lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 3333333333 1111 1 1111 1111111 1 11111 1
lowQualScore : 9 3 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 9999999999 44 9 0 3333 3 555 6666 3 0000 0000000 0 2 3 22222 2 2 1
lowQualScore : . . .................................................................................................... . .......... .. . . .... . ... .... . .... ....... . . . ..... . . .
lowQualScore : 1 9 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 6666666666 66 1 8 5555 1 111 5555 1 8888 0000000 9 5 6 66666 8 7 0
consensus : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------ATAAATGGGTGAAAG--ANAC---GTATG--AAGTGCATCCCA-GGAG-CCCG----GTGGGT----ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTT-AAA-C---GTCATGCAAAAATTTGACGTCGT
Reference ( gi|5 ) : CAATGACGTCAGCGACATCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------ATAAATTGGTGAAAG-TAGAA---GTATG--AATTGCACCCCA-GGAA-TCCG----GTGCGT----ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGACAGCT-AAA-C---GTCATGCAAATATTTGACATTAT
gi|6 : CGATGACGTCA-CGGCGTCAAGTATTTGC
gi|11 : cCAACGACGTCAACGATATCAGGTATTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGATAAATTGGTGAAAA--AGCAT--GCACG--AAGTGCACTT-A-AGAA-CCCG----GTGGGT----ACTT-------TGACAAGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcatgcaaaaattggacgtcgttgacgtca
gi|2 : CAATGACATCAACAACTTTAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------ATAAATGGATGAAA---AGAC---GTGTAGAAAGTGTATCC-A-AGAG-CTCG----ATGGGTCC--ACTTAAAAGTTTGACAAGATTTTATTTAGCCGGTT-AAATC---GT-ATGCAAAAATTTGTCA
gi|8 : cCAATGACATCAACAACATCAAATTTCTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAG------ATAAATGGATGAAA---AAAC---ATATG----TCACA-------AAA-TGCG----GTGGGT----ACTT-------TG---AGATGTTATTTGG-CAGGTAAAA-CATGGTGATATAA--ACTTGACATCAT
gi|4 : AATGACTTCAACGACTTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------ATAAATTGGTGATTG-TACAT---GTATG--AATTGCATCCCA-AGAG-TGTG----ATGGGT----ATTT-------TGACAAGATGTGATTTAGACACCT-AAA-C---ATCATGCAAATATTTGACGTtta
gi|10 : ctAATGACATCAACGACGCCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------ATAAATGGGTGAAAG-TA-----------------------CA-GGAG-TCTG----ATGGGT----ACTT-------TGACAAGATGTGGTTTGGACAGCT-AAA-T---GTCATGCAAATATTTGACGTctgac
gi|3 : tATGACATCTATGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TTTTATGGGAGGAAG-GACAT---GTATG--AATTGTATCCGA-GGAG-CCTG----GTGGGT----ACTT-------TGACAAGATGTCATTTGGCCAGTT-AAA-T---GTCATTCAAAAATGTGATGTTGTctgacgtta
gi|7 : gATGTCATCAACGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------ATAAATGGAT-AAAG--AGAACATGTATT--AATTGCCTCCTA-GGAA-TCCG----GTGGGT----ACTT-------TAGAAAGATGTGATTTGCCCAGTG-GAA-------CATGAAAA-GTCTGACGTCATtggtgt
gi|9 : tgATGACGTCAACGACGTTAAGTATCTGCtg
gi|15 : ATGACGTCAACGACATCCAGTATTTGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaaatatatgcatggagcgtatcccgggaaacccagagggtactttgacaatatatgatttggcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
gi|1 : gaccggtcaaacattatTGACGTCAACGACGTCCAATATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------ATGAATGGGTGAAAAATATAT---GTATG--AA--AAACACCATGGAT-TCCGTCTGATACTTTGACACTT-------TGACAATATGTGATTTGGTCGGTT--AA-T---GTCATGCAAACACTTGACGT
gi|14 : ccgg------ATAAATAGGTGAGA---AGAT---GTATG--AAGTGTATCC-A-ACAG-CCCG----ATGGAT----ACTT-------TGACAAAATGCGATTTAGCCGGTT-AAA-A---TTTTTGCAAcgttgtcgccat
gi|12 : AAATGGGTGGAA---AGAC---ATATG--GAGTGTGATCCA-AGAG-CCCC----ATGGCT----ACTT-------TGACAAGATGTGATCTGGCCAATT-AAA-C---ATCATGCAAAAATTTGAtt
gi|13 : AAATAGGTGAAAA-GACAT---GTATG--AAGTACATTCAA-G--A-GCCG----GTTGGT----ATTT-------CAACAAGATGTGATTAGAATGGTT-AAA-T---GTCATGTAAAACTTTGACGTtgtctgatattattg
gi|9 : GTGAAAA-TATAT---GCATG--GAGCGTATCCCG-GGAAACCCA----GAGGGT----ACTT-------TGACAATATATGATTTGGcgttgacat
gi|6 : atgacgtcaacgacgttaagtatctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-AGAG-CCCG----GTGGGT----ATTT-------TGAGAAGATGTGGTTTGGCCGGCT-AAA-C---ATCATGCAAAAATTGGACGTcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAATAATATAAACAACAGCCAAGTTTTTACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222
lowQualScore : 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 2 8888888888 2 3 6 6 2 8888 2 6666 33 9999999 33 5 0
lowQualScore : . ............................................................................................. . . . .......... . . . . . .... . .... .. ....... .. . .
lowQualScore : 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 9 6666666666 9 0 1 6 9 9999 9 1111 99 3333333 99 7 8
consensus : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TGAA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
Reference ( family-174 ) : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TGAA-A-G-AN-AC--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
gi|1 : TGACGTCAACGACGTCCAATATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATGAATGGG-TGAA-A-A-AT-ATATGTATG-AAAAACA--CCATGGATTCCG-TCTGATACTTTGAC--ACTT-------TGACAATATGTGATTTGGTCGGTT-AA-TGTCATG-CAAACACTTGACGTCGT
gi|1 : ccggATGGCGACAACGACGTCAAGTGTTTGCAtgtcgccat
gi|10 : ccggtgacgtcaacgacgtccaatatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatgggtgaaaaatatatgtatgaaaaacaccatggattccgtctgatactttgacactttgacaatatgtgatttggtcggttaatgtcaAATGACATCAACGACGCCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGG-TGAA-A-G---------TA-------------CA-GGA----G-TCTGATG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGGTTTGGACAGCTAAA-TGTCATG-CAAATATTTGACGTC
gi|10 : tTAACGTCA--GACGTCAAATATTTGCAtgacgtta
gi|11 : taatgacatcaacgacgccaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataaatgggtgaaagtacaggagtctgatgggtactttgacaagatgtggtttggacagctaaatgtcaCAACGACGTCAACGATATCAGGTATTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGATAAATTGG-TGAA-A-A-AGCAT--GCACG-AAGTGCA-CTTA-AGA----A-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGAT
gi|12 : AAATGGG-TGGA-A---AG-AC--ATATG-GAGTGTGATCCA-AGA----G-CCCCATG----GCT--ACTT-------TGACAAGATGTGATCTGGCCAATTAAA-CATCATG-CAAAAATTTGATGTC
gi|13 : AAATAGG-TGAA-AAG-AC-AT--GTATG-AAGTACATTC-A-AGA----G-CC-GGTT----GGT--ATTT-------CAACAAGATGTGATTAGAATGGTTAAA-TGTCATG-TAAAACTTTGACGTCGTtgatattattg
gi|14 : ATAAATAGG-TGAG-A---AG-AT--GTATG-AAGTGTATCC-A-ACA----G-CCCGATG----GAT--ACTT-------TGACAAAATGCGATTTAGCCGGTTAAA-ATTTTTG-CAAtgacat
gi|15 : GACCGGTCAAA-CATTATG-CAAATACTGGATGTCGTtt
gi|15 : ATGACGTCAACGACATCCAGTATTTGCAtgacgtcat
gi|2 : gaccggtcaaacattaCAATGACATCAACAACTTTAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGA-TGAA-AAG-AC-GT--GTAGA-AAGTGTATCC-A-AGA----G-CTCGATG----GGTCCACTTAAAAGTTTGACAAGATTTTATTTAGCCGGTTAAATCGT-ATG-CAAAAATTTG
gi|3 : cATGACATCTATGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NTTTTATGGGAGGAA-G-G-AC-AT--GTATG-AATTGTATCCGA-GGA----G-CCTGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTCATTTGGCCAGTTAAA-TGTCATT-CAAAAATGTGATGTTGTtca
gi|4 : gAATGACTTCAACGACTTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------AATAAATTGG-TGAT-T-GTAC-AT--GTATG-AATTGCATCCCA-AGA----G-TGTGATG----GGT--ATTT-------TGACAAGATGTGATTTAGACACCTAAA-CATCATG-CAAATATTTGACGTCtggtgt
gi|5 : ctCAATGACGTCAGCGACATCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATTGG-TGAA-A-GTAG-AA--GTATG-AATTGCACCCCA-GGA----A-TCCGGTG----CGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGACAGCTAAA-CGTCATG-CAAATATTTGACATtgac
gi|6 : CGATGACGTCA-CGGCGTCAAGTATTTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GA-AAA-------AA-A----T-AT--GTATGAAAAAGCA-CAAA-AGA----G-CCCGGTG----GGT--ATTT-------TGAGAAGATGTGGTTTGGCCGGCTAAA-CATCATG-CAAAAATTGGACGTCGTtat
gi|6 : cTGACGTCAACGACGTCCAATTTTTGCAtgacgtca
gi|7 : ccgatgacgtcacggcgtcaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcaATGTCATCAACGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------ATAAATGGA-TAAAGA-G-AACAT--GTATT-AATTGCCTCCTA-GGA----A-TCCGGTG----GGT--ACTT-------TAGAAAGATGTGATTTGCCCAGTGGAA----CATG--AAAAGTCTGACGTCAT
gi|8 : tgCAATGACATCAACAACATCAAATTTCTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGA-TGAA-A---AA-AC--ATATG--------TCACA-AAAT---G-C--GGTG----GGT--ACTT-------TGA---GATGTTATTTGGCAGGTAAAA-CATGGTGATATAAACTTGACATCATtg
gi|9 : ATGACGTCAACGACGTTAAGTATCTGCtta
gi|9 : G-TGAA-A-ATAT-AT--GCATG-GAGCGTATCCCG-GGA----AACCCAGAG----GGT--ACTT-------TGACAATATATGATTTGGCGACTT--T-TGCCATGAAAAAAATTCGACGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaaatatatgcatggagcgtatcccgggaaacccagagggtactttgacaatatatgatttggcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAATAATATAAACAACAGCCAAGTTTTTACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222
lowQualScore : 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 2 2 222222 33 2 3 6 6 2 8888 2 6666 33 9999999 33 5 0
lowQualScore : . ............................................................................................. . . . . ...... .. . . . . . .... . .... .. ....... .. . .
lowQualScore : 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 9 9 444444 99 9 0 1 6 9 9999 9 1111 99 3333333 99 7 8
consensus : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
Reference ( family-174 ) : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
gi|1 : TGACGTCAACGACGTCCAATATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATGAATGGG-TG-AA-A-A-AT-ATATGTATG-AAAAACA--CCATGGATTCCG-TCTGATACTTTGAC--ACTT-------TGACAATATGTGATTTGGTCGGTT-AA-TGTCATG-CAAACACTTGACGTCGT
gi|1 : ccggATGGCGACAACGACGTCAAGTGTTTGCAtgtcgccat
gi|10 : ccggtgacgtcaacgacgtccaatatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatgggtgaaaaatatatgtatgaaaaacaccatggattccgtctgatactttgacactttgacaatatgtgatttggtcggttaatgtcaAATGACATCAACGACGCCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGG-TG-AA-A-G---------TA-------------CA-GGA----G-TCTGATG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGGTTTGGACAGCTAAA-TGTCATG-CAAATATTTGACGTC
gi|10 : tTAACGTCA--GACGTCAAATATTTGCAtgacgtta
gi|11 : taatgacatcaacgacgccaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataaatgggtgaaagtacaggagtctgatgggtactttgacaagatgtggtttggacagctaaatgtcaCAACGACGTCAACGATATCAGGTATTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGATAAATTGG-TG-AA-A-A-AGCAT--GCACG-AAGTGCA-CTTA-AGA----A-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGAT
gi|12 : AAATGGG-TGGAA-A-G-AC-AT----ATG-GAGTGTGATCCA-AGA----G-CCCCATG----GCT--ACTT-------TGACAAGATGTGATCTGGCCAATTAAA-CATCATG-CAAAAATTTGATGTC
gi|13 : AAATAGG-TG-AA-AAG-AC-AT--GTATG-AAGTACATTC-A-AGA----G-CC-GGTT----GGT--ATTT-------CAACAAGATGTGATTAGAATGGTTAAA-TGTCATG-TAAAACTTTGACGTCGTtgatattattg
gi|14 : ATAAATAGG-TG-AG-A---AG-AT--GTATG-AAGTGTATCC-A-ACA----G-CCCGATG----GAT--ACTT-------TGACAAAATGCGATTTAGCCGGTTAAA-ATTTTTG-CAAtgacat
gi|15 : GACCGGTCAAA-CATTATG-CAAATACTGGATGTCGTtt
gi|15 : ATGACGTCAACGACATCCAGTATTTGCAtgacgtcat
gi|2 : gaccggtcaaacattaCAATGACATCAACAACTTTAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGA-TG-AA-AAG-AC-GT--GTAGA-AAGTGTATCC-A-AGA----G-CTCGATG----GGTCCACTTAAAAGTTTGACAAGATTTTATTTAGCCGGTTAAATCGT-ATG-CAAAAATTTG
gi|3 : cATGACATCTATGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NTTTTATGGGAGG-AA-G-G-AC-AT--GTATG-AATTGTATCCGA-GGA----G-CCTGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTCATTTGGCCAGTTAAA-TGTCATT-CAAAAATGTGATGTTGTtca
gi|4 : gAATGACTTCAACGACTTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------AATAAATTGG-TG-AT-T-GTAC-AT--GTATG-AATTGCATCCCA-AGA----G-TGTGATG----GGT--ATTT-------TGACAAGATGTGATTTAGACACCTAAA-CATCATG-CAAATATTTGACGTCtggtgt
gi|5 : ctCAATGACGTCAGCGACATCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATTGG-TG-AA-A-GTAG-AA--GTATG-AATTGCACCCCA-GGA----A-TCCGGTG----CGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGACAGCTAAA-CGTCATG-CAAATATTTGACATtgac
gi|6 : CGATGACGTCA-CGGCGTCAAGTATTTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GA-AAA--------AA-A----T-AT--GTATGAAAAAGCA-CAAA-AGA----G-CCCGGTG----GGT--ATTT-------TGAGAAGATGTGGTTTGGCCGGCTAAA-CATCATG-CAAAAATTGGACGTCGTtat
gi|6 : cTGACGTCAACGACGTCCAATTTTTGCAtgacgtca
gi|7 : ccgatgacgtcacggcgtcaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcaATGTCATCAACGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------ATAAATGGA-TA-AAGA-G-AACAT--GTATT-AATTGCCTCCTA-GGA----A-TCCGGTG----GGT--ACTT-------TAGAAAGATGTGATTTGCCCAGTGGAA----CATG--AAAAGTCTGACGTCAT
gi|8 : tgCAATGACATCAACAACATCAAATTTCTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGA-TG-AA-A---AA-AC--ATATG--------TCACA-AAAT---G-C--GGTG----GGT--ACTT-------TGA---GATGTTATTTGGCAGGTAAAA-CATGGTGATATAAACTTGACATCATtg
gi|9 : ATGACGTCAACGACGTTAAGTATCTGCtta
gi|9 : G-TG-AA-A-ATAT-AT--GCATG-GAGCGTATCCCG-GGA----AACCCAGAG----GGT--ACTT-------TGACAATATATGATTTGGCGACTT--T-TGCCATGAAAAAAATTCGACGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaaatatatgcatggagcgtatcccgggaaacccagagggtactttgacaatatatgatttggcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAATAATATAAACAACAGCCAAGTTTTTACAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222
lowQualScore : 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 2 2 2 222222 33 2 3 6 6 2 8888 2 6666 33 9999999 33 5 0
lowQualScore : . ............................................................................................. . . . . ...... .. . . . . . .... . .... .. ....... .. . .
lowQualScore : 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 9 9 9 444444 99 9 0 1 6 9 9999 9 1111 99 3333333 99 7 8
consensus : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
Reference ( family-174 ) : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
gi|1 : TGACGTCAACGACGTCCAATATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATGAATGGG-TG-AA-A-A-AT-ATATGTATG-AAAAACA--CCATGGATTCCG-TCTGATACTTTGAC--ACTT-------TGACAATATGTGATTTGGTCGGTT-AA-TGTCATG-CAAACACTTGACGTCGT
gi|1 : ccggATGGCGACAACGACGTCAAGTGTTTGCAtgtcgccat
gi|10 : ccggtgacgtcaacgacgtccaatatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatgggtgaaaaatatatgtatgaaaaacaccatggattccgtctgatactttgacactttgacaatatgtgatttggtcggttaatgtcaAATGACATCAACGACGCCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGG-TG-AA-A-G---------TA-------------CA-GGA----G-TCTGATG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGGTTTGGACAGCTAAA-TGTCATG-CAAATATTTGACGTC
gi|10 : tTAACGTCA--GACGTCAAATATTTGCAtgacgtta
gi|11 : taatgacatcaacgacgccaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataaatgggtgaaagtacaggagtctgatgggtactttgacaagatgtggtttggacagctaaatgtcaCAACGACGTCAACGATATCAGGTATTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGATAAATTGG-TG-AA-A-A-AGCAT--GCACG-AAGTGCA-CTTA-AGA----A-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGAT
gi|12 : AAATGGG-TGGAA-A-G-AC-AT----ATG-GAGTGTGATCCA-AGA----G-CCCCATG----GCT--ACTT-------TGACAAGATGTGATCTGGCCAATTAAA-CATCATG-CAAAAATTTGATGTC
gi|13 : AAATAGG-TG-AA-AAG-AC-AT--GTATG-AAGTACATTC-A-AGA----G-CC-GGTT----GGT--ATTT-------CAACAAGATGTGATTAGAATGGTTAAA-TGTCATG-TAAAACTTTGACGTCGTtgatattattg
gi|14 : ATAAATAGG-TG-AG-A---AG-AT--GTATG-AAGTGTATCC-A-ACA----G-CCCGATG----GAT--ACTT-------TGACAAAATGCGATTTAGCCGGTTAAA-ATTTTTG-CAAtgacat
gi|15 : GACCGGTCAAA-CATTATG-CAAATACTGGATGTCGTtt
gi|15 : ATGACGTCAACGACATCCAGTATTTGCAtgacgtcat
gi|2 : gaccggtcaaacattaCAATGACATCAACAACTTTAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGA-TG-AA-AAG-AC-GT--GTAGA-AAGTGTATCC-A-AGA----G-CTCGATG----GGTCCACTTAAAAGTTTGACAAGATTTTATTTAGCCGGTTAAATCGT-ATG-CAAAAATTTG
gi|3 : cATGACATCTATGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NTTTTATGGGAGG-AA-G-G-AC-AT--GTATG-AATTGTATCCGA-GGA----G-CCTGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTCATTTGGCCAGTTAAA-TGTCATT-CAAAAATGTGATGTTGTtca
gi|4 : gAATGACTTCAACGACTTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------AATAAATTGG-TG-AT-T-GTAC-AT--GTATG-AATTGCATCCCA-AGA----G-TGTGATG----GGT--ATTT-------TGACAAGATGTGATTTAGACACCTAAA-CATCATG-CAAATATTTGACGTCtggtgt
gi|5 : ctCAATGACGTCAGCGACATCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATTGG-TG-AA-A-GTAG-AA--GTATG-AATTGCACCCCA-GGA----A-TCCGGTG----CGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGACAGCTAAA-CGTCATG-CAAATATTTGACATtgac
gi|6 : CGATGACGTCA-CGGCGTCAAGTATTTGC-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GA-AAA--------AA-A----T-AT--GTATGAAAAAGCA-CAAA-AGA----G-CCCGGTG----GGT--ATTT-------TGAGAAGATGTGGTTTGGCCGGCTAAA-CATCATG-CAAAAATTGGACGTCGTtat
gi|6 : cTGACGTCAACGACGTCCAATTTTTGCAtgacgtca
gi|7 : ccgatgacgtcacggcgtcaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcaATGTCATCAACGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------ATAAATGGA-TA-AAGA-G-AACAT--GTATT-AATTGCCTCCTA-GGA----A-TCCGGTG----GGT--ACTT-------TAGAAAGATGTGATTTGCCCAGTGGAA----CATG--AAAAGTCTGACGTCAT
gi|8 : tgCAATGACATCAACAACATCAAATTTCTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGA-TG-AA-A---AA-AC--ATATG--------TCACA-AAAT---G-C--GGTG----GGT--ACTT-------TGA---GATGTTATTTGGCAGGTAAAA-CATGGTGATATAAACTTGACATCATtg
gi|9 : ATGACGTCAACGACGTTAAGTATCTGCtta
gi|9 : G-TG-AA-A-ATAT-AT--GCATG-GAGCGTATCCCG-GGA----AACCCAGAG----GGT--ACTT-------TGACAATATATGATTTGGCGACTT--T-TGCCATGAAAAAAATTCGACGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaaatatatgcatggagcgtatcccgggaaacccagagggtactttgacaatatatgatttggcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAC A G G AAGC . A G A C . T A . CC AAAAGTT TC A
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . AGAC . . G T T . . . . . . T A
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . AGAC . . G T C . . . . . . C .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GTAC . . G T G . . . . . . T .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GTAG . . G T C . . . . . . A .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GAAC . . T T C . . . . . . C .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . ATAT . . T C A . . . . . . T .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . GAC . . T T T . . . . . . C .
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . GAC . . A T C . . . . . . C .
blockSeqs : . . . AG . . T T C . . . . . . C .
blockSeqs : . . . AA . . G . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . G . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GNAC** ** **** ****
originalCons : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-A-G-AN-AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
finalCons : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGG-TG-AA-AGNAC--AT--GTATG-AAGTGCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAATAATATAAACAACAGCCAAGTTTTTACAC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 33 555 6 8 2 8888 2 6666 33 9999999 33 5 0
lowQualScore : .............................................................................................. . .. ... . . . .... . .... .. ....... .. . .
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 99 111 1 4 9 9999 9 1111 99 3333333 99 7 8
consensus : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGGTGAA-AGN-ACATGTATGAAGT-GCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
Reference ( family-174 ) : CAATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGGTGAA-AGN-ACATGTATGAAGT-GCATCCCA-GGA----G-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGCCGGTTAAA-CGTCATG-CAAAAATTTGACGTCGT
gi|1 : TGACGTCAACGACGTCCAATATTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATGAATGGGTGAA-AAATATATGTATGAAAA-ACA--CCATGGATTCCG-TCTGATACTTTGAC--ACTT-------TGACAATATGTGATTTGGTCGGTT-AA-TGTCATG-CAAACACTTGACGTCGT
gi|1 : ccggATGGCGACAACGACGTCAAGTGTTTGCAtgtcgccat
gi|10 : ccggtgacgtcaacgacgtccaatatttgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgaatgggtgaaaaatatatgtatgaaaaacaccatggattccgtctgatactttgacactttgacaatatgtgatttggtcggttaatgtcaAATGACATCAACGACGCCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGGTGAA-AGT-ACA--------------------GGA----G-TCTGATG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTGGTTTGGACAGCTAAA-TGTCATG-CAAATATTTGACGTC
gi|10 : tTAACGTCA--GACGTCAAATATTTGCAtgacgtta
gi|11 : taatgacatcaacgacgccaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataaatgggtgaaagtacaggagtctgatgggtactttgacaagatgtggtttggacagctaaatgtcaCAACGACGTCAACGATATCAGGTATTTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGATAAATTGGTGAA-AAA-GCATGCACGAAGT-GCA-CTTA-AGA----A-CCCGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGAT
gi|12 : AAATGGGTGGA-AAG-ACAT--ATGGAGT-GTGATCCA-AGA----G-CCCCATG----GCT--ACTT-------TGACAAGATGTGATCTGGCCAATTAAA-CATCATG-CAAAAATTTGATGTC
gi|13 : AAATAGGTGAA-AAG-ACATGTATGAAGT-ACATTC-A-AGA----G-CC-GGTT----GGT--ATTT-------CAACAAGATGTGATTAGAATGGTTAAA-TGTCATG-TAAAACTTTGACGTCGTtgatattattg
gi|14 : ATAAATAGGTGA---GA-AGATGTATGAAGT-GTATCC-A-ACA----G-CCCGATG----GAT--ACTT-------TGACAAAATGCGATTTAGCCGGTTAAA-ATTTTTG-CAAtgacat
gi|15 : GACCGGTCAAA-CATTATG-CAAATACTGGATGTCGTtt
gi|15 : ATGACGTCAACGACATCCAGTATTTGCAtgacgtcat
gi|2 : gaccggtcaaacattaCAATGACATCAACAACTTTAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATGGATGAA-AAG-ACGTGTAGAAAGT-GTATCC-A-AGA----G-CTCGATG----GGTCCACTTAAAAGTTTGACAAGATTTTATTTAGCCGGTTAAATCGT-ATG-CAAAAATTTG
gi|3 : cATGACATCTATGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NTTTTATGGGAGGA-AGG-ACATGTATGAATT-GTATCCGA-GGA----G-CCTGGTG----GGT--ACTT-------TGACAAGATGTCATTTGGCCAGTTAAA-TGTCATT-CAAAAATGTGATGTTGTtca
gi|4 : gAATGACTTCAACGACTTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------AATAAATTGGTGAT-TGT-ACATGTATGAATT-GCATCCCA-AGA----G-TGTGATG----GGT--ATTT-------TGACAAGATGTGATTTAGACACCTAAA-CATCATG-CAAATATTTGACGTCtggtgt
gi|5 : ctCAATGACGTCAGCGACATCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NATAAATTGGTGAA-AGT-AGAAGTATGAATT-GCACCCCA-GGA----A-TCCGGTG----CGT--ACTT-------TGACAAGATGTGATTTGGACAGCTAAA-CGTCATG-CAAATATTTGACATtgac
gi|6 : CGATGACGTCA-CGGCGTCAAGTATTTGCtat
gi|6 : cAA-AAA-ATATGTATGAAAAAGCA-CAAA-AGA----G-CCCGGTG----GGT--ATTT-------TGAGAAGATGTGGTTTGGCCGGCTAAA-CATCATG-CAAAAATTGGACGTCGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcatgcaaaaattggacgtcgttgacgtca
gi|6 : ccgatgacgtcacggcgtcaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaTGACGTCAACGACGTCCAATTTTTGCAtgacgtca
gi|7 : ccgatgacgtcacggcgtcaagtatttgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaaaaaatatgtatgaaaaagcacaaaagagcccggtgggtattttgagaagatgtggtttggccggctaaacatcaATGTCATCAACGATGTCAAGTATTTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------ATAAATGGATAAAGAGA-ACATGTATTAATT-GCCTCCTA-GGA----A-TCCGGTG----GGT--ACTT-------TAGAAAGATGTGATTTGCCCAGTGGAA----CATG--AAAAGTCTGACGTCAT
gi|8 : tgCAATGACATCAACAACATCAAATTTCTGCACTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------GATAAATGGATGAA-AAA-ACAT--ATG--------TCACA-AAAT---G-C--GGTG----GGT--ACTT-------TGA---GATGTTATTTGGCAGGTAAAA-CATGGTGATATAAACTTGACATCATtg
gi|9 : ATGACGTCAACGACGTTAAGTATCTGCtta
gi|9 : GTGAA-AAT-ATATGCATGGAGC-GTATCCCG-GGA----AACCCAGAG----GGT--ACTT-------TGACAATATATGATTTGGCGACTT--T-TGCCATGAAAAAAATTCGACGTCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtgaaaatatatgcatggagcgtatcccgggaaacccagagggtactttgacaatatatgatttggcgacttttgccatgaaaaaaattcgacgtcgcagacgtcatcgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CAATAATATAAACAACAGCCAAGTTTTTACAC