAATCA--AGCTAAAACCACTAT-AAACAAGAC--TGGA-AACCTCT---C-------T-------TAA----ACCT-TTTGTTCGGTCCCTAGGTTGTCCGGTT
gi|21 : taGA-AATCTAT---C-------T-------AAACCGAACAT-TATGTTCGGTCCCGAGGTTGTCAAGTTtacgaa
gi|21 : ttcAAACTCTGT-AA-----AC--TTGACAACCTCG-------------------GGACCGAACAT-AATGTTCGGTtacagagtttg
gi|3 : ttcgaaatctatctaaTTTACTAAAGTGTGAAAATTAC--ATATATTA--TTGTTAGTTGGTATG-GATTAGCAGGTTAAGATGACAGTTGATTGTTGCCAACAAAATGAAACAAAATAATTAAGGGATATAAAAATTATGTCTTTGAAGTTT--------AAAGATTACCTG-GAATAAAGAATGCACAGTGTGTTTGCTTTAAAT-AGATATGTGAACATATGTTTTATTTCTATAATGTACA--------TA--------AT---AACTATTATTAACATCAGAGACAAATA------TATGCTGACA-GGAAAATAGTTGTTCAG--T-AAA--ATT-A-AA--A-TTT---------A-A--A--GTTCTTA------------TACTTGATATGAAATAG-TTCACAC--T-TGTTT-ATA--CAAACATCA-------------ATTTTAACATATGC----ATTTATATTGAATTAACTCATTAAAAGTTCAGAG--TTTCT-GCATT-AAACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAATTACCATCTCATTCTCC---CAT---------TATTCTCCTGGCCATATTGTGA----------------AGTCAT------------A----------------AAATTGATCC-AGATTTGATA----AAA-GA--AACTAAAACCCCTAT-AA-----AT--CGGA-AACCTCT---C-------T-------AAACTGGACTT-TTAGTTTGGTCCTGAGGTTGTCCATTTAg
gi|4 : ttgTTTACTTAAGTGTGGCAATCACCAACAT-TTA--T-GTTTATTGGGGTTTGATTAGCAGGTTAAGATGACAGGTGCTTGTCACAAACAAA-TGTAATAAATTAATTAAGGGATACA-------TGTT----AC-TTT--------AACGATTATATGAAAATTAAGGATACATAGTATTTTTGACT-AGGT-AACTATGTGAACAAATGTTTGATTTCTATAATGTACC--------AA--------CT---AACTGATATGTACTATAGGAACCAATA------TATACTGACAGGGAAGATACCTTTTCAA--TAAAA--AATGA-AA--A-T-------TTCCA-A--ATTACACTTAAAAT---TGTTATACTTGATGTGAAATAT-TTTACACTGT-TGTTTGATA--CAAACCTT--GATTTCACTTCCATTTTAACATATGT----ATTTATATTG----AACTTATTAAAAGTTCAGAA--TTT-T-ACATT-ACACTTATTACA-TGTAGCAT-TGTAAAACACAATCTCATTCTCC---TAC---------TAT-----TG-------TGTGA----------------AG----------------G----------------AAAT-----C-AGATTTAGTA----AAATCT--AGCTAAAACCTCTAT-AA-----AC--CGGA-AACCTGT---C-------T-------AAACCAGACTT-TTTGTTTGGTCCCGAGGTTGTCCGGTTAtagaggttacac
gi|5 : ttgaaCTAAATTGTGACAATCACCAACGG--TA--ATGTTTGTTGGTGTATGTTTAGCAAGTTGAGATGACAAGTAAGTGTTGCAAATATA-CGAAATAAATTAATTAAAGGATACA-------TGT-----ACGTTT--------AAGAGTT-TTTAAGAATAAAGGATGTAGAATGTACTTGA-TTAAGTCAAATCTGTGTAAACGCGCTCGATTTCTATAATGTACA--------TGATACATTTGT---AACTGTCATGCACTTCAGCG-------------TATG------GGGAAGA-TCGTGTTCAG--ATAGT--ATTGA-AACTATTTT----CTTCCG-A--G-TGCACTTAAAAT---
gi|5 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACAAT-A-TTT----CTTCCC-ATGA-TGCACTTAAA----------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-AATA--CAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCggtttgatttggaaacaataagctgatagggaagtttacttttcagcttcagattattgacaatatttcttcccatgatgcacttaaatactacgtaaatgttgacacttttgttaatacaaacatcaaggctggatctccatcttaacatatgcatgtatattgaacttaatgaaagttc
gi|6 : gcaagatttgactgtcgcctttcatcaaatgccattatgttgtctaaattgtgacaatcaccaacggtaatgtttgttggtgtatgtttagcaagttgagatgacaagtaagtgttgcaaatatacgaaataaattaattaaaggatacatgtacgtttaagagtttttaagaataaaggatgtagaatgtacttgattaagtcaaatctgtgtaaacgcgctcgatttctataatgtacatgatacatttgtaactgtcatgcacttcagcgtatggggaagatcgtgttcagatagtattgaaactattttcttccgagtgcacttaaaatggtttgatttggaaacaTAGTA----AAAT---------AAACCTCTAT-AA-----AC--CGG--AACCTCT---CTATTCCAT-------AAACCGGAC
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctaTTTACTAAAGTGTGACAATCACCTACAAAAGAGGTTGTT---TGG-GTTTGATTAATAGGTTAAGATGACAGGTAATTATTACAAAC-AAATGAAATGAATTAATTAAGGGACACA-------TGT-----AAGTTT--------AGAGATTACCTGAAAATAAAgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|6 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgTAAAGGATGCAT-GTGTGCTTGATTTAGAA-ACATCTGTGAACACATGTTTGATTTCTATAAT----A--------AA--------CT---AACTATTATtctatctatctctatctttatattttttaaaggatgcatgtgtgcttgatttagaaacatctgtgaacacatgtttgatttctataataaactaactattatta
gi|7 : tgcattttcaaaagtcccgaaaattttccttctttttctatagtaaaataaacctctataaaccggaacctctctattccataaaccggacgaatttcagcaatttttgtgtatttttgcacattgaaataactctataaactgaagctacttgatattttcctgattgtttgacattacacaaggtagtgctatatcaattgatagcttgaggcatacttgtacaatttagctgccaccttttatcaaatgtcattgtttactaaagtgtgacaatcacctacaaaagaggttgtttgggtttgattaataggttaagatgacaggtaattattacaaacaaatgaaatgaattaattaagggacacatgtaagtttagagattacctgaaaataaatctatctatctctatctttatatttttA------TAAGCTGATAGGGAAGTTTACTTTTCAGCTTCAGATTATTGACAAT-A-TTT----CTTCCC-ATGA-TGCACTTAAA----------TACT--ACGT-AAATGT-TG-ACACTTT-TGTT-AATA--CAAACATCAAGGCTGGATCTCCATCTTAACATATGC----ATGTATATTG----AACTTAATGAAAGTTCAGAGATTTT-T-ACACTGAAACTTATTACA-TGTAGTAT-TG-AAACGACCATTTCATTCTCCAATTATTGTTCTTGCTAT-----TG-------TGTGAAGGCACAAAATTAATCAG----------------G----------------AAAC-----C-AGATTAGATA----AAAACA--AGCTAAAACCTCTATAAA-----AC--CGGA-AACCTCC---C-------T-------AATTCGAACGT-TTTGTTCGGTCCCGAGGTTGTGCAGTta
gi|9 : caA--------CT---AAACGTCATGTACTTCAGAGACCAATACATGTATATGCCGACAGTGAAGATACCTTTTCAC--TAAAA--ATTGA-AG--A-TTT----C---CACA--G-TGCACTTTAAATGGTTA---TACTTGATATGAAATAT-TTTA---TTTATGTTTGATATACAAACATCAAGTCTTTATCTCCATTTTAACATATATAGAAATATATATT-----AACTCATGAAAAGTTCAGAGT-TTT-T-GCATT-AAAGTTATTACA-Tctacagagg
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTAATATATTTTCAGTATATCCTCGGTAAACTAAACACTCTGTAGACCATAAAACTCTACAAACCGTGCTTTTTCAAAAGTCCTGAAGTAATACGTGTTTTTGTATAGCGCAATAACCTTATATAAACTAGAACCTTTCTATTCCGGAAACTGGACAATGTTTTTGAATTTCTGTCGATATTAGAACAATAAATACCTTTATAAACCGGAATATCACATTGCCTGACAATACACAAGGTAGCGTCAATGTTTGCTGATAACTCGAGGCGAAATTGCCATTTACCGACACACTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTGCACTTTCAAATGTCCTGAAAATTTTGCTTATTTTCTATAAAAGAGTAAACCATAAACCTGAACTTCTTTATTCTTGATACAACTGAACATTTCTCAGCAGTTTTTTGTATTCTTAATAATTCAATTTACCTCTATGAACAGGAATTACAATATTCTCTTCATGATTTTTGACTTTACACACGGTAGCATCATATCAATTGATAGCTTGTGGCATAATGGCAAGATTAGGCTATCATAT