lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666 000000000000000000000000000000000000000000000 1 11111111111 111 22 33333333333333 444444444 111111111111111111111111111 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 111111 1111 1111111 1 111111 1
lowQualScore : 8 99 4 4 22222222222222222 55 555555555555555555555555555555555555555555555 4 2 00000000000 3 000 666 2 55 55 3 4 8 4 44444444444444 55 111111111 1 33 55 888888888888888888888888888 1 4 6 8 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444 3 5 4 888888 66 1111 66 4 8888888 9 4 55 7 0 222222 66 3 5
lowQualScore : . .. . . ................. .. ............................................. . . ........... . ... ... . .. .. . . . . .............. .. ......... . .. .. ........................... . . . . .. ..................................................... ....... . . . ...... .. .... .. . ....... . . .. . . ...... .. . .
lowQualScore : 5 99 4 0 66666666666666666 55 111111111111111111111111111111111111111111111 0 8 99999999999 6 111 444 7 66 00 6 9 5 8 11111111111111 55 222222222 4 55 00 666666666666666666666666666 1 4 4 1 11 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 4444444 7 2 4 999999 11 6666 11 2 6666666 1 0 44 8 1 888888 11 6 5
consensus : AACTTCACGTN-AATATTTTGAAT-AAAG-ATA-AT-T--TA-TATAT--TTCTAAATA-------G-------TN--T-AG----T------A---T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CC-GAACCATT---TTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATGGC-AGGT---------TTTCTGCAAGA--GA-CGN--CANTATCTCTTGGAT--TCACCA--A--AACCN-CTT-AAA--TTAGAACAAATTGAG-TGTTTGAATGC--T-------------GTTTC-------AAA---GGC-------G---C-------CA-------TTGCGGTACTCCTGACTTGTTAC-GG------AAAA--ACTTCGAAAT--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAATCCC-AGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( gi|4 ) : AACTTCATGTT-AATATTCTGAAT-AA-G-ATA-AT----TA-CATAT--TTCTAAATA-------G------GTCC-T-AG----T------A---T-----TT-AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CC-AAACCATT---TTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATAAC-CACT---------TTTCTGCAAGA--GA-AGC--CATTATCTCTTGGAT--TTGTCA--A--AACCT-CTT-AAA--TAAGAACAAATTGAG-TATTAGAATGC--T-------------G-----------AAA---GGC-------A---C-------CA-------TTGCGGTACTTCTGGCTTGTTAC-GG------AAAA--ACTTCGAAAT--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAAGCCC-AGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCAC
gi|3 : AACTTCAAATA-AACATTTTAAATGAA-G-ATA-------TG-TATAT--TTCCAAAT--------G------GTA--T-AGAGTTT------A---TGAATTTT-AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TT-GAATCATT---TTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTTGC-AAGT---------TTTCTGTAAGA--CA------CAACAG----TGGAT--TCA-CG--A--AACC------------------AAATTGCT-TGCTTGAATGC--T-------------GTTTC-------AGA---ATC-------A---CAAGATTTCA-------TTGCTGTACTCCTGACATGTTAC-AG------AAAT--ATTTCGATAT--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAATCCC-AGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCAC
gi|13 : AGCTTCA-GTTGAATATTTTGAAA-AAAG-ATA-CA----TA-TA-AT--TTATGAAT---------------------------------------T-----TT-AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CT-GAACCATT---TTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATGGC-AGGTA--------TTGTTGCAAGA--GA-CGA--AAGTATCTAATGGAT--TCACCA--A--Acttgtg
gi|5 : tACTTTATGTT-AATATTTAAAAT-AAAG-ATA-AT----TAATATATAATTCTAAATA---------------TCC-T-A----------------------TT-AAAAAA-------------TGAATTTC--------AACTA--------ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATTGC-CGGT---------TTTATATAAAA--AA-A-CAACAGTATCTCTTTGAT--TCATCA--A--A-CCA-CAT-GAA--TTAGAACAAATTGAG-TGCTTGAAAGC--CATTTTTCAAGAAGA-----------AAA---GAC-------T---T-------CA-------TAGCAGTATTCCTGACTTATTATGGG------AAAA--AC------AT--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAAGTGC-AGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--ccact
gi|8 : ACTTCAC-TA-AATATATTTAAT-AA-ATATACATGTA-TA-TACAT--TTTTAAATA-------G------TTTA-T-AG----TTCTTGAA---T-----TTTAACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CT-GAATCGTT---TTCAT---TAA--ACTACT--TAAATA
gi|6 : CTTCATGCA-AATATTTTGAAT-AAAG-ATGTATCTTCTA-CATAT--T---ATATA-------G------TTCC-T-GG----T------T---T-----TT-AACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC-A--CCATT---TTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATGGC-AGGT---------TTTCTATAAGG--GACAGT----TGATATCTTGTAT--TTAACA--AACAACCT-TT----A--TTAGAACAAATCGAGAGATT-GAATGCGGTTTCCGAG------G-----------AAATTTTAC-------AATTT-------CA-------TCACGGTATTCCCGACTTGTTAA-GGTT----AAAA--agaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|7 : TTAACGTT-AATATTCTGAAT-AA-A-A-A-ATATA-TA-TATAT--TTCTAAATA-------G-------------------T------A---T-----TT-TACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CC-GAACCAAT---TTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATAAC-CATT---------TTTCTGCAAGA--GG----------------TGG-T--TTGCCA-------CCA-CTT-AAA--TTAGAACAAATTGAG-TATTTGAATGC--T-------------G-----------AAA---GGC-------G---T-------CA-------TTGCGGTACTTCTGGATTGTTAC-GG------AAAA--ACTTCTAAAT--AAGATAGTTTT--------AGCCAATCTC-ACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCcatatgaattttcaaaagtaaaaaaaatgtacaaacaa
gi|2 : GTT-GATATTTTGAAT-AAAG-AT---T----TA---TAT--TTCTAAATA-------GCATATAGTTCAT-GG----A------G---T-----TT-AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC------AATATTACTAACTATGAC--ACTGCAATTGCATTTCTGCGAGA--GA-TGA--CATTATCTCTTGGAT--TCACCA--A--A--TTACTT-AAA--TTAGAAAACATTGGG-T----GAATGT--T-------------GTTTCGCTGGAAAAA---GTG-------G---C-------CA-------TTGCGATA----TGCCTTATTAC-GG------ATAA--ACATCAAATT--AAAATAGTTATA---TGAAAACATAGCCC-GGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|10 : cGTA-AATATTTTGAAT-AA---ATA-------CA-TATAC--GTCTGAATA-------G-------TAT-T-AA----T----------T-----TT-AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CC-TAACCATT---TCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATAAC-AGGT---------TTTCTGCAAGT--GA-CTT--CACTATCTCTTCGAT--TTACCA--A--A--CT-ATT-AAAACTAA-AACAAATTGAG-TGTTGTAATGC--T-------------G-----------ctagtggtaaaa
gi|11 : tagGTA-AATATTTTGAAT-AAAG-ATA----------TATAT--TTCTAGATATAATATAG------GTTA-TGAA----T----------T-----TT-AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CT-GAACTGTC---TTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTAGC-AGGT---------GTTATACAAGA--GG-CGG--CAGTATCTTATGGAT--TCATT---A--AACCT-CTtttcagaggagaaagtcctggtgatgcatta
gi|1 : attcaagTACTTTAAAA-AA-A-ATA-TTCTTATA-TATAT--TTCTAAATA-------ATATA--AT---T-AA----T------AACTT-----TT-AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CT-ATACCATT---TTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTTGC-AAGT---------TGTAT--AAGAGTGA-CGG--CATAATCTTTAGGAT--TCATC---A--AACTG-CTT-ATA--TTACAATAAATTGAG-TGCTTGTATGC--T-------------GTTTC-------AGA---GGC-------G---A-------TAGTCTTTGTTGCAGTACTCCTGACTTGGTAC-AGTAAAAAAAAA--AC-----AATTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAATCCC-AGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|9 : taaacttTTCGTC-C--AAACCATT---TGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATGACACGCT---------TT-CTGCGAGA--CC-TGG--CAGTATATATTCCGT--TCACCA--A----CCC-ATTGAAA--TTAGAACAAATTGAG-TGTTTGATTGC--T-------------GTTTC-------AGA---TGCCATTTAGA---CTT-----CA-------CTGCGGTACTCCTGACCTGTTAC-GG------GAAAATATTTC--AAT--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATATCCC-AGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACttagtggt
gi|8 : aCTCCTGAATCGTTTTCATTA--AACTA-CTT-AAA--TAAGAATGAATTGAG-TGTTTGAATGC--T-------------GTTTCATAGGAAAAA---GAC-------T---T-------CA-------TTGCGACACTTCCGACTTGTTAC-AG------GAAA--TTTTTGAAAT--ATAATAGT--------GAAAACAAATCTC-AGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACctagtg
gi|14 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttc-----------AAA---AAC-------T---C-------CA-------TTGCAGTACTCCTGACTTGTTTC-CG------AAAA--AAATGAAAAT--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAATCCC-AGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCActagtgg
gi|15 : TTCGATAT--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAATCCC-AGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|12 : gA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA
Alignments
lowQualScore : 44444444444 888888888888888888888888888888888888 111111 111 1111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 111111 222222222222222222222 111111
lowQualScore : 2 1 66666666666 88 55 333333333333333333333333333333333333 3 7777 99999 3 55 55 1 111111 000 55 0000 2 2 22 0 44 7 4 3 1 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 3 777777 55 555555555555555555555 3 44 8888 3 2 111111 55
lowQualScore : . . ........... .. .. .................................... . .... ..... . .. .. . ...... ... .. .... . . .. . .. . . . . .. ................................................... ....... . ...... .. ..................... . .. .... . . ...... ..
lowQualScore : 2 0 44444444444 66 00 555555555555555555555555555555555555 6 7777 11111 3 22 00 0 777777 000 00 5555 3 3 11 2 66 2 2 3 9 00 333333333333333333333333333333333333333333333333333 8888888 6 777777 00 777777777777777777777 3 66 4444 6 0 555555 55
consensus : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT------TATATA--T--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GNCAGTATCTCTTGGATTCACCAA--AACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AGG--------CN---T-------CA-------TTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( family-97 ) : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT-T----TATATA--T--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GNCANTATCTCTTGGATTCACCAA--AACCNCTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AGG--------CG---C-------CA-------TTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
gi|1 : TACTTTAAA-AAAAATA--T-TCTTATATATA--T--TTCTAAATA--A--TA--T-A--A----TTAATA--ACTT-----TT-AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CTATACCATTTTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTT-----GCAAGT---TGTAT--AAGAGTGA-C--GGCATAATCTTTAGGATTCATCAA--A-CTGCTTATATTACAATAAATTGAGTGCTTGTATGC--TGTTTC---------A-------G---------AGG--------CG---A-------TAGTCTTTGTTGCAGTACTCCTGACT-TGGTACAGTAAAAAAAAA--A-------C--------------AA-TTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAA-TCCCAGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|10 : taaacttGTAAATATTTTGAATAAA--TA---------CATATA--C--GTCTGAATA--G--TA--TTA--A----T----------T-----TT-AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CCTAACCATTTCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATA-----ACAGGT---TTTCTGCAAGTG--A-C--TTCACTATCTCTTCGATTTACC-A--AACTATTAAAACTAAAACAAATTGAGTGTTGTAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AGG--------ttagtggt
gi|11 : tagGTAAATATTTTGAATAAAGATA-----------TATA--T--TTCTAGATATAA--TA--T-A--GGT--T-------A--TGAATTTT-AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CTGAACTGTCTTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTA-----GCAGGT---GTTATACAAGAG--G-C--GGCAGTATCTTATGGATTCATT-A--AACCTCTagaaagtcctggtgatgcatta
gi|12 : attcaagGGGTGTTTGGATGT--TTTTTTTCTGAGGAAA-------A---------ATA--------CT---T-------CA-------TTGCAATTCTCTTGACAATAT-ATGG------AATG--ATATGCATC---------TTTTATG-C--AAACTATTTCAA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCA
gi|13 : AGCTTCAGTTGAATATTTTGAAAAAAGATA---------CATATAA-T--TTATGAAT-------------------------------T-----TT-AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CTGAACCATTTTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATG-----GCAGGTA--TTGTTGCAAGAG--A-C--GAAAGTATCTAATGGATTCACC-A--AACCACTtctagtggtta
gi|14 : t---------A-------A---------AAA--------CT---C-------CA-------TTGCAGTACTCCTGACT-TGTTTCCG------AAAA--A-------A---------ATGAAAA-T--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCA
gi|15 : ---------TTCGATA-T--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAA-TCCCAGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|2 : gCGTTGATATTTTGAATAAAGAT----------T-TATA--T--TTCTAAATA--GCATA--T-A--G----TTCATGGAG--T-----TT-AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC--AATATTACTAACTATGACACTGCAATTGCATTTCTGCGAGAG--A-T--GACATTATCTCTTGGATTCACCAA--A-TTACTTAAATTAGAAAACATTGGGTG----AATGT--TGTTTCGCTGGAA--A-------A---------AGT--------GG---C-------CA-------TTGCGATA----TGCCT-TATTACGG------ATAA--A-------C---------ATCAAAT-T--AAAATAGTTATA---TGAAAACATA-GCCCGGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|3 : AACTTCAAATAAACATTTTAAATGAAGATA---------TGTATA--T--TTCCAAATG--G--TA--T-A--GAGTTT-------A--TGAATTTT-AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TTGAATCATTTTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTT-----GCAAGT---TTTCTGTAAGAC--A-C--AACAGT-------GGATTCAC-GA--AACC--------------AAATTGCTTGCTTGAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AAT--------CA---CAAGATTTCA-------TTGCTGTACTCCTGACA-TGTTACAG------AAAT--A-------T---------TTCGATA-T--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAA-TCCCAGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCACctagtggtaaaa
gi|4 : AACTTCATGTTAATATTCTGAATAA-GATA-AT-T-----ACATA--T--TTCTAAATA--GGTCC--T-A--G----T-------A--T-----TT-AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCAAACCATTTTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATA-----ACCACT---TTTCTGCAAGAG--A-A--GCCATTATCTCTTGGATTTGTCAA--AACCTCTTAAATAAGAACAAATTGAGTATTAGAATGC--TG-------------A-------A---------AGG--------CA---C-------CA-------TTGCGGTACTTCTGGCT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAA-GCCCAGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCACcttgtg
gi|5 : ACTTTATGTTAATATTTAAAATAAAGATA-AT-T----AATATA--TAATTCTAAATA--T--CC--T-A------------------------TT-AA-AAA-------A-----TGAATTTC-------AACTA-----ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATT-----GCCGGT---TTTATATAAAAA--AAC--AACAGTATCTCTTTGATTCATCAA--A-CCACATGAATTAGAACAAATTGAGTGCTTGAAAGCCATTTTTC---------A-------AGAAGAAA--AGA--------CT---T-------CA-------TAGCAGTATTCCTGACT-TATTATGGG-----AAAA--A-------C---------------A-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-GTGCAGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--
gi|6 : CTTCATGCAAATATTTTGAATAAAGATGTATCT----TCTACA--T--AT-TATATA--G--TTCCT-G--G----T-------T--T-----TT-AACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC--ACCATTTTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATG-----GCAGGT---TTTCTATAAGGG--A-CA-GTTGATA--TCTTGTATTTAACAAACAACCTTT---ATTAGAACAAATCGAGAGATTGAATGC--GGTTTC---------C-------G---------AGGAAATTTTACAATTT-------CA-------TCACGGTATTCCCGACT-TGTTAAGGT-----TAAA--A-------CATATGAATTTTCAAAAGT--AAAA
gi|7 : TTAACGTTAATATTCTGAATAAAAAAT-AT-A----TATATA--T--TTCTAAATA--G--T---------------------A--T-----TT-TACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCAATTTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATA-----ACCATT---TTTCTGCAAGAG--G----------------TGG-TTTGCCA-----CCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTATTTGAATGC--TG-------------A-------A---------AGG--------CG---T-------CA-------TTGCGGTACTTCTGGAT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCTAAA-T--AAGATAGTTTT--------AGCCAA-TCTCACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCaaaatgtacaaacaa
gi|8 : ACTTCAC-TAAATATATTTAATAAATATACAT-G----TATATACAT--TTTTAAATA--G--TT--T-ATAG----TTCTTGA-A--T-----TTTAACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CTGAATCGTTTTCAT
gi|8 : A--AACTACTTAAATAAGAATGAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------ATAGGAAAA---------AGA--------CT---T-------CA-------TTGCGACACTTCCGACT-TGTTACAG------GAAA--T-------T---------TTTGAAA-T--ATAATAGT--------GAAAACAAA-TCTCAGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACtaaactacttaaataagaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|9 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttcctcctgaatcgttttcattTTCGTC-C-AAACCATTTGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATG-----ACACGC---TTTCTGC--GAG--A-CCTGGCAGTATATATTCCGTTCACC-A--ACCCATTGAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGATTGC--TGTTTC---------A-------GATGCCATTTAGA--------CT---T-------CA-------CTGCGGTACTCCTGACC-TGTTACGG------GAAAATA-------T---------TTC--AA-T--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATA-TCCCAGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACctagtgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA
Alignments
lowQualScore : 4444444 888888888888888888888888888888888888 111111 111 111111 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222222222222 111111
lowQualScore : 2 1 5555555 3 55 333333333333333333333333333333333333 3 7777 99999 3 55 55 1 111111 000 55 444444 1 55 22 0 8 1 55 77777777777777777777777777777777777777777777777777 3 777777 55 555555555555555555555 3 44 8888 3 2 111111 55
lowQualScore : . . ....... . .. .................................... . .... ..... . .. .. . ...... ... .. ...... . .. .. . . . .. .................................................. . ...... .. ..................... . .. .... . . ...... ..
lowQualScore : 2 0 9999999 6 00 555555555555555555555555555555555555 6 7777 11111 3 22 00 0 777777 000 00 777777 4 00 11 2 7 9 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333 6 777777 00 777777777777777777777 3 66 4444 6 0 555555 55
consensus : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGT--ATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AGG-----------CT-------TCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( family-97 ) : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GNCAGT--ATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AGG-----------CN-------TCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
gi|1 : TACTTTAAA-AAAAATA-TTCTTATA-TATAT--TTCTAAATA--A--TA--T-A--A----TTAATA--ACTT-----TT-AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CTATACCATTTTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTT-----GCAAGT---TGTAT--AAGAGTGA-C--GGCATA--ATCTTTAGGATTCATCAAA-CTGCTTATATTACAATAAATTGAGTGCTTGTATGC--TGTTTC---------A-------G---------AGG-----------CGATAGTCTTTGTTGCAGTACTCCTGACT-TGGTACAGTAAAAAAAAA--A-------C--------------AA-TTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAA-TCCCAGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|10 : taaacttGTAAATATTTTGAATAAA--TA-------CA-TATAC--GTCTGAATA--G--TA--TTA--A----T----------T-----TT-AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CCTAACCATTTCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATA-----ACAGGT---TTTCTGCAAGTG--A-C--TTCACT--ATCTCTTCGATTTACC-AAACTATTAAAACTAAAACAAATTGAGTGTTGTAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AGG-----------ttagtggt
gi|11 : tagGTAAATATTTTGAATAAAGATA----------TATAT--TTCTAGATATAA--TA--T-A--GGT--T-------A--TGAATTTT-AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CTGAACTGTCTTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTA-----GCAGGT---GTTATACAAGAG--G-C--GGCAGT--ATCTTATGGATTCATTAAAagaaagtcctggtgatgcatta
gi|12 : attcaagGGGTGTTTGGATGT--TTTTTTTCTGAGGAAA-------A---------ATA-----------CT-------TCATTGCAATTCTCTTGACAATAT-ATGG------AATG--ATATGCATC---------TTTTATG-C--AAACTATTTCAA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCAcctct
gi|13 : AGCTTCAGTTGAATATTTTGAAAAAAGATA-CA----TA-TA-AT--TTATGAAT-------------------------------T-----TT-AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CTGAACCATTTTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATG-----GCAGGTA--TTGTTGCAAGAG--A-C--GAAAGT--ATCTAATGGATTCACC-AAACCACTtctagtggtta
gi|14 : t---------A-------A---------AAA-----------CT-------CCATTGCAGTACTCCTGACT-TGTTTCCG------AAAA--A-------A---------ATGAAAA-T--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCA
gi|15 : ---------TTCGATA-T--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAA-TCCCAGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|2 : gCGTTGATATTTTGAATAAAGAT--------T--TATAT--TTCTAAATA--GCATA--T-A--G----TTCATGGAG--T-----TT-AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC--AATATTACTAACTATGACACTGCAATTGCATTTCTGCGAGAG--A-T--GACATT--ATCTCTTGGATTCACCAAA-TTACTTAAATTAGAAAACATTGGGTG----AATGT--TGTTTCGCTGGAA--A-------A---------AGT-----------GG-------CCATTGCGATA----TGCCT-TATTACGG------ATAA--A-------C---------ATCAAAT-T--AAAATAGTTATA---TGAAAACATA-GCCCGGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|3 : AACTTCAAATAAACATTTTAAATGAAGATA-------TG-TATAT--TTCCAAATG--G--TA--T-A--GAGTTT-------A--TGAATTTT-AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TTGAATCATTTTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTT-----GCAAGT---TTTCTGTAAGAC--A-C--AACAGT---------GGATTCAC-GAAACCA--------------AATTGCTTGCTTGAATGC--TGTTTC---------AGAATCACA---------AGA-----------TT-------TCATTGCTGTACTCCTGACA-TGTTACAG------AAAT--A-------T---------TTCGATA-T--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAA-TCCCAGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCACctagtggtaaaa
gi|4 : AACTTCATGTTAATATTCTGAATAA-GATA-AT----TA-CATAT--TTCTAAATA--GGTCC--T-A--G----T-------A--T-----TT-AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCAAACCATTTTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATA-----ACCACT---TTTCTGCAAGAG--A-A--GCCATT--ATCTCTTGGATTTGTCAAAACCTCTTAAATAAGAACAAATTGAGTATTAGAATGC--TG-------------A-------A---------AGG-----------CA-------CCATTGCGGTACTTCTGGCT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAA-GCCCAGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCACcttgtg
gi|5 : ACTTTATGTTAATATTTAAAATAAAGATA-AT----TAATATATAATTCTAAATA--T--CC--T-A------------------------TT-AA-AAA-------A-----TGAATTTC-------AACTA-----ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATT-----GCCGGT---TTTATATAAAAA--AAC--AACAGT--ATCTCTTTGATTCATCAAA-CCACATGAATTAGAACAAATTGAGTGCTTGAAAGCCATTTTTC---------A-------AGAAGAAA--AGA-----------CT-------TCATAGCAGTATTCCTGACT-TATTATGGG-----AAAA--A-------C---------------A-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-GTGCAGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--
gi|6 : CTTCATGCAAATATTTTGAATAAAGATGTATCTTCTA-CATAT--T---ATATA--G--TTCCT-G--G----T-------T--T-----TT-AACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC--ACCATTTTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATG-----GCAGGT---TTTCTATAAGGG--A------CAGTTGATATCTTGTATTTAAC-AAACAACCTTTATTAGAACAAATCGAGAGATTGAATGC--GGTTTC---------C-------G---------AGGAAATTTTACAATT-------TCATCACGGTATTCCCGACT-TGTTAAGGT-----TAAA--A-------CATATGAATTTTCAAAAGT--AAAA
gi|7 : TTAACGTTAATATTCTGAATAAAAAAT-ATA---TA-TATAT--TTCTAAATA--G--T---------------------A--T-----TT-TACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCAATTTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATA-----ACCATT---TTTCTGCAAGAG--G------------------TGG-TTTGCCA---CCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTATTTGAATGC--TG-------------A-------A---------AGG-----------CG-------TCATTGCGGTACTTCTGGAT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCTAAA-T--AAGATAGTTTT--------AGCCAA-TCTCACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCaaaatgtacaaacaa
gi|8 : ACTTCAC-TAAATATATTTAATAAATATACATGTA-TA-TACAT--TTTTAAATA--G--TT--T-ATAG----TTCTTGA-A--T-----TTTAACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CTGAATCGTTTTCAT
gi|8 : AAACTACTTAAATAAGAATGAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------ATAGGAAAA---------AGA-----------CT-------TCATTGCGACACTTCCGACT-TGTTACAG------GAAA--T-------T---------TTTGAAA-T--ATAATAGT--------GAAAACAAA-TCTCAGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACtaaactacttaaataagaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|9 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttcctcctgaatcgttttcattTTCGTC-C-AAACCATTTGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATG-----ACACGC---TTTCTGC--GAG--A-CCTGGCAGT--ATATATTCCGTTCACC-AACCCATTGAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGATTGC--TGTTTC---------A-------GATGCCATTTAGA-----------CT-------TCACTGCGGTACTCCTGACC-TGTTACGG------GAAAATA-------T---------TTC--AA-T--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATA-TCCCAGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACctagtgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA
Alignments
lowQualScore : 4444444 888888888888888888888888888888888888 111111 111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222222222222 111111
lowQualScore : 2 1 5555555 3 55 333333333333333333333333333333333333 3 7777 99999 3 55 55 1 111111 000 55 3 55 0 1 22 0 8 1 55 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 777777 55 555555555555555555555 3 44 8888 3 2 111111 55
lowQualScore : . . ....... . .. .................................... . .... ..... . .. .. . ...... ... .. . .. . . .. . . . .. ................................................... . ...... .. ..................... . .. .... . . ...... ..
lowQualScore : 2 0 9999999 6 00 555555555555555555555555555555555555 6 7777 11111 3 22 00 0 777777 000 00 6 00 4 4 11 2 7 9 00 666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 777777 00 777777777777777777777 3 66 4444 6 0 555555 55
consensus : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( family-97 ) : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
gi|1 : TACTTTAAA-AAAAATA-TTCTTATA-TATAT--TTCTAAATA--A--TA--T-A--A----TTAATA--ACTT-----TT-AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CTATACCATTTTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTT-----GCAAGT---TGTAT--AAGAGTGA-C--GGCATAATCTTTAGGATTCATCAAA-CTGCTTATATTACAATAAATTGAGTGCTTGTATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--G-----------CGATAGTCTTTGTTGCAGTACTCCTGACT-TGGTACAGTAAAAAAAAA--A-------C--------------AA-TTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAA-TCCCAGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|10 : taaacttGTAAATATTTTGAATAAA--TA-------CA-TATAC--GTCTGAATA--G--TA--TTA--A----T----------T-----TT-AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CCTAACCATTTCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATA-----ACAGGT---TTTCTGCAAGTG--A-C--TTCACTATCTCTTCGATTTACC-AAACTATTAAAACTAAAACAAATTGAGTGTTGTAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--G-----------ttagtggt
gi|11 : tagGTAAATATTTTGAATAAAGATA----------TATAT--TTCTAGATATAA--TA--T-A--GGT--T-------A--TGAATTTT-AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CTGAACTGTCTTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTA-----GCAGGT---GTTATACAAGAG--G-C--GGCAGTATCTTATGGATTCATTAAAagaaagtcctggtgatgcatta
gi|12 : attcaagGGGTGTTTGGATGT--TTTTTTTCTGAGGAAA-------A---------AT--A-----------C-------TTCATTGCAATTCTCTTGACAATAT-ATGG------AATG--ATATGCATC---------TTTTATG-C--AAACTATTTCAA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCAcctct
gi|13 : AGCTTCAGTTGAATATTTTGAAAAAAGATA-CA----TA-TA-AT--TTATGAAT-------------------------------T-----TT-AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CTGAACCATTTTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATG-----GCAGGTA--TTGTTGCAAGAG--A-C--GAAAGTATCTAATGGATTCACC-AAACCACTtctagtggtta
gi|14 : t---------A-------A---------AA--A-----------C-------TCCATTGCAGTACTCCTGACT-TGTTTCCG------AAAA--A-------A---------ATGAAAA-T--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCA
gi|15 : ---------TTCGATA-T--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAA-TCCCAGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|2 : gCGTTGATATTTTGAATAAAGAT--------T--TATAT--TTCTAAATA--GCATA--T-A--G----TTCATGGAG--T-----TT-AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC--AATATTACTAACTATGACACTGCAATTGCATTTCTGCGAGAG--A-T--GACATTATCTCTTGGATTCACCAAA-TTACTTAAATTAGAAAACATTGGGTG----AATGT--TGTTTCGCTGGAA--A-------A---------AGTGG-----------C---------CATTGCGATA----TGCCT-TATTACGG------ATAA--A-------C---------ATCAAAT-T--AAAATAGTTATA---TGAAAACATA-GCCCGGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|3 : AACTTCAAATAAACATTTTAAATGAAGATA-------TG-TATAT--TTCCAAATG--G--TA--T-A--GAGTTT-------A--TGAATTTT-AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TTGAATCATTTTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTT-----GCAAGT---TTTCTGTAAGAC--A-C--AACAGT-------GGATTCAC-GAAACCA--------------AATTGCTTGCTTGAATGC--TGTTTC---------AGAATCACA---------AG--A-----------T-------TTCATTGCTGTACTCCTGACA-TGTTACAG------AAAT--A-------T---------TTCGATA-T--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAA-TCCCAGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCACctagtggtaaaa
gi|4 : AACTTCATGTTAATATTCTGAATAA-GATA-AT----TA-CATAT--TTCTAAATA--GGTCC--T-A--G----T-------A--T-----TT-AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCAAACCATTTTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATA-----ACCACT---TTTCTGCAAGAG--A-A--GCCATTATCTCTTGGATTTGTCAAAACCTCTTAAATAAGAACAAATTGAGTATTAGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------C-------ACCATTGCGGTACTTCTGGCT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAA-GCCCAGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCACcttgtg
gi|5 : ACTTTATGTTAATATTTAAAATAAAGATA-AT----TAATATATAATTCTAAATA--T--CC--T-A------------------------TT-AA-AAA-------A-----TGAATTTC-------AACTA-----ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATT-----GCCGGT---TTTATATAAAAA--AAC--AACAGTATCTCTTTGATTCATCAAA-CCACATGAATTAGAACAAATTGAGTGCTTGAAAGCCATTTTTC---------A-------AGAAGAAA--AG--A-----------C-------TTCATAGCAGTATTCCTGACT-TATTATGGG-----AAAA--A-------C---------------A-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-GTGCAGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--
gi|6 : CTTCATGCAAATATTTTGAATAAAGATGTATCTTCTA-CATAT--T---ATATA--G--TTCCT-G--G----T-------T--T-----TT-AACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC--ACCATTTTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATG-----GCAGGT---TTTCTATAAGGG--A-C--AGTTG-ATATCTTGTATTTAAC-AAACAACCTTTATTAGAACAAATCGAGAGATTGAATGC--GGTTTC---------C-------G---------AG--GAAATTTTACAAT-------TTCATCACGGTATTCCCGACT-TGTTAAGGT-----TAAA--A-------CATATGAATTTTCAAAAGT--AAAA
gi|7 : TTAACGTTAATATTCTGAATAAAAAAT-ATA---TA-TATAT--TTCTAAATA--G--T---------------------A--T-----TT-TACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCAATTTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATA-----ACCATT---TTTCTGCAAGAG--G-T--GG--------------TTTGCCA---CCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTATTTGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------C-------GTCATTGCGGTACTTCTGGAT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCTAAA-T--AAGATAGTTTT--------AGCCAA-TCTCACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCaaaatgtacaaacaa
gi|8 : ACTTCAC-TAAATATATTTAATAAATATACATGTA-TA-TACAT--TTTTAAATA--G--TT--T-ATAG----TTCTTGA-A--T-----TTTAACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CTGAATCGTTTTCAT
gi|8 : AAACTACTTAAATAAGAATGAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------ATAGGAAAA---------AG--A-----------C-------TTCATTGCGACACTTCCGACT-TGTTACAG------GAAA--T-------T---------TTTGAAA-T--ATAATAGT--------GAAAACAAA-TCTCAGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACtaaactacttaaataagaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|9 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttcctcctgaatcgttttcattTTCGTC-C-AAACCATTTGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATG-----ACACGC---TTTCTGC--GAG--A-CCTGGCAGTATATATTCCGTTCACC-AACCCATTGAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGATTGC--TGTTTC---------A-------GATGCCATTTAG--A-----------C-------TTCACTGCGGTACTCCTGACC-TGTTACGG------GAAAATA-------T---------TTC--AA-T--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATA-TCCCAGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACctagtgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA
Alignments
lowQualScore : 4444444 888888888888888888888888888888888888 111111 111 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 222222222222222222222 111111
lowQualScore : 2 1 5555555 3 55 333333333333333333333333333333333333 3 7777 99999 3 55 55 1 111111 000 55 3 55 0 1 22 0 8 1 55 666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 777777 55 555555555555555555555 3 44 8888 3 2 111111 55
lowQualScore : . . ....... . .. .................................... . .... ..... . .. .. . ...... ... .. . .. . . .. . . . .. ................................................... . ...... .. ..................... . .. .... . . ...... ..
lowQualScore : 2 0 9999999 6 00 555555555555555555555555555555555555 6 7777 11111 3 22 00 0 777777 000 00 6 00 4 4 11 2 7 9 00 666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 777777 00 777777777777777777777 3 66 4444 6 0 555555 55
consensus : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( family-97 ) : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
gi|1 : TACTTTAAA-AAAAATA-TTCTTATA-TATAT--TTCTAAATA--A--TA--T-A--A----TTAATA--ACTT-----TT-AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CTATACCATTTTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTT-----GCAAGT---TGTAT--AAGAGTGA-C--GGCATAATCTTTAGGATTCATCAAA-CTGCTTATATTACAATAAATTGAGTGCTTGTATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--G-----------CGATAGTCTTTGTTGCAGTACTCCTGACT-TGGTACAGTAAAAAAAAA--A-------C--------------AA-TTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAA-TCCCAGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|10 : taaacttGTAAATATTTTGAATAAA--TA-------CA-TATAC--GTCTGAATA--G--TA--TTA--A----T----------T-----TT-AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CCTAACCATTTCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATA-----ACAGGT---TTTCTGCAAGTG--A-C--TTCACTATCTCTTCGATTTACC-AAACTATTAAAACTAAAACAAATTGAGTGTTGTAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--G-----------ttagtggt
gi|11 : tagGTAAATATTTTGAATAAAGATA----------TATAT--TTCTAGATATAA--TA--T-A--GGT--T-------A--TGAATTTT-AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CTGAACTGTCTTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTA-----GCAGGT---GTTATACAAGAG--G-C--GGCAGTATCTTATGGATTCATTAAAagaaagtcctggtgatgcatta
gi|12 : attcaagGGGTGTTTGGATGT--TTTTTTTCTGAGGAAA-------A---------AT--A-----------C-------TTCATTGCAATTCTCTTGACAATAT-ATGG------AATG--ATATGCATC---------TTTTATG-C--AAACTATTTCAA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCAcctct
gi|13 : AGCTTCAGTTGAATATTTTGAAAAAAGATA-CA----TA-TA-AT--TTATGAAT-------------------------------T-----TT-AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CTGAACCATTTTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATG-----GCAGGTA--TTGTTGCAAGAG--A-C--GAAAGTATCTAATGGATTCACC-AAACCACTtctagtggtta
gi|14 : t---------A-------A---------AA--A-----------C-------TCCATTGCAGTACTCCTGACT-TGTTTCCG------AAAA--A-------A---------ATGAAAA-T--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCA
gi|15 : ---------TTCGATA-T--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAA-TCCCAGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|2 : gCGTTGATATTTTGAATAAAGAT--------T--TATAT--TTCTAAATA--GCATA--T-A--G----TTCATGGAG--T-----TT-AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC--AATATTACTAACTATGACACTGCAATTGCATTTCTGCGAGAG--A-T--GACATTATCTCTTGGATTCACCAAA-TTACTTAAATTAGAAAACATTGGGTG----AATGT--TGTTTCGCTGGAA--A-------A---------AGTGG-----------C---------CATTGCGATA----TGCCT-TATTACGG------ATAA--A-------C---------ATCAAAT-T--AAAATAGTTATA---TGAAAACATA-GCCCGGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|3 : AACTTCAAATAAACATTTTAAATGAAGATA-------TG-TATAT--TTCCAAATG--G--TA--T-A--GAGTTT-------A--TGAATTTT-AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TTGAATCATTTTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTT-----GCAAGT---TTTCTGTAAGAC--A-C--AACAGT-------GGATTCAC-GAAACCA--------------AATTGCTTGCTTGAATGC--TGTTTC---------AGAATCACA---------AG--A-----------T-------TTCATTGCTGTACTCCTGACA-TGTTACAG------AAAT--A-------T---------TTCGATA-T--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAA-TCCCAGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCACctagtggtaaaa
gi|4 : AACTTCATGTTAATATTCTGAATAA-GATA-AT----TA-CATAT--TTCTAAATA--GGTCC--T-A--G----T-------A--T-----TT-AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCAAACCATTTTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATA-----ACCACT---TTTCTGCAAGAG--A-A--GCCATTATCTCTTGGATTTGTCAAAACCTCTTAAATAAGAACAAATTGAGTATTAGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------C-------ACCATTGCGGTACTTCTGGCT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAA-GCCCAGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCACcttgtg
gi|5 : ACTTTATGTTAATATTTAAAATAAAGATA-AT----TAATATATAATTCTAAATA--T--CC--T-A------------------------TT-AA-AAA-------A-----TGAATTTC-------AACTA-----ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATT-----GCCGGT---TTTATATAAAAA--AAC--AACAGTATCTCTTTGATTCATCAAA-CCACATGAATTAGAACAAATTGAGTGCTTGAAAGCCATTTTTC---------A-------AGAAGAAA--AG--A-----------C-------TTCATAGCAGTATTCCTGACT-TATTATGGG-----AAAA--A-------C---------------A-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-GTGCAGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--
gi|6 : CTTCATGCAAATATTTTGAATAAAGATGTATCTTCTA-CATAT--T---ATATA--G--TTCCT-G--G----T-------T--T-----TT-AACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC--ACCATTTTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATG-----GCAGGT---TTTCTATAAGGG--A-C--AGTTG-ATATCTTGTATTTAAC-AAACAACCTTTATTAGAACAAATCGAGAGATTGAATGC--GGTTTC---------C-------G---------AG--GAAATTTTACAAT-------TTCATCACGGTATTCCCGACT-TGTTAAGGT-----TAAA--A-------CATATGAATTTTCAAAAGT--AAAA
gi|7 : TTAACGTTAATATTCTGAATAAAAAAT-ATA---TA-TATAT--TTCTAAATA--G--T---------------------A--T-----TT-TACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCAATTTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATA-----ACCATT---TTTCTGCAAGAG--G-T--GG--------------TTTGCCA---CCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTATTTGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------C-------GTCATTGCGGTACTTCTGGAT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCTAAA-T--AAGATAGTTTT--------AGCCAA-TCTCACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCaaaatgtacaaacaa
gi|8 : ACTTCAC-TAAATATATTTAATAAATATACATGTA-TA-TACAT--TTTTAAATA--G--TT--T-ATAG----TTCTTGA-A--T-----TTTAACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CTGAATCGTTTTCAT
gi|8 : AAACTACTTAAATAAGAATGAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------ATAGGAAAA---------AG--A-----------C-------TTCATTGCGACACTTCCGACT-TGTTACAG------GAAA--T-------T---------TTTGAAA-T--ATAATAGT--------GAAAACAAA-TCTCAGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACtaaactacttaaataagaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|9 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttcctcctgaatcgttttcattTTCGTC-C-AAACCATTTGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATG-----ACACGC---TTTCTGC--GAG--A-CCTGGCAGTATATATTCCGTTCACC-AACCCATTGAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGATTGC--TGTTTC---------A-------GATGCCATTTAG--A-----------C-------TTCACTGCGGTACTCCTGACC-TGTTACGG------GAAAATA-------T---------TTC--AA-T--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATA-TCCCAGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACctagtgg
blockSeqs : C A TATCTTC A AA TAATATAGGTTATGAATT T CATC CATAT A CT TA T GACACT GCA . A CT C CT A A T CA CGAGGAAATTTTACAAT A G AT CATATGAATTTTCA G . CGAC A A TACATA CG
blockSeqs : A G CATGTA . . GCATATAGTTCATGGAGT . . . . TG . A A A . . . G TA A A T . TCTGAGGAAAAATAC . T . TATGCATCTTTT . . AT . A . .
blockSeqs : T T ATA . . GTATAGAGTTTATGAATT . . . . TG . A A . . . . G AA G A C . GCTGGAAAAAGTGGC . . . AATGA . . AT . C . .
blockSeqs : T A CA . . GTTTATAGTTCTTGAAT . . . . CG . T G . . . . T CT A A T . AGATGCCATTTAGAC . . . CATCA . . TT . T . .
blockSeqs : T T AT . . GGTCCTAGTAT . . . . TG . T T . . . . G CT A A C . AGAATCACAAGAT . . . TTTCG . . AT . C . .
blockSeqs : C T AT . . GTTCCTGGTTT . . . . CA . T A . . . . T CT A A A . AAGAAGAAAAGAC . . . CTTCG . . AT . T . .
blockSeqs : C A . . . GTATTAATT . . . . CG . G T . . . . G CT . C T . ATAGGAAAAAGAC . . . CTTCT . . A . C . .
blockSeqs : T . . . TCCTA . . . . TG . G G . . . . G AT . . T . AAAAAC . . . TTTTG . . T . C . .
blockSeqs : A . . . GTAT . . . . C . T A . . . . G . . . T . AAAGGC . . . TTTC . . . . C . .
blockSeqs : . . . T . . . . A . T G . . . . . . . . . . AAAGGC . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ******* GCATATCATGAT************************ ** ****** CTTCG**************** **
originalCons : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-AT----TA-TATAT--TTCTAAATA--G--TN--T-A--G----T-------A--T-----TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
finalCons : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGATA-------TA-TATAT--TTCTAAATAGCATATCATGAT------------------------TT-AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGAG--A-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------C-------TTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--ACTTCG----------------AAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA
Alignments
lowQualScore : 2222222222222 9999999999999999999999999 111111 111 1 7777777777777777777777777777777777777777777 111111 222222222222222222222 111111
lowQualScore : 2 1 666 8888888888888 3 1111111111111111111111111 55 7777 99999 3 55 55 1 111111 000 55 3 55 0 1 22 4 4 1 55 2222222222222222222222222222222222222222222 3 777777 55 555555555555555555555 3 44 8888 3 2 111111 55
lowQualScore : . . ... ............. . ......................... .. .... ..... . .. .. . ...... ... .. . .. . . .. . . . .. ........................................... . ...... .. ..................... . .. .... . . ...... ..
lowQualScore : 2 0 444 7777777777777 6 1111111111111111111111111 00 7777 11111 3 22 00 0 777777 000 00 6 00 4 4 11 6 3 9 00 7777777777777777777777777777777777777777777 6 777777 00 777777777777777777777 3 66 4444 6 0 555555 55
consensus : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGA---TA------T------ATATA-TTTCTAAATAGT--ATA----T----CATG--A--TTT--AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGA--GA-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------CTTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
Reference ( family-97 ) : AACTTCACGTNAATATTTTGAATAAAGA---TA------T------ATATA-TTTCTAAATAGC--ATA----T----CATG--A--TTT--AACAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCATTTTCGTACCGGA--AATANTGCTGACCATG-----GCAGGT---TTTCTGCAAGA--GA-C--GGCAGTATCTCTTGGATTCACCAAAACCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------A-------A---------AG--G-----------CTTCATTGCGGTACTCCTGACT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCGCCAC
gi|1 : TACTTTAAA-AAAAA---TA------TTCTTATATATA-TTTCTAAATAAT--ATAAT--T----AATA--ACTTTT--AACAAGCA----TA-----TAGACTTTGCC-CTATACCATTTTTGTATTGGA--AATTGTGCTGACTGTT-----GCAAGT---TGTAT--AAGAGTGA-C--GGCATAATCTTTAGGATTCATC-AAACTGCTTATATTACAATAAATTGAGTGCTTGTATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--GCGATAGT----CTTTGTTGCAGTACTCCTGACT-TGGTACAGTAAAAAAAAA--A-------C--------------AA-TTGAAAATAATTCTA--ATGTAAACAAA-TCCCAGAGGTCATGTGTTGAGACACAGG------TC--AGTGCGTAAGCATCAC
gi|10 : taaacttGTAAATATTTTGAATAAA-----TA------C------ATATA-CGTCTGAATAGT--AT-----T----AAT------TTT--AACAAACA----TG-----TAAACTTCGCT-CCTAACCATTTCCGTACCGGA--AATATTGCTGACCATA-----ACAGGT---TTTCTGCAAGT--GA-C--TTCACTATCTCTTCGATTTACC-AAACTATTAAAACTAAAACAAATTGAGTGTTGTAATGC--TGTTTC---------A-------G---------AG--G-----------ttagtggt
gi|11 : tagGTAAATATTTTGAATAAAGA---TA------T------ATAT---TTCTAGATATA--ATA----TAGGTTATG--AATTTT--AACAAACA----CACATATTACACTTCGCC-CTGAACTGTCTTCGTACCGGA--AATAATGCTCACCGTA-----GCAGGT---GTTATACAAGA--GG-C--GGCAGTATCTTATGGATTCATTAAAagaaagtcctggtgatgcatta
gi|12 : attcaagGGGTGTTTGGATGT--TTTTTTTCTGAGGAAA-------A---------AT--A-----------CTTCATTGCAATTCTCTTGACAATAT-ATGG------AATG--ATATGCATC---------TTTTATG-C--AAACTATTTCAA--ATAAAAACAAAATTCAAGGGATCATGAGTTGGAACAAAAG------TC--AGTGTGTAAGCGCCAcctct
gi|13 : AGCTTCAGTTGAATATTTTGAAAAAAGA---TA------C------ATATAATTTATGAAT--------------------------TTT--AACAAACACATCTA-----TAAACTTCGCT-CTGAACCATTTTCGTACCGGA--AGTTATGCTCACCATG-----GCAGGTA--TTGTTGCAAGA--GA-C--GAAAGTATCTAATGGATTCACC-AAACCACTtctagtggtta
gi|14 : t---------A-------A---------AA--A-----------CTCCATTGCAGTACTCCTGACT-TGTTTCCG------AAAA--A-------A---------ATGAAAA-T--AAACTAGTTCTA--A-GGAAACAAA-TCCCAGGGTTCATGCGTTGGGAGAAAGG------TCCGAGTGCGCAAGCGCCA
gi|15 : ---------TTCGATA-T--CAAATAGTTCCA--ATGATAACAAA-TCCCAGAATTCGAGCGTTTGAACACAGtctagtgg
gi|2 : gCGTTGATATTTTGAATAAAGA---T-------T-------TATA-TTTCTAAATAGC--ATA----TAGTTCATG--GAGTTT--AACAAACA----TA-----AAATCTTCGCC-CCGAAACAATTCTGTTCCGAC--AATATTACTAACTATGACACTGCAATTGCATTTCTGCGAGA--GA-T--GACATTATCTCTTGGATTCACCAAA-TTACTTAAATTAGAAAACATTGGGTG----AATGT--TGTTTCGCTGGAA--A-------A---------AGTGG-----------C--CATTGCGATA----TGCCT-TATTACGG------ATAA--A-------C---------ATCAAAT-T--AAAATAGTTATA---TGAAAACATA-GCCCGGGGTTCATGCCTTGGGACATAGG------TC--AGTTCGTAAGCGTCAC
gi|3 : AACTTCAAATAAACATTTTAAATGAAGA---TA------T------GTATA-TTTCCAAATGGT--ATAGAGTT----TATG--AATTTT--AATAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-TTGAATCATTTTCATACCGGA--CATATTGATGACTTTT-----GCAAGT---TTTCTGTAAGA--CA-C--AACAGT-------GGATTCAC-GAAACCA--------------AATTGCTTGCTTGAATGC--TGTTTC---------AGAATCACA---------AG--A-----------TTTCATTGCTGTACTCCTGACA-TGTTACAG------AAAT--A-------T---------TTCGATA-T--AAAATAGTTCTA--TTGAAATCAAA-TCCCAGAGTTCATGCGTTGGGAGACAGG------TC--AGTGCGTAAACACCACctagtggtaaaa
gi|4 : AACTTCATGTTAATATTCTGAATAA-GA---TAAT----T------ACATA-TTTCTAAATAG-----G----T----CCTAGTA--TTT--AAAAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCAAACCATTTTCATACGTGA--AATATTGCTAAACATA-----ACCACT---TTTCTGCAAGA--GA-A--GCCATTATCTCTTGGATTTGTCAAAACCTCTTAAATAAGAACAAATTGAGTATTAGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------CACCATTGCGGTACTTCTGGCT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCGAAA-T--AAGATAGTTGTA--ATGAAAACAAA-GCCCAGGGTCCATGCGTTTGGACATAGG------TC--AGTACGTAAGCTCCACcttgtg
gi|5 : ACTTTATGTTAATATTTAAAATAAAGA---TAATTAA-T------ATATA-ATTCTAAATATC--CTA----T---------------T--AA-AAA-------A-----TGAATTTC-------AACTA-----ACACTGGA--AATAGAGCTGACCATT-----GCCGGT---TTTATATAAAA--AAAC--AACAGTATCTCTTTGATTCATCAAA-CCACATGAATTAGAACAAATTGAGTGCTTGAAAGCCATTTTTC---------A-------AGAAGAAA--AG--A-----------CTTCATAGCAGTATTCCTGACT-TATTATGGG-----AAAA--A-------C---------------A-T--AAAATAGTTCTA--ATGAAAACAAA-GTGCAGACATCATATGTTTGGACACAGG------TC--
gi|6 : CTTCATGCAAATATTTTGAATAAAGA---TG------T------AT----CTTCTACATATT--ATA----TAGTTCCTG--G--TTTTTAACAAAAA----TA-----CA--CTTTGCCATC--ACCATTTTCGTACCGGC--AATTGTGCTGGACATG-----GCAGGT---TTTCTATAAGG--GA-C--AGTTG-ATATCTTGTATTTAAC-AAACAACCTTTATTAGAACAAATCGAGAGATTGAATGC--GGTTTC---------C-------G---------AG--GAAATTTTACAATTTCATCACGGTATTCCCGACT-TGTTAAGGT-----TAAA--A-------CATATGAATTTTCAAAAGT--AAAA
gi|7 : TTAACGTTAATATTCTGAATAAAAAATATA------T------ATATA-TTTCTAAATAGT--AT-------------------TTT--A-CAAACA----TA-----TAAACTTCGCC-CCGAACCAATTTCGTACGTGATAAATATTGCTGAACATA-----ACCATT---TTTCTGCAAGA--GG-T--GG--------------TTTGCCA---CCACTTAAATTAGAACAAATTGAGTATTTGAATGC--TG-------------A-------A---------AG--G-----------CGTCATTGCGGTACTTCTGGAT-TGTTACGG------AAAA--A-------C---------TTCTAAA-T--AAGATAGTTTT--------AGCCAA-TCTCACGGTCCATGCGTTGGGACA-AGG------TC--AGAACGTAAGCGCCaaaatgtacaaacaa
gi|8 : ACTTCAC-TAAATATATTTAATAAATA---TACATGTAT------ATACA-TTTTTAAATAGTTTATAGT--T----CTTG--AATTTT--AACAAACA----TT-----TAAACTTCCTC-CTGAATCGTTTTCAT
gi|8 : AAACTACTTAAATAAGAATGAATTGAGTGTTTGAATGC--TGTTTC---------ATAGGAAAA---------AG--A-----------CTTCATTGCGACACTTCCGACT-TGTTACAG------GAAA--T-------T---------TTTGAAA-T--ATAATAGT--------GAAAACAAA-TCTCAGGGTAAATGCATTGGGACACAGG------TC--AGTACGTAAGCGCCACtaaactacttaaataagaatgaattgagtgtttgaatgctgtttcataggaaaaagacttcattgcgacacttccgacttgttacaggaaatttttgaaatataatagtgaaaacaaatctcagggtaaatgcattgggacacaggtcagtacgtaagcgccacctagtgg
gi|9 : acttcactaaatatatttaataaatatacatgtatatacatttttaaatagtttatagttcttgaattttaacaaacatttaaacttcctcctgaatcgttttcattTTCGTC-C-AAACCATTTGCGTGCCGGA--AATATTGATGGCCATG-----ACACGC---TTTCTGC--GA--GA-CCTGGCAGTATATATTCCGTTCACC-AACCCATTGAAATTAGAACAAATTGAGTGTTTGATTGC--TGTTTC---------A-------GATGCCATTTAG--A-----------CTTCACTGCGGTACTCCTGACC-TGTTACGG------GAAAATA-------T---------TTC--AA-T--AAAATAGTTCTACGACGAAAACATA-TCCCAGGGCTCGTGCGTATGGATACAGGTACATATT--AGTGCATTAGCGCCACctagtgg
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AGTTCGTAAGCGCCACCTAGTGGTAACACGA