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lowQualScore                  :      1         22    888888888   8888888   4   22      55555    0   44         4 2 2  2          2        333  5 5555555555  7   3      
lowQualScore                  :      .         ..    .........   .......   .   ..      .....    .   ..         . . .  .          .        ...  . ..........  .   .      
lowQualScore                  :      6         88    000000000   3333333   0   88      00000    7   88         2 1 1  5          4        999  7 5555555555  7   0      
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Reference ( gi|9 )            :   AAAATGTAAATTT--TATT---------TTG------AGTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCATGAGTTGTC-G-G-CCTTTGGTCATTT-TGCTACAGC--CA-AT---TTGACGTCAAAACATTTCACTCTCTATCGATTTA
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gi|8                          :    AATTGTAAATTT--TATT---------TTG------AGTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGCTGTT-G-GCCCTTTGGTCATTT-TACTACATT--CA-GT---T
gi|6                          :    AATTGTATATTT--TATT---------TTG------TGTA-TAT--TTGTAT-----T-TATCCTCGTGAGTTGTC-G-G-CCCTTTGTCATTT-TGCTACAGTAACA-AT---ctccttaatgaaacaagtatttgcatttatcatttttaat
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gi|2                          :    AATTGTAAAATT--AATTGAAGTATACTTG------AATA-TAC--TTGTAT-----TGTACCCTCGTGAGTTGTC-G-G-CCCTTGGTCATTT-TGCTACAGcatgcatactattacaagtaaattgataacatagacttatttttaattgctataaa
gi|5                          : tagAATTGTAAATTT--TATT---------TTG------AGTA-TAG--TTATAT-----TCTACCTGAGTCAGTCGTC-GAA-CCCTTGGTTATTT-TGCTATAatatactaaataactccttacgatacgttgtaaaacgtcaaatattcattcaattg
gi|10                         :    AATTGTAAATTT--T--------------G------AGTA-AAG--TTAAAT-----TCTAACTTAGTGAGTTGTC-G-G-CCCTT-GTCATTT-TGCTACAAT--CA-A-------ACATCAatccgttccatcataagaataagttaaaaactggtcaattatccatgaacttttaattg
gi|15                         :    AAATGTAAATAT--TATT---------TTGTCAATGAGTA-GAT--TTATAT-----TCTACTC-AACGAGTTGTC-G-G-CCCATGGTC-CTT-TGTCACcttaagccgacaccgcggaaatttctattagttta
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gi|11                         :     atTGTGAATTT--TATT---------TTG------AGTA-CAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGGGTTGTC-A-G-CCCTTGGTCATTTATGCTACAc
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Alignments
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lowQualScore                  :               22    777777777   6666666   3   22      44444    0               2    2          2         00000000000000000000   444 22  7      
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lowQualScore                  :               66    666666666   5555555   8   66      88888    2               0    0          2         00000000000000000000   000 88  0      
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Reference ( family-2061 )     :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGT--C----A---AT---T--ACTT---CCGAATATTTCA
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Alignments
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lowQualScore                  :               22    777777777   6666666   3   22      44444    0               2    2          2         00000000000000000000   444 22  7      
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lowQualScore                  :               66    666666666   5555555   8   66      88888    2               0    0          2         00000000000000000000   000 88  0      
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Reference ( family-2061 )     :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGT--C----A---AT---T--ACTT---CCGAATATTTCA
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blockSeqs                     :               CA    GAAGTATAC   TCAATGA   G   AT      CCTAC                    A    T          A         CTGATAATTA             AAG CG  T
blockSeqs                     :               .     .           A         G   .       .                        .    .          .         CAAACATCA              .   CA  C
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .         CAATTTGA               .   TT  .
blockSeqs                     :               .     .           C         .   .       .                        .    .          .         TATATT                 .   AA   
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .         CAGTT                           
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .          .                                         
blockSeqs                     :               .     .           T         .   .       .                        .    .                                                    
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                        .    .                                                    
blockSeqs                     :               .     .           A         .   .       .                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                          CAATTA**************
originalCons                  :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGT--C----A---AT---T--ACTT---CCGAATATTTCA
finalCons                     :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGTCAATTA--------------CTT---CCGAATATTTCA





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                          33333333333333333333   111            
lowQualScore                  :               22    777777777   6666666   3   22      44444    0               2    2          2         00000000000000000000   444 22  7      
lowQualScore                  :               ..    .........   .......   .   ..      .....    .               .    .          .         ....................   ... ..  .      
lowQualScore                  :               66    666666666   5555555   8   66      88888    2               0    0          2         00000000000000000000   000 88  0      
consensus                     :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGT--C----A---AT---T--ACTT---CCGAATATTTCA
Reference ( family-2061 )     :  AAATTGTAAATTT--TATT---------TTGN------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAGT--C----A---AT---T--ACTT---CCGAATATTTCA
gi|1                          :    ATTGTAAATTT--TACT---------TTGT------GTA-TGC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGTTTTTG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCGACAGTAGC----A---ATAAATTAATTT---CTGAATATTT
gi|10                         :   AATTGTAAATTT--T--------------GA------GTA-AAG--TTAAAT-----TCTAACTTAGTGAGTTGTCG-GCCC-TT-GTCATTT-TGCTACAAT--C----AAACAT---C--ACTTAAGCCGAttaacagttgatatgactttaaattacaactaatgattgtaaagaaaataggaaaataagaa
gi|11                         :    ATTGTGAATTT--TATT---------TTGA------GTA-CAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGGGTTGTCA-GCCC-TTGGTCATTTATGCTACAAT--CTGATA---AT---T--Acaccgcggaaatttctattagttta
gi|12                         :      TGTAAATTT--TTTT---------TTGC------TTAGTAG--TTATAT-----TCTACCTTAGTGAATTGTC---------AGTCATTT-TGCTACAGA--C----A---Atatgaactactttcttaacagctaca
gi|13                         :    ATTGTAAGTTT--TACT---------TTGT------GTA-CGA--TTGTAT-----TCTATCCTTGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGCCATCT-TGCTACATT--T----AT--AT---T---CTT---CCAAA-ATTTCAcataactgtatacagttttgattctttgat
gi|14                         :    ATTGTAAATTT--TACT---------TTGT------GTA-TGC--TTGTAT-----TCTACCCTAGTGAGTTGTTG-GCCT-TTGGTCATTT-TACTACAt
gi|15                         :  AAAT-GTAAATAT--TATT---------TTGTCAATGAGTA-GAT--TTATAT-----TCTACTC-AACGAGTTGTCG-GCCC-ATGGTC-CTT-TGTCACactac
gi|16                         :          AATTT--TATT---------TTAT------GTAGTAG--TCATAC-----TCTACTTTAGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGTTAC
gi|17                         : taaattcatAATTTCATATT---------ATGA------GTA-TATATTTTTAG-----TCTACCCTAGTGAGTTGTCG-GCCC-TTAGTCATTT-TGTTACA
gi|18                         :      cGTAAATTT--TACT---------GTGT------GTA-TGC--TTGTAT-----CATAGCCTCAT----------GCCC-ATGGTCATTT-TTCTACAAT--acac
gi|19                         : aagATTATCAAATT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--AGGTAT-----TCTA-CCTCGTGAGTTGTCG-GGCC-TT
gi|2                          :   AATTGTAAAATT--AATTGAAGTATACTTGA------ATA-TAC--TTGTAT-----TGTACCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTGGTCATTT-TGCTACAG
gi|20                         : tagATTATCAAATT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--AGGTAT-----TCTA-CCTCGTGAGTTGTCG-GGCC-TTatatactaaataactccttacgatacgttgtaaaacgtcaaatattcattcaattg
gi|21                         :  AAATTGTAAAATT--TACT---------TTGT------GTA-TGC--TTGTAT-----TCTACCTTCGTTAG
gi|3                          :       GTAAATTT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--TTGTAT-----TTTATCCTCGTGAGTTGTCG-ACCC-TTGATCATTT-TGCTACAG
gi|4                          :   AATTGTAAATTT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--TTGTATCCTACCCTACCCTCGTGAATT-CCG-GCCT-TTTGTCATTT-TGCTACAcagtggaatgattaaataagtacatgtatataatatttaaacagacagaaaacacagattataaaac
gi|5                          :   AATTGTAAATTT--TATT---------TTGA------GTA-TAG--TTATAT-----TCTACCTGAGTCAGTCGTCGAACCC-TTGGTTATTT-TGCTATAAT--C----catgcatactattacaagtaaattgataacatagacttatttttaattgctataaa
gi|6                          :   AATTGTATATTT--TATT---------TTGT------GTA-TAT--TTGTAT-----T-TATCCTCGTGAGTTGTCG-GCCC-TTTGTCATTT-TGCTACAGTAAC----A---AT---cgttccatcataagaataagttaaaaactggtcaattatccatgaacttttaattg
gi|7                          :  AAACTGTAAGTTT--TATT---------TTGT------GTA-TGC--TTTTAA-----TCCATCCTTGTGAGTTGTCG-GCCC-TTTGTCATTT-TGCTACAatattgtatttttacaaagataaatagtcaaacatttttttccataattgat
gi|8                          :   AATTGTAAATTT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCGTGAGCTGTTG-GCCCTTTGGTCATTT-TACTACATT--C----A---GT---T---CTC---CTTAATttgttgccatgacacctgatcgctaaataaatattttcttctgtgatatttcg
gi|9                          :  AAAATGTAAATTT--TATT---------TTGA------GTA-TAC--TTGTAT-----TCTACCCTCATGAGTTGTCG-GCCT-TTGGTCATTT-TGCTACAGC--C----A---AT---TTGACGT---CAAAACATTTCAgaaacaagtatttgcatttatcatttttaat