lowQualScore                  :                     11                               11111                
lowQualScore                  :              2 55   88       5          555          66666    3 3         
lowQualScore                  :              . ..   ..       .          ...          .....    . .         
lowQualScore                  :              2 00   88       9          000          44444    3 5         
consensus                     :     GTCGAGCCCGC--TTGCGGTGAGCTCGACATAGTCG---TCACAATGGCG----GTTC-GGTGTATGTGC
Reference ( gi|5 )            :     GTCGAGCCCAC--TTGCTGTGAGCTTGACATAGTCA---TCACAATGGCC----GTTT-GATGTATGTGC
gi|1                          :     GTCCATCCCTC--TTGTAATGAGCT---CATTGTCA---TCACAATGGCT----GTTT-GGTGTAT
gi|7                          : ttttGTCGAGTCCACATTTG--GTAAGCTCGATCTGGTCA---TCACAATTACG----GTTC-GGttccgtttgtgtccaat
gi|3                          :   tttttGAGCCCAC--TTGCAGTGTGCTCGACCTAGTTGAGTTGAC-ATGGCG----GTTT-GGTGCATGTGC
gi|14                         :       tGAGCCTGC--ATGTAGTGAGCTTGGCATAGTCA---TCACATTGGc
gi|11                         :        tAGCCTGC--TTGTGATGAGCTCGACATAGTCG---TGACAATGGCA----GTTC-AGTGTATATGaggcaactcattg
gi|4                          :         AGCCCGC--TTGCGATGAGCTCAACATAGTTG---TCACAATGG
gi|9                          :         AACCTGC--TTGTGGTGACCTTGACATAGTTG---TCACAATAGCA----GTAT-GGTGTGTATtggtcctgtgatcatgcatgc
gi|2                          :         AGCCTGC--TTGCGGTGAGCTGGACATAGGTG---TCATAATGGCA----GACT-GGTAAATGTGat
gi|10                         :           aCCAC--TTGTGGTGAGTTCGACATAGTCA---TCACAATGGAG----GTTC-CATGTATGTGCtctgtgtg
gi|6                          :              tC--TTGCGGTGACCTCAACATAGTCA---TCACAATGGTTGGTGGTTT-GATGTATGTGCgt
gi|12                         :             agC--TTGTGGTGAGCTCGACATAGTCA---TCACAAGAGTG----GTTT-GGTGTATATGCgt
gi|15                         :                      gGTGAACTCAACATAGTCA---TCACAATGGAG----ATTC-AGTGTATGTGgtgc
gi|13                         :                    tgtgTAAGCTTGACATAGTCG---TCACAATGGCC----AATT-GGTGAATGTACggt
gi|8                          :                        TGAGCTCGATATAGTCG---TCACAAT-TTC----GTTTCGGTGTATGTACatctgtgtgtgc

Unaligned ( gi|16 ): GATTTTTTGTCAAGCCCGCTTGCGATCAGCCTGACAATATCATTACAA

lowQualScore                  :                                2       444      5555                    
lowQualScore                  :                                .       ...      ....                    
lowQualScore                  :                                5       444      3333                    
consensus                     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
Reference ( family-1795 )     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
gi|1                          :     GTCCATCCCTCTTGTAATGAGCTC----ATTGTCA---TCACAA----TGGCTGTTTGGTGTAT
gi|10                         :        ttttCCACTTGTGGTGAGTTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGGTTCCATGTATGTGCttccgtttgtgtccaat
gi|11                         :        tAGCCTGCTTGTGATGAGCTCGAC-ATAGTCG---TGACAA----TGGCAGTTCAGTGTATATGgt
gi|12                         :              GCTTGTGGTGAGCTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----GAGTGGTTTGGTGTATATGC
gi|13                         :                      TAAGCTTGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCCAATTGGTGAATGTACgtgc
gi|14                         :        GAGCCTGCATGTAGTGAGCTTGGC-ATAGTCA---TCACAT----TGGAGGatctgtgtgtgc
gi|15                         :                tTGTGGTGAACTCAAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGATTCAGTGTATGTGcaactcattg
gi|16                         :     GTCAAGCCCGCTTGCGATCAGCCTGACAATA-TCA---TTACAA----ggt
gi|2                          : gattttttAGCCTGCTTGCGGTGAGCTGGAC-ATAGGTG---TCATAA----TGGCAGACTGGTAAATGTG
gi|3                          :       aGAGCCCACTTGCAGTGTGCTCGAC-CTAGTTGAGTTGAC-A----TGGCGGTTTGGTGCATGTGCtctgtgtg
gi|4                          :        tAGCCCGCTTGCGATGAGCTCAAC-ATAGTTG---TCACAA----TGGTGGTCCTGTGc
gi|5                          :     GTCGAGCCCACTTGCTGTGAGCTTGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGCCGTTTGATGTATGTGCatcatgcatgc
gi|6                          :              GCTTGCGGTGACCTCAAC-ATAGTCA---TCACAATGGTTGGTGGTTTGATGTATGTGC
gi|7                          :    aGTCGAGTCCACATTTGGTAAGCTCGAT-CTGGTCA---TCACAA----TTACGGTTCGGTgt
gi|8                          :       tttttCTGCGTGTGATGAGCTCGAT-ATAGTCG---TCACAA----TTTCGTTTCGGTGTATGTAC
gi|9                          :         AACCTGCTTGTGGTGACCTTGAC-ATAGTTG---TCACAA----TAGCAGTATGGTGTGTATgtg

lowQualScore                  :                                2       444      5555                    
lowQualScore                  :                                .       ...      ....                    
lowQualScore                  :                                5       444      3333                    
consensus                     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
Reference ( family-1795 )     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
gi|1                          :     GTCCATCCCTCTTGTAATGAGCTC----ATTGTCA---TCACAA----TGGCTGTTTGGTGTAT
gi|10                         :        ttttCCACTTGTGGTGAGTTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGGTTCCATGTATGTGCttccgtttgtgtccaat
gi|11                         :        tAGCCTGCTTGTGATGAGCTCGAC-ATAGTCG---TGACAA----TGGCAGTTCAGTGTATATGgt
gi|12                         :              GCTTGTGGTGAGCTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----GAGTGGTTTGGTGTATATGC
gi|13                         :                      TAAGCTTGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCCAATTGGTGAATGTACgtgc
gi|14                         :        GAGCCTGCATGTAGTGAGCTTGGC-ATAGTCA---TCACAT----TGGAGGatctgtgtgtgc
gi|15                         :                tTGTGGTGAACTCAAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGATTCAGTGTATGTGcaactcattg
gi|16                         :     GTCAAGCCCGCTTGCGATCAGCCTGACAATA-TCA---TTACAA----ggt
gi|2                          : gattttttAGCCTGCTTGCGGTGAGCTGGAC-ATAGGTG---TCATAA----TGGCAGACTGGTAAATGTG
gi|3                          :       aGAGCCCACTTGCAGTGTGCTCGAC-CTAGTTGAGTTGAC-A----TGGCGGTTTGGTGCATGTGCtctgtgtg
gi|4                          :        tAGCCCGCTTGCGATGAGCTCAAC-ATAGTTG---TCACAA----TGGTGGTCCTGTGc
gi|5                          :     GTCGAGCCCACTTGCTGTGAGCTTGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGCCGTTTGATGTATGTGCatcatgcatgc
gi|6                          :              GCTTGCGGTGACCTCAAC-ATAGTCA---TCACAATGGTTGGTGGTTTGATGTATGTGC
gi|7                          :    aGTCGAGTCCACATTTGGTAAGCTCGAT-CTGGTCA---TCACAA----TTACGGTTCGGTgt
gi|8                          :       tttttCTGCGTGTGATGAGCTCGAT-ATAGTCG---TCACAA----TTTCGTTTCGGTGTATGTAC
gi|9                          :         AACCTGCTTGTGGTGACCTTGAC-ATAGTTG---TCACAA----TAGCAGTATGGTGTGTATgtg


blockSeqs                     :                                A       AGT      TGGT
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   
blockSeqs                     :                                .       .        .   


blockSeqCons                  :     
originalCons                  :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
finalCons                     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC

lowQualScore                  :                                2       444      5555                    
lowQualScore                  :                                .       ...      ....                    
lowQualScore                  :                                5       444      3333                    
consensus                     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
Reference ( family-1795 )     :     GTCGAGCCCGCTTGCGGTGAGCTCGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCGGTTCGGTGTATGTGC
gi|1                          :     GTCCATCCCTCTTGTAATGAGCTC----ATTGTCA---TCACAA----TGGCTGTTTGGTGTAT
gi|10                         :        ttttCCACTTGTGGTGAGTTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGGTTCCATGTATGTGCttccgtttgtgtccaat
gi|11                         :        tAGCCTGCTTGTGATGAGCTCGAC-ATAGTCG---TGACAA----TGGCAGTTCAGTGTATATGgt
gi|12                         :              GCTTGTGGTGAGCTCGAC-ATAGTCA---TCACAA----GAGTGGTTTGGTGTATATGC
gi|13                         :                      TAAGCTTGAC-ATAGTCG---TCACAA----TGGCCAATTGGTGAATGTACgtgc
gi|14                         :        GAGCCTGCATGTAGTGAGCTTGGC-ATAGTCA---TCACAT----TGGAGGatctgtgtgtgc
gi|15                         :                tTGTGGTGAACTCAAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGAGATTCAGTGTATGTGcaactcattg
gi|16                         :     GTCAAGCCCGCTTGCGATCAGCCTGACAATA-TCA---TTACAA----ggt
gi|2                          : gattttttAGCCTGCTTGCGGTGAGCTGGAC-ATAGGTG---TCATAA----TGGCAGACTGGTAAATGTG
gi|3                          :       aGAGCCCACTTGCAGTGTGCTCGAC-CTAGTTGAGTTGAC-A----TGGCGGTTTGGTGCATGTGCtctgtgtg
gi|4                          :        tAGCCCGCTTGCGATGAGCTCAAC-ATAGTTG---TCACAA----TGGTGGTCCTGTGc
gi|5                          :     GTCGAGCCCACTTGCTGTGAGCTTGAC-ATAGTCA---TCACAA----TGGCCGTTTGATGTATGTGCatcatgcatgc
gi|6                          :              GCTTGCGGTGACCTCAAC-ATAGTCA---TCACAATGGTTGGTGGTTTGATGTATGTGC
gi|7                          :    aGTCGAGTCCACATTTGGTAAGCTCGAT-CTGGTCA---TCACAA----TTACGGTTCGGTgt
gi|8                          :       tttttCTGCGTGTGATGAGCTCGAT-ATAGTCG---TCACAA----TTTCGTTTCGGTGTATGTAC
gi|9                          :         AACCTGCTTGTGGTGACCTTGAC-ATAGTTG---TCACAA----TAGCAGTATGGTGTGTATgtg