lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555555555555 666666666666666666
lowQualScore : 7 2 333 555 44 1 3 1 1 6 2 333 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7777777777777777777777777 2 666666666666666666 2 2 44 44 9
lowQualScore : . . ... ... .. . . . . . . ... . ................................................................................................................................ ......................... . .................. . . .. .. .
lowQualScore : 1 4 555 555 33 9 1 9 9 9 1 777 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111 4 666666666666666666 6 5 88 66 0
consensus : GAAATGT-A-CT---A---AGTG-C-AAGGGCAATAACTCTGCA-T-GGAATTAA-GT---CAGCGTC------NT--N--A-N----ATTT-GTGTCTCCCA-TGATANT------NTGTNAT-G--TA--TGN--AAAGCT-------TNAANA-TATCGCTTGAA-AGTTTGCTCCACA-ANNATTGCAATANGGTAAATACAG-NAA-TGTTA-TTA---CTAAGN-GC-AAGGGCAATAACTCTGC----AT-------GGAATT-AAGTCAGCGTCACAAAA--TTTGTC
Reference ( gi|4 ) : GAAATGT-A-CT---A---AGTA-C-AAGAGCAATAACTCTGCA-T-GGAGTTAA-GT---CAGCATC------TT--T--A-T----ATTT-ATGTCTCCCAGTGACACT------TTACTAT-G--TA--TGA--AAAGTT-------TCAAAA-TATCGCTTGAA-AATTTGCTCCACA-AGTATTGCAATAGGGTAAATACAG-AAA-TGTTA-TTAAGACTAAGA-AC-AAGGGCAATAAC----C----AC-------GAAATT-AAGTCAGTGTCACAAAA--TATGTC
gi|6 : GAACTGC-A-AT---AT--GGTAAC-AAGGTCAGTAACTCTGCA-T-GAAATTAA-GT---CAGTGCCACAAA-CT--T--A-TCATCACCC-ATAACTACAAATGATGTTCAGATGTTGTTAT-G--CAATTGATTAAAGT-----------ACA-TAT-GT------AGTTTGCTGTACA-ATAATTGCAATATGGTAAATACAG-CAATTGTTT-TTCATGTTGCGA-AC-A
gi|17 : ccacaaAATTAT-A-CT---A---ACTG-C-AAGGGCAATAACTCTGCA-T-GGAATTAG-GT---CAGCGTC------
gi|14 : acagcAAATGTTA-CT---A---TGTG-C-AAGAGCAATAACTCTGCA-T-GGAATATA-GT---CAG--TC------AC--A--A-A----ATTT-GTGTCacaaaatatacgtcgcaca
gi|7 : tacagcAAATGTTA-CT---A---TGTG-C-AAGAGCAATAACTCTGCA-T-GGAATATA-GT---CAG--TC------AC--A--A-A----ATTT-GTGTCatgcat
gi|13 : atacagcAAATTT-A-CT---A---AACG-C-AAAGGCAATAACTCTGCA-T-GGATATAA-GT---TAGTGTC------AC--A--A-A----ATTT-GTGTCatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|12 : atacagcAAATTT-A-CT---A---AGTG-C-AAGGGTAATAACTCTGAG-T-GAAATTAT-GT---CAGaagca
gi|2 : atacagcAATGT-A-CT---A---AGTA-C-AAGAGCAATAACTCTGCA-T-GGAATTAA-GT---CAGCATC------TT--G--A-T----ATTT-ATGTCTCCCAGTGACACN------NNNNNNN-N--NN--NNN--NNNNNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNAGGGTAAATACAG-AAA-TGTTA-CTAAGACTAAGA-AC-AAGGGCAATAAC----C----AC-------GAAATT-AAGTCATTGTCACAAAA--TACGTCggtcaccaaattcacatcacgcac
gi|18 : AGTGT-AACT---A---AGTG-C-AAAGGCAATAAATCTGCA-T-GGAATTTA-AT---GAACATC------agacac
gi|16 : agcAATGTTA-CTTAAA---AGTG-T-AAGGGAAATAACTCTGCA-T-GAAACACA-GC---CAGCATC------ataaagtgtgtgtcatgca
gi|5 : caacATGT-G------A---AGTA-C-AGGGGCAATAACTTTGCA-C-GGAA-TAA-GT---ATTCACC------TC--TAAA-C----ATTTGATGT-------TGATAGT------ATATAATGG--TA--T-----AAGCTACCCGCATGAAAACTATCG-----A-AGTATG-TCAAAAGAGTAT--CAATATGGTACATACAG--AA-TTTTG-TTATGTGCAAGG-ACAAAAAGAAATAAT----T----AC----------ATCGAAGTCA----CACAAacaaaatctaagttaagc
gi|11 : atatatT-A-CT---ATAAAATG-C-AGGGGCAATAACTCTGCA-T-GGAAATAA-GT---CAGTATC------AT--A--A-T----ATTT-GTGTCttgtcttacctat
gi|15 : aatataaatttgtT-A-CC---A---AGTA-C-AAGGGTAATAACTCTACA-T-GGTATAAA-GT---CAGAATC------AC--A--G-C----ATTT-GTATCACTCAac
gi|20 : tacagcagtttT-A-CT---A---ATTG-C-AAGGGCAATAACTCT-CATT-GGAATTAA-GT---TAGCA
gi|21 : tacaatagtttT-A-CT---A---AGAG-C-AAGGACAATAACTTTGCA-C-GGATTTAA-GT---CAcaataaagtttgcat
gi|1 : gatacagcaatttT-G-CT---A---AGTG-G-AAGGACAAAAACTCTGCA-TAGAAATTAA-GT---CGGTGTCACACAGTTG-T--GTT----ATCT-ATATCTCCC----NNNNN------NNNNNNN-N--NN--NNN--NNNNNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNA-TG--A-TTAATA-TAGAA-AC-ATGGATTATAACTCTGT----AT-------AGAATT-AAGTCAGTATCACAAGA--TTTG
gi|24 : agtatttT-A-CT---A---CGTG-C-AAGGGCACTAATTCTGCA-T-GGAcatcac
gi|23 : aaatatagcattttT-A-CT---A---AG-A-CTAATGGTAAAAGCTATGTA-T-GGGATTAG-GT---CAGCGTC------a
gi|8 : aT---A---AGTG-C-ACAGGCAATAACTCTGCA-T-GGAATTGA-GT---CAGAGGC------TT-------G----ACTT-ACATC-CACA--GATA-------------AT-GATTA--TGC--AAAG---------TCA-----ATCACTTGAAGAAT------CAC--ACTATT-------GGTCAATACAG-------------------------C-AAGTGCAATAACTCTAC----AT-------GGAACT-AAATGAGCGTTACAAAATTTATGTac
gi|19 : taaatatcaattctctT---A---AGTG-C-AAGAACAATAACTCTCCA-T-GGAA-TAA-GT---CAAAATC------AT--C--A-A----ATTT-GTATC
gi|3 : cagcagaatttt---A---AGTG-C-AAGGGCAATAACTCTGCA-C-GAAATTAATGTTTACAGCATT------CTCCT--C-T----ANNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNN-N--NN--NNN--NNNNNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNAT--GGTATGTACAG-----TATT--TT---GCTAAGT-GG-AAGGACAAAAACTCTGC----ATA------GAAATT-AAGTCGGTGTCACAacgca
gi|22 : tatatgTG-C-AAGGGCAATAACTCTGCA-T-GAAATTcagttgtgttatct
gi|9 : TTTTCGCCACA-AGAATTGAAATAAGGTAAATACAG-CAA-TTTT-------CCTAAGC-GC-AAGGGC-ACAAA----C----ACTGTTTTTGTATTT-TAGTCAGCGTCACAATA--TCTGCCtatctgccagtaattcaaaatttgtg
gi|7 : aagacgGGTGAATACAG-CAA-TGTTA-CCAAGtcacgca
gi|11 : atacagcaaatgttactatgtgcaagagcaataactctgcatggaatatagtcagtcacaaaatttgtgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatAATATAA-ATT-TGTTA-CTA----TAAAATGC-AGGGGCAATAACTCTGC----AT-------GGAAAT-AAGTCAGTATCATAATA--TTTGT
gi|7 : ATACAGCAAA-TGTTA-------CTATGT-GC-AAGAGCAATAACTCTGC----AT-------GGAATA-TAGTCA--GTCACAAAA--TTTGTgtcac
gi|13 : ATACAGCAAA-T-TTA-CTAA-AC------GC-AAAGGCAATAACTCTGC----AT-------GGATAT-AAGTTAGTGTCACAAAA--TTTGTgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|12 : ATACAGCAAA-T-----TTA---CTAAGT-GC-AAGGGTAATAAC----TCTGAGT-------GAAATT-ATGTCAGGGTCACCAAA--Tgtcaagca
gi|21 : ATACAG-CAA-TTTTA-------CTAAGA-GC-AAGGACAATAACTTTGC----AC-------GGATTT-AAGTCAtcacatcacgcac
gi|14 : gTACAGCAAA-TGTTA-------CTATGT-GC-AAGAGCAATAACTCTGC----AT-------GGAATA-TAGTCA--GTCACAAAA--TTTGT
gi|17 : ACAG-CAA-T--TA-T----ACTAACT-GC-AAGGGCAATAACTCTGC----AT-------GGAATT-AGGTCAGCGTCACAAAA--TAgtcatgcat
gi|16 : AA-TGTTACTTAA----AAGT-GT-AAGGGAAATAACTCTGC----AT-------GAAACA-CAGCCAGCATCACAAAA--Tacgtcgcaca
gi|15 : caacACCAAGT-AC-AAGGGTAATAACTCTAC----AT-------GGTATA-AAGTCAGAATCACAGCA--TTTGTctaagttaagc
gi|6 : tacagcagttttA-AC-AAGGTCAGTAACTCTGC----AT-------GAAATT-AAGTCAGTGCCACAAAatcactca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333
lowQualScore : 66 777 4 3 4 777 777 2 555 1 4 4 4 666666666 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 22 33 2 3 00000000000000 1 22 2 2 555 33 2
lowQualScore : .. ... . . . ... ... . ... . . . . ......... . ................................................................................. . .. .. . . .............. . .. . . ... .. .
lowQualScore : 44 000 0 4 0 000 000 1 444 0 0 0 0 000000000 6 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 00 99 6 8 00000000000000 8 99 1 1 333 22 7
consensus : GAAATGTG-CTA---AGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCC----------A-TGATANT---ATATNAT-GTATGCAA-AGNT-------TNA---AAA-TATCGCTTGAA-AGTTTGCTCCACAAGNATTGCAATATGGTAAATACAGCAA-TG-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
Reference ( family-2693 ) : GAAATGTA-CTA---AGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCC----------A-TGATANT---NTGTNAT-GTATGNAA-AGCT-------TNA---ANA-TATCGCTTGAA-AGTTTGCTCCACAANNATTGCAATANGGTAAATACAGNAA-TG-TTA-TT---ACTAAGNGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
gi|1 : TG-CTA---AGTGGAAGGACAAAAACTCTGCATAGAAATTAA-G---T---CGGTGTCA-CACAG-TTG-T-GTTATCTATATCTCCC--------------NNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNN-NNNN-------NNN---NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGATTA-AT---A-TAGAAACATGGATTATAACTCTG--TA-T-AGAATTAAGTCAGT--ATCA--CAAGATT-TG
gi|11 : agtatttTA-CTATAAAATGCAGGGGCAATAACTCTGCAT-GGAAATAA-G---T---CAGTATCATAATAT-TTG-T-G---------TCcatcac
gi|12 : aatataaatttgtATACAGCAA--A-TT---T---ACTAAGTGCAAGGGTAATAACTCTG--AG-T-GAAATTATGTCAGG--GTCA--CCAAATT-ac
gi|13 : ATACAGCAA--A-TT---T---ACTAAACGCAAAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGATATAAGTTAGT--GTCA--CAAAATT-TGTcacatcacgcac
gi|14 : TACAGCAAATG-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTgtcaagca
gi|15 : TACAGCA---G-TT--TT---ACCAAGTACAAGGGTAATAACTCTA--CA-T-GGTATAAAGTCAGA--ATCA--CAGCATT-TGTgtcatgcat
gi|16 : CAACAA-TG-TTACTT---AA-AAGTGTAAGGGAAATAACTCTG--CA-T-GAAACACAGCCAGC--ATCA--CAAAATC-atcactca
gi|17 : ACAGCAA-T---TA-T----ACTAACTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAGGTCAGC--GTCA--CAAAATaagttaagc
gi|18 : AGTGTAACTA---AGTGCAAAGGCAATAAATCTGCAT-GGAATTTA-A---T---GAACATCATAAAGT-GTG-T-G---------TCatacgtcgcaca
gi|19 : agcTA---AGTGCAAGAACAATAACTCTCCAT-GGAA-TAA-G---T---CAAAATCATCAAAT-TTG-T-A---------TCatgca
gi|2 : cagcagaattttAATGTA-CTA---AGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCATCTTGATAT-TTA-T-G---------TCTCCC----------AGTGACACN---NNNNNNN-NNNNNNNN-NNNN-------NNN---NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGGTAAATACAGAAA-TG-TTA-CTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCATT--GTCA--CAAAATA-CGTCacgca
gi|20 : TACAATA---G-TT--TT---ACTAATTGCAAGGGCAATAACTCT---CATT-GGAATTAAGTTAGC--ACAA--TAAAGTT-TGagacac
gi|21 : ATACAGCAA-T---T--TT---ACTAAGAGCAAGGACAATAACTTTG--CA-C-GGATTTAAGTCAcat
gi|22 : gGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GAAATTTA-TCTGCCAGTAATTCAAAATT-TGT
gi|23 : tT---ACTAAGACTAATGGTAAAAGCTATG--TA-T-GGGATTAGGTCAGC--GTCA--Cg
gi|24 : aAAATATAGCA-----TTT-TT---ACTACGTGCAAGGGCACTAATTCTG--CA-T-GGAA
gi|3 : A---AGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAC-GAAATTAATG---TTTACAGCATTCTCCTCTANNN-N-N---------NNNNNN----------N-NNNNNNN---NNNNNNN-NNNNNNNN-NNNN-------NNN---NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGTATGTACAGTA-----TT--TT---GCTAAGTGGAAGGACAAAAACTCTG--CA-TAGAAATTAAGTCGGT--GTCA--CACAGTTGTGT
gi|4 : tatatgGAAATGTA-CTA---AGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAGTTAA-G---T---CAGCATCTTTATAT-TTA-T-G---------TCTCCC----------AGTGACACT---TTACTAT-GTATGAAA-AGTT-------TCA---AAA-TATCGCTTGAA-AATTTGCTCCACAAGTATTGCAATAGGGTAAATACAGAAA-TG-TTA-TTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCAGT--GTCA--CAAAATA-TGTCtatct
gi|5 : ATGTG---A---AGTACAGGGGCAATAACTTTGCAC-GGAA-TAA-GTATT---CA-CCTCTAAACAT-TTGAT-G---------T-----------------TGATAGT---ATATAATGGTAT---A-AGCTACCCGCATGA---AAACTATCG-----A-AGTATG--TCAAAAGAGTATCAATATGGTACATACAG-AA-TT-TTG-TT---AT---GTGCAAGGACAAAAA----G--AA---ATAATTACATCGAA--GTCA--CACAA-T-TGTC
gi|6 : atatatAATATG-GTA---A---CAAGGTCAGTAACTCTGCAT-GAAATTAA-G---T---CAGTGCCA-CAAAC-TTA-TCA---------TCACCCATAACTACAAA-TGATGTTCAGATGTTGT--TATGCAATTGAT-------TAAAGTACA-TAT-GT------AGTTTGCTGTACAATAATTGCAATATGGTAAATACAGCAATTG-TTT-TT---ttacctat
gi|7 : ccacaagaactgcATACAGCAAATG-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTcatgttgcgaaca
gi|7 : ATGGTGAATACAGCAA-TG-TTA-gtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|8 : atacagcaaatgttactatgtgcaagagcaataactctgcatggaatatagtcagtcacaaaatttgtgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTA---AGTGCACAGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTGA-G---T---CAGAGGCTTGAC---TTA-C-A---------TC-CAC----------A--GATAA-------TGAT--TATGCAA-AG---------TCA--------ATCACTTGAAGAAT------CAC-ACTATT-------GGTCAATACA------------------------GCAAGTGCAATAACTCTA--CA-T-GGAACTAAATGAGC--GTTA--CAAAATT-TATccaag
gi|9 : taaatatcaattctctGTTTTCGCCACAAGAATTGAAATAAGGTAAATACAGCAA-T--T---TT---CCTAAGCGCAAGGGCACAAACACTGTTTT-T-GTATTTTAGTCAGC--GTCA--CAATATC-TGCCgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222
lowQualScore : 7 4 3 4 777 777 2 555 1 4 4 4 666666666 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 1 44 66666666666666 0 22 2 2 555 33 2
lowQualScore : . . . . ... ... . ... . . . . ......... . ............................................................................ . . .. .............. . .. . . ... .. .
lowQualScore : 9 0 4 0 000 000 1 444 0 0 0 0 000000000 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 0 88 99999999999999 2 88 0 0 333 22 7
consensus : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCA-TGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCAA-T-G-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
Reference ( family-2693 ) : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCA-TGATANTATATNAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TNAAAA-TATCGCTTGAAAGTTTGCTCCACAAGNATTGCAATA-TGGTAAATACAGCAA-T-G-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
gi|1 : TGCTAAGTGGAAGGACAAAAACTCTGCATAGAAATTAA-G---T---CGGTGTCA-CACAG-TTG-T-GTTATCTATATCTCCC----NNNNNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNA-T-GATTA-AT---A-TAGAAACATGGATTATAACTCTG--TA-T-AGAATTAAGTCAGT--ATCA--CAAGATT-TG
gi|11 : agtatttAAATGCAGGGGCAATAACTCTGCAT-GGAAATAA-G---T---CAGTATCATAATAT-TTG-T-G---------TCcatcac
gi|12 : aatataaatttgttactataATACAGCAA---A-TT---T---ACTAAGTGCAAGGGTAATAACTCTG--AG-T-GAAATTATGTCAGG--GTCA--CCAAATT-ac
gi|13 : ATACAGCAA---A-TT---T---ACTAAACGCAAAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGATATAAGTTAGT--GTCA--CAAAATT-TGTcacatcacgcac
gi|14 : TACAGCAAAT-G-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTgtcaagca
gi|15 : TACAGCA----G-TT--TT---ACCAAGTACAAGGGTAATAACTCTA--CA-T-GGTATAAAGTCAGA--ATCA--CAGCATT-TGTgtcatgcat
gi|16 : CAACAA-T-G-TTACTT---AA-AAGTGTAAGGGAAATAACTCTG--CA-T-GAAACACAGCCAGC--ATCA--CAAAATC-atcactca
gi|17 : ACAGCAA-T----TA-T----ACTAACTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAGGTCAGC--GTCA--CAAAATaagttaagc
gi|18 : CTAAGTGCAAAGGCAATAAATCTGCAT-GGAATTTA-A---T---GAACATCATAAAGT-GTG-T-G---------TCatacgtcgcaca
gi|19 : agcagtgtaaTAAGTGCAAGAACAATAACTCTCCAT-GGAA-TAA-G---T---CAAAATCATCAAAT-TTG-T-A---------TCatgca
gi|2 : cagcagaattttAATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCATCTTGATAT-TTA-T-G---------TCTCCCAGTGACACNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GGGTAAATACAGAAA-T-G-TTA-CTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCATT--GTCA--CAAAATA-CGTCacgca
gi|20 : CAA-TAG-TT--TT---ACTAATTGCAAGGGCAATAACTCT---CATT-GGAATTAAGTTAGC--ACAA--TAAAGTT-TGagacac
gi|21 : taATACAGCAA-T----T--TT---ACTAAGAGCAAGGACAATAACTTTG--CA-C-GGATTTAAGTCAcat
gi|22 : gTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GAAATTTA-TCTGCCAGTAATTCAAAATT-TGT
gi|23 : T---ACTAAGACTAATGGTAAAAGCTATG--TA-T-GGGATTAGGTCAGC--GTCA--Cg
gi|24 : aAAATATAGCA------TTT-TT---ACTACGTGCAAGGGCACTAATTCTG--CA-T-GGAA
gi|3 : ATATG--AAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAC-GAAATTAATG---TTTACAGCATTCTCCTCTANNN-N-N---------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGGTATGTACAGTA------TT--TT---GCTAAGTGGAAGGACAAAAACTCTG--CA-TAGAAATTAAGTCGGT--GTCA--CACAGTTGTGT
gi|4 : tGAAATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAGTTAA-G---T---CAGCATCTTTATAT-TTA-T-G---------TCTCCCAGTGACACTTTACTAT-GT------------ATGAAAA-GTT-------TCAAAA-TATCGCTTGAAAATTTGCTCCACAAGTATTGCAATA-GGGTAAATACAGAAA-T-G-TTA-TTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCAGT--GTCA--CAAAATA-TGTCtatct
gi|5 : ATGTG--AAGTACAGGGGCAATAACTTTGCAC-GGAA-TAA-GTATT---CA-CCTCTAAACAT-TTGAT-G---------T-------TGATAGTATATAATGGT------------AT---AA-GCTACCCGCATGAAAACTATCG-----AAGTATG--TCAAAAGAGTATCAATA-TGGTACATACAG-AA-T-T-TTG-TT---AT---GTGCAAGGACAAAAA----G--AA---ATAATTACATCGAA--GTCA--CACAA-T-TGTC
gi|6 : atatatAATATGGTAA---CAAGGTCAGTAACTCTGCAT-GAAATTAA-G---T---CAGTGCCA-CAAAC-TTA-TCA---------TCACCCA-TAACTACAAATGAT-GTTCAGATGTTGTTATGCAATTGAT-------T-AAAG-TA-CATATGTA-GTTTGCTGTACAATAATTGCAATA-TGGTAAATACAGCAATT-G-TTT-TT---ttacctat
gi|7 : ccacaagaactgcATACAGCAAAT-G-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTcatgttgcgaaca
gi|7 : A-TGGTGAATACAGCAA-T-G-TTA-gtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|8 : atacagcaaatgttactatgtgcaagagcaataactctgcatggaatatagtcagtcacaaaatttgtgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAATAT--CAA-T-T-CTC-TT---A---AGTGCACAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTGAGTCAGccaag
gi|8 : TAAGTGCACAGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTGA-G---T---CAGAGGCTTGAC---TTA-C-A---------TC-CACA--GATA----ATGAT--T------------ATGCAAA-G---------TCA-----ATCACTTG--------------AAGAATCACACTATTGGTCAATACAGCAA---G-T---------------------GCAATAACTCTA--CA-T-GGAACTAAATGAGC--GTTA--CAAAATT-TATaggcttgacttacatccacagataatgattatgcaaagtcaatcacttgaagaatcacactattggtcaatacagcaagtgcaataactctacatggaactaaatgagcgttacaaaatttatgt
gi|9 : taaatatcaattctctGTTTTCGCCACAAGAATTGAAATA-AGGTAAATACAGCAA-T---T---TT---CCTAAGCGCAAGGGCACAAACACTGTTTT-T-GTATTTTAGTCAGC--GTCA--CAATATC-TGCCgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111 111 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222
lowQualScore : 7 4 3 4 777 777 2 555 1 4 4 4 666666666 6 777 2222 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 3 44 66666666666666 0 22 2 2 555 33 2
lowQualScore : . . . . ... ... . ... . . . . ......... . ... .... . ............................................................ . . .. .............. . .. . . ... .. .
lowQualScore : 9 0 4 0 000 000 1 444 0 0 0 0 000000000 6 111 3333 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 2 88 99999999999999 2 88 0 0 333 22 7
consensus : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCA-TGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCAA-T-G-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
Reference ( family-2693 ) : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCA-TGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCAA-T-G-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
gi|1 : TGCTAAGTGGAAGGACAAAAACTCTGCATAGAAATTAA-G---T---CGGTGTCA-CACAG-TTG-T-GTTATCTATATCTCCC----NNNNNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNA-T-GATTA-AT---A-TAGAAACATGGATTATAACTCTG--TA-T-AGAATTAAGTCAGT--ATCA--CAAGATT-TG
gi|11 : agtatttAAATGCAGGGGCAATAACTCTGCAT-GGAAATAA-G---T---CAGTATCATAATAT-TTG-T-G---------TCcatcac
gi|12 : aatataaatttgttactataATACAGCAA---A-TT---T---ACTAAGTGCAAGGGTAATAACTCTG--AG-T-GAAATTATGTCAGG--GTCA--CCAAATT-ac
gi|13 : ATACAGCAA---A-TT---T---ACTAAACGCAAAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGATATAAGTTAGT--GTCA--CAAAATT-TGTcacatcacgcac
gi|14 : TACAGCAAAT-G-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTgtcaagca
gi|15 : TACAGCA----G-TT--TT---ACCAAGTACAAGGGTAATAACTCTA--CA-T-GGTATAAAGTCAGA--ATCA--CAGCATT-TGTgtcatgcat
gi|16 : CAACAA-T-G-TTACTT---AA-AAGTGTAAGGGAAATAACTCTG--CA-T-GAAACACAGCCAGC--ATCA--CAAAATC-atcactca
gi|17 : ACAGCAA-T----TA-T----ACTAACTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAGGTCAGC--GTCA--CAAAATaagttaagc
gi|18 : CTAAGTGCAAAGGCAATAAATCTGCAT-GGAATTTA-A---T---GAACATCATAAAGT-GTG-T-G---------TCatacgtcgcaca
gi|19 : agcagtgtaaTAAGTGCAAGAACAATAACTCTCCAT-GGAA-TAA-G---T---CAAAATCATCAAAT-TTG-T-A---------TCatgca
gi|2 : cagcagaattttAATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCATCTTGATAT-TTA-T-G---------TCTCCCAGTGACACNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GGGTAAATACAGAAA-T-G-TTA-CTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCATT--GTCA--CAAAATA-CGTCacgca
gi|20 : CAA-TAG-TT--TT---ACTAATTGCAAGGGCAATAACTCT---CATT-GGAATTAAGTTAGC--ACAA--TAAAGTT-TGagacac
gi|21 : taATACAGCAA-T----T--TT---ACTAAGAGCAAGGACAATAACTTTG--CA-C-GGATTTAAGTCAcat
gi|22 : gTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GAAATTTA-TCTGCCAGTAATTCAAAATT-TGT
gi|23 : T---ACTAAGACTAATGGTAAAAGCTATG--TA-T-GGGATTAGGTCAGC--GTCA--Cg
gi|24 : aAAATATAGCA------TTT-TT---ACTACGTGCAAGGGCACTAATTCTG--CA-T-GGAA
gi|3 : ATATG--AAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAC-GAAATTAATG---TTTACAGCATTCTCCTCTANNN-N-N---------NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGGTATGTACAGTA------TT--TT---GCTAAGTGGAAGGACAAAAACTCTG--CA-TAGAAATTAAGTCGGT--GTCA--CACAGTTGTGT
gi|4 : tGAAATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCAT-GGAGTTAA-G---T---CAGCATCTTTATAT-TTA-T-G---------TCTCCCAGTGACACTTTACTAT-GT------------ATGAAAA-GTT-------TCAAAA-TATCGCTTGAAAATTTGCTCCACAAGTATTGCAATA-GGGTAAATACAGAAA-T-G-TTA-TTAAGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCAGT--GTCA--CAAAATA-TGTCtatct
gi|5 : ATGTG--AAGTACAGGGGCAATAACTTTGCAC-GGAA-TAA-GTATT---CA-CCTCTAAACAT-TTGAT-G---------T-------TGATAGTATATAATGGT------------AT---AA-GCTACCCGCATGAAAACTATCG-----AAGTATG--TCAAAAGAGTATCAATA-TGGTACATACAG-AA-T-T-TTG-TT---AT---GTGCAAGGACAAAAA----G--AA---ATAATTACATCGAA--GTCA--CACAA-T-TGTC
gi|6 : atatatAATATGGTAA---CAAGGTCAGTAACTCTGCAT-GAAATTAA-G---T---CAGTGCCA-CAAAC-TTA-TCA---------TCACCCA-TAACTACAAATGAT-GTTCAGATGTTGTTATGCAATTGAT-------T-AAAG-TA-CATATGTA-GTTTGCTGTACAATAATTGCAATA-TGGTAAATACAGCAATT-G-TTT-TT---ttacctat
gi|7 : ccacaagaactgcATACAGCAAAT-G-TTA-------CTATGTGCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTcatgttgcgaaca
gi|7 : A-TGGTGAATACAGCAA-T-G-TTA-gtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|8 : atacagcaaatgttactatgtgcaagagcaataactctgcatggaatatagtcagtcacaaaatttgtgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAATAT--CAA-T-T-CTC-TT---A---AGTGCACAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTGAGTCAGccaag
gi|8 : TAAGTGCACAGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTGA-G---T---CAGAGGCTTGAC---TTA-C-A---------TC-CACA--GATA----ATGAT--T------------ATGCAAA-G---------TCA-----ATCACTTG--------------AAGAATCACACTATTGGTCAATACAGCAA---G-T---------------------GCAATAACTCTA--CA-T-GGAACTAAATGAGC--GTTA--CAAAATT-TATaggcttgacttacatccacagataatgattatgcaaagtcaatcacttgaagaatcacactattggtcaatacagcaagtgcaataactctacatggaactaaatgagcgttacaaaatttatgt
gi|9 : taaatatcaattctctGTTTTCGCCACAAGAATTGAAATA-AGGTAAATACAGCAA-T---T---TT---CCTAAGCGCAAGGGCACAAACACTGTTTT-T-GTATTTTAGTCAGC--GTCA--CAATATC-TGCCgt
blockSeqs : C . A T TAT TTA A ATA T A A C . T AGT CNNN GTTCAGATGTTGTTATGCAATTGATTAAAGTACATATGTAGTTTGCTG N TT TGTTACTAAG TT T A CCA TT G
blockSeqs : C . T . . . A ATA A . . . . N AGT NNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N G TGTTATTAAG . . . G . .
blockSeqs : C . T . . . A ATC A . . . . T NN CTTT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T T TGTTACTT . . . T . .
blockSeqs : G . T . . . A TTG T . . . . A AT GTAT GTATGAAAAGTTTCAAAATATCGCTTGAAAATTTGCTC A G TTGTTTTT . . . A . .
blockSeqs : . . T . . . A CTC T . . . . . T ACAA GGTATAAGCTACCCGCATGAAAACTATCGAAGTATGT T T TAGTTTT . . . C . .
blockSeqs : . . T . . . A TTT T . . . . . A . TATGCAAAGTCAATCACTTG C T TTTTGTT . . . C . .
blockSeqs : . T . . . C TAA C . . . . T T TTCTCTT . . . T . .
blockSeqs : . . . . . G TTG A . . . . A ATGTTA . . . C . .
blockSeqs : . . . . . G AC C . . . . ATGTTA . . . C . .
blockSeqs : GTTTT . . . T . .
blockSeqs : TTTTT . . . T . .
blockSeqs : ATTT . . . A . .
blockSeqs : ATTT . . . C . .
blockSeqs : TTAT . . . C . .
blockSeqs : TTTT . . . . .
blockSeqs : TTTT . . . . .
blockSeqs : TTTT . . .
blockSeqs : GT . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : NTN ********* AGT TTTT**********
originalCons : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCA-TGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCAA-T-G-TTA-TT---ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
finalCons : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCAT-GGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANAT-TTG-T-G---------TCTCCCAGTGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCAATTTT----------ACTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTA
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666
lowQualScore : 5 0 1 5 1111111 2 333 22 6666 9 0 55 22 6 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 3 55 22 3 22 555555 333 333 22 3333 22 1 3 555 22 4
lowQualScore : . . . . ....... . ... .. .... . . .. .. . . ............................................................ . . .. .. . .. ...... ... ... .. .... .. . . ... .. .
lowQualScore : 0 4 7 7 0000000 7 777 44 7777 2 2 22 00 8 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 6 22 44 5 44 000000 000 000 33 7777 33 7 3 111 66 2
consensus : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCACGGAATTAA-G---T---CAGCGTCTTNATATTTA-T-GTCTCCCAGTGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCA--A-TTT--T------ACT---A---AG--T----GCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
Reference ( family-2693 ) : GAAATGTGCTAAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCATGGAATTAA-G---T---CAGCGTCNTNANATTTG-T-GTCTCCCAGTGACANTATATGAT-GT------------ATGCAAA-GNT-------TCAAAA-TATCGCTTGNAAGTTTGCTCCACAAGAATCGCAATA-TGGTAAATACAGCA--A-TTT--T------ACT---A---AG--T----GCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAAGTCAGC--GTCA--CAAAATT-TGTC
gi|1 : --A-TTT--T------GCT---A---AG--T----GGAAGGACAAAAACTCTG--CA-TAGAAATTAAGTCGGT--GTCA--CACAGTTGTGT
gi|1 : agtATAACTCTG--TA-T-AGAATTAAGTCAGT--ATCA--CAAGATT-TGtatctatatctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgattaatatagaaacatggattataactctgtatagaattaagtcagtatcacaagatttgcatcac
gi|11 : agtattttgctaagtggaaggacaaaaactctgcatagaaattaagtcggtgtcacacagttgtgttatctatatctcccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgattaatatagaaacatggattAATATA--A--A-TTTGTT------ACT---ATAAAA--T----GCAGGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAAATAAGTCAGT--ATCA--TAATATT-TGTcatcac
gi|11 : AAATGCAGGGGCAATAACTCTGCATGGAAATAA-G---T---CAGTATCATAATATTTG-T-GTCgtcac
gi|12 : aatataaatttgttactataATACAGCA--A-ATT--T------ACT---A---AG--T----GCAAGGGTAATAACTCTG--AG-T-GAAATTATGTCAGG--GTCA--CCAAATT-ac
gi|13 : ATACAGCA--A-ATT--T------ACT---A---AA--C----GCAAAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGATATAAGTTAGT--GTCA--CAAAATT-TGTcacatcacgcac
gi|14 : TACAGCA--AATGT--T------ACT---A---TG--T----GCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTgtcaagca
gi|15 : TACAGCA--G-TTT--T------ACC---A---AG--T----ACAAGGGTAATAACTCTA--CA-T-GGTATAAAGTCAGA--ATCA--CAGCATT-TGTgtcatgcat
gi|16 : CAACA--A-TGT--T------ACTTAAA---AG--T----GTAAGGGAAATAACTCTG--CA-T-GAAACACAGCCAGC--ATCA--CAAAATC-atcactca
gi|17 : ACAGCA--A-TTA--T------ACT---A---AC--T----GCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTAGGTCAGC--GTCA--CAAAATaagttaagc
gi|18 : AGCA--G-TGT--A------ACT---A---AG--T----GCAAAGGCAATAAATCTG--CA-T-GGAATTTAATGAAC--ATCA--TAAAGTG-TGTatacgtcgcaca
gi|19 : CAGCAGAA-TTT--T--------T---A---AG--T----GCAAGAACAATAACTCTC--CA-T-GGAA-TAAGTCAAA--ATCA--TCAAATT-TGTgtcatgca
gi|2 : AATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCATGGAATTAA-G---T---CAGCATCTTGATATTTA-T-GTCTCCCAGTGACACNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-GGGTAAATACAGAA--A-TGT--T------ACT---A---AGACTAAGAACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCATT--GTCA--CAAAATA-CGTCatcacgca
gi|20 : TACAATA--G-TTT--T------ACT---A---AT--T----GCAAGGGCAATAACTCT---CATT-GGAATTAAGTTAGC--ACAA--TAAAGTT-TGagacac
gi|21 : ATACAGCA--A-TTT--T------ACT---A---AG--A----GCAAGGACAATAACTTTG--CA-C-GGATTTAAGTCAcat
gi|22 : g--T----GCAAGGGCAATAACTCTG--CA-T-GAAATTTA-TCTGCCAGTAATTCAAAATT-TGT
gi|23 : --T------ACT---A---AG--A----CTAATGGTAAAAGCTATG--TA-T-GGGATTAGGTCAGC--GTCA--Cg
gi|24 : aAAATATAGCA--T-TTT--T------ACT---A---CG--T----GCAAGGGCACTAATTCTG--CA-T-GGAA
gi|3 : ATATG--AAGTGCAAGGGCAATAACTCTGCACGAAATTAATG---TTTACAGCATTCTCCTCTANN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN------------NNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGGTATGTACAGTA----TTT--T------GCT---A---AG--T----GGAAGGACAAAAACTCTG--CA-TAGAAATTAAGTCGGT--GTCA--CACAGTTGTGT
gi|4 : tGAAATGTACTAAGTACAAGAGCAATAACTCTGCATGGAGTTAA-G---T---CAGCATCTTTATATTTA-T-GTCTCCCAGTGACACTTTACTAT-GT------------ATGAAAA-GTT-------TCAAAA-TATCGCTTGAAAATTTGCTCCACAAGTATTGCAATA-GGGTAAATACAGAA--A-TGT--TATTAAGACT---A---AG--A----ACAAGGGCAATAAC------CA-C-GAAATTAAGTCAGT--GTCA--CAAAATA-TGTCtatct
gi|5 : ATGTG--AAGTACAGGGGCAATAACTTTGCACGGAA-TAA-GTATT---CA-CCTCTAAACATTTGAT-GT-------TGATAGTATATAATGGT------------AT---AA-GCTACCCGCATGAAAACTATCG-----AAGTATG--TCAAAAGAGTATCAATA-TGGTACATACAG-A--A-TTT--T------GTT---A---TG--T----GCAAGGACAAAAA----G--AA---ATAATTACATCGAA--GTCA--CACAA-T-TGTC
gi|6 : atatatAATATGGTAA---CAAGGTCAGTAACTCTGCATGAAATTAA-G---T---CAGTGCCA-CAAACTTA-TCATCACCCA-TAACTACAAATGAT-GTTCAGATGTTGTTATGCAATTGAT-------T-AAAG-TA-CATATGTA-GTTTGCTGTACAATAATTGCAATA-TGGTAAATACAGCA--A-TTttacctat
gi|7 : ccacaagaactgcATACAGCA--AATGT--T------ACT---A---TG--T----GCAAGAGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATATAGTCA----GTCA--CAAAATT-TGTgtttttcatgttgcgaaca
gi|7 : A-TGGTGAATACAGCA--A-TGT--T------ACC---A---AG--gtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatggtgaatacagcaatgttaccaag
gi|8 : atacagcaaatgttactatgtgcaagagcaataactctgcatggaatatagtcagtcacaaaatttgtgtcatgcatatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAAATAT--CA--A-TTC--T------CTT---A---AG--T----GCACAGGCAATAACTCTG--CA-T-GGAATTGAGTCAG
gi|8 : TAAGTGCACAGGCAATAACTCTGCATGGAATTGA-G---T---CAGAGGCTTGAC--TTA-C-ATC-CACAG-----ATA-ATGAT--T------------ATGCAAA-G---------TCA-----ATCACTTG--------------AAGAATCACACTATTGGTCAATACAGC-----------------------A---AG--T----------GCAATAACTCTA--CA-T-GGAACTAAATGAGC--GTTA--CAAAATT-TATaggcttgacttacatccacagataatgattatgcaaagtcaatcacttgaagaatcacactattggtcaatacagcaagtgcaataactctacatggaactaaatgagcgttacaaaatttatgt
gi|9 : taaatatcaattctctGTTTTCGCCACAAGAATTGAAATA-AGGTAAATACAGCA--A-TTT--T------CCT---A---AG--C----GCAAGGGCACAAACACTGTTTT-T-GTATTTTAGTCAGC--GTCA--CAATATC-TGCCgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGTA