lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444444444444 222222222222222222 111111 1111111111 1111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 1 111 111111111 2222222222222222 11 11111 1 222222222 1111111111 444444444 1 444444444444 33333333333333333333333333333333333333 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555 111111111111 1111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 11111111 11111111111 444444444444444444 1111111111111 1111111111111111 33333333333 22222 1111111111111 1111111111111 1111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333333333333333333333333333333 111111111111111 111111111111111 44444444444444 4444444444444444 2222222222222 11111111
lowQualScore : 4444 3333 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 222 11111111111111111111111111 333 1 111 2 222222222222222222 222 222 333333 2 3333333333 22 5555 5555555 66666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 444 333 333 2222 44444 0 333 2 333 888888 333 7777777777 333 666 000000000 333 22 4444444444444444 44 55 6 6 55555 3 3 6 2 222222222 9999999999 666 333333333 1 9999999999 1 222222222222 555 777777777777 333 333 1 6666 77777777777777777777777777777777777777 7777 1 333 8888888888888888888888888888888888888888888888 7777777 2222222222222222222222222222222 000000000000 333 333 999 22 777777777 333 6666 333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 777777 222 1 111111111111 11 3333 555555555 0 1 33333333 11 1 333333 333 666666 111 111 333333 111 111 33333333333 333 000000000000000000 111 11 333333 555555555555 777777777 0000000000000 444444 111 55555 3333333333333333 333333 666666666 22222 222 222 99999999999 1 444444444 7 11111 222 222 2222222222222 555555 3333333333333 5555555555 1 66 33333 999 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 222 222 1 999999999 2222222222222222222222222222222222 444444444444444 6666 3 222 3333 0 222 333 5555555 333 777777777777777 4444 333 33333333333333 333 333 1 2 3333333333333333 7777777777777 0 99999999
lowQualScore : .... .... .......................................................................... . ... .......................... ... . ... . .................. ... ... ...... . .......... .. .... ....... ..... ...................................................... ... ... ... ... .... ..... . ... . ... ...... ... .......... ... ... ......... ... .. ................ .. .. . . ..... . . . . ......... .......... ... ......... . .......... . ............ ... ............ ... ... . .... ...................................... .... . ... .............................................. ....... ............................... ............ ... ... ... .. ......... ... .... ... ...................................................................................................................................................................................................... .... ...... ... . ............ .. .... ......... . . ........ .. . ...... ... ...... ... ... ...... ... ... ........... ... .................. ... .. ...... ............ ......... ............. ...... ... ..... ................ ...... ......... ..... ... ... ........... . ......... . ..... ... ... ............. ...... ............. .......... . .. ..... ... .. ...................................................... ... ... ... . ......... .................................. ............... .... . ... .... . ... ... ....... ... ............... .... ... .............. ... ... . . ................ ............. . ........
lowQualScore : 2222 7777 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 333 22222222222222222222222222 111 1 999 7 666666666666666666 777 666 666666 7 1111111111 66 8888 8888888 22222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 111 999 999 7777 55555 8 222 3 000 000000 000 5555555555 000 555 000000000 000 88 6666666666666666 33 00 0 0 00000 2 0 8 2 222222222 3333333333 444 666666666 0 6666666666 4 666666666666 222 000000000000 333 555 6 5555 88888888888888888888888888888888888888 8888 8 222 3333333333333333333333333333333333333333333333 3333333 3333333333333333333333333333333 888888888888 999 777 222 66 666666666 333 6666 555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8888 444444 777 5 000000000000 88 1111 000000000 1 1 77777777 55 1 666666 555 777777 999 999 111111 999 999 66666666666 555 444444444444444444 888 44 111111 444444444444 666666666 0000000000000 666666 888 00000 9999999999999999 333333 111111111 99999 000 000 77777777777 2 777777777 8 77777 111 111 0000000000000 666666 0000000000000 4444444444 4 22 33333 000 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 666 666 666 9 222222222 6666666666666666666666666666666666 666666666666666 4444 5 777 1111 1 777 000 7777777 222 777777777777777 0000 555 22222222222222 999 999 9 4 7777777777777777 2222222222222 7 11111111
consensus : CAGTAGTAGTAG----AAGTAGTAG----TAGCA--AC-T--AAC-GTCG-A-AG------TAGTA------GCAGTA--G-----A--A--A---TG----A---G-TAGTAGT---AATAGTA---GCA-G-AG--CA--------A--G---T-AGTAGT---AGCAGTA---A--N-A-GCAGCAGAA---GTA---GTAGTAGT-AGC--AGTAGCA----GA----A--GT---AGTAG------CAG-----CAG--T---AG--TA---T-GTAGTAGAA-AA-----AAT-----TA---TN-----AGT---AG---CAGC---AGC---AGNAGAAG-----TAGT---AGTAGNAG---T------A---GCAGCAG--A----AG---TAGN-AGTAGTAG---------TAG---TAGC--A--A--CA--------NAAG-TAGTAGTANNAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTATCATCAGCTANCGTTGTCGTTATT-------GCTGT----AG---NAG---CAGT---GA----AGTAGTA---G------CAGCAGCA--GAA-GTN---GT---A---G--------TAG---TAGC---AGTAA---TAGCA-------G----AA-----A-AG-C-A---------GTAGT---AAT-AG---CAG-----CA------G-A-ANA--AGTAGA---AG---T------AGNAGTAGTAG---C---AGCAGCA-G-AA-TAA--A--A--GCAGCAG---C---AG---------TANTAGT---AGCAGCAG---CA-ANA--G---------T---AG--TAGT---AGCAGT-A-T--A--ATCACTAGNAG-N----------AG------A---AGT---------AN--TAG------TAGTAGT---------AG-CA---G--AT--TAGA-AGT---A-G-TAGN-AGC-T---GNA-GTA--GT--TG--A-A----TATC-AGCAGCA-NAAGTA-------TA-T-GTT----A------CAGC---A------GC---A-G------------AA--GT---A---------GCAGCAGTA--AN----A--GT-A---G-TA---GCAG-----NA---G---T------A---G---T----G--G---TA---GTA--A--AT---N--AA--TAG---T--A------GT------------A----A---TAG---CA--------GCAG-A----AGT---AGTA-----GTA-G----T-AN---C--AGC------A---------G-----T---A---GN----A---T-GT-AG---------TANTAG-NAG-TAG---C---AG-N-----A--GN-AG------TAGT--T---A------TAG---TANC---A-G-NAGT-----AG-N-A--GTAG-C-A-C---GA----------AGT----------A----T-A--A---A-----TAGTA---G---TA---GTAGCA-G---C---AGCAGA-----AGT---NG-TAG-T-----AG------TAG---CAN---------CAG--A-AGNAG---T----AGTAGT---A---G-------CA---G---------------CAG----TAGA---AGT-A------------AGTAG---T---AGCAG-CA-N--C--AG-NATN--AGTAG-T-----AGTANNAGTAG---C---GGAAGTAGTA
Reference ( gi|1 ) : CAGTAGTAGTAG----AAGTAGTAG----TAGCA--AC-T--AAC-GTCA-A-AG------TAGTA------GCAGTA--AA----A--A--A---TG----A---G-TAGTAGT---AATAGTA---GCA-A-AG--CA--------A--G---T-AGTAGT---AGCAGTA---A--G-A-GCAACAAAA---GTA---GTAGTAGT-ATC--AGCAGCA----AA----A--GT---GGTAC------CAG-----CAG-ATA--AA--TAT--TTGTAATAAAAAAAA----AATA----TA---TA-----AGT---AG---CAGC---AGC---AGAAAAAG-----TAAT---AGTAGAAG---T------A---GCAGCGG--A----AG---TAGA-GGTAGTAG---------TAG---TAGC--A--A--CA--------TAAA-TAGTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATT-------GCTGT----GG---AAG---CAGT--CAA----AGAAGTA---G------CAGCAGCA--AAC-GTC---GT---A---G--------TAG---TAGC---AGCAA---CAGCA-------A----AA-----A-AA-C-A---------GTAGT---TAT-AG---CAG-----CA------A-A-ACA--AGTAGA---AG---C------AAAAGTAATAG---C---AGCAGCA-G-AA-TAAA-A--A--ACAACAA---C---AG---------CATTAGT---AGCAGCAG---CA-AAA--G---------T---AA--AAGT---AGCAGT-A-T--A--ATCACTAGAAG-G----------AA------A---AGT---------AT--CAG------TAGTAGT---------AA-CA---GA-AT--TAGA-AGT---A-G-TAGA-AGC-T---GAA-GTA--GT--TG--ATA----TATC-AGCAGCA-TAAGTA-------TAAT-GTT--TTA------CAGC---A------AC---A-G------------AA--GT---A---------GCAGCAGTA--AA----A--GT-A---G-CA---GCAG-----AA---G---T------A---G---T----G--A---TA---GTA--A--AT---A--AA--TAG---T--A------GT------------A----A---CAG---CG--------GCAG-A----AGT---AGTA-----GTA-A----T-AT---C--AGC------A---------G-----T---A---GA----AT--TTGT-AG---------TATTAG-AAT-TAG---C---AG-A-----A--GA-AG------TAGT--T---A------TAG---CACC---A-G-AAGT-----AG-A-A--GTAG-C-A-CG--GA----------AGT----------A----T-A--A---A-----TAGTA---G---TA---GCAGCA-A---C---AGCAAA-----AGT---TG-TAG-A-----AA------TAG---CAT---------CAG--A-AGAAG---T----AATAGT---A---G-------CA---G---------------CAG----CAGA---AGT-A-TA---------AGTAA---T---AACAG-CA-T--C--AG-AATA--AGTAG-A-----AGTACAAGCAG---C---GGAAGTAGTA
gi|8 : CAGTAGTCATAG----TATTAGTAG----TAGTA--AT-TGTAGCAGTAG-A-AG------TTGTG------GTGGTGGTAG----A--A--G---T-----A---G-TAGTAGT---TGTAGTA---GAA-G-TG--CT--------G--G---T-GATAGT---A----TA---A--G-A---------A---GTA---ATAGTAGTGAT----GTTG------AT----A--TT---GGTGT------TGG-----TAG---A--AG--TA-----GTAGTAA--------------------------------T---AG---CAGC---AGC---AG---CAG-----TAAT---ACTAGAAA---T------A---CTAGTAG--T----AC---CAAA-AGTGGTGG---------TAG---T
gi|9 : agtattagtattagcagcagcagCAGCAGCAGTAG----AAGTAGTAG----TAG-------T--AGT-GTTA-ACAG------CAGTG------GCAGCA-------------------GC---A---G-TAGTAGT---AGTAGTA---G----------A--------A--A---T-AGTATT---AG
gi|16 : agtataaacagCAGTTGTAGTAG----AAGTAGTAG----TAG----AG-G--AA-----A-T-AG------TAGTA------GTAATA--GA----T--A--A---TG----ttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|4 : gtaatagtaatagtagatgttgctgttgaagtaatagtaataattgcagtagaagaagttgttgAGTTGTAGTAG----TAGTAGTTG----TAGCA--A--T--A---GTAG-A-AG------TAGCA------GCAGGA--AATATAG--A--A---GA----A---G-CAGTAGT---AATAGCA-----A-A-AG--CA---------------TCAGAAGT---AGAAGTA---A--T-A-GCAGCAACA---GAA---GTAGTTGT-AAC--AGCAGCATG--AATAGTA--GT---AATAG------CAG-----CAG-CCG--CA---------GTAATACTGGAAT----AATT----AA---TA------GT---AG---TAGT---AGT---AGTAGAAG-----TAGT---AGTAA------C------A---GCAGCAG--A----AA---TAGT-TGTAGTAG---------TAGCAGTAGT--A--A--TAGAAGCAGTCAAAGTAGTAGTATCAGCAGT
gi|7 : agtagcaacagcagaaaatatagtagtattagcagcagcagaaatagaAGTTGTAGTAT----AAGTAGTAT----TGGAAGTAG-T--AGC-GGC----AG------TAGTT------GTAGT-------------------T---------G-TAGTAGA---AATAGTA-----A-A-AGTACG--------G--G---T-AGTAAT---GGTAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|10 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaaaccagtggtagtagcagcagtaccggtagtaactgtagcaatatcagtagcaatagcaataccggtgctgcagtagtaatatcattattattattagtagtAGAAGTAGCAG----AAGTAGCAC----TAGTA--AC----AAT-AGCAGA-AGCAGTACTAGTA------GCAACA--GA----A--G--A---AG----T---GTTAATAGTTTAAGCAGTA---TCA-ATAG--AATC------A--G---T-AATAGT---AATCGTA---G--C-A-GCATCATAG---ATT---GTAGTAGC-AAC--AGTAGCA----
gi|10 : tagtaataatagcagtattAGCAGTATTAG----AAGTAGCAG----AAGTA--GC-----AC----------------TAGTA------ACAATA--GC----A--G--A---------A---G-CAGTACT---AGTAGCA---ACA-G-AA--GA--------A--GTGTT-AATAGTTTAAGCAGT---------A-TCAATAGAA---TCA---GTAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG----ATTGT---AGTAG------CAA-----CAG--T---AG--CAT--CAGTCATAAAAtcagtcataaaagtaatacaa
gi|16 : tagtaataatAGTAATAGTAG----ATGTTGCTG----TTG-A--AG-T--AAT--------AG------TAATAATT---GCAGTA--GA----A--G--AAGTTGTTGCAGTTG-TAGTAGA---AGTAGTA---GTA-G-AG--GA--------A--A---T-AGTAGT---AGTAATA---gtaatacaa
gi|26 : gtaatAATAGTAGTAG----AAGTAGTAG----TAAGAGTAG-T--AA---TAA-A-AG------CAGTG------GCgataatg
gi|13 : tgaagaagtaataatAATAGTAACAG----TAATAGTAG----TGGTAT-AG-T--AAT-AGTA-C-AG------TATTA------GTGGTA--GA----A--A-------G----A---A-TAATAGT----ATAGTT---GTA-T-AG---------------G---T-AGAAGT---GGTAATA---
gi|19 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtAGTAGTGGTGG----ATATTGTAG----CAG-A--AC-T----C--TAG-A-AG------CAGTA------ACAG-G--AA----A--A--G---TAC---A---T-TAGTAGT---GGTAGT-----TA-T-AG--CA--------A------C-AGAAGA---AGAAGTA---A--G-A-GCA
gi|25 : aaaagtactAGTAATAGTAG----TAATAGCAG----TAGCA--AC---------------AG------CAGTA------ACAGTA--gta
gi|7 : ataatattattattattatttaaaagGTAGCAATAT----CAGTAGCAA----TAGCA--A--T--ACC-GGTG-C-TG------CAGTA------GTAATA--TC----ATTATTA---TT----A---T-TAGTAGT---AGTTGTA---GTA-------TA--------A--G---T-AGTATT---GGAAGTA---G--T-A-GCGGCAGTAGTTGTA---GTTGTAGT-AGA--AATAGTA----AA----A--GTACGGGTA
gi|11 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaaaccagtggtagtagcagcagtaccggtagtaactGTAGTGGTAATGATAGGTAGTGG----TAGT----CGT--A---GTCA-----------TAGTA------GTCGT-------------------TGC---A---G-TGGTAGT---GACAGTG---TCA-A-T-------------A--G---T-AGTAGT---AGCAGTA---C--T-A-GTAACAGAA---GTA---ACAGTAGT-GGT--AATAGTA----GA----A--GT---AGCAG------TAG-----TAG-CT----G--TAG--CGGTAATAAgtaatggtagt
gi|14 : tggtggtgggggtgTAGTAGTAG----CAGTAGTAG----TAGTA--AC----AAC-AGC----AG------TAGCA------GCAGT-------------------------A---G-TAGTGGT---AATAGTA---G----------A--------A--G---T-AGTAGT---AGTGGTA---ta
gi|8 : tagtagtagtatcattatcattatTAGTATAAG----AAGTAATAG----TAG-------T--GAT-GTTG-ATAT------TGGTG------TTGGTA--GA----A-------------------G-TAGTAGT---AATAGCA---GCA-GCAG--C---------A--G---T-AATACT---AGAAATACT-A--GTA-GTACCAAAA---GTG---GTGGTAGT-ttattattattaatagtgttat
gi|2 : agtattagtattagcagcagcagcagtagtcatagtattagtagtagtaattgtagcagtagaagttgtggtggtggtagaagtagtagtagttgtagtagaagtgctggtgaAGTAGT-G----AAGTAGTAGCCTTTGG----AT-T--ATC-ACCA----G------TAGTA------GAAGTA--AC----A-------------------G-TAGTA-T---AAT--CA---G---A-AG--CA--------T--G---T-A-CAGT---AGCAGTA---T--A-A---AATACAA---ATA---GAAG-----------AC-GCA----AA----A--GC---CATAC------CA------------------------TTGCAG-AAAAAAGA----AATAGCAGTAGTTTT-----AGTTATAA---CAGC---AAC---AGAAACCA-----TATC---TATAAAAG---T------A---GCAATAGTCATAGCAA---CAGA-GGTAGTAGCGGTCATATTAG---TTGC--C--A--TA--------TCAA-CAGTAG
gi|12 : AGTAGTAG----AAGTAATAT----TAG----AT-T--AAT-ATT----AG------TAGCA------ACAGaagacgaaaagcataaaagtaaaaatatatctagccatagcagttacagtagcatatgcagtagaagtataaaatacagaagccataatattggagaataaagaaatcgcagccattgtagcttaaacagtgacagaaccattatgtgaaagaagcagtagtcacatcaaaagaagccatatcagttcccatagtaactgttgaagaaaataataattacagtataagccatagcagtaacagtagcagaagcagaagccgtagttgtagtataagttaaagcagaaaagttggctatagtagaagaagaaaacatgagtatatgtagccatagtaataacagtagcagaatcagtagca
gi|15 : ttgtattggtagtatcatcagtaatagatatggtggaagtaatataacataattgttagtagttttagtagtagctgtaggagtagTAG----CAGTAGTAG----TATCA--GC----AGC-AGCAGA-AG------TAGTAATAGGGGCAGCA--AT----A--A--A---------A---G-TAGTAGT---AACAGCA---CCA-
gi|3 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatataG----AAGTAGTAG----CAGCA--G--T--AGC--TGA-A-A-------TAATA------GCACCA--GT----A--A--C---TG----A------AGTGGT---ATTAGCA---G----------A--------A--G---T-AATAGT---AG-----------A-A-GCAGCTGAA---GAA---GTAATAAT-ATC--AGCAGCA----AA----A--TT---AGTATTCGTAGCAG-----CAG--TA--AAAGTAG--TTG-AGNNNNNNNNN----NNNN----NN---NN-----NNN---NN---NNNN---NNN---NNTAGAAG-----TACC---ATTAG------T------A---GTAACTG--A----AA---TAGT-AGTTGTAG---------TAG---TTCC--A--G--CA--------TAGG-TAGTTGTAGTAACAGccagaaataa
gi|14 : AGTAGTAG----TATCA---T-T--ATC-ATTA-TTAG------TAGTA------GCAGTA----------------------------G-TAGTAGT---AACAACA---GCA-GTAG--C---------A--G---C-AGTAGT---AGTGGTA---A--T-A-GTAGAAGTA---GTA---GTAGTGGT-ATT--Acaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|22 : tGCAATAG----TAGCA------------GTTA-A-AG------TAGTA------GAAGTG-------------------G----G---G-CAGTAGT---AGCAGTA---GAA-T-AG--AAAT------A--G---T-AGTTGT---AGCTGTA---ttattattaatagtgttat
gi|23 : ----TAGCA--AC----AACAGT-----AT------TAGTA------GCAGTA------------------TT----A---A-TACTAGT---ATTAGTA---GTA-ATAG--TG--------GTTG---T-AGTAAA---AGTAGTA---A--G-A-gttttaata
gi|27 : -AG------TACCA------GCAG-A--AG----A--A--A---TA----A-----TAGTAGT---AGTAGTA---GAA-ACAG---A--------A--G---C-AGTAGT---AG
gi|13 : aat-AA------TAGTA------ACAGTA--AT----AGTA--G---TG--------G-TA-TAGT---AATAGTA----C------------------A--G---T-ATTAGT---GGTAGAA---A--G-----AATAATA---GTA----TAGTTGT-AT---AG--GTA----GA----A--GT---GGTA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgt------TAGTA------GTAGTA------------------TC----A---T-TATCATT---ATTAGTA---GTA----G--CA-----------G---T-AGTAGT---AGTAACA---A--C-A-GCAGTAGCA---GCA---GTAGTAGT-GGT--AATAGTA----GA----A--GT---AGTAG------TAG-----TGGTATT--AT--TAT--TATTAATAata
gi|25 : TA--AA----A--G--A---GT----A---A-TAGTAGT---AATAGCA---GT----AG--CA--------A------C-AGCAGT---AACAGTA---gtgttat
gi|22 : ataatattattattattatt--A--A---T-----A---G-TAGCAGT---TAAAGTA---GTAGA-AG--TG--------G--GG--C-AGTAGT---AGCAGTA---G--------AATAGAA---ATA---GTAGTTGT-AGC--TGTAG
gi|9 : gc--A---TA----A---A-CAGCAGC---AGCAGTA---G---A-AG--TA-----------G---T-AGTAGT---AGTGTTA---A--C-A-GCAGTGGCA---GCA---GCAGTAGT-AGT--AGTAGTA----GA----A--AT---AGTAT------TAG-----ttttaata
gi|8 : agt----A---G-TATTAGT---ATTAGCA---GCA-GCAG--CAGTAGTCATA--G---T-ATTAGT---AGTAGTA---ATTGTA-GCAGTAGAA---GTT---GTGGTGGT-GGT--AGAAGTA----GT----A--GT---AGTTG------TAG-----TAG-A----AG--TGC--TGGTGATAG------------------TA---TA-----AGA---AG---TAAT---AGT---AG-----------TGAT----GTTGA-----T------A---TTGGTGT--T----GG---TAGA-AGTAGTAG---------TAA---TAGC--A--G--CA--------GCAG-CAGTAATAttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|15 : ----A---G-TAGTAGT---ATCAGCA---GCA-GCAG---A--------A--G---T-AGTAAT---AGGGGCA----------GCAATAAAA---GTA---GTAGTAAC-AGC--ACCACCA----GA----A--AT---ctagaaatactagtagtaccaaaagtggtggtagt
gi|26 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatagc----A---G-TAATAAT---AATAGTA---GTA-G------A--------A--G---T-AGTAGT---AAGAGT---------A-GTAATAAAA---GCA---GTGGaa
gi|11 : tgaaga---G-TAGTGGT---AATGATA---G----------------------G---T-AGTGGT---AGTCGTA----------GT--CA-------TA---GTAGTCGT--T-------GCA-------------GT---GGTAG------TGA-----CAGTGTC--AA--TA-----GTAGTAG------------------TA---GC-----AGT---AC---TAGT---AAC---AGAA---G-----TAAC---AGTAGTGG---T------A---ATAGTAG--A----AG---TAGC-AGTAGTAG---------CTG---TAGC--c
gi|25 : tggtggtgggggtgAGT---AATAGTA---GTA-ATAG--C---------A--G---T-AGCAAC---AGCAGTA---A--C-A-GTAggtaataata
gi|27 : ataatattattattattatttaaaag---AATAGTACCAGCA-G-AA--GA--------A--A---T-AATAGT---AGTAGTA---G--T-A-GAAACAGAA---GCA---GTAGTAG
gi|23 : TA---GCA-ACAA--CA-----------G---T-ATTAGT---AGCAGTATTAA--T-A-CTAGTATTA---GTA---GTAATAGT-GGT--TGTAGTA----AA----A--GT---AGTA
gi|7 : A-A-AA--CC--------A--G---T-GGTAGT---AGCAGCA----------GTACCGGTA---GTAACTGTAGCAAT-ATC--AGTAGCA----AT----A--GC---AATAC------CGGTGCTGCAG--TAGTAA--TATCATTATTAT--------------------TA---TT-----AGT---AG---TAGT---TGT---AGTATAAG-----TAGT---ATTGGAAG---T------A---GTAGCGG--C----AG---TAGT-TGTAGTTG---------TAG---TAGA--A--A--TAG-------TAAA--AGTAaga
gi|15 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttat-AG--CA-----------G---T-AGTAGT---ATCAGC---------A-GCAGCAGAA---GTA---GTAATAGG-GGC--AGCAATA----AA----A--GT---AGTAG------TAA-----CAG-cgggtagtaatggtagt
gi|9 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatA--------A--A---C-AGCAGC---AGCAGTA---G--A-A-GTA---------GTA---GTAGTAGT-GTT--AACAGC-----------A--GT---GGCAG------CAG-----CAG--T---AG--TAG--TAGTAGTAGAAAcaccaccagaaataa
gi|10 : agtat--------A--G---T-AATAAT---AGCAGTATT-A--G-AAGTAGCAGAA---GTA---GCACTAGT-AAC--AATAGCA----GA----A--GC---AGTAC------TAG-----TAG------------------CAACAGAAGAAGTGTTAATAG---TT---TA-----AGC---AG---TATC---AAT---AGAATCAG-----TAAT---AGTAATCG---T------A---GCAGCAT--C----A----TAGATTGTAGTAGCAA------CAG---TAGC--ATCAGTCA--------TAAA--AGTAATACAAtagtattagttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|27 : t-AATAGT---ACCAGCA---G--A-A-GAAATAATA---GTA---GTAGTAGT-AGA--AACAGAA----GC----A--GT---AGTA
gi|25 : A---A--G-A-GTAA---------TA---GTAGTAAT-AGC--AGTAGCA----AC----A--GC---AGTAA------CAG-----TAg
gi|14 : ataatattattattattatttaaTA---GTAGTAGT-ATC--ATTATCA----TT----A--TT---AGTAG------TAG-----CAG----------TA-----GTAGTA--------------------------------GT---AA---CAAC---AGC---AGTAGCAG-----CAGT---AGTAGTGG---T------A---ATAGTAG--A----AG---TAGT-AGTAGTGG---------TAT---TATT--A--T--TA--------TTAA-TAGTGTTAT
gi|15 : AA----GATA----TA---TAGCAGTAGT---AGTATCAGC---AGC---AGCAGAAG-----TAGT---AATAGGGG---C------A---GCAATAA--A----AG---TA----GTAGTAA---------CAG---CACC--A--C--CA--------GAAA-TA
gi|14 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatac----TA---TT-----AGT---AG---TAGC---AGT---AGTAGTAG-----TAAC---AACAGCAG---T------A---GCAGCAG--T----AG---TAGT-GGTAATAG---------TAG---AAGT--A--G--T-----------AG-TAGTGGTATa
gi|9 : tagtagtagtatcattatcat----TA---TA-----AAC---AG---CAGC---AGC---AGTAGAAG-----TAGT---AGTAGTAG---TGTTAACA---GCAGTGG--C----AG---CAGC-AGTAGTAG---------TAG---TAGT--A--G-------------AAA-TAGTATTAtattattattaatagtgttat
gi|27 : ag-----AAT---AG---TACC---AGC---AGAAGAAA-----TAAT---AGTAGTAG---T------A---GTA---G--A----AA---CAGA-AGCAGTAG---------TAG---gttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|22 : -----AGT---AG---CAGTTAAAGT---AGTAGAAG-----TGG----GGCAGTAG---T------A---GCAGTAG--A----A----TAGA-AATAGTAG---------TTG---TAGC--
gi|19 : gcaat-----AGA---AG---CAGT---AAC---AGGAAAAGTACATTAGT---AGTGGTAGTTAT------A---GCAACAG--A----AG---AAGA-AGTAAGAG---------CAG---TAtgtagttttaata
gi|11 : aaaagtactagtagtggtggatattgtagcagaactctGT---AG---TGAC---AGT---GTCAATAG-----TAGT---AGTAGCAG---T------ACTAGTAACAG--A----AG---TAAC-AGTAGTGG---------TAA---TAGT--A--G--AA--------GTAG-CAGTAGTA
gi|19 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtggtagtcgtagtcatagtagtcgttgcagtgGT---AG---CAG----AACTCTAGAAGCAG-----TAAC---AGGAAAAG---T------A----CATT---------AG---TAGT-GGTAGT-----------TA----TAGC--A--A--CA--------GAAG-AAGAAGTAAGAGCAGTgctgtagcggtaataata
gi|16 : aaaagtactagtagtggtggatattGC---AGT---AGAAGAAG-----TTGTTGCAGTTGTAG---T------A---GAAGTAG--T----AG---TAGA-GGAAATAG---------TAG---TAGT--A------A--------TAGA-TAATa
gi|26 : gtaatagtaatagtagatgttgctgttgaagtaatagtaataattGAAGAAG-----TAAT---AATAATAG---T------A---GTA---G--A----AG---TA----GTAGTAA---------GAG---TAGT--A--A--TA--------AAAG-CAGTGGg
gi|15 : tAG-----TAGT---AGTATCAG---C------A---GCAGCAG--A----AG---TAG----TAATAG---------GGG---CAGC--A--A--TA--------AAAG-TAGTAGT---AACAGc
gi|12 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatagcAG-----TAGT---TTTAGTAG---T------A---GCTGTAG--G----AG---TAGA--GTAGTAG---------AAG---TAAT--ATTA--GA--------TTAA-TATTAGTAGCAACAGcaccaccagaaataa
gi|22 : ttgtattggtagtatcatcagtaatagatatggtggaagtaatataacataattgttG-----CAAT---AGTAGCAG---TTAA---A---GTAGTAG--A----AG---TGG--GGCAGTAG---------TAG---CAGTAGA--A--TA--------GAAA-TAGTAGT
gi|27 : AG---T------A---CCAGCAG--A----AGAAATAAT-AGTAGTAG---------TAG---TAGA--A--A--CA--------GAAG-CAGTAGTAtgtagctgtagttttaata
gi|4 : aatAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGg
gi|5 : agtagcaacagcagaaaatatagtagtattagcagcagcagaaatagaagttgtagtagtagtagttgtagcaatagtagaagtagcagcaggaaatatagaagaagcagtagtaatagcaaaagcatcagaagtagaagtaatagcagcaacagaagtagttgtaacagcagcatgaatagtagtaatagcagcagccgcagtaatactggaataattaatagtagtGTTATCATCAGC-AGTG--GCCGTTATG-------GTTGT----AG---TAG---CAAT------------AATA---T------CAGCAGTA--GTC-GTTATTGT---T---G--------CAG---AAGC---AGCAATAACAGCA-------T----AATCAGTA-AG-C-----------GTATT---GGT-TG---CAA-----CA------T-C-AGA--AGTAGtaacagcagcagaaatagttgtagtagtagcagtagtaatagaagcagtcaaagtagtagtatcagcagtcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|14 : tggtgataacggtagacgtggtaacaattgtaacagaagtaacagtagtatcaaaagtttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacaTATCATTATCATTATT-------A--GT----AG---TAG---CAGT--AGT----AGTAGTA---A------CAACAGCA--GTA-GCA---GC---A---G--------TAG---TAGT---GGTAA---TAGTA-------G----AA-----GTAG-T-A---------GTAGT---t
gi|8 : tagtagtagTAGTGATGTTGATATT-------GGTGTTGGTAG---AAG---TAGT--AGT----AATAGCA---G------CAGCAGCA------GTA---AT---A---C--------TAGAAATACT---AGTAG---TACCA-------A----AA-----ggtattattattattaatagtgttat
gi|7 : agtattagtattagcagcagcagcagtagtcatagtattagtagtagtaattgtagcagtagaagttgtggtggtggtagaagtagtagtagttgtagtagaagtgctggtgatagtataagaagtaatagTATCATTATTATTATTAGTAGTAGTTGT----AGTATAAG---TAGT--ATT----GGAAGTA---G------TAGCGGCA--GTA-GTT---GT---A---G--------TTG---TAGT---AGAAA---TAGTA-------A----AA-----G-TA-CGG---------GTAGT---AAT-GG---TAG-----gtggtggtagt
gi|11 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaaaccagtggtagtagcagcagtaccggtagtaactgtagcaatatcagtagcaatagcaataccggtgctgcagtagtaaGTAGTCGTT-------GCAGT----GG---TAGTGACAGTGTCAATAGTAGTAGTA---G------CAGTACTAGTAACAGAA---GT---A---A--------CAG---TAGT---GGTAA---TAGTA-------G----AA-----GTAG-C-A---------GTAGTAGCTGT-AG---CGG-----TA------A-t
gi|16 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtggtagtcgtagtcataTGTT-------GCTGT----TG---AAG---TAAT---------AGTAATAATTG------CAGTAGAA--GAA-GTT---GTTGCAGTTG--------TAG---TAGA---AGTAG---TAGTAG------A----GG-----A-AA-T-A---------GTAGT---AGT-AA---TAG-----taata
gi|3 : gtaatagtaatagtagaGT----AG---AAG---CAGC--TGA----AGAAGTA---ATAATATCAGCAGCA--AAA-TTA---GT---ATTCG--------TAG---CAGC---AGTAA---AAGTAGTTGAGNN----NN-----N-NN-N-N---------NNNNN---NNN-NN---NNN-----NN------N-N-NNN--NNTAGA---AG---T------ACCATTAGTAG---T---AACTG---A-AA-TAGT-A--GTTGTAGTAGTTCC---AG---------CATAGGT---AGTTGTAG---TA-ACA--G---------C---AA--GAGC---AGCAAT-A-G--A--A-------GAG-G----------AATTCTATA---AGCTTGTCTTTCATTCCAA------TACTTTT---------GA-CA---AA-AT--T-----GT---TTG-TA-A-ATA-T---GTA-GTATTGT--TA--AGA----TATT-CGAAATA--AAATA-------TA-----T--TTAAACAAACAGC---A------AG---A-GTAGTGGTACCATAA--GT---A---------GCAGCTGCA--GA----A--GT-A---G-TA---GTAG-----TA---G---T------A---C---C----A--A---TAAA-GNN--N--NN---N--NN--NNN---N--N------NN------------N----N---NNN---NN--------NNNN-N----NNN---NNNN-----NNA-A------AT---C--AAC------A---------G-----TTGAA---GA----A-----GT-AA---------TACTAG-----TAG---C---AG-C-----A-------------TA----T---A------TAG---TACT---A-G----T-----AG-C-A--GCAG-C-A-----GA----------AGT----------A-------------G-----TAGTA---G---TA---GAATC------C---AGCAA---------------CAA-A-----AA------TAG---TAG---------TAG--T-ACAAG---C----AGTAGC---A---G-------CA---G---------------CAG----CTGA---AGT--------------AGTGG---T---AGTAG-Cataatg
gi|10 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAG---CAGT--ATT----AGAAGTA---G------CAG----A--A---------GT---A---G--------CAC---TAGT---AACAA---TAGC-------------AG-----A-AG-C-A---------GTACT---AGT-AG---CAA-----CA------G-A-AGA--AGT-------G---T-----------TAATAG---TTTAAGCAGTATC-AA-T-AG-A--A--TCAGTAA---T---AG---------TAATCGT---AGCAGCAT---CATAGATTG---------T---AG--TAGC---AACAGT-A-G--C--ATCA
gi|15 : tagtaataatAG---CAGT---------AGTAGTATCAG------CAGCAGCA--GAA-GTA---GT---A---A--------TAG---GGGC---AGCAA---T----------------AA-----A-AG-T-A---------GTAGT---AAC-AG---CAC-----CA------gtcataaaagtaatacaa
gi|2 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatAG---CAGT---------AACAGTA---G------CAGAAGCA--GAA-GCC---GT---A---G--------TTG---TAGTATAAGTTA---AAGCA-------G----AA-----A-AG-T------------TGGC---TAT-AG---TAGAAGAAGA------A-A-ACATGAGTATATGTAG---C------CATAGTAATAA---C---AGTAGCA-G-AA-Tccagaaataa
gi|22 : agtagtgaagtagtagcctttggattatcaccagtagtagaagtaacagtagtataatcagaagcatgtacagtagcagtataaaatacaaatagaagacgcaaaagccataccattgcagaaaaaagaaatagcagtagttttagttataacagcaacagaaaccatatctataaaagtagcaatagtcatagcaacagaggtagtagcggtcatattagttgccatatcaacagtagaagacgaaaagcataaaagtaaaaatatatctagccatagcagttacagtagcatatgcagtagaagtataaaatacagaagccataatattggagaataaagaaatcgcagccattgtagcttaaacagtgacagaaccattatgtgaaagaagcagtagtcacatcaaaagaagccatatcagttcccatagtaactgttgaagaaaataataattacagtataagccatAG---CAGT--TAA----AGTAGTA---G------AAGTGG--------G-----GC---A---G--------TAG---TAGC---AGTA------GAA-------T----AG-----A-AA-T-A---------GTAGT---TGT-AG---Ccagtagca
gi|9 : gcaatagtGT--TAAC---AGCAGTG---G------CAGCAGCA--GTA-GTA---GT---A---G--------TAG---TAGtgtagttttaata
gi|19 : agtataaacagcagcagcagtagaagtagtagtagtagtAA----AGTACTA---G------TAGTGGTG--GAT-ATT---GT---A---GCAGAACTCTAG---AAGC---AGTAA---CAGGA-------A----AA-----G-TA-C-ATTAGTAGTGGTAGT---TAT-AG---CAA-----CA------G-A-AGA-----AGA---AG---T------AAGAGCAGTAaaatagtattagttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|3 : aA----AGTAGTA---G------CAGCAGTA------GCT---GA---A---A--------TAA---TAGC---ACCAG---TAACT-------G----A-------------A---------GTGGT---ATT-AG---CAG-------------A-A-GTAATAGTAGA---AG---CAGCTGAAGAAGTAATAA---T---ATCAGCA-G----------------CAAAAT---T---AG---------TATTCGT---AGCAGCAG---TA-AAA--G---------T---AGTTGAGN---NNNNNN-N-N--N--NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNTAG------A---AGT---------AC--CAT------TAGTAGT---------AA-C--------T----GA-AAT---A-G-T----AGT-T---GTA-GTA--GT---------------TC---CAGCA-TAGGTA------------GTT--GT--------AGT---A------AC---A-GC-----------AA--G----A---------GCAGCAATA--GA----A--G
gi|14 : gAGTA---G------TAGTATCATTATC-ATT---ATT--A---G--------TAG---TAGC---AGTAG---TAGTA-------GT---AA-----C-AA-C-A---------GCAGT-------AG---CAG-----CA------G-----T--AGTAGT---GG---T------AATAGTAGAAG---T---AGTAGTA-G-aggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|9 : tAGCA---G------CAGCAGTA--GAA-GTA---GT---A---G--------TAG---TAGT---GTTAA---CAGCA-------GTGGCAG-----C-AG-C-A---------GTAGT---AGT-AG---TAG-----TA------G-A-AAT--AGTAtggtattattattattaatagtgttat
gi|11 : agtataaacAGTG---A------CAGTGTCA--A----TA---GT---A---G--------TAG---TAGC---AGTAC---TAGTA-------A----------------C-A---------GAAGT---AAC-AG---TAG-----TG------GTA-ATA---GTAGA---AG---T------AGCAGTAGTAG---C---TGTAGCG-GTAA-TAAttagttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|27 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtggtagtcgtagtcatagtagtcgttgcagtggtAGTA---C------CAGCAGAA--GAA-ATA---AT---A---G--------TAG---TAGT---AGTAG---AAAC-------------AG-----A-AG-C-A---------GTAGT---ta
gi|15 : aat---GT---A---G--------TAG---TATC---AGCAG---CAGCA-------G----AA----------------------GTAGT---AAT-AGGGGCAG-----CA------A----------TAAA---AG---T------AGTAGTAACAG---C---ACCACCA-GAAA-TAAag
gi|8 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatagcaT---A---G--------TAT---TAGC---AGCAG---CAG--------------------------C-A---------GTAGT---CAT-AG---TAT-----T----------------AGTAG------------------TAGTAATTG---T---AGCAGTA-G-AA--------------------------------------GTT-GT---GGTGGTGG---TA-GAA--G---------T--------AGT---AGTAGT---T--G-------TAGTAG--------------------A---AGT---------GC--TGG------TGATAGT--------------------AT--AAGA-AGT---A-A-TAGT-AG--T---GA---T---GT--TG--ATATTGGTGTT-GGTAGAA-GTAGTAG------TAAT-A------G------CAGC---A------GC---A-G------------CA--GT---A---------ATACTAG-A--AATACTA--GT-A---G-TA---CCAA-----AA---G---T------G---G---T----G--G---TA---GT
gi|2 : agtat---A---G--------TAG---TAGA---AGTAA---CAGTA-------G----TA-----T-AATC-A---------GAAGCATGTAC-AG---TAG-----CAGTATAAA-ATACA--AATAGA---AGACGC------AAAAGCCATAC---C---ATT-GCA-G-AA-AAAAGA--A--ATAGCAG---T---AG---------TTTTAGTTATAACAGCAA---CA-GAA--ACCATATCTAT---AA--AAGT---AGCA---A-T--A--GTCA-TAGCAA-C----------AG------A---GGT---------AG--TAGCGGTCATATTAGTTGCCATATCAA-CA---G------TAGA-AG----A-C-GAAA-AGCAT---AAAAGTA--AA---A--ATA----TATCTAGC--CA-TA-GCA------------GTT----A------CAGT---A------GC---A-T------------AT--GC---A---------GTAGAAGTAT-AA----A--AT-A-----------CAG-----AA---GCCAT------A---A---TATTGG--A---GA---ATA--A--AG---A--AA--TCG---C--A------GCCATTGTAGCTTAA----A---CAG---TG--------ACAG-A----ACC---ATTAT----GTG-A----A-AG---A--AGC------A---------G-----T---A---G---------------------------TCA------CAT---C---AA-A-----A--GA-AGCCATATCAGT--TCCCA------TAG---TAACTGTT-G-AAGA-----AA-ATA--ATAATT-A-C---------------AGT----------A----T-A--AGCCA-----TAGCA---G---TA---ACAGTA-G---CAGAAGCAGA-----AGC---CG-TAG-T-----TG------TAG---TATAAGTTAAAGCAG--A-A-AAG---TTGGCTATAGT---A---G-------AA---G---------------AAGAAAACATG---AGT-A-TATGTAGCCATAGTAA---T---AACAG-TA-G--C--AG-AATC--AGTAG-
gi|7 : agtagtgaagtagtagcctttggattatcacc----AA-----A-AC-C-A---------GTGGT---AGT-AG---CAG-----CA------G-T-ACC--GGTAGT---AA---C------TGTAGCAATAT---C---AGTAGC----AA-T-------A--GCAATAC---C---GG---------T----------GCTGCAG---T----A--G---------T---AA-----T---ATCATT-A-T--T--ATTATTAGTAG-T----------------------AGT----------T----G------TAGTA-T---------AAGTA---GT-AT--TGGA-AGT---A-G-TAGC-GGC-------A-GTA--GT--TG--ca
gi|15 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttat-AG-C-A---------GTAGTAG-TATCAG---CAG-----C----------------AGCAGA---AG---T---------AGTAATAG---G---GGCAGC----AA-TAAA-AGTA--GTAGTAA---C---AG---------CAtagttgtagtagaaatagtaaaagtacgggtagtaatggtagt
gi|4 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatat-A---------GTAGC---AAC-AG---CAG------A------A-A-ATAT-AGTAG---------------------TATTAG---C---AGCAGCA-G-AAATAGA-A--G--TTG-------T---AG---------TAGTAGT---AGTTGTAG---CA-ATA--G---------T---AG--AAGT---AGCAGC-A-GGAA--AT-A-TAGAAG-A----------AG------C---AGT---------A-----G------TAATAGC---------AA-AA---GC-AT--CAGA-AGT---A-G---------------AA-GTA------------A----TAGC-AGCAACA-GAAGTA------------GTT--GTAA-----CAGC---A------GC---ATG------------AA------------------TAGTAGTA--AT----A--GC-A---G-CA---GCCG-----CA---G---T------A---A---T----A--C---TG---GAAT-A--AT---T--AA--TAG---T--A------GT------------A----G---TAG---TA--------GTAG-A----AGT---AGTA-----GTA-A----C-AG---C--AGC------A---------G-----A---A---AT----AG--TTGT-AG---------TAGTAG-CAG-TAG---T---AA-T-----A--GA-AG------CAGT--C---AAAGTAGTAG---TATC---A-G-CAGT-----ccaccagaaataa
gi|10 : -A---------GTAAT---AAT-AG---CAG-----TA------T-T-AGA--AGTAG---------C------AGAAGTAGCAC---T---AGTAACA----A-TAG---------CAGAAG---C---AG---------TACTAGT---AGCAACAG---AA-GAA--G---------TGTTAA--TAGTTTAAGCAGT---------ATCAATAGAAT--------------------C---AGT---------AA--TAG------TAATCGT---------AG-CA---GC-ATCATAGATTGT---A-G-TAGC-AAC-------A-GTA--G--------------CATC-AGT--CA-TAAAAG-------TAAT-cgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|9 : tAC-AG---CAG-----CA------G----CA---GTAGA---AG---T------AGTAGTAGTAGTGTT---AACAGCA-G----T-------G--GCAGCAG---C---AG---------TAGTAGT---AGTAGTAG---AA-ATA--G---------T---Aacaa
gi|14 : agtataaAGTAGTAG---C---AGTAGTA-GTAG-TAA---------CAACAG---CAGTAG---------CAGCAGT---AGTAGTGG---TA-ATA--G---------T---AG--AAGT---AGTAGT-A-ttagttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|15 : tagtagtagtatcattatcattattATAG---C---AGTAGTA-G-TA-TCAG-C--A--GCAGCAG---A---AG---------TAGTAAT---AGGGGCAG---CA-A--------------T---AA--AAGT---AGTAGTAA-C--AGCACCACCAGAAgtggtattattattattaatagtgttat
gi|3 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatat-TAAACA--A--ACAGCAA---G---AGTAGTGGTACCATAAGT---AGCAGCTG---CA-GAA--G---------T---AG--TAGT---AGTAGT-A-CC-A--ATAA--AGNNN-N----------NN------N---NNN---------NN--NNN------NNNNNNN---------NN-NN---NN-NN--NNNN-NNA---A-A-TCAACAGT-T---GAA-GAA--GT---A--ATAC---TAGT-AGCAGCA-TA--TA-------TAGT-ACTAGTAG------CAGC---A------GC---A-G------------AA--GT---A---------GTAGTAGTA--GA----A--TCCA---G-CA---ACAA-----AA---A---T------A---G---T----A--G---TA---GTA------C---A--AG--CAG---T--A------GC------------A----G---CAG---CA--------GCTG-A----AGT---AGTG-----GTA-G----T-Aataa
gi|23 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcagcagcaaaattagtattcgtagcagcagtaaaagtagttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaagtaccattagtagtaactgaaatagtagttgtagtagttccagcataggtagttgtagtaacagcaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatt--A--GCAACAA---C---AG---------TATTAGT---AGCAGTAT---TA-ATA--C---------T---AG--TATT---AGTAGTAA-T--A--GTGGTT-GTAG-T----------AA------A---AGT---------Agc
gi|3 : t---AG---------TAGTAGC---AGCAGTAG---CT-GAA--A---------T---AA--TAGC---ACCAGT-A----------ACT-GAAGTG-----------------------GT---------AT--TAG------CAGAAGT---------AA-TA---G------TAGA-AGC---A-G-CTGA-AG-------AA-GTA--AT------A-A----TATC-AGCAGCA--AAAT--------TAGT-ATT--C----------------------------------------------GT---A---------GCAGCAGTA--AA----A--GT-A---G-T-------------------------------------T----G--A---GN---NNN--N--NN---N--NN--NNN---N--N------NN------------N----N---NNN---NN--------NNNN-N----NNT---AGAA-----GTA-C----C-AT---T--AGT------A---------G-----T---AACTGA----AA--TAGT-AG---------TTGTAG-----TAGTTCC---AG-C-----A--TA-GG------TAGT--T---G------TAG---TAAC---A-GCAAG-----------A--GCAG-CAA-TA--GA----------AGgtaaga
gi|14 : ga---AG---------CAGTAGT---AGTAGTAA---CA-ACA--G---------C---AG--TAGC---AGCAGT-AGT--A--GT-GGTAATAG-T----------AG------A---AGT---------AG--TAG------TAGTGGT---------Aaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|8 : tagtagtagtatcattatcattattagtagt---AG---------TATTAGT---ATTAGCAG---CA--------------------------GC---AGCAGT-A-------GTCAT------------------------------AGT---------AT--TAG------TAGTAGT---------AA----------T--T-GT-AGC---A-G-TAGA-AGT-T---GTG-GTG--G---TG--GTA----GA---AGTAGT----AGTA------------GTT-------------GT---A------GT---A-G------------AA--GT-------------GCTG--GTG--AT----A--GT-A-----TA-----AG-----AA---G---T------A---A---T----A--G---TA---GTG--AT-GT---T--GA--TAT---T--G------GT-----------------------GT--TG--------GTAG-A----AGT---AGTA-----GTA-A----T-AG---C--AGC------A---------G-----C---A---GC----A-----GT-AA---------TACTAG-AAA-TAC---T---AG--------------------------------------TAG---TACC---A-A-AAGT-----GG-T-G--GTAG-ttattattattaatagtgttat
gi|11 : G---------CAGTGGT---AGTGACAGTGTCA-ATA--G---------T---AG--TAGT---AGCAGT-A-----------CTAGTAA-C----------AG------A---AGT---------AA--CAG------TAGTGGT---------AA-TA---G------TAGA-AGTAGCA-G-TAGT-AGC-T---GTA-GCG--GT--t
gi|9 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtggtagtcgtagtcatagtagtcgttAGC---AGCAGCAG---TA-GAA--G---------T---AG--TAGT---AGTAGT-G-T--T--AACAGCAGTGG-C----------AG------C---AGC---------AG--TAG------TAGTAGT---------AG-------------TAGA-AAT---A-G-TA-------T--------TA--GT--TG--TGA----TATT-AGTTGTA--AAGTA-------TA-----T--TTA------Caataata
gi|23 : agtataaacAGCAA---CA-ACA--G---------T---AT--TAGT---AGCAGT-ATT--A--AT-ACT-----------------------------AGT---------AT--TAG------TAGTAAT---------AG-TGGTTGT-AG--TAAA-AGT---A-G-TAttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|14 : tA--G---------T---AG--TAGT---ATCATT-A-T--C--ATTATTAGTAG-T----------AG------C---AGT---------AG--TAG------TAGTAAC---------AA-CA---GC-AG--TAGC-AGC---A-G-TAGT-AGT-G---GTA-ATA--GT--AG--AAG----TAGT-AGTAGaga
gi|10 : tA--G---------T---AA--TAAT---AGCAGT-A-T--T--AGAAGTAGCAG-A----------AG------T---AGC---------AC--TAG------TAACAAT---------AG-CA---GA-AG--CAGT-ACT---A-G-TAGC-AAC-A---GAA-GAAGTGT--TA--ATAG---TTTA-AGCAGTA-TCAATA-------GAAT---------------CAGT---A------AT---A-GT-----------AATCGT---A---------GCAGCATCAT-AG----ATTGT-A---G-TA---GCAA-----CA---G---T------A---G---C----A--T---CA---GT---C--AT---A--AA---AG---T--A------AT------------A----tggtattattattattaatagtgttat
gi|27 : t-A-T--A--GT-ACCAGCAG-A----------AG------A---AAT---------AA--TAG------TAGTAGT---------AG-TA---GA-AA--CAGA-AGC---A-G-TAGT-AGcaa
gi|4 : aAGCAG-A----------AA------ATATAGT---------AG--TAT------TAGCAGC---------AG-CA---GA-AA--TAGA-AGT---T-G-TAGT-AGT-------A-GTA--GT--TG---------TAGC-AATAGTA-GAAGTA-------------------G------CAGC---AGGAAATAT---A-G------------AA--GA---A---------GCAGTAGTA--AT----A--GC-AAAAG-CA---TCAG-----AA---G---T------A---GAAGT----A--A---TA---GCAGCA--AC---A--GAAGTAG---T--T------GT------------A----A---CAG---CA--------GCAT-G----AAT---AGTA-----GTA-A----T-AG---C--AGC------A---------G-----C---C---GC----A-----GT-AA---------TACTGG-AAT-AAT---T---AA-T-----A--GT-AG------TAG--------------TAG---TAGT---A-G-AAGT-----AG-T-A--GTA----A-CA--GC----------AGC----------A----G-A--A---A-----TAGTT---G---TA---GTAGTA-G---C---AGT--------AGT---AA-TAG-A-----AG------CAG-----T---------CA-------AAG---T----AGTAGT---A---T-------CA---G---------------CAG----
gi|19 : agtagcaac----------AA------A---AGT---------AC--TAG------TAGTGGT---------G-------GATAT--T-----GT---A-G-CAGA-A-C-TCTAGAA-GCA--GT------------------AACAGGA-AAAGTACATTAG-TAGT-GGTAGTTA------TAGC---A------AC---A-G------------AA--G----A-----------AGAAGTA--AG----A--GC-A---G-TA---tcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|7 : ---------AC--CAG------TGGTAGT---------AG-CA---GC-AG--TACC-GGT---A-G-TAA----C-T---GTA-GCA------------A----TATC-AGTAGCAATAGCAA-------TACC-GGT-------------GC---T------GC---A-G------------TA--GT---A---------ATATCATTA-----------TT-A---T-TA---TTAG-----TA---G---T------A---G---T----T--G---TA---GTA------T---A--AG--TAG---T--ATTGGAAGT------------A----G---TAG---CG--------GCAG-T----AGT---TGTA-----GT-------T----------GT------A---------G-----T---A---GA----A-----AT-AG---------TA
gi|14 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaaAG------TAGTAGT---------AT-CA---TT-AT--CATT-ATT---A-G-TAGT-AGC-A---GTA-GTA--GT--AG---------TAAC-AACAG-----------------------------------CAGT---A------GC---A-G------------CA--GT---A---------GTAGTGGTA--AT----A--GT-A---G-AA---GTAG-----TA---G---T------A---G---T----G--G---TA---TTATTATTAT---T--AA--TAG---T--aaagtacgggtagtaatggtagt
gi|10 : tAG------TAATAAT---------AG-CA---GT-AT--TAGA-AGT---A-G-CAGA-AG-----------T--------------------------AGCA-CTAGTA-------------------A------CAAT---A------GC---A-G------------AA-----------------GCAGTACT---------A--GT-A---G-CA---ACAG-----AA---G---A------A---G---T----G--T---TA---ATA--GT-TT---A--AG--CAG---T--A------TC------------A----A---TAG---AA--------TCAG-T----AAT---AGTA-----ATC-G----T-AG---C--AGC------ATC-------A-----T---A---GA--------TTGT-AG---------TAGCAA-CAG-TAG---C---Agttat
gi|11 : tG------TAGTGGT---------AG-TC---G------TAGT-CAT---A-G-TAGT-CGT-T---GCA-GTG--GTAGTG--ACAG---TGTC-AATAGTA-GTAGTAG------CAGT-ACT------------AGT---A------AC---A-G------------AA--GT---A---------ACAGTAGT---------G--GT-A---A-TA---GTAG-----AA---G---T------A---G---C----A--G---TA---GTA--G--CT-------G--TAG---C--G------GT------------A----A---TAtcagtcataaaagtaatacaa
gi|16 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgatagG------TAATAGT---------AA-TA---G------TAGA-TGT---T-GCT-----GT-T---GAA-GTA--ATAGTA--ATA-----ATT--GCAGTA-GAAG----------AA--GTTG-TTG------CAGTTGTA------GT---A-G------------AA--GT---A---------GTAGTAGAG--GA----A--AT-A---G-TA---GTAG-----TA---A---T------A---G---ata
gi|6 : AGTAGT---------AA-TA---TA-A-----GC-TGT---A-A-TATA-AGC-A---GAA-ATT--GC--TGTAATAGTGGTAAC-AGTA--A-TAAATA-------TA-T-GTT----A------TAGT---AGAT---AC---A-A------------AA--A----------------AGTGGTA--AA--------T-----G-CT---GTAA-----AT---G---T------AATTG---T----G------TA---GGA--G--GT---A--A---TAG---T--A------GT------------A----A---TAA---TA--------GCGG-A----AGC---TGCAAAGGCGTA-ATTAGT-AC---T--GGT------G---------G-----T---A---G---------TTGT-AG---------AAGTAG-A----AG---C---GG-A-----A--CA-AT------TA-T--T------------------CC---AGG-AAAT-----AG-A-A--GTAG-A-A-----GA----------AGT----------G----T-A--A---ataatg
gi|3 : ---GA-AG--TAGT-AGC---A-G-CAGT-AGC-T---GAA-ATA--AT---------------------AGCA-C-------------------------------CAGT---A------AC---T-G------------AA--GT---G---------GTATTAGCA--GA----A--GT-A---A-TA---GTAG-----AA---G---C------A---G---C-----------------TG--A--AG---A--AG--TAA---T--A------AT------------A----T---CAG---CA--------GCAA-A----ATT---AGTA-----TTC-G----T-AG---C--AGC------A---------G-----T---A---AA----A-----GT-AG---------T-T--G-AGN-NNN---N---NN-N-----N--NN-NN------NNNN--N---N------NNN---NNNN---N-N-NNNT-----AG-A-A--GTAC-C-ATTA--GT----------AGT----------AAC--TGA--A---A-----TAGTA---G---TT---GTAGTA-GTTCC---AGCATAGGT--AGT---TG-TAG-T-----AA------CAG---CA-----------AG----AGCAG---C----AATAGA---A---G-------
gi|15 : G--ATA----TAT--AGCAGTA-GTAGTA-------TCA---------G------CAGC---A------GC---A-G------------AA--GT---AGTAATAGGGGCAGCAATA--AA----A--GT-A---G-TA---GTAA-----CA---G---C------A---aggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|7 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaaA----TAT---GCAGTA-TGAGT-----------T-GTT--TTT--------------------AC---A-T------------AA--GTTATA---------AAACCAGTG--GT----A--GT-A---G-CA---GCAG-----TACCGG---T------A---G---T----A--ACTGTA---GCA--AT-AT---C--AG--TAGCAAT--A------GC------------A----A---TAC---CG--------GT-G-C----TGC---AGTA-----GTA-A----T-AT---C--ATT------ATTATTATTAG-----T---A---GT----AG--TTGT-AGTATAAGTAGTATTGG-AAG-TAG---T---AG-C-----G--GC-AG------TAGT--T---G------TAG------T---T-G-TAGT-----AG-A-A--ATAG-T-A-----AA----------AGT----------A----C-G--G---G-----TAGTA---A---TG---GTAGccaccagaaataa
gi|14 : a----TATT-AGTAGTA-GCAGTAG------TAGTAGT-------------AAC---A------AC---A-G------------CA--GT---A---------GCAGCAGTA--GT----A--GT-G---G-TAATAGTAG-----AA---G---T------A---G---T----A--G---TA---GTG--GT-AT---T--AT--TAT---T--A------TT------------A----A---TAG---TG--------t
gi|9 : tagtagtagtatcattatcatC-AGCAGTA-GAAGTAGTAGTAGTAGT-GTT------------AAC---A------GC---A-G------------TG--GC---A---------GCAGCAGTA--GT----A--GT-A---G-TA---GTAG-----AA---A---T------A---G---T----A--T---TA---GTttat
gi|19 : agtataaacagcagAT-ATT--GTAG-----CAG----A------ACTCTA-G------------AA--GC---A---------GTAACAGGA--AA----A--GT-A-----------CAT-----TA---G---T------A---G---T----G--G---TA---GT------------------TA----T--A------GC------------A----A---CAG---AA--------GAAG-A----AGT---A--A-----G------------------AGC------A---------G-----T---A---tgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|23 : aaaagtactagtagtggtgg------CAAC---A------AC---A-G------------TA--TT---A---------GTAGCAGTATTAATACTA--GT-A---T-TA---GTAG-----TA---A---T------A---G---T----G--G---TT---GT---A--GT---A--AA---AG---T--A------GT------------A----A---
gi|5 : tagGT---A------AC---A-A------------TT--GT---A---------ACAGAAGTA--AC----A--GT-A---G-TA---TCAA-----AA---G---TTTCCCTA---A---T----G--ACTGTA---GAA--A--ATGTAA--AA--CAG---C--A------GT------------A----A---GAG---CAAAACTCGTGTAG-GTTACAGT---AATACA---GTT-A----TCAT---C--AGC------A---------G-----T---G---GCCGTTATGGTTGT-AG---------TAGCAA-TAA-TAT---C---AG-C-----A--GT-AG------TCGT--T---A------TTG---TTGC---A-G-AAGC-----AG-C-A--ATAA-C-------------------AGC----------A----T-A--A---T-----CAGTAAGCG---TATTGGTTGCA-A---C---ATCAGA-----AGT---AG-Tga
gi|14 : tggtgataacggtagacgtg---A-G------------TA--GT---A---------GCAGTAGTA--GT----A--GT-A---A-CA---ACAG-----CA---G---T------A---G---C----A--G---CA---GTA--G--------------TAG---T--G------GT------------A----A---TAG---T-----------AG-A----AGT---AGTA-----GTA-G----T-GG---T--ATT------A---------T-----T---A---TT----AT--TAAT-AG---------TGTTA
gi|9 : tagtagtagtatcattatcattattA--GC---A---------GCAGCAGTA--GA----A--GT-A---G-TA---GT--------A---G---T------A---G---T----G--------------------T---T--AA--CAG---C--A------GT------------G----G---CAG---CA--------GCAG-T----AGT---AGTA-----GTA-G----T-AG---A--AAT------A---------G-----T---A---TT----AG--TTGT-GA---------TATTAG-t
gi|15 : agtataaacA--GC---A---------GTAGTAGTA--TC----A--GC-A---G-CA---GCAG-----AA---G---T------A---G---T----A--A---TAGGGGCAGCA--AT---A--AAAGTAG---T--A------GT------------A----A---CAGCACCA--------CCAG-A----AAT---Attgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|22 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatA--AT---A---------GTAGCAGTT--AA----A--GT-A---G-TA---GAAGTGGGGCA---G---T------A---G---T----A--G---CA---GTAG-A--AT---AGAAA--TAG---T--A------GT------------T----G---TAG---CT--------GTAG-a
gi|11 : gc--GT---A---------GTCGTAGTC--AT----A--GT-A---GTCGTT-GCAG-----TG---G---T------A---G---T----G--A---CA---GT------GT---C--AA--TAG---T--A------GT------------A----G---TAG---CA--------GTAC-T----AGT---AACA-----GAA-G----T-AA---C--AGT------A---------G-----T---G---------------GT-AA---------TAGTAG-AAG-TAG---C------------A--GT-AG------TAGC--T---G------TAG---Cttttaata
gi|8 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtg---A---------GTATTAGTA--TT----A--GC-A---G-CA---GCAG-----CA---G---T------A---G---T----C--A---TA---GT------AT---T--AG--TAG---T--A------GT------------A----ATTGTAG---CA--------GTAG-A----AGT---TGTG-----GT-----------------GGT------G---------G-----T---A---GA----A-----GT-AG---------TAGTAG-TTG-TAG---T---AG-A-----A--GT-GC------TGGT--G---A------TAG---TATA---A-G-AAGT-----AA-T-A--GTAG-TGA-TGTTGATATTGGTGTTGGT----------A----G-A--A---G-----TAGTA---G---TA---ATAGCA-G---C---AGCAGC-----AGTAA-TACTAG-A-----AATACTAGTAG---TAC---------CAA--A-AGTGG---T----GGTAGT---ggtaataata
gi|26 : ---A---------GAAGTAATA--AT----A--AT-A---G-TA---GTAG-----AA---G---T------A---G---------------TA---GTA--A-------G--AG--TAG---T--A------AT------------A----A---AAG---CA--------G
gi|23 : tgaAGCAACA--AC----A--GT-A---T-TA---GTAG-----CA---G---T------A---T---T----A--A---TA---CTA--GT-AT----------TAG---T--A------GT------------A----A---TAG---TG--------GTTG-T----AGTAAAAGTA-----GTA-A----tggc
gi|16 : tGTA--AT----A--GT-A---A-TA---GTAG-----AT---G---T--------------T----G--C---TG---TTG--A--AG---T--AA--TAG---T--A------AT------------A----A---TTG---CA--------GTAG-A----AGA---AGTT-----GT-------T----------GC------A---------G-----------------------TTGT-AG---------TAGAAG-TAG-TAG---T---AG-A-----G--GA-AA------TAGT--A---G------TAG---TAAT---A-G-Aga
gi|13 : GTA--AT----A--GT-A---A-CA---GTAA-----TA---G---T------A---G---T----GGTA---TA---GT--------------AA--TAG---TACA------GT------------A----T---TAG---TG--------GTAG-A----AAG---AATA-----ATA-G----T-AT------AGTTGTATAG---------G-----T---A---GA----AG--TGGT-AA---------TAtaatg
gi|27 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttA--AT----A--GT-A---C-CA---GCAG-----AA---G---A------A---A---T----A--A---TA---GTA-------------------G---T--A------GT------------A----G---TAG---AA--------ACAG-A----AGC---AGTA-----GTA-
gi|3 : -A---A-CA---GCAA-----GA---G---T------A---G---T----G--G---TA---CCA-----------------TA-------A------GT------------A----G---CAG---CT--------GCAG-A----AGT---AGTA-----GTA-G----T-AG---T--ACC------A---------A-----T---A---AA----GN--NNNN-NN---------NNNNNN-NNN-NNN---N---NN-N-----N--NN-NN------NNNN--N---N------NNA---AATC---A-A-CAGT-----TG-A-A--G-------------A----------AGT----------A-------------A-----TACTA---G---TA---GCAGCATA---T---A------------T---AG-TAC-T-----AG------TAG---CAG---------CAG--C-AGAAG---T----AGTAGT---A---GTAGAATCCA---G---------------CAA----CAAA---AAT-A-GT---------AGTAG---T---ACAAG-C-----------------AGTAG-C-----AGC---AGCAG---C---TGAAGTAGTg
gi|26 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcagcagcaaaattagtattcgtagcagcagtaaaagtagttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaagtaccattagtagtaactgaaatagtagttgtagtagttccagcataggtagttgtagtaacagcaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaG-----AA---G---A------A---G---T----A--A---TA---ATA--A--------------TAG---T--A------GT------------A----G---AAG---TA--------GTAGTA----AG----AGTA-----GTA-A----T-AA---A--AGC------A---------G-----T---G---Gggtagtagc
gi|14 : t---T------A---G---T----A--G---TA---GTAT-C--AT---T--AT--CAT---T--A------TT------------A----G---TAG---TA--------GCAG-T----AGT---AGTA-----GTA-A----C-AA---C--AGC------A---------G-----T---A---GC----AG--CAGT-AG---------TAGTGG-TAA-TAG---T---AG-A-----A--GT-AG------TAGT--c
gi|10 : ---TA---GTA--A---T---A--A---TAG---C--A------GT------------ATTAGA----AG---TA--------GCAG-A----AGT---AGCA-----CTA-G----T-AA---C--AAT------A---------G-----C---A---GA----A-----GC-AG---------TACTAG-TAG-CAA---C---AG-A-----A--GA-AG------T-GT--TA--A------TAG---TTTA---A-G-CAGT-----AT-C-A--ATAG-A-ATC---------------AGT--------------------A---A-----TAGTA---A---TC---GTAGCA-G---C---ATCATA-----GAT---TG-TAGTAGCAACAG------TAG---CAT---------CAGTCATAAAAG---T----AATAagtggtattattattattaatagtgttat
gi|9 : --AT---A--AA--CAG---C--A------GC------------A----G---CAG---TA--------GAAG-T----AGT---AGTA-----GTA-G----T-GTTAAC--AGC------A---------G-----T---G---GC----AG--CAGC-AG---------TAGTAG-TAG-TAG---T---AG-A-----A--AT-AGTAT---TAGT--T---G------TGA---TATT---A-G-TTGT-----A--A-A--GTAcaa
gi|15 : agt--AG--TAG---T--A------GT------------ATCA-G---CAG---CA--------GCAG-A----AGT---AGTA-----ATA-G----G-GG---C--AGC------A---------A-----T---A---AA----AG--TAGT-AG---------TAACAG-CAC-CAC---C---AG-A-----A--tatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|25 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatagc--AA--TAG---T--A------GT------------A----A---TAG---CA--------GTAG-C----AAC---AGCA-----GTA-A----C-Aataa
gi|13 : ataatattattattattatttaaaagagt--TGG---T--T------GT------------A----A---TAG---TA--------ACAG-T----AAT---AGTA-----GTG-G----T-AT------AGT------A---------A-----T---A---G----------TAC-AG---------TATTAG-----TGG---T---AG-A-----A--AG-AA------TAATAGT---A------TAG---TTGT---A-T-AGGT-----AG-A-A--GTGG-T-A-gta
gi|23 : atcagctagaggtgcagattccaacatcT------------A----G---CAA---CA--------ACAG-T----ATT---AGTA-----GCA-G----T-AT---T--AAT------A---------C-----T---A---GT----AT--TAGT-AG---------TAATAGTGGT-T-G---T---AG-T-----A--AA-AG------TAGT--ata
gi|15 : AG-C----AGT---AGTA-----GTA-T----C-AG---C--AGC------A---------G-----C---A---GA----A-----GT-AG---------TAATAG-GGG-CAG---CAATAA-A-----A--GT-AG------TAGT--A---A------CAGCACCACC---A-G-AAAT-----Aaaga
gi|24 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatAA-A----AGT---AATA-----ATA-A----T-TT---T--AGT------A---------A-----T---A---GC----AG--TATT-AG---------TATTAG-TAT-TAA---T---AG-T-----A--GT-AG------TAGT--T---A------a
gi|26 : G-A----AGA---AGTA-----ATA-A----T-AA---T--AGT------A---------G-----T---A---GA----A-----GT-AG---------TAGTAA-GAG-TAG---T---AA-T-----A--AA-AG------CAGT--gtaatagtag
gi|16 : t----AGT---AATA-----GTAGA----T-GT---T---GC------T---------G-----T---T---GA----AG--TAAT-AG---------TA--AT-AAT-T-G---C---AG-T-----A--GA-AG------AAGT--T---G------TTG---CAGT---T-G-TAGT-----AG-A-A--GTAG-T-AGTA--GA----------GG------------------A--A---A-----TAGTA---G---TA---GTAggc
gi|19 : gtaat----AGT---AGTG-----GTGGA----T-AT---TGTAGC------A---------GAACTCT---A---GA----A-----GC-AG---------TAACAG-GAA-AAG---T---AC-ATTAGTA--GT-GG------TAGT--T---A------TAG---CAAC---A-G-AAGA-----AG-A-A--GTAatagataatg
gi|11 : aaaagtactGT---AGTG-----GTA-A----TGAT---A--GGT------A---------G-----T---G---GT----AG--TCGT-AG---------TCATAG-TAG-TCG---T---TG-C-----A--GT-GG------TAGT--G---A------CAG---TGTC---A-A-TAGT-----AG-T-A--GTAG-C-------------------AGT----------A----C--------------TAGTA---A---CA---GAAGTA-A---C---AGTA--------------G-TGG-T-----AA------TAG---------------TAG--A-AGTAG---C----AGTAGT---A---G-------CT---G---------------TAG----CGGT---AAT-A-agagcagta
gi|14 : tggtggtgggggtgT---AGTA-----GTA-G----T-AT---C--A------------------------------------------TTATCAT---------TATTAG-TAG-TAG---C---AG-T-----A--GT-AG------TAG--------------TAA---CAAC---A-G-CAGT-----AG-------CAG-C-A----------------------------------------------------GTA---G---TA---GTGGTA-A---T---AGTAGA-----AGT---AG-TAG-T-----AG------TGG---TAT---------TAT--T-ATTAT---T----AATAGT---ata
gi|12 : T---GGTA-----GTA-T----C-AT---C--AGT------A---------A-----T---A---GA---------TAT-GG---------TGGAAGTAATATAA---C---AT-A-----ATTGTTAG------TAGT--TTTAG------TAG---TAGCTGTA-G-GAGT-----AG---A--GTAG-T-A-----GA----------AGT----------AATATT-A--G---AT----TAATA---T---TA---GTAGCA-A---C---AGgttat
gi|8 : ttgtat-AG---------TATTAG-TAT-TAG---C---AGCAGC---A--GC-AG------TAGT--C---A------TAG---TATT---A-G-TAGT-----AGTA-ATTGTAG-C-AGTA--GA----------AGTTGTGGTGGTGG----T-A--G---A------AGTA---G---TA---GTAGTT-G---T---AGTAGA-----AGT---GC-TGG-T-----GA------TAG---TAT--------------A-AGAAG---T----AATAGT---A---G-------TG---ATGTTGATATTGGTGTTGG----TAGA---AGT-A-GT---------AGTAA---T---AGCAG-CA-G--C--AGCAGTAATACTAG-A-----AATACTAGTAGTACC---AAAAGTGGT
gi|15 : -TAG---C---AG-T-----A--GT-AG------TA-T--C---AG-----CAG---CAGC---A-G-AAGT-----AG-T-A--ATAG-G-GGCA--GC----------AAT----------A----A-A--A---G-----TAGTA---G---TA---ACAGCA-C---C---ACCAGA-----AAT---ggtagt
gi|9 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatataAG---C---AG-T-----A--GA-AG------TAGT--A---G------TAG---TAGT---G-T-TAAC-----AG-C-A--GTGG-C-AGCA--GC----------AGT----------A-------------G-----TAGTA---G---TA---GTAGAA-A---T---AGTATT-----AGT---TG-Taa
gi|22 : agtataaacagcagcG---C---AA-T-----A--GT-AG------CAGT--T---A------AAG---TAGT---A-G-AAGTGGGGCAG-T-A--GTAG-C-AGTA--GA----------A-T----------A----G-A--A---A-----TAGTA---G---TT---GTAGCgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|11 : G------TAGT--C---A------TAG---TA-------G-TCGT-----TG-C-A--GTGG-T-A-GT--GAC---------AGT----------G----T-C--A---A-----TAGTA---G---TA---GTAGCA---------------------------G-TAC---------------TAG---TAA---------CAG--A-AGTAA---C----AGTAGT---G---G-------TA---A---------------TAG----TAGA---AGT-A-GC---------AGTAG---T---AGCTG-TA-G--C--GGTAATA--Atgtagttttaata
gi|10 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgataggtagtggtagtc------TAGT--A---A------TAA---TAGC---A-G-TATT-----AG-A-A--GTAG-C-A-----GA----------AG-------------------------------TAGCA---C---TA---GTAACA-A---T---AGCAGA-----AGC---AG-TAC-T-----AG------TAG---CAA---------CAG--A-AGAAGTGTT----AATAGTTTAA---G-------CA---GTAT------------CAA----TAGAATCAGT-A-AT---------AGTAATCGT---AGCAG-CA-T--CATAG-ATT----GTAG-T-----AGCAACAGTAG---C---ta
gi|9 : ---A------CAG---CAGC---A-G-CAGT-----AG-A-A--GTAG-T-A--------------------------------------------G-----TAGTA---GTGTTA---ACAGCA-G---T---GGCAGC-----AGC---AG-TAG-T-----AG------TAG---TAG---------TAG--A-AATAG---T----ATTAGT---atcagtcataaaagtaatacaa
gi|14 : agtataaAGT-----AG-T-A--GTAT-C-A-T-----------------T----------A----T-C--A---T-----TATTA---G---TA---GTAGCA-G---T---AGTA--------GT---AG-TAA-C-----AA------CAG---CAG---------TAG--C-AGCAG---T----AGTAGT---G---G-------TA---A---------------TAG----TAGA---AGT--------------AGTAG---T---AGTGG-TA-T--T--Atgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|16 : tAGT-----AG-A-T--GTTG-C---TGTTGA----------AGT----------A-------------A-----TAGTA---A---TA---ATTGCA-G---T---AGAAGA-----AGT---TG-TTG-C-----AG------TTG---TAG---------TAG--A-AGTAG---T----AGTAGA---G---G-------AA---A---------------TAG----TAGT---AGTAA-TA---------GATAA---T---ttattattaatagtgttat
gi|19 : gtaatagtaat--GTAG-C-A-----GA----------ACT----------C----T-A--G---A------AGCA---G---TA---ACAGGA-A---A---AGTACATTAGTAGT---GG-TAG-T-----TA------TAG---CAA---------CAG--A-AGAAG---A----AGTAAG---A---G-------CA---G---------------TAg
gi|7 : aaaagtactagtagtggtggatattA----------AGTT---------A----T-A--A---AACCAGTGGTA---G---TA---GCAGCA-G---T---ACCGGT-----AGTAACTG-TAG-C-----AA------TA------T---------CAG--T-AGCAA---T----AGCAAT---A---C-------CG---G---------------T-G----CTGC---AGT-A-------------GTAA---T---ATCAT-TA-T--T--AT-TATT--AGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAG---TATTGGAAGTAGTA
gi|15 : aatatgcagtatgagttgtttttacatA----------AG-----------A----T-A--T---A-----TAGCA---G---TA---GTAGTA-T---C---AGCA------------------------------------G---CAG---------CAG--A-AGTAG---T----AATAGG---G---G-------CA---G---------------CAA----TAAA---AGT-A-GT---------AGTAA---C---AGCAC-CA-C--C--AGAAATA--Agcggcagtagttgtagttgtagtagaaatagtaaaagtacgggtagtaatggtagt
gi|9 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatac----------AGT----------A----T-A--A---A-----CAG---------------CAGCA-G---C---AGTAGA-----AGT---AG-TAG-T-----AG------TAG---TGT---------TAA--C-AGCAG---T----GGCAGC---A---G-------CA---G---------------TAG----TAGT---AGT--------------AGTAG---A---AATAG-TA-T--T--AG-
gi|15 : T----------A----T-AGCA---G-----TAGTA---G---TA---TCAGCA-G---C---AGCAGA-----AGT---AG-TAA-T-----AG------GGG---CAG---------CAA--T-AAAAG---T----AGTAGT---A---A-------CA---GCAC------------CAC----CAGA---AAT-A-ttgtgatattagttgtaaagtatatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
gi|14 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagata-TAG-T-----AG------TAG---TAT---------CAT--T-ATCAT---T----ATTAGT---A---G-------TA---G---------------CAG----TAGT---AGT-A-------------GTAA---C---AACAG-CA-G--T--AG-CAGC--AGTAG-T-----AGTGGTAATAG---T---AGAAGTAGTAa
gi|27 : -----AA------TAGTACCAG---------CAG--A-AGAAA---T----AATAGT---A---G-------TA---G---------------TAG----TAGA---AAC-A-GA---------AGCAG---T---AGTAG-gtagtggtattattattattaatagtgttat
gi|25 : T---------TAA--A-AGA-G---T----AATAGT---A---G-------TA---A---------------TAG----CAGT---AGC-A-AC---------AGCAG---T---AACAG-TA-
gi|26 : ataatattattattattatG--A-AGAAG---T----AATAAT---A---A-------TA---G---------------TAG----TAGA---AGT--------------AGTAG---T---AA-------------------G--AGTAG-T-----AATAAAAGCAG---T---G
gi|15 : t-AGCAG---T----AGTAGT---ATCAG-------CA---G---------------CAG----CAGA---AGT--------------AGTAA---T---AGGGG-CA-G--C--AA-TAAA--AGTAG-T-----AGTAACAGCAc
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGAAG---T----AATAGT---A---A-------TAATTG---------------CAG----TAGA---AG-----A---------AGTTG---T---TGCAGTTG-T--------------AGTAG-A-----AGTAGTAGTAG---A---GGAAATAGTAccaccagaaataa
gi|9 : gtaatagtaatagtagatgttgctgtt----AACAGC---A---G-------CA---G---------------CAG----TAGA---AGT-AGTAGT-------AGTAG---TGTTAACAG-CAGTGGC--AG-CAGC--AGTAG-T-----AGT---AGTAG---T---AGAAATAGTAgtagtaatagataatg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444 55555 1 11 1 1111 111 222222222 1111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 11 2222 111 222222 11 6666666666666666666666 4444444444444444444444444 11 2222222222222222222222 1111 222222222222 22222222 3333333 111 22222 11 11111 111 111 111 1111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444 11111111 4444444444444444444444444444444444444444444 111111 22222222 111111111 1111111 111111 11111111 111 222222222 1
lowQualScore : 2 4 2 555555555 3 22222 2 3 88 0 9999 1 3 0 11 44 99 111 666666666 3333 0 111 33333333333333333333333333333333333333333333333 1 1 1 5 1 111 0 7 0 1 3 444 1 777 22 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555 1 88 1 5555 444 333333 44 1 11 2222222222222222222222 8 2 2 3 3333333333333333333333333 1 1 11 0000000000000000000000 2 1 2222 1 555555555555 0 77777777 1 22 1 888 1 2 3333333 000 1 55 1 1 88888 9 33 0 66 1 88888 555 777 55 111 1111 1 2222 1 2222222222222222222222222222222222222222222 66666666 0 9999 0 8888888888888888888888888888888888888888888 1 1 1 1 111111 77777 0 33 4 1 55 66666666 3 7777 666666666 777 2222222 9999 1 1 888888 1 777 777 1 777 77777 777 777 66666666 000 1 6 1 444444444 22 2
lowQualScore : . . . ......... . ..... . . .. . .... . . . .. .. .. ... ......... .... . ... ............................................... . . . . . ... . . . . . ... . ... .. ................................................................................................... . . .......................................................................................................................... ..... . .. . .... ... ...... .. . .. ...................... . . . . ......................... . . .. ...................... . . .... . ............ . ........ . .. . ... . . ....... ... . .. . . ..... . .. . .. . ..... ... ... .. ... .... . .... . ........................................... ........ . .... . ........................................... . . . . ...... ..... . .. . . .. ........ . .... ......... ... ....... .... . . ...... . ... ... . ... ..... ... ... ........ ... . . . ......... .. .
lowQualScore : 5 0 5 555555555 0 00000 5 3 33 0 8888 7 3 7 77 77 22 777 777777777 8888 3 777 55555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 0 2 0 777 3 7 3 0 2 000 0 555 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00000 0 00 0 5555 000 000000 22 0 00 4444444444444444444444 0 2 0 0 3333333333333333333333333 0 4 00 1111111111111111111111 2 0 1111 0 666666666666 8 77777777 0 77 9 888 0 2 5555555 000 7 00 0 0 00000 5 88 2 88 0 55555 000 555 44 777 0000 7 1111 0 9999999999999999999999999999999999999999999 11111111 1 4444 1 0000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 555555 99999 9 11 0 0 00 99999999 6 5555 000000000 000 3333333 0000 5 0 555555 0 000 000 0 000 44444 000 888 77777777 000 0 7 0 888888888 00 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAATNAGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAG-AGCN--AGTAGTAGTAGCAGTAAAAGTAGTAGNAGT--AGTAGTAGT---AGC---------AGTAG--NAGAAGTAGTA---GCAGC---------AG-TAG-TG-T--GTAGTAGAAA-A--------A--T-TATNAGTAGCAGCAGCAGNAGAAGTAGTANTAGAAG---TAGCAGCGGNAGTAGNAGTAGTAGTAGTAGNAA---TAGAAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATCGCTGTCGTTATTGCTGTAGAAGCAGT-GA-AGTA---GTAGC------AGCAGCANAAGTAGTAGTAGTAGCAGTA--ATA-----------G-CAG----AAAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANA----ANA-----AGT---AGAA---GTAATAGTAGTAGCA--GCA---GCAG----AATAAAAG-CAGCAGTAGTAGTAGTAGCAG----CAGCAACAG------------TAGTAGTAGCAGTA-TAATCACTAGTAGCAGAAGT---AGTAGTAGTAGTAGCAG-A-TTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAGT-GA-ATAGC--AGCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CAGNAGTAGCA---GCAGTAGN---AGTAGTA----GCAGAAG------T------A------NTG---GTAG--TA-A-ATN---AATAGTAGTAATAGCA--------GCGGA----AGTAGTA-----GTAGT----ATCAGCA-G---TAGN----A--TG----TAGTAGTAGTAGTAGCAGNAGAAG------TAGTT---ATAGTAGCA-GAAGTAG-NAGTAGCA--C-GAAGTATA-A---ATAG---------TA---GT---A---GTA---GCAGCAGCAGAAGTAGTAGTA------GTAGCAGC---AG---AAGTAG---TAGTAG-T---AGCAG---CAGTAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATCA-GTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAACTAACGTCGAAGTAGTAGCAGTAGAAA-TGAGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAG-AGCA--AGTAGTAGTAGCAGTAANAGCAGCAGAAGT--AGTAGTAGT---AGC---------AGTAG--CAGAAGTAGTA---GCAGC---------AG-TAG-TA-T--GTAGTAGAAAAA--------A--T-TATNAGTAGCAGCAGCAGNAGAAGTAGTAGTAGNAG---TAGCAGCAGAAGTAGNAGTAGTAGTAGTAGCAA---CANAAGTA---GTAGTANNAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTATCATCAGCTANCGTTGTCGTTATTGCTGTAGNAGCAGT-GA-AGTA---GTAGC------AGCAGCAGAAGTNGTAGTAGTAGCAGTA--ATA-----------G-CAG----AAAAGCA-GTAGTAATAGCAGCAGA----ANA-----AGT---AGAA---GTAGNAGTAGTAGCA--GCA---GCAG----AATAAAAG-CAGCAGCAGTANTAGTAGCAG----CAGCAANAG------------TAGTAGTAGCAGTA-TAATCACTAGNAGNAGAAGT---ANTAGTAGTAGTAGCAG-A-TTAGAAGT---AGTAGNAGCTGNAGTAGTTGA-ATATC--AGCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CAGAAGTAGCA---GCAGTAAN---AGTAGTA----GCAGNAG------T------A------GTG---GTAG--TA-A-ATN---AATAGTAGTAATAGCA--------GCAGA----AGTAGTA-----GTAGT----ANCAGCA-G---TAGN----A--TG----TAGTANTAGNAGTAGCAGNAGNAG------TAGTT---ATAGTANCA-GNAGTAG-NAGTAGCA--C-GAAGTATA-A---ATAG---------TA---GT---A---GTA---GCAGCAGCAGAAGTNGTAGTA------GTAGCANC---AG---AAGNAG---TAGTAG-T---AGCAG---CAGTAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCANCA-GNAT---NAG---TAGTAGTANNAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAA-AGCA--AGTAGTAGTAGCAGTAAGAGCAACAAAAGT--AGTAGTAGT---ATC---------AGCAG--CAAAAGTGGTA---CCAGC---------AGATAAATA-TTTGTAATAAAAAAA--------AAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAGAAG---TAGCAGCGGAAGTAGAGGTAGTAGTAGTAGCAA---CATAAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGTCAA-AGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTAGTAGTAGCAGCA--ACA-----------G-CAA----AAAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAA----ACA-----AGT---AGAA---GCAAAAGTAATAGCA--GCA---GCAG----AATAAAAAACAACAACAGCATTAGTAGCAG----CAGCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGTA-TAATCACTAGAAGGAAAAGT---ATCAGTAGTAGTAACAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAGTTGATATATC--AGCAGCATAAGTATAAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAGCA---GCAGTAAA---AGTAGCA----GCAGAAG------T------A------GTG---ATAG--TA-A-ATA---AATAGTAGTAACAGCG--------GCAGA----AGTAGTA-----GTAAT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAG------TAGTT---ATAGCACCA-GAAGTAG-AAGTAGCA--CGGAAGTATA-A---ATAG---------TA---GT---A---GCA---GCAACAGCAAAAGTTGTAGAA------ATAGCATC---AG---AAGAAG---TAATAG-T---AGCAG---CAGCAGA---AGTATA--AGTA---ATAACAGCATCA-GAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : ------TAGTA---ATAATAGCA-GTATTAG-AAGTAGCA----GAAG----------TAG---------CA---CT---A---GTA---ACAATAGCAGAAGCAGTACTA------GTAGCAAC---AG---AAGAAGTGTTAATAG-TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAGAT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT-AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTAGTAGCAACAGTA--GCA-----------T-CAGTCATAAAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaaAG---GTAGTGGTAGTCGTA--GT-----CAT----AGTA---G-TCGTTGCAGTGGTAGTGACAG----TGTCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT-------ACTAGTAACAGAAGT---AACAGTAGTGGTAATAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGGT--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtagtggtaatgatG------T------A------TTG---GTAG--TATC-ATC---AGTAATAG--ATA-TG--------GTGGA----AGTAATA---------T----AACA-TA-A---TTGT----T--AG----TAGTTTTAGTAGTAGCTGTAGGAG------TAG-------AGTAGTA-GAAGTAA-TATTAG-----------ATT-A---ATAT---------TA---GT---A---GCA---ACAGata
gi|13 : ttTGGTTGTAATAGTA--------ACAGT----AATAGTA-----GTGGT----AT-AGTA-A---TAGT----A--------CAGTATTAGTGGTAGAAAGAATAA------TAG-T---ATAGTTGTA-TAGGTAG-AAGTGGTA--
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatcAGTAG-TAGTATCA--T-----TATC-A---TTAT---------TA---GT---A---GTA---GCAGTAGTAG---TAGTAACA------ACAGCAGT---AG---CAGCAG---TAGTAG-T---GGTAA---TAGTAGA---AG--T---AGTA---GTAGTGGTATTA-TTAT---TAT---TAATAGTGTTAata
gi|14 : tTATCATTATCATTATTA--GTAGTAGCAGTAGT-AGTA---GTAAC------AACAGCAGTAGCAGCAGTAGTAGTGGTA--ATA-----------G-TAG------AAGTA-GTAGTAGTGGTAt
gi|15 : tagtagtagA--C-AAGATATATA---GCAG---------TA---GT---A---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTAATAGGG---GCAGCAAT---AA---AAGTAG---TAGTAA-C---AGCAC---CACCAGA---AA--TA--Attattattattaatagtgttat
gi|15 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatAGCAGTAGTAGTATCA------GCAGCAGC---AG---AAGTAG---TAATAG-G---GGCAG---CAATAAA---AG--TA---GTA---GTAACAGCACCA-
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGTAAT---AGTAATA----GTAGATG------T--------------TG---CTGT--TG-A-AGT---AATAGTAATAATTGCA--------GTAGA----AGAAGTT-----GT--T--------GCA-G---T----------TG----TAGTAGAAGTAGTAGTAGAGGAAA------TAGTA---GTAGTAATA-Gccagaaataa
gi|19 : AGTAGTGGTGGATATTGTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAACAGGAAAAGTA-CATTAGT--AGTGGTAGTTATAGC---------AACAG--AAGAAGAAGTA---AGAGC---------AG-TAataatg
gi|2 : aaaagtactAGTAGT-GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTAGAAGTAACAGTAGTATA-----------ATCAG------AAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACA-----AAT---AGAAGACGCAAAAGCCATACCATTGCA---GAAA----AA-AGAAA-TAGCAGTAGTTTTAGTTATAA----CAGCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA--A-TAGTCA-TAGCAACAGAGGT---AGTAGCGGT-----CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGACGA-AAAGCATAAAAGTAAAAATATA-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAGCATATGCAGTAGA---AGTA-TAAAATACAGAAGCCATAAT------A------TTG---G-AGAATA-A-AGA---AATCGCAGCCATTGTA--------GCTTA----AACAGTG-----ACAGA----ACCATTATG---T-GA----A--AG----AAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCCATAGTAACT-GTTGAAGAAAATAATAATT-ACAGTATA-AGCCATAG---------CA---GTAACA---GTA---GCAGAAGCAGAAGCCGTAGTT------GTAGTATA---AGTTAAAGCAG----AAAAGTT---GGCTA---TAGTAGA---AG---A--AGAA--------AACATGA-GTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTA
gi|22 : GCAATAGTAGCAGTTAAAGTAGTAGAAGTGGGGCAGTAGT---AGC---------AGTAGAATAGAAATAGTAGTTGTAGC---------TG-TAG-Tgca
gi|23 : AG----CAACAACAG------------TATTAGTAGCAGTATTAAT-ACTAGTATTAGTAGT---AATAGTGGTTGTAG-------TAAAAGT---AGTAAGAtttaata
gi|24 : t------------TAGTAATAGCAGTA-T------TAGTATTAGTATT---AATAGTAGTAGTAG------TTAGTAAT---AGTAG
gi|25 : aaaagtaataataatttTAAAAG--AGTAATAGTAGTAATAGCAG----TAGCAACAG------------CAGTAACAGTA
gi|26 : ataatattattattattattAGAAGTAATAATAATAGTAGTAGAAGT--AGTAGTAAG---AGT---------AGTAA--TAAAAGCAGTG---GC
gi|27 : tgaAATAGTAC---CAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAA---CAGAAGCA---GTAGTA
gi|3 : AGTAGTAGCA---GCAGTAGCTGAAATAATA----GCACCAG------T------AACTGAAGTG---GTAT--TA-GCAGA---AGTAATAGTAGAAGCA--------GCTGA----AGAAGTA-----ATAAT----ATCAGCA-G---CAAA----A--T-----TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAG------TAGTT---G-AGNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNNN--N-NNNNNNNN-N---NTAGAAGTACCATTA---GT---A---GTA---ACTGAAATAGTAGTTGTAGTA------GTTCCAGC---AT---AGGTAG---TTGTAG-T---AACAG---CAAGAGC---AG--CA--A-TA---GAAGg
gi|3 : ga--C-GAAATA-A-A---ATA----------TA---TTTA-A---ACA-----AACAGCAAGAGTAGTGGTACCATAAGTAGCAGCTGCAG---AAGTAG---TAGTAG-T---AGTAC---CAATAAA---aggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|3 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcagcagcaaaattagtattcgtagcagcagtaaaagtagttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaagtaccattagtagtaactgaaatagtagttgtagtagttccagcataggtagttgtagtaacagcaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattAACAGCAAGAGTAGTGGTACCATAAG---TAGCAGCTGCAGAAGTAGTAGTAGTAGTACCAA---TAAAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|3 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcagcagcaaaattagtattcgtagcagcagtaaaagtagttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaagtaccattagtagtaactgaaatagtagttgtagtagttccagcataggtagttgtagtaacagcaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaA---GTAGC------AGCTGCAGAAGTAGTAGTAGTAGTACCA--ATAAAGNNNNNNNNN-NNN----NNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN----AAATCAACAGTTGAAGAA---GTAATACTAGTAGCA--GCATATATAGTACTAGTAGCAG-CAGCAGAAGTAGTAGTAGTAGAATCCAGCAACAA------------AAATAGTAGTAGTA-CAAGCAGTAGCAGCAGCAGCTGAAGTAGTGGTAGTAGCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcagcagcaaaattagtattcgtagcagcagtaaaagtagttgagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaagtaccattagtagtaactgaaatagtagttgtagtagttccagcataggtagttgtagtaacagcaagagcagcaatagaagaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataAGTAGCAACAGCAGA----AAA-------T---A-------TAGTAGTATTAGCA--GCA---GCAG----AA--ATAG-AAGTTGTAGTAGTAGTAGTTG----TAGCAATAG------------TAGAAGTAGCAGCA-GGA--AATA-TAGAAGAAGC---AGTAGTAATAGCAAAAGCA-TCAGAAGT---AG---------AAGTA------ATAGC--AGCAACAGAAGTAGT-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAGTA---GTAATAGC---AGCAGCC----GCAGTAA------T------A------CTG---G-AA--TA-A--TT---AATAGTAGTAGTAGTA--------GTAGA----AGTAGTA-----GTAAC----AGCAGCA-GAAATAGT-------TG----TAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAG------CAGTC---AAAGTAGTA-GTATCAG-CAGT
gi|5 : T---G---GTG---ATAACGGTAGACGTGGTAACA------ATTGTAAC---AG---AAGTAA---CAGTAG-T---ATCAA---AAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAACA---GAAGTAAC---AGTAGTA----TCAAAAG------TTTCCCTA------ATGACTGTAG--AA-A-ATGTAAAACAGCAGTAAGAGCAAAACTCGTGTAGGTTACAGTAATA------CAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTA--TGGTTGTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAG------TCGTT---ATTGTTGCA-GAAGCAG-CAATAAC-------AGCATA-A---TCAG---------TAAGCGT---ATTGGTT---GCAACATCAGAAGTAGTttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtggtaacaatt---AGTAGTAATATAAGCTGTA-ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAGTGG---TAAC--AGTA--ATAAATATA-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA----A---GTGGTAAA---TGCTGTA----AATGTAA------T------T------GTG----TAG--GA-G-GT----AATAGTAGTAATAATA--------GCGGA----AGCTGCAAAGGCGTA------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAGTTGTAGAAGTAGAAGC-GGAA------CAATT---AT--T-CCAGGAAATAG-AAGTAG-A--A-GAAGTGTA-A---
gi|7 : AA-AACC--AGTGGTAGTAGC------AGCAGTACCGGT--AGTAACTGT---AGC---------AATAT--CAGTAGCAATA---GCAAT---------AC-CGG-TGCT--GCAGTAGTAATATCATTATTA--T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGGAAG---TAGTAGCGGCAGTAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttatAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGC---------AGTAGTCATAGTA-----TTAGTAGTAGTA-ATT--GTAGCAGTAG-A--AGTTGTGGTGGTGGTAGAAGTAGTAGTAGT--TGTAGTAGA---AGTGCTGGTGATAGTAT--AAGAAGTAATA---GTAGTGATGTTGATAT-TGG-TG-T---TGGTAGAAG---------------TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAGAAA---TACTAGTAGTACCAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-A---ACAG---------CA---G---------------CAGCAGTAGAAGTAGTAGTA------GTAGTGTT---AA---CAGCAG---TGGCAG-C---AGCAG---TAGTAG--------------TA---GTAGTAGAAATA-GTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTGTTAACAGCAGTGGCAGCAGCAGTAGTAGTAGTAG---TAGAAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 333333333 111 1 11 1 1111 222222222 1111 111 3333333333333333333333 1 9999999999999999 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 33333333333 222222 111 1111111 5555555 1 222222 1111111111 11 333333333333333 111 111 222222222222 55555555555555555555555 22222222 111111 11111 22222222222 111 222222222 11 1111111111 1111 111 1111111 1111 1 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222 111111 1111 11111 22222222 44444444444444444444 111111 22222222222 2222 1111111111111111111 111 111111111 1111 11111111111 111 222222222 1
lowQualScore : 1 1 1 888888888 2 88888 999 3 88 0 7777 0 44 77 1 77 222222222 1111 000 7777777777777777777777 6 3 1111111111111111 1 1 0 1 444 3 1 444 1 1 777 777 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 6 111 0 44444444444 888888 2 1 11 3 777 4444444 3333333 5 0 5 1 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 111111111111111 111 2 000 999999999999 5 0 1 00000000000000000000000 1 22222222 999999 44444 99999999999 000 1 44 3 777777777 8 11 3 1 8888888888 4444 000 11 0 1111111 2 1 0000 0 66 5 0000000000000000000000000000000000000 4444444444444 4 222222 5 0000 11111 22222222 4 4 00000000000000000000 2 1 000000 666 22222222222 3 1 0 5555 9999999999999999999 777 666 222 666 666 88888888 333333333 1111 777 33333333333 000 99 6 000000000 11 2
lowQualScore : . . . ......... . ..... ... . .. . .... . .. .. . .. ......... .... ... ...................... . . ................ . . . . ... . . ... . . ... ... .. ............................................................................................. ............................................................................................. . . ... . ........... ...... . . .. . ... ....... ....... . . . . . ...... . .......... . . .. . .. ............... ... . ... ............ . . . ....................... . ........ ...... ..... ........... ... . .. . ......... . .. . . .......... .... ... .. . ....... . . .... . .. . ..................................... ............. . ...... . .... ..... ........ . . .................... . . ...... ... ........... . . . .... ................... ... ... ... ... ... ........ ......... .... ... ........... ... .. . ......... .. .
lowQualScore : 0 0 0 000000000 5 33333 333 3 33 0 2222 1 33 99 0 99 999999999 9999 000 8888888888888888888888 7 3 7777777777777777 0 0 2 0 000 2 0 000 0 0 555 555 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 000 0 88888888888 888888 5 0 00 5 555 8888888 8888888 8 0 2 0 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 555555555555555 777 2 000 333333333333 9 1 0 77777777777777777777777 0 33333333 222222 33333 77777777777 000 9 77 7 000000000 2 00 2 0 8888888888 2222 000 44 1 0000000 7 0 6666 8 99 0 9999999999999999999999999999999999999 4444444444444 4 888888 4 8888 11111 99999999 7 4 77777777777777777777 5 0 555555 444 66666666666 6 0 9 3333 6666666666666666666 000 444 777 444 444 11111111 666666666 4444 000 99999999999 000 22 0 000000000 22 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAGTN--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAG-AGCN--AGTAGTAGTAGCAGTAANAGTAG--TAGNAGT--AGTAGTAGTAG---------CAGTAG--NAGAAGTAGTA---GCAG---------CAG-TAG---TG-TGTAGTAG-AANA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAG-T-GA-AG------TA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTA--ACAG-CAGTCG----AAAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----T-AGNAG---CAGCA---GTAGTNGTAGTAGCAGCA---GCAACAG------------TAGNAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAACAG-ATTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAG-TGA-ATAGCA--GCAGCANAAGTAT-AT---G--TTAC----AGCAG---CAGNAGTAGC---A---GTAGTAGNAGTA----GTAGCAG--AA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AANN---AATAGTAGT-------------AAT-AGCA------GCGGAAGN---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----A--TG----TAGTANTAGTAGTAGCAGNAGAAGT------AGTT---ATAGTAG----C------AGAAG-TAGNAGTAGCAC-GAAGTATA-A---NTAG---------TA---G---TA---GTA---GCAGCAGCAGAAGTAGTA---GTAGTAGCAGC---AG---AAGTAG-----T---AGTAGT---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAATN--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAG-AGCN--AGTAGTAGTAGCAGTAAAAGTAG--TAGNAGT--AGTAGTAGTAG---------CAGTAG--NAGAAGTAGTA---GCAG---------CAG-TAG---TG-TGTAGTAG-AAAA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGNAGAAGTAGTANTAGAAG---TAGCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAATAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATCGCTGTCGTTATTGCTGTAGAAGCAG-T-GA-AG------TA---GTAGC------AGCAGCANAAGTAGTA---GTAGTAGCAGTA--ATAG-CAG-------AAAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAANA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----T-AAAAG---CAGCA---GTAGTAGTAGTAGCAGCA---GCAACAG------------TAGTAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGTA------GCAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAGCAG-ATTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAG-TGA-ATAGCA--GCAGCANAAGTAT-AT---G--TTAC----AGCAG---CAGNAGTAGC---A---GCAGTAGNAGTA----GTAGCAG--AA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AATN---AATAGTAGT-------------AAT-AGCA------GCGGAAGT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----A--TG----TAGTAGTAGTAGTAGCAGNAGAAGT------AGTT---ATAGTAG----C------AGAAG-TAGNAGTAGCAC-GAAGTATA-A---ATAG---------TA---G---TA---GTA---GCAGCAGCAGAAGTAGTA---GTAGTAGCAGC---AG---AAGTAG-----T---AGTAGT---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATG--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAA-AGCA--AGTAGTAGTAGCAGTAAGAGCAA--CAAAAGT--AGTAGTAGTAT---------CAGCAG--CAAAAGTGGTA---CCAG---------CAGATAAATATT-TGTAATAA-AAAA--------AAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAGAAG---TAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAG-TCAA-AG------AA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCA--ACAG-CAA-------AAAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAA---CAACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTAGTAGTAACAGAATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAGTTGATATATCA--GCAGCATAAGTATAAT---GTTTTAC----AGCAA---CAGAAGTAGC---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAG--AA-G------T------AGTG---ATAG--TA--AATA---AATAGTAGT-------------AAC-AGCG------GCAGAAGT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT---ATAGCAC----C------AGAAG-TAGAAGTAGCACGGAAGTATA-A---ATAG---------TA---G---TA---GCA---GCAACAGCAAAAGTTGTA---GAAATAGCATC---AG---AAGAAG-----T---AATAGT---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA---ATAATAG----C------AGTAT-TAGAAGTAGCA--GAAGTA----------G---------CA---C---TA---GTA---ACAATAGCAGAAGCAGTA---CTAGTAGCAAC---AG---AAGAAG-----TGTTAATAGTTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAG-T-AATAG------TAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTA--GCAT-CAGTCAT---AAAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----T-AGTAG---TCGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT-------------------A--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTAGTGGTAATAG---TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T-A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtGTATTGGTAGTATCATCAGTAAT------AGAT---ATGGTGG-------------AAG-TAATA-TAACAT--AATTGT-------TAG---------TA---GTTTTA---GTA---GTAGCTGTAGGAGTAG-A---GTAGTAGAAGT---AA---TATTAGATTAAT---ATTAGT---AGCAA---CAGata
gi|13 : ttTGGTTGT-------------AAT-AGTA------ACAGTAAT---AGTA-----GTG--GT----AT-AGTA-A---TAGT----A--------CAGTATTAGTGGTAGAAAGAATAAT------AG-T---ATAGTTG----T------ATAGG-TAGAAGTGGTA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatcAG-TAGTAGTATCAT-----TATC-A---TTAT---------TA---G---TA---GTA---GCAGTAGTAGTAGTAACAACAGCAGTAGCAGC---AG---TAGTAG-----T---GGTAAT------------AGTAGAA---G--T-A--GTA---GTAGTGGTATT--ATTAT---TAT---TAATAGTata
gi|15 : tAC-AAGATATATA---GCAG---------TA---G---TA---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTA---ATAGGGGCAGCAATAA---AAGTAG-----T---AGTAAC---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--gttat
gi|15 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatAGCAGTAGTAGTA---TCAGCAGCAGC---AG---AAGTAG-----T---AATAGG---GGCAG---CAATAAAA---G--TA---GTA---GTAACAGCACC--A
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGTAATAGTA----ATAGTAG--AT-G------T--------TG---CTGT--TG--AAGT---AATAGTAAT-------------AAT-TGCA------GTAGAAGA---AGTT-----GT----------T--GCA-G---T----------TG----TAGTAGAAGTAGTAGTAGAGGAAAT------AGTA---GTAGTAA----T------AGAccagaaataa
gi|19 : AAAAGTACTAGTAGTGGTGGATATTGTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAACAGGAAAAGTACATTAGTAGT--GGTAGTTATAG---------CAACAG--AAGAAGAAGTA---AGAG---------CAG-TAtaatg
gi|2 : AGTAG-T-GA-AG------TA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTATAATCAG-------AA--GCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA------AGAAA---TAGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----A-TAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCGGT-----CAT-ATTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGACGA-AAAGCATAAAAGTAAAAATAT-ATCTAG--CCAT----AGCAG---TTACAGTAGC---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAG--AA-GCCATAAT------ATTG---G-AGAATA--AAGA---AATCGCAGC-------------CAT-TGTA------GCTTAAAC---AGTG-----ACA--GA----ACCATTATG---T-GA----A--AG----AAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCCATAGTAA----CTGTTGAAGAAAATAATAAT--TAC---AGTATA-AGCCATAG---------CA---G---TAACAGTA---GCAGAAGCAGAAGCCGTA---GTTGTAGTATA---AGTTAAAGCAG-----A---AA-AGTT--GGCTA---TAGTAGAA---G---AA--GAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTA
gi|22 : GCAATAGTAGCAGTTAAAGTAG--TAGAAGTGGGGCAGTAGTAG---------CAGTAGAATAGAAATAGTAGTTGTAG---------CTG-TAG---Tgca
gi|23 : AGCA---ACAACAG------------TATTAGTAGCAGT---ATTAA---------T-A--CTAGTA------TTAGTA------GTA-----ATAGTGGTTGTAG------TAAAAGT---AGTAAGAtttaata
gi|24 : tTAGTAATAGCAGTATTAGTAT--TAGTATT--AATAGTAGTAG---------TAGT----TAGTAATAGTA---G
gi|25 : aaaagtaataataattt----T-AAAAG----AGTA---ATAGTAGTAATAGCAGTA---GCAACAG------------CAGTAACAGTA
gi|26 : ataatattattattattattAGAAGTAATAATAATAGTAG--TAGAAGT--AGTAGTAAGAG---------TAGTAA--TAAAAGCAGTG---GC
gi|27 : tgaAG---TACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTA
gi|3 : aat----AGTAG---CAGCAGTAGCTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTG--AA-G------T------GGTA---TTAG--CA--GA-----AGTAATAGT-------------AGA-AGCA------GCTGAAGA---AGTA-----ATA--AT----ATCAGCA-G---CAAA----A--T-----TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTT---G-AGNNN----N------NNNNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNN-N---NTAGAAGTACCATTA---G---TA---GTA---ACTGAAATAGTAGTTGTA---GTAGTTCCAGC---AT---AGGTAG-----T---TGTAGT---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCT-GA-AGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTA--AAAG-TAGTTGAGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGT-AGTAGTTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTA-TAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAAGAT-ATTCGAAAT---A-----AAATATATT---TAA-ACA--A--ACAGCAAGAGTA--GT---G--GTACCATAAGTAG---CAGCTGCAGA---A---GTAGTAGTAGTA----GTACCAATAAA-G------N------NNNN---NNNN--NN--NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATCAACA------GTTGAAGA---AGTA-----ATA--CT----AGTAGCA-G---CA-T----A--TA----TAGTACTAGTAGCAGCAGCAGAAGT------AGTA---GTAGTAGAATCC------AGCAA-CAAAAATAGTA--GTAGTACA-------AG---------CA---G---TA---GCA---GCAGCAGCTGAAGTAGTG---GTAGTAGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AA-------ATAG---AAGTT---GTAGTAGTAGTAGTTGTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---A-GGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTAATAGCAAAAGCATCAGAAGT---AGAAGTA---------------ATAGCA--GCAACAGAAGTAG-TT---G--TAAC----AGCAG---CATGAATAGT---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAG--TA-A------T------ACTG---G-AA--TA--A-TT---AATAGTAGT-------------AGT-AGTA------GTAGAAGT---AGTA-----GTA--AC----AGCAGCA-GAAATAGT-------TG----TAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC---AAAGTAG----T------AGTAT-CAGCAGT
gi|5 : ---TG---GTG---ATAACGGTAGACGTGGTA---ACAATTGTAAC---AG---AAGTAA-----C---AGTAGT---ATCAA---AAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAA---CAATTGTAAC---A---GAAGTAACAGTA----GTATCAA--AA-G------TTTCCCTAATGACTGTAG--AA--AATGTAAAACAGCAGT-------------AAG-AGCAAAACTCGTGTAGGTTACAGTA-----ATACAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTA--TGGTTGTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT---ATTGTTG----C------AGAAG-CAGCAATAAC-----AGCATA-A---TCAG---------TAAGCG---TATTGGTT---GCAACATCAGAAGTAGTttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtgA-----GTAGTAATATAAGCTGTAATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-TGG--TAACA--GTA--ATAAATAT-AT---G--TTAT----AGTAGATACAAAAA-------A---GTGGTAAATGCT----GTA------AATG------T------AATT---GT-G--TAGGAGGT---AATAGTAGT-------------AAT-AATA------GCGGAAGC---TGCAAAGGCGTA--------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT---ATTCCAG------------GAAA-TAGAAGTAG-AA-GAAGTGTA-A---
gi|7 : AA-AACC--AGTGGTAGTAGC------AGCAG--TACCGGT--AGTAACTGTAG---------CAATAT--CAGTAGCAATA---GCAA---------TAC-CGG---TGCTGCAGTAGTAATATCATTATTA---T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGGAAG---TAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttatAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGC---------AGTAGTCATAGTA-----TT--AGTAGTAGTA-ATT--GTAGCAGTAG-A--AGTTGTGGTGGTGGTAGAAGTAG--TAGTAGT--TGTAGTAGAAGTGCTGGTGATAGTAT--AAGAAGTAATA---GTAGTGATGTTGATAT-TGG---TG-T-TGGTAG-AAG---------------TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAGAAA---TACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-A---ACAG---------CA---G---------------CAGCAGTAGAAGTAGTA---GTAGTAGT-GT-----------TAA-----C---AGCAGT---GGCAG---CAGCAGTA---G--TA---GTA---GTAGTAGAAAT--AGTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTGTTAACAGCAGTGG---CAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGTAG---AAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 333 555555555555 111 1 11 3333333 222222222 3333333333333333333333 1 8888888888888888 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1 22222222222 222222 1111 111 333333333 1 222222 1111111111 11 22222 22222 111 1111 333333333333 55555555555555555555555 22222222 111111 11111 11 33333333 111 2222222222 11 1111111 11 111 1111111 1111 333333333333333333333333333333 111111 3333333333333333 33333333333333333333 111111 11111111 222 1111 1111111 111111111 1111111 1111111 111 222222222 1
lowQualScore : 1 1 1 555 444444444444 2 88888 444 0 33 0000000 0 55 66 1 66 000000000 99999 888 0 1111111111111111111111 6 3 8888888888888888 1 1 0 1 444 1 1 111 1 1 444 444 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 8 8 6 44444444444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 0 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 55555 1 22222 444 1 4 6666 444444444444 1 1 00000000000000000000000 1 00000000 999999 44444 00 11111111 000 1 44 3 7777777777 8 11 3 1 7777777 11 0 000 55 1111111 1 1 0000 7 5 666666666666666666666666666666 4 99999 1 222222 7 8888 1111111111111111 4 77777777777777777777 4 1 1 1 111111 777 99999999 4 1 0 333 0000 777 6666666 666 88888888 666 6666666 666 666 22 6666 222222222 0000000 666 777 4444444 888 1 444 6 000000000 11 2
lowQualScore : . . . ... ............ . ..... ... . .. ....... . .. .. . .. ......... ..... ... . ...................... . . ................ . . . . ... . . ... . . ... ... .. ............................................................................................. ............................................................................................. ... . . . . ........... ...... . .... . ... . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ..... ... . . .... ............ . . ....................... . ........ ...... ..... .. ........ ... . .. . .......... . .. . . ....... .. . ... .. ....... . . .... . . .............................. . ..... . ...... . .... ................ . .................... . . . . ...... ... ........ . . . ... .... ... ....... ... ........ ... ....... ... ... .. .... ......... ....... ... ... ....... ... . ... . ......... .. .
lowQualScore : 0 0 0 000 000000000000 5 00000 888 0 88 4444444 2 11 99 0 99 000000000 66666 888 4 3333333333333333333333 7 3 0000000000000000 0 2 2 0 000 0 0 777 0 0 000 000 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 0 0 0 22222222222 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 88888 0 66666 000 0 4 8888 222222222222 0 0 77777777777777777777777 0 55555555 222222 33333 33 33333333 000 9 77 7 0000000000 2 00 2 0 8888888 00 4 000 00 0000000 1 0 6666 6 0 999999999999999999999999999999 4 88888 9 888888 7 8888 0000000000000000 4 22222222222222222222 0 0 0 9 555555 000 11111111 0 0 3 555 2222 000 5555555 444 55555555 444 5555555 444 444 11 5555 777777777 0000000 444 888 1111111 888 7 333 0 000000000 22 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAGTN--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCGGTAGCN--AGTAGTAGTAGCAGTAANAGTAG--TAGNAGT--AGTAGTAGTAG---------CAGTAG--TAGAAGTAGTA---GCAG---------CAG-TAG---TG-TGTAGTAG-AANA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAG-T-AATAG------TA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG---TAGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGC---A---GCAGTAGNAGTA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--A-AGT---AATAGTAGTAATAGCA------GCGGAAGT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAG-TAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGAAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-ANCAGTA---G---T---A---GTA---G----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AG-----T---AGTAG---T---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCA---GCAGCAGCTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAGTN--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAG-AGCN--AGTAGTAGTAGCAGTAANAGTAG--TAGNAGT--AGTAGTAGTAG---------CAGTAG--NAGAAGTAGTA---GCAG---------CAG-TAG---TG-TGTAGTAG-AANA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAG-T-GA-AG------TA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGCAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGNAG---CAGCA---GTAGTNGTAGTAGCAGCA---GCAACAG------------TAGNAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CAGNAGTAGC---A---GTAGTAGNAGTA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--A-ANN---AATAGTAGTAATAGCA------GCGGAAGN---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAG-TANTAGTAGTAGCAGNAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGAAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-ANTAGTA---G---T---A---GTA---G----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AG-----T---AGTAG---T---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTA---GTAGCAACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATG--AGTAGTAGTA-ATA--GTAGCAA-AGCA--AGTAGTAGTAGCAGTAAGAGCAA--CAAAAGT--AGTAGTAGTAT---------CAGCAG--CAAAAGTGGTA---CCAG---------CAGATAAATATT-TGTAATAA-AAAA--------AAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAGAAG---TAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAG-TCAA-AG------AA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAA--CAACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---A-TAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTAGTAGTAA-CAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAGCATAAGTATAAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAGC---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------T------AGTG---ATAG--TA--A-ATA---AATAGTAGTAACAGCG------GCAGAAGT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAG-TATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT---ATAGCACC------AGAAG-TAGAAGTAGCACGGAAGTATA-AATAGTA---G---T---A---------G----CAGCAACAGCAAAAGTTGTA---G---AAATAG---CATC---AGAAGA---AG-----T---AATAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA---ATAATAGC------AGTAT-TAGAAGTAGCA-G-AAGTA-------GCA---C---T---A---GTA---A----CAA---TAGCAGAAGCAGTA---C---TAGTAG---CAAC---AGAAGA---AG-----TGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAG-T-AATAG------TAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG---TCGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT---A------------------CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTAGTGGTAA-TAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtG-TATTGGTAGTATCATCAGTAAT------AGAT---ATGGTGG---------AAG-TAATA-TAACAT--AATTGT----TAGTA---GTTTT---A---GTA---G----TAG---CTGTAGGAGTAG-A---G---TAGTAG---AAGT---AATATT---AGATTAAT---ATTAG---T---AGCAA---CAGata
gi|13 : tt--AGTAACAGTA-ATA--GTAGTGGTA--T--AGTAATAGTA-CAGTATTAGTGG--TAGAAAG--AATAATAGTA----------TAGTTG--TATAGGTAGAA---GTGG---------TAA-TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtaatAG-TAGTAGTATCAT-----TATC-ATTATTA---G---T---A---GTA---G----CAG---TAGTAGTAGTAACAACAG---CAGTAG---CAGC---AGTAGT---AG-----T---GGTAA---T------------AGTAGAA---G--T-A--GTA---GTAGTGGTATT--ATTAT---TAT---TAATAGT
gi|15 : tACA-AGATATATAGCAGTA---G---T---A---GTATCAG----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---A---TAGGGG---CAGCAATAAAAGT---AG-----T---AGTAA---C---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--gttat
gi|15 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatAGCAGTAGTAGTA---T---CAGCAG---CAGC---AGAAGT---AG-----T---AATAG---G---GGCAG---CAATAAAA---G--TA---GTA---GTAACAGCACC--A
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGTAATAGTA----ATAGTAGAT-G------T--------TG---CTGT--TG--A-AGT---AATAGTAATAATTGCA------GTAGAAGA---AGTT-----GT----T--------GCA-G---T--------T--G----TAG-TAGAAGTAGTAGTAGAGGAAAT------AGTA---GTAGTAAT------AGAccagaaataa
gi|19 : AAAAGTACTAGTAGTGGTGGATATTGTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAACAGGAAAAGTACATTAGTAGT--GGTAGTTATAG---------CAACAG--AAGAAGAAGTA---AGAG---------CAG-TAtaatg
gi|2 : AGTAG-T-GA-AG------TA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA---TAGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----A-TAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCGGT------CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAGTAAAAATATA-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAGC---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAAT------ATTG---G-AGAATA--A-AGA---AATCGCAGCCATTGTA------GCTTAAAC---AGTG-----ACA--GA----ACCATTATG---T-GA----AA--G----AAG-CAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCCATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAAT--TAC---AGTATA-AGCCATA---G---C---A---GTA---A----CAG---TAGCAGAAGCAGAA---GCCGTAGTTG---TAGT---ATAAGTTAAAG-----C---AGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGAA---G---AA--GAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTA
gi|22 : GCAATAGTAGCAGTTAAAGTAG--TAGAAGTGGGGCAGTAGTAG---------CAGTAGAATAGAAATAGTAGTTGTAG---------CTG-TAG---Tgca
gi|23 : AGCA---ACAACAG------------TATTAGTAGCAGT---ATTAA---------T-A--CTAGTA------TTAGTA------GTA-----ATAGTGGTTGTAG--------TAAAAGT---AGTAAGAtttaata
gi|24 : tAG--TA--ATAAT---AATTTTAGTAATAGCA------GT---ATT---AGTA-----TTA--GT----ATTAATA-G---TAGT----A---G----TAGTTAGTAATAGTAG
gi|24 : aaaTAGTAATAGCAGTATTAGTAT--TAGTATT--AATAGTAGTAG---------TAGT----TAGTAATAGTA---G
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AG-T-AATAG------TA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|25 : ataaGTAA---TAGTAGTAATAGCAGTAGCAACAG---CAGTA---ACAGTA
gi|26 : ataatattattattattatttaaaagaAGAAGTAATAATAATAGTAG--TAGAAGT--AGTAGTAAGAG---------TAGTAA--TAAAAGCAGTG---GC
gi|27 : tgaAG---TACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTA
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAGCTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------T------GGTA---TTAG--CAG-A-AGT---AATAGTAG--A-AGCA------GCTGAAGA---AGTA-----ATA--AT----ATCAGCA-G---CAAA----AT-------TAG-TATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTT---G-AGNNNN------NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-NNTAGAA---G---TACCA---TTA---G----TAG---TAACTGAAATAGTAGTTG---TAGTAGTTCCAGC---ATAGGT---AG-----T---TGTAG---T---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCT-GA-AGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAGTTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTA-TAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAA-GAT-A-TTCGAAAT---A-----AAATATATT---T-AA-ACA--A--ACAGCAAGAGTA-G-T---GGT--AC--------CATAAGTAGC---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------T------ACC------AA--TA--A-AGN---NNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN-----NNN--NNNNAAATCAACA-G---TTGA----A---G----AAG-TAATACTAGTAGCAGCA----T------A--T---ATAGTACT---------AG-TAGCAGCAGCA-G-AAG-------TAGTA---G---T---A---GTA---GAATCCAG---CAACAAAAATAGTA---G---TAGTA----CA--------------AG-----C---AGTAG---C---AGCAG---CAGCTGAA---G--T-A--GTG---GTAGTAGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG---TTGTA---GTAGTAGTAGTTGTAGCA------ATAG------------TAGAAGTAGCAGC---A-GGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTAATAGCAA-AAGCA-TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAACAGAAGTAGT-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAGT---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------T------ACTG---G-AA--T---A-ATT---AATAGTAGTAGTAGTA------GTAGAAGT---AGTA-----GTA--AC----AGCAGCA-GAAATAGT-----T--G----TAG-TAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC---AAAGTAGT------AGTAT-CAGCAGT
gi|5 : ---T---G---GTG---A----TAA---CGGTAGACGTGGTA---A---CAATTG---TAAC---AGAAGT---AA-----C---AGTAG---T---ATCAA---AAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAA---CAATTGTAAC---A---GAAGTAACAGTA----GTATCAAAA-G------TTTCCCTAATGACTGTAG--AA--A-ATGTAAAACAGCAGTAAGAGCAAAACTCGTGTAGGTTACAGTA-----ATACAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTAT--GGTTGTAG-TAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT---ATTGTTGC------AGAAG-CAGCAATAAC-----AGCATA-ATCAGTAAGCG---T---ATTGGTT---G----CAA---CATCAGAAGTAGTttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtgA-----GTAGTAATA-TAAGCTGTA-ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA--ATAAATATA-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA-------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------T------AATT---GT-G--TAGGA-GGT---AATAGTAGTAATAATA------GCGGAAGC---TGCAAAGGCGTA--------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAG-TTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT---ATTCCAG--------GAAA-TAGAAGTAG-AAG-AAGTGTA-A
gi|7 : AA-AACC--AGTGGTAGTAGC------AGCAG--TACCGGT--AGTAACTGTAG---------CAATAT--CAGTAGCAATA---GCAA---------TAC-CGG---TGCTGCAGTAGTAATATCATTATTA---T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGGAAG---TAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttatAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGC------------AGTAGTCATAGTA-----TT--AGTAGTAGTA-ATT--GTAGCAGTAG-A--AGTTGTGGTGGTGGTAGAAGTAG--TAGTAGT--TGTAGTAGAAGTGCTGGTGATAGTAT--AAGAAGTAATA---GTAGTGATGTTGATAT-TGG---TG-T-TGGTAG-AAG---------------TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAGAAA---TACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-AACAGCA---G---C---A---GCA---G----TAG---AAGTAGTAGTAGTA---G---TGTTAA---CAGC-----------------------AGTGG---C---AGCAG---CAGTAGTA---G--T-A--GTA---GTAGAA--AT---AGTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTGTTAACAGCAGTGG---CAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGTAG---AAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666 33333 222 11111 111111 99999999999999999999999999999999999999999 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222 111 222222 1111 111 333333333 1 222222 1111111111 11 22222 111111 111 111 444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 2222222 222 3333333333 1111111 1111 33333333333333333333333333 111111 1111111 2222222222222222 33333333333333333333 111111 11111111 2222 1111111 1111111 1111111 111 222222222 1
lowQualScore : 1 1 1 777777777777777 2 55555 1 2 7 000 77777 1 66 444444 0 66 2 888 8 55555555555555555555555555555555555555555 1 1 0 1 444 1 1 444 1 1 777 777 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 333333 6 444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 0 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 55555 1 777777 444 1 44 444 1 111111111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000 44444 0 33 5 8888888 000 1 3 1 1111111111 77 99 1 1 8888888 99 1 888 22 888 888 1 0000 7 5 22222222222222222222222222 99 555 55 8888 0 55 111111 7 0000000 7777777777777777 4 77777777777777777777 4 777 1 0 111111 7777 3 55555555 2 44 1 1 1111 7777 777 777 777 777 8888 777 3333333 777 0 777 1 9999 777 1111111 777 777 4444444 888 1 444 6 000000000 11 2
lowQualScore : . . . ............... . ..... . . . ... ..... . .. ...... . .. . ... . ......................................... . . . . ... . . ... . . ... ... .. ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ...... . ... ...... . .... . ... . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ...... ... . .. ... . ............ . ................................................ ..... . .. . ....... ... . . . .......... .. .. . . ....... .. . ... .. ... ... . .... . . .......................... .. ... .. .... . .. ...... . ....... ................ . .................... . ... . . ...... .... . ........ . .. . . .... .... ... ... ... ... .... ... ....... ... . ... . .... ... ....... ... ... ....... ... . ... . ......... .. .
lowQualScore : 0 0 0 000000000000000 5 00000 0 0 0 222 00000 0 99 444444 4 99 2 888 0 22222222222222222222222222222222222222222 0 2 2 0 000 0 0 000 0 0 555 555 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 000000 0 000 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 88888 4 000000 000 0 88 000 4 000000000000 0 777777777777777777777777777777777777777777777777 33333 4 77 7 0000000 000 9 0 7 9999999999 77 22 0 0 5555555 22 1 888 00 888 888 0 6666 6 0 77777777777777777777777777 55 444 55 5555 8 55 555555 5 4444444 1111111111111111 0 77777777777777777777 0 000 9 1 555555 1111 4 88888888 0 33 0 6 1111 8888 888 000 000 000 5555 000 8888888 000 7 000 6 5555 000 9999999 000 888 1111111 888 7 333 0 000000000 22 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAATNAGTAGTAGTAATAGTAGCGGTAGCNAGTAGTAGTAGCAGTA---ATAGTAGTAGNAGT--AGTAGTAG------TAGTAGTAG--TAGAAGTAGTA---GCAGTAG-TAG---TG-T--------GTANTAG-AANA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A----TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGC---A---GCAGTAGNAGTA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--A-A-GTAA--TAGTAGT----AATA--GCA------GCGGAA--GT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAG-TAGTAGTAG---TAGCAGCAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGAAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-ANCAGTA---GT---A---GT---AG----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AGT---AGTAG---T---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAGTNAGTAGTAGTAATAGTAGCGGTAGCNAGTAGTAGTAGCAGTA---ANAGTAGTAGNAGT--AGTAGTAG------TAGCAGTAG--TAGAAGTAGTA---GCAGCAG-TAG---TG-T--------GTAGTAG-AANA--------A---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A----TTAGAAGT---AGTAGNAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGC---A---GCAGTAGNAGTA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--A-A-GTAA--TAGTAGT----AATA--GCA------GCGGAA--GT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAG-TAGTAGTAG---TAGCAGCAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGAAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-ANCAGTA---GT---A---GT---AG----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AGT---AGTAG---T---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCA---ACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTAATAGTAGCAA-AGCAAGTAGTAGTAGCAGTA---AGAGCAACAAAAGT--AGTAGTAG------TATCAGCAG--CAAAAGTGGTA---CCAGCAGATAAATATT-T--------GTAATAA-AAAA--------AAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAGAAG---TAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAA---A------GTA-----TCAGTAGTAGTAA-CAG-AA---TTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAGCATAAGTATAAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAGC---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------T------AGTG---ATAG--TA--A-A-TAAA--TAGTAGT----AACA--GCG------GCAGAA--GT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAG-TATTAGAAT---TAGCAGAAGAAGT------AGTT---ATAGCACC------AGAAG-TAGAAGTAGCACGGAAGTATA-AA---TA---GT---A---GT---AG----CAGCAACAGCAAAAGTTGTA---G---AAATAG---CATC---AGAAGA---AGT---AATAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA---ATAATAGC------AGTAT-TAGAAGTAGCA-G-AAGTA-------GCA---CT---A---GT---AA----CAA---TAGCAGAAGCAGTA---C---TAGTAG---CAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT------AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT---A-----------------CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----ACAGTAGTGGTAA-TAG-------TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtTGGTAGT---ATCA---------TCA-----GTA------ATAGATATG------GTG-----GAAGTAATA-TAA-CAT-AATTGTTAGTAGTTTTAGTAGTAGCTGTAG------GA-GTAG-A--GTAGTAGAAGTA-A-T---ATT--AGATTAA---TATTAGTAGC---A---ACAGata
gi|13 : ttgtatAGTAACAGTAATAGTAGTGGTA--TAGTAATAGTA-CAGTA---TTAGTGGTAGAAAG--AATAATAG------TA-TAGTTG--TATAGGTAGAA---GTGGTAA-TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtaat-TAGTAGTAGTAT-----CATT-ATCATTA---TT---A---GT---AG----TAG---CAGTAGTAGTAGTA---A---CAACAG---CAGT---AGCAGC---AGT---AGTAG---T---GGTAA---TAGTAGAA---G--T-A--GTA---GTAGTGGTATT--ATTAT---TAT---TAATAGT
gi|15 : ACA-AGATATATAGCAGTA---GT---A---GTATCAG----CAG---CAGCAGAAGTAGTA---A---TAGGGG---CAGCAATAAAAGT---AGT---AGTAA---C---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--gttat
gi|15 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatAGCAGTAGTAGTA---T---CAGCAG---CAGC---AGAAGT---AGT---AATAG---G---GGCAG---CAATAAAA---G--TA---GTA---GTAACAGCACC--A
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGTAATAGTA----ATAGTAGAT-G------T--------TG---CTGT--TG--A-A-GTAA--TAGTAAT----AATT--GCA------GTAGAA--GA---AGTT-----GT----------T--GCA-G---T--------T--G----TAG-TAGAAGTAG---TAGTAGAGGAAAT------AGTA---GTAGTAAT------AGAccagaaataa
gi|19 : A--A-A-GTAC--TAGTAGTGGTGGATATTGTA------GCAGAACTCT---AGAA-----GCA--GT----AACAGGA-A---AAGT----AC--AT---TAG-TAGTGGTAGTTATAGCAACAGAAGA------AG-----A-AGTAAG------AGCAG-TAtaatg
gi|2 : aAGTAGT------GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGA---G------GTA-----GTAGCGGT------CAT-A----TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAGTAAAAATATA-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAGC---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAAT------ATTG---G-AGAATA--A-A-GAAA--TCGCAGC----CATT--GTA------GCTTAA--AC---AGTG-----ACA--GA----ACCATTATG---T-GA----AA--G----AAG-CAGTAGTCA---CATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCCATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAAT--TAC---AGTATA-AGCCATA---GC---A---GT---AA----CAG---TAGCAGAAGCAGAA---GCCGTAGTTG---TAGT---ATAAGTTAAAGC---AGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGAA---G---AA--GAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTA
gi|22 : GCAATAGTAGCAGTT---AAAGTAGTAGAAGTGGGGCAGTAG------TAGCAGTAGAATAGAAATAGTAGTTGTAGCTG-TAG---Tgca
gi|23 : TAGCAACAAC-AGTATTAGTAGCAGTATTAATACTAGTATTAGT--AGTAATAG------TGGTTGTAG--TAAAAGTAGTA---tttaata
gi|24 : AG--TA--ATA-ATAA--TTTTAGT----AATA--GCA------GT---A--TT---AGTA-----TTA--GT----ATTAATA-G---TAGT----A---G----TAGTTAGTAATAG---TAGaga
gi|24 : aaaTAGTAATAGCAGTA---TTAGTATTAGTATT--AATAGTAG------TAGTAGT----TAGTAATAGTA---G
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataaAGAAGTAATAATA---ATAGTAGTAGAAGT--AGTAGTAA------GAGTAGTAA--TAAAAGCAGTG---GC
gi|27 : tgaAG---TACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTA
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAGCTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------T------GGTA---TTAG--CAG-A-A-GTAA--TAGTAG------A-A--GCA------GCTGAA--GA---AGTA-----ATA--AT----ATCAGCA-G---CAAA----AT-------TAG-TATTCGTAG---CAGCAGTAAAAGT------AGTT---G-AGNNNN------NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-NNTAGAA---GTACCA---TT---AG----TAG---TAACTGAAATAGTAGTTG---TAGTAGTTCCAGC---ATAGGT---AGT---TGTAG---T---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAA---ATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAA-GAT-A----TTCGAAAT---A-----AAATATATT---T-AA-ACA--A--ACAGCAAGAGTA-G-T---GGT--AC--------CATAAGTAGC---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------T------ACC------AA--TA--A-A-GNNN--NNNNNNN----NNNN--NNN------NNNNNN--NN---NNNN-----NNN--NNNNAAATCAACA-G---TTGA----A---G----AAG-TAATACTAG---TAGCAGCA----T------A--T---ATAGTACT---------AG-TAGCAGCAGCA-G-AAGT-------AGTA---GT---A---GT---AGAATCCAG---CAACAAAAATAGTA---G---TAGTA----CA--------------AGC---AGTAG---C---AGCAG---CAGCTGAA---G--T-A--GTG---GTAGTAGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGA---A------GCA-----GTAGTAATAGCAA-AAGCA----TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAACAGAAGTAGT-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAGT---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------T------ACTG---G-AA--TA--A---TTAA--TAGTAGT----AGTA--GTA------GTAGAA--GT---AGTA-----GTA--AC----AGCAGCA-GAAATAGT-----T--G----TAG-TAGTAGCAG---TAGTAATAGAAGC------AGTC---AAAGTAGT------AGTAT-CAGCAGT
gi|5 : T---G---GT---GA----TAA---CGGTAGACGTGGTA---A---CAATTG---TAAC---AGAAGT---AAC---AGTAG---T---ATCAA---AAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAA---CAATTGTAAC---A---GAAGTAACAGTA----GTATCAAAA-G------TTTCCCTAATGACTGTAG--AA--A-ATGTAAAACAGCAGT----AAGA--GCAAAACTCGTGTAG--GTTACAGTA-----ATACAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTAT--GGTTGTAG-TAGCAATAA---TATCAGCAGTAGT------CGTT---ATTGTTGC------AGAAG-CAGCAATAAC-----AGCATA-ATCAGTAAGCGT---ATTGGT---TG----CAA---CATCAGAAGTAGTttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtgA-----GTAGTAATA-TAAGCTGTA----ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA--ATAAATATA-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA-------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------T------AATT---GT-G--TAGGA-G-GTAA--TAGTAGT----AATA--ATA------GCGGAA--GC---TGCAAAGGCGTA--------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAG-TTGTAGAAG---TAGAAGCGGAA-C------AATT---ATTCCAG--------GAAA-TAGAAGTAG-AAG-AAGTGTA-A
gi|7 : AACCAGTGGTAGTAGCAGCA---------GTACCGGT--AGTAACTG------TAGCAATAT--CAGTAGCAATA---GCAATAC-CGG---TGCT--------GCAGTAGTAATATCATTATTA---T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGGAAG---TAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCA------------GTAGTCATAGTA-----TTAGTAGTAGTAATTGTAGCAGTAG-AAGTTGTGGTGGTGGTA---GAAGTAGTAGTAGT--TGTAGTAGAAGTGCTGGTGATAG--TATAAGAAGTA---ATAGTAG-TGA---TG-TTGATATTGGTGTTGG-TAGA--------A---G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAGAAA---TACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-AACAGCA---GC---A---GC---AG----TAG---AAGTAGTAGTAGTA---G---TGTTAA---CAGC------------------AGTGG---C---AGCAG---CAGTAGTA---G--T-A--GTA---GTAGAA--AT---AGTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTGTTAACAGCAGTGG---CAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGTAG---AAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666 2222 1 22222222 111 111111111111 111111 111111 55555555555555555555555555555555 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222 111 222222 1111 111 333333333 11111 2222222222 2222 11111 222 111 444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 11 2222222 222 3333333333 1111111 1111 1 33333333333333333333333333 11 11111 111111 1111111 11111 33333333 4444444444444444444444 111111 111111111 111 1111111 11111111 1111111 1111111 11111111111 111 11 222222222 1
lowQualScore : 1 1 1 777777777777777 2 4444 4 99999999 8 4 1 444 777 111111111111 1 111111 777 55 4 666666 5 44444444444444444444444444444444 1 1 0 1 444 1 1 444 1 1 777 777 22 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 333333 6 444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 8 5 1 0 55555 3333333333 6 99 2 6 0000 11111 333 1 44 444 1 111111111111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000 44444 0 33 5 8888888 000 5 6 1 1111111111 77 99 1 1 8888888 99 888 22 888 1 2222 0 5 22222222222222222222222222 11 5 66 00000 00 66 444444 3 1111111 22222 22222222 0000000000000000000000 888 0 222222 777 4 666666666 3 44 1 1 777 0 6666 888 0000000 55555555 4444444 777 1 99999 777 777 2222222 777 0 33333333333 000 11 9 555555555 11 2
lowQualScore : . . . ............... . .... . ........ . . . ... ... ............ . ...... ... .. . ...... . ................................ . . . . ... . . ... . . ... ... .. ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ...... . ... ...... . .... . ... . ......... . . . . ..... .......... . .. . . .... ..... ... . .. ... . ............ . ................................................ ..... . .. . ....... ... . . . .......... .. .. . . ....... .. ... .. ... . .... . . .......................... .. . .. ..... .. .. ...... . ....... ..... ........ ...................... ... . ...... ... . ......... . .. . . ... . .... ... ....... ........ ....... ... . ..... ... ... ....... ... . ........... ... .. . ......... .. .
lowQualScore : 0 0 0 000000000000000 5 5555 0 00000000 0 8 7 666 888 333333333333 0 555555 000 55 4 444444 7 55555555555555555555555555555555 0 2 2 0 000 0 0 000 0 0 555 555 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 000000 0 000 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 4 0 8 00000 3333333333 7 22 2 7 8888 88888 333 0 88 000 4 000000000000 0 777777777777777777777777777777777777777777777777 33333 4 77 7 0000000 000 4 6 6 9999999999 77 22 0 0 5555555 22 888 00 888 0 1111 1 7 44444444444444444444444444 99 0 99 99999 44 99 444444 6 4444444 55555 11111111 9999999999999999999999 888 2 888888 888 8 444444444 2 88 0 0 999 2 6666 888 9999999 33333333 7777777 888 9 88888 888 888 6666666 888 3 99999999999 000 00 8 888888888 22 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AGTAGCAGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGTAGTAGTAG------TAGTAGTAGTAGAAGTA---GTA--G-TAG------TAG-TAA---TAT--------GTATTAG-ANAA---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGTAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A----TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGCA---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AA-GTAA--TAGTAGT----AATA--GCA------GCGGAA--GT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAGTAGTAGTAG---TAGCAGCAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGNAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-AGCAGTA---GT---A---GTA---G----CAGCAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AGC---AGTAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAATNAGTAGTAGTA--------AT-AGTAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGTAGTAGTAG------TAGTAGTAGTAGAAGTA---GTA--G-CAG------TAG-TAG---TGT--------GTANTAGAANAA---T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAGAAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A----TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGCA---GCAGTAGNAGTA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AA-GTAA--TAGTAGT----AATA--GCA------GCGGAA--GT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAGTAGTAGTAG---TAGCAGCAGAAGT------AGTT---ATAGTAGC------AGAAG-TAGNAGTAGCACG-AAGTATA-ANCAGTA---GT---A---GTA---G----CAGCAGCAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---CAGC---AGAAGT---AGT---AGTAG---T---AGCAG---CAGTAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCA---ACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTA--------AT-AGTAGCAA-AGCAAGT---AGTAGTAGCAGTA---AG---A---GCAACAAAAGTAGTAGTAG------TATCAGCAGCAAAAGTG---GTA--C-CAG------CAGATAAATATTT--------GTAATAAAAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAGAAG---TAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAA---A------GTA-----TCAGTAGTAGTAA-CAG-AA---TTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAGCATAAGTATAAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAGCA---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------T------AGTG---ATAG--TA--AA-TAAA--TAGTAGT----AACA--GCG------GCAGAA--GT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAGTATTAGAAT---TAGCAGAAGAAGT------AGTT---ATAGCACC------AGAAG-TAGAAGTAGCACGGAAGTATA-AATAGTA---GT---A---GCA---G----CAACAGCAAAAGTTGTA---G---AAATAG---CATC---AGAAGA---AGT---AATAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA---ATAATAGC------AGTAT-TAGAAGTAGCA-G-AAGTA-------GCA---CT---A---GTA---A----CAATAGCAGAAGCAGTA---C---TAGTAG---CAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT------AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT---A-----------------CTAGTA------ACAGA---A------GTA-----ACAGTAGTGGTAA-TAG-------TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtTGGTAGT---ATCA---------TCA-----GTA------ATAGATATG------GTG-----GAAGTAATA-TAA-CAT-AATTGTTAGTAGTTTTAGTAGTAGCTGTAG------GA-GTAG-A--GTAGTAGAAGTA-A-T---ATT--AGATTAA---TATTAGTAGCA---ACAGata
gi|13 : ttgtatAAT-AGTAACAGTA--------AT-AGTAGTGGTA--TAGT---AATAGTA-CAGTA---TT---A---GTGGTAGAAAGAATAATAG------TA-TAGTTGTATAGGTA---GAA--G-TGG------TAA-TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtAGTAGTAGTATCATTATCATTATTAGTAGTAGC-AGT---AGTAGTAGTAACA---AC---A---GCAGTAGCAGCAGTAGTAG------TGGTAATAGTAGAAGTA---GTA--G-TAG------TGG-TAT---TAT---------TATTA
gi|15 : tACA-AGATATATAGCAGTA---GT---A---GTATCAG----CAGCAGCAGAAGTAGTA---A---TAGGGG---CAGCAATAAAAGT---AGT---AGTAA---C---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--ttaatagtgttat
gi|15 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatAGCAGTAGTAGTA---T---CAGCAG---CAGC---AGAAGT---AGT---AATAG---G---GGCAG---CAATAAAA---G--TA---GTA---GTAACAGCACC--A
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacaagatatatGTAATAGTA--------AT-AGTAGATGTTGCT-GTTGAAGTAATAGTAATA---AT---T---GCAGTAGAAGAAGTTGTTG------CAGTTGTAGTAGAAGTA---GTA--G-TAGAGGAAATAG-TAG---TA---------GTAATAG-ATAA---T-ccagaaataa
gi|19 : A--AA-GTAC--TAGTAGTGGTGGATATTGTA------GCAGAACTCT---AGAA-----GCA--GT----AACAGGA-A---AAGT----AC--AT---TAGTAGTGGTAGTTATAGCAACAGAAGA------AG-----A-AGTAAG------AGCAG-TAg
gi|2 : aAGTAGT------GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGA---G------GTA-----GTAGCGGT------CAT-A----TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAGTAAAAATATA-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAGCATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAAT------ATTG---G-AGAATA--AA-GAAA--TCGCAGC----CATT--GTA------GCTTAA--AC---AGTG-----ACA--GA----ACCATTATG---T-GA----AA--G----AAGCAGTAGTCA---CATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCCATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAAT--TAC---AGTATA-AGCCATA---GC---A---GTA---A----CAGTAGCAGAAGCAGAA---GCCGTAGTTG---TAGT---ATAAGTTAAAGC---AGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGAA---G---AA--GAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTA
gi|22 : -GCAATAGTAGCAGTTAAAGT----AGTAGAAG---TG--G--GG-CAGTAGTA--GCAGTAG-AA----TAGAAA-T---AGTAGTTGTAGCTGTAGTgca
gi|23 : TAGCAACAAC-AGT---ATTAGTAGCAGTATTAAT---A---CTAGTATTAGTAGTAATAG------TGGTTGTAGTAAAAGTA---GTA--tttaata
gi|24 : AGTAATAATA---ATTTTA---GTAATAGCAGTATTAGTAT------TAGTATTAATAGTAGTA---GTA--GTTAG------TAA-TAG---Taga
gi|24 : aaaT---AGTAATAGCAGTA---TT---A---GTATTAGTATTAATAGTAG------TAGTAGT--TAGTAATA---GTA--G-ag
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataa---AGAAGTAATAATA---AT---A---GTAGTAGAAGTAGTAGTAA------GAGTAGTAATAAAAGCA---GTG--G-C
gi|27 : tgaAG---TACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTA
gi|3 : aatAGCAG---CAGTAGCTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------T------GGTA---TTAG--CAG-AA-GTAA--TAGTAG-----A--A--GCA------GCTGAA--GA---AGTA-----ATA--AT----ATCAGCA-G---CAAA----AT-------TAGTATTCGTAG---CAGCAGTAAAAGT------AGTT---G-AGNNNN------NNNNN-NNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-NNTAGAA---GTACCA---TTA---G----TAGTAACTGAAATAGTAGTTG---TAGTAGTTCCAGC---ATAGGT---AGT---TGTAG---T---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAA---ATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAA-GAT-A----TTCGAAAT---AA-AATA----TATT---T-AA-ACA--A--ACAGCAAGAGTA-G-T---GGT--AC--------CATAAGTAGCA---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------T------ACC------AA--TA--AA-GNNN--NNNNNNN----NNNN--NNN------NNNNNN--NN---NNNN-----NNN--NNNNAAATCAACA-G---TTGA----A---G----AAGTAATACTAG---TAGCAGCA----T------A--T---ATAGTACT---------AG-TAGCAGCAGCA-G-AAGT-------AGTA---GT---A---GTA---GAATCCAGCAACAAAAATAGTA---G---TAGTA----CA--------------AGC---AGTAG---C---AGCAG---CAGCTGAA---G--T-A--GTG---GTAGTAGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGA---A------GCA-----GTAGTAATAGCAA-AAGCA----TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAACAGAAGTAGT-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAGTA---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------T------ACTG---G-AA--TA--A--TTAA--TAGTAGT----AGTA--GTA------GTAGAA--GT---AGTA-----GTA--AC----AGCAGCA-GAAATAGT-----T--G----TAGTAGTAGCAG---TAGTAATAGAAGC------AGTC---AAAGTAGT------AGTAT-CAGCAGT
gi|5 : T---G---GTG---A----TAACGGTAGACGTGGTA---A---CAATTG---TAAC---AGAAGT---AAC---AGTAG---T---ATCAA---AAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAA---CAATTGTAACA---GAAGTAACAGTA----GTATCAAAA-G------TTTCCCTAATGACTGTAG--AA--AATGTAAAACAGCAGT----AAGA--GCAAAACTCGTGTAG--GTTACAGTA-----ATACAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTAT--GGTTGTAGTAGCAATAA---TATCAGCAGTAGT------CGTT---ATTGTTGC------AGAAG-CAGCAATAAC-----AGCATA-ATCAGTAAGCGT---ATTGGTT---G----CAACATCAGAAGTAGTttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtgA-----GTAGTAATA-TAAGCTGTA----ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA--ATAAATATA-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA----A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------T------AATT---GT-G--TAGGAG-GTAA--TAGTAGT----AATA--ATA------GCGGAA--GC---TGCAAAGGCGTA--------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAGTTGTAGAAG---TAGAAGCGGAA-C------AATT---ATTCCAG--------GAAA-TAGAAGTAG-AAG-AAGTGTA-A
gi|7 : AACCAGT---GGTAGTAGCAGCA---GT---ACCGGTAGTAACTGTAGCAATAT------CAGTAGCAATAGCAATACCGGTGCTG-CAG------TAG-TAA---TAT---------CATTA---TTA---T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGGAAG---TAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCA------------GTAGTCATAGT-----ATTAGTAGTAGTA--------AT-TGTAGCAGTAG-AAGT---TGTGGTGGTGGTA---GA---A---GTAGTAGTAGTTGTAGTAGAAGTGCTGGTGATAGTATAAGAA---GTA--A-TAG------TAG-TGA---TGTTGATATTGGTGTTGGTAGAA---G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAGAAA---TACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-AACAGCA---G-------------------CAGCAGTAGAAGTAGTA---G---TAGTAG---T-GT--------T---AAC---AGCAG---T---GGCAG---CAGCAGTA---G--TA---GTA---GTAGTAGAAAT--AGTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGTGTTAACAGCAGTGG---CAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGTAG---AAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666 222 1 22222222 22222222 1111111111 666666666666666666666666666666 111 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222 111 222222 1111 111 333333333 1 222222 1111111111 11 22222 111111 111 111 444444444444 66666666666666666666666666666666666 222222 11111 11 2222222 111 3333333333333333 11 1111111 11 111 1111111 1111 1 333333333333333333333333333333 111111 1111 11111 33333333 44444444444444444444 111111 22222 22222 2222222222222 111111111 33333333333333333333333 111 111111 222 222 2222 1
lowQualScore : 1 1 1 777777777777777 2 222 0 44444444 6 5 0 0 99999999 999999 4444444444 3 1 44 999999 44 0 555 44 4 4 999999999999999999999999999999 3 1 1 444 111 44 2 3 111 1 1 444 444 222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 333333 6 444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 0 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 2 99 55555 1 777777 444 1 44 444 1 111111111111 0 11111111111111111111111111111111111 333333 66666 00 0000000 111 7 0000000000000000 8 11 3 1 7777777 11 0 000 22 1111111 0 1 2222 0 5 333333333333333333333333333333 55 77 1 5 666666 3 0000 44444 99999999 5 00000000000000000000 0 1 0 444444 11111 777 1 1 5 1 22222 1 9999999999999 888 777 333333333 777 1 22222222222222222222222 888 888 000 222222 0 77 333 0 000 9 0000 1 1 11 5
lowQualScore : . . . ............... . ... . ........ . . . . ........ ...... .......... . . .. ...... .. . ... .. . . .............................. . . . ... ... .. . . ... . . ... ... ... ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ...... . ... ...... . .... . ... . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ...... ... . .. ... . ............ . ................................... ...... ..... .. ....... ... . ................ . .. . . ....... .. . ... .. ....... . . .... . . .............................. .. .. . . ...... . .... ..... ........ . .................... . . . ...... ..... ... . . . . ..... . ............. ... ... ......... ... . ....................... ... ... ... ...... . .. ... . ... . .... . . .. .
lowQualScore : 0 0 0 000000000000000 5 555 0 22222222 7 7 4 1 11111111 666666 6666666666 3 0 66 666666 66 6 444 22 0 0 555555555555555555555555555555 3 0 0 000 777 77 2 3 777 0 0 000 000 777 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 000000 0 000 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 2 00 88888 4 000000 000 0 88 000 4 000000000000 8 00000000000000000000000000000000000 000000 77777 88 5555555 777 8 7777777777777777 2 00 2 0 8888888 00 4 000 00 0000000 4 3 1111 1 7 999999999999999999999999999999 99 99 6 0 444444 3 4444 33333 44444444 7 66666666666666666666 6 7 7 444444 22222 000 0 0 0 0 55555 8 8888888888888 888 888 666666666 888 1 11111111111111111111111 888 888 000 444444 1 99 333 8 222 8 8888 2 2 22 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTANAAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCGGTAGCN-----AGTAGTAGTA------GCAGTA----ATA---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAG------TAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG-TAG-TAA-TAT--------GTATTAG-ANNA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAG---AAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGC---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AA-GTAA--TAGTAGTAATAGCA------GCGGAAGT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----AT--G----TAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGTAGAAG-TAGCA--CG-AAGTATA-AG---C------AGTA---GTA---GT---AG----CAG---CAGCAGAAGTAGTAGTAGTAGCA---------GC---AGAAG---TAGC---AGTAGT---AGCAG---CAGCAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTATTA---GTAGTAGTATCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTAAAAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCAGTAGCN-----AGTAGTAGTA------GCAGTA----ATA---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAG------TAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG-TAG-TAA-TAT--------GTATTAG-ANAA----T-TATNAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAG---AAG---TANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTANNGGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGTAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAGCANAAGTATA-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAGC---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------T------ANTG---GTAG--TA--AA-GTAA--TAGTAGTAATAGCA------GCGGAAGT---AGTA-----GTA--GT----ATCAGCA-G---TAGN----AT--G----TAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGTAGNAG-TAGCA--CG-AAGTATA-AG---C------AGTA---GTA---GT---AG----CAG---CAGCAGAAGTAGTAGTAGTAGCA---------GC---AGAAG---TAGC---AGTAGT---AGCAG---CAGCAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTATTA---GTAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCA---ACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCAA-AGCA-----AGTAGTAGTA------GCAGTA----AGA---GC-AACAAAAGT--AGTAGTAG------TATCAGCAG--CAAAAGTG---GTA--CCAG-CAGATAAATATTT------GTAATAA-AAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAG---AAG---TAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTAGTAGTAA-CAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAGCATAAGTATAAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAGC---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------T------AGTG---ATAG--TA--AA-TAAA--TAGTAGTAACAGCG------GCAGAAGT---AGTA-----GTA--AT----ATCAGCA-G---TAGA----ATTTG----TAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT-----ATAGCACCAGAAGTAGAAG-TAGCA--CGGAAGTATA-AA------------TA---GTA---GT---AG----CAGCAACAGCAAAAGTTGTAGAAATAGCA---------TC---AGAAG---AAGT---AATAGT---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAATAA---GTAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA-----ATAATAGCAGTATTAGAAG-TAGCA---G-AAGTA----------------GCA---CTA---GT---AA----CAA---TAGCAGAAGCAGTACTAGTAGCA---------AC---AGAAG---AAGTGTTAATAGTTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-ATT----GTAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT------AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT------------------A--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTAGTGGTAA-TAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtAGTA--------AT-AGATA-TGGTGG-A-----AGTAATA-TA------ACA-TA----ATT---GTTAGTAGTTTT--AGTAGTAG------CTGTAGGAG--TAG----A---GTA--GTAG-AAG-TAA-------------TATTAG-ATTA----A-TATTAGTAGCAACAGata
gi|13 : ttgtattggtagtatcatcAAT-AGTAACAGTA--------AT-AG-TAGTGGTA--T-----AGTAATAGTA-------CAGTA----TTA---GT-GGTAGAAAG--AATAATAG------TA-TAGTTG--TATAGGTA---GAA--GTGG-TAA-TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtT-AGTAGTAGTATCATTATCATTAT-TAGTAGTAGC------AGTAGTAGTA------GTAACA----ACA---GC-AGTAGCAGC--AGTAGTAG------TGGTAATAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG-TGG-TAT-TAT---------TATTA
gi|15 : A--CA-AGATATATAG---C------AGTA---GTA---GTATCAG----CAG---CAGCAGAAGTAGTAATAGGGGCA---------GCAATAAAAG---TAGT---AGTAAC---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--ttaatagtgttat
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatGTAATAGTA--------AT-AG-TAGATGTTGCTGTTGAAGTAATAGTAATAATTGCAGTAGAAGA-A---GT-TGTTGCAGT--TGTAGTAG------AAGTAGTAG--TAGAGGAA---ATA--GTAG-TAG-TAA-TA
gi|19 : AAAAGTA---CTA--GTAG-TGG-T--------------GGAT-------A----T-T----GTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAACAGGAAAAG---TAC-------AT---TAGTAGTGGTAGTTATAGCAACAG---AAGAA---GAAGTAAGAGCAGTgataatg
gi|2 : AGTAGT------GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCGGT------CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAGTAAAAATATA-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAGC---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAAT------ATTG---G-AGAATA--AA-GAAA--TCGCAGCCATTGTA------GCTTAAAC---AGTG-----ACA--GA----ACCATTATG---T-GA----AA--G----AAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCC--ATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAATTA-CAGTATA-AG---CCATAGCAGTA---ACA---GT---AG----CAG---AAGCAGAAGCCGTAGTTGTAGTATAAGTTAAAGC---AGAAAAGTTGGC---TATAGT---AGAAG---AAGAAAAC---A--TGA--GTATATGTAGC--CAT---AGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTAGCa
gi|22 : GCAATAGTA------GCAGTT----AAA---GT-AGTAGAAGTGGGGCAGTAG------TAGCAGTAGAATAGAAATA---GTA--GTTG-TAG-a
gi|23 : -TAGCAACAAC------AGTATTAGTA------GCAGTATTA-ATA---CT-AGTATTAGT--AGTAATAG------TGGTTGTAG--TAAAAGTA---GTA--ctgtagttttaata
gi|24 : AGTA------ATAATA----ATT---TT-AGTAATAGC--AGTATTAG------TATTAGTAT--TAATAGTA---GTA--GTAGTTAG-TAA-TA---------GTAaga
gi|24 : aaaTAGTAATA------GCAGTA----TTA---GT-ATTAGTATT--AATAGTAG------TAGTAGT----TAGTAATA---GTA--Gg
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataaAGAAGTA------ATAATA----ATA---GT-AGTAGAAGT--AGTAGTAA------GAGTAGTAA--TAAAAGCA---GTG--G
gi|27 : tgaAG---TACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTAc
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAGCTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------T------GGTA---TTAG--CAG-AA-GTAA--TAGTAG--A-AGCA------GCTGAAGA---AGTA-----ATA--AT----ATCAGCA-G---CAAA----AT-------TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NN-NNNTAGA-AGTACC------ATTA---GTA---GT---AA----CTG---AAATAGTAGTTGTAGTAGTTCCA---------GC---ATAGG---TAGT---TGTAGT---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAA-GAT-A-TTCGAAAT---AA-AATA----TATT---T-AA-ACA--A--ACAGCAAGAGTA-G-T---GGT--AC--------CATAAGTAGC---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------T------ACC------AA--TA--AA-GNNN--NNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNN---NNNN-----NNN--NNNNAAATCAACA-G---TTGA----A---G----AAGTAATACTAGTAGCAGCA----T------A--T-----ATAGTA-C--TAGTAGCAG-CAGCA---G-AAGT----------------AGTA---GTA---GT---AGAATCCAG---CAACAAAAATAGTAGTAGTA-CA-----------------------AGC---AGTAGC---AGCAG---CAGCTGAA---G--T-A--GTG---GTAGTAGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTAATAGCAA-AAGCA-TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAACAGAAGTAGT-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAGT---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------T------ACTG---G-AA--TA--A--TTAA--TAGTAGTAGTAGTA------GTAGAAGT---AGTA-----GTA--AC----AGCAGCA-GAAATAGT-----T--G----TAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC-----AAAGTAGTAGTATCAGCAG-T
gi|5 : TG---GT---GA----TAA---CGGTAGACGTGGTAACAATTGTA---------AC---AGAAG---TAAC---AGTAGT---ATCAcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|5 : GTAA---CAATTGTAAC---A---GAAGTAACAGTA----GTATCAAAA-G------TTTCCCTAATGACTGTAG--AA--AATGTAAAACAGCAGTAAGAGCAAAACTCGTGTAGGTTACAGTA-----ATACAGTTATCATCAGCA-G---TGGCCGTTAT--GGTTGTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT-----ATTGTTGCAGAAGCAGCAA-TAAC-------AGCATA-AT---C------AGTAAGCGTATTGGT---TG----CAA---CATCAGAAGTAGTaaagtttccctaatgactgtagaaaatgtaaaacagcagtaagagcaaaactcgtgtaggttacagtaatacagttatcatcagcagtggccgttatggttgtagtagcaataatatcagcagtagtcgttattgttgcagaagcagcaataacagcataatcagtaagcgtattggttgcaacatcagaagtagt
gi|6 : tggtgataacggtagacgtgA-----GTAGTAATA-TAAGCTGTA-ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA--ATAAATATA-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA-------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------T------AATT---GT-G--TAGGAG-GTAA--TAGTAGTAATAATA------GCGGAAGC---TGCAAAGGCGTA--------ATTAGTA-C---TGGT----G---G----TAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT-----ATTCCAG--GAAATAGAAG-TAG-A--AG-AAGTGTA-A
gi|7 : AACC-----AGTGGTAGTA------GCAGCA----GTACCGGT-AGTAACTGT--AGCAATAT------CAGTAGCAA--TAGCAATACCGGTGCTGCAG-TAG-TAA-TAT---------CATTA---TTA----T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGG---AAG---TAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCA------------GTAGTCATAGTAT----T-AGTAGTAGTA--------AT-TG-TAGCAGTAG-A-----AGTTGTGGTG------GTGGTA----GAA---GT-AGTAGTAGT--TGTAGTAGAAGTGCTGGTGATAG--TATAAGAA---GTA--ATAG-TAG-TGA-TGTTGATATTGGTGTTGGTAGAA----G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAG---AAA---TACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTATA-AA---C------AGCA---G----------------CAG---CAGTAGAAGTAGTAGTAGTAGT----------GT-----------TAAC---AGCAGT---GGCAG---CAGCAGTA---G--TA---GTA---GTAGTAGAAAT--AGTATTA---GTTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
gi|9 : -TATAAACAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTAGTAG---TAGTGTTAACAGCAGTGG---CAGCAGCAGTAGTAGTAGTAGTAG---AAATA---GTATTAtatttacttttgttgccccaaaatattataaatacctatcttttcagaaagaaatggcaaaaatgttaataacgattacatgccggattacatgccggaactgcatatct
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 33333 11 1 11 22222222 1111 111111 111 555555555555555555555 11111111 111111 111 111111 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222 111 222222 1111 111 333333333 1 222222 1111111111 11 22222 111111 111 111 444444444444 66666666666666666666666666666666666 222222 11111 11 2222 111 22222222222 1111 33333333333333333 111 1111111111 1111 11111111 222222222222 1111111111 33333333333 111111 22222 222222 11111111 111 11111 111 1111 1111111 111 1111111111111111111 111 222222222 1
lowQualScore : 1 1 1 44444 88 4 2 5 55 33 44444444 6 5 33 0 5555 666 999999999999 1 44 444 555 44 111111 111 99 999999999999999999999 3 3 1 77777777 999999 44 3 111 1 999999 111 1 444 444 2 444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 333333 6 444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 0 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 55555 1 777777 444 1 44 444 1 111111111111 0 11111111111111111111111111111111111 333333 66666 11 5 3333 000 5 0 999 77777777777 7 99 2222 1 33333333333333333 1 0 000 22 4444444444 33 0 2222 2 6 88888888 1 444444444444 1 77 1 5 0 8888888888 5 55555555555 0 1 444444 11111 1 1 5 555555 1 1 4 88888888 888888888 888 000 0 44444 000 1111 3333333 111 9999999999999999999 0 444 9 555555555 88 2
lowQualScore : . . . ..... .. . . . .. .. ........ . . .. . .... ... ............ . .. ... ... .. ...... ... .. ..................... . . . ........ ...... .. . ... . ...... ... . ... ... . ... . . ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ...... . ... ...... . .... . ... . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ...... ... . .. ... . ............ . ................................... ...... ..... .. . .... ... . . ... ........... . .. .... . ................. . . ... .. .......... .. . .... . . ........ . ............ . .. . . . .......... . ........... . . ...... ..... . . . ...... . . . ........ ......... ... ... . ..... ... .... ....... ... ................... . ... . ......... .. .
lowQualScore : 0 0 0 00000 00 0 5 0 00 22 22222222 7 7 11 1 6666 444 222222222222 0 66 888 444 22 555555 000 11 444444444444444444444 2 2 0 00000000 222222 77 3 777 0 222222 777 0 000 000 2 000 0 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 000000 0 000 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 88888 4 000000 000 0 88 000 4 000000000000 8 00000000000000000000000000000000000 000000 77777 00 7 7777 000 4 4 999 66666666666 8 22 7777 0 77777777777777777 7 4 000 00 7777777777 00 4 1111 3 6 00000000 0 777777777777 6 99 6 6 4 7777777777 7 66666666666 6 7 444444 22222 0 1 0 777777 5 8 4 44444444 999999999 888 000 6 77777 000 4444 1111111 777 9999999999999999999 2 000 8 888888888 00 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGCTAACGTCANAGTANTAGCAGTAGNAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANT---AG---AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTGGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GT---AGCAGCAGCAGAAGTAGTA---GTAGTAGCAGC---AGAAGT---AGT---AGTAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAACTAACGTCAAAGTAGTCGCAGTANAAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ANNA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANT---AG---AAGT------ANCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA------GTA---GTAGNAA---CAG---AAGTA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTAGTAGTAA-CAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANNAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCGGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGTAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GT---AGCAGCAGCAGAAGTAGTA---GTAGTAGCAGC---AGAAGT---AGC---AGTAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---G--TAA--GTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTATCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCA---ACTAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCAA-AGCAAGT---AGTAGTAGCAGTA---AG---A---GCAACAAAAGT--AGTAGTAGTATCAGCAG--CAAAAGTG---GTA--CCAG------CAGA--TAAATATTTGTAATAA-AAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGT---AG---AAGT------AGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTAGTAGTAA-CAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAG---CATAAGTAT-----AAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAG--C---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------TAGTGATA--G--TA--AATAAATAGTAGTAACAGCGGCAGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAATT---T-GTAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT-----ATAGCACCAGAAGTAGAAG-TAGCA--CGGAAGTATA-A----A---TAGTA---GTA---GC---AGCAACAGCAAAAGTTGTA---GAAATAGCATC---AGAAGA---AGT---AATAG---T---AGCAG---CAGCAGAA---GTATAA--GTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA-----ATAATAGCAGTATTAGAAG-TAGCA----GAAGTA--------------GCA---CTA---GT---AACAATAGCAGAAGCAGTA---CTAGTAGCAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT------AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT------------------A--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTAGTGGTAA-TAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtAGTA--------AT-AGATA-TGGTGG-AAGT---AATA-TAACA-TA---AT---T---GT-----TAGT--AGTTTTAGTAGTAGCTG--TAGGAGTA---G-A--GTAG------TAG---AAG-TA---ATATTAG-ATTA----A-TATTAGTAGCAACAGata
gi|13 : ttgtattggtagtatcatcAAT-AGTAACAGTA--------AT-AG-TAGTGGTA--TAGT---AATAGTA-CAGTA---TT---A---GTGGTAGAAAG--AATAATAGTA-TAGTTG--TATAGGTA---GAA--GTGG------TAA---TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtT-AGTAGTAGTATCATTATCATTAT-TAGTAGTAGC-AGT---AGTAGTAGTAACA---AC---A---GCAGTAGCAGC--AGTAGTAGTGGTAATAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TGG---TAT-TAT---TATT------A----T-TAATAGT
gi|15 : A--C-AAGATATATA----G---CAGTA---GTA---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTA---ATAGGGGCAGCAATAAAAGT---AGT---AGTAA---C---AGCAC---CACCAGAA---A--TAA--gttat
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatGTAATAGTA--------AT-AG-TAGATGTTGCT-GTTGAAGTAATAGTAATA---AT---T---GCAGTAGAAGA--AGTTGTTGCAGTTGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAGAGGAAATAG---TAG-TA---GTAATAG-ATAA----T-
gi|19 : AAAAGTA---CTA--GTAG------TGG---TG-------------G-A---------TATT-GTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAAC---AGGAAAAGT------AC-------AT---TAGTAGTGGTA------GTT---ATAGCAA---CAG---AAGAA---GAAGTAAGAGCAGTg
gi|2 : AGTAGT------GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCGGT------CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAG---TAAAAATAT-----A-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAG--C---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAATATTGG-A--GAATA--AAGAAATCGCAGCCATTGTAGCTTAAACAGTG-----ACAGAACCATTATGT-GAA-----A-GAAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCC--ATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAATT-ACAGTATA-A----G---CCATA---GCA---GT---AACAGTAGCAGAAGCAGAAGCCGTAGTTGTAGT---ATAAGTTAAAGC---AGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGAA---G---AA--GAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTAa
gi|22 : GC---AATAGTAGCAGTT---AA---A---GTAGTAGAAGTGGGGCAGTAGTAGCAGTAGAATAGAAATA---GTA--GTTG------TAG---gca
gi|23 : -TAGCAACAAC-AGT---ATTAGTAGCAGTATTAAT---A---CTAGTATTAGT--AGTAATAGTGGTTGTAG--TAAAAGTA---GTA--ctgtagttttaata
gi|24 : AGTAATAATA---ATTTTA---GTAATAGCAGT--ATTAGTATTAGTATTAA--TAGTAGTA---GTA--GT--------TAG---TAA-TA---GTAaga
gi|24 : aaaT---AGTAATAGCAGTA---TT---A---GTATTAGTATT--AATAGTAGTAGTAGT----TAGTAATA---GTA--Gg
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataa---AGAAGTAATAATA---AT---A---GTAGTAGAAGT--AGTAGTAAGAGTAGTAA--TAAAAGCA---GTG--G
gi|27 : tgaAGT------ACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTA------GTA---GTAGAAA---CAG---AAGCA---GTAGTAc
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAG--CTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------TGGTATTA--G--CAG-AAGTAATAGTAG--A-AGCAGCTGAAGAAGTA-----ATAATATCAGCA-GCAAAA-----T--TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-NNNNTAGA-A----GTACCATTA---GTA---GT---AACTGAAATAGTAGTTGTA---GTAGTTCCAGC---ATAGGT---AGT---TGTAG---T---AACAG---CAAGAGCA---G--CAA---TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAA-GAT-A-TTCGAAAT---AA-AATA----TATT---T-AA-ACA--A--ACAG---CAAGAGTA------G-T---GGT--AC--------CATAAGTAG--C---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------TACCAATAAAG--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNAA-ATCAACA-GTTGAA-------GAAGTAATACTAGTAGCAGCATATAT------AGTA-----CTAGTAGCAGCAGCAGAAG-TAGTA----GTAGTAGA-ATCCAG---CAACA---AAA---AT---AGTAGTAGTACAAGCAGTA---GCAGCAGCAGC---TGAAGT---AGT---GGTAG---T---AGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTAATAGCAA-AAGCA-TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAA---CAGAAGTAG-----T-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAG--T---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------TACTGG-A--A--TA--A-TTAATAGTAGTAGTAGTAGTAGAAGTAGTA-----GTAA---CAGCA-GCAGAAATAGTT-GTAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC-----AAAGTAGTAGTATCAGCAG-T
gi|5 : TGGTGATAA-CGG----TAGACGT---GGTAACAATTGTAACAG---AA-GTAACA--GTAGTATCAAAAGTTTCCCTAA-T---G----ACTGTAG---AAAATGTAAAAC---A---GCAGTA-----A----G-AGCAAAA-C------TCGTG-TA--GGTTA--CAGTAATA-CAGT--TATCATCAGCAGTGGCC-----GT--TAT----G-GT---------T-GTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT-----ATTGTTGCAGAAGCAGCAA-TAAC-------AGCATA-A----T---CAGTAAGCGTATTGGT---TGCAACATCAGAAGTAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|6 : A-----GTAGTAATA-TAAGCTGTA-ATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA-----ATAAATAT-----A-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA---------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------TAATTGT---G--TAGGAGGTAATAGTAGTAATAATAGCGGAAGCTGCAAAGGCGTA--ATTAGTA-CTGG-------TGGTAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT-----ATTCCAG--GAAATAGAAG-TAG-A--A-GAAGTGTA-A----
gi|7 : GCAGTATGAGTTGTTTTTACAT---AAGTTATAAAACCAGTGGTAG---TAGCAGCAGTACCGGTAGTAACTGTAGCAATATCAG---TAGCA---ATAGCAATACCGGT
gi|7 : aatatAACCAGT---GGTAGTAGCAGCA---GT---ACCGGTAGTAACTGT--AGCAATATCAGTAGCAA--TAGCAATACCGGTGCTGCAG------TAG---TAA-TAT---CATTA---TTA----T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATT---GG---AAGT------AGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTT------GTA---GTAGAAA---TAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGTgctgcagtagtaatatcattattattattagtagtagttgtagtataagtagtattggaagtagtagcggcagtagttgtagttgtagtagaaatagtaaaagtacgggtagtaatggtagt
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCAG-TA--GTCATAGTATTAGTAGTAGTAATT--GTAGCAGTA--------GA-AG-TTGTGGTGGTG-GT---AGAAGTAGTAGTA---GT---T---GTAGTAGAAGT--GCTGGTGATAGTA-TA----AGAAGTA---ATA--GTAG------TGATGTTGA-TATTGGTGTTGGTAGAA----G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACT---AG---AAAT------ACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTG------GTA---GT
gi|9 : AGTATA-A----A---CAGCA---G------------CAGCAGTAGAAGTAGTA---GTAGTAGT-GT--------T---AAC---AGCAG---T---GGCAG---CAGCAGTA---G--TA---GTA---GTAGTAGAAAT--AGTAT---TAG---TTGTGATATTAGTTGT-AAAGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 444 11 11 22222222 222222222 111111 111 555555555555555555555 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 222222 111 222222 1111 111 333333333 1 222222 1111111111 11 22222 111111 111 111 444444444444 66666666666666666666666666666666666 111111 11111 111 2222222 111 22222222222 1111 33333333333333333 111 1111111111 1111 11111111 222222222222 1111111111 33333333333 111111 22222 222222 111111111 111 111 111 111 111 111 111 1111111 111 111 111111 22222 11 1 444444444
lowQualScore : 1 1 1 555 88 1 1 33 88 00000000 5 5 555555555 555 0 555 7777777 3 1 44 44 555 33 000000 000 55 777777777777777777777 3 1 1 1 777 6 1 3 444 1 2 777 4 777 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 3 333333 6 444 333333 8 1111 3 444 5 888888888 0 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 55555 1 777777 444 1 44 444 1 111111111111 0 11111111111111111111111111111111111 999999 66666 000 5 5555555 000 5 0 999 77777777777 7 99 2222 1 33333333333333333 1 0 000 1 4444444444 33 0 2222 2 6 88888888 1 444444444444 1 77 1 1 0 8888888888 5 55555555555 0 1 444444 11111 1 0 5 555555 1 3 999999999 000 000 000 0 111 2 111 1 111 111 6666666 444 22 444 666666 2 77777 0 88 6 333333333 1 2
lowQualScore : . . . ... .. . . .. .. ........ . . ......... ... . ... ....... . . .. .. ... .. ...... ... .. ..................... . . . . ... . . . ... . . ... . ... . ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ...... . ... ...... . .... . ... . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ...... ... . .. ... . ............ . ................................... ...... ..... ... . ....... ... . . ... ........... . .. .... . ................. . . ... . .......... .. . .... . . ........ . ............ . .. . . . .......... . ........... . . ...... ..... . . . ...... . . ......... ... ... ... . ... . ... . ... ... ....... ... .. ... ...... . ..... . .. . ......... . .
lowQualScore : 0 0 0 555 00 0 0 00 88 77777777 7 0 000000000 888 7 444 8888888 1 0 22 22 000 99 555555 000 44 111111111111111111111 2 2 0 0 555 4 4 8 000 0 5 555 2 555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 2 000000 0 000 000000 8 2222 8 000 0 555555555 0 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 88888 4 000000 000 0 88 000 4 000000000000 8 00000000000000000000000000000000000 222222 77777 000 3 0000000 000 4 4 999 66666666666 8 22 7777 0 77777777777777777 7 4 000 0 7777777777 00 4 1111 3 6 00000000 0 777777777777 6 99 6 0 4 7777777777 7 66666666666 6 7 444444 22222 0 5 0 777777 5 1 111111111 000 000 000 4 777 2 777 0 777 777 8888888 000 88 000 888888 5 55555 2 33 0 777777777 0 5
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAG-TAACGTCANAGTANTAGCAGTAGTAAAT-AGTAGCAGTA--------AT-AG-TAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANTAG---AAGTACCAGCGGNAG---TAGTAGTAGTAGTAGTAGNAACAG---AAGTA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAACAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA----AG---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAANCAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGCTAACGTCANAGTANTAGCAGTAGNAAAT-AGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANTAG---AAGTACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTAGTAGTAGCAACAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTA---GTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCG-A----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAACAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA----AG---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGTAGTA---GTAGTAGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATC--AGTAT---TAG---TAGTAGTANCAGTAGCGGAAGTAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAAC---TAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAAAATGAGTAGTAGTA--------AT-AG-TAGCAA-AGCAAGT---AGTAGTAGCAGTA---AG---A---GC-AACAAAAGT--AGTAGTAGTATCAGCAG--CAAAAGTG---GTA--CCAG------CAGA--TAAATATTTGTAATAA-AAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGTAG---AAGTAGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTAGTAGTAGCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA----A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTA---GTAGTAACAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAG---CATAAGTAT-----AAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAG--C---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------TAGTGATA--G--TA--AATAAATAGTAGTAACAGCGGCAGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAATT---T-GTAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT-----ATAGCACCAGAAGTAGAAG-TAGCA--CGGAAGTATA----AA---TAGTA---GTA---GCA---GCAACAGCAAAAGTTGTA---GAAATAGCATC---AGAAGA---AG---TAATAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AGTATA--AGTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA-----ATAATAGCAGTATTAGAAG-TAGCA----GAAGTA-------------GCA---CTA---GTA---ACAATAGCAGAAGCAGTA---CTAGTAGCAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC
gi|10 : TAGAATCAGT------AATAGTAATCGTAGC------AGCATCATAGATTGTA---GTAGCAACAGTAGCATCAGTCATA----AAAGTA-ATAatcagtcataaaagtaatacaa
gi|11 : tagtaataatagcagtattagaagtagcagaagtagcactagtaacaatagcagaagcagtactagtagcaacagaagaagtgttaatagtttaagcagtatcaa----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT---A-----------------CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTA---GTGGTAATAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtAGTA--------AT-AGATA-TGGTGG-AAGT---AATA-TAACA-TA---AT---T---GTTAGTAGTTTT--AGTAGTAGCTGTAGGAG--TAGA-------GTA--GTAG------AAG---TAA-TAT------TAG-ATTA----A-TATTAGTAGCAACAGata
gi|13 : ttgtattggtagtatcatcAAT-AGTAACAGTA--------AT-AG-TAGTGGTA--TAGT---AATAGTA-CAGTA---TT---A---GT-GGTAGAAAG--AATAATAGTA-TAGTTG--TATAGGTA---GAA--GTGG------TAA---TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtT-AGTAGTAGTATCATTATCATTAT-TAGTAGTAGC-AGT---AGTAGTAGTAACA---AC---A---GC-AGTAGCAGC--AGTAGTAGTGGTAATAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TGG---TAT-TAT---TATT------A----T-TAATAGT
gi|15 : A--C-AAGATATAT---AG---CAGTA---GTA---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTA---ATAGGGGCAGCAATAAAAGT---AG---TAGTAA---C---AGCAC---CACCAGA---AA--TA--Agttat
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatGTAATAGTA--------AT-AG-TAGATGTTGCT-GTTGAAGTAATAGTAATA---AT---T---GC-AGTAGAAGA--AGTTGTTGCAGTTGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAGAGGAAATAG---TAG-TA---GTAATAG-ATAA----T-
gi|19 : AAAAGTA---CTA--GTAG------TGG---TG-------------G-ATA---------TT-GTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAACAGGAAAAGTAC-------AT---TAGTAGTGGTAGTTATAGCAACAG---AAGAA---GAAGTAAGAGCAGTg
gi|2 : AGTAGT------GA-AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC--A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCG---GT-----CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAG---TAAAAATAT-----A-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAG--C---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAATATTGG-A--GAATA--AAGAAATCGCAGCCATTGTAGCTTAAACAGTG-----ACAGAACCATTATGT-GAA-----A-GAAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCC--ATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAATT-ACAGTATA----AG---CCATA---GCA---GTA---ACAGTAGCAGAAGCAGAAGCCGTAGTTGTAGT---ATAAGTTAAAG---CAGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGA---AG---A--AGAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTAa
gi|22 : GC---AATAGTAGCAGTT---AA---A---GT-AGTAGAAGTGGGGCAGTAGTAGCAGTAGAATAGAAATA---GTA--GTTG------TAG---gca
gi|23 : -TAGCAACAAC-AGT---ATTAGTAGCAGTATTAAT---A---CT-AGTATTAGT--AGTAATAGTGGTTGTAG--TAAAAGTA---GTA--ctgtagttttaata
gi|24 : AGTAATAATA---ATTTTA---GT-AATAGCAGT--ATTAGTATTAGTATTAA--TAGTAGTA---GTA--GT--------TAG---TAA-TA---GTAaga
gi|24 : aaaT---AGTAATAGCAGTA---TT---A---GT-ATTAGTATT--AATAGTAGTAGTAGT----TAGTAATA---GTA--Gg
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTA---GTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataa---AGAAGTAATAATA---AT---A---GT-AGTAGAAGT--AGTAGTAAGAGTAGTAA--TAAAAGCA---GTG--G
gi|27 : tgaAGTACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTAGTAGTAGAAACAG---AAGCA---GTAGTAc
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAG--CTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------TGGTATTA--G--CAG-AAGTAATAGTAG--A-AGCAGCTGAAGAAGTA-----ATAATATCAGCA-GCAAAA-----T--TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-NNNNTAGA----AGTACCATTA---GTA---GTA---ACTGAAATAGTAGTTGTA---GTAGTTCCAGC---ATAGGT---AG---TTGTAG---T---AACAG---CAAGAGC---AG--CA--A-TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATA---ATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTG-AGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTA---TTGTTAAGAT-A-TTCGAAAT---AA-AATA----TATT---T-AA-ACA--A--ACAG---CAAGAGTA------G-T---GGT--AC--------CATAAGTAG--C---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------TACCAATAAAG--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNAA-ATCAACA-GTTGAA-------GAAGTAATACTAGTAGCAGCATATAT------AGTA-----CTAGTAGCAGCAGCAGAAG-TAGTA----GTAGTAGAATCCAG---CAACA---AAA---ATA---GTAGTAGTACAAGCAGTA---GCAGCAGCAGC---TGAAGT---AG---TGGTAG---T---AGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTA---ATAGCAAAAGCA-TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAA---CAGAAGTAG-----T-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAG--T---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------TACTGG-A--A--TA--A-TTAATAGTAGTAGTAGTAGTAGAAGTAGTA-----GTAA---CAGCA-GCAGAAATAGTT-GTAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC-----AAAGTAGTAGTATCAGCAG-T
gi|5 : TG---GTGATAACGG----TAGACGT---GGTAACAATTGTAACAG---AA-GTAACA--GTAGTATCAAAAGTTTCCCTAA-T---G----ACTGTAG---AAAATGTAAAAC---A---GCAGTA-----A----G-AGCAAAA-C------TCGTG-TA--GGTTA--CAGTAATA-CAGT--TATCATCAGCAGTGGCC-----GT--TAT----G-GT---------T-GTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT-----ATTGTTGCAGAAGCAGCAA-TAAC-------AGCATA----AT---CAGTAAGCGTATTGGTT---GCAACATCAGAAGTAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|6 : A------GTA-----GTAATATAAGCTGTAA-------TATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA-----ATAAATAT-----A-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA---------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------TAATTGT---G--TAGGAGGTAATAGTAGTAATAATAGCGGAAGCTGCAAAGGCGTA--ATTAGTA-CTGG-------TGGTAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT-----ATTCCAG--GAAATAGAAG-TAG-A--A-GAAGTGTA----A
gi|7 : AACCAGT---GGTAGTAGCAGCA---GT---ACCGGT-AGTAACTGT--AGCAATATCAGTAGCAA--TAGCAATACCGGTGCTGCAG------TAG---TAA-TAT---CATTA---TTA----T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATTGG---AAGTAGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTTGTAGTAGAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGT
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCAG-TA--GTCATAGTATTAGTAGTAGTAATT--GTAGCAGTA--------GA-AG-TTGTGGTGGTG-GT---AGAAGTAGTAGTA---GT---T---GT-AGTAGAAGT--GCTGGTGATAGTA-TA----AGAAGTA---ATA--GTAG------TGATGTTGA-TATTGGTGTTGGTAGAA----G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACTAG---AAATACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTGGTAGT
gi|9 : AGTA-TAAAC-AGCAGCAGCA--------GT-AG-AAG-------TAGT---AGTAGTAGTGTTA---AC---A---GC-AGTGGCAGC--AGCAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAATA---GTA--TTAG------TTG---TGA-TAT--
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 11 11 1111 11 33333333 111111 111 555555555555555555555 11111111 111111 111 111111 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 333333333 222222 111111111 111 444444444 1 222222 1111111111 11 22222 111111 111 111 444444444444 66666666666666666666666666666666666 111111 11111 111 2222222 111 22222222222 1111 33333333333333333 111 1111111111 1111 11111111 222222222222 1111111111 33333333333 111111 22222 222222 22222222 111 111 111 111 111 111 111 1111111 111 111 111111 22222 11 555555555555 1
lowQualScore : 1 1 1 88 88 1 1 0 5555 44 5 55555555 555 0 555 7777777 3 1 44 44 555 33 000000 000 55 777777777777777777777 3 3 1 77777777 999999 3 3 111 2 999999 111 1 444 444 2 444 1 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 000 6 444444444 0 888888 888888888 777 1 0 2 666666666 3 5 1 000000 1 9999999999 8 1 11 1 99 55555 1 777777 444 1 44 444 1 111111111111 0 11111111111111111111111111111111111 999999 66666 000 5 5555555 000 5 0 999 77777777777 7 99 2222 1 33333333333333333 1 0 000 1 4444444444 33 0 2222 2 6 88888888 1 444444444444 1 77 1 1 0 8888888888 5 55555555555 0 1 444444 11111 1 0 5 555555 1 3 5 00000000 000 000 000 0 111 1 111 1 111 111 6666666 444 22 444 666666 2 77777 0 88 222222222222 2 1
lowQualScore : . . . .. .. . . . .... .. . ........ ... . ... ....... . . .. .. ... .. ...... ... .. ..................... . . . ........ ...... . . ... . ...... ... . ... ... . ... . . ............................................................................................. ............................................................................................. ... . ......... . ...... ......... ... . . . ......... . . . ...... . .......... . . .. . .. ..... . ...... ... . .. ... . ............ . ................................... ...... ..... ... . ....... ... . . ... ........... . .. .... . ................. . . ... . .......... .. . .... . . ........ . ............ . .. . . . .......... . ........... . . ...... ..... . . . ...... . . . ........ ... ... ... . ... . ... . ... ... ....... ... .. ... ...... . ..... . .. ............ . .
lowQualScore : 0 0 0 00 00 0 0 7 2222 00 0 44444444 888 7 444 8888888 1 0 22 22 000 99 555555 000 44 111111111111111111111 2 2 0 00000000 222222 7 3 777 2 222222 777 0 000 000 2 000 0 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 5 000000000 2 888888 555555555 555 2 2 5 000000000 3 2 0 222222 0 4444444444 0 4 00 4 00 88888 4 000000 000 0 88 000 4 000000000000 8 00000000000000000000000000000000000 222222 77777 000 3 0000000 000 4 4 999 66666666666 8 22 7777 0 77777777777777777 7 4 000 0 7777777777 00 4 1111 3 6 00000000 0 777777777777 6 99 6 0 4 7777777777 7 66666666666 6 7 444444 22222 0 5 0 777777 5 1 0 11111111 000 000 000 4 777 0 777 0 777 777 8888888 000 88 000 888888 5 55555 2 33 333333333333 0 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTANTAGTAGTAGTA-AAT-AGTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGCTAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANT---AG---AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTAGTAGC------AGCAGCAAAAGTAGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAATC-A----GAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAACAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAATCAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTANTAGCAGTAGTA-AAT-AGTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGCNAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTAGAAGTAGTANT---AG---AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGTAGTAGTA------GTA---GTAGNAA---CAG---AAGTA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTAGTAGC------AGCANCANAAGTNGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAGTCGA----AAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAACAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAANCAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAAC--TAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAA-AATGAGTAGTAGTAATAG-TAGCAA-AGCAAGT---AGTAGTAGCAGTA---AG---A---GC-AACAAAAGT--AGTAGTAGTATCAGCAG--CAAAAGTG---GTA--CCAG------CAGA--TAAATATTTGTAATAA-AAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGT---AG---AAGT------AGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGT------CAAAGAAGTAGC------AGCAGCAAACGTCGTA---GTAGTAGCAGCAACAGCAA---A----AAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTAGAAG---CA--AA-AG-TAATAGCA--GCAGCAG-AA----TAAAAAAC---AACA---ACAGCATTAGTAGCAGCA---GCAAAAG------------TAAAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGAA------GGAAAA------GTA-----TCAGTA---GTAGTAACAG-AATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAG-TTGATATATCA--GCAG---CATAAGTAT-----AAT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAG--C---A---GCAGTAAAAGTA----GCAGCAGAA-G------TAGTGATA--G--TA--AATAAATAGTAGTAACAGCGGCAGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAATT---T-GTAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT-----ATAGCACCAGAAGTAGAAG-TAGCA--CGGAAGTATA-A----A---TAGTA---GTA---GCA---GCAACAGCAAAAGTTGTA---GAAATAGCATC---AGAAGA---AG---TAATAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AGTATA--AGTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA-----ATAATAGCAGTATTAGAAG-TAGCA----GAAGTA--------------GCA---CTA---GTA---ACAATAGCAGAAGCAGTA---CTAGTAGCAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAATCAG--TAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC---ATCAGT
gi|11 : ----AGTGGTAA---TG--AT-AGGTAGTGGTA--GTCGTAGTCA----TAGTAG-T---CGTT---GCAGTGGTAGTGACAGTG---TCAATAG------------TAGTAGTAGCAGT---A-----------------CTAGTA------ACAGAA------GTA-----ACAGTA---GTGGTAATAG----TAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG-T--A-ATAcataaaagtaatacaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtCAGTAATAGATA-TGGTGG-AAGT---AATA-TAACA-TA---AT---T---GTTAGTAGTTTT--AGTAGTAGCTGTAGGAG--TAGA-------GTA--GTAG------AAG---TAA-TAT------TAG-ATTA----A-TATTAGTAGCAACAGata
gi|13 : ttgtattggtagtatcat-AAT-AGTAACAGTAATAG-TAGTGGTA--TAGT---AATAGTA-CAGTA---TT---A---GT-GGTAGAAAG--AATAATAGTA-TAGTTG--TATAGGTA---GAA--GTGG------TAA---TA
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtTAGTAGTAGTATCAT---TATCATTATTAG-TAG---TAGC-AGT---AGTAGTAGTAACA---AC---A---GC-AGTAGCAGC--AGTAGTAGTGGTAATAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TGG---TAT-TAT---TATT------A----T-TAATAGT
gi|15 : A--C-AAGATATATA----G---CAGTA---GTA---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTA---ATAGGGGCAGCAATAAAAGT---AG---TAGTAA---C---AGCAC---CACCAGA---AA--TA--Agttat
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatGTAATAGTAATAG-TAGATGTTGCT-GTTGAAGTAATAGTAATA---AT---T---GC-AGTAGAAGA--AGTTGTTGCAGTTGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAGAGGAAATAG---TAG-TA---GTAATAG-ATAA----T-
gi|19 : AAAAGTA---CTA--GTAG------TGG---TG-------------G-ATA---------TT-GTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAAC---AGGAAAAGT------AC-------AT---TAGTAGTGGTA------GTT---ATAGCAA---CAG---AAGAA---GAAGTAAGAGCAGTg
gi|2 : AGTAGT------GA-AGTAGTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGTA---GAAGTAACAGTAGTA-TAATC-A----GAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATAGAAGACGCA--AA-AG-CCATACCATTGCAGAAA-AA-----AGAAA-T---AGCA---GTAGTTTTAGTTATAACA---GCAACAGAAACCATATCTATAAAAGTAGCA-----ATAG---------TCA---TAGCA------ACAGAG------GTA-----GTAGCG---GT-----CAT-A-TTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAGAC-GA-AAAGCATAAAAG---TAAAAATAT-----A-TCTAGCC--ATAGCAG---TTACAGTAG--C---ATATGCAGTAGAAGTATAAAATA-CAGAA-GCCATAATATTGG-A--GAATA--AAGAAATCGCAGCCATTGTAGCTTAAACAGTG-----ACAGAACCATTATGT-GAA-----A-GAAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCC--ATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATAATT-ACAGTATA-A----G---CCATA---GCA---GTA---ACAGTAGCAGAAGCAGAAGCCGTAGTTGTAGT---ATAAGTTAAAG---CAGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGA---AG---A--AGAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTAa
gi|22 : GC---AATAGTAGCAGTT---AA---A---GT-AGTAGAAGTGGGGCAGTAGTAGCAGTAGAATAGAAATA---GTA--GTTG------TAG---gca
gi|23 : -TAGCAACAAC-AGT---ATTAGTAGCAGTATTAAT---A---CT-AGTATTAGT--AGTAATAGTGGTTGTAG--TAAAAGTA---GTA--ctgtagttttaata
gi|24 : AGTAATAATA---ATTTTA---GT-AATAGCAGT--ATTAGTATTAGTATTAA--TAGTAGTA---GTA--GT--------TAG---TAA-TA---GTAaga
gi|24 : aaaT---AGTAATAGCAGTA---TT---A---GT-ATTAGTATT--AATAGTAGTAGTAGT----TAGTAATA---GTA--Gg
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGT------AATAGTAGTAAT------AGCA---------GTA---GCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataa---AGAAGTAATAATA---AT---A---GT-AGTAGAAGT--AGTAGTAAGAGTAGTAA--TAAAAGCA---GTG--G
gi|27 : tgaAGT------ACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTA------GTA---GTAGAAA---CAG---AAGCA---GTAGTAc
gi|3 : aatAGTAG---CAGCAGTAG--CTGAA---ATAATAGCACCA----GTAACTGAA-G------TGGTATTA--G--CAG-AAGTAATAGTAG--A-AGCAGCTGAAGAAGTA-----ATAATATCAGCA-GCAAAA-----T--TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N-NNNNTAGA-A----GTACCATTA---GTA---GTA---ACTGAAATAGTAGTTGTA---GTAGTTCCAGC---ATAGGT---AG---TTGTAG---T---AACAG---CAAGAGC---AG--CA--A-TA---GAAGg
gi|3 : gaagtGTAGAAGCAGCTGAAGAAGTAATAATATC------AGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGTAGTTGAGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNTAGAAG---TACCATTAG-TAGTAACT--GAAATAG-TAGTTGTAGTAG-TTCCAGCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAA------------TAGAAG-AGGAATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTGACAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTA---TTGTTAAGAT-A-TTCGAAAT---AA-AATA----TATT---T-AA-ACA--A--ACAG---CAAGAGTA------G-T---GGT--AC--------CATAAGTAG--C---A---GCTGCAGAAGTA----GTAGTAGTA-G------TACCAATAAAG--NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNAA-ATCAACA-GTTGAA-------GAAGTAATACTAGTAGCAGCATATAT------AGTA-----CTAGTAGCAGCAGCAGAAG-TAGTA----GTAGTAGA-ATCCAG---CAACA---AAA---ATA---GTAGTAGTACAAGCAGTA---GCAGCAGCAGC---TGAAGT---AG---TGGTAG---T---AGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaataAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA-------TA--GT-AG-TATTAGCA--GCAGCAG-AAA---TAGAAG-T---TGTA---GTAGTAGTAGTT---GTA---GCAATAG------------TAGAAGTAGCAGC---AGGA-----------A--ATA-TA------GAAGAA------GCA-----GTAGTA---ATAGCAAAAGCA-TCAGAAGT---AGAAGTA----------------ATAGCA--GCAA---CAGAAGTAG-----T-T---GTA--ACAGCAG---CATGAATAG--T---A---GTAATAGCAGCA----GCCGCAGTA-A------TACTGG-A--A--TA--A-TTAATAGTAGTAGTAGTAGTAGAAGTAGTA-----GTAA---CAGCA-GCAGAAATAGTT-GTAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC-----AAAGTAGTAGTATCAGCAG-T
gi|5 : TG---GTGATAACGG----TAGACGT---GGTAACAATTGTAACAG---AA-GTAACA--GTAGTATCAAAAGTTTCCCTAA-T---G----ACTGTAG---AAAATGTAAAAC---A---GCAGTA-----A----G-AGCAAAA-C------TCGTG-TA--GGTTA--CAGTAATA-CAGT--TATCATCAGCAGTGGCC-----GT--TAT----G-GT---------T-GTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT-----ATTGTTGCAGAAGCAGCAA-TAAC-------AGCATA-A----T---CAGTAAGCGTATTGGTT---GCAACATCAGAAGTAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|6 : A------GTA-----GTAATATAAGCTGTAA-------TATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG-T-GG--TAACA--GTA-----ATAAATAT-----A-T---GTT--ATAGTAGATACAAAAA---------A---GTGGTAAATGCT----GTA----AATG------TAATTGT---G--TAGGAGGTAATAGTAGTAATAATAGCGGAAGCTGCAAAGGCGTA--ATTAGTA-CTGG-------TGGTAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT-----ATTCCAG--GAAATAGAAG-TAG-A--A-GAAGTGTA-A----
gi|7 : GCAGTATGAGTTGTTTTTACAT---AAGTTATAAAACCAGTGGTAG---TAGCAGCAGTACCGGTAGTAACTGTAGCAATATCAG---TAGCA---ATAGCAATACCGGT
gi|7 : aatatAACCAGT---GGTAGTAGCAGCA---GT---ACCGGT-AGTAACTGT--AGCAATATCAGTAGCAA--TAGCAATACCGGTGCTGCAG------TAG---TAA-TAT---CATTA---TTA----T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATT---GG---AAGT------AGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTT------GTA---GTAGAAA---TAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGTgctgcagtagtaatatcattattattattagtagtagttgtagtataagtagtattggaagtagtagcggcagtagttgtagttgtagtagaaatagtaaaagtacgggtagtaatggtagt
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCAGTA--GTCATAGTATTAGTAGTAGT--AAT-TGTAGCAGTAGAAG-TTGTGGTGG-TGGT---AGAAGTAGTAGTA---GT---T---GT-AGTAGAAGT--GCTGGTGATAGTA-TA----AGAAGTA---ATA--GTAG------TGATGTTGA-TATTGGTGTTGGTAGAA----G-TAGTAGTAATAGCAGCAGCAGCAGTAATACT---AG---AAAT------ACTAGTAGTAC---CAAAAGTGGTG------GTA---GT
gi|9 : AGTA-TA-AAC-AGCAGCAGCAGTAG-AAG-------TAGT---AGTAGTAGTGTTA---AC---A---GC-AGTGGCAGC--AGCAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAATA---GTA--TTAG------TTG---TGA-TAT--
blockSeqs : T T T AG . T T GTAT A A ATGTTGCT TGA TTA TTTA T T GG AA CCG CT AGGAAA TGT A TTGGTGTTGGTAGAAG C G A AGGAA TATAAA C A AAA T CCGGTA ACT C TAT TAA A CGG G . T TGAAGAAGT CTTTGG TCACCAGTA TTC A G GTTGAGNNN T N T TACAAA T ACGCAAA G G TT T TC GTTGT T TTCCA TAG G GA AGA T AAACCATATCTA ATTCTATAAGCTTGTCTTTCATTCCAATACTTTTG TTGTTT AATAT TAA G AAGCAT AGC T GCT GAAGACGAA G TA GTAT A TATCTAGCC A ATA A CATAT GA TAAA T A GCCATAA T ATAAAGNN A CC T T AAGGCGTA T AGAAATAGTT A CATATC GAGNN T A TAATT A T T TCCAG AGC TTG TCA GCC A AAT G TAA TGT TTTA TAT AT ATC TAAT G ATCGT AT TATATGTAGCCA A T
blockSeqs : GT T . TGGTGGA . . ACCG . A . . . . . . T GTAATAGATAAT T T T TACAT . C T . T . . A . . C . T C AAT . GCAAAATTA . C G ATCA . G N AG A TACCATT . A . A A AT A TC . T TA . C . ATAGTCATAGCA . . . G CATAT . T ACA GCGGTAA G . G A TCCCTAATG A . G CTGAA GC . T G TG G GAGAATA A NN N T ACAGA . AAAAT T . CCC T . NNN A T . GTAC . . . . G . A . . AGTT . CC . TA G GA . ATTG . T
blockSeqs : TA A . CAACAAC . . T . C . . . . . . G TCATTATTAT C T T GG . T C . C . . C . . C . T . GA . . . T . . G NN A TGAT . G . T T T T TA . T AA . C . GCAGGAAATATA . . . A GATAT . A ATT ACAGAAG A . G G GTTGTA A . T AACA GA . T G G C TTAGCAG N TA T N ATAAT . GAAA C . . N . CA C G . G . . . . T . T . . C . GT . CA . .
blockSeqs : . . TGGTGGT . . A . A . . . . . . A TTAGATTAA . G C AG . T T . T . . A . . T . . . TAGT . T . C A . A TT . A T . T . GTACTAGTA . . . G TAG . T GCT ATAGTGG A . A A TATGTT T . T CA GC . C G G C TAGGTTA A TA T A NNAA . TGAA T . . C . TA N G . G . . . . T . T . . T . AG . A
blockSeqs : . TGGTAT . . A . A . . . . . . A TTATTAT . . . . A . . . . . T CGG . A . TTTAAA . . . T GTGGT A . A TA AA . T . A G GTGTAGG G T T A GTAA . GGTG C . . T . AA T T . T . . . . A . G . . T
blockSeqs : . TAGC . . T . T . . . . . . A GATA . . . . . . A . . A A . . . . C A GAATA . . . G GTT . T C . . A . C A T . . . . .
blockSeqs : . T . . A . C . . . . . . A . . A . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . A . A . . . . . .
blockSeqs : . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . T . A . . . .
blockSeqs : . A . C . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A* *** A* TTAGTATTAT*********** AG****** TAAT****** GT*** TN**** GTAGCATATA************************* ATAN*** GTAGNAA**** CA******** NNGGNNG***** GTAA****** NGAAT****** CA**** CA****
originalCons : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTANTAGTAGTAGTA-AAT-AGTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGCTAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TAT--GTATTAG-ATAA----T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANT---AG---AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTAGTAGC------AGCAGCAAAAGTAGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAATC-A----GAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAG---TA--AT-AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AA----TAGAAG-T---AGCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGT---ATAA---------TCA--CTAGTA------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAACAG-A-TTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG-T-GA-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAG--C---A---GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGGTA--G--TA--AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GTAATATCAGCA-GTAGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--C-GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AG--TA--AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAATCAGTA
finalCons : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTANTAGTAGTAGTA-AATA-GTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGCTAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GT-AGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGTA---GTA--GTAG------TAG---TAA-TATTAGTATTAT-----------TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANTAG------AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA------GTA---GTAGCAA---CAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGT------AATAGTAGTAGC------AGCAGCAAAAGTAGTA---GTAGCAGCAGTAACAGTAATC-A----GAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTAGAAGTAAT------AG-TAGTAGCA--GCAGCAG-AAGT---AGAAGTN----GCA---GTAGTNGTAGTNACAGCA---GCAACAG------------TAGAAGTAGCAGTAGCATATA-------------------------ACAGAA------GTA-----GTAGTA---GTGGTAAATAN---TAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAGNAA----TAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----A-T---GTT--ACAGCAG---CANAAGTAGCA--------GCAGTAGAAGCA----GTAGCAGAA-G------TANTGNNGGNNG-----AAGTAATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTAGTAA------ATCAGCA-GTNGAAT------GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT-----ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA----GAAGTATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGA---AGCA----AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAATCAGTA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA
Alignments
lowQualScore : 11 11 222222 33333333 33333333333 11 11111111 111111 111 111 111 111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222 2222 111 222222 11111 11 11 1 222222222222222222 11111 111 11 111 1111 111 444444444444 444444444444444444444444444444 222222 11111 4444444444444 111 11111 1111 3333333333333333 111 111 1111111111111 33333333333333333333 111 33333333333333333333333333333333 111111 222222 1111111 22222222 111 111 111 111 111 111 111 1111111 111 333333333333333333 11 555555555555 1
lowQualScore : 1 1 1 88 88 1 1 8 444444 1 5 77777777 555 0 555 5555555 1 44 44 33 555 33 666 3 3 4 0 1 33333333333 22 222 3 1 77777777 999999 33 3 111 1 111 111 3 111 2 111 1 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333 6 0 7777 777 888888 22222 3 33 3 0 5 22 3 5 1 1 0 777777777777777777 1 66666 1 444 11 444 1 4444 1 1 1 1 111 6 4 111111111111 1 8 666666666666666666666666666666 333333 66666 2222222222222 1 000 3 33 3 77 88888 5 7 99 2222 1 3333333333333333 3 111 1 77 000 3333333333333 2 4 44444444444444444444 1 222 000 5 999 1 0 22222222222222222222222222222222 0 1 444444 333333 1 0 5 5555555 5 3 5 00000000 000 000 000 0 111 1 111 1 111 111 6666666 444 22 777777777777777777 0 88 222222222222 2
lowQualScore : . . . .. .. . . . ...... . . ........ ... . ... ....... . .. .. .. ... .. ... . . . . . ........... .. ... . . ........ ...... .. . ... . ... ... . ... . ... . ............................................................................................. ............................................................................................. .... . . .... ... ...... ..... . .. . . . .. . . . . . .................. . ..... . ... .. ... . .... . . . . ... . . ............ . . .............................. ...... ..... ............. . ... . .. . .. ..... . . .. .... . ................ . ... . .. ... ............. . . .................... . ... ... . ... . . ................................ . . ...... ...... . . . ....... . . . ........ ... ... ... . ... . ... . ... ... ....... ... .. .................. . .. ............ .
lowQualScore : 0 0 0 00 00 0 0 2 777777 7 0 55555555 888 7 444 8888888 0 22 22 99 000 99 444 6 6 0 7 6 99999999999 44 000 8 0 00000000 222222 55 3 777 0 777 777 7 777 2 777 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0000 5 8 2222 555 888888 55555 0 88 8 8 2 77 3 2 2 0 8 222222222222222222 4 00000 4 000 00 000 4 8888 4 0 8 0 000 4 6 000000000000 4 0 666666666666666666666666666666 000000 77777 1111111111111 0 000 9 11 0 99 77777 7 8 22 7777 0 7777777777777777 5 777 0 99 000 1111111111111 3 3 11111111111111111111 0 444 999 7 444 0 4 44444444444444444444444444444444 6 7 444444 111111 0 5 0 7777777 0 1 0 11111111 000 000 000 4 777 0 777 0 777 777 8888888 000 88 999999999999999999 2 33 333333333333 0
consensus : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTATTAGTAGTAGTA-AAT-AGTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGC-AGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGT--A---GTA--GTAGTA---G-TA-A-TATTAGTATTA---------N-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANT---AG---AAGT------ANCAGCGGNAG---TAGTAGTAGTA---GTAGTA---GNAACAG---AAGTA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGTAA---TAGTA---GTAGC------AGCAGCAAAAGTAGT--AGNAGTAGCAGTAACAGTAATCAGAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTA---GAAG---TAATAG-T---AGTAG---CA--GCA---GCAGAAATAGAAATAGCAGCAGCGGTAGTNGCAGCAGCAATAG------------TAGAAG-TAG----------CAGT---AN-CA-TA-TAA-CAGAA------GTA-----GCAGTAGTG-TAA---A---TANTAGAAGC---AGTAGNAGCTGTAGNAG--N--A-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----AT---G--TTACAGCAG---CANAAGTAG--CA---GCAGTA---GAAGTA----GTAGCA---------GAA-G------TAGTGNTGGANGAAGT-AATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GT-A-A-ATCAGCAGTNGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT------ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--G--A-AG-TATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGAAG--CA-----AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAATCAGTA
Reference ( family-195 ) : CAGTAGTANTAGNANTAGCAGCAGCAGCAGTAACGTCANAGTANTAGTAGTAGTA-AAT-AGTAGCAGTAATAG-TAGCGGTAGCTAGT---AGTAGTAGCAGTA---AT---A---GTAGTAGNAGT--AGTAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAGT--A---GTA--GTAGTA---G-TA-A-TATTAGTATTA---------T-TATTAGTAGCAGCAGCAGTANAAGTAGTANT---AG---AAGT------ACCAGCGGNAG---TAGNAGTAGTA---GTAGTA---GCAACAG---AAGCA---GTAGTAANAGCAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTAGAAGCAGTAA---TAGTA---GTAGC------AGCAGCAAAAGTAGT--AGTAGCAGCAGTAACAGTAATCAGAAGCA-GTAGTAGTAGCAGCANAAAA----AGTA---GAAG---TAATAG-T---AGTAG---CA--GCA---GCAGAAGTAGAAGTNGCAGTAGTNGTAGTNACAGCAGCAACAG------------TAGAAG-TAG----------CAGT---AG-CA-TA-TAA-CAGAA------GTA-----GTAGTAGTGGTAA---A---TANTAGAAGT---AGTAGTAGCTGTAGTAG--N--A-ATAGCA--GCAG---CANAAGTAT-----AT---G--TTACAGCAG---CANAAGTAG--CA---GCAGTA---GAAGCA----GTAGCA---------GAA-G------TANTGNNGGNNGAAGT-AATAGTAGTAATAGCAGCNGAAGTAGTA-----GT-A-A-ATCAGCAGTNGAA-----T-GTAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGAAGT------AGTT------ATAGTAGCAGNAGCAGAAG-TAGCA--G--A-AG-TATA-A----G---CAGTA---GTA---GTA---GCAGCAGCAGAAGCAGTA---GTAGTNGCAGC---AGAAGT---AG---TAGTAG---T---AGCAG---CAGCAGAAG--CA-----AGTA---GTAGCAGCATC--AG-AT---TAG---TAGTAGTAACAGTAGCGGAATCAGTA
gi|1 : CAGTAGTAGTAGAAGTAGTAGTAGCAAC--TAACGTCAAAGTAGTAGCAGTAAAA-AATGAGTAGTAGTAATAG-TAGCAA-AGCAAGT---AGTAGTAGCAGTA---AG---A---GCAACAAAAGT--AGTAGTAGTATCAGCAG--CAAAAGT--G---GTA--CCAGCA---GATA-AATATTTGTAATAAAAAAAAAATATATAAGTAGCAGCAGCAGAAAAAGTAATAGT---AG---AAGT------AGCAGCGGAAG---TAGAGGTAGTA---GTAGTA---GCAACAT---AAATA---GTAGTATAAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATAAGTAGCAGTAGAAGTAGCAGACGACGTAGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTTATCGTGTATTTTGCTGTTATTGTTGGCTATTGCTGTTGTTATTGCTGTGGAAGCAGTCA---AAGAA---GTAGC------AGCAGCAAACGTCGT--AGTAGTAGCAGCAACAGCAA--AAAAACA-GTAGTTATAGCAGCAAAACA----AGTA---GAAG---CAAAAG-T---AATAG---CA--GCA---GCAGAATAAAAAACAACAACAGCATTAGTAGCAGCAGCAAAAG------------TAAAAG-TAG----------CAGTATAAT-CACTA-GAAGGAAAA------GTA-----TCAGTAGTAGTAACAGA----ATTAGAAGT---AGTAGAAGCTGAAGTAGTTG--ATATATCA--GCAG---CATAAGTATA----AT---GTTTTACAGCAA---CAGAAGTAG--CA---GCAGTA---AAAGTA----GCAGCA---------GAA-G------TAGTGATAGT--AAATAAATAGTAGTAACAGCGGCAGAAGTAGTA-----GT-A-ATATCAGCAGTAGAATT---T-GTAGTATTAGAATTAGCAGAAGAAGT------AGTT------ATAGCACCAGAAGTAGAAG-TAGCACGG--A-AG-TATA-A----A---TAGTA---GTA---GCA---GCAACAGCAAAAGTTGTA---GAAATAGCATC---AGAAGA---AG---TAATAG---T---AGCAG---CAGCAGAAGTATA-----AGTA---ATAACAGCATC--AGAAT---AAG---TAGAAGTACAAGCAGCGGAAGTAGTA
gi|10 : T------AGTA------ATAATAGCAGTATTAGAAG-TAGCA--G--A-AG-TA--------------GCA---CTA---GTA---ACAATAGCAGAAGCAGTA---CTAGTAGCAAC---AGAAGA---AGTGTTAATAG---TTTAAGCAGTATCAATAGAAT--CAGTAATAGTAATCGTAGCAGCATCATAG-AT---T-G---TAGTAGCAACAGTAGC---ATCAGT
gi|11 : ----AGTG---GTAA---TGATAGGT---AGTGG---TA--GTC---GTAGTCATAGTAGTCGTTGCAGTGGTAGTGACAGTGTCAATAG------------TAGTAG-TAG----------CAGT---AC-TA--G-TAA-CAGAA------GTA-----ACAGTAGTGGT-A---A---TAGTAGAAGTAGCAGTAGTAGCTGTAGCGG--T--A-ATAcataaaagtaatacaa
gi|12 : tggtggtgggggtggtGTATTGGTAGTATCA-------T--CAGTAATAGATA-TGGTGGA-AGT---AATA-TAACA-TA---AT---T---GT-----TAGT--AGTTTTAGTAGTAGCTG--TAGGAGTAGA---GTA--GTAGAA---G-TA-A-TATTAG-ATTA---------A-TATTAGTAGCAACAGata
gi|13 : tt-AAT-AGTAACAGTAATAG-TAGTGGTA--TAGT---AATAGTA-CAGTA---TT---A---GTGGTAGAAAG--AATAATAGTA-TAGTTG--TATAGGT--A---GAA--GTGGTA---A-TA-
gi|14 : atcagctagaggtgcagattccaacatctggttgtTAGTAGTAGTATCAT---TATCATTATTAG-TAG---TAGC-AGT---AGTAGTAGTAACA---AC---A---GCAGTAGCAGC--AGTAGTAGTGGTAATAG--TAGAAGT--A---GTA--GTAGTG---G------TATTATTATTA---------T-TAATAGT
gi|15 : --A-AGATATATA----G---CAGTA---GTA---GTATCAGCAGCAGCAGAAGTAGTA---ATAGGGGCAGCAATAAAAGT---AG---TAGTAA---C---AGCAC---CACCAGAAA--TA-----Agttat
gi|16 : agaaatatgtgatgtttagtgcgtatatacGTAATAGTAATAG-TAGATGTTGCT-GTTGAAGTAATAGTAATA---AT---T---GCAGTAGAAGA--AGTTGTTGCAGTTGTAG--TAGAAGT--A---GTA--GTAGAG---G-AA-A-TAGTAGTAGTA---------A-TA
gi|19 : AAAAGT--A---CTA--GTAGTG---G-TGGA-TATT-----------------------GTAGCAG-AACTCTAGAAGCAGTAAC---AGGAAAAGT------AC-------AT---TAGTAGTGGTA---GTTATA---GCAACAG---AAGAA---GAAGTAAGAGCAGTgataatg
gi|2 : AGTAGTGA----AGTA---GTAGCCTTTGGATTATCACCAGTAGT--AGAAGTAACAGTAGTA-TAATCAGAAGCATGTA-CAGTAGCAGTATAAAATACAAATA---GAAGACGCAAAAG-C---CATAC---CATTGCA---GAAAAA--AGAAATAGCAGTAGTTTTAGTTATAACAGCAACAGAAACCATATCTATAAAAG-TAG----------CAAT---AGTCA-TAGCAA-CAGAG------GTA-----GTAGCGGTC-------A---TATTAGTTGC---CATATCAACAGTAGAAG--ACGA-AAAGCATAAAAG---TAAAAATAT-----ATCTAG--CCATAGCAG---TTACAGTAG--CATATGCAGTA---GAAGTATAAAATA-CA---------GAA-GCCATAATATTGGAGAATAAAGA-AATCGCAGCCATTGTAGCTTAAACAGTG-----AC-AGA-ACCATTATGTGAA-----A-GAAGCAGTAGTCACATCAAAAGAAGCCATATCAGTTCCC---ATAGTAACTGTTGAAGAAAATAATA--ATTACAG-TATA-A----G---CCATA---GCA---GTA---ACAGTAGCAGAAGCAGAAGCCGTAGTTGTAGT---ATAAGTTAAAG---CAGAAAAGTT---GGCTA---TAGTAGAAG---A-----AGAA--------AACATG--AGTATATGTAGCCATAGTAATAACAGTAGCAGAATCAGTAa
gi|22 : GC---AATAGTAGCAGTT---AA---A---GTAGTAGAAGTGGGGCAGTAGTAGCAGTAGAATAGAAAT--A---GTA--GTTGTAGCTG-TA-G-TTTTAATAgca
gi|23 : -TAGCAACAAC-AGT---ATTAGTAGCAGTATTAAT---A---CTAGTATTAGT--AGTAATAGTGGTTGTAG--TAAAAGT--A---GTA--
gi|24 : AGTAATAATA---ATTTTA---GTAATAGCAGT--ATTAGTATTAGTATTAA--TAGTAGT--A---GTA--GT--TA---G-TA-A-TAGTAGaga
gi|24 : aaaT---AGTAATAGCAGTA---TT---A---GTATTAGTATT--AATAGTAGTAGTAGT----TAGTAAT--A---GTA--G
gi|25 : aaaagtaataataatttTATTATTATTATTATT----TAAAAG-AGTAA---TAGTA---GTAAT------AGCAG---------T--AGCAACAGCAGTAACAGTA
gi|26 : ataa---AGAAGTAATAATA---AT---A---GTAGTAGAAGT--AGTAGTAAGAGTAGTAA--TAAAAGC--A---GTG--G
gi|27 : tgaAGT------ACCAGCAGAAGAAATAATAGTAGTA---GTAGTA---GAAACAG---AAGCA---GTAGTAc
gi|3 : aatAGTAG--CA---GCAGTAGCTGAAATA----ATAGCACCAGTAACTGAA-G------TGGTATTAGCAGAAGT-AATAGTAG-A--AGCAGCTGAAGAAGTA-----AT-A-ATATCAGCAGCAAAA-----T--TAGTATTCGTAGCAGCAGTAAAAGT------AGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--N--N-NN-TAGA-A----GTACCATTA---GTA---GTA---ACTGAAATAGTAGTTGTA---GTAGTTCCAGC---ATAGGT---AG---TTGTAG---T---AACAG---CAAGAGCAG--CA-----A-TA---GAAGg
gi|3 : gaagtAGCAGCAAAATTAGTATTCGTAGC------AGCAGTAAAAGTAGTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNTAGAAGTACCATTAGT----AGTAACTGAAA---TAGTAG-TTGTAGTAGTTCCA--GCATAGGTAGTTGTAGTAACAGCAAGAGCAGCAATAGAAG-AGGAATTC------------TATAAGCTTGTCTTTCATTCCAAT---A--CT-TT-TGA-CAAAATTGTTTGTAAATATGTAGTATTGTTAAG--A---TATTCGAAAT---AA-AATATATTTA---------A-ACA--A--ACAG---CAAGAGTA------GT---G--GTAC--------CATAAGTAG--CA---GCTGCA---GAAGTA----GTAGTA---------GTA-G------TACCAATAAAGNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNA-A-ATCAACAGTTGAA-------GAAGTAATACTAGTAGCAGCATATAT------AGTA------CTAGTAGCAGCAGCAGAAG-TAGTA--G--T-AG-TAGA-ATCCAG---CAACA---AAA---ATA---GTAGTAGTACAAGCAGTA---GCAGCAGCAGC---TGAAGT---AG---TGGTAG---T---AGCaggaattctataagcttgtctttcattccaatacttttgacaaaattgtttgtaaatatgtagtattgttaagatattcgaaataaaatatatttaaacaaacagcaagagtagtggtaccataagtagcagctgcagaagtagtagtagtagtaccaataaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatcaacagttgaagaagtaatactagtagcagcatatatagtactagtagcagcagcagaagtagtagtagtagaatccagcaacaaaaatagtagtagtacaagcagtagcagcagcagctgaagtagtggtagtagc
gi|4 : gaagtagtagcagcagtagctgaaataatagcaccagtaactgaagtggtattagcagaagtaatagtagaagcagctgaagaagtaataatatcAGTAGCAACAGCAGAAAA------TA----------TAGTAG-T---ATTAG---CA--GCA---GCAGAAATAGAAGTTGTAGTAGTAGTAGTT---GTAGCAATAG------------TAGAAG-TAG----------CAGC---AG-GA-AA-TA--TAGAA------GAA-----GCAGTAGT----A---A---TAGCAAAAGC---ATCAGAAG---TAGAAG--T--A-ATAGCA--GCAA---CAGAAGTAG-----TT---G--TAACAGCAG---CATGAATAG--TA---GTAATA---GCAGCA----GCCGCA---------G----------TAATACTGGAATAATT-AATAGTAGTAGTAGTAGTAGAAGTAGTA-----GT-A-A---CAGCAGCAGAAATAGTT-GTAGTAGTAGCAGTAGTAATAGAAGC------AGTC------AAAGTAGTAGTATCAGCAG-T
gi|5 : TGGTGATAA-------CGGTAGACGT---GGTAACAATTGTAACAG--A--A-GTAACA--GTAGTATCAAAAGTTTCCCTAAT---G----ACTGTAG---AAAATGTAAAACA---GCAGTA--------A----G-AGCA---------AAA-C------TCGTGTAGGTTACAGT-AATA-CAGT--TATCATCAGCAGTGGCC-----GT-T-A------TGGT---------T-GTAGTAGCAATAATATCAGCAGTAGT------CGTT------ATTGTTGCAGAAGCAGCAA-TAAC--------AG-CATA-A----T---CAGTAAGCGTATTGGTT---GCAACATCAGAAGTAGTcgttgatgtttttgttattgttgtttactgaggatgttattgttg
gi|6 : A-----GTAGTAATA-TAA---GCTGTAATATAAGC---AGAAATTGCTGTAATAG--T--G-GTAACA--GTA-----ATAAATAT-----AT---G--TTATAGTAGATACAAAAA------A---GTGGTA---AATGCT----GTA-------------AATG------TAATTGTGTAGGAGGT-AATAGTAGTAATAATAGCGGAAGCTGCAAAGGCGT---A-ATTAGTACTGG-------TGGTAGTTGTAGAAGTAGAAGCGGAA-C------AATT------ATTCCAG--GAAATAGAAG-TAGAA--G--A-AG-TGTA-A----
gi|7 : GCAGTATGAGTTGTTTTTACAT---AAGTTATAAAACCAGTGGTAG---TAGCAGCAGTACCGGTAGTAACTGTAGCAA---TATCA---GTAGCAATAGCAAT
gi|7 : aatatAACCAGT---GGTAGTAGCAGCA---GT---ACCGGTAGTAACTGT--AGCAATATCAGTAGCAA--TAGCAAT--ACCGGTGCTGCAGTA---G-TA-A-TATCATTATTA---------T-TATTAGTAGTAGTTGTAGTATAAGTAGTATT---GG---AAGT------AGTAGCGGCAG---TAGTTGTAGTT---GTAGTA---GAAATAGTAAAAGTACGGGTAGTAATGGTAGTaccggtgctgcagtagtaatatcattattattattagtagtagttgtagtataagtagtattggaagtagtagcggcagtagttgtagttgtagtagaaatagtaaaagtacgggtagtaatggtagt
gi|8 : aatatgcagtatgagttgtttttacataagttataaAGTATTAGTATTAGCAGCAGCAGCAGTA--GTCATAGTATTAGTAGTAGTA-ATT--GTAGCAGTAGAAG-TTGTGGTGG----------TGGTAGAAGTA---GT---A---GTAGTTGTAGT--AGAAGTGCTGGTGATAG--TATAAGA--A---GTA--ATAGTA---G-TG-A-TGTTGATATTG---------G-TGTTGGTAGAAGT---------AGTAGTAAT---AG---CAGC------AGCAGCAGTAA---TACTAGAAATA---CTAGTA---GTACCAA---AAGTG---GTGGTA
gi|9 : AGTA-TA-AAC-AGCAGCAGCAGTAG-AAG-------TAGT---AGTAGTAGTGTTA---AC---A---GCAGTGGCAGC--AGCAGTAGTAGTAGTAG--TAGAAAT--A---GTA--TTAGTT---G-TG-A-TATTAGTgt
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAAGGAGAGGGATTCTGTAAGCTTGTATTTCGTTCCAATCCATTAAACTAAATTGCTGTTATATAGAACATATGTAACACTGTAAACTATTTCAAATACAATATGTTTAAATC
Unaligned ( gi|18 ): GGGAAGGGATTTCTATAAGGTAGTACTTTATTTTAATCCTTTTGACAAAACAGCTAGTAAATATGTAATATTGCAAAAAAATAAAAATTTAATATGTTTAAATCAAG
Unaligned ( gi|20 ): AGGAGAGGAATTCTATAAGCTTGTCTGTTATTCTTATCATTTTGGCAAAATTGTTTGTAAATGTAGTATATTGTAAGATATTCGAAATATAATATGTTTAAACCAA
Unaligned ( gi|21 ): GATTGTCTTTCATTCCAATTCTTTTGACAAAAAAAATTGGAAATATGTATTAATGTAAAATATTCCGAATAAAATACATGAAAACCAAACA