lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 22222 11 11 11111 2222222
lowQualScore : 7777 6 777 1111 55 3 9999 2 8 2 2 7 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444 8888 8888 00000 1 88 4 4 2 11 00000 9 5 66 6666666
lowQualScore : .... . ... .... .. . .... . . . . . . .......................................................................................................................... ........ .... .... ..... . .. . . . .. ..... . . .. .......
lowQualScore : 4444 2 000 1111 00 6 0000 0 2 1 0 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55555555 5555 5555 55555 9 00 0 0 4 99 66666 2 0 77 8888888
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTT---GT--AG-G-N-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAAAAAANAAN---TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATNAAGGGN-AAA-A-TGAAGNAGCATAG----GGGTCAGA-TTTT-ATTG-C---NTTTTTG
Reference ( gi|3 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTT---CT--AG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAAGAAACAAA---TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCCATTAAAGGC-AAA-A-TGAAGTAGGATAG----GGGTAAGA-TTTT-ATTT-C---TTTTTTGGGC
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTT---GT--AG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCGAAAAAA-AAT---TAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNGTT--------TTAAGGTTTGTTCACTTCAATAAAGGAA-AAA-A-TGAAGAAGCATAG----GGGT
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT----TAAAG-G-T---TCCGTCGGCATGCTCTCCCtatt
gi|5 : AGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTT---GT--AG-G---GGGGGGGGGGCATGCTCCTCCGAAAAAGAAAT---TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTAAA-TAAAGGTAAAA-A-TGAAGTAGACAAG----TGGTTCGA-TTTT-ATT
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTCT--GG-G-A----CCGGGGACATGCTCCTCCGAAAAAATAAG----NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T----GTT----CGCTT-CAGTAAAGGTAAAA-A-TGAAATAGCATAgcatt
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTT---GT--AGTG-G-GGTTCGGGG-CATGTTCCCCCG--GAAAttatt
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATT---GT--AG-GGT-GGTCT-------TGATCCTCCGGAGAAAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T----ATT----CACTTCAATAAACGGA-AAA-T-TGAAGAAGTATAG----TGGTCAGA-TTTT-ATTgttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtttaaggtgttttcactttgataaagggtaaaatggagtagcctagggtcagatttttattgcattt
gi|16 : GGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTT---GT--AG-G---GGTCCGGgcatg
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTT---GT--AG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAAAAAAATAN---NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT----GTT----CACTTCAGTAAAGGGA-AAA-A-TGAAGAAGCATAG----GGGTCAGA-TTTT-TTTTGC---GTTTT
gi|15 : aAACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTT---GT--AG-G-TAGGACCG------CGCTCCCCCc
gi|9 : gGAGGCGTAGCTTGCACAGTT---TT--TC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCC-----AACAAA-----A------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T----GTT----CATTTCAA-TAAGGGT-AAACA-TGAAGTAGCACAG----GGCACAGA-TTTT-ATTG-CATATTTTTT
gi|1 : a--AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACCAAA--AATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T----GTT----CACTTTAATAAAGGGG-AAA-A-TGAATTAAG-TAGCCTAGGGTCCAA-TTTTCATTG-C---ATTTTTG
gi|4 : gg------G-----TAATGGTTTAAGGTG--------T----TTT----CACTTTGATAAAGGGT-AAA-A-TGGAGTAGCCTA-----GGGTCAGATTTTT-ATTG-C---ATTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|10 : aggggcgtaccttggttgaaaaccatatgttggcacagttgtagtggggttcggggcatgttcccccggaaagttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GNN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-N-NNNNNNNNNNNA-----GGGTACGA-TTTT-
gi|13 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATGTGTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAA-TAAAGGG-AAA-ATTGAAGAAGCACAG----GGGTAAGG-TTTT--TTT-T---Tttattgcaatttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AAAAAAATGTTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAATGGGAAAAATGATACTTAGTAGCCTTGGGGTCCGATTTTTAATGAATTTTTGGC
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 11
lowQualScore : 3 11 666 3 000 11 4 4444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333 666 7777 4 1 3 8888888888 1 3 77 1 4
lowQualScore : . .. ... . ... .. . ....... ............................................................................................................................ ........ ... .... . . . .......... . . .. . .
lowQualScore : 2 44 444 3 999 44 4 4444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222 444 7777 5 0 3 5555555555 0 3 55 0 4
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-A-------AAANAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTCAATAAAGGGAAAA-ATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGAT-TTTTATTGCAT-TTTTG
Reference ( family-1403 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-N-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-A-------AAANAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTCAATNAAGGGNAAA-ATG----A-----AGNAG-CATAGGGGTCAGA--TTTTATTGCNT-TTTTG
gi|1 : AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACC-AA-A-------AATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T---GT----TCACTTTAATAAAGGGGAAA-ATGAATTA-----AGTAG-CCTAGGGTCCAAT--TTTCATTGCAT-TTTTG
gi|10 : gg------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T---GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN----N-----NNNNN-NNNA-GGGTACGATTTTTTATTGCAA-TTTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|11 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGGAAAA-ATG----ATACTTAGTAG-CCTTGGGGTCCGAT-TTTTAATGAAT-TTTTG
gi|13 : aaaaaaatgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatAATGTGTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTCAATAAAGGGAAAA-TTG----A-----AGAAG-CACAGGGGTAAGG--TTTTTTTgc
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT-TAA-A-G-GTTCCGTCGGCATGCTCTCCCtttcatt
gi|15 : AACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTTGTAG-GTA-GGACCG------CGCTCCCCC
gi|16 : gGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTTGTAG-G---GGTCCGG
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTTGTAG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAA-A-------AAAATAN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT---GT----TCACTTCAGTAAAGGGAAAA-ATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTCAGAT-TTTTTTTGCGT-TTT
gi|3 : aCAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTTCTAG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAA-G-------AAACAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTCCATTAAAGGCAAA-ATG----A-----AGTAG-GATAGGGGTAAGA--TTTTATTTCTT-TTTTGc
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTTGTAGTG-G-GGTTC-GGGGCATGTTCCCCCGGA-A-------AGTTATT--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNGTAATGGTT--------TAAGGTGTTTTCACTTTGATAAAGGGTAAA-ATG----G-----AGTAG-CCTA-GGGTCAGAT-TTTTATTGCAT-TTggc
gi|5 : AGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GG-GGGGGGGCATGCTCCTCCGAA-A-------AAGAAAT--TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTAAATAAAGGTAAAA-ATG----A-----AGTAGACA-AGTGGTTCGA--TTTTATTGCAT-
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATTGTAG-G-GTGGTCT-------TGATCCTCCGGAGA-------AAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T---AT----TCACTTCAATAAACGGAAAA-TTG----A-----AGAAG-TATAGTGGTCAGA--TTTTATTGCAT-
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCGAA-AAAAAATTAANNNNN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNGTTTTAAGGTT--------T---GT----TCACTTCAATAAAGGAAAAA-ATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTTAg
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTC-T-G-GGACCGGGGACATGCTCCTCCGAA-A-------AAATAAG---NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T---GT----TCGCTTCAGTAAAGGTAAAA-ATG----A-----AATAG-CATAtt
gi|9 : GAGGCGTAGCTTGCACAGTTTTTC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCCAAC-A-------AAA---------------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T---GT----TCATTTCAAT-AAGGGTAAACATG----A-----AGTAG-CACAGGGCACAGA--TTTTATTGCATATTTTttatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222
lowQualScore : 3 11 666 3 333 11 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333333333333 7777 8888888888 0 3 5 4
lowQualScore : . .. ... . ... .. . ............................................................................................................................ ................. .... .......... . . . .
lowQualScore : 2 44 444 3 555 44 4 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 77777777777777777 7777 5555555555 5 3 7 4
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T--------GT----TCACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
Reference ( family-1403 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAANAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T--------GT----TCACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
gi|1 : AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACC-AA-AAATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T--------GT----TCACTTTAATAAAGGGGAAAATGAATTA-----AGTAG-CCTA-GGGTCCAATTTTCATTGCAT-TTTTG
gi|10 : gg------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T--------GN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-----NNNNN-NNNAGGGTACGATTTTTTATTGCAA-TTTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|11 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAATGGGAAAAATG----ATACTTAGTAG-CCTTGGGGTCCGATTTTTAATGAAT-TTTTG
gi|13 : aaaaaaatgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAATGTGTTAAGGTT--------T--------GT----TCACTTCAATAAAGGGAAAATTG----A-----AGAAG-CACAGGGGTAAGGTTTTTTTTgc
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT-TAA-A-G-GTTCCGTCGGCATGCTCTCCCttcatt
gi|15 : AACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTTGTAG-GTA-GGACCG------CGCTCCCCC
gi|16 : gGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTTGTA--G-G-GGTCCGG
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTTGTAG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAATAN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT--------GT----TCACTTCAGTAAAGGGAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTCAGATTTTTTTTGCGT-TTT
gi|3 : aCAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTTCTAG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAA-GAAACAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T--------GT----TCACTTCCATTAAAGGCAAAATG----A-----AGTAG-GATAGGGGTAAGA-TTTTATTTCTT-TTTTGc
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTTGTAGTG-G-GGTTC-GGGGCATGTTCCCCCGGA-AAGTTATT--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNGTAATGGTT--------TAAG-----GTGTTTTCACTTTGATAAAGGGTAAAATG----G-----AGTAG-CCTA-GGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTggc
gi|5 : AGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GG-GGGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAGAAAT--TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T--------GT----TCACTTAAATAAAGGTAAAAATG----A-----AGTAGACA-AGTGGTTCGA-TTTTATTGCAT-
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATTGTAG-G-GTGGTCT-------TGATCCTCCGGAGAAAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T--------AT----TCACTTCAATAAACGGAAAATTG----A-----AGAAG-TATAGTGGTCAGA-TTTTATTGCAT-
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCGAA-AAAA-AAT--TAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNGTT--------TTAAGGTTTGT----TCACTTCAATAAAGGAAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTTAg
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTC-T-G-GGACCGGGGACATGCTCCTCCGAA-AAAATAAG---NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T--------GT----TCGCTTCAGTAAAGGTAAAAATG----A-----AATAG-CATAtt
gi|9 : GAGGCGTAGCTTGCACAGTTTTTC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCCAAC-AAAA---------------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T--------GT----TCATTTCAATAAGGGTAAACATG----A-----AGTAG-CACAGGGCACAGATTTT-ATTGCATATTTTttatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 3 11 666 3 333 11 4 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333 7777 7777 8888888888 0 3 5 4
lowQualScore : . .. ... . ... .. . . ......................................................................................................................... ........ .... .... .......... . . . .
lowQualScore : 2 44 444 3 555 44 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 7777 7777 5555555555 5 3 7 4
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
Reference ( family-1403 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
gi|1 : AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACC-AA-AAATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T----GTT----CACTTTAATAAAGGGGAAAATGAATTA-----AGTAG-CCTA-GGGTCCAATTTTCATTGCAT-TTTTG
gi|10 : gg------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-----NNNNN-NNNAGGGTACGATTTTTTATTGCAA-TTTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|11 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAATGGGAAAAATG----ATACTTAGTAG-CCTTGGGGTCCGATTTTTAATGAAT-TTTTG
gi|13 : aaaaaaatgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAATGTGTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAATTG----A-----AGAAG-CACAGGGGTAAGGTTTTTTTTgc
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT-TAA-A-G-GTTCCGTCGGCATGCTCTCCCttcatt
gi|15 : AACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTTGTAG-GTA-GGACCG------CGCTCCCCC
gi|16 : gGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTTGTA--G-G-GGTCCGG
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTTGTAG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAATAN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT----GTT----CACTTCAGTAAAGGGAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTCAGATTTTTTTTGCGT-TTT
gi|3 : aCAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTTCTAG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAA-GAAACAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCCATTAAAGGCAAAATG----A-----AGTAG-GATAGGGGTAAGA-TTTTATTTCTT-TTTTGc
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTTGTAGTG-G-GGTTC-GGGGCATGTTCCCCCGGA-AAggc
gi|4 : ------G-----TAATGGTTTAAGGTG--------T----TTT----CACTTTGATAAAGGGTAAAATG----G-----AGTAG-CCTA-GGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTgttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtttaaggtgttttcactttgataaagggtaaaatggagtagcctagggtcagatttttattgcattt
gi|5 : aggggcgtaccttggttgaaaaccatatgttggcacagttgtagtggggttcggggcatgttcccccggaaagttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GG-GGGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAGAAAT--TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTAAATAAAGGTAAAAATG----A-----AGTAGACA-AGTGGTTCGA-TTTTATTGCAT-
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATTGTAG-G-GTGGTCT-------TGATCCTCCGGAGAAAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T----ATT----CACTTCAATAAACGGAAAATTG----A-----AGAAG-TATAGTGGTCAGA-TTTTATTGCAT-
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCG-A-AAAAAAAT--TAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNGTT--------TTAAGGTTTGTTCACTTCAATAAAGGAAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTTAg
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTC-T-G-GGACCGGGGACATGCTCCTCCGAA-AAAATAAG---NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T----GTT----CGCTTCAGTAAAGGTAAAAATG----A-----AATAG-CATAtt
gi|9 : GAGGCGTAGCTTGCACAGTTTTTC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCCAAC-AAAA---------------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T----GTT----CATTTCAATAAGGGTAAACATG----A-----AGTAG-CACAGGGCACAGATTTT-ATTGCATATTTTttatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 3 11 666 3 333 11 4 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333 7777 7777 8888888888 0 3 5 4
lowQualScore : . .. ... . ... .. . . ......................................................................................................................... ........ .... .... .......... . . . .
lowQualScore : 2 44 444 3 555 44 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 7777 7777 5555555555 5 3 7 4
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
Reference ( family-1403 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
gi|1 : AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACC-AA-AAATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T----GTT----CACTTTAATAAAGGGGAAAATGAATTA-----AGTAG-CCTA-GGGTCCAATTTTCATTGCAT-TTTTG
gi|10 : gg------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-----NNNNN-NNNAGGGTACGATTTTTTATTGCAA-TTTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|11 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAATGGGAAAAATG----ATACTTAGTAG-CCTTGGGGTCCGATTTTTAATGAAT-TTTTG
gi|13 : aaaaaaatgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAATGTGTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAATTG----A-----AGAAG-CACAGGGGTAAGGTTTTTTTTgc
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT-TAA-A-G-GTTCCGTCGGCATGCTCTCCCttcatt
gi|15 : AACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTTGTAG-GTA-GGACCG------CGCTCCCCC
gi|16 : gGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTTGTA--G-G-GGTCCGG
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTTGTAG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAATAN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT----GTT----CACTTCAGTAAAGGGAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTCAGATTTTTTTTGCGT-TTT
gi|3 : aCAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTTCTAG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAA-GAAACAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCCATTAAAGGCAAAATG----A-----AGTAG-GATAGGGGTAAGA-TTTTATTTCTT-TTTTGc
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTTGTAGTG-G-GGTTC-GGGGCATGTTCCCCCGGA-AAggc
gi|4 : ------G-----TAATGGTTTAAGGTG--------T----TTT----CACTTTGATAAAGGGTAAAATG----G-----AGTAG-CCTA-GGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTgttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtttaaggtgttttcactttgataaagggtaaaatggagtagcctagggtcagatttttattgcattt
gi|5 : aggggcgtaccttggttgaaaaccatatgttggcacagttgtagtggggttcggggcatgttcccccggaaagttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GG-GGGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAGAAAT--TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTAAATAAAGGTAAAAATG----A-----AGTAGACA-AGTGGTTCGA-TTTTATTGCAT-
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATTGTAG-G-GTGGTCT-------TGATCCTCCGGAGAAAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T----ATT----CACTTCAATAAACGGAAAATTG----A-----AGAAG-TATAGTGGTCAGA-TTTTATTGCAT-
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCG-A-AAAAAAAT--TAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNGTT--------TTAAGGTTTGTTCACTTCAATAAAGGAAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTTAg
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTC-T-G-GGACCGGGGACATGCTCCTCCGAA-AAAATAAG---NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T----GTT----CGCTTCAGTAAAGGTAAAAATG----A-----AATAG-CATAtt
gi|9 : GAGGCGTAGCTTGCACAGTTTTTC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCCAAC-AAAA---------------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T----GTT----CATTTCAATAAGGGTAAACATG----A-----AGTAG-CACAGGGCACAGATTTT-ATTGCATATTTTttatt
blockSeqs : A TG CTT T TA GT G A TTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGTG TAAAGGTA TAAG TGTT ATACTT A T A
blockSeqs : G TG . . GT GG . C ATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . N . T .
blockSeqs : G TA . . G GA . A NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . A . T .
blockSeqs : G TG . . G GG . A ATCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . A . T .
blockSeqs : G TG . . T GG . A TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . A . T .
blockSeqs : A TG . . T GA . T GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . G . T .
blockSeqs : G TA . . G GG . . TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA . . . A . . .
blockSeqs : G . . . G GG . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . G G . . . A . .
blockSeqs : . . G G . . . A .
blockSeqs : . G . A .
blockSeqCons : TG A*********
originalCons : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
finalCons : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATGA---------AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111
lowQualScore : 3 11 666 3 333 11 4 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333 7777 7777 8888888888 0 3 5 4
lowQualScore : . .. ... . ... .. . . ......................................................................................................................... ........ .... .... .......... . . . .
lowQualScore : 2 44 444 3 555 44 4 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222 7777 7777 5555555555 5 3 7 4
consensus : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
Reference ( family-1403 ) : CAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GGTCCGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAAAAN--TCA------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAAATG----A-----AGTAG-CATAGGGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTTTG
gi|1 : AG-G-A-GGTCCTGGGGCATGCTCCACC-AA-AAATAAATTTTCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNCTAATGTTTTAAGGTC--------T----GTT----CACTTTAATAAAGGGGAAAATGAATTA-----AGTAG-CCTA-GGGTCCAATTTTCATTGCAT-TTTTG
gi|10 : gg------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N-----NNNNN-NNNAGGGTACGATTTTTTATTGCAA-TTTTtcatttttatttttttcgatttctcaaaataaaagtgtataagaagctaaatataggcccctga
gi|11 : ccggaaagtaatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAATGGGAAAAATG----ATACTTAGTAG-CCTTGGGGTCCGATTTTTAATGAAT-TTTTG
gi|13 : aaaaaaatgttcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngAATGTGTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCAATAAAGGGAAAATTG----A-----AGAAG-CACAGGGGTAAGGTTTTTTTTgc
gi|14 : CAGGGGCGTAACTTA----AAAACGATGTGTAG---GCACAGTT-TAA-A-G-GTTCCGTCGGCATGCTCTCCCttcatt
gi|15 : AACTTGATTGAAAACGGTGTCTAG---GCACAGTTGTAG-GTA-GGACCG------CGCTCCCCC
gi|16 : gGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCATAGTTGTA--G-G-GGTCCGG
gi|2 : GGGCGTAGCTGAGCTAAAAACGATATGTAT---GCTCATTTGTAG-G-T-AGTCCGAGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAAATAN--NNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNGTAAGGTTTAAAGGTAT----GTT----CACTTCAGTAAAGGGAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTCAGATTTTTTTTGCGT-TTT
gi|3 : aCAGGGGCGTAGCTTGGCTGAAAACGACGTGTAG---GCACAGTTCTAG-G-T-GGTCCGGGGACATGCTCCCCCGAA-GAAACAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TAATGTTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTCCATTAAAGGCAAAATG----A-----AGTAG-GATAGGGGTAAGA-TTTTATTTCTT-TTTTGc
gi|4 : AGGGGCGTACCTTGGTTGAAAACCATATGTTG---GCACAGTTGTAGTG-G-GGTTC-GGGGCATGTTCCCCCGGA-AAggc
gi|4 : ------G-----TAATGGTTTAAGGTG--------T----TTT----CACTTTGATAAAGGGTAAAATG----G-----AGTAG-CCTA-GGGTCAGATTTTTATTGCAT-TTgttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtttaaggtgttttcactttgataaagggtaaaatggagtagcctagggtcagatttttattgcattt
gi|5 : aggggcgtaccttggttgaaaaccatatgttggcacagttgtagtggggttcggggcatgttcccccggaaagttatttcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGGAGCATAACTTAACTGAAAACGATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-G-G-GG-GGGGGGGCATGCTCCTCCGAA-AAAGAAAT--TCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACGT------G-----TACCGCTTTAAGGTT--------T----GTT----CACTTAAATAAAGGTAAAAATG----A-----AGTAGACA-AGTGGTTCGA-TTTTATTGCAT-
gi|6 : GGGACGTAGCTTGGC----------G-GTAG---GCACAATTGTAG-G-GTGGTCT-------TGATCCTCCGGAGAAAAAAAA--TCA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-----CAATGTTTCAAGGTT--------T----ATT----CACTTCAATAAACGGAAAATTG----A-----AGAAG-TATAGTGGTCAGA-TTTTATTGCAT-
gi|7 : CAGAGGCATAGCTTG----------ATGTGTAG---GCACAGTTGTAG-A-G-GGTCTGAGGGCATGCTTCTCCG-A-AAAAAAAT--TAA------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------N-----NNNNNNNNNNNNGTT--------TTAAGGTTTGTTCACTTCAATAAAGGAAAAAATG----A-----AGAAG-CATAGGGGTTAg
gi|8 : AGGGGCAAAACTCGGCTAAAAACGATATGTAG---GCACAGTTGTTC-T-G-GGACCGGGGACATGCTCCTCCGAA-AAAATAAG---NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------G-----TTATGTTTAGACATC--------T----GTT----CGCTTCAGTAAAGGTAAAAATG----A-----AATAG-CATAtt
gi|9 : GAGGCGTAGCTTGCACAGTTTTTC-G-G-GGTCTGGGTACATGCTCTTCCAAC-AAAA---------------TCATTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------A-----TAATGCTTTGAGGTT--------T----GTT----CATTTCAATAAGGGTAAACATG----A-----AGTAG-CACAGGGCACAGATTTT-ATTGCATATTTTttatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GAAAAAAACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATTGATACTAAATGTAATGTTTTAAAGTTT