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gi|17 : tcaagttcttttcctttcgactttagTAT-A-T------G-TATCATAA--GAC-TT-T-TTGCA-AACCACAGATAT-GACG--AG--A--ATATG--A-AAAT-GAC-AC---------AAAAT-TCC-A------------CC------CTCAG--AT---GGC-C-CTGGCCCCATTT---T-C-T-CAAAATg
gi|24 : tatatcccatgttatcaagtcactggttatattatatA--GTG-TT-T-CTGCATAACCATAAA----GTCG--ATAGG--ACATG--A-AAAC-AAT-GC--------AAATAT-TCC-C------------CC------CTCAG--AG---GGC-C-TTGACCCCATTT---C-T-C-CAAGAaaagggagggccc
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gi|25 : TAACCACATTTAT-GAC---GT--A--ACACA--A-ATAC-AGC-GC--------AAAAATGTCCAC------------CT------CCAAA--AC---T-----CTGGCCCAA-TT---C-C-C-CCAGAGTGAAGaagtgaaaggaggact
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|27 ): TGCCCCCTCAGAGGGCCCCGATTCAATTTCCCAAAGTGAAGGGA
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blockSeqs : GGCTA CAGTTT . . . . T . . CTCCTTTGAAAAAAAAATT . A . TG G G . T . C . . TT . . . . . . . . . . CTACGCA . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TGACA CATTCC . . . . T . . TCTTCATGAAAACATGTTA . A . TC T C . A . G . . TA . . . . . . . . . . CAATGCT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GGCCA CATTCC . . . . T . . TCCCTTGAAATAAAAG . A . CA G C . G . C . . TA . . . . . . . . . . CAACCCT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AGCCT CATTCC . . . . T . . TTTTAAAAAAAAAATT . A . GG G C . G . A . . TA . . . . . . . . . . TGAAGTG . . . . . . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . T . . . C . TG G C . G . C . . TA . . . . . . . . . . TGACAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . CA G T . G . C . . TA . . . . . . . . . . TGACAT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CA . C . G . C . . GA . . . . . . . . . . CAATGC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TT . C . A . A . . TA . . . . . . . . . . CAGCGC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CA . . . . . T . . TA . . . . . . . . . . CGACAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . C . . TA . . . . . . . . . . CAACAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . TA . . . . . . . . . . TGTAAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . TT . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CGTTCC********************* ************ CGACGC**
originalCons : GGGCCCTCGTTTGACCGTTTTTGG-GGCGC-GAAATT-----C------ATTC----C------CCCTGCCCTGGAATAT------------------ACTTTT--------TCC---CC--CTAA--TTTTACTG-AAAATT---T-----C--T--TGA--A-----A----------AAA-----A-A---ATTA---CTCTTAGGGGA------------G----AATTTTCTG-GTTAAAGAAACTAAGGAAACCTGCGACTGGTTAGGCTAA-TGTCC-CTTCTTTT-CAA----CTTGT--------T---A---T---AC--------AT--G-TA-------TTATGA--GT----T-TTT-CTGCATAACCACAGATACGACGCGA-CACGAAAACGACG-C-A-A-A-A-T-TCCC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------GC-CCTGGCC--CC--ATT---CCCCC-AAAGTGAAG
finalCons : GGGCCCTCGTTTGACCGTTTTTGG-GGCGC-GAAATTCGTTCC---------------------CCCTGCCCTGGAATAT------------------ACTTTT--------TCC---CC--CTAA--TTTTACTG-AAAATT---T-----C--T--TGA--A-----A----------AAA-----A-A---ATTA---CTCTTAGGGGA------------G----AATTTTCTG-GTTAAAGAAACTAAGGAAACCTGCGACTGGTTAGGCTAA-TGTCC-CTTCTTTT-CAA----CTTGT--------T---A---T---AC--------AT--G-TA-------TTATGA--GT----T-TTT-CTGCATAACCACAGATACGACGCGA-CACGAAAACGACGC--A-A-A-A-T-TCCC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------GC-CCTGGCC--CC--ATT---CCCCC-AAAGTGAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TCTGAACCCATTTCCCAAAGTGAAAGGAGGGCCC
Alignments
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Reference ( family-1146 ) : GGGCCCTCGTTTGACCGTTTTTGG-GGCGC-GAAATT-----CG------T-TCC------CCCTGCCCTGGAATAT------------------ACTTTT--------TCC---CC--CTAA--TTTTACTG-AAAATT---T-----C--T--TGA--A-----A----------AAA-----A-A---ATTA---CTCTTAGGGGA------------G----AATTTTCTG-GTTAAAGAAACTAAGGAAACCTGCGACTGGTTAGGCTAA-TGTCC-CTTCTTTT-CAA----CTTGT--------T---A---T---AC--------AT--G-TA-------TTATGA--GT----T-TTT-CTGCATAACCACAGATACGACGCGA-CACGAAAACGACG-C-A-A-A-A-T-TCCC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------GC-CCTGGCC--CC--ATT---CCCCC-AAAGTGAAG
gi|1 : GCCCTTGTTTGGCCGATTTTGG---CGCTGAAATTTAC--CC------TATTC------TTCTGCCCTGGAGTAT------------------ACTTTT----------C---CC--CTTA--TTTTACTG-AAAATT---T-----C--TCTTGA--ATTTTTA----------TAA------------TTG---CTTTTAGGGGGTTGGGAAGGGGGG----GATCTTCTGAGT--AAGAACCAAAGGAAACCTGTGACTGGTTAGGATAA-TGTCC-CTTTTTTTTCAA----CTTGT--------T---A---T---AT--------AT--G-GA-------TTATGA--GT----T-TTT-CCTAATAACCACAGGTACAGCGC---------------------A-A-A-T-TCTC------------------TCCACA-----------GCG-A-------------------AC-CCTGACC--CC--ATT---CCCTC-AAAGTAAA
gi|10 : aTAAGGGA------------G----AATTTTCTG-GTTAAAGAAACTAAGGAAACCTGTGACTGGTTAGACTAA-TGTCC-CCTTTATT---A----TTTTT--------C---ATTTT---AC--------AT--G-TA-------CTATGA--GT----TATTT-CTGTATAACCACAGATACACTGCAA-CATG------------A-A-A-A-T-TCCC------------------CCCTCA-----------GAG-GAAAATTCCTCCCTATGAGTGC-CCTAGCA--CC--ATT---CCCCC-AAAGTGAAG
gi|11 : AGGGGG------------A----AATTTTCTG-TATAAAGAAACGAAGCAAACCTGAGACTG---------A-TGTCC-CTC---TT-CAA----CTTGT--------T---T---T---AC--------AT--G-TACACTGTATTGTGA--GT----T-TTTTCGGCATAACCACAGATAGGATGCAA-CACGAAAACAATG-CGA-A-G-A-T-TTCT------------------CCCTCT-----------GAGTG-------------------GA-CCTGTCC--CC--ATT---TCCCC-AAAGTGAAGggagg
gi|12 : GAAACTAAGGAAACCTGCAACTGTTTAGGATCA-TGTCC-CTTCTTTT-CAA----CTTGTTATATTGTT---A---T---AC--------AT--G-TA-------TTATAA--GT----G-TTT-CTGCATGACCACAGAGATGACGCAA-CACAAAAATGACG-C-G-A-A-ATT-TCTC------------------CCCTCG-----------GAG-GAAT----------------AT-TCT--CC--C-----T---CCCCCAAAAGTGAAGggaa
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gi|14 : agccccagtttTAAAGAAACTAAATAAACATGTCAC-----AGGGTA----------TCTTTT-CAA----CTTAT--------TCATA---T---AC--------AA--T-TA-------CTATGATTAT----T-TTT-TTGCATAAACCCATATACGAAGCAA-CACGAAAATGACA-CTA-A-A-A-T-TCTT------------------CTCTCA-----------GAG-G-------------------CC-ACTTGCC--CC--CCTCCCCCCCC-AAAGTGAAG
gi|15 : GCTCTCATTTGACTGTTAATGGTGGCA--AAAATT-----TG------G-CCCTAGTTGCCATGCCCTGAATTAT------------------ACTTGA--------TTC---TC--TCAA--TGTAACTG-AAAATT---TCCCTCC--C--TGA--A-----A----------GAATTTTTACA---ATTAATTCTCTCAGGGGA------------GGTGCGATATTCGG-GTTAAAGAAgaa
gi|16 : GGCCCTTATTTGACAGTCTTTGG-AGCA--GAAATA-----CGGCCATAT-TCC------CTCTGCTCTGGAATATTGATATATATATATATGTATTATT--------TCC---CC--CAAA--TTTCACTG-AAAATT---TCC---C--T--TGA--A-----A----------TAA-----A-A---G---------TCAGGGGT------------G-----GTTT-----GTTAAAGAAGCTAAGGgtt
gi|17 : A-TATCC-CATGTTAT-CAAGTCACTGGT--------T---A---T---ATTATATTATAT--G-TA-------TCATAA--GA----C-TTT-TTGCA-AACCACAGATATGACGAGAATATGAAAATGACA-C-A-A-A-A-T-TCCA------------------CCCTCA-----------GAT-G-------------------GC-CCTGGCC--CC--ATT---TTCTC-AAAATAAAGg
gi|18 : tAAACCTGCAACTGGTTAGGCTAA-TGTCT-CTTCGTTT-GAA----CTTGT--------T---A---T---ACA-------AT--G-TA-------TTTTGA--GT----T-TTT-CTGAATAACCACAGATACGATGTGA-CATG---ATGACA-T-G-A-A-A-T-TCCC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------GT-CCTGGCC--CC--CTT---TCCCC-AAGGTGggagggccc
gi|19 : TTGT--------T---T---G---AC--------AT--G-TA-------TTATGA--GT----T-TTT-CTGCATAACCACAGATACAGTTTGA-CATAGAAACGATGTC-A-A-A-A-T-CCCC------------------CCCCCACCCATCCACCTGAA-A-------------------GC-ACTGGCCAGCCTTATT---TCCTC-AAAGTGAGG
gi|2 : agGGGCCCTCATTTGGCCGTTTTTTC-AG-GC-CAGATT-----CA------T-TCC------CCATGCCCTGGAATAT------------------ACATTT--------TCC---CC--CTAA--TTTTACTG-A---TT---T-----T--T--TAA--A-----A----------AAA-----A-A---ATT----CTTTTTGGTGA------------G----AATTTTCTG-GTTAAAGAAACTAAGGAAACCTGGGACTGTGTAGGCTAA-TGTTC-CTTATTTT-CAA----ATTGT--------T---A---T---AC--------AT--T-TA-------TTACGA--GT----T-TTT-CTGCATGACCACAGATATGTCATGA-CATGAAAACTACG-CAA-A-A-A-T-TCCC------------------TTCTCA-----------GAG-T-------------------GT-CCTAGCC--CC--ATT---CCCCA-AAATTGAAGgaacg
gi|20 : TCTG-CCTTAAGAAACTAAGGAAACCTGCGGCTGGTTAGGCTAA-T-TCC-C--CTTTT-TAA----CTTGT--------T---A---T---AC--------AT--G-TA-------TTACGC--AT----T-TTT-CTGCATAACCACAGATATGACGTGA-
gi|21 : TCT-TTTCCTTT-CGA----CTTTA--------G---A---T---AC--------AT--G-TA-------TCATGA--AG----T-TTT-CTGCAT-ACCAATGATACCAGGCAA-TGCAAAAACAATG-CTT-A-T-A-T-T-CT------------------CTCTCA-----------GGC-A-------------------GT-GCTGATC--CC--TTT---CCCAC-AAAGTGaaattccagcattccatttctt
gi|22 : tcaagtCCTCATT-GGCCATTTTTGG-GGC-T-AAAATTGACCACA------T-TCC------CCCTGACTTGAAATATATA---------------ACCCCT--------CCC---CCAATTAA--TTTAACTG-AAAATTCCAC-----C--C--TGA--A-----A----------
gi|23 : tGAGCCCTCGTTTGACAGTTTTTGG-TG-AC-AAAATT--------------------------CTGTTCTGGAATAT------------------ACTTTT--------TCCATGCC--C-AG--TTTTACTA-AAAATT---T-----ta
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gi|25 : TAACCACATTTATGACGTAA-CACAAATACAGCG-C-A-A-A-AATGTCCA------------------CCTCCA-----------AAA----------------------C-TCTGGCC--CA--ATT---CCCCC-AGAGTGAAGgagagg
gi|26 : t-TTT-TTGCATA-CCACAGATGC----CTA-T-TGAAAACGACA-C-A-A-ACA-T-TTCC------------------CATTCT-----------GAA-G-------------------GC-CCAG----------------TCCC-AAAGTGAAggaggactct
gi|27 : CC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------GC-CCCGATT--CA--ATT----TCCC-AAAGTGAAGaggaggact
gi|28 : tg-----CA------T-TCC------TCCTGCCCTGGAATAT------------------ACTTCT--------TCC---CC--CTAA--TTgga
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gi|5 : gtAACAAACAAAAGAAACCTGT------------TAA-----C-CTTAGTTT-CAA----CTTGC------------A---T---AC--------AT--G-CA-------TCATGA--GT----T-TTT-CTGAATAACCAAAGATACGACTAGA-TGAGAAAGCAACA-C-A-ATA-A-T-TCTC------------------CCCTCA-----------GAG-G-------------------TT-CCTGGAC--CC--ATT---TGCGC-AAAATAAAGcacaacaaacaaaagaaacctgttaaccttagtttcaacttgcatacatgcatcatgagtttttctgaataaccaaagatacgactagatgagaaagcaacacaataattctcccctcagaggttcctggacccatttgcgcaaaataaaggcaaggc
gi|6 : gtctcttatttgaccatttttggggccaaaatttggcctgtaataaactttttcctgttaattccactcaaagttcac---ATTA---CTCTTAGGGGA------------G----AGTTTTCTA-AATAAAGATACTAAGGAAACCTTCAATT----------A-T------TTTTTTT-TAA----ATTGT--------T---A---T---AC--------ATATG-TA-------TCATGA--AT----T-TTT-CTGCATAACCACGGATACACCGAGA-TGTGAAAG----------------T-TCCC------------------CACTAA-----------GAG-G-------------------GC-CCTGACC--TC--ATT---CCCCT-AAATTGAAGgcaaggc
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gi|7 : GAAAACATGTTACTGGTTGAGTTGACTGCCC-CTTCTTTT-GAA----CTTGT--------T---A---T---AC--------A---A-TG-------TTGTA-------------T-CTGCATTACCACAGATATGACGAGA-AATGAACATGAAG-TGA-A-A-A-T-TCCC------------------CTCTGC-----------GAG-G-------------------AT-CCTAGCC--CC--ATT---CCTCC-AAAGTggttgagttgactgccccttcttttgaacttgttatacaatgttgtatctgcattaccacagatatgacgagaaatgaacatgaagtgaaaattcccctctgcgaggatcctagccccattcctccaaagtacagg
gi|8 : ctcgtttaactgtttttggagcctaaattcggcgcctttccccttgaatatgctattttgctgaaaatatcttcatTTTAAGATACTAAGGAAACATGCAACTGGTTAGACTAA-TGTTG-CTTCTTTT-CAA----CTTGT--------T---A---T---ACA-------AT--G-TA-------TTTTGA--GT----T-TTT-GTGCATAGCCACAGATACGACACGA-CACAAAAATGTAA-C-AGA-A-A-T-TCCCCGTCAGAGGCCATTTCCCCCCTCA-----------GAG-T-------------------GC-CCTGG-T--CC--A-T---CCCCC-AAAGTGAAGacagg
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TCTGAACCCATTTCCCAAAGTGAAAGGAGGGCCC