lowQualScore : 33333333333333 666666666666666666666666666666666666666666 1111111111 222222222222222222222 1111111
lowQualScore : 0 3 8 66666666666666 000000000000000000000000000000000000000000 666 3 5555555555 3 4444 333333333333333333333 3333333 55
lowQualScore : . . . .............. .......................................... ... . .......... . .... ..................... ....... ..
lowQualScore : 3 6 9 99999999999999 222222222222222222222222222222222222222222 444 6 5555555555 6 9999 888888888888888888888 7777777 00
consensus : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTATTT----T-CTTTCGTTCCAATCCT-----TT-TN-------CT---ATT---------GT------ATG---T-TGTGGATT---A-TG-T-TGT----------ATAT---AAC-TTAT------AAATAAAATA--TGTTTAAACCAA
Reference ( gi|9 ) : AAAGGAGAGAAACTAT-ATAAGATTTATTT----T-CTTTCGTTTCAATCCT-----TT-TA-------CT---AT----------GT------ATG---T-TGTGGATT---A-TG-T-TGT----------ATAT---AAC-TTAT------GAATAAAATA--TGTTTAAACCAA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCA-ATAAGCATTATG-------CTTTCGTTCTAATCCTAATGTTT-TG-------TC---ATT---------GT------ATA---CACATGCAT----A-CG-T-TGT----------AAAT---A---TCAT------GAATAAGATA--TGTTTAAGC
gi|10 : acttcaatgtttactatagacttcAGGAGAGAAACTAT-ATAAGAAATATTT----T-CTTTCGTTTCAATCCT-----TT-TA-------CT---AA----------AT------ATG---T-TGTGGAAT---A-TG-C-TGT----------ACAT---AAT-TTAT------GAAT-AAATA--TGTTTAAACCAAt
gi|12 : GGAGAGATACTAT-ATA---------T----T-CTTTTGTTTCAATCCC-----CA-TAACCACCACT---AA----------GT------ATG---T-TGTGGAAT---A-TA-T-TGT----------ACAT---AAC-TTAT------AAATAAAATA--AGTTTAAACCAAt
gi|7 : cGGAGAAGAACTCT-GTAAGATTT---TAAAAT-CTTTTGTTCCCATTCC-----TT-TG-------C----AT----------GCTTACC-ATG---T-T----ATT---A-TGAT-GGT----------GTAC---AAT-TTAT------CAATAAAATA--TGTTTAAACTA
gi|16 : GGAGGGAA-CCAT-AT-----TTATTT----TTCTTTCGTGTCTATCCCC----TT-TA-------CC---AT----------AT------A-G---T-T-TGGA-----A-TA-T-TAT----------ATGT---ATA-TT-T------TAATAAA-TA--TGTTTAAACCGAtataca
gi|8 : gcGAGAACAACTCT-ATAAGACCTGTAT----T-CTTCCGTTTTAATCCT-----TT---------------------------GC------ATG---T-TGTGTACT---G-TA-CGTGTTAATCTGATAATATTGAAAT-TTAA------AAAAAAAACACATGTTTAAACt
gi|5 : GAGAAGAAC-ATCATAAGCATTATA-------CTTCCGTTCTAATCAT-----TTCTG-------TT---ATT---------GT------ATACACT-TGT--ATT---A-T----TGT----------ATAT-------TGAG------AAATAAAATA--TGTTTAAAC
gi|13 : AGAGAAACTAT-ATAAGAAATATTT----T-CTTTCGTTTCAATCCT-----TG-TA-------CT---AT----------AT------ATG---T-TGTGGAAT---A-TG-C-TGT----------ACAA---AAT-TTAT------GAAT-AAATA--TGTTTAAACCAAttaacataccaacaatacactt
gi|1 : AGAAGAAC-ATCATAAG---CGTTT----TGCTTCCGTTCTAATCCT-----TT-TT-------CT---ATTATTGC----AT------ACG---C-T-TGTATT---ACTG-T-AAA----------ATGT----AC-TTATATTGAGAAATAAAATA--TGTTTGAACTAA
gi|6 : -CTTTCGTTCTGATCCT-----TT-TC-------CTCTTATT---------GTTCGCCAATG---T-TTTG--TTTACA-CG-T-TGT----------TTAT---AG--TCAG------AAATAAAACA--TGTTTAAACTAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|20 : aagcaaaatatgtcataaacatgatg-CTTTCGTTCTGATCTT-----AT-TC-------TT---ATTGTTTCACAAAT------ATG---T-TGT----T---A-TA-T-TGT----------A------AACATTAG------AAATATAATA--TGTTTAAACTAg
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|4 ): ATTTCAAAGTTGAAATAGACTTCAAAGGAAAGGAAACCGATAAACATTATGATTTCGTTCCAATCCTAATATGTTTTGTCATTGTATATATATGCAAACGTTGCAAATATGGTGAATAAAAATATGTTTAA
Unaligned ( gi|11 ): GAGAAAAACTCTACGAACATTGTTTTTTTTCCGTTCTATAATCTTTTTTTTTTCATTTTGTGTATTGAACTTGTTTATCTAAAAAACTGAAAATAAAATATGTTTA
Unaligned ( gi|14 ): GAAGAACTATATAAGAACTATGATATTCCGTTCTAATCATTTACATTTTGTATATTGTACTTGTTTATCTGAAAAAAAAACTGAAAGTAAAATAGGTTTAA
Unaligned ( gi|15 ): TTGGCGAAGAACTCTAAAAGAATTGTATTTTTTTCGTTCTCAGCCTTTATATTTTTAATTGAACTTGTTCCCAGTAAAAACTGGAAATACAATTTGTTTA
Unaligned ( gi|17 ): TGGAGAAGAAATGTAAGAATTGTATTCTTTCGTTCTTATCCTTAATATTTTGAATATTGTACTGTTTGTCTGTAAATACTGGAAATAAACTATGTT
Unaligned ( gi|18 ): TTGAAGAATAATTCTCAAAGAATTGTTTTCTAATCCTTTTTGATATTGTACATGTTTTTTCTGTATATACTGGGAATAAACTATGTCTA
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 0 11 5 22 1 111111111 2 2 1 33 9999999 55555 2 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 33
lowQualScore : . .. . .. . ......... . . . .. ....... ..... . . ................................................................................................ . ..
lowQualScore : 2 77 3 66 8 000000000 2 2 2 11 4444444 66666 2 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 11
consensus : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------T-----T-T-TN----C-T---A-TT-----GT---------ATG---T-TGT--G-ATT---A---TG-TT----GTATAT--------A-AC-T--TAT------AAAT-AAAATA--TGTTTAAACCAA
Reference ( family-71 ) : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCCA--ATCC-------T-----T-T-TN----C-T---A-TT-----GT---------ATG---T-TGT--GGATT---A---TG-TT----GTATAT--------A-AC-T--TAT------AAAT-AAAATA--TGTTTAAACCAA
gi|1 : AGAAGAAC-ATCATAAGCGTT---TTG-----CTTCC-GT-TCTA--ATCC-------T-----T-T-TT----C-T---A-TTATTGCAT---------ACG---C-T-T--GTATT---AC--TG-TA----AAATGT----------AC-T--TATATTGAGAAAT-AAAATA--TGTTTGAACTAA
gi|10 : AGGAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------T-----T-T-TA----C-T---A--A-----AT---------ATG---T-TGT--GGAAT---A---TG-CT----GTACAT--------A-AT-T--TAT------GAAT--AAATA--TGTTTAAACCAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|11 : GAGAAAAACTCT-ACGAACATTGT-TTT-----TTTTCCGT-TCTATAATCT-------T-----T-T-TT----T-T-----TT------C---------ATT---T-TGT--GTATTG--A---AC-TT----GTTTATCTAAAA--A-AC-T--GA-------AAAT-AAAATA--TGTTTAt
gi|12 : GGAGAGATACTAT-ATA----------TT-----CTTTT-GT-TTCA--ATCC-------C-----C-A-TAACCAC-C---A-CTAA---GT---------ATG---T-TGT--GGAAT---A---TA-TT----GTACAT--------A-AC-T--TAT------AAAT-AAAATA--AGTTTAAACCAA
gi|13 : cAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------T-----T-G-TA----C-T---A--T-----AT---------ATG---T-TGT--GGAAT---A---TG-CT----GTACAA--------A-AT-T--TAT------GAAT--AAATA--TGTTTAAACCAA
gi|14 : GAAGAACTAT-ATAAGAACTAT-GAT-----ATTCC-GT-TCTA--ATCA-------T-----T-T-AC----A-T---T-TT-----GT---------ATA---T-TGT----ACT-------TG-TT-----TATCTGAAAAAAAA-AC-T--GA-------AAGT-AAAATA--GGTTTAA
gi|15 : GGCGAAGAACTCT-AAAAGAATTGTATTT-----TTTTC-GT-TCTC--AGCC-------T-----T-TATA----T-T---T-TT-----A----------AT--------T--GAACT-------TG-TTCCCAGTA-AA--------A-AC----TGG------AAAT-ACAATT--TGTTTA
gi|16 : ttGGAG-GGAACCAT-AT-----TTAT-TTTT----CTTTC-GTGTCTA--TCCC-------C-----T-T-TA----C-C---A-T------AT---------A-G---T-T-T--GGA-----A---TA-TT----ATATGT--------ATAT-T--T-T------AA-T-AAA-TA--TGTTTAAACCGA
gi|17 : gcGGAGAAGAA--AT-GTAAGAATTGT-ATT-----CTTTC-GT-TCTT--ATCC-------T-----TAA-TA----T-T-----TT-----GA---------ATA---T-TGT----ACT---G---T--TT----GTCTGT--------A-AA-TACTGG------AAAT-AAACTA--TGTTt
gi|18 : tAAGAATTGT-TTT-----CT----------A--ATCCT------T-----T-T-TG----A-T---A-TT-----GT---------ACA-----TGT-----TT---T---TT-CT----GTATAT--------A----C--TGG------GAAT-AAACTA--TGTCTA
gi|20 : ttgaagaataattctca-----CTTTC-GT-TCTG--ATCT-------T-----A-T-TC----T-T---A-TT-----GTTTCACAAATATG---T-TGT------T---A---TA-TT----GTA-----------A-ACAT--TAG------AAAT-ATAATA--TGTTTAAACTA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCA-ATAAGCATTAT-G-------CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TAATGTT-T-TG----T-C---A-TT-----GT---------ATA---CACAT--GCAT----A---CG-TT----GTAAAT--------A----T--CAT------GAAT-AAGATA--TGTTTAAGC
gi|4 : acttcaatgtttactatagacttcAAAGGAAAGGAAACCG-ATAAACATTAT-G-------ATTTC-GT-TCCA--ATCCTAATATGT-----T-T-TG----T-C---A-TT-----GT---------ATA---TATAT--GCA-A---A---CG-TT----GCAAAT--------A----T--GGT------GAATAAAAATA--TGTTTAAt
gi|5 : atttcaaagttgaaatagacttcGAGAAGAAC-ATCATAAGCATTAT-A-------CTTCC-GT-TCTA--ATCA-------T-----T-TCTG----T-T---A-TT-----GT---------ATACACT-TGT----ATT---A---T---T----GTATAT-------------T--GAG------AAAT-AAAATA--TGTTTAAAC
gi|6 : -----CTTTC-GT-TCTG--ATCC-------T-----T-T-TC----C-TCTTA-TT-----GTTCGCCA---ATG---T-TTT--G--TTTACA---CG-TT----GTTTAT--------A-G--T--CAG------AAAT-AAAACA--TGTTTAAACTAAttaacataccaacaatacactt
gi|7 : aagcaaaatatgtcataaacatgatgGGAGAAGAACTCT-GTAAGA----T-TTTAAAATCTTTT-GT-TCCC--ATTC-------C-----T-T-TG----CAT---GCTT-----ACC--------ATG---T-T------ATT---A---TGATG----GTGTAC--------A-AT-T--TAT------CAAT-AAAATA--TGTTTAAACTAg
gi|8 : GAGAACAACTCT-ATAAGACCTGT-ATT-----CTTCC-GT-TTTA--ATCC-------T-----T-T-GC----A-T---G-TT-----GT---------GTA---C-TGTACGTGTT---AATCTG-AT----A-ATATTGA-----A-AT-T--TAA------AAAA-AAAACACATGTTTAAACtataca
gi|9 : AAAGGAGAGAAACTAT-ATAAGATTTAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------T-----T-T-TA----C-T---A-T------GT---------ATG---T-TGT--GGATT---A---TG-TT----GTATAT--------A-AC-T--TAT------GAAT-AAAATA--TGTTTAAACCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 11 5 22 1 111111111 2 2 33 5555555 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 33
lowQualScore : . .. . .. . ......... . . .. ....... . . ................................................................................................... . ..
lowQualScore : 2 77 3 66 8 000000000 2 2 11 0000000 2 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 11
consensus : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-TT----GTATAT--------AAC-T--TAN------AAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
Reference ( family-71 ) : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-TT----GTATAT--------AAC-T--TAT------AAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
gi|1 : AGAAGAAC-ATCATAAGCGTT---TTG-----CTTCC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TT----CTATTATT--G---------C------ATACGCT---TGT------ATT--AC--TG-TA----AAATGT---------AC-T--TATATTGAGAAAT-AAA--ATATGTTTGAACTAA
gi|10 : AGGAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TA-A--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-CT----GTACAT--------AAT-T--TAT------GAAT--AA--ATATGTTTAAACCAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|11 : GAGAAAAACTCT-ACGAACATTGT-TTT-----TTTTCCGT-TCTATAATCT-------TT-T-TT----T---T-TT------------C------ATT---T---TGT-GT---ATTG-A---AC-TT----GTTTATCTAAAA--AAC-T--GA-------AAAT-AAA--ATATGTTTAt
gi|12 : GGAGAGATACTAT-ATA----------TT-----CTTTT-GT-TTCA--ATCC-------CC-A-TAACCAC---CACTAAG---------T------ATG---T---TGT-GG---AAT--A---TA-TT----GTACAT--------AAC-T--TAT------AAAT-AAA--ATAAGTTTAAACCAA
gi|13 : cAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-G-TA----C---TA-T--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-CT----GTACAA--------AAT-T--TAT------GAAT--AA--ATATGTTTAAACCAA
gi|14 : GAAGAACTAT-ATAAGAACTAT-GAT-----ATTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-T-AC----A---TTTT--G---------T------ATA---T---TGT------ACT------TG-TT-----TATCTGAAAAAAAAAC-T--GA-------AAGT-AAA--ATAGGTTTAA
gi|15 : GGCGAAGAACTCT-AAAAGAATTGTATTT-----TTTTC-GT-TCTC--AGCC-------TT-T-------A---TATT--T---------T------TAA---T---TG--A----ACT------TG-TTCCCAGTA-AA--------AAC----TGG------AAAT-ACA--ATTTGTTTA
gi|16 : ttGGAG-GGAACCAT-AT-----TTAT-TTTT----CTTTC-GTGTCTA--TCCC-------CT-T-TA----C---CAT---A---------T------A-G---T---T-T-GGAATATT--A---TA-T-----GTATAT----------T-T--TA---------AT-AAA---TATGTTTAAACCGA
gi|17 : gcGGAGAAGAA--AT-GTAAGAATTGT-ATT-----CTTTC-GT-TCTT--ATCC-------TTAA-TA----T---T-TT--G---------A------ATA---T---TGT------ACT--G---T--TT----GTCTGT--------AAA-TACTGG------AAAT-AAA--CTATGTTt
gi|18 : tAAGAATTGT-TTT-----CT----------A--ATCCT------TT-T-TG----A---TATT--G---------T------ACA-------TGT-------TT--T---TT-CT----GTATAT--------A---C--TGG------GAAT-AAA--CTATGTCTA
gi|20 : ttgaagaataattctca-----CTTTC-GT-TCTG--ATCT-------TA-T-TC----T---TATT--GTTTCACAAAT------ATG---T---TG--------TT--A---TA-TT----GTA-----------AACAT--TAG------AAAT-ATA--ATATGTTTAAACTA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCA-ATAAGCATTAT-G-------CTTTC-GT-TCTA--ATCCTAATG--TT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---CA--CAT-G----CAT--A---CG-TT----GTAAAT--------A---T--CAT------GAAT-AAG--ATATGTTTAAGC
gi|4 : acttcaatgtttactatagacttcAAAGGAAAGGAAACCG-ATAAACATTAT-G-------ATTTC-GT-TCCA--ATCCTAATATGTT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---TATATGC-A----A----A---CG-TT----GCAAAT--------A---T--GGT------GAATAAAA--ATATGTTTAAt
gi|5 : atttcaaagttgaaatagacttcGAGAAGAAC-ATCATAAGCATTAT-A-------CTTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-TCTG----T---TATT--G---------T------ATACACT---TGT------ATT--A---T---T----GTATAT------------T--GAG------AAAT-AAA--ATATGTTTAAAC
gi|6 : -----CTTTC-GT-TCTG--ATCC-------TT-T-TC----CTCTTATT--G---------TTCGCCAATG---T---TTT-G----TTTACA---CG-TT----GTTTAT--------AG--T--CAG------AAAT-AAA--ACATGTTTAAACTAAttaacataccaacaatacactt
gi|7 : aagcaaaatatgtcataaacatgatgGGAGAAGAACTCT-GTAAGA----T-TTTAAAATCTTTT-GT-TCCC--ATTC-------CT-T-TG----CA--TGCT------------T------ACC---A---TGT-T----ATT--A---TGATG----GTGTAC--------AAT-T--TAT------CAAT-AAA--ATATGTTTAAACTAg
gi|8 : GAGAACAACTCT-ATAAGACCTGT-ATT-----CTTCC-GT-TTTA--ATCC-------TT-T-GC----A---TGTT--G---------T------GTA---C---TGT-ACGT-GTT--AATCTG-AT----A-ATATTGA-----AAT-T--TAA------AAAA-AAAACACATGTTTAAACtataca
gi|9 : AAAGGAGAGAAACTAT-ATAAGATTTAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TAT---G---------T------ATG---T---TGT-GG---ATT--A---TG-TT----GTATAT--------AAC-T--TAT------GAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 11 5 22 1 111111111 2 2 33 5555555 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 7 2 33
lowQualScore : . .. . .. . ......... . . .. ....... . . ............................................................................................. .. . . ..
lowQualScore : 2 77 3 66 8 000000000 2 2 11 0000000 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5 2 11
consensus : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
Reference ( family-71 ) : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
gi|1 : AGAAGAAC-ATCATAAGCGTT---TTG-----CTTCC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TT----CTATTATT--G---------C------ATACGCT---TGT------ATT--AC--TG-TAAAAT----GTACTTAT---------AT-T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTGAACTAA
gi|10 : AGGAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TA-A--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAT--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|11 : GAGAAAAACTCT-ACGAACATTGT-TTT-----TTTTCCGT-TCTATAATCT-------TT-T-TT----T---T-TT------------C------ATT---T---TGT-GT---ATTG-A---AC-T----T----GTT--TATCTAAAA--AAC-T--GA-AAAT-AAA--ATATGTTTAt
gi|12 : GGAGAGATACTAT-ATA----------TT-----CTTTT-GT-TTCA--ATCC-------CC-A-TAACCAC---CACTAAG---------T------ATG---T---TGT-GG---AAT--A---TA-T----T----GTA--CAT--------AAC-T--TATAAAT-AAA--ATAAGTTTAAACCAA
gi|13 : cAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-G-TA----C---TA-T--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAA--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAA
gi|14 : GAAGAACTAT-ATAAGAACTAT-GAT-----ATTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-T-AC----A---TTTT--G---------T------ATA---T---TGT------ACT------TG-T----T-----TA--TCTGAAAAAAAAAC-T--GA-AAGT-AAA--ATAGGTTTAA
gi|15 : GGCGAAGAACTCT-AAAAGAATTGTATTT-----TTTTC-GT-TCTC--AGCC-------TT-T-------A---TATT--T---------T------TAA---T---TG--A----ACT------TG-T----TCCCAGTA---AA--------AAC----TGGAAAT-ACA--ATTTGTTTA
gi|16 : ttGGAG-GGAACCAT-AT-----TTAT-TTTT----CTTTC-GTGTCTA--TCCC-------CT-T-TA----C---CAT---A---------T------A-G---T---T-T-GGAATATT--A---TA-T---------GTA--TAT----------T-T--TA---AT-AAA---TATGTTTAAACCGA
gi|17 : gcGGAGAAGAA--AT-GTAAGAATTGT-ATT-----CTTTC-GT-TCTT--ATCC-------TTAA-TA----T---T-TT--G---------A------ATA---T---TGT------ACT--G---T--T----T----GTC--TGT--------AAA-TACTGGAAAT-AAA--CTATGTTt
gi|18 : tAAGAATTGT-TTT-----CT----------A--ATCCT------TT-T-TG----A---TATT--G---------T------ACA-------TGT-------TT--T---TT-C----T----GTA--TAT--------A---C--TGGGAAT-AAA--CTATGTCTA
gi|20 : ttgaagaataattctca-----CTTTC-GT-TCTG--ATCT-------TA-T-TC----T---TATT--GTTTCACAAAT------ATG---T---TG--------TT--A---TA-T----T----GTA-------------AACAT--TAGAAAT-ATA--ATATGTTTAAACTA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCA-ATAAGCATTAT-G-------CTTTC-GT-TCTA--ATCCTAATG--TT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---CA--CAT-G----CAT--A---CG-T----T----GTA--AAT--------A---T--CATGAAT-AAG--ATATGTTTAAGC
gi|4 : acttcaatgtttactatagacttcAAAGGAAAGGAAACCG-ATAAACATTAT-G-------ATTTC-GT-TCCA--ATCCTAATATGTT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---TATATGC-A----A----A---CG-T----T----GCA--AAT--------A---T--GGTGAATAAAA--ATATGTTTAAt
gi|5 : atttcaaagttgaaatagacttcGAGAAGAAC-ATCATAAGCATTAT-A-------CTTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-TCTG----T---TATT--G---------T------ATACACT---TGT------ATT--A---T-------T----GTA--TAT------------T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTAAAC
gi|6 : -----CTTTC-GT-TCTG--ATCC-------TT-T-TC----CTCTTATT--G---------TTCGCCAATG---T---TTT-G----TTTACA---CG-T----T----GTT--TAT--------AG--T--CAGAAAT-AAA--ACATGTTTAAACTAAttaacataccaacaatacactt
gi|7 : aagcaaaatatgtcataaacatgatgGGAGAAGAACTCT-GTAAGA----T-TTTAAAATCTTTT-GT-TCCC--ATTC-------CT-T-TG----CA--TGCT------------T------ACC---A---TGT-T----ATT--A---TGAT----G----GTG--TAC--------AAT-T--TATCAAT-AAA--ATATGTTTAAACTAg
gi|8 : GAGAACAACTCT-ATAAGACCTGT-ATT-----CTTCC-GT-TTTA--ATCC-------TT-T-GC----A---TGTT--G---------T------GTA---C---TGT-ACGT-GTT--AATCTG-A----T----A-A--TATTGA-----AAT-T--TAAAAAA-AAAACACATGTTTAAACtataca
gi|9 : AAAGGAGAGAAACTAT-ATAAGATTTAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TAT---G---------T------ATG---T---TGT-GG---ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TATGAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 11 5 22 1 111111111 2 2 33 5555555 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 7 2 33
lowQualScore : . .. . .. . ......... . . .. ....... . . ............................................................................................. .. . . ..
lowQualScore : 2 77 3 66 8 000000000 2 2 11 0000000 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5 2 11
consensus : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
Reference ( family-71 ) : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
gi|1 : AGAAGAAC-ATCATAAGCGTT---TTG-----CTTCC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TT----CTATTATT--G---------C------ATACGCT---TGT------ATT--AC--TG-TAAAAT----GTACTTAT---------AT-T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTGAACTAA
gi|10 : AGGAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TA-A--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAT--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|11 : GAGAAAAACTCT-ACGAACATTGT-TTT-----TTTTCCGT-TCTATAATCT-------TT-T-TT----T---T-TT------------C------ATT---T---TGT-GT---ATTG-A---AC-T----T----GTT--TATCTAAAA--AAC-T--GA-AAAT-AAA--ATATGTTTAt
gi|12 : GGAGAGATACTAT-ATA----------TT-----CTTTT-GT-TTCA--ATCC-------CC-A-TAACCAC---CACTAAG---------T------ATG---T---TGT-GG---AAT--A---TA-T----T----GTA--CAT--------AAC-T--TATAAAT-AAA--ATAAGTTTAAACCAA
gi|13 : cAGAGAAACTAT-ATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-G-TA----C---TA-T--A---------T------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAA--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAA
gi|14 : GAAGAACTAT-ATAAGAACTAT-GAT-----ATTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-T-AC----A---TTTT--G---------T------ATA---T---TGT------ACT------TG-T----T-----TA--TCTGAAAAAAAAAC-T--GA-AAGT-AAA--ATAGGTTTAA
gi|15 : GGCGAAGAACTCT-AAAAGAATTGTATTT-----TTTTC-GT-TCTC--AGCC-------TT-T-------A---TATT--T---------T------TAA---T---TG--A----ACT------TG-T----TCCCAGTA---AA--------AAC----TGGAAAT-ACA--ATTTGTTTA
gi|16 : ttGGAG-GGAACCAT-AT-----TTAT-TTTT----CTTTC-GTGTCTA--TCCC-------CT-T-TA----C---CAT---A---------T------A-G---T---T-T-GGAATATT--A---TA-T---------GTA--TAT----------T-T--TA---AT-AAA---TATGTTTAAACCGA
gi|17 : gcGGAGAAGAA--AT-GTAAGAATTGT-ATT-----CTTTC-GT-TCTT--ATCC-------TTAA-TA----T---T-TT--G---------A------ATA---T---TGT------ACT--G---T--T----T----GTC--TGT--------AAA-TACTGGAAAT-AAA--CTATGTTt
gi|18 : tAAGAATTGT-TTT-----CT----------A--ATCCT------TT-T-TG----A---TATT--G---------T------ACA-------TGT-------TT--T---TT-C----T----GTA--TAT--------A---C--TGGGAAT-AAA--CTATGTCTA
gi|20 : ttgaagaataattctca-----CTTTC-GT-TCTG--ATCT-------TA-T-TC----T---TATT--GTTTCACAAAT------ATG---T---TG--------TT--A---TA-T----T----GTA-------------AACAT--TAGAAAT-ATA--ATATGTTTAAACTA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCA-ATAAGCATTAT-G-------CTTTC-GT-TCTA--ATCCTAATG--TT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---CA--CAT-G----CAT--A---CG-T----T----GTA--AAT--------A---T--CATGAAT-AAG--ATATGTTTAAGC
gi|4 : acttcaatgtttactatagacttcAAAGGAAAGGAAACCG-ATAAACATTAT-G-------ATTTC-GT-TCCA--ATCCTAATATGTT-T-TG----T---CATT--G---------T------ATA---TATATGC-A----A----A---CG-T----T----GCA--AAT--------A---T--GGTGAATAAAA--ATATGTTTAAt
gi|5 : atttcaaagttgaaatagacttcGAGAAGAAC-ATCATAAGCATTAT-A-------CTTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-TCTG----T---TATT--G---------T------ATACACT---TGT------ATT--A---T-------T----GTA--TAT------------T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTAAAC
gi|6 : -----CTTTC-GT-TCTG--ATCC-------TT-T-TC----CTCTTATT--G---------TTCGCCAATG---T---TTT-G----TTTACA---CG-T----T----GTT--TAT--------AG--T--CAGAAAT-AAA--ACATGTTTAAACTAAttaacataccaacaatacactt
gi|7 : aagcaaaatatgtcataaacatgatgGGAGAAGAACTCT-GTAAGA----T-TTTAAAATCTTTT-GT-TCCC--ATTC-------CT-T-TG----CA--TGCT------------T------ACC---A---TGT-T----ATT--A---TGAT----G----GTG--TAC--------AAT-T--TATCAAT-AAA--ATATGTTTAAACTAg
gi|8 : GAGAACAACTCT-ATAAGACCTGT-ATT-----CTTCC-GT-TTTA--ATCC-------TT-T-GC----A---TGTT--G---------T------GTA---C---TGT-ACGT-GTT--AATCTG-A----T----A-A--TATTGA-----AAT-T--TAAAAAA-AAAACACATGTTTAAACtataca
gi|9 : AAAGGAGAGAAACTAT-ATAAGATTTAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TAT---G---------T------ATG---T---TGT-GG---ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TATGAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
blockSeqs : TA C AA A TTTAAAAT C G TA TAATATG A C CCTCTTATTGTTCGCCAATGTTTTGTTTACACGTTGTTTATAG AC T A AC
blockSeqs : TC . CA G ATTT . . . TAATG . . CATGTTGTGTACTGTACGTGTTAATCTGATAATATTGAAAT . T . .
blockSeqs : TA . AA A TTTT . . . T . . AACCACCACTAAGTATGTTGTGGAATATATTGTACATAAC . T . .
blockSeqs : TA . AA A TTT . . . . . . TTTTTCATTTTGTGTATTGAACTTGTTTATCTAAAAAAC . G . .
blockSeqs : TA . AA G TTT . . . . . . CATTTTGTATATTGTACTTGTTTATCTGAAAAAAAAAC . G . .
blockSeqs : TC . AA A TTT . . . . . . CTTATTGTTTCACAAATATGTTGTTATATTGTAAACA . G . .
blockSeqs : CA . AA G GAT . . . . . . GCATGCTTACCATGTTATTATGATGGTGTACAAT . G . .
blockSeqs : TC . CA G ATT . . . . . . ACTAAATATGTTGTGGAATATGCTGTACATAAT . T . .
blockSeqs : CC . CA A TTT . . . . . . ACTATATATGTTGTGGAATATGCTGTACAAAAT . T . .
blockSeqs : TC . CA A ATT . . . . . . ATATTTTTAATTGAACTTGTTCCCAGTAAAAAC . G . .
blockSeqs : TC . AC A TTT . . . . . . ACTATGTATGTTGTGGATTATGTTGTATATAAC . G . .
blockSeqs : TA . AT G TT . . . . . . GTCATTGTATACACATGCATACGTTGTAAATA . T . .
blockSeqs : A . A A G . . . . . . GTCATTGTATATATATGCAAACGTTGCAAATA . A . .
blockSeqs : A . . . G . . . . . . ACCATATAGTTTGGAATATTATATGTATATT . T . .
blockSeqs : . . A . . . . . . ATTTTGAATATTGTACTGTTTGTCTGTAAA . . . .
blockSeqs : . . . . . . GTTATTGTATACACTTGTATTATTGTATAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . GATATTGTACATGTTTTTTCTGTATATA . . . .
blockSeqCons : TN
originalCons : AAAGGAGAGGAACTAT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
finalCons : AAAGGAGAGGAACTNT-ATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--G---------T------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 1111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 0 1 22 1 555555555 2 2 33 5555555 2 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 7 2 33
lowQualScore : . . .. . ......... . . .. ....... . . ....................................................................................... .. . . ..
lowQualScore : 6 0 66 8 555555555 2 2 11 0000000 2 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5 2 11
consensus : AAAGGAGAAGAACTNTATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--GT---------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
Reference ( family-71 ) : AAAGGAGAGGAACTNTATAAGAATTAT-TTT-----CTTTC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TN----C---TATT--GT---------ATG---T---TGT-G----ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TANAAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
gi|1 : AGAAGAACATCATAAGCGTT---TTG-----CTTCC-GT-TCTA--ATCC-------TT-T-TT----CTATTATT--GC---------ATACGCT---TGT------ATT--AC--TG-TAAAAT----GTACTTAT---------AT-T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTGAACTAA
gi|10 : AGGAGAGAAACTATATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TA-A--AT---------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAT--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAAtgatgacatagttacatacaactctttt
gi|11 : GAGAAAAACTCTACGAACATTGT-TTT-----TTTTCCGT-TCTATAATCT-------TT-T-TT----T---T-TT---C---------ATT---T---TGT-GT---ATTG-A---AC-T----T----GTT--TATCTAAAA--AAC-T--GA-AAAT-AAA--ATATGTTTAt
gi|12 : GGAGAGATACTATATA----------TT-----CTTTT-GT-TTCA--ATCC-------CC-A-TAACCAC---CACTAAGT---------ATG---T---TGT-GG---AAT--A---TA-T----T----GTA--CAT--------AAC-T--TATAAAT-AAA--ATAAGTTTAAACCAA
gi|13 : cAGAGAAACTATATAAGAAATAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-G-TA----C---TA-T--AT---------ATG---T---TGTGG----AAT--A---TG-C----T----GTA--CAA--------AAT-T--TATGAAT--AA--ATATGTTTAAACCAA
gi|14 : GAAGAACTATATAAGAACTAT-GAT-----ATTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-T-AC----A---TTTT--GT---------ATA---T---TGT------ACT------TG-T----T-----TA--TCTGAAAAAAAAAC-T--GA-AAGT-AAA--ATAGGTTTAA
gi|15 : GGCGAAGAACTCTAAAAGAATTGTATTT-----TTTTC-GT-TCTC--AGCC-------TT-T-------A---TATT--TT---------TAA---T---TG--A----ACT------TG-T----TCCCAGTA---AA--------AAC----TGGAAAT-ACA--ATTTGTTTA
gi|16 : ttGGAG-GGAACCATAT-----TTAT-TTTT----CTTTC-GTGTCTA--TCCC-------CT-T-TA----C---CAT---AT---------A-G---T---T-T-GGAATATT--A---TA-T---------GTA--TAT----------T-T--TA---AT-AAA---TATGTTTAAACCGA
gi|17 : gcGGAGAAGAA--ATGTAAGAATTGT-ATT-----CTTTC-GT-TCTT--ATCC-------TTAA-TA----T---T-TT--GA---------ATA---T---TGT------ACT--G---T--T----T----GTC--TGT--------AAA-TACTGGAAAT-AAA--CTATGTTt
gi|18 : tGAAGAATAATTCTCAAAGAATTGT-T--------------T-TCTA--ATCCT------TT-T-TG----A---TATT--GT---------ACA-------TGT-------TT--T---TT-C----T----GTA--TAT--------A---C--TGGGAAT-AAA--CTATGTCTA
gi|20 : tt-----CTTTC-GT-TCTG--ATCT-------TA-T-TC----T---TATT--GTTTCACAAATATG---T---TGT--------T--A---TA-T----T----GTA-------------AACAT--TAGAAAT-ATA--ATATGTTTAAACTA
gi|3 : AAACGAAATGAGCTCAATAAGCATTAT-G-------CTTTC-GT-TCTA--ATCCTAATG--TT-T-TG----T---CATT--GT---------ATA---CA--CAT-G----CAT--A---CG-T----T----GTA--AAT--------A---T--CATGAAT-AAG--ATATGTTTAAGC
gi|4 : acttcaatgtttactatagacttcAAAGGAAAGGAAACCGATAAACATTAT-G-------ATTTC-GT-TCCA--ATCCTAATATGTT-T-TG----T---CATT--GT---------ATA---TATATGC-A----A----A---CG-T----T----GCA--AAT--------A---T--GGTGAATAAAA--ATATGTTTAAt
gi|5 : atttcaaagttgaaatagacttcGAGAAGAACATCATAAGCATTAT-A-------CTTCC-GT-TCTA--ATCA-------TT-TCTG----T---TATT--GT---------ATACACT---TGT------ATT--A---T-------T----GTA--TAT------------T--GAGAAAT-AAA--ATATGTTTAAAC
gi|6 : -----CTTTC-GT-TCTG--ATCC-------TT-T-TC----CTCTTATT--GTTCGCCA---ATG---T---TTT-G----TTTACA---CG-T----T----GTT--TAT--------AG--T--CAGAAAT-AAA--ACATGTTTAAACTAAttaacataccaacaatacactt
gi|7 : aagcaaaatatgtcataaacatgatgGGAGAAGAACTCTGTAAGA----T-TTTAAAATCTTTT-GT-TCCC--ATTC-------CT-T-TG----CA--TGCT---T---------ACC---A---TGT-T----ATT--A---TGAT----G----GTG--TAC--------AAT-T--TATCAAT-AAA--ATATGTTTAAACTAg
gi|8 : GAGAACAACTCTATAAGACCTGT-ATT-----CTTCC-GT-TTTA--ATCC-------TT-T-GC----A---TGTT--GT---------GTA---C---TGT-ACGT-GTT--AATCTG-A----T----A-A--TATTGA-----AAT-T--TAAAAAA-AAAACACATGTTTAAACtataca
gi|9 : AAAGGAGAGAAACTATATAAGATTTAT-TTT-----CTTTC-GT-TTCA--ATCC-------TT-T-TA----C---TAT---GT---------ATG---T---TGT-GG---ATT--A---TG-T----T----GTA--TAT--------AAC-T--TATGAAT-AAA--ATATGTTTAAACCAA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGAAAAATTTCATAGCATTATGCTTTCATTCTTATCCATTTTCTAATATTGTTCATTAACATTGCGTTGTTCCATTGCATGTGTATTAAGAAATAAACTGTATAAAAGAATAGAGCCAGATACAAACCTTCCG
Unaligned ( gi|19 ): TTCTTATCTCTTTTCTATTATTGTTCACAAATGTTTTGTTTACATATTGTACATATATCCAGAAATAAAAAAAATGTTTAAAC
Unaligned ( gi|21 ): ATTGTATTCTTCCATTCTTATCCTTCATATTTTGAATACTGTACTTGTTTATCTGTAAATACTGGAAATTTA
Unaligned ( gi|22 ): CACTATAGTTTTCCACTTGTCCTTTATGTTATTGTATAAAAACGTATTAAAATCCAGAAATAAAAAA