lowQualScore : 1 1111 1111111 1111111111111 33333333333 444444 222222222222222 1111111111 11 11
lowQualScore : 2 2 22 1111 6666666 666 33 2 555 4444444444444 0 999 333 2 2 22 6 999 99999999999 8 1 555 777777 1 555555555555555 88888888888 3333 444444 555555 55555 1 3333333333 3 4 6 1 444444 0 1 1 6 11 22 22 44 1 333 333 4 5 1 777
lowQualScore : . . .. .... ....... ... .. . ... ............. . ... ... . . .. . ... ........... . . ... ...... . ............... ........... .... ...... ...... ..... . .......... . . . . ...... . . . . .. .. .. .. . ... ... . . . ...
lowQualScore : 7 4 22 6666 9999999 000 22 5 444 3333333333333 4 000 555 0 0 66 9 000 00000000000 6 9 222 555555 8 333333333333333 66666666666 9999 333333 777777 33333 4 4444444444 0 6 0 6 666666 3 1 5 3 44 33 33 66 7 222 333 3 4 1 000
consensus : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAACACATNTCAG--GTTA-TA---NATGG--CAT--A-TC---CA---CA--------TTTCAGGTTATATATGGC---AT-A-T--CCAGTTTNATTGGTGGAGG--AAGA--CCTCAGAAT-GA---ATC----CTGAGTAGAA-CCACCG------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAG--T--TT-TTG----GAG---C-GAGCNGGACTCGAACCTACGA-C------CTTAGCGGTG-AGAGGTA-AGTG--A--T-CTTGA-GACGGCG---CCT---TAGACCACTCGGCC--ACAGAGG
Reference ( gi|1 ) : AATGGGGT-TTAACGCGATTTTCAACACATTTCAA--ATTA-TA---AATGG--TAT--A-TC---CA---TA--------TTTCAGGTTATATACGAC---AT-A-T--CTAGTTTAACTGGTGGTGG--GAAC--CCTCAGACT-GA---ATCAGA-CTGAGTAGAA-CCAACA------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAG--T--TT-TTG----AAG---C-GAGCGGGACTCGAATCTACGA-C------CTTAGCAGTG-AGAAGTT-AGTG--A--T-ATTGA-GACGGCA---CCT---TAGACTACTCAGTC--GCAGAGG
gi|10 : AATATGGT-TTAACGCCATTTACAACACACTTCAG--GTTA-TA---CATGGCATAT--A-TC---CA---T---------TTTAAG
gi|45 : tttaagATGGGGT-TTAACGCAATTTTCAACACATacatcagaagaatattagtagaaccaccgatcttccgcaagtctctgacaaactttctcacgttttcggatcgaacctatgaccttagtggtgagtaataagtgatcttgagattgcacctcagatcattcggccaagga
gi|11 : ttttgGGGGT-TAAACGTCATTT-CTTCACATTTCAG--GTTA-TA---TACGG--CGT--A-TC---AA----G--------TTTCA
gi|12 : aaGGGTT-TTAACGCCATTTTCAACACATGTCAG--GTTA-CA---TACGG--CAT--A-TC---CA---ttggtgttggaagacctcagaatgaatctgagtagaaccaccgttctcccgcaagtaattgccaactttcttatataaaactttggagcaagcgaaactcgaacatacggtgttcttgagacgacgcaatggaccacttggtcacagatg
gi|17 : GGGT-TTAACGCAATTTTTAACACATTTTAgttatattggtggaggaagacctcaaaattaagactgcaagtaactgacaaactttctcacatatagtttatggggtgagcaggactcgaacctacgacataagtagtgggaggtaagcgattttgagacggcgccctagaccatttgagcacag
gi|30 : tGGGTGTTAATGCCATATCCAACACATGGCAG--GTTA-GG---TATGG--CAT--A-TCCAACA---CA--------TGACAGGTTATGTATGGC---AT-A-T--Cgttttactgattgacgaagacctcagtatgaatctgagtagaactaccgtccattagggaattttctcacataaagtttttggatcgagcgagactcgaacatacagccttagcggtgagaggtaagtgatcttgagacggcgccttataccactcggtaacagaggac
gi|4 : tttttaagcGGG-TTAACGCCATTT-CAACACATCCCAG--GTTA-TA---AATGG--CAT--A-------A----A--------T---------------------T-A-T--CCAGTAAAACTGTCAGAGG--AAGA--CCTCAGACT-GA---AT-----CTGAAAAGAA-CCACCG------------TTTTT-----------CCGCAAGTG----ACTTGTAAATTTT------CTG------AC--AACGCAT--TT-TTG----GAA---C-GATCGA-----GAATCTA--A-A------CTTACCGGTG-AGAAGTA-AGTG--A--T-CTTGA-GACAGCG---TCT---TCAACCACTCGGAC--ACGGAGc
gi|14 : GGT-TTAGCGCAATTTTCAACACATTTCAG--GTCAGT------TTG--CAT--A-TC---CGGTTTA--------TTT
gi|9 : GGT-TTAACGCAATTTTCAACACATGGCCG--GTTA------AAT--------------------------------------CTATATATGGC---AT-A-T--CCAGTTCCATTAGTAGAAG--AAGA--CATTATAAT-GA---ATC-----TGAGTAGAA-CCATCG------------TCCTG-----------TCGCAAGTA----ATTGGCAAACTTT------CTTGTAGTAACATA-----------TTG----GAC---T-GAACTGGGCTTGGACCCACGA-C------CTCAGCGGCG-AGAGGTA-AGTG--G--C-A-----------A---TCT---TAGACCACTgtgaagaatgacgtcagaatgaatccttccgcaagtaactggcaaaccttcacacaatttggaccgagcgagactcgaacctacgaccttagtcttagcggtgatatgttagtgattatgaggcggcgcgttataccactcggccaccg
gi|23 : GGT-TCAGCGCAATATTCAACATATAATAA--GTTA-TA---TATGG--CAT--gggc
gi|8 : attaGT-TTAATGCCATTTTTAACACATTTCAG--GTGA-CA---TATTG--CAC--ACTC---CA---Ttcacgtttattggtaaatgaagaccacagatggatgtgtatgaatctgaacgaaatgacacatttcgcaaataatt
gi|5 : tgcaT-TTAACACCATTTTCAACACATTTCAGGTATTA-T-----ATGG--TAT--A-TC---CA---ggaggaagacctcggaataaatctgagtagaatcgtcgtccttccacgagtaactggcaaactttctaacataaattttttggagcaagcaggacttaaacttatgaccttagcagcgagaggtaagtgatcttgagacagcgccttaaaccacttggccaca
gi|2 : tgt-TTAACGCTACTTTCAACATATGCCAA--GTT--------------TAT--A-T-----A---TG-----------------ACATATGAC---AT-A-T--CCAGTTTAATTGGT--TGA--AGA-------AGACT-AACACATTATT-CTGAGTAAAA-TCACCGTCGCTACCCATCTCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGAGAAACTTT------CTC------ACAAAAAG--TTATT-TTG-----AT---C-AAACTGAACCCGAACCCACGA-C------CTAAGTAATG-AGAgttttgctaataaaggaagacctcagactaagtagagccaccatcattccgcaagtaactggcaaactttctcacataaactttttggagcgagcgggactctaacctaagacctttgtggtgagaggtaagtgatcttaagatggcgccttagaccacttggccatgggg
gi|33 : a-TTAATGCCATTTTCAACACATGAGGG--GTTA-T-----ATAG--CAT--A-TC---CA---gatatgtggtccttaaccgttgtaaaataaactcggtcacggag
gi|43 : -TTAATGCCATTTTCAACACATTTCAG--GTTA-TA---gtataactggtggaggaaaaccacctcagaatgaatc
gi|16 : ttaaAACGCCTTTTTCAACACATTTCAG--GTTA-TA---TATGG--CAT--A-TC---CA---ta
gi|28 : AATACCATTTTCAACACATAACAG--GTTA-TGTATAATGG--AAT--A-TT---CA---gttttattggtgaagggagacctcagactgaatctgagtagaaccaccgtccttcttaagttactggcaaacgttctcacataaagttgttggaggtctccaaccttagaccttaatggtggtcctgagacaacaccttgaaccacgccgccacaga
gi|6 : tgATTTTCAACACATTTCAG--GTTA-TA---gttttatgggtggaggaagaactcagaatatcgaatctgagtagaaccgccatcctcg
gi|18 : attcc--ATTA-TA-----TGG--TAT----TT---TA---TAAGAATCCGTTTCAGGTTATAAACGGC----T-A-T--CCAGTTtatgcattatccagttttattggtggaagaaaacctcagatttgaatcggagtagaaccccgtccttccgcaagtaactggcaaacttttgtacataattattttggagcgagcgggactcaaacctacgaccttaacggtgaaaggtaggtgatcctgagacggcatcttagaccaatcggtcacggag
gi|11 : tc-TA---AACGT--CAT--T-TCTT-CA---CA--------TTTCAGGTTATATACGGC---GT-A-T--CAAGTTTCATTGGTGTTGG--AAGA--CCTCAGAAT-GA---AT-----CTGAGTAGAA-CCACCG------------TTCTC-----------CCGCAAGTA----ATT-GCCAACTTT------CTT------ATATAAAA-----CT-TTG----GAG---C-AAGCGAAACTCGAACATACG-----------------------------GTG--T--T-CTTGA-GACGACG---CAA---TGGACCACTTGGTC--ACAGAgtattgagtagaaccagcgtccttctgcaagaaactggaaagtcacataaagcttttggagtgagcgtgacttgaacctacgaccttagcggtgagaggtaagtgattttgagacagcaccttagaccacttggtcaagcagga
gi|3 : aaggggtA---AATGG--TTTTAA-TC----A---CA--------TGACAGGCTATATATGGC---AT-C-G--ACAGTTTATCAGGCTGAAG--AAGA--CCTAAGAAT-GA---ACC-----TTAGTAGAA-CCTCCA------------TCCTT-----------CCATAAGTA----ACTGGTAAACTTC------CTC------ACTTGAAG--G--TT-Ttg
gi|6 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttaggg---CA---CA--------TTTCAGGTTATATATG-C---ATTA-T--CCAGTTTTATTGGTGGAAG--AAAA--CCTCAGATTTGA---ATCGGA-----GTAGAA-CCC-CG------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------TGT------ACATAATT--A--TT-TTG----GAG---C-GAGCGGGACTCAAACCTACGA-C------CTTAACGGTG-AAAGGTA-GGTG--A--T-CCTGA-GACGGCA---TCT---TAGACCAATCGGTC--ACGGAGcaagacctcagcgatgagagatactcggtcataaaacgacatcgcattagat
gi|5 : attccattttcaa---CA---CA--------TTTCAGGTATTATATGGT---AT-A-T--CCAGTTTTGCTAATAA-AG--GAA--------GACC-------TCAGA-CTAAGTAGAG-CCACCA------------TCATT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAC--T--TT-TTG----GAG---C-GAGCGGGACTCTAACCTAAGA-C------CTTTGTGGTG-AGAGGTA-AGTG--A--T-CTTAA-GATGGCG---CCT---TAGACCACTTGGCC--
gi|8 : tgttttaacaccattttcaa---CA---CA--------TTTCAGGTGACATATTGC---AC-ACT--CCA----------TGGAGG--AAGA--CCTCGGAAT-AA---AT-----CTGAGTAGAA-TCGTCG------------TCCTT-----------CCACGAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTA------ACATAAAT--T--TT-TTG----GAG---C-AAGCAGGACTTAAACTTATGA-C------CTTAGCAGCG-AGAGGTA-AGTG--A--T-CTTGA-GACAGCG---CCT---TAAACCACTTGGCC--ACAatgggg
gi|16 : tgcagtttaatgccatttttaa---CA---CA--------TTTCAGGTTATATATGGC---AT-A-T--CCAGTTTTATTGGTGAAGG--GAGA--CCTCAGACT-GA---AT-----CTGAGTAGAA-CCACCG------------TCCTT-----------CT-TAAGTT----ACTGGCAAACGTT------CTC------ACATAAAG--T--TG-TTG----GA-----------GGTCTCCAACCTTAGA-C------CTTAA------------T-GGTG--G--T-CCTGA-GACAACA---CCT---TGAACCACGCCGCC--ACAGA
gi|12 : aacgcctttttcaa---CA---CA--------TGTCAGGTTACATACGGC---AT-A-T--CCAGTTATATTGGTGGAGG--AAGA--CCTCAAAAT-TA---A---GA-CTG---------------------------------------------CAAGTA----ACTGACAAACTTT------CTC------ACATATAG--T--TT-ATG----GGG---T-GAGCAGGACTCGAACCTACGA-C------ATAAGTAGTG-GGAGGTA-AGCG--A--T-TTTGA-GACGGCG---CCC---TAGACCATT
gi|14 : gggttttaacgccattttcaa---CA---CA--------TTTCAGGTCA-GTTTG-C---AT-A-T--CCGGTTTA-TTTGTGA---------------AGAAT-GAC--GTCAGA-ATGA------------A------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACCT--------TC------ACACAA--------T-TTG----GAC---C-GAGCGAGACTCGAACCTACGA-CCTTAGTCTTAGCGGTG-ATATGTT-AGTG--A--T-TATGA-GGCGGCG---CGT---TATACCACTCGGCC--Atgagcacag
gi|10 : ggtttagcgcaattttcaa---CA---CA--------CTTCAGGTTATACATGGC---AT-A-TATCCATTTTAA------------GA----CATCAGAA--GA---AT---A-TT-AGTAGAA-CCACCG------------ATCTT-----------CCGCAAGTC----TCTGACAAACTTT------CTC------AC-----G--T--TT-TCG----GA---------------TCGAACCTATGA-C------CTTAGTGGTG-AGTAATA-AGTG--A--T-CTTGA-GATTGCA---CCT---CAGATCATTCGGCC--cg
gi|7 : tttaagaatatggtttaacgccatttacaa--------TTTCAGGTTATATATGGC---AT-A-T--TAAATTTTATTGGTGAAAG--ATAA--TCTCATAAT-GA---AT--G---TGGGTAGAA-CC-------------------CT-----------CCGCAAGAA----AATGGTAAACCTT------CTC------AAATAAAG--T--TTATTG----A-G---C-GAACGGTACTCGAACATATGA-C------CTTAGCAATG-ATGGGTG-AGTG--A--T-TTTTA-GAGGGCG---CAT---T-GACTACTCGGCC--ACGGAGaagga
gi|15 : ggagtttgacgccatttccgacacCAGGTTGTACATAGC---AT-A-T--CATGTTTTATTGG--------------CCCCAAAAT-AA---ATC-----TAAGCAGAA-CCAAAG------------GTTTA-----------TTATGAGTA----ACTG------TTTCTCCTACTC------ATATGAAG--T--TT-TTG----GA----C-GGACTGGGCTCGAACACGCGA-C------TTAGGCGATC-AGAGGT
gi|28 : aacagtagtccggtggtattttcgacgtttgcaaaacgtgaCAGGTTATGTATAATGGAAT-A-T--TCAGTTTTATGGGTGGAGGAAGAAC----TCAGAAT------ATCGAATCTGAGTAGAA-CCGCCA------------TCCTatatgttcattaga
gi|33 : tgaataccattttcaacacataaGGTTATATA--GC---AT-A-T--CCAGTATAACTGGTGGAGGA-AAACCACCTCAGAAT-GA---ATCcg
gi|13 : ttaatgccattttcaacacatgaggTTATATATGGC---AT-A-T--CCAGTTGTTTTGGTGGAGC--AAGA--TCTCAGAAT-GA---ATC-----TGAATAGAA-CCGCCG------------TCCTTGGTTCTTGAAATCGCAAGTA----ACTGACAAACTGT------CTT------AC-TAAAC--T--TT-TTT----GTG---C-GAGCAGGACTCAAACCTACGA-C------CCTAGCGATG-AGAGGTA-AGTG--A--T-CTGGA-GACGGCG---CC
gi|17 : tttaatatatatgtataactAC---AT---T--TTAGTTTTACTGATTGACG--AAGA--CCTCAGTAT-GA---ATC-----TGAGTAGAA-CTACCG------------TCC--------------------------ATTAGGGAATTTT------CTC------ACATAAAG--T--TT-TTG----GAT---C-GAGCGAGACTCGAACATACAG-C------CTTAGCGGTG-AGAGGTA-AGTG--A--T-CTTGA-GACGGCG---CCT---TATACCACTCGGTA--ACAGAGG
gi|44 : tgggtttaacgcaatttttaac--CCAGTCTAATTGGTGG-AG--AAACA-CCTCAGAAT-GA---ATac
gi|46 : AGTTTTACTGGTGGAGG--AAGA--CCTCAGACT-GA---
gi|29 : cAGAAT-GA---ATC-----CGAGTAAAA-CTA----------------------------------CA-GTA----ACTTTCAAACATT------CTCA-----AAATAAAG--T--TT-T------AAGATTC--AACTGGACACAAATCCATAATC------CCCAGCAGTG-AGAGG
gi|18 : A-TTGAGTAGAA-CCAGCG------------TCCTT-----------CTGCAAGAA----ACTGGAAAG-----------TC------ACATAAAG--C--TT-TTG----GAG---T-GAGCGTGACTTGAACCTACGA-C------CTTAGCGGTG-AGAGGTA-AGTG--A--T-TTTGA-GACAGCA---CCT---TAGACCACTTGGTCAAGCAGcaa
gi|21 : tcattatatggtattttataagaatccgtttcaggttataaacggctatccagttgt-CCGATTAACA-CCACCG------------TCATT-----------CCACAAGTA----ACGGATACACTTT------CT--------CATAAAG--TG-TT-TTA----GAC---C-GATATGGTCTCGAACTCACGA-C------GTCAATAGTGCA-----T-ACTG-----T-CTTGA-CACAGCG---CAT---TATACga
gi|20 : agaaatgacatctagttttatctAGAATCCAA-A-------------CTTT-----------CAGCAGGTATCTGGCTGGCAAGCTTC------CTC------ACATAAGT--T--TT-TTT----AAA---CTGAGCTGGTTTCAAACCCATGA-C------TTCAACGATG-AGAcggccatgagg
gi|38 : aatgatattttcaacacattaagtattatatttggtgtccagttctaatgatggaggaAGAA-CCACCA------------TTCTT-----------CAGCAAGGT----ACGCACAAATTTT------CTC------ACATAACG--T--TT-TTGGTCCAAG---C-Gtataaaacttctggaggcaacatctt
gi|24 : CAACGG-----------TCTTT-----------CAACAAGTA----ATT--------TT------CTG------ATATACAG--A--AT-TTG----AAC---C-GTGCTGGGCTTGAACCCGCGG-C------AA-AGCAGTG-AAAGGTTAAGTA--A--T-CTTTG-GCCAACA---TTT---TAAACCAC
gi|26 : TGGCAATCTTT------CTC------ACATAAAG--T--TT-T------AAGA--CAGAGCTAAGCTCGAACCCACAA-C------CTCAGTGATG-AGAGGTA-AGTG--G--TCATT-A-GACGTCA---ACTCCATGGAGCACTTGGCT--GCAGatg
gi|27 : CAAACTCT------CTT------TCACACTG--T--TT-TTA----GAC---T-GAGGTAGGCTCAAGACGATGA-C------CTCGGCAGTG-AGAGGTA-AGTG--G--T-CTTGA-G
gi|47 : AAACTTT------CTC------ACATAAAG--T--TC-TTG----AAC---C-GAGgttaggccttacacctcttgagcactgaggg
gi|19 : CTTT------CTC------ACATGGA-------------------------AGTGGGATTCGCCTCTACGA-A------CTTAGCGGTG-GGAA----AG-A--A--T--TTGA-GACGACG---TAT---TTGACCATTC
gi|35 : ttttatatcattttcaacacaattcaggttataaaactatattggatatccagttttactgctagaataaataaatatgtctagtagaaccgTTT------CTC------ACATAAAG--G--TT-TTG----GAC---G-GAGCgaccatggtga
gi|31 : tT-TTG----A-G---T-TAGCTGGATTTGAA-CT-C-A-T------CATGGTAGTG-AGA-GTT--GTGTTA--T-ATTGA-AATGACAATTCCC---TAGACTACCCAGTctgtcttacagtcggtgaaatgtaagtggtcattaga
gi|37 : AGTAGGGCTCAAACCTATGA-C------CTTAGGGATC-AGAGGTA-AATG--A--T-tactga
gi|36 : TAGCAGTG-AGAAGTT-AATG--GTTT-ATTGACAACAACA---CTA---TGGACAACTCTGCC--ACAGAAGcctaacccaatccaccacagag
gi|25 : AGCGGTG-AGATGTG-ATTG--A--TTAT--A-GACAGCG---TCA---TACACTACTCGGTC--gaacca
gi|42 : taAAGTC-AGTG--A--T-TTTGA-GACAATG---TCT---TAAACCCCTCAGCT--ACAaggactgatgacctaagcggtaagatgtgattggttatagacagcgtcttacacaacttggtca
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACCGTTGTTCTTGTGCATGTGATCAACACACGCTCTAATATTAATTATAGGAACCTAGCTTAACTTGAACCAACGACCATAGCGTAAGAAGTGGGCTATCTTAAAACAGTGGCTTAGATCAATTGGCCACAGT
Unaligned ( gi|32 ): CGAACCTACAACTTTAAAGATGAAATGTGCTGGGTCATTAAAAAACAGCACTTTAGACCACTTGGCCACAAAGTAGCGCCAATT
Unaligned ( gi|34 ): TGGCAAACCTTCTCGTATTAAATTTTTTTTCGACTGAACTGGATTAAACAACAACTTAAACTTCAACAATGAGA
Unaligned ( gi|39 ): AGTGAGTGGCAAGTGGTCTTAAGACAGCAACTTGGACAACTTCGCCATGTTG
Unaligned ( gi|40 ): CCCCACATTAATGGCTATAAAATTAAATTTTAACAGTTGTATCAAAGACAT
Unaligned ( gi|41 ): CTCTGAACTTGTGATTTATATCGGTTTGTATAAAAGTAAAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 4444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 2 1 44 1 5555555555555555555555555555 22 1 1 7 1 1 222 22 666666666 444 99999 2 99999999999999999999999999 5555 999999 44444 1 9 1 1 3 222 11 1 333333 1 0 1 1 1 11 1 11 0 222 1 222 222 22 0
lowQualScore : . . .. . ............................ .. . . . . . ... .. ......... ... ..... . .......................... .... ...... ..... . . . . . ... .. . ...... . . . . . .. . .. . ... . ... ... .. .
lowQualScore : 4 8 88 9 4444444444444444444444444444 44 7 7 8 6 6 999 33 444444444 444 00000 3 77777777777777777777777777 4444 000000 44444 3 3 3 2 7 333 88 3 777777 2 5 2 2 2 77 2 88 1 444 4 444 555 11 3
consensus : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCATA-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-G-AGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
Reference ( family-765 ) : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATNTCAGGTT-ATANATGGCATA-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTNATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGAGC-G-AGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACAGAGG
gi|1 : AATGGGGT-TTAACGCGATTTTCAA-CACATTTCAAATT-ATAAATGGTATA-TC---C-A-TA-TTT--CAGGT--TATATACGACAT-A-TCTAGTTTAACT-G-GTGGTGGGAA---CCCT--CAGA---------CT---GAATCAGACTGAGTAGAACCAACATC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGAAGC-G-AGCGGGACT---CG--AATCTACGA-C------CTTAG-CAGTGAGAAG-TT-AGTGATA-T--TGA-GA--CGG---C-A---CCT---TAGACT--ACTCAGTCGCAGAGG
gi|10 : AATATGGT-TTAACGCCATTTACAA-CACACTTCAGGTT-ATACATGGCAT------------------------------------AT-A-TCCATTTT--------------AAG---ACAT--CAGA---------A----GAATA---TT-AGTAGAACCACCGAT------------CTT-----------CCGCAAGTC----TCTGACAAACTTTCTC------AC-----G---T-T-TTCGGA-------------T---CG--AACCTATGA-C------CTTAG-TGGTGAGTAA-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--TTG---C-A---CCT---CAGATC--ATTCGGCCA
gi|11 : tttaagTAAACGTCATT-TCTT-C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATACGGCGT-A-TCAAGTTTCATT-G-GTGTTGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTT------------CTC-----------CCGCAAGTA----ATT-GCCAACTTTCTT------ATATAAAA-----C-TTTGGAGC-A-AGCGAAACT---CG--AACATACG------------------------------GTGTTC-T--TGA-GA--CGA---C-G---CAA---TGGACC--ACTTGGTCACAGAagga
gi|12 : aaggggtGGGTT-TTAACGCCATTTTCAA-CAC---------------ATG--------------------T--CAGGT--TACATACGGCAT-A-TCCAGTTATATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAAA---------AT---TAA------------GA-----------------------------------CTGCAAGTA----ACTGACAAACTTTCTC------ACATATAG---T-T-TATGGGGT-G-AGCAGGACT---CG--AACCTACGA-C------ATAAG-TAGTGGGAGG-TA-AGCGATT-T--TGA-GA--CGG---C-G---CCC---TAGACC--ATTTGAGCACAGtg
gi|13 : T--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTGTTTT-G-GTGGAGCAAG---ATCT--CAGA---------AT---GAATC----TGAATAGAACCGCCGTC------------CTTGGTTCTTGAAATCGCAAGTA----ACTGACAAACTGTCTT------AC-TAAAC---T-T-TTTTGTGC-G-AGCAGGACT---CA--AACCTACGA-C------CCTAG-CGATGAGAGG-TA-AGTGATC-T--GGA-GA--CGG---C-G---CC
gi|14 : tttaatatatatgtataactGGT-TTAGCGCAATTTTCAA-CACATTTCAGG------------------------------T--CAGTT--T-------GCAT-A-TCCGGTTT-ATT-T-GTGAAGAATG---ACGT--CAGA---------AT---GAATC---CT------------------------------T-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACCT--TC------ACACAA---------TTTGGACC-G-AGCGAGACT---CG--AACCTACGA-CCTTAGTCTTAG-CGGTGATATG-TT-AGTGATT-A--TGA-GG--CGG---C-G---CGT---TATACC--ACTCGGCCAC
gi|15 : CGACGTTTGCAA-AACGTGACAGGTT-GTACATAGCATA-TC---cg
gi|15 : aacagtagtccggtggtatttt--CAGGT--TGTACATAGCAT-A-TCATGTTTTATT-G-G-------------CCC--CAAA---------AT---AAATC----TAAGCAGAACCAAAGGT------------TTA-----------TTATGAGTA----ACTG------TTTCTCCTACTCATATGAAG---T-T-TTTGGA-C-G-GACTGGGCT---CG--AACACGCGA-C------TTAGG-CGATCAGAGG-TA-TATGTTC-A--TTA-GA--atgttttattggccccaaaataaatctaagcagaaccaaaggtttattatgagtaactgtttctcctactcatatgaagtttttggacggactgggctcgaacacgcgacttaggcgatcagaggtatatgttcattaga
gi|16 : aacagtagtccggtggtattttcgacgtttgcaaaacgtgaAACGCCTTTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCATA-TC---C-A-
gi|16 : ---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGAAGGGAG---ACCT--CAGA---------CT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CT-TAAGTT----ACTGGCAAACGTTCTC------ACATAAAG---T-T-GTTGGA---------GGTCT---CC--AACCTTAGA-C------CTTAA-TG-------------GTGGTC-C--TGA-GA--CAA---C-A---CCT---TGAACC--ACGCCGCCACAGAgttttattggtgaagggagacctcagactgaatctgagtagaaccaccgtccttcttaagttactggcaaacgttctcacataaagttgttggaggtctccaaccttagaccttaatggtggtcctgagacaacaccttgaaccacgccgccacaga
gi|17 : aacgcctttttcaaGGGT-TTAACGCAATTTTTAA-CACATTTTAGTTT-
gi|17 : tAGTTTTACT-G-ATTGACGAAG---ACCT--CAGT---------AT---GAATC----TGAGTAGAACTACCGTC------------C--------------------------ATTAGGGAATTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGATC-G-AGCGAGACT---CG--AACATACAG-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--CGG---C-G---CCT---TATACC--ACTCGGTAACAGAGGtactgattgacgaagacctcagtatgaatctgagtagaactaccgtccattagggaattttctcacataaagtttttggatcgagcgagactcgaacatacagccttagcggtgagaggtaagtgatcttgagacggcgccttataccactcggtaacagaggac
gi|18 : tgggtttaacgcaatttttaacacatttt-CG-TTT--CAGGT--TATAAACGGC-T-A-TCCAGTTGTATT-GAGTAGAac
gi|18 : tcattatatggtattttataagaatcTGAGTAGAACCAGCGTC------------CTT-----------CTGCAAGAA----ACTGGAAAG-----TC------ACATAAAG---C-T-TTTGGAGT-G-AGCGTGACT---TG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATT-T--TGA-GA--CAG---C-A---CCT---TAGACC--ACTTGGTCAaccagcgtccttctgcaagaaactggaaagtcacataaagcttttggagtgagcgtgacttgaacctacgaccttagcggtgagaggtaagtgattttgagacagcaccttagaccacttggtcaagcagga
gi|19 : tcattatatggtattttataagaatccgtttcaggttataaacggctatccagttgtatT-TTTATATCATTTTCAA-CACAATTCAGGTT-ATAAA---------------A-C--------------TATAT-TGG-AT-A-TCCAGTTTTACT-G----------------CT---AGA---------AT---AAAT------AAATA-------TGTC------------T------------------AGTAGA--ACCG-----CTTTCTC------ACAT--------------GGA-----AGTGGGATT---CG--CCTCTACGA-A------CTTAG-CGGTGGGA----A-AG-AAT--T--TGA-GA--CGA---C-G---TAT---TTGACC--ATTCGACCAagcagga
gi|2 : -TTAACGCTACTTTCAA-CATATGCCAAGTTTATATATGACATA-T------------------------------GACAT-A-TCCAGTTTAATT-G-GTTGAAGAAG---AC-TAACACA---------TT-----ATT---CTGAGTAAAATCACCGTCGCTACCCATCTCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGAGAAACTTTCTC------ACAAAAAG---T-TATTTTGATC-A-AACTGAACC---CG--AACCCACGA-C------CTAAG-TAATGAGAGA-TA-TGTGGTC-C--TTA--A--C-----C-G---TTG---TAAAATAAACTCGGTCACGGAGtggtga
gi|20 : a---C-A-CA-TT----AAGTATTATATTTGG--T-G-TCCAGTTCTAAT-G-ATGGAGGAAG---A-------------------------ATC---C------AAACT-------------------TT-----------CAGCAGGTATCTGGCTGGCAAGCTTCCTC------ACATAAGT---T-T-TTTTAAACTG-AGCTGGTTT---CA--AACCCATGA-C------TTCAA-CGATGAGATA-TA-AAACTTC-T--GGA-GG--CAA---C-A---TCT---T
gi|21 : aatgatattttcaaATCT--CCGATTAACACCACCGTC------------ATT-----------CCACAAGTA----ACGGATACACTTTCT--------CATAAAG---TGT-TTTAGACC-G-ATATGGTCT---CG--AACTCACGA-C------GTCAA-TAGT-----G-CATACTG-TC-T--TGA-CA--CAG---C-G---CAT---TATAC------CGGCCAT-GAGG
gi|22 : agaaatgacatctagttttACCGTTGTT------------CTT-----------GTGCATGTG----ATCAACACACGCTCTA------ATATTAA----T-T-ATAGGAAC-CTAGCTTAACT---TG--AACCAACGA-C------CATAG-CG-TAAGAAG-TG-GGCTATC-T--TAA-AA--CAG---T-G---GCT---TAGATC--AATTGGCCACAG
gi|23 : GGT-TCAGCGCAATATTCAA-CATATAATAAGTT-ATATATGGC--A-TT---C-A-CG-TTT--t
gi|23 : attaATA-TT---C-AACA-TATAATAAGT--TATATATGGCAT---TCACGTTT-ATT-G-GTAAATGAAG---ACCA--CAGATGGATGTGTAT---GAAT----CTGAACGAAATGACA--C------------ATT-----------TCGCAAATA----ATTattggtaaatgaagaccacagatggatgtgtatgaatctgaacgaaatgacacatttcgcaaataatt
gi|24 : attaggttcagcgcaACGGTC------------TTT-----------CAACAAGT------------AATTTTCTG------ATATACAG---A-A-TTTGAACC-G-TGCTGGGCT---TG--AACCCGCGG-C------A-AAG-CAGTGAAAGGTTA-AGTAATC-T--TTG-GC--CAA---C-A---TTT---TAAACC--AC
gi|25 : caAG-CGGTGAGATG-TG-ATTGATT-A--T-A-GA--CAG---C-G---TCA---TACACT--ACTCGGTCAatg
gi|26 : taTGGCAATCTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTAAGACA-G-AGCTAAGCT---CG--AACCCACAA-C------CTCAG-TGATGAGAGG-TA-AGTGGTC-A--TTA-GA--CGT---C-A---ACTCCATGGAGC--ACTTGGCTGCAGggactgatgacctaagcggtaagatgtgattggttatagacagcgtcttacacaacttggtca
gi|27 : CAAACTCTCTT------TCACACTG---T-T-TTTAGACT-G-AGGTAGGCT---CA--AGACGATGA-C------CTCGG-CAGTGAGAGG-TA-AGTGGTC-T--TGA-GG--TTA---G-G---CCT---TACACC--TCTTGAGCACTGAGG
gi|28 : AATACCATTTTCAA-CACATAACAGGTT-AT-----GTATA------------------------------ATGGAAT-A-TTCAGTTTTATG-G-GTGGAGGAAG---AACT--CAGA---------ATATCGAAT----CTGAGTAGAACCGCCATC------------CTg
gi|29 : tgAGA---------AT---GAATC---C-GAGTAAAACTAC-----------------------------------AGTA----ACTTTCAAACATTCTCA-----AAATAAAG---T-T-TTAAGATT-C-AACTGGACA---CA--AATCCATAATC------CCCAG-CAGTGAGAGG-CA-Acg
gi|3 : TTTTAATCACATGACAGGCT-ATATATGGCAT
gi|3 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatgg---C-A-CA-TGA--CAGGC--TATATATGGCAT-C-GACAGTTT-ATCAG-GCTGAAGAAG---ACCT--AAGA---------AT---GAA-C---CTTAGTAGAACCTCCATC------------CTT-----------CCATAAGTA----ACTGGTAAACTTCCTC------ACTTGAAG---G-T-TT-----C-A-A----------------------GA-C------CTCAG-CGATGAGAGA-TA-CTCGGTC-A--TAA-AA--CGACATC-G---CAT---TAGAcgacagtttatcaggctgaagaagacctaagaatgaaccttagtagaacctccatccttccataagtaactggtaaacttcctcacttgaaggtttcaagacctcagcgatgagagatactcggtcataaaacgacatcgcattagat
gi|30 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatggttttaatGGGTGTTAATGCCATATCCAA-CACATGGCAGGTT-AGGTATGGCATA-TCCAAC-A-CA-TGA--CAGGT--TATGTATGGCAT-A-TCCt
gi|31 : tttttaagcTTTGAGT-T-AGCTGGATT---TG--AACTCATCA----------TGG-TAGTGAGAGT-TG-TGTTATA-T--TGA-AA--TGA---C-AATTCCC---TAGACT--ACCCAGTTACTGA
gi|32 : ---CG--AACCTACAA-C------TTTAA-AGATGAAATG-TG-CTGGGTCAT--TAA-AAAACAG---C-A---CTT---TAGACC--ACTTGGCCACAAAG
gi|33 : -TTAATGCCATTTTCAA-CACATG--AGG-----------------------------------GGT--TATATA--GCAT-A-TCCAGTATAACT-G-GTGGAGGAAAACCACCT--CAGA---------AT---GAATC---tagcgccaatt
gi|34 : TGGCAAACCTTCTC------GTATTAAATTTT-T-TTTCGACT-G-AACTGGATTAAACAACAACTTA-AA-C------TTCAA-CAATGAGA
gi|35 : TTTCTC------ACATAAAG---G-T-TTTGGACG-G-AGCCTGTCT-----------TAC-------------AGTCGGTGAAATG-TA-AGTGGTC-A--TTA-GA--
gi|36 : tTAG-CAGTGAGAAG-TT-AATGGTT-TATTGACAA--CAA---C-A---CTA---TGGACA--ACTCTGCCACAGAAG
gi|37 : -AGTAGGGCT---CA--AACCTATGA-C------CTTAG-GGATCAGAGG-TA-AATGATC-C--TAA-gaacca
gi|38 : AGAACCACCATT------------CTT-----------CAGCAAGGT----ACGCACAAATTTTCTC------ACATAACG---T-T-TTTGGTCC-A-AGCcccaatccaccacagag
gi|4 : GGG-TTAACGCCATTT-CAA-CACATCCCAGGTT-ATAAATGGCATA----------------------------A-AT----T-A-TCCAGTAAAACT-G-TCAGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GAATC----TGAAAAGAACCACCGTT------------TTT-----------CCGCAAGTG----ACTTGTAAATTTTCTG------ACA--ACGCA-T-T-TTTGGAAC-G-ATC--GA------G--AATCTA--A-A------CTTAC-CGGTGAGAAG-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--CAG---C-G---TCT---TCAACC--ACTCGGACACGGAGg
gi|42 : AAG-TC-AGTGATT-T--TGA-GA--CAA---T-G---TCT---TAAACC--CCTCAGCTACA
gi|43 : a-TTAATGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATA
gi|44 : ttaaCCAGTCTAATT-G-GTGGAGAAAC---ACCT--CAGA---------AT---GAAT
gi|45 : ATGGGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACAT
gi|46 : ttttgCAGTTTTACT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GA
gi|47 : AAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-CTTGAACC-G-AG
gi|5 : T-TTAACACCATTTTCAA-CACATTTCAGG-------------TA-T-------------------------TATATGGTAT-A-TCCAGTTTTGCT-A-ATAAAGGAAG---ACCT--CAGA----------------------CTAAGTAGAGCCACCATC------------ATT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAC---T-T-TTTGGAGC-G-AGCGGGACT---CT--AACCTAAGA-C------CTTTG-TGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-T--TAA-GA--TGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTTGGCCATGGGG
gi|6 : tgtCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATAT-GCAT
gi|6 : att---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATG-CATTA-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAAGAAA---ACCT--CAGA---------TTT--GAATC---G-GAGTAGAACC-CCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTTGT------ACATAATT---A-T-TTTGGAGC-G-AGCGGGACT---CA--AACCTACGA-C------CTTAA-CGGTGAAAGG-TA-GGTGATC-C--TGA-GA--CGG---C-A---TCT---TAGACC--AATCGGTCACGGAGtatccagttttattggtggaagaaaacctcagatttgaatcggagtagaaccccgtccttccgcaagtaactggcaaacttttgtacataattattttggagcgagcgggactcaaacctacgaccttaacggtgaaaggtaggtgatcctgagacggcatcttagaccaatcggtcacggag
gi|7 : attccattttcaaGGAGT-TTGACGCCATTTCCGA-CAC-TTTCAGGTT-ATATATGGCATA-T
gi|7 : CATT-TC---CGA-CACTTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TTAAATTTTATT-G-GTGAAAGATA---ATCT--CATA---------AT---GAATG----TGGGTAGAACC-------------------CT-----------CCGCAAGAA----AATGGTAAACCTTCTC------AAATAAAG---T-T-TATTGAGC-G-AACGGTACT---CG--AACATATGA-C------CTTAG-CAATGATGGG-TG-AGTGATT-T--TTA-GA--GGG---C-G---CAT---T-GACT--ACTCGGCCACGGAGtaaattttattggtgaaagataatctcataatgaatgtgggtagaaccctccgcaagaaaatggtaaaccttctcaaataaagtttattgagcgaacggtactcgaacatatgaccttagcaatgatgggtgagtgatttttagagggcgcattgactactcggccacggag
gi|8 : ggagtttgacgcGT-TTAATGCCATTTTTAA-CACATTTCAGGTG-ACATATTGCACACTC---C-A-
gi|8 : tgca---C-A-CA-TTT--CAGGT--GACATATTGCAC-ACTCCA------------TGGAGGAAG---ACCT--CGGA---------AT---AAATC----TGAGTAGAATCGTCGTC------------CTT-----------CCACGAGTA----ACTGGCAAACTTTCTA------ACATAAAT---T-T-TTTGGAGC-A-AGCAGGACT---TA--AACTTATGA-C------CTTAG-CAGCGAGAGG-TA-AGTGATC-T--TGA-GA--CAG---C-G---CCT---TAAACC--ACTTGGCCACAtggaggaagacctcggaataaatctgagtagaatcgtcgtccttccacgagtaactggcaaactttctaacataaattttttggagcaagcaggacttaaacttatgaccttagcagcgagaggtaagtgatcttgagacagcgccttaaaccacttggccaca
gi|9 : tgcagtttaatgccatttttaaGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACATGGCCGGTT-A--------A-A-TC----------------------TATATATGGCAT-A-TCCAGTTCCATT-A-GTAGAAGAAG---ACAT--TATA---------AT---GAATC----TGAGTAGAACCATCGTC------------CTG-----------TCGCAAGTA----ATTGGCAAACTTTCTTGTAGTAACATA-----------TTGGACT-G-AACTGGGCT---TG--GACCCACGA-C------CTCAG-CGGCGAGAGG-TA-AGT-----------------GG---CAA---TCT---TAGACC--ACTGGGC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AGTGAGTGGCAAGTGGTCTTAAGACAGCAACTTGGACAACTTCGCCATGTTG
Unaligned ( gi|40 ): CCCCACATTAATGGCTATAAAATTAAATTTTAACAGTTGTATCAAAGACAT
Unaligned ( gi|41 ): CTCTGAACTTGTGATTTATATCGGTTTGTATAAAAGTAAAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 11111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 44 1 1 44 77777777777777777777777777777 22 1 1 2 1 1 222 22 666666666 444 99999 2 11111111111111111111111111 5555 999999 44444 1 6 1 3 222 11 0 1 333333 0 1 0 1 1 1 11 222 1 222 222 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. ............................. .. . . . . . ... .. ......... ... ..... . .......................... .... ...... ..... . . . . ... .. . . ...... . . . . . . .. ... . ... ... .. .
lowQualScore : 4 8 22 8 0 99 00000000000000000000000000000 44 7 7 3 6 6 999 33 444444444 444 00000 2 22222222222222222222222222 6666 333333 88888 4 9 4 8 333 88 1 3 888888 1 3 1 3 3 3 99 666 5 666 777 33 2
consensus : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
Reference ( family-765 ) : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
gi|1 : AATGGGGT-TTAACGCGATTTTCAA-CACATTTCAAATT-ATAAATGGTAT---------A-TC---C-A-TA-TTT--CAGGT--TATATACGACAT-A-TCTAGTTTAACT-G-GTGGTGGGAA---CCCT--CAGA---------CT---GAATCAGACTGAGTAGAACCAACATC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGAAGC-GAGCGGGACT---CG--AATCTACGA-C------CTTAG-CAGTGAGAAG-TT-AGTGATA-TTGAGA--CGG---C-A---CCT---TAGACT--ACTCAGTCGCAGAGG
gi|10 : AATATGGT-TTAACGCCATTTACAA-CACACTTCAGGTT-ATACATGGCAT---------------------------------------------AT-A-TCCA-TTTTA-------------AG---ACAT--CAGA---------A----GAATA---TT-AGTAGAACCACCGAT------------CTT-----------CCGCAAGTC----TCTGACAAACTTTCTC------AC-----G---T-T-TTCGGA------------T---CG--AACCTATGA-C------CTTAG-TGGTGAGTAA-TA-AGTGATC-TTGAGA--TTG---C-A---CCT---CAGATC--ATTCGGCCAAGGA
gi|11 : tttaagGGTT-AAACGT--CAT---------T-TCTT-C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATACGGCGT-A-TCAAGTTTCATT-G-GTGTTGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTT------------CTC-----------CCGCAAGTA----ATT-GCCAACTTTCTT------ATATAAAA-----C-TTTGGAGC-AAGCGAAACT---CG--AACATACG------------------------------GTGTTC-TTGAGA--CGA---C-G---CAA---TGGACC--ACTTGGTCACAGA
gi|12 : aaggGGGTT-TTAACGCCATTTTCAA-CAC---------------ATG-----------------------------T--CAGGT--TACATACGGCAT-A-TCCAGTTATATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAAA---------AT---TAA------------GA-----------------------------------CTGCAAGTA----ACTGACAAACTTTCTC------ACATATAG---T-T-TATGGGGT-GAGCAGGACT---CG--AACCTACGA-C------ATAAG-TAGTGGGAGG-TA-AGCGATT-TTGAGA--CGG---C-G---CCC---TAGACC--ATTTGAGCACAtg
gi|13 : T--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTGTTTT-G-GTGGAGCAAG---ATCT--CAGA---------AT---GAATC----TGAATAGAACCGCCGTC------------CTTGGTTCTTGAAATCGCAAGTA----ACTGACAAACTGTCTT------AC-TAAAC---T-T-TTTTGTGC-GAGCAGGACT---CA--AACCTACGA-C------CCTAG-CGATGAGAGG-TA-AGTGATC-TGGAGA--CGG---C-G---CC
gi|14 : tttaatatatatgtataactGGT-TTAGCGCAATTTTCAA-CACATTTCAGG---------------------------------------T--CAGTT--T-------GCAT-A-TCCGGTTT-ATT-T-GTGAAGAATG---ACGT--CAGA---------AT---GAATC---CT------------------------------T-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACCT--TC------ACACAA---------TTTGGACC-GAGCGAGACT---CG--AACCTACGA-CCTTAGTCTTAG-CGGTGATATG-TT-AGTGATT-ATGAGG--CGG---C-G---CGT---TATACC--ACTCGGCCAC
gi|15 : CGACGTTTGCAA-AACGTGACAGGTT-GTACATAGCAT---------A-TC---cg
gi|15 : aacagtagtccggtggtatttt--CAGGT--TGTACATAGCAT-A-TCATGTTTTATT-G-G-------------CCC--CAAA---------AT---AAATC----TAAGCAGAACCAAAGGT------------TTA-----------TTATGAGTA----ACTG------TTTCTCCTACTCATATGAAG---T-T-TTTGGA-C-GGACTGGGCT---CG--AACACGCGA-C------TTAGG-CGATCAGAGG-TA-TATGTTC-ATTAGA--atgttttattggccccaaaataaatctaagcagaaccaaaggtttattatgagtaactgtttctcctactcatatgaagtttttggacggactgggctcgaacacgcgacttaggcgatcagaggtatatgttcattaga
gi|16 : aacagtagtccggtggtattttcgacgtttgcaaaacgtgaAACGCCTTTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-
gi|16 : ---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGAAGGGAG---ACCT--CAGA---------CT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CT-TAAGTT----ACTGGCAAACGTTCTC------ACATAAAG---T-T-GTTGGA--------GGTCT---CC--AACCTTAGA-C------CTTAA-TG-------------GTGGTC-CTGAGA--CAA---C-A---CCT---TGAACC--ACGCCGCCACAGAgttttattggtgaagggagacctcagactgaatctgagtagaaccaccgtccttcttaagttactggcaaacgttctcacataaagttgttggaggtctccaaccttagaccttaatggtggtcctgagacaacaccttgaaccacgccgccacaga
gi|17 : aacgcctttttcaaGGGT-TTAACGCAATTTTTAA-CACATTTTAGTTT-
gi|17 : tAGTTTTACT-G-ATTGACGAAG---ACCT--CAGT---------AT---GAATC----TGAGTAGAACTACCGTC------------C--------------------------ATTAGGGAATTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGATC-GAGCGAGACT---CG--AACATACAG-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TATACC--ACTCGGTAACAGAGGtactgattgacgaagacctcagtatgaatctgagtagaactaccgtccattagggaattttctcacataaagtttttggatcgagcgagactcgaacatacagccttagcggtgagaggtaagtgatcttgagacggcgccttataccactcggtaacagaggac
gi|18 : tgggtttaacgcaatttttaacacattttTATATGGTATTTTATAAGAA-TC---C-G----TTT--CAGGT--TATAAACGGC-T-A-TCCAGTTGTATT-GAGTAGAac
gi|18 : tcatTGAGTAGAACCAGCGTC------------CTT-----------CTGCAAGAA----ACTGGAAAG-----TC------ACATAAAG---C-T-TTTGGAGT-GAGCGTGACT---TG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATT-TTGAGA--CAG---C-A---CCT---TAGACC--ACTTGGTCAAGCAGGaccagcgtccttctgcaagaaactggaaagtcacataaagcttttggagtgagcgtgacttgaacctacgaccttagcggtgagaggtaagtgattttgagacagcaccttagaccacttggtcaagcagga
gi|19 : tcattatatggtattttataagaatccgtttcaggttataaacggctatccagttgtatT-TTTATATCATTTTCAA-CACAATTCAGGTT-ATAAA------------------------A-C--------------TATAT-TGG-AT-A-TCCAGTTTTACT-G----------------CT---AGA---------AT---AAAT------AAATA-------TGTC------------T------------------AGTAGA--ACCG-----CTTTCTC------ACAT--------------GGA----AGTGGGATT---CG--CCTCTACGA-A------CTTAG-CGGTGGGA----A-AG-AAT--TTGAGA--CGA---C-G---TAT---TTGACC--ATTCGACCATGa
gi|2 : -TTAACGCTACTTTCAA-CATATGCCAAGTTTATATATGACAT---------A-T------------------------------GACAT-A-TCCAGTTTAATT-G-GTTGAAGAAG---AC-TAACACA---------TT-----ATT---CTGAGTAAAATCACCGTCGCTACCCATCTCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGAGAAACTTTCTC------ACAAAAAG---T-TATTTTGATC-AAACTGAACC---CG--AACCCACGA-C------CTAAG-TAATGAGAGA-TA-TGTGGTC-CTTA-A--C-----C-G---TTG---TAAAATAAACTCGGTCACGGAGtga
gi|20 : a---C-A-CA-TT----AAGTATTATATTTGG--T-G-TCCAGTTCTAAT-G-ATGGAGGAAG---A-------------------------ATC---C------AAACT-------------------TT-----------CAGCAGGTATCTGGCTGGCAAGCTTCCTC------ACATAAGT---T-T-TTTTAAACTGAGCTGGTTT---CA--AACCCATGA-C------TTCAA-CGATGAGATA-TA-AAACTTC-TGGAGG--CAA---C-A---TCT---T
gi|21 : aatgatattttcaaATCT--CCGATTAACACCACCGTC------------ATT-----------CCACAAGTA----ACGGATACACTTTCT--------CATAAAG---TGT-TTTAGACC-GATATGGTCT---CG--AACTCACGA-C------GTCAA-TAGT-----G-CATACTG-TC-TTGACA--CAG---C-G---CAT---TATAC------CGGCCAT-GAGG
gi|23 : agaaatgacatctagttttGGT-TCAGCGCAATATTCAA-CATATAATAAGTT-ATATATGGCAT---------
gi|23 : attaAT---------A-TT---C-AACA-TATAATAAGT--TATATATGGCAT----TCACGTTTATT-G-GTAAATGAAG---ACCA--CAGATGGATGTGTAT---GAAT----CTGAACGAAATGACA--C------------ATT-----------TCGCAAATA----ATTtcacgtttattggtaaatgaagaccacagatggatgtgtatgaatctgaacgaaatgacacatttcgcaaataatt
gi|24 : attaggttcagcgcaACGGTC------------TTT-----------CAACAAGT------------AATTTTCTG------ATATACAG---A-A-TTTGAACC-GTGCTGGGCT---TG--AACCCGCGG-C------A-AAG-CAGTGAAAGGTTA-AGTAATC-TTTGGC--CAA---C-A---TTT---TAAACC--AC
gi|25 : caAG-CGGTGAGATG-TG-ATTGATT-AT-AGA--CAG---C-G---TCA---TACACT--ACTCGGTCA-GGAatg
gi|26 : taTGGCAATCTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTAAGACA-GAGCTAAGCT---CG--AACCCACAA-C------CTCAG-TGATGAGAGG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--CGT---C-A---ACTCCATGGAGC--ACTTGGCTGCActgatgacctaagcggtaagatgtgattggttatagacagcgtcttacacaacttggtca
gi|27 : CAAACTCTCTT------TCACACTG---T-T-TTTAGACT-GAGGTAGGCT---CA--AGACGATGA-C------CTCGG-CAGTGAGAGG-TA-AGTGGTC-TTGAGG--TTA---G-G---CCT---TACACC--TCTTGAGCACTGAGG
gi|28 : AATACCATTTTCAA-CACATAACAGGTT-ATGTATA--------------------------------------------ATGGAAT-A-TTCAGTTTTATG-G-GTGGAGGAAG---AACT--CAGA---------ATATCGAAT----CTGAGTAGAACCGCCATC------------CTg
gi|29 : tgAGA---------AT---GAATC---C-GAGTAAAACTAC-----------------------------------AGTA----ACTTTCAAACATTCTCA-----AAATAAAG---T-T-TTAAGATT-CAACTGGACA---CA--AATCCATAATC------CCCAG-CAGTGAGAGG-CA-Acg
gi|3 : TTTTAATCACATGACAGGCT-ATATATGGCAT---------
gi|3 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatgg---C-A-CA-TGA--CAGGC--TATATATGGCAT-C-GACAGTTT-ATCAG-GCTGAAGAAG---ACCT--AAGA---------AT---GAA-C---CTTAGTAGAACCTCCATC------------CTT-----------CCATAAGTA----ACTGGTAAACTTCCTC------ACTTGAAG---G-T-TT-----C-AA----------------------GA-C------CTCAG-CGATGAGAGA-TA-CTCGGTC-ATAAAA--CGACATC-G---CAT---TAGAcgacagtttatcaggctgaagaagacctaagaatgaaccttagtagaacctccatccttccataagtaactggtaaacttcctcacttgaaggtttcaagacctcagcgatgagagatactcggtcataaaacgacatcgcattagat
gi|30 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatggttttaatGGGTGTTAATGCCATATCCAA-CACATGGCAGGTT-AGGTATGGCAT---------A-TCCAAC-A-CA-TGA--CAGGT--TATGTATGGCAT-A-TCCt
gi|31 : tttttaagcAGCTGGATT---TG--AACTCATCA----------TGG-TAGTGAGAGT-TG-TGTTATA-TTGAAA--TGA---C-AATTCCC---TAGACT--ACCCAGTTACTGA
gi|32 : tttgagtt---CG--AACCTACAA-C------TTTAA-AGATGAAATG-TG-CTGGGTCATTAAAAAACAG---C-A---CTT---TAGACC--ACTTGGCCACAAAG
gi|33 : -TTAATGCCATTTTCAA-CACATGAGGGGTT-ATATA--GCAT---------A-TC---C-A-tagcgccaatt
gi|33 : GGT--TATATA--GCAT-A-TCCAGTATAACT-G-GTGGAGGAAAACCACCT--CAGA---------AT---GAATC---gtataactggtggaggaaaaccacctcagaatgaatc
gi|34 : ttaatgccattttcaacacatgaggTGGCAAACCTTCTC------GTATTAAATTTT-T-TTTCGACT-GAACTGGATTAAACAACAACTTA-AA-C------TTCAA-CAATGAGA
gi|35 : TTTCTC------ACATAAAG---G-T-TTTGGACG-GAGCCTGTCT-----------TAC-------------AGTCGGTGAAATG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--
gi|37 : tAGTAGGGCT---CA--AACCTATGA-C------CTTAG-GGATCAGAGG-TA-AATGATC-CTAA
gi|38 : AGAACCACCATT------------CTT-----------CAGCAAGGT----ACGCACAAATTTTCTC------ACATAACG---T-T-TTTGGTCC-AAGCcccaatccaccacagag
gi|4 : GGG-TTAACGCCATTT-CAA-CACATCCCAGGTT-ATAAATGGCAT---------A----------------------------A-AT----T-A-TCCAGTAAAACT-G-TCAGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GAATC----TGAAAAGAACCACCGTT------------TTT-----------CCGCAAGTG----ACTTGTAAATTTTCTG------ACA--ACGCA-T-T-TTTGGAAC-GATC--GA------G--AATCTA--A-A------CTTAC-CGGTGAGAAG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---TCT---TCAACC--ACTCGGACACGGAGg
gi|42 : AAG-TC-AGTGATT-TTGAGA--CAA---T-G---TCT---TAAACC--CCTCAGCTAC
gi|43 : a-TTAATGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATAa
gi|44 : ttaaCCAGTCTAATT-G-GTGGAGAAAC---ACCT--CAGA---------AT---GAAT
gi|45 : ATGGGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACAT
gi|46 : ttttgCAGTTTTACT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GA
gi|47 : AAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-CTTGAACC-GAG
gi|5 : T-TTAACACCATTTTCAA-CACATTTCAGG-------------T---------A-T-------------------------TATATGGTAT-A-TCCAGTTTTGCT-A-ATAAAGGAAG---ACCT--CAGA----------------------CTAAGTAGAGCCACCATC------------ATT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAC---T-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CT--AACCTAAGA-C------CTTTG-TGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTAAGA--TGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTTGGCCATGGGG
gi|6 : tgtCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATAT-GCAT---------
gi|6 : att---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATG-CATTA-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAAGAAA---ACCT--CAGA---------TTT--GAATC---G-GAGTAGAACC-CCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTTGT------ACATAATT---A-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CA--AACCTACGA-C------CTTAA-CGGTGAAAGG-TA-GGTGATC-CTGAGA--CGG---C-A---TCT---TAGACC--AATCGGTCACGGAGtatccagttttattggtggaagaaaacctcagatttgaatcggagtagaaccccgtccttccgcaagtaactggcaaacttttgtacataattattttggagcgagcgggactcaaacctacgaccttaacggtgaaaggtaggtgatcctgagacggcatcttagaccaatcggtcacggag
gi|7 : attccattttcaaGGAGT-TTGACGCCATTTCCGA-CAC-TTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-T
gi|7 : CAT---------T-TC---CGA-CACTTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TTAAATTTTATT-G-GTGAAAGATA---ATCT--CATA---------AT---GAATG----TGGGTAGAACC-------------------CT-----------CCGCAAGAA----AATGGTAAACCTTCTC------AAATAAAG---T-T-TATTGAGC-GAACGGTACT---CG--AACATATGA-C------CTTAG-CAATGATGGG-TG-AGTGATT-TTTAGA--GGG---C-G---CAT---T-GACT--ACTCGGCCACGGAGtaaattttattggtgaaagataatctcataatgaatgtgggtagaaccctccgcaagaaaatggtaaaccttctcaaataaagtttattgagcgaacggtactcgaacatatgaccttagcaatgatgggtgagtgatttttagagggcgcattgactactcggccacggag
gi|8 : ggagtttgacgcGT-TTAATGCCATTTTTAA-CACATTTCAGGTG-ACATATTGCAC---------ACTC---C-A-
gi|8 : tgca---C-A-CA-TTT--CAGGT--GACATATTGCAC-ACTCCA------------TGGAGGAAG---ACCT--CGGA---------AT---AAATC----TGAGTAGAATCGTCGTC------------CTT-----------CCACGAGTA----ACTGGCAAACTTTCTA------ACATAAAT---T-T-TTTGGAGC-AAGCAGGACT---TA--AACTTATGA-C------CTTAG-CAGCGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---CCT---TAAACC--ACTTGGCCACtggaggaagacctcggaataaatctgagtagaatcgtcgtccttccacgagtaactggcaaactttctaacataaattttttggagcaagcaggacttaaacttatgaccttagcagcgagaggtaagtgatcttgagacagcgccttaaaccacttggccaca
gi|9 : tgcagtttaatgccatttttaaGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACATGGCCGGTT-A--------A----------A-TC----------------------TATATATGGCAT-A-TCCAGTTCCATT-A-GTAGAAGAAG---ACAT--TATA---------AT---GAATC----TGAGTAGAACCATCGTC------------CTG-----------TCGCAAGTA----ATTGGCAAACTTTCTTGTAGTAACATA-----------TTGGACT-GAACTGGGCT---TG--GACCCACGA-C------CTCAG-CGGCGAGAGG-TA-AGT--------------GG---CAA---TCT---TAGACC--ACTGGGCa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACCGTTGTTCTTGTGCATGTGATCAACACACGCTCTAATATTAATTATAGGAACCTAGCTTAACTTGAACCAACGACCATAGCGTAAGAAGTGGGCTATCTTAAAACAGTGGCTTAGATCAATTGGCCACAGT
Unaligned ( gi|36 ): TAGCAGTGAGAAGTTAATGGTTTATTGACAACAACACTATGGACAACTCTGCCACAGAAGGAACCA
Unaligned ( gi|39 ): AGTGAGTGGCAAGTGGTCTTAAGACAGCAACTTGGACAACTTCGCCATGTTG
Unaligned ( gi|40 ): CCCCACATTAATGGCTATAAAATTAAATTTTAACAGTTGTATCAAAGACAT
Unaligned ( gi|41 ): CTCTGAACTTGTGATTTATATCGGTTTGTATAAAAGTAAAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444 11111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 44 1 1 44 77777777777777777777777777777 22 1 1 2 1 1 222 22 666666666 444 99999 2 11111111111111111111111111 5555 999999 44444 1 6 1 3 222 11 0 1 333333 0 1 0 1 1 1 11 222 1 222 222 22 1
lowQualScore : . . .. . . .. ............................. .. . . . . . ... .. ......... ... ..... . .......................... .... ...... ..... . . . . ... .. . . ...... . . . . . . .. ... . ... ... .. .
lowQualScore : 4 8 22 8 0 99 00000000000000000000000000000 44 7 7 3 6 6 999 33 444444444 444 00000 2 22222222222222222222222222 6666 333333 88888 4 9 4 8 333 88 1 3 888888 1 3 1 3 3 3 99 666 5 666 777 33 2
consensus : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
Reference ( family-765 ) : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
gi|1 : AATGGGGT-TTAACGCGATTTTCAA-CACATTTCAAATT-ATAAATGGTAT---------A-TC---C-A-TA-TTT--CAGGT--TATATACGACAT-A-TCTAGTTTAACT-G-GTGGTGGGAA---CCCT--CAGA---------CT---GAATCAGACTGAGTAGAACCAACATC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGAAGC-GAGCGGGACT---CG--AATCTACGA-C------CTTAG-CAGTGAGAAG-TT-AGTGATA-TTGAGA--CGG---C-A---CCT---TAGACT--ACTCAGTCGCAGAGG
gi|10 : AATATGGT-TTAACGCCATTTACAA-CACACTTCAGGTT-ATACATGGCAT---------------------------------------------AT-A-TCCA-TTTTA-------------AG---ACAT--CAGA---------A----GAATA---TT-AGTAGAACCACCGAT------------CTT-----------CCGCAAGTC----TCTGACAAACTTTCTC------AC-----G---T-T-TTCGGA------------T---CG--AACCTATGA-C------CTTAG-TGGTGAGTAA-TA-AGTGATC-TTGAGA--TTG---C-A---CCT---CAGATC--ATTCGGCCAAGGA
gi|11 : tttaagGGTT-AAACGT--CAT---------T-TCTT-C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATACGGCGT-A-TCAAGTTTCATT-G-GTGTTGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTT------------CTC-----------CCGCAAGTA----ATT-GCCAACTTTCTT------ATATAAAA-----C-TTTGGAGC-AAGCGAAACT---CG--AACATACG------------------------------GTGTTC-TTGAGA--CGA---C-G---CAA---TGGACC--ACTTGGTCACAGA
gi|12 : aaggGGGTT-TTAACGCCATTTTCAA-CAC---------------ATG-----------------------------T--CAGGT--TACATACGGCAT-A-TCCAGTTATATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAAA---------AT---TAA------------GA-----------------------------------CTGCAAGTA----ACTGACAAACTTTCTC------ACATATAG---T-T-TATGGGGT-GAGCAGGACT---CG--AACCTACGA-C------ATAAG-TAGTGGGAGG-TA-AGCGATT-TTGAGA--CGG---C-G---CCC---TAGACC--ATTTGAGCACAtg
gi|13 : T--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTGTTTT-G-GTGGAGCAAG---ATCT--CAGA---------AT---GAATC----TGAATAGAACCGCCGTC------------CTTGGTTCTTGAAATCGCAAGTA----ACTGACAAACTGTCTT------AC-TAAAC---T-T-TTTTGTGC-GAGCAGGACT---CA--AACCTACGA-C------CCTAG-CGATGAGAGG-TA-AGTGATC-TGGAGA--CGG---C-G---CC
gi|14 : tttaatatatatgtataactGGT-TTAGCGCAATTTTCAA-CACATTTCAGG---------------------------------------T--CAGTT--T-------GCAT-A-TCCGGTTT-ATT-T-GTGAAGAATG---ACGT--CAGA---------AT---GAATC---CT------------------------------T-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACCT--TC------ACACAA---------TTTGGACC-GAGCGAGACT---CG--AACCTACGA-CCTTAGTCTTAG-CGGTGATATG-TT-AGTGATT-ATGAGG--CGG---C-G---CGT---TATACC--ACTCGGCCAC
gi|15 : CGACGTTTGCAA-AACGTGACAGGTT-GTACATAGCAT---------A-TC---cg
gi|15 : aacagtagtccggtggtatttt--CAGGT--TGTACATAGCAT-A-TCATGTTTTATT-G-G-------------CCC--CAAA---------AT---AAATC----TAAGCAGAACCAAAGGT------------TTA-----------TTATGAGTA----ACTG------TTTCTCCTACTCATATGAAG---T-T-TTTGGA-C-GGACTGGGCT---CG--AACACGCGA-C------TTAGG-CGATCAGAGG-TA-TATGTTC-ATTAGA--atgttttattggccccaaaataaatctaagcagaaccaaaggtttattatgagtaactgtttctcctactcatatgaagtttttggacggactgggctcgaacacgcgacttaggcgatcagaggtatatgttcattaga
gi|16 : aacagtagtccggtggtattttcgacgtttgcaaaacgtgaAACGCCTTTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-
gi|16 : ---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGAAGGGAG---ACCT--CAGA---------CT---GAAT----CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CT-TAAGTT----ACTGGCAAACGTTCTC------ACATAAAG---T-T-GTTGGA--------GGTCT---CC--AACCTTAGA-C------CTTAA-TG-------------GTGGTC-CTGAGA--CAA---C-A---CCT---TGAACC--ACGCCGCCACAGAgttttattggtgaagggagacctcagactgaatctgagtagaaccaccgtccttcttaagttactggcaaacgttctcacataaagttgttggaggtctccaaccttagaccttaatggtggtcctgagacaacaccttgaaccacgccgccacaga
gi|17 : aacgcctttttcaaGGGT-TTAACGCAATTTTTAA-CACATTTTAGTTT-
gi|17 : tAGTTTTACT-G-ATTGACGAAG---ACCT--CAGT---------AT---GAATC----TGAGTAGAACTACCGTC------------C--------------------------ATTAGGGAATTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGATC-GAGCGAGACT---CG--AACATACAG-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TATACC--ACTCGGTAACAGAGGtactgattgacgaagacctcagtatgaatctgagtagaactaccgtccattagggaattttctcacataaagtttttggatcgagcgagactcgaacatacagccttagcggtgagaggtaagtgatcttgagacggcgccttataccactcggtaacagaggac
gi|18 : tgggtttaacgcaatttttaacacattttTATATGGTATTTTATAAGAA-TC---C-G----TTT--CAGGT--TATAAACGGC-T-A-TCCAGTTGTATT-GAGTAGAac
gi|18 : tcatTGAGTAGAACCAGCGTC------------CTT-----------CTGCAAGAA----ACTGGAAAG-----TC------ACATAAAG---C-T-TTTGGAGT-GAGCGTGACT---TG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATT-TTGAGA--CAG---C-A---CCT---TAGACC--ACTTGGTCAAGCAGGaccagcgtccttctgcaagaaactggaaagtcacataaagcttttggagtgagcgtgacttgaacctacgaccttagcggtgagaggtaagtgattttgagacagcaccttagaccacttggtcaagcagga
gi|19 : tcattatatggtattttataagaatccgtttcaggttataaacggctatccagttgtatT-TTTATATCATTTTCAA-CACAATTCAGGTT-ATAAA------------------------A-C--------------TATAT-TGG-AT-A-TCCAGTTTTACT-G----------------CT---AGA---------AT---AAAT------AAATA-------TGTC------------T------------------AGTAGA--ACCG-----CTTTCTC------ACAT--------------GGA----AGTGGGATT---CG--CCTCTACGA-A------CTTAG-CGGTGGGA----A-AG-AAT--TTGAGA--CGA---C-G---TAT---TTGACC--ATTCGACCATGa
gi|2 : -TTAACGCTACTTTCAA-CATATGCCAAGTTTATATATGACAT---------A-T------------------------------GACAT-A-TCCAGTTTAATT-G-GTTGAAGAAG---AC-TAACACA---------TT-----ATT---CTGAGTAAAATCACCGTCGCTACCCATCTCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGAGAAACTTTCTC------ACAAAAAG---T-TATTTTGATC-AAACTGAACC---CG--AACCCACGA-C------CTAAG-TAATGAGAGA-TA-TGTGGTC-CTTA-A--C-----C-G---TTG---TAAAATAAACTCGGTCACGGAGtga
gi|20 : a---C-A-CA-TT----AAGTATTATATTTGG--T-G-TCCAGTTCTAAT-G-ATGGAGGAAG---A-------------------------ATC---C------AAACT-------------------TT-----------CAGCAGGTATCTGGCTGGCAAGCTTCCTC------ACATAAGT---T-T-TTTTAAACTGAGCTGGTTT---CA--AACCCATGA-C------TTCAA-CGATGAGATA-TA-AAACTTC-TGGAGG--CAA---C-A---TCT---T
gi|21 : aatgatattttcaaATCT--CCGATTAACACCACCGTC------------ATT-----------CCACAAGTA----ACGGATACACTTTCT--------CATAAAG---TGT-TTTAGACC-GATATGGTCT---CG--AACTCACGA-C------GTCAA-TAGT-----G-CATACTG-TC-TTGACA--CAG---C-G---CAT---TATAC------CGGCCAT-GAGG
gi|23 : agaaatgacatctagttttGGT-TCAGCGCAATATTCAA-CATATAATAAGTT-ATATATGGCAT---------
gi|23 : attaAT---------A-TT---C-AACA-TATAATAAGT--TATATATGGCAT----TCACGTTTATT-G-GTAAATGAAG---ACCA--CAGATGGATGTGTAT---GAAT----CTGAACGAAATGACA--C------------ATT-----------TCGCAAATA----ATTtcacgtttattggtaaatgaagaccacagatggatgtgtatgaatctgaacgaaatgacacatttcgcaaataatt
gi|24 : attaggttcagcgcaACGGTC------------TTT-----------CAACAAGT------------AATTTTCTG------ATATACAG---A-A-TTTGAACC-GTGCTGGGCT---TG--AACCCGCGG-C------A-AAG-CAGTGAAAGGTTA-AGTAATC-TTTGGC--CAA---C-A---TTT---TAAACC--AC
gi|25 : caAG-CGGTGAGATG-TG-ATTGATT-AT-AGA--CAG---C-G---TCA---TACACT--ACTCGGTCA-GGAatg
gi|26 : taTGGCAATCTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTAAGACA-GAGCTAAGCT---CG--AACCCACAA-C------CTCAG-TGATGAGAGG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--CGT---C-A---ACTCCATGGAGC--ACTTGGCTGCActgatgacctaagcggtaagatgtgattggttatagacagcgtcttacacaacttggtca
gi|27 : CAAACTCTCTT------TCACACTG---T-T-TTTAGACT-GAGGTAGGCT---CA--AGACGATGA-C------CTCGG-CAGTGAGAGG-TA-AGTGGTC-TTGAGG--TTA---G-G---CCT---TACACC--TCTTGAGCACTGAGG
gi|28 : AATACCATTTTCAA-CACATAACAGGTT-ATGTATA--------------------------------------------ATGGAAT-A-TTCAGTTTTATG-G-GTGGAGGAAG---AACT--CAGA---------ATATCGAAT----CTGAGTAGAACCGCCATC------------CTg
gi|29 : tgAGA---------AT---GAATC---C-GAGTAAAACTAC-----------------------------------AGTA----ACTTTCAAACATTCTCA-----AAATAAAG---T-T-TTAAGATT-CAACTGGACA---CA--AATCCATAATC------CCCAG-CAGTGAGAGG-CA-Acg
gi|3 : TTTTAATCACATGACAGGCT-ATATATGGCAT---------
gi|3 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatgg---C-A-CA-TGA--CAGGC--TATATATGGCAT-C-GACAGTTT-ATCAG-GCTGAAGAAG---ACCT--AAGA---------AT---GAA-C---CTTAGTAGAACCTCCATC------------CTT-----------CCATAAGTA----ACTGGTAAACTTCCTC------ACTTGAAG---G-T-TT-----C-AA----------------------GA-C------CTCAG-CGATGAGAGA-TA-CTCGGTC-ATAAAA--CGACATC-G---CAT---TAGAcgacagtttatcaggctgaagaagacctaagaatgaaccttagtagaacctccatccttccataagtaactggtaaacttcctcacttgaaggtttcaagacctcagcgatgagagatactcggtcataaaacgacatcgcattagat
gi|30 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatggttttaatGGGTGTTAATGCCATATCCAA-CACATGGCAGGTT-AGGTATGGCAT---------A-TCCAAC-A-CA-TGA--CAGGT--TATGTATGGCAT-A-TCCt
gi|31 : tttttaagcAGCTGGATT---TG--AACTCATCA----------TGG-TAGTGAGAGT-TG-TGTTATA-TTGAAA--TGA---C-AATTCCC---TAGACT--ACCCAGTTACTGA
gi|32 : tttgagtt---CG--AACCTACAA-C------TTTAA-AGATGAAATG-TG-CTGGGTCATTAAAAAACAG---C-A---CTT---TAGACC--ACTTGGCCACAAAG
gi|33 : -TTAATGCCATTTTCAA-CACATGAGGGGTT-ATATA--GCAT---------A-TC---C-A-tagcgccaatt
gi|33 : GGT--TATATA--GCAT-A-TCCAGTATAACT-G-GTGGAGGAAAACCACCT--CAGA---------AT---GAATC---gtataactggtggaggaaaaccacctcagaatgaatc
gi|34 : ttaatgccattttcaacacatgaggTGGCAAACCTTCTC------GTATTAAATTTT-T-TTTCGACT-GAACTGGATTAAACAACAACTTA-AA-C------TTCAA-CAATGAGA
gi|35 : TTTCTC------ACATAAAG---G-T-TTTGGACG-GAGCCTGTCT-----------TAC-------------AGTCGGTGAAATG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--
gi|37 : tAGTAGGGCT---CA--AACCTATGA-C------CTTAG-GGATCAGAGG-TA-AATGATC-CTAA
gi|38 : AGAACCACCATT------------CTT-----------CAGCAAGGT----ACGCACAAATTTTCTC------ACATAACG---T-T-TTTGGTCC-AAGCcccaatccaccacagag
gi|4 : GGG-TTAACGCCATTT-CAA-CACATCCCAGGTT-ATAAATGGCAT---------A----------------------------A-AT----T-A-TCCAGTAAAACT-G-TCAGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GAATC----TGAAAAGAACCACCGTT------------TTT-----------CCGCAAGTG----ACTTGTAAATTTTCTG------ACA--ACGCA-T-T-TTTGGAAC-GATC--GA------G--AATCTA--A-A------CTTAC-CGGTGAGAAG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---TCT---TCAACC--ACTCGGACACGGAGg
gi|42 : AAG-TC-AGTGATT-TTGAGA--CAA---T-G---TCT---TAAACC--CCTCAGCTAC
gi|43 : a-TTAATGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATAa
gi|44 : ttaaCCAGTCTAATT-G-GTGGAGAAAC---ACCT--CAGA---------AT---GAAT
gi|45 : ATGGGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACAT
gi|46 : ttttgCAGTTTTACT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------CT---GA
gi|47 : AAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-CTTGAACC-GAG
gi|5 : T-TTAACACCATTTTCAA-CACATTTCAGG-------------T---------A-T-------------------------TATATGGTAT-A-TCCAGTTTTGCT-A-ATAAAGGAAG---ACCT--CAGA----------------------CTAAGTAGAGCCACCATC------------ATT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAC---T-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CT--AACCTAAGA-C------CTTTG-TGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTAAGA--TGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTTGGCCATGGGG
gi|6 : tgtCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATAT-GCAT---------
gi|6 : att---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATG-CATTA-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAAGAAA---ACCT--CAGA---------TTT--GAATC---G-GAGTAGAACC-CCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTTGT------ACATAATT---A-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CA--AACCTACGA-C------CTTAA-CGGTGAAAGG-TA-GGTGATC-CTGAGA--CGG---C-A---TCT---TAGACC--AATCGGTCACGGAGtatccagttttattggtggaagaaaacctcagatttgaatcggagtagaaccccgtccttccgcaagtaactggcaaacttttgtacataattattttggagcgagcgggactcaaacctacgaccttaacggtgaaaggtaggtgatcctgagacggcatcttagaccaatcggtcacggag
gi|7 : attccattttcaaGGAGT-TTGACGCCATTTCCGA-CAC-TTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-T
gi|7 : CAT---------T-TC---CGA-CACTTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TTAAATTTTATT-G-GTGAAAGATA---ATCT--CATA---------AT---GAATG----TGGGTAGAACC-------------------CT-----------CCGCAAGAA----AATGGTAAACCTTCTC------AAATAAAG---T-T-TATTGAGC-GAACGGTACT---CG--AACATATGA-C------CTTAG-CAATGATGGG-TG-AGTGATT-TTTAGA--GGG---C-G---CAT---T-GACT--ACTCGGCCACGGAGtaaattttattggtgaaagataatctcataatgaatgtgggtagaaccctccgcaagaaaatggtaaaccttctcaaataaagtttattgagcgaacggtactcgaacatatgaccttagcaatgatgggtgagtgatttttagagggcgcattgactactcggccacggag
gi|8 : ggagtttgacgcGT-TTAATGCCATTTTTAA-CACATTTCAGGTG-ACATATTGCAC---------ACTC---C-A-
gi|8 : tgca---C-A-CA-TTT--CAGGT--GACATATTGCAC-ACTCCA------------TGGAGGAAG---ACCT--CGGA---------AT---AAATC----TGAGTAGAATCGTCGTC------------CTT-----------CCACGAGTA----ACTGGCAAACTTTCTA------ACATAAAT---T-T-TTTGGAGC-AAGCAGGACT---TA--AACTTATGA-C------CTTAG-CAGCGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---CCT---TAAACC--ACTTGGCCACtggaggaagacctcggaataaatctgagtagaatcgtcgtccttccacgagtaactggcaaactttctaacataaattttttggagcaagcaggacttaaacttatgaccttagcagcgagaggtaagtgatcttgagacagcgccttaaaccacttggccaca
gi|9 : tgcagtttaatgccatttttaaGGT-TTAACGCAATTTTCAA-CACATGGCCGGTT-A--------A----------A-TC----------------------TATATATGGCAT-A-TCCAGTTCCATT-A-GTAGAAGAAG---ACAT--TATA---------AT---GAATC----TGAGTAGAACCATCGTC------------CTG-----------TCGCAAGTA----ATTGGCAAACTTTCTTGTAGTAACATA-----------TTGGACT-GAACTGGGCT---TG--GACCCACGA-C------CTCAG-CGGCGAGAGG-TA-AGT--------------GG---CAA---TCT---TAGACC--ACTGGGCa
blockSeqs : G T TT T GG TTTATAAGAATCCGTTTC AT T C T A A ACC AA TGGATGTGT ATC CTC A GCTACCCATCTCCTT TCTG CTACTC TTTT A G T G AAA AC T CTTAGT T T T A AA CAT A ATT CCA AA G
blockSeqs : . . TT . AG ATTCAACATATAAT . . . C . . . . . T AT A CTTGGTTCTTGAAA GA GTAGTA CAT . G . A . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . GA . GG ATCCAACACATGAC . . . T . . . . . . CC G CTT . A TG . G . A . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TT . GG TTCTTCACATTTC . . . T . . . . . . TC A CTC . . T . C . G . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TT . GA TTCCGACACTTTC . . . T . . . . . . CC A TTA . . T . T . T . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TT . GG ATC . . . T . . . . . . CC A CTT . . T . G . G . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . GC . GG TC . . . T . . . . . . CC A CTT . . T . T . G . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . AA . GG TC . . . T . . . . . . CG A ATT . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . AA . GG AC . . . T . . . . . . C A ATT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . GA . GG AT . . . A . . . . . . C A TTT . . C . C . T . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . GG . TG AT . . . T . . . . . . C A CTT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . GA . G A . . . T . . . . . . C G CTT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . CC . A . . . . T . . . . . . C A TTT . . A . T . T . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TT . G . . . . A . . . . . . C T ATT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . TT . G . . . A . . . . . . C A CTT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . TT . . . . . A . . . . . . C A CTT . . T . C . T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . TT . . . . . T . . . . . . C A CTG . . G . A . T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . TT . . . . . T . . . . . . G G TT . . G . C . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GG . . . . . T . . . . . . C A CT . . T . G . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . C . T . . T . G . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . C . . T . G . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T . . A . G . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . C . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ATC************************** C****
originalCons : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCAT---------A-TC---C-A-CA-TTT--CAGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC---CTGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
finalCons : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAA-CACATTTCAGGTT-ATATATGGCATATC--------------------------AGGT--TATATATGGCAT-A-TCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCT--CAGA---------AT---GAATC----TGAGTAGAACCACCGTC------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTTCTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACCGTTGTTCTTGTGCATGTGATCAACACACGCTCTAATATTAATTATAGGAACCTAGCTTAACTTGAACCAACGACCATAGCGTAAGAAGTGGGCTATCTTAAAACAGTGGCTTAGATCAATTGGCCACAGT
Unaligned ( gi|36 ): TAGCAGTGAGAAGTTAATGGTTTATTGACAACAACACTATGGACAACTCTGCCACAGAAGGAACCA
Unaligned ( gi|39 ): AGTGAGTGGCAAGTGGTCTTAAGACAGCAACTTGGACAACTTCGCCATGTTG
Unaligned ( gi|40 ): CCCCACATTAATGGCTATAAAATTAAATTTTAACAGTTGTATCAAAGACAT
Unaligned ( gi|41 ): CTCTGAACTTGTGATTTATATCGGTTTGTATAAAAGTAAAAGTCAT
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 2 33 1 777777777777777777777777777777777777777 1 2222 0 1 0 1 1 222 999999999 222 3333 222 1 8888888888888 77777777777 3333 444444 555555 44444 1 6 1 3 222 11 0 1 333333 0 1 0 1 1 1 11 222 1 222 222 22 1
lowQualScore : . .. . ....................................... . .... . . . . . ... ......... ... .... ... . ............. ........... .... ...... ...... ..... . . . . ... .. . . ...... . . . . . . .. ... . ... ... .. .
lowQualScore : 4 00 7 111111111111111111111111111111111111111 1 1111 5 7 3 6 6 999 666666666 888 4444 999 2 7777777777777 66666666666 4444 000000 333333 88888 4 9 4 8 333 88 1 3 888888 1 3 1 3 3 3 99 666 5 666 777 33 2
consensus : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAACACATTTCAG-GTT-ATA-ATGGCATAT-----------C--------AGGTTATATATGGCA-TATCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCTCAGA---------AT---GAATC----TG---AGTAGAACCACCG------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
Reference ( family-765 ) : AATGGGGT-TTAACGCCATTTTCAACACATTTCAG-GTT-ATATATGGCATAT-----------C--------AGGTTATATATGGCA-TATCCAGTTTTATT-G-GTGGAGGAAG---ACCTCAGA---------AT---GAATC----TG---AGTAGAACCACCG------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGANC-GAGCNGGACT---CG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTCGGCCACGGAGG
gi|1 : AATGGGGT-TTAACGCGATTTTCAACACATTTCAA-ATT-ATAAATGGTATAT-----------CCATATTTCAGGTTATATACGACA-TATCTAGTTTAACT-G-GTGGTGGGAA---CCCTCAGA---------CT---GAATCAGACTG---AGTAGAACCAACA------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-TTTGAAGC-GAGCGGGACT---CG--AATCTACGA-C------CTTAG-CAGTGAGAAG-TT-AGTGATA-TTGAGA--CGG---C-A---CCT---TAGACT--ACTCAGTCGCAGAGG
gi|10 : AATATGGT-TTAACGCCATTTACAACACACTTCAG-GTT-ATACATGGCATAT-------------------------------------ATCCA-TTTTA-------------AG---ACATCAGA---------A----GAATA----TT---AGTAGAACCACCG------------ATCTT-----------CCGCAAGTC----TCTGACAAACTTT------CTC------AC-----G---T-T-TTCGGA------------T---CG--AACCTATGA-C------CTTAG-TGGTGAGTAA-TA-AGTGATC-TTGAGA--TTG---C-A---CCT---CAGATC--ATTCGGCCAAGGA
gi|11 : tttaagGGGGT-TAAACGTCATTTC--------TTCA--------------CATTT-----------C--------AGGTTATATACGGCG-TATCAAGTTTCATT-G-GTGTTGGAAG---ACCTCAGA---------AT---GAATC----TG---AGTAGAACCACCG------------TTCTC-----------CCGCAAGTA----ATT-GCCAACTTT------CTT------ATATAAAA-----C-TTTGGAGC-AAGCGAAACT---CG--AACATACG------------------------------GTGTTC-TTGAGA--CGA---C-G---CAA---TGGACC--ACTTGGTCACAGA
gi|12 : aaGGGTT-TTAACGCCATTTTCAACACAT---------------------GT-----------C--------AGGTTACATACGGCA-TATCCAGTTATATT-G-GTGGAGGAAG---ACCTCAAA---------AT---TAA---------------GA-----------------------------------CTGCAAGTA----ACTGACAAACTTT------CTC------ACATATAG---T-T-TATGGGGT-GAGCAGGACT---CG--AACCTACGA-C------ATAAG-TAGTGGGAGG-TA-AGCGATT-TTGAGA--CGG---C-G---CCC---TAGACC--ATTTGAGCACAtg
gi|13 : T-ATATATG---TAT-----------A--------ACTTTATATATGGCA-TATCCAGTTGTTTT-G-GTGGAGCAAG---ATCTCAGA---------AT---GAATC----TG---AATAGAACCGCCG------------TCCTTGGTTCTTGAAATCGCAAGTA----ACTGACAAACTGT------CTT------AC-TAAAC---T-T-TTTTGTGC-GAGCAGGACT---CA--AACCTACGA-C------CCTAG-CGATGAGAGG-TA-AGTGATC-TGGAGA--CGG---C-G---CC
gi|14 : tttaaGGT-TTAGCGCAATTTTCAACACATTTCAG-GT--------------------------C--------AGTTT-------GCA-TATCCGGTTT-ATT-T-GTGAAGAATG---ACGTCAGA---------AT---GAATC------------------------------------CTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACCT--------TC------ACACAA---------TTTGGACC-GAGCGAGACT---CG--AACCTACGA-CCTTAGTCTTAG-CGGTGATATG-TT-AGTGATT-ATGAGG--CGG---C-G---CGT---TATACC--ACTCGGCCAC
gi|15 : CGACGTTTGCAAAACGTGACAG-GTT-GTACATAGCATAT-----------C--------Acg
gi|15 : aacagtagtccggtggtatttt-----------C--------AGGTTGTACATAGCA-TATCATGTTTTATT-G-G-------------CCCCAAA---------AT---AAATC----TA---AGCAGAACCAAAG------------GTTTA-----------TTATGAGTA----ACTG------TTTCTCCTACTC------ATATGAAG---T-T-TTTGGA-C-GGACTGGGCT---CG--AACACGCGA-C------TTAGG-CGATCAGAGG-TA-TATGTTC-ATTAGA--tgttttattggccccaaaataaatctaagcagaaccaaaggtttattatgagtaactgtttctcctactcatatgaagtttttggacggactgggctcgaacacgcgacttaggcgatcagaggtatatgttcattaga
gi|16 : aacagtagtccggtggtattttcgacgtttgcaaaacgtgaAACGCCTTTTTCAACACATTTCAG----------------------------------------GTTATATATGGCA-TATCCAGTTTTATT-G-GTGAAGGGAG---ACCTCAGA---------CT---GAATC----TG---AGTAGAACCACCG------------TCCTT-----------CT-TAAGTT----ACTGGCAAACGTT------CTC------ACATAAAG---T-T-GTTGGA--------GGTCT---CC--AACCTTAGA-C------CTTAA-TG-------------GTGGTC-CTGAGA--CAA---C-A---CCT---TGAACC--ACGCCGCCACAGA
gi|17 : GGGT-TTAACGCAATTTTTAACACATTTTAG-TTT-
gi|17 : tAGTTTTACT-G-ATTGACGAAG---ACCTCAGT---------AT---GAATC----TG---AGTAGAACTACCG------------TCC--------------------------ATTAGGGAATTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-TTTGGATC-GAGCGAGACT---CG--AACATACAG-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CGG---C-G---CCT---TATACC--ACTCGGTAACAGAGGtactgattgacgaagacctcagtatgaatctgagtagaactaccgtccattagggaattttctcacataaagtttttggatcgagcgagactcgaacatacagccttagcggtgagaggtaagtgatcttgagacggcgccttataccactcggtaacagaggac
gi|18 : tgggtttaacgcaatttttaacacattttT-----------C--------AGGTTATAAACGGC--TATCCAGTTGTATT-GAGTAGAac
gi|18 : tcattatatggtattttataagaatccgtt----TG---AGTAGAACCAGCG------------TCCTT-----------CTGCAAGAA----ACTGGAAAG-----------TC------ACATAAAG---C-T-TTTGGAGT-GAGCGTGACT---TG--AACCTACGA-C------CTTAG-CGGTGAGAGG-TA-AGTGATT-TTGAGA--CAG---C-A---CCT---TAGACC--ACTTGGTCAAGCAGGaccagcgtccttctgcaagaaactggaaagtcacataaagcttttggagtgagcgtgacttgaacctacgaccttagcggtgagaggtaagtgattttgagacagcaccttagaccacttggtcaagcagga
gi|19 : tcattatatggtattttataagaatccgtttcaggttataaacggctatccagttgtatT-TTTATATCATTTTCAACACAATTCAG-GTT-ATA------------------------------AAACTATAT-TGG-A-TATCCAGTTTTACT-G-CTAGAATAA---------------------AT---AAATA----TGTCTAGTAGAAC----------------------------------CGC-------------------TTT------CTC------ACAT--------------GGA----AGTGGGATT---CG--CCTCTACGA-A------CTTAG-CGGTGGGA----A-AG-AAT--TTGAGA--CGA---C-G---TAT---TTGACC--ATTCGACCATGa
gi|2 : -TTAACGCTACTTTCAACATATGCCAA-GTTTATATATGACATAT-------------------------------GACA-TATCCAGTTTAATT-G-GTTGAAGAAG---A-CTAACAC--------AT---TATTC----TG---AGTAAAATCACCGTCGCTACCCATCTCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGAGAAACTTT------CTC------ACAAAAAG---T-TATTTTGATC-AAACTGAACC---CG--AACCCACGA-C------CTAAG-TAATGAGAGA-TA-TGTGGTC-CTTA-A--C-----C-G---TTG---TAAAATAAACTCGGTCACGGAGtga
gi|20 : aAATGATATTTTCAACACATT--AA-GT-------------------------------------ATTATATTTGG---TGTCCAGTTCTAAT-G-ATGGAGGAAG---A-----------------------ATC----CA---AA------------------------CTTT-----------CAGCAGGTATCTGGCTGGCAAGCTTC------CTC------ACATAAGT---T-T-TTTTAAACTGAGCTGGTTT---CA--AACCCATGA-C------TTCAA-CGATGAGATA-TA-AAACTTC-TGGAGG--CAA---C-A---TCT---T
gi|21 : TC----CG---ATTAACACCACCG------------TCATT-----------CCACAAGTA----ACGGATACACTTT------CT--------CATAAAG---TGT-TTTAGACC-GATATGGTCT---CG--AACTCACGA-C------GTCAA-TAGT-----G-CATACTG-TC-TTGACA--CAG---C-G---CAT---TATAC------CGGCCAT-GAGG
gi|23 : agaaatgacatctagttttatcTTCAGCGCA-ATATTCAACATATAA---------T--------AAGTTATATATGGCA-T--TCACGTTTATT-G-GTAAATGAAG---ACCACAGATGGATGTGTAT---GAATC----TG---AACGAAATGACA--------------CATT-----------TCGCAAATA----ATT
gi|24 : attaggACGG------------TCTTT-----------CAACAAGT------------AATTTT------CTG------ATATACAG---A-A-TTTGAACC-GTGCTGGGCT---TG--AACCCGCGG-C------A-AAG-CAGTGAAAGGTTA-AGTAATC-TTTGGC--CAA---C-A---TTT---TAAACC--AC
gi|25 : caAG-CGGTGAGATG-TG-ATTGATT-AT-AGA--CAG---C-G---TCA---TACACT--ACTCGGTCA-GGAatg
gi|26 : taTGGCAATCTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-TTAAGACA-GAGCTAAGCT---CG--AACCCACAA-C------CTCAG-TGATGAGAGG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--CGT---C-A---ACTCCATGGAGC--ACTTGGCTGCActgatgacctaagcggtaagatgtgattggttatagacagcgtcttacacaacttggtca
gi|27 : CAAACTCT------CTT------TCACACTG---T-T-TTTAGACT-GAGGTAGGCT---CA--AGACGATGA-C------CTCGG-CAGTGAGAGG-TA-AGTGGTC-TTGAGG--TTA---G-G---CCT---TACACC--TCTTGAGCACTGAGG
gi|28 : AATACCATTTTCAACACATAACAG-GTT-ATGTATA-----------------------------------ATGGAA-TATTCAGTTTTATG-G-GTGGAGGAAG---AACTCAGA---------ATATCGAATC----TG---AGTAGAACCGCCA------------TCCTg
gi|29 : tgAGA---------AT---GAATC----CG---AGTAAAACTAC-----------------------------------AGTA----ACTTTCAAACATT------CTCA-----AAATAAAG---T-T-TTAAGATT-CAACTGGACA---CA--AATCCATAATC------CCCAG-CAGTGAGAGG-CA-Acg
gi|3 : G-GTT-TTA-ATCACATGA-----------C--------AGGCTATATATGGCA-TCGACAG-TTTATCAG-GCTGAAGAAG---ACCTAAGA---------AT---GAACC----TT---AGTAGAACCTCCA------------TCCTT-----------CCATAAGTA----ACTGGTAAACTTC------CTC------ACTTGAAG---G-T-TT-----C-AA----------------------GA-C------CTCAG-CGATGAGAGA-TA-CTCGGTC-ATAAAA--CGACATC-G---CAT---TAGA
gi|30 : ttcacggtagtaaatagcacatatcgactatttgttagggaaatGGGTGTTAATGCCATATCCAACACATGGCAG-GTT-AGGTATGGCATATCCAACACATGAC--------AGGTTATGTATGGCA-TATCCt
gi|31 : tttttaagcAGCTGGATT---TG--AACTCATCA----------TGG-TAGTGAGAGT-TG-TGTTATA-TTGAAA--TGA---C-AATTCCC---TAGACT--ACCCAGTTACTGA
gi|32 : tttgagtt---CG--AACCTACAA-C------TTTAA-AGATGAAATG-TG-CTGGGTCATTAAAAAACAG---C-A---CTT---TAGACC--ACTTGGCCACAAAG
gi|33 : -TTAATGCCATTTTCAACACATG--AG-G-------------------------------------GGTTATATA--GCA-TATCCAGTATAACT-G-GTGGAGGAAAACCACCTCAGA---------AT---GAATC----tagcgccaatt
gi|34 : TGGCAAACCTT------CTC------GTATTAAATTTT-T-TTTCGACT-GAACTGGATTAAACAACAACTTA-AA-C------TTCAA-CAATGAGA
gi|35 : TTT------CTC------ACATAAAG---G-T-TTTGGACG-GAGCCTGTCT-----------TAC-------------AGTCGGTGAAATG-TA-AGTGGTC-ATTAGA--
gi|37 : tAGTAGGGCT---CA--AACCTATGA-C------CTTAG-GGATCAGAGG-TA-AATGATC-CTAA
gi|38 : AGAACCACCA------------TTCTT-----------CAGCAAGGT----ACGCACAAATTTT------CTC------ACATAACG---T-T-TTTGGTCC-AAGCcccaatccaccacagag
gi|4 : GGG-TTAACGCCATTT-CAACACATCCCAG-GTT-ATAAATGGCATA----------------------------A-AT-----TATCCAGTAAAACT-G-TCAGAGGAAG---ACCTCAGA---------CT---GAATC----TG---AAAAGAACCACCG------------TTTTT-----------CCGCAAGTG----ACTTGTAAATTTT------CTG------AC--AACGCA-T-T-TTTGGAAC-GATC--GA------G--AATCTA--A-A------CTTAC-CGGTGAGAAG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---TCT---TCAACC--ACTCGGACACGGAGg
gi|42 : AAG-TC-AGTGATT-TTGAGA--CAA---T-G---TCT---TAAACC--CCTCAGCTAC
gi|43 : a-TTAATGCCATTTTCAACACATTTCAG-GTT-ATATAa
gi|44 : ttaaCCAGTCTAATT-G-GTGGAGAAAC---ACCTCAGA---------AT---GAAT
gi|45 : ATGGGGT-TTAACGCAATTTTCAACACAT
gi|46 : ttttgCAGTTTTACT-G-GTGGAGGAAG---ACCTCAGA---------CT---GA
gi|47 : AAACTTT------CTC------ACATAAAG---T-T-CTTGAACC-GAG
gi|5 : T-TTAACACCATTTTCAACACATTTCAG-GT-------------AT--------------------------TATATGGTA-TATCCAGTTTTGCT-A-ATAAAGGAAG---ACCTCAGA------------------C----TA---AGTAGAGCCACCA------------TCATT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTC------ACATAAAC---T-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CT--AACCTAAGA-C------CTTTG-TGGTGAGAGG-TA-AGTGATC-TTAAGA--TGG---C-G---CCT---TAGACC--ACTTGGCCATGGGG
gi|6 : tgtCCATTTTCAACACATTTCAG----------------------------------------GTTATATAT-GCATTATCCAGTTTTATT-G-GTGGAAGAAA---ACCTCAGAT--------TT---GAATC----GG---AGTAGAACC-CCG------------TCCTT-----------CCGCAAGTA----ACTGGCAAACTTT------TGT------ACATAATT---A-T-TTTGGAGC-GAGCGGGACT---CA--AACCTACGA-C------CTTAA-CGGTGAAAGG-TA-GGTGATC-CTGAGA--CGG---C-A---TCT---TAGACC--AATCGGTCACGGAG
gi|7 : attGGAGT-TTGACGCCATTTCCGACAC-TTTCAG-GTT-ATATATGGCATAT-----------T--------A--------------------AATTTTATT-G-GTGAAAGATA---ATCTCATA---------AT---GAATG----TG---GGTAGAACC-------------------CT-----------CCGCAAGAA----AATGGTAAACCTT------CTC------AAATAAAG---T-T-TATTGAGC-GAACGGTACT---CG--AACATATGA-C------CTTAG-CAATGATGGG-TG-AGTGATT-TTTAGA--GGG---C-G---CAT---T-GACT--ACTCGGCCACGGAG
gi|8 : GT-TTAATGCCATTTTTAACACATTTCAG-GTG-ACATATTGCACAC--------------------------------------TCCA------------TGGAGGAAG---ACCTCGGA---------AT---AAATC----TG---AGTAGAATCGTCG------------TCCTT-----------CCACGAGTA----ACTGGCAAACTTT------CTA------ACATAAAT---T-T-TTTGGAGC-AAGCAGGACT---TA--AACTTATGA-C------CTTAG-CAGCGAGAGG-TA-AGTGATC-TTGAGA--CAG---C-G---CCT---TAAACC--ACTTGGCCAC
gi|9 : tgcaGGT-TTAACGCAATTTTCAACACATGGCCG-GTT-A--------A-AT-----------C------------TATATATGGCA-TATCCAGTTCCATT-A-GTAGAAGAAG---ACATTATA---------AT---GAATC----TG---AGTAGAACCATCG------------TCCTG-----------TCGCAAGTA----ATTGGCAAACTTT------CTTGTAGTAACATA-----------TTGGACT-GAACTGGGCT---TG--GACCCACGA-C------CTCAG-CGGCGAGAGG-TA-AGT--------------GG---CAA---TCT---TAGACC--ACTGGGCa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ACCGTTGTTCTTGTGCATGTGATCAACACACGCTCTAATATTAATTATAGGAACCTAGCTTAACTTGAACCAACGACCATAGCGTAAGAAGTGGGCTATCTTAAAACAGTGGCTTAGATCAATTGGCCACAGT
Unaligned ( gi|36 ): TAGCAGTGAGAAGTTAATGGTTTATTGACAACAACACTATGGACAACTCTGCCACAGAAGGAACCA
Unaligned ( gi|39 ): AGTGAGTGGCAAGTGGTCTTAAGACAGCAACTTGGACAACTTCGCCATGTTG
Unaligned ( gi|40 ): CCCCACATTAATGGCTATAAAATTAAATTTTAACAGTTGTATCAAAGACAT
Unaligned ( gi|41 ): CTCTGAACTTGTGATTTATATCGGTTTGTATAAAAGTAAAAGTCAT