lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 1 1111 1 777777777777777777777777777777777777 333333333333 444444444444444444
lowQualScore : 2 3 00 55 3 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111 5 6 4 8 4 6666 1 77777 3 8 444444444444444444444444444444444444 222222222222 6 222222222222222222
lowQualScore : . . .. .. . . .................................................................................................................................. ...... . . . . . .... . ..... . . .................................... ............ . ..................
lowQualScore : 5 7 22 22 2 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 0 6 0 0 0 8888 0 77777 6 7 666666666666666666666666666666666666 888888888888 0 222222222222222222
consensus : NNNATTTATCGCNCTTTTNCGGGCCGAAGTTTGG---------------CCC------------AA-----AN-CAT------A-TGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAAAT-TCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA-----AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG-TTTAA-CAGTTT-AA-AACAATGAAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAACATACATA-C-T--G------CGAT-TTGC--------A-----TTGTTTTGAT--TT--T-CCCCCATTTTCATC--ATTACGACGCTATTTTCCCCTATTGAAGGG
Reference ( gi|5 ) : TTTATTTATTGCCCTTTTATGGGTGGAAGTTTGG---------------C--------------AA-----AT-CAT------A-TGTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGCAAGAAACAAT-TCCTC-----TCTAAAAAATGATAA-----AAT-----TGGTTTTAACA-CCAG-TTTTA-CAGTTT-AA-AACAATGAAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAACATACATA-C-T--G------CGATATTG---------A-----TTGTTTAGAT--TT--C-CCCCCATTTTTATC--A--ATGAGGCTATTAACCCCTATTGAAGGG
gi|8 : ATTTATTGTATTTTC--GGGCTGAAAT-------------------C--------------AA-----AA-CATTCCGGTA-TGTA-TTTAATACT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAAAT-TCACCAAAAAT-TAAAAAA----AA-----AATGAATGTGG-TTAAACA-TCAG-TTT-------------AACAATGAAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGACATACAAA-CAT--G------CTAT-TTGCA-------A-----TCGTTTTGAT--TT--C-CCCCGCTTTTCATC--A--AT
gi|11 : cTTTATCCCCCTTTTGGGGGCTGAAGCTTGGTCCCATTCCCCTCACC--------------AA--------CAC------A-TGTT-TTT----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAAATACCCTC-----agc
gi|6 : catatttacagtgttgttgctCTCTTTTTTGGGTTCAAGTTTTG---------------CCC------------GATATCCAT-CATCAGA--A-TGTTGTCT--TTTT-CCTAA---TGCAAAAAA---------------------AAA----AA-----AAT-----------------CCAG-TTGAA-CAGTTTTAA-AACAATGAAGAA---CAGGAATGTCGA-----ACTGTAAACaacatttttttattgagtttatac
gi|1 : tttttcctcTTTTACGGGTCAAAGTTTGG---------------CCCCATTCCACACCCAA-----ATACAC------A-T-TT-TTC--TGAC-CCTAA---TATAAGAAAAAAT-TCCCC-----T-GAAAAATTAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAATA-CCAG-TTTAA-CAGTTA-AATAACATTGACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTT-AACTGTATGAAACATACATA-C-TTAA------TGAT-TTGC--------A-----TTGTTTCTATTATT--T-CTATCATTTTCATC--ATTACAACAATATTTTTCCCTATTGAAGGatacttgtgatgcaccccatcctcattttcatctttacaatgctatttttcctattgcaggggaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|3 : cagtgttttttgggggca---------------C--------------AA-----AA-CAT------AATGTT-TTT--TCCT-C-TAA---TTGATGAAAAAAT-TTC--------CTAA----TG-----------T-----T--TTTTAATG-CCAG-TTTAA-CAGTTT-AA-AACAATAAAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAATATAGATA---T--GAA----TGATTTTC---------ATTATCTTGTTT---T--TT--T-TTCTCATTTTCGTC--ATTATGACACAATTTTGCCCTATGCAAGGGaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|7 : gatttttggggggcattttttgtgctgagcttctctcccT------A-TGTT-TTT--TTCTTCCTAA---TGTCAGAAA-AAT-TCCCC-----T------AATT-TA--------T-----TTTTTTTAAAG-TGGGGTTTTAATAGTTT-AA-AACAATGAAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAATATACATA-C-T--acccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|9 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaaaaaagTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGTAAGAAA-AAT-TCC-C-----T-TAAAAAA-AATTA-----AGTG----TGGTTT-AATG-CCAG-TTTAA-CAGTTT-AT-AAAAAAAAAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAATATACTTA-C-T--tatgatttcttttgtttcttttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|16 : acagcagtgggttttttttaccccaaaaattcggcctaatttccctttcagaatagtgtAAAAAAT--TCA-----A-------TGATTTTAATG-CCAG-TTTAA-CAATTTTAA-AACAA-------------GGATGTTTA-----CCTGTAAAcatgatttctt
gi|2 : aaa-----TGGTTT--ACAATCAG-TTTAA-CAGTTT-AA-AACAATGCAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAATATACATA-CTT--A------CGAT-TTGT--------A-----TTGTTTTGAT--TT--TGTTTCCATCTTCATA--ATTATGGTGCTACTTTCCCCTAGTGAA
gi|10 : ttttttctcctttttgaggctaaaatttggcccaattcccctcaaaaaatatttttattttttttttgtattgA-CAGTTT-AA-AATAATAAAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAACATAGATA-CTT--G------CAAT-TTGCTGATTTGCA-----TTGTTTTCAT--TTTCT-CCCCCATTATCATC--tcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : A-CAAATT-AA-AACAATAAAAAAACCT--GGATGCAGA-----CCTGTTAAC-GATTTccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|15 : attcagcattaagccccattcccctccccaaaaacatggtatttttcccttgcgtaagaaaaaatccccttaaaaaaaaatttttttttagtgttgttcaacagttcataataatgtttgtttaagaatttgaaGAAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGTGTACATA-CTT--G------CCAT-TTGC--------A-----TGGTTTTGAT--TT--C-CCgtttgattttttccccatgtccatgacaacgctattttcccctccctattaagggaacccactccaattcccccaaa
gi|12 : AGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAACATACATATC-T--GTACTTACAAT-TTGC--------A-----TTGTTTTGATTGTT--T-CCCCCAATTTCATCATA--ACTACATTATTTTCTCCTATTAAAGGG
gi|17 : cGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAACATACTTA-C-T--atccatccctat
gi|13 : TAAACTGTTTTAAACATACAAA-------------CGGT-TTG---------A-----TTTTTT-------------CCTCATTTTCATCTTT--ACACGGCTATTTTCCCCTGTTGAAAGGtataattcacattgttttaaatgaatcc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATGTATTTACAAGAAATGTTTTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGCCCTATTCAGCTCCCAAAAATATATGTT
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555555555555555555555 22222222 77777777777777777777777777777777777777777 1111111 444444444444444444444444 1111111111 11111
lowQualScore : 4 1 44 999 6666666666666666666666666666666666666 5 4 9999 4 777 44 00000000 99999999999999999999999999999999999999999 8 555 55 3 3 3 0000000 555 0 77777 1 2 333333333333333333333333 2 33 555 3333333333 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . . .. ... ..................................... . . .... . ... .. ........ ......................................... . ... .. . . . ....... ... . ..... . . ........................ . .. ... .......... .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 0 77 555 8888888888888888888888888888888888888 0 4 4444 4 888 00 88888888 77777777777777777777777777777777777777777 1 999 55 6 6 6 8888888 444 2 11111 7 9 222222222222222222222222 9 22 444 5555555555 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTNCGGG-CTGAAGTTTGGCCC------------AA-----------AA-CAT------A-TGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAAA--T----------------TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCNCTTTTNCGGG-CCGAAGTTTGGCCC------------AA-----------AN-CAT------A-TGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAAA--T----------------TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGCCCCATTCCACACCCAA-----------ATACAC------A-T-TT-TTC--TGAC-CCTAA---TATAAGAAAAAATTCCCC-----T--GAAAAA--T----------------TAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAATA-CCAG--TTTAACAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC-ATACATA---C-TTAA------T--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaACAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC-ATAGATA---CTT--G------CAATTTGCTGAT-TTGC-A---TTGTT----------TTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGTCC------------CATTCCCCTCACCAA-CAC------A-TGTT-TTT----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAAATACCCccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---CAGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATAT--C-T--GTACTTAC--------AAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtcaacatttttttattgagtttatac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC-ATACAAA---------------C--------GGT-TTG--A---T---------------------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGCCC------------accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT-GTACATA---CTT--G------C--------CAT-TTGC-A---TGGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCtattcagctcccaaaaatatatgtt
gi|16 : AAAAAA--T----------------TCA--------A-------TGATTTTAATG-CCAG--TTTAACAATTTT-AA-AACAA--------------------GGATGTTTA-----CCTGTAAA
gi|17 : aaaGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC-ATACTTA---CTT--A------T--------AAT-TCAC-A---TTGTT----------TTA--A-
gi|2 : AATTCCCC-----T-CAAAAAA--TATTTTTATTTTTTTTTTGT--------ATTG----TGGTTT--ACAATCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT-ATACATA---CTT--A------C--------GAT-TTGT-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAatgaatcc
gi|3 : ttttttctcctttttgaggctaaaatttggcccCCC------------AA-----------AA-CAT------AATGTT-TTT--T-CC-TCTAA---TTGATGAAAAAATTTCC----------------------------------TAA--------TGT-----T--TTTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT-ATAGATA-----T--GAA----T--------GAT-TTTC-A---TTATC----------TTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcattttttgtgctgagcttctctcCCC------------AA-----------AA--AC------A-TGGT-ATT--TTTC-CCTTG---CGTAAGAAAAAA-TCCCC-----T-TAAAAAA--------------------AA--------ATT-----TTTTTTTAGTG-TT-G--TTCAACAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---T-------TTG-----------AAACAAATTAAAACAATAAAAAAACC-T--G---------------GA---TGC-AGACCTGTTAACGATTTGTTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC--------------AA-----------AT-CAT------A-TGTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGCAAGAAACAATTCCTC-----TCTAAAAAA--TGA--------------TAA--------AAT-----TGGTTTTAACA-CCAG--TTTTACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GATATTG--A---TTGTT----------TAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGCCC------------GATATCC------AT-CATCAGA--A-TGTTGTCT--TTTT-CCTAA---TGCAAAAAAAAA----------------AAAA--T-----------------------------------------------CCAG--TTGAACAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---CAGGAATGTCGA------------ACTGT---AAAC-ATAC------T-T--G------T--------GA---TGC-A-------C----------CCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc------------AA-----------AA-AGT------A-TGTT-TTT--TTCTTCCTAA---TGTCAGAAAAA-TTCCCC-----T------AA--T----------------TTA----------T-----TTTTTTTAAAG-TGGGGTTTTAATAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT-ATACATA---CTT--A------T--------GAT-TTCT-T---TTGTT----------Tgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT------C------------AA-----------AA-CATTCCGGTA-TGTA-TTTAATACT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAAATTCACCAAAAAT-TAAAAAA--------------------AA--------AATGAATGTGGTTA-AACA-TCAG--TTTAACA-------------ATG-------AAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC-ATACAAA---CAT--G------C--------TAT-TTGCAA---TCGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGTAAGAAAAA--TTCCC-----T-TAAAAAAAAT----------------TAA---------GTG----TGGTTT-AATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT-ATACTTA---C-TC-A------T--------GAT-TTgc
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666 22222222 77777777777777777777777777777777777777777 1111111 444444444444444444444444 1111111111 11111
lowQualScore : 4 66 5 777 6666666666666666666666666666666666666666666 4 9999 4 777 44 00000000 99999999999999999999999999999999999999999 8 77 55 3 3 3 0000000 555 0 77777 1 2 333333333333333333333333 2 33 555 3333333333 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . .. . ... ........................................... . .... . ... .. ........ ......................................... . .. .. . . . ....... ... . ..... . . ........................ . .. ... .......... .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 44 0 888 2222222222222222222222222222222222222222222 0 4444 4 888 00 88888888 77777777777777777777777777777777777777777 1 00 55 6 6 6 8888888 444 2 11111 7 9 222222222222222222222222 9 22 444 5555555555 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAAA----------------T--TAA--------AGT-----TGGTTTTAAC-GCCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCCCTTTTNCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAAA----------------T--TAA--------AGT-----TGGTTTTAAC-GCCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGC---CCCATTCCACACCC-AA-----------ATA-----CAC------AT-TT-TTC--TGAC-CCTAA---TATAAGAAAAAATTCCCC-----T--GAAAAA----------------T--TAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAAT-ACCAG--TTTAACAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC-ATACATA---C-TTAA------T--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaACAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC-ATAGATA---CTT--G------CAATTTGCTGAT-TTGC-A---TTGTT----------TTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGT---CC-------------CATTCCCCTCACCA-A-----CAC------ATGTT-TTT----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAAATACCCccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---CAGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATAT--C-T--GTACTTAC--------AAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtcaacatttttttattgagtttatac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC-ATACAAA---------------C--------GGT-TTG--A---T---------------------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGC---CCTATTCAGCTCCCAAA-----------A-A-----TAT------ATGTT-accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT-GTACATA---CTT--G------C--------CAT-TTGC-A---TGGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CC
gi|16 : AAAAAA----------------T--TCA--------A-------TGATTTTAAT-GCCAG--TTTAACAATTTT-AA-AACAA--------------------GGATGTTTA-----CCTGTAAA
gi|17 : aaaGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC-ATACTTA---CTT--A------T--------AAT-TCAC-A---TTGTT----------TTA--A-
gi|2 : CCTTTTTGAGG-CTAAAATTTGGC---CC-------------AA-----------atgaatcc
gi|2 : ttttttctAATTCCCC-----T-CAAAAAATATTTTTATTTTTTTTT--TGT--------ATTG----TGGTTT--ACAATCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT-ATACATA---CTT--A------C--------GAT-TTGT-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAttcccctcaaaaaatatttttattttttttttgtattgtggtttacaatcagtttaacagtttaaaacaatgcaaaacagggatgataaccagtcctgtaaactgttttaaatatacatacttacgatttgtattgttttgattttgtttccatcttcataattatggtgctactttcccctagtgaatcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|3 : ttttttctcctttttgaggctaaaatttggcccTTTTTTGTG-CTGA-GCTTCTCTCCCC-------------AA-----------A-A-----CATA-----ATGTT-TTT--T-CC-TCTAA---TTGATGAAAAAATTTCC----------------------------------TAA--------TGT-----T--TTTTAAT-GCCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT-ATAGATA-----T--GAA----T--------GAT-TTTC-A---TTATC----------TTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcaC---CC-------------AA-----------A-A------AC------ATGGT-ATT--TTTC-CCTTG---CGTAAGAAAAAA-TCCCC-----T-TAAAAAA--------------------AA--------ATT-----TTTTTTTAGT-GTT-G--TTCAACAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---T-------TTG-----------AAACAAATTAAAACAATAAAAAAACC-T--G---------------GA---TGC-AGACCTGTTAACGATTTGTTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC------------------AA-----------A-T-----CAT------ATGTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGCAAGAAACAATTCCTC-----TCTAAAAAA----------------TGATAA--------AAT-----TGGTTTTAAC-ACCAG--TTTTACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GATATTG--A---TTGTT----------TAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGC---CC-------------GA-----------T-ATCCATCATCAGA--ATGTTGTCT--TTTT-CCTAA---TGCAAAAAAAAA----------------AAAA----------------T---------------------------------CCAG--TTGAACAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---CAGGAATGTCGA------------ACTGT---AAAC-ATAC------T-T--G------T--------GA---TGC-A-------C----------CCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc-------------AA-----------A-A-----AGT------ATGTT-TTT--TTCTTCCTAA---TGTCAGAAAAA-TTCCCC-----T------AA----------------T--TTA----------T-----TTTTTTTAAA-GTGGGGTTTTAATAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT-ATACATA---CTT--A------T--------GAT-TTCT-T---TTGTT----------Tgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT---------C-------------AA-----------A-A-----CATTCCGGTATGTA-TTTAATACT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAAATTCACCAAAAAT-TAAAAAA--------------------AA--------AATGAATGTGGTTA-AAC-ATCAG--TTTAACA-------------ATG-------AAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC-ATACAAA---CAT--G------C--------TAT-TTGCAA---TCGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGTAAGAAAAA--TTCCC-----T-TAAAAAAAA--------------T--TAA---------GTG----TGGTTT-AAT-GCCAG--TTTAACAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT-ATACTTA---C-TC-A------T--------GAT-TTgc
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777 1111111 666666666666666666666666666666666666666666 1111111 444444444444444444444444 1111111111 11111
lowQualScore : 4 55 5 777 4444444444444444444444444444444444444444444 3 7777 4 1 777 4444444 555555555555555555555555555555555555555555 8 555 55 3 3 3 0000000 555 0 77777 1 2 333333333333333333333333 2 33 555 3333333333 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . .. . ... ........................................... . .... . . ... ....... .......................................... . ... .. . . . ....... ... . ..... . . ........................ . .. ... .......... .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 99 0 888 3333333333333333333333333333333333333333333 6 7777 0 1 000 0000000 666666666666666666666666666666666666666666 1 999 55 6 6 6 8888888 444 2 11111 7 9 222222222222222222222222 9 22 444 5555555555 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TTCC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAA--T--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TNCC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAA--T--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGC---CCCATTCCACACCC-AA-----------ATA-----CAC------AT-TT-TTC--TGAC-CCTAA---TATAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T--GAAAAA--T--TAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAATA-CCAG--TTTAACAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC-ATACATA---C-TTAA------T--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaACAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC-ATAGATA---CTT--G------CAATTTGCTGAT-TTGC-A---TTGTT----------TTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGT---CC-------------CATTCCCCTCACCA-A-----CAC------ATGTT-TTT----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAA-----ATACCCccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---CAGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATAT--C-T--GTACTTAC--------AAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtcaacatttttttattgagtttatac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC-ATACAAA---------------C--------GGT-TTG--A---T---------------------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGC---CCTATTCAGCTCCCAAA-----------A-A-----TAT------ATGTT-accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT-GTACATA---CTT--G------C--------CAT-TTGC-A---TGGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CC
gi|16 : AAAAAA--T--TCA--------A-------TGATTTTAATG-CCAG--TTTAACAATTTT-AA-AACAA--------------------GGATGTTTA-----CCTGTAAA
gi|17 : aaaGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC-ATACTTA---CTT--A------T--------AAT-TCAC-A---TTGTT----------TTA--A-
gi|2 : CCTTTTTGAGG-CTAAAATTTGGC---CC-------------AA---------------------------------------TTCC-CCT-------CAAAAAATATTTTTATTTTTT-----T-T--------T--TGT--------ATTG----TGGTTT--ACAATCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT-ATACATA---CTT--A------C--------GAT-TTGT-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAatgaatcc
gi|3 : ttttttctTTTTTTGTG-CTGA-GCTTCTCTCCCC-------------AA-----------A-A-----CATA-----ATGTT-TTT--T-CC-TCTAA---TTGATGAAAAA-----ATTTCC--------------------TAA--------TGT-----T--TTTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT-ATAGATA-----T--GAA----T--------GAT-TTTC-A---TTATC----------TTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcaC---CC-------------AA-----------A-A------AC------ATGGT-ATT--TTTC-CCTTG---CGTAAGAAAAA-----A-TCCCC-----T-TAAAAAA------AA--------ATT-----TTTTTTTAGTG-TT-G--TTCAACAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---T-------TTG-----------AAACAAATTAAAACAATAAAAAAACC-T--G---------------GA---TGC-AGACCTGTTAACGATTTGTTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC------------------AA-----------A-T-----CAT------ATGTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGCAAGAAACA-----ATTCCTC-----TCTAAAAAA--TGATAA--------AAT-----TGGTTTTAACA-CCAG--TTTTACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GATATTG--A---TTGTT----------TAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGC---CC-------------GA-----------T-ATCCATCATCAGA--ATGTTGTCT--TTTT-CCTAA---TGCAAAAAAAA-----A----------------AAAA--T---------------------------------CCAG--TTGAACAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---CAGGAATGTCGA------------ACTGT---AAAC-ATAC------T-T--G------T--------GA---TGC-A-------C----------CCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc-------------AA-----------A-A-----AGT------ATGTT-TTT--TTCTTCCTAA---TGTCAGAAAAA------TTCCCC-----T------AA--T--TTA----------T-----TTTTTTTAAAG-TGGGGTTTTAATAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT-ATACATA---CTT--A------T--------GAT-TTCT-T---TTGTT----------Tgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT---------C-------------AA-----------A-A-----CATTCCGGTATGTA-TTTAATACT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAA-----ATTCACCAAAAAT-TAAAAAA------AA--------AATGAATGTGGTTA-AACA-TCAG--TTTAACA-------------ATG-------AAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC-ATACAAA---CAT--G------C--------TAT-TTGCAA---TCGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTT-TTT--TCCC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-------TTCCC-----T-TAAAAAAAAT--TAA---------GTG----TGGTTT-AATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT-ATACTTA---C-TC-A------T--------GAT-TTgc
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777 11111 66666666666666666666666666666666666666666 1111111 444444444444444444444444 1111111111 11111
lowQualScore : 4 3 4 1 3 777 6666666666666666666666666666666666666666666 3 55 4 4 1 777 00000 0 55555555555555555555555555555555555555555 3 555 55 3 3 3 0000000 555 0 77777 1 2 333333333333333333333333 2 33 555 3333333333 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . . . . . ... ........................................... . .. . . . ... ..... . ......................................... . ... .. . . . ....... ... . ..... . . ........................ . .. ... .......... .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 7 4 9 9 000 7777777777777777777777777777777777777777777 6 55 0 0 1 000 00000 8 88888888888888888888888888888888888888888 2 999 55 6 6 6 8888888 444 2 11111 7 9 222222222222222222222222 9 22 444 5555555555 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGC---CCCATTCCACACCC-AA-----------ATA-----CAC------AT-TT-TTC--TG-AC-CCTAA---TATAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T--GAAAAAT--TAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAATA-CCAG--TTTAACAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC-ATACATA---C-TTAA------T--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaACAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC-ATAGATA---CTT--G------CAATTTGCTGAT-TTGC-A---TTGTT----------TTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGT---CC-------------CATTCCCCTCACCA-A-----CAC------ATGTT-TTT-----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAA-----ATACCCccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---CAGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATAT--C-T--GTACTTAC--------AAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtcaacatttttttattgagtttatac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC-ATACAAA---------------C--------GGT-TTG--A---T---------------------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGC---CCTATTCAGCTCCCAAA-----------A-A-----TAT------ATGTT-accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT-GTACATA---CTT--G------C--------CAT-TTGC-A---TGGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CC
gi|16 : AAAAAAT--TCA--------A-------TGATTTTAATG-CCAG--TTTAACAATTTT-AA-AACAA--------------------GGATGTTTA-----CCTGTAAA
gi|17 : aaaGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC-ATACTTA---CTT--A------T--------AAT-TCAC-A---TTGTT----------TTA--A-
gi|2 : CCTTTTTGAGG-CTAAAATTTGGC---CC-------------AA---------------------------------------TT-CC-CCT-------CAAAAAATATTTTTATTTTTT-----T-T------T--TGT--------ATTG----TGGTTT--ACAATCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT-ATACATA---CTT--A------C--------GAT-TTGT-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAatgaatcc
gi|3 : ttttttctTTTTTTGTG-CTGA-GCTTCTCTCCCC-------------AA-----------A-A-----CATA-----ATG-T-TTT--TT-CC-TCTAA---TTGATGAAAAA-----ATTTCC------------------TAA--------TGT-----T--TTTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT-ATAGATA-----T--GAA----T--------GAT-TTTC-A---TTATC----------TTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcaC---CC-------------AA-----------A-A------AC------ATGGT-ATT--TT-TC-CCTTG---CGTAAGAAAAA-----A-TCCCC-----T-TAAAAAA----AA--------ATT-----TTTTTTTAGTG-TT-G--TTCAACAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---T-------TTG-----------AAACAAATTAAAACAATAAAAAAACC-T--G---------------GA---TGC-AGACCTGTTAACGATTTGTTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC------------------AA-----------A-T-----CAT------ATGTT-TTT--TC-CC-CCTAA---TGCAAGAAACA-----ATTCCTC-----TCTAAAAAATGATAA--------AAT-----TGGTTTTAACA-CCAG--TTTTACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GATATTG--A---TTGTT----------TAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGC---CC-------------GA-----------T-ATCCATCATCAGA--ATGTTGTCT--TT-TT-CCTAA---TGCAAAAAAAA-----A----------------AAAAT---------------------------------CCAG--TTGAACAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---CAGGAATGTCGA------------ACTGT---AAAC-ATAC------T-T--G------T--------GA---TGC-A-------C----------CCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc-------------AA-----------A-A-----AGT------ATGTT-TTT--TT-CTTCCTAA---TGTCAGAAAAA------TTCCCC-----T------AAT--TTA----------T-----TTTTTTTAAAG-TGGGGTTTTAATAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT-ATACATA---CTT--A------T--------GAT-TTCT-T---TTGTT----------Tgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT---------C-------------AA-----------A-A-----CATTCCGGTATGTA-TTTAATA-CT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAA-----ATTCACCAAAAAT-TAAAAAA----AA--------AATGAATGTGGTTA-AACA-TCAG--TTTAACA-------------ATG-------AAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC-ATACAAA---CAT--G------C--------TAT-TTGCAA---TCGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTTCGGC-CTAA--TTT--C---CCTTTC---------AG-----------A-A-----TA-------GTGTT-TTT--TTCCC-CCTAA---TGTAAG-AAAA-----ATTCCCT-----T-AAAAAAAA--TTA--------AGTG----TGG-TTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT-ATACTTA---C-TC-A------T--------GAT-TTgc
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777 11111 66666666666666666666666666666666666666666 1111111 444444444444444444444444 1111111111 11111
lowQualScore : 4 3 4 1 3 777 6666666666666666666666666666666666666666666 3 55 4 4 1 777 00000 0 55555555555555555555555555555555555555555 3 555 55 3 3 3 0000000 555 0 77777 1 2 333333333333333333333333 2 33 555 3333333333 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . . . . . ... ........................................... . .. . . . ... ..... . ......................................... . ... .. . . . ....... ... . ..... . . ........................ . .. ... .......... .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 7 4 9 9 000 7777777777777777777777777777777777777777777 6 55 0 0 1 000 00000 8 88888888888888888888888888888888888888888 2 999 55 6 6 6 8888888 444 2 11111 7 9 222222222222222222222222 9 22 444 5555555555 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGC---CCCATTCCACACCC-AA-----------ATA-----CAC------AT-TT-TTC--TG-AC-CCTAA---TATAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T--GAAAAAT--TAATAATTTTTAGT-----AGGGTTTAATA-CCAG--TTTAACAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---TAGAGATGTCCA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC-ATACATA---C-TTAA------T--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaACAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAACATGGATTTTGA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC-ATAGATA---CTT--G------CAATTTGCTGAT-TTGC-A---TTGTT----------TTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGT---CC-------------CATTCCCCTCACCA-A-----CAC------ATGTT-TTT-----CC-ACTAT---TGTAAGAAAAA-----ATACCCccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---CAGGGATGTTAA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATAT--C-T--GTACTTAC--------AAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtcaacatttttttattgagtttatac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC-ATACAAA---------------C--------GGT-TTG--A---T---------------------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGC---CCTATTCAGCTCCCAAA-----------A-A-----TAT------ATGTT-accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---CAAGAATGTTGA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT-GTACATA---CTT--G------C--------CAT-TTGC-A---TGGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CC
gi|16 : AAAAAAT--TCA--------A-------TGATTTTAATG-CCAG--TTTAACAATTTT-AA-AACAA--------------------GGATGTTTA-----CCTGTAAA
gi|17 : aaaGGATGTTAA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC-ATACTTA---CTT--A------T--------AAT-TCAC-A---TTGTT----------TTA--A-
gi|2 : CCTTTTTGAGG-CTAAAATTTGGC---CC-------------AA---------------------------------------TT-CC-CCT-------CAAAAAATATTTTTATTTTTT-----T-T------T--TGT--------ATTG----TGGTTT--ACAATCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---CAGGGATGATAACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT-ATACATA---CTT--A------C--------GAT-TTGT-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAatgaatcc
gi|3 : ttttttctTTTTTTGTG-CTGA-GCTTCTCTCCCC-------------AA-----------A-A-----CATA-----ATG-T-TTT--TT-CC-TCTAA---TTGATGAAAAA-----ATTTCC------------------TAA--------TGT-----T--TTTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---CAGGGATGTTAC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT-ATAGATA-----T--GAA----T--------GAT-TTTC-A---TTATC----------TTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcaC---CC-------------AA-----------A-A------AC------ATGGT-ATT--TT-TC-CCTTG---CGTAAGAAAAA-----A-TCCCC-----T-TAAAAAA----AA--------ATT-----TTTTTTTAGTG-TT-G--TTCAACAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---T-------TTG-----------AAACAAATTAAAACAATAAAAAAACC-T--G---------------GA---TGC-AGACCTGTTAACGATTTGTTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC------------------AA-----------A-T-----CAT------ATGTT-TTT--TC-CC-CCTAA---TGCAAGAAACA-----ATTCCTC-----TCTAAAAAATGATAA--------AAT-----TGGTTTTAACA-CCAG--TTTTACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---TAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GATATTG--A---TTGTT----------TAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGC---CC-------------GA-----------T-ATCCATCATCAGA--ATGTTGTCT--TT-TT-CCTAA---TGCAAAAAAAA-----A----------------AAAAT---------------------------------CCAG--TTGAACAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---CAGGAATGTCGA------------ACTGT---AAAC-ATAC------T-T--G------T--------GA---TGC-A-------C----------CCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc-------------AA-----------A-A-----AGT------ATGTT-TTT--TT-CTTCCTAA---TGTCAGAAAAA------TTCCCC-----T------AAT--TTA----------T-----TTTTTTTAAAG-TGGGGTTTTAATAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CATGGATGTTGA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT-ATACATA---CTT--A------T--------GAT-TTCT-T---TTGTT----------Tgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT---------C-------------AA-----------A-A-----CATTCCGGTATGTA-TTTAATA-CT-CTTTAGTTTGTGAGAAAAA-----ATTCACCAAAAAT-TAAAAAA----AA--------AATGAATGTGGTTA-AACA-TCAG--TTTAACA-------------ATG-------AAGAA---CAGGGGTATTGA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC-ATACAAA---CAT--G------C--------TAT-TTGCAA---TCGTT----------TTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTTCGGC-CTAA--TTT--C---CCTTTC---------AG-----------A-A-----TA-------GTGTT-TTT--TTCCC-CCTAA---TGTAAG-AAAA-----ATTCCCT-----T-AAAAAAAA--TTA--------AGTG----TGG-TTTAATG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---CAAGGATGTTGA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT-ATACTTA---C-TC-A------T--------GAT-TTgc
blockSeqs : G G G A G TCC TATTCAGCTCCCAAAAATAT G AA C T A GTT TTTTT CAAAAATTAAAAAAAAAATGAATGTGGT T CAA GT T T . TTTGTTT AAA CCAGT T A CTTGCAATTTGCT A CA GAC AACGATTTGT TT T TGT TCT T G CCCCT A
blockSeqs : T G . A G . CATTCCCCTCACCAACAC . . . . A . . CTCTAAAAAATGATAAAATTGGT T TG . . . . . . . T . TCTGTACTTAC . C . . . . T TG G . C G
blockSeqs : T G . A G . GATATCCATCATCAGA . . . . T . . TTAAAAAAAATTAAGTGTGG T TG . . . . . . . T . AACCTG . C . . . . T T G . C G
blockSeqs : T . A C . AAAACATTCCGGT . . . . A . . CTTAAAAAAAAATTTTTT T TG . . . . . . . T . CTTGC . C . . . . T T A . C C
blockSeqs : T . A G . TTTCAGAATA . . . . A . . TTTTTGTATTGTGGT T CA . . . . . . . T . CTTAT . C . . . . T C G . G G
blockSeqs : T . A T . AAAACATA . . . . A . . CTAATTTATTTTT T AG . . . . . . . T . CTTAC . T . . . . T T A . C G
blockSeqs : C . . . . AAATCAT . . . . T . . TAATGTTT . CA . . . . . . . A . TGAAT . C . . . . T T . . . .
blockSeqs : C . . . . AAAAAGT . . . . A . . AAAAT . TG . . . . . . . A . CTTAT . C . . . . T C
blockSeqs : . AAAAAC . . . . . . . . . . . . . . . . T . CATGC . C . . . . T C
blockSeqs : AA . . . . . . . T . CTCAT . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T . CTGC . . . . . .
blockSeqs : . . . . TTGT . . . .
blockSeqs : . . . C .
blockSeqCons : AAAACAT************************************ CTTAAAAAAAAATTNTT************************ CTTAC******************* T****
originalCons : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCC-----T-TAAAAAAT--TAA--------AGT-----TGGTTTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATA---C-T--G------C--------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
finalCons : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CCAAAACAT------------------------------------ATGTT-TTT--TT-CC-CCTAA---TGTAAGAAAAA-----ATTCCCCTTAAAAAAAAATTNTT------------------------TTTAACG-CCAG--TTTAACAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---CAGGGATGTTGA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC-ATACATACTTAC-------------------GAT-TTGC-A---TTGTT----------TTG--A-TT----T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Alignments
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111111111 11111
lowQualScore : 4 3 4 1 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333 3 3 6666 4 4 1 777 88 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 55 666 3 3 3 0000000 6666666 2 77777 1 3 6666 888888 0 222222222222222 2 77 1 44 3 55555 5555 5 5 22222 1
lowQualScore : . . . . . ... ........................................... . . .... . . . ... .. ................................................................. .. ... . . . ....... ....... . ..... . . .... ...... . ............... . .. . .. . ..... .... . . ..... .
lowQualScore : 2 7 4 9 9 000 1111111111111111111111111111111111111111111 6 6 2222 0 0 1 000 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 444 6 6 6 8888888 4444444 9 11111 6 3 1111 222222 9 555555555555555 9 11 5 66 3 55555 9999 4 0 00000 4
consensus : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------A-TGTT-TTT--TTCC-CC-TAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAA--A-----A-A---A-TTT--T--T-------TTTA-----------AT-GCCAG--TTTAA---CAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---C---AGGGATGTT-GA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC----ATACA------TACTT----A-C--------GAT-TTGC-ATTGTTTTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
Reference ( family-1029 ) : NNNATTTATCGCCCTTTTTCGGG-CTGAAGTTTGGC---CC-------------AA-----------A-A-----CAT------A-TGTT-TTT--TTCC-CC-TAA---TGTAAGAAAAAATTCCCC-----T-TAAAAA--A-----A-A---A-TTN--T--T-------TTTA-----------AC-GCCAG--TTTAA---CAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---C---AGGGATGTT-GA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC----ATACA------TACTT----A-C--------GAT-TTGC-ATTGTTTTG--A-T--T--T--T-CCCCCATTTTCATCATTACGAC-GCTATTTTC----CCCTATTGAAGGG
gi|1 : TTTTACGGG-TCAAAGTTTGGC---CCCATTCCACACCC-AA-----------ATA-----CAC------A-T-TT-TTC--TGAC-CC-TAA---TATAAGAAAAAATTCCCC-----T-GAAAAATTA-----ATA---A-TTT--T--TAGTAGGGTTTA-----------AT-ACCAG--TTTAA---CAG-TTA-AATAACATTG-------ACAAA---T---AGAGATGTC-CA-----ACTTTAA-CTGTATGAAAC----ATACA------TACTT----AAT--------GAT-TTGC-ATTGTTTCT--A-T--TATT--T-CTATCATTTTCATCATTACAAC-AATATTTTT----CCCTATTGAAGG
gi|10 : cagtgttttttgggggcaA---CAG-TTT-AA-AATAATA-------AAAAAAAAC---ATGGATTTT-GA-----CCAGTAAACTGTTTTAAAC----ATAGA------TACTT----G-CAATTTGCTGAT-TTGC-ATTGTTTTC--A-T--T--TTCT-CCCCCATTATCATCaacctaccaccattccatcaaaacaaaacaaaaacatggtatgcctgaatgactgggtatgtaagatgacaattg
gi|11 : TTTATCCCCCTTTTGGGGG-CTGAAGCTTGGT---CC-------------CATTCCCCTCACCA-A-----CAC------A-TGTT-TTT----CC-AC-TAT---TGTAAGAAAAAA-TACCC-----T-CAACA------------------TT--T--T-------TTTA-----------TT-G--AG--TTTAccctgttaaagggacctgctcccatg
gi|12 : catatttacagtgttgttgct---C---AGGGATGTT-AA-----CCTGTAAACTGTTTTAAAC----ATACATATCTGTACTT----A-C--------AAT-TTGC-ATTGTTTTG--A-TTGT--T--T-CCCCCAATTTCATCATAACTAC-ATTATTTTC----TCCTATTAAAGGGtac
gi|13 : TAAACTGTTTTAAAC----ATACA-------A-------A-C--------GGT-TTG--AT-----------T--T--T--T-TCCTCATTTTCATCTTTAC-ACGGCTATTTTC----CCCTGTTGAAAGGatccatccctat
gi|14 : TTTAAGGCCCTTTTTGGGGGCTGAAGTTTGGC---CCTATTCAGCTCCCAAA-----------A-A-----TAT------A-TGTT-accaatccccaatctctaaaaacaaaaacaacactgtcgcatgtctg
gi|15 : tatgtatttacaagaaatgttG-------AAAAA---C---AAGAATGTT-GA-----CCTGTCAGTGGTTTTAAGT----GTACA------TACTT----G-C--------CAT-TTGC-ATGGTTTTG--A-T--T--T--C-CC
gi|16 : AAAAA--A-----A-A---A-TTCAATGAT-------TTTA-----------AT-GCCAG--TTTAA---CAATTTT-AA-AACAA-----------------------GGATGTT-TA-----CCTGTAAA
gi|17 : GGATGTT-AA-----CCTGTTAACTTTTTCAAAC----ATACT------TACTT----A-T--------AAT-TCAC-ATTGTTTTA--A-
gi|2 : CCTTTTTGAGG-CTAAAATTTGGC---CC-------------AA----------------------------------------TTCC-CC-T-------CAA-AAAATATTTTTA-----T-T---------------------TTT--T--T-------TTTGTATTGTGGTTTACAATCAG--TTTAA---CAG-TTT-AA-AACAATG-------CAAAA---C---AGGGATGAT-AACCAGTCCTGTAAACTGTTTTAAAT----ATACA------TACTT----A-C--------GAT-TTGT-ATTGTTTTG--A-T--T--T--TGTTTCCATCTTCATAATTATGGT-GCTACTTTC----CCCTAGTGAAatgaatcc
gi|3 : ttttttctTTTTTTGTG-CTGA-GCTTCTCTCCCC-------------AA-----------A-A-----CAT------AATGTT-TTT--T-CC-TC-TAA---TTGATGAAAAAATTTCCT-----------------------A---A-TGT--T--T-------TTTA-----------AT-GCCAG--TTTAA---CAG-TTT-AA-AACAATA-------AAGAA---C---AGGGATGTT-AC-----CCTATAAACTG-TGTAAAT----ATAGA------TATGA----A-T--------GAT-TTTC-ATTATCTTGTTT-T--T--T--T-TTCTCATTTTCGTCATTATGAC-ACAATTTTG----CCCTATGCAAGGGtcgacccacccccttccccaaaaaatgtaaaaaaaaagacactcagcttcagtgaatatgtcagttaacagtattg
gi|4 : gatttttggggggcaC---CC-------------AA-----------A-A------AC------A-TGGT-ATT--TTTC-CC-TTG---CGTAAGAAAAAA-TCCCC-----T-TAAAAA--A-----A-A---ATTTT--T--T-------TTTA-----------GT-GTT-G--TTCAA---CAG-TTC-AT-AATAATGTTTGTTTAAGAA---TTTGAAACAAATTAAA-----ACAATAAAA------AAACCTGGATGCA------GACCTGTTAA-C--------GAT-TTG-------TTTG--ATT--T--T--T-TCCCCATGT---CCATGACAAC-GCTATTTTCCCCTCCCTATT-AAGGGacccagtcccattttctcaaaaccaaaaaaaaaacactgcagcactttacttacaa
gi|5 : attcagcattaagccccattcccctcATTTATTGCCCTTTTATGGG-TGGAAGTTTGGC------------------AA-----------A-T-----CAT------A-TGTT-TTT--TCCC-CC-TAA---TGCAAGAAACAATTCCTC-----TCTAAAAA--ATGATAA-A---A-TTG--G--T-------TTTA-----------AC-ACCAG--TTTTA---CAG-TTT-AA-AACAATG-------AAAAA---T---AGGGATGTT-GA-----CCTGTAAACTGATTTAAAC----ATACA------TAC-T----G-C--------GATATTG--ATTGTTTAG--A-T--T--T--C-CCCCCATTTTTATCA--ATGAG-GCTATTAAC----CCCTATTGAAGGGaacccactccaattcccccaaa
gi|6 : tttCTCTTTTTTGGG-TTCAAGTTTTGC---CC-------------GA-----------T-ATCCATCATCAGA--A-TGTTGTCT--TTTT-CC-TAA---TGCAAAAAAAAA---------------------A-----A-A---A-T----------------------------------CCAG--TTGAA---CAG-TTTTAA-AACAATG-------AAGAA---C---AGGAATGTC-GA-----ACTGTAAAC------------------A------TACTT----G-T--------GA---TGC-A----CCCC--A-T-----------CCTCATTTTCATCTTTACAAT-GCTATTTT-----TCCTATTGCAGGG
gi|7 : tttttcctc-------------AA-----------A-A-----AGT------A-TGTT-TTT--TTCTTCC-TAA---TGTCAGAAAAA-TTCCCC-----T---------------A-ATTTA-TTT--T--T-------TTTA-----------AA-GTGGGGTTTTAA---TAG-TTT-AA-AACAATG-------AAGAA---C---ATGGATGTT-GA-----CCTGTTAACAGTATTAAAT----ATACA------TACTT----A-T--------GAT-TTCT-TTTGTTTgaccatctcccccaccccttgtgatcccaaaaccaaaaaat
gi|8 : gcagtgttttttattccaaatattcggcgaaattcgatccaattcccccctaaATTTATTGTA--TTTTCGGG-CTGAAAT---------C-------------AA-----------A-A-----CATTCCGGTA-TGTA-TTTAATACT-CT-TTAGTTTGTGAGAAAAAATTCACCAAAAAT-TAAAAA--A-----A-A---A-ATG----------------A-----------AT-G-TGG--TTAAACATCAG-TTT----AACAATG-------AAGAA---C---AGGGGTATT-GA-----CCTATAAACTG-TTTAGAC----ATACA------AACAT----G-C--------TAT-TTGCAATCGTTTTG--A-T--T--T--C-CCCCGCTTTTCATCAATActtttaatttatttcaccaccaattaaaaattccc
gi|9 : cTTCGGC-CTAA--TTT--C---CCTTTC---------AG-----------A-A-----TA-------G-TGTT-TTT--TTCC-CCCTAA---TGTAAGAAAAA--TTCCC-----T-TAAAAA--A-----A-ATTAA-GTG--T--GG------TTTA-----------AT-GCCAG--TTTAA---CAG-TTT-AT-AAAAAAA-------AAGAA---C---AAGGATGTT-GA-----CCTGTTTACTCTTTTAAAT----ATACT------TACTC----A-T--------GAT-TTgc