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Reference ( gi|2 ) : AGTACTTCAAAG-TACTGGTAGCCGG----GC-TTG--AATA--A-------AT-G--T-CCATACGCCGTCCTAA-TTTGATTG--ATATT-T--TTG--TA--GC-T-TTTG---GC-TT-ATTTT--T-TGCAA---------C--TTTTTT----T--T----A-A--A--AA-T-GACATT--AT-ACAA---TGTCCACA---ATATA-T-T----GT-ATT-TCTAGTA--TTT---GGTT--TGT----T----A-ATGCTTGCATT----TA-TA-A-A--A-A--TACACGAA
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gi|26 : taatagtcaaAGTACTTGAACG-TACTTATAGCCGG----TC-TTT--AATATAA-------AT-A--T-CCATACGCCGTCCTAA-ATTGATTG--ATATT-A--TTGGTTT--GT-T-TCTGCTTGC-TT-ATATT--
gi|15 : aaAGTACT-AAAAA-CACTGCTAGTCAG----TG-TTT--AATT--G-------AT-A--T-GCAAACGCCTTCCTAATTTTGATCG--ATATT-A--TT---TA--GG-TGTTTG---G--TT-ATTTT--A-TGCAA---------C--ATTTATAAAAT--G----ATA--A--AA-T-GACATA--TT-ACAA---T-TCCACAATGATATA-T-T----GTCATTGTTTGGTA--TTT---gaatacataaaaa
gi|4 : tttataaaAGTATTTGAAGG-TACTGATAGTCGG----CC-TTT--AATA--A-------GT-C--T-AAATACGCCTAACTAA-TTTGATTG--ACATT-A--TTA--TC--GC------G---AT-TT-A--AT--A-GGCAA---------C----ATTT----G--T----G-A--A--AA-T-GACGTA--AT-GTAATACTGTAAACA---AAATA---T----G------TTTATTG--TTT---CATT--TGT----T----G-CTGCTTGAA------TA-TG-T-A--A-A--TACATtgcaaat
gi|21 : tattaatcaaAGTCCCTAAAAA-TACGTATAGCCTT----TC-TTT--AACA--A-------AT-A--G-TCATACACTTTCCTAA-TGTGACTG--ATATT-A--TCG--TA--GC-A-TTTG---GT-TT-ATTTC------------------------------------------------A-T--ACATA--AT-TCAA---TGTCTGCA---ATAGA-T-------T-ATT-Tca
gi|31 : agtacaaAGTACTAGAAAG-AACTAGTAACTGGTA--AC-T----GATA--ACCG----AT-A--T-TTATACGCCTTCCTAA-TTgttattgtcatgttcgtattgaatacattaaa
gi|32 : aaAGTA--TCAAAACTACTGACCGTTGG----TC-TTT--AATG--A-------AT-A--T-TTATACGCC
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gi|6 : gAAG-TACTGATAGCTGG----AC-TTT--AATA--T-------AT-A--T-GCGTACGTCGCCCTAA-TGTGATTG--ACAAT-A--TTT--TA--GC-G-TTTG---AT-TT-ACTTTACTACACAA---------C----ATTT----T--T----A-A--A--AA-T-AGCATA--AT-ACCA---TGTCTACA---ATATA---T----G------TTTATTG--TTT---GATT--TGT----T----GCATATTTG
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gi|19 : -TACTGCTGGCCGG----GC-TTA--AATA--A-------ATTG--T-CAA-ACCTCTTCCTCA-TTTGATTG--TTATT-T--TTG--TA--GC-G-TTTG---GG-TT-ATCTT--T-TGCAA---------C----ATTT----T--T----G-A--A--AA-T-GACAGA--AT-ACAA---TGTCCACA---ATATA-------------T-TTTACTA--TTT---GATT--T-T----T----------TCGGATTATAATA-TATA-A--A-A--TACGTGAa
gi|10 : t-TACTGGTAGTCGG----GCATTATTAACA--A-------AT-A--T-TCATACGCCATTCTAA-TTTAATTG--ATATG-A--GTG--TA--GC-G-TTTG---AT-TT-ATTTT--A-TGCAA---------TA-TTTTTT----T--T----T-A--A--AT-T-GACATA--AT-ATAA---TGTCCATAGG-AGATG-T-T-----T-ATTGTGTGATA--------GGTT--T-------------CTGCTTGTATA----TA-TA-A-A--T-A--TA
gi|23 : tacttgattCTGATAATTGG----AC-TTTT-AATA--A-------AT-A--A-TCAAATGCCTTCCTGA-TTTGTTTATAATATT-T--T-----A--GT-G-TTCG---AT-TC-ATTTC--A-AGCAA---------C--ATTTTT------------A-A--A--AA-T-GGCA----AT-TCAA---TGTCCATA---ATATA---T----G------TTTATTG--TTT---GATT--TGT------------TGCACACAT-----------A-A--A-A--TTCACAAAt
gi|24 : gAGCTGT----GC-TTT--AATA--A-------AT-A--T-TCATACGTCTTCCAAA-TTTGATTG--ATATT-A--TTG--TAGGGC-T-CTT-----T-TT-ATTTT--A-AGCAA---------C----ATTT----T--T----A-A--T--AA-T-GGCATA--AT-AAAA---CGCTCACA---ATA-----------T-ATT-TCTATTG--TTT---GAAT--TG----------------TTGCATA----TA-T--A-A--A-A--TACAT
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gi|1 : t--AATT--G-------AT-A--T-TCATACGTCTTACCAA-TCTGATTG--ATATT-T--TTG--CA--GC-G-TCTG---GT-TT-ATTTT--A-CGCAA---------C----ATTT----G--T----A-A--A--AA-T-GATAAA--AT-ACAA---TGTCCGCA---ATTTA-T-T--------TT------TG--TTT---GATT--TGT----TTCTGC-ATGCTTGTATT------------A--A-A--TACACGAAgtttt
gi|5 : tggcgaactgtgaaaaccaaatcacttaaaacttaataaA--A-------GT-A--T-TGATACTCATTCCTAA-TTTGATTG--ACATT---------TA-------TTTC---ACGTC-ACATT--T-GAAAA---------C--ATGACA----T--G----ATA--C--AA-T-GACATG--AT-ACAA---TATCCGAA---ATATA-T-T-----T-ATG-T----TA--TTT---GGGT--GGT----T----T-CTGCTTGAATA----TA-TATA-T--A-A--TACATGGAaaatg
gi|22 : taattaatgataatacagcaaatcaaatccaagtactagaTCCTAG-TTTGATTG--ATGTT-A--TAG--TA--GC-G-TTTG---GT-TT-ATTTC--A-TGAAA---------C--ATTTTT----T--A----A-G--A--AACT-GACATA--AG-AAAC---TGTCCACA---TTTTA-T-T-----T-GTT-T----TG--TTT---GATT--TG----------A------TGCATA----TA-T--A-A--A-A--TATATGAA
gi|20 : aactattcagcggatgctgcgggtgagcact-TTTAACTG--ATACA-A--TTG--TA--GG-C-TGTG---AT-TTTATTTC--A-TTCAT---------C--ATTTAT----A--A----A-A--A--AA-T-GACATT--AT-ACAA---TGTCCAAG---ACATA-----------ATT---TATTG--TTT---GATG--TGT----T----C-AAGCTTGTATA----TA-T--A-A--A-A--TACATGAAac
gi|28 : tattagcggtaatatacagcggtacacctttctttctTGATTG--ATATT-A--TCA--TA--GC-A-TTTG---GT-GC-ATTGT--A-TGCAA---------C--ATTTTA----T--T----A-A--A--TA-T-GATATa
gi|29 : T----T--T----A-A--ACAAA-T--ACA----GT-ACAA---TGTCTCCA---ATATA-T-T-----------TTTATTG--TTT---GGTT--TGT----T----T-TTGCTTGCATA----TA-AA-A-A--A-AAGTACAAGAAgtttttattgttaaatttgtttctgcctgcttatat
Alignments
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lowQualScore : . . . .... . ....... . .. ... ..... .. . .... .. . ... . .... . . . . ... . .. ................. ........... . .. . ... .. .. .. . ... . ......................... . . ... ..... .. ..... . .. .. ..
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Reference ( family-9 ) : AGTACTTNAAAGTACTGATAGCCGGNC----T-T-------T-AATA--A---A-----T--AT-TCA----TACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATT-ATT----GTA-GCGTTTGG-TT-T-ATTT---TAT-GCA--A----------C---TT-TTTTT----A------AAA-A--T-GACATAATACAA---TGT--CC--ACA--AT-A---T-A--T---T-T-ATT-TTTA-T-G---TTTG-A-TTT---G--TT-C-TGCTTGCATA-----TA-TA-AA--AA--TACATGAA
gi|1 : -T-------T-AATA--A---AATTGAT--AT-TCA----TACGTCTTACC--AA-TCTGATTGA---TATT-TTT----GCA-GCGTCTGG-TT-T-ATTT---TAC-GCA--A----------C----A-TTTGT----A------AAA-A--T-GATAAAATACAA---TGT--CC--GCA-----------A--T---T-T-ATT-TT---T-G---TTTG-A-TTT---GT-TT-C-TGCATGCTTG-----TA-T--TA--AA--TACACGAA
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gi|11 : tacttgattGTACTTTAAAGAACTGGTACCCGGTC----T-T-------T-AATG--A---A-----T--AT-TTA----TACGCATTCCT--AA-TTACAATGA---TATG-ATT----GTA-GCGTTTGG-TT-A-ATTG---TAC-GCA--A----------C---AT-CTTTTAAA-A------AAA-A--T--ACATAATACAA---TGT--CC--ACA--AT----------T---T----TT-TTCA---G---T----A--TT---G--TT-C-TGCTTGCATA-----TA-T--AA--AA--TACAt
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gi|14 : taAGTATATAAACGTACTGATAGCCGGAC----T-T-------T-AGTA--C---A-----T--AT-CAA----TATGCTTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATT-GTT----GTA-GCATTTTG-TT-T-------------CA---------------------TTTC----G------AAA-A--T-GGCGTATGACAA---TGG--CA--ACA--AT-A---T-A--T---T----CT-TACA-T-----TTTG-A-TTT---GA-TT-C-TACTTGCATA-----TA-T--AA--AA--TACATG
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gi|16 : tttataaaAGTACTGTAAACCAGGC----T-T-------T-CATA--A---A-----T--AT-GCA-----ACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATT-GTT----GTA-GC-TATGGATT-A-ATTG---TCA-GCA--A-----------------TATTTAAAAA------AAA-A--A-GATATAATACAA---TGT--CC--GTA--AT-A---T-A--T---C-T-ATA-T----T-G---CTTG-A-TTT---G----------TTGTATA-----TA-T--AA--AA--TATATGaaat
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gi|21 : tattagcggtAGTCCCTAAAAATACGTATAGCCTTTC----T-T-------T-AACA--A---A-----T--AG-TCA----TACACTTTCCT--AA-TGTGACTGA---TATT-ATC----GTA-GCATTTGG-TT-T-ATTT---CAT--------------------------------------------------ACATAATTCAA---TGT--CT--GCA--AT-AGATT-A--TTTGT-T-ATT-GTCA-T-G---TTCGTA-TTa
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gi|10 : tggcgaactgtgaaaaccaaatcacttaaaacTACTGGTAGTCGGGCAT--TAT-------T-AACA--A---A-----T--AT-TCA----TACGCCATTCT--AA-TTTAATTGA---TATGAGTGTA-GCGTTTGA-TTT-ATTT---TATGCAATAT--------T--TTTT--TT-----T-------AAA--T--T-GACATAATATAA---TGT--C----C--ATAGGAG-A---T---G--T---T-T-AT-------T-G---TGTG-A-TAG---GT-----TT-C-TGCTTGTATA-----TA-TA-AA--TA--TAaaatg
gi|11 : tacttgattGTACTTTAAAGAACTGGTACCCGGTC----T-T-------T-AATG--A---A-----T--AT-TTA----TACGCATTCCT--AA-TTACAATGA---TATGATTGTA-GCGTTTGG-TTA-ATTG---TACGCAA-----------C--ATCT--TTTAAA-A-------AAA--A--T--ACATAATACAA---TGT--C----C--ACA--AT------------T---T----TT-TTCA---G---T----A--TT---G------TT-C-TGCTTGCATA-----TA-T--AA--AA--TACAt
gi|12 : aagGTACTAACAGTCGGTCAAGTT-T-------T-AATA--A---A-----C--AT-CCA----TACGCCGTTCT--AA-TTTGATTTA---TATTAGTGCA-GTATTTGG-TTT-ATTT---TATTCAA-----------C--ATTT--TTTTTTAA-------AAA--A--T--ACACAATTTAA---GGT--T----C--ACG--CT-A---T---A--T---T-TCAT-------C-G---TCTC-A-TTA---GT-----TT-C-TGGTTGCATA-----AA-TA-AA--AA---ACATGAAagtaa
gi|13 : TCAAAGTACTAACAGTCAGGC----T-T-------T-AATA--A---G-----T--AT-TCA----TACGACTTCCT--AA-TTAGATTGC---TATTATTGTA-GCGTTTGG-TTT-ATAA---TATGTAA-----------C--ATAT--TA-----A-------AAAG-A--T--ACGCAATACAA---TAT----------ACA--TC-A---T---A--------T-ACT-TTTA-TAA---TTTG-A-ATT---G--------------TCGCATAATAATTA-TATAA--CA--TACATGAAa
gi|14 : taAGTATATAAACGTACTGATAGCCGGAC----T-T-------T-AGTA--C---A-----T--AT-CAA----TATGCTTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATTGTTGTA-GCATTTTG-TTT------------CA-----------------TT--TC-----G-------AAA--A--T-GGCGTATGACAA---TGG--C----A--ACA--AT-A---T---A--T---T----CT-TACA-T-----TTTG-A-TTT---GA-----TT-C-TACTTGCATA-----TA-T--AA--AA--TACATG
gi|15 : taatagtcaaAGTACT-AAAAACACTGCTAGTCAGTG----T-T-------T-AATT--G---A-----T--AT-GCA----AACGCCTTCCT--AATTTTGATCGA---TATTATT-TAGGTGTTTGG--TT-ATTT---TATGCAA-----------C--ATTT--AT-----AAAATGATAAA--A--T-GACATATTACAA---T-T--C----C--ACA--ATGA---T---A--------T-ATT-GTCATT-G---TTTG-G---T---A------TT-T-TGC
gi|16 : tttataaaAGTACTGTAAACCAGGC----T-T-------T-CATA--A---A-----T--AT-GCA-----ACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATTGTTGTA-GC-TATGGATTA-ATTG---TCAGCAA-----------T--ATTTAAAA-----A-------AAA--A--A-GATATAATACAA---TGT--C----C--GTA--AT-A---T---A--T---C-T-ATA-T----T-G---CTTG-A-TTT---G--------------TTGTATA-----TA-T--AA--AA--TATATGaaat
gi|17 : agtaatggGTACTGTCAGCCAATC----T-T-------T-GATA--A---A-----T--AT-TCA----TATGCCTTTCT--AA-TTTGACTGA---TATTATTGTA-G-ATGTGG-TTT--TTC---TATGTAA-----------C--ATTT--AT-----AAAAC---AAA--A--T-GACATAATACAA---TGT--C----C--ACA--AT-A----------------T-ATT-TTTAGT-T---TTTC-A-TTTCAAGGT----TT-C-TGTTTGCTTA-----CA-TT-AA--Ataaa
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gi|23 : aactattcagcggatgctgcgggtgagcaCTGATAATTGGAC----T-T-------TTAATA--A---A-----T--AA-TCA----AATGCCTTCCT--GA-TTTG-TTTA---TAATATTTTA-GTGTTCGA-TTC-ATTT---CAAGCAA-----------C--ATTT--TT-----A-------AAA--A--T-GGC--AATTCAA---TGT--C----C--ATA--AT-A---T---ATGT---T-T-AT-------T-G---TTTG-A-TTT---G--------------TTGCACA-----CA-TA-AA--Aac
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gi|31 : gAGTACTAGAAAGAACTAGTAACTGGTA----A-C-------T-GATA--ACCGA-----T--AT-TTA----TACGCCTTCCT--AA-TT
gi|32 : aaAGTA-TCAAAACTACTGACCGTTGGTC----T-T-------T-AATG--A---A-----T--AT-TTA----TACGCC
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gi|5 : tattaatcaaA--A---G-----T--AT-TGA----TACTCATTCCT--AA-TTTGATTGA---CATT------------------T-ATTT---CACGTCA-----------C--ATTT--GA-----A-------AAC--A--T-GACATGATACAA---TGA--CATGAT--ACA--AT-A---TCCGA--A---A-T-ATA-TTTA-T-G---TT---A-TTT---GGGTGGTTT-C-TGCTTGAATA-----TA-TATAT--AA--TACATGGAca
gi|6 : taattaatgataatacagcaaatcaaatccaagtactagaTTGGAAGTACTGATAGCTGGAC----T-T-------T-AATA--T---A-----T--AT-GCG----TACGTCGCCCT--AA-TGTGATTGA---CAATATTTTA-GCGTTTGA-TTT-ACTTTACTACACAA-----------C--ATTT--TT-----A-------AAA--A--T-AGCATAATACCA---TGT--C----T--ACA--AT-A---T---ATGT---T-T-AT-------T-G---TTTG-A-TTT---G--------------TTGCATA-----TT-TG-AA--A
gi|7 : aataaaatgaaaggaA--A---G-----T--AT-CTA----TACATCTTTCT--AA-TGTGATTGA---TATTATTGTA-GCACCT-G-TTT-ATGT---TTTAGAG-----------C--ATTT--CTTTTA-A-------AAA--A--T-GATAAGATACAA---TGT--C----CAAACA--AT-A---T------T---T-T-AC-------T-G---TTTG-A-TTT---GT-----TT-C-AGCGTGCATA-----TA--A-TA--AA--TACATGGAcacaaaa
gi|8 : tagtcaatgctcagaaattgtcaaagtacttgaAGTA-TTAGAAGTACTGATAGCCGGTC----T-T-------T-AATA--A---G-----T--ATATTA----TGCGCCTTCCT--TC-TTTGATTGA---CAGTATTGCA-GCGTTTGG-TTT-ATCT---TATGCAATAT--------T--ATTT--TT-----T-------AAA--A--T-GACATTATACAA---TAG--C----C--AAA--AT-A---T---A--C---T-T--TT-ATTA-------TTTG-A-TAT---G------TTGC-CGCTTGCTTA-----TA-T--TA--AA--TACATaa
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Reference ( family-9 ) : AGTACTTNAAAGTACTGATAGCCGGNC----T-T-------T-AATA--A---A-----T--AT-TCA----TACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATTATTGTA-GCGTTTGG-TTT-ATTT---TATGCAA----C--A------T-------TT--TT-----A-------AAA--A--T-GACATAATACAA---TGT--C----C--ACA--AT-A---T---A--T---T-T-ATT-TTTA-T-G---TTTG-A-TTT---G------TT-C-TGCTTGCATA-----TA-TA-AA--AA--TACATGAA
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consensus : AGTACTTNAAAGTACTGATAGCCGGNC----T-T-------T-AATA--A---A-----T--AT-TCA----TACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATTATTGTA-GCGTTTGGTTT-A-TTT---TATGCAA----C--A------T-------TT--TT-----A-------AA-------------A--A--T--GACATAATACAA---TGTCC--ACA---ATA-----TATTT-TTATTG--------TTTGA-TTT---G--TT-C-TGCTTGCATA-----TA-TA-AA--AA--TACATGAA
Reference ( family-9 ) : AGTACTTNAAAGTACTGATAGCCGGNC----T-T-------T-AATA--A---A-----T--AT-TCA----TACGCCTTCCT--AA-TTTGATTGA---TATTATTGTA-GCGTTTGGTTT-A-TTT---TATGCAA----C--A------T-------TT--TT-----A-------AA-------------A--A--T--GACATAATACAA---TGTCC--ACA---ATA-----TATTT-TTATTG--------TTTGA-TTT---G--TT-C-TGCTTGCATA-----TA-TA-AA--AA--TACATGAA
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gi|26 : aaATACGC---CGTCC--TAA---ATT-----GATTG-ATATTA--------TT-GG-TTT---G--TTTC-TGCTTGCTTA-----TA-T--TG--AA--TACATAAActgcttgcttatattgaatacataaaaa
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