lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 2222 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222 33333333333 1111 6666666666666666666666666 2 00000000000000000000000000000000000 3333333333333333333333 111 1 11111 1111 11111 1111 1 1111 111111 2222222 11 1 1
lowQualScore : 5 9 33333 0000 111111 2 55 44 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 2 11111111 11111111111 8 55 999 4444 77 1 77 3333333333333333333333333 0 0 5 22222222222222222222222222222222222 5 1 3333333333333333333333 5 0 0 8 222 3 44444 2222 66666 2222 1 2222 2 2 444444 22 5 1 5555555 5 55 5 5 3 2
lowQualScore : . . ..... .... ...... . .. .. ................................................................................ . . ........ ........... . .. ... .... .. . .. ......................... . . . ................................... . . ...................... . . . . ... . ..... .... ..... .... . .... . . ...... .. . . ....... . .. . . . .
lowQualScore : 2 8 66666 0000 555555 8 55 99 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 77777777 11111111111 5 00 000 1111 99 7 99 7777777777777777777777777 4 8 0 55555555555555555555555555555555555 1 2 4444444444444444444444 0 2 4 0 999 7 33333 1111 00000 1111 4 1111 9 2 444444 11 7 7 9999999 7 88 0 0 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAG----AGTTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCGAAAGATGA-CGT-AGNTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGGNCTAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCT-CCG----CCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTA--A--GNGATG----C-------GT---AAAAATTTTCATGTAAAC-AAA-------TC-------GACTGT-CGGTG-------ATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGG-----N-G-CGA-GTGGGCGTCACAAAAA--TCTCAAGA-----TGT----GACG----AT----ATAAACAGATCGATA----AAACGTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAAT--CGGAAAAA-CTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( gi|1 ) : AATACATTGCAAAACTGGTGAG----TGTTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGA-AGT-AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACT-TTG----CCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTA--A--ATGATG----C-------GT---AAATATTTTCATGTAAAC-AAA-------TC-------AA-------ATG-------ACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTCAG-----T-G-TGA-GTGGGTGTCACGAAAG--TCTGAAGA-----TGT----GACA----AT----ATACACAGATCAATA----AAATGTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAAC--TGGAAAAA-CTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|3 : AATGCATTGCAAAATTGATGAG----AGTTTTCTGATTT------CATGAT--GAGGTGAAA
gi|4 : attgtaaaattggtgagagattcagaattttactatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttcagaggcaaactcttaaattctcataaattgaaccttgccatgttttgttctttacatttcattttctgtccattaggaagggtgcataaaagttttcatgtaaacaaatcaactgttcagtgattgaatactaataactgaccctttgtatcaaaaacaaatgggtatccataaattctcaagatgtgatgatataaaatgatcaataaaacatcactggttgaAACACATTACGAAGTTGGTGAG----AGTTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGA-CAT-GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT---------------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTA--AGAAGGACA----T-------GTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTCTC-------CG-------GTA-------TTTAAATACAGATAACTGACA--GATGTATCAG-----G-G-CGA-GTAGGCGTTACAAAAA--TCTCAGGA-----TGT----GATG----AT----GTGAGCAGATCAATA----AAAAGTCACTG------GTTGATTTCACgt
gi|12 : tacAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAA----AGTTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|15 : tgcattacAATGCGTTACAAAGTTGATGAG----AGTTTTGTAATTT------TACTAT--GAAcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|2 : cttacATTCGTTGCAAAATTTGTGAG----AGTTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGA-CGT-CGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCT---------CCAT-------------CCA-------TCTATTGTA----CAT--TTTC-ACGGATAA--A--GTCATGTTAGC-------TT---AAA-ATTTTC-T-CAAACTAAA-------GC-------GA-------CTGTTCGGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTCAGCCAAAT-G--GA-ATTGGCGTCA---AAGCATCTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAAC----GGAAGA-CTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TATg
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGA----AGTTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAA-CAA-AGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCT-CCG----CCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTA--AG-AAGGT-----C-------GT---AAA-ATGTTCAa
gi|3 : ataaccATTGTAAAATTGGTGAG----AGATTCAGAATTT------TACTAT--GAA
gi|9 : TTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGA-CGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCT-CTG----CTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatttcagaggcaaactcttaaattctcataaattgaaccttgccatgttttgttctttacatttcattttctgtccattaggaagggtgcataaaagttttcatgtaaacaaatcaactgttcagtgattgaatactaataactgaccctttgtatcaaaaacaaatgggtatccataaattctcaagatgtgatgatataaaatgatcaataaaacatcactggttgatttcacctcatcatgaaatcagaaaactctcatcaattttgcaatgcattgt
gi|8 : taatgagTTGCAAAA-TGGTGTG----AGTTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGA-CGT-AGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA--------TTTTCAAAGACGAACT-CTG----CCAATAAATTGTACCTT-CCA------GT---------AGTCATGTTTTCTATCCGTTA--A--GAAAGG----CAT-----GT---AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAA-------TC------------------G-------ACTG
gi|5 : gtgTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACATT-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TTTTCAGAGGTAAGCT-CTG----CCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTA--A--TTAA-G----CGGGGCATGT---AAACATTTTAATGTAAAC-AAA-------CC-------AACTGTTTGGTG-------ATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTCAG-----A-G-TGA-GAAGACGTCACAAAttcgat
gi|3 : gtTTTCAGAGGCAAACTCTTAAATTCTCATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTACATT-TCAT--TTTCTGTCCATTAGGA--AGGGTG----C-------AT---AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAA-------TC-------AACTGTTCAGTG-------ATTGAATACTAATAACTGACCCT-TTGTATCAA-----A-AACAA-ATGGGTATCCATAAAT--TCTCAAGA-----TGT----GATG----AT----ATAAAATGATCAATA----AAACATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAAT--CAGAAAA--CTCTCATCAATTTTGCAATGCATTG
gi|16 : attgtaaaattggtgagagattcagaattttactatgaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaTTTTGAAGGTAAGCT-CCG----CCCATAAATTGTACCTAGTCA
gi|6 : TTCGAAGGTAAACT-CCG----CCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTA--A--GAAAGG----C-------ATCT-AAAAATT--------AAC-AAA-------TT-------GATTCTACAGTG-------ATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTCGA-----T-G-CGA-GTGGCCGTCACAAAAA--TCTCAAGA-----TGT----TATG----AC----ATAAACAGGTCAATG----CAACATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAAT--TGG-AAAA-CTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|10 : ATGTAAAC-AAA-------TC-------GACTGTTCGGTG-------AGTGAATACTGGTAATTGACATG-CTGTGCCGA-----A-G-CAG-GTGTGTGTCACATAAA--TCTCGAAA-----TAT----GACG----AT----ATAAATAGGTTGGTT----AAATATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAAT--CGGAAAAAGCTC--ATCAATTTTACAACGCGTT
gi|14 : ATGTAAAC-AAA-------TCGCCTGTTAG-------GTC-------ATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTC-G-----TAG-TGA-GTCGGTGTGACAAAtt
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATCAG-----A-G--GATGTGGGCGTCACAAAAA--TCTCAAAA-----TGT----GACG----GT----ATAAACAGATCAATA----AAATGTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAA---TCGAAAAA-CTC
gi|13 : tACAAAAA--TCTCAAGA-----TGT----GACA----AT----ATAAACAGAGCTATG----TAACATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAAT--TGG-AAAA-CTC
gi|4 : aatgggcacaaATGTCATCT------TTTGATT-CA---TATA-GTAAAATCATG---AAA-CTCTCACCAACTTCGTAATGTGTTGTAcctgtaaacat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111 11111111111111111 33333333333333333333333 22222 11111 11111 1111 222222222222 111111 1
lowQualScore : 9999 1 0 111111 55 7 5 0 4444444 1 44444444444444444 3 1 1 5 0 22 7 0 5 66 99999999999999999999999 0 4 0 33333 0 4 55 1 0 4 00000 55 4 22222 3 0000 555555555555 444444 5 0 9 2
lowQualScore : .... . . ...... .. . . . ....... . ................. . . . . . .. . . . .. ....................... . . . ..... . . .. . . . ..... .. . ..... . .... ............ ...... . . . .
lowQualScore : 4444 7 9 555555 55 2 0 4 6666666 4 88888888888888888 9 4 6 0 9 44 4 1 4 99 99999999999999999999999 2 4 1 00000 1 4 11 0 9 0 00000 55 0 55555 1 6666 666666666666 444444 7 1 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGGGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----G--A--GGNGC--GT---AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTC-GGAGCGA-GTG-----GGCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( family-1669 ) : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCGAAAGATGACG-TAGNTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGGNCTAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----G--N--GATGC--GT---AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTC-GGNGCGA-GTG-----GGCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
gi|1 : AATACATTGCAAAACTGGTGAGTG----TTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGAAG-TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACTTTGCCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTAA----A--T--GATGC--GT---AAATATTTTCATGTAAAC-AAATCAA---------ATGACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTC-AGTGTGA-GTG-----GGTGTCA--CG-AAAGTCTGAAGATGTGACAATATACACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAACTGGAAAAACTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|10 : ATGTAAAC-AAATCGACTG-TTC-GGTGAGTGAATACTGGTAATTGACA-TGCTGTGCC-GAAGCAG-GTG-----TGTGTCA--CA-TAAATCTCGAAATATGACGATATAAATAG-----GTTGGTT----AAAT------------ATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAATCGGAAAAA-GCTCATCAATTTTACAACGCGTT
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATC-AGAG-GATGTG-----GGCGTCA--CA-AAAATCTCAAAATGTGACGGTATAAACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAATC-GAAAAACTCtt
gi|12 : tAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAAAG----TTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|13 : tgcattacA-ATG-----GGCA-CAAACA-AAAATCTCAAGATGTGACAATATAAACAG-----AGCTATG----TAAC------------ATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAATTGG-AAAACTCCCcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|14 : ATGTAAAC-AAATCGCCTG-T-TAGGTCATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTC-GTAGTGA-GTC-----GGTGTGA--CA-AAtgtaaacat
gi|15 : AATGCGTTACAAAGTTGATGAGAG----TTTTGTAATTT------TACTAT--GAA
gi|16 : cttacTTTTGAAGGTAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGTCAg
gi|2 : ATTCGTTGCAAAATTTGTGAGAG----TTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGACG-TCGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCTCCATCCATCTATTGTACATTTTCACG----GAT------AAAGTCAT-----------GTTA--------------GC--TT----AAAATTTTC-T-CAAACTAAAGCGACTGTT-C-GGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTC-AGC-CAA-ATGGAATTGGCGTCA---A-AGCATCTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAA-CGG-AAGACTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TAT
gi|3 : TTGTAAAATTGGTGAGAG----ATTCAGAATTT------TACTAT--G------AANNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTCAGA----GGCAAAC---TC-TT---------AAATT---CTCATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTAC-ATTTCAT--TTTCTGTCCATTAG----GAAG--GGTGC--AT---AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAATCAACTGTT-C-AGTGATTGAATACTAATAACTGACC-CTTTGTATCAAAAACAA-ATG-----GGTATC---CATAAATTCTCAAGATGTGATGATATAAAATG-----ATCAATA----AAAC------------ATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAATCAG-AAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCATTGa
gi|4 : aAACACATTACGAAGTTGGTGAGAG----TTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGACA-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT----------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTAA----G--AAGGACAT--GTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTC-TCC-GGTATTTAAATACAGATAACTGACA-GA-TGTATC-AGGGCGA-GTA-----GGCGTTA--CA-AAAATCTCAGGATGTGATGATGTGAGCAG-----ATCAATA----AAAA------------GTCACTG------GTTGATTTCAC
gi|5 : tacTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACA-TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCAGAGGTAAGCTCTGCCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTAATTAAG--C--GGGGCATGT---AAACATTTTAATGTAAAC-AAACCAACTG-T-TTGGTGATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTC-AGAGTGA-GAA-----GACGTCA--CA-AA
gi|6 : gtTTCGAAGGTAAACTCCGCCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTAA----G--A--AAGGC--ATCT-AAAAATT--------AAC-AAATTGATTC-TAC-AGTGATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTC-GATGCGA-GTG-----GCCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTTATGACATAAACAG-----GTCAATG----CAAC------------ATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAATTGG-AAAACTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGAAG----TTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAACA-AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCTCCGCCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTAA----GA-A--GGT-C--GT----AAAATGTTCA
gi|8 : ataaccGTGTTGCAAAAT-GGTGTGAG----TTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGACG-TAG-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA-TTTTCAAAGACGAACTCTGCCAATAAATTGTACCT-TCCA----------GT-----AGTCATGTTTTCTATCCGTTAA----G--A--AAGGCATGT---AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAATCGACTG-T-
gi|9 : AATGAGTTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGACGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCTCTGCTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGTtcgat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111 1111111111111111 22222222222222222222222 222 11111111 11111 1111 222222222222 111111 1
lowQualScore : 9999 1 0 111111 55 1 5 0 3333333 1 3333333333333333 3 0 1 5 0 22 7 0 5 66 77777777777777777777777 0 4 0 4 444 0 4 55 88888888 4 55 5 22222 3 0000 555555555555 444444 5 0 9 2
lowQualScore : .... . . ...... .. . . . ....... . ................ . . . . . .. . . . .. ....................... . . . . ... . . .. ........ . .. . ..... . .... ............ ...... . . . .
lowQualScore : 4444 7 9 555555 55 1 0 4 2222222 0 0000000000000000 9 5 6 0 9 44 4 1 4 99 55555555555555555555555 2 4 1 4 999 1 4 33 11111111 0 55 0 55555 1 6666 666666666666 444444 7 1 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GA--GGGGC--GT-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( family-1669 ) : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGGGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GA--GGNGC--GT-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
gi|1 : AATACATTGCAAAACTGGTGAGTG----TTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGAAG-TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACTTTGCCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTAA----AT--GATGC--GT-----AAATATTTTCATGTAAAC-AAATCAA---------ATGACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTCAGTG-T------GA-GTGGGTGTCA--CGAAAGT-CTGAAGATGTGACAATATACACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAACTGGAAAAACTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|10 : ATGTAAAC-AAATCGACTG-TTC-GGTGAGTGAATACTGGTAATTGACA-TGCTGTGCCGAAG-C------AG-GTGTGTGTCA--CATAAAT-CTCGAAATATGACGATATAAATAG-----GTTGGTT----AAAT------------ATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAATCGGAAAAA-GCTCATCAATTTTACAACGCGTT
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATCAGAG--------GATGTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAAATGTGACGGTATAAACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAATC-GAAAAACTCtt
gi|12 : tAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAAAG----TTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|13 : tgcattacA-ATGGGCA-CAAACAAAAAT-CTCAAGATGTGACAATATAAACAG-----AGCTATG----TAAC------------ATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAATTGG-AAAACTCCCcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|14 : ATGTAAAC-AAATCGCCTG-T-TAGGTCATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTCGTAG-T------GA-GTCGGTGTGA--CAAAtgtaaacat
gi|15 : AATGCGTTACAAAGTTGATGAGAG----TTTTGTAATTT------TACTAT--GAA
gi|16 : cttacTTTTGAAGGTAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGTCAg
gi|2 : ATTCGTTGCAAAATTTGTGAGAG----TTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGACG-TCGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCTCCATCCATCTATTGTACATTTTCACG----GAT------AAAGTCAT-----------GTTA------------GC--TT------AAAATTTTC-T-CAAACTAAAGCGACTGTT-C-GGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTC--AG-CCAAATGGA-ATTGGCGTCA---AAGCAT-CTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAA-CGG-AAGACTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TAT
gi|3 : TTGTAAAATTGGTGAGAG----ATTCAGAATTT------TACTAT--GA------ANNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTCAGAG----GCAAAC---TC-TT---------AAATTCT---CATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTAC-ATTTCAT--TTTCTGTCCATTAG----GAAGGGTGC--AT-----AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAATCAACTG-TTC-AGTGATTGAATACTAATAACTGACC-CTTTGTATCAAAAAC------AA-ATGGGTATC---CATAAATTCTCAAGATGTGATGATATAAAATG-----ATCAATA----AAAC------------ATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAATCAG-AAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCATTGa
gi|4 : aAACACATTACGAAGTTGGTGAGAG----TTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGACA-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT----------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTAA----GA--AGGAC--ATGTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTC-TCC-GGTATTTAAATACAGATAACTGACA-GA-TGTATCAGGG-C------GA-GTAGGCGTTA--CAAAAAT-CTCAGGATGTGATGATGTGAGCAG-----ATCAATA----AAAA------------GTCACTG------GTTGATTTCAC
gi|5 : tacTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACA-TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCAGAGGTAAGCTCTGCCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTAATTAAGC--GGGGCATGT-----AAACATTTTAATGTAAAC-AAACCAACTG-T-TTGGTGATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTCAGAG-T------GA-GAAGACGTCA--CAAA
gi|6 : gtTTCGAAGGTAAACTCCGCCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTAA----GA--AAGGC--ATCT---AAAAATT--------AAC-AAATTGATTC-TAC-AGTGATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTCGATG-C------GA-GTGGCCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTTATGACATAAACAG-----GTCAATG----CAAC------------ATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAATTGG-AAAACTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGAAG----TTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAACA-AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCTCCGCCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTAA----GA--AGGTC--GT------AAAATGTTCA
gi|8 : ataaccGTGTTGCAAAAT-GGTGTGAG----TTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGACG-TAG-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA-TTTTCAAAGACGAACTCTGCCAATAAATTGTACCT-TCCA----------GT-----AGTCATGTTTTCTATCCGTTAA----GA--AAGGCATGT-----AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAATCGACTG-T-
gi|9 : AATGAGTTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGACGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCTCTGCTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGTtcgat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111 1111111111111111 1111 333333333333 222 11111111 11111 1111 222222222222 111111 1
lowQualScore : 9999 1 0 111111 55 1 5 0 3333333 1 1111111111111111 3 0 1 5 0 22 7 0 5 66 0000 33 111111111111 0 4 0 4 444 0 4 55 88888888 4 55 5 22222 3 0000 555555555555 444444 5 0 9 2
lowQualScore : .... . . ...... .. . . . ....... . ................ . . . . . .. . . . .. .... .. ............ . . . . ... . . .. ........ . .. . ..... . .... ............ ...... . . . .
lowQualScore : 4444 7 9 555555 55 1 0 4 2222222 0 1111111111111111 9 5 6 0 9 44 4 1 4 99 6666 44 444444444444 2 4 1 4 999 1 4 33 11111111 0 55 0 55555 1 6666 666666666666 444444 7 1 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGC--G--T-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( family-1669 ) : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAGGGGC--G--T-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
gi|1 : AATACATTGCAAAACTGGTGAGTG----TTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGAAG-TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACTTTGCCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTAA----ATGATGC--G--T-----AAATATTTTCATGTAAAC-AAATCAA---------ATGACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTCAGTG-T------GA-GTGGGTGTCA--CGAAAGT-CTGAAGATGTGACAATATACACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAACTGGAAAAACTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|10 : ATGTAAAC-AAATCGACTG-TTC-GGTGAGTGAATACTGGTAATTGACA-TGCTGTGCCGAAG-C------AG-GTGTGTGTCA--CATAAAT-CTCGAAATATGACGATATAAATAG-----GTTGGTT----AAAT------------ATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAATCGGAAAAA-GCTCATCAATTTTACAACGCGTT
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATCAGAG--------GATGTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAAATGTGACGGTATAAACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAATC-GAAAAACTCtt
gi|12 : tAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAAAG----TTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|13 : tgcattacA-ATGGGCA-CAAACAAAAAT-CTCAAGATGTGACAATATAAACAG-----AGCTATG----TAAC------------ATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAATTGG-AAAACTCCCcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|14 : ATGTAAAC-AAATCGCCTG-T-TAGGTCATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTCGTAG-T------GA-GTCGGTGTGA--CAAAtgtaaacat
gi|15 : AATGCGTTACAAAGTTGATGAGAG----TTTTGTAATTT------TACTAT--GAA
gi|16 : cttacTTTTGAAGGTAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGTCAg
gi|2 : ATTCGTTGCAAAATTTGTGAGAG----TTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGACG-TCGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCTCCATCCATCTATTGTACATTTTCACG----GAT------AAAGTCAT-----------GTTA----------GC--T--T------AAAATTTTC-T-CAAACTAAAGCGACTGTT-C-GGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTC--AG-CCAAATGGA-ATTGGCGTCA---AAGCAT-CTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAA-CGG-AAGACTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TAT
gi|3 : TTGTAAAATTGGTGAGAG----ATTCAGAATTT------TACTAT--GA------ANNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTCAGAG----GCAAAC---TC-TT---------AAATTCT---CATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTAC-ATTTCAT--TTTCTGTCCATTAG----GAAGGGT--GCAT-----AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAATCAACTG-TTC-AGTGATTGAATACTAATAACTGACC-CTTTGTATCAAAAAC------AA-ATGGGTATC---CATAAATTCTCAAGATGTGATGATATAAAATG-----ATCAATA----AAAC------------ATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAATCAG-AAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCATTGa
gi|4 : aAACACATTACGAAGTTGGTGAGAG----TTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGACA-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT----------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTAA----GAAGGAC--A--TGTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTC-TCC-GGTATTTAAATACAGATAACTGACA-GA-TGTATCAGGG-C------GA-GTAGGCGTTA--CAAAAAT-CTCAGGATGTGATGATGTGAGCAG-----ATCAATA----AAAA------------GTCACTG------GTTGATTTCAC
gi|5 : tacTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACA-TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCAGAGGTAAGCTCTGCCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTAATTAAGCGGGGCATG--T-----AAACATTTTAATGTAAAC-AAACCAACTG-T-TTGGTGATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTCAGAG-T------GA-GAAGACGTCA--CAAA
gi|6 : gtTTCGAAGGTAAACTCCGCCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTAA----GAAAGGC--A--TCT---AAAAATT--------AAC-AAATTGATTC-TAC-AGTGATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTCGATG-C------GA-GTGGCCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTTATGACATAAACAG-----GTCAATG----CAAC------------ATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAATTGG-AAAACTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGAAG----TTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAACA-AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCTCCGCCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTAA----GAAGGTC--G--T------AAAATGTTCA
gi|8 : ataaccGTGTTGCAAAAT-GGTGTGAG----TTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGACG-TAG-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA-TTTTCAAAGACGAACTCTGCCAATAAATTGTACCT-TCCA----------GT-----AGTCATGTTTTCTATCCGTTAA----GAAAGGCATG--T-----AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAATCGACTG-T-
gi|9 : AATGAGTTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGACGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCTCTGCTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGTtcgat
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111 1111111111111111 1111 333333333333 222 11111111 11111 1111 222222222222 111111 1
lowQualScore : 9999 1 0 111111 55 1 5 0 3333333 1 1111111111111111 3 0 1 5 0 22 7 0 5 66 0000 0 111111111111 0 4 0 4 444 0 4 55 88888888 4 55 5 22222 3 0000 555555555555 444444 5 0 9 2
lowQualScore : .... . . ...... .. . . . ....... . ................ . . . . . .. . . . .. .... . ............ . . . . ... . . .. ........ . .. . ..... . .... ............ ...... . . . .
lowQualScore : 4444 7 9 555555 55 1 0 4 2222222 0 1111111111111111 9 5 6 0 9 44 4 1 4 99 6666 2 444444444444 2 4 1 4 999 1 4 33 11111111 0 55 0 55555 1 6666 666666666666 444444 7 1 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGC--G--T-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( family-1669 ) : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGC--G--T-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
gi|1 : AATACATTGCAAAACTGGTGAGTG----TTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGAAG-TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACTTTGCCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTAA----ATGATGC--G--T-----AAATATTTTCATGTAAAC-AAATCAA---------ATGACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTCAGTG-T------GA-GTGGGTGTCA--CGAAAGT-CTGAAGATGTGACAATATACACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAACTGGAAAAACTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|10 : ATGTAAAC-AAATCGACTG-TTC-GGTGAGTGAATACTGGTAATTGACA-TGCTGTGCCGAAG-C------AG-GTGTGTGTCA--CATAAAT-CTCGAAATATGACGATATAAATAG-----GTTGGTT----AAAT------------ATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAATCGGAAAAA-GCTCATCAATTTTACAACGCGTT
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATCAGAG--------GATGTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAAATGTGACGGTATAAACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAATC-GAAAAACTCtt
gi|12 : tAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAAAG----TTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|13 : tgcattacA-ATGGGCA-CAAACAAAAAT-CTCAAGATGTGACAATATAAACAG-----AGCTATG----TAAC------------ATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAATTGG-AAAACTCCCcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|14 : ATGTAAAC-AAATCGCCTG-T-TAGGTCATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTCGTAG-T------GA-GTCGGTGTGA--CAAAtgtaaacat
gi|15 : AATGCGTTACAAAGTTGATGAGAG----TTTTGTAATTT------TACTAT--GAA
gi|16 : cttacTTTTGAAGGTAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGTCAg
gi|2 : ATTCGTTGCAAAATTTGTGAGAG----TTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGACG-TCGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCTCCATCCATCTATTGTACATTTTCACG----GAT------AAAGTCAT-----------GTTA----------GC--T--T------AAAATTTTC-T-CAAACTAAAGCGACTGTT-C-GGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTC--AG-CCAAATGGA-ATTGGCGTCA---AAGCAT-CTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAA-CGG-AAGACTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TAT
gi|3 : TTGTAAAATTGGTGAGAG----ATTCAGAATTT------TACTAT--GA------ANNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTCAGAG----GCAAAC---TC-TT---------AAATTCT---CATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTAC-ATTTCAT--TTTCTGTCCATTAG----GAAGGGT--GCAT-----AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAATCAACTG-TTC-AGTGATTGAATACTAATAACTGACC-CTTTGTATCAAAAAC------AA-ATGGGTATC---CATAAATTCTCAAGATGTGATGATATAAAATG-----ATCAATA----AAAC------------ATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAATCAG-AAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCATTGa
gi|4 : aAACACATTACGAAGTTGGTGAGAG----TTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGACA-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT----------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTAA----GAAGGAC--A--TGTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTC-TCC-GGTATTTAAATACAGATAACTGACA-GA-TGTATCAGGG-C------GA-GTAGGCGTTA--CAAAAAT-CTCAGGATGTGATGATGTGAGCAG-----ATCAATA----AAAA------------GTCACTG------GTTGATTTCAC
gi|5 : tacTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACA-TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCAGAGGTAAGCTCTGCCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTAATTAAGCGGGGCATG--T-----AAACATTTTAATGTAAAC-AAACCAACTG-T-TTGGTGATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTCAGAG-T------GA-GAAGACGTCA--CAAA
gi|6 : gtTTCGAAGGTAAACTCCGCCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTAA----GAAAGGC--A--TCT---AAAAATT--------AAC-AAATTGATTC-TAC-AGTGATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTCGATG-C------GA-GTGGCCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTTATGACATAAACAG-----GTCAATG----CAAC------------ATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAATTGG-AAAACTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGAAG----TTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAACA-AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCTCCGCCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTAA----GAAGGTC--G--T------AAAATGTTCA
gi|8 : ataaccGTGTTGCAAAAT-GGTGTGAG----TTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGACG-TAG-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA-TTTTCAAAGACGAACTCTGCCAATAAATTGTACCT-TCCA----------GT-----AGTCATGTTTTCTATCCGTTAA----GAAAGGCATG--T-----AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAATCGACTG-T-
gi|9 : AATGAGTTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGACGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCTCTGCTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGTtcgat
blockSeqs : CATA A TAACCA AT A T CTGATCA G NNNNNNNNNNNNNNNA G T A TT C A GT TTAA ATGTTACA T T TC . GA CCAAATG T AA T GTCAT G CATG GCTAGGCGAAAG GGTCTT G A G
blockSeqs : . G . . A . NNNNNNN T NNNNNNNNNNNNNNNA G T T TT T A . . GCATA . . TA . AG AC . . . . A . . . . A G
blockSeqs : . T . . A . NNNNNNN N TGGAGCTAACGTTTC A A T GT T G . . ATGTA . . TC . GT C . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . A . . T . NNNNNNN N NNNNNNNNNNNNNNN G T A CT T G . . ATCTA . . CC . AA T . . . . G . . . . .
blockSeqs : . A . . G . NNNNNNN N NNNNNNNNNNGTTTA G T A TT C G . . ATGTA . . TT . AG C . . . . A . . . . .
blockSeqs : . G . . A . NNNNNNN N NNNNNNNNNNNNNNC A C A T . . . . TT . . AC . AG T . . . . A . . . . .
blockSeqs : . G . . T . . N GCAAACTC A T A . . . . . GT . . C . GA C . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ACGTA******* TC*
originalCons : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGC--G--T-----AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-T-C-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
finalCons : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGCACGTA-------AAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTG-TTC-GGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTCGGAG-C------GA-GTGGGCGTCA--CAAAAAT-CTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1111111 1111111111111111 1111 111111111111 11111 1111 222222222222 111111 1
lowQualScore : 9999 1 0 111111 55 1 5 0 3333333 1 1111111111111111 3 0 1 5 0 22 7 0 5 66 0000 0 555 9999 0 4 0 0 4 333333333333 4 55 4 22222 3 0000 555555555555 444444 5 0 9 2
lowQualScore : .... . . ...... .. . . . ....... . ................ . . . . . .. . . . .. .... . ... .... . . . . . ............ . .. . ..... . .... ............ ...... . . . .
lowQualScore : 4444 7 9 555555 55 1 0 4 2222222 0 1111111111111111 9 5 6 0 9 44 4 1 4 99 6666 2 222 1111 2 4 1 1 4 777777777777 0 55 0 55555 1 6666 666666666666 444444 7 1 0 5
consensus : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGCGCGT---AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTGTTCGGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTC-GGAGC------GA-GTGGGCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
Reference ( family-1669 ) : AATGCGTTGCAAAATTGGTGAGAG----TTTCGGGATTT------TACTAT--GAATCAAAAGATGACG-TAGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTNCAGAGTGGAGCNAACGTTTC-TTTTCGGAGGCAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGCCACGTTTTGTTCGTTGCGAAGTCAT--TTTCTATCCGTTAA----GAAGGGCACGT---AAAAATTTTCATGTAAAC-AAATCGACTGTTCGGTGATTGAATACTGATAATTGACA-GGTTGTGTC-GGAGC------GA-GTGGGCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTGACGATATAAACAG-----ATCGATA----AAAC------------GTCACTG------GTTGATTTCACCTCGTC-ATGAAATCGGAAAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCGTTGTAT
gi|1 : AATACATTGCAAAACTGGTGAGTG----TTTAAGGATTT------TGCTAT--GAATTAAAAGATGAAG-TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTTTCAGAGGCAAACTTTGCCCATAATTTACACCTGGCCACGTTTTGTTTATTGCAAAATCAT--TTTCTATCCATTAA------ATGATGCGT---AAATATTTTCATGTAAAC-AAATCAA-------ATGACTGAATACTGATAATTGACATGGTTGTTTC-AGTGT------GA-GTGGGTGTCA--CG-AAAGTCTGAAGATGTGACAATATACACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCATTG------GTTGATTTCACCTTGTC-ATAAAACTGGAAAAACTCTGATCAATTGTGCAAGGTGTTGTAT
gi|10 : ATGTAAAC-AAATCGACTGTTCGGTGAGTGAATACTGGTAATTGACA-TGCTGTGCC-GAAGC------AG-GTGTGTGTCA--CA-TAAATCTCGAAATATGACGATATAAATAG-----GTTGGTT----AAAT------------ATCACTAGGTCTTGTTGATGTCACATTGTT-ATGAAATCGGAAAAA-GCTCATCAATTTTACAACGCGTT
gi|11 : ATACTGACAATTGACA-GTTTGTATC-AGAG-------GATGTGGGCGTCA--CA-AAAATCTCAAAATGTGACGGTATAAACAG-----ATCAATA----AAAT------------GTCACTG------GTTGATTTTACCCTGTC-ATGAAATC-GAAAAACTCtt
gi|12 : tAATGTGTTGCAAAGTTGGTGAAAG----TTTCAGGATTTTAACCATACTAT--GGATCAAAA
gi|13 : tgcattacA-ATGGGCA-CAAACA-AAAATCTCAAGATGTGACAATATAAACAG-----AGCTATG----TAAC------------ATCACTG------ATTGATTTCATCTCTTC-ATGAAATTGG-AAAACTCCCcacatttcaatcttgttttgtaaaaaaaacacaacaggcgcttagccagcaaataggtttc
gi|14 : ATGTAAAC-AAATCGCCTGTTAGGTCATTTACTACTGTTAACTGATA-GGTTATGTC-GTAGT------GA-GTCGGTGTGA--CA-AAtgtaaacat
gi|15 : AATGCGTTACAAAGTTGATGAGAG----TTTTGTAATTT------TACTAT--GAA
gi|16 : cttacTTTTGAAGGTAAGCTCCGCCCATAAATTGTACCTAGTCAg
gi|2 : ATTCGTTGCAAAATTTGTGAGAG----TTTCTAGCGTC------TGTTTC--AAGTTAAAAGATGACG-TCGCTGATCAAGTTTCTCTCTTTTAGCACTGACATTACCTAGTACATGATAATTGCAGAGTGGAGCTAACGTTTC-TTTTC-----CAAGCTCCATCCATCTATTGTACATTTTCACG----GAT------AAAGTCAT-----------GTTA----------GC---T---TAAAATTTTC-T-CAAACTAAAGCGACTGTTCGGGTATTAAATACTTAGCATTGACA-GGTTATGTC---AGCCAAATGGA-ATTGGCGTCA---A-AGCATCTAAAAACAGAATGTCATTAACGGGTCATGTCGATACATGAAACGCTAGGCGAAAGGTCACTG------ATTGATTTCACGTTGTCGATATAA-CGG-AAGACTCTTACCAAATTTACAATGCATT-TAT
gi|3 : TTGTAAAATTGGTGAGAG----ATTCAGAATTT------TACTAT--GA------ANNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTTCAGAG----GCAAAC---TC-TT---------AAATTCT---CATAAATTGAACCTTGCCATGTTTTGTTCTTTAC-ATTTCAT--TTTCTGTCCATTAG----GAAGGGTGCAT---AAAAGTTTTCATGTAAAC-AAATCAACTGTTCAGTGATTGAATACTAATAACTGACC-CTTTGTATCAAAAAC------AA-ATGGGTATC---CATAAATTCTCAAGATGTGATGATATAAAATG-----ATCAATA----AAAC------------ATCACTG------GTTGATTTCACCTCATC-ATGAAATCAG-AAAACTCTCATCAATTTTGCAATGCATTGa
gi|4 : aAACACATTACGAAGTTGGTGAGAG----TTTCATGATTT------TACTATATGAATCAAAAGATGACA-TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCGGAAGT----------CATAAATTGTACCCAGTCATGTTTTGTGTGTTGCAAAGTTAT--TTTTTATTGATTAA----GAAGGACATGTTACAAACATTTTCATGTAAAC-AAAATGAGTCTCCGGTATTTAAATACAGATAACTGACA-GAT-GTATC-AGGGC------GA-GTAGGCGTTA--CA-AAAATCTCAGGATGTGATGATGTGAGCAG-----ATCAATA----AAAA------------GTCACTG------GTTGATTTCAC
gi|5 : tacTTT------TACTAT--GAATCTAAAGAGGACA-TTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTTCAGAGGTAAGCTCTGCCCA-------------ACCACGTTGTGTTTGATGTGAAGTCAT--TTTCTATCCATTAATTAAGCGGGGCATGT---AAACATTTTAATGTAAAC-AAACCAACTGTTTGGTGATTGAATACTGGTAATTAACA-GGTTATGTC-AGAGT------GA-GAAGACGTCA--CA-AA
gi|6 : gtTTCGAAGGTAAACTCCGCCAATAAACTGTACATAGTCACGTTT-GTTTGTTGCGAAATCAT--TTACTATTCATTAA----GAAAGGCATCT---AAAAATT--------AAC-AAATTGATTCTACAGTGATAGAATACTATTAATTGACA-GGTTGTGTC-GATGC------GA-GTGGCCGTCA--CA-AAAATCTCAAGATGTTATGACATAAACAG-----GTCAATG----CAAC------------ATCATTG------GTTGATTT---CTCGTC-ATGAAATTGG-AAAACTTTCATTAGTTTTGCAATGCGTTG
gi|7 : CGTTGCAAAATTGGTAGAAG----TTTCGAAATTT------TGCCAT--GAAACGAAATATAACA-AAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATTAGGAAGCAAGCTCCGCCCAGAAATTGCAACTAGCCACGTTCTGTTCGTTGCGAAGTCAC--CTTTAATCCGTTAA----GAAGGT--CGT----AAAATGTTCA
gi|8 : ataaccGTGTTGCAAAAT-GGTGTGAG----TTTTGGTATTT------TACTAA--GAATAAAATGATGACG-TAG-------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTTA-TTTTCAAAGACGAACTCTGCCAATAAATTGTACCT-TCCA----------GT-----AGTCATGTTTTCTATCCGTTAA----GAAAGGCATGT---AAAAATGTCCGTGTAAAC-AAATCGACTGTTCGAT
gi|9 : AATGAGTTGCAAAATTGGTGAGAACATATTTCAGCATTT------TACTTT--GAATCTAAAGATGACGTTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-TTTTCAGAGGCAAGCTCTGCTTATAAAATGAACCTAGCCATGTTTTGT