lowQualScore : 1 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 1111
lowQualScore : 3 9999 66 66666 1 7 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 3 3 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 33 7777 7
lowQualScore : . .... .. ..... . . . .................................................... . . . . .................................................................................................................... . .. .... .
lowQualScore : 7 2222 99 00000 4 3 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 1 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 55 8888 0
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCT--CA--GAG-NG-GTCCCCAAATTCCAGG----GGAG----N--G-G---TCCAA-GTATA--T----GT------G----T-TT-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTT---T---AAT-ATT-----CGA-G-AAA-T-CT--CAGA-G-AAT-----A-GGG-TCTGGA-C-CCCCTGT-CCNCCAT-C--TTAATCCGCC
Reference ( gi|3 ) : ACAGTGCGGATTTGGTAAATTT--CA--AAG-TG-GTCCCCAAATTTCAGG----GGAG----A--G-A---TCCAA-GTATA--T----AT------A----T-TT-T-CACCGTTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTT---T---AAT-TTT-----TGA-G-AAA-T-CT--CAGA-A-AAT-----A-GAG-TCTAGA-C-CCCCTGT-CCGTCAT-C--TTAATCCGCC
gi|6 : ACAATGCGGATTTTGTTAATTC--CA--GAG-GGAGACACCAAATTCCTGGTAT-GGGGCTGCG--G-A---TCC---GCTTT--T-----T------A----T-T----AACCGTGTTTAATGAA----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTT---TTA-AAC-ATT-----TGG-A-AAA-T-C-----------AT-----A-GTG-TCTAAA-C-CCACTAC-CC
gi|4 : gggaCAATGTGGATTTTGTAAATAT--CA--AAA-TG--------------AGG----CGGC----ATTG-----TCCAA-ATATAATT----AC------G----T-TT-TTCATCATTTTTACTGTACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTT---T---GAT-ATT-----C-A-G-GAA-T-TT--CAGG-G-GTT-----G-TGG-ATGAGATC-CCTCTGT-CC
gi|13 : atgacccactgatcccatgatcAATGAGGATTTCGTAATTCT--CA--GAGATG-GTCCCTAAATTTCA-------GCG----A--C-A---TTCAA-ATATtta
gi|2 : tcaattaGTCCAGATTTTGAAAATC---CA--GAA-AA-ACCTTTAAACTCCAGA----GAAG----T--G-AATGTCGAA-ATATA--TGTTAAT------G----T-TTCT-CGCCAATTTCGCTGAA----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTT---A---AAC-TTT---------G-AAA-TGTT--TAGA-AGGAT-----ACGA-------A-T-CCCCTGTCCCATCCT-C--TAGATCCG
gi|5 : ggtctGTGCTG-TTTAGTACATTT--TAGAAAG-GG-GTCCC-AAATCCCTTT----G----------------TCAAA-GTATG--C-----------------T-TT-T-CATAATTTTCACTGAA----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTT---T---GAT-ATTCA---TTA-A-AAA-T-CT--TA-------------A-GGG-GCTTGA-A-CCCCTGT-ttag
gi|15 : aggttctTGTAGATTTTGTAAATCT--CG--AAG-GG-ATCTCCGAATTTCAGA----GG-G----G--G-G---TCCAA-GTGTA--t
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACG--CAG--G-GTCTCCAAATTCTAGAATTAGGAG-------------TCT----------------------------T-TT-T-CACTATTTTTACTGAAATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTTTAT---AA----------TGA-GAAAA-T-CT--CAG-----GT-----A-GGG-TGTGGA-----CCTAT-CCCCCATCC--TTA
gi|8 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatctttT--CA--AGG-TC-ATCTT--AATTTTTGG----GGAG----G--------TCCAA-GTACA--T----GT------A----T-TT-------------A-TGAA---------TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTT---C---AAT-CCT-----CAT-G-AAA-T-CTCACAGATG-AGT-----A-G-G-TCTG-------TCTGT-CCTCCAT-CGATT--TCTGCCa
gi|9 : G-ATCCCTAAATTCCAGG----GGAA----T--GTA---TTTAG-GGGTA--T----GT------G----TATT-T-CATCATTTCCACTGAA----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTA---T---AAC-ATTCGGCCTGAGG-AAA-T-CT--CAG
gi|7 : ttgtagggTCCCCAAATTACAGG----GAAA----T--G-G---TTCAA-GAATA--T----GTCTTCTCAATTTT-TT-T-CACGATTTTCACTAAC----A----TA--T-------------A-CA-A--CATTCAA----TTTG---T---AAT-ATT-----CAG-G-AAA-T-CT--CAG----------------G-GCTG--------CTGT-CC--CAT-T--TTAATCCgg
gi|11 : gtGG----GGGG----T--A-G---TCCAATGCATA--T----G-------G----T-TT-T-CACCATTTTTACTGAA----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTT---TTTCAAC-ATT-----TAA-A-AAA-G-CT--CAGA-A-AA
gi|14 : TATA--T----GT-----------T-TT-T-CAACATTTTCACTGAA----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTT---C---AGTATTT-----TGA-A-AA
gi|10 : TA--T----AT------GC---T-TT-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------A-TG-T--C----------TTT----------T-TTT-----TAA-T-A-----TT--CAGA-A-AATCTCCCA-GAGATCCAAA-T-TCCCTG
gi|12 : ----T-TT-T-CCACATTTTCACT-AA----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTT---T---AAT-GTA-----T-A-G-AGACT-CT--CAGG-G-AA---------GG-TCTGGA-CTCCCCTGcttcctctatatgcaccagt
gi|16 : at----T-TT-T-CACCATTCTTACAGAA----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTT---T---AAT-ATT-----C-A-G-AAA-ctc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 11111111 3333333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444 22222222 44444444444444444444444444 11 1111
lowQualScore : 5 66666 55 2 0 0 3 88888888 3 33 3333333333333333 2 555 2 2 2222 6666 55555555555555555555555555555555555 888 2 22222222 3 3 44 55555555555555555555555555 55 88 6 11 7777
lowQualScore : . ..... .. . . . . ........ . .. ................ . ... . . .... .... ................................... ... . ........ . . .. .......................... .. .. . .. ....
lowQualScore : 0 99999 33 3 4 2 6 11111111 6 99 6666666666666666 9 000 9 9 1111 1111 11111111111111111111111111111111111 999 9 22222222 1 3 66 55555555555555555555555555 55 22 7 00 8888
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--G-GG-GTCCCCAAATTCCAGG-GG-AGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGAGAA-AG--GGTC-TGGA------C-CCCCTG--TCCTCCAT-C--TT---AATCCGCC
Reference ( family-1022 ) : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--G-NG-GTCCCCAAATTCCAGG-GG-AGNG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGAGAATAG--GGTC-TGGA------C-CCCCTG--TCCNCCAT-C--TT---AATCCGCC
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACGC--A-GG-GTCTCCAAATTCTAGA-ATTAGGA---GTCT----------------------------T-T---T-T-CACTATTTTTACTGAAATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTT---TATAA-T-G------AGAAAAT-CT--CAG---GTAG--GGTG-TGGA----------CCTA--TCCCCCATCC--TT---A
gi|10 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatctttTATA--TG----------C-----T-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------A-TG-T--CTTT-------TTTTT---AATAT-TCA------GA-AAAT-CTCCCAGAGA--------TC-CAAA------T-TCCCTGCTTCCTCTAT-a
gi|11 : GG-GG-GGTA---GTCCAATGCATA--TG---------------GT-T---T-T-CACCATTTTTACTGAA----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTTTTTCAACAT-TTA------AA-AAAG-CT--CAGAAAAatgcaccagt
gi|12 : T-T---T-T-CCACATTTTCACT-AA----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTTT---AATGTATAG------AG--ACT-CT--CAGGGAA-----GGTC-TGGA------CTCCCCTG--
gi|13 : atAATGAGGATTTCGTAATTCTCA-GA--GATG-GTCCCTAAATTTCAGctc
gi|14 : tcaattaTATA--TG----------T-----T-T---T-T-CAACATTTTCACTGAA----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTTC---AGTAT-Tcgacattcaaatat
gi|15 : TGTAGATTTTGTAAATCTCG-AA--G-GG-ATCTCCGAATTTCAGA-GG--GGG---GTCCAA-GTGTA--ttgaaaa
gi|16 : --TG----------T-----T-T---T-T-CACCATTCTTACAGAA----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTTT---AATAT-TC-------AG-AAA
gi|2 : CAGATTTTGAAAATC-CA-GA--A-AA-ACCTTTAAACTCCAGA-GA-AGTGAATGTCGAA-ATATA--TG----------TTAATGT-T---TCT-CGCCAATTTCGCTGAA----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTTA---AACTT-T---------G-AAATGTT--TAGA----AG--GATA-CGAA------T-CCCCTG--TC--CCAT-C--CTCTAGATCCGat
gi|3 : ggtctgtcACAGTGCGGATTTGGTAAATTTCA-AA--G-TG-GTCCCCAAATTTCAGG-GG-AGAG---ATCCAA-GTATA--TA----------T----AT-T---T-T-CACCGTTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATTT-TTG------AG-AAAT-CT--CAGAAAATAG--AGTC-TAGA------C-CCCCTG--TCCGTCAT-C--TT---AATCCGCCttag
gi|4 : CAATGTGGATTTTGTAAATATCA-AA--A-TG--------------AGGCGG-CATT---GTCCAA-ATATAATTA----------C----GT-T---T-TTCATCATTTTTACTGTACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTTT---GATAT-TC-------AG-GAAT-TT--CAG------G--GGTTGTGGATGAGATC-CCTCTG--TCC
gi|5 : atgacccactgatcccatgatcTTTAGTACATTTTA-GAAAG-GG-GTCCC-AAATCCC--------TTT---GTCAAA-GTATG--C-----------------T-T---T-T-CATAATTTTCACTGAA----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTTT---GATAT-TCATT----AA-AAAT-CT--TA------AG--GGGC-TTGA------A-CCCCTG--Ttta
gi|6 : aggttctgtgctgACAATGCGGATTTTGTTAATTCCA-GA--G-GGAGACACCAAATTCCTGG-TA-TGGG---G-CTGC-GGATC--CG----------C----TT-TTTAT-T-AACCGTGTTTAATGAA----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTTTTA-AACAT-TTG------GA-AAAT-C---------ATAG--TGTC-TAAA------C-CCACTA--CCCt
gi|7 : gggaTCCCCAAATTACAGG-GA-AATG---GTTCAA-GAATA--TGTCTTCTCAATT----TT-T---T-T-CACGATTTTCACTAAC----A----TA--T-------------A-CA-A--CATTCAA----TTTGT---AATAT-TCA------GG-AAAT-CT--CAGGG----------C-TG-------------CTG--TC--CCAT-T--TT---AATCC
gi|8 : gtAATTTTTGG-GG-AG-----GTCCAA-GTACA--TG----------T----AT-T---T-------AT--------GA----A----TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTTC---AATCC-TCA------TG-AAAT-CT--CACAGATGAGTAGGTC-TG------------TCTG--TCCTCCAT-CGATT-----TCTGCC
gi|9 : tcaaggtcatctt--G-GG-ATCCCTAAATTCCAGG-GG-AATGT--ATTTAG-GGGTA--TG----------T----GTAT---T-T-CATCATTTCCACTGAA----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTAT---AACAT-TCGGCCTGAGG-AAAT-CT--CAGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 3333333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444 22222222 444444444444444444444444444 11
lowQualScore : 88888 4 4 2 2 0 7777777777 3 33 3333333333333333 2 555 2 2 2222 6666 55555555555555555555555555555555555 888 2 22222222 3 3 44 222222222222222222222222222 55 66 6 11 3
lowQualScore : ..... . . . . . .......... . .. ................ . ... . . .... .... ................................... ... . ........ . . .. ........................... .. .. . .. .
lowQualScore : 44444 4 4 3 6 2 5555555555 6 99 6666666666666666 9 000 9 9 1111 1111 11111111111111111111111111111111111 999 9 22222222 1 3 66 000000000000000000000000000 55 99 7 00 8
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTC-TGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
Reference ( family-1022 ) : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGAGA-A-AG--GGTC-TGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACGC--AG-G-GTCTCCAAATTCTAGA---ATTA---G---GA-GTCT---------------------T-T---T-T-CACTATTTTTACTGAAATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTT---TATAA-T-G------AGAAAAT-CT--CAGGT----AG--GGTG-TGGA----------CCTA--TCC--CCCATCC--TTA
gi|10 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatctttTATA--TG----------C-----T-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------A-TG-T--CTTT-------TTTTT---AATAT-TCA------GA-AAAT-CTCCCAGAGA---------TC-CAAA------T-TCCCTGCTTCC--TCTAT-a
gi|11 : GG-GGGGTA---GTCCAATGCATA--TG---------------GT-T---T-T-CACCATTTTTACTGAA----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTTTTTCAACAT-TTA------AA-AAAG-CT--CAGAAA-A-atgcaccagt
gi|12 : T-T---T-T-CCACATTTTCACT-AA----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTTT---AATGTATAG------AG--ACT-CT--CAGGGA-A-----GGTC-TGGA------CTCCCCTG--
gi|13 : atAATGAGGATTTCGTAATTCTCA-GA--GATG-GTCCCTAAATTTCAGctc
gi|14 : tcaattaTATA--TG----------T-----T-T---T-T-CAACATTTTCACTGAA----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTTC---AGTAT-Tcgacattcaaatat
gi|15 : TGTAGATTTTGTAAATCTCG-AA--GG-G-ATCTCCGAATTTCAGA-GGGG-G---GTCCAA-GTGTA--ttgaaaa
gi|16 : --TG----------T-----T-T---T-T-CACCATTCTTACAGAA----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTTT---AATAT-TC-------AG-AAA
gi|2 : CAGATTTTGAAAATC-CA-GA--AA-A-ACCTTTAAACTCCAGA-GAAGTGAATGTCGAA-ATATA--TG----------TTAATGT-T---TCT-CGCCAATTTCGCTGAA----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTTA---AACTT-T---------G-AAATGTT--TAG----A-AG--GATA-CGAA------T-CCCCTG--TCCCATCC-T-C--TAGATCCGat
gi|3 : ggtctgtcACAGTGCGGATTTGGTAAATTTCA-AA--GT-G-GTCCCCAAATTTCAGG-GGAGAG---ATCCAA-GTATA--TA----------T----AT-T---T-T-CACCGTTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATTT-TTG------AG-AAAT-CT--CAGAAA-ATAG--AGTC-TAGA------C-CCCCTG--TCC--GTCAT-C--TTAATCCGCCttag
gi|4 : CAATGTGGATTTTGTAAATATCA----------------AAATG--AGGCGGCATT---GTCCAA-ATATAATTA----------C----GT-T---T-TTCATCATTTTTACTGTACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTTT---GATAT-TC-------AG-GAAT-TT--CAG-------G--GGTTGTGGATGAGATC-CCTCTG--TCC--T
gi|5 : atgacccactgatcccatgatcTTTAGTACATTTTA-GAAAGG-G-GTCCC-AAATCCC-------TTT---GTCAAA-GTATG--C-----------------T-T---T-T-CATAATTTTCACTGAA----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTTT---GATAT-TCATT----AA-AAAT-CT--T------A-AG--GGGC-TTGA------A-CCCCTG--Tta
gi|6 : aggttctgtgctgACAATGCGGATTTTGTTAATTCCA-GA--GG-GAGACACCAAATTCCTGG-TATG-G---GGCTGC-GGATC--CG----------C----TT-TTTAT-T-AACCGTGTTTAATGAA----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTTTTA-AACAT-TTG------GA-AAAT-C--------A-T-AG--TGTC-TAAA------C-CCACTA--CCC--t
gi|7 : gggaTCCCCAAATTACAGG-GAAATG---GTTCAA-GAATA--TGTCTTCTCAATT----TT-T---T-T-CACGATTTTCACTAAC----A----TA--T-------------A-CA-A--CATTCAA----TTTGT---AATAT-TCA------GG-AAAT-CT--CAGGG-----------C-TG-------------CTG--TC----CCAT-T--TTAATCC
gi|8 : gtAATTTTTGG-GGAG-----GTCCAA-GTACA--TG----------T----AT-T---T-------AT--------GA----A----TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTTC---AATCC-TCA------TG-AAAT-CT--CACAGATG-AGTAGGTC-TG------------TCTG--TCC--TCCAT-CGATT--TCTGCC
gi|9 : tcaaggtcatctt--GG-G-ATCCCTAAATTCCAGG-GGAATGT--ATTTAG-GGGTA--TG----------T----GTAT---T-T-CATCATTTCCACTGAA----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTAT---AACAT-TCGGCCTGAGG-AAAT-CT--CAGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 3333333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444 22222222 33333333333333333333333333 11
lowQualScore : 88888 4 4 2 2 0 7777777777 3 33 3333333333333333 2 555 2 2 2222 6666 55555555555555555555555555555555555 888 2 22222222 3 3 44 99999999999999999999999999 55 66 6 11 3
lowQualScore : ..... . . . . . .......... . .. ................ . ... . . .... .... ................................... ... . ........ . . .. .......................... .. .. . .. .
lowQualScore : 44444 4 4 3 6 2 5555555555 6 99 6666666666666666 9 000 9 9 1111 1111 11111111111111111111111111111111111 999 9 22222222 1 3 66 00000000000000000000000000 55 99 7 00 8
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
Reference ( family-1022 ) : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACGC--AG-G-GTCTCCAAATTCTAGA---ATTA---G---GA-GTCT---------------------T-T---T-T-CACTATTTTTACTGAAATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTT---TATAA-T-G------AGAAAAT-CT--CAGGT----AG--GGTGTGGA----------CCTA--TCC--CCCATCC--TTA
gi|10 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatctttTATA--TG----------C-----T-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------A-TG-T--CTTT-------TTTTT---AATAT-TCA------GA-AAAT-CTCCCAGAGA---------TCCAAA------T-TCCCTGCTTCC--TCTAT-a
gi|11 : GG-GGGGTA---GTCCAATGCATA--TG---------------GT-T---T-T-CACCATTTTTACTGAA----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTTTTTCAACAT-TTA------AA-AAAG-CT--CAGAAA-A-atgcaccagt
gi|12 : T-T---T-T-CCACATTTTCACT-AA----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTTT---AATGTATAG------AG--ACT-CT--CAGGGA-A-----GGTCTGGA------CTCCCCTG--
gi|13 : atAATGAGGATTTCGTAATTCTCA-GA--GATG-GTCCCTAAATTTCAGctc
gi|14 : tcaattaTATA--TG----------T-----T-T---T-T-CAACATTTTCACTGAA----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTTC---AGTAT-Tcgacattcaaatat
gi|15 : TGTAGATTTTGTAAATCTCG-AA--GG-G-ATCTCCGAATTTCAGA-GGGG-G---GTCCAA-GTGTA--ttgaaaa
gi|16 : --TG----------T-----T-T---T-T-CACCATTCTTACAGAA----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTTT---AATAT-TC-------AG-AAA
gi|2 : CAGATTTTGAAAATC-CA-GA--AA-A-ACCTTTAAACTCCAGA-GAAGTGAATGTCGAA-ATATA--TG----------TTAATGT-T---TCT-CGCCAATTTCGCTGAA----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTTA---AACTT-T---------G-AAATGTT--TAG----A-AG--GATACGAA------T-CCCCTG--TCCCATCC-T-C--TAGATCCGat
gi|3 : ggtctgtcACAGTGCGGATTTGGTAAATTTCA-AA--GT-G-GTCCCCAAATTTCAGG-GGAGAG---ATCCAA-GTATA--TA----------T----AT-T---T-T-CACCGTTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATTT-TTG------AG-AAAT-CT--CAGAAA-ATAG--AGTCTAGA------C-CCCCTG--TCC--GTCAT-C--TTAATCCGCCttag
gi|4 : CAATGTGGATTTTGTAAATATCA----------------AAATG--AGGCGGCATT---GTCCAA-ATATAATTA----------C----GT-T---T-TTCATCATTTTTACTGTACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTTT---GATAT-TC-------AG-GAAT-TT--CAGG------G--GTTGTGGATGAGATC-CCTCTG--TCC--T
gi|5 : atgacccactgatcccatgatcTTTAGTACATTTTA-GAAAGG-G-GTCCC-AAATCCC-------TTT---GTCAAA-GTATG--C-----------------T-T---T-T-CATAATTTTCACTGAA----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTTT---GATAT-TCATT----AA-AAAT-CT--T------A-AG--GGGCTTGA------A-CCCCTG--Tta
gi|6 : aggttctgtgctgACAATGCGGATTTTGTTAATTCCA-GA--GG-GAGACACCAAATTCCTGG-TATG-G---GGCTGC-GGATC--CG----------C----TT-TTTAT-T-AACCGTGTTTAATGAA----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTTTTA-AACAT-TTG------GA-AAAT-C--------A-T-AG--TGTCTAAA------C-CCACTA--CCC--t
gi|7 : gggaTCCCCAAATTACAGG-GAAATG---GTTCAA-GAATA--TGTCTTCTCAATT----TT-T---T-T-CACGATTTTCACTAAC----A----TA--T-------------A-CA-A--CATTCAA----TTTGT---AATAT-TCA------GG-AAAT-CT--CAGGG-----------CTG-------------CTG--TC----CCAT-T--TTAATCC
gi|8 : gtAATTTTTGG-GGAG-----GTCCAA-GTACA--TG----------T----AT-T---T-------AT--------GA----A----TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTTC---AATCC-TCA------TG-AAAT-CT--CACAGATG-AGTAGGTCTG------------TCTG--TCC--TCCAT-CGATT--TCTGCC
gi|9 : tcaaggtcatctt--GG-G-ATCCCTAAATTCCAGG-GGAATGT--ATTTAG-GGGTA--TG----------T----GTAT---T-T-CATCATTTCCACTGAA----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTAT---AACAT-TCGGCCTGAGG-AAAT-CT--CAGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 3333333333333333 1111 44444444444444444444444444444444444 22222222 33333333333333333333333333 11
lowQualScore : 88888 4 4 2 2 0 7777777777 3 33 3333333333333333 2 555 2 2 2222 6666 55555555555555555555555555555555555 888 2 22222222 3 3 44 99999999999999999999999999 55 66 6 11 3
lowQualScore : ..... . . . . . .......... . .. ................ . ... . . .... .... ................................... ... . ........ . . .. .......................... .. .. . .. .
lowQualScore : 44444 4 4 3 6 2 5555555555 6 99 6666666666666666 9 000 9 9 1111 1111 11111111111111111111111111111111111 999 9 22222222 1 3 66 00000000000000000000000000 55 99 7 00 8
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
Reference ( family-1022 ) : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACGC--AG-G-GTCTCCAAATTCTAGA---ATTA---G---GA-GTCT---------------------T-T---T-T-CACTATTTTTACTGAAATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTT---TATAA-T-G------AGAAAAT-CT--CAGGT----AG--GGTGTGGA----------CCTA--TCC--CCCATCC--TTA
gi|10 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatctttTATA--TG----------C-----T-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------A-TG-T--CTTT-------TTTTT---AATAT-TCA------GA-AAAT-CTCCCAGAGA---------TCCAAA------T-TCCCTGCTTCC--TCTAT-a
gi|11 : GG-GGGGTA---GTCCAATGCATA--TG---------------GT-T---T-T-CACCATTTTTACTGAA----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTTTTTCAACAT-TTA------AA-AAAG-CT--CAGAAA-A-atgcaccagt
gi|12 : T-T---T-T-CCACATTTTCACT-AA----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTTT---AATGTATAG------AG--ACT-CT--CAGGGA-A-----GGTCTGGA------CTCCCCTG--
gi|13 : atAATGAGGATTTCGTAATTCTCA-GA--GATG-GTCCCTAAATTTCAGctc
gi|14 : tcaattaTATA--TG----------T-----T-T---T-T-CAACATTTTCACTGAA----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTTC---AGTAT-Tcgacattcaaatat
gi|15 : TGTAGATTTTGTAAATCTCG-AA--GG-G-ATCTCCGAATTTCAGA-GGGG-G---GTCCAA-GTGTA--ttgaaaa
gi|16 : --TG----------T-----T-T---T-T-CACCATTCTTACAGAA----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTTT---AATAT-TC-------AG-AAA
gi|2 : CAGATTTTGAAAATC-CA-GA--AA-A-ACCTTTAAACTCCAGA-GAAGTGAATGTCGAA-ATATA--TG----------TTAATGT-T---TCT-CGCCAATTTCGCTGAA----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTTA---AACTT-T---------G-AAATGTT--TAG----A-AG--GATACGAA------T-CCCCTG--TCCCATCC-T-C--TAGATCCGat
gi|3 : ggtctgtcACAGTGCGGATTTGGTAAATTTCA-AA--GT-G-GTCCCCAAATTTCAGG-GGAGAG---ATCCAA-GTATA--TA----------T----AT-T---T-T-CACCGTTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATTT-TTG------AG-AAAT-CT--CAGAAA-ATAG--AGTCTAGA------C-CCCCTG--TCC--GTCAT-C--TTAATCCGCCttag
gi|4 : CAATGTGGATTTTGTAAATATCA----------------AAATG--AGGCGGCATT---GTCCAA-ATATAATTA----------C----GT-T---T-TTCATCATTTTTACTGTACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTTT---GATAT-TC-------AG-GAAT-TT--CAGG------G--GTTGTGGATGAGATC-CCTCTG--TCC--T
gi|5 : atgacccactgatcccatgatcTTTAGTACATTTTA-GAAAGG-G-GTCCC-AAATCCC-------TTT---GTCAAA-GTATG--C-----------------T-T---T-T-CATAATTTTCACTGAA----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTTT---GATAT-TCATT----AA-AAAT-CT--T------A-AG--GGGCTTGA------A-CCCCTG--Tta
gi|6 : aggttctgtgctgACAATGCGGATTTTGTTAATTCCA-GA--GG-GAGACACCAAATTCCTGG-TATG-G---GGCTGC-GGATC--CG----------C----TT-TTTAT-T-AACCGTGTTTAATGAA----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTTTTA-AACAT-TTG------GA-AAAT-C--------A-T-AG--TGTCTAAA------C-CCACTA--CCC--t
gi|7 : gggaTCCCCAAATTACAGG-GAAATG---GTTCAA-GAATA--TGTCTTCTCAATT----TT-T---T-T-CACGATTTTCACTAAC----A----TA--T-------------A-CA-A--CATTCAA----TTTGT---AATAT-TCA------GG-AAAT-CT--CAGGG-----------CTG-------------CTG--TC----CCAT-T--TTAATCC
gi|8 : gtAATTTTTGG-GGAG-----GTCCAA-GTACA--TG----------T----AT-T---T-------AT--------GA----A----TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTTC---AATCC-TCA------TG-AAAT-CT--CACAGATG-AGTAGGTCTG------------TCTG--TCC--TCCAT-CGATT--TCTGCC
gi|9 : tcaaggtcatctt--GG-G-ATCCCTAAATTCCAGG-GGAATGT--ATTTAG-GGGTA--TG----------T----GTAT---T-T-CATCATTTCCACTGAA----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTAT---AACAT-TCGGCCTGAGG-AAAT-CT--CAGGG
blockSeqs : GAAA T A T T GAAGTGAAT T AT TCTTCTCAATTT A TTA C T CTGG AGGG CCTTGTTGAAAAAGGTACC TTC A CGGCCTGA . G CC GGGTTGTGGATGAGATC CT CA . GA G
blockSeqs : GA . . C T CGGCATT . . TTAATG . . . . . . TGTGTACCAGCAGGTTCA TA . CATT . . . AAAATAGAGTCTAGAC . . . . A
blockSeqs : AA . . T C GGAATGT . . TA . . . . . . TACAACATTCAA . . CA . . . AGATGAGTAGGTCTG . . . . A
blockSeqs : GA . . C T GGGGTA . . CG . . . . . . GATATCTGAT . . TA . . . GGAAGGTCTGGACT . . . . .
blockSeqs : AA . . C C GGAGAG . . CT . . . . . . CATGTCTTT . . AG . . . ATAGTGTCTAAAC . . .
blockSeqs : GA . . C C GAAATG . . TA . . . . . . TGTATAAT . . TG . . . AAGGATACGAAT . .
blockSeqs : . . . T A GGGGG . . TG . . . . . . TATACCC . . TG . . . AAGGGGCTTGAA . .
blockSeqs : . . . T TATGG . . C . . . . . . TGTACTC . . CA . . . AGATCCAAAT .
blockSeqs : . C GGAG . . G . . . . . . TGTACA . . CA . . . GGCTG .
blockSeqs : . TTT . . T . . . . . . CGTACC . . C . . .
blockSeqs : . T . . . . . . TGTAAA . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . GGTGCC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CCC . .
blockSeqCons : GA*** GGAGTG**** T*************** **** CGTACC***************************** CG******
originalCons : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG-GGAGTG---GTCCAA-GTATA--TG----------T----GT-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
finalCons : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCAGA---GG-G-GTCCCCAAATTCCAGGGGAGTG----GTCCAA-GTATA--TGT---------------T-T---T-T-CACCATTTTCACTGAA----A----TACGTACC-----------------------------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 22222222 33333333333333333333333333 11
lowQualScore : 88888 4 4 2 2 0 1111 0 99999 3 44 6666 88888888 2 6666 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 2 22222222 3 3 44 99999999999999999999999999 55 66 6 11 3
lowQualScore : ..... . . . . . .... . ..... . .. .... ........ . .... . ....................................................... ... . ........ . . .. .......................... .. .. . .. .
lowQualScore : 44444 4 4 3 6 2 4444 5 55555 6 22 1111 55555555 9 1111 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999 999 9 22222222 1 3 66 00000000000000000000000000 55 99 7 00 8
consensus : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG----GGAGTG---GTCCAA-G--TATA----TGT-T------TT-TC----A-CCATTTTCACTGA--------A----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
Reference ( family-1022 ) : ACAATGCGGATTTTGTAAATCTCA-GA--GG-G-GTCCCCAAATTCCAGG----GGAGTG---GTCCAA-G--TATA----TGT-T------TT-TC----A-CCATTTTCACTGA--------A----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATAT-TCG------AG-AAAT-CT--CAGGGA-A-AG--GGTCTGGA------C-CCCCTG--TCC--TCCAT-C--TTAATCCGCC
gi|1 : GGATTTTGTAAATCTGACGC--AG-G-GTCTCCAAATTCTAGAATTAGGAGT-------C----------------T-T------TT-TC----A-CTATTTTTACTGA--------AATAGA----TA--T-------------GATA-C--C----------TTTTT---TATAA-T-G------AGAAAAT-CT--CAGGT----AG--GGTGTGGA----------CCTA--TCC--CCCATCC--TTA
gi|10 : acgacacaccgggtcccaaattccaggaatcttt--TATA----TGC-T------TT-TC----A-CCATTTTCACTGA--------A----A----TA--C-------------A-TG-T--CTTT-------TTTTT---AATAT-TCA------GA-AAAT-CTCCCAGAGA---------TCCAAA------T-TCCCTGCTTCC--TCTAT-a
gi|11 : GG----GGGGTA---GTCCAATG--CATA----TGG-T------TT-TC----A-CCATTTTTACTGA--------A----AAGGGTA--CCTTGTTGAAAAAGG-TA-C--C----------TTTTTTTCAACAT-TTA------AA-AAAG-CT--CAGAAA-A-atgcaccagt
gi|12 : T-T------TT-TC----C-ACATTTTCACT-A--------A----A----TA--T-------------G-TA-TAAT----------TTTTT---AATGTATAG------AG--ACT-CT--CAGGGA-A-----GGTCTGGA------CTCCCCTG--
gi|13 : aAATGAGGATTTCGTAATTCTCA-GA--GATG-GTCCCTAAATTTCAGctc
gi|14 : tcaatta--TATA----TGT-T------TT-TC----A-ACATTTTCACTGA--------A----A----GA--G-------------A-TA-T--CTGAT------TTTTC---AGTAT-Tcgacattcaaatat
gi|15 : TGTAGATTTTGTAAATCTCG-AA--GG-G-ATCTCCGAATTTCAGA----GGGG-G---GTCCAA-G--TGTA----ttgaaaa
gi|16 : ----TGT-T------TT-TC----A-CCATTCTTACAGA--------A----A----CA--T-------------A-TACC--C----------TTTTT---AATAT-TC-------AG-AAA
gi|2 : CAGATTTTGAAAATC-CA-GA--AA-A-ACCTTTAAACTCCAGA----GAAGTGAATGTCGAA-A--TATA----TGT-TAATGTTTC-TC----G-CCAATTTCGCTGA--------A----A----TA--T-------------G-TA-C--A----------TTTTA---AACTT-T---------G-AAATGTT--TAG----A-AG--GATACGAA------T-CCCCTG--TCCCATCC-T-C--TAGATCCGat
gi|3 : ggtctgtcACAGTGCGGATTTGGTAAATTTCA-AA--GT-G-GTCCCCAAATTTCAGG----GGAGAG---ATCCAA-G--TATA----TATAT------TT-TC----A-CCGTTTTCACTGA--------A----A----TA--C-------------G-TA-C--C----------TTTTT---AATTT-TTG------AG-AAAT-CT--CAGAAA-ATAG--AGTCTAGA------C-CCCCTG--TCC--GTCAT-C--TTAATCCGCCttag
gi|4 : CAATGTGGATTTTGTAAATATCA----------------AAATG--AGGC---GGCATT---GTCCAA-A--TATAATTACGT-T------TT-TC----A-TCATTTTTACTGT--------ACTGGA----TA--C------------------C--C----------TTTTT---GATAT-TC-------AG-GAAT-TT--CAGG------G--GTTGTGGATGAGATC-CCTCTG--TCC--T
gi|5 : atgacccactgatcccatgatcTTTAGTACATTTTA-GAAAGG-G-GTCCC-AAATCCC----------TTT---GTCAAA-G--TAT------GC-T------TT-TC----A-TAATTTTCACTGA--------A----A----TATGT-------------G-TA-C--CAGCAGGTTCATTTTT---GATAT-TCATT----AA-AAAT-CT--T------A-AG--GGGCTTGA------A-CCCCTG--Tta
gi|6 : aggttctgtgctgACAATGCGGATTTTGTTAATTCCA-GA--GG-GAGACACCAAATTCCTGG----TATG-G---GGCTGC-G--GATC----CGC-T------TT-TTATTAA-CCGTGTTTAATGA--------A----A----TA--T-------------G-TA-A--A----------TTTTTTA-AACAT-TTG------GA-AAAT-C--------A-T-AG--TGTCTAAA------C-CCACTA--CCC--t
gi|7 : gggaTCCCCAAATTACAGG----GAAATG---GTTCAA-G--AATA----TGT-C------TTCTC----AATTTTTTTCAC-GATTTTCACTA----A----CA--T-------------A-TA-CAACATTCAA----TTTGT---AATAT-TCA------GG-AAAT-CT--CAGGG-----------CTG-------------CTG--TC----CCAT-T--TTAATCC
gi|8 : gtAATTTTTGG----GGAG-----GTCCAA-G--TACA----TGT---------------------ATTT--A-TGA--------A---------TA--G-------------G-TG-C--C----------TTTTC---AATCC-TCA------TG-AAAT-CT--CACAGATG-AGTAGGTCTG------------TCTG--TCC--TCCAT-CGATT--TCTGCC
gi|9 : tcaaggtcatctt--GG-G-ATCCCTAAATTCCAGG----GGAATGT--ATTTAG-GGGTATG----TGT-A------TT-TC----A-TCATTTCCACTGA--------A----C----TA--T-------------G-TA-CT-C----------GTTAT---AACAT-TCGGCCTGAGG-AAAT-CT--CAGGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGATTTTGTAAATCTCTGTGGAAATGGGGGTTTGA